Licence microbiologie

REPUBLIQUE ALGERIENNE
DEMOCRATIQUE ET POPULAIRE
MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT
SUPERIEUR
ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE
L.M.D.
LICENCE ACADEMIQUE

Université de Tissemsilt

Faculté : Sciences et technologies

Département : Sciences de la Nature et de
la Vie

Domaine : DOMAINE 4 : SCIENCES DE LA

NATURE ET DE LA VIE

Filière : SCIENCES BIOLOGIQUES

Spécialité : Microbiologie

1
 Licence microbiologie

Partie I : Biologie moléculaire :

1. Expression de l’information génétique: synthèse protéique (Transcription, Traduction).
I) Definition de la transcription :
La transcription est le processus de copie du materiel genetique (ADN) en ARN.
Chez les procaryotes une seule ARN polymerase-ADN dépendante effectue la transcription
pour tous les types d'ARN, tandis que chez les eucaryotes, trois ARN polymerases (ARNpol)
interviennent : l'ARNpol I pour les ARN ribosomiques transcrits dans le nucleole (28S, 18S et
5,8S), l'ARNpol II pour les ARNm, et l'ARNpol III pour les petits ARN (ARNt, ARNr 5S, ARNsn).
Pour certains virus a ARN enfin, l'ARN est transcrit par une ARNpol-ARN dependante appelee
aussi replicase.
a) Les particularites des ARN polymerases sont :
• Qu'elles n'ont pas besoin d'amorces pour fonctionner.
La polymerisation se fait dans le sens 5' 3', donc lecture du brin d'ADN dans le sens 3' —> 5'.
• L'ARN ne reste pas apparie au brin d'ADN pendant la synthese.
• Les ARN polymerases n'ont pas d'activite de relecture (activite exonucleasique 3' —> 5').
• La vitesse de synthese est inferieure a celles des ADN polymerases (environ 50
nucleotides/seconde).
Gene :
Le gene est l'unite fonctionnelle de l'information genetique. Il est constitue d'un ensemble de
nucleotides qui contient toutes les informations necessaires pour transcrire un ARNm (figure
1).

Figure 1: Structure general d'un gene chez les eucaryotes. (CRE [Cyclic AMP Responsive
Element], TRE [12-O-Tetradacanoylphorbol 13-acetate Responsive Element]: des
éléments de réponse).
ARNm: Une succession de nucléotides sous forme de long filament a un seul brin. C'est un
vecteur du message dictant la séquence des protéines entre chaque gène et la protéine
correspondante.
Promoteur: Site sur l'ADN d'une centaine de bases auquel l'ARN polymerase (ainsi que
les facteurs d'initiation requis) se fixe pour commencer la transcription. Chez E. coli il ya
environ 2000 sites promoteurs (4.8 x106 pb), elles sont qualifies d'éléments cis.

Figure.2: Structure partielle de l'opéron lactose d’E. coli (Lodish et al., 2003).

2
 Licence microbiologie

Figure.3: Structure du promoteur bactérien.

1-2-ARN polymérase
L'ARN polymérase assume de multiples fonctions dans le processus de la transcription:
- Elle cherche les promoteurs
- Elle déroule le fragment à transcrire pour produire une matrice simple brin
- Elle sélectionne les NTPs corrects et catalyse la formation des liaisons phosphodiester.
- Elle détecte les signaux de terminaison.
- Elle interagit avec les protéines de régulation de l'expression génétique (activateurs,
répresseur).
Les ARN polymérases réalisent essentiellement les mêmes réactions dans toutes les
cellules procaryotes et eucaryotes. Les bactéries possèdent une seule ARN polymérase
(l'enzyme minimale) capable à elle seule de synthétiser de l'ARN, elle est composée de
quatre sous unités, chacune codée par un gène différent. Elle comprend la sous-unité σ et
deux sous- unité α et un exemplaire de chacune des sous-unités β, β' (fig. 4), et une sous-
unité ω (n'est pas essentielle à la transcription mais elle a un rôle dans la stabilisation du
complexe). La forme active de l'enzyme contient les sous-unités α2 ββ'ω-σ (PM ≈ 500000
Da). Parmi ces sous unités les polypeptides β, β' sont à l'origine de l'activité catalytique et
constituent le site actif de la transcription, ce site ressemble à celui de l'ADN polymérase
par le fait que sous sa forme active, il contient deux ions métalliques. La sous unité σ aide
à trouver un site promoteur ou' doit commencer la transcription.

