Vous êtes sur la page 1sur 9

Chapitre 2 : MICRO-ORGASNISMES ET ALIMENTS

Les aliments frais et périssables (légumes, fruits, poissons, produits laitiers…) sont rarement
stériles. Les microorganismes contaminants sont potentiellement très variés et peuvent être
classés en deux catégories Selon leur origine exogène ou endogène.

I- Contamination par des micro-organismes d’origine exogène

Les aliments peuvent être contaminés par des micro-organismes provenant des milieux
naturels : sols, eaux, air

*La flore du sol : Le sol est abondamment pourvu en microorganismes : algues


microscopiques, bactéries, champignons.

* la flore de l’eau : En l’absence de toute pollution d’origine animale (ex : par une eau de
source ou de torrent), les bactéries présentes dans l’eau proviennent du sol, des végétaux
bordant le cours d’eau et des plantes aquatiques. La flore de l’eau est donc toujours abondante
et très diversifiée (Coques Gram+ (microcoques), bacilles Gram- (Pseudomonas,
Flavobacterium, Acinetobacter…) ainsi que les bactéries autotrophes intervenant dans le
phénomène d’autoépuration.

La plupart des cours d’eau recueillent la pollution domestique d’origine humaine et animale.
Ils se chargent de microorganismes provenant de l’intestin de l’Homme et des animaux :
Entérobactéries, entérocoques, Clostridium. Les eaux de surface présentent donc des dangers
pour la santé, car peuvent engendrer des risques d’intoxication et d’altération.

*la flore de l’air : l’air ne contient pas d’éléments nutritifs. Les bactéries qui y sont présentes
ne peuvent donc s’y multiplier et s’y installer durablement. Elles sont en transit. La composition
de la flore d’une salle dépend essentiellement de l’activité qui y est exercée. Les
microorganismes de l’air sont pour la plupart, fixés sur des poussières et véhiculés par elles. La
flore de l’air renferme essentiellement des microorganismes résistant à la dessiccation
(prédominance des coques Gram+ et des moisissures, rareté des bacilles à Gram-).

NB : les microorganismes d’origine exogène sont donc principalement :

11
- Des bactéries à Gram+ : coques (microcoques, Staphylocoques), bacilles (Bacillus,
Clostridium, Actinomyces) et des moisissures, apportés par le le
- Des bacilles à Gram- provenant des eaux.

Les aliments peuvent être contaminés par les microorganismes des flores commensales de
l’homme et des animaux à l’occasion d’un contact direct avec la peau :

* la flore de la peau : les microorganismes forment souvent des micro-colonies sur les couches
de lépiderme. Au niveau du poil, on trouve surtout des bactéries anaérobies. Deux espèces sont
constantes quel que soit le territoire cutané : Staphylococcus epidermidis et Propionibacterium
acnes. D’autres microorganismes sont fréquents et sont considérés comme faisant partie de la
flore normale : corynébactéries, microcoques, levures et moisissures. Certaines espèces ne sont
présentes qu’occasionnellement ou sur des sites particuliers :

- Staphylococcus aureus dans les fosses nasales et sur le périnée ;

- bacille à Gram- sur toutes les régions humides (plis, aisselles…) :

 entérobactéries d’origine fécale,


 Acinetobacter, Pseudomonas provenant de l’environnement.

*Flore cutanées résidentes et transitoires : la flore résidente d’une surface cutanée est constitué
par l’ensemble des espèces microbiennes que l’on trouve en quantité notable dans tous les
prélèvements. Contrairement à la flore transitoire, la flore résidente ne peut être élimée en
totalité par un nettoyage, même par les antiseptiques les plus puissants.

II- Origine endogène

Les microorganismes contaminants proviennent dans ce cas, de l’organisme à partir duquel est
produit l’aliment.

1er cas : Ils appartiennent aux flores commensales de cet organisme.

