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Génie biologique (Notes de cours et illustrations) / Biological engineering

(Course notes)

Presentation · November 2018

DOI: 10.13140/RG.2.2.19054.25929

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1 author:

Abdeslam Ennabili
Superior School of Technology, Sidi Mohamed Ben Abdellah University
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Université Sidi Mohamed Ben Abdellah 
École Supérieure de Technologie, Fès 
Département de Génie des Procédés 
   
 

 
Génie biologique 
 

 
Notes de cours et illustrations 
 

 
Abdeslam Ennabili 
 

Agroalimentaire et Génie biologique DUT – S3 – 2016/2018

 

 
 
Sommaire 
 
En guise d’introduction ........................................................................................................................... 4
1 Bioréacteurs ..................................................................................................................................... 5
1.1 Procédé de base ....................................................................................................................... 5
1.2 Classification ........................................................................................................................... 9
1.3 Bioréacteurs hétérotrophes .................................................................................................... 11
1.3.1 Bioréacteurs aérobies à biomasse fixée (biofilm).......................................................... 11
1.3.2 Bioréacteurs aérobies à biomasse en suspension ........................................................... 12
1.3.3 Bioréacteurs anaérobies (méthaniseurs) ........................................................................ 13
1.3.4 Dénitrificateurs hétérotrophes ....................................................................................... 14
1.3.5 Sulfatoréducteurs ........................................................................................................... 15
1.3.6 Algoculteurs .................................................................................................................. 15
1.4 Bioréacteurs autotrophes ....................................................................................................... 15
1.4.1 Nitrificateurs .................................................................................................................. 15
1.4.2 Dénitrificateurs autotrophes .......................................................................................... 16
1.4.3 Photobioréacteurs (photoB) ........................................................................................... 16
1.5 Bioréacteurs mixtes ............................................................................................................... 19
1.5.1 Réacteurs algobactériens ............................................................................................... 19
1.5.2 Bioréacteurs à charbon actif .......................................................................................... 20
1.5.3 Déphosphateurs biologiques.......................................................................................... 20
1.5.4 Réacteurs à macrophytes ............................................................................................... 20
2 Génie Fermentaire ......................................................................................................................... 24
2.1 Conduite de la fermentation .................................................................................................. 24
2.1.1 Conditionnement et stérilisation .................................................................................... 24
2.1.2 Aérobiose....................................................................................................................... 25
2.1.3 Cultures ......................................................................................................................... 26
2.2 Transfert d’oxygène .............................................................................................................. 31
2.3 Aération des fermenteurs....................................................................................................... 35
3 Génie génétique ............................................................................................................................. 37
3.1 Matériel génétique ................................................................................................................. 37
3.2 Synthèse des protéines........................................................................................................... 38
3.3 Recombinaison de l’ADN ..................................................................................................... 39
3.3.1 Sondes d’ADN .............................................................................................................. 39
3.3.2 Isolement d'un gène ....................................................................................................... 41

2 
 3.3.3 Amplification de l'ADN ................................................................................................ 41
3.4 Introduction d'un gène dans une cellule ................................................................................ 42
Principales références ............................................................................................................................ 44
Liste des illustrations ............................................................................................................................. 45
Figures ................................................................................................................................................... 45
Tableaux ............................................................................................................................................ 45
 

3 
 En guise d’introduction
Vers la moitié du siècle dernier, la notion de génie biologique, bio-ingénierie ou
ingénierie biologique, fut inventé pour désigner principalement l'application des concepts et
des méthodes principalement de la biologie, et secondairement, d’autres disciplines telles les
mathématiques, l'informatique, la physique et la chimie, en vue de servir le monde réel en
termes de production, et du développement et d’analyse du vivant : transformation et analyse
des produits d'origine biologique, utilisation du vivant dans des technologies de production,
de dépollution…

Les sciences biologiques intéressent plus de 35 % des disciplines scientifiques. Vu la

grande diversité des sous-disciplines et des domaines de spécialité qui en découlent, le génie
biologique concerne de nombreux domaines à savoir les industries agroalimentaire,
pharmaceutique et de santé, le traitement des déchets liquide et solide, les laboratoires de
recherche et d’analyse… (Figure 1). Selon l’avancée actuelle en termes de génie biologique,
la médecine demeure le domaine le plus développé.

Nombre
80 70
70
60
50 36
40
30
20 14 13 12 10
10 4 4
0
Agriculture

Environnement

Ingénierie
BIOLOGIE

Sciences cognitives
Médecine

vétérinaire

Chimie
Médecine

Figure 1. Sous-disciplines et domaines de spécialisation biologique selon la base de données Index Copernicus.

Dans la cadre de la formation nationale de Diplôme universitaire de Technologie,

Filière “Agro-alimentaire et Génie biologique” de l’École supérieure de Technologie, Fès, ces
notes de cours de “Génie biologique”, en tant qu’élément de module, sont préparées selon le
descriptif en vigueur en abordant trois aspects à savoir les “Bioréacteurs”, le “Génie
fermentaire” et le “Génie génétique”.

Ce cours de génie biologique, donné en présentiel, est complété par des travaux
dirigés traitant des cas d’application de bioréacteurs et de techniques de génie génétique.

4 
1 Bioréacteurs

Un bioréacteur est un appareil ou unité technologique favorisant, sous des conditions

de culture contrôlées, la multiplication des micro-organismes (levures, bactéries,
champignons microscopiques, algues…), de cellules voire d’organismes pluricellulaires pour
des fins industrielles (production de métabolites et de tissus cellulaires, ou bioconversion de
molécules d’intérêt), en :

9 agroalimentaire (yaourts, boissons alcooliques…),

9 médecine (antibiotiques, vitamines…),
9 et/ou traitement des déchets liquides et solides.

Il s’agit alors d’une combinaison de deux composantes principales, l’une biologique

(culture vivante), et l’autre artificielle (dispositif commandant les conditions de culture) pour
atteindre un objectif de production et/ou de bioconversion préalablement défini.

1.1 Procédé de base 

La partie généralement apparente d’un bioréacteur est le réservoir (Figure 2) ; il est

fabriqué en verre de 0.1 à 15 L (≈ 25 % plus haut que large) pour l’expérimentation au
Laboratoire, ou en acier inoxydable de 20 à 1 000 L pour des tests pilotes industriels voire
plus de 10 000 L en vraie industrie.

Pour garantir des conditions de fonctionnement soigneusement surveillées et

contrôlées d'un bioréacteur, les fabricants industriels conçoivent des modes de
fonctionnement (flux continu ou discontinu…), et des systèmes de contrôle (débitmètres,
vannes, capteurs…), d’échangeurs de chaleur (réchauffement/refroidissement ou isolement),
d’aération (apport d’O2, CO2…), d’agitation (homogénéisation et oxygénation)…

Utilisant des moyens mécaniques, l'agitation force le fluide à acquérir un mouvement

circulatoire à l'intérieur du baffle ou réservoir pour (i) mélanger deux liquides miscibles, (ii)
dissoudre des solides dans le liquide, (iii) améliorer le transfert de chaleur (sous-chauffage ou
refroidissement), (iv) disperser un gaz dans un liquide, (v) disperser de fines particules dans
un liquide, ou (vi) disperser également deux phases non miscibles.

5 
 Figure 2. Procédé de base d’un bioréacteur.

Légende : 1, affluent (Qa, débit de l’affluent à

l’entrée du bioréacteur). 2, réservoir. 3, milieu bio-
réactionnel (culture). 4, effluent (Qe, débit de
l’effluent à la sortie du bioréacteur). 5, purge. 6,
système d’aération (source d’O2…). 7, diffuseur
d’air submergé. 8, Agitateur rotatif. 9, système de
surveillance (sondes de pH, de température…).