Figure.4:Structure de l'ARN polymérase des bactéries.

La transcription chez les procaryotes ce fait au niveau du cytoplasme, elle est
polycistronique car plusieurs gènes peuvent être transcrit par la même polymérase (Ex.
L'opéron lactose). Par contre chez les eucaryotes, celle-ci se fait au niveau du noyau, et
une polymérase transcrit un seul gène, on dit qu'elle est monocistronique (fig. 5).

3
 Licence microbiologie

Figure.5: Synthèse monocistronique (eucaryotes) et polycistronique (procaryotes) de

l'ARNm (Clark, 2005).
1-3-Étapes de la transcription chez les procaryotes
La synthèse de l'ARN, comme presque toutes les réactions biologiques de polymérisation
comprend trois étapes: l'initiation, l'élongation, et la terminaison.
1-3-1- Initiation
Cette étape initiale est appelée "fixation sur le brin matrice". Chez les bactéries, cette
fixation est établie quand la sous unité σ (élément trans) de l'ARN polymérase reconnaît
le promoteur (éléments cis) localisé dans la région 5' (en amont) du point de
transcription initiale d'un gène (fig. 6).

Figure.6: Interaction entre l'ARN polymérase et le promoteur bactérien (Clark, 2005).

4
 Licence microbiologie

II.1 Étapes de la transcription chez les procaryotes

La transcription est divisée en 3 étapes : l’initiation, l’élongation et la terminaison.
Le promoteur est une séquence d’une centaine de nucléotides située dans la région
régulatrice et désignant le début de la transcription. Il est situe en amont du site
d’initiation et porte des séquences reconnus par l’ARN-polymerase et déterminant le
sens de la transcription.
Le promoteur est constitue de courtes séquences conservées d’une unité de transcription
a l’autre et appelées séquences consensus :
En -10 du site d’initiation on trouve la TATA box ou boite de Pribnow : ≪TATAAT≫
• En -35 du site d’initiation on trouve : ≪ TTGACA ≫
L’affinité de l’ARN-polymerase pour l’ADN dépend de la forme de l’enzyme : le
coreenzyme a une affinité faible et non spécifique, l’holoenzyme a une affinité très forte
et spécifique pour le promoteur. On peut faire la remarque que la sous-unité sigma σ a
l’état libre ne se fixe pas sur l’ADN. La sous-unité β’ étant basique et l’ADN étant
acide, ce sera elle qui facilitera l’interaction du complexe avec le promoteur.
La sous-unite sigma σ permet donc une reconnaissance spécifique du promoteur par
l’ARNpolymerase et diminue l’affinité de l’enzyme pour les régions non promotrices. Il
agit de manière cyclique, en effet âpres l’initiation faite, le facteur sigma se détache pour
être recycle et réutilise pour d’autres initiations de gènes.
L’ARN-polymerase entraine la denaturation des deux brins d’ADN sur 14 paires de
nucléotides, on parle de complexe ouvert qui augmente encore l’affinité de l’enzyme pour
la double hélice.
II.1.A Initiation :
Fixation de L'ARN polymerase sur les sites promoteurs
Chez toutes les bactéries, le démarrage de la transcription est conditionner par la
reconnaissance de séquences spécifiques de l'ADN appelées sites promoteurs. L'analyse
de nombreuses séquences d'ADN situées en amont du site de démarrage de la
transcription, et d'autres expériences comportant l'étude de l’ADN après sa liaison a
l'ARN polymerase (détermination des séquences d'ADN protégées par l'ARN polymerase)
ont permis de définir des séquences ≪ type ≫ ou séquences consensus de liaison de
l'ARN polymerase. Ces séquences constituent le site promoteur (Figure 7).
Ces séquences sont appelées "éléments agissant en cis" (sur le même cote de la molécule
d'ADN dans le gène lui même). Contrairement aux "facteurs agissant en trans" qui sont
des molécules qui se fixent a ces éléments d'ADN.

