BACTERIOLOGIE – VIROLOGIE

OBJECTIFS D’ENSEIGNEMENT

L’enseignement de la microbiologie comporte 2 parties :

o Bactériologie générale Et Virologie générale

o Systématique bactérienne et virale : de l’agent
infectieux à la maladie
Les objectifs d’enseignement en bactériologie et virologie générale
sont de connaitre :
• Les aspects fondamentaux des bactéries et virus : anatomie,
structure, physiologie et croissance
• Les éléments de génétique microbienne nécessaires à la
compréhension des variations des microorganismes dans
leur comportement (virulence, résistance, potentiel
épidémique …)
• Les relations hôtes / micro organismes
• Les anti- infectieux, mécanismes d’action et mécanismes de
résistance
• Les vaccins
• Démarche diagnostique en bactériologie et en virologie
• Notions d’hygiène

L’étude systématique des bactéries et virus d’intérêt médical est

abordée selon les syndromes et les appareils de l’organisme
Pour chaque syndrome ou appareil il faut :

➢ Connaître les différentes flores commensales de chaque

appareil
➢ Connaître les agents microbiens associés aux principales
infections
➢ Connaître la morphologie, les propriétés tinctoriales et les
caractères culturaux des principaux germes associés

1
➢ Préciser les données épidémiologiques, à savoir l’habitat,
les réservoirs, et le mode de transmission de chaque
microorganisme
➢ Connaitre les principaux tableaux cliniques
➢ Identifier les mécanismes de virulence des germes
➢ Connaître les caractères antigéniques utiles au diagnostic
et à la prévention (sérums et vaccins)
➢ Connaître les sensibilités aux antibiotiques.
➢ Connaître les éléments de physio pathogénie nécessaires
pour identifier la nature des prélèvements à visée
diagnostique pour chaque type d’infection
➢ Connaître les principes de base et les techniques de recueil
des produits pathologiques nécessaires au diagnostic
➢ Connaitre la démarche du diagnostic direct, et son
interprétation
➢ Choisir les tests utiles, conduire un diagnostic indirect.et
l’interpréter
➢ Préciser les différents moyens prophylactiques.

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 Ch 1- INTRODUCTION A LA MICROBIOLOGIE

Définition

- Les bactéries sont des petites cellules dont le noyau est

constitué d'un chromosome unique et dépourvu de membrane
nucléaire.

- Les virus sont caractérisés par leur taille (1000 fois plus petite
que les bactéries en moyenne), la présence d'un seul type d'acide
nucléique ADN ou ARN, l'absence de croissance et de division,
l'absence d'enzymes nécessaires à la biosynthèse des métabolites
essentiels et l'obtention d'énergie et enfin par la reproduction par
réplication à partir du matériel génétique seul.

BACTERIES VIRUS

2 types d'acide nucléique : 1 seul type d'acide

ADN et ARN
Systèmes enzymatiques pour
l'obtention des métabolites
essentiels et de l'énergie
Croissance et division
nucléique ADN ou ARN
Absence de système enzymatique
de biosynthèse
Absence de croissance et division

Reproduction par mitose Reproduction par réplication du

matériel génétique

Vie autonome ou Parasitisme Parasites intracellulaires

parfois intracellulaire obligatoires

3
Classification :

Les bactéries sont classées en familles, genres et espèces. L’espèce

est l’unité fondamentale de la classification. Elle regroupe les
bactéries ayant les mêmes caractères.
Exemple : Staphylococcus aureus
Les noms des bactéries sont désignés par deux noms latins :le nom
du genre avec une majuscule : Staphylococcus suivi du nom
d’espèce : « aureus « en minuscules
Les noms de bactéries et de virus s’écrivent toujours en italique
dans le texte.
Il est possible de regrouper ou classer les bactéries selon une
classification clinique de syndromes : bactéries des méningites,
fièvres typhoïdes, infections urinaires… ou selon une classification
pathogénique : infections causées par la même bactérie : Infections
à Staphylocoques, infections tuberculeuses (germe = BK).
A l’intérieure d’une espèce, il est possible de classer les bactéries
selon leurs caractères en :
• Sérotypes (caractères antigéniques)
• Biotypes (caractères biochimiques)
• Antibiotypes (sensibilité /résistance aux ATB)
• Lysotypes (sensibilité aux bactériophages)
• Ribotypes, électrophorétype (caractères moléculaires)

4
BACTERIOLOGIE GENERALE

5
 Ch 2- ANATOMIE ET STRUCTURE DES BACTERIES

I) MOYENS D’ETUDE

Etant donné leur petite taille, pour étudier la morphologie et la

structure des bactéries on utilise la microscopie à l’état frais ou après
fixation et coloration
A. Microscope optique
Il permet un grossissement de 250 à 1000 fois
1) L'examen à l'état frais :
Il est réalisé sur un produit pathologique (ex urine, pus…) ou une
culture bactérienne. Il permet d'observer les cellules, macrophages,
polynucléaires et les bactéries vivantes et noter leur forme, taille,
mobilité.

2) L'examen microscopique après fixation et coloration :

Il permet l'observation de bactéries tuées et fixées sur lame puis
colorées.
Plusieurs types de colorations :

a) Colorations simples : ex : bleu de méthylène.

Un seul colorant colore la bactérie et les autres cellules. Il permet
d'apprécier seulement la présence et la forme des bactéries.
b) Colorations différentielles
La coloration de GRAM est une coloration fondamentale à la base
de tout diagnostic bactériologique. ; C’est la coloration la plus
pratiquée en bactériologie médicale.
La coloration de Ziehl Neelsen permet la mise évidence des
bactéries acido-alcoolo résistantes (BAAR) comme le Mycobacterium
tuberculosis et est utilisée uniquement sur demande spéciale dans le
cadre du diagnostic de la tuberculose par exemple

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 B) Microscope électronique :
Il permet d’étudier la structure bactérienne et d’observer les virus
grâce au grossissement de plus de 10 000 fois. Ce matériel lourd et
coûteux n’est utilisé que dans les laboratoires de recherche.
II) MORPHOLOGIE BACTERIENNE
Chez les bactéries, il existe une paroi rigide qui conditionne les 3
formes morphologiques fondamentales : sphérique - cylindrique -
spiralée.
Les bactéries en forme de sphère sont appelées coques ou cocci.
Les bactéries cylindriques en forme de bâtonnets à extrémités
arrondies sont appelées bacilles. Les extrémités peuvent être fines et
pointues (bacille fusiforme), renflées en massue (Ex :Corynebactéries)
ou planes (bacilles à bout carré).
Quand les bacilles sont incurvés en virgule, ils sont appelés vibrion.
Les bactéries spiralées ou spirochètes sont constituées d’un corps
cellulaire cylindrique enroulé en spirale.
Les bactéries peuvent être associées en groupements souvent
caractéristiques d’espèces : Ex cocci en amas ou grappe de raisin
pour les Staphylocoques., Cocci en chainettes pour les
Streptocoques.

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 III) STRUCTURE DE LA CELLULE BACTERIENNE
Chez les bactéries on peut distinguer plusieurs éléments : certains
sont constants comme la paroi, la membrane cytoplasmique
(enveloppes), le noyau et les ribosomes, d’autres sont facultatifs
comme la capsule, les flagelles, les pili, la spore.

Pili sexuel

Flagelle

Pili
com
Figure 1 :muns
Structure de la bactérie

A) Les enveloppes bactériennes

1) La capsule :
C'est l'enveloppe la plus superficielle qui n'existe que chez certaines
espèces bactériennes comme le Pneumocoque, l’Haemophilus
influenzae ou Klebsiella pneumoniae ;
La capsule est constituée de polysaccharides spécifiques de types.
Elle a plusieurs fonctions :
➢ Dans la virulence de la bactérie car elle s'oppose à la
phagocytose (ex : pneumocoque)
➢ Dans le diagnostic rapide : ses composants peuvent être
retrouvés à l’état d’antigènes solubles dans les liquides
biologiques

8
➢ Dans l’identification des sérotypes ou sérovars : grâce au
caractère antigénique spécifique de type. Intérêt pour le typage
des Pneumocoques dont il existe plus de 90 types par exemple.
➢ Dans la prophylaxie vaccinale : ces polysaccharides capsulaires
purifiés sont la base des vaccins anti Haemophilus b, anti
Pneumocoque …

2) La paroi

a. Définition et structure
C'est un constituant essentiel qui ne manque que chez de très rares
espèces bactériennes comme les Mycoplasmes.
Cette enveloppe rigide assure la forme des bactéries et les protège
des variations de pressions osmotiques. Elle est constituée d’une
enveloppe interne commune à l’ensemble des bactéries appelé le
peptidoglycane, constituant qui n'existe que chez les bactéries.
Le peptidoglycane est un polymère de chaines poly osidiques reliées
entre elles par des chaines peptidiques.

Sa synthèse est sous la dépendance de plusieurs enzymes comme les

PLP (Proteines de Liaison à la Pénicilline). Elle commence au niveau
du cytoplasme sous forme de sous unités qui seront transportées
jusqu’à la paroi puis assemblées. Cette synthèse peut être entravée
par l’action du lysozyme (enzyme) et celle de certains antibiotiques
comme les béta-lactamines .
La paroi a une structure différente selon qu'il s'agit de bactérie à
Gram positif ou à Gram négatif :

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Chez les bactéries à Gram négatif, la couche de peptidoglycane est
mince et peu dense et est recouverte d'une membrane externe de
nature glucido-lipido-proteïque qui correspond à l'antigène 0 et à
l'endotoxine des BGN.
Au niveau de la membrane externe, se trouvent des protéines
formant des canaux appelés porines qui permettent le passage
sélectif de certaines molécules de petite taille.
Chez les bactéries à Gram positif, le peptidoglycane est le
constituant majeur de la paroi et a une structure très dense.

b. Fonctions :
✓ La forme des bactéries est conditionnée par la présence de la
paroi
✓ Classification des bactéries sur la base de la coloration de Gram.
Cette coloration différentielle est basée sur une différence de
structure de la paroi des bactéries. Les bactéries gram (+)
apparaissent en violet et les bactéries gram (-) en rose.
✓ Antigénicité : Au niveau de la paroi il existe :
- l'antigène 0 des bactéries à gram négatif.
- Le polyoside C des streptocoques.
✓ Rôle dans la sensibilité aux ATB : Les bétalactamines agissent au
niveau de la paroi en perturbant l'assemblage du peptidoglycane
ce qui entraîne l'éclatement de la bactérie sous l’effet de la
pression interne du cytoplasme.
✓ Facteur de virulence : Le lipide A de la membrane externe (= lipo
polysaccharide) = endotoxine des bactéries à gram -.
3) La membrane plasmique

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C’est une membrane tri lamellaire qui est détruite par certains
antibiotiques comme les polypeptides et les antiseptiques.
4) le génome bactérien
Il est constitué d’un seul chromosome, ADN bi caténaire. Certains
antibiotiques agissent à son niveau (ex sulfamides, quinolones)
Le génome bactérien peut être étudié à des fins diagnostiques ou
épidémiologiques (méthodes de diagnostic moléculaire).
5) Les appendices
a) Les cils ou flagelles
Ce sont les organes qui assurent la mobilité des bactéries qui les
possèdent. Les flagelles sont constitués de protéines antigéniques
permettant
✓ L’identification précise des bactéries (antigène H),
✓ le diagnostic indirect des infections dues à ces bactéries
(recherche des anticorps spécifiques).

b) Autres appendices :
• Pili communs ou fimbriae :
Ce sont des appendices proteiques fibrillaires et rigides fixés sur la
paroi qui interviennent dans l'adhérence des bactéries aux cellules
épithéliales, 1er stade de la maladie.
Ex : E. coli et adhèrence aux cellules du tractus urinaire
✓ Le Glycogalyx
Ce sont des polymères entourant les bactéries vivant en biofilm et
permettant l’attachement des bactéries aux cellules ou aux supports
inertes comme les prothèses (intérêt médical) ; il protège les
bactéries du biofilm de la dessiccation et de l’action des antibiotiques

• Pili sexuels :

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Ils permettent les échanges génétiques entre les bactéries.

6) La spore

Certaines bactéries dites sporulées peuvent développer une forme de

résistance appelée spore, lorsque les conditions de vie sont
défavorables. Dès que les conditions redeviennent favorables la
spore germe et redonne une forme végétative identique à la bactérie
qui lui a donné naissance. Les spores sont des formes de survie,
métaboliquement inactives, très résistantes à la température : cette
résistance conditionne les températures à atteindre pour assurer la
stérilisation : 20mn à 121°C en chaleur humide ou 30mn à 180°C en
chaleur sèche. Elles sont aussi résistantes aux rayonnements, aux
agents chimiques et aux antibiotiques. La forme et la position de la
spore dans le corps bactérien sont des caractères d’identification des
bactéries sporulées. La spore peut être centrale, subterminale ou
terminale, déformante ou non déformante.

12
 Ch 3-PHYSIOLOGIE BACTERIENNE
I) CROISSANCE BACTERIENNE
Les bactéries sont des micro-organismes vivants qui se divisent par
scissiparité ou fission binaire : la bactérie grandit puis se divise en
deux bactéries filles séparées par un septum de division.
Le temps nécessaire à la division ou temps nécessaire pour le
doublement d’une population bactérienne est appelé temps de
génération.

Pour assurer sa croissance ou sa survie une bactérie doit trouver

dans son environnement de quoi satisfaire ses besoins nutritifs
nécessaires à son énergie et à ses synthèses, et des conditions
physico-chimiques favorables.
A) Besoins nutritifs de la croissance
Ils varient en fonction des bactéries
Les besoins nutritifs de base comprennent : l’eau, une source d’azote,
une source de carbone, des ions et des oligo-éléments. Mais, un
certain nombre de bactéries exigent pour leur croissance, l'apport
dans le milieu extérieur de molécules organiques dont elles ne savent
pas faire la synthèse : ces molécules sont appelées "facteurs de
croissance ».
Exemple : les facteurs X et V du sang pour le genre Haemophilus.

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 B) Conditions physico chimiques de la croissance
1) La température
Les bactéries pathogènes pour l'homme se développent en
général à une température optimale à 37°C. La plupart ne se
multiplient pas à basse température proche de 0°C ou à température
> 45°C.
Applications :
- Au laboratoire les bactéries sont mises à cultiver dans des
incubateurs dont la température est réglée à 37°C.
- Inversement la stérilisation est réalisée par la chaleur :
chauffage de l’eau à 121°C dans l’autoclave.
2) Le pH
La plupart des bactéries d’intérêt médical se développent
préférentiellement à des pH voisins de la neutralité ou légèrement
alcalins
Certaines espèces pathogènes comme le vibrion du choléra préfèrent
les pH alcalins.
3) L’oxygène
Selon leur comportement vis-à-vis_de l’O2 on distingue :
- Les bactéries aérobies strictes ne peuvent vivre et se multiplier
qu'en présence d'02.
- Les bactéries aéro-anaérobies facultatives, se multiplient avec ou
sans oxygène de l’air. Ce groupe comprend la majorité des
bactéries et notamment les entérobactéries.
- Les bactéries anaérobies strictes ne vivent et ne se développent
qu'en absence d'air. L'oxygène est toxique pour ces bactéries. Ex
: Clostridium.
- Les bactéries micro aérophiles se développent mieux lorsque la
pression partielle d’oxygène est inférieure à celle de l’oxygène de
l’air comme dans le cas des Campylobacter
II) Etude de la dynamique de la croissance bactérienne
Dans les conditions optimales de la croissance, les bactéries se
multiplient et suivent une dynamique ou courbe de croissance.

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 L’étude de la croissance bactérienne en milieu liquide montre
une croissance en 5 phases :
1. Phase de latence : le taux de croissance est nul. Cette phase
correspond au temps suffisant à la bactérie pour s’adapter
au milieu.
2. Phase exponentielle : taux de croissance maximum
3. Phase de ralentissement : diminution de la vitesse de
croissance à cause de l’épuisement du milieu de culture et
une accumulation des déchets toxiques.
4. Phase stationnaire : taux de croissance nul – Il y a autant de
bactéries qui se multiplient que de bactéries qui meurent.
5. Phase de déclin : taux de croissance négatif

III) Applications : Culture des bactéries

Pour cultiver ou isoler à partir d’un produit pathologique des

bactéries dont on ne connaît pas à priori les exigences nutritives, on
est amené à utiliser un milieu nutritif complexe contenant tous les
éléments nutritifs nécessaires.
Ces milieux nutritifs sont soit liquides : bouillon nutritif
Soit solides par addition d'agar (milieux
gélosés).
Ces milieux de base ne contiennent pas les facteurs de croissance
nécessaires à certaines espèces bactériennes exigeantes comme les
Haemophilus. Dans ces cas, les milieux de base sont enrichis par
addition de substances protectrices ou de substances riches dont la

15
plus utilisée est le sang utilisé frais (gélose au sang) ou cuit (gélose
chocolat).
Ces milieux peuvent être rendus sélectifs par addition de
substances inhibant de façon sélective la croissance de certaines
espèces bactériennes (exemple : addition d'antibiotiques) ou en
modifiant les conditions physico-chimiques de croissances afin de
favoriser la croissance de certaines espèces bactériennes. C’est le cas
par exemple des milieux à pH alcalin permettant de favoriser la
croissance de Vibrio cholerae.
La croissance bactérienne se traduit en milieu liquide par
développement d’un trouble et sur milieu gélosé par des l’apparition
de colonies sachant que chaque colonie correspond à la
multiplication d’une bactérie.
L'aspect des colonies (taille, couleur, forme, type) varie avec les
espèces bactériennes, et permet de repérer des espèces différentes
au sein d'un produit poly microbien après séparation sur un milieu
gélosé (isolement bactérien). Cette étape de séparation est
indispensable avant toute identification.
Il n’existe pas de conditions de culture convenant à toutes les
espèces bactériennes. Les milieux et conditions de croissance sont
choisis sur la base d’un pari bactériologique prenant en compte le
type d’infection suspectée et les bactéries normalement en cause
dans ces infections. Ceci souligne l’importance des renseignements
cliniques accompagnant toute demande d’analyse bactériologique.

Cas particuliers :
Certaines bactéries ne peuvent être cultivées que sur des systèmes
cellulaires (Chlamydia et Rickettsie).
D’autres bactéries ne peuvent être cultivées que sur un milieu
spécifique comme le milieu de Lowenstein Jensen pour les
mycobactéries de la tuberculose.
Les agents de la syphilis et de la lèpre ne sont pas cultivables.

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 Ch 4 - GENETIQUE BACTERIENNE

I. Le matériel génétique bactérien

A. Le chromosome
C’est un ADN (acide désoxyribonucléique), bi caténaire circulaire,
généralement unique, de taille variable en fonction des espèces
bactériennes. Il constitue l'élément essentiel du matériel génétique
des bactéries et est parfois associé à des plasmides
Il est constitué de gènes de structure et d’éléments mobiles
(transposons, intégrons, prophages, séquences IS d’insertion…) ; Il
peut perdre ou acquérir de nouveaux gènes lui conférant des
propriétés nouvelles (résistance aux antibiotiques, facteurs de
virulence …) par des mécanismes divers (mutation, conjugaison,
transduction, transformation).
Les 2 chaines de l’ADN sont maintenues entre elles par les liaisons A-
T (Adénine – Thymine) et C–G (Cytosine- Guanine) .Le nombre de
relations G–C (GC%) est un critère de classification des bactéries
Les 2 chaines peuvent être séparées en 2 brins monocaténaires par
chauffage (=fusion ou dénaturation).
L’ADN peut être coupé par des enzymes de restriction en fragments
qui peuvent être séparés par électrophorèse sur gel donnant un
profil de restriction spécifique qui est utilisé comme marqueur pour
tracer une épidémie (intérêt en épidémiologie)

.
M = Marqueur de PM
1,2, …. ,10 = numéro des isolats analysés
B. Les plasmides
Ce sont des ADN bi caténaires extra chromosomiques, de taille
variable, non indispensables à la vie bactérienne, doués de

17
réplication autonome, transmissibles naturellement d'une bactérie à
une autre le plus souvent par conjugaison mais parfois par
transduction ou transformation Ils sont le support de nombreuses
propriétés biologiques très importantes telles que la résistances aux
ATB ( généralement plusieurs antibiotiques à la fois = multirésistance)
, ou la production de toxines (Exemple : toxines responsables de
diarrhées).
Découverte : Dans les années 1955 -1960, des Shigella
(entérobactéries responsables de dysenterie bacillaire) multi
résistantes aux antibiotiques sont isolées, dans les selles de patients
diarrhéiques. Chez ces mêmes malades, des souches d’Escherichia
coli multi résistantes sont identifiées. Or ces entérobactéries sont
naturellement sensibles aux antibiotiques.
Il y a donc eu transfert en bloc des gènes codant pour la résistance
à streptomycine, chloramphénicol, tétracycline et sulfamide
(multirésistance).

C. Les éléments génétiques mobiles

1) Les transposons
Ce sont des séquences d’ADN capables de changer de localisation
dans le génome sans jamais apparaître à l’état libre et sans capacité
de réplication autonome. Ils peuvent s’intégrer dans un autre ADN
(chromosome ou plasmide) par recombinaison (Gène « sauteur »).
Ces structures portent les gènes codant pour la transposition et ceux
d’autres propriétés comme la résistance aux antibiotiques.
2) Les intégrons
Ce sont des éléments génétiques mobiles spécifiques aux bactéries,
incapables d’auto réplication. Ils sont véhiculés par le chromosome,
les plasmides ou par un élément transposable.

18
Ce sont des systèmes de capture, expression et dissémination des
gènes sous forme de cassettes. . Les cassettes sont des éléments
mobiles capables d’être intégrés ou excisés par recombinaison grâce
à une intégrase. A la différence des transposons ils ne codent pas
pour un enzyme catalysant leur mouvement. De taille variable, ils
codent pour des fonctions diverses dont la résistance aux ATB.
II. Les variations génétiques
Il existe deux types de variations chez les bactéries :
• Les variations phénotypiques :
Elles correspondent à l’adaptation de la population bactérienne à
diverses conditions extérieures, sans modification du génome. Ces
variations sont induites, réversibles non héréditaires. Leur
mécanisme est en relation avec l’activité ou l’expression des gènes
sous contrôle de gènes régulateurs.
• Les variations génotypiques
Elles correspondent à une modification du matériel génétique de
façon autonome (mutation) ou par transfert de matériel
génétique d'une bactérie donatrice à une bactérie réceptrice.
Les 3 principaux mécanismes de transfert de matériel génétique
connus sont : transformation, transduction et conjugaison.

A) les mutations
La mutation est un changement brusque et spontané d'un caractère,
changement transmissible héréditairement.
Certaines mutations sont létales, d'autres permettent une meilleure
adaptation aux conditions du milieu extérieur.
Le mécanisme le plus souvent en cause est la substitution d’un
nucléotide par un autre, au moment de la réplication de l’ADN.
Les mutations sont caractérisées par leur :
1) Rareté
La probabilité d'apparition d'une mutation entre 2 divisions (par
génération) est faible, de l'ordre de 10-6.

19
 2) Stabilité
Le caractère nouvellement apparu se transmet indéfiniment aux
cellules filles et est donc héréditaire. Les mutations reverses existent
(retour à l'état antérieur), mais à faible fréquence.

3) Spécificité
La mutation ne concerne qu'un seul caractère à la fois. De nombreux
caractères peuvent être concernés : résistance aux antibiotiques,
production de toxine ….
La probabilité de survenue de deux mutations distinctes est égale au
produit des probabilités individuelles de ces 2 mutations et sera donc
encore plus faible.
Cette notion explique l’intérêt des associations d’antibiotiques pour
éviter la sélection de mutants résistants. C’est le Cas de la
tuberculose

4) Spontanéité
La variation génétique est spontanée. Les antibiotiques ne
provoquent pas l'apparition de mutants résistants mais ils agissent en
sélectionnant ces mutants.

B) Les transferts de matériel génétique

Les transferts de matériel génétique peuvent se faire directement
entre une bactérie donatrice et une bactérie réceptrice par
transformation ou conjugaison. La transduction fait intervenir un
bactériophage.

20
 3) la Transformation
Mise en évidence par l’expérience de Griffith en 1928 :
transformation d’uns souche de pneumocoque non capsulé par
contact avec un lysat d’une autre souche de pneumocoque capsulé.
La transformation est une variation du patrimoine génétique due à
l'introduction dans une bactérie réceptrice d'un fragment d'ADN
appartenant à une bactérie génétiquement différente. Ce
phénomène n’a été mis en évidence que pour quelques espèces :
Streptococoques, Pneumocoques, Haemophilus et Neisseria.
Le transfert de matériel génétique par transformation ne peut avoir
lieu qu’entre bactéries de même espèce ou d’espèces apparentées.

La transformation est le mécanisme expliquant l’acquisition de la

résistance à la pénicilline par le Pneumocoque à partir de gènes
provenant de streptocoques oraux
Mécanisme :
La bactérie donatrice libère des fragments d’ADN par lyse
bactérienne. Cet ADN se fixe sur la bactérie réceptrice en état de
compétence qui va l’absorber. Puis il y a recombinaison génétique
entre les 2 ADN avec acquisition de nouveaux caractères

Bactérie donatrice

.
Bactérie réceptrice compétente

La Transduction
La transduction est le transfert d'un fragment d'ADN chromosomique
ou plasmidique d'une bactérie donatrice à une bactérie réceptrice
grâce à un bactériophage à ADN.

21
 Les bactériophages sont des virus spécifiques des bactéries.
* Les bactériophages virulents, accomplissent un cycle lytique
au cours duquel ils se répliquent dans la bactérie infectée. Celle-ci
finit par être lysée et libérer d'autres phages qui vont entamer
d'autres cycles lytiques

Les bactériophages dits "tempérés" n'entrainent pas la lyse de la

bactérie, mais leur matériel génétique s'intègre au chromosome
bactérien et se réplique avec lui : le phage est appelé prophage et la
bactérie dite lysogène. De temps en temps un prophage se détache
du chromosome et entame un cycle lytique.

