Cours: ATOMISTIQUE

Chimie/Biochimie
PREMIERE ANNEE MEDECINE
ANNEE UNIVERSITAIRE 2020-2021

PROFESSEUR NAIMA.FDIL
 Objectifs

• Connaître les propriétés de l’atome

• Comprendre la relation entre propriétés des atomes et leur constitution

électronique

• Assimiler les règles de la classification périodique.

• Connaître la façon dont s’établissent les structures et liaisons chimiques

• Dessiner et déterminer la géométrie de molécules simples

2
I. Atomistique et atome
Plan
 Histoire
 Définitions
 Dimensions
 Structure
 Les nombres quantiques
 Configuration électronique

II. Classification périodique

III. Liaison chimique et ses modèles

 La liaison covalente-liaison ionique

 hybridations
 Modèle de Lewis

3
Atomistique?

4
5
 Atomistique?

Leucippus est le premier

fondateur de l’atomistique (400
ans AJC) mais moins connu que
son élève Democretus qui a
élargi l’hypothèse atomistique

6
 Atomistique?

L’ idée est que toutes les

choses sont constituées de
plus petites choses qui ne
peuvent plus subir des
changements ou des divisions
Ces petites choses sont les
atomes
7
 Atomistique?

se réfère à la philosophie qui

stipule que:
Toute la matière a été
produite à partir d'atomes
Une substance peut être
changée en une autre
substance
8
de l’Atomistique à la Chimie clinique

•L’Idée de changement des

substances a initié l’Alchimie
•L’Alchimie a initié la Chimie
•La chimie englobe, la
Biochimie, la Chimie
clinique….
9
 Définitions

Elément: une entité immatérielle caractérisée

par un symbole (exemple : H pour hydrogène
ou C pour carbone) et par un numéro atomique
Z.

Atome (d’un élément): une entité matérielle,

constitué d’un noyau et d’un cortège
électronique.

10
Structure de l’atome

L’atome est constitué :

 Noyau : porteur d’une certaine

charge électrique positive, et dans
lequel est concentrée la presque
totalité de la masse de l’atome

 Cortège d’électrons : porteur

d’une charge négative et se
déplaçant très rapidement autour du
noyau

11
Structure du noyau

• le noyau d’un atome X : constitué de deux

sortes de particules élémentaires stables :
les protons et les neutrons
• le proton : de charge électrique positive e=
1,602.10-19 C et de masse
mp = 1,6726.10-27kg
• le neutron de charge neutre et de masse mn
= 1,6749.10-27kg
l’ensemble des protons et neutrons :
nucléons
• Un noyau atomique contient un certain
nombre de Z protons et N neutrons

12
 Cortège d’électrons

• Le cortège électronique d’un atome X : Z électrons .

• Masse d’un électron me = 9,1094.10-31 kg et sa charge

électrique e=- 1,602.10-19 C

La masse d’un atome est pratiquement

égale à la masse du noyau du fait que: mp =
mn =2000me
13
 Symbole
• Chaque élément chimique est décrit par un symbole.
(exemple: H pour hydrogène ou C pour carbone)

•A : le nombre de nucléons présents dans le noyau ,

A appelé aussi « nombre de masse » car l’essentiel de

Z X la masse d’un atome est en effet contenue dans les

nucléons (protons + neutrons)

•Z : numéro atomique ou nombre de charge, il

désigne le nombre de protons ( c'est aussi le nombre
d'électrons pour un atome neutre).
• Donc le nombre N de neutrons sera déduit par

N= A-Z
14
L’atome

Nucléons

15
Exemples

1 12 14 16
H ; 6C ;
1 7 N; 8 O
Nombre Nombre de Nombre de
Atome Z A
d’électron neutron proton

H 1 1 1 0 1

O 8 16 8 8 8

16
La force nucléaire
• Un des facteurs les plus importants entretenant
l'ordre dans les organismes est l'équilibre au sein de
l'atome. La "force nucléaire " est responsable de cet
équilibre entre les protons et les neutrons du noyau
de l'atome.

 Le moindre changement dans l'intensité de cette

force expulserait les électrons loin du noyau ou
provoquerait leur chute sur le noyau.
 Les protons du noyau attirent les électrons avec la
force exacte nécessaire pour former l'atome.

17
 Les Isotopes
• Pour une même valeur de Z, c’est-à-dire pour un nombre Z fixe de proton,
il peut exister plusieurs noyaux différents selon le nombre N de neutrons
associés à ces Z protons. Il en résulte qu’un même élément peut exister
avec des noyaux différents.

• Les variétés nucléaires d’un même élément sont appelés Isotopes.

18
 Les isotopes

Les isotopes sont les atomes d’un même élément avec

différents nombres de neutrons

Les isotopes d’un élément vont avoir:

différentes masses (A)
le même nombre de protons et des électrons (Z)
Différents nombres de neutrons (N)

Les isotopes d’un élément réagissent exactement de la même

manière puisque les réactions impliquent les électrons, les
neutrons n’interviennent pas dans les réactions chimiques.

