Vous êtes sur la page 1sur 17

08.10.

2015

Organisation du trafic intracellulaire

Compartimentation 
Chez les eucaryotes, la compartimentation contraint la cellule à adopter un mécanisme de trafic
cellulaire pour faire une jonction entre les différents organites et leur apporter les
protéines/enzymes/nutriments nécessaires à leur bon fonctionnement. Chaque compartiment doit
être alimenté en macromolécules.

Le cytoplasme est organisé par le cytosquelette pour effectuer le trafic intracellulaire.

Organites du trafic intracellulaire


- Le réticulum endoplasmique : il sert à la synthèse des macromolécules en association avec les
ribosomes sur le réticulum endoplasmique rugueux. C’est un réseau de tubules et de sacs délimités
par une membrane, de taille variable en fonction de l’activité métabolique de la cellule.
- L’appareil de Golgi : il sert au routage des macromolécules.

- Le lysosome :
Propriétés :
- Morphologie et taille hétérogènes (250nm à 1microm) en fonction de l’activité cellulaire
- limité par une membrane
- Marqueur lysosomal : phosphatase acide
- Enzymes synthétisés dans le RER
- Transporteur de protons
Fonctions :
- dégradation des protéines et lipides exogènes
- autophagie : protéines cytosoliques et organelles
- réservoir de molécules

Synthèse et transport des lipides


- Synthèse et transport des glycérophospholipides :
Ils vont être synthétisés sur la phase cytosolique du réticulum endoplasmique lisse, puis transportés
et ordonnés par des flipases spécifiques.

Ils sont transportés vers le noyau (transport direct par fluidité membranaire), les mitochondries ou
chloroplastes (indirect de membrane à membrane), le golgi (vésiculaire) ….
Transport membrane-membrane : récupération du phospholipide par des protéines d’échange et
transfert vers l’organite. Les flipases les organisent.

Transport par vésicules : les bicouches lipidiques forment une vésicule qui transporte une molécule
de grande partie apolaire -> soit pour les phospholipides, soit pour les protéines ! C’est une étape
importante constituée de 5 étapes successives : il y a besoin d’un compartiment donneur et d’un
second receveur.
Lumière d’un organite = à l’intérieur. A partir du moment où une vésicule fusionne avec un autre
organique, soit l’intérieur reste à l’intérieur, soit passe du côté extra-cellulaire dans le cas d’une
fusion avec la membrane plasmique.
Synthèse et transport des protéines
Chaque protéine est spécifiée et peut exister seulement sur un organite. Synthèse : milliers de
protéines par seconde dans une cellule. Il faut que chacune trouve ensuite l’endroit (l’organite) où
elle doit aller. Comment ? Dans sa séquence primaire (acides aminés), chaque protéine à des signaux
qui guident la protéine vers un endroit spécifique : c’est une séquence signal.

A chaque organite correspond une séquence spécifique. Elle existe soit au niveau du début de la
protéine traduite, ou formée par une conformation (elle est donc à l’intérieur de la protéine).
Echange d’un acide aminé = défaut d’adressage liée à une maladie.
Synthèse des protéines : elles sont traduites soit sur des ribosomes (formés par des protéines et des
ARN ribosomiques) libres dans le cytoplasme, soit sur des ribosomes liés au réticulum
endoplasmique. Bien que les deux fassent le même travail, l’endroit n’est pas le même : le premier
dans le cytosol (membrane, cytosol, mitochondrie, noyau, peroxysome), le second dans le réticulum
endoplasmique (protéines qui font partie du golgi, des lysosomes, de la membrane plasmique, du
réticulum endoplasmique).
A partir du moment où on a une séquence signal, elle est reconnue par un récepteur au niveau du
cytoplasme, puis par un autre au niveau de la membrane de l’organite. Le récepteur cytoplasmique
aide à traverser le complexe de translocation ou à rester sur la membrane plasmique en
reconnaissant une protéine transmembranaire.
Ribosomes libres : pores nucléaires du noyau, intérieur, cytoplasme, mitochondries et chloroplastes,
peroxysomes, protéines périphériques internes de la membrane plasmique.

Pour entrer dans le noyau, c’est un transport « gated » : il passe par une porte, le pore nucléaire (ou
dans le cas d’une protéine très petite, c’est une diffusion passive simple). Les molécules plus grosses
ont besoin d’un transport actif. Pour qu’une protéine puisse rentrer dans le noyau, c’est un signal
sous la forme NLS. Si plus de 50kDa, on a besoin de la protéine importine. C’est elle qui guide la
protéine et l’aide à traverser un pore nucléaire (use de l’énergie sous la forme GTP). A partir de
l’intérieur, l’importine s’en dissocie et repart vers le cytoplasme pour refaire la même action.
NES : nucleaire export signal : la protéine doit partir du noyau ce qui nécessite une dépense d’énergie
sous la forme GTP et donc a besoin de la protéine exportine ! Gated transport : passe par un trou
spécifique « gardé ».
Pour le peroxysome : l’organite est formé par une simple bicouche lipidique et la protéine est
transportée par d’autres protéines cytoplasmiques vers le peroxysome.

