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Curso: Biotecnologia
Professor: Ane Hackbart de Medeiros
Disciplina: Biologia Molecular
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Índice
Índice..............................................................................................................3
Drosophila.................................................................................................10
Formação de sinapses...............................................................................10
Em plantas................................................................................................11
Noise em Splicings.......................................................................................14
Conclusão.....................................................................................................18
Glossário...................................................................................................... 19
Referências Bibliográficas:...........................................................................20
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Introdução
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A classificão em cinco classes feita por alguns autores ocorrem quando
subdividem a classificação 2 em dois grupos, sendo um referente à “isoforma
do exon” e o outro, à “isoforma do intron”. A classe faltante para a divisão em
cinco grupos provém da classificação do mutuamente exclusivo de exons como
outro grupo e não um caso específico de 1 ( Sakabe, 2006).
Um termo importante de ressalvar e frequentemente utilizada é “exon
constitutivo” que define exons que aparecem sempre da mesma forma no
RNAm maduro. A utilização do termo é flexível, pode se considerar constitutivo
aquele exon que é sempre incluído mesmo que sofra aumento ou diminuição
de seu tamanho pelo uso de sítios de splice alternativo, por exemplo ( Sakabe,
2006).
Nos últimos anos tem sido realizado um número grande de trabalhos
envolvendo splicing alternativo por isso existe uma literatura que abrange
desde a frequência do fenômeno em diversos organismos, seu possível
impacto funcional, até as formas de regulação e sua relação com a evolução
(Sakabe, 2006). O objetivo do trabalho é focar na relação entre splicing
alternativo gerando variabilidade tanto fenotípica quanto genética e, a partir
disso, uma possível relação com aspectos da evolução.
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Identificação de Splicing Alternativo
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gene são também denominados evidências de splicing alternativo ( Sakabe,
2006).
Como o tamanho do cluster representa o número de transcritos
produzidos por um gene, há uma certa relação deste valor com o nível de
expressão gênica. Com base na idéia de que características conservadas entre
organismos estão sob pressão seletiva e são portanto indicativos de função
biológica, a comparação de características biológicas entre organismos é
extremamente útil e recebe o nome de Genômica Comparativa ( Sakabe,
2006).
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em receptores com funções no sistema imune e no nervoso, já enzimas
estariam menos sujeitas ao fenômeno. Vale lembrar ainda que em alguns
tecidos não nota-se diferença quanto a freqüência de ocorrência do processo
(Sakabe, 2006).
Em relação ao splicing, há evidências de que ele ocorre junto com a
transcrição, mas não compulsoriamente. O splicing alternativo está fortemente
acoplado à iniciação da transcrição ( escolha alternativa de promotores) e à
taxa de transcrição. Ou seja, nota-se que diferentes isoformas são geradas
dependendo do promotor utilizado para transcrever o gene ou da taxa de
transcrição ( Sakabe, 2006).
Os mecanismos de regulação do processo de splicing alternativo estão
envolvidos com diversos fatores, como o promotor, a taxa de transcrição,
elementos cis e trans, entre outros. As quatro classes de elementos em cis
( ESEs, ISEs, ESSs, ISSs) possuem um importante papel na regulação do
splicing e na geração de formas de RNAm alternativo, já que sua presença ou
ausência pode levar à remoção de exons inteiros, ao reconhecimento de sítios
de splice alternativo ou até à retenção de introns no RNAm maduro ( Sakabe,
2006).
Outro fator de influência é a força dos sítios de splice, quando mais
fracos ( menos conservados) estão associados a ocorrência de splicing
alternativo; quando mais fortes ( mais conservados) menor é a freqüência de
remoção ou retenção ( Sakabe, 2006).
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Splicing Alternativo e Diversidade Proteômica
Células ciliadas
A percepção dos sons pela audição ocorre devido à habilidade do ouvido
interno de detectar uma série notável de freqüências sonoras. A cóclea (porção do
ouvido interno) possui terminações nervosas compostas de células ciliadas individuais
organizadas em quatro fileiras ao longo de sua membrana basal. Cada uma destas
células é ajustada para responder a uma única e estreita faixa de freqüência de som,
desta forma irá existir um gradiente tonotópico no comprimento da membrana basilar
(Gravely, 2001)
A diferença de tons detectada pelas células ciliadas é mediada, em partes, pelo
splicing alternativo realizado nos transcritos do gene SLO, ativador do canal
cálcio/potássio. Desta maneira, algumas proteínas codificadas pelo gene SLO são
analisadas para demonstrar suas propriedades fisiológicas. Por exemplo, os
transcritos do gene SLO que possuem o STREX EXON sintetizam proteínas
responsáveis por desativar lentamente o fluxo cinético do canal de sódio/potássio,
aumentando a sensibilidade pelo cálcio. Contudo, as seqüências que não possuem o
STREX EXON sintetizam outra forma de proteína, capaz de desativar rapidamente o
fluxo cinético no canal e diminuir a sensibilidade pelo cálcio. Infelizmente, pouco se
sabe sobre como o splicing alternativo regula a transcrição do gene SLO (Gravely,
2001)
Drosophila
A determinação do sexo em Drosophila ocorre devido a um sistema de splicing
alternativo em cascata envolvendo os transcritos de vários genes (Sxl, tra, tra-2 e dsx).
