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UNIVERSITE DE JIJEL

L.M.D MICROBIOLOGIE

LES
INFECTIONS
URINAIRES

Réalisé Par:

M. Bilal

Y.Rahima
1- INTRODUCTION :
L’homme peut être victime de différents types d’infections
causées essentiellement par des microorganismes pathogènes tels
que : bactéries, parasites, virus.

Ces infections plus au moins graves nécessitent souvent la


réalisation d’un examen cytobactériologique comme dans le cas des
infections urinaires à fin d’arriver à une antibiothérapie efficace.

Enfin, comment peut-on donc définir une infection urinaire et


quelles sont les étapes de l’examen cytobactériologique dans ce
cas ?

2- DEFINITION DE L’INFECTION URINAIRE :


C’est la présence de germe pathogène dans l’urine à l’intérieur
des voies excrétrices, l’infection urinaire peut être aigu ou
chronique. Elle peut être asymptomatique et ne se manifeste que
par une bactériurie comme elle peut être accompagnée de fièvre et
des douleurs au niveau de lombaire. [1]

3- LES PRINCIPAUX GERMES EN CAUSE DE


L’INFECTION :
IL existe plusieurs germe qui peuvent être à l’origine des
infections urinaires.ces dernières sont répartis de la manière
suivante :

– En pratique ambulatoire ; E. coli prédomine largement (80à90%),


du moins lors des première infections, suivi par Proteus
(mirabilis), Klebsiella ; entérocoques.
Á noter l’émergence de Staphylococcus saprophyticus affectant
plus volontiers les jeunes femmes.
– En cas de récidives, la fréquence des Klebsiella et Proteus
augmente.
– Les patients relevant de chirurgie urologique ou porteur de
sonde à demeure sont particulièrement exposés en outre à des
espèces multi résistantes telles que :
Klebsiella, Serratia, Enterobacter, Pseudomonas, tout
représentatives de l’environnement hospitalier.
– Des espèces exigeantes peuvent elle aussi être responsables
d’authentiques infection (Mycoplasmes, Lactobacilles,
Gardnerella, Corynébactérie groupe 02, Haemophilus…). [2]

1- PHYSIOPATHOLOGIE :
La flore digestive normale est habituellement le réservoir des
bactéries des infections urinaires. L’urine et l’arbre urinaire sont
normalement stériles. La colonisation microbienne se fait par un chemin
inverse de l’écoulement de l’urine :

Périnée urètre vessie uretère bassinet


rein

Les trois premières étapes peuvent induire une infection urinaire basse
(cystite) , les trois derniers une infection urinaire haute (pyélonéphrite).

Cependant d’autres facteurs peuvent augmenter le risque des


infections urinaires comme les anomalies anatomiques (malformation) ou
des anomalies fonctionnelles (ex : personne diabétiques). [3]

Enfin ; la colonisation par les bactéries peut arriver aussi lors de la


manipulation des sondes urinaires c'est-à-dire lors du sondage ou au cours
de la manipulation du système de drainage. [4]

2- EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE DES URINES :


L’examen cytobactériologique des urines comprend plusieurs
étapes .chaque étapes doit être réalisé soigneusement toute en
respectant les règles d’asepsie.

5.1 LE PRELEVEMENT : les urines sont recueillies de préférence le


matin où la première partie de la miction sera rejetée et seul le
milieu du jet sera recueilli dans un tube stérile. Le prélèvement est
acheminé au laboratoire au moins de deux heurs, et si on ne peut
pas réaliser l’analyse le tube sera conservé a +4°C pendant 24h. [5]

5.2 EXAMEN DIRECT :

a- EXAMEN MACROSCOPIQUE : ce dernier a peut d’intérêt


car il permet seulement de noter le différent aspect de l’urine
comme :

➢ Urine trouble (opaque ou translucide).


➢ Urine hématique.
➢ Présence de sédiment. [6]

b-EXAMEN MICROSCOPIQUE :

➢ EXAMEN CYTOLOGIQUE : c’est un examen quantitatif qui


effectué entre lame et lamelle sur cellule hématimétrique ou
sur cellule normale afin de dénombrer les éléments contenu
dans un volume d’urine.

