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Mémoire
De fin d’études pour l’obtention du diplôme de Master II
Domaine : science de la nature et de la vie ( S.N.V)
Spécialité : Biotechnologie microbienne
Intitulé du thème :
Je dédie ce mémoire a :
La plus chère personne dans ma vie, la
lumière de mes yeux lambre de mes pas et le bonheur
de mon existence ; ma mère ainsi que mon père.
Ma femme qui ma encouragé, aidé, guidé,
conseillé et soutenu.
Je souhaite que dieu me le garde
Ma raison de vivre mes chères enfants ;
yasser, Ilyes, Achraf que je leurs souhaite beaucoup
de réussite dans leur vie.
Habib
Dédicace
Je dédie ce mémoire a :
La plus chère personne dans ma vie, la lumière de mes
yeux lambre de mes pas et le bonheur de mon
existence ; ma mère la miséricorde de dieu sur eux
ainsi que mon père que dieu le protéger.
Ma femme qui ma encouragé, aidé, guidé,
conseillé et soutenu.
Je souhaite que dieu me le garde
Ma raison de vivre mes chères enfants ; Younes, Ibtihel
Maria que je leurs souhaite beaucoup de réussite dans leur
vie.
Mon frere Mohammed et sa famille et son enfants ; Alia
,Reihane et Abderrahmane
Mes collègues de travail a GIPLAIT Tassala
chacun à son nom.
Benyahia
Remerciements
Nous remercions avant tout Allah tout
puissant, de nous avoir guidé toutes les années
d’étude et nous avoir donné la volonté, la
patience et le courage pour terminer ce travail.
Mes remerciements à mon promoteur: Mr
BENINE Amine pour avoir proposé ce thème
et accepté d'encadrer et de suivre ce travail avec
patience sans limites.
Nos vifs et sincères remerciements s’adressent
tout particulièrement à notre chef d’option Pr
ABBOUNI Bouziane qui nous a procuré une
bonne formation.
Mes remerciements vont à mon Co-promoteur Dr
MERAD Yassine pour leur aide et leur conseil
judicieux durant la réalisation de ce travail.
Mes remerciements vont aussi aux les membres
de service bactériologie CHU de SBA et
GIPLAI Tassala SBA
Enfin, nous remercions, tous ceux qui de près ou
de loin, ont contribué à la réalisation de ce
travail
Résumé
Les champignons sont omniprésents dans l’environnement et certains ont un impact
indéniable sur la santé, notre étude a pour but d’isoler la mycoflore des mosquées dans notre région
Un isolement à partir de l’air par sédimentation sur boites pétri gélosées, et un prélèvement
de surfaces par des écouvillons humidifiés et des compresses stériles sur les tapis des différentes
rangées, des sanitaires, des régions de la tête et des pieds, au total 176 prélèvements ont été
effectués et ensemencés sur les milieux sabouraud, extrait de malt et PDA, ont été recueillis la date
de construction de chaque mosquée, son degré de fréquentation, le rythme de nettoyage, le nombre
de fenêtre, la climatisation, et une mesure de la température et de l’humidité ambiante a été
effectuée au moment du prélèvement. La prévalence fongique a été de 88,1%, Penicillium sp a été
le plus isolé (20,6%) et Cladosporiumsp (18,8%) qui sont principalement des moisissures
allergènes, Trichophyton mentagrophytes a été le principal dermatophyte isolés (1,4%) qui est
responsable de lésions dermatologiques.
د اتاا ا لعا الفطريات موجودة في كل مكان في البيئة وبعضها يكون لهاا اأثير ال يمكا نككاا ع ى ال حل ا ة هاف
والية تيفي ب عباس 19مسجفًا مخاا ا م د اتة وصفية الفطريات في بعض المساجف في م طقا ا ،هي ىبا ة ى
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ي . الاي اماع بف جة ىالية م د جة حضو ا لم
INTRODUCTION……………………………………………………… .01
I Matériels et Méthodes
II RESULTATS ET DISCUSIONS
Partie descriptive :
1. Prévalence fongique globale au niveau des mosquées ------------------------------------- 22
1.1 Répartition selon la localisation de la mosquée -------------------------------------------- 22
1.2 Répartition selon les caractéristiques des mosquées ------------------------------------- 23
1.2.1 Répartition de la présence fongique selon la température à l’intérieur
des mosquées --------------------------------------------------------------------------------------- 23
1.2.2 Répartition de la présence fongique selon l’humidité à l’intérieur des mosquées -- 24
1.2.3 Répartition de la présence fongique selon le degré de fréquentation des mosquées 25
1.2.4 Répartition de la présence fongique selon la climatisation des lieux ----------------- 26
1.2.5 Répartition de la présence fongique selon le nombre de fenêtre des mosquées ------ 27
1.2.6 Répartition globale de la présence fongique selon les rangées des mosquées ------- 28
1.2.7 Répartition de la présence fongique selon les zones têtes et pieds des tapis --------- 29
1.3 Répartition globale de la présence fongique au niveau des sanitaires des mosquées -- 30
1.4 Répartition globale des résultats selon les techniques utilisées --------------------------- 31
1.5 Répartition globale de la présence fongique à partir des prélèvements d’air par sédimentation32
1.6 Distribution globale des champignons isolés à partir des mosquées --------------------- 33
Résumé Partie descriptive ------------------------------------------------------------------------ 34
Partie analytique
1. Prévalence de la présence fongique selon la localisation des mosquées ----------------- 36
2. Prévalence de la présence fongique selon l ‘ancienneté de la construction
de la mosquée --------------------------------------------------------------------------------------- 37
3. Prévalence selon les caractéristiques des mosquées ----------------------------------------- 38
3.1 Prévalence de la présence fongique selon la température à l’intérieur des mosquées -- 38
3.2 Prévalence de la présence fongique selon l’humidité à l’intérieur des mosquées ------ 39
3.3 Prévalence de la présence fongique selon la fréquentation des mosquées--------------- 40
3.4 Prévalence de la présence fongique selon la climatisation des lieux --------------------- 41
3.5 Prévalence de la présence fongique selon le nombre de fenêtre des mosquées --------- 42
3.6 Prévalence globale de la présence fongique selon les rangées des mosquées --------- 43
3.7 Prévalence de la présence fongique selon les zones têtes et pieds des tapis------------- 44
4. Prévalence globale de la présence fongique au niveau des sanitaires des mosquées ---- 46
5. Prévalence globale de la présence fongique à partir des prélèvements d’air
par sédimentation ----------------------------------------------------------------------------------- --47
6. Résultats mycologiques ------------------------------------------------------------------------- 48
7. Lien entre les agents fongiques isolés et les sites de prélèvements ------------------------ 49
7.1 Lien entre les champignons levuriformes et les sanitaires ----------------------- 49
7.2 Lien entre les Aspergillus et les sanitaires ------------------------------------------ 49
Résumée analytique -------------------------------------------------------------------------------- 50
Discussion partie descriptive ---------------------------------------------------------------------- 51
Discussion partie analytique ---------------------------------------------------------------------- 52
Conclusion ------------------------------------------------------------------------------------------ 54
Recommandations ---------------------------------------------------------------------------------- 55
Références bibliographiques
Annexe
Liste des abréviations
AW : activité en eau.