Figure 7 : Représentation du site promoteur des Procaryotes. Les chiffres indiquent la

position des séquences par rapport à l'extrémité 3' de la TATA box prise comme
référence. En gras apparaissent les nucléotides Les plus conserves. (Beaumont S, 2007)

5
 Licence microbiologie

La sous-unité σ se lie au site promoteur. Les séquences —10 et —35 sont reconnues par la
sous-unité sigma σ de l'ARN polymerase. La sous-unité σ rentre en contact avec les deux
séquences, mais semble également rentrer en contact avec une zone adjacente située sur
l'autre brin.
Les points de contacts sont situes des mêmes cotes de la double hélice, ce sont
essentiellement des groupements chimiques donneurs ou accepteurs de liaisons
hydrogènes située dans le grand sillon. L’attachement se fait en deux temps :
- D’abord à la région -35 ou une liaison relativement faible s’établit,
- puis à la région -10 ou une liaison tres forte se produit. Cette deuxième
liaison se traduit par une ouverture de la double hélice sur 15 paires de bases
environ.
L’initiation va durer le temps que la polymerase associe 7 à 8 ribonucléotides sous formes
d’un polymère hybride au brin matrice. Comme le core-enzyme présente une tres forte
affinité pour les hétéroduplex (brin d’ADN et brin d’ARN) le facteur σ se décroche et
c’est le core-enzyme qui va seul continuer la transcription.
Le déroulement des premières étapes de la transcription est donc :
1. liaison non spécifique de l’holoenzyme.
2. formation d’un complexe ferme au niveau du promoteur
3. formation du complexe ouvert (déroulement sur 14 nucléotides)
4. Mise en place du premier nucléotide (tres souvent A ou G)
5. Allongement de 7 a 8 nucléotides
6. Détachement du facteur sigma, après la transcription des premiers nucléotides.
II.1.B Élongation
Le core-enzyme continue la polymérisation toute en déroulant l’ADN en aval et en le
rénroulant une fois la séquence copie. En amont du site de polymérisation on trouve un
hybride de 17 paires de bases (figure 8).
Les conditions de la formation de l’ARNm par l’ARN polymérase sont : (Simon
Beaumont, biologie moléculaire, Dunod, Paris 2007)
- présence d’une matrice d’ADN
- présence des 4 ribonucléotides (UTP, ATP, CTP, GTP)
- présence d’ions métallique MG2+, ou Mn2+
L’élongation est inhibée par des aminosides ou amino-glucosides.
Parmi les sous-unites de l'ARN polymerase, c'est la sous-unite β qui joue le role
catalytique, alors que β' servirait essentiellement a maintenir la liaison entre l'ADN et
l'ARN polymérase.

6
 Licence microbiologie

Figure.8: Élongation et direction de la synthèse.

II.1.C Terminaison
La terminaison de la chaine est assurée par des séquences particulières appelées signaux
de terminaison. Un signal de terminaison est précède par des sites dits de pause ou la
polymérase sera ralentie. Ces sites sont, soit des séquences riches en G-C, difficiles a
ouvrir, soit des structures à caractère palindromique, c'est-a-dire présentant une
symétrie. On en distingue deux types :
• Signaux ayant une structure d’ADN particulière comportant un centre de symétrie
d’ordre 2.
Ces séquences particulières, lorsqu'elles seront transcrites en ARNm, permettront a celui-
ci de se boucler sur lui même puisque ses séquences seront complémentaires et pourront
donc s'apparier grâce a des liaisons hydrogènes.
Quand cette structure en épingle a cheveux se forme (Figure 9), elle correspond a une
dissociation du complexe ADN-ARN sur environ 20 nucléotides. Il reste alors une
séquence poly U liée a l'ADN. C'est un hybride tres instable qui pourra se dissocier
immédiatement de l'ADN (donc tout l'ARN est dissocie de l'ADN).

Figure 9 : Terminaison de transcription chez les Procaryotes.