Lorsque en utilise les cellules hématimétriques tels que :


cellules de Malassez ou de Nageottes la partie de l’urine
analysée n’est pas centrifugés et la numération des leucocytes
se fait par mm3 dans ce cas, une leucocyutrie

supérieur á 10 000 par ml (> 10 / mm3) est en faveur


d’une infection urinaire.

Cependant ; l’emploi de cellule normale impliqué


l’utilisation de culot obtenu par centrifugation des urines
(vitesse moyenne 1000 t / min) et le nombre de champs á
parcourir dizaine / cinquantaine). (Voir les tableaux 1 et 2) [6]

Les éléments dénombrés sont :

• Leucocytes : supérieur á 104 / ml.


• Les hématies : supérieur á 105 UFC/ml, qui proviennent
de l’agression de la muqueuse épithéliale vésicale.

Tableau 1 : expression quantitatif des leucocytes sur cellule normale :


Tableau 2 : expression quantitatif des hématies sur cellule
normale

Enfin ; d’autres éléments peuvent être observés comme :

• Les cellules épithéliales : qui résultent de la desquamation


naturelle.
• Les cylindres : sont des éléments de grande taille épousant la
forme d’une partie du tubule rénal ; ils peuvent être exclusivement
protéique (cylindres hyalins), comme ils peuvent provenir de la
dégénérescence de cellules épithéliales (cylindres granuleux). [6]

• Les cristaux : résultent de la précipitation des substances peu


solubles qui s’y trouvent pratiquement á l’état de solution saturée.
Selon le pH de l’urine certains cristaux sont retrouvés dans une
urine acide et d’autres dans une urines alcaline. (Voir le tableau 3)
[6]

Tableau 3: certains cristaux acides et alcalins

pH alcalin pH acide

Phosphates amorphes

Urates amorphes

Triple phosphates
Acide urique

Biurate d’ammonium

Oxalates de calcium

Phosphate de calcium

Cystine

Carbonate de calcium

Enfin ; ces cristaux peuvent être des substances de l’urine normale, ou de


substances anormalement présentes dans l’urine. (Voir le tableau 4)

Tableau 4: les cristaux de substances normales et anormales présentent


dans l’urine

Cristaux de substances présents Cristaux de substances


dans l’urine normale anormalement présentes dans
l’urine

Oxalate de calcium Leucine

Acide urique Tyrosine

Urates ammoniacaux magnésiens Cystine

Phosphate triple Sulfamides

Carbonate de calcium Cholestérol

Sulfate de calcium Elément minéraux amorphes


(Phosphates amorphes, Urates
amorphes)
Phosphate bi calcique

• Les parasites : comme le cas de Trichomonas vaginalis ou œufs


de schistosoms naematobium.
• levures et spermatozoïdes.

➢ EXAMEN BACTERIOLOGIQUE : c’est un examen qualitatif


réalisé lorsque les leucocyturie est supérieure á 104 / ml .ce
dernier consiste á colorer au GRAM le culot de l’urine
centrifugée pour avoir une aidée sur la population bactérienne
présente (cocci ou bacille á G(+) ou G(-), et orienter le chois
des milieux de cultures dans certains cas particuliers. [6]

Remarque : dans le cas où il y’a une leucocyturie sans


bactériurie, il faut réaliser une coloration de Ziehl-Nelson
(infection urinaire tuberculose).

5-3 MISE EN CULTURE : (dénombrement et isolement)

➢ La méthode de KASS :

a-Description de la technique : 0,1 ml d’urine bien


mélangée et diluée dans 9,9 ml d’eau distillée stérile á l’aide
d’une pipette calibrée á 0,1 ml ; puis 0,1ml de cette dilution
est ensuite aussitôt étalée sur une gélose nutritive avec un
râteau préalablement stérilisé. [6]

Une double dilution de l’urine est effectuée dans certains


situations : sondés et paraplégiques.