* Les bactéries lysogènes ont acquis du matériel génétique

bactériophagique appelé prophage qui gouverne une nouvelle
propriété. Quand les bactéries ne sont plus lysogènes la propriété
nouvelle est perdue.
Ex : bacille diphtérique et streptocoque A ne sont toxinogènes
que quand ils sont lysogénisés.
La transduction est le seul mécanisme connu de transfert de
plasmides chez les staphylocoques.

22
 4) La Conjugaison
C’est le mécanisme le plus fréquent dans la nature.
C'est le transfert de matériel génétique d'une bactérie donatrice à
une bactérie réceptrice par contact direct entre les 2 germes. Le
matériel génétique transféré peut être chromosomique ou extra
chromosomique (plasmide)
Mécanisme du transfert
La bactérie réceptrice possède à sa surface des structures permettant
l’accolement : pili sexuels chez les bacilles Gram négatif et adhésines
chez les Gram positif.
Le transfert par conjugaison concerne essentiellement les plasmides
et se fait de préférence entre bactéries de même espèce. Mais il peut
parfois s’effectuer entre des espèces différentes.
Les caractères génétiques concernés sont : la résistance aux
antibiotiques, la production de toxine. Le transfert par conjugaison
explique le caractère épidémique que peut revêtir la résistance aux
antibiotiques.

III) Applications
Les méthodes de biologie moléculaire actuellement un outil
diagnostique
1) Identification bactérienne
L’hybridation avec des sondes marquées spécifiques d’une espèce
bactérienne donnée permet l’identification de la bactérie. Cette
technique est surtout utilisée pour l’identification des bactéries de
culture lente comme Mycobacterium tuberculosis.
2) Diagnostic rapide par amplification de gène
Pour rechercher une bactérie directement dans un produit
pathologique, il est possible d’utiliser la technique dite de PCR
(Polymerase Chain Reaction) ou amplification en chaîne. Un segment
limité du génome bactérien caractéristique de l’espèce est amplifié
puis caractérisé grâce à sa taille (PM) après migration
électrophorétique ou par hybridation avec une sonde spécifique.

23
Ces techniques se sont beaucoup développées et sont appliquées au
diagnostic des bactéries de culture lente et/ou difficile.

3) Etudes épidémiologiques

Il est possible de comparer le matériel génétique des

bactéries isolées lors d’une suspicion d’épidémie pour déterminer s’il
s’agit d’une diffusion anormale d’une souche ou qu’il s’agit de
bactéries différentes.
Pour cela le contenu plasmidique et / ou le chromosome de ces
bactéries est analysé après extraction et migration électrophorètique
après digestion par des enzymes.

24
 Ch 5- POUVOIR PATHOGENE
ET
RELATION HOTE - BACTERIES

I) LES DIFFERENTS TYPES DE RELATION HOTE - BACTERIE

L'homme vit dans un environnement contaminé par
les bactéries de l'air, de l'eau, du sol et des végétaux. D'autre part il
joue le rôle d'élément contaminateur par élimination des bactéries
vivant au niveau de sa peau, ses muqueuses et ses téguments.
On distingue :
- Les bactéries saprophytes : Ce sont les bactéries qui se
développent dans l’environnement en dégradant les déchets
organiques et qui mènent une vie indépendante d'un autre
organisme vivant humain ou animal. Normalement non
pathogènes, elles peuvent se retrouver comme une flore de
passage sur la peau ou les muqueuses.
- Les bactéries commensales : Par définition, ce sont des bactéries
qui vient au dépens d’un organisme sans lui causer de dommage
(de maladie) . Ces bactéries colonisent habituellement la peau et
les muqueuses (les flores commensales de l’organisme) et jouent
un rôle dans les défenses de l’organisme en empêchant
l’installation de bactéries pathogènes. Flore cutanée, flore
intestinale, flore oro pharyngée, flore vaginale.
- Les bactéries pathogènes sont celles qui entrainent une maladie.
On distingue :
- Les bactéries pathogènes obligatoires entrainent une
maladie même chez un organisme immunocompétent.
Certaines ne font pas partie de notre flore normale et leur
présence est toujours signe d’infection avec des
manifestations cliniques (exemple : la bactérie du choléra)
D’autres peuvent faire partie de notre flore mais dont la
présence dans certains sites entraîne des manifestations
cliniques (exemple : méningocoque peut être retrouvée dans
la gorge sans infection alors que sa présence dans le liquide
céphalo-rachidien provoque toujours une méningite). La

25
 présence au sein de la flore commensale s’appelle « portage
sain »

- Les bactéries pathogènes opportuniste font partie en général des

flores commensales ou saprophytes et sont habituellement peu
ou pas virulentes chez le sujet immunocompétent. Elles peuvent
provoquer des infections graves dans certaines circonstances, en
particulier chez des patients présentant une altération des
défenses immunitaires (exemple le bacille pyocyanique chez les
brûlés.).

II) POUVOIR PATHOGENE DES BACTERIES

Les maladies ou infections bactériennes sont le résultat d'un conflit
entre la bactérie pathogène et l'organisme qui l'héberge (hôte).
Le pouvoir pathogène d’une bactérie conditionne le type de maladie
qu’elle va entrainer :
Exemples : Vibrio cholerae donne le choléra (=diarrhée aigue)
Le méningocoque donne la méningite alors que le gonocoque est
responsable de la blennorragie.
La virulence d’une bactérie se définit par la dose minimale (ou
nombre de bactéries minimal) pouvant entrainer la maladie.
La virulence peut être atténuée ou même disparaître de façon
artificielle par passages successifs de la bactérie sur des milieux de
culture. C'est le principe même d'obtention des vaccins pastoriens à
base de souche atténuée (charbon). Le vaccin antituberculeux BCG a
été obtenu à partir d'une souche virulente de Mycobacterium bovis.
La virulence d'une bactérie peut être conservée naturellement pour
les bactéries sporulées ou artificiellement par congélation ou
lyophilisation.
Les facteurs de virulence des bactéries pathogènes sont :
- Sa capacité à s’'implanter dans l'organisme hôte et s'y
multiplier = Colonisation
- Puis en fonction du pouvoir pathogène elle peut :
o Produire des toxines = TOXINOGENESE
o Produire une inflammation

26
 o Produire des enzymes d’agression et de
dissémination
o Disséminer dans l’organisme et atteindre les
organes cibles : septicémies, méningites …
A. Colonisation
C’est la première étape du pouvoir pathogène. La bactérie va se fixer
sur les cellules épithéliales de la muqueuse de la porte d’entrée en
adhérant à ces cellules à l’aide de protéines de surface appelées
adhésines. Ces adhésines sont soit au niveau des pili ou fimbriae soit
sur la membrane externe de la bactérie. Puis la bactérie se multiplie à
ce niveau : c’est la colonisation de la porte d’entrée.
B. Production de toxines
Les bactéries peuvent élaborer des substances toxiques de deux
types :
• les toxines protéiques ou exotoxines,
• les toxines glucido-lipido-protéiques ou endotoxines des
bactéries à Gram (-).
1) Les toxines protéiques
Ce sont des protéines produites par les bactéries à gram positif et
plus rarement des bactéries gram (-). Ces toxines élaborées dans le
cytoplasme des bactéries sont soit secrétées soit libérées par lyse
bactérienne.
✓ Elles diffusent à distance de la porte d’entrée et sont
responsables du pouvoir pathogène des bactéries qui les
produisent.
Exemples : Diphtérie, Cholera, Tétanos, coqueluche ….
✓ Elles sont caractérisées par leur spécificité d’action : elles
agissent sur une cible cellulaire précise entrainant un
ensemble de lésions cellulaires et tissulaires caractéristiques
correspondant au pouvoir pathogène de la bactérie.
Exemples :
- Choléra : toxine responsable de la perte hydro-
electrolytique

27
 - Diphtérie : toxIne responsable du croup et des signes
généraux
✓ L'information génétique de la toxinogénèse peut être :
o chromosomique Ex : Vibrion cholerae
o plasmidique Ex : Entérotoxine de E. coli
o Bactériophagique Ex : Toxine diphtérique
✓ Les toxines protéiques sont caractérisées par leur toxicité
considérablement élevée : elles agissent à très faible
concentration.
✓ Les toxines protéiques sont antigéniques : elles suscitent la
formation d'anticorps ou antitoxines qui neutralisent leurs
effets.
✓ Les toxines protéiques sont détoxifiables par le formol et
transformables en anatoxines qui ont perdu leur pouvoir
toxique mais conservé leur pouvoir antigénique.
Les anatoxines sont utilisées pour la vaccination.
Ex : anatoxine diphtérique, et tétanique.
2) Les toxines glucido-lipido -protéiques
Elles correspondent aux endotoxines des bactéries gram négatif. Elles
sont formées d'un complexe protéino-lipido-polysaccharidique : le
LPS est le constituant de la membrane externe des bactéries à Gram
négatif.
• la fraction protéique supporte l'antigénicité,
• la fraction polysaccharidique supporte la spécificité
antigénique,
• la fraction lipidique est responsable de la toxicité.
Les effets biologiques sont comparables quelque soit l’espèce
bactérienne dont provient le LPS.
III. FACTEURS DE RECEPTIVITE LIES A L’HOTE
La réceptivité de l’organisme aux bactéries pathogènes varie avec
certains facteurs tels que :
• la malnutrition, l'alcoolisme,
• la fatigue,
• la température : le refroidissement est un facteur de plus
grande réceptivité,

28
 • les conditions sociales : surpopulation,
• les conditions professionnelles : professions de santé,
vétérinaires, éleveurs etc…
Chez l'être humain atteint d'une maladie sous-jacente comme le
diabète, ou immunodéprimé, la réceptivité aux bactéries
pathogènes est augmentée
IV. DEFENSES DE L’ORGANISME CONTRE LES BACTERIES
L’organisme résiste à l’invasion par les micro organismes par la
mise en jeux des facteurs de défenses non spécifiques
(résistance naturelle) et/ou spécifique (immunité acquise)
A. La résistance naturelle
1) La barrière cutanéo-muqueuse
La peau ou les muqueuses forment une barrière naturelle par
l’association de trois mécanismes :
• Mécanisme physique
Le revêtement cutané est fait de couches superposées de cellules
épithéliales kératinisées, en permanence renouvelées par
desquamation. En cas d’altération de la peau (plaie, brûlure, piqûre),
il y a risque d’infection par pénétration des bactéries.
Au niveau des muqueuses, les cellules épithéliales ciliées au niveau
des voies aériennes supérieures, permettent l'élimination mécanique
des bactéries inhalées et piégées dans le mucus.
Au niveau des conjonctives, les sécrétions lacrymales représentent
une barrière efficace vis-à-vis des bactéries.
• Mécanismes chimiques
La présence d'acide gras dans les sécrétions des glandes sébacées
et sudoripares, de même que le lysozyme dans les sécrétions
lacrymales et l'acidité du pH gastrique entraînent l'inhibition des
bactéries.
• Mécanismes biologiques

29
Les bactéries commensales des flores cutanées et muqueuses
constituent des flores permanentes qui s'opposent à l'implantation
de bactérie pathogène nouvelle en constituant une barrière active
par compétition pour les aliments et les sites d'attachement aux
cellules épithéliales. La modification ou perturbation de ces flores par
exemple par utilisation d'antibiotiques favorise la prolifération des
germes pathogènes.
2) L’immunité innée non spécifique
Lors de la pénétration microbienne dans l'organisme, différents
systèmes de l’immunité non spécifiques se mettent en jeu : cellules
phagocytaires (macrophages et polynucléaires) et réaction
inflammatoire: pour arrêter le développement de l'infection.
Succédant à cette résistance naturelle, apparaît l'immunité
spécifique en réponse à la stimulation par les antigènes bactériens
libérés.

B. L’immunité spécifique acquise

( se référer au cours d’immunologie)

L'antigène microbien va induire la réponse immunitaire spécifique
qui sera humorale et/ou à médiation cellulaire. L'immunité humorale
se traduit par l'apparition d'anticorps sériques spécifiques
appartenant à la classe des IgM puis ultérieurement aux autres
classes en particulier IgG. L'immunité à médiation cellulaire fait
intervenir des lymphocytes T activés par les Ag bactériens qui vont
libérer des substances appelées lymphokines.

La vaccination vise à stimuler artificiellement les mécanismes de

l’immunité spécifique acquise.
La vaccination confère une immunité protectrice identique ou
supérieure à la maladie elle-même. Elle est réalisée par des :
• anatoxines : diphtérie, tétanos…
• bactéries tuées : coqueluche,
• bactéries vivantes atténuées : BCG,

30
 • antigènes bactériens purifiés : Méningocoque,
Pneumocoque, coqueluche acellulaire…

La sérothérapie consiste à injecter un sérum riche en anticorps

sériques à un sujet non immunisé. Ce dernier se trouve protégé
passivement pendant 10 à 15 jours.
Ex : sérothérapie antidiphtérique et séroprophylaxie
antitétanique.

Le nouveau-né est protégé pendant les 4 à 6 premiers mois de la

vie, par les Ac de la classe des IgG élaborés par la mère et transmis
passivement par passage transplancentaire.

31
 Ch 6 - ELEMENTS D’EPIDEMIOLOGIE DES
INFECTIONS BACTERIENNES

La connaissance de l’épidémiologie des infections bactériennes et

virales (réservoirs, modes de transmission, facteurs de risque…) est
indispensable pour la prise en charge thérapeutique et prophylactique
de ces infections.
Il est important de connaitre le réservoir de germe, le mode
d’acquisition et de transmission , et le mode de propagation de la
maladie au sein de la population.

I. Infections communautaires et infections nosocomiales

a. Infections communautaires
Les infections communautaires sont les infections acquises dans la
communauté sans aucune relation avec des soins ou des investigations
diagnostiques (sondage…).
Certaines infections communautaires sont à déclaration obligatoire (=
signalement de cas et notification) aux instances responsables du
ministère de la santé par le médecin traitant et le laboratoire. La liste
de ces infections et germes doit donc être connue (infection à
méningocoque, typhoïde, tuberculose, choléra, rougeole ….)
Elles sont opposées aux infections associées aux soins (IAS) dont font
partie les infections nosocomiales (infections acquises à l’hôpital).
b. Les infections nosocomiales
Les infections nosocomiales sont les infections acquises en milieu
hospitalier et par définition, celles qui apparaissent plus de 48 h après
l’hospitalisation.
Elles touchent entre 5 et 10 % des patients hospitalisés, avec de
grandes variations selon les services (réanimation, chirurgie,
médecine)
Les facteurs qui favorisent la survenue d’infections nosocomiales
sont :
• Les gestes invasifs à visée diagnostique ou curative
(prélèvements, injections, sondes, cathéters…)
• Le terrain qui peut diminuer les mécanismes de défense

32
 • Le non-respect des mesures d’hygiène, notamment le
lavage des mains
• La proximité d’autres malades infectés

Les bactéries responsables des infections nosocomiales sont souvent

multirésistantes aux antibiotiques à cause de la pression de sélection
qui existe en milieu hospitalier.
Les infections les plus fréquentes sont celles des voies urinaires, les
infections du site opératoire, les infections respiratoires et les
infections sur cathéter intra vasculaire.
II. Réservoirs de germes
Les infections peuvent être d’origine endogène : le germe responsable
provient de la flore de l’hôte, ou exogène : le germe est acquis à partir
de l’entourage ou de l’environnement.
a. Infections endogènes
Une partie des micro organismes des flores commensales sont
susceptibles de provoquer une maladie dans certaines circonstances
(infections urinaires à Escherichia coli) et en particulier lorsque sont
altérées les défenses locales (blessures, brulure, intervention
chirurgicale) ou générales (déficit immunitaire …) .
b. Infections exogènes
Le réservoir peut être humain, animal ou environnemental.
L’homme peut être le réservoir unique : c’est le cas des micro
organismes qui lui sont exclusivement adaptés : méningocoque,
pneumocoque, Salmonella typhi, Mycobacterium tuberculosis, Vibrio
clolerae, virus de la rougeole etc…. La transmission est interhumaine.
La contagiosité est maximale (sujet contagieux) pendant la période
d’invasion et d’état de la maladie et peut demeurer après la guérison
clinique : le sujet devient « porteur sain » et devient un réservoir
disséminateur d’autant plus dangereux qu’il est méconnu. Par exemple
le porteur de Salmonella typhi peut disséminer pendant des mois la
bactérie dans les eaux, souiller les aliments. Parfois, le portage sain
pourra se faire sans passage par une infection explicite, la maladie
restant infra-clinique (Neisseria méningitidis).
Le réservoir de germe peut être animal (zoonoses) : Salmonella,
Brucella, virus rabique etc….

33
 Enfin les bactéries pathogènes peuvent provenir de l’environnement :
sol (germes telluriques comme Clostridium tetani) l’eau (Legionella).

III. Modes de transmission

Les infections bactériennes peuvent être transmises directement (d’un
malade ou d’un porteur à un sujet sain) ou indirectement par
l’intermédiaire d’un véhicule (eau, aliments, linge…)
a. Transmission directe
La transmission directe d’une personne à l’autre est :
• Aérienne : tuberculose, grippe, rougeole etc…
• Manuportée : les mains sont souvent le vecteur entre la
source fécale et l’ingestion pour les germes à
transmission féco-orale, ou pour les infections
nosocomiales en milieu hospitalier.
• Sexuelle par contact direct pour les infections
sexuellement transmissibles : gonocoque, syphilis,
hépatite B etc…
• Sanguine lors de transfusions, de blessures
professionnelles …. : hépatite B et C , VIH etc….

La transmission peut être directe à partir d’un animal contagieux par

voie aérienne (Coxiella burnetti) ou par voie cutanée (rage,
brucellose…)
b. Transmission indirecte
La transmission indirecte passe par l’intermédiaire d’un vecteur animé
ou inerte :
• Eau et alimentation contaminées par des germes d’origine
fécale humaine (choléra, salmonelles etc…) ou animale.
• Arthropodes : puces et tiques (rickettsioses, maladie de
Lyme) ou moustiques (fièvre jaune …)
c. Transmission verticale
La transmission verticale correspond à la transmission mère –enfant
par voie trans-placentaire et : ou lors de l’accouchement : rubéole,
syphilis, VIH …

34
IV. Modes de propagation des maladies infectieuses
Les infections bactériennes et virales évoluent essentiellement sur 2
modes :
• Le mode endémique est caractérisé par la survenue de
cas à faible fréquence dans le temps et dans l’espace (cas
sporadiques). A tout moment une fraction faible et
constante de la population est infectée.
• Le mode épidémique est défini comme la survenue de
cas groupés dans le temps et dans l’espace.
Une épidémie d’envergure mondiale est appelée
pandémie. Enfin sur un fond endémique peuvent
survenir de petites épidémies.

III/ Les marqueurs épidémiologiques

Un marqueur épidémiologique est un caractère phénotypique ou

génotypique des bactéries permettant une distinction fine entre les
bactéries d’une même espèce (caractère discriminant).
En cas de suspicion d’épidémie, l’enquête microbiologique vise à
démontrer si les germes appartiennent à un même clone et à retrouver
le réservoir de germes (malades, porteurs sains parmi les malades et
parfois parmi le personnel soignant, dans l’environnement, sur
l’équipement…).

Pour cela, des marqueurs sont utilisés.

1) Marqueurs phénotypiques :
• Caractères métaboliques : biotype
• Caractères antigéniques : sérotype
• Profil de résistance aux antibiotiques : antibiotype
• Profil de sensibilité au bactériophage : lysotype

2) Marqueurs génotypiques :
Le matériel génétique peut être analysé et comparé par différentes
techniques de biologie moléculaire dont :
1) Profil plasmidique

35
L’analyse plasmidique consiste à déterminer le nombre et la taille des
plasmides contenus dans une bactérie.

2) Analyse du chromosome après digestion

enzymatique :
Le chromosome peut être analysé après découpage grâce à des
enzymes qui coupent à des endroits spécifiques et comparaison des
fragments obtenus.
Exemple d’application : la tuberculose

3) Techniques basées sur l’amplification génique

(PCR) :

Le principe général est d’amplifier grâce à des amorces plusieurs

régions du génome. La migration électrophorètique du produit
amplifié montre ainsi plusieurs bandes qui sont comparées
visuellement.

LES ANTIBIOTIQUES

I. HISTORIQUE

Le premier antibiotique découvert fut la pénicilline G par Sir

Alexander Flemming en 1928 en constatant l’effet d’inhibition de la
croissance des staphylocoques par une substance élaborée par un
champignon, le Penicillium. Cette substance a été ensuite purifiée en
1938 et utilisée en clinique dans les années qui suivirent sous le nom de
pénicilline G.

II. DEFINITIONS

A- Un antibiotique (ATB) :

36
 Est une substance chimique élaborée par un organisme vivant ou
obtenu par synthèse ou hémi-synthèse, capable d'inhiber le
développement (bactériostatique) ou de détruire (bactéricide) les
bactéries et autres micro-organismes, en agissant (action) spécifiquement
sur une étape essentielle du métabolisme de ce micro-organisme.

B- Spectre d’activité
Les ATB ne sont pas actifs sur les mêmes espèces
bactériennes, d’où la notion de spectre théorique.
Le spectre d'activité d'un antibiotique est défini par l'ensemble
des espèces bactériennes sensibles à cet ATB.
Il existe
- des ATB à spectre large c'est-à-dire actifs sur les bactéries gram
négatif (B-) et les bactéries à gram positif (B+)
- des ATB à spectre étroit actifs sur les bactéries gram négatif ou à
gram positif
- et des antibiotiques à spectre limité à une espèce bactérienne
(izoniazide et M. tuberculosis).

Schématiquement les familles d’ATB agissent soit sur les bactéries à

Gram +, Gram- ou les deux, cependant le spectre est spécifique à
chaque couple bactérie - ATB dans le même groupe.

C- Les résistances aux antibiotiques

La résistance naturelle est l’expression d’un ou plusieurs

mécanismes de résistance innés, propres à l’espèce bactérienne. Elle
permet de définir le spectre théorique ou spectre clinique d’un ATB.
Exemple : résistance naturelle des streptocoques aux aminosides.

La résistance est acquise lorsque la bactérie habituellement sensible

acquiert un mécanisme de résistance par modification de son
patrimoine génétique : mutation ou acquisition de gènes provenant de
bactéries de même espèce ou d’espèces différentes.
Les mécanismes d’acquisition de ces gènes sont le plus souvent la
conjugaison avec échange de plasmides ou de transposons conjugatifs
ou par transformation comme dans le cas du pneumocoque.

37
 La fréquence des variations génotypiques est augmentée par la
pression de sélection exercée par l'antibiotique au cours de son
utilisation clinique : l'administration de l'ATB inhibe la prolifération
des souches sensibles et favorise la diffusion des bactéries résistantes
sélectionnées.

La résistance est croisée quand elle concerne plusieurs ATB de la

même famille ou du même groupe parce qu’elle fait intervenir le
même mécanisme de résistance.
Exemple : Staphylocoque et pénicillines

La résistance est dite associée quand elle concerne des antibiotiques

n’appartenant pas à la même famille mais dont le mécanisme de
résistance est commun : plasmide avec plusieurs gènes de résistance,
efflux intéressant plusieurs ATB.

III- MECANISMES D’ACTION ET DE RESISTANCE

AUX ATB

Pour qu’un ATB soit actif, il doit être capable de :

- traverser les couches externes de la bactérie (paroi bactérienne,
membrane cytoplasmique)
- trouver une cible
- ne pas être inactivé (enzymes : bétalactamases)
- ne pas être expulsé par la pompe à efflux

Chacune de ces conditions constitue une cible pour la résistance : En

effet il existe 4 mécanismes de résistance naturelle ou acquise aux
ATB liés à :

1. L’imperméabilité de la paroi
Pour qu’un ATB puisse atteindre sa cible il doit traverser la
paroi bactérienne en empruntant des canaux protéiques appelés
porines. En cas de modification de ces porines, la bactérie
habituellement sensible peut devenir résistante.
L’importance de la perméabilité de la paroi bactérienne est illustrée
par le mécanisme d’action et de résistance des Streptocoques aux
aminosides : Les streptocoques sont naturellement résistants à bas

38
niveau aux aminosides car ceux-ci ne peuvent traverser leur paroi. Par
contre les aminosides agissent en synergie avec les bétalactamines qui
altèrent la paroi et permettent leur pénétration. En cas de résistance
acquise à haut niveau aux aminosides, il n’y a plus de synergie avec
les bétalactamines.
Cette modification de la perméabilité entraine une résistance associée
de plusieurs ATB.

2. Modification de la cible
Deux types de mécanismes existent :
a) Modification d’affinité de la cible
Cas du Pneumocoque et PLP : la résistance du pneumocoque à la
Pénicilline est due à la modification des gènes des PLP se traduisant
par une diminution de l’affinité de ces PLP avec un niveau variable de
résistance à la pénicilline (bas niveau de résistance BNR et haut
niveau de résistance HNR).
b) Substitution de cible :
Ce mécanisme concerne principalement la résistance intrinsèque à la
méthicilline de S. aureus R liée à la présence d’une PLP nouvelle
(PLP2a codée par le gène mecA)) ayant une très faible affinité pour
l’ensemble des bétalactamines, et qui implique une résistance croisée
à toutes les bétalactamines.

3. Inactivation enzymatique de l’ATB

C’est un mécanisme très répandu de résistance naturelle ou
acquise qui touche presque toutes les familles d’ATB ;
Cas des Béta-lactamines : les béta lactamases
Chez les bactéries gram (+) et gram (-), la résistance aux béta
lactamines est souvent due à la production de bétalactamases :
enzymes qui hydrolysent le cycle béta lactame avec production de
molécules inactives. Ces bétalactamases sont le plus souvent d'origine
plasmidique mais peuvent être codées par le chromosome.
Leur présence peut être détectée rapidement par un test
enzymatique simple très utile en pratique courante pour la détection
des Haemophilus résistant à l’ampicilline, des gonocoques
producteurs de pénicillinase etc.
Il existe une grande variété de bétalactamases (= 350).

