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Bases Méthodologiques

de l’imagerie médicale

Pr. Jean-Pierre TASU,


CHU et Université de Poitiers
Objectifs

 Connaître les notions de :


 Bit, octet
 Pixel, voxel, matrice,
 Imagerie 2D, 3D et 4D
 Echelle de gris, échelle de couleur
 Résolution spatiale,
 Bruit, rapport signal sur bruit,
 Contraste, contraste sur bruit, détectabilité
 Fonction de transfert de modulation
 DQE
 Norme DICOM
 Compression numérique,
 Signal, échantillonage
 Fonction porte,
 Transformation de Fourier
 Filtre passe bas et passe haut
Plan du cours

 Caractéristiques d’une image numérique et les


propriétés des systèmes

 Stockage et échange des images numériques

 Notion sur le signal en imagerie


Caractéristique d’une image numérique

Une image médicale est


numérique
Caractéristique d’une image numérique

En informatique, l’information est codé de façon binaire ;


- C’est à dire codé 0 ou 1 (binaire)
- 1 bit = 0 ou 1, ouvert ou fermé, noir ou blanc
- 2 bits = 2 x 2 possibilités (00/01/10/11)
- 8 bits = 28 soit 256 possibilités (soit 256 valeurs différentes à
partir d’un codage 0000000 à 1111111)

- 8 bits = 1 octet

-1 kilo octet = 1 Ko = 2 10 octets


-1 méga octet = 1 Mo= 2 20 octets
-1 giga octet = 1 Go = 2 30 octets
Caractéristique d’une image numérique

Aspects
dimensionnels
(2D, 3D, 4D)
Caractéristique d’une image numérique

taille du pixel
~ 1 mm champ de vue
~ 20 cm

Pixel = unité élémentaire de l’image (picture x element)


Matrice : nombre de pixels dans le champ de vue (ici 200)
- souvent 2n (64, 128, 256, 512…) ou proche (192 = 3x64)
Caractéristique d’une image numérique

n Pixel, champ de vue et matrice se déduisent l’un de


l’autre selon la formule;

Pixel = Champ de vue/ Matrice

n Exemple;
Caractéristique d’une image numérique

Dans les pays anglo saxons, on parle parfois de DPI (dot per
inch) pour donner la taille du pixel :
150 DPI = 0,168 mm
300 DPI = 0,084 mm

Ainsi un système d’imagerie 43 x 43 cm avec une matrice


3000 (9 millions de pixels de 0,143) est proche de 150 DPI.

1 inch =2,54 cm
Dimensions de l’image

En imagerie il peut y avoir deux approches :

2 multi-coupes vrai 3D
pas de distinction si nette…
Dimensions de l’image

VOXEL = Volume x Element

Volume élémentaire d’une image 3D (ou d’une 2D en


considérant l’épaisseur de coupe)
Dimensions de l’image

La 4D : temps
Résolution temporelle : nombre d’images intégralement acquises
par unité de temps
si une image est acquise en 200 ms : 5 images / seconde (par abus
de langage : « résolution » de 200 ms)

Attention aux interpolations (ex.: image cardiaque en IRM) ou


rafraichissement partiels de l’image (« keyhole ») = fausse
amélioration de la résolution temporelle
Résolution temporelle vraie

Résolution temporelle apparente t


Signal, contraste, bruit, RS

Le signal dans
l’image
Signal, contraste, bruit, RS

Signal :

signal
= intensité du pixel
nombre caractérisant
la mesure physique

Unité Hounsfield par ex.


Signal, contraste, bruit, RS


127
141
141
0
78
147
253

chaque pixel est codé en 8 bits (28=256 possibilités)


À chaque valeur, on donne une correspondance en niveau de gris
Signal, contraste, bruit, RS

2 niveaux de gris

8 niveaux

L’œil humain voit environ 200-


250 niveaux de gris….

Attention, même si le système propose 256 niveaux de gris, l’écran n’est


pas toujours capable de les afficher… 256 niveaux
Signal, contraste, bruit, RS

niveau Principe du fenêtrage


de gris
en TDM :
250 niveaux soit 8 bits

2000 niveaux HU
256 niveaux de gris

Sir Godfrey Hounsfield

signal
2000 niveaux de physique
densité différents
Signal, contraste, bruit, RS

En imagerie couleur, le codage se fait en rouge vert bleu (RVB) :

- Le codage couleur se fait sur un octet (= 8 bits)


- Chaque pixel peut avoir 3 octets soit 24 bits (donc 0 à 255
pour le rouge, le vert ou le bleu)
- soit 256x 256 x 256 valeurs = plus de 16 millions de couleurs
possibles par pixels

L’œil humain voit


environ 2 millions de
couleurs….

