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1ère année – 2014/2015 AM Davila , M Naïtali et C Tinsley

ÉCOLOGIE MICROBIENNE
MICRO-ORGANISMES ET
ACTIVITÉS HUMAINES
Présentation
Ecologie : essai de définition

 Du grec oïkos (demeure) et logos (discours,


science)

 Peut être définie comme l’étude des


écosystèmes par l’étude des rapports entre
les organismes et le milieu où ils vivent.
Représentation schématique d’un écosystème

ECOSYSTEME

ENVIRONNEMENT ABIOTIQUE COMMUNAUTE

INTERACTIONS
ENTRE TOUS LES Population A Population B Population C
COMPARTIMENTS

Individus
Interactions et complexité croissantes
Ecosphère

Biosphère

Biome

Biotique
Ecosystème Environnement Abiotique

Biocénose (communauté)

Population

Individu (ou cellule)

Etude des niveaux d’organisation supérieurs à l ’individu


Sommaire

 Effets des paramètres abiotiques sur les


populations microbiennes
 Interactions entre populations microbiennes
 Développement et évolution des populations et
des communautés
 Les écosystèmes microbiens et les hommes
Effets des paramètres abiotiques
sur les populations microbiennes

Influence sur les capacités de survie et de multiplication


Croissance en culture discontinue et isolée
Chez les
procaryotes

La cinétique de croissance se traduit par une « courbe de croissance « caractérisée par la succession de différentes
phases :
1 - Phase de latence : µ = 0
 Phase de démarrage : µ augmente
2 - Phase exponentielle : dX = µ.X.dt, µ = constante = µmax
3 -Phase de ralentissement : µ diminue
4 - Phase stationnaire : µ = 0
5 - Phase de lyse
Effets des facteurs abiotiques
Valeur
optimale

Taux de croissance
d ’un micro-organisme

Valeur
Valeur maximale
minimale

Valeur d ’un paramètre environnemental donné

• Un domaine est défini par les valeurs cardinales, spécifiques d’une


population clonale
• Les paramètres ne sont pas indépendants entre eux
Principaux facteurs abiotiques

 Température
Les plus  pH
importants
vs activités  Activité de l’eau ou potentiel hydrique
humaines  Potentiel rédox
 Présence de substances toxiques
 Facteurs énergétiques
 Radiations
 Composés organiques
 Composés minéraux (lithotrophes )
 Disponibilité des nutriments minéraux
Température
Température °C
Microorganisme Min. Max.

Psychrophile - 10 < + 20
Psychrotrophe 0 < + 45
Mésophile + 20 < + 45

Thermophile + 45 < + 90

Thermophile extrême > + 100


Generations/hr
Interactions entre populations
microbiennes

Une vision simplifiée


Interactions entre populations

Population A Population B
Neutralisme 0 0
Commensalisme 0 +
Synergisme (coopération) + +
Mutualisme (symbiose) + +
Compétition - -
Amensalisme (antagonisme) 0/+ -
Prédation + -
Parasitisme + -

0 pas d'effet
+ effet positif
- effet négatif
Neutralisme 0 0

 Pas d’interactions

 Populations ayant des fonctions et des capacités


métaboliques très différentes

 Favorisé par les faibles densités de population :


éloignement spatial, les 2 populations ne se « sentent pas »

 Favorisé lorsque les populations sont sorties de leur habitat


naturel
0
Commensalisme
 Les commensaux mangent à la même table
 Association fréquente mais non obligatoire
 La population non affectée modifie son
environnement
 Consommation d’oxygène, détoxification
Gélose profonde -
satellitisme  Excrétion de facteurs de croissance
 Modification d’état des nutriments (insolubles vers solubles
vers gazeux)
 Libération de composés à partir des matrices (ex :
environnement acide)
 Conversion d’une molécule organique par une population
en un substrat pour une autre population
 Cométabolisme
Synergisme

