PROGRAMA BMDS 2.1.

Software para la evaluación de riesgo de contaminantes peligrosos, desarrollado por

la Agencia Norteamericana de Protección Ambiental (EPA)

(http:/epa.gov/ncea/bmds.htm)

Traducción resumen del Ing. Víctor J. Velásquez L./Venezuela

La Agencia de Protección Ambiental (EPA) de los EE.UU., ha desarrollado el software

BMDS (Benchmark Dose Software) como una herramienta para facilitar la aplicación de
métodos de evaluación de dosis de referencia de los contaminantes peligrosos.

El desarrollo del modelo BMDS se inició en 1995 y el primer prototipo fue revisado
internamente por la EPA en 1997. Después de las revisiones publicas y externas, en 1998-
1999, y extensas pruebas de control de calidad en el período 1999-2000, la versión BMDS
1.2 fue liberada (autorizada su uso) en abril de 2000. Las versiones posteriores, hasta la
versión 1.4.1b fueron asimismo puestas en uso, hasta agosto de 2007.

La última versión de EPA (Environmental Protection Agency) es la versión BMDS 2.1.2; la cual
reemplaza la versión 1.4.1b y 2.0, y contiene una interfaz de usuario totalmente renovada y
nuevos modelos dicotómicos (tipo de modelo "dicotómicos-alternativa") tales como: Gamma-
BgDose; Dichotomous Hill; Logistic-BgResponse; LogProbit-BgDose; Multistage-BgDose;
Multistage-Cáncer-BgDose; Probit-BgDose; Weibull-BgDose. Una iinformación adicional acerca
de estos nuevos modelos, se encuentra en la opción "Ayuda modelos alternativos" en el
índice de cómo usar BMDS.

Por otra parte, esta última versión contiene un nuevo modelo continuo, exponencial, que
consiste en un conjunto de cuatro modelos relacionados, los cuales se pueden ejecutar en
conjunto, o individualmente. Por último, contiene un modelo de concentración x tiempo, el
cual se ha sido añadido para analizar las respuestas dicotómicas donde (al menos) dos
variables independientes representan las tasas de respuesta. Este modelo ha sido utilizado
ampliamente para experimentos de exposición a la inhalación aguda, y donde las dos
variables explicativas son: la concentración y la duración de la exposición.

El uso de métodos BMD (Benchmark Dose) implican ajuste de modelos matemáticos a los
datos de dosis-respuesta, y el uso de los diferentes resultados para seleccionar un BMD
asociado con una respuesta de referencia predeterminado (BMR), como por ejemplo un
aumento del 10% en la incidencia de una lesión en particular, o un 10 % de disminución en
el aumento de peso corporal. BMDS (Benchmark Dose Software) facilita estas operaciones,
proporcionando herramientas sencillas de gestión de datos y una interfaz fácil de utilizar
para ejecutar varios modelos en los mismos datos de dosis-respuesta establecidos. Los
resultados de todos los modelos incluyen una iteración de la fórmula del modelo, y las
opciones de corrida del modelo elegido por el usuario, información de bondad de ajuste, el
BMD, y la estimación del límite inferior del nivel de confianza BMD (BMDL). Los resultados
del modelo se presentan en archivos de salida textual y gráfica, que se pueden imprimir o
guardar, o incorporar en otros documentos.

La ejecución de los modelos para un conjunto de datos consta de cinco pasos básicos:

Paso 1: Crear una nueva sesión, o abrir una sesión existente.

 Paso 2: Seleccionar los modelos adecuados en función del tipo de conjunto de datos
que se está evaluando.

Paso 3: Crear un conjunto de datos utilizando la capacidad de la hoja de cálculo

BMDS, o importar un archivo de datos.

Paso 4: Especificar los parámetros asociados con el modelo seleccionado, o crear un

nuevo fichero de opciones.

Paso 5: Ejecutar el modelo y ver los resultados tabulares y gráficos.

EJECUCIÓN DE UNA SESIÓN.

Paso 1: Crear una nueva sesión o abrir una sesión existente.

Utilice el menú o iconos apropiados, para crear una sesión nueva (New), o abrir una sesión
existente (Open). Para ello, en la barra de Menú BMDS clicar primero en File (esquema 1).
Si se trata de una aplicación nueva, en el submenú que se despliega hacer clic en: Dose
Response Session. En caso de querer abrir una aplicación ya existente, en el submenú
desplegado hacer clic en: Dataset.

