Vous êtes sur la page 1sur 104

CHAPITRE 3 : LES ACIDES AMINÉS

ET LES PROTÉINES
BIOCHIMIE STRUCTURALE

Dr SOUDRÉ Fabienne
SOUS-CHAPITRE 1 : LES ACIDES AMINÉS
SOMMAIRE

1. Structure des acides aminés


2. Propriétés physico-chimiques
3. Classification des acides aminés en fonction de leur
polarité
4. Principales propriétés biochimiques
5. Rôles métaboliques des aminoacides
6. Description des 20 acides aminés
7. Quelques acides aminés non protéinogènes
8. Quelques dérivés des acides aminés
SOMMAIRE

1. Structure des acides aminés


2. Propriétés physico-chimiques
2.1. Ionisations des acides aminés
2.2. Polarité des radicaux
3. Classification des acides aminés en fonction de leur polarité
3.1. Apolaires
3.2. Polaires
4. Principales propriétés biochimiques
4.1.Réactions dues au groupement carboxylique -COOH
4.1.1. Décarboxylation
4.1.2. Formation du groupement amide NH2-CO
4.1.3. Formation de la liaison peptidique -CO-NH-
4.2. Réactions dues au groupement amine -NH2
4.2.1. Désamination
4.2.2. Transamination
4.3. Réactions dues au radical
5. Rôles métaboliques des aminoacides
6. Description des 20 acides aminés
6.1. Tableau récapitulatif des 20 acides aminés
6.2. Réactions entre acides aminés
6.2.1. Le glycocolle
6.2.2. L'alanine
6.2.3. L'aspartate et l'asparagine
6.2.4. Le glutamate et la glutamine
6.2.5. La thréonine et la sérine.
6.2.6. Acides aminés soufrés
6.2.7. Acides aminés cycliques
7. Quelques acides aminés non protéinogènes
7.1. La β-alanine
7.2. Le γ-amino-butyrate (GABA)
7.3. La taurine
7.4. Quelques autres
8. Quelques dérivés des acides aminés
8.1. Quelques (mono-)amines biogènes
8.1.1. L'histamine
8.1.2. La L-DOPA
8.1.3. Devenirs du tryptophane
8.2. Les hormones thyroïdiennes
8.3. La L-carnitine
8.4. Créatine, créatine~P, créatinine
8.5. L'urée
8.6. Le glutathion
OBJECTIFS
• Connaître la formule générale, les propriétés physiques
(solubilité, absorption de la lumière UV, déviation du plan de
polarisation de la lumière, ionisation) et les propriétés
chimiques(fonction acide : esters, amides ; fonction amine :
alkylation, base de Schiff ; désamination,chromatographie sur
échangeur d’ions) des acides α-aminés.
• Connaître la formule développée et les propriétés
particulières de chacun des vingt acides aminés constitutifs
des protéines. Donner des exemples d’aliments contenant
ces acides aminés.
•Connaître les structures, les propriétés principales des dérivés
suivants des acides aminés :
— acide hippurique, acides aminés phosphorylés, homologues,
amines obtenues par décarboxylation (plusieurs exemples),
taurine, acide pyroglutamique, ornithine, citrulline,
acides aminés hydroxylés, phényl-pyruvate, iodotyrosines.
SOUS-CHAPITRE 1 : LES ACIDES AMINÉS
INTRODUCTION

• AA : acides carboxyliques qui possèdent également un


groupe fonctionnel amine.
• Ce sont de petites molécules quaternaires composées de
C, H, O, N qui existent sous plus de 300 formes différentes
dans la nature.

• Seulement 20 d'entre eux rentrent dans la constitution


d'unités monomériques des peptides et des protéines de
l'organisme humain. Ce sont les acides aminés
protéinogènes.
• Certains acides aminés sont aussi :

• cétogènes (ils participent à la formation de corps


cétoniques hépatiques),
• glucoformateurs (ils entrent dans la constitution du
glucose hépatique)
• ou bien encore participent à la formation d'acides gras
dans le foie.
• Ils ont, en outre, un rôle dans la production d'énergie par le
cycle de Krebs et la chaîne respiratoire.
SOMMAIRE

1. Structure des acides aminés


2. Propriétés physico-chimiques
3. Classification des acides aminés en fonction de leur
polarité
4. Principales propriétés biochimiques
5. Rôles métaboliques des aminoacides
6. Description des 20 acides aminés
7. Quelques acides aminés non protéinogènes
8. Quelques dérivés des acides aminés
1. Structure des acides aminés

• Un acide aminé est un composé possédant une fonction


acide et une fonction basique qui est aminée.

• Autrement dit, ils ont un groupement acide carboxylique (-


COOH) et un groupement amine, généralement primaire (-
NH2).

• Ce motif commun aux 20 acides aminés est porté par le


même carbone: le carbone alpha, d'où le nom d'acide α-
aminés. Il s'agit d'un carbone C asymétrique noté C*.

• Sur ce carbone alpha commun, vient se fixer une chaîne


carbonée : c'est le radical, spécifique à chaque acide
aminé. Seule la proline est un acide α-iminé.
Il existe trois groupes de radicaux :
 radical linéaire,

 radical hétéro-cyclique,

 radical cyclique (noyau).


En ce qui concerne les radicaux linéaires, on trouve :
 H (absence de carbone asymétrique),
 méthyl : CH3,
 Alcool I : CH2OH,
 Alcool II : CHOH-CH3,
 Soufré : SH (thiol),
 Soufré substitué : S-CH3,
 Ramifié : exemple : CH3-CH3-CH3...
 Acide carboxylique : COOH,
 Basique : NH2, guanidine,
 Amide : NH2-CO.
Pour les radicaux hétéro-cycliques, deux sous groupes
existent :
 les radicaux hétéro-cycliques saturés : ils comportent un
noyau pyrrolidine (C α et fonction α-iminée NH)
 les radicaux hétéro-cycliques insaturés : ils comportent un
noyau imidazole à 2N.
Enfin, dans les radicaux cycliques, on dénombre trois
types de noyaux :
 benzène,
 phénol (benzène + OH)
 indol (benzène + pyrrole).
• Le carbone α étant asymétrique, il existe donc 2
stéréoisomères.

• Ce sont des molécules chirales, sur lesquelles on observe le


placement du groupement amine -NH2 à gauche du C*
(quand on place le radical en bas).