 Association non obligatoire basée sur la


complémentarité des métabolismes

Un exemple

 Syntrophisme : cas particulier connu essentiellement


pour le transfert inter-espèce d’hydrogène
(thermodynamique)
Mutualisme

 Synergisme ou syntrophisme
étendu
 Caractère obligatoire, du moins pour
la réalisation d’une fonction
particulière
 Relation relativement spécifique
 Demande une proximité physique
 Ex : Lichens (algues ou
cyanobactéries/champignon),
endosymbiontes de protozoaires
(Chlorella/Protozoaire)
Compétition
 Deux populations utilisent la même
source de nutriments, limitante, dans un
espace restreint
 Populations occupent la même niche
écologique
 Tend à l’élimination d’une des populations

Amensalisme
 Une population produit une substance toxique pour une
autre population
 Acides organiques ou minéraux
 Ethanol
 Antibiotiques ?
Parasitisme
 Relation obligatoire (pour le parasite) souvent basée sur un
besoin nutritionnel
 Suppose un temps de contact, physique ou métabolique, long
 Le parasite est souvent plus petit que l’hôte
 Exemples
 Bactériophages/bactéries
 Bdellovibrio (ectoparasite)/E.coli
 Myxobactéries (parasitisme à distance)

Prédation
 Suppose l’ingestion d’une proie par le prédateur
 Protozoaires/bactéries
 Différents types d’équilibres peuvent s’établir entre les
populations
Développement et évolution des
populations et communautés
Evolution des communautés microbiennes

 La mise en place d’une communauté implique des phases de


 Colonisation
 Succession

 Les communautés évoluent vers des situations d ’équilibres


(climax) par le jeu de l’adaptation et des sélections à l ’intérieur de
chaque populations et des interactions entre populations

 En microbiologie, les situations de climax ne sont pas toujours


possibles mais les successions tendent généralement vers une
homéostase maximum

(homéostase = capacité à assurer un retour à l ’état antérieur à la


suite d ’une pertubation)
%
70
60
50
40
30
20
10
Espèce 1
Espèce 2

Etablissement des
écosystèmes par vagues
Homéostase
Quelques lois
Loi de Shelford : loi de la tolérance

• La croissance et la survie d’un micro-organisme requièrent un ensemble


complexe de conditions physico-chimiques. Pour chacune de ces conditions et
pour chaque organisme, il est défini un domaine de tolérance au delà des limites
duquel l’organisme ne peut plus se développer.

Loi de Liebig : loi du minimum

• La production totale de biomasse d’une population est déterminée par le


nutriment présent à la concentration la plus basse (par rapport aux besoins de
l’espèce constituant la population).

• Les besoins variant avec chaque espèce, une population pourra se développer là
où une autre ne pourra pas.

• Cette loi implique que dans tout écosystème, il existe, pour une espèce donnée,
un facteur nutritionnel limitant.
Taux de croissance opt

Favorisés
min
max
quand la
source
Valeur d ’un paramètre environnemental donné
trophique est
importante

Favorisés
quand la
source
trophique est
Effet de sélection limitante
(D’après Edeline)
Mécanismes d’adaptation
 Les microorganismes ont une forte plasticité génétique
 Mutations
 Echanges génétiques

 Les microorganismes ont une forte adaptabilité physiologique


 Activation, inhibition de l’activité des enzymes
 Répression, induction au niveau de l’expression des gènes

 Au niveau des individus ou niveau des populations


 Adaptation
 Protection
Biofilm
Communautés de microorganismes, d’une structure définie tri-dimensionnelle,
englobées d'une matrice extracellulaire (polysaccharide, ADN, protéines . . . )
 constituées d'une ou, le plus souvent, de plusieurs espèces
 augmentation d’adhésion aux surfaces
 augmentation de la résistance aux attaques chimiques ou physiques
 développement coordonné des organismes constituants
 différenciation des cellules, nécessitant un système de communication

Center for biofilm


engineering, MSU,
Bozeman, Mo. USA

Pseudomonas aeruginosa, Bacillus subtilis,


microscopie confocale structures de sporulation

Greenberg (2003). Nature 424:134 Branda (2001). PNAS, 98:11621 JM Ghigo, Institut Pasteur, Paris
Communication intercellulaire et Quorum Sensing