Mitochondries et chloroplastes : double membrane donc problème de franchissement (membrane


interne très imperméable). Chaperon cytoplasmique : protéine dans le cytoplasme qui guide les
protéines vers un organite spécifique.
Import mitochondrial des protéines : complexe de translocation TOM qu’on trouve dans la
membrane externe des mitochondries et TIM dans la membrane interne. La séquence signal de la
protéine est reconnue par le complexe TOM (récepteur) lié à un canal translocateur qui s’ouvre afin
de permettre le passage à la membrane externe. Si la protéine doit aller dans la matrice, le complexe
TIM est recruté et laisse passer la protéine. Des peptidases clivent la protéine pour ne garder que la
protéine mature.

Mécanisme général : séquence avec un signal qui montre sa destination, reconnaissance par des
récepteurs spécifiques soit solubles soit transmembranaires, ouverture d’un canal translocateur
(protéine hydrophobe) etc.
Les protéines fabriquées par des ribosomes associés au réticulum endoplasmique -> passage dans le
golgi, les lysosomes ou à l’extérieur de la membrane par des vésicules.
Tous les ribosomes sont libres à la base, c’est à partir de la synthèse de la protéine que le ribosome
qui traduit cette protéine s’associe au réticulum endoplasmique (membranaire ou suit la voie
sécrétoire). Fixation de l’ARN induit l’association.

 Besoin de séquences spécifiques appelées séquences signal. Expérience de BLOBEL :


séparation des organites par centrifugation différentielle. Il a utilisé deux réticulums
endoplasmiques pour les séparer (rugueux d’un côté et lisse de l’autre).

Centrifugation par gradient de densité (densité à l’équilibre): chaque organite trouve sa place


avec un gradient extérieur.
Microsomes : fragments de réticulum endoplasmique, donc séparation de microsomes lisses et
rugueux (ribosomes associés). Les rugueux ont donc une densité plus forte que les lisses.

Protéine = structure primaire d’acides aminés et ponts disulfures, sous-unités associées par des
forces ioniques etc dans une conformation finale.
Utilisation d’agents dénaturants (font perdre leur conformation), réducteurs, qui rompent les ponts
disulfures et liaisons faibles (chaleur). Pour éviter que les charges jouent sur la séparation des
protéines, on neutralise leurs charges par du détergent (-> mêmes charges négatives).
Comment maintenant séparer les protéines ? Fabrication d’un gel par polymérisation (gel de
polyacrylamide, SDS-PAGE). Dépôt des protéines sur un gel, mise en électrophorèse avec ajout
préalable de bleu de bromophénol ce qui permet de suivre les protéines. Bleu de coomassie permet
de visualiser la protéine après migration. A la fin, les protéines ont migré par leur poids moléculaire.

Par connaitre la nature de la protéine, il faut insérer des anticorps dans le gel. + transfert de
toute les protéines sur une membrane (plus facile de travailler ainsi).

Blobel 2 : traduction in vitro ! Besoin des ARN de transferts, de facteurs de traduction, d’énergie et
d’acides aminés radiomarqués pour traduire une protéine. Il a utilisé des protéases : protéines, cad
acides animés (beaucoup). Incubation puis électrophorèse et autoradiographie. Température joue un
rôle sur la fluidité de la membrane et donc sur le fonctionnement d’une cellule (=37°C température
d’exp)
Donc quelque chose protège des protéases ! La traduction a bien été effectuée, mais en présence de
protéase on clive la protéine et il ne se passe rien.
L’ARN messager trouve sa destination à partir du peptide signal, la protéine traverse le canal et les
protéases ne peuvent pas traverser la bicouche lipidique : la protéine est protégée ! Donc à partir
d’une séquence signal, on trouve un récepteur cytoplasmique, puis un récepteur membranaire, et
donc passage du complexe translocateur.

On parle de reconnaissance de la séquence signal par un récepteur SRP. Le ribosome est conduit vers
la membrane du réticulum endoplasmique (rugueux), le récepteur membranaire reconnait SRP et le
ribosome donne la protéine qui traverse le complexe de translation. Peptidases à l’intérieur de la
lumière qui clivent la séquence signal si la protéine doit rester dans le réticulum endoplasmique.

