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3éme

ANNEE
FACULTE DE MEDECINE
D’ALGER.DEPARTEMENT
DE MEDECINE.CYCLE
GRADUE.

COMITE PEDAGOGIQUE
DE MICROBIOLOGIE

[CAHIER MODULE
MICROBIOLOGIE]
Dans ce cahier vous trouverez les informations relatives au module : les objectifs d’enseignement, les
intitulés des cours, les modalités d’enseignement, et d’évaluation, les références bibliographiques, le
programme des cours.
Durée une année
1. Objectifs pédagogiques
Objectifs généraux

1) Acquérir les concepts nécessaires pour le diagnostic des infections


bactériennes et virales

2) Acquérir les bases nécessaires pour le traitement antibactérien et antiviral

3) Acquérir les connaissances nécessaires pour la mise en place de la


prévention primaire et secondaire des infections bactériennes et virales.

4) Appliquer certaines techniques de base de diagnostic bactériologique et


virologique au laboratoire

BACTERIOLOGIE

Objectifs intermédiaires

Acquérir les concepts nécessaires pour le diagnostic des infections bactériennes

1. Définir les bases fondamentales de la structure et de la physiologie des


bactéries
2. Décrire Les bactéries d’intérêt médical et leur pouvoir pathogène.
3. Décrire le diagnostic bactériologique (prélèvements, méthodes et
interprétation).

Objectifs spécifiques

Définir les bases fondamentales de la structure et de la physiologie des bactéries

1) Définir les bactéries


2) Classer les bactéries
3) Décrire les bases de la physiologie bactérienne
4) Définir les principaux éléments génétiques des bactéries.
5) Décrire les principaux mécanismes génétiques des bactéries.
6) Décrire les différents types de relation hôte/bactérie.

Décrire les bactéries d’intérêt médical et leur pouvoir pathogène.

1) Reconnaitre les caractéristiques morphologiques, culturales et


biochimiques spécifiques des bactéries.
2) Décrire les critères de classification des bactéries d’intérêt médical en
famille, genre et espèce.
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3) Décrire la physiopathologie des infections bactériennes : porte d’entrée,
modes de contamination et mécanisme physiopathologique.
4) Décrire le pouvoir pathogène des bactéries.
5) Corréler les bactéries à l’infection en cause.

Décrire le diagnostic bactériologique

1) Indiquer les différents prélèvements à effectuer, en fonction de l’infection et


de l’agent étiologique suspecté.
2) Décrire les modalités de prélèvement, de transport et de conservation
3) Rappeler l’importance de la fiche de renseignement qui doit accompagner
le prélèvement
4) Enumérer les différentes étapes du diagnostic bactériologiques
direct : microscopie, culture, identification biochimique, identification
moléculaire, tests rapides, tests de sensibilité aux antibiotiques.
5) Enumérer les différentes étapes du diagnostic bactériologiques indirect :
sérologie, test rapide
6) Indiquer la démarche diagnostic bactériologique à suivre en fonction de
l’infection et de l’agent suspecté, en respectant la hiérarchisation des
examens
7) Interpréter les résultats d’analyses bactériologiques

Objectifs intermédiaires

Acquérir les bases nécessaires pour le traitement antibactérien

Définir les antibiotiques


- Classer les antibiotiques
- Définir les modes et spectre d’action.
- Décrire les principaux mécanismes de résistance aux
antibiotiques.
- Décrire et Interpréter les résultats des tests de sensibilité des
bactéries aux antibiotiques.

III - Acquérir les connaissances nécessaires pour la mise en place de la


prévention primaire et secondaire des infections bactériennes.
1. Définir les moyens de prévention primaire
2. Définir les moyens de prévention secondaire : sérothérapie
3. Définir les infections associées aux soins et les moyens de
prévention

1- Définir les moyens de prévention primaire


- Définir les différentes mesures de prévention des
infections bactériennes
- Définir la vaccination
- Décrire les bases immunologiques de la vaccination
- Indiquer les différents types de vaccinsbactériens
- Lister les indications des différents vaccins
- Lister les contres indications des différents vaccins

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- Lister les effets secondaires des différents vaccins
- Décrire le calendrier vaccinal en Algérie

2- Définir les moyens de prévention secondaire : sérothérapie


- Définir les différentes mesures de prévention des
infections bactériennes
- Rappeler les bases immunologiques de la sérothérapie
- Lister les indications de la sérothérapie.

3- Définir les infections associées aux soins et les moyens de


prévention
- Acquérir les concepts d’hygiène générale de base : hygiène des
mains, hygiène d’environnement, les isolements protecteurs et
sources
- Définir les antiseptiques et leurs indications
- Définir les désinfectants et leurs indications
- Définir les différentes méthodes de stérilisation

IV. Appliquer certaines techniques de base de diagnostic


bactériologique au laboratoire.