Ces structures secondaires suivies d'une série d'uridines sont des terminateurs efficaces
de la transcription (figure 10). Des séquences riches en GC suivie par autres riche en AT
sont aussi des sites spécifiques de terminaison. Ces régions qui ne nécessitent pas de
facteurs additionnels sont nommées "terminateurs intrinsèques".
• Certains signaux de terminaison ont une structure en épingle à cheveu insuffisante pour
entrainer une dissociation immédiate de l'ARN. Ils ont besoin de la liaison d'une protéine

7
 Licence microbiologie

p (Rho). La protéine p se fixe, dans une réaction impliquant l'hydrolyse d'ATP, sur l'ARN,
alors que l'ARN polymérases est dans un site de pause ; l'ARN entoure la protéine p sur 80
nucléotides ; elle interagit aussi avec les protéines associées et détache l'ARN de sa liaison
a l'enzyme (l'ATP sert de donneur d'énergie dans cette réaction) (figure 11).

Figure 10: Terminaison de la transcription Figure 11: Terminaison de la transcription

par des terminateurs intrinsèques (Clark, chez les bactéries par le facteur Rho (Clark,
2005). 2005).

8
 Licence microbiologie

III) Transcription de l’ADN eucaryote

Chez les eucaryotes le mécanisme de base de la transcription est identique a ce qui a été
décrit pour les procaryotes ; cependant la structure du promoteur est différente et les
transcrits primaire obtenus sont toujours monocistronique.
Trois points essentiels distinguent la transcription des eucaryotes et des procaryotes :
- chez les eucaryotes, l’ADN est contenu dans le noyau et la transcription s’effectue dans
celui-ci alors que la traduction en protéines s’effectue dans le cytoplasme. Chez les
procaryotes, ces deux phénomènes sont associes et la traduction commence avant même
que la transcription soit fini. De plus, l'ADN des Eucaryotes est présent sous forme d'une
structure appelée la chromatine. La transcription de l'ADN en ARN implique une structure
décondensée de la chromatine, c'est-a-dire une chromatine ou il existe peu d'histone H1,
ou la structure est en collier de perles avec des zones sans nucléosomes.
- Chez les Eucaryotes, il existe trois ARN polymérases distinctes (alors qu'une seule fait ≪
tout le travail≫ chez les bactéries)
• ARN polymérases I : ARNr (sauf l'ARN 5S)
• ARN polymérase III : ARNt, ARN 5S et petits ARN nucléaires
• ARN polymérase II : ARNm.
Ces polymérases ne fonctionnent correctement (en particulier pour la fixation sur des
sites promoteurs) qu'en présence de tres nombreuses protéines supplémentaires
appelées facteurs de transcription.
- chez les eucaryotes, la transcription d’un gène en ARN m, r, t ne produit pas
immédiatement une molécule fonctionnelle. Dans le noyau c’est un précurseur (ou
transcrit primaire) qui est produit dans la grande majorité des cas, il subira plusieurs
modifications avant son entre dans le cytoplasme.
III.1 Transcription par l'ARN polymérase I :
La synthèse de l'ARN ribosomal s'effectue dans un compartiment spécialise du noyau, le
nucléole. Cette synthèse représente plus de la moitie de l'ARN total cellulaire avec près de
80 % de tous les ARN.
Elle s'effectue sous forme d'un précurseur de grande taille (en moyenne 45S) qui sera
converti en ARNr 18S, 5,8S et 28S. Ces ARN, avec l'ARN 5S transcrit sous contrôle d'une
autre ARN polymérase (ARN polymérase III), vont former les constituants non protéiques
du ribosome.
Cette synthèse est sous contrôle d'une ARN polymérase spécialisée, l'ARN polymérase I.
III.1.A Fonctionnement de la transcription
Le site promoteur comporte deux séquences situées vers —140 (site distal) et vers —35
(site proximal). Le premier site est le plus important pour la transcription, mais une
transcription tres active ne peut avoir lieu sans le deuxième site (Figure 1).