Cas des protéines transmembranaires : l’extrémité C-terminale est cytoplasmique et doit le rester. Le
signal est clivé par la peptidase à l’intérieur de la lumière du réticulum, la protéine apporte des
séquences topologiques dans la traduction ce qui montre quel endroit doit être transmembranaire
ou pas (séquence qui donne une hélice ou des feuillets, donc acides aminés spécifiques qui signalent
la partie qui doit rester à l’intérieur). Clivage immédiat, libération de la partie amino-terminale dans
la lumière et du reste (c terminale) à l’extérieur, du côté cytosol.

Si orientation inversée et que amino-terminale doit rester à l’extérieur, le mécanisme est pareil : la
séquence signal est cette fois ci interne. Elle n’est pas amputée mais conservée !

Toutes les séquences d’AA sont topologiques et assurent soit l’ancrage de la protéine, soit son
orientation. Transport par les vésicules = même orientation jusqu’à sa destination finale.

Protéine : deux extrémités : partie amine (NH2) et partie carboxyle (COOH) basée sur une liaison
peptidique.
Maturation :
A partir de la traduction, il y a une étape co-traductionnelle : le début de la glycosylation des
protéines (ajout des sucres sur les protéines). Elle n’arrive que dans des acides aminés spécifiques.
Dans la membrane du réticulum endoplasmique il y a un lipide, de dolichol phosphate, associé à une
partie oligosaccharitique : ce sont les différents sucres qui sont transférés sur la protéine synthétisée,
sur une Asn asparagine. La chaine de sucre a les trois glucoses qui sont importants : étapes de
validation de la protéine, de sa conformation finale etc à l’intérieur du RE. Ils guident ce qu’il va se
passer après pour la protéine. Des protéines chaperons prennent en charge la protéine et la valident
ou non (synthèse, orientation etc). La plus importante : BIP qui se fixe sur les parties hydrophobes de
la protéine pour l’empêcher de faire des agrégats. D’autres catalysent l’info des ponts disulfures.
L’environnement est très oxydant, donc autres protéines qui valident des ponts disulfures etc

A l’intérieur du RE, des enzymes enlèvent les glucoses pour vérifier que la protéine a bien sa
conformation. A la sortie, la protéine n’a donc plus de glucose (si tout vas bien).
Si la protéine n’est pas correcte (encore un ou + glucose), elle refait deux étapes pour corriger les
problèmes. Sinon, il y a un signal qui fait que la protéine va vers le protéasome (voie de dégradation).

Ce qu’il faut retenir :


La traduction se fait dans le cytosol sur les ribosomes, grâce à l’ARNm. Soit les ribosomes le font
librement, soit ils viennent se fixer sur la membrane du réticulum endoplasmique. C’est la séquence
signal de la protéine qui guide le lieu de la traduction. La structure primaire de la protéine est sa suite
d’acides aminés, mais sa fonctionnalité dépend de sa structure tertiaire ou quaternaire. Pour passer
de sa structure primaire à secondaire, il y a formation de liaisons ioniques ou hydrogènes ou
hydrophobes. Le signal peptidase clive la protéine qui se retrouve ensuite au niveau de la membrane
ou de la lumière du réticulum. Une seconde enzyme (N glycosyl transférase) transmembranaire
transfère un bloc d’oligosaccharides de dolicholphosphate sur la protéine en train d’être
synthétisée : c’est la glycosylation. Elle est ensuite prise en charge par des protéines chaperons, qui
l’aident à obtenir sa structure secondaire et ses autres structures nécessaires à son fonctionnement :
elle doit ainsi former différents ponts disulfures. Ils se forment entre différents acides aminés ou
différentes sous-unités, et se forment à l’intérieur du réticulum. SI tout se passe bien, la protéine
sortira du réticulum avec sa conformation finale (tertiaire ou quaternaire), sans glucoses mais avec
quelques sucres encore. A partir du moment où il y a un sucre sur une asparagine, on appelle ça la N-
glycosylation. Si la protéine ne sort pas en bon état, elle peut recommencer des étapes pour avoir
tous ses ponts disulfures ou être dégradée. -> ERAD ?

La protéine qui sort du réticulum est fonctionnelle, elle doit alors trouver son organite de
destination. Il se peut cependant que certaines protéines soient des mutations, ce qui stresse le
réticulum endoplasmique et entraine une inflammation de la cellule : c’est le contrôle de qualité de
la cellule (maladies neurodégénératives, etc …).

Voies possibles à la sortie du réticulum endoplasmique : le trafic vésiculaire.


L’appareil de Golgi est polaire : ses trois parties ont une importance dans le trafic des protéines. Si
une protéine est transmembranaire, elle est sur la membrane de la vésicule.