39
La pénicillinase produite par S. aureus inactive la Pénicilline G et les
Pénicillines A (Résistance croisée).
Les bactéries gram (-) produisent un grand nombre de bétalactamases
dont le profil d'activité est très distinct -> suivant la bétalactamase
produite la bactérie aura un profil de sensibilité particulier. Certaines
de ces bétalactamases sont dites à spectre élargi (BLSE) et peuvent
inactiver l'ensemble des bétalactamines à l’exclusion des
carbapenèmes. Les carbapénèmases sont des bétalactamases qui
hydrolysent mêmes les carbapénèmes.

4. Excrétion de l’ATB par mécanisme d’efflux

L’excrétion active (= efflux) des antibiotiques peur être
accentuée sous l’effet d’une mutation sur le gène régulateur ce qui se
traduit par une résistance acquise pouvant toucher plusieurs familles
d’ATB.

IV CLASSIFICATION DES ATB SELON LEUR MODE

D’ACTION
Les ATB agissent sur une étape spécifique du métabolisme de la
bactérie qui varie en fonction des familles.

A. Antibiotiques agissant sur la synthèse du

peptidoglycane de la paroi
La synthèse du peptidoglycane au cours de la phase de croissance est
bloquée par :

1. Les bétalactamines : ATB Bactéricides

Elles agissent en se liant sur une cible « les protéines de liaison aux
pénicillines (PLP) » qui sont des protéines membranaires impliquées
dans l’étape de polymérisation du peptidoglycane.

a) Les Pénicillines
- Les Pénicillines G et V sont actives sur les Cocci gram (+) à
l’exception des staphylocoques producteurs de pénicillinase, les Cocci
gram (-), les bacilles gram (+), les Leptospires, les Tréponèmes, les
anaérobies à l’exception des Bacteroïdes.
Ces ATB sont inactivés par les pénicillinases.

40
- Les Pénicillines M appelées aussi pénicillines
antistaphylococciques = Pénicillines résistant aux pénicillinases des
staphylocoques : méthicilline , oxacilline, cloxacilline.
Les staphylocoques peuvent acquérir une résistance à ces produits
par mutation et acquisition d’une PLP de très faible affinité pour
toutes les bétalactamines entraînant une résistance à l’ensemble des
bétalactamines. La prévalence de ces souches (SARM) est
importante en milieu hospitalier.
- Les Pénicillines A = Aminopénicillines (ampicilline et amoxicilline)
ont un spectre élargi aux bacilles gram négatif non producteurs de
bétalactamases comme Haemophilus, Escherichia coli, Salmonella,
Shigella.
Elles sont par contre inactives sur les entérobactéries secrétant une
pénicillinase ( Klebsiella , Enterobacter,Serratia) et sur P. aeruginosa.
- Les pénicillines anti-Pseudomonas : idem à
Pénicilline /Aminopénicillines et couvrent en plus P. aeruginosa
Les carboxypénicillines = Ticarcilline
Les ureidopénicillines : Pipéracilline , Azlocilline

b) Les Céphalosporines
Elles résistent à la pénicillinase des staphylocoques mais sont
inactives sur les Staphylocoques méthicillino- résistant.
Elles sont classées en générations :
Céphalosporines de lère génération : céfalotine , cefazoline ,
cefaloridine ….. Leur spectre couvre celui des Pénicillines M et
Pénicilline A, associés. Elles sont sensibles aux céphalosporinases des
BGN et sont inactives certaines entérobactéries productrices de
céphalosporinases comme les Enterobacter et sur les P. aeruginosa.

Céphalosporines de 2ème génération : cefuroxime (Zinnat©) ,

cefoxitine (Mefoxin©)
Céphalosporines de 3ème génération : Environ une quinzaine de
molécules existent actuellement dont certaines commercialisées au
Maroc : Céfotaxime - Céfopérazone - Céftriaxone – Ceftazidime –
céfepime , cefpirome .
Ces céphalosporines ont une activité au mieux égale à celle de la
pénicilline G sur les streptocoques et celle de la pénicilline M sur les

41
staphylocoques. Elles sont inactives sur les Entérocoques et les
Listeria.
Sur les bactéries à Gram-, ces céphalosporines sont actives à des
concentrations très faibles. De plus elles ont une très bonne diffusion
tissulaire
Leur grande stabilité aux bétalactamases leur permet une activité
importante sur de nombreuses espèces de bacilles à gram (-). Mais
néanmoins ces céphalosporines sont souvent inactivées par les béta
lactamases à spectre élargi (BLSE).
Céphalosporines de 4ème génération, 5ème génération….

c) Les Carbapénèmes = (Imipenem, Ertapenem,

Meropenem). De spectre large couvrant un nombre d’espèces
bactériennes Gram + et Gram-,, ils résistent à la plupart des
bétalactamases y compris les bétalactamases à spectre élargi (BLSE).

d) Monobactams Aztreonam
Leur spectre est limité aux bactéries à gram négatif (BGN) aérobies,
P. aeruginosa compris.

e) Les Inhibiteurs de bétalactamases : Ces molécules

(acide clavulanique, sulbactam et tazobactam ) ont une structure
semblable à celle des pénicillines et servent à piéger les
bétalactamases bactériennes permettant l'activité antibactérienne de la
bétalactamine associée. Ces molécules n'ont aucune activité
antibactérienne propre et sont toujours utilisées en association avec
une pénicilline : on parle alors de pénicillines protégées : amoxicilline
– acide clavulanique, Ticarcilline – acide clavulanique, Pipéracilline –
tazobactam …

2. Les glycopeptides
Ce groupe comprend la Vancomycine et la Teicoplanine. Ces
molécules n’agissent que sur les bactéries à Gram positif.

3. Fosfomycine

B. ATB inhibant la synthèse protéique

42
Plusieurs familles d’ATB agissent en inhibant les traductions des
acides nucléiques : aminosides, cyclines, macrolides et phénicolés
1. Les aminosides : bactéricides
Plusieurs molécules : Kanamycine, streptomycine, gentamicine,
tobramycine, nétilmicine, amikacine …
Ils ont un spectre large : staphylocoques, bacilles gram (-), bacilles
gram (+), mycobacteries.
Ils sont inactifs sur les streptocoques et les bactéries anaérobies et les
bactéries intracellulaires.
Les aminosides agissent en se fixant sur la sous unité 30 S du
ribosome.

2. Les macrolides et apparentés (lincosamides, synergistines) :

Bactériostatiques
Leur spectre d'activité est limité à : Cocci gram (+), cocci gram (-),
bacilles gram +, Rickettsia, Chlamydia, Mycoplasma, Campylobacter,
Legionella et sur les anaérobies.
Les principales molécules de ces familles utilisées en thérapeutique
sont :
- Macrolides : érythromycine, clarithromycine ,
roxithromycine , azythromycine , spiramicine , josamycine .
- Lincosamides : lincomycine , clindamycine
- Synergistines (pristinamycine) : molécules ayant une très
bonne activité sur les staphylocoques méthicillino résistants
(SARM)

3. Les tétracyclines : Bactériostatiques

Leur spectre théorique est large (Gram + et Gram-), mais les souches
présentant des résistances acquises sont nombreuses.
Elles sont actives sur les bactéries à développement intracellulaire :
Brucella, Chlamydia, Mycoplasma, Rickettsia.
Elles sont inactives sur les anaérobies (naturellement résistants).

4. Les phénicolés
Ce sont des antibiotiques à spectre large mais à activité seulement
bactériostatique et doués d’une bonne diffusion. En raison de leur
toxicité hématologique (aplasie médullaire) ces molécules ont des
indications thérapeutiques bien précises : Fièvres typho-

43
paratyphiques, méningites et abcès cérébraux, exceptionnellement
infections à anaérobies.

C. Antibiotiques agissant sur les membranes

polymyxines : colistine ont un spectre limité aux bacilles à Gram –

sauf certaines entérobactéries : proteus , serratia , providencia et sur
les Bacteroides.
Cette molécule est peu utilisée du fait de sa faible diffusion tissulaire
et de sa toxicité rénale non négligeable.

D. ATB agissant sur les acides nucléiques :

1. Rifamycines
Deux molécules : Rifamycine SV (Rifocine) et rifampicine
La rifamycine SV a un spectre limité aux bactéries gram+ et les cocci
gram –
La rifampicine est un antibiotique à activité bactéricide, à spectre
large (sauf P. aeruginosa) c’est un anti tuberculeux majeur. Elle
diffuse bien dans l’organisme et dans les cellules. La sélection des
mutants résistants est rapide lorsqu’elle est utilisée en monothérapie.

2. Les quinolones
Elles agissent en se fixant sur l’ADN gyrase = topo-isomérases II ,
enzymes intervenant dans la conformation de l’ADN.
On distingue :
a) Les quinolones de 1° génération dont l’acide nalidixique est le
chef de file
Le spectre étroit est limité aux bacilles à Gram négatif
Leur diffusion tissulaire est faible : utilisation principalement dans les
infections urinaires.
b) Les fluoroquinolones : Ofloxacine, Lévofloxacine,
Norfloxacine, Pefloxacine, Ciprofloxacine…
Leur spectre beaucoup plus large, inclut les staphylocoP. Aeruginosa.

44
Elles sont caractérisées par leur diffusion tissulaire et intracellulaire
qui permet leur action sur les bactéries à développement
intracellulaire.
Comme pour les quinolones de 1° génération, la survenue des mutants
résistants est fréquente en particulier avec le Pyocyanique et impose
leur utilisation en association

E. ATB agisssant sur la synthèse des folates : sulfamides et le

trimethoprime
Les sulfamides ont un spectre théoriquement large, mais actuellement
les bactéries sont de plus en plus résistantes, cette résistance étant
croisée à l'ensemble de ces produits.
Le trimethoprime est un ATB à large spectre Les bactéries toujours
résistantes sont : P. aeruginosa, Mycobactéries, Campylobacter,
Anaérobies et Tréponèmes.
Il agit en synergie avec le sulfamide auquel il est associé.
Exemple : Trimethoprime- sulfaméthoxazole.
L’association a une bonne diffusion tissulaire.

V. FACTEURS FAVORISANT LA DIFFUSION DES

BACTERIES RESISTANTES AUX ATB
Les résistances aux antibiotiques ont deux principaux supports
génétiques : chromosome et plasmide.
La résistance par mutation chromosomique, phénomène rare, ne
concerne actuellement que 10 à 20 % des cas (antituberculeux à part).
La résistance plasmidique permet d'expliquer 80 % des résistances
actuelles (diffusion épidémique + multirésistance).
Deux facteurs favorisent la diffusion des souches résistantes :
1. La pression de sélection exercée par l'antibiothérapie :
L'apparition d'une résistance à un ATB est un phénomène génétique
indépendant de l'antibiotique. L'augmentation du nombre de souches
résistantes est directement liée à l'utilisation intensive de cet
antibiotique qui amplifie la tendance en favorisant les souches
résistantes et en limitant celle des souches sensibles. Cette pression de
sélection est encore plus dangereuse quand il s'agit d'un ATB
concerné par les résistances plasmidiques : un ATB sélectionne en une
fois une souche résistante à plusieurs ATB à la fois.

45
2. La transmission croisée à l'hôpital :
La transmission croisée d’une bactérie résistante, d’un malade à un
autre, existe à l’hôpital et est favorisée surtout dans les services
particuliers par les conditions suivantes : malades fragilisés par des
affections sous-jacentes ou des traitements immunodépresseurs,
multiplication des portes d'entrée (actes à visée diagnostique ou
curative) et la mauvaise observance des conditions d’hygiène.

VI. METHODES D’ETUDES DE l’ACTIVITE DES ATB

A. Définitions :
L’activité bactériostatique d’un ATB est mesurée par la CMI
(concentration minimale inhibitrice) et l’activité bactéricide par la
CMB (concentration minimale bactéricide).
La bactériostase correspond à la situation où le nombre de bactéries
viables après un contact avec un ATB est inférieur à celui observé
sans contact avec l’ATB (témoin).
La bactéricidie est la situation où le nombre de bactéries après
contact avec l’ATB est inférieur à celui au temps zéro (= arrêt de la
croissance et mortalité quantifiable).
La détermination de la CMI (mg/l) et la CMB permet de classer les
antibiotiques en :
Bactériostatiques quand le rapport CMB/CMI > 2
Exemples : Cyclines - chloramphénicol – macrolides
Bactéricides si le rapport CMB/CMI est proche de 1
Exemples : Bétalactamines - Aminosides
B. Indications des tests de sensibilité aux ATB
Le traitement ATB d’une infection est choisi en toute fiabilité sans
test particulier lorsque le germe responsable peut être prédit et qu’il
est connu sensible aux antibiotiques indiqués. Le traitement ATB est
standardisé (consensus thérapeutiques) et pour cela les antibiotiques
sont choisis à partir de données de surveillance régulière de
laboratoires nationaux.
Dans toutes les situations où le germe responsable ne peut être prédit
avec suffisamment de fiabilité ou que la probabilité de résistance
acquise est élevée, le recours aux tests de laboratoire pour le choix ou
la réadaptation du traitement est indiqué.

46
 - Tests rapides : Recherche de bétalactamase
Dans le cas de certaines bactéries comme Haemophilus influenzae,
gonocoque etc. il est suffisant de détecter la présence de bétalactamase
produite par la bactérie : le principe de détection est basé sur la
capacité de la bétalactamase d’hydrolyser un substrat chromogène
(changement de couleur traduit la présence de bétalactamase).
- Tests permettant de mesurer l’activité
bactériostatique des ATB
La détermination de l’activité bactériostatique in vitro des ATB sur
une bactérie revient à déterminer si cette bactérie est sensible ou non à
ces ATB.
Plusieurs méthodes peuvent être utilisées :
Méthodes quantitatives : Mesure de la CMI
Deux types de méthodes sont utilisés par dilution ou par diffusion
(Etest)
L'ATB est testé à des concentrations croissantes obtenues par dilutions
sériées en milieu liquide ou en milieu gélosé vis à vis de la bactérie à
étudier en présence d’un tube témoin (de croissance) sans ATB.
La CMI correspond à la plus petite concentration de l'ATB qui ne
laisse pas de culture visible à l’oeil nu.
La technique du Etest est une variante où l’ATB est déposé à un
gradient de concentrations d’ATB est obtenu sur une bandelette
plastifiée. La bandelette est déposée à la surface d’une gélose
préalablement ensemencée par la souche à étudier (voir illustration
cours). La CMI est lue directement après incubation.
La valeur mesurée de la CMI sera comparée aux valeurs des CMI
critique préalablement déterminées pour chaque couple bactérie–ATB
et interprétée comme Bactérie sensible, intermédiaire ou résistante à
l’ATB testé
Méthodes qualitatives ou antibiogramme
L’antibiogramme permet de catégoriser la souche bactérienne étudiée
en Sensible, Intermédiaire ou Résistante par rapport à l’ATB testé.
Ces méthodes mesurent la CMI par une technique directe (dilution) ou
indirecte (disques) et la comparent aux CMI critiques pour donner au
final un résultat interprété en S, I, R. Les valeurs des concentrations
critiques sont déterminées et publiées pour chaque couple bactérie –
ATB avec des mises à jour annuelles sur la base de critères

47
bactériologiques, pharmaco cinétiques et cliniques par des comités
d’experts (CA-SFM, EUCAST, CLSI…).
Définitions du CA –CASFM :
Une bactérie est dite sensible si la probabilité de succès
thérapeutique est acceptable lors d’un traitement par dose habituelle
par voie générale
Inversement une bactérie est dite résistante lorsqu’il existe une forte
probabilité d’échec thérapeutique quel que soit le traitement (dose et
voie d’administration)
Les souches intermédiaires quand le succès thérapeutique est
imprévisible et pourrait être amélioré par des modifications liées à la
posologie ou à la voie d’administration.

a. L'Antibiogramme par diffusion

C’est une méthode de diffusion en milieu gélosé : le germe étudié est
étalé à la surface d’un milieu de culture. Les antibiotiques choisis sont
apportés sous forme de disques imprégnés du commerce.
Les ATB à tester sont choisis en fonction de la bactérie, du spectre
théorique, et de l’infection.
Après incubation à 37° les diamètres d'inhibition sont mesurés, et
interprétés en Sensible, Intermédiaire ou Résistant conformément aux
recommandations des experts
Avantages – Inconvénients :
- Technique simple, suffisante dans 95 % des cas.
- Permet l’étude de plusieurs antibiotiques à la fois
- Non applicable aux germes exigeants et de culture lente.

b. Antibiogramme par dilution : méthodes automatisées

Plusieurs types d’automates existent actuellement : ils reproduisent le
principe des dilutions en tubes en utilisant des tubes miniaturisés.
Leur avantage est de permettre le raccourcissement du délai de
réponse.

C. Mesure de l’activité bactéricide ou CMB

L’activité bactéricide d’un antibiotique est définie par la CMB ou
concentration minimale bactéricide. C’est la plus petite concentration
d'antibiotique qui tue 99,9 % des bactéries c’est à dire qui ne laisse
que 0,1 % de survivants.

48
Une activité bactéricide sera recherchée lors du traitement antibiotique
d’une infection chez un patient dont les défenses immunitaires sont
amoindries, ou dans le cas d’une infection grave.
Selon les valeurs des CMI et CMB, les antibiotiques sont classés en :
•bactériostatiques si la CMI est largement inférieure à la CMB
Exemple : CMI = 4 et CMB = 128
Cyclines - chloramphénicol - macrolides
•bactéricides si la CMI et la CMB sont très proches
Exemple : CMI = 4 CMB = 8
Bétalactamines – Aminosides
La détermination de la CMB est rarement réalisée en pratique.

D- Etude de l’association des antibiotiques

Dans un certain nombre de situations le traitement devra
associer au moins 2 antibiotiques. C’est le cas des infections sévères
chez malades fragilisés, ou des infections à germes multirésistants ou
dans le cadre de la prévention d'émergence des mutants résistants
comme avec la Rifampicine ou les quinolones.
Les antibiotiques seront associés en tenant compte
des règles de Jawetz qui disent :
- L'association de 2 ATB bactériostatiques est en général
simplement additive
- L'association d'un bactéricide et d'un bactériostatique peut être
antagoniste.
- L'association de 2 ATB bactéricides peut être synergique.
On parle de synergie quand l'effet des deux est meilleur que l'effet du
plus actif.
Il y a antagonisme quand l'effet de l'association est inférieur à celui du
plus actif.
Cependant, il est possible de tester l’effet d’associations d’ATB au
laboratoire

E- Vérification de l’efficacité et de l’innocuité

L’efficacité d’un traitement antibiotique peut être vérifiée au

laboratoire en contrôlant la stérilisation du foyer infectieux.
Le dosage des antibiotiques permet de vérifier que le taux
d’antibiotique sérique et/ou au niveau du foyer (urines, LCR) est

49
supérieur à la concentration bactéricide de l’ATB (efficacité) et
inférieur au seuil toxique (innocuité)

F- Détermination du pouvoir bactéricide d’un liquide

biologique
Au cours d’un traitement ATB, il est possible dans certaines situations
de vérifier si les concentrations d’ATB obtenues dans l’organisme
sont optimales.
Le liquide biologique ciblé (LCR, sang) sera utilisé comme source
d’ATB pour étudier l’activité bactériostatique et bactéricide sur la
bactérie responsable de l’infection. Plusieurs dilutions (1/2 ,1/4, 1/16
…) du liquide sont préparées puis testées en présence de la bactérie.
L’activité bactériostatique correspond à la dernière dilution ne
montrant pas de culture visible. Et la dilution bactéricide est la
dernière dilution ne laissant que 0.01% de survivants

G- Surveillance épidémiologique

La surveillance régulière des résistances bactériennes

permet de rationaliser les traitements antibiotiques. Les résultats
de cette surveillance sont publiés régulièrement et permettent de
standardiser les traitements.

50
 LES ANTISEPTIQUES

HISTORIQUE
Bien avant que le mot antiseptique ne soit employé, de nombreuses
substances ont été utilisées pour éviter le risque de contamination.
Fin du 18ème siècle, c'est un anglais, Pringle, qui a été le premier à
classer les substances antiseptiques.
1774: découverte du chlore,
1789: Berthollet découvre l'eau de Javel,
1929: Lugol a travaillé sur la teinture d’iode.
Entre les désinfectants et les antiseptiques, il y a tous les agents
chimiques non-utilisables par voie générale du fait de leur forte
toxicité et de leur action sélective vis-à-vis des cellules Procaryotes.
A partir de 1970, l’élaboration par l’AFNOR. (Association française
de normalisation) de protocoles normalisés d’étude a permis une
meilleure connaissance des propriétés antimicrobiennes des
antiseptiques et désinfectants. la pharmacopée française introduit en
Juillet 1985, une note pro pharmacopée sur les préparations
antiseptiques. La monographie en vigueur actuelle date de 1990.
DEFINITIONS :
1- Antiseptiques
Ce sont des substances ou préparations chimiques ayant la
propriété soit à détruire les germes déjà présents (bactéricide, virucide,
fongicide sporicide) soit à arrêter leur développement
(bactériostatique, virustatique, fongistatique) sur tissus vivants.
Elles n’altèrent pas les tissus sur lesquels elles sont placées (tolérance)
Les antiseptiques sont appliqués à la thérapeutique humaine (ou
animale
L’efficacité de ces produits est rarement totale vis-à-vis de la totalité
des agents contaminants.
2- Antisepsie
Résultat momentané au niveau des tissus vivants suite à l’application
d’un antiseptique
Le résultat de cette opération est limité aux micro-organismes et/ou
virus présents au moment de l’opération" (AFNOR Mars 1981 NF T
72-101).

51
3- Asepsie

Ensemble des mesures propres à empêcher tout apport exogène de

micro-organismes.
4- Les désinfectants
Ce sont des substances chimiques ayant la propriété soit à détruire les
germes déjà présents (bactéricide, virucide, sporicide) soit à arrêter
leur développement (bactériostatique, virustatique, fongistatique)) sur
milieux inertes.
Ils sont utilisés pour la désinfection ou la décontamination de matériel.

GENERALITES
Tout tissu vivant doit être propre avant d’être « aseptisé » ; toute
surface inerte doit être propre avant d’être désinfectée.
Selon le Comité Européen de Normalisation, le terme d’antisepsie
devrait être réservé au cas où l’opération est destinée au traitement
d’une infection constituée, le terme de désinfection désignant une
opération visant à prévenir une infection. On parle ainsi de
désinfection de la peau saine, de désinfection des mains, mais
d’antisepsie d’une plaie.
En ce qui concerne le lavage et la désinfection des mains, la
normalisation européenne utilise le terme "hygiénique" à la place du
terme "antiseptique". On parle ainsi de lavage hygiénique des mains
lorsqu’on utilise un savon antiseptique, et de friction hygiénique
lorsqu’on utilise une solution hydro-alcoolique pour la désinfection
des mains sans rinçage.

MODE D’ACTION DES ANTISEPTIQUES

Les antiseptiques sont capables d’inhiber la croissance des micro-•
organismes (bactériostase, fongistase, virustase), ou d’avoir une action
létale (bactéricidie, fongicidie, virucidie, sporicidie). Certains
antiseptiques présentent ces deux modes d’action en fonction des
doses.
La rémanence désigne l’effet anti-microbien de l’antiseptique
persistant sur la peau.
Le mécanisme d’action des produits varie d’une famille
d’antiseptiques à l’autre :
- Coagulation des organites intracellulaires,

52
- Altération de la membrane,
- Oxydation et dénaturation des protéines.
Selon leur nature et leur concentration, les antiseptiques ont une ou
plusieurs cibles à l’intérieur de la cellule. Ils doivent donc traverser la
paroi cellulaire pour exercer leur action.
RESISTANCE BACTERIENNE AUX ANTISEPTIQUES
L’élément majeur de la résistance est la paroi de la cellule bactérienne.
En effet, la majorité des antiseptiques exercent leur action
essentiellement au niveau de la membrane cytoplasmique et doivent
donc traverser la paroi. Chez les souches devenues résistantes, ces
mécanismes de passage sont altérés.
Ainsi, les mycobactéries, dont la membrane externe est très épaisse,
sont plus résistantes que les bactéries à Gram négatif, elles-mêmes
plus résistantes que les bactéries à Gram positif.
Le phénomène est inverse pour les virus : les virus enveloppés (ex :
VIH) sont plus sensibles que les virus nus (ex : Poliovirus) car
l’enveloppe externe riche en lipides est facilement désorganisée par
les antiseptiques, ce qui provoque l’inactivation du virus.
- La résistance naturelle
- La résistance acquise (chromosomique,plasmidique)
La fréquence des résistances acquises aux antiseptiques est nettement
inférieure à la fréquence des résistances acquises aux antibiotiques.
Il est donc essentiel de respecter les conditions d’utilisation des
produits (concentrations et mode d’emploi) afin d’éviter l’émergence
de germes résistants.
Plusieurs sortes d’antiseptiques se vendent dans le commerce, mais 4
facteurs sont à considérer dans leur choix.
• L’effet de l’antiseptique doit être rapide sur les germes ;
• L’antiseptique ne doit pas être neutralisé immédiatement (par
des protéines, savons ou des détergents) ;
• L’antiseptique ne doit pas attaquer la peau ;
• L’antiseptique doit être stable.

PRINCIPAUX ANTISEPTIQUES :
I- Halogénés
1- Produits chlorés : hypochlorite de sodium

53
Jusqu’à un titre de 5 degrés chlorométriques, les produits chlorés
peuvent être utilisés comme antiseptiques de la peau saine, des
muqueuses, et pour l’irrigation des plaies.
A des titres supérieurs, ils sont irritants pour la peau et sont utilisés
comme désinfectants
(Ex : eau de Javel).
La durée de conservation du flacon une fois ouvert ne doit
pas excéder 15 jours à 1mois à l’abri de la lumière, la dilution
ne doit pas dépassée la journée.

