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Hôpital de Bicêtre - Ecole d'été de Santé Publique et d'Epidémiologie - lnserm CESP U1018 Paris-Sud
Service Epidémiologie - 82, rue du Général Leclerc 94276 LE KREMLIN BICETRE cedex, France
Contact : Sandra Clares Vera - Tél. (33) 01.49.59.18.54 - E-mail : ecole.ete@inserm.fr - Site: www.eespe.u-psud.fr
Objectifs Programme
Ce module a pour but de fournir aux professionnels et responsables de la Santé - Méthodologie statistique : introduction à la notion de variabilité, statistique
des notions de base en statistique et en épidémiologie. descriptive, principe des tests
- Introduction à l’épidémiologie : différents types d’enquêtes, organisation d’une
enquête
Modalités Pédagogiques
Les cours théoriques seront suivis de séances de travaux dirigés. - Mesures de fréquence : taux, standardisation, …
- Evaluation des méthodes diagnostiques : sensibilité, spécificité et valeurs
prédictives
Pré-requis
Ce module s’adresse aux personnes qui n’ont aucune formation en statistique et - Notions de risque, biais et facteurs de confusion en épidémiologie
en épidémiologie.
- Puissance d’une enquête, nombre de sujets nécessaire
- Analyse critique d’un article en épidémiologie
- Les méthodes d’ajustement de Mantel - Haenszel
2 Initiation aux logiciels Epidata et Stata
F. Boufassa & A. Persoz
Objectifs Objectifs
Création de masques de saisie, saisie de données, contrôles de saisie. Apprentissage du logiciel Stata intégrant dans un environnement unique un jeu
complet de fonctions statistiques, graphiques, de gestion des données et un
langage de programmation.
Objectifs Programme
La prise en compte, dans l’analyse statistique, de la corrélation entre les mesures - Etude des sources de corrélation
d’une caractéristique se pose lorsque plusieurs de ces mesures proviennent d’un
même sujet. - Modèles pour données continues : - Modèles mixtes ou à effets aléatoires
C’est le cas dans les études longitudinales où l’on mesure pour différents individus - Modèles marginaux
à des échéances successives, une réponse biologique ou clinique. L’objectif de
l’analyse est de modéliser l’évolution de la réponse au cours du temps et l’in- - Modèles pour données discrètes : - Modèles mixtes ou à effets aléatoires
fluence des caractéristiques des sujets sur cette évolution. - Modèles marginaux : Generalized Estimating Equations
Cette corrélation ne peut pas être ignorée lors de l’analyse statistique. L’objectif
de ce module est de présenter, d’une façon pratique et appliquée, les méthodes et Modalités pratiques
les modèles statistiques les plus utilisés pour analyser ce type de données : d’une Les applications seront réalisées sur le logiciel STATA (xtmixed, xtgee, xtlogit,
part, les modèles mixtes et, d’autre part, les modèle GEE (Generalized Estimating xtpoisson, xtmelogit, xtmepoisson).
Equations).
Pré-requis
Même si l’objectif de ce cours est pratique, il comprendra certaines parties plus
théoriques. De ce fait, ce cours nécessite une bonne connaissance théorique et
pratique niveau M2 santé publique des modèles de régression usuels (les modèles
de régression linéaire et logistique).
6 Utilisation du logiciel R pour l’analyse statistique d’études
épidémiologiques et de recherche clinique - G. Antoni & K. Jean
Objectifs Programme
Etre autonome avec le logiciel R pour l’importation d’un tableau de données, la - Gestion d’une base de données : Importation d’une table, tri sur une variable,
génération de variables, la réalisation de statistiques descriptives, et des tests et sélection de lignes selon des conditions définies, fusion de plusieurs tables, géné-
modélisations les plus courants en épidémiologie et recherche clinique. ration de variables
Pré-requis
- Connaissances théoriques en Biostatistique et Epidémiologie : Le but de ce module n’est pas de discuter des résultats des analyses statistiques
- Au minimum, M1 de Santé Publique, CESAM, Module de Base de l’Ecole mais d’apprendre à utiliser les commandes pour réaliser ces analyses.
d’été (ou équivalent)
- Idéalement, M2 de Santé Publique – Epidémiologie ou Recherche Clinique.