• Au sein des acides aminés protéinogènes, c'est la forme L qui


domine( L-acides aminés ).

• Les D-acides aminés existent. Ils sont issus de


transformations diverses au sein de l'organisme :
racémisation, vieillisement, chauffage...
SOMMAIRE

1. Structure des acides aminés


2. Propriétés physico-chimiques
3. Classification des acides aminés en fonction de leur
polarité
4. Principales propriétés biochimiques
5. Rôles métaboliques des aminoacides
6. Description des 20 acides aminés
7. Quelques acides aminés non protéinogènes
8. Quelques dérivés des acides aminés
2. Propriétés physico-chimiques
• Les acides aminés sont des molécules solubles dans l'eau
donc dans les liquides physiologiques par leurs diverses
propriétés.

2.1. Ionisations des acides aminés


• 2 fonctions ionisables sont portées par le C*, conférant
aux acides aminés leur caractère amphotère.
 A pH acide (saturation en H+), les formes protonées acides
dominent. L'acide aminé est alors un cation (aminoacide
chargé positivement) portant un groupement COOH et
un groupement NH3+.

 A pH neutre, les deux groupements sont ionisés donc l'acide


est amphotère. Sa charge globale est nulle, on le nomme
Zwiterrion.

 A pH basique (départ maximal des H+), les formes


déprotonées dominent. L'acide aminé est alors un anion
(aminoacide chargé négativement) portant un groupement
COO- et un groupement NH2.
• On répertorie 15 des acides aminés comme étant neutres à pH
7.
• Il faut s'intéresser au pHi (pH isoéléctrique ou point
isoélectrique) des 5 autres acides aminés pour savoir s'ils sont
acides ou basiques.

• Rappel : le pHi est la valeur du pH pour laquelle la solution


d'aminoacides a une charge nulle, ce qui signifie que les
acides aminés sont tous sous la forme de zwitterion.
- Un acide aminé est dit neutre quand son pHi est compris
entre 5 et 6.
- Il est dit acide quand son pHi est inférieur ou égal à 3.
- Il est dit basique quand son pHi est supérieur à 7.
• On détermine alors deux aminoacides acides comportant
une fonction acide supplémentaire au sein du radical. Ils
sont dicarboxyliques à pH neutre. Ce sont :
 l'acide aspartique ou aspartate à pHi=2,7
 l'acide glutamique ou glutamate à pHi=3,2.

• De la même façon, on détermine trois aminoacides


basiques comportant une (ou plus) fonction(s) basique(s)
supplémentaire(s) au sein du radical.Ce sont :
 l'histidine à pHi=7,6 (+2N),
 la lysine à pHi=9,7 (+1N),
 l'arginine à pHi=10,7 (+3N).
2.2. Polarité des radicaux
Plusieurs points sont à retenir :

- Les acides aminés possédant une chaîne très polaire car


ionisable (les acides et basiques) sont les plus hydrophiles.

- Les acides aminés possédant une chaîne apolaire


sont fortement hydrophobes.

- Plus l'acide aminé est ramifié, plus il est polaire.


• Acides aminés apolaires :
Valine (Val), Isoleucine (Ile), Leucine (Leu), Methionine
(Met), Proline (Pro), Phénilalanine (Phe), Tryptophane
(Trp), Alanine (Ala), Glycine (Gly).

• Acides aminés polaires non ionisables :


Cystéine (Cys), Tyrosine (Tyr), Serine (Ser), Thréonine
(Thr),Asparagine (Asn), Glutamine (Gln).

• Acides aminés polaires ionisables :


Acide Aspartique (Asp), Acide Glutamique (Glu), Histidine
(His), Lysine (Lys), Arginine (Arg).
SOMMAIRE

1. Structure des acides aminés


2. Propriétés physico-chimiques
3. Classification des acides aminés en fonction de leur
polarité
4. Principales propriétés biochimiques
5. Rôles métaboliques des aminoacides
6. Description des 20 acides aminés
7. Quelques acides aminés non protéinogènes
8. Quelques dérivés des acides aminés
3. Classification des acides aminés en fonction de leur
polarité

3.1. Apolaires
• Ils sont tous neutres, hydrophobes pour la plupart et sont
au nombre de 9.
• Dans l'ordre croissant selon leur poids moléculaire :
linéaires, hétéro-cyclique, cyclique; soit :
Glycine (Gly), Alanine (Ala), Valine (Val), Leucine (Leu),
Isoleucine (Ile), Methionine (Met), Proline (Pro), Phénilalanine
(Phe), Tryptophane (Trp).
3.2. Polaires
En majorité hydrophiles, on retrouve les trois types d'ionisations :
 neutres,
 acides
 basiques.
Dans l'ordre croisant selon leur poids moléculaire :
neutres linéaires non ionisables, neutre cyclique, acide
linéaire ionisable, basique linéaire ionisable, basique hétéro-
cyclique; soit :
Serine (Ser), Thréonine (Thr), Cystéine (Cys), Asparagine (Asn),
Glutamine (Gln), Tyrosine (Tyr), Acide Aspartique (Asp), Acide
Glutamique (Glu), Lysine (Lys), Arginine (Arg), Histidine (His).
SOMMAIRE

1. Structure des acides aminés


2. Propriétés physico-chimiques
3. Classification des acides aminés en fonction de leur
polarité
4. Principales propriétés biochimiques
5. Rôles métaboliques des aminoacides
6. Description des 20 acides aminés
7. Quelques acides aminés non protéinogènes
8. Quelques dérivés des acides aminés
4. Principales propriétés biochimiques
4.1. Réactions dues au groupement carboxylique -COOH
4.1.1. Décarboxylation
• Les réactions de décarboxylation catalysées pas des
décarboxylases spécifiques de l'acide aminé suivent la
réaction générale suivante :
AA --> CO2 + R-CH2-NH2
4.1.2. Formation du groupement amide NH2-CO
• Ce type de réaction concerne donc majoritairement le
glutamate et l'aspartate selon la réaction type :
AA-COO- → AA-CO-NH2
• Cette réaction est catalysée par une synthétase
spécifique (glutamine synthétase par exemple).
4.1.3. Formation de la liaison peptidique -CO-NH-
• Constituant le squelette de la structure primaire des protéines,
elle s'effectue entre le COOH α d'un aminoacide et le NH2 α
d'un autre aminoacide.