RH : l’humidité relative
PH : potentiel d hydrogène.
Liste des figures
Figure 07: Répartition de la présence fongique selon l’humidité à l’intérieur des mosquées……...24
Figure 10 : répartition des cultures positives selon le nombre de fenêtres dans les mosquées ….…27
Figure 11 : répartition des cultures positives selon les zones têtes et pieds des tapis…………..…. 30
Figure 12 : répartition des cultures positives au niveau des sanitaires ………………………..……30
Figure 13 : Répartition de la présence fongique selon le type de support de milieu utilisé ……..…31
Figure 14 : Répartition globale de la présence fongique à partir des prélèvements d’air par sédimentation.... 32
Figure 15 : distribution globale des champignons isolés à partir des mosquées ……………….….33
Figure 16 : Prévalence de la présence fongique selon la localisation des mosquées …………...….36
Figure 17 : Prévalence de la présence fongique selon l ‘ancienneté de la construction de la mosquée
…………………………………………………………………………………………….……...…37
Figure 18 : Prévalence de la présence fongique selon la température à l’intérieur des mosquées
……………………………………………………………………………………………………. 38
Figure 19 : Prévalence de la présence fongique selon l’humidité à l’intérieur des mosquées …...39
Figure 20 : Prévalence de la présence fongique selon la fréquentation des mosquées………..… 40
Figure 21 : Prévalence de la présence fongique selon la climatisation des lieux …………..……41
Figure 22 : Prévalence de la présence fongique selon le nombre de fenêtre des mosquées….… 42
Figure 23: Prévalence de la présence fongique au niveau des sanitaires des mosquées……...….46
Figure 24 : Prévalence de la présence fongique à partir des prélèvements d’air par sédimentation
………………………………………………………………………………………………..… 47
Figure 25: Prévalence de la présence fongique à partir de la zone pieds des tapis …………….44
Figure 26 : Prévalence de la présence fongique à partir de la zone tète des tapis………….…..45
Figure 27: Prévalence de la présence fongique selon type de support de milieu utilisée…....... 48
Liste des tableaux
Tableau 17. Répartition de la présence fongique selon le type de support de milieu utilisé…..…31
Tableau 18: Répartition globale de la présence fongique à partir des prélèvements d’air par
sédimentation…………………………………………………….………………………………...32
des mosquées……………………………………………………………………………………..38
Tableau 32: Prévalence de la présence fongique à partir de la zone pieds des tapis…………..44
Tableau 30: Prévalence de la présence fongique au niveau des sanitaires des mosquées ……..46
Sédimentation………………………………………………………………………………….47
Tableau 34: Prévalence de la présence fongique selon type de support de milieu utilisée……48
Plusieurs travaux ont porté sur l’identification des moisissures et de la toxicité de leurs
mycotoxines dans les habitats intérieurs, différents genres de moisissures (Alternaria sp.,
Cladosporium sp., Aspergillus sp., Penicillium sp.), peuvent être retrouvés (Chaumont et al. 2001;
Reboux et al. 2010). Ainsi, il a été montré que l’inhalation des spores fongiques est associée à des
symptômes allergiques se manifestant cliniquement par de l’asthme, des rhinites, voire des
pneumopathies d’hypersensibilité (Barnes et al. 2001; Andersson et al. 2003). Les champignons
filamenteux ont aussi été associés, par certains auteurs, au syndrome des bâtiments malsains (SBS),
qui se manifeste par des difficultés respiratoires, des céphalées, une rhinite, une conjonctivite, voire
des nausées (Cooley et al. 1998).
Les mycotoxines peuvent être véhiculées par des poussières et ainsi être aérosolisées et
inhalées. L’inhalation de ces poussières peut entraîner un dépôt pulmonaire des mycotoxines et
représenter un danger pour la santé humaine. Les connaissances sur la toxicité liée à l’inhalation des
moisissures et de leurs mycotoxines portent essentiellement sur une espèce fongique donnée ou une
mycotoxine donnée (Bellanger et al. 2009; Bünger et al. 2004 ; Khoufache et al. 2010).
L’hypothèse d’une origine fongique probable est étayée par l’observation en microscopie de
spores fongiques (Arai 2000; Rakotonirainy et al. 2007). Il est donc important de pouvoir
identifier les espèces fongiques présentes dans le foxing, afin de pouvoir développer des traitements
antifongiques spécifiques.
Aujourd’hui, la connaissance de la biologie des moisissures est encore partielle; cependant,
la compréhension des métabolismes primaires et secondaires et de la génétique de ces
microorganismes permet de maîtriser de mieux en mieux leurs capacités de biosynthèse et leur mise
à profit pour l’homme. A l’heur actuel, il n’existe pas en Algérie de données scientifiques
significatives sur les variétés de mycètes, leur écologie et leur potentiel de production de
métabolites secondaires (Abdalaziz , 2006).
Parmi les matrices où peuvent se développer les champignons et leurs métabolites, les tapis
des mosquées pourraient représenter un risque potentiel pour l’homme. Il est donc essentiel de
pouvoir disposer d’outils permettant de rechercher les métabolites fongiques, en particulier les
mycotoxines.
Dans ce contexte nous avons effectué cette étude afin d’identifier la présence des espèces
fongiques localisées dans des mosquées a travers la willaya de sidi bel abbés.