Spectre d’activité : étendu bactéries (formes végétatives et

sporulées), champignons, virus, spore

Mode d’action :
Le délai d’action est rapide, dès la première minute de contact. Le
pouvoir oxydant provoque la destruction de protéines au niveau
membranaire et chromosomique
Les différents produits :
a-Soluté de Dakin
C’est une préparation officinale ou hospitalière dont le délai de
péremption est court
8 jours à l’abri de la lumière.
b- Dakin CooperR
Il s’agit d’une spécialité pharmaceutique dont le pH, le système
tampon et le conditionnement permettent d’allonger le délai de
péremption à 30 mois.
2- Produits iodés : L’iode et ses dérivés Largement utilisés
Les différents produits
a- Les solutions alcooliques d’iode
* Alcool iodé à 1%
* Teinture d’iode à 5%
b- Les solutions aqueuses d’iode
c- Polyvidone iodé : BETADINER

Spectre d’activité
Les produits iodés sont bactéricides, virucides, fongicides, et
sporicides

54
Mode d’action
L’iode sous forme moléculaire est capable de traverser rapidement la
membrane cellulaire
Son action est due à son pouvoir oxydant comme les autres halogénés
sur les protéines enzymatiques et membranaires.

Délai d’action
Le temps de contact requis est d’une minute
L’action se manifeste dès 30 secondes, mais il est recommandé
d’attendre un temps de contact d’1 minute minimum afin d’obtenir
une activité bactéricide

II- Biguanides : spécialités à base de chlorhexidine (CHX)

La chlorhexidine est irritante pour les muqueuses, si la

concentration est supérieure à 0,02%.
La CHX est un agent antimicrobien à large spectre, actif sur
un grand nombre de bactéries à G+ et G- ainsi que sur les
levures.
Mécanisme d’action
Altération de la paroi bactérienne entraînant la lyse.

III- ALCOOL :
1- Alcool éthylique de 60 à 70° (Il existe de l’alcool
dénaturé à 95° mais pour les pansements).
L’action antiseptique ne s’exerce que sur peau sèche. Il perd son
efficacité au contact de l’eau.
L’alcool ne doit pas être employé sur une plaie ni sur un linge ou des
gants tachés de sang car il coagule les albumines et fixe le sang.
Il est utilisé dans :

• Les pansements humides alcoolisés pour son action

antiphlogistique :
• La désinfection de la peau (préparation du champ opératoire,
mains des praticiens).
Spectre d’activité
L'alcool éthylique à 70° possède une activité sur les bactéries Gram +
et Gram - (formes végétatives)

55
Actif sur Mycobacterium tuberculosis
Il est dépourvu d'action sur les spores.
Fongicide faiblement
Virucide de façon variable.
Délai d’action : 2 minutes à condition que la peau soit maintenue
humide.
Durée d’action : activité antimicrobienne brève car l'alcool est très
volatil.
2- Les produits hydro-alcooliques (solutions et gels) :
Ce sont des alcools à large spectre biocide et ils se vaporisent
rapidement (séchage rapide)
Le rôle de ces antiseptiques est :
a. D’élargir le spectre biocide des produits
hydro-alcooliques.
b. Prolonger l'action antiseptique
IV-. AMMONIUMS QUATERNAIRES :
Très nombreux, ils se présentent en :
• Solution aqueuse de 1% : biocidan, cetavlon, Aéryl, sterlane
Céquartyl ;
• Solution alcoolique à 5% : cetavlon teinté ;
Ils sont utilisés pour la désinfection de la peau et les muqueuses et ne
sont pas irritants, et pour la désinfection des plaies. Leur pouvoir
bactéricide est important.
V- AUTRES ANTISEPTIQUES
1- MERCUROCHROME :
C’est un antiseptique qui n’est ni caustique, ni irritant.
Il se présente en solution alcoolique ou aqueuse.
Il peut remplacer la teinture d’iode
On l’emploie en badigeonnage sur les plaies, certaines brûlures et
pour préparer la peau des malades qui doivent être opérés.
C’est un antiseptique détergent qui solubilise et émulsionne les
graisses.
2- ETHER SULFURIQUE :
Il solubilise les graisses et possède ainsi une légère action détergente.
Il est utilisé pour la désinfection de la peau (injection intradermique et
au 1er temps de la préparation du champ-opératoire).
3. EAU OXYGENEE :
Elle est employée pure ou diluée. Elle se décompose en présence de
matière organique en dégageant de l’oxygène :

56
 • Elle est active sur les germes anaérobies ;
• Elle désagrège les caillots de sang ;
• Elle possède une légère action hémostatique ;
• Elle est utilisée en lavage pour les plaies encombrées de
caillots de sang.
4. PERMANGANATE DE POTASSIUM :
En solution à 1 ou 4 % ou en poudre, ou sous forme de paillettes
violettes.
Il se décompose en présence de matières organique en dégageant de
l’oxygène.
Il est utilisé pour le nettoyage des plaies ou des ulcères
phagédéniques.
5- FORMOL :
Il est employé pour la désinfection en solution à 40 %.

6-. SERUM PHYSIOLOGIQUE : SERUM SALE

Il permet le nettoyage des plaies, sans léser les tissus. Il est utilisé
pour le lavage des plaies, soit en irrigation, soit en pulvérisation.

7-. MERCRYL LAURYLE :

Solution aqueuse à 0,1% le mercryl est un antiseptique détergent. Il
solubilise et émulsionne les graisses. Il est utilisé pour le nettoyage
des plaies souillées.

57
DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE D'UNE INFECTION
BACTERIENNE

I) INDICATIONS DES TESTS DE LABORATOIRE

Dans un grand nombre de situation, essentiellement en pratique

extrahospitalière, le recours au laboratoire ne sera pas nécessaire
quand le germe responsable de l'infection observée peut être déduit
avec suffisamment de fiabilité à partir de l'examen clinique et des
données épidémiologiques et le traitement est standardisé.
Cas de l’otite moyenne aiguë (OMA), la pharyngite …
Les prélèvements sont recommandés ou indispensables lorsqu’il s’agit
d’une maladie à déclaration obligatoire comme le choléra, la
coqueluche, la typhoïde ...
Dans d'autres situations surtout en milieu hospitalier, le germe
responsable ne peut être suspecté avec suffisamment de précision. De
plus la sensibilité est souvent imprévisible.
Quel que soit le cas, le diagnostic bactériologique fait appel à
l’ensemble des moyens permettant d’identifier l’agent responsable de
l’infection.
Le diagnostic est direct quand il vise à mette en évidence le germe
lui-même par :
- Isolement et identification
- Détection des antigènes spécifiques
- Détection du génome : PCR
Le diagnostic est dit indirect quand il met en évidence la réponse
immunitaire de l’organisme à l’infection par la présence d’anticorps
spécifiques sériques (sérologie) ou à médiation cellulaire (réaction
d’hypersensibilité HSR).

II) DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE DIRECT

A) La prescription
La prescription s’intitule habituellement « Examen
cytobactériologique de… ».

58
Il n’existe pas de méthode universelle permettant d'identifier toutes les
bactéries et virus responsables d’infections. La prescription doit
obligatoirement être orientée par des renseignements clinique, ou
même devra préciser une recherche précise comme la recherche de
Mycobacterium tuberculosis (BK), d’actinomycose, Brucella etc.…
pour permettre d’utiliser les techniques appropriées
Toute prescription (ordonnance) doit obligatoirement comporter :
o L’identité précise du patient : Nom – prénom
o L’âge du patient / date de naissance

o Tout renseignement relatif à des antécédents : hospitalisation,

maladie sous-jacente, prise d’ATB etc.…
o L’hypothèse diagnostique : méningite, infection respiratoire …
o La nature du prélèvement et la date de réalisation

o La prescription doit être datée et signée avec L’identité du médecin

prescripteur
Ces renseignements permettront entre autres de :
- choisir les méthodes bactériologiques adéquates
- prendre des initiatives (décision de réaliser un antibiogramme par ex)
- interpréter les résultats (différenciation entre germes responsables, et
simple portage…).
B) Prélèvements
Le prélèvement de l’échantillon biologique qui sera analysé doit être
- de "bonne qualité"
- correctement acheminé

Plusieurs facteurs conditionnent la qualité du prélèvement :

1. les prélèvements seront réalisés avant toute antibiothérapie parce
que les cultures sont négativées en cas de traitement antibiotique
préalable.
2. La connaissance de l'histoire naturelle de la maladie permettra de
choisir le prélèvement adéquat.

- Au cours de la diphtérie, le germe reste localisé au niveau du rhino-

pharynx et le seul prélèvement utile est un prélèvement
rhinopharyngé.

59
- Au début d'une fièvre typhoïde, l'hémoculture est le prélèvement qui
a le plus de chance d'être positif. Si le malade consulte tardivement, la
coproculture est indispensable.

3. Le moment du prélèvement pendant la journée sera choisi avec

soin.
o Hémocultures lors des pics fébriles
o Crachats, le matin au réveil à jeun
o Tubage gastrique : au réveil avant de se lever
o Urines le matin au réveil ou urines ayant stagné 4 heures dans la
vessie
4. Le prélèvement doit être le moins contaminé possible car
l'interprétation des résultats sera rendue très difficile si le germe isolé
fait partie de la flore commensale mais possède par ailleurs un
potentiel pathogène.
o Urines : toilette minutieuse des organes génitaux externes et urine
en milieu de jet
o Expectoration : après rinçage soigneux de la bouche
o Lors de prélèvements par ponction ; hémoculture, ponction
lombaire …
La zone de ponction doit être nettoyée et désinfectée de façon
rigoureuse pour éliminer les germes des flores commensales
permanentes ou transitoires susceptibles de contaminer le prélèvement
et de fausser le résultat. Il faut savoir que l'antiseptique doit agir au
moins 3 minutes avant d'obtenir l’asepsie.
5. Le prélèvement doit être recueilli en quantité suffisante pour :
- Permettre l'examen cytologique, le Gram, la culture et
éventuellement la recherche des antigènes bactériens, la PCR..
- Augmenter les chances de mise en évidence du germe dans le sang :
quantité de sang à cultiver = 1 à 2 ml chez le nourrisson, 5 ml chez
l’enfant et 10 ml chez l’adulte
6. Le récipient doit être stérile et fermé hermétiquement pour assurer
la sécurité du personnel.

Exemple : crachat destiné à la recherche de bacille tuberculeux

La viabilité des germes dans le produit pathologique.
7. Le récipient sera adapté au produit pathologique à recueillir.

60
De façon générale, on préférera le tube stérile à l'écouvillon qui se
dessèche rapidement.
Pour la recherche d'anaérobie, le recueil sur seringue est idéal à
condition de chasser l’air de la seringue en poussant le piston.
8. L'acheminement rapide du prélèvement est un temps capital pour
préserver la vitalité des germes fragiles pour empêcher la pullulation
de la flore commensale (Crachat, selles).

A) Examen macroscopique
Il constitue la première étape de l’analyse bactériologique après le
prélèvement. Les modifications biologiques accompagnant toute
infection (signes inflammatoires avec présence de leucocytes plus ou
moins altérés) entraînent une modification de l’aspect macroscopique
des produits prélevés : LCR, urines, selles etc… Les liquides
biologiques peuvent avoir un aspect trouble avec différents degrés
(opalescent, trouble, purulent) , hématique (présence de sang). Les
selles peuvent être glaireuses (dysenterie) ou liquidiennes, eau de riz
(choléra).
B) Examen direct
L’examen direct constitue un élément d’orientation important pour le
choix du traitement de première intention et des techniques de culture.
Il comporte un examen à l’état frais et après coloration
1) A l’état frais
L'observation entre lame et lamelle d'une goutte de produit
pathologique permet de rechercher les éléments de la réaction
cellulaire à l’infection : leucocytes, hématies, cristaux…… et de
mettre en évidence la présence éventuelle des germes en précisant leur
morphologie (cocci, bacilles) et leur mobilité (rameur ou vol de
moucheron)
Le comptage des éléments cellulaires a une importance primordiale
dans l’appréciation de l’état pathologique : le LCR normal contient
moins de 5 leucocytes /mm3, les urines moins de 104 leucocytes/ml.
2) Après coloration
Le produit pathologique est étalé en couche mince (frottis) et traité par
une coloration simple ou différentielle. La coloration au bleu de
méthylène est simple et rapide mais n’est pas d’usage courant sauf
dans les cas particuliers : méningite à méningocoque ou urétrite à
gonocoque (diplocoques intracellulaires).

61
La coloration fondamentale en bactériologie est la coloration de
Gram : elle permet d’apporter une précision sur l’agent pathogène :
diplocoques gram + en flammes de bougie : pneumocoque, cocci gram
+ en amas = staphylocoque…
Les colorations spéciales sont utilisées sur prescription : coloration
de Ziehl-Neelsen pour la mise en évidence des BAAR (bacilles acido
alcoolo résistants).
Les résultats de l'examen macroscopique et microscopique qui
sont disponibles une à 2 heures après l'arrivée du prélèvement au
laboratoire, peuvent fournir des arguments diagnostiques de forte
présomption permettant au clinicien de mettre en oeuvre le traitement
antibiotique adapté.
C) Cultures
L’isolement et l’identification du germe constituent le « gold standard
» ou méthode de référence dans le diagnostic bactériologique.
Les milieux de cultures sont choisis en fonctions du type de germe
suspecté. Le produit pathologique est ensemencé dans des milieux
favorables simples ou enrichis, éventuellement rendus sélectifs quand
on soupçonne un germe particulier et incubés dans les conditions
adaptées : température, atmosphère.
On utilise essentiellement des milieux solides qui permettent
l’isolement de clones bactériens sous forme de colonies.
Dans certaines situations, les cultures sont quantitatives pour
faciliter l'interprétation, par rapport à un taux significatif.
Exemples : ECBU : infection si nombre de germe ≥ 105 UFC/ml.
L’inconvénient majeur des cultures est le délai de réponse de 24, 48 à
72 heures et jusqu’à 4 semaines pour le bacille tuberculeux.
D) Identification
L’identification des bactéries isolées est basée sur les :
- Caractères morphologiques : forme, Gram, groupement, mobilité,
etc…
- Caractères de culture : aspect des colonies, exigence en facteurs de
croissance
- Propriétés métaboliques
- caractères antigéniques (Salmonella et Streptocoques)
E) Autres méthodes
1) Recherche des antigènes solubles
Les bactéries libèrent au site de l’infection des antigènes solubles qui
diffusent dans le sang et sont éliminés dans les urines.

62
Ces antigènes sont mis en évidence par des techniques d’agglutination
passive (agglutination latex), et d’immuno-chromatographie
o Agglutination Latex
Les particules de latex sont sensibilisées par des anticorps spécifiques
des germes à rechercher. Après mélange du réactif et du produit
pathologique, la présence d'antigène est révélée par une agglutination
visible à l'oeil nu.
o Immunochromatographie : Test immunologique sur membrane
Ces tests sont simples et très rapide (5 à 10 mn), très sensible mais
doivent être entourée de témoins.
Ils ont un intérêt certain car :
- Le résultat est rapidement obtenu (1 heure) et permet l'instauration
d'une antibiothérapie adéquate et la prise de mesures prophylactiques
dans l'entourage du malade.
- Ils permettent un gain diagnostic en cas d'antibiothérapie préalable
qui négative examen direct et culture.
- permettent le diagnostic de germes de culture difficile : Legionella ,
Chlamydia …

2) Techniques d’immunofluorescence
La détection des bactéries peut être réalisée par immunofluorescence
directe avec utilisation d’un réactif (anticorps spécifique) fluorescent.

3) Amplification génique (PCR)

Il est possible de rechercher une bactérie directement dans un produit
pathologique en mettant en évidence son génome ou un segment
limité du génome caractéristique de l’espèce par des techniques
d’amplification génique ou PCR (Polymerase Chain Reaction) : le
principe de la PCR est d’amplifier une séquence du matériel génétique
avec des amorces spécifiques. Le produit amplifié est ensuite révélé
par électrophorèse, ou par hybridation ou par séquençage.
Ces techniques sont de plus en plus utilisées pour le diagnostic des
bactéries de culture lente et/ou difficile : Chlamydia, BK, etc…

III) DIAGNOSTIC INDIRECT

L'infection bactérienne entraîne la libération de nombreux antigènes :
paroi, flagelles, capsule, toxines, enzymes etc.…
Ces antigènes entraînent une réponse immune spécifique humorale
et/ou cellulaire après un délai de l’ordre de 8 à 10 jours. Les réponses

63
sont spécifiques d'une bactérie donnée mais la spécificité est relative
à cause des réactions croisées dues à des communautés antigéniques.
La mise en évidence des anticorps sériques (IgG, IgM, IgA ) permettra
le diagnostic indirect de l'infection.
Le sérodiagnostic (diagnostic sérologique) fait appel à deux sérums,
l'un prélevé au début de la maladie (sérum précoce), l'autre deux à
trois semaines plus tard (sérum tardif)
La réponse immune humorale est considérée comme significative
devant une séroconversion (absence d’anticorps dans le sérum précoce
et présence d’anticorps dans le sérum tardif) ou lorsque le taux
d’anticorps est augmenté au moins par un facteur 4.
Enfin la détection d’anticorps de la classe IgM est souvent en faveur
d’une infection récente ou primo infection.
L’interprétation des réponses sérologiques est parfois rendue difficile
à cause des réactions antigéniques croisées entre les bactéries
(Salmonella et Entérobactéries).
Il existe différentes techniques pour déceler la présence des anticorps
spécifiques (cours d’immunologie)
✓ Réaction d’agglutination en tubes = agglutination d’une
suspension bactérienne par les anticorps sériques :
sérodiagnostic de Wright (brucellose)
✓ Réaction de fixation du complément (RFC) : Brucellose
✓ Immunofluorescence : Chlamydia, legionella , syphilis …
✓ ELISA (enzyme linked immuno sorbent assay) .

64
 Bactéries d’Intérêt Médical

cocci gram positif

morphologie genre espèce nom courant habitat pouvoir

pathogène

en amas Staphylococcus Aureus Staph. doré Peau Suppuration

epidermidis Staph. blanc muqueuses

en chaînettes Streptococcus A,C, G Strepto β Pharynx Streptococcies

hémolytique
B Voies Infections
génitales néonatales
D enterocoque intestin inf. urinaire,
endocardites ...

diplocoques Streptococcus pneumoniae pneumocoque voies Pneumonies

respiratoires Méningites
otites

bacilles gram positif

morphologie genre espèce nom courant habitat pouvoir pathogene

"petits" Listeria monocytogenes Ubiquitaire Infections néonatales

Corynebacterium diphteriae oropharynx diphtérie

de
l'homme

65
"grands" Bacillus anthracis bacille du charbon spores dans les Charbon
sols, dans les
végétaux, dans
les fourrures

Bacilles à Gram négatif

Famille Genre espèce Habitat Pouvoir

pathogène

Enterobactéries Escherichia E.Coli Tube digestif Infections

urinaires ,
diarrhées….

Salmonella Typhi Homme Typhoide

Infantis Animauix Salmonellose ,

gastroentérite

Shigella Dysentariae Homme Diarrhées

Pseudomonas Pseudomonas Aeruginosa Environnement + Suppurations

TD

Bordetella Bordetella Pertussis Homme Coqueluche

Haemophilus Haemophilus Influenzae Homme Infections

respiratoires

Brucella Brucella Melitensis Animaux brucellose

66
 LES BACTERIES DES INFECTIONS
RESPIRATOIRES

INTRODUCTION GENERALE :

Les infections respiratoires sont fréquentes et graves. Les virus

sont les agents étiologiques les plus fréquents mais
- la distinction clinique entre infection bactérienne et virale
est difficile
- l’infection virale se complique souvent de surinfection
bactérienne

On distingue selon la localisation au niveau de l’arbre respiratoire :

- Les infections respiratoires hautes :
- Rhume : Rhinovirus
- Pharyngite/ Laryngite : Streptocoque A C
G, Corynebacterium
- Otites – Sinusites- Epiglottites:
Pneumocoque , Haemophilus

- Les infections respiratoires basses :

▪ Bronchite : VIRUS ++
▪ Bronchiolite : VRS
▪ Pneumonie:Pneumocoque, Chlamydiae
pneumoniae Mycoplasma, Legionella

Les voies respiratoires sont en contact continu avec le monde

extérieur et ont une flore commensale constituée d’une :
- Flore résidente composée de :
▪ Bactéries Aérobies : Streptococcus
viridans, Neisseria sp, Corynebacteries, Moraxella,
Haemophillus sp…
▪ Bactéries Anaérobies : Fusobacterium,
▪ Prevotella, Veillonella, Bacteroides sp

- Flore transitoire et Portage sain

67
Streptococcus pyogenes, S. pneumoniae, N. meningitidis
Corynebacterium diphteriae

- Flore de colonisation en quelques jours (22% à

J1, 40% à J5) :
Entérobactéries (E. coli, Klebsiella …) parfois Pseudomonas, S.
aureus

Les bactéries pathogènes des voies respiratoires sont :

-Voies hautes - Voies basses

Streptocoques A, C, G…
Streptococcus pneumoniae
Haemophilus influenzae
Bordetella pertussis
Corynebacterium diphteriae…
Streptococcus pneumoniae
Haemophilus influenzae
Legionella pneumophila
Chlamydia pneumoniae
Mycoplasma pneumoniae

Mycobacteium tuberculosis

I) STREPTOCOCCUS PYOGENES : STREPTOCOQUE A

A) Classification

Streptococcus pyogenes appartient au genre streptocoques, groupe

bactérien très hétérogène dont le principal caractère commun est la
morphologie en Cocci à gram positif groupés en chaînettes plus ou
moins longues.

La classification des streptocoques fait appel à deux caractères :

• Le caractère hémolytique après culture sur gélose au sang.
On distingue les Streptocoques béta-hémolytiques (hémolyse
totale), alpha-hémolytiques (hémolyse partielle) dits aussi
Streptocoques viridans et les non hémolytiques.
• Le caractère antigénique : la caractérisation de l’antigène
polysaccharidique de la paroi permet de distinguer plusieurs
groupes de Streptocoques notés A, B, C, D, F, G…
Les Streptocoques dépourvus d'antigène de groupe sont dits
"non groupables".

68
Plusieurs espèces de Streptocoques sont individualisées. Leur
habitat et leur rôle pathogène varient beaucoup d’une espèce à l’autre.
• Certaines sont des parasites stricts de l'homme au niveau de la
peau et des muqueuses comme les groupes A, F et les non
groupables
• D'autres sont parasites de l'homme et des animaux comme les
groupes B, G.
• Enfin d'autres streptocoques sont très répandus et peuvent être
retrouvés chez l'homme, les animaux et dans la nature
comme le groupe D Certaines espèces tiennent une place
importante en pathologie médicale :
- S. pyogenes ou Streptocoque du groupe A
- S. agalactiae ou Streptocoque du groupe B

B) Epidémiologie - Rôle pathogène

Les streptocoques du groupe A sont les agents les plus fréquents

des infections streptococciques. Ils colonisent fréquemment le
pharynx des porteurs sains : 15 à 20 % chez l'enfant durant les
premières années de la scolarité, alors que ce portage est beaucoup
moins fréquent chez l'adulte.
Le germe étant très fragile, est transmis par contact direct de
personne à personne et par voie aérienne. Ceci explique la fréquence
du portage et des infections dans les communautés. Le
streptocoque du groupe A est responsable d'infections muqueuses,
cutanées ou systémiques.

1) Infections des muqueuses

L'infection la plus fréquente est l'angine érythémateuse ou
érythémato-pultacée : 10 à 25 % des angines de l'enfant. La
scarlatine est une angine streptococcique accompagnée d’une éruption
cutanée due à la sécrétion de toxine. Ces infections généralement
bénignes sont redoutables par leurs complications cardiaques (RAA)

2) Infections cutanées et sous cutanées

S. pyogenes est responsable d’une partie des impétigos de
l’enfant et de l’érysipèle. Il peut être associé aux surinfections des
plaies et des brûlures.

69
 3) Autres infections
Les autres infections dues à S. pyogenes sont les pneumonies,
les salpingites, les infections puerpérales (suites de couches).
Quelle que soit la porte d’entrée, ces infections peuvent se compliquer
d’une septicémie.

4) Les complications aseptiques

Le rhumatisme articulaire aigu peut survenir après une angine
streptococcique, alors que la glomérulo-néphrite aiguë est une
complication plus souvent d’un impétigo que d’une angine. La
physiopathologie de ces complications est complexe et fait intervenir
des réactions immunologiques.

C) Pathogénie
A la surface du streptocoque on trouve la protéine M,
antigénique, et directement impliquée dans la virulence : les souches
dénuées de protéine M sont avirulentes. Elle permet l'adhérence aux
cellules épithéliales du pharynx et a un pouvoir anti-phagocytaire.
Il existe plus de 70 sérotypes M. Tous peuvent être impliqués dans le
RAA mais un petit nombre seulement est impliqué dans la glomérulo-
néphrite aiguë. Le typage M a un intérêt épidémiologique.
L'immunité anti-streptococcique est basée sur le développement
d'anticorps opsonisant dirigés contre l'activité anti-phagocytaire de la
protéine M. Cette immunité est spécifique de type : l’immunité
acquise ne protège pas contre une réinfection par un sérotype différent
S. pyogenes produit des hémolysines dont la streptolysine O
qui est antigénique et induit la production d’anticorps antistreptolysine
O (ASLO).
Certaines souches lysogènes produisent une toxine dite
érythrogène , responsable de la fièvre et de l’éruption de la scarlatine.
Enfin S. pyogenes sécrète des enzymes jouant un rôle dans la
physiopathogènie : hyaluronidase, DNAses, streptokinase. Les
anticorps dirigés contre ces protéines sont utiles au diagnostic.

D) Diagnostique biologique

1) Diagnostic direct

70
Prélèvements : Varient en fonction du lieu de l'infection : gorge,
pus, sang…

Examen direct
L'examen direct n'est pas utile pour les prélèvements
pharyngés mais a un intérêt certain pour les suppurations.
La morphologie est assez caractéristique et permet un
diagnostic présomptif : il s'agit de cocci gram positif disposés en
chaînettes plus ou moins longues.

Diagnostic rapide
Il existe des réactifs permettant la mise en évidence des
antigènes de streptocoque A directement à partir de l'écouvillon
pharyngé. Utilisation par le médecin.

Isolement – Identification
La culture nécessite des milieux enrichis.
L’isolement est réalisé sur une gélose au sang frais qui permet
de mettre en évidence la béta-hémolyse.
L'identification est basée sur :
• La mise en évidence de l'hémolyse béta
• la caractérisation du polyoside de groupe

Sensibilité aux antibiotiques

Les streptocoques A sont universellement sensibles à la

pénicilline G qui constitue le traitement de choix. Les souches
résistantes à l'érythromycine sont très rares.
Les aminosides sont inactifs sur tous les streptocoques mais
leur association aux béta lactamines est synergique.

