Introdução a Bioquímica:

Biomoléculas
Referência
Autores:
Autores
Aula 1 Ignez Caracelli e
Julio Zukerman-Schpector
Introdução ao Curso: Aminoácidos
Editora:
Editora EdUFSCar

ISBN: 85-7600-065-2
Ignez Caracelli Julio Zukerman Schpector
BioMat – DF – UNESP/Bauru LaCrEMM – DQ – UFSCar

1 2
Bauru, 13 de agosto de 2007

Bancos de Dados Linguagem x Informação

http://www.rcsb.org/pdb/
letras frases

http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum/

aminoácidos proteínas

3 4
 Problema Central Estruturas tridimensionais

frases texto métodos métodos

experimentais teóricos

proteínas função

5 6

Estruturas tridimensionais
moléculas moléculas
pequenas grandes

7 8
 Estruturas Tridimensionais Estruturas Tridimensionais
difração de raios X
métodos experimentais: cristal
cristalografia

9 10

Estruturas Tridimensionais
1conformação
conformação Estruturas Tridimensionais
planejada
dobrada
proteínas

planejamento
HC05
HC05
síntese
cristalografia
1conformação
conformação
não-planejada
estendida
moléculas pequenas
11 12
 Estruturas Tridimensionais Estruturas Tridimensionais in silico

Modelagem Molecular

quem são as proteínas??? alinhamento de seqüências

como são suas estruturas 3D?? predição de estruturas de proteínas
como desempenham suas funções??? modelagem por homologia
modelagem de ligantes
docking

13 14

Aspectos Básicos da Estrutura Aminoácidos Grupo carboxila

(dissociado)
Polipeptídica
Grupo amina
As proteínas são cadeias (polímeros) (protonado)
constituídas por
COO-
• 20 L-aminoácidos H 3N + C H
• D-açúcares R
R
Carbono α
Cadeia
lateral

15 16
 Ligações nas Proteínas Ligação Peptídica

•interações covalentes (fortes)

– ligação peptídica
– ligacao dissulfeto

•interações não-covalentes (fracas)

– interações eletrostáticas
– interações de van der Waals
– ligações de hidrogênio
– interações hidrofóbicas
17 18

Estereoisomeria Isômeros Óticos

L-aminoácido D-aminoácido Uma molécula quiral, é aquela que não é idêntica à sua imagem especular.
Uma molécula quiral e sua imagem especular formam um par de
enantiômeros, ou isômeros especulares.
19 20
 Isômeros Óticos: exemplo Aminoácidos: estereoisomeria

Talidomida
• enantiômero R: efeito tetragênico
• enantiômero S: efeito sedativo
COO- COO-
S R +
H3N C H H C NH3+
CH3 CH3
L-Alanina D-Alanina

21 22

Aminoácidos e Polaridade Molécula Apolar (ou não-polar)

átomo ou molécula apolar: o centro das
COO- cargas positivas coincide com o centro das
cargas negativas na ausência de campos
H 3N + C H elétricos.

R cargas
positivas p = 0
Carbono α

R: Cadeia cargas
nao-polar lateral + ≡ −
negativas

polar nao-carregado
polar carrgado 23 24
 Molécula Apolar (ou não-polar) Molécula Apolar (ou não-polar)
molécula apolar
dipolo induzido
o centro de cargas positivas (núcleo)
o centro de cargas positivas (núcleo)
molécula apolar na presença de campo elétrico: coincide com o centro de cargas
não coincide com o centro de cargas
⇒ centro das cargas positivas ≠ centro das cargas negativas (nuvem eletrônica).
negativas (nuvem eletrônica).
negativas
⇒ um dipolo induzido (orientado de – para +) cargas E
positivas
⇒p≠0
cargas E
positivas + ≡ − p

p
cargas
negativas
cargas
p≠0 ⇒ p=0 ⇒ p≠0
negativas + ≡ − + ≡ −

25 26

Molécula Polar moléculas

mesmo na ausência de campo elétrico:
carga elétrica ⇒ dipolo ⇒ sistema com muitas cargas

A forma como as cargas estão distribuídas muda a forma

→centro de cargas positivas ≠ centro do campo elétrico criado por essas cargas ou
das cargas negativas distribuição de cargas.

Na maioria dos sistemas que serão analisados, ou a

→ molécula é um dipolo chamado de distribuição de cargas pode ser tratada como se as
cargas fossem isoladas (íons em um meio diluído), ou
dipolo permanente como no caso de uma membrana, consideramos uma
distribuição linear, como a formada entre as placas de
um capacitor, que cria um campo magnético constante e
homogêneo.
27 28
 Os aminoácidos Os aminoácidos e proteínas

Por que precisamos conhecer este assunto?
• O que acontece em uma proteína, na ligação de uma
enzima ao seu substrato, entre outras coisas, é
dominado pela estrutura tridimensional das moléculas e
por sua distribuição de cargas;
O químico holandês Gerardus Mulder foi o
primeiro a dotar o termo proteína em 1838.
Do grego proteus: primário, o mais importante.

• o conhecimento dos aminoácidos pode ser fundamental

para o entendimento em nível molecular do
funcionamento do funcionamento das moléculas e isto
possibilita planejar como, por exemplo, inibir uma
enzima, planejar o desenho de um novo fármaco, etc.
29 30

Os aminoácidos e proteínas Os aminoácidos e proteínas

Os aminoácidos não possuem um nome
O primeiro aminoácido descoberto foi a asparagina, sistemático.
extraída do aspargo, em 1806.

A glicina tem esse nome devido ao gosto doce

O primeiro identificado em uma proteína foi a leucina
por Proust em 1819. (glycos = doce).

O último a ser descoberto foi a treonina em 1936. (hoje A tirosina foi originalmente isolada do queijo
isto nao e mais verdade…) (tyros = queijo).