• Ainsi, l'enchaînement de 4 à 10 acides aminés de


poids moléculaire inférieur à 100 dal détermine un
oligopeptide.
• Un enchaînement de moins de 100 acides aminés et de
poids moléculaire inférieur à 10 000 dal défini un
polypeptide.
• Un enchaînement de plus de 100 acides aminés et de
poids moléculaire supérieur à 10 000 dal constitue une
protéine.
4.2. Réactions dues au groupement amine -NH2

4.2.1. Désamination

• Cette réaction aboutit à la libération d'ammoniac NH3 sous


forme d’ammoniac libre avec formation du squelette α -
cétoacide correspondant.
4.2.2. Transamination

• Il s'agit du transfert du groupement NH2 d'un acide aminé sur


un α-cétoacide devenant l'acide aminé correspondant.
• Ce type de réaction nécessite un coenzyme, le pyridoxal-P
et est catalysée par une transaminase correspondante.
• Par exemple, l'Alanine a pour α-cétoacide le pyruvate, et
l'α- cétoglutarate correspond au glutamate.
• L'alanine, par l'alanine transaminase (ALAT) et le pyridoxal-
P, va passer son NH2 à l'α- cétoglutarate, donnant la
réaction suivante :
Alanine (Ala) + α-cétoglutarate -- ALAT + Pyridoxal-P -->
pyruvate + glutamate.
4.3. Réactions dues au radical
• La réactivité du radical conditionne in vivo les modifications
post- traductionnelles des protéines.
• Selon la nature du radical, une protéine peut par exemple
s'associer à des motifs glucidiques pour former des
glycoprotéines...
• Elles peuvent également être phosphorylées sur les résidus
de Serine (Ser), Thréonine (Thr), Tyrosine (Tyr).
• Cette phosphorylation est très importante car c'est un des
phénoménes réversibles de régulation de certaines
protéines.
SOMMAIRE

1. Structure des acides aminés


2. Propriétés physico-chimiques
3. Classification des acides aminés en fonction de leur
polarité
4. Principales propriétés biochimiques
5. Rôles métaboliques des aminoacides
6. Description des 20 acides aminés
7. Quelques acides aminés non protéinogènes
8. Quelques dérivés des acides aminés
5. Rôles métaboliques des aminoacides
• Les 20 acides aminés protéinogènes sont à fournir en
quantité suffisante par une nutrition équilibrée.
• Mais il existe aussi une synthèse endogène (à partir du
glucose) de 12 des aminoacides protéinogènes pour assurer
un apport satisfaisant à notre organisme.
• Il reste donc 8 acides aminés ne pouvant être qu'apportés par
l'alimentation, il s'agit des acides aminés essentiels.

• Ces 8 Acides Aminés Essentiels sont :


Valine (Val), Isoleucine (Ile), Leucine (Leu), Lysine
(Lys), Methionine (Met), Phénilalanine (Phe),
Tyrosine (Tyr), Tryptophane (Trp).
• L'absence ou la faible disponibilité d'un Acide Aminé
Essentiel suffit à ralentir voire bloquer la synthèse
protéique.
• un moyen mnémo parmi une multitude : VIL(A) (H)LM PTT (soit
VIL : neutres linéaires ramifiés et apolaires tout trois, PTT :
cycliques tous les trois). Que viennent faire le A de l'arginine et
le H de l'histidine dans ce moyen mnémo me demanderez-
vous! Et bien il s'agit des neuvième et dizième Acide Aminé
Essentiel nécessaires pour avoir les 10 Acides Aminés
Essentiels de l'enfant. Autre moyen donné en amphi : Va
TRipoter Lysine Mais Fais LE Très Isolément.
• Une fois rentré dans l'organisme, ces 20 acides
aminés protéinogènes peuvent suivre deux voies
différentes : le catabolisme énergétique ou
l'anabolisme :

- Le catabolisme énergétique extrait le groupement NH3 et


aboutit à l'obtention de CO2, H20 et ATP.

- L'anabolisme peut mener à la synthèse protéique, à la


synthèse de divers acides aminés non essentiels, à la
synthèse de dérivés azotés non protéiques.
SOMMAIRE

1. Structure des acides aminés


2. Propriétés physico-chimiques
3. Classification des acides aminés en fonction de leur
polarité
4. Principales propriétés biochimiques
5. Rôles métaboliques des aminoacides
6. Description des 20 acides aminés
7. Quelques acides aminés non protéinogènes
8. Quelques dérivés des acides aminés
6. Description des 20 acides aminés
1. Tableau récapitulatif des 20 acides aminés

