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Les agents infectieux:

mécanismes d’action sur l’organisme


humain et réponse de l’hôte

Pr Catherine Neuwirth
Laboratoire de Bactériologie
catherine.neuwirth@chu-dijon.fr
LES AGENTS INFECTIEUX

CLASSIFICATION
INTRODUCTION

On distingue 5 types d’agents infectieux :

• Les bactéries
• Les virus
• Les parasites
• Les champignons
• Les prions=agents infectieux non conventionnels.
Les bactéries
LES BACTERIES SONT DES ORGANISMES
DIFFERENTS DES VIRUS
• Bactéries : procaryotes, pas de « vrai » noyau

• BACTERIES VIRUS

Grandeur 1µm environ 100fois plus petit

Acides nucleiques: ADN + ARN ADN ou ARN

Multiplication par scissiparité multiplication par


toutes les 20 min une cellule hôte
STRUCTURE D UNE BACTERIE
Le cytoplasme
- riche en eau

- 1 chromosome, des ribosomes, ARN


(synthèse protéique)

- glycogène (réserve énergétique)

- (un ou plusieurs plasmides ou 0)


Chromosome

• un
• ADN double brin
• compactage
• pas d’enveloppe nucléaire
• 2 à 7 millions pb
Plasmide

• pas toutes les bactéries


• un ou plusieurs
• ADN bicaténaire
• réplication autonome
• rien d’indispensable à la vie bactérienne
• virulence
• résistance aux antibiotiques
Membrane plasmique

 barrière sélective
 double couche lipidique
 protéines enchâssées (contrôle flux d ’entrée et de
sortie de la cellule)
 mosaïque fluide
Peptidoglycane
Bactéries à GRAM +

Peptidoglycane
(Rôle dans la pathogénie)

Paroi
Bactéries à GRAM-

ME
Peptidoglycane

Espace periplasmique
Coloration de Gram:

Perméabilité plus grande des bactéries à Gram - à l’alcool

Violet de gentiane: tout est violet

Lugol-iode: mordant qui renforce le violet

Alcool à 90°C: chasse le violet des Gram - (décolorés), pas des Gram + (violet)

Fuchsine : colore en rose les Gram-, les Gram + restent violet


Bactéries à GRAM- : membrane externe

ME
Peptidoglycane

Espace periplasmique
Lipopolysaccharide (LPS)

ME
Peptidoglyca
Espacene
periplasmique

- Endotoxine thermostable (lipide A)


- Importance dans la physiopathologie des infections graves: choc septique
par réponse inflammatoire de l’hôte.
- DL 50 basse
- Contrôle des produits injectables
Capsule
Pili (G-)
• bâtonnet creux situés dans la membrane externe
• adhésion aux cellules
• +++pathogènes

Pili sexuels
•plus longs
•impliqués dans le transfert d’ADN (facteur F)
Flagelles
•un ou plusieurs
•mobilité
spores
• Bacillus et Clostridium
• conditions défavorables de survie: spores
• contient: génome, cytoplasme déshydraté+enveloppe
résistante (désinfectants inactifs)
• conditions favorables ; germination
• contamination tellurique (charbon, tétanos)
• contamination endogène ou nosocomiale (diarrhée à
Clostridium difficile)
Classification bactérienne

• Selon morphologie: forme et Gram


• Selon métabolisme respiratoire
• Selon pathogénicité
• Bactéries d’intérêt médical: portion infime du monde
bactérien
Atmosphère

1: aérobie strict
2: microaérophile
3: aéro-anaérobie
4: anaérobie strict

Adjonction de CO2: 5%
LES COCCI

Diplocoques en « grain de café »


Neisseria

Cocci en chainettes
streptocoques

Cocci en grappe de raisin


Staphylococcus
LES BACILLES

coccobacille Bacille à Gram négatif Bacille à Gram positif


Ex: Escherichia coli Ex: Bacillus anthracis
PRINCIPALES BACTERIES »MEDICALES »

• COCCI GRAM + staphylocoques


streptocoques (groupables ou non), pneumocoque

• COCCI GRAM - méningocoque


gonocoque

• BACILLES GRAM + corynebactéries


Listeria
Bacillus
Clostridium

• BACILLES GRAM- entérobactéries, Pseudomonas, Bordetella, Haemophilus


PRINCIPALES BACTERIES « MEDICALES »

• BACILLES GRAM - Brucella


Bordetella
Haemophilus

Salmonella
Shigella
Yersinia
E. coli
Klebsiella
Enterobacter ENTEROBACTERIES
Serratia
Hafnia
Citrobacter
Proteus