Pour mieux expliquer ce thème, une synthèse est effectuée, qui rassemble des données
générales, dans laquelle sont présentés des généralités et des définitions sur les champignons et les
conditions physicochimiques de leur développement.
Dans la deuxième partie seront présentés le matériel utilisé et les méthodes appliquées au cours de
cette étude soit :a) les prélèvements à partir des mosquées ;b) l’isolement et identification
fongiques. La troisième partie présentera les résultats qui ont été obtenu avec une discussion.
1
Synthèse
bibliographique
2
Généralité
I Les champignons
3
Généralité
I.2 Classification
La classification des champignons est d’abord basée sur un mode de reproduction sexuée ou
phase téléomorphe. Ce critère définit quatre a des cinq groupes principaux : les chytridiomycètes,
les zygomycètes, les basidiomycètes et les ascomycètes. Certaines moisissures sont le plus souvent
ou exclusivement rencontrées à un stade de multiplication asexuée, dit anamorphe. Ces organismes
sont alors classés d’après le mode de production des spores asexuées ou conidies. Ces espèces sont
classées dans le cinquième ordre, les Deutéromycètes ou Fungi imparfait.
4
Généralité
I.2.3 Les zygomycètes
Cette division est caractérisée par la production de spores asexuées appelées zygospores,
dont deux sont pathogènes: les mucorales et les entomophthorales(Chabasse,2008;Alexopoulos et
al.,1996;Sutton et al.,1998) .
- Chez les mucorales, les spores asexuées naissent à l’intérieur d’une sorte de sac fermé appelé
sporange ou (sporocyste) contenant de nombreuses endospores.
- A l’inverse, chez les entomophthorales, les spores asexuées naissent et s’éjectent de l’extrémité
d’un filament spécialisé, elles portent le nom de ballistospores.
Les zygomycètes ont un mycélium siphonné. Ils produisent des spores sans flagelles. La
reproduction sexuée aboutit à la formation de zygospores. Ce sont des saprophytes très répandus ;
certaines espèces s'avèrent être des parasites redoutables chez l'homme, notamment chez des sujets
fragilisés.
I.2.4 Les ascomycètes
Cette division regroupe, plus de la moitié de l’ensemble des champignons répertoriés. C’est
de loin la division la plus importante, plus des trois quart des espèces observées chez l’homme
proviennent des ascomycètes. Les spores issues de la reproduction sexuée sont produites de manière
endogène à l’intérieur d’un sac appelé asque, d'où l'appellation ascomycètes donnée à ces espèces.
Ces asques sont dispersés ou regroupés au sein d’ascocarpes (Chabasse, 2008 ; De Hoog, 1996).
I.2.5 Les deutéromycètes
Appelés aussi fungiimperfecti (champignon filamenteux), cet ensemble hétérogène est un
problème pour les taxonomistes. En effet, les deutéromycètes n’ont pas de forme sexuée connue, ils
ne se reproduisent que par voie asexuée ou par simple fragmentation du mycélium. Ceci oblige à les
classer à part en ne tenant compte que de leur stade anamorphe. Cet ensemble regroupe le plus
grand nombre d’espèces impliquées en pathologie médicale (Chabasse, 2008 ; Chabasse, 2002).
(Figure 2)
5
Généralité
I. 3 Caractéristique structurale
La cellule de champignon compose les différents organites d’une cellule eucaryote (noyau,
mitochondries, réticulum endoplasmique, des ribosomes, l’appareil de Golgi, ribosomes,
microbodies et vésicules, paroi et les plus importants organites sont :
Noyau : petite, forme sphérique à ovoïde, structures extrêmement plastique, qui sont
capable de passer à travers les minuscules pores septaux.
Mitochondries : paraissent circulaires, ovales ou allongées, à une membrane externe lisse et
une membrane interne qui se prolonge en crêtes qui pénètrent dans la matrice.
Membrane plasmique : ou plasmalemme.
Paroi : protège le corps fongique formé essentiellement de polysaccharides, la paroi
cellulaire fongique est un assemblage dynamique complexe de plusieurs composants.
Deux formes structurales existent chez les champignons: la forme unicellulaire représentée par
les cellules de levure et la structure à forme de filaments. Les filaments individuels sont appelés
hyphes. Collectivement les hyphes sont appelés mycélium. Ce dernier est la phase végétative des
champignons qui, subséquemment, donne naissance aux structures reproductives. Qu'ils soient sous
forme de cellules de levure ou sous forme de filaments constitués en hyphes. (Leclerc et al., 1983).
6
Généralité
I.3.1 Dissémination
Les champignons se propagent sur différents substrats, par l’intermédiaire de spores qui sont
des corpuscules de 2 à 250 Um de diamètre. Les spores sont disséminées principalement par l’air
ambiant ou par le contact de l’homme. Lorsqu’elles se déposent sur un substrat organique, tel que
les supports des papiers, mures et les tapies, elles germent si les conditions d’humidité et de
température y sont favorables. Elles y pénètrent par voie chimique (production d’enzymes, de
toxines) ou par voie mécanique en exerçant une pression sur le substrat (Chabasse al, 1999).
I.4 Reproduction
Le cycle de vie des champignons comprend deux types de reproduction (Figure 3)
a)La reproduction asexuée, au cours de laquelle une spore ou un fragment de mycélium croit et
se développe sur un substrat (figure 3). Le mycélium émet des conidiophores à l’extrémité desquels
des conidies sont émises puis disséminées;
b) La reproduction sexuée, implique la rencontre de deux mycélium de signes sexuels opposés.
Un mycélium à n chromosomes va rencontrer un autre mycélium à polarité complémentaire pour
donner lieu à la fusion des cytoplasmes, ce qui engendre un nouveau mycélium à 2n chromosomes.
Les cycles de vie diffèrent d’un champignon à un autre selon leur type de spores. (Figure 4)
7
Généralité
8
Généralité
Les mycorhizes : ce sont des formes de cohabitation en relation étroite et à intérêt mutuel
entre champignons et végétaux supérieurs. Ces derniers étant incapables d’absorber les éléments
minéraux en raison de leur faible solubilité dans le sol, ils se sont adaptés à ces conditions en
s’associant à des mycètes qui développent un réseau de filament autour des racines
(ectomycorhizes) ou dans leurs tissus corticaux (endomycorhizes), leur fournissant un maximum de
contact avec les solutions ou particules du sol. Ce phénomène est peu rencontré en milieu aquatique
où les végétaux peuvent utiliser directement les éléments minéraux dissous dans l’eau, à savoir le
phosphore, le cuivre et le zinc (Kachour, 2005).
