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RAPPORT D’AVANCEMENT DE LA THESE 
De  
DIBI WILFRIED GAUTHIER 
 
Thème : Acquisition de Données de Fluorescence et de 
    Réflectance pour le Suivi de la Croissance des  
    Plantes Agricoles    
21/03/2016

   
Résumé de l’état d’avancement des travaux de la thèse

Mr Dibi Wilfried Gauthier est doctorant en Biophysique Moléculaire au Laboratoire de


Physique Fondamentale et Appliquée de l’UFR-SFA depuis l’année universitaire 2010. Sa
thèse est supervisée par Mme Bosson Jocelyne, Maître de Conférences en codirection avec
Mr Zoueu T. Jérémie, Professeur Titulaire à l’Institut National Polytechnique - Houphouet
Boigny. Son thème d’étude qui s’inscrit le domaine de l’instrumentation et de la
spectroscopie optique s’intitule : « Acquisition de Données de Fluorescence et de
Réflectance pour le Suivi de la Croissance des Plantes Agricoles ».

Ce travail de doctorat aborde ici la conception et la mise en œuvre d’un système de


diagnostic optique en temps réel destiné au suivi de l’état de croissance des plantes
agricoles. Le bananier plantain cultivé avec des microorganismes symbiotiques et le gombo
fertilisé avec des engrais chimiques ont fait l’objet de cette recherche. L’originalité des
premiers résultats obtenus a donné lieu à la rédaction d’un article scientifique soumis et
accepté dans un journal à comité de lecture.

Les travaux de recherche menés et ceux envisagés laissent entrevoir une soutenance pour
novembre 2016.

Rapport d’avancement de thèse – 21/03/2016 – DIBI Wilfried Gauthier  1
   
1. Renseignements administratifs

1.1. Statut du Doctorant : ETUDIANT

1.2. Nom & Prénom du Doctorant: DIBI WILFRIED GAUTHIER

1.3. Email: dibiwilfried@gmail.com

1.1. Établissement : UFR-SFA (UNA)

1.2. Grade : DEA

1.3. Domaine /Filière : SCIENCES

1.4. Spécialité de la Thèse : PHOTONIQUE

1.5. Titre de la thèse: ACQUISITION DE DONNEES DE FLUORESCENCE ET


DE REFLECTANCE POUR LE SUIVI DE LA
CROISSANCE DES PLANTES AGRICOLES

1.6. Nom & Prénom du Directeur de thèse: BOSSON JOCELYNE

1.7. Établissement : UNIVERSITE NANGUI ABROGOUA (LPFA)

1.8. Grade : Maître de Conférences

1.9. Nom & Prénom du Co-Directeur de thèse: ZOUEU THOUAKESSEH JEREMIE

1.10. Établissement : INSTITUT NATIONAL POLYTECHNIQUE HOUPHOUET-


BOIGNY (L2IS)

1.11. Grade : Professeur Titulaire

1.12. Pays : COTE D’IVOIRE

1.13. Date de 1ère inscription en thèse: 10/08/2010

1.14. Date de soutenance envisagée: 03/11/2016

1.15. Date de soumission: 04/07/2016

1.16. Financement ou bourse : BOURSIER

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2. Renseignements scientifiques

2.1. Intérêt scientifique du sujet

Les spectres de fluorescence et de réflectance dans le visible et le proche infrarouge


chez les plantes représentent deux propriétés optiques remarquables exploitées depuis près
de trois décennies en télédétection pour l’agriculture. Elles permettent d’extraire en temps
réel et de façon non destructive des informations d’intérêt biochimique et agronomique sur
les plantes. Aujourd’hui, la spectroscopie optique de réflectance et de fluorescence se
révèle être un champ de recherche à haut potentiel dans le suivi de la croissance des
plantes par le développement de multiples capteurs de proximité, de nouveaux modèles
physiques et indicateurs spectraux adaptés aux plantes. L’usage de la télédétection optique
rapprochée en agriculture est d’autant plus crucial et stratégique que les plantes de culture
sont plus sujettes à des influences extérieures d’origine biotique responsables de
physiopathologie ou ayant un effet positif (exemple de mycorhizes) et d’origine abiotique
entrainant plusieurs formes de déséquilibre nutritionnelle. Ces facteurs pour la plupart
conditionnent fortement la croissance des plantes cultivées, leur rendement et la qualité des
produits.
L’intérêt porté à cette étude est de proposer de nouveaux outils de diagnostic rapides, non
destructifs et adaptés aux petites parcelles agricoles. En effet, les moyens de diagnostic des
plantes en Afrique s’effectuent généralement à l’échelle de la feuille à travers des analyses
chimiques des tissus et à l’échelle de la parcelle par l’estimation des paramètres
agronomiques physiologiques et morphologiques. Le diagnostic chimique foliaire aide certes
à identifier l’état nutritionnel des plantes mais apparaît coûteux et ne permet pas de suivre
un paramètre donné dans le temps. Quant au diagnostic agronomique, il présente souvent
l’inconvénient d’être long et fastidieux. En revanche, selon l’analyse des réponses spectrales
des plantes, différentes applications peuvent être faites : celles-ci concernent la classification
et l’identification des cultures, la détection des stress, l’estimation des rendements possibles
et de multiples autres bioparamètres.