Nom Struct
Acide Abrévia Type Radic Catég Polari
bre ure de pHi
Aminé tion de R al orie té
de C R
Linéair Neutre Apolai 5,9
Glycine Gly (G) 2 H
e (L) (n) re (A) 7
6,0
Alanine Ala (A) 3 L CH3 n A
2
L CH- 5,9
Valine Val (V) 5 n A
ramifié (CH3)2 7
L CH2- 5,9
Leucine Leu (L) 6 CH- n A
ramifié 8
(CH3)2
Nom Struct
Acide Abrévia Type Radic Catég Polari
bre ure de pHi
Aminé tion de R al orie té
de C R
CH3-
Isoleucin L CH- 6,0
Ile (I) 6 n A
e ramifié CH2- 2
CH3
(CH2)2
Méthioni L 5,7
Met (M) 6 -S- n A
ne ramifié 5
CH3
Proline Pro (P) 5 Hétéro Noyau Cycle n A 6,1
cycliqu pyrroli satur
e di ne é
Nom Struct
Acide Abrévia Type Radic Catég Polari
bre ure de pHi
Aminé tion de R al orie té
de C R
CH2-
Phénilala cycliqu benzèn noyau 5,9
Phe (F) 9 n A
nine e e benzè 8
ne
CH2-
Tryptoph cycliqu indole- 5,8
Trp (W) 11 indole n A
ane e benzè 8
ne
Polair 5,6
CH2-
Sérine Ser (S) 3 L alcool I n e Non 8
OH
Ionisa
ble
PNI
Nom Struct
Acide Abrévia Type Radic Catég Polari
bre ure de pHi
Aminé tion de R al orie té
de C R
CH-
Thréonin 5,6
Thr (T) 4 L Alcool II OH- n PNI
e 5
CH3
CH2- 5,0
Cystéine Cys (C) 3 L Thiol n PNI
SH 2
CH2-
Asparagi 5,4
Asn (N) 4 L amide CO- n PNI
ne 1
NH2
(CH2)2
Glutamin 5,6
Gln (Q) 5 L amide -CO- n PNI
e 5
NH2
Nom Struct
Acide Abrévia Type Radic Catég Polari
bre ure de pHi
Aminé tion de R al orie té
de C R
OH CH2-
cycliqu 5,6
Tyrosine Tyr (Y) 9 Phénoli Benzè n PNI
e 5
que ne-OH
Polair
CH2- e 2,8
Aspartate Asp (D) 4 L COOH acide
COOH ionisa 7
ble
(CH2)2
Glutamat 3,2
Glu (E) 5 L COOH - acide PI
e 2
COOH
6 (CH2)4 basiqu 9,7
Lysine Lys (K) L amine PI
(2N) -NH2 e 4
Nom Struct
Acide Abrévia Type Radic Catég Polari
bre ure de pHi
Aminé tion de R al orie té
de C R
Arginine Arg (R) 6 L guanidi (CH2)3 basiqu PI 10,
(4N) ne -NH- e 76
C-NH-
NH2
hétéro- CH2-
6 imidazo basiqu 7,5
Histidine His (H) cycliqu imidaz PI
(3N) le e 8
e ole
6.2. Réactions entre acides aminés
6.2.1.Le glycocolle
• Le glycocolle ou glycine, petit acide aminé de poids
moléculaire 74 dal. Il est sans isomère peut avoir deux
origines : exogène (les protéines alimentaires) et
endogène (décarboxylation de la sérine).
• Il entre dans la constitution de protéines fibreuses
comme le collagène ou plus particulièrement l'élastine
à hauteur de 30%.
• On le trouve également dans des molécules azotées
comme le glutathion et la créatine.
6.2.2. L'alanine
• Cet acide aminé non essentiel provient majoritairement
des protéines alimentaires.

• Il est généralement directement transaminé en pyruvate


(provenant du glucose par le glycoloyse) grâce à l'ALAT
(cf anté) mais si nécessaire, cette transamination est
réversible.

• Tout comme le glycocolle, il entre dans la constitution du


collagène et de l'élastine (à 15%).
6.2.3. L'aspartate et l'asparagine

• Tous deux ont une origine exogène.

• Cependant, par une réaction de formation du groupement


amide ou de désamination (cf anté), l'aspartate peut se
transformer en asparagine et réciproquemment.

• L'aspartate est directement transaminé (comme


précédemment, par l'ASAT) en oxaloacétate (4 Carbones,
celui-ci peut aussi provenir du glucose).
6.2.4. Le glutamate et la glutamine
• Schéma quasi identique qu'au précédent : la glutamine, amide
du glutamate peut être désaminée en glutamate et le
glutamate peut être transformé en glutamine mais il est
directement transaminé (par l'ALAT) en α-cétoglutarate.

6.2.5. La thréonine et la sérine.


• Ces deux aminoacides sont d'origine exogène alimentaire
généralement (bien que la sérine peut provenir de la glycine
ou du glucose).
• La thréonine peut être décarboxylée irréversiblement en
sérine. Tous deux possédant un OH alcoolique, ils sont
capables de fixer un phosphate PO3H2.

Page 170
6.2.6. Acides aminés soufrés
• Méthionine et cystéine ont une origine exogène alimentaire.
• Cependant, la méthionine (5 Carbones ) peut être
décarboxylée en homocystéine (4 Carbones).
• Celle-ci peut elle-même être décarboxylée en cystéine (3
Carbones).
• La cystéine est alors sous forme réduite cys-SH. Elle est
alors devant deux devenirs possibles :
- Soit elle est décarboxylée en taurine (2 Carbones), radical :
CH2-SO3H (groupement acide sulfoïque), acide aminé non
essentiel et non protéinogène.
- Soit elle est condensée avec une autre cystéine réduite et
forme la cystine (6 Carbones), en forme oxydée Cys-S-S-cys.
6.2.7. Acides aminés cycliques
• Phénylalanine et tyrosine sont d'origine exogène alimentaire.
• La Phénilalanine (Phe) est cependant directement hydroxylée
par la Phe-hydroxylase en tyrosine.
• Celle-ci pouvant à son tour être hydroxylée en L-DOPA par la
Tyr-hydroxylase. Médicalement, une des utilisations de la L-Di-
OH-phényl-alanine (L-dihydroxyphenylalanine ) se trouve
dans le traitement des maladies neurovégétatives.
• La tyrosine comporte un OH phénolique polaire
permettant la fixation d'un groupement phosphate
(PO3H2).
SOMMAIRE

1. Structure des acides aminés


2. Propriétés physico-chimiques
3. Classification des acides aminés en fonction de leur
polarité
4. Principales propriétés biochimiques
5. Rôles métaboliques des aminoacides
6. Description des 20 acides aminés
7. Quelques acides aminés non protéinogènes
8. Quelques dérivés des acides aminés
7. Quelques acides aminés non protéinogènes
7.1. La β-alanine
• La β-alanine, acide aminé de formule H2N-C*H2-CH2-
COOH provient de la décarboxylation de l'aspartate et
entre dans la structure du CoA.

7.2. Le γ-amino-butyrate (GABA)


• Il est issu de la décarboxylation du glutamate (5 carbones) et
s'illustre en tant que neuromédiateur inhibiteur.
• Il a pour formule : H2N-CH2-CH2-CH2(gama)-COOH
7.3. La taurine
• Cette petite molécule à deux carbones est le résultat de la
décarboxylation et oxydation de la cystéine et elle contient
donc une fonction acide sulfonique.

• Nécessaire à la digestion des lipides, elle solubilise les


acides biliaires.

• Sa formule est :
H2N-CH2-CH2-SO3H .
7.4. Quelques autres
• Citons aussi, parmi ces aminoacides non protéinogènes :

̶ l'Homocystéine (Hcy) à 4 Carbones issue de


la décarboxylation de la méthionine;

̶ l'Ornithine (Orn) provenant de l'arginine,


l'ornithine étant elle- même à l'origine de la
Citrulline (Cit).