I.6 Eléments nutritifs
Les moisissures sont des microorganismes hétérotrophes, elles exigent donc la présence des
éléments nutritifs de base (carbone, azote et ions minéraux) dans le milieu qui assure leur croissance
(Davet, 1996).
Oxygène: Il présent l’oxygène normal pour la respiration, les champignons utilise soit
l’oxygène directe soit le nitrate.
Carbone: Il existe plusieurs sources de carbone à savoir les monosaccharides, les
polysaccharides les alcools et acides organiques.
L’azote: La majorité des champignons assimile l’azote inorganique nitratifs en plus
dénitrates l’utilisation d’une large gamme de composés azotés tels que les amino acide.
Soufre: Dans le milieu le besoin fongique en soufre est généralement satisfait par
l’incorporation de l’ion sulfate tel que à partir du sulfate de magnésium.
Phosphore Le phosphore est un important élément des macromolécules telles que l’ADN,
l’ARN et les phospholipides aussi bien que des micromolécules telles que le coenzyme A et
certaines vitamines.
Calcium: Son rôle important est dans le fonctionnement des microtubules et des
microfilaments, dans l’activité des enzymes et dans la maintenance de l’intégrité structurale
des membranes.
Potassium: Cet élément est impliqué dans le processus de transport dans la cellule et dans la
régulation du potentiel osmotique cellulaire. Il est absorbé par les champignons sous forme
inorganique.
Magnésium: Le magnésium est impliqué dans la structure et la fonction membranaire. Il est
aussi nécessaire comme un cofacteur pour certaines enzymes glycolytique, il est absorbé
aussi forme inorganique.
Sodium: Il est nécessaire seulement aux champignons dans la mer et les lacs, il est
généralement fourni comme chlorure, chez les autres il peut être absorbé et remplacé
partiellement le potassium réduisent aussi la qualité de potassium nécessaire.
Macro-élément: Sont les éléments traces, certains sont nécessaire à la majorité des
champignons tels que le fer, le zinc, le cuivre, le manganèse et le molybdène, d’autres sont
nécessaires à certains champignons et pas à d’autres comme le cobalt, le scandium, et autres
ne sont indispensable comme le bore.
10
Généralité
Ils stimulent la croissance fongique comme la choline, l’hémine, les acides gras, les stérols
les flavonoïdes et différents composés volatils tel qu’alcools, aldéhydes et d’autres. (NASRAOUI,
2006).
Sont les principaux facteurs qui influencent toutes les activités fongiques qui sont la
disponibilité de l’eau, la température, le pH (concentration en ions hydrogène), l’aération et la
lumière (NASRAOUI, 2006).
I.8.1 Température On peut grouper les champignons consternant les exigences en température
de croissance en trois catégories: Besoins en températures de différentes catégories des
champignons (NASRAOUI, 2006) (Tableau 1).
Tableau 1 : Catégories de champignons selon leur gamme de température de développement
(d’après Roquebert 1997).
Dans les mosquées comportant des tapies, la température ambiante est donc un facteur qui
aura une influence sur le développement des espèces fongiques sur les tapies.
11
Généralité
I.8.2 Humidité relative et activité en eau (aw : water activity) Le maintien d’une humidité
ambiante à des taux inférieurs à la gamme de développement des champignons est primordial afin
de préserver les tapies d’une colonisation fongique.
La majorité des moisissures se développe à un aw situé entre 0,85 et 0,99 (Pitt et Hacking
,1997). Les champignons se développant à fort taux d’humidité sont qualifiés d’hygrophiles. C’est
le cas par exemple de Cladosporium, Fusarim, Mucorales. D’autres champignons xérophiles ont la
capacité de se développer à un aw inférieur à 0,85 (Pitt 1975).
I.8.3 Concentration en ions hydrogène : La plupart des champignons croit dans une gamme de
ph 4 - 8.5, certaines peuvent croitre entre pH (3) et (9), leur pH optimum (5) à (7)
I.8.4 Aération : En basant sur les besoins des champignons en oxygène, on peut être groupé en quatre
catégories :
b) Les champignons aérobies facultatifs : tels que Fusarium oxysporium Mucor hiemalis et Aspergillus
fumigatus ,
I.8.5 Lumière : la croissance de la plupart des champignons est apparemment non affée par la lumière
visible (longueurs d’onde environ 380-720 nm), bien qu’elle peut causer une zonation de plusieurs cultures
fongique sur milieu nutritif. (NASRAOUI, 2006).
12
Généralité
II. Problèmes liés aux champignons filamenteux et à leurs métabolites
secteur agroalimentaire
Elles peuvent également servir a la synthèse d’acides organiques comme l’acide citrique ou
l’acide gluconique (Aspergillus niger). Ces deux types d’acides sont utilisés comme additifs
alimentaires (Schölkopf,et al 1999).
Certaines moisissures sont utilisées pour la synthèse d’enzymes telles la maltase et la dextrinase
servant à transformer le maltose et l’amidon en alcool (Rhizopus oryzae). Ce processus de
fermentation alcoolique est rencontre dans la fabrication de l’alcool de riz en Asie (Shapaval, J.
Schmitt, T. Moretro, H.P. Suso, I. Skaar, A.W. Asli, et al, 2013) .
Les champignons filamenteux présentent donc un intérêt industriel. Néanmoins, ils représentent
un risque dans le domaine de l’industrie agroalimentaire sous forme de contamination des denrées
alimentaires. En effet, elles peuvent être à l’origine d’importantes dégradations des propriétés
physicochimiques entraînant une altération de la qualité des denrées alimentaires.
Le premier type d’altération de la qualité des aliments concerne la qualité dite « marchande ».
La prolifération des moisissures, qu’elles soient pathogènes ou non, entraîne des modifications
défavorables des caractéristiques diététiques et organoleptiques, tels l’aspect, la texture, l’odeur et
la saveur des aliments, avec des conséquences économiques importantes dans l’industrie
agroalimentaire.
