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Méthodes de sélection chez les plantes autogames

A- Introduction :
Plusieurs méthodes de bases sont disponibles avec différentes modifications chacune. Toutes ont
leurs points forts et leurs points faibles.
La méthode choisie dépendra :
- de la nature du caractère désiré ;
- de son héritabilité ;
- de l’importance de la variabilité présente ou disponible ;
- des facteurs économiques et des ressources disponibles qui sont aussi importants et influencent
l’approche à suivre.

I- théorie des lignées pures :

Lot hétérogène du
mélange de Haricot

Johnssen a examiné le poids des graines provenant de différentes plantes de haricot, il montra que la
variété locale dans une culture autogame est composée d’un mélange de lignées fixées. La diversité
ou la variation est entre les lignées et non à l’intérieur des lignées.
Une fois une lignée pure établie, la sélection à l’intérieur de celle-ci est inefficace. Toute variabilité
observée à l’intérieur d’une lignée pure est d’origine environnementale.

Définition d’une lignée pure :


C’est la descendance par autofécondation d’une plante autogame homozygote.

II- Variétés ou populations locales (ou populations de pays)


Les variétés locales sont généralement formées par un mélange de plantes homozygotes. La plupart
des plantes autogames présentent un certain niveau de croisements naturels conduisant à la
présence de loci hétérozygotes dans la population. Des mutations peuvent également être à l’origine
de l’hétérozygotie. Les variétés locales sont, la plupart du temps, très anciennes et bien adaptées à
leurs environnements. Le fait qu’elles soient formées de mélanges de différents génotypes, les
variétés locales présentent une certaine plasticité vis-à-vis des fluctuations des conditions
environnementales. Elles peuvent, en effet, avoir différentes formes de résistances à certaines
maladies.

III- sélection dans la population hétérogène :


1-Sélection massale
Parmi les méthodes de sélection les plus anciennes, la sélection massale est probablement à la base
de la domestication de plusieurs espèces végétales.
Les plantes sont choisies sur la base de leurs phénotypes supérieurs, les graines de ces plantes
sélectionnées sont mélangées pour former la sélection massale. Cette dernière est semée pour
reconduire à la génération suivante.

a) Caractéristiques :
- La sélection est basée sur le phénotype ;
- Les caractères à sélectionner doivent se prêter à l’identification visuelle ;
- l’efficacité dépend de la capacité du phénotype à refléter le génotype ;
- Elle est efficace pour les caractères à héritabilité élevée ;
- Elle est peu efficace pour les caractères très influencés par l’environnement.

b) avantages :
- sécurité : la variation génétique à l’intérieur ou dans la sélection massale peut servir de
tampon dans des conditions d’environnement changeant.
- Elle peut conduire à une inscription rapide de la variété. Elle ne nécessite pas de phase d’évaluation
de la descendance.
-Simple, facile, rapide, non coûteuse.

c) inconvénient :
- On ne connaît pas si les plantes sélectionnées sont homozygotes ou hétérozygotes (1-5% de
pollinisation croisée naturelle) puisque les plantes hétérozygotes ségrégueront les générations
suivantes, donc le sélectionneur a besoin de continuer la sélection.
- Interaction Génotype X Environnement. l’environnement dans lequel la plante croit affecte son
développement et son apparence. Avec la sélection massale, il n’est possible de connaitre si le
phénotype sélectionné qui est supérieur en apparence est dû au génotype ou à l’environnement. La
sélection massale est confondue avec la sélection environnementale.

2- Sélection généalogique (sélection de lignées fixées ou pure line sélection)


Cette méthode est également appelée sélection individuelle ou sélection par la méthode des lignées
pures. Elle a été développée sur les bases de la théorie des lignées pures énoncée par JOHANNSEN.
Elle est utilisée pour exploiter les variétés locales où des types désirables existent. Le meilleur
génotype déjà présent dans la population est isolé à travers des procédures d’évaluation bien
soignées.
Méthode : elle comprend généralement trois étapes :
1ère étape :
Consiste à choisir un nombre important de plantes ou d’épis au sein d’une population hétérogène. Le
nombre dépend de l’espèce sélectionnée (pour les céréales plusieurs centaines à quelques milliers
de plantes sont choisies), du terrain et des moyens financiers disponibles.
2ème étape :
Consiste à semer les descendances des plantes choisies (plante ou épi par ligne) pour une sélection
visuelle. Souvent, des épidémies de maladies sont artificiellement créées pour éliminer les
descendances sensibles. Les lignées défectueuses sont alors écartées et seules les lignées
supérieures sont gardées.
3ème étape :
La troisième étape commence lorsque le sélectionneur ne peut plus choisir entre les lignées sur la
seule base d’une sélection visuelle.
Les lignées restantes (généralement très peu, les plus homogènes et les plus intéressantes pour
différents caractères) sont évalués dans des essais de rendement avec répétitions puis les meilleurs
sont retenues régionaux.
La durée des essais dépende de plusieurs facteurs mais, généralement, cette étape dure au moins
trois ans.
La nouvelle variété (descendance d’une lignée fixée) est inscrite au catalogue officiel.