̶ La Citrulline (Cit)

• Ornithine et Citrulline se retrouvent dans le cycle de l'urée.


SOMMAIRE

1. Structure des acides aminés


2. Propriétés physico-chimiques
3. Classification des acides aminés en fonction de leur
polarité
4. Principales propriétés biochimiques
5. Rôles métaboliques des aminoacides
6. Description des 20 acides aminés
7. Quelques acides aminés non protéinogènes
8. Quelques dérivés des acides aminés
8. Quelques dérivés des acides aminés
8.1. Quelques (mono-)amines biogènes
8.1.1. L'histamine
• L'histidine, médiateur chimique à action locale de l'allergie,
est décarboxylée par l'His-décarboxylase en histamine
ayant un rôle dans les réactions allergiques et
inflammatoires.
8.1.2. La L-DOPA
• La Di-Hydroxy-phényl-alanine est décarboxylée en Dopamine
par la DOPA-décarboxylase.
• Elle est hydroxylée par la dopamine β-hydroxyalse en Nor-
adrénaline. Au niveau de la glande médullo-surrénale, la Nor-
adrénaline est méthylée en Adrénaline, hormone du stress.
8.1.3. Devenirs du tryptophane
• Il peut être décarboxylé en tryptamine, vasoconstrictrice
et hypertensive.

• Ou il peut être hydroxylé en 5-OH-tryptophane qui subit une


décarboxylation pour donner la 5-OH-tryptamine ou
sérotonine, neurotransmetteur agissant dans les
mécanisme nerveux du sommeil et de l'humeur.

• Une acétylation dans l'épiphyse transforme la sérotonine en


mélatonine. Cette sécrétion augmente avec l'obscurité
(selon un cycle circadien) pour favoriser l'endormissement.
8.2. Les hormones thyroïdiennes
• La condensation de deux tyrosines donne la thyronine,
précurseur de 2 hormones actives : tri-iodothyronine et
tétra- iodothyronine.

• En fait il s'agit d'une fixation progressive de l'iode


alimentaire exogène sous forme ionisée I- par la glande
thyroïde sur la thyronine.

• La première fixation aboutit à la T3 ou tri-iodothyronine et une


seconde iodation donne la thyroxine ou T4 qui représente
80% des hormones thyroïdiennes et est indispensable à la
croissance et au développement cérébral du nourrisson.
8.3. La L-carnitine
• Ce dérivé est très important puisqu'en charge du transport
des acides gras à chaînes longues (plus de 12 carbones) du
cytosol vers la mitochondrie.
• Elle est donc ubiquitaire et un tel besoin est assuré par une
double origine.
 La première origine est exogène, il s'agit de notre
alimentation carnée (de la viande).
 La deuxième source de L-carnitine est endogène : synthèse
à partir de la Lysine et de la Méthionine.
8.4. Créatine, créatine~P, créatinine
• La créatine est synthétisée dans le foie à partir de trois
acides aminés : Arginine (Arg), Glycine (Gly),
Methionine (Met).

• Une fois en circulation sanguine, cette créatine va, au sein des


muscles, subir une phosphorylation sur le NH2 de l'ex Arginine
(Arg).
• Cette phosphorylation est réalisée par la créatine-P kinase
(CPK) selon la réaction suivante :
créatine + ATP --> ADP + créatine~P.
• Cette liaison est fortement énergétique (11000 cal).
• Dans un second temps, toujours dans le muscle, la
créatine~P est cyclisée en créatinine par déshydratation
entre l'ex Arginine (Arg) et l'ex Glycine (Gly).

• Enfin, la créatinine est excrétée par les reins dans l'urine.


• Les taux de créatinine sanguine et urinaire sont faibles et
constants.
• Ils sont proportionnels à la masse musculaire de l'individu et
ils sont donc à la base de l'évaluation de la fonction
rénale d'un organisme.
8.5. L'urée
• C'est l'ultime produit du catabolisme azoté des acides
aminés exogènes et endogènes.
• Dans le foie, on observe la synthèse de l'urée à partir de NH3
par le cycle de l'uréogenèse dans lequel on retrouve
l'ornithine, la citrulline et l'arginine.
• On obtient ainsi cette petite molécule (poids moléculaire
=60) à la formule simple : H2N-CO-NH2.
• Contrairement à la créatinine, les taux sanguins et urinaires de
l'urèe sont élevés et surtout sont variables en fonction de
multiples facteurs : alimentation, hydratation, fonction
hépatique... Par conséquent ces dosages sont moins
spécifiques pour évaluer la fonction rénale.
• L'urée n'est pas toxique.
8.6. Le glutathion
• Cette petite molécule intracellulaire est un tripeptide : γ-
glutamyl- cystéinyl-glycocolle.
• D'un point de vue structural, il y a une liaison peptidoïde entre
le Glutamate et la Cystéine puis une liaison peptidique entre
la cystéine et le glycocolle.
• Le groupement thiol SH de la cystéine centrale est capable
d'oxydoréduction, phénomène observé dans le globule rouge.
Cette oxydoréduction fait passer la cystéine à l'état de cystine
soit :
2 G-SH (réduit) --> G-S-S-G (oxydé).
SOUS-CHAPITRE 2 : LES PROTEINES

DESCRIPTION STRUCTURALE ET FONCTIONNELLE


SOMMAIRE
1. Protéines fibreuses
1.1. Kératine α
1.2. Le collagène
1.3. L'élastine
1.4. Protéines de la matrice cellulaire et du tissu conjonctif
2. Protéines globulaires
2.1. Protéines globulaires solubles
2.1.1. La myoglobine
2.1.2. La triose phosphate isomérase TPI
2.1.3. La protéine de transport du rétinol (RBP)
2.1.4. La calmoduline (Calcium modulated protein)
2.2. Protéines membranaires
3. Modifications co-traductionnelles et post-traductionnelles des
protéines
3.1. Modifications non enzymatiques
3.1.1. Glycation
3.1.2. Oxydation
3.2. Modifications enzymatiques
3.2.1. Glycosylation des protéines
3.2.2. Acylation des protéines
3.3. Modifications post-traductionnelles régulant l'activité
biologique
3.3.1.Par clivage protéolytique limité
3.3.2. Par phosphorylation/déphosphorylation
OBJECTIFS
• Décrire la structure de la liaison peptidique.
Connaître la structure de plusieurs exemples de peptides.
• Définir et décrire les quatre ordres de la structure des protéines
1.structure primaire = orientation, code à une lettre
2.structure secondaire = hélice α, feuillet β
3.structure tertiaire = liaisons covalentes, électrostatiques,
hydrogène et hydrophobe
4.structure quaternaire = sous-unités, protomères, oligomères
DEFINITION

• Les protéines sont des macromolécules biologiques


présentes dans toutes les cellules vivantes.