O ácido glutâmico foi encontrado no glúten de

31 trigo. 32
 Os aminoácidos Aspectos Básicos da Estrutura
Polipeptídica
Os aminoácidos não possuem um nome As proteínas são polímeros constituídos por
sistemático. A glicina tem esse nome devido ao
gosto doce (glycos = doce). Tirosina foi
originalmente isolada do queijo (tyros = queijo) e o • 20 L-aminoácidos-padrão unidos
ácido glutâmico foi encontrado no glúten de trigo por ligações peptídicas
• Os aminoácidos reunem-se em
combinações praticamente infinitas

33 34

1° –> 2° –> 3° –> 4° Estrutura

35 36
 Grupo carboxila
Aminoácidos (dissociado)

Grupo amina
(protonado)
COO-
H 3N + C H
R
R
Carbono α
Cadeia
lateral

37 38

Ligação Peptídica Ligação Peptídica

H H H
H2N C COOH H2N C COOH H2N C COOH
R1 R2 R3

H H H
H2N C CO NH C CO NH C COOH + 2H2O
R1 R2 R3

39 40
 Ligações Peptídicas  proteína Ligação Peptídica
H H H
H2N C COOH H2N C COOH H2N C COOH
R1 H O Rn
N-terminal C N
R1 R2 R3
H C C
H2N H C C N H COOH
O Ri H C-terminal H H H
H2N C CO NH C CO NH C COOH + 2H2O
n-2 R1 R2 R3

41 42

Ligação Peptídica Estereoisomeria

• Ligação dupla parcial
– Plana, curta
• C a trans >> cis

L-aminoácido D-aminoácido

43 44
 Isômeros Óticos Isômeros Óticos: exemplo
Talidomida
• enantiômero R: efeito tetragênico
• enantiômero S: efeito sedativo

S R

Uma molécula quiral, é aquela que não é idêntica à sua imagem especular.
Uma molécula quiral e sua imagem especular formam um par de
enantiômeros, ou isômeros especulares.
45 46

Ângulos dihédricos Phi e Psi

Aminoácidos: estereoisomeria
Ângulos dihédricos são
definidos por 4 átomos
– Phi (Φ) é a torção ao redor
N–Cα

COO- COO- Psi (Ψ) é a torção ao redor

+
H3N C H H C NH3+ Cα –C’

CH3 CH3 Φ e Ψ especificam a

L-Alanina D-Alanina
conformação da cadeia principal

47 48
 Ângulo diédrico φ
Ângulo diédrico ψ
φ

N(i+1)
C’ φ é o ângulo de torção ψ é o ângulo de torção
em torno de N−− Cα em torno de Cα–C’ C’ ψ
Cα
Cα
N
N
C’(i-1)

49 50

Estrutura covalente As Forças não-covalentes nas proteínas

• ligação peptídica • interações eletrostáticas entre cargas

• ligação dissulfeto e dipolos;
• forças de van der Waals;
• ligações de hidrogênio e
• interações hidrofóbicas.

51 52
 Aminoácidos com cadeias laterais não-polares
Ligações de hidrogênio em estrutura terciária
COO- COO- COO-
H H3 N +
H 3N + C H H3N+ C H C H
CH2 HO CH2 Y
Aceptores H CH3 CH
H 3C CH3
HN N H HO CH S,T
R
Glicina Alanina Valina
Doadores Gly, G Ala, A Val, V
H
H N CH2 K
H
C,M CH2 S H
R H
N NH R
H C
NH2+
O H
E,G,N,Q C H O
R N C N,Q
H 53 54
(G, A, V, L, I, F, W, M, P)

Aminoácidos com cadeias laterais não-polares Aminoácidos com cadeias laterais não-polares
COO-
COO- COO- COO- Fenilalanina Triptofano
H3 N + C H Trp, W
H3N+ C H H3N+ C H H3 N+ C H Phe, F
CH2
CH2 Leucina CH Isoleucina CH2

CH
Leu, L H3C CH2 Ile, I
H3C CH3 CH3 NH

55 56
Aminoácidos com cadeias laterais não-polares Aminoácidos com cadeias laterais
COO-
polares não-carregados (S, T, N, Q, Y, C)
- H3N+
COO Prolina
C H
COO- COO-
Pro, P CH2
NH2+ Serina H 3N + Treonina
Metionina H 3N + C H C H
CH2 Ser, S Thr, T
Met, M H C OH
S CH2OH NE
CH3
CH3

57 58

Aminoácidos com cadeias laterais Aminoácidos com cadeias laterais

polares não-carregados (S, T, N, Q, Y, C) polares não-carregados (S, T, N, Q, Y, C)
COO- COO-
COO-
COO -
H3 N +
C H Cisteína
H3N+ C H Glutamina Tirosina + Cys, C
H3 N +
C H Asparagina CH2 H3 N C H
Gln, Q Tyr, Y
CH2 Asn, N CH2
CH2
CH2
CONH2
CONH2
SH
OH

59 60
 Aminoácidos com cadeias laterais Aminoácidos com cadeias laterais
polares carregados (D, E, K, R, H) polares carregados (D, E, K, R, H)
-
COO-
COO - COO H3N+ C H
+ Lisina
H3N +
C H H 3N C H CH2
ÁcidoAspártico Ácido Glutâmico Lys, K
CH2 CH2
CH2 Asp, D Glu, E CH2
CH2
COO- CH2
COO- NH3+

COO-
+
Arginina H3 N C H
Arg, R CH2
CH2
CH2
NH
+
H2 N C
61 NH2 62

Aminoácidos com cadeias laterais

polares carregados (D, E, K, R, H)

COO-
H3N+ C H
CH2

NH+
HN

Histidina
His, H
63
63