Los otros aminoácidos que se han observado en las proteínas son el resultado

Los Aminoácidos de modificaciones químicas que sufren algunas proteínas como parte de su proceso de
maduración.
¿Qué es un aminoácido?
Estructura Básica de los Aminoácidos
Un aminoácido es cualquier molécula que contiene un grupo funcional ácido y un grupo
1 • generalidades 2
amino.
• formas estereoquímicas
• la regla del maíz

Generalidades

De hecho, los 20 aminoácidos comunes forman un conjunto de moléculas con

características más restringidas que las de simples aminoácidos.

Para empezar en todos son α-aminoácidos, es decir, el grupo ácido (siempre un carboxilo)
y el grupo amino se hallan unidos al mísmo átomo de carbono.
Un aminoácido debe contener un grupo amino libre, por lo tanto moléculas que
continenen aminas cuaternarias (R4N+), Amidas (-CONH2), etc, pero ningún amino libre (-
NH2, -NH3+), no pueden ser llamados aminoácidos. Un aminoácido también debe contener
un grupo ácido. Sin embargo, el término no nos dice nada de la naturaleza específica del
grupo ácido en cuestión. De modo que puede tratarse de un carboxilato (-COOH), un ácido
fosfórico o fosfónico (-OPO3H2, -PO3H2), un sulfúrico o sulfonico (-OSO3H, -SO3H) u otro. La
palabra aminoácido no necesariamente designa a los 20 aminoácidos que son comunes a
todas las proteínas naturales. Por ello, de las moléculas de la pregunta, sólo una no reúne
los requisitos para encajar en la definición de aminoácidos.

¿Cuál de las siguientes cuatro moléculas no es un aminoácido?

¿Cuál de las siguientes cuatro moléculas si es un α-aminoácido?

Sin embargo, en la naturaleza los aminoácidos que componen a las proteínas no son tan
diversos como podríamos imaginar basándonos en la definición anterior. Formas estereoquímicas de los aminoácidos

De hecho, los aminoácidos reportados en las diferentes proteínas son menos de 100 y de Además, con la excepción de la glicina, en los 19 aminoácidos restantes el carbono-α
entre ellos, 20 son los que forman parte de todas las proteínas y en base a los cuales se posee 4 substituyentes distintos y, por tanto, existen dos isómeros ópticos para estos
sintetizan las proteínas inicialmente. aminoácidos:
El isómero L y el isómero D ¿Cuál de los siguientes amioácidos es un D aminoácido? (y por lo tanto no se encuentra en
las proteínas comunes).
Estos isómeros son imágenes especulares entre sí:
Use el puntero para rotar cada imágen e identificar la respuesta. Si tiene dudas acerca de
la identidad de los grupos consulte la estructura de los aminoácidos

3 (codigo de colores: C, N, O, H) 4

seleccione con el puntero

la letra que marca al D-aa. Pique aquí para ver la representación en 3D.

El isómero representado en el lado izquierdo corresponde a la forma estereoquímica L

(usando como referencia al D-Gliceraldehído). Esta es la forma que presentan los
aminoácidos comunes que encontramos en la gran mayoría de las proteínas.

Aunque esta sea una diferencia que pudiera parecer trivial, tiene importantes
implicaciones cuando se trata de entender los principios que gobiernan la estructura
tridimensional de las proteínas.

La regla del Maíz.

Para distinguir un aminoácido L de un aminoácido D, debemos fijarnos en el carbono α, Los aminoácidos

que tiene cuatro sustituyentes formado un tetraedro. Luego hay que identificar al
hidrógeno unido directamente a éste carbono. Si orientamos este hidrógeno en el Propiedades de los α-aminoácidos
espacio, de modo que quede frente a nosotros y exactamente encima del carbono α...
• Propiedades ácido base
• Reactividad química
• Métodos de cuantificación
• Separación y análisis de mezclas de aminoácidos

Propiedades ácido base

Dado que todos los aminoácidos poseen un grupo ácido (-COOH) y un grupo básico (-
NH2), todos los aminoácidos libres presentan características ácido-base. Así, si nosotros
titulamos un aminoácido como la glicina, observaremos lo siguiente:
Entonces tendremos los tres átomos restantes que se unen al carbono α distribuidos en
un triángulo, es decir, el grupo carbono carbonílico (CO), el nitrógeno amínico (N) y el
carbono β que el el primer átomo de la cadena variable (o grupo R). Si leemos el orden de
estos átomos, comenzando por el carbonilo y siguiendo la dirección de las manecillas del
reloj, se formará la palabra CORN si el aminoácido es L y CONR si el aminoácido es D.