• Elle sont formées d’une ou de plusieurs chaînes


polypeptidiques.

• Chacune de ces chaînes est constituée de


l’enchainement de résidus d’acides aminés liés entre
eux par des liaisons peptidiques.
Structure 1aire ,,,,,,
1. Protéines fibreuses

• Encore appelées protéines fibrillaires, elles constituent un


tiers des protéines des vertébrés supérieurs.
• Elles ont une fonction dans la protection externe en étant les
composants majeurs des couches les plus externes de la
peau, des ongles, cheveux, cornes.
• Elles interviennent aussi dans l'architecture des organismes
par l'importance de leur présence dans les tissus
conjonctifs, les tendons, les cartilages, les os, parfois
dans le squelette intracellulaire (kératine).
• Elles participent aussi à la mobilité cellulaire (myosine,
tropomyosine).
• Quelques protéines fibreuses participeront à des processus
physiologiques comme la coagulation sanguine (c'est le cas
du fibrinogène par exemple).
• Elles sont donc majoritairement insolubles ou peu solubles
dans l'eau.
• Les protéines fibreuses se distinguent des protéines
globulaires par la monotonie de leur structure secondaire:
elles ne comportent qu'un motif sur toute la longueur de leur
chaîne. Les structures tertiaires et quaternaires ne les
concernent donc pas.
• Elles compensent ce déficit en se juxtaposant pour créer
des architectures dite de "degré d'organisation
supérieur".
1.1. Kératine α
• Elle tient son nom de sa forme caractéristique composée de
longues hélices α.
• On la trouve en forte quantité dans la peau, les phanères et
les ongles.
• Elle y parait ordonnée mais elle peut être trouvée sous une
forme désordonnée dans le cytoplasme des cellules.
• Cette forme désordonnée est expliquée par l'absence de
ponts disulfures dans le cytoplasme.
• Insoluble, sa chaîne polypeptidique est riche d'acides
aminés à radicaux hydrophobes (ou peu solubles) :
phénylalanine, isoleucine, valine, méthionine, alanine et
quelques pourcents de cystéine.
• Comme ces chaînes sont orientées vers l'extérieur, vers l'eau,
la partie externe des fibrilles de kératine α est hydrophobe
donc insoluble.
• La kératine des phanères est organisée en structure
complexe.
• 3 hélices α s'enroulent pour former une protofibrille de
diamètre: 20 angström.
• 11 protofibrilles s'associent pour former une microfibrille
(diamètre : 80 angström).
• La réunion de plusieurs microfibrilles donne une
macrofibrille, et celle-ci associée à d'autres macrofibrilles
formera un cheveu/poil.
• Protofibrilles et microfibrilles pourront être stabilisées entre
elles par des ponts disulfures (donc intercaténaires).
• On distingue, in fine, trois niveaux d'organisation protéique: la
structure primaire, la structure secondaire et le
surenroulement des hélices et juxtapositions.
• La solidité des fibres est due à la présence de ponts
disulfures.
• L'élasticité des fibres est fonction des liaisons hydrogènes.
• Chauffées en milieu humide et étirées, les hélices de la
kératine doublent de dimension pour prendre la
configuration d'un feuillet β plissé.
• Les ponts disulfures disparaissent et le nombre de liaisons
hydrogènes diminue fortement laissant la structure
polypeptidique atteindre cette configuration dans une
certaine stabilité.
1.2. Le collagène
• Le collagène est ubiquitaire et est donc le polypeptide le plus
abondant chez les vertébrés supérieurs.
• On le trouve plus spécifiquement dans la peau, le cartilage, les
ligaments, les tendons, les parois vasculaires, les os et les
dents.
• Sa grande résistance à la traction est sa caractéristique
principale ( une fibre d'1 mm de diamètre peut résister à une
traction de 10 kg).
• Il existe différentes sortes de collagène qui ont une
organisation spécifique de leurs tissus.
• Ainsi le collagène de type I est le plus représenté constituant
90% du collagène corporel.
• Il entre dans la composition des tissus conjonctifs, comme les
collagène de types II et III.
Page 190
• Chaque subunité est longue de 300 nm.
• Comme pour la kératine, les subunités de collagène sont
faites de trois chaînes polypeptidiques (1000 acides aminés
chacune) qui se juxtaposent et s'enroulent pour former une
super hélice gauche.
• Elle est très résistante et peut comporter à ses extrêmités des
cristaux d'hydroxyapatite, dans le tissu osseux.
• Le collagène est une protéine à la composition particulière car
contenant des acides aminés hydroxylés.
• Elle est très riche en glycocolle puisque près d'un tiers des
acides aminés en sont.
• Elle contient également de l'alanine (11%), proline (12%),
lysine, OH- proline (9%), OH-lysine.
• L'hydroxylation de ces deux derniers acides aminés est co-
traductionnelle et s'effectue par une hydroxylase en
présence de vitamine C.
• Il est ici présent en tant que cofacteur.
• Son déficit est à l'origine des troubles du scorbut, donnant un
collagène défectueux.
• La conformation en hélice gauche est la résultante de
l'importante présence de proline et OH-proline, acides
aminés cycliques.
• De façon post- traductionnelle il peut aussi y avoir addition
d'oses sur les OH- lysines.
• La présence non négligeable de lysine et OH-lysine est à
l'origine de la stabilité des fibrilles de collagènes.
• En effet, des liaisons transversales intramoléculaires et
intermoléculaires covalentes vont se mettre en place entre ces
deux aminoacides.

• Ces ponts covalents s'établissent par des réactions chimiques


complexes et seront en nombres variables d'un tissu à l'autre.

• Le nombre de pontage augmentant est responsable d'une plus


grande rigidité: c'est ce qui passe avec le cartilage et
l'avancée dans l'âge.