1. Appliquer des techniques bactériologiques


- Effectuer un examen microscopique : lire au microscope optique,
mise au point, lecture de lame, état frais, les colorations (Bleu de
méthylène, Gram).
- Effectuer un isolement sur milieux de culture bactérienne
- Reconnaitre les caractéristiques d’une culture bactérienne
- Reconnaitre les caractéristiques biochimiques d’une culture
bactérienne
- Identifier les bactéries selon leurs caractéristiques culturales et
biochimiques.
- Lire et interpréter les tests de sensibilité : antibiogramme.

OBJECTIFS DE LA VIROLOGIE

I- Acquérir les concepts nécessaires pour le diagnostic des infections


virales
1- Définir les bases fondamentales de la structure et de la physiologie des
virus
2- Décrire Les virus d’intérêt médical et leur pouvoir pathogène.
3- Décrire le diagnostic virologique (prélèvements, méthodes et interprétation).

1. Définir les bases fondamentalesde la structure et de la physiologie des


virus
- Définir les virus.
- Classer les virus
- Décrire les bases de la physiologie virale.
- Définir les principaux éléments génétiques des virus.
- Décrire les principaux mécanismes génétiques des virus.

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- Décrire les différents types de relation hôte/virus.

2. Décrire les virus d’intérêt médical et leur pouvoir pathogène.


- Reconnaitre les bases morphologiques spécifiques des virus.
- Décrire les critères de classification des virus d’intérêt médicale
- Décrire la physiopathologie des infections virales : porte d’entrée,
modes de contamination et mécanisme physiopathologique.
- Décrire le pouvoir pathogène des virus.
- Corréler les virus à l’infection en cause.

3. Décrire le diagnostic virologique


- Indiquer les différents prélèvements à effectuer, en fonction de
l’infection et de l’agent étiologique suspecté.
- Décrire les modalités de prélèvement, de transport et de
conservation.
- rappeler l’importance de la fiche de renseignement qui doit
accompagner le prélèvement
- Enumérer les différentes étapes du diagnostic virologique
direct : recherche d’antigène viraux, culture cellulaire, isolement,
tests rapides et techniques de biologie moléculaire.
- Enumérer les différentes étapes du diagnostic virologique indirect :
tests immunoenzymatiques, tests d’agglutination, tests rapides.
- Indiquer la démarche du diagnostic virologique à suivre en fonction
de l’infection et de l’agent suspecté, en respectant la hiérarchisation
des examens
- Interpréter les résultats d’analyses virologiques

II -Acquérir les bases nécessaires pour le traitement antiviral


1. Définir les antiviraux
- Classer les antiviraux
- Définir le mode d’action et les cibles des antiviraux
- Identifierles limites des antiviraux.
- Reconnaitre les indications thérapeutiques des antiviraux.

III - Acquérir les connaissances nécessaires pour la mise en place de la


prévention primaire et secondaire des infections virales.
1. Définir les moyens de prévention primaire
2. Définir les moyens de prévention secondaire : sérothérapie
3. Définir les infections associées aux soins et les moyens de
prévention

1. Définir les moyens de prévention primaire


- Définir les différentes mesures de prévention des infections virales
- Définir la vaccination
- Décrire les bases immunologiques de la vaccination
- Indiquer les différents types de vaccins viraux
- Lister les indications des différents vaccins
- Lister les contres indications des différents vaccins
- Lister les effets secondaires des différents vaccins
- Décrire le calendrier vaccinal en Algérie

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2- Définir les moyens de prévention secondaire : sérothérapie
- Définir les différentes mesures de prévention des infections virales
- Rappeler les bases immunologiques de la sérothérapie
- Lister les indications de la sérothérapie.

3- Définir les infections associées aux soins et les moyens de


prévention
- Acquérir les concepts d’hygiène générale de base : hygiène des
mains, hygiène d’environnement, les isolements protecteurs et
sources
- Définir les antiseptiques et leurs indications
- Définir les désinfectants et leurs indications
- Définir les différentes méthodes de stérilisation

V. Appliquer certaines techniques de base de diagnostic


virologique au laboratoire.

1. Appliquer des techniques virologiques


- Lire et interpréter les tests immunoenzymatiques : Elisa, western Blot
- Lire et interpréter les tests d’agglutination
- Lire et interpréter les tests rapides
- Décrire les différents types de cultures cellulaires
- Identifier les virus selon l’Effet cytopathogène (ECP) sur