Avantages : La lignée pure fixée est très uniforme en apparence et en performance.

Inconvénients : - de nouveaux génotypes ne sont pas crées ( on est limité aux génotypes déjà
présents dans la population d’origine)
- la lignée pure fixée peut être limitée concernant l’adaptation.

3- Comparaison entre la sélection massale et la sélection généalogique :


Les deux méthodes ne vont pas créer des génotypes nouveaux et se limitent seulement à l’isolement
de certains génotypes déjà existant dans la population d’origine.
Cependant une variété développée par la sélection généalogique est plus homogène qu’une variété
développée par une sélection massale.
La sélection généalogique est une lignée pure car elle est développée à partir d’une plante supposée
être homozygote, alors que la sélection massale est un mélange de lignées pures.
La sélection massale est relativement plus simple et moins coûteuse que la sélection généalogique.
La sélection massale est souvent utilisée par les agriculteurs alors que la sélection
généalogique n’est généralement utilisée que par les sélectionneurs.
IV- Sélection après hybridation :

1)Hybridation :
- Nécessaire pour combiner et sélectionner différents génotypes de ceux actuellement disponibles.
- On espère obtenir des ségrégant transgressifs qui soient supérieurs aux variétés parentales.
- Dans l’hybridation de deux variétés de plantes autogames, l’améliorateur des plantes est concerné
par :
1- les limites et la nature de la variété dans la génération ségrégante F2
2- la progression de la population hybride vers l’homozygotie complète
3- la nature des combinaisons des gènes réussie
- facteurs influençant la recombinaison des gènes à la F2 :
1- nombre de gènes différenciant les parents ;
2- liens (linkage) des gènes sur le même chromosome ;
3- nombre d’allèles de chaque gène.
- important à se rappeler:
Quand deux variétés lignées fixées sont croisées, le maximum nombre de combinaison de gènes est
atteint dans la F2 (les combinaisons se produisent dans la plante F1 au moment de la fertilisation).
Donc Les populations F2 doivent être aussi large que les possibilités pratiques le permettent.
- Avec l’augmentation du nombre de générations autogames, la proportion d’homozygotes augmente.
Il est plus aisé de trouver des types homozygotes désirables dans les générations avancées de la
population hybride des cultures autogames.

2) Sélection Pedigree :
Dans la méthode pedigree, la sélection commence en F2. Elle permet d’isoler rapidement
des caractéristiques désirables dans le cas de caractères à hérédité qualitatives tels que la
résistance aux maladies, la couleur de la graine, la précocité, etc. les caractères à hérédité
quantitative, en particulier le rendement, sont plus difficiles à évaluer au cours des
premières générations (F2 et F3) sur la base d’une plante individuelle. Du fait du haut
niveau d’hétérozygotie durant les premières générations, l’hétérosis peut affecter la
performance des plantes surtout lorsqu’elles sont espacées. Cependant, les
sélectionneurs tendent à choisir les plantes qui apparaissent les plus productives.
Sélection “Pedigree”

Parents Var(A) x Var (B) Choisir les parents et faire des croisements

F1 Bulk . ........... Semis 50 à 100 graines F1


.............

F2 plantes espacées ........................ Semer 2 à 3000 plantes F2 : plantes espacées


. . . .. .. .. .. . .. . .. . . . examen facile de plantes individuelles. Récolter
. . . . . . . . .. .. . . . . . séparément les plantes (2- 3000) qui combinent
les caractéristiques désirables des deux parents.

F3 épi/ligne • • • • • Semer les plantes F2 épi/ligne, plantes


• • • • • espacées. Identifier les lignées > et
• • • • • sélectionner 3-5 plantes /ligne 20- 100
• • • • • familles (F3) retenues/croisement.
• • • • •
F4 familles épi/ligne

Plantes/ligne. Choix des meilleurs


F5 « « plantes dans les meilleurs lignes et
dans les meilleurs familles. Seules
les meilleurs apparences et les lignées
uniformes sont conduites

F6 « «

F7 « « Lignées uniformes sont récoltées en


masse mais séparément des autres
lignées (25- 30) par croisement.