Dans ce contexte, le mélange de la culture est assuré généralement par des agitateurs à
tige mécaniques, parfois par introduction d’air ou de gaz, ou par des agitateurs orbitaux. En
fonction du type de l’agitateur à tige mécanique, l’agitation est axiale lorsqu’elle génère des
courants parallèles à l'axe de l'agitateur, ou radiale quand elle crée des courants dans les
directions tangentielles ou radiales (Figure 3). Les principaux types d'agitateurs utilisés dans
l'industrie sont à hélices, à palettes ou à turbines (Figure 4) ; ces dernières peuvent être
placées en un étage ou plus sur l’axe métalique.

Figure 3. Agitations axiale (à gauche) et radiale (à droite).

D’une autre part, les bioréacteurs industriels utilisent généralement des organismes
simples (bactéries, levures…) capables de résister à la force d'agitation, nécessitant des
 
 
solutions nutritives simples, et pouvant croître à des vitesses élevées. Tandis que les cultures
de cellules et de tissus nécessitent des supports structurels non agités. D’autres milieux
complexes peuvent comporter des organismes multicellulaires (Figure 5).

Turbine à lames plates. Turbine à lames inclinées

Ancre.

Turbine à lames courbées.

Hélice.
.

Ruban hélicoïdale.
Turbines à disque de Rushton.

Figure 4. Types d’agitateurs.

La conception d’un bioréacteur fait évidemment appel à des principes scientifiques et

techniques, et de beaucoup de règles empiriques (stades expérimental et pilote) avant
d’atteindre le stade industriel. Toutefois, il n’est pas évident de cerner tous les critères de
conception d’un B, et selon l’objectif recherché, il faut prévoir en général :

9 des entrées pour ajout de nutriments (substrat limitant la croissance des

microorganismes) et de régulateurs du pH ;

7 
 9 un système de contrôle et de régulation de la température, étant donné que la
croissance microbienne est généralement exothermique ;
9 une répartition uniforme des cellules dans tout le volume de la culture, en fonction du
processus (solide/liquide, gaz/liquide ou liquide/liquide) ;
9 une augmentation de la surface de contact entre les phases biotiques et abiotiques du
système, soit une agitation adéquate ;
9 une aération (fourniture et diffusion de gaz) nécessaire pour la culture ;
9 un évitement de la sédimentation et de la floculation ;
9 un fonctionnement de façon aseptique pendant plusieurs jours, afin d'éviter la présence
de contaminants dans des opérations de bio-processus à long terme ;
9 et/ou une minimisation des dépenses et des coûts de production (consommation
d'énergie, temps de production/conversion…).

Figure 5. Jeune plantule de caroubier de 9 semaines provenant de la culture in vitro d'apex.

Conditions de culture : pH 5.8, milieu WPM autoclavé à 120°C pendant 20 min, température = 26±1°C,
éclairement à 1500 lux, photopériode = 16 heures.

Le résultat de tout processus impliquant les bioréacteurs (position et fréquence) peut

être influencé aussi par plusieurs facteurs, dont :
8 
 9 le degré de maintien des paramètres physicochimiques (température et pH en
particulier) du milieu réactionnel dans des plages limitées pour une activité optimale
des micro-organismes ;
9 la plasticité du bioréacteur vis-à-vis des conditions de fonctionnement normales (débit
et nature de la charge organique à l’entrée…) ;
9 la concentration des composés nécessaires à la croissance et l'activité biologique,
généralement de nature bactérienne (nutriments et substrats) ;
9 et/ou les résidus néoformés, en plus des produits, nécessitant une gestion
supplémentaire (boues de bioréacteurs par exemple).

1.2 Classification 

Les bioréacteurs peuvent être classés opérationnellement en fonction de leur

conception, destination et domaine d’application : enceinte et équipements annexes, culture
mise œuvre, objectif recherché…, d’où l’affectation d’une multitude d’appellations à ces
unités technologiques : bioprocédés, bio-processus, bioréacteurs, réacteurs biologiques,
fermenteurs, digesteurs, propagateurs, réacteurs enzymatiques, cytoculteurs,
photobioréacteurs...

Aussi bien pour les réacteurs chimiques que pour ceux biologiques, trois modes de
fonctionnement sont mis au point :

9 Le mode discontinu (à lots, fermé ou "batch") consiste en une introduction de la

charge totale (culture comportant tous les matériaux nécessaires à la culture cellulaire)
dans le bioréacteur au début du bioprocessus sans rien introduire ni prélever (sauf
échantillonnage) jusqu’à sa fin. Le temps écoulé durant ce bioprocessus est le temps
de rétention.
9 Le mode semi-continu ou “fed-batch”) prévoit une entrée de culture au niveau du
bioréacteur, permettant l’ajout supplémentaire du milieu frais (substrat), prolongeant
ainsi le temps de rétention de la culture, mais sans enlever l'existant (sauf
échantillonnage).
9 Le mode continu ou “chémostat” prévoit une entrée (substrat et/ou biomasse) et une
sortie (produit, substrat, biomasse, résidus) au niveau du bioréacteur, de sorte qu’elles
fonctionnent sans arrêt et tout en gardant un volume de culture constant.

9 
 La classification biologique des bioréacteurs cible principalement leurs fonctions
majeures (bioprocessus favorisée). Ainsi, le type de micro-organismes et/ou d’organismes mis
en culture (Tableau 1) dans le bioréacteur et leur cinétique de croissance sont à l’origine de
leur classement "biologique" selon :

9 le type trophique des organismes en culture, particulièrement les sources du carbone

(auto-/hétéro-), d’électrons (litho-/organo-) et d’énergie (photo-/chimio-) (Tableau 2),
9 et les conditions de culture (présence du dioxygène ou non, culture en suspension ou
fixe…).

Tableau 1. Exemple de classification du Monde vivant.

Archées /Archaea Histones (+)

Procaryotes (≈ 1 à 5 µm)
Bactéries / Bacteria Unicellulaires Histones (-)
Protistes / Protista

Mycètes / Fungi
Eucaryotes (≈ 10 à 100 µm)
Végétaux / Plantae Multicellulaires

Animaux / Animalia

Tableau 2. Types trophiques en fonction des sources d’aliments (minéraux ou organiques) et d’énergie
(lumineuse ou chimique).

10 
1.3 Bioréacteurs hétérotrophes 
1.3.1 Bioréacteurs aérobies à biomasse fixée (biofilm) 

Figure 6. Bioréacteur à biomasse fixée de type “biodisques”

11 
 Figure 7. Bioréacteur à biomasse fixée de type “lit bactérien”.

1.3.2 Bioréacteurs aérobies à biomasse en suspension 

Lagune aérée profonde.

Figure 8. Bioréacteurs à biomasse libre.

 

Bassin à boues activées en agitation/aération.

12 
1.3.3 Bioréacteurs anaérobies (méthaniseurs) 

Trois étapes successives (hydrolyse/acidogenèse, acétogenèse et méthanogenèse) sont

nécessaires pour la méthanisation de la matière organique, en impliquant une chaîne trophique
de micro-organismes (Figure 9).

Figure 9. Grandes étapes de la méthanisation.

Principales conditions : Aérobie stricte ou facultative, régime mésophile (30-40°C) à thermophile (45-60°C),
pH optimal de 6,5 à 7,5.

13 
  
Digesteur infiniment mélangé à simple passage,
continu, discontinu ou en cuvée.

Lit bactérien anaérobie, à écoulement ascensionnel,

recyclage facultatif.

Digesteur infiniment mélangé à écoulement piston,

agité manuellement de façon discontinue.

Digesteur à séparation de phases, premier étage

pour hydrolyse et acidification rapide, second étage
pour méthanisation.

Boues activées anaérobies avec séparation et Figure 10. Bioréacteurs anaérobies (fermenteurs).
recyclage de la biomasse.

1.3.4 Dénitrificateurs hétérotrophes 

Cette voie favorise des microorganismes hétérotrophes capables d’utiliser les ions
nitrite et nitrate comme accepteur final de leurs électrons, en absence d’O2 (Réaction 1) ; ce
sont des aérobies facultatives (ex. Pseudomonas).