(Ex : les lactobacilles et les streptocoques du lait cru proviennent du pis et des canaux
galactophores dont ils sont les commensaux). La plupart des contaminants d’origine endogène
sont cependant d’origine intestinale. Ce sont des bactéries anaérobies (Clostridium, …), aéro-
anaérobies (entérobactéries), micro-aérophiles (entérocoques, campylobacter).

2e cas : L‘aliment est préparé à partir d’un organisme malade.

12
Une contamination de ce type est moins fréquente du fait des contrôles vétérinaires imposés par
la réglementation. Dans le cas de produits végétaux, elle ne constitue pas un danger pour le
consommateur car les microorganismes phytopathogènes sont presque toujours inoffensifs pour
l’homme et les animaux. Elles sont cependant, à l’origine d’altérations de l’aliment,
préjudiciables à sa consommation.

III- Devenir et rôles des microorganismes contaminant les aliments

Chaque aliment constitue un milieu dont les caractères physicochimiques : pH, activité de l’eau,
composition chimique, conditions de stockage sont différents. Seuls quelques groupes
microbiens adaptés à ces conditions pourront s’y maintenir et s’y développer. Ceci explique
que la flore définitive d’un aliment soit sensiblement différente de la flore originelle.

A- Les principaux facteurs de sélection

De nombreuses caractéristiques physicochimiques de l’aliment et de son environnement


conditionnent le développement des microorganismes .

1- Caractères propres à l’aliment

1.1- Structures biologiques

La présence d’enveloppes, coques, peaux etc. confère à certains aliments une excellente
protection contre la prolifération microbienne (testas des graines, enveloppes des fruits,
coquilles des noix, des oeufs, peaudes animaux, etc.)

L’altération de ces protections naturelles se traduit souvent par une contamination /


prolifération. Les emballages ont pour but principal de protéger l’aliment stabilisé ou
non de la contamination .Il faut signaler qu’il existe des emballages comestibles.

1.2- Agents antimicrobiens naturellement présents

Le lait frais contient des lacténines et des facteurs anti-coliformes à activité limitée dans
le temps. L’œuf contient du lysozyme actif sur des germes à Gram positif. Les airelles
contiennent de l’acide benzoïque actif sur les levures et moisissures ; des composés comme le
thymol (thym), l’eugénol (clou de girofle) ou l’aldéhyde cinnamique (cannelle) ont des activités
antimicrobiennes.

1.3- Composition chimique de l’aliment

13
Pour proliférer, les microorganismes doivent trouver dans l’aliment des substances
nutritives. Rappelons que les microorganismes dangereux sont pour la plupart
hétérotrophes chimio-organotrophes et doivent donc trouver leur énergie dans les
composants de l’aliment. Ils doivent aussi y trouver de l’eau, une source d’azote, des
minéraux et pour certains des vitamines et des facteurs de croissance.

Plus la diversité de composition d’un aliment est grande (produits animaux tels que
les viandes et dérivés, le lait ...) et plus sa susceptibilité à servir de milieu de culture est grande.

1.4- Le pH

Pour un microorganisme donné, la vitesse de croissance en fonction du pH passe par un


optimum. Ce sont souvent des activités enzymatiques sensibles au pH qui sont les facteurs
limitants de la croissance microbienne.

Ainsi, c’est indirectement la conformation que prennent les protéines dans un milieu à
un pH donné qui est responsable de l’expression de l’activité de ces molécules. Si à un
pH donné, la conformation est telleque la macromolécule n’ait plus aucune activité, la
croissance s’arrêtera si l’activité de cette macromolécule est indispensable à la vie du
microorganisme.

Par rapport au pH il est habituel de considérer deux groupes d’aliments : ceux dont le
pH est inférieur à 4,5 et ceux dont le pH est supérieur à 4,5. Dans la première catégorie les
microorganismes dangereux ne se multiplient généralement pas et Clostridium botulinum
n’élabore pas sa toxine.

