05-JPT Methodologie Final

Bases Méthodologiques
de l’imagerie médicale
Pr. Jean-Pierre TASU,

CHU et Université de Poitiers
Objectifs
 Connaître les notions de :

 Bit, octet
 Pixel, voxel, matrice,
 Imagerie 2D, 3D et 4D
 Echelle de gris, échelle de couleur
 Résolution spatiale,
 Bruit, rapport signal sur bruit,
 Contraste, contraste sur bruit, détectabilité
 Fonction de transfert de modulation
 DQE
 Norme DICOM
 Compression numérique,
 Signal, échantillonage
 Fonction porte,
 Transformation de Fourier
 Filtre passe bas et passe haut
Plan du cours
 Caractéristiques d’une image numérique et les

propriétés des systèmes
 Stockage et échange des images numériques
 Notion sur le signal en imagerie

Caractéristique d’une image numérique
Une image médicale est

numérique
En informatique, l’information est codé de façon binaire ;

- C’est à dire codé 0 ou 1 (binaire)
- 1 bit = 0 ou 1, ouvert ou fermé, noir ou blanc
- 2 bits = 2 x 2 possibilités (00/01/10/11)
- 8 bits = 28 soit 256 possibilités (soit 256 valeurs différentes à
partir d’un codage 0000000 à 1111111)
- 8 bits = 1 octet
-1 kilo octet = 1 Ko = 2 10 octets

-1 méga octet = 1 Mo= 2 20 octets
-1 giga octet = 1 Go = 2 30 octets
Aspects
dimensionnels
(2D, 3D, 4D)
taille du pixel
~ 1 mm champ de vue
~ 20 cm
Pixel = unité élémentaire de l’image (picture x element)

Matrice : nombre de pixels dans le champ de vue (ici 200)
- souvent 2n (64, 128, 256, 512…) ou proche (192 = 3x64)
n Pixel, champ de vue et matrice se déduisent l’un de

l’autre selon la formule;
Pixel = Champ de vue/ Matrice
n Exemple;
Dans les pays anglo saxons, on parle parfois de DPI (dot per
inch) pour donner la taille du pixel :
150 DPI = 0,168 mm
300 DPI = 0,084 mm
Ainsi un système d’imagerie 43 x 43 cm avec une matrice

3000 (9 millions de pixels de 0,143) est proche de 150 DPI.
1 inch =2,54 cm
Dimensions de l’image
En imagerie il peut y avoir deux approches :
2 multi-coupes vrai 3D
pas de distinction si nette…
VOXEL = Volume x Element
Volume élémentaire d’une image 3D (ou d’une 2D en

considérant l’épaisseur de coupe)
La 4D : temps
Résolution temporelle : nombre d’images intégralement acquises
par unité de temps
si une image est acquise en 200 ms : 5 images / seconde (par abus
de langage : « résolution » de 200 ms)
Attention aux interpolations (ex.: image cardiaque en IRM) ou

rafraichissement partiels de l’image (« keyhole ») = fausse
amélioration de la résolution temporelle
Résolution temporelle vraie
Résolution temporelle apparente t

Signal, contraste, bruit, RS
Le signal dans
l’image
Signal :
signal
= intensité du pixel
nombre caractérisant
la mesure physique
Unité Hounsfield par ex.

…
127
141
141
0
78
147
253
…
chaque pixel est codé en 8 bits (28=256 possibilités)

À chaque valeur, on donne une correspondance en niveau de gris
2 niveaux de gris
8 niveaux
L’œil humain voit environ 200-

250 niveaux de gris….
Attention, même si le système propose 256 niveaux de gris, l’écran n’est

pas toujours capable de les afficher… 256 niveaux
niveau Principe du fenêtrage

de gris
en TDM :
250 niveaux soit 8 bits
2000 niveaux HU
256 niveaux de gris
Sir Godfrey Hounsfield
signal
2000 niveaux de physique
densité différents
En imagerie couleur, le codage se fait en rouge vert bleu (RVB) :
- Le codage couleur se fait sur un octet (= 8 bits)