Pseudomonas
Pasteurella
Aeromonas

Anaérobies ex: Bacteroïdes


PRINCIPALES BACTERIES »MEDICALES »
Tréponème syphilis

Leptospires fièvre ictéro-hémorragique

Borrelia maladie de Lyme

Vibrio cholera

Mycoplasma infections génito urinaires ou pulmonaires

Chlamydia infections génito urinaires ou pulmonaire ou trachome

Rickettsia, Coxiella et bactéries apparentées (fièvres accompagnée ou non


d’exanthème ex: typhus,fièvre boutonneuse méditerranéenne)

Mycobactérie et BK (Bacille de Koch) tuberculose (BK), infections à


mycobactéries atypiques
Flore cutanée

• 102 à 106/cm2 selon la topographie


• Germes Gram+ potentiellement peu pathogènes
(staphylocoques à coagulase négative, corynébactéries)
• Flore transitoire (TD, rhinopharynx): entérobactéries,
staphylocoque doré, streptocoques, et toute bactérie de
l’environnement
Flore digestive

La plus abondante et la plus importante

Bouche: germes du rhinopharynx (streptocoques+++)


et de la plaque dentaire : 108 par ml de salive

Estomac: flore pauvre (acidité)

Flore colique riche et variée:


1011 à 1012 germes par gramme
(99,9% d’anaérobies dont Bacteroides et Clostridium)
entérobactéries (Escherichia coli, Proteus, Klebsiella, Enterobacter,..)
flore de barrage: les antibiotiques détruisent cette flore
Flore génitale

• Streptocoques (dont groupe B)


• Corynébactéries
• Lactobacille
• Bifidobacterium
• Flore cutanée dans le premier cm de l’urèthre
• Colonisation par la flore digestive fréquente
Flore arbre respiratoire supérieur

• staphylocoque doré (fosses nasales+++)


• streptocoques (dont pneumocoque)
• Haemophilus
• Neisseria (portage parfois de méningocoque)
• corynébactéries
• anaérobies
• bactérie commensale
vit sans causer de préjudice à l’hôte
Différents territoires de notre corps ont des flores particulières (ex: peau,
tube digestif,ORL, génital, ..). Ces flores sont normalement non pathogènes
et utiles ( Effet « barrière ») flore saprophyte # flore commensale
• bactérie pathogène
entraîne une maladie chez tout hôte
Salmonella, Shigella, Brucella, gonocoque, BK,

• bactérie pathogène opportuniste


habituellement inoffensive, pathogène si se retrouve dans pour le
sujet fragile ou si se trouvent dans un site normalement stérile (E. coli et
urines)
Bactéries dangereuses pour le patient et le
personnel

• Salmonella, Shigella: risque de diarrhée. Lavage mains +++

• BK: port de masque dès que suspicion médicale avant


résultats de bactériologie

• Méningocoque; méningite dont la prophylaxie est la


rifampicine et la vaccination (A et C, pas B). Personnel dans
l’ambulance et qui a été en contact étroit avec le patient.
Bactéries « dangereuses » pour le patient et pas
le personnel: les BMR
• Bactéries multirésistantes aux antibiotiques: danger car peu de
ressources thérapeutiques en cas d’infection

• Pas de risque pour la santé du personnel (femmes enceintes) ni de


son entourage (mucoviscidose, cancéreux) à condition de respecter
les règles élémentaires d’hygiène

• Responsabilité du personnel : mettre tout en œuvre pour éviter la


propagation de ces bactéries résistantes
Les virus
1. structure générale

- de très petite taille de l’ordre du nanomètre,


observables au microscope électronique.
- parasites intracellulaires obligatoires.
- son principe est de détourner à son profit le
fonctionnement d’une cellule après l’avoir parasitée
1. structure générale

Génome : 1 seul acide nucléique :


ARN : Grippe, HIV…
ADN : Herpès, V hépatite B…

Capside : « boîte » protéique,


cubique ou hélicoïdale
Enveloppe ou non
2. parasitisme intra-cellulaire

• Chaque type de virus ne peut infecter qu’une gamme limitée de


cellules hôte : notion de spectre d’hôte
• L’identification de la cellule hôte se fait par un mécanisme de type
« clé-serrure » entre certaines protéines virales et certaines protéines
cellulaires
– Spectre d’hôte large : le virus peut contaminer plusieurs espèces (ex :
Virus de la rage)
– Spectre d’hôte étroit : le virus ne peut contaminer qu’une seule espèce
(ex : HIV)
• les virus des eucaryotes sont en général propres à un tissu
– Grippe et cellules respiratoires,
– HIV et lymphocytes T4.
3. Leur classification