(NO2-, NO3-) + substances organiques N2 + CO2 + HCO3 + OH

Réaction 1 

 
 
1.3.5 Sulfatoréducteurs 

La sulfatoréduction (Réaction 2) peut se produire dans un bioréacteur anaérobie

perturbé ou d’une manière accidentelle. Les microorganismes sulfatoréducteurs (ex.
Desulfovibrion) utilisent le même substrat que ceux méthanigènes, mais avec un accepteur
final de leurs électrons différent (ion sulfate à la place de l’oxygène).

H2S H+ + HS- 2H+ + S2-

Réaction 2 

Vu qu’une grande partie de sulfures de métaux lourds, excepté le chrome, sont très
insolubles, ce type de microorganismes, capables de réduire le sulfate en sulfure, présentent
un grand intérêt pour l’élimination des métaux lourds par voie biologique (bioremédiation).

1.3.6 Algoculteurs 

Contrairement aux microalgues strictement autotrophes, il existe d’autres (ex.

Chlorella) qui peuvent croître en hétérotrophie avec des composés organiques (ex. sucres)
comme source de carbone. De manière inadéquate, ce type de bioréacteur est annexé parfois
aux "Photobioréacteurs" en tant que bioréacteurs autotrophes, commentés ci-dessous (1.4).

1.4 Bioréacteurs autotrophes 
1.4.1 Nitrificateurs 

En milieu naturel, l’oxydation de l’azote est réalisée surtout par deux

microorganismes : l’une nitreuse (ex. Nitrosomonas) assurant la nitritation (Réaction 3),
l’autre nitrique (ex. Nitrobacter) assurant la nitratation (Réaction 4). Ils sont des
chimiolithotrophes, utilisant l’azote réduit comme source d’énergie, des composés minéraux
comme source d’électrons et le CO2 comme source de carbone. Des conditions particulières
peuvent favoriser le développement de ces microorganismes en bioréacteurs à boues activées,
lits bactériens ou biodisques.

NH4+ + O2 NO2-
Réaction 3 
NO2- + O2 NO3-
Réaction 4 

15 
1.4.2 Dénitrificateurs autotrophes 

Ce procédé met en jeu Thiobacillus denitrificans, bactérie ayant un métabolisme

permettant, entre autres, la transformation de NO3- en N2 (Réaction 5).

NO3- NO2- NO N2O/N2

Réaction 5 

1.4.3 Photobioréacteurs (photoB) 

Un photobioréacteur ou “algoculteur” est un système, ouvert ou fermé, permettant la

production de phytomasse à partir de microorganismes photosynthétiques ou microalgues, du
CO2 et de la lumière (Réaction 6). Ces microorganismes photosynthétiques sont cultivés en
suspension dans l’eau, et peuvent être des cyanobactéries, des microalgues eucaryotes, des
cellules isolées de plantes multicellulaires, des gamétophytes de macroalgues ou des
protonemata de mousses (phase haploïde du cycle de développement de ces plantes) :
Chlorella, Arthrospira, Spirulina, Porphyridium…

nCO2 + nH2O (CH2O)n + nO2

Réaction 6 

Il existe deux types de photobioréacteurs, ouvert et fermé, avec quelques variantes

pour chacun d’entre eux. En fonction de leur conception (Figure 11), quelques types de
photobioréacteurs fermés peuvent être distingués :

9 les photobioréacteurs plats ou plans, correspondent à une (ou plusieurs) culture(s)

d’épaisseur faible (quelques centimètres) confinée(s) entre deux plaques transparentes
(chacune), verticales ou inclinées ;
9 les “biofaçades”, sous-variante des photobioréacteurs plats, à culture d’algues
emprisonnée dans un double vitrage verticale, cherchant à rentabiliser la surface
"perdue" des bâtiments ;
9 les photobioréacteurs cylindriques, tubulaires ou de type colonnes, se basant sur une
culture dans un (ou plusieurs) cylindre(s) de configuration variable, mais surtout à
diamètre permettant une pénétration suffisante de la lumière ; les photobioréacteurs
tubulaires sont agencés horizontalement, verticalement ou en serpentins plats ou
enroulés (hélicoïdales) ;
16 
 9 et les photobioréacteurs dits en "Plastic-bag" ou gaine ; ce sont des sacs en plastic,
d’environ 100 L chacun de culture en continu ou batch, suspendus à chaque extrémité
à une charpente métallique, et généralement éclairés.

Figure 11. Schéma de principe d’un photobioréacteur fermé.

S’agissant des photobioréacteurs ouverts, ou bassins de culture, ils varient en fonction

de leur forme, le type de matériaux utilisés et le système de mélange mis en jeu :

9 bassins naturels, non mélangés, sous conditions climatiques et nutritionnelles

nécessaires aux microalgues, et souvent utilisés pour la culture de Dunaliella ou de la
Spiruline,
9 bassins circulaires, mélangés au moyen d’un bras rotatif placé au centre de chaque
bassin ; et principalement utilisés pour la culture de Chlorella,

17 
 9 et "raceways, grands caniveaux ou chenaux, correspondant à des bassins à circulation
et mélange du milieu de culture peu profond (15 à 50 cm) au moyen des roues à aubes,
et utilisés majoritairement pour la culture de la Spiruline.

L’apport en énergie photonique (lumière) et en nutriments (substrat),

l’épaisseur/profondeur et l’homogénéisation du milieu de culture, le suivi de la température,
du pH… conditionnent bien la production de la phytomasse par ce type de bioréacteurs. Au
niveau industriel, les microalgues sont souvent cultivées en photobioréacteurs ouverts, mais la
production de molécules à haute valeur ajoutée se fait au moyen de photobioréacteurs fermés.
Ainsi, les cultures photosynthétiques clonales nécessitent une asepsie en permanence, tout en :

9 maintenant la transparence des parois de confinement de la culture, pour une

transmission efficace de la lumière,
9 agitant convenablement (ex. par turbulence) le milieu pour assurer une circulation de
la culture et sans endommager la culture,
9 fournissant régulièrement le CO2 avec élimination de l’O2 formé pour maintenir la
réaction de la photosynthèse,
9 et maintenant une gramme de températures optimales nécessaires à la croissance des
cellules, étant la base de la production du système.

Vu la capacité de production de biomasse par les algues, ce genre de cultures présente

un grand intérêt pour l’alimentation (compléments alimentaires), la production du biofuel, la
dépollution des eaux usées et de l’atmosphère… En fonction de l’objectif recherché, il est
intéressant de comparer les deux types de photobioréacteurs. Chez les photobioréacteurs
ouverts, il a été souligné que :

9 ils sont généralement moins coûteux en termes d’investissement et d’exploitation,

9 les conditions de culture ouverte ne permettent pas leur contrôle d’une manière
efficace (variations journalières et saisonnières de la température et de l’intensité
lumineuse), et par suite, seules les microalgues assez résistantes qui peuvent y être
produites,
9 l’utilisation du CO2 n’est pas efficace, et en conséquence, la productivité est
généralement faible,
18 
 9 il y a des problèmes de contaminations (bactéries, protistes, mycètes…) et de
compétiteurs (croissance plus rapide et prédateurs), et pour y remédier, il vaut mieux
opter par des cultures de courte durée (batch),
9 et il y a aussi des pertes considérables d’eau par évaporation.

Quant aux photobioréacteurs fermés, ils sont :

9 plus contrôlés (conditions de cultures et utilisation du CO2), moins risqués vis-à-vis de

la contamination, et donc, plus efficaces pour des cultures mono-algales,
9 plus économiques en eau, et plus productifs,
9 présentent un risque d’encrassement (formation d’un biofilm sur les parois), diminuant
ainsi la pénétration de la lumière,
9 et beaucoup plus coûteux en termes d’investissement et d’exploitation.

