Introduction à la

Médecine génomique :
de Mendel au numérique

Docteur Kévin Yauy

Médecin généticien, MD MSc
Doctorant en Bioinformatique

Master Sciences et Numérique pour la Santé

UE Structure et Problématique de Santé
Mercredi 15 septembre 2021
Quescussion

Quelles sont les implications d’un diagnostic génétique

pour la prise en charge d’un patient?

Proposez uniquement par des questions pour essayer d’y répondre!

Quescussion

Comment poser le diagnostic génétique d’un patient ?

Proposez uniquement par des questions pour essayer d’y répondre!

Plan du cours

La génétique médicale transformée par le numérique

1. 1. Vous avez dit médecine génomique ?

2. 2. L’avènement des données patients structurées et de l’intelligence artificielle

3. 3. La révolution du séquençage haut débit

1. Médecine
Génomique ?

Centre Hospitalier Universitaire Grenoble Alpes

Contexte et enjeux

● Prendre en charge les patients atteints de maladies héréditaires et

rares (mais pas que...)

● 3 Millions de personnes touchées en France (1/20)

● 6 000 à 8 000 maladies rares sont dénombrées
● 3-4 nouvelles entités sont décrites chaque semaine dans la
littérature médicale
● Encore de nombreux patients sans diagnostic
● Temps moyen du diagnostic : 4-5 ans

Alliances Maladies Rares

Contexte et enjeux

Résoudre l’impasse diagnostique

de nombreuses familles

Diagnostic : Pronostic :
- Difficultés sociétales = pas de nom - Complications connus à suivre
de maladie, problème de
reconnaissance MDPH Fondamental - Evaluer la gravité de la maladie

- Sentiment d’injustice, de solitude =

isolement des familles.

Thérapeutique : Familiale : Reproduction :

- Aide à la prescription - Obligation d’informer sa famille - Diagnostic prénatal
- Thérapies ciblées - Décret parentèle - Diagnostic pré-implantatoire
- Pharmacogénomique - Diagnostic pré-symptomatique - Dépistage préconceptionnel
- IMG
 Cas index

• Enfant 3 ans 1/2

– Maîtresse scolaire vous informe des difficultés
• Difficultés de concentration
• Difficultés de compréhension
• Perturbateur dans la classe
– 2 crises d’épilepsie fébrile
– Marche 19 mois
– Hyperactif
– WISC4 = QIT 55

8
 Informations familiale

• Maman
– seul enfant
– Difficulté procréation

9
 Informations familiale

• Maman
Parkinson atypique
– seul enfant
– Difficulté procréation

Trouble fertilité

• Grand père maternel ataxie et

Parkinson atypique Retard mental

10
Les vrais Diagnostics

Fragile X Tremor ataxia syndrome

FXTAS

Insuffisance ovarienne précoce

FXPOF/FXPOI

Syndrome de l’X Fragile

 Quelle méthode/prescription pour confirmer le diagnostic?

✔ Consentement génétique
✔ Recherche amplification CGG au locus FMR1

12
Quelles tailles d’amplifications de triplets

Fragile X Tremor ataxia syndrome

FXTAS
Entre 55 et 200 CGG

Insuffisance ovarienne précoce

FXPOF/FXPOI
Entre 55 et 200 CGG

Syndrome de l’X Fragile

> 200 CGG
Quel conseil génétique donner ?

A Indemne
B Doit faire le teste
? C Pas de risque pour ses filles
D Conductrice obligatoire
Quel conseil donner ?

Conductrice obligatoire
 Quel risque pour les filles de II2

II 1 2

III ?
 Quel risque pour les filles de II2

II 1 2

III 50% de risque d’être conductrices

 Solutions pour les difficultés de procréations de II1, II2, III2

❑ Préservation de fertilité
II OBLIGATOIRE
1 2 ❑ DPI
❑ Adoption

❑ DPN si grossesse spontanée

III ❑ Don d’ovocyte
Malheureusement, dans la grande majorité des cas,
nous ne trouvons pas de diagnostic ....
2. Apport du numérique
en génétique médicale

Centre Hospitalier Universitaire Grenoble Alpes

Le diagnostic par un généticien

1. Recognition of "gestalt" and 2. 3. DNA

association of symptoms : analysis/sequencing :
"phenotype" "genotype"
Les outils du généticien pour le diagnostic, historiquement...