- Connaissances pratiques :
- Bureautique, environnement Windows : pratique courante indispensable
- Logiciels statistiques (ex : SAS, Stata) : pratique courante conseillée
Modalités pédagogiques
Cours en salle d’informatique
Un stagiaire par micro-ordinateur
7 Analyse exploratoire de données multidimensionnelles sous R
L. Gautier, J-P. Teglas & A. Roux
Objectifs Programme
L’enseignement a pour objectif de prolonger les connaissances en statistique des- Présentation générale de l’analyse factorielle et des outils indispensables à l’ana-
criptive dans le domaine des méthodes d’analyse de données exploratoires multi- lyse des résultats (inertie, facteurs, contribution, …)
dimensionnelles et de les mettre en œuvre avec le logiciel R. Parmi ces méthodes,
on distingue deux grandes familles : les méthodes factorielles et les méthodes de Présentation et mise en œuvre sous R des 3 méthodes : ACP, AFC et ACM
classification.
Présentation générale de la classification ascendante hiérarchique et mise en
Les méthodes factorielles permettent de décrire les liaisons d’un grand nombre œuvre sous R
de variables prises conjointement. Elles comprennent pour l’essentiel l’Analyse en
Composantes Principales, l’Analyse des Correspondances Multiples et L’Analyse
des Correspondances.
Pré-requis
Connaissance souhaitée dans la manipulation des outils de statistiques descrip-
tives de base (CESAM, M1, module de base de l’Ecole d’été).
Le but des méthodes de classification est de réduire la taille de la population,
Pratique courante de l’informatique.
composée d’un grand nombre d’individus ayant des caractéristiques spécifiques,
Connaissance de base du logiciel de statistique R (au moins une initiation réali-
en construisant des groupes. En d’autres termes, on cherche à regrouper des
sée).
individus qui ont des caractéristiques proches afin de former une typologie de la
population sous forme de classes.
8 Epidémiologie environnementale - Environmental Epidemiology
R. Slama
Objectives
In industrialised countries, the vast majority of the disease burden is due to chronic
Lectures on current topics in the area of environmental epidemiology will be pro-
diseases, for which the proportion of cases attributable to purely genetic or infec-
vided by specialists from each area, such as air pollution epidemiology (Denis
tious factors is currently considered to be limited. Environmental epidemiology Zmirou-Navier, IRSET, EHESP and Inserm) and epigenetic epidemiology (Johanna
aims at understanding the impact of chemical and physical factors, as well as Lepeule, Inserm). Half a day will be devoted to the commentary of scientific
behaviours, on human health, in the general population as well as in an occupa- articles.
tional setting. The course will be given in English. It is coordinated by Rémy Slama, senior
investigator at Inserm (Team of Environmental Epidemiology, Inserm and Univ.
This 1-week full time course focuses on issues specific to environmental epidemio- Grenoble-Alpes).
logy within the field of epidemiology. The course is built with a balance between
methodological and more topical lectures. Duration
One week (30 hours). From 27/06 to 01/07/2016
Methods covered include study design (with an emphasis on designs relevant for
environmental epidemiology such as case-cohort, case crossover and time series
designs), exposure assessment (such as environmental models, personal dosime-
ters, exposure biomarkers), exposure misclassification (nature, consequences and
possible cures, such as measurement error models, with Anne Thiebaut, Inserm).
Risk management will also be discussed (to be confirmed). Issues less specific to
environmental epidemiology (e.g., regression modelling, confounding) will not be
covered as such.
9 Introduction à la sociologie de la santé
K. Diter & M. Rouzaud-Cornabas
Objectifs Programme
- Ce module propose une initiation à la sociologie (de la santé) pour les médecins, les - La sociologie (de la santé), quésaco ? - Définition de la
épidémiologistes et autres acteurs et professionnels de la santé publique. Son objectif sociologie - Présentation de ses postulats et principales méthodes
principal est de présenter l’intérêt et surtout les « bonnes manières » de recourir à des
variables sociales et/ou à des analyses sociologiques pour répondre à des questions ou - Les différents courants de pensée/d’analyse en sociologie de la santé - Illustra-
à des enjeux de santé publique. Pour ce faire, le séminaire a été découpé en plusieurs tion à partir d’articles et de recherches en santé sexuelle et reproductive
thématiques.