1.5 Bioréacteurs mixtes 
1.5.1 Réacteurs algobactériens 

Appelés aussi étangs de stabilisation (Figure 12), ils consistent en des bassins exposés
à l’air libre, simulant les étangs ou lacs, pour bénéficier des capacités autoépuratrices des
algues et des bactéries en traitement des eaux usées. Ayant une origine anglaise “lagoon”, on
utilise souvent la lagune à microphytes (étang ou bioréacteur) et lagunage à microphytes
(système d’étangs ou succession de bioréacteurs) pour désigner ce type de bioprocessus.

En fonction du régime aérobie, on distingue entre trois types de bioréacteurs :

anaérobies (bioréacteurs profonds simulant un digesteur), aérobies (bioréacteurs moins
profonds) et facultatifs (bioréacteurs à deux zones, la supérieure aérobie et l’inférieure
anaérobie).

Tandis qu’en se référant à la place du bioréacteur dans la filière de traitement des eaux
usées, correspondant à une qualité donnée de l’affluent, le bioréacteur est dit primaire
(affluent brut), secondaire (affluent prétraité), de maturation (destiné à diminuer les
pathogènes) ou à poissons (placé en épurateurs tertiaires ; Figure 13).

19 
 Figure 12. Schéma typique d’un étang de
stabilisation.

Figure 13. Etang à poissons (Gambusia affinis).

1.5.2 Bioréacteurs à charbon actif 

Ils correspondent à des applications (i) en boues activées (utilisation du charbon

granulaire fluidisé pour amorcer la formation de bioflocs et en accroître notablement
l’activité, ou adjonction contrôlée de charbon actif en poudre), ou (ii) en lits bactériens
(utilisation de supports inertes en paillettes faiblement actif).

1.5.3 Déphosphateurs biologiques 

Ce sont des bioréacteurs favorisant une alternance entre des conditions

aérobies/anoxiques (injection d’O2 ou présence des nitrates/absence d’O2 ou présence des
nitrates) et des conditions anaérobies (absence et d’O2 et des nitrates) (Figure 14). Les
bactéries se développant dans ces conditions s’appellent des micro-organismes accumulant le
phosphore (PAO), comme Acinetobacter (aérobie) et Aeromonas (anaérobie facultatif).

Figure 14. Schéma global de l’élimination

biologique du phosphore.

1.5.4 Réacteurs à macrophytes 

Ces types de bioréacteurs sont généralement désignés par “lagunes à macrophytes”,

“zones humides reconstituées”, “marais artificiels”, “écosystèmes artificiels”, “Reed Bed
Treatment Systems ou R.B.T.S.”, “Root Zone Method ou R.Z.M.”, en fonction du niveau de

20 
l’eau et de la nature de la végétation, des auteurs les ayant développé (ex. Seidel), ou de
l’origine géographique (ex. Lelystad).

Un certain nombre de bioréacteurs à macrophytes peut alors être énuméré, à savoir les
bioréacteurs à :

9 hydrophytes nageant,
9 rhizophytes,
9 macrophytes de type “Lelystad”,
9 hélophytes de type R.B.T.S., R.Z.M. ou Seidel,
9 drainage ou épandage souterrain, et évaporation maximale ou plateau absorbant.
9 épandage en plantation ligneuse,
9 irrigation en maraîchage… (Figure 15)

Par ailleurs, en considérant la présence de macrophytes, leur fixation au sol et leur

immersion par l’eau, et la circulation de l’eau (horizontale ou verticale), une autre
classification plus simplifiée met en exergue trois types de bioréacteurs à macrophytes dits
aussi "écosystèmes artificiels" :

9 aquatiques, correspondant aux bioréacteurs algobactériens (autotrophes unicellulaires)

et à macrophytes (autotrophes pluricellulaires) libres flottants ou submergés (fixés au
sol ou non),
9 semi-aquatiques, désignant les bioréacteurs à hélophytes (macrophytes fixés au sol et à
partie aérienne au dessus du niveau de la nappe d’eau),
9 et terrestres, regroupant les bioréacteurs à macrophytes émergés fixés dans le sol, mais

à partie souterraine (rhizome et racines) en contact avec la nappe d’eau, et les

bioréacteurs sans plantation, ne comportant que le substrat (sol, sable…).

21 
 Epandage souterrain.

Hydrophytes flottants (Ex. Lemna gibba)

Rhizophytes ou hydrophytes fixés.

Plateau absorbant.

“Lelystad”. Epandage en plantation ligneuse.

infiltration-percolation.

Figure 15. Schémas types de bioréacteurs à

macrophytes.

R.B.T.S., R.Z.M. ou Seidel.

22 
 En récapitulatif, les principaux types de bioréacteurs et des critères de leur
classification sont donnés par la Figure 16.

Figure 16. Classifications opérationnelle et biologique des bioréacteurs.

23 
2 Génie Fermentaire

Etant une sous-discipline du génie biologique, le génie fermentaire ou ingénierie de la

fermentation traite des méthodes et connaissances en relation avec les cultures microbiennes
en bioréacteurs : suivi de la croissance et du comportement des microorganismes, et influence
des facteurs physico-chimiques.

D’un point de vue métabolique (succession de réactions d’oxydoréductions), on

distingue entre respiration, fermentation ou respiration anaérobie lorsque le récepteur final
d’hydrogène est constitué par l’oxygène, une molécule organique ou un composé minéral
oxygéné dans le même ordre. Le rendement de la fermentation (production d’adénosine
triphosphate ou ATP - oxydation incomplète) est inférieur à celui de la respiration (oxydation
totale).

2.1 Conduite de la fermentation 
2.1.1 Conditionnement et stérilisation 

Le milieu de culture des microorganismes, choisis en fonction de l’objectif recherché,

consiste en un mélange aqueux de constituants nécessaires à leur croissance. Lors de la
fermentation, le bioréacteur doit permettre l’ajout au fur et à mesure du milieu de culture en
fonction de la vitesse de sa consommation, ajustement du pH, et addition de différents réactifs
et composés pour des fins de production, d’évitement des mousses…

Les dispositifs annexes du bioréacteur (circuits de gaz par exemple) doivent être bien
isolés et stérilisés, éventuellement par la vapeur produite lors de la stérilisation du milieu de
culture. De plus, le fonctionnement des autres équipements (vannes, pompes, entrées diverses
du bioréacteur) doivent être maîtrisés pour éviter toute contamination du milieu de culture lors
de la fermentation.

Le déroulement de la fermentation impose une régulation de l’environnement interne

du bioréacteur sur base d’un système automatisé de surveillance en continu de paramètres
physicochimiques : température, pH, pression, vitesse et puissance d’agitation, débits et
niveau de la phase liquide dans chaque réservoir…

La stérilisation (destruction des microorganismes par la chaleur) du milieu de culture

peut avoir lieu en discontinu, dans le bioréacteur ou par injection de vapeur. S’agissant des

24 
milieux de culture sensible (dénaturation ou dégradation des facteurs de croissance par
exemple), on procède à ce propos par un choc thermique (très haute température pendant un
temps très court).

L’intensité de stérilisation est fonction du type fermentaire : exigences moindres en

cas de fermentation acétique ou alcoolique (milieu défavorable au développement des
microorganismes), à très strictes pour des milieux riches en substances nutritives ou à pH
proche de la neutralité. Pour des microorganismes pathogènes utilisés en production de
vaccins par exemple, des mesures supplémentaires sont à prendre en considération pour éviter
leur propagation à l’extérieur du bioréacteur.

Les microorganismes thermophiles (45 à 65 °C), empêchant un grand nombre de

contaminations, intéressent beaucoup plus les industriels. D’ailleurs, la température optimale
d’un grand nombre de bactéries et mycètes utilisés en microbiologie industrielle est voisine de
30 °C (Tableau 3). D’autres microorganismes tels Penicillium développent leurs mycélia à
faibles températures (1ère phase), mais ils exigent des températures élevées pour la production
de l’antibiotique (2ième phase).