Le deuxième type d’altération de la qualité des aliments concerne la qualité dite « sanitaire ». La
prolifération des moisissures pathogènes entraine une diminution de l’innocuité des aliments et
représentent un risque pour la santé du consommateur. La production de métabolites secondaires
comme les mycotoxines est responsable d’un taux élevé de toxicité et la présence de ces métabolites
représente donc un risque sanitaire majeur pour la santé humaine et animale.
Une espèce donnée de champignon microscopique peut générer plusieurs types de mycotoxines,
et une même mycotoxine peut être produite par plusieurs espèces de moisissures. L'Organisation
des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO) estime qu'environ 25% des céréales
produites dans le monde sont contaminées par des mycotoxines (Helm, Labischinski, Naumann,
1991). (Tableau 2).
13
Généralité
Tableau 2 : Principaux genres de moisissures et leurs mycotoxines associées.
L'ochratoxine A, considérée comme l’une des mycotoxines les plus nocives pour la sante
humaine, est présente essentiellement dans les produits tels que les céréales, le cacao et le café, et
c'est la mycotoxine principalement retrouvée dans le raisin, le vin et le jus de raisin (S. Arlot, et A.
Celisse, 2010). La patuline, très toxique pour la consommation humaine, est présente au niveau des
fruits et notamment dans les pommes et les poires (M. Stone, 1974).
Chez l’homme, l’aflatoxine B1, compose d’origine naturel, représente l’agent hépato-
cancérigène le plus puissant connu actuellement. Les infections fongiques chez l’homme dues aux
champignons filamenteux sont en augmentation depuis ces dernières décennies. La contamination
14
Généralité
se fait principalement par inhalation de spores en suspension dans l’air, ou plus rarement par
ingestion ou encore par inoculation cutanée post traumatique. Elles peuvent être d’origine
nosocomiale. Les infections fongiques invasives sont principalement retrouvées chez les patients
immunodéprimés et sont associées à un taux de mortalité élevé. Chez les patients immunodéprimés,
il existe différents types d’infections fongiques invasives selon les champignons filamenteux. La
plus fréquente est l’aspergillose invasive. Cette pathologie est due à la contamination par
Aspergillus, 80 à 90 % des aspergilloses humaines étant dues a l’espèce Aspergillus fumigatus .
(Roggo, Duponchel, Ruckebusch, Huvenne, 2003).
Chez les patients immunocompétents, les contaminations fongiques peuvent se faire par voie
cutanée en particulier après souillure tellurique de plaies traumatiques sévères. En effet, de
nombreux champignons filamenteux sont présents dans le sol comme par exemple Aspergillus,
Fusarium, Rhizopus, Absidia ou Rhizomucor. Ces contaminations fongiques peuvent également se
faire par le biais d’une plaie chirurgicale, d’une brulure ou d’une injection intraveineuse ou sous
cutanée (Fisher, 1936).
Les contaminations par voie aérienne sont également observées chez les patients
immunocompétents. Une aspergillose peut survenir suite a l’inhalation de spores d’Aspergillus.
L’inhalation de spores fongiques peut etre associée à des symptômes allergiques et irritatifs se
manifestant cliniquement par des irritations des muqueuses, des rhinites, de l’asthme, voire des
pneumopathies d’hypersensibilité. La colonisation des voies respiratoires chez les patients atteints
d’affection respiratoire chronique comme la mucoviscidose peut être observée et être responsable
d’aggravations des signes pulmonaires (Romeder, 1973).
15
Matériel et
méthodes
16
Matériel et Méthodes
Matériel et méthodes
Nous avons effectué cette étude visant à évaluer la flore fongique des mosquées dans la
willaya de sidi bel abbes. Les manipulations microbiologiques ont été effectuées au Laboratoire
de Bactériologie CHU de sidi bel abbes.
1. Période, lieu et type de l’étude
L’étude a été effectuée sur 19 mosquées au niveau de la willaya de sidi bel abbés durant
les mois de « mars- avril - mai»2018. (Tableau 3).
Tableau 3 : les noms et la date de prélèvement des mosquées étudié.
Mosquées Date Localisation
17
Matériel et Méthodes
3. Méthodologie
Pour chaque mosquée, les prélèvements d’air, des tapis et des surfaces de la sortie salle
d'ablution sont réalisés le matin.
3.1. Techniques de prélèvements :
Trois types de prélèvements ont été effectués :
a/ Prélèvement de surfaces par écouvillonnage:( tapis, salle d'ablution)
Permettent d’identifier les moisissures viables et/ou les moisissures non viables (mesure
semi quantitative et qualitative). Ces prélèvements sont réalisés par simple écouvillonnage à l’aide
d’écouvillon stérile, préalablement imbibé de sérum physiologique pour faciliter les prélèvements.
L’écouvillonnage est effectué par passage sur la surface du tube essai en verre qui contient la gélose
Sabouraud, en faisant tourner légèrement l’écouvillon mouillé.
b/ Prélèvement des surfaces des tapis à l’aide des compresses stériles
Ces prélèvements sont réalisés par des compresses stériles légèrement mouillées par sérum
physiologique pour faciliter les prélèvements. Le prélèvement est effectué par compression sur une
surface du tapis, en suite les déposer dans des boites de pétrie avec gélose du pomme de terre
ou gélose Sabouraud.
c/Prélèvement de l’aéromycoflore par sédimentation
Des boites de pétri avec gélose à l’extrait de Malt sont déposées et cela pendant au moins
10 minutes afin de laisser le temps aux bioaérosols se déposent sur la gélose ;
Une fois les prélèvements réalisés, tous les échantillons sont scellés pour prévenir une
contamination ultérieure ; ils sont ensuite acheminés rapidement au laboratoire pour empêcher une
perte de viabilité de l’échantillon ou une dénaturation des structures, ce qui empêcherait une bonne
identification.
Dans les 19 Mosquées, 176 prélèvements ont été effectués par trois différentes méthodes
d’isolement.
3.2. Technique d’isolement
La mise en culture est réalisée par ensemencement sur milieux de culture spécifiques:
- La gélose à l’extrait de Malt pour les prélèvements d’air : c’est le milieu le plus adapté aux
moisissures de l’environnement.
- Le milieu Sabouraud-chloramphénicol pour les prélèvements de surfaces : il empêche la pousse
des bactéries saprophytes.