Dans la communauté multicellulaire complexe,


le Quorum sensing est un moyen important de communication
 la communication inter-cellulaire est nécessaire pour l’organisation de la structure de la communauté
 des auto-inducteurs sont des petites molécules (peptides ou autres composés chimiques)
 leurs concentrations indiquent la densité de la population
 interprétées par les bactéries du biofilm, elles permettent la mise en place des réponses adaptées et
concertées de la communauté (coopération)

Faible densité bactérienne Forte densité bactérienne


faible concentration d’auto-inducteur haute concentration d’auto-inducteur
reconnaissance par le récepteur, transduction du signal
Les écosystèmes microbiens et les
hommes
Les écosystèmes microbiens et
les Hommes
Mers - Océans Fermentations
Microorganismes
Affinage des
Sol fromages

Environnement
Stations
Tube digestif d ’épuration

Animaux Plantes
Traitement des
Aliments boues

Intervention Création
Microorganismes et production agricole
Microorganismes et sols
 genèse et dégradation de
la structure
 modification de la
composition chimique
 Composant du rhizosphère

cordes produites par


Microcoleus spp.

Interactions avec les plantes


 symbiose  commensalisme
 amensalisme  parasitisme production de leghémoglobine
par Pisum sativum

Xylalla fastidiosa Fixation de N2, dans des nodules des Vesicules de Frankia sp.,
Erwinia amylovora
plantes et libre (sur agar sans source sites de fixation de N2
sur le pommier pathogène de la vigne d’azote). Rhizobium sp.

http://www.nysaes.c http://www.cnr.berkeley.edu/xyl
ornell.edu/pp/extensi ella/pictures/pd-tem1.jpg
on/tfabp/firepm.shtml

Dreyfus (1983). Appl. Environ. Noridge (1986). J. Bacteriol. 166:301


Microbiol. 45:711
Exemple du genre Nostoc
Cyanobacterium Nostoc commune
 photosynthèse
 fixation d'azote Nostoc pruniforme
http://www.flickr.com/pho
tos/52345239%2540N05/s
ets/72157625390470207/d
etail/&docid=w1LVqosVa
e_1AM&w=360&h=288& http://upload.wikimedia.org/wikip
edia/commons/thumb/d/d3/Cyano
ei=qKg7TtX- hétérocyste bacteriaColl1.jpg/800px-
CyanobacteriaColl1.jpg
JcjusgbZh4HwDw&zoom
=1&biw=1173&bih=766

Nostoc forme des symbioses avec plusieurs espèces de champignons, plantes


Cycads, Gunnera spp. …

http://academic
http://farm3.static.flickr.com/2201/2073042977
.reed.edu/biolo
_9c3c7bd146.jpg
gy/Nitrogen/Nf
ix1.html

http://www.exode-
tropical.com/documentation/fiches/fiches_especes/Cos
ta_Rica/pdf/vegetal/charte-article-gunnera.pdf

Glandes contenant
Nostoc sp.
Microorganismes et production agricole
Autres fonctions
 production de fumiers et composts
 agents de lutte biologique

Bacillus thuringiensis, pathogène de


différentes espèces d'insectes
Dan Mahr, University of Wisconsin - Madison
http://www.hort.wisc.edu/mastergardener/Features/inse
cts/insect%20control/insect%20control.htm

http://www.mddep.gouv.qc.
ca/pesticides/virus-
nil/bti/fig4.png

INRA Domaine Saint-Paul, Site Agroparc, 84914 AVIGNON CEDEX 9 © Jean-Claude Martin

 La toxine, présente sous forme de cristal parasporale,


ingérée par l'insecte, endommage l'épithélium intestinale
Toxine + spores de B. thuringiensis → mort des insectes
 Clonage des gènes « Bt » chez les plantes
Microorganismes et production agricole
Les microorganismes constituent une partie importante du cycle d’azote
 fixation ( Azotobacter . . . )
 nitrification
 et dénitrification ( Pseudomonas . . . )