Microorganismes Température de culture (°C) Concentration critique O2

Azotobacter 30 0.018
Escherichia coli 37 0.008
Levures 30 0.004
Penicillium chrysogenum 24 0.022
Acetobacter 30 .
Streptomyces griseus 30 .

Tableau 3. Exigences de micro-organismes en température (°C) et en concentration critique d'oxygène (mmol/L

du milieu*h).

2.1.2 Aérobiose 

La consommation de l’oxygène (atmosphérique, dissous ou produit au cours de la

fermentation) et la production du gaz carbonique par les microorganismes aérobies
s’accompagnent par un dégagement de l’énergie, utile dans la synthèse de produits
(anabolisme), la locomotion ou la production de chaleur.

La présence ou l’absence d’oxygène dans la culture peut affecter en nature la

production de la substance par le même microorganisme, comme est le cas de Serratia

25 
marcescens qui produit un pigment rouge (prodigiosine) en aérobiose, et l’asparagine en
anaérobiose.

Le maintien de l’aérobiose dans le milieu de culture, pour les microorganismes

aérobies, doit se faire par injection régulière de l’oxygène dans le réservoir du bioréacteur, en
fonction de leurs concentrations critiques (Tableau 3). Le type et la vitesse d’agitation
(turbine, hélice…) au sein d’un bioréacteur devraient favoriser alors le mélange entre les trois
phases en anaérobiose : solide (maintien des cellules des microorganismes en suspension),
gazeuse (oxygénation) et liquide (réactifs acido-basiques, nutriments…).

2.1.3 Cultures 

Par analogie aux modes opérationnels d’un bioréacteur (Figure 17), la culture de
microorganismes peut se faire en discontinu (“batch”), semi-continu (“fed-batch”) ou continu
(thermostat).

L’évolution de la biomasse cellulaire (X), du substrat (S) et du produit recherché ou

métabolite (P) peut être approchée comme suit :

. croissance de X(t) avec un taux µ

Équation 1 
б.   consommation de S(t) par X(t) avec un taux б
Équation 2 
. production du métabolite P(t) par X(t) en consommant S(t) avec un taux θ
Équation 3 

Dans cette évaluation quantitative, basée sur l’équation de Monod, ou théorie de

“substrat limité”, il est nécessaire de considérer les hypothèses suivantes :

9 le bioréacteur est parfaitement mélangé (répartition homogène de biomasse et de

substrat ; Figure 17), et isotherme (température constante),
9 l’oxygène est apporté en excès,
9 le bioréacteur est alimenté sans apport de biomasse cellulaire,
9 les microorganismes (cellules) sont considérés comme un “groupe” d’enzymes (pas de
mortalité cellulaire),
9 et la source de carbone est le seul substrat limitant la croissance cellulaire (Figure 18).

26 
 P, produit formé (ou substrat bio-converti) ; Qa,
affluent ; Qe, effluent ; S, substrat ; Sa, substrat
ajouté par l’affluent ; V, volume utile de culture ;
X, biomasse cellulaire ; Xa, biomasse ajoutée par
l’affluent.

variation du volume de culture dans le bioréacteur

augmentation de X(t) par ajout de Xa au débit Qa

 
 
diminution de X(t) par extraction de X au débit Qe

Figure 17. Schéma d’un bioréacteur à culture

infiniment mélangée et fonctionnant en continu.

modèle théorique de Michaelis-Menten modèle empirique de Monod

Figure 18. Taux de croissance spécifique des ·  

cellules.

En remplaçant µ par sa valeur (Équation 1), et en considérant [б /

avec Yx/s,
rendement en biomasse formée par rapport au substrat consommé] (Équation 2), on obtient :
dX S
µmax · ·X
dt Ks S
Équation 4 

dS S
µmax · · X 
dt Yx/s Ks S
Équation 5 
Avec,

µ, taux de croissance spécifique des cellules,

 
 
 µmax, taux de croissance spécifique maximal des cellules (Kg de matière sèche
“MS” formée par Kg MS initiale par unité de temps),
S, concentration du substrat limitant la croissance microbienne (mole ou Kg/m3),
Ks, constante de saturation ou constante de Monod, correspondant à la moitié de la
vitesse de croissance maximale des microorganismes.
µmax et Ks varient d’un microorganisme à un autre, et dépendent des conditions de
culture telles le pH, la température, la nature du substrat…

Si le volume de culture (V) est variable (Équation 1 et Équation 2) :

. .

б. .

Etant donnée [Xa=0, X≠0, Sa≠0 et S≠0 ; Figure 17], le modèle mathématique
classique de la croissance cellulaire suivant peut être retenu :

. . .
Équation 6 
μ
. . . .
/
Équation 7 

A côté de cette quantification de la croissance bactérienne (équation de Monod), il

existe d’autres modélisations prenant en compte la dynamique interne de la culture en
bioréacteur, et la composition de la flore microbienne associée.

2.1.3.1 Fermentation en “batch” 

L’inoculum (“échantillon de microorganismes”) est introduit dans le bioréacteur après

l’une des deux opérations : stérilisation du “bioréacteur rempli du milieu de culture”, ou
stérilisation du bioréacteur vide et son remplissage par un milieu de culture stérilisé
séparément. Après l’inoculation (démarrage de la fermentation), la culture est aérée et agitée.
Le milieu de culture ne pourrait pas être réalimenté, mais des réactifs et produits d’ajustement

28 
(conditionnement du bioréacteur) peuvent l’être le cas échéant. Le bioréacteur est vidé en fin
de culture, et le produit recherché (ou le substrat converti) est séparé ou récupéré.

En mode discontinu, le volume de la culture est constant [Qa=Qe=0 ; Figure 17], et

selon l’Équation 6 et l’Équation 7 :

. . .
 
μ
. . . .
/

. .
 
μ
. .
/

.
Équation 8 
μ
.
/
Équation 9 

2.1.3.2 Fermentation en "fed­batch" 

En mode progressif ou semi-continu, la fermentation commence dans un petit volume

de milieu de culture (appelé pied de cuve), ensemencé par l'inoculum. Si la concentration de
l'inoculum ensemencé est importante, la fermentation démarre plus vite. En phase
exponentielle de la croissance bactérienne, le milieu de culture stérile est introduit dans la
cuve du bioréacteur. L’alimentation (Qa) est coupée dès que la cuve est remplie, et la culture
continue en mode discontinu : phase de ralentissement, suivie d’une phase stationnaire.

En mode semi-continu, deux cas se présentent en termes de modélisation de la

croissance cellulaire :

9 Qa est trop faible [V   , (dV/dt)≈0 ; Figure 17]; en fonction de sa valeur, la

concentration cellulaire (X) augmente de manière plus ou moins similaire qu’en mode
discontinu (Équation 8) ;

9 Qa est trop grand [V  0, (dV/dt)≠0, Qa≠0, Qe=0 ; Figure 17] ; la concentration en
biomasse microbienne (X) a tendance à diminuer du fait de la dilution [D = Qa/V], soit

29 
 une augmentation du volume “V” de la culture. A partir de l’Équation 6 et de
l’Équation 7, on peut écrire :

. . .
 
μ
. . . .
/

. .
 