Esquema 1

Paso 2: Seleccione el tipo de modelo apropiado en función del conjunto de datos que
se está evaluando.

Una vez que la sesión está abierta (esquema 2), un tipo de modelo se puede seleccionar
con el menú desplegable. BMDS es capaz de procesar varios conjuntos de datos y
modelos. Para añadir más modelos a la tabla de la sesión, clicar: Session Grid, en la barra del
menú principal. Así, se despliega entonces un submenú, con el cual puede insertar, o
añadir, en la tabla de sesiones, una o varias filas; clicando ya sea en: Insert Row o en Add
Row(s). Igualmente el submenú tiene un comando: Delete Row, que permite eliminar filas,
clicando en éste.
 Esquema 2

En la casilla de la columna: Model Type, haga clic allí y se le desplegará así un menú con una
selección previa de modelos de análisis. Usted debe hacer clic en el tipo de modelo de
análisis, según sea su requerimiento de cálculos (vea el mismo esquema 2).

Nota al margen:
En los casos de análisis de fenómenos estocásticos con variables que siguen
comportamientos de densidad probabilística continua, pero en las que solamente hay dos
resultados posibles, o dicotómicos, como la distribución Binomial, por ejemplo, entonces
hacer clic en el tipo de modelo: Dichotomous. (Esta es la selección, para situaciones de
Análisis Probit).

Una vez elegido el tipo de modelo (Model Type), luego en la fila de nombres de la tabla de
sesión hacer clic en la celda: Model Name, y seguidamente, en la celda sombreada, en esa
columna, hacer clic con el comando derecho del Mouse. Se desplegará así un submenú con
una selección previa de modelos de análisis. Usted debe clicar entonces en aquel que sea
de su requerimiento. En el caso, por ejemplo, de aplicar Análisis Probit, usted debe clicar:
Probit. (Ver esquema 3)

Esquema 3

Paso 3: Crear un conjunto de datos utilizando la capacidad de hoja de cálculo BMDS o

importar un archivo de datos.

Ahora usted debe cargar los datos de entrada para sus requerimientos de análisis. Un nuevo
conjunto de datos se puede crear haciendo clic en: Data File, en la columna de nombres, y
seguidamente, en la celda sombreada, en esa columna, hacer clic con el comando derecho
del Mouse. Se desplegará así un submenú, y en éste clicar: New Data File (esquema 4). Se
despliega así una nueva ventana, para introducir o importar los datos pertinentes (esquema
5). Los datos se almacenan en archivos, con la extensión .dax. También, los datos se
pueden crear, editar o ser seleccionados, de un archivo .dax. existentes.

Esquema 4

En la nueva ventana (esquema 5), hacer clic con el comando derecho del Mouse en
cualquier celda de la fila de nombres (col1; col2; col3; ….;etc.) para mostrar las opciones de
identificar textualmente, según la conveniencia, cada columna de datos. Para ello, se
despliega, por tanto, un cuadro de dialogo, en el que debemos clicar en: Rename Column.

Esquema 5

Aparece entonces el cuadro de texto Rename (esquema 6), en donde escribir el nombre
requerido para los datos en cada columna. Por ejemplo, escribir DOSE en el lugar de col1,
y seguidamente clicar en: Save and Exit, para hacer el cambio. Luego en la siguiente
columna, repetir el procedimiento antes descrito, para escribir TOTAL en el lugar de col2, y
seguidamente clicar en: Save and Exit, para hacer el nuevo cambio, y así…. hasta identificar
todas las columnas necesarias.

Esquema 6
Haciendo después clic, con el comando derecho del Mouse, en cada celda de la fila de
nombres, se despliega el mismo cuadro de dialogo anterior señalado en el esquema 5, y en
éste clicar ahora en: Transform Column. Aparece así la ventana de: Variable
Transformation. Utilice esta ventana para aplicar transformaciones en las columnas
especificadas.

Esquema 7

Paso 4: Especificar los parámetros asociados con el modelo seleccionado o crear un

nuevo fichero de opciones.