- Chaque pixel peut avoir 3 octets soit 24 bits (donc 0 à 255
pour le rouge, le vert ou le bleu)
- soit 256x 256 x 256 valeurs = plus de 16 millions de couleurs
possibles par pixels
L’œil humain voit

environ 2 millions de
couleurs….
Palette de couleur en 24 bits

Le contraste dans
l’image
Contraste :
0-1 0,5 -1 0,75 -1 0,9 -1
K K K K
C=1 C = 0,33 C = 0,14 C = 0,05
I1  I 2
Contraste 
I1  I 2
K K K K
On peut jouer avec le contraste en imagerie numérique :
Le bruit
Les rapports S/B, C/B
Signal :
Certain = déterministe
+ =
Bruit :
Aléatoire
Bruit :
1- le bruit est le signal aléatoire provenant du système,

de l’environnement…
2- Il est TOUJOURS présent +++
3- Il VARIE dans le temps +++
Bruit + objet = image finale
t1
t2
t3
Attention ! Le bruit n’est pas un parasite

signal

0
n
temps
Variation au cours du temps

Rapport signal sur bruit (RSB) = Signal to noise ratio (SNR)
Signal
RSB 

valeur du signal

écart-type du signal dans le temps sur 1 pixel
Impose de répéter les acquisitions
 Écart type (= Racine Carrée de la Variance)

En pratique, on utilise une valeur estimée :
valeur du signal
RSB 
écart-type du signal dans une région vide de signal
moyenne  signal
RSB
écart-type  bruit
Le rapport contraste-sur-bruit (RCB)
I1  I 2
RCB 

C’est donc la différence du signal dans deux zones

rapportée à l’écart type du bruit
contraste
/ bruit 1 0,6 0,3 0,1
0,1 10 6 3 1
détectabilité des lésions :

0,25 4 RCB >2,41 1,2 0,4
0,5 2 1,2 0,6 0,2
1,0 1 0,6 0,3 0,1

Signal, contraste, détectabilité, RS
La détectabilité se définit par le produit du

contraste et du rapport S/B
 I1  I 2  S
Détectabilité   
 I1  I 2  B
Signal, contraste, détectabilité, RS
n Attention ; détectabilité≠ résolution spatiale
< Au TEP scanner, résolution spatiale de 1 cm mais détection

possible de lésions plus petites si elles fixent beaucoup
< En TDM, des lésions supra centimétriques hypodenses

peuvent ne pas être vues dans un foie de stéatose
< ETC...
La résolution spatiale
 Intuitivement, la résolution spatiale est la

capacité à voir les détails de l’objet
 Donc, ce serait un peu comme la détectabilité, non?

 En gros, c’est la taille des pixels, non??
La taille du pixel est
évidement un facteur
Paramètres Résolution spatiale Résolution en contraste

Bruit rapport S/B
Foyer du tube à
rayons X
Pixel
Champ de vue
Matrice
Filtration
Lissage
Accentuation
Filtration temporelle
Résolution
La résolutionspatiale capacité
spatiale= définie end’un
pairesystème
de lignes à séparer un certain
est à contraste nombre
maximum;
de lignes (ou pairesce
den’est
lignes)
paspar unitéendeimagerie…
le cas longueur
1 cm
- 5 par cm = 5 cm-1
Par abus de langage : 1/5 = 0,2 cm

soit une résolution spatiale de 2 mm
Comment pourrait-on résumer les
caractéristiques du système?
BRUIT
CONTRASTE
RÉSOLUTION SPATIALE
La FTM
La Fonction de Transfert de Modulation, (FTM en Français ou MTF en

Anglais), est ;
- une présentation synthétique qui caractérise un système en tenant
compte du contraste et de la résolution d’un système
- souvent illustrée sous forme d’une courbe
100% 2ième Définition de la résolution spatiale

contraste
La résolution spatiale du système est la

fréquence correspondant à 10% de contraste
50%
10%
Mais on n’a pas introduit le bruit généré par le
15 30 système 45 60
Fréquence ou
paire de lignes
L’efficasité quantique de détection
-L'efficacité quantique de détection (désignée en anglais DQE pour