Figure 1 : Structure du site d'initiation de transcription pour l'ARN pol I. (Beaumont ,

2007)

9
 Licence microbiologie

La séquence de ces deux sites est spécifique de l'espèce, ce qui correspond a une fixation
de facteurs de transcription qui ne reconnaissent que le site promoteur de l'espèce dont
ils proviennent.
Deux protéines se lient au promoteur :
• SL1 ou TFI D ou TFI B (fixation sur les deux sites)
• UBF (fixation entre les deux sites).
Seule la protéine SL1 a la spécificité d'espèce.
Remarque :
Un autre facteur protéique TFI C semble nécessaire à ce démarrage de la transcription. La
structure ressemble a la sous-unité σ de la polymérase d'E. coli.
Enfin l’ARN polymérase I est nécessaire. Elle est composée de 65 sous-unités chez les
vertèbres. La plus grande ressemble à β d'E. coli.
La terminaison est assurée par une structure composée de deux parties :
Une première ou se fixe une protéine qui a été identifiée aussi bien chez un
eucaryote inferieur, la Levure S. cerevisiae (Reb-lp), que chez les Mammifères (TTF-1)
Une seconde qui est indispensable aussi a la libération du transcrit d'ARN et qui est
une séquence riche en paire A-T.
La protéine va bloquer la polymérase en situation de ≪ pause ≫ et cette dernière va
reculer ce qui va créer un hybride ARN-ADN instable et dissocier l'ARN de sa liaison avec
l'ADN et avec l'ARN polymérase.
III.1.B Maturation du précurseur 45 S et assemblage :
Quand la copie de l'ADN en pre-ARNr est faite, le pré-ARNr est incorpore dans un grand
complexe ribonucleoproteique qui clive ce pré-ARNr. Ce complexe contient la
ribonucleoproteine U3 : découpage d'abord dans la partie 5' puis de la cote 3', puis entre
les deux. Ce n'est pas une élimination d'introns sous forme d'épissage, mais une action de
type nucleasique. Après transcription, le pré-ARNr ou ARN 45 S (environ 14 000 bases)
subit aussi des modifications post-transcriptionnelles : methylation, reduction, formation
de pseudo-uridine, etc. comme chez les Procaryotes.
L'assemblage des ARNr obtenus après maturation avec les protéines constitutives des
deux sous-unités ribosomales 40S et 60S (85 protéines différentes) et avec l'ARN 5S (qui
s'associe à la grande sous-unité 60S) se fait dans le nucléole. Ce n'est que lorsque
l'assemblage est termine que les sous-unités vont quitter le nucléole pour aller vers le
cytoplasme.
III.2 Transcription par l'ARN polymerase III :
L'ARN polymérase III copie :
• l'ARN 55 constitutif des ribosomes
• les ARN de transfert
• certains ARN nucléaires appelés petits ARN nucléaires ou ARNsn.
III.2.A Le site promoteur pour l'ARN 5S et la fixation de l'ARN polymérase III :
On sait qu'il est situe a l'intérieur du gène et qu'il se lie a un facteur de transcription TFIII
A. La liaison de ce facteur a l'ADN est une structure dite doigt de zinc Cys 2-His 2 (deux
Cys et deux His en interaction avec un ion zinc II) qui se lie au grand sillon de l'ADN.
La partie C-terminale de TFIII A se lie a TFIII B et C. L'ensemble va ensuite interagir avec
l'ARN polymérase III. Le complexe recouvre alors la totalité du gène 5S.

10
 Licence microbiologie

C'est en définitive l'interaction ARN pol III-TFIII B qui permet a celle-ci de commencer la
transcription. Il est a noter que cette transcription se fait sans dissociation du complexe
TFIII A-ADN.
III.2.B La transcription des ARNt :
Le site promoteur pour l'ARNt est constitue de deux sequences (+ 10 a + 20) et (+ 50 a +
60) qui vont fixer le facteur de transcription TFIII C.
L'interaction se fait en plusieurs étapes :
• TFIII C se lie à l'ADN
• après fixation, TFIII B se fixe a TFIII C
• le complexe stable forme permet alors la liaison de la polymérase III.
III.2.C La transcription et la maturation du transcrit primaire :
• 5S, ARNsn : pas de maturation.
• L'ARN de transfert subit un processus d'epissage : elimination d'une sequence ≪ inutile
≫ (intron) et ≪ recollage ≫ des sequences ≪ utiles ≫, avant de passer dans le
cytoplasme. Ce processus d'élimination de l'intron est assez différent de celui utilise pour
l'ARNm. Ce n'est qu'après l'élimination de l'intron que l'ARNt passe dans le cytoplasme.