19
 Exemples des isotopes

• Les isotopes de carbone : Le carbone possède deux isotopes stables dans la nature,
12C (98,89 %) et 13C (1,11 %). Deux autres isotopes instables 11C et 14C

• L’isotope 13C est largement utilisé: en RMN ( raisonance magnétique nucléaire, caractérisation
des molécules en chimie ), IRM (L'imagerie par résonance magnétique en Médecine)
• Le radio-isotope 14C a une période de 5 730 ans et est couramment utilisé pour la datation
d'objets archéologiques
• Le radio-isotope 11C a une période de 20 minutes. Cette courte période en fait un isotope utilisé
en médecine nucléaire,
20
Image IRM d'une tête humaine en pondération T1,
en coupe sagittale
Spectre RMN 13C et 1H
22
 La Radioactivité
• D’une façon générale, les éléments sont formés d’un nombre de
neutrons égal ou très peu supérieur au nombre des protons
• Un noyau dans lequel le nombre N de neutrons est très différents
du nombres Z de protons serait instable et subirait une
désintégration spontanée. Cette désintégration s’accompagne
d’une émission de rayonnements constituant la radioactivité
• L'action d'enrichissement de l'uranium consiste à modifier
le nombre de neutrons dans un atome d'uranium afin d'obtenir
un isotope plus instable afin de favoriser les réactions en chaîne
de fission nucléaire.

23
 Le modèle ondulatoire

-L’électron ne possède pas de trajectoire, son onde peut s’étendre

dans tout l’espace, c.a.d dans trois dimensions (contrairement à
l’onde stationnaire de vibration d’une corde)

-En mécanique classique l'étude du mouvement d'un électron

consiste à rechercher sa trajectoire avec précision, par contre en
mécanique quantique on parle de la probabilité de trouver
l'électron dans un certain point de l'espace.

Trajectoire précise  Orbitale atomique

24
 Définition d’une orbitale atomique (OA)

C’est la région de l’espace, définie par une

fonction mathématique , où on a la plus grande
probabilité de présence de l’électron.
 Equation de Schrödinger

En 1926, Schrödinger établit une équation différentielle

permettant de calculer à priori ces fonctions d'ondes
(orbitale atomique ).

Donc la résolution de l’équation de Schrödinger permet la

détermination des orbitales atomiques et les énergies
propres de chaque électron de l’atome.
 Les nombres quantiques

les différents états que peut avoir un électron sont décrits

en fonction des nombres quantiques n, l et m.

Donc il suffit de connaître les nombres quantiques (n, l, m)

pour décrire la fonction d’espace  n,l,m c’est-à-dire l’
orbitale atomique.
 Nombre quantique principal (n)

est un entier strictement positif : n = 1,2, 3, 4, …

- n défini la taille et l’énergie de l’orbitale.
- Il définit les niveaux des couches électronique
n =1 correspond la couche K
n = 2 correspond la couche L
n = 3 correspond la couche M
n = 4 correspond la couche N
Plus n est élevé plus la taille de l’orbitale et l’énergie sont
importantes.
 Nombre quantique principal (n)
Ancien modèle

Schéma d'un atome de carbone avec des électrons

occupant des niveaux d'énergie précis

Plus n est élevé plus la taille de l’orbitale et

l’énergie sont importantes.
 Nombre quantique secondaire ou azimutal (l )

est un entier positif qui ne peut prendre que des valeurs

strictement inférieures à n :
0 ≤ l ≤ n–1.
- il défini une sous-couche d’énergie et caractérise la
géométrie de l’orbitale.

- à chaque valeur de l correspond un type d’orbitale

(sous-couche) de symétrie différente.
Les noms de fonction d’onde de l’atome et d’orbitale
atomique sont synonymes .
Plutôt que de désigner les orbitales atomiques
Par le triplet (n, l, m), la convention veut qu’on utilise les
notations: s, p, d, f …. Précédées de l’indice
correspondant à n.
Exemple:
- l = 0 orbitale s
- l = 1 orbitale p
- l = 2 orbitale d
 nombre quantique magnétique (m)

-Ce nombre peut prendre toutes les valeurs entières

comprises entre -l et +l : –l ≤ m≤ +l ;
pour une valeur de l donnée, il y a donc (2l +1) valeurs de
m possibles.