Sendo assim, a presença dos cromossomos X da fêmea irão induzir o splicing
alternativo do gene Slx, desta forma este splicing no macho é inativo. O produto do
gene Slx irá induzir o splicing do gene tra e tra-2, estes genes produzirão proteínas
que direcionarão a inclusão de um exon 4 produzindo uma variação do gene dsx que
especificará o fenótipo feminino (Herbert & Rich, 1999) (Boue, Letunic, & Bork, 2003)
Formação de sinapses
As neuroxinas são a família das proteínas nervosas presentes nos vertebrados
que possuem função importante como receptoras de neuropeptídios (neuropeptídeos
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são substâncias químicas produzidas e liberadas pelas células cerebrais e outras) e
junção de moléculas que participam da origem de sinapses. A observação de múltiplos
cDNAs de ratos e vacas revelou que mais de 1000 neuroxinas diferentes poderiam ser
potencialmente sintetizadas por três genes devido ao splicing alternativo. As proteínas
codificadas por esses splicing alternativos são especificas para cada tipo de ligante,
por exemplo, sabe-se que a interação entre β neuroxina presente nas células pré-
sinapticas e as neuroliginas presentes nas células pós sinápticas é suficiente para a
formação de sinapse. Importante ressaltar que esta interação ocorre apenas se a β
neuroxina é codificada por um RNAm que não possui o exon 20 – proteínas
sintetizadas de transcritos contendo o exon 20 não interagem com as neuroliginas.
Apesar de a função exata das β neuroliginas que possuem o exon 20 não ser
conhecida, pode-se especular que os dois tipos de proteínas podem determinar a
formação ou a quebra de sinapses nervosas. Desta forma, o splicing alternativo dos
transcritos da neuroxina pode ter influencia direta na formação e manutenção de
sinapses, sendo assim a elucidação de como o splicing da neuroxina é regulado
promove um significativo avanço nas pesquisas sobre o sistema nervoso dos
vertebrados (Gravely, 2001)
Em plantas
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isoformas produzidas pelo gene SOS4(salt overly sensitive 4) da Arabidopsis
regulados pelo estresse de sal e o OsIM da Oryza sativa que produz sob
estresse oxidativo uma oxidase e, sob estresse salino, uma oxidase alternativa.
(Kazan, 2003)
Perspectivas futuras, para melhor aprofundar o conhecimento sobre
plantas, é necessário maior disponibilidade de informações sobre sequencias
genômicas, cDNAs e ESTs. Em curto prazo, contudo, há uma abordagem que
permitiria a melhor análise de splicing alternativo em vegetais: uma técnica
utilizada em leveduras seria adaptada para a Arabidopsis, que envolveria chips
de DNA e micro-array que identificariam RNA em tecidos específicos nos
diferentes estágios de desenvolvimento a procura de splicing alternativo.
(Kazan, 2003)
Os resultados adquiridos referente à Arabidopsis foram baseados em
análises computacionais, quase nenhuma ainda foi verificada e comprovada
experimentalmente. Algumas abordagens que poderiam identificar o processo
seriam a superexpressão ou silenciamento do gene em plantas transgênicas e,
posteriormente, analisar seu fenótipo. As diferenças de característica entre
organismos seriam atribuídas ao gene/splicing alternativo modificado. (Kazan,
2003)
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Tabela 1. Exemplos recentes de genes de plantas que possuie splicing
alternativo por estresse abimental. Fonte: (Kazan, 2003)
Noise em Splicings
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mutações de um único nucletídeo (SNP) pode criar novos pontos de splicing,
potencialmente gerando um novo exon alternativo. (Gravely, 2001)
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Conclusão
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Glossário
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Referências Bibliográficas:
Ast, G. (2004). How did alternative splicing evolve. Nature Reviews - Genetics ,
5, 10.
Boue, S., Letunic, I., & Bork, P. (2003). Alternative splicing and evolution.
BioEssays .
Fardilha, M., da Cruz e Silva, O., & da Cruz e Silva, E. (2008). A importância do
mecanismo de "splicing" alternativo para a identificação de novos alvos
terapêuticos. Acta Urológica , 25 (1), 39-47.
Herbert, A., & Rich, A. (1999). Alternative splicing and evolution. Nature
America Inc , 21, 5.
Kazan, K. (2003). Alternative splicing and proteome diversity in plants: the tip of
the iceberg has just emerged. TRENDS in Plant Sciene , 8, 4.
Melamud, E., & Moult, J. (2009). Stochastic noise in splicing machinery. Nucleic
Acid Research , 37 (14), 14.
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Modrek, B., & Lee, C. L. (2003). Alternative splicing in the human, mouse and
rat genomes is associated with an increased frequency of exon creation and/or
loss. Nature Genetics , 34, 4.
P.P.Pandolfi, Alcalay, M., Faglioli, M., & Zangrilli, D. (1992). Genomic variability
and alternative splicing generate multiple PML/RAR transcripts that encode
aberrant PML proteins and PML/RAR isoforms in acute promyelocytic
leukaemia. The EMBO Journal , 11 (4), 1397 - 1407.
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