Detective Quantum Efficiency) est une mesure combinant les effets du
bruit et du contraste d'un système d'imagerie, exprimée en fonction du
niveau de détail ou de la fréquence spatiale.
- Se déduit de la FTM
- Très utilisée en imagerie numérique pour comparer les système
En pratique ;
-Système parfait ; 100% (ou 1)
-Réalité; entre 50 et 80% (0,5 à 0,8)
3ième définition de la 10%

résolution spatiale
Détecteur DRX plus 3543 Détecteur DRX 1
Plan du cours


Stockage et échanges des images
DICOM (digital imaging and communication in medecine)

- norme de format du fichier d’images médicales
- Crée en 1985
- NEMA : National Electric Manufacturers Association
+ ACR : American College of Radiologists
- un seul fichier
- DICOM régit aussi

les échanges d’images entre machines
l’archivage
la préparation de l’arrivée du patient
…
largeur x = 256
hauteur y = 256
largeur pixel = 2,3 mm
hauteur pixel = 2,3 mm
nombre d’octets = 2 / pixel
modalité = IRM
champ magnétique = 3 T
nom patient = bidule truc machin
...
12 128 34 67 0 1 12 67
0 123 87 99 3 3 21 33
88 221 75 56 8 9 45 43
98 137 88 96 5 0 0 32
... soit un seul fichier
HL7 (Health Level seven international)
- Système de partage d’échange et d’intégration des

informations médicales
- Crée en 1987
- Données cliniques, administratives et financières
- Permet la communication entre les systèmes

informatiques hospitaliers (SIH)
HL7 Hospital
HL7
Shéma d’un système d’imagerie moderne

La compression
Compression non destructive : repérer les similitudes
Au lieu de
0000000000000000000000000
0000000000000000000000000
0000000000000000000000000
0000000000000000000000000
écrire :
100  0 !
IL S AGIT DU BUS PRINCIPAL QUI RELIE LE

MICROPROCESSEUR AU RESTE DES COMPOSANTS EN
PARTICULIER A LA MEMOIRE VIVE RAM C EST LE BUS LE
PLUS RAPIDE EN DEHORS DU BUS INTERNE AU
MICROPROCESSEUR ACTUELLEMENT AUTOUR DE 1 GO S
CE BUS EST RELIE A D AUTRES BUS PLUS LENTS PAR L
INTERMEDIAIRE DE PONTS BRIDGES DANS DES CIRCUITS
APPELES CONTROLEURS DE BUS
345
caractères
IL S AGIT DU BUS PRINCIPAL QUI RELIE LE

K AU RESTE DES COMPOSANTS EN
PARTICULIER A LA MEMOIRE VIVE RAM C EST LE BUS LE
PLUS RAPIDE EN DEHORS DU BUS INTERNE AU
K ACTUELLEMENT AUTOUR DE 1 GO S CE
BUS EST RELIE A D AUTRES BUS PLUS LENTS PAR L
APPELES CONTROLEURS DE BUS
MICROPROCESSEUR  K
IL S AGIT DU Z PRINCIPAL QUI RELIE LE

K AU RESTE DES COMPOSANTS EN
PARTICULIER A LA MEMOIRE VIVE RAM C EST LE Z LE
PLUS RAPIDE EN DEHORS DU Z INTERNE AU
BUS EST RELIE A D AUTRES Z PLUS LENTS PAR L
APPELES CONTROLEURS DE Z
BUS  Z

K AU RJE DES COMPOSANTS EN
PARTICULIER A LA MEMOIRE VIVE RAM C J LE Z LE
BUS J RELIE A D AUTRES Z PLUS LENTS PAR L
APPELES CONTROLEURS DE Z
EST  J

K AU RJE DES COMPOSANTS EN
PARTICULIER A LA MEMOIRE VIVE RAM C J W Z W
K ACTUELWMENT AUTOUR DE 1 GO S CE
BUS J RELIE A D AUTRES Z PLUS WNTS PAR L
APPEWS CONTROWURS DE Z
LE  W

K AU RJE DX COMPOSANTS EN
PARTICULIER A LA MEMOIRE VIVE RAM C J W Z W
INTERMEDIAIRE DE PONTS BRIDGX DANS DX CIRCUITS
ES  X