Como en los aminoácidos L la palabra clave es CORN, se conoce a esta manera de

identificarlos como "la regla del maíz".
Cada punto de inflexion, indica la condición en que la forma ácida y la forma básica de un
grupo químico son equimolares. El pH al que esto ocurre corresponde a:
γ-carboxilato Aspártico (asp, D) 3.86
-log (constante de ionización del ácido) = pKA

(tal como lo indica la ecuación de Hendersson-Haselbach)

5 6
El primer grupo en titularse es el grupo ácido:
δ-carboxilato Glutámico (glu, E) 4.25
R-COOH -->R-COO- + H+

El pKA aproximado de este grupo en los aminoácidos es cercano a 2.2 y es inferior al del
ácido acético, esto debido al efecto electro-atractor del grupo α-amino, que a este pH se sulfhidrilo Cisteína (cys, C) 8.33
encuentra cargado positivamente.

El segundo grupo en titularse es el grupo α-amino:

fenol Tirosina (tyr, Y) 10.07
R-NH3+ --> R-NH2 + H+

Que posee un pKA básico cercano a 9.8.

*carbono α
En varios aminoácidos, la cadena lateral también posee carácter ácido base y por tanto
tendremos un tercer grupo ionizable. Estos aminoácidos presentan 4 especies iónicas distintas y sus curvas de titulación poseen
tres puntos de inflexión. La posición del punto de inflexión adicional puede encontrarse en
Estos grupos químicos son: la porción central de la escala de pH (como en la histidina) o más allá del punto de
titulación del grupo amino (como en la arginina).
Grupo Aminoácido Estructura pKA
Siempre que una molécula presenta dos o más grupos ionizables, existe un valor de pH al
cual la especie iónica más abundante posee una suma de cargas positivas y negativas igual
ε-amino lisina (lys, K) 10.53 a cero, es decir, no posee carga eléctrica neta. Tal como ya se indicaba en la curva de
titulación de la glicina.

Si nosotros analizamos el movimiento electroforético de los aminoácidos a distintos

valores de pH, encontraremos un valor al cual su movilidad electroforética es nula. Este
guanidio Arginina (arg, R) 12.48 valor de pH corresponde a la condición en la cual la especie dominante es aquella que no
posee carga eléctrica neta. Este valor de pH recibe el nombre de punto isoeléctrico (pI). El
punto isoeléctrico puede calcularse como el valor promedio de los valores de pKA de los
dos grupos siguientes:

El grupo ácido que al perder su protón da lugar a la especie sin carga neta.
Imidazol Histidina (his, H) 6.00
Y el grupo básico que al ganar un protón da lugar a la especie sin carga neta.
 Curva de titulación de la Histidina
....carga neta de la molécula....+2......+1.......0......-1
7 También poseen un α-amino que el un nucleófilo reactivo y puede reaccionar con
La especie con carga neta igual a cero es la tercera de izquerda a derecha...
El pI se calculará considerando los grupos imidazol (grupo R) y el grupo -amino. El
primero al ionizarse da lugar a la especie con carga neta 0, y el segundo al ionizarse
convierte a esta especie en una con carga neta -1.
Así, el pKa será (6.0 + 9.17)/2 = 7.585.
¿Cuál será el pI de la cisteína? (pKa's 2.2, 8.33, 9.8)
(2.2 + 9.8)/2 (8.33 + 9.8)/2 (2.2 + 8.33)/2 (2.2 + 8.33 + 9.8)
Reactividad química
Los 20 L-α-aminoácidos naturales poseen un grupo ácido que puede sufrir las reacciones
características de los ácido carboxílicos, por ejemplo:
8
electrófilos, entre otros diversos compuestos carbonílicos, por ejemplo:
Además de ello, los grupos R de los aminoácidos son diversos, por lo que pueden
reacionar de varias maneras. Así, aminoácidos como al ácido aspártico y el ácido
glutámico poseen un segundo ácido carboxílico, la lisina, posee un segundo grupo amino.
Además, otros aminoácidos con grupos laterales reactivos son: la cisteína (-SH), la arginina
(guanidio), la histidina (imidazol), la serina, la treonina y la tirosina (alcoholes), la
asparagina y la glutamina (amidas), la metionina (un tioeter) y el triptofano (indol).
La reactividad de estos grupos funcionales ha sido aprovechada de diversas maneras en el
estudio y análisis de las proteínas. Como un ejemplo, se menciona el caso de las lisinas,
que reaccionan con aldehídos (carbonilo) para formar bases de shift, esto se ha
aprovechado para producir un papel aldehídico, al que las proteínas se unen
covalentemente, lo que permite fijarlas para su estudio (vease micro-secuenciación).
También es posible hacer reaccionar las cisteínas o las lisinas con diversos grupos
químicos reactivos presentes en resinas, con lo que es posible unir proteínas a materiales
para columnas de cromatografía y fabricar columnas con enzimas inmovilizadas,
anticuerpos y receptores estereoselectivos para ligandos específicos.
Una tercera aplicación de la reactividad de los restos laterales de los aminoácidos está en
identificar el tipo de aminoácidos involucrados directamente en cierta funcion de una
proteínas. Así. por ejemplo, si un residuo de cisteína participa en el reconocimiento de un
ligando específico, al modificar este residuo con metil-metano-tiosulfonato, la proteína
pierde su actividad biológica. En cambio, si el metil-metano-tiosulfonato se añade cuando
el ligando está presente, la presencia del ligando protege a la cisteína con la que
interactúa y evita la pérdida de la función.
Además, las propiedades químicas de los aminoácidos ciertamente son aprovechadas por
los sistemas vivos para realizar diferentes funciones (ver ejemplos).
Métodos de cuantificación
Los aminoácidos pueden cuantificarse mediante la reacción del grupo α-amino con
ninhidrina. Este compuesto reacciona rápidamente con el grupo amino, lo oxida y libera
amonio, el cual se condensa con la ninhidrina reducida y con otra molécula de ninhidrina
para producir un aducto púrpura.
gradualmente con cantidades cada vez mayores de un solvente menos polar que el
agua. Los aminoácidos van siendo lavados de la columna conforme la polaridad del
solvente baja lo suficiente (más detalles y un cromatograma).
Los aminoácidos pueden identificarse mediante su reacción con ninhidrina, mediante su
absorbencia UV o mediante fluorescencia (si están marcados con un grupo fluorescente),
9 ya sea en la placa de sílice, o conforme eluyen de la columna. 10
Clasificación de los aminoácidos.