2) Diagnostic sérologique

Il est utilisé surtout lors des complications post streptococciques.

Il met en évidence une élévation du taux des anticorps neutralisant
l'effet biologique des exotoxines streptococciques.

71
 Les tests les plus utilisés sont les antistreptolysines O (ASLO),
l’anti-strepto DNAses B (anti-streptodornase B) et l’anti-strepto
kinases.
Le titre des ASLO augmente après la 1e semaine de l'infection
et le maximum est atteint entre la 3e et la 5e semaine et revient à la
normale après 6 à 12 mois. Le titre normal est inférieur à 200 UI/ml
Le titre de l'anti-DNAse B n'augmente qu'à partir de la 2e
semaine, atteint son maximum en 4 à 5 semaines et reste élevé
longtemps. Le titre normal est supérieur à 100 UI/ml.
En pratique, il est indispensable de titrer les ASLO et l’anti
DNAse B car les ASLO seules peuvent être en défaut.

E) Prévention

La prophylaxie est basée sur l’isolement des malades présentant une

infection rhinopharyngée et cutanée pour limiter la diffusion de
l’infection dans la collectivité.
La prévention des rechutes de RAA fait appel à l’antibiothérapie par
des formes retard.

72
II) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE : PNEUMOCOQUE
Streptococcus pneumoniae se caractérise par
• sa morphologie : diplocoques Gram + plutôt que
chaînettes
• la production d’une alpha hémolyse sur gélose au sang

A) Epidémiologie - Pouvoir Pathogène

1) Epidémiologie

Le réservoir de germe est l'homme sain ou malade : c’est un

commensal du rhino pharynx. Germe très fragile, il n'est jamais
retrouvé dans la nature.
La transmission est strictement interhumaine par les aérosols de
sécrétions nasopharyngées mais le plus souvent la maladie
pneumococcique est à point de départ endogène.

2) Pouvoir pathogène

C'est l'agent principal des pneumonies bactériennes. Il est aussi

responsable de méningites purulentes à tout âge et d'otites et
septicémies chez l'enfant.
La fréquence des infections à pneumocoque et leur gravité
augmentent chez les sujets dits à risque : âges extrêmes,
splénectomisés (défaut de la phagocytose), cancéreux, infections par
le VIH.
La virulence du pneumocoque est due à la présence d'une capsule
qui le protège contre la phagocytose. Cette capsule polyosidique
permet de distinguer plus de 80 sérotypes dont la fréquence relative
varie suivant le pays, l'âge et la forme clinique de la maladie.
Les anticorps anti capsulaires sont protecteurs car opsonisants et
spécifiques de type : intérêt de la connaissance des sérotypes
circulants pour la composition du vaccin.
Le pneumocoque produit une pneumolysine qui intervient aussi
dans la virulence en permettant l’envahissement tissulaire et
vasculaire.

B) Diagnostic Biologique

73
Seul le diagnostic direct est utilisé

1) Les prélèvements
Ils portent sur le site de l'infection : essentiellement LCR, pus
d'otite, crachat et sont complétés par les hémocultures notamment en
cas de méningite ou de pneumonie. Etant donné la fragilité du germe
les prélèvements doivent être faits avant antibiothérapie et transportés
rapidement au laboratoire.

2) Examen direct
L'examen microscopique du produit pathologique a une
importance majeure étant donné la morphologie souvent
caractéristique du germe ; cocci ovoïdes ou lancéolés en "flamme de
bougie" appariés par leurs extrémités pointues, à gram positif et
entouré d'une capsule.

3) Diagnostic rapide : recherche d'antigènes solubles.

Les antigènes capsulaires sont libérés dans les produits

pathologiques (LCR, sang, crachats, liquide pleural etc…) et dans les
milieux de culture. Leur détection par agglutination latex constitue
une méthode diagnostique d’appoint intéressante surtout quand le
patient a reçu des antibiotiques avant le prélèvement (infection
décapitée).

4) Isolement - Identification
L’isolement et l’identification du pneumocoque sont faits sur une
gélose au sang : germe exigeant et détection de l’hémolyse alpha.

5) Sensibilité aux antibiotiques

Le pneumocoque qui était habituellement sensible à la pénicilline
G a acquis les mécanismes nécessaires pour le rendre résistant mais à
des taux variables. Les souches de sensibilité diminuée à la
pénicilline sont retrouvées actuellement un peu partout dans le monde
avec une fréquence variant de 5% à plus de 50%.
La résistance du Pneumocoque à la Pénicilline peut être soit
intermédiaire ou de bas niveau, soit totale ou de haut niveau.
Ces souches sont appelées les PSDP : « Pneumocoque de sensibilité
diminuée à la pénicilline »

74
 Cette résistance est due à des modifications portant sur les PLP : la
sensibilité aux autres bétalactamines s’en trouve modifiée à des
proportions variables en fonction des molécules.
La résistance aux macrolides, cyclines et chloramphenicol ne cesse
d'augmenter.
Ceci justifie de tester systématiquement la sensibilité du
pneumocoque aux antibiotiques en particulier à la Pénicilline et aux
céphalosporines III.

C) Prévention

- Il existe deux vaccins constitués par les antigènes capsulaires les

plus fréquents. (Vaccin à 14 et 23 valences). Mais la réponse
immunitaire à ces vaccins est médiocre chez l’enfant de moins de 2
ans.
Un vaccin couplé à un antigène protéique plus efficace dans cette
tranche d’âge a été validé et commercialisé aux USA depuis l’année
2000. Ce vaccin à 7 valences est actuellement recommandé dans les
programmes de vaccination dans de nombreux pays.
D’autres vaccins conjugués à 13 et 10 valences ont été introduit dans
des PNI au Maroc depuis 2010.

75
III) HAEMOPHILUS INFLUENZAE

Bacilles à gram négatif, exigeant des facteurs de croissance

contenus dans le sang. Ce sont des parasites stricts des muqueuses de
l’homme : tractus respiratoire, voies génitales.

A) Epidémiologie - Pouvoir Pathogène

1) Epidémiologie
Parasite strict de l’homme, H. influenzae est un
commensal des muqueuses et des voies aériennes supérieures chez
les sujets porteurs sains
La transmission est interhumaine directe par voie aérienne.
Les infections très sévères (méningites) sont dues à H. influenzae
sérotype b et surviennent essentiellement chez l’enfant de 6 à 24
mois.

2) Pouvoir pathogène

(a) Rôle pathogène :

H. influenzae est responsable d’infections de la sphère ORL :
otites, sinusites. Il est souvent responsable des surinfections des
bronchites chroniques et plus rarement de pneumonies chez l’enfant et
l’adulte.
A partir des foyers ORL, la bactérie arrive dans la circulation
(bactériémies, septicémies) et peut atteindre les méninges (méningite :
1ère cause bactérienne chez le nourrisson) et des localisations
secondaires type ostéo-articulaires.
H. influenzae peut aussi être responsable de conjonctivites
purulentes.

(b) facteurs de pathogénicité

Les infections très sévères du nourrisson (méningite,
épiglottite) sont essentiellement dues au sérotype b. La capsule
exerce une action anti-phagocytaire. Les anticorps anti-capsulaires ont
un effet opsonisant protecteur. Transmis passivement au nouveau-né,
ces anticorps le protègent jusqu’à l’âge de 6 mois environ. Puis le
nourrisson est exposé à l’infection sévère dont la fréquence est la plus

76
importante entre l’âge de 6 et 24 mois, les anticorps apparaissant
progressivement au cours de l’enfance.
Chez le grand enfant et l’adulte, la résistance à l’infection est due à
l’acquisition d’une forte immunité naturelle à support humoral.
Les infections respiratoires courantes sont généralement dues aux
souches non capsulées.

B) Diagnostic Bactériologique : Seul le diagnostic direct est

utilisé

(a) Prélèvements
Réalisés en fonction du lieu de l'infection : LCR, pus,
crachat, sang.
Germe fragile, le transport doit être rapide.

b) L'examen direct
Il a une valeur certaine car la morphologie est
caractéristique surtout dans les prélèvements provenant d’un
site normalement stérile comme le LCR : bacilles à gram
négatif très fins et très polymorphes.

c) Diagnostic rapide
Il est utile dans les méningites par recherche des antigènes
capsulaires libérés au lieu de l'infection et dans le sang, par
agglutination latex.

d) Culture – Identification
L’isolement et l’identification exigent l’emploi de milieux enrichis
en facteurs de croissance. L’identification portera aussi sur : le
sérotype (antigène de la capsule

e) Sensibilité aux ATB

H. influenzae est régulièrement sensible à de nombreux
antibiotiques, mais la résistance à aux pénicillines A (ampicilline et
amoxicilline) est en augmentation : 3 à 15 % des souches. Le test de
sensibilité est donc indispensable sur les souches isolées d'infections
sévères. Cette résistance est due à la production de bétalactamase de
recherche simple et rapide.

77
 C) Prévention
La prévention des otites et méningites de l'enfant repose sur la
vaccination qui doit être précoce. Le vaccin à base de polysaccharides
du sérotype b couplé à une protéine pour renforcer son
immunogénicité est recommandé actuellement.

78
IV) BORDETELLA PERTUSSIS

Bacille Gram négatif, c’est l’agent de la coqueluche

A) Epidémiologie - Pouvoir Pathogène

1) Epidémiologie
C’est une bactérie pathogène spécifique stricte de l’homme
qui en est le réservoir et le vecteur. La contamination est interhumaine
directe par les gouttelettes de mucus rejetées lors des quintes de toux.
La maladie survient sous forme de petites épidémies sur un fond
endémique. La maladie atteint l’enfant non vacciné ou l’adulte

2) Pouvoir pathogène
La coqueluche :
Après une incubation de 7 à 10 jours, la maladie débute par une phase
catarrhale (rhinorrhée et toux sèche), très contagieuse.
Après 1 à 2 semaines apparaît la phase des quintes de toux
évoquant le « chant du coq » (4 à 8 semaines).
Des complications respiratoires (surinfections bactériennes,
apnée) peuvent survenir chez le nourrisson de moins de 6 mois.
Chez l'adulte, la maladie se traduit par une toux persistante.

Physiopathogénie :
Après pénétration par voie aérienne, les bactéries se fixent
sélectivement sur les cellules ciliées de l’épithélium bronchique où
elles se multiplient sans pénétrer dans la muqueuse : PAS DE
SEPTICEMIE.
Les mouvements ciliaires sont inhibés et le mucus
bronchique ne peut plus être éliminé que par la toux. L’atteinte
inflammatoire est due à l’action de la toxine.
La coqueluche est suivie d’une immunité solide et durable : anticorps
protecteurs de la classe des IgA.
Les anticorps d’origine maternelle ne traversent pas le placenta : les
nouveau-nés peuvent contracter la maladie.

B) Diagnostic Bactériologique
C’est essentiellement un diagnostic direct qui est
malheureusement difficile : prélèvement et culture sont délicats.

79
 1) Prélèvements
Le germe est présent uniquement au niveau des muqueuses
respiratoires.
Les prélèvements doivent être très précoces au cours de la première
semaine car dès l’apparition des quintes de toux, l’excrétion
bactérienne diminue.
L’aspiration des mucosités nasopharyngées ou bronchiques est la
meilleure méthode de prélèvements.

2) Examen direct
La coloration des Gram est peu sensible.
L’examen par immunofluorescence directe est rapide mais il est
d’interprétation délicate.

3) Culture - Identification
La culture est délicate et lente, exigeant un milieu spécial dans des
conditions strictes d'incubation (température, humidité, CO2)
La bactérie est identifiée par immunofluorescence directe.

4) Diagnostic par PCR

La bactérie peut être mise en évidence par amplification génique.

5) Sensibilité aux antibiotiques

Les antibiotiques régulièrement actifs sont l’érythromycine et les
cyclines.

C) Prévention

Chimio-prophylaxie par l'érythromycine des sujets contacts non

vaccinés
Vaccination : 2 vaccins existent
• Vaccin : à base de bactéries tuées complètes est efficace mais
peut donner des réactions secondaires. Il est en général
associé au DT Polio dans le PNI (Programme national
d’immunisation). Il doit être précoce à partir de 3 mois.
La protection induite s’atténue avec le temps, de sorte que
beaucoup d’adultes ont perdu leur immunité.

80
• Vaccin acellulaire : ce vaccin ne contient que certains
constituants de la bactérie. Il est mieux toléré mais moins
efficace.

81
V) CORYNEBACTERIUM DIPHTERIAE

A) Epidémiologie – pouvoir pathogène

Agent de la diphtérie. , c’est un parasite strict de l’homme, localisé au

niveau du rhino-pharynx, parfois sur la peau. Le portage sain est
possible.
La transmission est surtout aérienne et parfois par contact direct
L’importance (incidence) de la diphtérie a beaucoup diminué depuis la
mise en œuvre du programme national d’immunisation (PNI).
La maladie est une angine à fausse membrane qui peut se
compliquer de signes toxiques divers. La virulence de la bactérie est
due à une toxine responsable des signes locaux et qui va diffuser dans
l’organisme. Les anticorps antitoxines sont protecteurs.
Maladie à déclaration obligatoire, le diagnostic bactériologique est
indispensable.

B) Diagnostic bactériologique

Les prélèvements sont un écouvillonnage de la zone périphérique

de la fausse membrane et du rhino pharynx chez les malades Chez les
porteurs sains, on réalise un écouvillonnage naso-pharyngé. L’examen
direct montre des bacilles Gram positif groupés en palissades ou en
lettres. Un examen direct négatif n’écarte pas un diagnostic de
diphtérie.
C. diphteriae cultive sur les milieux usuels.
La production de toxine doit être recherchée sur la culture obtenue.

C) Sensibilité aux antibiotiques et Prévention

Les antibiotiques actifs sont les macrolides et les bétalactamines.

Le traitement associe sérothérapie (sérum antidiphtérique) et
antibiothérapie.
La prévention est basée sur la vaccination par l’anatoxine (PNI)

82
VI) MYCOPLASMA PNEUMONIAE

Les Mycoplasmes sont des bactéries dépourvues de paroi rigide

donc totalement insensibles aux béta-lactamines et non colorables et
difficilement observables en microscopie optique

A) Epidémiologie – Pouvoir pathogène

M. pneumoniae : agent d'Eaton, existe à l'état commensal sur les
muqueuses respiratoires de l'homme. La transmission est interhumaine
directe par voie aérienne.
L’infection se traduit par une pharyngite, une bronchite et plus
rarement une pneumonie atypique primitive et touche essentiellement
les enfants d’âge scolaire.

B) Diagnostic biologique
La mise en évidence de la bactérie peut se faire à partir des
secrétions pharyngées. La Culture et l’identification sont délicates et
lents
M. pneumoniae est sensible aux macrolides, aux cyclines et aux
fluoroquinolones.
Le sérodiagnostic est le plus utilisé. La mise en évidence d’une
augmentation significative des anticorps et la présence des IgM anti
M. pneumoniae par RFC ou par ELISA est en faveur d’une infection
récente.

VII) CHLAMYDIA PNEUMONIAE

A) généralités sur les Chlamydia

Les Chlamydia sont des bactéries de très petite taille (0,3

microns), ayant plusieurs particularités :
- Pathogène intracellulaire obligatoire, ces bactéries ne peuvent
être isolées sur un milieu de culture sans cellules vivantes.
- Absence de peptidoglycane dans la paroi
- Cycle de réplication complexe : la forme infectieuse est
constituée par le corps élémentaire (CE) qui une fois
phagocyté par la cellule hôte va subir des modifications pour

83
 aboutir au corps réticulé : forme métaboliquement active qui
va se diviser, et redonner à maturité de nouveaux CE.

3 espèces importantes en pathologie humaine :

- C. trachomatis : 18 sérotypes
e exclusivement
- C. Pneumoniae : 1 sérotype humaines
- C. psittacci, infectant oiseaux et mammifères et
responsables de pneumopathies chez l’homme :
ornithose psittacose

Chez le nouveau-né infecté par C. trachomatis au moment de

l’accouchement, l’infection se traduit par une conjonctivite et une
pneumopathie.
Le diagnostic est sérologique : Les techniques d’immunofluorescence
indirecte et ELISA permettent la mise en évidence des IgM
Les antibiotiques actifs sur C. trachomatis sont : Cyclines, Macrolides,
Rifampicine, Fluoroquinolones.

B) Chlamydia pneumoniae
Décrit en 1986 (ancien agent TWAR) responsable d’infections
respiratoires humaines épidémiques et endémiques (1 sérotype)

1) Epidémiologie – Pouvoir pathogène

Parasite strict de l’homme, C. pneumoniae se transmet dans les
communautés par voie aérienne.La majorité des adultes ont des
anticorps anti C. pneumoniae ., ces anticorps apparaissant dans
l’enfance
C. pneumoniae est responsable d’infections respiratoires aiguës
(pneumopathies, bronchites, pharyngites….) dont la plupart sont
bénignes et non diagnostiquées

2) Diagnostic biologique
La bactérie peut être mise en évidence dans les secrétions
pharyngées par isolement sur cultures cellulaires (laboratoires
spécialisés) ou par amplification génique (PCR).
Le diagnostic sérologique vise à mettre en évidence une
augmentation significative des anticorps spécifiques.
C. pneumoniae est sensible aux cyclines et aux macrolides.

84
VIII) DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE DES
INFECTIONS RESPIRATOIRES BASSES

Les voies respiratoires supérieures sont colonisées par une

flore commensale diverse et variée. En revanche les voies respiratoires
post pharyngées ou voies respiratoires inférieures sont normalement
stériles.

1) Prélèvements
- Expectorations recueillies
▪ Le matin à jeun
▪ Avant toute antibiothérapie
▪ Après un rinçage buccodentaire soigneux avec de l’eau
distillée stérile
▪ Lors d’un effort de toux spontanée ou aidée d’une
kinésithérapie
- Aspiration bronchique non protégée
- Lavement broncho alvéolaire
- Prélèvement bronchique distal protégé : PBDP
- Prélèvement par Brosse…
Le produit est recueilli dans un récipient stérile et accompagné de
renseignements cliniques : âge, nom prénom, orientation
diagnostique, type de prélèvement…

2) Transport
Très rapide, dans l’heure qui suit le prélèvement

3) Examens complémentaires :
Hémoculture
Sérodiagnostic

4) Résultats – Interprétation
Les secrétions bronchiques sont analysées au laboratoire pour
démontrer :

▪ d’une part la qualité du prélèvement grâce à un examen

cytologique semi quantitatif : détermination de la part des
leucocytes et des cellules épithéliales

85
 La présence de plus de 10 polynucléaires/ champ microscopique et de
moins de 25 cellules épithéliales/ champ démontre l’acceptabilité du
prélèvement pour analyse bactériologique. Dans le cas où l’examen
cytologique montre plus de 25 cellules épithéliales et moins de 10
leucocytes / champ, le prélèvement est dit impropre à l’analyse car
trop souillé par la salive.

▪ d’autre part la bactérie en cause : la culture est quantitative et

seule la bactérie présente à une concentration supérieure à 10
millions CFU /ml est retenue comme responsable de
l’infection.

86
IX) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

A) Généralités sur les Mycobactéries

Les mycobactéries constituent un groupe de bactéries en forme de

bâtonnets présentant une propriété tinctoriale commune qui est l’acido
alcoolo résistance (BAAR.Cette propriété traduit l’aptitude de ces
germes à conserver un colorant malgré l’action combinée des acides
forts et de l’alcool. Les colorants habituellement utilisés sont la
fushine dans la coloration de Ziehl-Neelsen ou un colorant
fluorochrome.
La plupart des espèces de mycobactéries nécessitent un milieu
spécifique pour leur croissance dont le plus connu parmi les milieux
solides est le milieu de Löwenstein –Jensen.
On distingue classiquement :
- Les mycobactéries cultivables
o Mycobactéries agent de la tuberculose : M.
tuberculosis (bacille de Koch), M.
africanum et M. bovis
o Mycobactéries « atypiques » constituées
par de nombreuses espèces ubiquitaires,
saprophytes, retrouvées le plus souvent
dans l’eau. Elles peuvent se comporter
comme des agents opportunistes chez le
sujet immunodéprimé (SIDA) et donner des
mycobactérioses.
- Les mycobactéries non cultivables
M. leprae ou bacille de Hansen (agent de la lèpre)

B) Mycobacterium tuberculosuis

1) Epidémiologie

Parasite strict de l'homme, cette bactérie n’est jamais retrouvée

dans la nature, en dehors des produits retrouvés contaminés par
l'homme infecté.

87
 La transmission est essentiellement aérienne par les gouttelettes de
toux. La contamination digestive est très rare.
L’infection sévit à l'état endémique au Maroc (30000 nouveaux
cas de tuberculose/ an). La transmission est favorisée par la
promiscuité : l’incidence est plus élevée dans les grandes
agglomérations : 130 cas /100 000 habitants à Casablanca.
Le risque de contracter la maladie est accru en cas de dénutrition
et de diminution des défenses immunitaires ou en cas de contacts avec
des tuberculeux : personnel de santé, entourage de malades
bacillifères.
M. tuberculosis est une bactérie sensible à la chaleur, la lumière
solaire, les rayons UV, à l'alcool et à l'hypochlorite (eau de javel).

2) Pouvoir pathogène

L’inhalation de bactéries par un sujet indemne, donne naissance à

une lésion pulmonaire d’évolution favorable dans 90 % des cas : c’est
la primo infection tuberculeuse révélée par l’allergie tuberculinique.
La tuberculose pulmonaire est la forme la plus fréquente de la
maladie tuberculeuse et peut faire suite à la primo infection dans un
délai variable (quelques mois à quelques années) à l’occasion d’une
baisse des défenses immunitaires.
Les principales localisations de la tuberculose extra pulmonaire
sont méningées, pleurales, ostéoarticulaires, et génito urinaires.

3) Physiopathogénie

M. tuberculosis agit uniquement par sa virulence : il est capable de

persister et de se multiplier à l’intérieur des macrophages.
Après contamination (inhalation), les bacilles sont phagocytés par les
macrophages au sein d’une alvéole.
Après 3 à 6 semaines, il se développe un granulome inflammatoire
avec présence d’une nécrose caséeuse au centre.
A ce stade deux éventualités peuvent se produire :
o Favorable : La lésion va évoluer vers la guérison : c’est la
primo infection tuberculeuse.
o Défavorable

88
 - La lésion progresse et la nécrose s’étend, le caséum est
évacué par la bronchiole aboutissant à la formation
d’une caverne riche en bacille. C’est la tuberculose
pulmonaire bacillifère.
- La maladie peut s’étendre par voie hématogène et aboutir
soit à des formes généralisées (miliaires) soit à des
formes localisées (méningite….)

4) Immunité et hypersensibilité :

La multiplication du bacille tuberculeux dans un

organisme vivant "neuf" entraîne un état d'hypersensibilité et
d'immunité dont la preuve expérimentale a été décrite par Koch chez
le cobaye.
Le cobaye est l'animal le plus sensible à M. tuberculosis, quelle
que soit la voie d'inoculation et la dose inoculée : il développe une
tuberculose progressive mortelle en 6 à 10 semaines.
1er temps de l’expérience :
L’inoculation d'une dose même très faible de Mt en s/c
dans la cuisse du cobaye fait apparaître en 10 à 15 jours, au point
d'inoculation, un abcès caséeux qui se fistulise et qui dure jusqu'à la
mort de l'animal.
2ème temps : au 30° jour, le même cobaye est réinfecté par
une nouvelle dose de bacille. En 24 à 48 heures, apparaît une
inflammation au point d'inoculation qui se nécrose mais qui guérit
spontanément en quelques jours.
Interprétation :
- La réaction précoce (24 à 48 heures au lieu de 10 à 15 jours)
traduit un état d'allergie aux protéines de M. T : hypersensibilité
retardée (HSR).
- L'évolution spontanée vers la guérison traduit un état d'immunité
de surinfection ou immunité acquise ou encore de prémunition qui
n’apparaît qu'après un certain délai après la primo-infection.

5) Diagnostic bactériologique

(a) Prélèvements

89
 Les prélèvements doivent être répétés 3 fois pour augmenter les
chances de diagnostic car parfois les lésions sont pauvres en bacilles
et l'élimination de ceux-ci est intermittente.
L'examen bactériologique peut être différé à condition de
conserver les prélèvements à + 4°C.

Pour les localisations pulmonaires, le prélèvement portera sur :

- les crachats au réveil (à jeun) en s’assurant que ce ne sont
pas des crachats salivaires
- le tubage gastrique au réveil avant que le patient ne se lève
afin de recueillir les mucosités bronchiques dégluties la
nuit
Pour les localisations extra pulmonaires, la nature de prélèvement est
fonction de la localisation : LCR, pus, urines (totalité des urines du
matin).

(b) Examen direct : bacilloscopie

L’examen direct met à profit l'acido alcool résistance des

mycobactéries : BAAR mis en évidence par la coloration de Ziehl
Neelsen (fushine) ou par celle à l’auramine
(Fluorescence)
Le résultat est disponible en 1 heure et peut être rendu quantitatif.
Dans les formes pulmonaires non traitées, l’examen direct est
généralement positif.
Dans les autres localisations plus pauvres en bacilles, le
pourcentage de positivité peut être faible (LCR, pus ganglionnaire…).
La présence de BAAR dans un prélèvement ne signifie pas
automatiquement qu’il s’agit d’une tuberculose et un examen direct
négatif n'élimine pas la Tuberculose, il faut réaliser la culture qui est
la méthode la plus sûre.

(c) Culture

La culture nécessite un milieu spécial et des délais plus ou moins

longs. On peut utiliser un milieu solide ( Löwenstein Jensen ) ou des
milieux liquides. Dans les milieux liquides, la croissance peut être
détectée par un automate.