- ---------------------- Essais préliminaires


F8 ------------------------

F9- F12 - - - - - - - - Essais de performances

- - - - - - - - -
Essai de catalogue

3) Sélection BulK :
La méthode bulk est simple et peu couteuse. Peu d’efforts sont généralement engagés durant
les premières générations. Cependant, la taille de la population doit être assez importante surtout
lorsque les plantes sont individualisées durant la sélection. La sélection naturelle est plus active dans
le cas de la sélection par cette méthode. Les plantes hautes et les plantes tardives sont généralement
favorisées par la méthode Bulk, ce qui peut être en contradiction avec les aspirations du
sélectionneur. Cependant, la présence de maladies et d’insectes favorisent la mise en évidence des
plantes résistantes, généralement recherchées par le sélectionneur. Les autofécondations sans
sélection sont répétées sur 4 à 5 générations au total, ce qui permet d'obtenir des lignées fixées.

La procédure générale pour la méthode Bulk est la suivante :


Année 1 : Choisir les parents et faire les croisements
Année 2 : (F1) semer 20 à 50 graines F1
Année 3 : (F2) semer les F2 (2000 à 4000 plantes), avec une densité normale. Récolter le tout en vrac et
prendre un échantillon pour le semer en F3
Années 4-6 (F3 à F5) Utiliser la même procédure que pour la F2.
Année 7 (F6) Semer 3000 à 8
000 graines F6 espacées. Choisir 250 à600 meilleurs plantes. Récolter chaque plante séparément.
Année 8 (F7) Semer les plantes choisies en F6, plante/ligne. Choisir les 25 à 30 meilleures lignes (lignées).
Récolter chaque ligne choisie séparément.
Année 9 (F8) Si la quantité de semence le permet, commencer les essais préliminaires pour le rendement.
Années 10-13 Essais comparatifs pour le rendement, comme dans le cas de la méthode pedigree.

Sélection “BULK”

P1 X P2

F1

F2

F3
à

F5

F6

F7

F8

F9
A
F11

4- Sélection par la b méthode SSD (Single-Seed-Descent)

Cette méthode est également appelée sélection simple grain ou encore sélection par filiation
unipare. Chaque plante F2 contribue par une seule graine à la génération F3, chaque plante F3
contribue par une seule graine à la génération F4 et ainsi de suite. Le but est d’obtenir des à partir
d’un maximum de plantes F2. Ceci permet de réduire les risques de perte des génotypes supérieurs
par sélection surtout pour les caractères à faibles héritabilités tels que le rendement.

Cependant, cette procédure oblige à conserver une grande proportion de génotypes non
désirables et ne permet pas la sélection des meilleurs génotypes parmi les familles issues des F2 et
des générations suivantes. La méthode est simple et peu coûteuse. Il suffit seulement de récolter une
graine par plante et de semer l’ensemble à la génération suivante. La sélection par la méthode SSD
est plus pratique lorsqu’on peut obtenir plus d’une génération par an. L’utilisation des serres et
pépinières en contre saison permettent d’avancer rapidement des générations.

La procédure générale pour la sélection par la méthode SSD est :

Année 1 Choisir les parents et faire les croisements


Année 2 (F1) Semer 20 à 50 graines F1 en les espaçant pour permettre la production du maximum de semences.
Année 3 (F2) Semer les F2 (2000 à 3000 plantes) en les espaçant. Récolter une (parfois 2) graine/plante F2.
Année 4-5 Pour les générations F3 et F4, utiliser la même procédure que pour la F2.
Année 6 (F5) Semer les F5 comme dans les générations précédentes. Récolter chaque plante F5 Séparément.
Année 7 (F6) Semer la semence de chaque plante récoltée en F5, plante par ligne. Choisir et récolter les meilleures lignes.
Année 8 (F7) Si la quantité de semence le permet, commencer les essais préliminaires pour le rendement.
Année 9-12 Essais comparatifs pour le rendement.

P1 X P2
®®®®®®®®
®®®®®®®® F1
®®®®®®®®

°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°
°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°° F2
°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°° à
°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°° F5
°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°°

® ® ® ® ® ® ® ® ® ® ® ® ®
® ® ® ® ® ® ® ® ® ® ® ® ® F6
® ® ® ® ® ® ® ® ® ® ® ® ®
® ® ® ® ® ® ® ® ® ® ® ® ®

®®® ®®® ®®® ®®® ®®® ®®® ®®® ®®®


®®® ®®® ®®® ®®® ®®® ®®® ®®® ®®®
®®® ®®® ®®® ®®® ®®® ®®® ®®® ®®® F7
®®® ®®® ®®® ®®® ®®® ®®® ®®® ®®®

®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®®


®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® F8
®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® à
®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®®
®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® F11
®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®® ®®®®

Figure …..Méthode de sélection par SSD

5- Comparaison des trois méthodes de sélection

- Pour la méthode Pedigree (généalogique), la sélection commence en F2. La première sélection est
faite parmi les plantes hétérozygotes.
- Pour la méthode Bulk (généalogique différée), la première sélection est faite plus tard sur la base de
plantes homozygotes.

