GENETIQUE BACTERIENNE

I –INTRODUCTION :
L’étude de la génétique bactérienne qui est la science de la variation et de l’hérédité joue un rôle capital dans
l’épidémiologie, le traitement et la compréhension de la pathogénie des maladies infectieuse.
Le matériel génétique contient l’information nécessaire à la structure, à la fonction et à la stabilité de reproduction
des cellules.

II-MATERIEL GENETIQUE DE LA BACTERIE :

-Le matériel génétique bactérien est représenté par l’ADN chromosomique et des éléments génétiques facultatifs
(plasmides, transposons, intégrons).
1-L'ADN CHROMOSOMIQUE:
-L’ADN acide désoxyribonucléique est le constituant cellulaire responsable de la transmission des caractères
héréditaires, c’est le support de l’information génétique qui s’exprime sous forme de protéines (structuraux et
enzymatiques).
-L'ADN chromosomique est constitué d'une double hélice d’ADN circulaire, chaque chaîne est faite d'une
succession de nucléotide, le nucléotide est constitué d'acide phosphorique et de désoxyribose sur lequel est
branché une base.
Quatre bases entrent dans la composition de l'ADN : adénine (A), guanine (G), thymine (T) et cytosine (C).
Les deux chaînes sont liées entre elles par des liaisons hydrogènes entre les bases adénine -thymine et
guanine - cytosine (A-T, G-C).
-L’information génétique est transmise aux descendances grâce à la réplication qui donne naissance à deux
molécules filles identiques à l’ADN parental.
Les deux chaînes se répliquent selon le schéma de Watson et Crick, chaque chaîne assurant la réplication de la
chaîne complémentaire selon un mode semi-conservatif.
-La transcription est le passage de l’ADN en ARN messagers ARNm.
L’ARN est un polymère linéaire de nucléotide, le nucléotide est constitué d'acide phosphorique et de ribose
sur lequel est branché une base adénine (A), guanine (G), uracile (U), cytosine (C).
ARN polymérase ADN dépendante est l’enzyme qui assure la transcription.
-La traduction est le passage d’ARN messagers ARNm en protéines.
2-LES ELEMENTS GENETIQUES FACULTATIFS :
2-1-LES PLASMIDES:
a-Définitions :
Les plasmides sont des molécules d'ADN bicaténaire, à localisation extra chromosomique, à réplication
autonome, généralement circulaire mais peuvent être linéaire, dont la transmission a la descendance est stable.
b-caractéristiques :
*Réplication : Un plasmide est un réplicon, possède leur propre système de réplication, une origine de
réplication ORI et un ou plusieurs sites de terminaison.
*Caractéristiques phénotypiques : Les plasmides sont le support d’une large variété de caractères
(Résistance aux ATB., Résistance aux métaux lourds, Production de toxine)

*Transfert :
Les plasmides peuvent être transfert d’une bactérie a une autre soit par :
 Conjugaison : plasmides conjugatifs , le prototype est le plasmide F qui code pour les
pili sexuels.
 Mobilisation : Plasmides non conjugatifs
R! : Certaines plasmides ne peuvent être transféré ni par conjugaison ni par mobilisation.
*Incompatibilité : Deux plasmides sont incompatibles lorsqu’ils sont incapables de cohabiter de façon
stable dans la même bactérie, car leur réplication est soumise au même système de régulation.
Des plasmides incompatibles présentent de fortes homologies ADN/ADN et sont fortement apparentés
structuralement.
2-2-LES TRANSPOSONS :

a-Définition :

Éléments génétiques transposables, segment d ‘ADN bien individualisés, mobiles, n’ayant pas d’existences
autonome stable, ils sont présent en un point d’un réplicon ou ils se dupliquent avec lui.
Possèdent des séquences répétées inversées à leurs extrémités 1 -10 pdb.
Les transposons ne possèdent pas de spécificité de site d’insertion cependant il existe des sites privilégiés appelés :
points chauds (hot-spots) riches en bases adénine et thymine.

b-Classification :

Il existe 4 types de transposons :

*Les séquences d'insertion (IS) :
Éléments transposables les plus simples.
Plusieurs copies intégrées dans le chromosome ou dans un plasmide.
Ils sont constitués de deux parties :
 Séquences répétées inversées : SRI
Séquences nucléotidiques identiques ou très similaire en sens inverse, retrouvés aux extrémités
Essentielles à la transposition.
  Une phase ouverte de lecture :
Partie centrale, code pour une transposase (endnucléase et intégrase).