90
Les colonies de M. tuberculosis sont caractéristiques et apparaissent
habituellement en 3 à 5 semaines sur milieu solide.
Certains prélèvements comme les crachats doivent subir un
traitement préalable avant leur ensemencement. Ce traitement appelé
« homogénéisation-décontamination » permet de libérer les
mycobactéries et d'éliminer la flore bactérienne d'accompagnement.
Ce traitement est inutile pour d'autres prélèvements normalement
stériles comme les LCR, liquides pleuraux etc…
La culture est beaucoup plus sensible que l'examen direct seul :
elle permet de doubler le nombre de résultats positifs.

(d) L’identification repose sur :

- les caractères phénotypiques :

- Aspect des colonies
- Délai de croissance
- Caractères biochimiques

- Les caractères génotypiques :

- Sondes moléculaires donnant un résultat rapide

(e) Diagnostic rapide

La recherche de M. tuberculosis dans les produits

pathologiques peut être effectuée par des techniques d’amplification
génique (PCR).
Cette technique, présente l’avantage d’être rapide, mais peut
donner des résultats faussement négatifs ou faussement positifs dont il
faudra tenir compte pour l’interprétation.

(f) Sensibilité aux antibacillaires

Les mycobactéries sont souvent résistantes à la plupart des

antibiotiques usuels. Les molécules utilisées dans le traitement de la
tuberculose sont appelées communément « anti bacillaires ».
Principe : Dans toute population de M. tuberculosis, il existe une
certaine proportion de bacilles qui sont résistants à l’anti bacillaire : le
traitement de la tuberculose impose nécessairement l'association de

91
plusieurs antibacillaires pour éviter le risque de sélection de mutants
résistants.
La réponse de l’antibiogramme demande 28 jours après
l’isolement du BK soit un minimum de 8 à 10 semaines après la
réalisation du prélèvement.
L’antibiogramme n’est pas réalisé en routine car le traitement de la
tuberculose est standardisé au niveau national. Il est réservé à des
situations particulières : rechutes, échecs thérapeutiques etc…
Les principaux antibacillaires utilisés sont : la streptomycine,
l’isoniazide (INH) la rifampicine, la pyrazinamide (PZA),
l’éthambutol et l’éthionamide

6) Recherche de l’allergie tuberculinique

L’injection intradermique (IDR) d'un filtrat de culture de M.

tuberculosis (tuberculine) purifié, permet de rechercher la réactivité à
la tuberculine, après 48 à 72 heures par mesure du diamètre de
l'induration.
Une réaction positive indique que le sujet a été infecté par une
mycobactérie (M. tuberculosis ou BCG) sans pouvoir dire quand.

7) Prophylaxie

La prophylaxie de la tuberculose passe par :

- les mesures générales :
o amélioration des conditions de vie, dépistage et
traitement des malades.
o La tuberculose est une maladie à déclaration
obligatoire. La découverte d’un cas, impose une
enquête dans l’entourage
- La vaccination
o La vaccination par le BCG (bacille de Calmette
et Guérin) est obligatoire (PNI)
o Elle est administrée dès la naissance car le
nouveau-né n’est pas protégé passivement,
l’immunité étant à médiation cellulaire.

92
 C) Mycobactéries «atypiques"

Cette appellation doit être abandonnée au profit de l'appellation

mycobactéries non tuberculeuses car leurs propriétés culturales et
biochimiques sont parfaitement définies.
Ce sont des bactéries de l'environnement, retrouvées le plus
souvent dans l’eau ou les sols et chez les animaux.
La transmission à l'homme se fait vraisemblablement par contact
avec les animaux et l'environnement. Les mycobactéries atypiques se
comportent comme des agents opportunistes et sont des causes
fréquentes d'infections opportunistes chez les malades atteints de
SIDA.
Les mycobactérioses à localisation pulmonaire ne se distinguent
de la tuberculose ni par la radiologie, ni par la symptomatologie.
Les autres localisations sont essentiellement cutanées mais aussi
ganglionnaires et septicémiques (VIH).
Le diagnostic est mené comme pour une tuberculose classique
mais pour retenir leur responsabilité dans l'infection observée il faut :
• les observer en grand nombre à l'examen direct.
• les isoler sur plusieurs prélèvements répétés et en
l'absence de Mt
L’antibiogramme est indispensable car les
sensibilités aux ATB sont imprévisibles.

93
AGENTS INFECTIEUX DU SYSTEME NERVEUX CENTRAL

Méningites et méningo encéphalites

Méningites bactériennes « purulentes » dues à Neisseria meningitidis ,
Streptococcus pneumoniae et Haemophilus influenzae
Méningites bactériennes à liquide clair : M. tuberculeuses
Méningites virales dues principalement aux Enterovirus

NEISSERIA MENINGITIDIS OU MENINGOCOQUE

A) Epidémiologie
N. meningitidis est un parasite strict de l'homme : il colonise
le rhino-pharynx des porteurs sains. La fréquence du portage varie
suivant l’âge, les populations et les saisons.
La transmission de ce germe fragile est interhumaine directe
par voie aérienne (gouttelettes de Pflügge) à partir d’un porteur sain
ou d'un malade. Le portage sain entraîne une immunisation avec
présence d'anticorps anti capsulaires sériques bactéricides.
La maladie sévit dans le monde entier sur un fond
endémique soit sous forme de cas sporadiques (surtout le groupe B)
soit sous forme d'épidémie (groupes A et C) dans les zones
intertropicales.

B) Rôle pathogène
1) Pouvoir pathogène
L'infection débute par une rhino-pharyngite qui le plus
souvent passe inaperçue. A partir du rhino-pharynx, il se produit une
dissémination vers les méninges par voie hématogène
L'infection se présente comme une méningite ou une
septicémie (méningococcémie) isolées ou associées.
La méningite cérébro spinale et la septicémie à méningocoque sont à
déclaration obligatoire et surviennent surtout chez l’enfant et l’adulte
jeune.

2) Facteurs de pathogénicité
Le méningocoque possède à sa surface des fimbriae qui
permettent son adhésion aux cellules oropharyngées. La capsule de
nature polysaccharidique lui permet de résister à la phagocytose. Ces
polysaccharides dont il existe différentes spécificités permettent de
reconnaître plusieurs sérogroupes dont les plus fréquemment

94
rencontrés sont : A, B, C, Y, W135. Le polysaccharide du groupe B
est instable, et très peu immunogène posant un problème pour
l'obtention de vaccin.
L’endotoxine (Ag O des bactéries à gram négatif) est impliquée dans
les phénomènes de choc qui peuvent survenir au cours des infections à
méningocoque. Le méningocoque produit une IgA protéase capable de
cliver les IgA qui lui permet d’échapper à l’immunité locale.

C) Diagnostic biologique
Seul le diagnostic direct (isolement + identification du germe) est
utilisé.

1) Prélèvements
Ils concernent le LCR et le sang chez le malade et la gorge pour
identifier les porteurs sains. Le méningocoque étant très
fragile, le transport des prélèvements au laboratoire devra être rapide
en évitant leur exposition au froid.

2) Examen cytobactériologique du LCR

(a) Examen macroscopique

Le LCR apparaît trouble à purulent eau de riz lors
d’une atteinte méningée alors que le LCR est normalement clair, eau
de roche

(b) Examen microscopique

L’examen microscopique comporte :
• Un examen cytologique avec numération et identification de
la formule leucocytaire : le nombre de cellules est très élevé
en général supérieur à 1000, et est à prédominance de
polynucléaires.
• Une coloration de Gram : Le LCR montre de très nombreux
polynucléaires avec des diplocoques gram (-), dont les faces
accolées sont aplaties ("grains de café") en position intra et
extracellulaire. Ces méningocoques sont généralement rares.

3) Diagnostic rapide = recherche d'antigènes

95
 La recherche des antigènes solubles des 3 principaux agents
de méningite (pneumocoque, méningocoque et H. influenzae b) dans
le LCR par agglutination latex permet un diagnostic étiologique rapide

4) Isolement - Identification
L’isolement est réalisé sur milieu enrichi dans des conditions
précises de température et humidité. Les colonies apparaissent en 24 à
48 heures.
L’identification fait appel aux caractères
- Biochimique : différentiation avec les Neisseria saprophytes.
- Identification des polysaccharides capsulaires de groupe par
Agglutination sur lame.

5) Sensibilité aux antibiotiques

Les tests de sensibilité aux antibiotiques sont inutiles en
routine : le méningocoque est régulièrement sensible à la pénicilline G
bien que ces dernières années des souches de sensibilité diminuée sont
apparues.
La spiramycine est aussi régulièrement active.

D) Prévention

1) Chimio prophylaxie
Les antibiotiques actuellement recommandés sont la ceftriaxone, la
rifampicine et la spiramycine.

2) Vaccination
Les vaccins sont à base de polysaccharides capsulaires
purifiés seuls ou conjugués.
Les vaccins actuellement commercialisés sont :
Les Vaccins poly saccharidiques contre les groupes A, A + C, et A C
Y W135 sont très efficaces et très bien tolérés mais peu immunogènes
avant l’âge de 2 ans. Les vaccins conjugués permettent d’immuniser
les nourrissons de moins de 2 ans.

96
 AGENTS INFECTIEUX DU TRACTUS URINAIRE

Les infections urinaires sont fréquentes. Elles sont acquises

• par voie ascendante (le plus souvent), au départ de la flore urétrale,
périnéale et fécale
• par voie sanguine, exceptionnellement
50 % des infections urinaire sont non symptomatiques et de découverte
fortuite (bactériurie significative)
On distingue :
• Les infections urinaires basses ou cystite (niveau de la
vessie)
• Les infections urinaires hautes :
- pyélonéphrite (fièvre, douleurs dans le flanc, accompagnées ou
précédées de signes de cystite, vomissements) pouvant évoluer vers la
septicémie, la nécrose progressive du rein
- abcès rénal
- prostatite

Rein

Uretères

Vessie
Urètre

Les bactéries responsables de ces infections sont des bacilles à Gram (-) dans
la majorité des cas, dominés par les entérobactéries avec au 1er rang E. coli
Ces bactéries d’origine fécales accèdent à la vessie par voie ascendante en
remontant l’urètre

97
I/ LES ENTEROBACTERIES

Cette famille regroupe des bacilles à gram négatif présentant

un certain nombre de caractères biochimiques communs.

Ce sont des bactéries extrêmement répandues. Comme leur

nom l'indique, leur habitat est en général l'intestin de l'homme et des
animaux mais on peut aussi les retrouver dans la cavité buccale, au
niveau des voies aériennes supérieures et des voies génitales.

Les entérobactéries peuvent subsister en dehors d'un

organisme vivant. On les rencontre dans le sol, l'eau et les denrées
alimentaires où elles sont capables de se multiplier de façon
autonome.

Chez l'homme on connaît deux groupes d’entérobactéries en

fonction des modalités d'expression du pouvoir pathogène naturel :

• Les entérobactéries qui n'existent pas normalement à l'état

commensal bien que l'on connaisse des porteurs de germes. Ces
bactéries présentent un pouvoir pathogène important (Salmonella,
Shigella, Escherichia coli entéropathogène).

• les entérobactéries commensales qui peuvent à l'occasion d'une

modification de terrain acquérir occasionnellement un pouvoir
pathogène et être responsables d’infections nosocomiales :
Proteus, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Serratia,
Providencia et Morganella. La plupart de ces entérobactéries
produisent une bétalactamase et sont résistantes à de nombreux
antibiotiques.

98
 II/ ESCHERICHIA COLI

A) Epidémiologie

Hôte normal du tube digestif c’est l’espèce dominante de la

flore aérobie (elle-même 1000 fois moins importante que la flore
anaérobie). C'est un germe très résistant dans le milieu extérieur où il
peut survivre longtemps. La présence d’E. coli dans le milieu extérieur
signe une contamination fécale.
La transmission est directe voire endogène (Infection urinaire,
septicémie ….) ou bien indirecte par les aliments (essentiellement
dans les diarrhées).

B) Pouvoir pathogène

1) Infections urinaires
E. Coli ou colibacille est responsable de la plupart des infections
urinaires communautaires. La contamination est ascendante : grâce à
la production de pili ou adhèsines ou fimbriae : permet l'adhérence
aux cellules épithéliales du tractus urinaire.

2) Infections néonatales
L’infection néonatale à E. coli peut se traduire par une
méningite ou une septicémie. La majorité des souches
possèdent un antigène capsulaire K1 très proche du point de vue
antigénique du polysaccharide du méningocoque groupe B. Ces 2
antigènes entraînent d'ailleurs une mauvaise réponse anticorps.
La transmission de ces souches est le plus souvent directe
mère - enfant lors de l'accouchement.

3) Autres infections
Intra-abdominales, osseuses, cutanées, vaginales, septicémies.

4) Infections intestinales (diarrhées

99
III/ AUTRES BACTERIES DES INFECTIONS URINAIRES

1) Klebsiella pneumoniae :
K. pneumoniae est une entérobactérie immobile très souvent
capsulée fréquente dans l’eau, les végétaux et dans la flore des
muqueuses ; La transmission est endogène (flore intestinale) ou
manuportée (à l’hôpital)
- Pouvoir pathogène
Les facteurs de virulence sont la capsule et les fimbriae
Elle est fréquemment responsable d'infections en milieu hospitalier
(infections urinaires et septicémie)
- Sensibilité aux antibiotiques :
Klebsiella est naturellement résistante à l’ampicilline par production
de bétalactamase .
D’autre part elle héberge des plasmides codant pour des béta
lactamases à spectre élargi (BLSE)

2) Enterobacter
Ce sont des bactéries de l'environnement, "pathogènes opportunistes"
caractérisées par leur multirésistance aux antibiotiques (Ampicilline,
céphalosporines)

3) Proteus
Ce sont des entérobactéries uréasiques :2 espèces médicalement
importantes :
Proteus mirabilis, Proteus vulgaris
• Epidémiologie
- Réservoir : sol, eaux, tube digestif
- Transmission par voie endogène ou par contact
• Pouvoir pathogène
Infections urinaires ; infections des plaies
opératoires, septicémie
Facteurs de virulence : la production d’uréase est responsable
de l’alcalinisation par formation d'ammoniaque et de dépôt de
phosphates à l’origine de nécrose cellulaire

100
 4) Les entérocoques

Proches des Streptocoques (parfois appelés streptocoques fécaux): les

2 espèces les plus importantes sont Enterococcus faecalis et
Enterococcus faecium
Ce sont des cocci à Gram positif en paire et en chaîne, de forme ovale.
- Donnant sur gélose au sang une hémolyse  ou , ou
absence;
- Polyoside du groupe D

• Epidémiologie :
Réservoir : tube digestif des hommes et des animaux ;
Infection endogène.

• Pouvoir pathogène :
Infections urinaires, septicémie (nosocomiales), endocardites,
Infections de plaies

• Traitement et prévention :

Les entérocoques sont régulièrement sensibles à l’ampicilline mais

moins sensibles à la pénicilline que les Streptocoques. Ils sont
résistants aux céphalosporines

IV) DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE DES INFECTIONS

URINAIRES

1) Prélèvements
L’urine est prélevée le matin au réveil après toilette
minutieuse des organes génitaux externes et élimination du premier jet
d’urine, dans un flacon stérile.
Il est important de récolter et de conserver adéquatement
l’échantillon d’urine, pour éviter la multiplication de la flore
contaminante.

101
 2) Examen direct

Permet de quantifier les leucocytes ainsi que de mettre en évidence la

présence de bactéries : la présence de bacilles à Gram négatif est un
élément d’orientation
Il y a suspicion d’infection urinaire si plus de 10 000 leucocytes /ml

3) Culture – identification

La culture est quantitative : la bactériurie est dite significative si

l’urine contient plus de 100 000 CFU /ml
La culture est facile ainsi que l’identification d’espèce.

4) Sensibilité aux antibiotiques

Les résistances acquises à l’ampicilline et au cotrimoxazole sont de

plus en plus fréquentes chez E. coli (plus de 60% R) et compliquent le
choix de l’ATB de 1ere intention. La résistance acquise aux
fluoroquinolones ne cesse d’augmenter. Dans de nombreuses
situations l’antibiogramme devient nécessaire pour guider
l’antibiothérapie.

102
AGENTS DES INFECTIONS
SEXUELLEMENTTRANSMISSIBLES (IST)

Par définition, les IST sont les infections transmises par une
activité sexuelle entraînant un contact entre les organes génitaux d'un
partenaire et ceux (ou, et toute autre surface muqueuse) d'un autre
partenaire.
Les IST sont localisées au tractus génital et/ou provoquent des
maladies systémiques (syphilis, SIDA…).
Les principales IST qui seront étudiées sont :
Les urétrites :
c. La gonorrhée (blennorragie ou urétrite gonococcique) ;
d. La blennorragie ou urétrite non gonococcique : Chlamydia et
Mycoplasma ;
Les chancres
e. Le chancre mou
f. L'herpès génital
g. La syphilis

Les IST systémiques

h. Les hépatites : hépatite B, hépatite C
i. Le Virus d'Immunodéficience Humaine (VIH)

I) NEISSERIA GONORRHOAE OU GONOCOQUE

A) Epidémiologie

Le gonocoque est un parasite strict des muqueuses

des voies génitales de l'homme et de la femme. Sa
transmission est essentiellement directe par voie vénérienne. Le
nouveau-né peut être contaminé au cours de l'accouchement
Il n'existe pas de portage sain mais l’existence de formes
asymptomatiques notamment chez la femme favorise la dissémination
de l’infection.
Maladie non immunisante, les réinfections sont
possibles. Le nombre de cas augmente au cours de l'été
B) Rôle pathogène

103
 1) Pouvoir pathogène
Chez l'homme le gonocoque est responsable de l’urétrite
antérieure le plus souvent aiguë avec écoulement purulent.
Chez la femme, la forme aiguë passe souvent inaperçue et se
traduit par une cervicite avec des pertes. Les formes non traitées sont
source de complications.
L’ophtalmie purulente du nouveau-né peut succéder à une
contamination lors du passage dans la filière génitale.

2) Facteurs de pathogénicité
Le gonocoque produit des pili et des protéines au niveau de la
membrane externe qui interviennent dans l’adhésion et l’invasion des
cellules épithéliales. Ces protéines subissent des variations qui
compliquent le problème de la vaccination.
Enfin le gonocoque produit une IgA-protéase capable de
cliver les molécules d’IgA de lui permettre d’échapper ainsi à
l’immunité locale.

B) Diagnostic bactériologique

C’est essentiellement un diagnostic direct

1) Prélèvements

• Contraintes

Certaines précautions sont à prendre pour l'obtention d'un

prélèvement correct :
- ne jamais utiliser de lubrifiant pour le matériel
(spéculum) autre que l'eau tiède.
- Produit pathologique récolté sur écouvillon de
préférence en alginate car le coton contient des acides
gras toxiques pour le gonocoque.
- Le produit pathologique est recueilli sur 2 écouvillons
séparés : l'un pour l'examen direct, l'autre pour la
culture, sinon pour l'examen direct recueillir une
goutte de pus directement sur une lame porte objet.
- Le gonocoque est un germe fragile - le prélèvement
doit être réalisé au laboratoire sinon utiliser un milieu
de transport approprié.

104
• Chez la femme :
Les prélèvements portent sur l’endocol et au niveau
des orifices des glandes de Bartholin et jamais au niveau vaginal trop
acide.

• Chez l'homme :
Le prélèvement porte sur l’écoulement urétral le matin avant la
première miction. En l'absence d'écoulement franc, on recueille
stérilement le premier jet d'urine ou un prélèvement du pus intra-
urétral avec un écouvillon souple.

2) Examen direct
L’examen direct du prélèvement après coloration de Gram a
un intérêt fondamental dans les urétrites aiguës masculines ; la
présence de diplocoques en "grain de café" gram négatif, intra et
extracellulaires dans un étalement de pus urétral permet de poser le
diagnostic d'urétrite gonococcique avec un taux de probabilité de 98
%.
Chez la femme la sensibilité est au mieux de 50 %.
Cet examen direct n'a aucun intérêt pour les autres prélèvements.

3) Culture et identification
Germe extrêmement fragile et exigeant, l’isolement du
gonocoque nécessite un milieu enrichi et une incubation dans des
conditions strictes de température, humidité et CO2 pendant 24 à 48
heures
L’identification fait appel aux caractères biochimiques

4) Autres méthodes de diagnostic

Une technique ELISA permet de mettre en évidence le
gonocoque et/ou ses antigènes directement dans le prélèvement
pathologique en 2 heures.
Des méthodes de diagnostic par biologie moléculaire (PCR,
sondes) ont été développées.

5) Sensibilité aux antibiotiques

Les tests de sensibilité aux antibiotiques par les méthodes de
diffusion en gélose (antibiogramme classique) donnent des résultats

105
ininterprétables. La surveillance de la sensibilité est assurée par des
laboratoires spécialisés qui utilisent des techniques en dilution.
Les tests de sensibilité ne sont pas nécessaires en routine. Le
traitement des infections gonococciques est standardisé par l'OMS.
Le gonocoque est sensible à la pénicilline G. Le pourcentage
de souches résistantes est très variable suivant les régions. Cette
résistance est due le plus souvent à la présence d'un plasmide codant
pour la production de béta lactamase. Celle-ci peut être facilement
détectée par un test rapide.
D'autres antibiotiques sont très actifs : cyclines,
spectinomycine.

II) CHLAMYDIA TRACHOMATIS

C. trachomatis est un parasite strict de l'homme

18 sérotypes répartis en 3 groupes en fonction de leur tropisme.
• Tropisme oculaire exclusif (trachome)
• Tropisme génital strict : Lymphogranulome vénérien LGV
• Tropisme oculo génital

1) Infections génitales
C. trachomastis est souvent impliqué dans les maladies
sexuellement transmissibles. C’est l’agent le plus fréquent des
urétrites non gonococciques ou post gonococciques.
Chez la femme, C. trachomatis est responsable de cervicites.
Mais l’infection est souvent inapparente et n’est diagnostiquée qu’au
stade de salpingite ou lors de bilan de stérilité.

Chez le nouveau-né infecté au moment de l’accouchement,

l’infection se traduit par une conjonctivite et une pneumopathie.

2) Le lymphogranulome vénérien ou maladie de Nicolas

et Favre.
Le LVG sévit dans les régions tropicales et se manifeste par
une ulcération génitale ou anale et une poly adénopathie inguinale qui
se fistulise donnant un abcès en pomme d’arrosoir.

B) Diagnostic biologique

106
 1) Diagnostic direct
Les prélèvements doivent obligatoirement contenir des
cellules épithéliales.
Ils sont recueillis par grattage des muqueuses urétrales, cervicales,
conjonctivales.
La culture est réservée aux laboratoires spécialisés
Les techniques immunologiques utilisant des anticorps
monoclonaux permettent un diagnostic rapide et spécifique :
• Immunofluorescence direct : résultats en 1 heure mais lecture
subjective
• Techniques immuno enzymatiques :
Intérêts : automatisables et lecture objective

Les techniques de biologie moléculaire (sondes pour hybridation et

PCR) visant à détecter les acides nucléiques de C. trachomatis dans les
produits pathologiques sont actuellement disponibles (réactifs
commercialisés). Les techniques d’amplification sont les plus
sensibles.

2) Diagnostic sérologique
Il est utile surtout dans le diagnostic des infections génitales
et des pneumopathies néonatales.
Les techniques d’immunofluorescence indirecte et ELISA
permettent la mise en évidence des IgM et/ou une augmentation
significative des IgG

3) Traitement
Les antibiotiques actifs sur C. trachomatis sont : Cyclines,
Macrolides et également Rifampicine, Fluoroquinolones.

III) Mycoplasmes génitaux

Les trois espèces de mycoplasmes responsables d’infections

génitales sont : Ureaplasma urealyticum, M. hominis et M.
genitalium.
Ils peuvent être présents à l’état commensal chez le sujet sain

107
U. urealyticum et M. genitalium sont des agents d’urétrites chez
l’homme. M.hominis est impliqué dans les vaginites bactériennes non
spécifiques et dans les infections gynécologiques.
Le diagnostic repose sur la mise en évidence de ces bactéries par
culture quantitative sur milieux spéciaux.

108
 IV) LA SYPHILIS : TREPONEMA PALLIDUM

Parmi les bactéries du genre Treponema, la principale espèce

pathogène est T. Pallidum qui comprend plusieurs sous espèces. C’est
la sous espèce Pallidum qui est responsable de la syphilis vénérienne.
Les autres sous espèces sont responsables de tréponématoses non
vénériennes (bejel, Pinta et Pian).

A) Epidémiologie
Parasite strict de l'homme, T. pallidum est l’agent de la
syphilis dont la transmission est presque toujours vénérienne.
Les autres modes de transmission possibles sont le passage à
travers le placenta (syphilis congénitale) et exceptionnellement la
transfusion de sang infectieux.
La syphilis sévit à l'état endémique dans le monde et est
souvent associée à d’autres maladies sexuellement transmises
(infection à VIH en particulier)

B) Pouvoir pathogène

1) La syphilis vénérienne
C'est une maladie vénérienne dont l’évolution spontanée en
absence de traitement est caractérisée par la succession de 3 stades de
gravité croissante séparés par des périodes muettes.
L’incubation dure de 2 à 3 semaines.

La syphilis Primaire : se traduit par un chancre siégeant sur

les organes génitaux, associé habituellement à une adénopathie
satellite. Ces symptômes disparaissent spontanément après 6 à 8
semaines et en absence de traitement, survient la phase secondaire.

La syphilis secondaire : se traduit par des manifestations

cutanéo-muqueuses, pouvant s’étaler sur plusieurs mois (1 à 2ans)
puis régressant spontanément.

La syphilis tertiaire se développe plusieurs années après

l’infection (4 à 30 ans) mais plus rapidement en cas de SIDA. Elle se
traduit par des atteintes cardio-vasculaires, neurologiques et des
gommes syphilitiques. Cette forme est devenue très rare.

109
 2) La syphilis congénitale
La syphilis peut être transmise de la mère non traitée à
l’enfant à partir du 4ème mois de la grossesse jusqu’à l’accouchement :
C’est la syphilis congénitale. En milieu de grossesse, l’infection peut
provoquer la mort du fœtus par atteinte polyviscérale. En fin de
grossesse, l’infection est responsable des manifestations de la syphilis
acquise secondaire ou tertiaire.

