PRESENTATION ECOLOGIE EXPERIMENTALE (Réparé)

QUESTION APPROFONDIE
D’ECOLOGIE
EXPERIMENTALE
•1
•Qui est le professeur? Comment et où le contacter?
•Quels sont les objectifs du séminaire?
•Quel en sera le contenu?
•Comment se fera l’évaluation?
•2
•Le professeur
Pascal MASILYA Mulungula
–Biologiste-Écologiste des Ecosystèmes aquatiques

–Né le 14. 04. 1977 (44 ans)
–Cursus scolaire: EP Camp Cinéma, Collège Alfajiri,
ISP/Bukavu, Université de Bujumbura et Université
de Namur
–Marié et père de 4 enfants (2 filles et 2 garçons)
•Coordonnées
pascalmasilya@yahoo.fr
0992969148
•3
OBJECTIF
Ce module se veut une introduction à la

méthodologie de recherche et d'analyse en
l'écologie.
•En tant que tel, il est prévu que les apprenants

se familiarisent avec la conception, la mise en
œuvre et l'analyse de la recherche, et
l'analyse appliquées à l'écologie de terrain.•4
•RAPPEL DES NOTIONS DE BASE D’ECOLOGIE
•En Ecologie, les études peuvent se faire à

différents niveaux:
-Individu (AUTOECOLOGIE)
-Population (DEMOECOLOGIE)
-Communauté/Ecosystème (SYNECOLOGIE)
•5
•Autoécologie
•Réaction des organismes à la variation écologique

•Influence des facteurs extérieurs sur les organismes
•La présence d’organismes dans un milieu résulte
•de l’adaptation de ces organismes à ce milieu
•Facteurs extérieurs
•Facteurs abiotiques
–Facteurs édaphiques (liés au substrat)
–Facteurs climatiques (macro-, méso-
et microclimat)
•Facteurs biotiques
•Valence écologique d’une espèce
•Capacité de l’espèce à tolérer des variations de conditions

écologiques plus ou moins importantes
 Valence large = grande tolérance  espèce euryèce

 Valence étroite = tolérance faible  espèce sténoèce
•Valence écologique (2)
•On peut définir la valence écologique de manière plus

précise, en regardant séparément la tolérance à chaque
facteur caractéristique (t°, luminosité, salinité,…)
–Un facteur est dit limitant lorsqu’il s’agit du facteur le plus
défavorable pour l’espèce, càd celui qui se rapproche le plus de sa
valeur-seuil (situé au-delà des limites de tolérance)

•Niche écologique
•Rôle de l’espèce dans l’écosystème, ensemble des
caractéristiques biologiques qui lui sont propres

•Espace à n dimensions
–Axe spatial (variables physico-chimiques, dont le climat)
–Axe trophique (alimentation)
–Axe temporel (rythme circadien, cycle saisonnier)
•Niche fondamentale (optimale)  Niche réelle
•Niche écologique (2)
•Deux espèces possédant la même niche ne

peuvent cohabiter dans le même écosystème =
Principe d’exclusion compétitive
•Autoécologie d’une espèce
•L’analyse de l’autoécologie d’une espèce implique de

définir ses préférendum écologiques
1.Etudes in situ = niche réelle
Etude d’une biocénose naturelle en parallèle avec
les caractéristiques abiotiques de son milieu
Etude statistique multivariée
2.Etudes expérimentales = niche fondamentale
Individualisation de chaque facteur
2 types:
Distribution des individus le long d’un gradient
du facteur (t°, H rel,…)
Choix des individus vis-à-vis de 2 conditions
opposées (méthode des chambres alternatives)
•Autoécologie d’une espèce (2)
•Etudes in situ
•Autoécologie d’une espèce (3)
•Etudes in situ (2)

•Schéma expérimental
•Etudes de l’autoécologie de la larve de Tenebrio molitor

–Photopreferendum
–Thermopreferendum
–Hygropreferendum
Position dans l'échelle de gradient
Facteur étudié V.E. étroite V.E. large Extrême basse Centre Extrême haute
Température Sténotherme Eurytherme Psychrophiles Thermophiles
Sténotherme froid Sténotherme chaud
Humidité relative Sténohygrique Euryhygrique Xérophiles Mésophiles Hygrophiles
Lumière Scotophile Photophiles
Photophobe
Lucifuge
(Sciaphile) (Héliophiles)
•NB: Hygrophile (dans milieu terrestre très humide)  Hydrophile

