Compte rendu tp bioinformatique

M1 Biochimie Appliquée
Tp 01
Tp 02
 1. Introduction
La bioinformatique est le domaine qui travaille sur les bio-
informations en se servant d’outils informatiques. Elle permet
l’interprétation de données génétiques grâce à l’utilisation de plusieurs
logiciels.
2. Déroulement du TP
Pour ce TP, nous disposons d’une séquence génomique de l'insuline .
Cette séquence est stockée sous le format « FASTA » qui est un
format permettant de contenir plusieurs séquences d’acides nucléiques
à la fois dans un même fichier en les séparant par le symbole « > ».
Dans un premier temps nous allons rechercher si cette séquence
contient ou non une région codante
repérable grâce à la présence d’un promoteur ou de signaux de
transcription par exemple.

Méthodes
Nous vous conseillons de créer un document et d’y
enregistrer, tout au long de ces 2 séances, les adresses
des sites web consultés ainsi que les résultats obtenus.
Cela vous aidera à mémoriser les différentes analyses et
à rédiger le compte-rendu.
La plupart des ressources informatiques (logiciels et
bases de données) que vous allez utiliser sont disponibles
dans Liens Web sur Spiral, mais nous vous conseillons
fortement de faire comme les chercheurs : recherchez le
programme ou la base de données à l’aide de votre
moteur de recherche préféré (Google), le premier lien est
très souvent le bon !

Analyse de la séquence nucléique

Nous allons sur Google et recherchez NCBI
Nous entrons sur le site ; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/.
Dans le moteur de recherche du site, nous recherchons sur le mot
Human Insulin
Résultats
Insulin composée de
4969 pb
Exon 2186….2227
Intron 2228….2406
Définition de l’ insulin ; L'insuline est une hormone naturellement
sécrétée par le pancréas. Lorsque de la nourriture est ingérée, les
glucides sont dégradés en glucose. Le glucose, à son tour, sert de
source d’énergie pour l'organisme. Le pancréas produit et libère de
l'insuline pour aider l'organisme à utiliser et/ou à stocker ce glucose.
L'insuline fonctionne en combinaison avec d'autres hormones
(notamment l'amyline et le glucagon).
3. Conclusion
A l’issu de ce TP, partant d’une séquence génomique, nous a permis
de remonter jusqu’à sa nature et son action dans l’organisme.
Ce TP permet de mettre en évidence la grande utilité des bases de
données telle que Swissprot dans l’étude de séquences génomiques.
Tp 02
Partie A
1- Déterminer la taille en pb des Exons et des Introns du Gène de
l’hémoglobine béta.
Exon 1 ; 143-1=142
Exon2 ; 495-271=224
Exon 3 ;1606-1345=261
Intron 1 ; 143….271 intron 2 ; 495……1345
2- Déterminer la taille en pb des Exons et des Introns du Gène de
la calcitonine CALCA

Exon 1 ; 66-1=65

Exon2 ; 1182-1083=99
Exon 3 ;2352-2209=143
Exon 4 ; 4615-4430=185
Exon 5 ; 5618-5184= 434
Intron 1 ;1083-66= intron 2 ; 2209-1182=
Intron 3 ; 4430-2352= intron 4 ; 5184-4615=
3- Déterminer la taille en pb des Exons et des Introns du Gène de
la calcitonine CALCA (Protéine CGRP)

Exon 1 ; 66-1=65

Exon2 ; 1182-1083=99
Exon 3 ;2352-2209=143
Exon 4 ; 3786-3287=499
Intron 1 ;1083-66= intron 2 ; 2209-1182=
Intron 3 ; 3287-2352= intron4 ; 5610-3786=
Partie b