Biotechnologie en agronomie à des fins

alimentaire
(agroalimentaire=industries agroalimentaires)

Cours n°3
Module Introduction aux Biotechnologies
SNVE L2 BS
FSB / USTHB (2018-2019)
I-Biotransformation et conservation
1. Biotransformation
1.1. Définition de biotransformation ou bioconversion
1.2. Types de biotransformation par des:
1.2.1. Microorganismes
1.2.2. Enzymes
1.2.3. Enzymes immobilisées
1.2.4. Microorganismes immobilisées
 Biotransformation/Bioconversion
Introduction (1):

Les modes classiques de production des additifs naturels

(tels que les arômes et les antioxydants, ne s'avèrent plus
assez performants face à la demande graduelle et
croissante des industries alimentaires.
En effet:

L'extraction à partir des matières premières naturelles

présente quelques inconvénients tels que le risque de
contamination par les solvants d'extraction et le prix de revient
très élevé.

La synthèse chimique, quant à elle, ne convient pas aux

consommateurs qui apprécient peu les composés artificiels.
=>=> La biotechnologie semblent être la réponse pour
faire face à ces inconvénients.
En effet:
Les méthodes de synthèse biologique offre l'avantage
de bénéficier de la dénomination de « Substance
Naturelle »
Elle donne la possibilité de réaliser en une seule étape
de synthèse qui nécessitent souvent de nombreuses
réactions compliquées mettant en jeu des réactifs
généralement toxiques dans la synthèse chimique.
 Biotransformation
Définition (1):

C'est un processus biologique par lequel un composé

organique est modifié en produit (s). Elle implique des
réactions simples catalysées par des enzymes présentes
dans la cellule microbienne.
 Biotransformation
C'est la modification spécifique d'un composé défini vers un produit
défini et ce par l'utilisation de catalyseurs biologiques.
 Catalyseur biologique = une enzyme ou des microorganismes (qui
contiennent une enzyme ou plusieurs enzymes) en croissance ou
en phase stationnaire.
Les molécules produites par des procédés Biotransformation sont
parfois appelés « produits néo-naturels ».
 Biotransformation / Bioconversion
Les propriétés de biotransformations et bioconversion
sont très similaires et, dans de nombreux cas, les termes
sont cités comme interchangeables.
Cependant:
Il y a une différence subtile entre biotransformation et
bioconversion.
 Biotransformation / Bioconversion
Différences :
Bioconversion Biotransformation

Utilise des organismes vivants complets Utilise des enzymes

Utilise l'activité catalytique des Souvent une seule étape
organismes vivants => peut comporter chimique
plusieurs étapes chimiques
Un microorganisme vivant produira des Les enzymes sont plus stables.
enzymes en continu => elle implique
souvent des enzymes qui sont très
instables.
 Biotransformation / Bioconversion
Avantages:
Peut effectuer des réactions impossible à réaliser par synthèse
chimique classique ou trop cher.
Produit des composés biodégradables "nature-like"

Inconvénients:
Régulation négative (propriétés inhibitrices et toxiques des
réactifs et / ou des produits).
Les biocatalyseurs sont souvent sensibles aux conditions
environnementales extrêmes de température, de pH, etc.
 Biotransformation/Bioconversion
Types :
Les bioconversions sont réalisées soit au moyen de:

1) Microorganismes

2) Enzymes libres ou immobilisées

 1- Bioconversion par des Microorganismes
Définition :
Appelée aussi Bioconversion microbienne ou fermentation.
Elle fait appel à l'emploi des bactéries ou des champignons
cultivés en présence du réactif choisi comme précurseur de
la molécule à synthétiser.
=> C’est la culture des micro-organismes dans des conditions
optimales pour la production de produits désirés.
Exemple: Production:
 Acide lactique par les bactéries lactiques comme
Lactobacillus.
 Acide acétique (vinaigre) par Acetobacter.
 Ethanol par la levure comme Saccharomyces
cerivisiae.
 1- Bioconversion par des Microorganismes
Les processus de bio-production (1):

Ils mettent en jeu des réactions diverses telles que:

L'hydroxylation La décarboxylation
L'oxydation La méthylation
La réduction La condensation
L'hydrolyse L'isomérisation
L'estérification
 1- Bioconversion par des Microorganismes