- Comment (bien) intégrer la sociologie en santé publique ? - Quels indicateurs
- Il s’agira tout d’abord de définir ce qu’est la sociologie, d’en présenter les postulats et mobiliser ? De quelle façon ? Qu’en conclure ? - L’importance des quatre variables
les principales méthodes et théories. Sera souligné à cette occasion ce que la sociologie sociales structurantes (et leurs interactions)
de la santé peut plus particulièrement apporter à la compréhension et à la description de
problèmes de santé ainsi qu’aux analyses épidémiologiques ou étiologiques. - Illustrations à partir d’une analyse critique de la littérature en sociologie et en
épidémiologie
- Ensuite, à partir d’une analyse critique d’articles publiés dans des revues biomédicales
et sociologiques, ce module propose de retracer le cheminement menant à la production - Application à partir des domaines d’intérêt des participant-e-s
de connaissances scientifiques dans le domaine des sciences sociales de la santé. Seront
abordées ici des questions plus pratiques telles que : quelles variables sociales utiliser ?
Comment ? Pour montrer quoi ? A l’aide de quels outils ou modèles statistiques ? Public concerné
Qu’en dire ?, etc. Etudiants en épidémiologie, médecins, chercheurs en santé publique ou tout autre
professionnel de la santé publique mobilisant ou souhaitant mobiliser des variables
- Un accent particulier sera mis sur l’interprétation (sociologique) des résultats issus de la sociales.
littérature présentée. L’intérêt de la sociologie ne se limite pas à l’utilisation des variables
sociales, mais se retrouve également (voire surtout) dans les significations qu’elle peut Pré-requis
donner aux liens statistiques mis en exergue. Aucun si ce n’est un goût ou un intérêt pour les sciences humaines et sociales.
- Dans un dernier temps, nous aborderons les conditions de validité et de généralisation
des études sociologiques et épidémiologiques, en questionnant la pertinence des outils Modalités pédagogiques
et des indicateurs utilisés (me permettent-ils de répondre à ma problématique ? Jusqu’à Enseignement sous forme de cours magistraux avec participation active des étu-
quel point ? N’y a-t-il pas d’autres instruments ou d’autres méthodes plus adéquats ?). diants. Enseignement sur une semaine, cinq demi-journées de trois heures.
10 Stratégie de recherche en épidémiologie
M. Canonico
Objectifs Programme
Décrire et comparer les différentes stratégies de recherche qui peuvent être utili- jour 1 : Stratégies de recherche en population
sées dans l’approche d’un problème de santé en population (étude cas-témoins, Elaboration d’un protocole I – Approche Cas-Témoins
cohorte, essai d’intervention).
jour 2 : Analyse d’une étude cas-témoin
Cet enseignement interactif résumera les points clés d’une étude épidémiologique Interprétation d’une étude cas-témoins
en prenant comme exemple l’évaluation des effets secondaires d’un traitement.
L’apport de la pharmacoépidémiologie dans l’évolution des pratiques médicales jour 3 : Elaboration d’un protocole II – Etude de cohorte (protocole et mo-
sera également discuté. dèle de Cox avec exposition dépendante du temps)
Comparaison cohorte/cas-témoins
Programme
Stratégies de recherche en population et élaboration d’un protocole. jour 4 : Principe des méta-analyses et applications
Bonnes pratiques en recherche épidémiologique.
Régression logistique conditionnelle et modèle de Cox avec exposition dépendante jour 5 : Elaboration d’un protocole III – Réaliser une étude de cohorte de A à Z
du temps (applications pratiques à partir de sorties SAS).
Interprétation des résultats (biais, puissance, analyse quantitative des données de
la littérature, …) et écriture scientifique.
Impact de données nouvelles sur les pratiques médicales (agences sanitaires,
médias,..).