2.2. Résumé du projet de thèse

a- Contexte

Les avancées techniques réalisées à ce jour dans l’électronique et la télédétection


optique contribuent grandement à l’émergence d’une agriculture saine, intensive et durable.
La dynamique de progrès sur ces techniques permet actuellement de disposer d’appareils
portables directement utilisables sur le terrain pour la mesure des variables biophysiques et
biochimiques d’intérêt des plantes.

b- Objectifs

Cette thèse vise à réaliser des applications en télédétection rapprochée par


spectroscopie de réflectance et de fluorescence sur des plantes de grande culture en Côte
d’Ivoire. Les investigations à mener poursuivent trois objectifs spécifiques à savoir :

1. Evaluer le potentiel de détection précoce du taux de réussite de la mycorrhization


sur le bananier plantain par spectrométrie de réflectance et de fluorescence active.

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2. Elaborer un indicateur de diagnostic du stress hydrique des plants de bananier
plantain mycorhizés par spectrométrie de fluorescence et de réflectance active.

3. Prédire les concentrations des macronutriments contenus dans les feuilles de


gombo ainsi que le rendement des plants à partir des spectres de réflectance et de
fluorescence acquis sur les feuilles.

c- Méthodologie

La méthodologie adoptée consiste en la conception et la réalisation d’un dispositif


d’acquisition de spectres de fluorescence et de réflectance équipé d’un spectromètre et de
LED contrôlées par une carte Arduino. Ce dispositif servira d’une part à effectuer des
mesures de spectres sur les feuilles de plants de bananier traités dans une serre avec
différents champignons mycorhiziens en condition de stress hydrique ou non. D’autre part,
des acquisitions seront aussi effectuées sur les feuilles de plants de gombo cultivés au
champ et traités avec différents fertilisants chimiques. Des analyses statistiques appropriées
permettront d’extraire les informations pertinentes des données acquises.
Les bandes de détection pertinentes découvertes ainsi que les modèles
mathématiques développés pour les cultures concernées constituent des éléments clés dans
le développement de nouveaux capteurs à même d’assurer un suivi optimal au champ et
contribuer à une agriculture durable et plus performante.

2.3. Travaux réalisés

 Etude bibliographique du sujet

 Réalisation du premier prototype d’acquisition de mesures de fluorescence et de


réflectance.

Représentation schématique du dispositif d’acquisition des spectres

 Acquisition et analyse des données spectrales de l’expérimentation des plants de


bananier soumis à différents traitements de mycorhizes.

 Acquisition des données spectrales de l’expérimentation des plants de bananier en


condition de stress hydriques et soumis à différents traitements de mycorhizes.

 Analyses chimiques des sols de la culture expérimentale au champ sur le gombo.

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 Acquisition des données spectrales de l’expérimentation sur le gombo au champ
et fertilisés par trois types d’engrais chimiques (N, P, K).

 Détermination chimique et par spectroscopie d’absorption atomique de la teneur


en macronutriments (N, P et K) contenus dans les feuilles de gombo cultivés au
champ.

 Enregistrement des rendements par parcelles de la culture expérimentale au


champ du gombo.

2.4. Difficultés rencontrées

 Longue et laborieuse recherche sur les algorithmes adaptés et probants pour


l’analyse statistique des données spectrales acquises.

 Manque d’expérience et d’assistance dans la pratique des itinéraires agricoles


techniques au niveau de l’expérimentation au champ.

 Travail de recherche effectué à temps libre du fait des cours à dispenser dans
l’enseignement secondaire.

2.5. Travaux envisagés

 Analyse statistique des données spectrales issues de l’expérimentation des plants


de bananier en condition de stress hydriques et soumis à différents traitements de
mycorhizes.

 Analyse statistique des données spectrales issues de l’expérimentation sur les


plants de gombo au champ et fertilisés par trois types d’engrais chimiques (N, P et
K).

 Conception et réalisation du deuxième prototype d’acquisition des spectres de


réflectance et de fluorescence.