3) Pathogénie
Après transmission vénérienne le tréponème se multiplie au
point d'inoculation entraînant l'apparition du chancre et de
l'adénopathie satellite. La réponse immunitaire provoque la régression
du chancre en 15 à 30 jours. La syphilis secondaire correspond à une
dissémination septicémique.

C/ Diagnostic Biologique

1/ Diagnostic direct

a) Prélèvements
Les prélèvements doivent être réalisés au laboratoire pour y
être examinés immédiatement.
Ils portent sur le chancre (sérosité) et éventuellement le ganglion
(ponction) à la phase I et sur les plaques muqueuses à la phase II.

b) Mise en évidence
Treponema pallidum ne cultive pas in vitro.
L’examen microscopique constitue le seul moyen de diagnostic direct.
L’examen à l’état frais au microscope en fond noir montre des
bactéries très fines, spiralées, mobiles.
L’examen par immunofluorescence directe est plus spécifique car
c’est une réaction immunologique.
Un examen direct négatif n’exclut pas le diagnostic de syphilis car
c’est un examen délicat. Aussi il faut toujours lui associer un examen
sérologique.

2) Diagnostic sérologique

110
 Les anticorps tréponémiques, inexistants
chez les sujets indemnes de syphilis apparaissent au cours de la phase
I, en moyenne 10 à 20 jours après le chancre.

A) Les antigènes de T. Pallidum

Les tréponèmes pathogènes possèdent de nombreux
antigènes capables de stimuler l’immunité et susciter des réponses
humorales à la base du diagnostic indirect :
• L’haptène lipidique ou cardiolipide présent dans T. Pallidum et
autres tréponèmes ainsi que dans le tissu cardiaque des
mammifères.
• D’autres antigènes sont spécifiques à T. Pallidum.

B) Réactions sérologiques
Les réactions sérologiques sont utilisées pour le
diagnostic et la surveillance des malades traités. On utilise les 2 types
d’antigènes pour le diagnostic sérologique : le cardiolipide et un
antigène tréponèmique. Il est indispensable d'associer une réaction à
antigène cardiolipidique (VDRL) et une réaction à antigène
tréponèmique spécifique (TPHA).

➢ Réactions à l'antigène cardiolipidique

Les anticorps IgM et IgG correspondants appelés réagines
peuvent être détectés par agglutination passive : réaction du VDRL.
Ces réactions sensibles sont utilisées à des fins de dépistage, mais
doivent être confirmées par une réaction plus spécifique.
Des réactions faussement positives sont observées au cours
de certaines affections ou au cours de la grossesse.

➢ Réactions à l'antigène tréponèmique

Ces réactions ont une spécificité et une sensibilité meilleures
• Le TPHA : (Tréponéma Pallidum Hémagglutination Assay) est
une réaction d’hémagglutination passive des hématies
sensibilisées.
• Le FTA : Fluorescent Treponemal Antibody est une réaction
d'immunofluorescence indirecte, très spécifique et sensible.
L’antigène est une suspension de T. pallidum tués et fixés sur lame.
• Le TPI : Treponema Pallidum Immobilisation ou test de Nelson.

111
C'est la réaction de référence mais réservée à des laboratoires
spécialisés car nécessite des T. pallidum vivants.

➢ Cinétique des anticorps

Les anticorps apparaissent au cours de la phase primaire
(absents les premiers jours du chancre). Les anticorps détectés
par le FTA apparaissent les premiers suivis par ceux détectés par le
VDRL et le TPHA. Le TPI est le dernier à se positiver.
A la phase II, toutes les réactions sont positives. Par la suite,
les anticorps anticardiolipide peuvent disparaître progressivement
mais les anticorps anti tréponémiques persistent.

➢ Cas particulier du nouveau-né

L'enfant peut posséder à la naissance des IgG maternels. Si
l'enfant n'est pas infecté ces IgG disparaissent progressivement en 4 à
6 mois.
Si l'enfant est infecté, on assiste à la baisse des IgG maternels
et à la montée des anticorps produits par l'enfant (IgG + IgM).

3) Sensibilité aux antibiotiques

T. pallidum est sensible à de nombreux antibiotiques : La
pénicilline G est le traitement de choix, cyclines, et macrolides
constituent des alternatives.
Il est résistant aux aminosides.

V) HEMOPHILUS DUCREYI

A) Epidémiologie - Pouvoir pathogène

C’est l’agent du chancre mou (maladie sexuellement
transmissible)
La maladie est mondialement répandue, endémique dans
certaines régions,
La transmission est par contact direct
La maladie se traduit par un chancre génital associé à une
adénopathie satellite.
B) Diagnostic
Le diagnostic est surtout clinique car le diagnostic
biologique est difficile. Le germe est recherché dans les sérosités du
chancre et/ ou dans le pus du bubon (= adénopathie)

112
 Grâce à des techniques spéciales de coloration, l’examen
microscopique montre des coccobacilles en "chaînettes", ou en "banc
de poissons" dans 40 à 40 à 70 % de cas seulement. L’isolement et
l’identification sont difficiles et réservées à des laboratoires
spécialisés
H. ducreyi présente une résistance naturelle aux pénicillines
A par production de bétalactamase.
Cotrimoxazole, macrolides, association pénicilline A- inhibiteur de
bétalactamase et cyclines sont régulièrement actifs.

113
AGENTS INFECTIEUX DE L’APPAREIL DIGESTIF

Helicobacter pylori est responsable de gastrite infectieuse.

Les diarrhées bactériennes sont dues à :
- des toxines préformées dans les aliments : Staphylococcus
aureus.
- la libération de toxines lors de la multiplication bactérienne
dans le tube digestif :
➢ Diarrhée aqueuse par bactéries entérotoxinogènes
V. cholerae , E. coli,
➢ Diarrhée sanglante par le biais de la production de
cytotoxine
E. coli, C. difficile, Shigella
- l'invasion de la muqueuse
E. coli, Campylobacter, Shigella, Salmonella,
Yersinia

I) HELICOBACTER PYLORI

A) Epidémiologie :
H. pylori est une bactérie spécifiquement humaine
Elle colonise le mucus de l’estomac où elle peut persister pendant des
années
H. pylori a une distribution mondiale. La prévalence de l’infection
augmente avec l’âge. L’infection survient plus précocement et est plus
fréquente chez les habitants des pays en voie de développement. Une
fois acquise, l’infection demeure chronique et persiste probablement
pour la vie si non traitée. La transmission est fécale-orale ou orale-
orale.

B) Pouvoir Pathogène :
La plupart des sujets infectés par H. pylori toléreront l’infection
pendant des décades avec peu ou pas de symptômes. La présence de
cette bactérie est associée à une augmentation du risque de cancer
gastrique.
Cet organisme est presque toujours associé à une gastrite chronique
superficielle. Son rôle est reconnu dans la pathogénie de l’ulcère
peptique. La présence d’H. pylori au niveau de duodénum est

114
accompagnée d’un risque accru d’ulcération. Les récurrences de
l’ulcère duodénal sont fortement diminuées après éradication d’H.
pylori.
La localisation d’H. pylori est toujours extracellulaire, superficielle en
contrat intime avec l’épithélium gastrique, jamais invasive.
L’uréase sécrétée en abondance par H. pylori permet au germe de
transformer l’urée normalement présente dans l’estomac, en
ammoniac, ce qui permettrait sa survie dans ce milieu acide qu’est
l’estomac.

C) Diagnostic direct

1) le prélèvement
Il est invasif nécessitant de biopsier la muqueuse gastrique.
Le germe est fragile et nécessite un milieu de transport.

2) Diagnostic rapide
• La coloration de Gram sur l’empreinte de la biopsie permet de
mettre en évidence des bacilles Gram négatif incurvés.
Sa sensibilité est variable : 50 à 90 %
• Il existe un test qui permet de mettre en évidence l’uréase
produite abondamment par ce germe en 30 mn. Sa sensibilité est
de 70 à 90 %.
• H. pylori peut être mis en évidence par amplification génique
(PCR)

3) Cultures
C’est la technique de référence et elle seule permet de réaliser les tests
de sensibilité aux antibiotiques.Elle exige des conditions de milieu et
d’atmosphère adaptées et un délai de 3 à 4 jours.

4) Sensibilité aux antibiotiques.

Les antibiotiques actifs régulièrement sont : aminopénicillines,

clarithromycine (= macrolide) et le métronidazole.

D/ Diagnostic sérologique

L’infection fait apparaître des anticorps chez la plupart des patients.

115
Le diagnostic sérologique est sensible et spécifique.

II) ESCHERICHIA COLI DES DIARRHÉES

Quatre types d’E. coli sont responsables d'infections

intestinales (diarrhées). Ils sont distincts par leur virulence, leur mode
d'action sur la muqueuse intestinale, le syndrome clinique dont ils sont
responsables, leurs propriétés épidémiologiques et leurs propriétés
antigéniques (sérotypes).
Les E. coli possèdent 3 types d'antigènes : Ag O (paroi) Ag H
(flagellaire) et Ag K (surface).

A) Coli "entéro pathogènes" : ECEP

Certains sérotypes d’E. coli sont fréquemment associés à des

épidémies de diarrhées sévères dans les collectivités d'enfants. Ces
sérotypes sont bien définis antigéniquement.
Ces souches, grâce à la présence de plasmide agissent par
adhérence et destruction des microvillosités intestinales.
Ces sérotypes agents de diarrhées sévères et prolongées
constituent la 1ère ou 2ème étiologie des diarrhées bactériennes aiguës
de l'enfant ou gastro entérites infantiles (GEI).

B) E. coli entéro toxinogènes : ECET

Ce sont des agents très fréquents de diarrhées surtout de

l’enfant dans les pays en voie de développement et infectent les
voyageurs dans ces pays (tourista). Ces diarrhées cholériformes très
aqueuses et abondantes surviennent après ingestion d'eau ou
d'aliments contaminés.
Les souches responsables possèdent des facteurs
d'attachement ou de colonisation : pili de nature protéique, codés par
des plasmides qui gouvernent en même temps la production de
toxines. Ces souches produisent soit deux toxines LT - ST ou l'une des
deux seulement. La toxine LT agit de façon identique à celle de la
toxine cholérique.

116
 C) E. coli entéro invasifs : ECEI

Agents de diarrhées de type dysentériforme, ces souches sont

très proches des Shigella. Elles possèdent des plasmides. Elles
agissent par invasion de la muqueuse intestinale (prolifération et
destruction des cellules épithéliales).

D) E. coli entéro hémorragiques ECEH

Ces souches appartiennent essentiellement à un seul sérotype

0157 H7
Elles sont responsables de colite hémorragique : diarrhée abondante,
sanguinolente mais sans leucocytes (différence avec Shigella).
Elles agissent par production de toxine "Shigella-like" codée par un
phage et évoluent sur un mode épidémique (ingestion d’aliments
contaminés.)

II) SHIGELLA

Le genre Shigella est composé de 4 espèces dont le plus

important est
S. dysenteriae

A) Epidémiologie

Les Shigella sont des parasites stricts de l'homme.La

contamination se fait par voie digestive. La transmission est
essentiellement directe de sujets malades à sujets sains par les mains
ou indirecte par ingestion d’eau et d’aliments. Les cas sont
sporadiques mais des épidémies peuvent survenir.
La maladie est fréquente en cas de surpeuplement et
d'hygiène précaire et durant les saisons chaudes.

B) Pouvoir pathogène

Les shigella sont des agents de diarrhées aiguës :

• Shigella dysenteriae est responsable de la dysenterie
bacillaire (fièvre - diarrhée).

117
 • Shigella flexneri, sonnei et boydii sont responsables
de formes moins sévères de diarrhées.
Les shigella agissent en adhérant et en envahissant la
muqueuse colique entraînant une réponse inflammatoire intense et la
destruction de la muqueuse se traduisant par l’aspect mucopurulent
des selles (glaires).
S. dysenteriae produit une toxine proche de la toxine Shiga-
like de E. coli entéro-hémorragique.
La maladie reste localisée au colon : le passage dans le sang
est exceptionnel.
Les Shigella sont très virulentes, la dysenterie bacillaire est la
diarrhée la plus contagieuse.

C) Sensibilité aux antibiotiques

Les Shigella n’ont pas de résistance naturelle mais les

premiers plasmides de résistance ont été découverts chez les Shigella.
Aussi il est prudent de réaliser un antibiogramme.La résistance à
l'ampicilline et au cotrimoxazole semble en augmentation dans de
nombreux pays.

III) SALMONELLA

A) Epidémiologie :

Le genre Salmonella comprend plus de 2000 espèces

(sérovars) définis par leurs différents antigènes. Certaines de ces
espèces sont parasites stricts de l'homme : ce sont les agents des
fièvres typhoïdes et paratyphoïdes : S. typhi, S. paratyphi A, B, C.
D'autres sont des hôtes naturels du tube digestif des animaux
et peuvent contaminer l'homme : ces sérovars largement répandus sont
agents de salmonelloses. Les sérovars les plus fréquents sont S.
typhimurium et S.enteritidis.
Les Salmonella sont éliminées par les matières fécales des
malades et des porteurs sains. La maladie est transmise par absorption
d'eau ou d'aliments contaminés par les selles.

118
 B) Pouvoir pathogène :

Les fièvres typhoïdes et paratyphoïdes sont des septicémies à

point de départ digestif. Après absorption, les bactéries traversent
directement la barrière intestinale et arrivent au niveau des ganglions
mésentériques où elles se multiplient abondamment. Une partie de la
population bactérienne est lysée, libérant l'endotoxine O responsable
des phénomènes morbides (fièvre, diarrhée, etc…). Une autre partie
passe par voie lymphatique dans le sang (septicémie). Les bactéries
sont ensuite éliminées par la bile et l’intestin et par les reins (urines).
Après guérison, certains sujets restent porteurs pendant des mois ou
des années.

Les Salmonelloses non typhoïdiques sont surtout des toxi

infections alimentaires (diarrhée, vomissement etc…). La maladie
dure 2 à 5 jours et guérit spontanément sans complications. Si la
résistance de l'hôte est abaissée (âges extrêmes, immunodéprimés
etc…), ces sérotypes peuvent provoquer une septicémie compliquée
de localisations diverses (méningées, osseuses etc…). Ces
salmonelloses évoluent fréquemment par mode épidémique (crèches,
services de pédiatrie…).

C) Diagnostic biologique
L'isolement du germe représente le seul diagnostic de
certitude. Il permet en outre d'étudier les marqueurs épidémiologiques
(sérovar, lysotype) et la sensibilité aux antibiotiques.
Le diagnostic indirect n'est utilisé que pour les fièvres
typhoïdes et paratyphoïdes

1) Diagnostic direct

(a) Prélèvements
➢ Fièvres typhoïdes et paratyphoïdes
Devant une suspicion de fièvre typhoïde, l’analyse
bactériologique concernera essentiellement 2 prélèvements : sang et
selles.
Le rendement des prélèvements est très différent selon le
stade de la maladie. Classiquement l'hémoculture est positive au début
de la maladie, puis son rendement diminue

119
 La coproculture a une évolution inverse, son maximum de
positivité est atteint au cours du 3e septennaire.
Habituellement on recueille 2 à 3 hémocultures par malade,
de préférence au moment des ascensions thermiques (pic). Le nombre
de bactéries dans le sang est faible (10 à 20 / ml sang). Il faut prélever
5 ml de sang chez un enfant et 10 ml chez un adulte et les diluer au
1/10 dans le milieu de culture afin d'inactiver les anticorps
bactéricides et les antibiotiques éventuellement présents.

➢ Salmonelloses non typhoïdiques

Dans la grande majorité des cas on recueille les selles.
En cas de septicémie et de localisation secondaire on effectue
les prélèvements correspondants (hémoculture, LCR etc…).

(b) Isolement - Identification

La culture est facile.
L’identification fait appel aux caractères biochimiques et aux
caractères antigéniques (Ag O, Ag H, et Ag Vi) pour l’identification
du sérovar.
Chaque combinaison d'antigènes O et H définit une espèce
ou sérovar.
Exemples : S. typhi O9 Hd Vi
S. enteritidis O4,5 Hg/ H1

(c) Sensibilité aux antibiotiques

Pour les fièvres typho-paratyphiques, les tests de

sensibilité aux antibiotiques ne sont pas nécessaires en routine.
Les antibiotiques recommandés sont choisis car régulièrement actifs et
diffusent dans la bile et les ganglions lymphatiques : cotrimoxazole,
pénicilline A, chloramphenicol.

Pour les salmonelles non typhoïdiques,

l'antibiothérapie est rarement indiquée. Lorsqu’elle est nécessaire,
l'antibiogramme est indispensable à cause de la possible
multirésistance des souches par l'intermédiaire de plasmides.

120
 2) Diagnostic indirect

Classiquement, au cours d'une fièvre typho-paratyphique, les

agglutinines 0 apparaissent vers le 8ème jour, montent à un titre
moyen de 1/400e et disparaissent rapidement.
Les agglutinines H apparaissent vers le 10-12e jour montent
rapidement à un taux élevé de 1/800°, 1/1600°, persistent pendant des
mois voire des années à un titre faible de 1/100, 1/200°.
La mise en évidence des anticorps se fait par agglutination
(sérodiagnostic de Widal et Félix).
Le sérodiagnostic n'a pas la valeur du diagnostic direct car :
• Au cours de typhoïde confirmée, le titre des agglutinines peut ne
pas augmenter,
• Au cours d'autres infections dues à d'autres bacilles à gram
négatif, on peut observer une ascension du titre des anticorps due
à la communauté antigénique existant avec les Salmonella,
• Une antibiothérapie précoce peut perturber la cinétique des
anticorps,
• Chez les vaccinés, il persiste des anticorps à un taux faible,

D) Prévention

a) Hygiène collective
La prophylaxie passe par le diagnostic et le traitement des
malades, le contrôle bactériologique de l’eau et des aliments et le suivi
des personnels de cuisine (restaurants, cantines…) à la recherche de
porteurs sains.
La fièvre typhoïde et les intoxications alimentaires collectives sont à
déclaration obligatoire.

b) Prophylaxie individuelle
Le vaccin constitué par l’antigène Vi protège contre
les typhoïdes dues aux sérovars typhi et paratyphi C. Il possède une
efficacité de l’ordre de 60 %.
Les nouveaux vaccins constitués de S. typhi
vivantes atténuées, et administrés par voie orale sont en cours d’étude.

121
IV) CAMPYLOBACTER JEJUNI

A) Epidémiologie
C. jejuni est un commensal de l’intestin de nombreuses espèces
animales (volailles…). Le réservoir de germe est le tube digestif de
ces animaux L'infection humaine résulte d'ingestion d'aliments
d’origine animale (lait cru, viande, œufs…) et d'eau contaminés.
Les infections surviennent sur un mode sporadique et plus rarement
épidémique.

B) Pouvoir pathogène
C. jejuni est un agent de diarrhées : 6 à 30 % des diarrhées aiguës
selon les études et environ 10 % des diarrhées de l'enfant à
Casablanca.
L'infection résulte essentiellement du pourvoir invasif de la bactérie

C) Sensibilité aux antibiotiques

Certains antibiotiques (céphalosporines et cotrimoxazole) sont
naturellement inactifs et sont utilisés dans la composition de milieux
sélectifs
Les antibiotiques régulièrement actifs sont l’érythromycine et les
cyclines

V) DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE DES DIARRHEES

AIGUES

C'est essentiellement un DIAGNOSTIC DIRECT

1) Prélèvements = selles
2) Examen macroscopique :

L'examen macroscopique des selles a déjà une

valeur d'orientation
L’aspect des selles peut être liquide , glaireux etc…
Des selles afécales, mucopurulentes, striées de sang ("crachat rectal")
orientent vers une dysentérie

122
 3) Examen direct
Il est utile de noter la présence ou l’absence de leucocytes
polynucléaires et des hématies ainsi que leur quantification au niveau
des selles fraîchement émises.
Après coloration simple, si l’examen microscopique d’un frottis
montre des bacilles en virgule associés par 2 en "vol de mouette" ou en
S, cela oriente vers un Campylobacter.

4) Culture - identification
Les cultures d E. coli, Salmonelle et Shigella sont faciles.
L’identification fait appel aux techniques bactériologiques standard :
caractères biochimiques et antigéniques.
Les différents types d’E. coli sont identifiés par :
- Sérotypage :
• Pour les E. Coli entéro pathogènes : ECEP : agglutination sur
lame ex : 055, B5.
• Pour E. coli entéro hémorragique : agglutination avec antisérum
O157
- La caractérisation des ECEI et ECET est réservée à
des laboratoires spécialisée
La Culture et identification de Campylobacter nécessitent des
conditions particulières de milieu, de température et d’atmosphère

VI) PREVENTION

La prévention des diarrhées passe par

• la lutte contre le péril fécal,
• L’amélioration de l’hygiène générale et de la
Distribution de l’eau potable
• Et par le diagnostic et le traitement des malades.

VII) VIBRIO CHOLERAE

Vibrio cholerae est un bacille Gram négatif incurvé en virgule.

Les souches responsables des épidémies de choléra appartiennent au
sérogroupeO1 ou O139.

123
 1) Epidémiologie

Le choléra est une maladie épidémique strictement humaine due à

V. cholerae O1 ou O139.
L’unique réservoir de germes est l’Homme malade ou porteur sain.Le
malade élimine du V. cholerae en quantité abondante dans les selles et
les vomissements entraînant la contamination du milieu extérieur. Le
germe survit bien et se multiplie dans les eaux contaminées par les
matières fécales. La contamination est digestive par ingestion d’eau et
d’aliments souillés. Les porteurs sains constituent un réservoir
important du germe et sont dangereux car méconnus.
Le choléra sévit sur un mode endémique avec parfois des
épidémies explosives touchant tout un continent.

2) Pouvoir pathogène
Après une incubation courte (maximum 5 jours) survient la
diarrhée cholériforme très importante avec des selles liquides (« eau
de riz ») et la déshydratation.
Les formes asymptomatiques et les formes atténuées jouent
un rôle dans la dissémination du germe.

Physiopathogénie :

Après absorption par voie orale,

normalement les vibrions sont tous détruits par l'acidité gastrique. La
maladie ne se développe qu’après ingestion d'une quantité très
importante de germes ou si l'acidité gastrique est diminuée (personnes
dénutries).
Le germe se multiplie dans la lumière intestinale et
secrète des enzymes qui mettent à nu la muqueuse sans l'envahir
(hémoculture négative).
Grâce à des pili la bactérie adhère à la muqueuse et
produit son entérotoxine formée de 2 sous unités ;
• La sous unité B permet la fixation de la toxine à la surface de
l’entérocyte
• La sous unité A pénètre dans la cellule, active l'adénylcyclase qui
va transformer l'ATP en ampc. L’augmentation de l’AMPc
entraîne la fuite hydro-électrolytique, supérieure à la capacité de
réabsorption des cellules intestinales.

124
 3/ Diagnostic bactériologique
La maladie étant à déclaration obligatoire, l’isolement et
l’identification précise du germe sont indispensables à partir des selles
(coproculture).

* L’examen macroscopique des selles est très évocateur :

les selles sont liquides, blanc sale, avec "grains de riz".
* La culture est facile sur les milieux sélectifs.
* L’identification fait appel aux :
• Caractères biochimiques : genre Vibrio.
• Caractères antigéniques
- Antigène O1 ou Antigène 0139
- Dans le groupe O1, 3 sérotypes sont individualisés sur la base de
l'existence dont le plus fréquent est le sérotype Ogawa
• Caractérisation des biotypes de V. cholerae O1

 V. Cholerae Cholerae
 V. Cholerae EL TOR

* Les antibiotiques de choix actifs sont les cyclines et le

cotrimoxazole.
L’apparition de souches résistantes aux cyclines et parfois
polyrésistantes (plasmides) impose la réalisation d’un antibiogramme.

4) Prévention
La prévention repose sur les mesures permettant de :
➢ Contrôler la dissémination du germe.
Ce sont les mesures d’hygiène individuelle et autour des
malades et d’hygiène collective
➢ Diminuer l'état de réceptivité des sujets sains
par la vaccination.
• Les vaccins tués, injectables, actuellement disponibles donnent
une protection imparfaite et de courte durée.
• Des vaccins par voie orale à base bactéries vivantes atténuées sont
à l'étude

125
AGENTS DES INFECTIONS DE LA PEAU ET DES
MUQUEUSES

I/ STAPHYLOCOCCUS AUREUS OU STAPHYLOCOQUE

DORE

Les Staphylocoques sont des cocci Gram positif, regroupés en

amas.
Ce genre comprend plusieurs espèces :
➢ S. aureus

➢ Les Staphylocoques non producteurs de coagulase et

désignés sous le nom de Staphylocoques à coagulase
négative (SCN) dont 2 ont un intérêt médical :

o S. epidermidis est un commensal de la peau et

des muqueuses et peut contaminer des prélèvements
comme les hémocultures. Il ne déclenche en général
de maladie que chez les sujets présentant des
conditions favorisantes (pathogène opportuniste) :
affection sous-jacente, implantation d'un corps
étranger (cathéter intravasculaire, prothèse ostéo-
articulaire).
Afin de différencier contamination du prélèvement et
infection, il faut isoler la même souche sur des
prélèvements répétés.

o S. saprophyticus est retrouvé à l'état commensal

des muqueuses uro-génitales de la jeune femme. Il
existe une corrélation étroite entre sa présence et
l'éclosion d'une infection urinaire. Chez la femme,
cette espèce serait responsable d'environ 10 %
d'infections urinaires.

126
 A) Epidémiologie

Le réservoir essentiel des staphylocoques est l’homme lui-

même.
S. aureus colonise les nouveau-nés rapidement après la naissance.
Une grande partie de la population restera porteuse en permanence ou
par intermittence en particulier dans les fosses nasales (30 à 50 % de
sujets porteurs sains) et moins fréquemment au niveau de la gorge, sur
la peau du visage et des mains, du cuir chevelu et du périnée. Le
portage intestinal est aussi assez fréquent (20 à 30 %).
S. aureus est aussi largement répandu dans l’environnement.
Sa grande résistance aux facteurs agressifs du milieu extérieur,
explique que le mode de contagion sera direct à partir des lésions
staphylococciques ouvertes et indirect par l'air, le linge souillé, la
literie etc…

En milieu hospitalier, S. aureus peut diffuser sous mode

épidémique dans les services de réanimation, de chirurgie et les
maternités.