PARTICULIER A LA MEMOY VIVE RAM C J W Z W
INTERMEDIAY DE PONTS BRIDGX DANS DX CIRCUITS
IRE  Y

PARTICULIF A LA MEMOY VIVE RAM C J W Z W
PLUS RAPIDE EN DEHORS DU Z INTFNE AU
INTFMEDIAY DE PONTS BRIDGX DANS DX CIRCUITS
APPEWS CONTROWURS DE ZF
ER  F

PARTICULIF A LA MEMOY VIVE RAM C J W Z W
PLUS RAPIDE EN DEHORS DU Z INTFNE AU
INTFMEDIAY DE PONTS BRIDGX DANS DX CIRCUITS
APPEWS CONTROWURS DE ZF
281
caractères
345  281 = compression de 19 %
Compression non destructive : l’image initiale est

parfaitement restituée
Compression destructive : exemple du JPEG
JEPG = Joint Photographic Experts Group

/200
Plan du cours


Notion de signal
n Signal = toutes grandeurs physiques susceptibles

de variations
n Signaux
– Certains; fonction sinus…
– Aléatoires; bruit par exemple
– Analogiques; infinités d’états

– Numériques; nombre limité et discret d’états
Notion de signal
Signal f(t)
Réalité
Représentation de la réalité
Notion de signal
 Tous systèmes dégradent la réalité
cerveau
SYSTÈME
Téléphone
Notion de signal
SYSTEME: DEFORMATION & BRUIT
Déformation
ex: téléphone
constante
+ Bruit: Aléatoire
La FONCTION qui permet de connaître la déformation est la
CONVOLUTION
Notion de signal
Une convolution est le produit de 2 fonctions
Par exemple la fonction « son »
Par exemple la fonction « propriétés du micro »

Notion de signal
Notion de signal
Notion de signal
Notion de signal
Notion de signal
Notion de signal
Notion de signal et de systèmes
la fonction « son »
la fonction « propriétés du micro »

Notion de signal
n La convolution permet d’obtenir ;

– Le son résultant de l’enregistrement du micro (signal
sonore x fonction du micro)
La convolution du signal d’entrée

par la fonction micro donne le
signal de sortie
Notion de signal
n La convolution permet par exemple d’obtenir ;

– La courbe plasmatique d’un produit de contraste
injection
courbe plasmatique
t
iv iv perf
élimination rénale t
t
EXEMPLE DE CONVOLUTION APPLIQUEE AUX
MODELES DES COMPARTIMENTS
Notion de signal
Mais il existe aussi une autre approche

possible du signal…
Notion de signal
L’approche spectrale
Le son est une

fréquence
résultant de
plusieurs
fréquences
Notion de signal
Exemple de 3 fréquences fondamentales

1
-
1
t
1
-
1
f
-
1
-
1
-
2
L’opération qui permet de passer de l’espace temporel à l’espace

fréquentiel est la transformation de Fourier Joseph
Fourier
Notion de signal
La Transformation de Fourier : c’est quoi?

Produit une fréquence (un son), somme de la fréquence de
chaque instrument
LA TF restitue la fréquence (le son) de chaque instrument

Notion de signal
TF d’un sinus d’une fonction porte
Un Dirac
Signal mesure
Notion de signal
TF d’une fonction tronquée
TF
TF
Notion de signal
En imagerie, l’information est donc disponible sous 2 formes;
Espace image Espace k de Fourier

y f
TF
x t
Chorale de radiologues…. TF-1

Notion de signal
Dans l’espace k, la répartition des informations n’est pas

identiques à l’espace image :
k Y
Y
TF
kX X
Notion de signal

TF
Notion de signal

TF
Notion de signal
Pour corriger les défauts des systèmes on applique des filtres

- filtre passe bas (laisse passer les basses fréquences)
- filtre passe haut (qui laisse passer les hautes fréquences)
TF
Un filtre passe bas
préserve les
contrastes mais
diminue la netteté
Un filtre passe haut

TF
accentue la netteté
et diminue le
contraste
Fonction de transfert de modulation
de l’image
contraste
fréquence
M.COULOMB & Col. : La radiographie numérique. Feuillets de radiologie.1992 ,