Choix du bon examen :

Séquençage du bon exon,
du bon gène,
du bon panel de gènes...
“Phenotype - first”

Reconnaissance de “gestalt” / Séquençage de l’ADN :

association de signes cliniques : “génotype”
“phénotype”
1. Reconnaissance de
“gestalt”
Reconnaissance de “gestalt”

● Approche de référence avant le séquençage

haut débit : reconnaissance des gestalts
(200-300)

● Limitation :
- Capacité personne dépendante
- Long apprentissage

Syndrome Kabuki
Intelligence Artificielle

RapidMiner
Intelligence Artificielle

● Deep learning :
Intelligence artificielle supervisée basé sur
des réseaux de neurones

● Applications connus :

RapidMiner
Deep learning & gestalts

● DeepGestalt
Entrainement d’un réseau de neurones à reconnaître un
gestalt spécifique de chaque gène
2. Dossier médical
informatisé
Deep phenotyping

Precision medicine demands precise matching of deep

genomic and phenotypic models.

The comprehensive discovery of such subclasses, as

well as the translation of this knowledge into clinical
care, will depend critically upon computational
resources to capture, store, and exchange phenotypic
data, and upon sophisticated algorithms to integrate it
with genomic variation, omics profiles, and other clinical
information.

Robinson P. Hum Mut. 2012 / Delude C. Nature 2015

Ontologie : Structurer pour implémenter

Ontologie :

Parler un même langage, pour tous les professionnels de

santé et toutes les spécialités médicales, dans le monde.

Parler un même langage, entre l’homme et les machines!

Ontologie en médecine
Ontologie en médecine
Standardisation des descriptions cliniques

Diagnostic pré-natal d’agénésie du corps calleux, isolée (US et IRM)

Amniocentèse pour CGH-array 60k : 46,XX
Naissance à terme, paramètres au 5e centile
Hypotonie pathologique, Arthrogrypose distale, particularités
morphologiques
Absence d’oralité, support alimentaire

Complications respiratoires fréquentes, décès à la fin de première

année de vie

Thésaurus international : Human Phenotype Ontology

Cas sporadique Particularités morphologiques?
Diagnostic pré-natal
Agénésie du corps calleux Naevus flammeus frontal
Petite taille modérée Hypertelorisme
Hypotonie Fentes palpébrales obliques en haut et en dehors
Arthrogrypose distale Étroitesse temporale
Difficultés de prise alimentaires Implantation basse des cheveux
Surinfections respiratoires micrognatie
Standardisation des descriptions cliniques

Diagnostic pré-natal d’agénésie du corps calleux, isolée (US et

IRM)
Amniocentèse pour CGH-array 60k : 46,XX
Naissance à terme, paramètres au 5e centile
Hypotonie pathologique, Arthrogrypose distale, particularités
morphologiques
Absence d’oralité, support alimentaire

Complications respiratoires fréquentes, décès à la fin de première

année de vie
Thésaurus international : Human Phenotype Ontology

Cas sporadique Particularités morphologiques?

Diagnostic pré-natal
Agénésie du corps calleux Naevus flammeus frontal
Petite taille modérée Hypertelorisme
Hypotonie Fentes palpébrales obliques en haut et en dehors
Arthrogrypose distale Étroitesse temporale
Difficultés de prise alimentaires Implantation basse des cheveux
Surinfections respiratoires micrognatie
Après séquençage...

Diagnostic pré-natal d’agénésie du corps calleux, isolée (US et

IRM)
Amniocentèse pour CGH-array 60k : 46,XX
Naissance à terme, paramètres au 5e centile
Examen neuro pathologique, Arthrogrypose distale, particularités
morphologiques
Absence d’oralité, support alimentaire

Complications respiratoires fréquentes, décès à la fin de première

année de vie

de novo
Après séquençage...