B) Rôle pathogène

1/ Lésions suppuratives

S. aureus est le type même de bactérie pyogène.

Bien que la peau et les muqueuses favorisent l'adhérence des

staphylocoques, elles constituent une excellente barrière mécanique à
l'invasion des tissus. Sous l'influence de différents facteurs
(traumatismes locaux, brûlures, facteurs hormonaux) et grâce à la
production de toxines (hémolysines dermonécrotiques, leucocidine,
protéases…) qui favorisent la nécrose et la formation de pus, se
développent des infections localisées cutanées et sous cutanées
(folliculite, furoncle, panaris …).
Ces infections localisées peuvent être le point de départ
d'infections systémiques plus sévères avec des localisations
secondaires profondes. L’apparition de ces infections profondes est
favorisée par les enzymes produites par la bactérie :

127
 ➢ la hyaluronidase favorise la diffusion du staphylocoque
dans le tissu conjonctif.
➢ Dans le sang, la coagulase entraîne la formation d'un
caillot protégeant le staphylocoque de l'action lytique des
anticorps et des antibiotiques, favorisant la dissémination
du germe et la constitution de métastases septiques,
osseuses (ostéomyélite) , articulaires (arthrites
suppurées) et pleuropulmonaires.

2/ Septicémies et endocardites

Les lésions suppurées peuvent se compliquer de septicémie. La

staphylococcie maligne de la face a pour origine un furoncle de la
lèvre ou de la narine.
En milieu hospitalier, les septicémies à S. aureus constituent une
part importante des septicémies nosocomiales.

3/ Manifestations d’origine toxinique

Certaines souches de S. aureus produisent des toxines

particulières :
• L’exfoliatine responsable des staphylococcies bulleuses
• Les entérotoxines dont il existe 5 types antigéniques A à E
responsablesdes toxi-infections alimentaires évoluant sous mode
d’épidémies collectives (TIAC ) dues à l’ingestion d’un aliment
contenant la toxine préformée L’entérocolite aiguë
pseudomembraneuse , devenue rare . est la conséquence d’un
traitement antibiotique qui a sélectionné une souche de S. aureus
productrice entérotoxines.
• La toxine du choc toxique staphylococcique (TTS)

C/ Diagnostic biologique

L’isolement et l’identification du germe constituent la base du

diagnostic.
1) Prélèvements
Les conditions dans lesquelles sont effectués les prélèvements
sont primordiales pour l'interprétation des résultats. En effet il faut

128
tenir compte de l'existence fréquente du portage sain à staphylocoque.
Une asepsie rigoureuse doit être exigée notamment pour prélever le
sang et l'urine.
Les prélèvements doivent concerner le lieu présumé de l'infection et
sont variés : sang, pus, urine, liquide pleural…
Ce germe étant résistant, le transport est assuré dans des
conditions normales.

2) Examen direct
Il a une valeur essentiellement pour les collections purulentes.
Il permet la mise en évidence de cocci à Gram positif dont
l'association majoritaire est en amas. Cet aspect est fortement
évocateur du Staphylocoque.

3) Culture
La culture est facile sur milieux ordinaires.

4) Identification
La pigmentation « Staphylocoque doré » n'est plus utilisée comme
critère d'identification.
Le critère fondamental pour différencier l'espèce aureus des autres
espèces est la présence de la coagulase.

5) Sensibilité aux antibiotiques

En milieu ambulatoire, l’antibiogramme est inutile car le
traitement de choix est une pénicilline M.
En milieu hospitalier, la sensibilité du Staphylocoque aux
antibiotiques est imprévisible : il est indispensable de réaliser un
antibiogramme sur chaque souche de Staphylocoque isolé d'infection
et de rechercher le caractère méti-R qui nécessite des techniques
particulières.

La résistance à la pénicilline G qui est très élevée est croisée

avec celle aux pénicillines A. Elle est due à la sécrétion par le
Staphylocoque d'une bétalactamase d'origine le plus souvent
plasmidique.
La résistance aux pénicillines M est due à l’acquisition d’un
gène chromosomique qui code pour une nouvelle PLP de très faible
affinité pour les bétalactamines.

129
 Toute souche détectée méti-R doit être considérée comme
résistante à toutes les bétalactamines.
Les souches de S. aureus méti-R (SARM) sont souvent
multirésistantes.
Actuellement des souches de sensibilité diminuée aux
glycopeptides, vancomycine et teicoplanine (GISA) sont de plus en
plus décrites.

D/ Prophylaxie

1) Prophylaxie individuelle

Le portage sain ne constitue pas un danger pour le sujet. Etant

donné la gravité des atteintes profondes, toute lésion staphylococcique
même mineure doit être traitée efficacement.

2) Prophylaxie collective

C’est le respect strict des règles de l’hygiène alimentaire

(prévention des toxi infections collectives TIAC) et de l’hygiène
hospitalière par le lavage des mains en particulier

130
 AGENTS INFECTIEUX DE TRANSMISSION
MERE - ENFANT

I) AGENTS DES INFECTIONS PERI NATALES

A) Streptocoque du groupe B

1) Epidémiologie –pouvoir pathogène

Ce sont des germes commensaux des voies respiratoires

supérieures, de l'intestin et des voies génito-urinaires (20 % de
femmes colonisées).
C'est surtout un agent d'infections néonatales très graves : le
germe colonise l'enfant au moment de l'accouchement (infection
précoce) ou de façon nosocomiale (infection tardive). L'infection
néonatale se traduit par une septicémie associée ou non à une
méningite.
Les infections chez l'adulte sont très variées : infection
génitale, urinaire, septicémie, méningite etc…
S. agalactiae possède une capsule polysaccharidique jouant un
rôle anti-phagocytaire. Ces antigènes externes permettent
d’individualiser des sérotypes dont l'identification a un intérêt
épidémiologique (composition d’un vaccin).

2) Diagnostic bactériologique

Il repose sur l’isolement et l’identification du germe au site de

l’infection.
Le streptocoque B libère spontanément ses antigènes caractéristiques
dans les produits pathologiques (sérum, LCR, urines…). Ces
antigènes peuvent être mis en évidence par agglutination latex pour un
diagnostic rapide

3) Traitement et Prévention

Le streptocoque B est très sensible à la pénicilline G.

Des stratégies de prévention des infections néonatales dues à
ce germe ont été proposées basées sur le dépistage et le traitement.

131
 B) Listeria monocytogenes

C’est un germe très répandu dans l’environnement est

souvent présent dans le tube digestif des animaux. Il peut contaminer
les aliments. Il peut se multiplier à +4°C.
La transmission à l’homme se fait par l’ingestion d’aliments
contaminés. La transmission materno fœtale est possible.
La listériose est une maladie peu fréquente mais grave. Les
sujets les plus à risque sont d’une part la femme enceinte et le
nouveau-né et d’autre part le sujet âgé et le sujet immunodéprimé
(méningite).

Le diagnostic biologique repose sur l’isolement du germe

dans le LCR ou le sang. Lors d’infection néonatale la bactérie peut
être recherchée dans le placenta.

Le traitement antibiotique associe une pénicilline à un

aminoside. L. monocytogenes a une résistance naturelle aux
céphalosporines de 3ième génération.

La prévention repose sur la surveillance bactériologique des

aliments.

C) E. coli K1

L’infection néonatale à E. coli peut se traduire par une méningite ou

une septicémie.
La majorité des souches possèdent un antigène capsulaire K1 très
proche du point de vue antigénique du polysaccharide du
méningocoque groupe B. Ces 2 antigènes entraînent d'ailleurs une
mauvaise réponse anticorps. La transmission de ces souches est le plus
souvent directe mère - enfant lors de l'accouchement.

132
BACILLES GRAM NEGATIF DE L’HOSPITALISME
INFECTIEUX

Certains bacilles Gram négatif sont essentiellement responsables

d’infections nosocomiales et posent un problème de traitement,
l’acquisition des résistances aux antibiotiques étant fréquente.
Parmi ces bactéries on trouve :
Des entérobactéries : E. coli, Klebsiella, Enterobacter, Serratia,
Citrobacter, Morganella, Providencia
Pseudomonas aeruginosa ou bacille pyocyanique Acinetobacter

PSEUDOMONAS AERUGINOSA OU BACILLE

PYOCYANIQUE

Le genre Pseudomonas contient de nombreuses espèces

saprophytes de l'environnement dont certaines peuvent se comporter
comme pathogènes opportunistes.
L'espèce la plus importante est P. aeruginosa.

A) Epidémiologie
P. aeruginosa est un saprophyte de l'environnement (eau, sol,
végétaux), qui peut vivre comme commensal dans le tube digestif de
l'homme.
A l'hôpital, il est retrouvé dans l’eau et les milieux humides :
respirateur, désinfectant, aliments. De plus la colonisation des malades
y est beaucoup plus importante qu'en milieu extra hospitalier.
La source de contamination est en général exogène,
directement à partir de l’environnement ou d’un sujet colonisé ou
indirectement par l’intermédiaire de matériels souillés.

B) Pouvoir pathogène
- P. aeruginosa est le type même de la bactérie pathogène
opportuniste.
Il peut être responsable d’infections urinaires, bronchiques,
pulmonaires, d’otites, de surinfections de lésions cutanées (brûlures,
plaies) …
- Le bacille pyocyanique agit par sa virulence et par la
production de nombreuses toxines.

133
 C / Diagnostic
Le diagnostic direct est le seul utilisé
Les Prélèvements concernent le site de l'infection : pus,
urine, sang…
L’isolement et l’identification du germe ne posent aucun
problème particulier.
L’antibiogramme est indispensable même en routine : P.
aeruginosa possède des résistances naturelles à de nombreux
antibiotiques : aminopénicillines, céphalosporines de 1ière génération,
cotrimoxazole et acquiert facilement des résistances multiples.
D) Prévention
Hospitalisme infectieux

ACINETOBACTER BAUMANNII

• Bactéries à Gram négatif, non fermentaires, coccoïdes, non

sporulées, parfois capsulées, immobiles, aérobies strictes,
catalase positive. Oxydase négative. Ne réduisent pas les nitrates
en nitrites.
• Bactérie fréquemment résistante à de nombreux antibiotiques.
Responsable d’épidémies d’infections nosocomiales le plus souvent
dans des services accueillant des patients fragilisés (réanimation par
exemple).
• Peut persister longtemps dans l’environnement hospitalier et sa
transmission est manuportée.
• A baumannii n’est pas toujours responsable d’infections, peut
simplement être présent sur la peau ou les muqueuses des patients.
• Chez les patients fragilisés: il est responsable infections variées
parfois sévères (infections pulmonaires, septicémies, infections de
plaies ou de brûlures...).
Diagnostic :
Basé sur le diagnostic direct : Examen direct et culture.
Bactérie de culture facile sur milieux ordinaire, identification par
galerie biochimique
L’antibiogramme est indispensable vu le caractère multi
résistant de la bactérie
D) Prévention
Hospitalisme infectieux

134
AGENTS DES ZOONOSES TRANSMISSIBLES A L’HOMME

I/ BRUCELLA

Petits bacilles Gram négatifs, responsable de zoonoses et pathogènes

occasionnels pour l’homme.

A) Epidémiologie
Brucella est avant tout un agent d’une zoonose pouvant
atteindre plusieurs espèces d’animaux domestiques et sauvages ,
fréquente sur le pourtour méditerranéen..
L’homme est un hôte accidentel de trois espèces B. melitensis ,B.
abortus et B. suis entraînant une maladie identique la brucellose ou
Fièvre de Malte.
La transmission à l’homme peut se faire par voie transcutanée
(maladie professionnelle) ou par voie digestive (produits laitiers frais).

B) Pouvoir pathogène : la brucellose humaine ou fièvre

de Malte :
La brucellose se présente comme une fièvre, généralement
accompagnée de sueurs et de douleurs articulaires (fièvre sudoro-
algique).
Des localisations secondaires peuvent survenir en particulier
ostéoarticulaires .
La brucellose chronique fait suite à une brucellose méconnue ou mal
traitée. Elle se manifeste par une asthénie physique et psychique.

Physiopathogènie
Les bactéries sont des pathogènes intra-cellulaires facultatifs : les
bactéries phagocytées par les macrophages où elles se multiplient,
libèrent leurs antigènes qui entraînent une réponse immune de type
humoral et cellulaire avec hypersensibilité retardée.

C/ Diagnostic
1/ Diagnostic direct
On utilise surtout l’hémoculture qui est positive à la phase
aiguë de la maladie.
La culture est délicate et lente : le laboratoire doit être prévenu lors de
suspicion de brucellose.

135
Les antibiotiques régulièrement actifs sont les cyclines, la rifampicine,
les aminosides et le cotrimoxazole.

2/ Sérodiagnostic
Le sérodiagnostic de Wright (anticorps agglutinants) est le
plus employé. Il se positive précocement. Dans la forme chronique, la
réaction peut être négative due à l’apparition d'anticorps bloquants
qu’il faut rechercher.

D/ Prévention
La prophylaxie humaine passe par :
• Dépistage et abattage des animaux infectés
• Vaccination animale
• Contrôle des produits laitiers

II/ LEPTOSPIRA

A/ Epidémiologie
Les leptospires sont des parasites de nombreuses espèces animales
sauvages ou domestiques qui sont porteuses et excrétrices des
leptospires dans leurs urines.
Ce sont des bactéries relativement résistantes, pouvant survivre dans
le milieu extérieur notamment dans le sol humide et l'eau surtout à
température proche de 30°C (hammam).
L'atteinte accidentelle de l'homme donne la leptospirose.
Le rôle de l'eau est capital dans la transmission à l'homme surtout par
voie indirecte : l’homme se contamine par contact avec un milieu
souillé par les déjections d'animaux par voie transcutanée (même peau
saine) ou par voie muqueuse (digestive, nasale ou conjonctivale). Il
existe une transmission directe par morsure mais rare.
C'est surtout une maladie professionnelle : abattoirs, mines, égouts.

B/ Pouvoir pathogène

Les leptospiroses sont caractérisées par l’association fièvre +

syndrome méningé + hépatonéphrite. Après pénétration à travers les
muqueuses ou la peau même intacte, les leptospires arrivent au niveau

136
du sang puis sont disséminés dans tout l'organisme LCR, sang, urines
où elles libèrent une endotoxine.

C/ Diagnostic direct
1) Prélèvements

Il est important de respecter la physiopathologie de

l'infection pour le choix du lieu de prélèvement.
Les leptospires peuvent être mis en évidence dans le LCR et
sang, pendant les 10 premiers jours de la maladie, ensuite dans les
urines à partir de la 2ième semaine.

2) Examen direct

L’examen à l’état frais au microscope à fond noir permet de

mettre en évidence les leptospires repérés par leur morphologie
spiralée et leur mobilité caractéristique.
Cependant le nombre de germes étant faible, un examen
direct négatif n'exclut pas le diagnostic de leptospirose.

3) Culture - Identification

La culture est difficile et exige un milieu spécial, riche et

incubé à 28°. La culture étant lente, un résultat ne peut être déclaré
négatif qu'après au moins 2 mois d'incubation.
L’identification est réalisée en déterminant le sérovar : le
sérovar
L. icterhemorragiae représente environ 50 % des isolements.

4) Sensibilité aux antibiotiques

Pénicilline G et cyclines sont régulièrement actives.

D/ Diagnostic sérologique
C'est le plus utilisé en raison des difficultés du
diagnostic direct.
Les anticorps apparaissent vers le 10° jour et persistent plusieurs
semaines.
Le diagnostic sérologique s'effectue en 2 phases :

137
Première phase : dépistage avec une réaction utilisant un antigène
commun à l'ensemble du genre Leptospira.
Deuxième phase : confirmation par le sérodiagnostic classique de
MARTIN et PETIT : micro agglutination utilisant des cultures de
leptospires vivants. Cette méthode nécessitant l’entretien des souches
vivantes n’est pratiquée que par des laboratoires spécialisés.

E/ Prophylaxie
La leptospirose est une maladie professionnelle
essentiellement, la prophylaxie passe par l’hygiène du travail : (port
de bottes, protection des mains etc…), la lutte contre les rongeurs et la
dératisation en particulier.

III) BACILLUS ANTHRACIS

C’est l’agent du charbon.
C’est une bactérie tellurique sporulée agent de zoonoses surtout chez
les herbivores
L’homme s’infecte le plus souvent par voie cutanée (pustule maligne).
L’inhalation de spores peut entraîner une forme pulmonaire.
Le diagnostic repose sur l’isolement du germe dans les lésions ou par
hémoculture.
La bactérie est très sensible aux pénicillines.

138
 L E S BACTERIES A N A E R O B I E S

Les bactéries anaérobies strictes sont des bactéries qui ne

peuvent ni utiliser ni se développer en présence d'oxygène.
Toutes les morphologies et les propriétés tinctoriales sont
retrouvées chez les anaérobies (cocci, bacilles, spirochètes, gram (+)
et gram (-)).
Toutes les techniques bactériologiques leur sont applicables à
condition de supprimer l'oxygène des milieux.
Les anaérobies peuvent être subdivisés en deux grands
groupes :
- Ceux de la flore exogène ou tellurique : bacilles à gram +,
vivant dans le sol sous forme sporulée. Ils pénètrent dans l'organisme
soit par effraction ou par ingestion. Très généralement ils sont
toxinogènes. Ex : tétanos, botulisme, gangrènes gazeuses.
- Ceux de la flore endogène ou flore de Veillon : germes non
sporulés, vivant en commensaux dans les cavités naturelles, se
comportant comme pathogènes opportunistes. Ex : Bacteroïdes
fragilis.

I/ ANAEROBIES DE LA FLORE ENDOGENE

A) Epidémiologie - Pouvoir pathogène

Les anaérobies la flore endogène (flore

deVeillon) sont des bactéries anaérobies non sporulées très diverses
(cocci et bacilles, Gram plus et Gram moins, spirochètes).
La flore de Veillon fait partie de la flore normale des
muqueuses rhinopharyngées, génitales et intestinales. Elle a un
important rôle de barrière. Les bactéries qui la composent peuvent se
comporter comme des pathogènes opportunistes sur des terrains
particuliers (nécrose, effraction, diminution des défenses). Souvent les
infections associent plusieurs bactéries.
Bacteroides fragilis est l'espèce la plus importante : ce bacille
Gram (-) est responsable d'environ 25 % des infections à anaérobies.
Toutes les infections localisées, (intra abdominales, pleuro
pulmonaires, bucco pharyngées, digestives…) peuvent être le point de

139
départ d'états septicémiques, avec possibilité de localisations
secondaires.

B/ Diagnostic

Il est basé sur l’isolement et l’identification de la bactérie

responsable au lieu de l’infection
Les prélèvements sont : Pus, sang etc…
Leur recueil et leur transport doivent être réalisés dans des
conditions particulières et doivent être accompagnés de
renseignements cliniques permettant de mettre en œuvre les
techniques adaptées pour leur isolement.
Les suppurations à bactéries anaérobies sont souvent
polymicrobiennes

L’Isolement et l’Identification de ces bactéries nécessitent

des milieux enrichis et des conditions d'anaérobiose.
Les délais de culture sont souvent longs et les résultats souvent tardifs
(4 à 5 jours).

L’antibiogramme est inutile en routine.

B. fragilis est sensible au métronidazole, chloramphénicol,
association pénicilline – inhibiteur de bétalactamase, cefoxitine et
imipenem.
Il est naturellement résistant à la pénicilline G et aux aminosides.

II) ANAEROBIES TELLURIQUES

3 groupes d'intérêt médical :

Clostridium Tetani agent du tétanos
Clostridium Botulinum agent du botulisme
Clostridium des gangrènes gazeuses

A) Clostridium tetani

C’est un bacille Gram positif anaérobie tellurique dont la

pénétration dans l'organisme est accidentelle et entraîne une toxi-
infection souvent encore mortelle : le tétanos.

140
 Les problèmes majeurs posés par cette maladie sont ceux du
traitement et de la prophylaxie et non ceux du diagnostic.

1) Epidémiologie

C. tetani est une bactérie très répandue dans le sol et dans le

tube digestif de l'homme et des animaux. Le tétanos sévit sous forme
de cas isolés. Le nombre de cas est fonction de l'état immunitaire de la
population. Dans les pays en voie de développement, le tétanos
néonatal est fréquent.
Le tétanos survient par pénétration de la spore à la suite d'une
effraction : plaie septique de travail ou de rue, plaie ombilicale, après
chirurgie abdominale. Il existe des facteurs professionnels favorisants
(jardinage etc…).

2) Pouvoir pathogène

Le bacille reste localisé au point d'inoculation. Il se multiplie

localement sans réaction inflammatoire, et produit la toxine qui
diffuse par voie sanguine ou nerveuse.
C’est une neurotoxine qui entraîne des contractures musculaires
généralisées à la moindre stimulation.
La toxine tétanique est une exotoxine protéique, antigénique,
transformable en anatoxine (vaccin).

3/ Diagnostic
C’est essentiellement un diagnostic clinique.

4/ Traitement – Prophylaxie

Le traitement associe la sérothérapie, les soins locaux de la porte

d’entrée et une antibiothérapie (pénicilline).
La prophylaxie passe par la vaccination par l’anatoxine (PNI)

B/ Clostridium botulinum

1) Epidémiologie – Pouvoir pathogène

141
 Le Botulisme est une intoxication par ingestion de toxine
préformée dans l'aliment responsable de cette intoxication.
C. botulinum est une bactérie anaérobie sporulée tellurique, retrouvée
dans le sol, l’eau, isolée parfois du tube digestif de l'homme et des
animaux.
Les produits alimentaires responsables de l’intoxication sont souvent
des conserves familiales ou même du commerce, de produits végétaux
ou animaux contaminés par la spore et mal stérilisés.
Le Botulisme survient sous forme de cas familiaux le plus souvent.
La Toxine est une exotoxine protéique, antigénique (7
sérotypes A-G) transformable en anatoxine (vaccin vétérinaire). Elle
est détruite par chauffage 10 mn à 100°C
C’est une neurotoxine : absorbée dans un aliment, elle diffuse par
voie sanguine jusqu'au système nerveux périphérique et entraîne des
paralysies

2/ diagnostic bactériologique
Les laboratoires spécialisés réalisent essentiellement
diagnostic direct par mise en évidence :
- du germe dans l'aliment,
- de la toxine et son typage dans le sang et l'aliment suspect
par recherche du pouvoir pathogène expérimental sur souris.

3/ traitement –Prophylaxie
Le traitement est à base de sérum antitoxine botulique
La prophylaxie repose sur la surveillance de la fabrication des
conserves.

C/ Clostridium perfringens

1/ épidémiologie – pouvoir pathogène

C. perfringens est retrouvé dans l'environnement (anaérobie
tellurique) : sol, eaux, air, poussières etc…et également présent dans
le tube digestif de l'homme et des animaux et parfois au niveau de la
peau.
C. perfringens est l’agent de :
• Myonécroses (gangrènes gazeuses) consécutives à une
intervention chirurgicale essentiellement digestive ou

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 gynécologique ou à un traumatisme par pénétration de la spore à
la faveur d'une plaie.
Après germination et multiplication, ces germes produisent
de nombreuses toxines responsables d'une nécrose et d'une
putréfaction des tissus accompagnés d'une importante production de
gaz : gangrènes gazeuses. Dans cette pathologie on peut rencontrer C.
Perfringens seul ou associé à d'autres Clostridium.
• Septicémies surtout après avortement septique mais aussi après
chirurgie digestive.
• Toxi infections alimentaires généralement bénignes, souvent en
foyers, consécutives à l'ingestion de toxine préformée dans
l'aliment en cause par certaines souches de C. Perfringens.

2/ Diagnostic bactériologique
Il repose sur l’isolement et l’identification du germe dans les
conditions d’anaérobiose.
Les prélèvements sont fonction des circonstances :
- fragments de tissus, sang
- aliments, selles
Ces bactéries sont très sensibles à la pénicilline G
3/ Prophylaxie
- Hygiène des plaies
- Hygiène alimentaire

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AGENTS DE TRANSMISSION VECTORIELLE :
RICKETTSIA - COXIELLA

Ce sont des bactéries de petite taille, ne pouvant se multiplier qu’à

l’intérieur de cellules (intracellulaires obligatoires).
• Le genre Rickettsia regroupe plusieurs espèces pathogènes pour
l'homme, responsables des typhus et des fièvres exanthémiques
comme la fièvre boutonneuse méditerranéenne à R. conorii
• Le genre Coxiella comprend une seule espèce : C. Burnetti agent
de la fièvre Q (pneumonie atypique).

I) Epidémiologie – Pouvoir pathogène

Les rickettsioses sont des infections à transmission indirecte
par l'intermédiaire d'un vecteur animé (arthropode) variant d'une
espèce à l'autre à partir d'un réservoir spécifique.
Les rickettsies agissent par l'intermédiaire de substances
hémolytiques et toxiques.
R. conorii est l’agent de la fièvre boutonneuse
méditerranéenne d'évolution bénigne et fréquemment observée en été
dans le bassin méditerranéen.
Le réservoir de la bactérie est le chien et le vecteur la tique du chien.
La fièvre boutonneuse méditerranéenne associe fièvre, éruption et
« tache noire » au niveau de la piqure.

Coxiella burnettii est l’agent de la fièvre Q qui se traduit

par un syndrome infectieux et une pneumopathie. C’est une bactérie
répandue dans le monde avec comme réservoir les ovins et bovins.
La transmission à l’homme se fait par voie aérienne :
inhalation d’aérosols contaminés par les animaux infectés (maladie
professionnelle)

II) Diagnostic biologique

Le diagnostic direct par isolement de la bactérie est réservé aux
laboratoires spécialisés.
Le diagnostic biologique des rickettsioses repose sur la mise en
évidence des anticorps spécifiques IgG et IgM par
immunofluorescence.
Les antibiotiques actifs sont : cyclines, chloramphénicol. Les
macrolides ont une activité irrégulière et constituent une alternative.

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