18
Matériel et Méthodes
- La gélose dextrosée à la pomme de terre « PDA » c'est le milieu de culture le plus largement
utilisé pour cultiver des mycètes.
-Les écouvillons utilisés pour les prélèvements de surfaces sont roulés directement sur la gélose.
-Les boites et les tubes sont incubés à l’étuve à 37°C pendant 7 jours pour les échantillons de
surfaces et 2 jours pour les échantillons d’air. Pour les cultures négatives des échantillons d’air,
elles sont conservées jusqu’au 7ème jour pour permettre la croissance des champignons à
croissance lente.
3.3 Technique d’identification
L’identification des champignons filamenteux s’est basée sur les caractères morphologiques
macroscopiques et microscopiques des cultures.
3.3.1 Identification macroscopiques
Pour l’observation macroscopique des moisissures, il est nécessaire de caractérisé ces isolats sur
milieu PDA par :
L’aspect des colonies : qui représente un critère clef d’identification. Les champignons
filamenteux forment des colonies duveteuses, laineuses, cotonneuses, veloutées, poudreuses
ou granuleuses.
La couleur des colonies : c’est un élément très important d’identification. Les couleurs les
plus fréquentes sont le blanc, crème, jaune, orange, brun allant jusqu’au noir. les pigments
peuvent être localisés au niveau du mycélium (Aspergillus, Penicillium) ou diffuser dans le
milieu de culture (Fusarium) (Botton et al. 1990).
3.3.2- Identification microscopiques
L’examen microscopique d’une colonie fongique se fait après réalisation d’un étalement
entre lame, scotch et coloration. Généralement, un examen à l’objectif 40 est suffisant pour mettre
en évidence la plupart et des éléments importants (Chabasse, 2002).L’observation microscopique
permet de détecter la présence du thalle, la présence ou l’absence de septum, la nature de la
reproduction et les caractéristiques des fructifications et des spores.
Les tubes et boites de pétri ont été contrôlés deux fois par semaine.
3.4. Analyse des résultats
Les résultats ont été recueillis sur logiciel Excel et traité sur SPSS version 21.
19
Résultats et
discussions
20
Partie descriptive
21
Résultats et Discussion Partie Descriptive
Sur 176 prélèvements effectués dans les mosquées de la wilaya de Sidi-Bel-Abbès 155
prélèvement se sont révélés positif soit une prévalence fongique de 88,1% dans l’environnement des
mosquées de notre région.
Rurale 6 50 32,3%
rurale
32%
urbaine
68%
rurale urbaine
67,7% des cultures positives ont été isolées des mosquées en zones urbaines.
22
Résultats et Discussion Partie Descriptive
88.4%
11.6%
<25°C >25°C
23
Résultats et Discussion Partie Descriptive
15%
85%
<=40 >40
84,5% des cultures positives ont été recensées quand l’humidité > 40 a w
24
Résultats et Discussion Partie Descriptive
minime 3 43 27,7%
moyenne 13 32 20,6%
importante 5 80 51,6%
51.6%
27.7%
20.6%
25
Résultats et Discussion Partie Descriptive
non 0 18 11,6%
12%
88%
non oui
88,4% des cultures positives ont été identifiées dans des mosquées climatisées
26
Résultats et Discussion Partie Descriptive
<=10 5 31 20,0%
11-20 9 46 29,7%
21-30 3 43 27,7%
30 et + 4 35 22,6%
29.7%
27.7%
22.6%
20.0%
Figure 10 : répartition des cultures positives selon le nombre de fenêtres dans les mosquées
27
Résultats et Discussion Partie Descriptive
1.2.6 Répartition globale de la présence fongique selon les rangées des mosquées
oui 7 31 20,0%
20% des cultures positives ont été isolées au niveau de la 1 ème rangée.
oui 6 31 20,0%
20% des cultures positives ont été isolées au niveau de la 2 ème rangée .
Oui 5 33 21,3%
21% des cultures positives ont été isolées au niveau de la 3 ème rangée .
28
Résultats et Discussion Partie Descriptive
Oui 2 23 14,8%
1.2.7 Répartition de la présence fongique selon les zones têtes et pieds des tapis
38,7% des cultures positives sont issues des zones têtes des tapis.
29
Résultats et Discussion Partie Descriptive
70.0%
60.0%
47.7%
50.0%
40.0%
30.0%
20.0%
10.0%
0.0%
Zone pieds Zone têtes
non oui
Figure 11 : répartition des cultures positives selon les zones têtes et pieds des tapis
1.3 Répartition globale de la présence fongique au niveau des sanitaires des mosquées
87.70%
11.60%
non oui
11,6% des cultures positives sont issues des sanitaires des mosquées
30
Résultats et Discussion Partie Descriptive
Tableau 17. Répartition de la présence fongique selon le type de support de milieu utilisé
35%
65%
64,5% des cultures positives ont été isolées dans des boites de pétri.
1.5 Répartition globale de la présence fongique à partir des prélèvements d’air par sédimentation
31
Résultats et Discussion Partie Descriptive
Tableau 18: Répartition globale de la présence fongique à partir des prélèvements d’air par sédimentation
12%
88%
non oui
Figure 14 : Répartition globale de la présence fongique à partir des prélèvements d’air par sédimentation
12,3% des prélèvements d’air isolées par sédimentation sur boites de pétri gélosées
contiennent des champignons.
32
Résultats et Discussion Partie Descriptive
Monascus sp 0.3%
Fusarium sp 0.3%
Curvularia sp 0.3%
Chaetomium sp 0.3%
Scopulariopsis sp 0.3%
Trichosporon sp 0.7%
Paecilomyces sp 1.0%
Absidia sp 2.4%
Scytalidium sp 3.5%
Ulocladium sp 3.5%
Rhodotorula sp 4.5%
Candida sp 5.9%
Rhizopus sp 6.3%
Alternaria sp 8.0%
Cladosporium sp 18.8%
Penicillium sp 20.6%
67,7% des cultures positives ont été isolées des mosquées en zones urbaines, 88,4% de
présence fongique a été enregistrée lorsque la température ambiante était inférieure à 25°C, 84,5%
des cultures positives ont été recensées quand l’humidité > 40 a w, 51,6% des cultures positives sont
issues de mosquées à forte fréquentation, 88,4% des cultures positives ont été identifiées dans des
mosquées climatisées.