14
L’acidophilie est une propriété que l’on rencontre surtout chez les levures, les moisissures
et chez certaines bactéries qui sont classées en fonction de la nature de l’acide qu’elles
produisent (bactéries acétiques, lactiques, propioniques, ...)

Dans les aliments dont le pH est compris entre 4,5 et 9,5, de nombreuses altérations
sont susceptibles de se produire et la plupart des bactéries pathogènes cultivent dans ces
conditions.

Le pH de l’aliment favorisera d’autant mieux la prolifération qu’il sera voisin du pH


optimum de croissance.

1.5- L’activité de l’eau

Les microorganismes ont besoin, pour se multiplier, d’eau disponible ; la disponibilité


de l’eau est caractérisée par son activité. Ce paramètre correspond au rapport de pression
partielle de l’eau dans l’aliment à celle de l’eau pure (aux coefficients d’activité près) :

aw = Peau aliment / Peau pure

L’aw varie entre 0 et 1.

L’humidité relative H.R. est égale à l’ aw x 100.

Les microorganismes capables de se développer dans des produits à faible aw sont


qualifiés de xérophiles, ceux en milieux fortement sucrés ou salés respectivement
d’osmophiles et de halophiles.

Les moyens d’abaisser l’activité de l’eau sont nombreux :

- physiques (congélation, déshydratation)


15
- additifs (salage, sucrage…)

Ils conduisent respectivement à des aliments congelés, séchés, aux salaisons et saumures,
confitures et bonbons.

Pour aw < 0,65 aucun microorganisme ne peut cultiver (ils peuvent survivre).

Pour aw <0,85 aucun microorganisme pathogène ne peut cultiver exception faite de certaines
moisissures excrétrices de mycotoxines.

1.6- Le potentiel d’oxydo-réduction

Selon leur mode de respiration, les microorganismes sont soit aérobies stricts, soit
anaérobies stricts, soit aéro-anaérobies, soit micro-aérophiles ... Ces propriétés expliquent la
diversité des altérations que l’on peut rencontrer :

- les moisissures et les levures aérobies strictes se développent en surface en formant


des voiles plus ou moins épais

- les levures fermentantes se multiplient en profondeur avec production de gaz

- les Clostridium ne se développent qu’en absence d’oxygène (masse, conserve…)

- les Pseudomonas ne se développent qu’en présence d’oxygène (surface)

- les Lactobacillus microaérophiles ne se développent qu’à une teneur réduite en oxygène.

16
Dans les aliments , on peut considérer la présence ou l’absence d’oxygène comme un
paramètre fondamental vis à vis des microorganismes. Le potentiel rédox résulte de l’équilibre
:

2- Paramètres externes à l’aliment

Ces paramètres sont intimement liés aux caractéristiques de l’environnement de l’aliment


et influencent à la fois la stabilité du produit et le comportement des microorganismes qu’il
contient.

2.1- Température d’entreposage

Dans les microorganismes, la température augmente la vitesse de l’ensemble des réactions


dont il est le siège (anabolisme et catabolisme) ; on observe donc une augmentation de
la vitesse de croissance avec l’augmentation de la température qui suit la loi d’Arrhénius.
Cependant, quand la température augmente, la vitesse de dénaturation des protéines
bactériennes (enzymes en particulier) augmente. Quand toutes les molécules protéiques à
activité métabolique sont dénaturées, le germe a une vitesse de croissance nulle et souvent,
si des enzymes participant à l’expression de son génôme sont inactivées, il meurt car
ces phénomènes sont très souvent irréversibles.

Pour des températures inférieures à la température optimale de croissance, la vitesse des


réactions impliquées dans le métabolisme et donc le taux de croissance diminuent.
Cependant le “froid” ne conduit pas à une dénaturation significative des composants
microbiens, ce qui conduit à une reprise des activités métaboliques dès que la température
atteint des valeurs qui se rapprochent de la température optimale de croissance.

Les variations de la vitesse de croissance en fonction de la température correspondent


donc à la somme de deux phénomènes.

