Single-molecule studies of the effect of template tension on T7 DNA

polymerase activity

Nature 404, 103 - 106 (2000)

Los polímeros de ADN deben funcionar como un motor molecular que convierte la
energía química en la fuerza mecánica. Ellos muestran, usando un ensayo de una sola
molécula basado en la elasticidad del diferencial ADN que genera la fuerza mecánica
durante una razón limitada de pasos y que el motor puede trabajar contra una tensión
máxima de 34 np.

Las estimaciones del trabajo mecánico de la entropía hechas por la muestra de la encima
T7 que el polímero de ADN la cual organiza que dos planillas basan en el sitio de la
polimerazión durante cada ciclo catalizador. Nosotros también encontramos un
aumento del 100-pliegue fuerza-inducido en el exonucleolisis sobre 40 np.

Nosotros medimos el polímero T7 (DNAp) activado por el uso de una trampa óptica, en
el lenguaje utilizado para compara la ADN (DNA), los estados single-stranded (ss) y
double stranded (ds) ADN difiere en longitud para alguna tensión dada, la conversión
entre estas formas cambian la tensión de las moléculas

La extensión-fuerza de una molécula es parte del ssDNA y en parte pueden encajarse

los dsDNA a una combinación lineal de ssDNA y dsDNA que estiran la curva. El
progreso del DNAp puede seguir el número de bases single-stranded, Nss,
permaneciendo en la plataforma en cuestión en un momento t

donde el xmeas está la distancia del extremo-a-extremo de la molécula en la fuerza F; el

xds,ss(F) es el extremo-a-extremo distancia de totalmente double-stranded y single-
stranded ADN a esa fuerza, y Ntot es el número total de bases en la plantilla.

Si la tensión, F, en la plantilla puede ejercer un torque, el trabajo hecho por la enzima

incluiría un término aF dónde un es la distancia movida a lo largo de la dirección
tirando de la plantilla. Más allá, asuma ese cierre se organizan las unidades de azúcar-
fosfato adyacentes de single-stranded a la geometría double-stranded, n – 1. El trabajo
W para cerrado puede ser determinado como:

donde xss(F) y xds(F) son la distancia final a final de las bases ssDNA y dsDNA como
la tensión F.

El segundo término en la ecuación (2) cambia a 6.5 pN, adicción o repetición contraria
o por encima de esta fuerza, y causando el trabajo o la reacción de los instrumentos de
trabajo.
 Las tensiones aplicadas a la disminuyen la entropía y, consecuentemente, el costo
energético cambia por la velocidad de reacción. La entropía S cambia el ssDNA en el
dsDNA a cualquier fuerza dada pueden obtenerse de las áreas bajo las curvas de fuerza-
extensión experimental es decir

donde Fds,ss son las fuerzas experimentales requiere a extender las cadenas por una
cantidad x. Si se asume que el termino de la ecuación 2 y 3 contribuyen a la activación
de la energía requiere para investigar un estado de transmisión de los estados abiertos,
entonces el coeficientes para los pasos son: