Un exemple d’étude intégrée 1.

Problématique générale
Application de QGIS en halieutique
• Concentration des juvéniles sur des aires limitées
Protéger les nourriceries côtières et • Capacité des habitats de nourricerie  recrutement
estuariennes de poissons plats dans le • Petites surfaces - forte densité
golfe de Gascogne (vers des zones de  identifier – quantifier
conservation halieutique)
• Pression anthropique forte
- En logiciel open-access • Destruction/dégradation de ces habitats  recrutement
Jérome Guitton • Forte pression anthropique
Rodéric Béra  4 heures  gérer
Olivier Le Pape Avec CR

1.1. Cartographie quantitative

Le cas des poissons plats
des nourriceries
sole Plie Céteau
• Les paramètres déterminants sont connus

• Les cartes sur ces paramètres existent

• Des nourriceries côtières et estuariennes
• Espèces abondantes • Modéliser la relation
• Espèces d’intérêt halieutique
• Cartographier
• A l’échelle des stocks et de la gestion
• Quantifier
Golfe de Gascogne

1. Choose fish species (exploited, keystone, endangered) and / or life stages to map
From criteria based on ecosystem services and conservation Objectifs de carto. pour les nourriceries
Needed knowledge : potential environmental factors driving fish habitat suitability
Needed data : - fish survey data (presence or density by species and/or life stages)
TD = Paramètres connus exhaustivement
- exhaustive spatio-temporal description of environmental factors (maps)
espèces
exploitées
2. Develop an habitat suitability model (HSI) • Bathymétrie
1.1. Merge fish data and environmental factors Nourriceries
n1 potential environmental descriptors  n2 survey data
 • Sédimentologie
Map of 1 environmental descriptor
(static or temporal)
1 survey data (position, date)
1 associated value for this descriptor
(Densités de juvéniles) • Vagues
1.2. Choose, fit then evaluate and validate an HSI • Panaches estuariens
Density

Presence/Density(species or life stage) = f(environmental factors)

Factor 1 • Modèle
Densité de juvéniles =f(bathy, sédimento, vagues, panaches)
3. Create predicted maps
Maps of
environmental descriptors Prediction with Habitat suitability map

HSI model • Modèle  SIG
4. Combine habitat suitability maps as layers in a GIS for management purpose TD = Connaissance exhaustive des habitats

1
Les données poissons plats en Bathymétrie
Gascogne
N

• Chalut à perche W E

• 3 décennies
• En automne Espace = polygones
(données fournies)
• Groupe 0
estran - 5 m
5-10 m
Espace = points 10-20 m
20-50 m

Sédiment
Salinité moyenne de janvier à avril
graviers
(tous les ans)
rocher
sable fin Salinité (psu)
sable grossier
vase

Espace = polygones Espace = polygones

(données fournies) (vecteurs) Source : IFREMER

secteurs géographiques
Exposition aux vagues
Bourgneuf
Gironde
Hauteur Golfe Morbihan
Loire

de vague (m) Pertuis Antioche

Pertuis Breton
Quiberon
Vendee
Vilaine

Espace = polygones Espace = polygones

(vecteurs) (vecteurs)

2
 Solea s. Pleuronectes p. Dicologlossa c.

3.0
4

2.0

2.0
3
2

1.0

1.0
1

0.0

0.0
0
Renseigner les chalutages / SIG <30 30-32 >32 Le
<30 modèle
30-32 >32 <30 30-32 >32
• Données physiques exhaustives Salinity (psu) Salinity (psu) Salinity (psu)

3.0

1.5

3.0 6
Trait de chalut
Intersection
Densités observées • LinéaireSolea s. Pleuronectes p. Dicologlossa c.

1 2 3 4
1 trait de chalut

2.0

1.0
Box & Whisker Plot: DEPTH TEMPERAT vs. DEPTH

2.0

4
2.0
10 DEPTH = 7.5078 - 3.539 * TEMPERAT
Secteurs Correlation: r = -.9914

SIG -10

1.0
10
Hauteur de vagues

0 0.0 21.0
1.0

0.0 0.5

Densité
-10
Salinité -30

DEPTH

Densité
-30

Densité

0.0
Bathymétrie Association avec

0
-50
Tous les descripteurs

DEPTH
-50
Sédiment

0.0
descripteurs -70 <30 30-32 >32 <30 30-32 >32 <30 30-32 >32
-70

= -90 Salinity (psu) -90

Salinity (psu) Salinity (psu)

0.0 1.0 2.0 3.0

0.0 0.5 1.0 1.5

6
-110 M
Male
FS CS R
Female Juvenile
Min-Max
25%-75%
Median value
M
-110
-2
FS
4 10
CS 16
R22 28 34
M
Regression
95% confid.
FS CS R
Sédiment

4
1 bathy TEMPERAT
Profondeur

6
SEX
Sediment type Sediment type Sediment type

8
 • + complexe (effets non linéaires, beaucoup de 0)

2.0 3.02.0 0 3.0

0-group density

2
1 sédiment • Distribution

6
CSdes
R donnéesM deFScampagnes problématique

4
M FS CS R M FS CS R

 Position géographique

6
Sediment type Sediment type Sediment type

4 6 8
4
Sole Plie Céteau

0-group density
1 vague


0.01.0 1.0
2
4

2
1 secteur

0 2


Densité
0

0.0
0
1 hydro Position géo  Année <5
<5 5-10
5-10 10-20
10-20 20-36
20-36 <5
<5 5-10
5-10 10-20 20-36
10-20 20-36 <5
<5 5-10
5-10 10-20 20-36
10-20 20-36

3.03.0
Depth (m) Depth (m) Depth (m)

8
6
Côte Large Côte
Depth (m) Depth (m)Large Côte
Depth (m)Large

2.0
8
6

6
4

2 4

1.0
61.0 0.0 2.0
6
2
4
0

0
4
<0.3 0.3-0.5 >0.5 <0.3 0.3-0.5 >0.5 <0.3 0.3-0.5 >0.5

2.0 3.0
Wave height (m) Wave height (m) Wave height (m)

2
4

0.0 4
0

0
1.0
2

2
0.0
HabitatsMessentiels <0.3 0.3-0.5 >0.5 <0.3 0.3-0.5 >0.5 <0.3 0.3-0.5 >0.5
0

0
V L B PB PA G V L B PB PA V L B PB PA G

3.0
Couplage Modèle  SIG
Wave height (m) Wave height (m) Wave height (m)

6
Diagnostic écologique fourni

2.0
4

4
Nourriceries de sole

1.0
2

2
=
• Carto. des nourriceries
0.0
0

0
Estuaires & Baies cf. couches fournies
V L B PB PA G V L B PB PA V L B PB PA G
•Bathy  Sédiment  vagues  panache  secteur 3 espèces (sole, plie, céteau)
Modèle  1 densité estimée et la somme
(nb fish/hectare)

Unité de densité (fish/hectare) relative (/Capturabilité)
SIG  1 stratification spatiale

• Permet d’identifier les habitats essentiels

 Carte exhaustive par espèce
globalement pour les poissons plats
Espace = polygones

Diagnostic écologique à compléter 1.2. Application à la GZC, activités

constat de recouvrement / pêche (et autres activités ?)
• Carto. des nourriceries, ajout d’espèces
même démarche de modélisation pour 2 autres espèces
modèles d’habitat pour les juvénile de bar et dorade
même zone : golfe de Gascogne
cartes disponibles en lignes
Site sextant : https://sextant.ifremer.fr/
Espace = polygones
• Permet d’ajouter des cartes d’habitats essentiels
par espèce Secteur restreint Nord - Pertuis Breton
globalement si on compile les infos avec les poissons plats

3

2. TD d’initiation (projet à suivre)
• Prendre en main la carto /Qgis pour
l’appliquer (cf. TGD J. Guitton pr technique)
 Poser les questions d’utilisation simple
(manipulation, projection, représentation, échelle)
Un projet à suivre de manipulation de données
• Au delà de ces aspects techniques
 Analyse de la relation
nourriceries - gestion de l’accès à la pêche
Utiliser la carto d’habitat comme aide à la décision en GZC
Réglementation d’accès adaptée ?
pêche (engins trainants, chalut essentiellement et drague)
Démarrage
Le répertoire de travail avec ces consignes (ce diaporama)
Sous l’ENT (TICE)
module : UE Master specialisation SHA 1920
Répertoire UE Tronc commun Stat et SIG/TD SIG Prise en main
• Les données / répertoire
Habitats halieutiques essentiels, réglementation (pêche)
• Importer les fichiers et travailler en local !
• Sauvegarder le projet régulièrement
Les comptes rendus à vos noms en fin de TD
sous TICE : module : UE Master specialisation SHA 1920
Répertoire UE Tronc commun Stat et SIG/
« CR de TD de prise en main QGIS »
2. Etapes du TD (dans l’ordre)
• 2.3. nourriceries de bar et de dorade
Télécharger les couches
Site sextant : https://sextant.ifremer.fr/
Menu « Données », sous menu « Catalogue »
Onglet « rechercher » : « zone fonctionnelle halieutique »
Chercher les données additionnelles aux poissons plats pour les
nourriceries du golfe de Gascogne
Télécharger
temps d’acquisition, passer à la phase suivante
Ajouter les couches
Combiner l’information avec les poissons plats
Objectifs du TD
• Prendre en main la carto /Qgis
Le SIG
Le logiciel
Vous avez les préequis
Cf. Le TD d’intro à QGIS de J. Guitton
Utiliser en plus au besoin les tuto. de R. Béra
sous l’ENT module Géomatique (vidéos)
Rubrique « Guides et manuels »
2. Etapes du TD (dans l’ordre)
• 2.1. fixer un cadre de zone d’étude à l’aide du trait de côte
utiliser cette carte in fine pour représenter le trait de côte
(Pas d’analyse de la bathy sensu stricto)
(couper cette couche pour ne garder que la partie vous
concernant, Bourgneuf-Quiberon)
• 2.2. nourriceries de poissons plats (habitats essentiels)
cf. couches fournies
Faire d’abord ce travail de caractérisation (et de graduation)
Analyser l’effet des échelles et seuils de densité
2. Etapes du TD
• Sur la base de la cartographie des nourriceries
en utilisant la somme des trois espèces
• 2.4. Activités halieutiques règlementées en zone côtière
cf. couches fournies (échelle restreinte au Nord Gascogne)
cf. http://sirs.agrocampus-ouest.fr/reglementation_fr/ (login atlas, passwd atlas)
= (notice) règlementations des activités (entrée typologie, code «nom de couche»)
- interdiction : (CF1) chalut dans la bande des 3 miles
- autorisations et dérogations : tout le reste (14 règlements)
cartographier : zones accessibles ou zones « protégées »
En combinant les couches de règlementation de la pêche
en analysant l’overlap avec la couche « écologique »
uniquement dans la partie nord (Quiberon-Bourgneuf)!
Existe aussi en accès web actualisé :
https://sextant.ifremer.fr/fr/web/crpmem/accueil
4
 2. Etapes du TD 3. Un compte rendu
• 2.5. carto d’habitat & aide à la décision
• Un bilan cartographique
• Concis
• Pas tous les graphiques !
– Overlap : habitats essentiels
/ réglementation d’activités halieutiques impactantes • Un choix limité de figures qui illustrent un texte court & clair
dans la sous-région Vilaine-Bourgneuf (données fournies)
• A la fin
• Recopier ce compte rendu (à vos deux noms)
carto sous Qgis, puis export de l’image vecteur (.svg)
Sous l’ENT (TICE)
La mise en forme sur l’image vecteur exportée (. avec inkscape)
module : UE Master specialisation SHA 1920
Répertoire UE Tronc commun Stat et SIG/
• Réglementation des pêches adaptée ? (pêche) CR de TD de prise en main QGIS\
2 noms.docx ou pdf