2.6. Résultats scientifiques obtenus

- Découverte d’un nouvel indice de réflectance très sensible à la teneur en eau des
plants de bananier plantain : Normalized Water Index 5 (NW5).

- Démonstration en serre des effets positifs des champignons mycorhiziens sur la


croissance du bananier plantain à travers 3 indices de fluorescence (ANTH,
FRF_R, and NBI_R) et de 10 index de réflectance (SR5, NDVI3, ratiodRE_703,
NWI, NWI4, dNIRmin920_980, min950_970, Carter5, DPI, GI) significatifs.

- Identification en serre des meilleurs traitements de champignons mycorhiziens à


partir des indices de réflectance significatifs (T1 : Morphotype de champignons
mycorhiziens du genre Glomus et T2 : complexe de mycorhizes de la rhizosphère
des bananiers plantains de Bouaflé)

- Validation du bon pouvoir de prédiction de la classe de traitement des plants de


bananier de l’expérimentation : 90.27% en validation croisée sur un jeu de 72
plants et 87.5% en holdout sur un jeu de 24 plants.

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2.7. Publication

- Fluorescence and Reflectance Spectroscopy for Early Detection of Different


Mycorrhized Plantain Plants (Article soumis et accepté à Applied Physics
Research)
Auteurs: DIBI Wilfried Gauthier, FOTSO Beaulys, BROU Yao Casimir, ZOUEU
Thouakesseh Jéremie, ZEZE Adolph et BOSSON Jocelyne

2.8. Divers:

a- Participation à des ateliers de formation

15 au 29/09/12 : Atelier de formation à Nairobi (Kenya) du Réseau Africain d’Imagerie


Spectrale (AFSIN)

04 au 15/11/13 : Atelier de formation à Yamoussoukro (Côte d’Ivoire) du Réseau


Africain d’Imagerie Spectrale (AFSIN)

b- Résumé d’article

“Fluorescence and Reflectance Spectroscopy for Early Detection of Different Mycorrhized


Plantain Plants”

Sustainable agriculture with use of Arbuscular Mycorrhizal Fungi (AMF) is an emerging farm
management that improves crops nutrient and water use efficiency. Decision making on the
effect of AMF is still dependent on agronomic diagnosis which is long, tedious, expensive
and destructive. This study demonstrates the applicability of proximal fluorescence and
reflectance spectroscopy for evaluating and detecting at early stage distinct types of
mycorrhized plantain from two cultivars (Musa paradisiaca).
Visible-near infrared (400-1000nm) reflectance and fluorescence data were collected from
control and three levels mycorrhized plants designed in randomized and complete block
under greenhouse conditions. Two spectral measurements at a week interval were
performed on plant leaves by using an USB spectrometer mounted with an Arduino-based
LED driver clip.
A new normalized reflectance water NWI5 index shows with Datt5 alone highly significant
differences at P<0.001 respectively for Orishele and fhia21 cultivars. dNIRmin920_980,
NDVI3 and GI reflectance index are significant at P<0.01. Seven other reflectance and 3
fluorescence indices ANTH, FRF_R and NBI_R are significant at P<0.05. The two first
principal components for each cultivar spectral features explaining 94.1 % of variance were
used to build predictive classification models. LogitBoost algorithm indicates accuracy of
90.27% on stratified cross-validation and 87.5% on test split. Our results confirm that
fluorescence and reflectance spectroscopy is a valuable tool for early assessment of
mycorrhization success rate evaluation and pattern recognition. They also show promise for
the development of non-destructive and cost-effective detectors in monitoring crops under
biofertilizers with arbuscular mycorrhizae.
Keywords: classification, fluorescence and reflectance spectroscopy, LogitBoost algorithm,
mycorrhized plantain plants.

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3. Conclusion et calendrier prévisionnel de finalisation

Le thème d’étude présente d’énormes intérêts aussi bien dans une approche appliquée que
fondamentale en spectroscopie optique et dans le domaine agricole. Il a nécessité
l’acquisition de nouvelles compétences en expérimentation agricole, en électronique et un
approfondissement des analyses statistiques multivariées. Un deuxième article est en cours
de traitement afin d’achever le travail de rédaction du manuscrit de la thèse.

Aussi, le calendrier prévisionnel suivant est-il proposé :

- 20/03/16 au 20/04/16 : Achèvement de la rédaction du deuxième article.


- 21/04/16 au 03/05/16 : Achèvement de la réalisation du second prototype
d’acquisition.
- 03/05/16 au 04/07/16 : Achèvement et soumission du manuscrit de la thèse.

  

Le Directeur de Thèse                         Le Co‐Directeur de Thèse                                  Le Doctorant 

BOSSON Jocelyne      ZOUEU T. Jérémie          DIBI Wilfried Gauthier 

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