Les réactions d'oxydation sont particulièrement

utiles dans la production industrielle.
l'isomérisation, la réduction, l'hydrolyse et la
condensation ont aussi une application
industrielle.
 utilisation de la biocatalyse à grande échelle remplace
grâce à la fermentation, les enzymes une alternative
aux procédés chimiques classiques dans un souci
économique et environnemental et elles transforment
des matières premières végétales
• Elles remplissent la règle des 3P : « People,
Planet, Profit », c’est-à-dire Sécurité,
Environnement et bien sûr une partie
économique.
• Elles entrent dans le développement durable :
les arômes obtenue par biotechnologie ce
situe dans ce domaine là.
 1- Bioconversion par des Microorganismes
Les bioproduction ont été appliquées pour la production
de plusieurs types de produits en particulier

 les arômes et

 les antioxydants aromatiques.

 Les colorants
Produits de fermentation :
le pain Il existe 200 à 300 molécules
aromatiques dans une tranche de pain.
 le fromage Il existe beaucoup de molécules
aromatiques dans un fromage.
• L'exemple typique: bioproduction de vanilline
 Bioconversion à partir de l'acide férulique (unité
monomérique) = (lignine du bois)

 bactéries (Pseudomonas putida, Streptomyces setonii,

Amycolatopsis...) et des champignons (Pycnoporus
cinnabarinus, Aspergillus niger, ...).
 Bioconversion à partir de l'isoeugénol (extrait de clous de
girofle) par Bacillus sp.
la lignine polymère complexe le bois, est traitée par des micro-organismes, pour la
décomposer en monomères, notamment en acide férulique, lui même oxydé en
vanilline.
les principes pour obtenir des molécules naturelles par
biotechnologie sont les suivantes :
 il y a d’une part la matière première =substrat. issue
d’un végétal et obtenue par des procédés naturels, des
procédés traditionnels de transformation
 les microorganismes utiliser et sélectionner sont
GRAS et les enzymes utilisées issue de
microorganismes sont également GRAS (Génerally
Recognize As Safe). Les molécules aromatiques
produite existent dans la nature.
 1- Bioconversion par des Microorganismes

Avantages des micro-organismes :

Extrêmement hétérogène
distribués dans différents habitats.
une grande diversité métabolique et biochimique.
 1- Bioconversion par des Microorganismes

DONC

L’intérêt économique des microorganismes repose sur

leur capacité à produire une grande diversité de
molécules.
 1- Bioconversion par des Microorganismes
Inconvénients des micro-organismes :
Des éléments nutritifs complexes et / ou coûteux sont
nécessaires.

Le gaspillage de substances nutritives pour la croissance des

cellules.

Coûts d'investissement et de fonctionnement sont élevés, en

particulier lorsque une aération importante et des conditions
stériles sont nécessaires.

L'isolement du produit est souvent difficile et coûteux.

 1- Bioconversion par des Microorganismes

Le choix d'un micro-organisme :

 Ildoit s'effectuer en fonction de ses capacités à
assimiler un substrat donné dans les conditions
faciles à mettre en œuvre et donner une biomasse
élevée.
DONC

Certains paramètres sont exigés.

 Paramètres exigés pour le choix d'un micro-
organisme :
1- Les paramètres cinétiques :
 Un temps de génération très court.
 Un taux de croissance maximum.

2- Les paramètres physiologiques :

Résistant aux variations de T° et pH

3- Les paramètres de compositions

 Le micro-organisme doit avoir un % en protéine

élevé.
 Le spectre d'acides aminés le plus proche possibles
des protéines animale (lysine, tryptophane et acides
aminés soufrés meth. et cyst.)
4- Traitabilité.:
 Il faut une floculation et décantation faciles
 Facilité de lyse
 Facilité d’extraction et purification des protéines.