III.3 Transcription par l'ARN polymérase II :

III.3.1 Transcription d’un ARN messager :
III.3.1.1. L'initiation de la transcription :
Tout l'ADN n'est pas transcrit, seules les régions correspondant à des gènes le sont. Et
encore, cette expression peut être régulée selon le stade de développement, le type
cellulaire, l'environnement,... Des lors, un acteur doit intervenir pour déterminer a quel
endroit une région d'ADN doit commencer a être transcrite : c'est le rôle du promoteur.
III.3.1.1.a. Site promoteur :
Il faut bien distinguer, étant donne le niveau d'expression variable des gènes, deux zones
distinctes :
• le site promoteur proximal
• les sites de régulation.
Le promoteur correspond a une région non transcrite de l'ADN, généralement juste
en amont du début de la région transcrite, dont la séquence permet le recrutement de
l'ARNpol II. Certaines séquences du promoteur (surnommees "boites") ont une
importance particulière dans ce processus, essentiellement parce que ces séquences sont
reconnues spécifiquement par différentes protéines appartenant au complexe d'initiation:
• la "boite TATA" riche en thymine et adenine, la plus importante, est située vers -25
à -30 nucléotide du site de démarrage de la transcription (note +1)
• des éléments proximaux :
o la "boite CAAT" (facultative), contenant de la cytosine, est située vers -120 à
-80 nucléotides du site de démarrage de la transcription.
o la "boite GC" (facultative également), riche en guanine et cytosine, peut être
présente entre la boite CAAT et la boite TATA.
Signalons que si ces séquences sont souvent bien conservées, une variabilité non
négligeable peut également être observée. Ainsi, il existe des promoteurs sans "boite
TATA".

11
 Licence microbiologie

III.3.1.1.b. Le complexe d'initiation :

Contrairement a ce qui se passe chez les procaryotes, l'ARN pol II des eucaryotes ne
reconnait pas seul le promoteur proximal. Elle effectue ce travail en compagnie de
nombreux co-facteurs protéiques qui se recrutent les uns les autres et qui forment avec
elle un complexe d'initiation. Ces facteurs sont notes TFIIA, TFIIB,... pour Transcription
Factor for RNA polymérase II. Ils correspondent aux facteurs généraux de la transcription
car ils s'assemblent sur tous les promoteurs utilises par l'ARN pol II. La séquence
d'assemblage du complexe d'initiation se fait dans un ordre précis : TFIID puis TFIIA, B,
ARN pol II se fixe ensuite suivie par TFIIF, E, H, pour produire finalement un complexe
fonctionnel capable d’initier la transcription (figure 2).
Le recrutement de la polymérase II est très complique. Jusqu'a récemment, on considérait
l'accrochage séquentiel suivant pour les gènes : TFII D, puis TFII A qui augmente la liaison
de TFII D a TATA, puis TFII B qui reconnait TBP (TATA box Binding Protein) et permet le
recrutement de l'ARN pol II avec II F, II E, faiblement associe, II H et II B.
Il est capital de comprendre que la transcription effectuée en présence de ces différents
facteurs est très faible. Le rôle de différentes protéines régulatrices qui s'associent à des
séquences situées en amont ou en aval, voire à l'intérieur du gène, sera essentiellement
d'augmenter la stabilité du complexe d'initiation de la transcription : liaison a TBP mais
surtout aux TAF (TBP Associated Factors), liaison aux SRB. La fixation de différents
facteurs de régulation va augmenter de 100 a 1 000 le taux de transcription.