• Les fibroblastes, cellules peu différenciées, synthétisent


le collagène en plusieurs étapes.
D'abord, 4 étapes intracellulaires :

 synthèse traductionnelle d'une chaîne peptidique plus longue


que la subunité de collagène,

 hydroxylation des lysines et prolines en présence de vitamine


C,

 addition de quelques oses aux OH des OH-lysines (O-


glycosylation dans l'appareil de Golgi),

 formation du procollagène à extrêmitésdépassantes et sa


structure en triple hélice.
Puis, 4 étapes extra-cellulaires :
 sécrétion du procollagène dans le milieu extra-cellulaire,

 coupure des extrémités aboutissant à la subunité de


collagène,

 association des molécules de collagène créant les fibres,

 formation des ponts covalents entre des chaînes latérales


d'OH-lysine entre chaînes et molécules voisines : on obtient le
collagène mature.
1.3. L'élastine
• Elle est caractérisée par son extensibilité.
• On la trouve donc massivement dans les fibres élastiques,
pouvant atteindre plusieurs fois sa longueur en étant étirée et
retrouver rapidement ses dimensions et forme d'origine.
• Elle trouve donc aisément sa place dans les tissus
conjonctifs élastiques aux côtés du collagène et de
polyosides.
• Par ses qualités elle sera également trouvée à juste titre dans
les parois des vaisseaux sanguins (permettant la modulation
de la force du pompage pulsatile du sang par le coeur) et
dans les poumons.
• La tropo-élastine de 800 acides aminés est la subunité de
l'élastine.
• Sa composition est proche de celle du collagène : 30% de
glycine, 30% d'alanine et de valine, de nombreux résidus
lysines et prolines aux extrémités.
• Elle ne contient donc pas d'OH-prolines et d'OH-lysines, donc
on n'observe pas les liaisons covalentes de type collagène
mais des liaisons covalentes caractéristiques : des ponts
desmosines, s'établissant entre les lysines (4) des sous-
unités.
• En fait les lysines et arginines sont en bout de segment et les
radicaux de 4 lysines sont transformés en desmosine.
• Ainsi les chaînes de tropo-élastine sont unies et peuvent être
étirées de façon réversible.
• L'élastine est aussi caractérisée par son absence de forme :
elle est amorphe.
• Elle ne comporte pas de structure secondaire.
1.4. Protéines de la matrice cellulaire et du tissu conjonctif
• Trois composants majeurs entrent dans la constitution du tissu
conjonctif : collagène, élastine et protéoglycanes.
• Les deux premiers composants sont des protéines fibreuses
présents dans la plupart des tissus conjonctifs.
• Les protéoglycanes correspondent à des protéines liées par
covalence à des glucides (90% de glucides).
• Ces trois constituants sont en étroites relations pour constituer
tissu conjonctif et matrice cellulaire.
2. Protéines globulaires
• Elles se différencient des protéines fibreuses par :

̵ une structure primaire présentant la plupart des 20 acides


aminés protéinogènes, donc variée,

̵ une structure secondaire tout aussi riche et diversifiée,

̵ une structure tertiaire lui conférant la configuration spatiale


nécessaire à sa fonction biologique,

̵ une structure quaternaire facultative mais à rôle biologique


quand elle est présente.
2.1. Protéines globulaires solubles

2.1.1. La myoglobine

• La structure de la myoglobine est composée d'hélices α


reliées par des coudes, soit 8 segments séquences.

• Le plus long segment possède 23 acides aminés et le plus


court en possède 7.

• Sa fonction est de mettre en réserve l'oxygène dans la cellule


musculaire.
2.1.2. La triose phosphate isomérase TPI
• La triose phosphate isomérase une enzyme de la
glycolyse permettant l'interconversion entre le
glycéraldéhyde-3-P et la dihydroxyacétone phosphate.
• Elle a donc une fonction de catalyse enzymatique.
• Sa structure secondaire présente en alternance 8 hélices α
amphiphiles et 8 brins β reliés entre eux.
• Cet ensemble s'organise en un tonneau plaçant les hélices
en extérieur et les brins en interne, tapissant la cavité
centrale qui accueille le substrat.
• C'est une structure fréquente chez les enzymes de la
glycolyse.
2.1.3. La protéine de transport du rétinol (RBP)

• Cette protéine est plasmatique et comporte 182 acides


aminés.
• Sa structure secondaire est constituée de 8 brins β anti-
parallèles.
• On retrouve la configuration en tonneau à intérieur hydrophobe
recevant le ligand transporté, le rétinol (ou vitamine A
liposoluble).
• Elle le transporte du foie jusqu'aux tissus utilisateurs, c'est un
transporteur plasmatique.
2.1.4. La calmoduline (Calcium modulated protein)

• La calmoduline capte le calcium des cytoplasmes permettant


la mesure du Ca2+ intracellulaire et la diffusion de
l'information aux protéines actives sensibles au calcium.
• Sa structure secondaire organise les 148 acides aminés en
hélices α uniquement.
• Elle comporte deux domaines globulaires de 3 hélices α
chacun. Il sont reliés par un connecteur qui pourra être fait
d'une ou de deux hélices α selon que du Ca2+ soit fixé ou non.
• Chaque tête globulaire est capable de fixer 2 atomes de
Ca2+, soit 4 atomes de Ca2+ par calmoduline.
• Quand il n'y a pas de calcium, le connecteur est sous forme
compacte donc présente le motif hélice-boucle-hélice.

• En présence de calcium, la molécule s'étire pour le fixer


(connecteur : 1 hélice α), laissant apparaitre deux zones non
polaires riches en méthionine, zones liant les protéines cibles
par interactions hydrophobes.

• Quand la liaison calmoduline-protéine cible est en place, le


connecteur retrouve une forme compacte : hélice- coude-
hélice (coude de 4 acides aminés, selon un angle de 100°),
enfermant la protéine cible.
2.2. Protéines membranaires

• 50% de la masse d'une membrane plasmatique est


constituée par les protéines.
• Deux types de protéines membranaires existent :
 les protéines périphériques, en contact avec une seule face
de la membrane,
 les protéines intégrales, transmembranaires. Elles comportent
une zone hydrophobe transmembranaire (chaînes latérales
hydrophobes non polaires), une zone extra-membranaire
polaire et hydrophile, une zone intra-membranaire polaire et
hydrophile. Les liaisons peptidiques polaires forment entre
elles des liaisons hydrogène diminuant leurs possibilités
d'interaction répulsive avec l'environnement hydrophobe.
• Les protéines membranaires traversant plusieurs fois la
membrane ont une chaîne polypeptidique faite d'une
série d'hélice α hydrophobes.
3. Modifications co-traductionnelles et post-traductionnelles
des protéines

• Certaines protéines nécessitent, suite à leur synthèse, des


modifications pour acquérir leur activité biologique (ou être
inactivées) dans leur conformation spatiale ou leur
composition.