5- Le paramètre d'innocuité totale:

 Du micro-organisme utilisé
 Du produit
 Tableau comparatif des différents microorganismes
utilisés (1):
Éléments favorables Élément défavorable Souche utilisée
Réservoirs importants de mal connu et mal étudié
protéines (80%) Difficilement acceptées par Bacillus subtilis
Taux de croissance élevé l'opinion publique
Les temps de génération court Acides nucléiques élevés Cellulomonas
bactéries teneur en lipide (1,5% à (16%)
3%) suspension pas de
Riche en acides aminés floculation
soufrés Risque de nocuité
 Choix illimité Possibilité d'endotoxine
Gram –
 Tableau comparatif des différents microorganismes
utilisés (2):
Éléments favorables Élément défavorable Souche utilisée

*PH acide sélectifs *Temps de génération Candida utilis

* Rarement toxique ou pathogène élevé
Les * Bonne teneur en lysine * teneur en protéine Saccharomyces
levures * masse récupérable facilement moyen cerevisiae
* peuvent apporter les vitamines * teneur en lipide
élevé(6%) Candida lipolyticus
* Choix limité car le
nombre des espèces et Candida tropicalis
faible
 Tableau comparatif des différents microorganismes
utilisés (3):
Éléments favorables Élément défavorable Souche utilisée

Les *cultivé sur milieu solide * *moins employés *Aspergillus

champignons céréales broyés ou pâte Trichoderma
filamenteux d'amidon Rhizopus
*gélatine banane ou pommes Fusarium
de terre

Algues et *Utilise CO2 .N2 et O2 •nécessite: Chlorella,

microorganism •Source d'énergie : +traitements Scenedesmus
es + Lumière coûteux Ascophyllum
chimiotrophes +Qualité solaire
+ H2, H2S, NH3
+Grande surface
 2- Bioconversion par des enzymes

Définition :
Elle met en jeu des enzymes purifiées libres ou
immobilisées (sur un support convenable) pour la
production des produits désirés

Elle nécessite l'utilisation de cofacteur tels que : NADH,

NADPH et ATP.
 2- Bioconversion par des enzymes libres

Avantages Inconvénients

Efficacité, sélectivité et spécificité. Coût élevé de l’extraction, purification et

Fonctionne à T° ambiante, pression stabilisation
atmosphérique et à pH neutre => Instabilité structurale (dénaturation) en
économies d'énergie pour l'industrie. présence de solvants organiques, aux pH et
Biodégradables => moins de dommages à T° ↑.
l'environnement. Pas de régénération des cofacteurs.
=> Sur le plan pratique, la bioconversion
par les microorganismes semblent être
plus intéressantes
 2- Bioconversion par des enzymes libres
Le choix de l'enzyme :
Il dépend des structures chimiques du composé
précurseur et du produit à synthétiser.

Exemple:
Monoxygénase: pour produire un orthodiphénol
Dioxygénase : quand le précurseur est dépourvu de
groupement hydroxyle.
 2- Bioconversion par des enzymes
Origine de l'enzyme :
Origine microbienne

Quelques exceptions: ex: la présure bovine utilisée dans les fromageries ou

la papaïne extraite d'un fruit tropical et employée dans la préparation de la
bière).

Grâce à la sélection et à la modification génétiques, on dispose aujourd'hui

de souches microbiennes qui donnent un très bon rendement.
 Exemples d’enzymes libres utilisées (1):
Enzymes Action Sources Usages
Hydrolyse de Aspergillus oryzae Améliorer la fermentation
Amylases l'amidon en (moisissure) (pain, bière)
sucres Bacillus subtilis Clarifier les jus de fruits et de
solubles (bactérie) légumes...
Hydrolyse le
Invertase saccharose en Saccharomyces Réduire la cristallisation dans
glucose et cerevisiœ (levure) les sirops
fructose Candida utilis Produire du sucre inverti
Aspergillus niger
Lactase Hydrolyse le (moisissure) Faire disparaître le lactose
(β-galactosidase) lactose en Kluyveromyces fragilis dans les produits laitiers
(α-galactosidase) glucose et (levure) (intolérance)
galactose Candida
 Exemples d’enzymes libres utilisées (2):

Enzymes Action Sources Usages

Glucose Conversion du Streptomyces, Produire du sirop de maïs à
isomérase glucose en Bacillus coagulans, teneur élevée en fructose
fructose Arthrobacter
Transformation Aspergillus niger, Éliminer le glucose dans les
Glucose du glucose en Pénicillium œufs déshydratés
oxydase acide
gluconique
Aspergillus niger Clarifier le vin ou le jus de
Hydrolyse de la (moisissure) fruits et de légumes
Pectinases pectine Rhizopus oryzœ Empêcher la gélification
Pénicillium
 Exemples d’enzymes libres utilisées (3):
Enzymes Action Sources Usages
Cellulase Hydrolyse de Trichoderma viride Clarifier les jus de fruits
la cellulose (moisissure) Produire davantage de
en sucres Aspergillus niger (moisissure) sucres fermentescibles