SRI T R A N S P O S A S E SRI
Schéma simplifié d’une séquence d’insertion
*Les transposons composites:
Constitués de deux parties :
 Modules IS : Séquences d'insertion
Apportent les SRI et l’information nécessaire à la transposition transposase.
 Région centrale :
Porte des gènes (marqueurs) qui confèrent de nouvelles propriétés à la bactérie hôte (des gènes de résistance
aux antibiotiques, des gènes de virulence ou des gènes métaboliques).

SRI SRI Marqueur x SRI SRI

Module IS Module IS
Schéma simplifié d’un transposon composite
*Les transposons de la famille Tn A :
Le transposon Tn 3 des salmonelles est l’exemple type.
Ces éléments sont constitues de :
 SRI dans les deux extrémités.
 Partie centrale : comporte différents types de gènes
-un gène tnpA codant pour la transposase,
-un gène tnpR codant pour une protéine qui est a la fo is répresseur et enz yme.
-un site de résolution interne (SRI).
-un gène bla code pour une βactamase.

SRI tnp A SRI tnpR bla SRI

Schéma simplifié d’un transposon Tn 3

*Les transposons conjugatifs :
-Transposons de grandes tailles.
-Comportent un ou plusieurs gènes de résistance aux antibiotiques.
-Ne possèdent pas de séquences répétitives inversées à leurs extrémités.
-Autotransférables in vitro à d’autre espèces que l’espèce d’origine.
2-3-LES INTEGRONS:
- Eléments génétiques retrouvées exclusivement chez les bactéries.
- Constituent un système naturel de capture, d’expression et de dissémination des déterminants de
résistances aux antibiotiques.
-Le plus souvent portés par des plasmides ou des transposons.
-L’intégron est donc une structure qui permet à des gènes de s’intégrer et de s’exprimer.

III-VARIATIONS GENETIQUES:
-L'ADN bactérien peut être l'objet de variations qui se traduisent par l'apparition de différences héréditaires dans
les structures et/ou les fonctions permanentes des bactéries.
-Les variations génétiques ou génotypiques (le génotype est l'ensemble des déterminants génétiques portés par
une cellule) résultent d'une mutation, d'une transformation, d'une conjugaison, d'une transduction,... changement
de nature d'un ou plusieurs gènes.
Les variations génétiques doivent être distinguées des variations phénotypiques (le phénotype est l'ensemble des
propriétés observables d'une cellule).
Les premières affectent le génome bactérien dans sa séquence nucléotidique alors que les secondes affectent le
comportement de la bactérie.

A-LES MUTATIONS :
1-Définition :
Modification brutale de la séquence nucléotidique d'un ADN.
Le génome d'une bactérie ayant subit une mutation est différent de la bactérie dont il est issue, bactérie
parentale, cette modification du génotype, transmise héréditairement, n'est pas toujours associée à une
modification observable du phénotype.
Bactérie mutante : lorsque la mutation a une expression phénotypique caractérisée.
La bactérie parentale non mutante est dite : type sauvage.

2-Les différents types de mutations :

a-Mutation ponctuelle: Il s'agit de la substitution d'une seule base qui peut se faire selon divers
mécanismes
*Transition : lorsqu'une base purique est remplacée par l'autre base purique, ou une base pyrimidique par
l'autre base pyrimidique
*Transversion : lorsqu'une base purique est remplacée par une base pyrimidique ou vice-versa.
b-Mutation par addition ou délétion: d'une ou plusieurs bases, ou d’un segment d’ADN. Dans ces
cas, la mutation est non réversible.
c-Mutation réverse : un mutant bactérien peut retrouver son phénotype sauvage grâce à un phénomène
réversion, mutation de gène déjà muté au préalable.
*vraie réversion : lorsque la séquence d'ADN redevient normale.
*pseudo-réversion : lorsque le phénotype se normalise mais que le génotype reste modifie par rapport à la
souche sauvage.