• En fonction du génome, il existe deux grands groupes:


– les virus à ARN : hépatite A, rubéole, grippe.
Mutations génétiques fréquentes
– les virus à ADN : hépatite B, varicelle, herpès.
• En fonction de l’existence d’une enveloppe ou non
– Virus nus : transmission interhumaine indirecte ou directe (Rotavirus,
hépatite A…).
– Virus enveloppés (peu résistants aux détergents, chaleur/dessiccation) :
transmission interhumaine directe (HIV, virus de l’hépatite B,virus de
l’hépatite C,virus de la Grippe…).
VIRUS A ADN
Famille des Herpès-virus
virus de l’herpès simplex(HSV 1 et 2)
virus de la varicelle et du zona(VZV)
cytomégalovirus( CMV)
virus d’Epstein-Barr (EBV)

Virus de l’hépatite B, virus de l’hépatite D

Parvovirus B19
VIRUS A ARN
-Orthomyxovirus:virus de la grippe
-Paramyxovirus:
virus de la rougeole,
virus des oreillons,
virus respiratoire syncitial(VRS)
-Entérovirus :Echovirus, Coxsakievirus
-Rhinovirus
-Rotavirus
-Virus de l’hépatite C,V.de la fièvre jaune
-Virus de la rubéole, Virus de la rage
-Virus HIV1 et virus HIV2
LES PARASITES
Un parasite : organisme qui vit aux dépens d’un
individu d’une autre espèce dont il altère la
santé.

Le réservoir : élément dans lequel un parasite


se maintient et assure sa survivance.
• Le vecteur est l’agent qui transmet le
parasite.
• L’hôte intermédiaire est l’être vivant dans
lequel le parasite séjourne pour devenir
infestant.
• L’hôte définitif est celui qui héberge la
forme adulte du parasite.
1.classification des parasites

On distingue deux grandes familles d’endoparasites:


• Les protozoaires : organismes unicellulaires eucaryotes (c’est-
à-dire possédant un noyau contrairement aux bactéries qui sont
des procaryotes) Leur reproduction est très complexe et peut
être sexuée ou non sexuée.
– Plasmodium falciparum (agent du paludisme)
– Toxoplasma gondii (agent de la toxoplasmose)
– Entamoeba histolytica (agent de l’amibiase)
1. classification des parasites
• Les helminthes, pluricellulaires (les vers) :
les nématodes ou némathelminthes : vers ronds, non
segmentés
– le trichocéphale (Trichuris trichiura, agent de la
trichocéphalose),
– l’oxyure (Enterobius vermicularis),
– l’ascaris (Ascaris lumbricoides responsable de
l’ascaridiose)….
les plathelmintes: vers plats
• en trématodes non segmentés (douves,
schistosomes=bilharzies, …) et
• en cestodes segmentés (ténia, Echinococcus, …)
Douve du foie
Ascaris

Ténia

Filaire de Médine
1. classification des parasites

Les ectoparasites
= parasites de la peau ou des phanères(cheveux, poils, ongles )

le sarcopte de la gale ( Sarcoptes scabiei )


les poux ( Pediculus capitis et P.humanus )
les morpions ( Phthirus pubis )
Sarcoptes scabiei
LES CHAMPIGNONS
• Les mycoses sont des infections superficielles
(cutanées, muqueuses) ou profondes (organes)
dues à des champignons.

synonyme: « infections fongiques »


1. structure générale
Les champignons sont
constitués :
- d’éléments unicellulaires :
levures (ex. : Candida)

- de filaments mycéliens :
Dermatophytes, Aspergillus,
Pénicillium
2. La classification
morphologique
1.1 Les champignons filamenteux
• Les moisissures
(Ex: Aspergillose : affection opportuniste)
• Les dermatophytes se développant dans la
couche cornée de l’épiderme et dans les
phanères (ongles, cheveux, poils)
(Ex: teignes, eczéma marginé au niveau des
plis, onychomycose au niveau des ongles)
2. La classification morphologique

1.2 les champignons levuriformes


Il existe de nombreuses espèces de levures, de
forme arrondie
Ex: candida dont l’espèce principale est le
Candida albicans
3. Facteurs favorisant les
mycoses
• L’humidité, la macération des muqueuses.
• Un terrain fragilisé ou immunodéprimé.
• Les antibiotiques, les immunosuppresseurs
(corticoïdes, antimitotiques).
• Les brûlures étendues ou les rayons X.
LES PRIONS
Le prion