Palette de couleur en 24 bits


Signal, contraste, bruit, RS

Le contraste dans
l’image
Signal, contraste, bruit, RS

Contraste :

0-1 0,5 -1 0,75 -1 0,9 -1

K K K K
C=1 C = 0,33 C = 0,14 C = 0,05

I1  I 2
Contraste 
I1  I 2
Signal, contraste, bruit, RS

K K K K
On peut jouer avec le contraste en imagerie numérique :
Signal, contraste, bruit, RS

Le bruit
Les rapports S/B, C/B
Signal, contraste, bruit, RS

Signal :
Certain = déterministe

+ =
Bruit :

Aléatoire
Signal, contraste, bruit, RS

Bruit :

1- le bruit est le signal aléatoire provenant du système,


de l’environnement…
2- Il est TOUJOURS présent +++
3- Il VARIE dans le temps +++
Signal, contraste, bruit, RS

Bruit + objet = image finale

t1

t2

t3
Signal, contraste, bruit, RS
Signal, contraste, bruit, RS

Attention ! Le bruit n’est pas un parasite


Signal, contraste, bruit, RS

signal


0

n
temps

Variation au cours du temps


Signal, contraste, bruit, RS

Rapport signal sur bruit (RSB) = Signal to noise ratio (SNR)

Signal
RSB 

valeur du signal

écart-type du signal dans le temps sur 1 pixel

Impose de répéter les acquisitions

 Écart type (= Racine Carrée de la Variance)


Signal, contraste, bruit, RS

En pratique, on utilise une valeur estimée :

valeur du signal
RSB 
écart-type du signal dans une région vide de signal

moyenne  signal

RSB
écart-type  bruit
Signal, contraste, bruit, RS

Le rapport contraste-sur-bruit (RCB)

I1  I 2
RCB 

C’est donc la différence du signal dans deux zones


rapportée à l’écart type du bruit
Signal, contraste, bruit, RS

contraste
/ bruit 1 0,6 0,3 0,1

0,1 10 6 3 1

détectabilité des lésions :


0,25 4 RCB >2,41 1,2 0,4

0,5 2 1,2 0,6 0,2

1,0 1 0,6 0,3 0,1


Signal, contraste, détectabilité, RS

La détectabilité se définit par le produit du


contraste et du rapport S/B

 I1  I 2  S
Détectabilité   
 I1  I 2  B
Signal, contraste, détectabilité, RS

n Attention ; détectabilité≠ résolution spatiale

< Au TEP scanner, résolution spatiale de 1 cm mais détection


possible de lésions plus petites si elles fixent beaucoup

< En TDM, des lésions supra centimétriques hypodenses


peuvent ne pas être vues dans un foie de stéatose

< ETC...
Signal, contraste, bruit, RS

La résolution spatiale
Signal, contraste, bruit, RS

 Intuitivement, la résolution spatiale est la


capacité à voir les détails de l’objet

 Donc, ce serait un peu comme la détectabilité, non?


 En gros, c’est la taille des pixels, non??
La taille du pixel est
évidement un facteur
Signal, contraste, bruit, RS

Paramètres Résolution spatiale Résolution en contraste


Bruit rapport S/B
Foyer du tube à
rayons X
Pixel
Champ de vue
Matrice
Filtration
Lissage
Accentuation

Filtration temporelle
Signal, contraste, bruit, RS

Résolution
La résolutionspatiale capacité
spatiale= définie end’un
pairesystème
de lignes à séparer un certain
est à contraste nombre
maximum;
de lignes (ou pairesce
den’est
lignes)
paspar unitéendeimagerie…
le cas longueur

1 cm
- 5 par cm = 5 cm-1

Par abus de langage : 1/5 = 0,2 cm


soit une résolution spatiale de 2 mm
Comment pourrait-on résumer les
caractéristiques du système?