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2. INTITULES DES COURS
1° TRIMESTRE
1. Le Monde Microbien
2. Généralités classification et structure bactérienne
3. Physiologie bactérienne
4. Génétique bactérienne
5. Relation hôte bactérie, flore normale
6. Manifestations du conflit hôte bactérie
7. Les Antibiotiques : Classification
8. Les Antibiotiques : Les résistances
9. Rôle du laboratoire. dans le suivi du TRT antibiotique
10. Antiseptiques, désinfectants et stérilisation
11. Les vaccins bactériens
12. Les principaux groupes de germes en pathologie humaine (cocci à Gram(+)
et Gram (-)
13. Les principaux groupes de germes en pathologie humaine (bactéries à Gram
négatif : entérobactéries, pseudo, vibrio)
2°TRIMESTRE
1. Bactéries Gram(-): haemophilus, bordetella, brucella, campylo, hélico,
legionnelle
2. Les bactéries anaérobies
3. Les principaux groupes de germes en pathologie humaine (bacilles à
gram(+) :listéria, coryné, bacillus et mycobactéries)
4. Diagnostic bactériologique : les prélèvements et les méthodes de diagnostic
5. Les Virus : Définition, Structure et Classification
6. Multiplication des Virus des Animaux
7. Physiopathologie des Infections virales (1)
8. Physiopathologie des infections virales (2)
3° TRIMESTRE
1. Virus à ADN : Herpesviridae
2. Autres virus à ADN : Adenovirus, Papillomavirus, Papovavirus
3. Virus à ARN : Picornaviridae, Rétroviridae
4. Diagnostic Virologique
5. Traitement et Prévention des Infections Virales (1)
6. Traitement et Prévention des Infections Virales (2)

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3. MODALITES D’ENSEIGNEMENT
Cours magistraux, Travaux Dirigés

4. MODALITES D’EVALUATION
Epreuve sous forme de QCM

5. REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
 Berche P, Gaillard JL, Simonet M.
Bactériologie. Bactéries des infections humaines. Collection de la biologie à la
clinique. Médecine-Sciences Flammarion. 1988. 658 pages.
 Avril JL, Dabernat H, Denis F et Monteil H.
Bactériologie clinique. Edition Marketing. 1992. 511 pages.
 Nauciel C, Vilde JL.
Bactériologie médicale. Collection « Abrégés connaissances et pratique ».
Editions Elsevier/ Masson. 2009. 258 pages
 Site WEB :www.microbes-edu.org/etudiant/sombacterio.htm

RESPONSABLE DU MODULE : Pr S.BOUZEGHOUB

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PROGRAMME DES COURS
Dimanche- Mercredi : ANNEXE MAHERZI . Amphi B

Groupe A Groupe B
INTITULE DES COURS Dimanche Mercredi Enseignants

15h15 -16h30 13h30 - 15h

Le Monde Microbien 04 Oct 2015 07 Oct 2015 Pr. AMHIS

Généralités classification et 11 Oct 2015 14 Oct 2015 Pr. YALA


structure bactérienne

Physiologie bactérienne 18 Oct 2015 21 Oct 2015 Pr. BENSLIMANI

Génétique bactérienne 25 Oct 2015 28 Oct 2015 Dr. NAIT KACI

Relation hôte bactérie, flore 01 Nov 2015 04 Nov 2015 Dr MECHOUET


normale

Manifestations du conflit hôte 08 Nov 2015 11 Nov 2015 Dr. FERRAD


bactérie

Les Antibiotiques : Classification 15 Nov 2015 18 Nov 2015 Dr. MECHOUET

Les Antibiotiques : Les résistances 22 Nov 2015 25 Nov 2015 Dr. ZIANE

Rôle du laboratoire. dans le suivi 29 Nov 2015 02 Dec 2015 Dr.


du TRT antibiotique BENAMROUCHE

Antiseptiques, désinfectants et 06 Dec 2015 09 Dec 2015 Pr. AMHIS


stérilisation

Les vaccins bactériens 13 Dec 2015 16 Dec 2015 Pr. BENSLIMANI

VACANCES D’HIVER

Les principaux groupes de germes


en pathologie humaine (cocci à Dr. FERRAD
Gram(+) et Gram (-)

Les principaux groupes de germes


en pathologie humaine (bactéries Pr. AMHIS
à Gram négatif : entérobactéries,
pseudo, vibrio)

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Bactéries Gram(-): haemophilus, Dr. NAIT KACI
bordetella, brucella, campylo,
hélico, legionnelle

Les bactéries anaérobies Pr. BENSLIMANI


Les principaux groupes de germes
en pathologie humaine (bacilles à
gram(+) :listéria, coryné, bacillus Dr.BENAMROUCHE
et mycobactéries)
Diagnostic bactériologique : les
prélèvements et les méthodes de Dr. AMMARI
diagnostic

Les Virus : Définition, Structure et Dr. BOUZEGHOUB


Classification

Multiplication des Virus des Dr. GOURARI


Animaux
Physiopathologie des Infections
virales Dr. BENSALEM

Virus à ADN : Herpesviridae Dr. DERRAR

Vacances de printemps

Virus à ADN : Adenovirus, Dr. YEDDOU


Papillomavirus, Hepadnavirus

Virus à ARN : Virus des Hépatites Dr BENSALEM


C, A et E
Virus à ARN : Picornaviridae,
Rétroviridae Dr. BOUZEGHOUB

Virus à ARN : Paramyxoviridae Dr DERRAR


Orthomyxoviridae

Diagnostic Virologique Pr. SEGHIER

Traitement et Prévention des


Infections Virales Dr. YEDDOU

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