Master I Biochimie appliquée Matière : Microbiologie appliquée

Microbiologie Appliquée

Programme

Chapitre I : Systématique microbienne.

Chapitre II : Etude des principales infections bactériennes et fongiques chez l’homme et
l’animal.
Chapitre III : Examen cytobactériologique des prélèvements biologiques et détermination de
la sensibilité aux antibiotiques.
Chapitre IV : Techniques immunologiques et moléculaires d’identification bactérienne.

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Chapitre I : Systématique microbienne.

I.1. Définition

« Systématique » est dérivée du mot « système », c’est une science ayant pour objet la
mise en système, c'est-à-dire la classification logique, des espèces étudiées par cette science.
Le terme systématique est souvent utilisé pour taxonomie. Dans le sens concret de
résultat, les deux sciences sont peu distinctes et souvent confondues, car pratiquées
simultanément par les mêmes personnes

De nombreux taxonomistes le définissent souvent en termes plus généraux comme :

« l’étude scientifique des organismes dans le but ultime de les caractériser et de les arranger
de manière ordonnée ».
I.2. Procaryotes
Ce sont des organismes à noyau primitif (du grec pro, premier et karyon, noyau). Les
cellules sont isolées (0,2 à 10 μm) ou en associations simples. La membrane nucléaire est
absente. La membrane cytoplasmique est complexe et peut former des vésicules, des lamelles
ou des inclusions tubulaires dans le cytoplasme. Les vacuoles et les organites cytoplasmiques
sont absentes. Les fonctions respiratoires et photosynthétiques sont associées à la membrane
cytoplasmique sauf chez les cyanobactéries (Thylakoïde).

Différences entre les cellules eucaryotes et procaryotes.

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Les ribosomes de type 70S sont

dispersés dans le cytoplasme qui est
immobile. Les aliments sont assimilés sous
leur forme moléculaire. La présence d'une
paroi cellulaire n'est pas obligatoire. Les
cellules peuvent être immobiles ou mobiles
par glissement ou grâce à des flagelles.
Ces organismes souvent ubiquistes
sont la plupart du temps unicellulaires mais
peuvent former des colonies, des mycéliums
ou des filaments. Des mécanismes de
transfert de gène et de recombinaison
existent mais ces processus n'entraînent
Pyramide des rangs taxonomiques
jamais la formation de zygote par
gamétogénèse.

I.3. Taxonomie ou Taxinomie ?

Taxon ou Taxin du grec ancien taxi (« placement », « mise en ordre »). Le pluriel grec
est taxa. Regrouper tous les organismes vivants possédant en commun certains caractères
taxinomiques ou diagnostiques bien définis. Les taxons les plus importants sont : règne,
embranchement, classe, ordre, famille,genre, espèce.
La taxonomie est l’étude de la diversité des organismes. Elle comprend trois domaines:
la classification, La classification définit des groupes ou taxons selon des critères
phylogénétiques, phénotypiques et génétiques.
la nomenclature, leur affecte une identité selon le système binomial établi par Linné, avec
deux noms latins du genre et de l’espèce.
L’identification, attribue à une souche inconnue l’un des taxons déjà décrit ou permet de créer
un nouveau taxon.
Depuis ses débuts, la taxonomie des procaryotes a subi plusieurs avancées marquantes, passant
de la classification phénétique simple puis de la taxonomie numérique à la classification
phylogénétique actuelle sur laquelle est basée la nouvelle édition du manuel de Bergey.

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I.4. Les rangs taxonomiques

En nomenclature biologique, on nomme rangs taxinomiques, ou rangs taxonomiques,
les niveaux hiérarchiques de la classification scientifique du monde vivant, du règne à l'espèce,
forment les étages de la pyramide accueillant les taxons de la systématique d'un groupe donné
d'animaux, de plantes, de champignons, de protistes, de bactéries ou d’archéobactéries.
La classification classique propose une hiérarchie codifiée en 7 rangs principaux et 5
rangs secondaires, présentée, dans l'ordre décroissant, de la façon suivante :
Règne → Embranchement, Division ou Phylum → Classe → Ordre → Famille →Tribu →
Genre → Section → Série → Espèce → Variété → Forme.
(Des rangs supplémentaires (dits « intercalaires ») sont également admis en ajoutant les préfixes
« sous- », « infra » ou « super » aux rangs principaux ou secondaires (superordre, sous-genre,
infraclasse, etc.).
L'espèce constitue le rang de taxon de base de la classification systématique. Le second
en importance est le genre (en latin genus), une espèce ne pouvant pas recevoir un nom
scientifique sans être affectée à un genre. Le rang de troisième importance est la famille (en
latin familia).

I.5. Évolution à travers le temps

On a estimé que notre planète était âgée de 4,6 milliards
d’années. Des restes fossiles de cellules procaryotes vieux de
3,5 à 3,8 milliards d’années ont étaient découverts dans les
stromatolithes et les roches sédimentaires (formés par
incorporation de minéraux dans les tapis microbiens).
Stromatolithes

La vie procaryotique apparait donc très peu de temps après refroidissement de la terre.
La diversité microbienne a fortement augmenté dès que l’oxygène est devenu plus abondant.
Les études de Carl Woese et ses collaborateurs sur les séquences d’ARNr des procaryotes
suggère que ceux-ci se sont séparés très tôt en deux groupes distincts. L’arbre phylogénique
universel reflète cette vision. Elle se devise en trois branches principales : Bacteria, Archaea
et Eucarya.
Les archéobactéries et les bactéries ont divergé les premières, puis les eucaryotes se sont
développés. Ces trois groupes primaires sont appelés domaines ( diffèrent nettement l’un de
l’autre) :

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Eucarya : les organismes eucaryotes, avec des diesters d’acide gras et de glycérol comme
principaux lipides membranaires et leurs ARNr caractéristiques.
Bacteria : renferme les cellules procaryotiques avec leurs ARNr bactériens et des lipides
membranaires qui sont principalement des diesters de diacyl glycérol.
Archaea : les procaryotes qui ont dans leurs membranes des lipides isoprénoides, diether de
glycérol et des ARNr archéobactériens.

I.6. Qu’est-ce qu’un arbre phylogénique ?

L'arbre phylogénétique présente les relations de parenté entre les organismes vivants. Il
montre qui est proche de qui, et non pas qui descend de qui. Il permet d'identifier les homologies
et les homoplasies.

Arbre phylogénique universel.

I.7. Approches Taxonomiques