Pré-requis
Connaissances de base en méthodologie statistique et épidémiologie.
11 Méthodes psychométriques en qualité de vie
C. Lalanne & M. Duracinsky
Objectifs Programme
Ce module a pour objectif de fournir les bases statistiques nécessaires à la valida- - Intérêt, rôle et utilisation des mesures patients (Patient Reported Outcomes ou
tion d’instruments de mesure patients, tels que les questionnaires de qualité de PRO) dans les essais cliniques et les études transversales, illustrations dans le
vie, les échelles psychiatriques, de symptômes ou de douleur. En alternant théorie domaine des maladies chroniques
et pratique, ce cours vise à rendre le participant autonome dans la gestion et - Théorie classique des tests et méthodes d’analyse factorielle (exploratoire et
l’analyse de données auto-rapportées par les patients, de construire des modèles confirmatoire)
multivariés permettant de vérifier la validité de la mesure et la fidélité de scores - Théorie de réponse à l’item et approches par équations structurelles
composites dérivés à partir de mesures patients. - Modélisation multi-groupe et invariance de mesure
- Applications avec le logiciel R
Public concerné
Toute personne désirant se familiariser avec la validation psychométrique de ques-
tionnaires de qualité de vie ou d’échelle psychiatrique pour une utilisation en Pré-requis
recherche clinique ou en épidémiologie. Connaissances de base en statistique descriptive et méthodes d’analyse de don-
nées multivariées de type analyse en composantes principales (ACP), connais-
sance élémentaire du logiciel R.
Enseignants et membres du comité de direction
ANTONI G. INSERM SC10 - US19 JAUSSENT I. INSERM U1061 - Pathologies du système nerveux épidémiologie
clinique
BOUFASSA F. INSERM CESP U1018 - EQ04 - VIH-Pédiatrie
LE DELEY M.C. Institut Gustave Roussy - Dpt. de Biostatistique et d’Epidémiologie
BOUSQUET V. InVS - Dpt. Maladies Infectieuses
LE STRAT Y. InVS - Dpt. Maladies Infectieuses
BOUYER J. INSERM CESP U1018 - EQ04 - VIH-Pédiatrie
LEPEULE J. INSERM U823 - Epidémiologie environnementale appliquée à la
BRIAND N. URC - Necker-Cochin
reproduction et la santé respiratoire
CANONICO M. INSERM CESP U1018 - EQ08 - Epidémiologie du vieillissement et
MADEC Y. Institut Pasteur - Unité d’Epidémiologie des Maladies Émergentes
des maladies liées à l’âge
METHY N. INSERM CESP U1018 - EQ07 - Sexualité et soins
CHEVRIER C. INSERM - IRSET
MEYER L. INSERM CESP U1018 - EQ04 - VIH-Pédiatrie
COUMOUL X. INSERM UMRS-747 - Pharmacologie, toxicologie et signalisation
cellulaire PANJO H. INSERM CESP U1018 - EQ07 - Sexualité et soins
CLARES VERA S. INSERM CESP U1018 - EQ04 - VIH-Pédiatrie PERSOZ A. INSERM CESP U1018 - EQ04 - VIH-Pédiatrie
DITER K. INSERM CESP U1018 - EQ07 - Sexualité et soins RACHAS A. INSERM CESP U1018 - EQ04 - VIH-Pédiatrie
DUGRAVOT A. INSERM CESP U1018 - EQ08 - Epidémiologie du vieillissement et ROUX A. INSERM CESP U1018 - EQ07 - Sexualité et soins
des maladies liées à l’âge
SERA B. INSERM SC10 - US19
EMPANA J.P. INSERM U970 - Paris - Centre de recherche Cardiovasculaire
SLAMA R. INSERM U823 - Epidémiologie environnementale appliquée à la
(PARCC)
reproduction et la santé respiratoire
GAUTIER L. GERCIE - Université François Rabelais de Tours
TEGLAS J.P. INSERM CESP U1018 - EQ04 - VIH-Pédiatrie
GHISLAIN M. INSERM CESP U1018 - EQ04 - VIH-Pédiatrie
THIEBAUT A. INSERM U657 - Pharmaco-épidémiologie et maladies infectieuses
HEUDE B. INSERM UMR 1153 - Origines précoces de la santé et du dévelop-
ZMIROU-NAVIER D. IRSET, EHESP, INSERM
pement de l’enfant (ORCHAD)
Formulaire de pré-inscription
Photo
Nom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Prénom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Fonction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . du 27 juin au 8 juillet 2016
Date de naissance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Diplômes universitaires . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Sexe ❏ M ❏ F ............................................................