Image native Filtre mou, passe bas
FTM de l’image FTM de l’image

contraste
contraste
fréquence fréquence
Image de contours Filtre dur, passe haut
FTM de l’image FTM de l’image

contraste
contraste
fréquence fréquence
Amélioration de la netteté
Sans filtre
(filtre passe haut)
Notion de signal
TDM poumon filtre dur (passe haut)
Applications du filtrage ;
Amélioration des contrastes
(filtre passe bas)
TDM standard (basse bas)

Amélioration de la netteté
(filtre passe haut)
Notion de signal
système
Signal d’entrée Signal de sortie

Convolution
TF TF-1 TF TF-1
Spectre de Spectre de
fréquences Convolution sortie
Les autres paramètres d’un système
utilisant les rayons X
Les autres paramètres définissant un système
Autres paramètres de quantification d’un système à rayons X ;
- La sensibilité qui correspond à la plus petite variation d'absorption

des rayons X que l'on arrive à mesurer. Elle se mesure en μGy
typiquement.
- La dynamique vraie de l'image correspond au rapport de l'amplitude
du signal non atténuée sur l'amplitude du bruit du signal le plus
atténué
- Résistance à l’exposition aux rayons X (= durée de vie)
- Uniformité de réponse (sur la surface du détecteur)
- Linéarité de la réponse (selon l’énergie des photons X)
Conclusion
 Les notions vues dans ce cours sont INDISPENSABLES

à l’utilisation optimale de l’imagerie médicale moderne
 J’espère avoir montré que cela ne nécessite pas d’être

mathématicien…
Merci de votre attention

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Pr. Jean-Pierre TASU,

 Connaître les notions de :

 Caractéristiques d’une image numérique et les

 Stockage et échange des images numériques

 Notion sur le signal en imagerie

Une image médicale est

En informatique, l’information est codé de façon binaire ;

-1 kilo octet = 1 Ko = 2 10 octets

Pixel = unité élémentaire de l’image (picture x element)

n Pixel, champ de vue et matrice se déduisent l’un de

Pixel = Champ de vue/ Matrice

Ainsi un système d’imagerie 43 x 43 cm avec une matrice

En imagerie il peut y avoir deux approches :

VOXEL = Volume x Element

Volume élémentaire d’une image 3D (ou d’une 2D en

Attention aux interpolations (ex.: image cardiaque en IRM) ou

Résolution temporelle apparente t

Unité Hounsfield par ex.

chaque pixel est codé en 8 bits (28=256 possibilités)

L’œil humain voit environ 200-

Attention, même si le système propose 256 niveaux de gris, l’écran n’est

niveau Principe du fenêtrage

Sir Godfrey Hounsfield

En imagerie couleur, le codage se fait en rouge vert bleu (RVB) :

- Le codage couleur se fait sur un octet (= 8 bits)

L’œil humain voit

Palette de couleur en 24 bits

0-1 0,5 -1 0,75 -1 0,9 -1

1- le bruit est le signal aléatoire provenant du système,

Bruit + objet = image finale

Attention ! Le bruit n’est pas un parasite

Variation au cours du temps

Rapport signal sur bruit (RSB) = Signal to noise ratio (SNR)

Impose de répéter les acquisitions

 Écart type (= Racine Carrée de la Variance)

En pratique, on utilise une valeur estimée :

Le rapport contraste-sur-bruit (RCB)

C’est donc la différence du signal dans deux zones

détectabilité des lésions :

0,5 2 1,2 0,6 0,2

1,0 1 0,6 0,3 0,1

La détectabilité se définit par le produit du

n Attention ; détectabilité≠ résolution spatiale

< Au TEP scanner, résolution spatiale de 1 cm mais détection

< En TDM, des lésions supra centimétriques hypodenses

 Intuitivement, la résolution spatiale est la

 Donc, ce serait un peu comme la détectabilité, non?

Paramètres Résolution spatiale Résolution en contraste

Par abus de langage : 1/5 = 0,2 cm

La Fonction de Transfert de Modulation, (FTM en Français ou MTF en

100% 2ième Définition de la résolution spatiale

La résolution spatiale du système est la

-L'efficacité quantique de détection (désignée en anglais DQE pour

3ième définition de la 10%

 Caractéristiques d’une image numérique et les

 Stockage et échange des images numériques

 Notion sur le signal en imagerie

DICOM (digital imaging and communication in medecine)

- DICOM régit aussi

HL7 (Health Level seven international)