(dans milieu aquatique)
Démoécologie
•Etude des populations et des peuplements naturels
•Démoécologie
•Démographie
–Analyse quantitative de la structure d’une population par l’évaluation de
ses principaux paramètres
Effectifs, Densité
Natalité, Mortalité
Sex-ratio
Structure d’âge,…
•Interprétation des fluctuations spatiales et temporelles des

effectifs de cette population via les facteurs abiotiques et
biotiques tels que la compétition, la prédation et le parasitisme.
•Estimation des effectifs
•Différentes méthodes selon les caractéristiques des populations

étudiées
–Efforts successifs de capture
–Marquage-recapture
–Quadrats
! La méthode de capture doit être adaptée à la méthode d’estimation!

•1. Efforts successifs de capture
•Plusieurs efforts de capture sans remettre les individus

capturés dans leur milieu
•L’efficacité de capture doit rester constante
400
(0, C1)
Valeurs successives des
300
•= nombre de captur
captures
(C1, C2)
200 •b N estimé
•maximum = -a/b
(C1+C2, C3)
100 (C1+C2+C3, C4)
0
0 100 200 300 400 500 600 700 800
Som m es des captures successives
•La pente de la droite, b, correspond à la probabilité de capture, p, des

individus de la population
•1. Efforts successifs de capture (2)
•Ne pouvant pas épuiser en totalité la population, il faut

extrapoler la droite
•Conditions
–La capturabilité, p, doit rester constante
–La population doit rester stable durant toute la période de
capture
–La capturabilité doit être suffisante, càd p > 0,5
•1. Efforts successifs de capture (3)
•Méthode graphique par régression linéaire

1600
Valeurs successives des captures
1400 y = -0,5304x + 1505,8

1200
1000
800
600
400
200
–Y = bX+a,
0
avec a = Y-bX et b = SPE/SCEx
–N = -a/b 0; p = -b
500 1000 1500 2000 2500
Somme des captures précédentes

•2. Marquage-recapture
•1ère capture de M individus  marquage  libération

dans le milieu
•2ème capture de n individus, dont r marqués
–M/N = r/n
 N = (M*n)/r
•Conditions
–Le marquage ne doit pas être handicapant, càd que la
probabilité de capture des marqués doit être la même que celle
des non-marqués
–La population doit rester stable au cours de la période
d’estimation
•3. Quadrats
1.Choix d’une surface d’échantillonnage

2.Dénombrement des individus dans chaque

échantillonnage
3.Extrapolation à la surface totale du milieu ou à une
unité de surface
•Conditions
–La population doit rester stable pendant la période
d’estimation
–Le nombre de surface d’échantillonnage doit être
statistiquement significatif
–La taille des surfaces d’échantillonnage doit être cohérente
avec la taille des individus
–L’échantillonnage doit être aléatoire
•3. Quadrats (2)
•Calcul de la moyenne des échantillons
•Calcul de la densité de la population
•Une comparaison de la variance par rapport à la

moyenne nous indique le mode de répartition des
individus dans la population
•Schéma expérimental
•Etude des différentes méthodes d’estimation
–Test de plusieurs protocoles pour chaque méthode
–Choix du meilleur protocole, càd:
•Celui qui présente la meilleure efficacité de capture, pour la méthode d’efforts
successifs de capture
•Celui qui présente la proportion d’individus marqués la plus pertinente, pour le
marquage-recapture
•Celui qui présente la taille optimale et le nombre optimal de quadrats

•Synécologie
•Etude des écosystèmes
•Synécologie
•Ecosystème = ensemble formé par le biotope et la biocénose
–Généralement, entre deux écosystèmes, il existe une zone de transition,
l’écotone, où la richesse floristique et faunistique est souvent plus
importante que dans les biocénoses adjacentes, avec des espèces
communes aux deux biocénoses et des espèces propres à ce milieu.
 = effet de lisière
– Influence réciproque entre le biotope et la biocénose et au sein de la
biocénose équilibre biologique et
succession écologique
•Equilibre biologique
•« Harmonie » au sien de la biocénose
•Transferts d’énergie au sein de la chaîne alimentaire
–Limitation du développement d’une espèce par:
•Ses prédateurs
•Le manque de nourriture
•Un facteur limitant