On ensemence parallèlement l’urine non diluée sur un


milieu sélectif (Hektoène, BCP ou Mac-conkey) qui permet
d’inhiber l’envahissement du proteus) ou enrichie (gélose au
sang) dans le cas ou en suspecte á l’examen direct ou au
GRAM des germes exigeants ou déficients. (Fig1)

Anse 0,1ml
0,1ml

Ensemencement
avec unrâteau

GN

HK. BCP. Mac Conkey


Urine 9,9ml d’eau physiologique
GSF

Isolement sur milieux sélectifs Numération bactérienne

Fig. 1 : DISCRIPTION DE LA METHODE DE KASS


5

b-La lecture : la numération se fait selon la formule de KASS :

N = n . 102 .10 bactérie /ml.

Ou : N : nombre de colonies sur la boite.

102 : inverse de la dilution.

10 : inverse de l’inoculum.

Nombre de colonie :
1-9 : 103 Bactérie/ml Numération
négative
10-99 : 104 Bactérie/ml Numération
douteuse
+ 100 : 105 Bactérie/ml Numération
positive

c- Interprétation :

-Chaque colonie qui pousse á partir de l’urine diluée


correspond á 1000 UFC dans 0,1 ml d’échantillon.

-une bactériurie significative est considérée devant une


numération > 100 colonies sur gélose nutritive ce qui
correspond á > 105 UFC /ml. (UFC est unité formant colonie).
[6]

➢ Autres méthodes : - méthode á l’anse calibrée -Lame


émergée.

5-4 Identification biochimique :

-les colonies suspectes sur le milieu BCP ou Mac-conkey


seront ensemencés dans des milieux de caractères
biochimiques identifiant les entérobactéries puis incuber á
35°c pendant 18-24 heurs.

-les colonies suspectes sur milieu GSF seront identifiées


selon les tests biochimiques spécifiques aux GRAM(+).
(Catalase….etc.) . [6]

5-5 Antibiogramme :

L’antibiogramme est réalisé sur une gélose de Muller-Hinton


avec un choix d’antibiotique qui se fera en fonction du germe
isolé.

1- CRITERES DE L’INTERPRETATION DE L’ECBU :


L’interprétation des cultures est basée sur les critères de KASS :

1- Bactériurie ≥105 UFC /ml avec un seul type de bactérie :


infection urinaire.
2- Bactériurie ≤ 103 UFC/ ml : absence de l’infection
urinaire.
3- bactériurie entre 103 et 105UFC/ml : zone d’incertitude,
elle est fonction de l’espèce bactérienne et du contexte
clinique à contrôler si
nécessaire.

KASS définit un seuil ≥ 105 UFC/ml comme étant significatif, alors


que dans plusieurs situations ce taux est revu à la baisse. [6]

Enfin; ces critères peuvent changer à cause de plusieurs


paramètres comme: le caractère mono- ou pluri-microbien des cultures,
ils sont résumés dans le tableau 4.

Tableau 4 : critères de l’interprétation de l’ECBU

7-Conclusion : Le meilleur moyen de lutte contre les infections


est la prévention cette

dernière peut être réalisée en appliquant les règles


d’hygiènes et en buvant
suffisamment d’eau.

7
Les différentes étapes de l’examen
cytobactériologique des urines

• Références Bibliographiques :

[1] : L. Lollet, V. Rossellat, 1990. Guide de prévention des infections. Press


art.geneve..page108.

[2] :M .vaubourdolle,2007. infectiologie. Le moniteur des pharmacies.


Tome3.page287 .

[3] :A. Bourillon. A. Benoist, 2009. Pédiatrie : conaissance et pratique.


4èmeedition. Masson.page424.

[4] :B. Debré, 2004. Urologie. Masson .page114-115.

[5] :F.Denis et al , 2007. Bactériologie médicale : Techniques usuelles.


MASSON., 569pages.

[6] : F. Djennane.D. Mohammedi.D. Tiouit.D. Touati.K. Rahal.2009.


Techniques microbiologiques : examen cytobactériologique des urines.
Institue pasteur.Alger.
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