NO3- NO2- NO N2O N2


nitrate réductase nitrite réductase NO réductase N2O réductase
NarK / NarG NirS NorC / NorB NosZ

O2 NO3- NO2- , NO

Bilan positif (dépollution), ou négatif appauvrissement des sols trempés, gaz à effet de serre ?
Traitements biologiques aérobies
Il existe aussi des traitements anaérobies

ADEME

Mudrack et Kunst, 1986


Biofilms
Utilisations des biofilms
 bioremédiation, dépollution
 bioréacteurs, bioconversions
Problèmes causés par des biofilms
 encrassement des appareils industriels
 foyers de contamination dans les industries agroalimentaires
 foyers d'infection en milieu hospitalier
 mécanisme de pathogénie lors des infections

Biofilm contenant Legionella


Anaerobic upflow pneumophila
bioreactor J.E. Stout, U. Pittsburg USA
Sonnenburg (2004). Nature Immunol. 5:569

Coupes transversales
de la plaque dentaire
Matières prétraitements,
Schéma type d'un procédé premières analyses

de fermentation
ajustement du pH Préparation du eau
milieu de
additions nutritives mélange
fermentation
évent ensemencement
milieu vapeur
Stérilisation
Chaîne
d'ensemencement
eau de agitation CO2, autres gaz
refroidissement aeration chaleur
mesures, contrôles Fermentation

filtration
séparation Séparation de Effluents
la biomasse

vapeur
air Isolement
moteur Effluents
du produit
précipitation
lié à un agitateur extraction
chromatographie
Purification Effluents
Modes de fonctionnement:
 Conduit en batch
 Conduite en semi-continue (= fed batch) Produit
 Conduite en continue Traitement
L'utilisation des microorganismes en bioindustrie
Produit Exemples des organismes impliqués

Alimentation pain, bière, vin Saccharomyces cerevisiae

produits laitiers, viandes et légumes bactéries lactiques


fermentés
sauce soja Zygosaccharomyces rouxii, Mucor spp. http://images.google.fr/imgres?imgurl=http://w
ww.umassvegetable.org/images/soils_crops_
pest_mgt/disease/bean_sclerotinia.jpg&imgre
furl=http://www.umassvegetable.org/soil_crop
_pest_mgt/disease_mgt/bean_sclerotina_blig
ht.html&h=364&w=450&sz=192&tbnid=qBAS
u2DWkBdJaM:&tbnh=100&tbnw=124&hl=fr&

vinaigre Acetobacter spp. start=4&prev=/images%3Fq%3Dsclerotina%2


6svnum%3D10%26hl%3Dfr%26lr%3D

http://res2.agr.ca/lethbridg
e/emia/images/SEMproj/C

Agriculture onmin.jpg

gibberelines Fusarium moniliforme


fungicides (controle biologique) Coniothryrium minitans
insecticides Bacillus thuringiensis
ensilages bactéries lactiques

Enzymes
(médecine, recherche, présure microbienne Rhizomucor miehei
chimie, transformation protéase neutre Aspergillus oryzae
des aliments …)
subtilisines Bacillus licheniformis
pectinases Aspergillus wentii
cellulase Trichoderma viridae
alpha-amylase, béta-amylase Bacillus subtilis, Aspergillus niger
amyloglucosidase Aspergillus niger
glucose isomérase Streptomyces olivaceus
invertase Kluveromyces spp.
lipases Candida cylindraceae
enzymes pour la biologie moléculaire Bacillus spp., Pyrococcus & autres
L'utilisation des microorganismes en bioindustrie
Produit Exemples des organismes impliqués

vitamine B12 Pseudomonas denitrificans, Propionibacterium


Vitamines freudenreichii
béta-carotène Blakeslea trispora
acide ascorbique 1 Acetobacter suboxydans
riboflavin B. subtilis