•Transfert d’énergie
•Chaîne alimentaire
•Vertebrate Planktivore •Invertebrate Planktivore
•Large zooplankton
•Nutrients (P and N)
•Relations interspécifiques
•Relation proie-prédateur, hôte-parasite
•Compétition
•Amensalisme, Commensalisme, Mutualisme
•…
•5 Basic types of species interactions
•Relation proie-prédateur
•Exemple du Lynx et du Lièvre

•Compétition
•En l’absence de prédateur, la compétition entre deux
espèces entraîne l’élimination de l’espèce la moins
compétitive ou le déplacement de caractères
phénotypiques
•Exemple de déplacement de caractère: les pinsons des

Galapagos
•Succession écologique
•Changements dans la composition spécifique d’une communauté

au cours du temps écologique
–Colonisation d’un milieu par des espèces pionnières, peu à peu
remplacées pour atteindre le stade CLIMAX
Example of succession – 1: clearing in wood after disturbance (e.g. wind,
fire or logging).
 Forest clearing rapidly colonised by other species (= miniature

succession).
 Process results in increasing habitat heterogeneity and a more complex
canopy.
 Plants replace each other gradually and produce increasingly complex

vegetation structure.
Clearing filling by young trees, often

accompanied by succession of species.
Example of succession – 2: vegetation
development after abandoning
agricultural land
 Increasing species richness and

diversity.
Increasing species richness and diversity during

succession of an abandoned plot of farming land.
Species are presented sequentially based on their
abundance (% cover). 44
DE L’INVENTAIRE DE TERRAIN A L’ECOLOGIE
EXPERIMENTALE
•Il existe plusieurs types d’études de terrain en

écologie et notamment :
-les inventaires naturalistes,
-les suivis ou surveillances (monitoring),
-les études de recherche
•45
•DE L’INVENTAIRE DE TERRAIN A L’ECOLOGIE
EXPERIMENTALE
•46
EXPERIMENTALE
•Inventaire naturaliste = recensement le plus exhaustif possible d’un ensemble de

données d’occurrence de taxons ou d’habitats, avec une délimitation géographique
précise et une durée limitée.
•L’objectif peut être de définir les lieux de présence d’un taxon (inventaire de distribution)
ou de lister les espèces observables dans le périmètre (inventaire de site).
•47
EXPERIMENTALE
•Suivi = répétition de mesures dans le temps afin de permettre la comparaison des

paramètres observés.
•Surveillance ou veille scientifique ou suivi simple = mesures effectuées sans

hypothèse de base à vérifier, on parle de surveillance.
•Suivi scientifique élaborée = tester une ou plusieurs hypothèses et d’établir des

corrélations entre les variables observées.
EX1: Masilya et al. 2021

EX2: Masilya et al. 2020
Ex 3. Masilya. In prep. •48
•DE L’INVENTAIRE
Ex. 1
DE TERRAIN A L’ECOLOGIE
EXPERIMENTALE
Ex. 2
Ex 3. The new technique of fishing with lighted gillnets in Lake Kivu: panacea
•49
for the fishermen, Pandora’s Box for the environment of the lake!
EXPERIMENTALE
•Les modalités de collecte peuvent être encadrées par un protocole (inventaire/suivi

protocolé) ou non (contact opportuniste par exemple).
•Un protocole est défini comme le plan d’étude détaillé expliquant comment les données
doivent être collectées afin de répondre à la question posée. Le protocole détermine les
règles d’échantillonnage, les techniques de collecte à mettre en oeuvre et les règles
complémentaires d’application : période de mise en oeuvre, effort, etc.
•50
EXPERIMENTALE
•Avantage d’un protocole
-Permettre la reproductibilité spatiale et/ou temporelle de l’étude, éventuellement par

