I.

Généralités
L’enzymologie est une discipline qui étudie les structures et les fonctions des enzymes.
L’organisme vivant est le siège de plusieurs réactions biochimiques qui sont catalysées par les
enzymes.

Ces derniers se définies comme des biocatalyseurs de nature (99% protéique et 1% ARN
catalytique) permettant d’accéléré les réactions chimiques du métabolisme qui se déroulent
dans le milieu intra ou extracellulaire. Ils augmentent la vitesse de la réaction. Selon la nature
protéique des enzymes, on trouve :

- Les Holoenzymes qui sont constitués uniquement par des protéines (exemple :
ribonucléase).
- Les Hétéronymes ou on a une partie protéiques et cofacteurs qui peuvent être soit des
ions métalliques ou molécules organiques (exemple : lactate déshydrogénase).
- Les enzymes monomériques constitués par une seule chaine polypeptidique.
- Les enzymes oligomériques (polymériques) constitués par deux ou plusieurs chaines
polypeptidiques.

Quelques notions de base

Substrat : c’est une substance transformé au cours de la réaction catalysée par l’enzyme.

Produit : c’est le résultat de cette transformation.

Effecteur : c’est une substance qui modifie les paramètres cinétiques d’une réaction
enzymatiques, ils peuvent être soit des inhibiteurs ou des activateurs.

Ligand : c’est toute molécule capable de se fixé sur l’enzyme (soit substrat, effecteur…).

L’énergie d’activation

Soit la réaction A---->B, l’énergie nécessaire à la réalisation de la réaction est appelée :

l’énergie d’activation.

L’état A* est un état excité dont le niveau énergétique est le plus élevée.

L’énergie d’activation correspond au différentielle Δpi libre entre l’état initiale A et un état de
transition A*.

La réaction ne pourra pas se produire sauf si la molécule A est portée à ce niveau énergétique.
Cette énergie d’activation est fournie par la température qui augmente l’agitation moléculaire.
Le rôle de ces catalyseurs est donc de diminués cette énergie d’activation.

Spécificité des enzymes

C’est un caractère fondamental de l’activité enzymatique qui est facile à mettre en évidence
dans des cas simples. Cette spécificité est double, chaque enzyme sélectionnant à la fois le
substrat et à la fois la réaction catalysée.

 Spécificité de la réaction

Pour un substrat donné, l’enzyme ne catalyse qu’une réaction parmi l’ensemble de celle qui est
possible. C’est une spécificité étroite.

 Spécificité de substrat

Spécifique à un substrat ou un groupe de substrat. Une enzyme n’agit que sur un seul substrat
ou sur un groupe de substrat possédant en commun certaine particularité dans leur structure
moléculaire. Cette spécificité est plus ou moins large mais toujours liées à la stéréospécificité.

Nomenclature

Le nom de la plupart des enzymes a été formé en ajoutant le suffixe ase aux noms de leurs
substrats exemple : protéases. En revanche d’autre enzyme comme la trypsine ne rappelle pas
leur substrat, ou bien un enzyme présente deux noms ou plus, ou bien deux enzymes différents
portent le même nom. Pour cela, un système international de dénomination et de classification
des enzymes a été proposé (EC. X.X.X.X.). Il existe 06 classes et chaque classe se divise en
sous classe.

1. Les oxydoréductases

Ces enzymes catalyses les réactions d’oxydoréduction (transfert d’électrons et d’hydrogènes en

présence d’O2 ou co-enzymes comme NAD, NADP..).

2. Les transférases

Catalysent le transfert de groupement fonctionnel d’une molécule à une autre. Les transférases
sont divisées selon la nature du groupement transférées. Il peut s’agir d’unité à un carbone.
 3. Les hydrolases

Catalysent l’hydrolyses de divers liaisons (ester, osidiques). Transfert d’un groupement

fonctionnel à l’eau.

4. Les lyases (synthases)

Catalysent des réactions de transfert d’un groupement fonctionnel à partir d’un substrat avec
l’apparition d’une double liaison sur ce substrat.

5. Isomérases

Catalysent les invertirons de la configuration (transfert des radicaux à l’unité d’une molécule
donnant une forme isomère).

6. Les lyases (synthases)

Ils sont responsables à la formation d’une liaison covalente avec utilisation d’ATP.