- m traduit l’orientation de ces orbitales (cases

quantiques)
Pour symboliser graphiquement ce nombre quantique, on
utilise un rectangle. On représentera autant de rectangles
qu’il y a de valeurs possibles de m
 Nombre quantique de spin ( s)

L’électron est toujours en rotation sur lui-même, ce

mouvement est dit spin.
Pour tout électron, quelque soient les nombres quantiques
n, l, m le nombre quantique s ne possède que deux valeurs
possibles : +1/2 et –1/2.
Pour symboliser graphiquement ce nombre quantique de spin, on
utilise:
- Une flèche vers le haut (↑) pour s =+ ½
- une flèche vers le bas (↓) pour s = - ½
 Répartitions des électrons dans l’atome

Les électrons vont se répartir dans des couches successives, appelées couches
électroniques (n), autour du noyau. Ces couches se découpent elles-mêmes en
sous-couches (l), appelées orbitales

On attribue une lettre à chaque sous couche (l):

Pour l = 0 on parle de sous-couche (orbitale) s
Pour l = 1 c’est la sous-couche (orbitale) p
Pour l = 2 c’est la sous-couche (orbitale) d

Pour savoir où on se trouve on combine le numéro de couche n avec la lettre de la

sous-couche l. Par exemple 2s correspond à la première sous-couche (l=0) de la
seconde couche électronique (n=2).
Description des orbitales atomiques

1- Orbitale s :
Les orbitales s sont caractérisées
par l = 0 et m = 0

Toutes les orbitales s (ns) : sont de

symétrie sphérique car la
probabilité de présence de
l'électron varie de la même façon
dans toutes les directions autour
du noyau.

35
2- Orbitales p :
Pour l = 1 ⇒ m = -1 , 0 ou 1 ⇒ 3 orbitales p
On parle des orbitales px , py et pz ayant la même forme, mais
chacune est allongée sur un des trois axes perpendiculaires.

36
3- Orbitales d :
Si l = 2 ⇒ m = -2 ; -1 ; 0 ; 1 ; 2 ⇒ 5 orbitales d

37
 Description des états d’un électron
À une valeur donnée de n, correspondent n2 triplets (n, l, m)
c.à.d n2 orbitales atomiques.
Description des états d’un électron
Remplissage des couches électroniques

• A chaque valeur de n; on attribue un nombre maximal d ’

électrons qui seront répartis sur les différents orbitales
atomiques; s; p; d…..

• n=1 2 électrons
• n=2 8 électrons
• n=3 18 électrons

• La répartition des électrons dans les différentes couches

électroniques est nommée configuration électronique de
l’atome.
40
 Orbitale atomique

Orbitale atomique : Zone de l’espace où la probabilité de

trouver un électron est de 95% et qui lui est propre.
Chaque orbitale représente à la fois la fonction d'onde Ψ et la
distribution électronique qui en découle (probabilité de
présence).
Principe de Pauli
Deux électrons d’un atome diffèrent au moins par un de leurs 4
nombres quantiques. Une orbitale contient donc au maximum
2 électrons de spin opposé

41
 Configuration électronique

Dans un atome, les électrons sont répartis dans des

orbitales atomiques. Mais cette répartition obéit à
certaines règles et principes.

1- Règle de stabilité
Les électrons occupent les orbitales atomiques par
ordre croissant de l’énergie. Le classement énergétique
des orbitales atomiques se fait plus simplement à l’aide
de la règle de Klechkowsky.
Le tableau ci-dessous représente un moyen pour
appliquer la règle de Klechkowsky concernant la
succession des niveaux du remplissage des orbitales
atomiques.
Ainsi, l’ordre du remplissage des sous couches
électroniques est :
1s 2s 2p 3s 3p 4s 3d 4p 5s 4d 5p 6s 4f 5d 6p…..
• La sous-couche s peut contenir 2 électrons

• La sous-couche p peut contenir 6 électrons

• La sous-couche d peut contenir 10 électrons

• On indique les sous-couches dans l’ordre avec le nombre d’électrons en

exposant.

• Exemples
Pour le carbone C (Z =6) : 1s22s22p2 (2+2+2=6)
Pour le soufre S (Z =16) : 1s22s22p63s23p4 (2+2+6+2+4=16)

1s 2s 2p 3s 3p 4s 3d 4p 5s 4d 5p 6s 4f 5d 6p…..
45
On peut aussi représenter le remplissage graphiquement de
différentes façons :

46
 3- Règle de Hund

Dans une sous couche d’un atome

comportant plusieurs OA (p, d, f), les électrons
occupent le maximum de cases quantiques avec
des spins parallèles avant de s’apparier.
 3- Règle de Hund
Exemples

6C : 6 électrons à répartir dans les

sous couches :
1s2 2s2 2p2 1s2 2s2 2p2
Exemple : 26Fe
1s 2s 2p 3s 3p 4s 3d 4p 5s 4d 5p 6s 4f 5d 6p…..

Fe: 1s2 2s2 2p6 3s2 3p64s23d6

49
Exemples et exceptions
La configuration des atomes neutres: le nombre
d’électrons est égal au nombre de protons soit Z:

50
Exceptions:
Cr: Z=24 Les règles de remplissage conduisent à:

La configuration électronique du Cr est en fait:

Cu: Z=29 Les règles de remplissage conduisent à:

La configuration électronique du Cu est en fait:

51
52