BRUIT
CONTRASTE
RÉSOLUTION SPATIALE
La FTM

La Fonction de Transfert de Modulation, (FTM en Français ou MTF en


Anglais), est ;
- une présentation synthétique qui caractérise un système en tenant
compte du contraste et de la résolution d’un système
- souvent illustrée sous forme d’une courbe

100% 2ième Définition de la résolution spatiale


contraste

La résolution spatiale du système est la


fréquence correspondant à 10% de contraste

50%

10%
Mais on n’a pas introduit le bruit généré par le
15 30 système 45 60
Fréquence ou
paire de lignes
L’efficasité quantique de détection

-L'efficacité quantique de détection (désignée en anglais DQE pour


Detective Quantum Efficiency) est une mesure combinant les effets du
bruit et du contraste d'un système d'imagerie, exprimée en fonction du
niveau de détail ou de la fréquence spatiale.
- Se déduit de la FTM
- Très utilisée en imagerie numérique pour comparer les système

En pratique ;
-Système parfait ; 100% (ou 1)
-Réalité; entre 50 et 80% (0,5 à 0,8)

3ième définition de la 10%


résolution spatiale
Détecteur DRX plus 3543 Détecteur DRX 1
Plan du cours

 Caractéristiques d’une image numérique et les


propriétés des systèmes

 Stockage et échange des images numériques

 Notion sur le signal en imagerie


Stockage et échanges des images

DICOM (digital imaging and communication in medecine)


- norme de format du fichier d’images médicales
- Crée en 1985
- NEMA : National Electric Manufacturers Association
+ ACR : American College of Radiologists

- un seul fichier

- DICOM régit aussi


les échanges d’images entre machines
l’archivage
la préparation de l’arrivée du patient

Stockage et échanges des images

largeur x = 256
hauteur y = 256
largeur pixel = 2,3 mm
hauteur pixel = 2,3 mm
nombre d’octets = 2 / pixel
modalité = IRM
champ magnétique = 3 T
nom patient = bidule truc machin
...

12 128 34 67 0 1 12 67
0 123 87 99 3 3 21 33
88 221 75 56 8 9 45 43
98 137 88 96 5 0 0 32
... soit un seul fichier
Stockage et échanges des images

HL7 (Health Level seven international)

- Système de partage d’échange et d’intégration des


informations médicales
- Crée en 1987

- Données cliniques, administratives et financières

- Permet la communication entre les systèmes


informatiques hospitaliers (SIH)
Stockage et échanges des images

HL7 Hospital

HL7

Shéma d’un système d’imagerie moderne


Stockage et échanges des images

La compression
Stockage et échanges des images

Compression non destructive : repérer les similitudes

Au lieu de
0000000000000000000000000
0000000000000000000000000
0000000000000000000000000
0000000000000000000000000
écrire :
100  0 !
Stockage et échanges des images

IL S AGIT DU BUS PRINCIPAL QUI RELIE LE


MICROPROCESSEUR AU RESTE DES COMPOSANTS EN
PARTICULIER A LA MEMOIRE VIVE RAM C EST LE BUS LE
PLUS RAPIDE EN DEHORS DU BUS INTERNE AU
MICROPROCESSEUR ACTUELLEMENT AUTOUR DE 1 GO S
CE BUS EST RELIE A D AUTRES BUS PLUS LENTS PAR L
INTERMEDIAIRE DE PONTS BRIDGES DANS DES CIRCUITS
APPELES CONTROLEURS DE BUS

345
caractères
Stockage et échanges des images

IL S AGIT DU BUS PRINCIPAL QUI RELIE LE


K AU RESTE DES COMPOSANTS EN
PARTICULIER A LA MEMOIRE VIVE RAM C EST LE BUS LE
PLUS RAPIDE EN DEHORS DU BUS INTERNE AU
K ACTUELLEMENT AUTOUR DE 1 GO S CE
BUS EST RELIE A D AUTRES BUS PLUS LENTS PAR L
INTERMEDIAIRE DE PONTS BRIDGES DANS DES CIRCUITS
APPELES CONTROLEURS DE BUS

MICROPROCESSEUR  K
Stockage et échanges des images

IL S AGIT DU Z PRINCIPAL QUI RELIE LE


K AU RESTE DES COMPOSANTS EN
PARTICULIER A LA MEMOIRE VIVE RAM C EST LE Z LE
PLUS RAPIDE EN DEHORS DU Z INTERNE AU
K ACTUELLEMENT AUTOUR DE 1 GO S CE
BUS EST RELIE A D AUTRES Z PLUS LENTS PAR L
INTERMEDIAIRE DE PONTS BRIDGES DANS DES CIRCUITS
APPELES CONTROLEURS DE Z