Les courbes de croissance (variations du nombre de germes en fonction du temps) sont


variables en fonction des germes, ce qui les fait classer en trois principales catégories :

- les thermophiles qui ont une phase de latence très courte, une phase exponentielle
très rapide suivie d’une phase de dégénérescence. Dans cette catégorie on rencontre des

17
microorganismes capables de se multiplier en dessus de 45°C et parfois pour certains
jusqu’à 80°C. Certains thermophiles obligatoires ne peuvent se multiplier qu’en dessus
de 37°C (Lactobacillus, Propionibacterium shermanii, Clostridium thermosaccharolyticum,
Bacillus stearothermophilus ) . Il ne faut pas confondre thermophilie et thermorésistance
qui est l’aptitude à résister à un traitement thermique donné.

Les mésophiles qui comprennent la majorité des microorganismes se développent entre


15 et 45°C. La plupart des germes pathogènes font partie de cette catégorie.

Les cryophiles ont une température optimale de croissance voisine de 15°C. Les cryophiles
obligatoires ne se développent pas en dessus de 20°C. De nombreuses bactéries saprophytes
appartiennent à ce groupe (Achromobacter, Flavobacterium, Pseudomonas) ainsi que des
moisissures (Cladosporium, Sporotrichum, etc.). Ces germes sont aussi qualifiés de
psychrophiles ou psychrotrophes.

Parmi les germes dangereux en microbiologie alimentaire capables de cultiver entre 0 et 10°C
il faut citer: et Listeria monocytogenes, Clostridium botulinum, Bacillus cereus, Yersinia
enterocolytica, Vibrio parahaemolyticus, Aeromonas hydrophila, Plesiomonas shigelloïdes
même E. coli entéropathogène.

La température la plus basse à laquelle un microorganisme a pu être observé en croissance


est de -24°C et la plus haute de 90°C.
18
Le froid est un moyen largement utilisé de nos jours pour contrôler la vitesse de
croissance des microorganismes. Au réfrigérateur, la durée de conservation est voisine de
3 à 5 jours, délai correspondant à une prolifération défavorable des germes cryophiles.
La congélation à -18°C stabilise totalement l’aliment au sein duquel aucune croissance
de microorganisme ne peut intervenir. Pour les viandes aucun germe dangereux ne se
développe en dessous de 5°C et quand la température augmente de 5°C, le “temps de vie du
produit” est divisé par deux.

2.2- Humidité relative

L’humidité relative du lieu d’entreposage influe à la fois sur l’activité de l’eau de


l’aliment (équilibre dynamique) et sur la croissance des microorganismes à la surface de
cet aliment. Par exemple quand un aliment a une activité d’eau de 0,6 il faut éviter que
les conditions d’humidité relative de l’atmosphère environnante ne conduisent à une
augmentation de l’activité d’eau en surface jusqu’à une valeur compatible avec une
croissance microbienne.

2.3- Présence et concentration de gaz

La notion d’atmosphère contrôlée est déjà ancienne. Une augmentation de la teneur en


anhydride carbonique (jusqu’à 10 %) et une diminution de la teneur en oxygène
permettent une meilleure conservation des fruits et légumes (4ème gamme) en retardant
le développement de certains microorganismes et plus particulièrement des moisissures.

Une atmosphère d’azote ou un conditionnement sous vide permet d’éviter des


contaminations par des microorganismes aérobies

2.4- Antimicrobiens produits au cours de la fabrication de l’aliment

Il s’agit de substances qui sont soit bactériostatiques soit bactéricides (éthanol, acides
organiques comme les acides lactique, acétique, citrique, tartrique, malique, etc. ).

L’addition de composés antimicrobiens aux produits alimentaires (additifs) ou l’utilisation


d’agents antimicrobiens divers dans l’environnement de production des aliments (agents
de désinfection, de nettoyage, etc.) est réglementée et fait l’objet du cours suivant.

19