Le Golgi permet la maturation d’une protéine (glycosylation par exemple) et le tri des protéines vers
les organites de destination finale.
Les vésicules se détachent du réticulum endoplasmique pour trouver le réseau cis-golgi
(phosphorilation des mannoses dans le bloc des sucres sur la protéine cad mannosidase), dans le
médium Golgi (addition de sucres) puis dans le transGolgi (addition et suppression de sucres).

Lorsqu’on arrive vers la fin du Golgi, il ne reste que trois mannoses sur la protéine (ce sont des étapes
de maturation) + ajout de sucres sur la protéine ce qui donne une structure à complexe
d’oligosaccharides.
L’enzyme endo glycosidase H (endo H sensitive) coupe les sucres simples, mais les sucres complexes
lui résistent. Le type des sucres ajoutés est important : ils portent de l’information.
Si une protéine n’a que des oligosaccharides complexes, elle utilise la sécrétion régulée. S’il y a un
complexe riche en mannose, la protéine va vers la sécrétion constitutive. Une protéine avec trois
mannoses dont une phosphorylée (mannose-6-p) suit la voie lysosomiale.
La glycosylation commence au niveau du réticulum et continue dans le golgi, mais il y a également
des modifications post-traductionnelles.
Après passage dans le golgi, la protéine est mature. Elle porte des sucres (oligosaccharides) et des
ponts disulfures à l’extérieur et un phosphore dans le cytoplasme, peut contenir une partie
transmembranaire …
Différents sucres = guides ! C’est le motif oligosaccharide qui décide de l’organite final pour la
protéine. (+schéma voies possibles à la sortie de l’appareil de golgi)

Toutes les protéines portant de la mannose-6-phosphate (glycosylation s’arrête à son addition, donc
dans le cis golgi) sont reconnues par un récepteur -> il guide la vésicule vers les lysosomes, la
molécule peut travailler en pH acide (protons, donc pompe qui nécessite une dépense d’ATP). S’il y a
un problème de récepteur, il y a accumulation des protéines qui ne peuvent pas être dégradées
(maladies de surcharge lysosomiale). Le lysosome est un carrefour important dans la cellule car
beaucoup de voies d’endocytoses y arrivent pour la dégradation et la récupération de matière
première).

Modalités du transport vésiculaire


Les vésicules qui assurent les transports entre les organites pour faire l’exocytose ont un diamètre
jusqu’à 100nm et couvertes d’un manteau de protéines spécifiques qui donnent un signal guidant
pour une destination finale spécifique. Les molécules transportées sont appelées cargos -> regrouper
les cargos dans un endroit donner et les amener vers un organite receveur.

Clathrine : protéine de manteau de vésicule (endocytoses et exocytoses vers une sécrétion régulée).
Grâce à sa forme, elle forme un triskèle et beaucoup de molécules peuvent donc s’accrocher pour
former un polyèdre : une « cage à clathrine ». La clathrine se lie avec une adaptine (adaptateur) pour
se coller à la membrane d’une vésicule via un récepteur. A partir du moment ou un cargo trouve son
récepteur, celui-ci change de conformation pour interagir avec l’adaptine et donc indirectement avec
la clathrine. Les ligands sont accumulés dans un endroit, ce qui leur permet de trouver des
récepteurs plus vite et de former des mêmes vésicules. La clathrine induit une fluidité de la
membrane afin de former une vésicule. Lorsque la vésicule est formée, les adaptines s’en détachent :
la vésicule est « nue » et doit trouver son organite final.

La protéine de dynamine permet la fission des vésicules (séparation avec la membrane) et fait le lien
avec les microtubules. Elle a besoin de GTP pour effectuer cette action, elle clive la vésicule formée
du reste du compartiment donneur. L’accostage d’une vésicule dépend du type de v-SNARE qui
l’équipe : elle doit trouver une protéine t-SNARE avec qui interagir. Ces couples sont spécifiques, ce
qui permet à la vésicule de trouver son organite. (RER -> réseau cis-golgien -> saccule médian-golgien
…). Les protéines SNARE interagissent pour rapprocher la vésicule du comportement accepteur.
La fusion vésiculaire comporte 5 étapes successives :
-Accostage : rapprochement des v-Snare et t-snare
-Laçage des snares
- Accolement des membranes
- Hémi-fusion
- Fusion complète
Les protéines Rab sont liées avec GTP (utilisent de l’énergie) mises en place lorsque la vésicule est
formée, et avec un récepteur situé sur le compartiment cible. C’est elle qui fait le rapprochement
entre v et t snare.

Les sécrétions des protéines se font à des moments particuliers, les molécules sont stockées dans le
transgolgi en attendant.

Vous aimerez peut-être aussi