μ
. . .
/

Équation 10 
 
μ
.
/
Équation 11 

2.1.3.3 Fermentation en continu 

L’alimentation (Qa) et le soutirage (Qe) se font en continu de telle sorte que le volume
du bioréacteur reste constant (Qa=Qe=Q≠0, (dV/dt)=Qa-Qe=0]. La culture est lancée
préalablement en discontinu, puis quand une concentration donnée de la biomasse cellulaire
est atteinte, le bioréacteur est soumis à une alimentation et un soutirage en continu tout en
maintenant un volume de culture constant. La condition d’équilibre nécessite aussi que le taux
de dilution (substrat suffisant) soit équivalent au taux de croissance cellulaire (pleine activité,
loin de la phase stationnaire). Le modèle d’équilibre totale est établi comme suit (Équation 6,
Équation 7) :

Équation 12 
 
μ
.
/
Équation 13 

2.1.3.4 Fermentation en continu avec recyclage de la biomasse 

En général, trois cas de bioréacteurs sont à distinguer pour la fermentation en continu

avec recyclage de la biomasse cellulaire :

30 
 9 recyclage au moyen d’une centrifugation de l’effluent (Qe) et réintroduction de la
suspension cellulaire concentrée dans le bioréacteur,
9 recyclage à l’aide d’un module membranaire de micro- ou ultrafiltration de l’effluent
(Qe) et restitution de la biomasse cellulaire dans le bioréacteur,
9 et simple décantation de l’effluent dans un décanteur secondaire, soutirage des
sédiments (bioflocs) et leur réinjection dans le bioréacteur (Figure 19.).

centrifugation
décantation

Figure 19. Schéma de bioréacteurs avec recyclage

de la biomasse cellulaire.

filtration

2.2 Transfert d’oxygène 

Dans un bioréacteur, les différentes phases (solide, liquide, gaz) sont impliquées dans
le transfert de substrat et des éléments nutritifs (passage intense et efficace d’une phase à
l’autre). Durant la croissance et le métabolisme cellulaires, il se produit le transfert en continu
des nutriments et des métabolites entre le milieu extérieur et la cellule.

En fermentation aérobie, le transfert d’oxygène (O2), étant peu soluble dans l’eau
comparativement à d’autres sources de carbone, de la phase gazeuse à celle liquide est crucial.
Il est largement influencé par des paramètres physico-chimiques.

En présence de deux phases (gaz-liquide par exemple), le transfert d’une substance

d’une phase à l’intérieur d’une interface, ou vice versa, est connu par le transfert de masse. Le

31 
flux massique (Ni) d’une substance est généralement proportionnel à la différence de sa
concentration à l’extérieur (C) ou à l’intérieur (Ci) de l’interface.

Ni = k.(Ci – C) k, coefficient de transfert de masse.

Équation 14 

Selon la théorie du “film” ou de la “double couche”, même si les phases des deux
fluides sont parfaitement mélangées, la turbulence dans chaque fluide diminue près de
l'interface les séparant, et un film mince du fluide stagnant ou laminaire, se forme de chaque
côté de l’interface. Le transfert de masse à travers cette interface se fait par diffusion
moléculaire, perpendiculairement au film.

La concentration en oxygène varie dans les zones proches de l'interface ; une

résistance de transfert de masse a lieu en grande partie dans le film, plus que dans la phase du
fluide correspondant.

En pratique, il est supposé que la résistance au transfert est négligeable dans

l’interface, soit un équilibre des deux phases (Figure 20). La différence entre les
concentrations d’oxygène dans les deux interfaces explique que l’oxygène peut être plus
soluble dans une interface par rapport à l’autre.

Figure 20. Schéma de transfert de masse selon le modèle de la “double couche” ou “films”.

Concentration en oxygène dans la phase gazeuse (CG), l’interface du côté de la phase gazeuse (CGi), la phase
liquide (CL) et l’interface du côté de la phase liquide (CLi) ; δG, épaisseur de l’interface gazeuse ; δL, épaisseur
de l’interface liquide.

32 
 En envoyant de l’air dans le bioréacteur (oxygénation de la phase liquide et
élimination des gaz toxiques), la concentration en O2 est 8 mg/l, contre 43 mg O2/l si on
insuffle de l’oxygène pur. La loi de Henry exprime la solubilité d’O2 dans un liquide par
rapport à sa pression partielle dans le gaz en contact avec la phase liquide :

 
Équation 15 

Où,
Cs, concentration de saturation dans la phase liquide (solution nutritive),
Po, pression partielle d’O2 dans la phase gazeuse (air),
et H, constante de Henry spécifique aux phases gazeuses et liquide.

Les étapes du transfert d’O2 depuis la bulle d’air jusqu’à la cellule en culture peut être
décomposé en plusieurs étapes (Figure 21.) :

1. diffusion rapide et homogène à l’intérieur de la bulle d’air vers l'interface gaz-liquide ;

2. diffusion à travers l’interface gaz-liquide (résistance négligeable) ; au sens contraire, le
CO2 passe du liquide à la bulle d’air ;
3. diffusion à travers le film liquide autour de la bulle d’air ; cette étape est lente, limitant le
transfert, et dépend de la température, les concentrations d’O2 dans la bulle d’air et le
liquide, et la viscosité du milieu de culture ;
4. mouvement de diffusion dans le liquide, généralement rapide, et dépend de l’efficacité du
mélange et de la viscosité du milieu de culture ;
5. diffusion à travers le film autour du floc cellulaire ;
6. entrée dans le floc cellulaire ;
7. diffusion à travers le floc cellulaire ;
8. diffusion à travers la membrane cellulaire ;
9. et réaction d’oxydation.

33 
 Figure 21. Schéma d’étapes (1 à 9) de transfert d’O2 depuis la bulle d’air jusqu’à la cellule.

Les étapes 5 et 7 sont lentes, et les cellules isolées sont toujours préférables à ceux qui
poussent en flocs cellulaires (ex. micro-organismes filamenteux), vu leur capacité à capter
l’O2. Si le bioprocessus utilise les cellules isolées en suspension, avec un mélange efficace de
la phase liquide, l'étape 3 est celle limitant le transfert d’O2. Au niveau de cette étape, le taux
de transfert d’O2 dans le film liquide est approché par l’équation suivante :

NL = kL.a.(Cs – CL)
Équation 16 

Où,

NL, transfert de masse (mMO2/l.h)

kL, coefficient de transfert (m/h)
a, superficie d’inter-échange par unité de volume (m-1),
kL.a, coefficient volumétrique de transfert d’O2 (h-1),
Cs, concentration de saturation d’O2 dans l’interface (≈solubilité de l’O2 dans la phase
liquide) (mM/l),
et CL, concentration d’O2 dans la phase liquide (mM/l).

En général, les paramètres qui influencent la capacité de transfert d'O2 d’un système de
fermentation sont en relation étroite avec :

9 la conception du fermenteur (turbine, chicanes, aérateurs et géométrie),

9 le milieu de culture (solubilité de l’O2, viscosité et présence d’agents tensioactifs),
34 
 9 l’organisme vivant (morphologie),
9 et le type du processus (vitesse d’agitation, débit d’aération, pression partielle d’O2,
température…).

2.3 Aération des fermenteurs 

Selon le système d’aération/oxygénation utilisé, on peut distinguer entre trois types de

bioréacteurs :

9 avec agitation mécanique de la phase liquide (turbine, hélice ou secouage), en plus de

l’aération surtout en anaérobiose,
9 avec agitation pneumatique (bullage de l’air dans le liquide assurant l’agitation et
l’oxygénation en même temps),
9 ou avec agitation par pompage, recirculation et jet du liquide dans l’air (fermenteur à
boucle externe à jet) ; Figure 22.

Les fermenteurs à jet peuvent disposer de plusieurs boucles. En général, l’agitation

pneumatique est la plus utilisée en fermentation, vu la minimisation de cisaillement des
cellules et des bulles d’air en comparaison avec les bioréacteurs à agitation mécanique, et
l’efficacité d’oxygénation de la phase liquide surtout en utilisant les fermenteurs à boucle.
Bien que les bioréacteurs de type colonne à bulles soit nettement plus économiques, mais
apparemment à phase liquide moins homogénéisée que les bioréacteurs à agitation
mécanique, il faudrait recourir à une évaluation des coûts des systèmes pneumatiques à
boucles.

35 
 colonne à bulles
boucle externe à jet

Figure 22. Schéma de bioréacteurs avec agitation

pneumatique.