Acides L-glutamine Corynebacterium glutamicum

aminés L-Lysine Brevibacterium lacrofermentum


L-Tryptophan Klebsiella aerogenes

Polymères alginates 2 Azotobacter suboxydans

cellulose 3 Acetobacter xylinum

dextran Leuconostoc mesenteroides

gellan Sphingomonas paucimobilis


polyhydroxybutyrate Ralstonia eutropha
pullulan Aureobasidium pullulans
scleroglucan Sclerotium rolfsii
xanthan Xanthomonas capsulatus

1) principalement produit par synthèse chimique


2) le plus souvent extrait des algues découlant des choix économiques
3) surtout extrait de la matière végétale
L'utilisation des microorganismes en bioindustrie
Produit Exemples des organismes impliqués

Fuels, solvants, acétone Clostridium spp.


matières premières butanol Clostridium acetobutylicum
pour les synthèses
chimiques éthanol Zymomonas mobilis, Saccharomyces cerevisiae
glycérol Zygosaccharomyces rouxii
méthane archaebactéries méthanogènes

Acides organiques acide acétique Acetobacter xylinum


acide citrique Aspergillus niger, Yarrowia lipolytica COOH
acide fumarique Rhizopus spp.
COOH
acide gluconique Acetobacter suboxydans
O
acide itaconique Aspergillus itanconicus
HO
acide kojique Aspergillus flavus
acide lactique Lactobacillus delbrueckii
OH
O
Acides nucléiques 5'-inosine monophosphate Bacillus subtilis
5'-guanosine monophosphate Brevibacterium ammoniagenes
L'utilisation des microorganismes en bioindustrie
Produit Exemples des organismes impliqués

Alkaloïdes acide D-lysergique (synthèse d’ergotamine … ) Claviceps purpurea, C. paspali

aminoglycosides, streptomycine Streptomyces griseus


Antibiotiques beta-lactames Penicillium chrysogenum
et drogues
céphalosporines Acremonium chrysogenum
cytotoxiques
erythromycine Saccharopolyspora erythraea
doxorubicine Streptomyces peucetius
rapamycine Streptomyces hygroscopicus
cyclosporin Trichoderma polysporum
nisine Lactococcus lactis

Protéines recombinantes
hormone de croissance humain E. coli recombinant
Hormones insulin E. coli, levures recombinants

Enzymes (proteases, amylases …) améliorées E. coli, B. subtilis, Corynebacterium, levures recombinants


Autres modification des stéroïdes Arthrobacter spp., Rizopus spp.
vaccines Various
L'utilisation des microorganismes en bioindustrie
Avantages de l'utilisation des microorganismes
 plasticité métabolique
 facilité de manipulation génétique
 conditions de réaction « douces »
(n'impliquent pas de températures ou de pressions extrêmes)
 danger limité pour l'environnement (écotoxicité minimale)
 potentiel de production de molécules complexes
 régiospécificité des modifications enzymatiques
 potentiel de production de molécules stéréospécifiques

Inconvénients
 matériel très cher (technologiquement sophistiqué . . . )
 risque de contamination du processus
 difficultés éventuelles de la purification du produit

Le processus de biotransformation par les microorganismes, est-il plus efficace que


 le synthèse chimique ?
- ce question se pose en particulier pour des drogues semi-synthétiques
 l'extraction à partir d'un organisme « traditionnel » (plante verte, algue . . . ) ?
Le choix, et amélioration, des souches

1) Recherche de potentialités métaboliques naturelles (criblage, ou prospection biologique)


 criblage par activité biologique des microorganismes (industriels ou sauvages)

 criblage d'activité parmi une banque de transformants contenant de l'ADN cloné

 recherche informatique des clones des métagénomes

2) Améliorations génétiques
 mutations, naturelles ou induites
- sélection ou criblage
 génie génétique
Criblage pour la production d'un facteur excrété
Criblage biologique
 stimulation, ou inhibition, de la croissance d'une souche indicatrice
 changement d'aspect d'une substrat (milieu contenant analogue chromogène, par ex.)

souche indicatrice

colonie formée par


un isolat à évaluer

isolat secrétant du
milieu solide ensemencé
produit inhibiteur
d’une souche indicatrice,
auxotrophe pour le
composé recherché