- Pour la méthode SSD, la sélection est faite sur la base de lignées homozygotes (descendance de
plantes homozygotes par autofécondation). La sélection par la méthode SSD permet de garder la
descendance d’un nombre maximum de plantes F2.

La méthode Pedigree est plus coûteuse et plus laborieuse que les deux autres méthodes mais elle
permet l’élimination rapide des génotypes inférieurs (certains génotypes supérieurs peuvent être
accidentellement éliminés aussi) par la sélection durant les premières générations. La sélection
naturelle est plus active dans le cas de la sélection par la méthode Bulk et peut aider le sélectionneur
comme elle peut lui poser des problèmes.

Le choix de la méthode de sélection dépend de la plante en question, de la philosophie du


sélectionneur, des objectifs du programme de sélection et des moyens disponibles (terrain,
équipements, personnel, etc.).

6- Backcross
Le Backcross également appelé rétrocroisement ou croisement en retour est une forme
d’hybridation récurrente durant laquelle une caractéristique désirable est transférée à une variété
adaptée et productive. Généralement, le Backcross est utilisé lorsqu’une variété possédant des
caractéristiques désirables présente une faiblesse (sensibilité à une maladie donnée par exemple) qui
peut être corrigée par l’introduction d’un ou de quelques gènes.

Son principe est d'éliminer (vider) progressivement tous les gènes d'un géniteur donné comme
un géniteur de résistance (parent donneur), sauf celui qui confère la résistance à une maladie
déterminée. Ceci est réalisé par des recroisements successifs de celui ci avec une variété de bonne
valeur agronomique (= parent récurrent = parent receveur) . Au cours des recroisements, les
gènes du parent récurrent 'remplissent' le géniteur où leur proportion augmente de 50% (première
hybridation) à 75% (= 50 + 50/2) (premier recroisement), 87,5% (= 50 + 75/2) (deuxième), 93,75%
(troisième), 96,875% (quatrième recroisement) ,...
La contribution génétique du parent donneur (géniteur) est ainsi réduite de moitié à chaque
génération. Il en résulte un individu d’une constitution génétique identique à celle du parent récurrent
à l’exception du segment chromosomique portant le gène d’intérêt.

Hybridation interspécifique

Hybridation interspécifique naturelle

Exemple: blé cultivé. Il existe des espèces différentes du genre Triticum comme T.turgidum (blé dur
tétraploïde, 2n = 28), T. aestivum (blé tendre hexaploïde, 2n = 42). Les études cytogénétiques
indiquent que les blés tétrapoïdes possèdent deux génomes A et deux génomes B (AA BB). Ils
seraient issus d'un croisement entre les espèces sauvages diploïdes, T. monococcum (génome AA, n
= 7, 2n = 14) x T. searsii (génome SS).

Le blé hexaploïde possède 3 génomes (AA, BB, DD): c'est un hybride de T. turgidum (AA, BB) et de
T. tauschili (génome DD). Dans ces deux cas, l'hybrydation a été suivie d'un doublement des
chromosomes. En effet, les cellules mères des spores de l'hybride ABC ne peuvent subir la méiose,
car les chromosomes très différents ne s'apparient pas de façon régulière, ce qui rend stérile ce
type d'hybride. Le doublement des chromosomes des trois génomes (AA, BB, DD) rend l'hybride
fertile, chaque chromosome trouve son partenaire dans sa propre copie, et l'appariement méiotique
est ainsi possible. L'amphiploïde est un hybride dont le stock des chromosomes a été doublé.
Hybridation interspécifique synthétique

- Fusion de protoplastes: recommandée lorsque le croisement est impossible

- Culture in vitro d'embryon immature (sauvetage d'embryon): recommandée pour le cas d'embryons
non viables

- Hybride interspécifique stérile: utilisés pour les espèces à multiplication végétative. La fertilité peut
être rétablie artificiellement en traitant les F1 par la colchicine. La colchicine est un alcaloïde qui
empêche la formation du fuseau de division en début de mitose. Les chromatides se séparent mais
sans migration aux pôles. Le noyau se reconstitue avec un stock chromosomique double.

Exemple d'hybrides amphiploïdes: le triticale (blé x seigle), nouvelle espèce céréalière crée par
l'homme en 1984

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