3-Caractéristiques des mutations :

*Spontanées : Les mutants sont sélection et non induits.
*Discontinuité (caractère brusque) : La mutation ne s'effectue pas à la suite d'une longue période d'adaptation
progressive, avec des formes intermédiaires, mais habituellement en une seule étape (loi du tout ou rien).
*Stabilité : la mutation est transmise de génération en génération de manière héréditaire.
*Rareté : La mutation est un phénomène rare qui n'affecte qu'une faible fraction de l'ensemble des cellules
bactériennes au sein d'une large population, la probabilité d’avoir un mutant pour un caractère donné est de
10- 6 à 10- 7 .
*Spécificité et indépendance des mutations :
 Spécificité : une mutation est habituellement spécifique d'un caractère donne
exp : un mutant résistant à la streptomycine ne résiste pas à la pénicilline par la même mutation.
 Indépendance : un mutant résistant à la streptomycine peut devenir résistant, par une deuxième
mutation résistant à un autre antibiotique (exemple : la rifampicine), cette deuxième mutation est indépendante
de la première et s'effectue à un taux qui lui est propre.

4-Application de la mutation: la mutagenèse

Étude de la fonction d’un gène par utilisation des agents mutateurs pour l’obtention d’un mutant puis
comparaison a la souche sauvage.

B-TRANSFERTS GENETIQUES :
C’est le transfert de l’ADN d’une cellule donatrice à une cellule réceptrice.
Le génome de la bactérie donatrice exogénote, le génome de la bactérie réceptrice est endogénote.
-Trois principaux mécanismes de transfert différents selon le mode d’introduction de l’exogénote :
transformation, conjugaison, transduction.

1-LA TRANSFORMATION :
a-Définition :
La transformation est l’acquisition de matériel génétique par pénétration de molécules d’ADN nu présents
dans le milieu extérieur provenant d’une bactérie donatrice par une bactérie réceptrice dite en état de
compétence.
*L’état de compétence :
Bactérie compétant capable de laisser entre de l’ADN par transformation.
Une bactérie naturellement transformable passe par un état de compétence au cours de sa croissance
exemple : Streptococcus pneumoniae, Neisseria, Bacillus subtilis et Haemophilus influenzae.
La compétence peut être artificielle : traitement au cacl2 et choc chaud /froid, électroporation.
*Exogenote : ADN libre nu, bicaténaire, l’origine n’aucune importance.

b-Etapes de la transformation :
*Fixation : de l’ADN libre sur la bactérie compétente par des protéines fixatrices par des liaisons non
covalentes et saturable.
*Fragmentation : de l’ADN en petits doubles brins par des nucléases.
*Pénétration d’un seul brin grâce a des transporteurs membranaire et au fur et à mesure il ya dégradation
du second brin par une nucléase.
*Fixation du simple brin par des protéines spécifiques, protection de l’ADN contre l’ADNase.
*Intégration de l’exogénote dans l’endogénote par recombinaison avec un segment homologue par la
protéine Rec A.
R! : Dans le cas ou l’exogénote est un plasmide il demeure extrachromosomique.

2-LACONJUGAISON :
a-Définition :
Transfert unidirectionnel de matériel génétique d’une bactérie donatrice à une bactérie réceptrice qui nécessite
le contact et l'appariement entre les bactéries.
Elle repose sur la présence dans la bactérie donatrice ou mâle d'un facteur de sexualité ou de fertilité (facteur F).
L’exogénote : chromosome ou plasmide.

b-Caractères de la conjugaison :
*Spécificité :
Transfert d’ADN chromosomique se produit qu’entre bactéries de même espèce, sur toutes les bactéries à
Gram négative.
Transfert de plasmide est moins spécifique d’espèce.
*Différenciation sexuelle :
Le transfert par conjugaison est à sens unique bactérie donatrice-bactérie réceptrice, repose sur la présence chez
la bactérie donatrice du facteur sexuel F :
-Plasmide conjugatif.
-Confère à la bactérie le caractère male.
-Porte l’information génétique codant la synthèse de pili, sa propre insertion possible dans le chromosome, son
transfert vers une bactérie réceptrice.
-peut se répliquer librement dans le cytoplasme ou s’intègre au chromosome.