Une zone d'inhibition de croissance de la souche Une zone de croissance de la souche indicatrice
indicatrice entoure les colonies de clones autour d'une colonie indique la sécrétion du produit
sécrétant le produit recherché.
Dans le cas où l'agar est imprégné d'un substrat
indicateur, une zone translucide ou un
changement de couleur est observé
. . . automisation
La génomique
Streptomyces spp. Streptomyces coelicolor

Thompson et al. (2002)


Genome Biol. 3:1020.1 DNA : séquençage du génome
annotation des gènes
prédiction des voies métaboliques
Prédiction des fonctions à partir de données des
séquences génomiques, ou métagénomiques
 séquence nucléotidique Une partie de la pharmacopée de S. coelicolor :
métabolites connues et celles prédites sur la base d’une analyse de la
 prédiction des gènes séquence génomique

 prédiction des fonctions des protéines


 prédiction des produits des voies de
biosynthèse

Métagénomique
Le séquençage d’ADN extrait d’un biotope
sans culture des organismes

Bentley et al. (2002). Nature 417:141


Amélioration de la production : l’Ingénierie Métabolique
 introduction de nouvelles voies métaboliques
 augmentation de l’efficacité de la biosynthèse
- surexpression des gènes dans la voie menant au produit recherché
- délétion des gènes pour inactiver les voies compétitrice
 modifications du réseau métabolique pour la redirection des flux
hexoses
hexoses
pyruvate pyruvate

acetyl-CoA CoA-SH acetyl-CoA CoA-SH

citrate citrate
oxaloacetate oxaloacetate

CoA-SH
iso-citrate iso-citrate
malate malate
glyoxylate

α-ketoglutarate α-ketoglutarate
succinate
succinate
NH3
NH3
a-ketoglutarate
dehydrogenase L-glutamate
L-glutamate

mais :
1) ces voies compétitrices peuvent être nécessaires pour le fonctionnement de la cellule.
 nécessité de palier aux auxotrophies induites,
 les acides aminés, nucléosides etc. ajoutés peuvent être chers
2) le métabolisme a la capacité de se rééquilibrer.
 atténuation des gains en production à cause des changements métaboliques compensatoires
La Biologie des Systèmes

Ingénierie
Métabolique
Optimisation de souches
pour l'industrie

Modèles du système Données expérimentales


de régulation du - transcriptome,
métabolisme - protéome,
- métabolome …

Biologie des
Systèmes

 La formalisation mathématique (modélisation) des flux métaboliques, systèmes de contrôle . . .


 Intégration des données des différents niveaux
 Une base pour une approche d’ingénierie cellulaire rationnelle
Les ’omiques

D’où viennent les données pour la biologie des systèmes ?


Des nouvelles technologies ont été développées afin de permettre la mésure des
plusieurs propriétés des cellules d’une façon globale et à haute debit

Fluxome
Régulation métabolique

fluxes v1 v2 v3
Métabolome
métabolites S X1 X2 P
Proteome
protéines
Transcriptome
ARNm
Genome
ADN
Le traitement des données
Les bactéries nuisibles

Les organismes
Les pathogènes d'altération des
de l'humain producteurs de toxines
aliments
(Clostridium botulinum,
pathogènes "professionnels" Bacillus cereus . . . )
(certaines Brucella, Salmonella, altération du goût, de l'aspect, de
Mycobacterium, Treponema . . . ) l'odeur d'un aliment
Zoonoses (Pseudomonas fluorescens, putida,
(Yersinia pestis, Borrelia burgdorferi …) Shewanella putrefasciens . . . )

pathogènes opportunistes
(Pseudomonas aeruginosa,
Staphylococcus aureus . . . )
obstruction physique
par des biofilms

croissance sur des carburants corrosion


dégradation d'autres matières (Desulfovibrio . . .)
industrielles

Les bactéries nuisibles à Enning & Garrelfs


(2014).
l'industrie en général AEM 80:1226

Hinnebusch & Erickson (2008).