• Maladies à prions : maladies rares et constamment mortelles touchant


le cerveau et se développant aussi bien chez l’homme que chez l’animal.
• Epidémie d’encéphalopathie spongiforme bovine (ESB) ou
« maladie de la vache folle » au milieu des années 1980 en Grande
Bretagne. Diffusion de la maladie en raison des modifications des
procédés de fabrication des farines servant à nourrir le bétail au début des
années 1980 (diminution des températures de chauffage).
• Maladie de Creutzfeld Jakob : c’est la maladie à prion la plus
connue chez l’Homme.
1. structure générale
• Le prion
Maladies à prion sont transmissibles : bactérie, virus ????
Mais 1) aucune identification de microorganisme
2) les tissus restent infectieux après traitement par la chaleur ou les
rayons UV
 Agent infectieux d’une autre nature.
En 1982, S.B Prusiner a émis l’hypothèse que l’agent infectieux était une
protéine
Le prion = protéine dont la séquence en acides aminés est identique à celle
d'une protéine normale, présente chez tous les mammifères : la protéine
PrPc. C’est un constituant des membranes cellulaires, des neurones en
particulier.
1. structure générale

• Le prion, forme pathogène : PrPsc,


(scrapie) a des propriétés anormales :
– présente une conformation
spatiale différente.
– n’est pas détruite par les enzymes qui
digèrent la forme normale.
– s’accumule dans le cerveau des patients
formant des dépôts.

Prusiner (Nobel 1997) : Une molécule de PrPsc peut convertir des


molécules de PrPc d’une forme normale vers une forme anormale qui
peuvent à leur tour convertir d’autres protéines normales vers des formes
anormales… phénomène en cascade.
2. Caractéristiques
• Le prion : Caractéristiques physico chimiques étonnantes !

– Résiste à formol 10%, glutaraldéhyde, pH acide, uv, nucléases…


– Inactivé par :
• autoclavage à 134°C 18 mn
• Soude 1N 1 heure à 20°C
• Eau de javel 1 heure à 20°C.
Conséquences sur la prise en charge du matériel médical
Les agents infectieux

et mécanismes d’action sur


l’organisme humain
• Relation hôte-agent infectieux
• Modes de transmission des agents infectieux
• Les facteurs de sensibilité
• La notion de résistance
Relation hôte-bactérie
généralités

• Bactéries commensales, pathogènes, ou


pathogènes opportunistes
• Colonisation: implantation de la bactérie sans
causer de maladie (porteur sain)
• Infection: implantation de la bactérie ET
maladie
Relation hôte-agent pathogène
différentes voies de transmission
Directe
contact direct avec individu infecté
– cutanéomuqueuse: infection sexuellement
transmissibles (gonocoque, hep B, syphilis),
gale, poux
– goutelettes: BK, méningocoque, grippe
– materno-foetale: streptocoque B, Listeria, VIH
– morsure,…
Relation hôte-agent pathogène
différentes voies de transmission
Indirecte
Existence d’un intermédiaire

-objet: aiguille+++, stéthoscope, surfaces, peigne

-eau: salmonelles, choléra, légionelles (aérosols)

-aliment contaminé: Listeria, salmonelles,

- MAINS: toutes les bactéries


Relation hôte-agent pathogène
différentes étapes pour l’agent infectieux

• Adhésion sur sa cible


• Multiplication
• Diffusion
• Secrétion parfois de toxines
• Erédication ou persistance de l’agent
infectieux
(échec du système immunitaire)
Relation hôte-agent pathogène
défenses de l’hôte

• Moyens anatomiques: peau, secrétions


bronchiques, cils bronchiques, pH gastrique,
• Système immunitaire: anticorps, lymphocytes,
polynucléaires, macrophage
• Problème quand moyens anatomiques lésés
ou
immunité déficiente (Kc, VIH, corticoïdes, âges
extrêmes)
Relation hôte-bactérie
défenses de la bactérie

• Capsule

• Biofilm (poumon++, matériel implanté)

• Résistance aux antibiotiques


Conclusions

• Nous sommes entourés et peuplés de


microorganismes
• Pouvoir pathogène augmenté chez
l’immunodéprimé
• Déséquilibrage des flores par les antibiotiques
• Rôle de la transmission interhumaine par les
mains