Tableau 01 : Comparaison entre les catalyseurs biologiques et chimiques.

Enzymes Catalyseurs chimiques

Nature protéique Nature chimique
Spécifique Non spécifique
Agit à faible concentration Agit à une concentration moyenne

Figure 01 : L’énergie d’activation et l’intérêt d’un catalyseur biologique.

 II. Structure et propriétés des enzymes

Les enzymes monomériques

Sont des enzymes constitués d’une seule sous unité, il s’agit les plus souvent d’enzyme sécrété
comme la chymotrypsine (240 acides aminées). Cette dernière présente un poids moléculaire
de 25 kDa avec 3 chaines polypeptidiques liées par deux liaisons disulfures avec extrémité N-
terminal avec des acides aminés catalytiques : Histidine 57 et l’aspartate 102, et une extrimité
C-terminal qui contient la serine en position 195.

Figure 01 : structure d’un chymotrypsine.

Les enzymes oligomériques (polymériques)

Sont constitués de plusieurs sous unités identiques ou différentes (2 sous unités jusqu’à 12 sous
unités), et on parle de protomère ou monomère formant un oligomère.

Lorsque les protomères sont identiques, chacun porte un site actif. La dissociation d’une
enzyme polymérique en ses protomères nécessite la rupture des liaisons interprotomériques
qu’ils sont des liaisons non covalentes. Les plus souvent cette dissociation s’accompagne d’une
perte d’affinité.

La grande majorité des enzymes d’oligomériques sont endocellulaire. De ce faite, beaucoup

d’enzyme entre dans la régulation du métabolisme. Exemple :

- L’hémoglobine

Sous forme de 4 sous unités (02 sous unités alpha et 02 sous unités beta) avec 4 groupements
de fer sont à l’état ferreux. Elle est considérée comme un modèle instructif pour l’étude de
nombreuse protéine régulatrice oligomérique. Son rôle est de transporté l’O2 depuis les
poumons vers les organes.

L’affinité de l’O2 pour chacun des 4 sites de liaisons est sigmoïde.

La communication entre les 04 sous unités est le résultat d’interaction coopérative entre les sous
unités : la liaison d’une molécule d’O2 augmente la probabilité que les autres molécules O2 se
trouvent liées par les sous unités restantes, on dit qu’elle possède une coopérativité+.

Les courbes sigmoïdes de fixation sont caractéristiques d’une liaison coopérativité+.

Figure 02 : Structure d’hémoglobine.

Les Isoenzymes

Les isoenzymes sont des enzymes qui ont une même propriété catalytique mais diffèrent par
leurs propriétés physicochimiques.

Les isoenzymes peuvent différer d’un tissu à un autre. Les différentes formes de l’enzyme
diffèrent généralement dans :

- Propriétés cinétiques ou régulatrices

- Types de cofacteurs qu’elles utilisent
- Leurs distributions subcellulaires

Les isoenzymes ont des séquences en acides aminées similaire mais non identiques exemple :
L’un des 1ers enzymes pour lequel on découvre des isoenzymes est la LDH (lactate
déshydrogénase). Cette dernière est constituée de 02 chaines polypeptidiques H et M avec un
poids moléculaire qui est de 33500 Da et qui présente 05 isomères (H4, H3M, H2M2, HM3, M4).
Selon la répartition cellulaire, L’isoenzyme primordiale dans le cœur est le H4, dans le muscle
on trouve M4. Les différents isoenzymes de la LDH ont des valeurs différentes de Vmax et Km
en particulier pour le pyruvate.

Le M4 favorise la réduction rapide de faible concentration de pyruvate en lactate, tandis que le

H4 favorise l’oxydation rapide de lactate en pyruvate.

Figure 03 : Structure de la LDH.

Complexes multienzymatiques

Consistent à un ensemble des enzymes qui interviennent dans des étapes de réaction soit
séparément ou bien associés (exemple : pyruvate déshydrogénase bactérienne). Ils sont liés à la
membrane plasmique et aux ribosomes ce qui présentent plusieurs avantages à savoir :

Le substrat n’est pas libéré avant l’achèvement complet de la réaction

Toutes les réactions sont contrôlées

La vitesse de la réaction augmente car la distance traversée entre le substrat et le site actif est
petite.