• Ces modifications seront co- ou post-traductionnelles,


enzymatique ou non, réversibles ou non.
3.1. Modifications non enzymatiques
3.1.1. Glycation
• NON enzymatique, elle concerne toutes les protéines et
augmente avec la glycémie (plus forte disponibilité en oses).
• Les fonctions amines des protéines longtemps exposées au
glucose extracellulaire vont être glyquées.
• La première étape du processus est la formation réversible
d'une base de Schiff.
• Le réarrangement d'Amadori la rend stable.
• Le dosage de l'hémoglobine glyquée (durée de vie des
globules rouges : 3 mois) permet ainsi la mesure d'une
glycémie sur trois mois permettant le suivi thérapeutique des
diabétiques.
• Les composés obtenus sont toxiques.
• Ce processus n'est pas à confondre avec la glycosylation,
processus enzymatique d'ajout de glucide à une protéine
dans des conditions physiologiques cellulaires normales.
3.1.2. Oxydation
• C'est un phénomène à ne pas négliger car responsable
de l'accumulation de protéines endommagées et
parfois non fonctionnelles.
• Cette oxydation de certains radicaux est irréversible
sauf pour la méthionine.
• Elle sera oxydée en méthionine sulfoxyde mais pourra
enzymatiquement être régénérée.
3.2. Modifications enzymatiques
3.2.1. Glycosylation des protéines
• C'est l'une des plus importantes modifications post-
traductionnelle.
• Sont particulièrement concernées les protéines sécrétées et
les protéines membranaires.
• Elle semblerait protéger des protéases et joue un rôle dans la
fonction biologique de la protéine.
• La N-glycosylation est co-traductionnelle et se déroule dans
le réticulum endoplasmique.
• Elle se fait avec la fonction amide de l'asparagine, asparagine
localisée dans un séquence particulière.
• Une "copule glucidique" est formé par les glucides ajoutés,
il s'agit d'un oligosaccharide aux tailles et formes variables.
• Ces copules ont toujours un motif commun, le
pentasaccharide :
N-acétylglucosamine -- N-acétylglucosamine -- mannose -- 2
mannoses

• La O-glycosylation est post-traductionnelle et s'effectue dans


le trans-golgi-network.
• L'accepteur glucidique sera le radical d'une sérine ou
thréonine, voire d'une 5-hydroxylysine pour les collagènes.
• Le premier ose fixé est toujours une N- acétylgalactosamine.
• On peut ajouter jusqu'à 15 oses différents.
• Elle s'effectue sur un grand nombre d'accepteurs situés dans
une même région.
• Parfois cette glycosylation peut aboutir à des protéines dont
50% du poids moléculaire correspond à des oses.
• C'est par exemple le cas des mucines au rôle protecteur des
muqueuses aériennes et digestives.
• Une telle impotance en glycane les rend très hydrophiles et
résistantes aux enzymes protéolytiques.
• La glycosylation, en outre, participe activement à la
reconnaissance entre cellules, à la structure des récepteurs
des membranes plasmiques, à l'adressage des protéines
vers leur destination cellulaire définitive.
3.2.2. Acylation des protéines

C'est la fixation d'un lipide. 4 types existent :

 myristoylation: +1 acide myristique,

 palmitoylation: +1 acide palmitique,

 glypiation: +1 phosphatidylinositol,

 farnésylation ou géranylation: +1 dérivé de chaînon


isoprène comme le farnésyl (15C) ou le géranyl.
• Cette fixation se fait avec des enzymes spécifiques de l'acide
aminé accepteur et du lipide.
• Les acides aminés accepteurs ne sont pas toujours les
mêmes mais varient en fonction de la copule lipidique à
ajouter.
• Elle est soit co-traductionnelle et se déroulera dans le
réticulum endoplasmique, soit post- traductionnelle et se
déroulera dans le golgi cis.
• Cette acylation permettra l'ancrage à la face interne ou
externe des membranes plasmiques ou aux membranes des
organites intracellulaires, selon la copule.
3.3. Modifications post-traductionnelles régulant l'activité
biologique
3.3.1. Par clivage protéolytique limité
• Irréversibles, ces réactions peuvent activer ou inactiver
des protéines.
• Ce clivage provoque des changements de conformation
créant l'apparition ou disparition des propriétés
biologiques.
• Ce clivage s'effectue sur une liaison sensible séparant le
peptide inhibiteur/activateur du reste de la protéine,
permettant ainsi un remaniement de la structure tertaire
(modifications des liaisons H et de van der walls).
• Ce type de régulation est présent dans de nombreux
mécanismes cellulaires et extracellulaires.
• Citons par exemple le "zymogène" forme inactive
d'enzymes digestives protéolytiques :
 pepsine,

 trypsine,

 chymotrypsine

• L'enzyme deviendra active en arrivant dans le tube


digestif.
• On retrouvera également ce type de régulation dans les
systèmes du complément, de la coagulation, de
l'angiotensine.
3.3.2. Par phosphorylation/déphosphorylation

• Réversible, la fixation par liaison covalente d'un


groupement phosphate (sur un groupement OH du radical
de Ser, Thr ou Tyr) peut activer ou inhiber l'activité
biologique d'une protéine.
• C'est une protéine kinase qui phosphoryle.
• La déphosphorylation est réalisée par une
phosphatase. Cette modification chimique est
secondaire.
• C'est son influence par modification des charges
électriques des atomes et remaniement des liaisons H,
forces de Van der Walls et liaisons ioniques qui importe.

• Ce changement de conformation va influencer l'affinité


de la protéine pour son ligand.

• On retrouve ce mode de régulation dans beaucoup de


réactions du métabolisme cellulaire.

Vous aimerez peut-être aussi