BUS  Z
Stockage et échanges des images

IL S AGIT DU Z PRINCIPAL QUI RELIE LE


K AU RJE DES COMPOSANTS EN
PARTICULIER A LA MEMOIRE VIVE RAM C J LE Z LE
PLUS RAPIDE EN DEHORS DU Z INTERNE AU
K ACTUELLEMENT AUTOUR DE 1 GO S CE
BUS J RELIE A D AUTRES Z PLUS LENTS PAR L
INTERMEDIAIRE DE PONTS BRIDGES DANS DES CIRCUITS
APPELES CONTROLEURS DE Z

EST  J
Stockage et échanges des images

IL S AGIT DU Z PRINCIPAL QUI RELIE LE


K AU RJE DES COMPOSANTS EN
PARTICULIER A LA MEMOIRE VIVE RAM C J W Z W
PLUS RAPIDE EN DEHORS DU Z INTERNE AU
K ACTUELWMENT AUTOUR DE 1 GO S CE
BUS J RELIE A D AUTRES Z PLUS WNTS PAR L
INTERMEDIAIRE DE PONTS BRIDGES DANS DES CIRCUITS
APPEWS CONTROWURS DE Z

LE  W
Stockage et échanges des images

IL S AGIT DU Z PRINCIPAL QUI RELIE LE


K AU RJE DX COMPOSANTS EN
PARTICULIER A LA MEMOIRE VIVE RAM C J W Z W
PLUS RAPIDE EN DEHORS DU Z INTERNE AU
K ACTUELWMENT AUTOUR DE 1 GO S CE
BUS J RELIE A D AUTRES Z PLUS WNTS PAR L
INTERMEDIAIRE DE PONTS BRIDGX DANS DX CIRCUITS
APPEWS CONTROWURS DE Z

ES  X
Stockage et échanges des images

IL S AGIT DU Z PRINCIPAL QUI RELIE LE


K AU RJE DX COMPOSANTS EN
PARTICULIER A LA MEMOY VIVE RAM C J W Z W
PLUS RAPIDE EN DEHORS DU Z INTERNE AU
K ACTUELWMENT AUTOUR DE 1 GO S CE
BUS J RELIE A D AUTRES Z PLUS WNTS PAR L
INTERMEDIAY DE PONTS BRIDGX DANS DX CIRCUITS
APPEWS CONTROWURS DE Z

IRE  Y
Stockage et échanges des images

IL S AGIT DU Z PRINCIPAL QUI RELIE LE


K AU RJE DX COMPOSANTS EN
PARTICULIF A LA MEMOY VIVE RAM C J W Z W
PLUS RAPIDE EN DEHORS DU Z INTFNE AU
K ACTUELWMENT AUTOUR DE 1 GO S CE
BUS J RELIE A D AUTRES Z PLUS WNTS PAR L
INTFMEDIAY DE PONTS BRIDGX DANS DX CIRCUITS
APPEWS CONTROWURS DE ZF

ER  F
Stockage et échanges des images

IL S AGIT DU Z PRINCIPAL QUI RELIE LE


K AU RJE DX COMPOSANTS EN
PARTICULIF A LA MEMOY VIVE RAM C J W Z W
PLUS RAPIDE EN DEHORS DU Z INTFNE AU
K ACTUELWMENT AUTOUR DE 1 GO S CE
BUS J RELIE A D AUTRES Z PLUS WNTS PAR L
INTFMEDIAY DE PONTS BRIDGX DANS DX CIRCUITS
APPEWS CONTROWURS DE ZF

281
caractères

345  281 = compression de 19 %

Compression non destructive : l’image initiale est


parfaitement restituée
Stockage et échanges des images

Compression destructive : exemple du JPEG

JEPG = Joint Photographic Experts Group


Stockage et échanges des images

/200
Plan du cours

 Caractéristiques d’une image numérique et les


propriétés des systèmes

 Stockage et échange des images numériques

 Notion sur le signal en imagerie


Notion de signal

n Signal = toutes grandeurs physiques susceptibles


de variations

n Signaux
– Certains; fonction sinus…
– Aléatoires; bruit par exemple

– Analogiques; infinités d’états


– Numériques; nombre limité et discret d’états
Notion de signal

Signal f(t)

Réalité

Représentation de la réalité
Notion de signal

 Tous systèmes dégradent la réalité

cerveau

SYSTÈME

Téléphone
Notion de signal

SYSTEME: DEFORMATION & BRUIT

Déformation
ex: téléphone
constante

+ Bruit: Aléatoire
La FONCTION qui permet de connaître la déformation est la
CONVOLUTION
Notion de signal