Diagnostic pré-natal d’agénésie du corps calleux, isolée (US et

IRM)
Amniocentèse pour CGH-array 60k : 46,XX
Naissance à terme, paramètres au 5e centile
Examen neuro pathologique, Arthrogrypose distale, particularités
morphologiques
Absence d’oralité, support alimentaire

Complications respiratoires fréquentes, décès à la fin de première

année de vie

de novo
PhRank pour prédire un diagnostic génétique avec des HPO

A besoin d’une liste de termes HPO, séparé

d’une virgule, pour fonctionner!
Mise en pratique virtuelle

Qu'est-ce que Colaboratory ?

Colaboratory, souvent raccourci en "Colab", vous permet d'écrire et
d'exécuter du code Python dans votre navigateur. Il offre les
avantages suivants :
● Aucune configuration requise
● Accès gratuit aux GPU
● Partage facile

Lancez vous ici !

https://tinyurl.com/tpphrank
https://tinyurl.com/tpphrank
Prérequis du TP

- Avoir un compte Google Drive et Google Chrome

- Faire une copie du TP sur son compte Drive

Fichier > Enregistrer une copie dans Drive

- Ouvrir dans un nouvel onglet!

Github, la plateforme mondiale de partage de code

- 190 million repositories (including at least

28 million public repositories)

La plus grande plateforme de partage de

code !

- “Cloner” un dossier de code :

git clone “lien_du_dossier”

3. Séquençage
Haut Débit

Centre Hospitalier Universitaire Grenoble Alpes

Médecine génomique = avant le séquençage haut débit

Caryotype
remaniements équilibrés et Puce à ADN
déséquilibrés Niveau de
Limite principale : le niveau de résolution:
résolution : 10 Mb en période 100 kb
prénatale
Médecine génomique = avant le séquençage haut débit
Sanger

125 000 séquenceurs 96 capillaires

(environ 100 Kb en 3 heures)

= 12 millions de lectures de 1000

bases

Un génome : 15 ans…
One ring to rule them all...
Next Generation Sequencing (NGS)

Séquençage Massivement Parallèle

ou Séquençage Haut Débit

- Depuis 2010
- Super “appareil photo”
- Outils bioinformatiques

Sanger: 1 exon (0.0000005% du

génome)
=> NGS : tout 1 génome
NGS : panel de gènes & exome

Panel de gènes :
Capture ciblée de 2 à 600 gènes
(0.01% du génome)
Exome Sequencing :
L’ensemble des parties codantes
du génome (1% du génome) :
20000 gènes
Genome Sequencing :
Tout le génome
NGS : panel de gènes & exome
Panel de gènes :
Capture ciblée de 2 à 600 gènes
(0.01% du génome)
Exome Sequencing :
L’ensemble des parties codantes
du génome (1% du génome) :
20000 gènes
Genome Sequencing :
Tout le génome
Panel = moins cher mais pas
exhaustif
1000 variants par patient
Exome et génome = exhaustif mais
plus cher, beaucoup beaucoup de
données !!
3.000.000 variants SNV par patient
X CNV et SV
NGS et Genome Sequencing

Illumina: Novaseq et le génome à

100$ en 2018

Plan France Médecine Génomique

2025 :
- 400 Millions d’euros
d’investissement
- 18000 génomes / an
- Paris et Lyon opérationnel
depuis 2019
NGS et Genome Sequencing

Séquençage à portée de tous Applications :

- Cellule unique
- Molécule unique
- DPNI (T21….)
- Biopsie liquide
- Olaparib : cancer de l’ovaire avec mutation
BRCA1
- Prédiction de résistances aux antibiotiques
à la tuberculoses (Chen et al, BiorXiv 2018)
- Statut d’hétérozygote composite
(Mucoviscidose, SMN…) :
USA/Israel/Espagne
- ….
Médecine génomique = Avec le séquençage haut débit

Taux diagnostique actuel en Exome :