Hydrolyse Saccharomycopsis lipolytica

Lipases les lipides en (levure) Produire davantage de
acides gras Aspergillus niger (moisissure) composés d'arômes dans les
et glycérides Pénicillium roqueforti, fromages et autres produits
Rhizopus, Candida lipolytica laitiers

Enzymes Hydrolyse Améliorer la texture de la

protéolytiqu des protéines Aspergillus oryzœ (moisissure) pâte à pain
es en acides Bacillus subtilis (bactérie) Stabiliser la bière
(Proteases) aminés
 3- Bioconversion par des enzymes immobilisées

Définition :

Elle met en jeu des enzymes immobilisées ou incluses dans un support semi-
perméable et solide, qui empêche l'enzyme d’être éliminer tout en permettant
à des substrats, à des cofacteurs et à des produits de passer à travers.
 3- Bioconversion par des enzymes immobilisées
Avantages et Inconvénients des enzymes immobilisées / enzymes libres
Avantages Inconvénients

Meilleure stabilité structurale => permet Prix élevé de l’immobilisation

d'effectuer des réactions à ≠ T° et pH .
Plusieurs enzymes avec différents pH et T°
optimales peuvent être utilisés ensemble
Peu de problèmes de stockage.
Actifs à faibles doses
Très haute vitesse de réaction
Plus facile à séparer enzyme et produits
Réutilisables Biodégradables
(supports chers)
Peut induire des problèmes de
diffusion et d'accessibilité du substrat.
Leur activité est parfois diminuée
car une partie des sites actifs peuvent
être masqués.
 3- Bioconversion par des enzymes immobilisées

Choix de la matrice-support :
Les conditions exactes pour la matrice d'immobilisation sont dictées par le
type d'enzyme et l'application prévue.
Elle doit être:

Non dégradable
Compatible avec l’enzyme.
Faibles réactions avec l’enzyme et le milieu
Procédé d'immobilisation doux pour ne pas dénaturer l'enzyme
 3- Bioconversion par des enzymes immobilisées

Matrice utilisées (1):

Deux types sont les plus employées:

1) Les polymères : l'agarose, la cellulose, les dextranes, le chlorure

polyvinylique, les acrylates, les nylons, le polystyrène. Avantage:
l'attachement de l’enzyme est facile.

2) Les matériaux inorganiques : la silice sous forme de billes de verre

microporeuses et de gel de silice. Avantage: stabilité des enzymes.
 3- Bioconversion par des enzymes immobilisées

Matrice utilisées (2):

Des hybrides de ces matières premières telles que l'amide d'agarose-acryl et

la silice polymère-enduite ont été également employés pour l'immobilisation
des enzymes.

L'alginate (extrait d'algue) : polymère le plus largement répandu en

industrie.
3- Bioconversion par des enzymes immobilisées
Différentes méthodes d'immobilisation

Enzyme
 Exemples d'enzymes immobilisées commercialisées
Nom commercial Types Sources Matrices
"Novozyme 435®" Lipase Candida antarctica résine acrylique
(Novozymes)
"Novozym 539® HP F" Protéase Bacillus

"Lipozyme® TL IM" Lipase Thermomyces

(Novozymes) lanuginosus
4- Bioconversion par des microorganismes immobilisées

C’est simple et idéale :

1) Pour des enzymes intracellulaires puisqu'elle évite les étapes de

purification (donc pas de perte).

1) Quand l’immobilisation d’une enzyme individuelle induit sa

dégradation
 Avantages et Inconvénients
des microorganismes immobilisées / enzymes immobilisées
Avantages Inconvénients

1) Évite les étapes de purification de Concentration faible de l’enzyme.

l’enzyme (donc pas de perte). D’autres enzymes peuvent interférer sur
2) L’enzyme est stable pour 1 longue le produit et entraîner sa dégradation ou
période modification
3) Introduction de plusieurs enzymes en
même temps
4) Conformation native sauvegardée et
sites actifs non masqués
 4- Bioconversion par des microorganismes immobilisées
Différentes méthodes, supports d'immobilisation

Greffage

Pontage

Inclusion
matricielle
fin