d’autres opérateurs, ainsi qu’une meilleure compréhension des modalités de collecte en
vue de l’analyse des données.
-Limiter l’incertitude reliée à différents facteurs, notamment à la variabilité naturelle
spatiale et/ou temporelle des communautés ainsi que le biais inter-opérateurs inhérent
au facteur humain. •51
EXPERIMENTALE
•Inventaires et les suivis = approches descriptive et observationnelle.
•En effet, si grâce aux suivis, des évolutions et des changements peuvent être détectés
(ex : évolution des effectifs d’une population), il n’est pas possible d’en comprendre
les processus sous-jacents et encore moins les causes, sauf dans certains cas
particuliers de suivis scientifiques élaborés.
•52
EXPERIMENTALE
•Dans le contexte actuel d’une érosion massive de biodiversité, il est indispensable
d’identifier les facteurs qui engendrent les variations observées de la biodiversité pour
prédire son évolution suite aux changements environnementaux naturels ou
anthropiques et seules les études de recherche et en particulier de la recherche
appliquée (dite « opérationnelle ») peut aider à cela.
•53
EXPERIMENTALE
•54
EXPERIMENTALE
•Etudes descriptives et études expérimentales
•
•Etudes descriptives (ou « observationnelles »): n’effectuent aucune
expérimentation.
•L’observateur va procéder à des mesures d’un paramètre qu’il souhaite étudier, dans
des contextes différents, mais sans maitriser lui-même ce paramètre. Ces études, qui
sont encore largement réalisées, peuvent en général mettre en évidence uniquement
des corrélations car, souvent, le facteur étudié ne peut pas être isolé d’autres variables
•55
potentiellement influentes sur la population considérée.
EXPERIMENTALE
•
•Etudes expérimentales (encore appelées « démonstratives » ou encore «
manipulatoires ») qui se traduisent par une expérience.
•Ces études cherchent à définir des liens de causes à effets. En écologie appliquée,
l’objectif de cette approche est généralement de comprendre l’effet d’une perturbation
(anthropique ou non) sur la biodiversité. Elles sont largement répandues dans le champ
de la recherche fondamentale, chaque fois que l’on cherche à mettre en évidence des
•56
processus écologiques.
EXPERIMENTALE
•Une étude expérimentale est souvent plus lourde (en temps et en moyens) et plus
complexe à mener qu’une étude observationnelle. En revanche, son résultat est
beaucoup plus puissant car elle peut mettre en évidence une causalité (plus ou moins
statistiquement significative).
•57
EXPERIMENTALE
•Etude observatoire versus étude manipulatoire.
•
Deux types d’étude possibles - descriptives (observatoires) et expérimentales (manipulatoires) -
envisagées ici pour mesurer l’effet de la lumière artificielle sur des mammifères.
•58
EXPERIMENTALE
•Etudes expérimentales se font souvent dans des

systèmes expérimentaux de type « cosmes ou
écotrons »: microcosme, mésocosme,
macrocosme.
•Ecotron = lieu confiné et contrôlé ou semi-
contrôlé (pour tout ou partie des paramètres du
milieu). Il est destiné à l’ étude des réponses
d’espèces dans leur milieu ou d’écosystèmes
entiers et des organismes soumis aux variations
de l’environnement ou à des toxiques. •59
EXPERIMENTALE
1.Macrocosme = espace assez grand pour étudier un morceau d’écosystème

reconstitué durant un pas de temps se mesurant en année (3 à 5 ans au plus).
•2. Mésocosme = dispositif expérimental clos de taille moyenne destinés à l’étude des
polluants sur les écosystèmes (ils sont plus réalistes et représentatives des conditions
écologiques réelles car le nbre d’sp est relativement grand, la taille et la complexité sont
aussi bonnes)
•
•3. Microcosme = unité expérimentale de petite dimension où le milieu physique essaie
de représenter la complexité de la nature (les aquarium sont des microcosmes pour les
organismes aquatiques à partir du moment où ils sont remplis d’eau naturelle et avec
des organismes présents suffisamment nombreux pour représenter la biodiversité
naturelle. Dans le cas où une seule espèce est élevée en aquarium, ceci se rapproche
plus des bioessais).
•60
EXPERIMENTALE
•Microcosme •Mésocosme
•61
EXPERIMENTALE
•Écologie et mésocosmes
•62
EXPERIMENTALE
•63
EXPERIMENTALE
•64
EXPERIMENTALE
•65
EXPERIMENTALE
•66
EXPERIMENTALE
•Les étapes d’une étude expérimentale

•Cinq grandes étapes :
1) la formulation de l’hypothèse,
2) le protocole expérimental,
3) l’exécution de l’expérience,
4) les analyses statistiques
5) l’interprétation
•67
EXPERIMENTALE
•69
EXPERIMENTALE
•Un protocole expérimental doit garantir la transparence et la réplicabilité de
l’expérience.
•Toutes les informations relatives au protocole expérimental doivent être décrites en
détails dans la partie « matériel et méthode » de la publication (article, rapport, …)
associée à l’expérience.
•Parfois, le manque d’information touche à des aspects de l’étude aussi essentiels que
la taille de l’échantillon (« sample size »).