Curr Top Microbiol Immunol. 322:229 … et, n'oubliez ni les virus, ni les petits eucaryotes
Microorganismes pathogènes pour l'humain

Causes majeurs de mort 2000 2008 Des moyens pour réduire les taux de
All causes 55.7 56.9 morbidité et mortalité incluent :
Infectious and parasitic diseases 10.4 8.7
Tuberculosis 1.6 1.3 La prévention du contact avec l'organisme
Syphilis 0.2 0.1  Hygiène, systèmes d'égouts, amélioration des
HIV / AIDS 2.9 1.8 conditions de travail, de vie . . .
Diarrhoeal diseases 2.1 2.5 La prévention d'infection
Pertussis 0.3 0.2  Vaccination, nutrition et santé adéquates . . .
Measles 0.8 0.2
La prévention de la transmission
Tetanus 0.3 0.3
 Traitement précoce et efficace des malades,
Meningitis 0.2 0.3
éducation . . .
Hepatitis (all viruses) 0.1 0.2
Malaria 1.1 0.8
Tropical parasitic diseases 0.1 0.1
Other respiratory infections 3.9 3.5
Maternal and perinatal conditions 2.9 3.0
Malnutrition 0.4 0.4
Cancer 6.9 7.6
Diabetes and endocrine disorders 1.3 1.6
Neuropsychiatric disorders 0.9 1.3
Cardiovascular disease 16.7 17.3
Respiratory disease 3.5 4.2
Injury 5.1 5.1
Données des World Health Reports
(http://www.who.int/healthinfo/statistics/en/)

50
La microbiologie des aliments
Les organismes biotechnologiques sont (normalement) très prédominants
Lactococcus lactis, Leuconostoc mesenteroides,
Streptococcus thermophilus, Lactobacillus delbrueckii fromage
Propionibacterium freudenreichii, Penicillium roqueforti
Lactobacillus sakei, Pediococcus acidilactici, Debaryomyces hansenii saucisse
Leuconostoc mesenteroides, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus curvatus sauerkraut
Saccharomyces cerevisiae, S. uvarum pain, bière, vin

Organismes d'altération
Psychrobacter, Moraxella, Schewanella, Pseudomonas,
Clostridium tyrobutyricum . . .

Pathogènes
Staphylococcus aureus, Clostridium perfringens, B. cereus intoxication
Salmonella enterica, Escherichia coli, Campylobacter spp. infection
Listeria monocytogenes, Brucella spp. . . .
Norovirus, hépatite A, hépatite E . . .
Toxoplasma gondii, Trichinella spiralis . . .

Autres producteurs de toxines


Fusarium, Aspergillus flavus mycotoxines

Dinophysis fortii, Pseudonitzschia pungens toxines DSP, ASP


Microorganismes pathogènes dans les aliments

Sécurité microbiologique des aliments


Lors de la production ou transformation
 BPF, HACCP, Contrôles du produit
Lors du stockage et transport
 Utilisation des produits chimiques inhibant la croissance des contaminants
 Stérilisation, pasteurisation, respect de la chaîne de froid
Lors de la préparation de l'aliment
 Hygiène, interdiction de contamination
 Contrôle de la température de la cuisine
 Réduction du temps entre cuisine et consommation du plat, respect de la chaîne du chaud, ou de froid

La Microbiologie Prévisionnelle
modélisation de la croissance des bactéries dans un aliment, tenant compte des :
 propriétés de l'organisme,
 propriétés de l'aliment,
 interactions entre de différentes espèces (écologie microbienne)

Aide à l’évaluation, et à l'amélioration la durée de vie d'un produit (date de péremption),


à l’évaluation des conséquences d'une contamination (analyse de risque)
Predictive Microbiology. Integration of the different factors

Food. Intrinsic factors


 composition
 aw
 pH
 antimicrobial agents
 indigenous microbiota

Food. Extrinsic factors


 temperature Reaction
 gaseous environment  Survival
humidity  Growth or death
pO2 plus Metabolic activity
pCO2 (eg. toxin production)

Properties of the Organism


 species, strain
 cardinal values of:
temperature stressed states,
pH latency . . .
aw