Ainsi :
Bactérie F + : facteur F est extra chromosomique
Bactérie Hfr (haute fréquence de recombinaison) : F intégré dans le chromosome, l’intégration réversible
grâce a un mécanisme d’excision qui a lieu a la même fréquence d’intégration (une population Hfr contient
quelques F + et vise ver sa)
.Bactérie F - : pas de facteur F.
Bactérie F ' : Lors de passage de F de l’état intégré a l’état autonome, par excision, il peut emporter avec lui
des gènes bactérienne plasmide F' (plasmide F+ fragment chromosomique)
*Contacte ou appariement :
Appariement par couple de bactérie est indispensable pour le transfert.
Les pili sexuels de F+ , Hfr ou F ' reconnaissent par leurs extrémités des zones de contacte à la surface de F-
, rapprochement des deux bactéries permettant un contact étroit et formation d’un pont cytoplasmique de 100
à 300 mµ par lequel va s'opérer le transfert.

c- Les etapes de la conjugaison :

 Transfert F +/F- :
*Contacte F+/ F – par pili.
*Formation du pont cytoplasmique.
*Les protéines Tra coupent un des brins au niveau de l’origine de transfert ori T.
*Réplication de 5' vers 3' du cercle constitue du brin non coupé en cercle roulant.
*L’extrémité 5' du brin coupé entre dans F- et réplication.
*Circularisation des deux plasmides.
La Conjugaison F +/ F- se caractérise par une haute fréquence de transfert F :
F- F+
F+ F+

 Transfert Hfr / F- :
Le facteur F détermine l’ordre de transfert des marqueurs chromosomiques, le transfert débute par un site
contigu au facteur F et se poursuit peu à peu et se termine par le facteur F.
Le transfert Hfr / F- est caractérisé par :
*Une faible fréquence de transfert du caractère sexuel : le transfert du facteur F est rare car très souvent la
conjugaison est interrompue avent le transfert complet.
Si transfert de F la bactérie réceptrice devient F +.
*Une haute fréquence de transfert des gènes chromosomiques.
Transfert Hfr / F- : F- F- ou F+
Hfr Hfr

3-LA TRANSDUCTION :
a-Définition :
La transduction est un transfert d'ADN bactérien entre bactéries par l'intermédiaire des virus, les
bactériophages ou phages dits "transducteurs".
La particule virale +ADN bactérien : particule transductrice.
Le transfert est intra spécifique, généralement n'est possible qu'entre bactéries de la même espèce.
*Bactériophage : sont des virus de bactéries, qui existent sous la forme virulente ou tempérée.
 Les phages virulents se multiplient dans la bactérie (ou mieux sont répliqués par la bactérie) et la
lysent.
 Les phages tempérés s'intègrent dans le chromosome bactérien, sont répliqués en même temps
que lui sans production de virus.
Le bactériophage est alors appelé prophage et la bactérie qui en est porteuse, une bactérie lysogène.
Dans une population de bactéries lysogènes, un prophage se libère de temps à autre du chromosome bactérien,
devient virulent, se multiplie, provoque la lyse de la bactérie et peut infecter de nouvelles bactéries.
Si, au cours de sa libération, le prophage emporte avec lui plusieurs gènes bactériens, il peut y avoir transfert par
le bactériophage de gènes bactériens d'une bactérie (lysogène) à une autre (lysogène).
Il existe deux t ypes principaux de transduction :

b-La transductuion généralisée :

Transducteure : bactériophage virulent à ADN.
Au cours du cycle infectieux d'un phage virulent, les particules virales se forme dans les bactéries en
encapsidant l'ADN viral, l’encapsidation n'est pas spécifique du DNA viral mais peut concerner n'importe
quel fragment du génome bactérien de taille convenable.
Ainsi, lors de la production des phages, des fragments d'ADN bactérien peuvent être encapsidés par erreur dans
des phages, formant des particules transductrices qui conservent les propriétés "infectieuses" des particules
virales normale.
Fixation de la particule transductrice sur une bactérie réceptrice et injection de l’ADN qui correspond à
n’importe quelle région du génome de la bactérie donatrice c'est une tranduction généralisée.
c-Transduction spécialisée :
Transducteur : bactériophage tempéré.
Transfert de gènes bien détermines, qui sont toujours les mêmes pour un phage donné.
*Pénétration du phage dans la bactérie.
*Intégration de l’ADN phagique au niveau d’un site bien déterminé du chromosome
bactérien prophage
*Le prophge se réplique en même temps que le chromosome.
*Occasionnellement induction du cycle lytique, excision du phage qui peut emporte avec lui un
fragment de l’ADN bactérien.

*La particule transductrice portant le fragment chromosomique, infecte d’autre bactérie.