La répartition des cultures positives ne varie pas selon le nombre de fenêtres , 20% des
cultures positives ont été isolées au niveau de la 1ème rangée , 20% des cultures positives ont été
isolées au niveau de la 2ème rangée, 21% des cultures positives ont été isolées au niveau de la 3 ème
rangée, 14,8% des cultures positives ont été isolée de la 4 ème rangée, 47,7% des cultures positives
sont issues des zones pieds des tapis.
38,7% des cultures positives sont issues des zones têtes des tapis, 11,6% des cultures
positives sont issues des sanitaires des mosquées, 64,5% des cultures positives ont été isolées dans
des boites de pétri, 12,3% des prélèvements d’air isolées par sédimentation sur boites de pétri
gélosées contiennent des champignons el le Penicillium sp représente 20,6% de l’ensemble des
champignons isolés.
34
Partie analytique
35
Résultats et Discussion Partie Analytique
89.3%
87.5%
rurale urbaine
36
Résultats et Discussion Partie Analytique
100.0%
90.6%
80.6%
37
Résultats et Discussion Partie Analytique
90.0%
87.8%
<25 >25
Il n’a pas de corrélation entre la présence fongique et le degré de température enregistré lors
du prélèvement p>0,05.
38
Résultats et Discussion Partie Analytique
89.1%
82.8%
<=40 >40
39
Résultats et Discussion Partie Analytique
93.5% 94.1%
71.1%
40
Résultats et Discussion Partie Analytique
100.0%
86.7%
non oui
41
Résultats et Discussion Partie Analytique
93.5%
89.7%
86.1%
83.6%
42
Résultats et Discussion Partie Analytique
3.6 Prévalence globale de la présence fongique selon les rangées des mosquées
43
Résultats et Discussion Partie Analytique
3.7 Prévalence de la présence fongique selon les zones têtes et pieds des tapis
Tableau 32: Prévalence de la présence fongique à partir de la zone pieds des tapis
89.2%
87.1%
non oui
Figure 25: Prévalence de la présence fongique à partir de la zone pieds des tapis
Il n’existe pas de relation significative entre la présence fongique et la zone pieds des tapis
de la mosquée p>0,05.
44
Résultats et Discussion Partie Analytique
93.1%
81.1%
non oui
Il existe une relation significative entre la présence fongique et la zone tète des tapis de la
mosquée p≤ 0,015.
45
Résultats et Discussion Partie Analytique
Tableau 30: Prévalence de la présence fongique au niveau des sanitaires des mosquées
94.7%
87.2%
non oui
Figure 23: Prévalence de la présence fongique au niveau des sanitaires des mosquées
Il n’a pas de relation entre la prévalence fongique et les sanitaires des mosquées (p=0.339).
46
Résultats et Discussion Partie Analytique
Tableau 31 :Prévalence de la présence fongique à partir des prélèvements d’air par sédimentation
100.0%
86.5%
non oui
Figure 24 : Prévalence de la présence fongique à partir des prélèvements d’air par sédimentation
Il n’a pas de relation entre la prévalence fongique et la prélèvement d’aire par sédimentation
(p=0.087).
47
Résultats et Discussion Partie Analytique
6.Résultats mycologiques
Tableau 34: Prévalence de la présence fongique selon type de support de milieu utilisée
96.2%
76.4%
Figure 27: Prévalence de la présence fongique selon type de support de milieu utilisée
Il existe une relation significative entre la présence fongique et type de support de milieu
utilisée p=0.0001.
48
Résultats et Discussion Partie Analytique
Il n’existe aucune corrélation entre les autres champignons et les différents sites de
prélèvement (rangées, zone tête, zone pied, sanitaire, air) (p=0.34).
49
Résultats et Discussion Partie Analytique
Résumée analytique
Il n’ya aucune relation entre la prévalence fongique et localisation de la mosquée (p>0,05),
le degré de température enregistré lors du prélèvement (p>0,05), le degré d’humidité (p=0.334), , la
notion de climatisation ou n on des lieux, le nombre de fenêtres de la mosquée, et les différents sites
de prélèvement (rangées, , zone pied, sanitaire, air).
il existe une relation significative entre la présence fongique et l’ancienneté de la mosquée
avec un p=0,043 avec une prévalence de 100% pour les anciennes constructions, et aussi la zone
tète des tapis de la mosquée p=0, 015, type de support de milieu utilisée p=.0001et le degré de
fréquentation des mosquées (p=0,0001)
Il existe un lien entre la présence de champignons levuriforme (Candida sp, Rhodotorula sp
et Trichosporon sp) à l’intérieur des sanitaire avec un p significatif et une prévalence de 22,6%.
50
Résultats et Discussion Partie Discussion
Discussion
Notre étude s’est déroulée pendant les mois de Mars avril mai, l’étude de l’aéromycoflore au
niveau de la mosquée bleue s’est également déroulée pendant le mois d’Avril ( Cesuroglu et al.,
2017).
La concentration globale de fungi dans la mosquée bleue est de 42,9% ce qui représente la
moitié de notre prévalence, ceci peut s’expliquer par le nombre important de mosquées étudiées
dans notre série et le possible nettoyage important de la mosquée bleue qui est un site touristique
par prédilection, il faut signaler que certaines des mosquées que nous avons étudié n’ont pas le
personnel requis, ni un budget important pour faire les travaux de réfections et d’entretiens.
Tout comme dans l’étude de Cesuroglu et al., (2017) nous avons utilisé le milieu d’extrait
de malt pour isoler un maximum de moisissures, nous avons en plus utilisé d’autres milieux pour
optimiser nos résultats comme le milieu de PC, Sabouraud, l’actione a été également utilisé pour
isoler les dermatophytes qui sont des champignons kératinolytiques responsables de lésion
dermatologiques.
Le délai d’incubation dans notre série a été d’un mois, ce qui est plus important par rapport
au jours utilisée par Cesuroglu et al., (2017), ce qui prend en considération le temps nécessaire à la
pousse des dermatophyte qui peut aller jusqu’à un mois.