“air lift” ou gazosiphon à boucle interne

 
 
3 Génie génétique

Le génie génétique ou ingénierie génétique s’intéresse à l’application des

connaissances et techniques génétiques pour des fins d’identification, d’isolement,
d’utilisation, de reproduction ou de modification ciblée et contrôlée des génomes des vivants.
Il en ressort des champs d’application variés, allant de la recherche scientifique à la
production de médicaments et de vaccins, et de denrées alimentaires…

3.1 Matériel génétique 

Les gènes, responsables de caractères phénotypiques ou fonctionnels, sont des

enchainements de molécules d’ADN (acide désoxyribonucléique) ou nucléotides (unités
d’informations héréditaires). Chaque nucléotide est composé d’une base azotée et d’une
armature (sucre désoxyribose + phosphate) liant les nucléotides les uns aux autres (Figure
23.). Les bases azotées sont assemblées par paires : la Cytosine (C) avec la Guanine (G), et
l’Adénine (A) avec la Thymine (T). Une double hélice à base de phosphate et de désoxyribose
lie ces macromolécules en une structure enroulée, donnant des chromosomes lors de la mitose
des cellules eucaryotes. Il est à noter que les liaisons entre les bases azotées est de type
hydrogène, alors que celles entre les nucléotides au niveau de l’armature de la double hélice
(deux brins) sont de type covalentes.

Figure 23. Schéma d’un nucléotide d’ADN.

D, sucre désoxyribose ; P, phosphate ; T, Thymine

(base azotée).

Le gène est alors une séquence de l’enchaînement des nucléotides en double hélice, de
bases azotées (A-T et C-G) dans un ordre particulier, servant de matrice pour la production
d’une protéine correspondante, responsable à son tour d’un caractère du vivant. Cette
transcription de l’information génétique depuis l’ADN (noyau) est assurée par l’ARNm (acide
ribonucléique messager) vers les autres parties de la cellule, favorisant ainsi la synthèse de
chaînes polypeptidiques (éléments de base des protéines). Contrairement à l’ADN, l’ARN est
constitué d’un seul brin nucléotidique, et comporte le sucre ribose à la place de celui
désoxyribose, et la base azotée “Uracile (U)” au lieu de la Thymine, formant liaison avec
l’Adénine lors de la transcription (A-U).
37 
 Chez les bactéries, organismes procaryotes sans histones, le génome est formé d’une
grande molécule circulaire d'ADN bicaténaire ou chromosome bactérien, et souvent de petites
molécules d’ADN circulaires ou plasmides. Ces derniers sont extrêmement mobiles et
peuvent passer d’une bactérie à une autre bactérie hôte et intégrer son chromosome.

Le matériel génétique viral, constitué soit d'ADN soit d'ARN, se trouve entouré d’une
couche protectrice de protéine, parfois aussi une membrane de lipides, ou capside (Figure 24.).
Pour se multiplier, le virus infecte une cellule hôte ; il peut entrer entier dans la cellule ou il y
injecte juste son matériel génétique. Le génome viral se substitue en totalité ou en partie au
génome cellulaire, détourne la machinerie cellulaire au profit du virus : répliques (copies) du
génome et des constituants viraux. Une myriade de nouveaux virus est formée alors après
assemblage, remplissent la cellule hôte, et la quittent quelques-uns à la fois (bourgeonnement)
ou par lyse (rupture de la membrane cellulaire).

Figure 24. Structure d’un virus bactériophage.

Les rétrovirus, ayant un matériel génétique principalement à base d’ARN, possèdent

aussi un enzyme spécial appelé transcriptase inverse qui utilise l’ARN viral pour fabriquer
l’ADN bicaténaire complémentaire pouvant intégrer le génome de la cellule hôte. Les gènes
viraux intégrés dans le génome de la cellule hôte connaissent une période de latence (de
quelques années à une durée indéfinie), et peuvent être activés en utilisant la machinerie de la
cellule hôte pour produire de nouveaux virus.

3.2 Synthèse des protéines 

Les fonctions des protéines sont multiples : structurelle, métabolique (enzymes),

hormonale, immunitaire, transport membranaire au niveau de la cellule… Deux phases
successives caractérisent la synthèse protéique : la transcription et la traduction.

38 
 La double hélice de l’ADN est “dissociée” partiellement par des enzymes en rompant
les liaisons entre les paires de bases azotées complémentaires. Ensuite, un brin monocaténaire
d’ARNm est synthétisé sur base d’une séquence génétique de l’un des brins intacts de l’ADN.
Une séquence d’ADN de type par exemple " GATCAT” donnera une séquence d’ARNm
complémentaire de type “CUAGUA”. Le segment de l’ADN, ayant servi pour la transcription
(constitution de l’ARNm), reprend après sa forme initiale de double hélice.

L’ARNm complémentaire, formé au niveau du noyau, passe dans le cytosol ou

hyaloplasme via des pores de la membrane nucléaire. L’information transcrite par l’ARNm
est transformée, grâce aux ribosomes, en une séquence d’acides aminés de telle sorte que
chaque codon (série de trois bases azotées de l’ARNm) code pour un acide aminé bien
déterminé. Par exemple, les codons AUG, CGA et AAU codent respectivement pour la
méthionine -codon initiateur-, l’alanine et l’asparagine, en mettant en jeu l’ARNt (ARN de
transfert). La chaîne peptidique, résultat de la traduction de l’ensemble de l’information
contenue dans l’ARNm correspond à une protéine particulière.

3.3 Recombinaison de l’ADN 
3.3.1 Sondes d’ADN 

Pour localiser un gène spécifique, parmi des milliers que comporte le génome humain
par exemple, on recourt à des techniques biologiques dites "sondes d’ADN", correspondant à
des molécules d’ADN monocaténaires relativement courtes et complémentaires sur les gènes
recherchés. A titre d’exemple, un segment du gène recherché “AGTTCG” aura comme
segment complémentaire ou sonde d’ADN “TCAAGC” (Figure 23.). Toutefois pour des
raisons structurelles au niveau des molécules d’ADN, la sonde d’ADN (séquence
complémentaire) s’écrit à l’envers “CGAACT”. La sonde d’ADN serait probablement
constituée d'au moins quelques douzaines de nucléotides, et conçue de façon à être radioactive
pour qu’elle soit détectée facilement.

La technique de transfert de Southern permet, en premier lieu, de séparer l’échantillon

d’ADN bicaténaire en un brin et de le transférer à une membrane en nylon. En solution avec
la membrane, les sondes d’ADN se lient à des séquences complémentaires, gènes recherchés
dans l’ADN, et après mise en contact avec une pellicule photographique sensible, les
séquences correspondant aux gènes recherchés donnent des taches foncées (Figure 23.).

39 
 3. Séparation des brins d’ADN et transfert
sur membrane de nylon
1. Echantillon d’ADN

4. Liaison de la sonde d’ADN (radioactive)

sur la séquence complémentaire (gène
2. Segment du gène recherché (à gauche) et
recherché)
segment complémentaire du gène
recherché ou sonde d’ADN (à droite)
Figure 25. Technique de transfert d’ADN de
Southern.

En ignorant la séquence du gène à rechercher, la sonde d’ADN peut être construite à

partir du produit protéique du gène en question (3.2, ci-dessus). La protéine, codée à partir de
ce gène, est isolée ; les 30 premiers acides aminés de la protéine sont identifiés, et à partir de-
là, les 90 premiers nucléotides de l’ARNm sont déterminés, soit au moins un segment du gène
recherché dans l’ADN.

 
 
 Les sondes d'ADN présentent un outil particulier pour l’identification des séquences
des gènes responsables de maladies, et l’établissement des empreintes génétiques spécifiques
de l’individu.