Une convolution est le produit de 2 fonctions

Par exemple la fonction « son »

Par exemple la fonction « propriétés du micro »


Notion de signal
Notion de signal
Notion de signal
Notion de signal
Notion de signal
Notion de signal
Notion de signal et de systèmes

la fonction « son »

la fonction « propriétés du micro »


Notion de signal

n La convolution permet d’obtenir ;


– Le son résultant de l’enregistrement du micro (signal
sonore x fonction du micro)

La convolution du signal d’entrée


par la fonction micro donne le
signal de sortie
Notion de signal

n La convolution permet par exemple d’obtenir ;


– La courbe plasmatique d’un produit de contraste
injection
courbe plasmatique

t
iv iv perf

élimination rénale t

t
EXEMPLE DE CONVOLUTION APPLIQUEE AUX
MODELES DES COMPARTIMENTS
Notion de signal

Mais il existe aussi une autre approche


possible du signal…
Notion de signal

L’approche spectrale

Le son est une


fréquence
résultant de
plusieurs
fréquences
Notion de signal

Exemple de 3 fréquences fondamentales


1

-
1
t
1

-
1

f
-
1

-
1

-
2

L’opération qui permet de passer de l’espace temporel à l’espace


fréquentiel est la transformation de Fourier Joseph
Fourier
Notion de signal

La Transformation de Fourier : c’est quoi?


Produit une fréquence (un son), somme de la fréquence de
chaque instrument

LA TF restitue la fréquence (le son) de chaque instrument


Notion de signal

TF d’un sinus d’une fonction porte

Un Dirac

Signal mesure
Notion de signal

TF d’une fonction tronquée

TF

TF
Notion de signal

En imagerie, l’information est donc disponible sous 2 formes;

Espace image Espace k de Fourier


y f

TF

x t

Chorale de radiologues…. TF-1


Notion de signal

Dans l’espace k, la répartition des informations n’est pas


identiques à l’espace image :
k Y
Y

TF

kX X
Notion de signal

Dans l’espace k, la répartition des informations n’est pas


identiques à l’espace image :

TF
Notion de signal

Dans l’espace k, la répartition des informations n’est pas


identiques à l’espace image :

TF
Notion de signal

Pour corriger les défauts des systèmes on applique des filtres


- filtre passe bas (laisse passer les basses fréquences)
- filtre passe haut (qui laisse passer les hautes fréquences)

TF
Un filtre passe bas
préserve les
contrastes mais
diminue la netteté

Un filtre passe haut


TF
accentue la netteté
et diminue le
contraste
Fonction de transfert de modulation
de l’image
contraste

fréquence

M.COULOMB & Col. : La radiographie numérique. Feuillets de radiologie.1992 ,


Image native Filtre mou, passe bas

FTM de l’image FTM de l’image


contraste

contraste
fréquence fréquence

Image de contours Filtre dur, passe haut

FTM de l’image FTM de l’image


contraste

contraste
fréquence fréquence
Amélioration de la netteté
Sans filtre
(filtre passe haut)
Notion de signal
TDM poumon filtre dur (passe haut)

Applications du filtrage ;
Amélioration des contrastes
(filtre passe bas)

TDM standard (basse bas)


Amélioration de la netteté
(filtre passe haut)
Notion de signal

système

Signal d’entrée Signal de sortie


Convolution

TF TF-1 TF TF-1

Spectre de Spectre de
fréquences Convolution sortie
Les autres paramètres d’un système
utilisant les rayons X
Les autres paramètres définissant un système

Autres paramètres de quantification d’un système à rayons X ;

- La sensibilité qui correspond à la plus petite variation d'absorption


des rayons X que l'on arrive à mesurer. Elle se mesure en μGy
typiquement.
- La dynamique vraie de l'image correspond au rapport de l'amplitude
du signal non atténuée sur l'amplitude du bruit du signal le plus
atténué
- Résistance à l’exposition aux rayons X (= durée de vie)
- Uniformité de réponse (sur la surface du détecteur)
- Linéarité de la réponse (selon l’énergie des photons X)
Conclusion

 Les notions vues dans ce cours sont INDISPENSABLES


à l’utilisation optimale de l’imagerie médicale moderne

 J’espère avoir montré que cela ne nécessite pas d’être


mathématicien…
Merci de votre attention

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