Dans l’étude Turque, l’auteur Cesuroglu et al., (2017) a retrouvé 9 genres alors que dans
notre série 17 genre ont été identifiés, ceci est dû à notre échantillonnage prenant en compte 19
mosquées situées dans des zones urbaines et rurales, alors que pour la mosquée bleue d’Istanbul une
seule mosquée située dans une région urbaine, il est connu que le milieu rural regorge de
champignons puisque les plantes sont des matières organiques qui fournissent le biotope idéal pour
la pousse fongique (Chabasse 2002).
Dans l’étude de Cesuroglu et al., (2017), le genre le plus isolé des tapis fut Penicillium ce
qui correspond a notre résultat puisque la majorité de nos prélèvements ont portés sur les tapis.
Dans une étude en Turquie au niveau de la mosquée bleue, le genre le plus isolé est
Aspergillus suivi par Penicillium (Cesuroglu et al., 2017), alors que notre étude le genre
Penicillium est le plus isolé.
51
Résultats et Discussion Partie Discussion
Nous avons retrouvé les genres Cladosporium derrière le genre penicillium ce qui rejoint les
résultats de Cesuroglu et al., (2017), ce même auteur a d’ailleurs retrouvé d’autres champignons
isolés dans notre étude comme : Alternaria, Chaetomium, Rhizopus.
Les espèces Aspergillaires isolées dans notre étude et en accord avec celles isolées dans la
mosquée turque sont les suivants : Aspergillus flavus, Aspergillus fumigatus, Aspergillus niger
(Cesuroglu et al., 2017), nous avons retrouvé d’autres espèces aspergillaires comme Aspergillus
candidus, Aspergillus versicolor, Aspergillus glaucus ce qui s’explique par le nombre plus
important de mosquée étudiées dans notre série (19 mosquée).
Il a été établi que les tapis contiennent plus et Nolard, d’allergènes (Beguin 1999), le tapis constitue
un réservoir d’allergène (Tranter et al., 2009).
Les mosquées sont des institutions où l’afflux de fidèles est relativement important, mais
nous n’avons pas retrouvé une relation significative entre la contamination fongique des mosquées
et le degré de fréquentation des mosquées, même si les individus sont pourvoyeurs de champignons
soit par leur vêtement ou par les pathologies fongiques superficielles qu’ils peuvent avoir (Sirbou,
2011).
Nous avons retrouvé une relation significative entre la présence fongique et l’ancienneté des
mosquées (p=0,043) avec une prévalence importante pour les anciens édifices, cela a été signalé
dans d’autres études, les défauts d’étanchéité, l’humidité importante ainsi que le bois ancien peut
héberger des champignons qui affectionnent l’humidité et les matières organiques en
décomposition.
52
Conclusion
53
Conclusion
Conclusion
La mosquée est un lieu de prière, où toutes sortes de fidèles affluent plusieurs fois par jours ,
non seulement ils peuvent véhiculer des champignons mais ils sont susceptible d’entrer en contact
avec des champignons présents dans l’air et au niveau des tapis de prières ;
Ils s’agit d’une étude descriptive transversale menée de mars à mai 2018, 19 mosquées ont été
sélectionnés pour les prélèvements, au total 176 prélèvements ont été effectués.
Notre prévalence est assez importante, nous avons retrouvé 17 genres fongiques avec en tête
Penicillium suivi de moisissures responsables d’affections respiratoires et allergiques, nous avons
retrouvé également des dermatophytes comme Trichophyton mentagrophytes, Trichophyton rubrum
et Trichophyton interdigitale qui sont responsables d’affections de la peau et des phanères (peau,
poils et ongles).
Parmi les facteurs de risque recensés nous retrouvons l’ancienneté des bâtisses (p=0,043) et
le degré de fréquentation des mosquées (0,001).
Une meilleure prise en charge des structures sur le plan sanitaires est souhaitable surtout
dans les mosquées à grande affluence
54
Recommandations
Recommandations
- Réfection et réhabilitation des structures anciennes ou vétustes.
- Nettoyage régulier des tapis et des sanitaires.
- Accorder plus d’hygiène aux mosquées à grande affluence.
- Faire des enquêtes similaires afin de dresser le risque sanitaire .
- sensibilisation des fidèles sur l’importance de l’hygiène personnelle et sur la nécessité de traiter
les mycoses préexistante (ongle, peau, poile).
55
Références
bibliographiques
56
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ANNEXES
Annexe 01 : zone d’étude
Figure 28: photo par Google maps des mosquées de la wilaya de sidi bel abbés
Annexe 02 : photos de quelque site de prélèvement
COMPOSITION (grammes/litre)
Néo-peptone Difco 10,0
Glucose 20,0
Agar 20,0
Chloramphénicol 0,5g
pH 6-6.5
2) Sabouraud-Chloramphénicol-Actidione (SCA)
COMPOSITION (grammes/litre)
Chloramphénicol 0.5
Actidione 0.5
COMPOSITION (grammes/litre)
Pulpe de pomme de terre 20,0
Pulpe de carottes 20,0
Agar 20,0
Eau distillée.................................................................. 1000ml
Bile fraîche filtrée...........................................................200ml
COMPOSITION (grammes/litre)
Extrait de malt 30,0
Peptone mycologique 5,0
Agar 15,0
pH 5,4 ± 0,2
Résumé
Les champignons sont omniprésents dans l’environnement et certains ont un impact
indéniable sur la santé, notre étude a pour but d’isoler la mycoflore des mosquées dans notre région
Un isolement à partir de l’air par sédimentation sur boites pétri gélosées, et un prélèvement
de surfaces par des écouvillons humidifiés et des compresses stériles sur les tapis des différentes
rangées, des sanitaires, des régions de la tête et des pieds, au total 176 prélèvements ont été
effectués et ensemencés sur les milieux sabouraud,gelose MEA et PDA, ont été recueillis la date de
construction de chaque mosquée, son degré de fréquentation, le rythme de nettoyage, le nombre de
fenêtre, la climatisation, et une mesure de la température et de l’humidité ambiante a été effectuée
au moment du prélèvement. La prévalence fongique a été de 88,1%, Penicillium sp a été le plus
isolé (20,6%) et Cladosporiumsp (18,8%) qui sont principalement des moisissures allergènes,
Trichophyton mentagrophytes a été le principal dermatophyte isolés (1,4%) qui est responsable de
lésions dermatologiques.