3.3.2 Isolement d'un gène 

A partir de son produit protéique, le gène peut être isolé ou “reproduit”. En d’autres
termes, la séquence de nucléotides d’une partie de la matrice d’ARNm peut être prédite selon
la séquence connue d’acides aminés. La synthèse de l’ADN à partir de l’ARN se fait in vitro
grâce à la transcriptase inverse (enzyme spécial des rétrovirus), en tant que complément du
brin de l’ARNm, soit l’ADN complémentaire (comportant le gène recherché au départ).

3.3.3 Amplification de l'ADN 

Pour avoir une quantité suffisante d’échantillons d’ADN, on recourt à l’amplification

en chaîne par la polymérase (ACP), technique inventée dans les années quatre-vingts.
L’appareil ACP correspond à un dispositif précis de chauffage et refroidissement.
L’échantillon d’ADN à amplifier, et d’autres ingrédients nécessaires à la réaction
[nucléotides, amorces (courtes molécules d’ADN monocaténaires), polymérase Thermus
aquaticus (polymérase Taq)] sont chauffés à une température d'environ 90-95 °C, entraînant
ainsi la séparation de chaque molécule d'ADN bicaténaire de l'échantillon d'origine en deux
brins monocaténaires (Figure 26.).

En abaissant légèrement la température, les amorces d'ADN se lient aux brins d’ADN
séparés sur des séquences complémentaires. Ensuite, la polymérase Taq se synthétise, et son
action permet le rallongement des amorces en complémentarité de chaque brin monocaténaire
d’origine. Ce qui marque la fin du premier cycle d’amplification de l’ADN avec un
doublement de la quantité d’ADN d’origine contenue dans l’échantillon (Figure 26.).

A chaque chauffage, suivi de refroidissement, de nouveaux cycles d’amplification

d’ADN se déclenchent. L’ADN complémentaire se synthétise sous l’action de la polymérase
Taq. ; des brins d’ADN désirés apparaissent, et après 20 ou 30 cycles, l’ADN désiré est
amplifié plusieurs millions de fois (Figure 26).

41 
 Figure 26. Schéma du processus d’amplification d’ADN.

3.4 Introduction d'un gène dans une cellule 

Un ADN étranger peut être introduit dans une cellule à l’aide d’un vecteur qui peut
être par exemples un virus modifié ou un plasmide. Pour utiliser un virus en tant que vecteur
d’ADN, on remplace les segments nocifs (servant à produire un nombre très élevé de
particules virales) de son matériel génétique (ADN) par l’ADN complémentaire à faire
pénétrer dans la cellule, et on provoque une “infection” virale. La cellule hôte procédera alors
à la synthèse de la protéine voulue sur base de l’ADN complémentaire introduit.
42 
 S’agissant des plasmides, ils contiennent plusieurs séquences courtes dites “sites de
restriction”. Les endonucléases de restriction reconnaissent ces sites et coupent le plasmide à
ces niveaux. L'ADN complémentaire (ex. gène codant l'insuline humaine) à insérer dans le
plasmide est modifié au niveau de ses extrémités en ajoutant des nucléotides selon l'enzyme
de restriction employé pour couper le plasmide. En définitif, il faut y avoir une
complémentarité entre les extrémités adhésives, de part et d’autre, de l’ADN complémentaire
et les extrémités adhésives du plasmide coupé.

Ensuite, on incube la séquence de l’ADN complémentaire modifiée (avec des

extrémités adhésives) dans une solution renfermant un plasmide coupé (avec des extrémités
adhésives) en présence d’un enzyme qui relie les segments d’ADN, appelé ADN ligase. Après
insertion de l’ADN complémentaire dans le plasmide coupé via les extrémités adhésives et
l’ADN ligase, on obtient un plasmide circulaire fermé qui renferme l'ADN complémentaire.

L’étape finale consiste en une incubation du plasmide sous des conditions particulières
avec des cellules bactériennes pour favoriser son passage dans ces cellules et assurer, par la
suite, la production de la protéine à transcrire à partir de l’ADN complémentaire renfermé
dans le plasmide. Le plasmide comportant l’ADN complémentaire possède aussi un gène de
résistance à un antibiotique donné. L’usage de ce dernier dans la culture bactérienne permet
de tuer les cellules n’ayant pas absorbé le plasmide modifié, et seules les cellules l’ayant
absorbé survivent.

43 
 Principales références

Edeline F. 1997. L’épuration biologique des eaux. Theorie & technologie des réacteurs. Editions
Cebedoc, Liège.

Lucchetti A. 2014. Modélisation et conception d’un système de culture de microalgues. Doctorat,

Institut des Sciences et Technologies, Palaiseau, France.

Menzella H. 2013. Procesos_biotecnológicos. Clase 8: transferencia de oxígeno.

http://www.academia.edu/5114833/procesos_biotecnológicos_ii_clase_8_transferencia_de_oxígeno
[consulté le 26.06.16].

Radoux M. et coll. 1993. Qualité et traitement des eaux. Université Internationale de la Francophonie
pour le développement africain Université Senghor Alexandrie, Egypte & Groupe de Recherches
MHEA, Fondation Universitaire Luxembourgeoise, Viville, Belgique.

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 Liste des illustrations
Figures
Figure 1. Sous-disciplines et domaines de spécialisation biologique selon la base de données Index
Copernicus. .............................................................................................................................................. 4
Figure 2. Procédé de base d’un bioréacteur............................................................................................. 6
Figure 3. Agitations axiale (à gauche) et radiale (à droite). .................................................................... 6
Figure 4. Types d’agitateurs. ................................................................................................................... 7
Figure 5. Jeune plantule de caroubier de 9 semaines provenant de la culture in vitro d'apex. ................ 8
Figure 6. Bioréacteur à biomasse fixée de type “biodisques” ............................................................... 11
Figure 7. Bioréacteur à biomasse fixée de type “lit bactérien”. ............................................................ 12
Figure 8. Bioréacteurs à biomasse libre. ............................................................................................... 12
Figure 9. Grandes étapes de la méthanisation. ...................................................................................... 13
Figure 10. Bioréacteurs anaérobies (fermenteurs)................................................................................. 14
Figure 11. Schéma de principe d’un photobioréacteur fermé. .............................................................. 17
Figure 12. Schéma typique d’un étang de stabilisation. ........................................................................ 20
Figure 13. Etang à poissons (Gambusia affinis). ................................................................................... 20
Figure 14. Schéma global de l’élimination biologique du phosphore. .................................................. 20
Figure 15. Schémas types de bioréacteurs à macrophytes..................................................................... 22
Figure 16. Classifications opérationnelle et biologique des bioréacteurs. ............................................ 23
Figure 17. Schéma d’un bioréacteur à culture infiniment mélangée et fonctionnant en continu. ......... 27
Figure 18. Taux de croissance spécifique des cellules. ......................................................................... 27
Figure 19. Schéma de bioréacteurs avec recyclage de la biomasse cellulaire. ...................................... 31
Figure 20. Schéma de transfert de masse selon le modèle de la “double couche” ou “films”. ............. 32
Figure 21. Schéma d’étapes (1 à 9) de transfert d’O2 depuis la bulle d’air jusqu’à la cellule. ............. 34
Figure 22. Schéma de bioréacteurs avec agitation pneumatique. .......................................................... 36
Figure 23. Schéma d’un nucléotide d’ADN. ......................................................................................... 37
Figure 24. Structure d’un virus bactériophage. ..................................................................................... 38
Figure 25. Technique de transfert d’ADN de Southern......................................................................... 40
Figure 26. Schéma du processus d’amplification d’ADN. .................................................................... 42

Tableaux 
Tableau 1. Exemple de classification du Monde vivant. ....................................................................... 10
Tableau 2. Types trophiques en fonction des sources d’aliments (minéraux ou organiques) et d’énergie
(lumineuse ou chimique). ...................................................................................................................... 10
Tableau 3. Exigences de micro-organismes en température (°C) et en concentration critique d'oxygène
(mmol/L du milieu*h). .......................................................................................................................... 25
 

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