Encéphalopathie épileptique 70 %
Dyskinésie ciliaire 76 %
Ostéogénèse imparfaite 100 %
Nephrocalcinose 17 %
Petite taille 36 %
Maladie de la Rétine et Surdité 56 %
Autisme 9%
Hyperinsulinisme congénital 40 %
Maladies métaboliques 68 %
Immunodéficience primaire 40 %
Cancer solide de l’enfant 10 %
Thrombocytopénie hérité 46 %

Wright et al., Nature Reviews Genetics

(2018)
Les outils du généticien pour le diagnostic

Reverse phenotyping :
Accès au séquençage haut
débit = difficulté
d’interprétation
“Genotype - first”

Reconnaissance de “gestalt” / Séquençage de l’ADN :

association de signes cliniques : “génotype”
“phénotype”
Médecine génomique = Nouveaux défis

● Avant 2008 : Sequencage Sanger

Lecture exon par exon (0.0000005% du génome)

Apres 2008 : Séquençage Massivement

Parallèle ou Séquençage Haut Débit ou NGS
=> NGS : tout 1 génome

● Avant NGS:
Après le NGS: Médecine personnalisée
Limitation technique de séquençage
Le défi est l’analyse et l'interprétation de l’
énorme quantité de données produites
(Big data)
© Sacha Schutz
© Sacha Schutz
Médecine génomique = Nouveaux défis

Avant 2008 : Sequencage Sanger

Apres 2008 : Séquençage Massivement
Parallèle ou Séquençage Haut Débit ou NGS
=> NGS : tout 1 génome

Avant NGS:

Master of Dysmorphology
Médecine génomique = Nouveaux défis

Avant 2008 : Sequencage Sanger

Apres 2008 : Séquençage Massivement
Parallèle ou Séquençage Haut Débit ou NGS
=> NGS : tout 1 génome

Avant NGS: Avec le NGS:

+
Master of
Dysmorphology
Médecine génomique = Nouveaux défis

Analyse beaucoup plus chronophage :

1 exome = 30.000 SNV
Nombreux variants de signification inconnus
Indications de plus en plus nombreuses,
Délais de résultats de plusieurs mois à années ...

En 2021, pour (quasiment) toute analyse biologique/wetlab,

ce n’est plus possible de les analyser sans bioinformatique ...
4. Bonus:
Analyse du séquençage
Haut débit

Centre Hospitalier Universitaire Grenoble Alpes

1. Des variations
“normales” ?
Le génome “normal”

46 chromosomes
3,2 milliard de bases
20 000 gènes
190 000 exons
Le génome “normal”
Spectre des variations du génome humain

Sharp Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2006

Dynamique du génome normal
- 1.67 x 10-8 mutations/pb/génération
- 2.5 x 10- 6 – 1 x 10-4 CNV /locus/génération
- 1.5 x 10-8 - 4.4 x 10-7 mutations
postzygotique/pb (AB≥ 5%)

L’évolution à chaque génération

~40kb variations de structure, ~60 mutations de novo constitutive,
et 100 mutations post-zygotiques

Campbell Trends Genet 2014

gnomAD: la base de données populationnelle

141,456 exome and

genomes!
2. Des variations
“pathogènes” ?
Classification ACMG
Navigateur de genome
Contrôle de
la région
visualisée
Visualisation
des données
en tracks 

Contrôle track
Contrôle de par track
toutes les
tracks
Outils d’aggrégation de données
 Aux professionnels de santé (étudiants ou en exercice,
de tous niveaux)

Vous suivrez par étapes un pipeline bioinformatique

2ère session - 5 juillet 2021 - Autorythmé
E-learning - Gratuit d’analyse inversé : de l’interprétation du résultat
d’une analyse SHD aux fichiers bruts.

● Unité 1 : Comprendre la révolution du SHD en

génétique médicale
● Unité 2 : Interprétation d’une variation
génétique
● Unité 3 : Appel des variations génétiques
● Unité 4 : Alignement au génome de référence
● Unité 5 : Appel des bases du séquençage
Merci de votre
attention!
Des questions ?
kevin.yauy@univ-grenoble-alpes.fr

Centre Hospitalier Universitaire Grenoble Alpes