12
 Licence microbiologie

Figure 2 : Mise en place du complexe d'initiation

13
 Licence microbiologie

III.3.1.1.c. Intervention de facteurs specifiques de la transcription :

Le complexe d'initiation compose de l'ARN pol II et des différents TFII est suffisant pour
obtenir une activité transcriptionnelle in vitro mais a très faible taux. L'augmentation de
cette activité basale (ou sa répression) est sous la dépendance de facteurs spécifiques qui
vont interagir avec le complexe d'initiation. Ces protéines activatrices ou inhibitrices se
lient a des promoteurs distaux, séquences spécifiques de l'ADN, appelées enhancer
lorsqu’il recrute des cofacteurs activateurs, ou silencer lorsqu'ils recrutent des
cofacteurs inhibiteurs. Ces promoteurs distaux peuvent être situes a des milliers de
nucléotides du promoteur proximal et agissent sur le promoteur proximal par le jeu de
courbures de l'ADN (voir figure 3).
Mais d'autres participants existent encore. On trouve ainsi des promoteurs proximaux
alternatifs et des promoteurs distaux, situes a des milliers de nucléotides du promoteur
proximal. Malgré la distance qui sépare les promoteurs proximaux des promoteurs
distaux, ces derniers agissent sur le promoteur proximal comme activateurs (enhancers;
voir figure 3) ou répresseurs (silencers) par le jeu de courbures de l'ADN, des facteurs de
transcription et du médiateur qui maintient lies tous ces acteurs.

Figure 3 : La regulation specifique de la transcription

Les enhancers (activateurs) sont des séquences situées parfois a plusieurs milliers de
nucléotides d'un promoteur qui activent ce dernier par un jeu d'interactions protéiques
qui stabilisent le complexe d'initiation. Ces interactions sont rendues possibles par la
courbure de l'ADN qui rapproche des éléments situes a de grandes distances les uns de
autres. Cette activation est spécifique du gène et utilise une multitude de facteurs de
transcriptions spécifiques (les protéines activatrices) qui agissent généralement sous
forme dimérique). Une répression spécifique peut agir selon le même type de modalité.
III.3.1.2. L'élongation :
La TBP est la première protéine qui reconnait une séquence spécifique de l'ADN
initiatrice de la transcription (la boite TATA). Le facteur TFIIB semble implique dans la
sélection précise du site d'initiation (nucléotide a partir duquel se déroule la
transcription). Le facteur TFIIH comporte plusieurs activités enzymatiques dont une
activité helicase permettant l'ouverture de la double hélice d'ADN au niveau du
promoteur, et une activité kinase responsable de la phosphorylation de la queue C-
terminale de l'ARN polymérase II (domaine CTD, pour C-Terminal Domain) est un des
événements ≪ clef ≫ du passage a l'élongation. Cette phosphorylation entraine une

14
 Licence microbiologie

modification de la structure tridimensionnelle de l'ARN polymérase entrainant la

dissociation du complexe d'initiation et le début de la transcription.
La grande sous unité de pol II possède sur l'extrémité C-terminale une série de séquence
répétée de 7 acides amines (heptapeptide: Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser) appelée
domaine carboxy terminal (CTD) ou la queue. Le nombre de répétitions dépond des
espèces: 27 fois chez les levures, 45 fois chez la mouche Drosophila, et 52 fois chez
l'homme. Chaque motif répété contient des sites de phosphorylation par des kinases
spécifiques, notamment une qui est une sous unité de TFIIH. La régulation du niveau de
phosphorylation du CTD de Pol II contrôle aussi les étapes ultérieures (élongation,
maturation).
TFII = Transcription Factor for RNA polymérase II (Facteurs généraux de la transcription
pour l'ARN polymérase II).
TBP = TATA box-Binding Protein (Proteine de liaison a la boite TATA).
L'ARN pol II est équipé de facteurs protéiques d'élongation qui facilitent sa progression
au travers d'une chromatine dont ils relâchent la structure. Un ARNpre-messager
complémentaire du brin matrice de l'ADN (brin antisens), donc identique au brin codant
de l'ADN (brin sens) aux riboses et uraciles près, commence a être synthétisé selon la
direction 5'-3'
III.3.1.3. La terminaison :
L'ARN pol II est également équipée de facteurs protéiques de terminaison, et reconnait
ainsi un ou plusieurs signaux de terminaison portes par le brin progressivement parcouru
et qui annoncent la fin de la transcription sur le brin d'ADN matrice (TTATTT). Elle arrête
bientôt son travail de transcription et libère l'ARNprem qu'elle vient d'assembler.
III.3.1.4- Maturation des ARNm
La maturation des ARNm prématurés se fait au niveau du noyau et entraîne des
changements dans leur structure (fig. 4 et fig.15):
- Addition d'une coiffe (7mG) en 5' et d'une queue (poly A) en 3' pour la plupart des
transcrits destinés à devenir des ARNm.
- Autres modifications ont lieu à l'intérieur des séquences nucléotidiques.
- Pré-ARNm: les transcrits initiaux se trouvent uniquement dans le noyau. Elles sont
désignées par l'appellation collective d'ARN nucléaires hétérogènes (ARNnh). 25%
d'ARNnh sont convertis en ARNm par excision des introns et assemblage des exons.
Concept de gènes discontinus et d'épissage (splicing) chez les eucaryotes.