Nom de la société : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .............................................................
Adresse professionnelle : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .............................. ...............................
............................................................. Situation professionnelle actuelle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
CP . . . . . . . . . . . . . . . . Ville . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .............................................................
Pays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ..............................................................
Tél prof. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .............................. ...............................
Fax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . * Avez-vous déjà suivi un enseignement en statistique ?
E-mail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ❏ oui ❏ non, si oui, le(s)quel(s) ? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Adresse à laquelle le courrier doit être envoyé : .............................................................
Nom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .............................................................
................................................................ . Lieux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Année(s) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
................................................................
CP . . . . . . . . . . . . . . . . Ville . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Vous pouvez également vous inscrire en ligne à l’adresse suivante :
http://www.eespe.u-psud.fr
Pays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Nous attirons votre attention sur le fait que les demandes d’inscription en ligne seront
Tél portable . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . traitées prioritairement aux inscriptions faites par courrier.
- Avez-vous déjà suivi un enseignement en épidémiologie ? Enseignement de base à temps complet du 27 juin au 8 juillet
❏ oui ❏ non, si oui, le(s)quel(s) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1. Méthodologie de base en statistique et en épidémiologie
..............................................................
Enseignement le matin du 27 juin au 8 juillet
Lieu(x) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Année(s) . . . . . . . . . . . . .
2. Initiation aux logiciels Epidata et Stata
- Avez-vous déjà suivi le STARC ? ❏ oui ❏ non, 3. Traitement des données manquantes par imputation multiple
Lieu(x) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Année(s) . . . . . . . . . . . . 4. Régression multiple en épidémiologie : modèle logistique et modèle de Cox
. - Avez-vous déjà suivi un enseignement en santé publique ?
Enseignement l’après-midi du 27 juin au 8 juillet
❏ oui ❏ non, si oui, le(s)quel(s)
5. Introduction à la modélisation des données longitudinales : utilisation des
Lieu(x) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Année(s) . . . . . . . . . . . . . modèles mixtes et des GEE
- Avez-vous déjà suivi un enseignement de l’école d’été ? 6. Utilisation du logiciel R pour l’analyse statistique d’études épidémiologiques
❏ oui ❏ non, si oui, le(s)quel(s) et de recherche clinique
Lieu(x) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Année(s) . . . . . . . . . . . . .
Enseignement à temps complet du 27 juin au 1er juillet
- Quel(s) logiciel(s) utilisez-vous pour analyser vos données ? . . . . . . . . . . . . . . . . . .
7. Analyse exploratoire de données multidimensionnelles sous R
............................................................. 8. Epidémiologie environnementale
Inscription :
- à titre individuel ❏ Enseignement l’après-midi du 27 juin au 1er juillet
- en formation permanente Inserm ❏ 9. Introduction à la sociologie de la santé
- en formation permanente non Inserm ❏
Enseignement le matin du 4 juillet au 8 juillet
Ce formulaire, accompagné d’une photo d’identité, doit être retourné le plus ra- 10. Stratégie de recherche en épidémiologie
pidement possible avant le 13 mai 2016 à l’Hôpital de Bicêtre Ecole d’Eté de
Santé Publique et d’Epidémiologie - INSERM CESP U1018 Service Epidémiologie - Enseignement l’après-midi du 4 juillet au 8 juillet
82 rue du Général Leclerc - 94276 Le Kremlin-Bicêtre Cedex (France) 11. Méthodes psychométriques en qualité de vie
Pour vérifier si les modules sont compatibles, vous pouvez aller sur le site internet de
l’école d’été : www.eespe.u-psud.fr. maquette : davidhaddad.com