La opción de los parámetros asociados se almacena en archivos con la extensión

.opt. Haciendo clic con el comando derecho del Mouse en la celda sombreada de la
columna: Model Option File, esto permite que se despliegue un submenú con la opción para
crear los archivos clicando en: Create New Option File, o la opción de seleccionar alguno
existente clicando en: View Option File, o de editar o cambiar un archivo clicando en: Edit
Option File o en: Change to Another Option File. (esquema 8)

Esquema 8

Una vez que los datos han sido cargados, y seleccionados los parámetros necesarios, hacer
clic en el comando: Run, situado al lado izquierdo de la barra inferior del menú mostrado en
el esquema 8. Aparece así la ventana del esquema 9 que se utiliza para ver y editar las
opciones de los parámetros. La opción de los archivos puede ser guardado en una ruta
especificada, también puede ajustar los valores por defecto (clicando en el botón: Set value
To Default), o pudiera elegir optimizar los valores iniciales de los parámetros clicando en el
botón: Optimize Initial Param. Value, cuyos botones están ubicados en la parte inferior de la
ventana. Además, la barra de estado de dicha ventana muestra el modelo y el tipo de
modelo, con los parámetros asumidos. Los datos que se utilizarán en el modelo también
pueden ser vistos haciendo clic en el botón: Show Data. Se indica también la ruta de acceso
a los datos, en la línea de texto: Data File que aparece a la izquierda del botón Show Data.

Esquema 9

Si hace clic nuevamente, con el comando derecho del Mouse, en la celda sombreada de la
columna Model Option File, se despliega el submenú mostrado en el esquema 4 (ventana de
sesión) y allí puede clicar en: Display Model Input File, (*.(d)), para ver el fichero del archivo
de entrada. (esquema 10)
 Esquema 10

Paso 5: Ejecutar el modelo y ver los resultados textuales y gráficos.

Haga clic con el comando derecho del Mouse, en una celda determinada de la columna: Out
File (celda sombreada), para especificar la salida y registro del archivo en estudio (esquema
11), seleccionando: Set Out File To, en el submenú desplegado.

Esquema 11

Recuerde seleccionar los modelos que se ejecutarán, mediante la colocación de marcas de

verificación (tilde), en las casillas de las filas apropiadas, en la columna: Run?. El botón
derecho del ratón mostrará un submenú que permite seleccionar todas las casillas que
deberán evaluarse, o no, a la vez. (ver esquema 12).
 Esquema 12

Haga clic en el botón: Run, en la parte inferior izquierda de la ventana de sesión. Así se
abrirán dos nuevas ventanas, mostrando un informe resumido (esquema 13) y un gráfico
resumen con los resultados (esquema 14). La ventana: Summary Report muestra los
resultados de las variables establecidas, para cada uno de los modelos ejecutados, en un
formato de tabla (esquema 13). Cada letra en la columna de nombres corresponde a los
modelos previamente agregados, en la ventana de la sesión. Haciendo clic en cualquier
columna con letras, se mostrará un submenú con opciones para: Show Out/Graph (mostrar
gráfico de salida), Display Array Values (pantalla matriz de valores), Open Data File (datos de los
archivos abiertos), u Open Option (abrir fichero de opciones).
 Esquema 13

Los gráficos individuales de entrada y salida de archivos de datos se muestran al clicar, en

el submenú de la ventana: Summary Report, con el comando derecho del Mouse, en: Show
Out/Graf. (Ver esquema 14)
 Esquema 14

Para mostrar la matriz de los valores estimados de los parámetros (Asymptotic Correlation
Matrix of Parameter estimates), el usuario debe hacer clic con el comando derecho del Mouse
en la celda que contiene la palabra "Array", en la ventana Summary Report, anteriormente
indicada. Así, se muestra una matriz de datos estimados. (Esquema 15)
 Esquema 15

El Resumen Gráfico (Summary Graf) del esquema 16 muestra los gráficos correspondientes
a cada ejecución de los modelos considerados. Estos gráficos individuales pueden ser
copiados al portapapeles, clicándo en: Copy To Clipboard, e insertándolos en otros archivos
tales como documentos de MS Word.

Esquema 16

NOTA FINAL (del traductor):

Es esta una traducción parcial y resumida, del Running a Session contenido en el How To Use
BMDS, y descrito en el menú Help de la página BMDS 2.1.2 de EPA (Environmental Protection
Agency) de los Estados Unidos de América. Alguna corrección al respecto para mejorar el
entendimiento de esta herramienta, será muy bienvenida!.