15
 Licence microbiologie

Figure. 4: Addition de la coiffe: 7m-Guanosine.

La transcription et la maturation des ARNm sont couplées, elles sont coordonnées par le
domaine carboxyle terminal (CTD) de la pol II. Nous avons vu que le CTD est constitué
d'une répétition d'une séquence unique et conservée de sept acide aminés (YSPTSPS).
Soit S2, soit S5, soit les deux sont phosphorylés dans les diverses répétitions. L'état de
phosphorylation du CTD est contrôlé par un grand nombre de kinases et de phosphatases.
Cela rend le CTD capable de fixer beaucoup de protéines et enzymes ayant des rôles
variés dans la transcription et la maturation de l'ARN. Elles comprennent:
1- Les enzymes de la formation de la coiffe, qui méthyle la guanine 5' du ARN
pm (pré-mRNA) immédiatement après que la transcription commence.
2- Les composants de la machinerie d'épissage qui initient l'excision de
chaque intron au fur et à mesure de la synthèse. Il ya plusieurs classes des introns (GA-
AG, AT-AC, Groupe I, II, et III, Twintrons…etc.), la plus fréquente est GT-AG (ou GU-AG
dans le transcrit d'ARN).
3- Une endonucléase qui clive le transcrit au niveau du site d'addition du
poly(A), créant un groupe 3'-OH libre qui est la cible de l'adénylation 3'.

16
 Licence microbiologie

Figure. 5: ARNm eucaryote mature prêt à être traduit. Coiffe ajoutée (CAP ADDED), La
queue polyA ajoutée (TAIL ADDED), introns éliminés (INTRONS REMOVED).
Ribozymes
Certains types d'ARN fonctionnent dans la cellule comme enzymes et comme ARN, ces
ARN sont appelés ribozymes.
Les ribozymes sont rares, elles interviennent dans l'épissage des introns du groupe II et I,
Elle se trouve dans quelques gènes des organites eucaryotes et de procaryotes (Archaea)
(II et I) et ARNr nucléaire (I), et elles fonctionnent comme les enzymes protéiques, en ce
sens qu'ils possèdent un site actif qui lie le substrat et catalyse la formation d'un produit.
La plupart des ribozymes sont des introns auto-épissant (self splicing introns) chez les
eucaryotes. La taille d'un ribozyme caractérisée chez le protozoaire Tetrahymena est de
413 ribonucléotides qui en présence de guanosine, se sépare d'un ARN précurseur plus
long. Le ribozyme joint deux exons adjacents pour former l'ARNm mature (fig. 6). Ce
ribozyme est donc une endoribonucléase spécifique d'une séquence donnée et réalise une
réaction analogue à celle du splicéosome. In vitro il ne nécessite pas d’autres facteurs,
mais in vivo nécessite des facteurs protéiques pour déclencher le processus de l'épissage.

17
 Licence microbiologie

Figure. 6: Mécanisme d'épissage (splicing) des introns GU-AG (Intron auto-épissant du

groupe II). La présence d'une adénine très réactionnelle dans l'intron initiant l'épissage et
conduisant à la formation d'un produit en forme de lasso (lariat), dans lequel le résidu
adénylate est lié à trois nucléotides par des liaisons phosphodiester (sert de boite de
branchement)(Passarge, 2007).

18