Dado que los aminoácidos comunes en las proteínas difieren entre si por la cadena lateral,
su clasificación obedece a las propiedades química de la cadena lateral, esta puede
clasificarse segun su polaridad y/o carga a pH neutro, el tipo de estructura química, su
reactividad y los elementos presentes y por su habilidad para formar enlaces de
hidrógeno. La siguiente tabla presenta a los aminoácidos y sus propiedades y en la página
complementaria puede observarse su estructura tridimensional.

Otros métodos de cuantificación se basan en la reacción del grupo amino con un cloruro Forma puentes
Nombre Caracter de la cadena lateral Grupo reactivo polaridad
de ácido unido al anillo fluorescente del dansilo (vease reacciones de grupos amino), la de H
amida resultante puede cuantificarse por su fluorescencia. Glicina alifática - apolar No
Alanina alifática - apolar No
Separación y análisis de mezclas de aminoácidos
Valina alifática - apolar No

A menudo se tienen mezclas de aminoácidos que se desean analizar. Antes de poder Leucina alifática - apolar No

cuantificar estas mezclas es necesario separarlas. Tres métodos de separación han sido Isoleucina alifática - apolar No
frecuentemente empleados en los laboratorios: Prolina alifática - apolar No
Fenilalanina aromática - apolar No
• Cromatografía de capa fina. Este método se basa en la separación de las moléculas Triptofano Heterociclo aromático Nitrógeno arómatico Apolar Acepta
adsorbidas a una capa muy delgada de gel de sílice, mediante el flujo de una
Tirosina aromática -OH fenólico apolar ionizable Acepta y dona
columna de solvente que se deja ascender mediante capilaridad. La separación se
realiza en base a la polaridad de las moléculas y la mezcla de solventes más Metionina alifática tioeter apolar Acepta

empleada ha sido butanol:agua:ac. acético (4:1:1, más detalles). Cisteina alifática tiol Polar ionizable Acepta y dona
• Cromatografía líquida en columnas de intercambio aniónico. En este caso, los Serina alifática Alcohol primario Polar sin carga Acepta y dona
aminoácidos se hacen pasar por una columna de resina con un grupo catiónico. Los Treonina alifática Alcohol secundario Polar sin carga Acepta y dona
aminoácidos, según su carga se van a unir a la columna y luego, mediante un Asparagina alifática amida Polar sin carga Acepta y dona
cambio gradual en el pH del solvente que se aplica a la columna, se va eluyendo
Glutamina alifática amida Polar sin carga Acepta y dona
cada aminoácido a un pH distinto (según su punto isoeléctrico). Como algunos
Aspártico alifática Ácido carboxílco Polar ionizable Acepta y dona
aminoácidos son más dificiles de separar que otros, a menudo es necesario
emplear una columna corta para separar un grupo de aminoácidos y una columna Glutámico alifática Ácido carboxílco Polar ionizable Acepta y dona
larga para separar los aminoácidos restantes (más detalles). Histidina Heterociclo alifático imidazol Polar ionizable Acepta y dona
• Cromatografía líquida de alta resolución en columnas de fase reversa. Este método Lisina alifática amino Polar ionizable Acepta y dona
consiste en aplicar los aminoácidos disueltos en una fase acuosa acidificada a una Arginina alifática guanidio Polar ionizable Acepta y dona
columna de sílice unida a una cadena hidrocarbonada. Los aminoácidos, segun su
polaridad se van a unir a la columna y entonces el eluyente se mezcla