•70
EXPERIMENTALE
•Les deux grands types de phénomènes étudiés en écologie : l’intervention et
l’exposition
•Dans le cas d’une intervention : L’expérience cherche à comprendre l’effet de cette
intervention (sur la biodiversité). Par exemple : quel est l’effet d’une fauche biannuelle
sur la richesse spécifique de lépidoptères d’une dépendance de route ?
•Dans le cas d’une exposition : L’expérience cherche à comprendre l’effet sur la
biodiversité d’être exposée à telle ou telle situation/structure/substance/…. Par exemple :
quelle conséquence pour la biodiversité d’être exposée à une route ? •71

EXPERIMENTALE
l’exposition
•Poldérisation = l'assèchement de marais littoraux pour en faire des terres cultivables
•Dépoldérisation= aménagement humain inverse •72

EXPERIMENTALE
l’exposition
•Dans le cas d’une intervention, trois états possibles du site d’étude où

l’intervention est menée peuvent être distingués : avant, pendant et après l’action
menée
•Le fait de disposer d’un état initial et post-traitement permet une comparaison
temporelle (avant et après) par rapport au moment de l’intervention. Un autre type de
comparaison existe, la comparaison spatiale (site traité/site témoin) ainsi qu’une
combinaison des deux types de comparaisons (avant/après + témoin).
•73
EXPERIMENTALE
l’exposition
•74
EXPERIMENTALE
l’exposition
•Toute intervention n’est pas une expérience. En effet, pour qu’une intervention soit
une expérience elle nécessite d’être parfaitement contrôlée et donc idéalement
réalisée par les observateurs eux-mêmes. Dans le cas contraire cela revient
logiquement à une étude descriptive.
•Ex.: Si l’objectif est de mesurer l’effet de l’éclairage nocturne sur des chauves-
souris, l’expérience idéale est celle où l’observateur maitrise lui-même
l’éclairage des sites d’études ; néanmoins, si le choix des sites d’études est
bien pensé en fonction des modalités de gestion de leur éclairage, l’étude est
envisageable sans que l’observateur n’intervienne lui-même sur l’éclairage.
•75
EXPERIMENTALE
•Les premières étapes avant le montage du protocole expérimental
•(A) Bien poser le problème
•Etape fondamentale car c’est de cette question dont la suite découle:

•bien identifier, préciser et formuler clairement cette question.
•Utiliser la méthode du PICO/PECO selon que l’on étudie une intervention ou une
exposition.
•76
EXPERIMENTALE
•la méthode du PICO/PECO
•77
EXPERIMENTALE
•(B) Identifier la variable d’intérêt et les facteurs confondants
•Dans une expérience, il faut maintenir constants tous les facteurs autres que celui
dont on cherche à mesurer l’influence sur la population étudiée, que l’on appelle
la « variable d’intérêt ». Les autres paramètres doivent parfois non seulement être
constants mais aussi « satisfaits ». Par exemple, si je souhaite étudier de manière
contrôlée l’effet de la quantité d’eau apportée sur la croissance de la végétation mais
que sur mon site d’étude le niveau de fertilité du sol est non constant mais nul (non «
satisfait »), de fait, aucune croissance végétative n’aura lieu quelle que soit la quantité
d’eau, donc l’expérience est ici compromise.
•78
EXPERIMENTALE
•Dans la réalité, il n’est néanmoins pas toujours possible de maintenir constants et

satisfaits tous les paramètres. On appelle alors « facteurs confondants » ou «
facteurs de confusions » les éléments « parasites » qui agissent sur la population
étudiée et qui sont donc susceptibles de faire varier le résultat de l’étude.
•Par exemple, si une expérience vise à étudier l’effet de l’éclairage nocturne sur des
chauves-souris et que l’étude est menée en ville, de nombreux paramètres interfèreront
avec l’éclairage artificiel car la ville comprend du bruit, des sols imperméabilisés, une
structure de végétation particulière.
•79
EXPERIMENTALE
•Le problème apparait si ces facteurs varient avec le facteur d’intérêt (par exemple
ici si le bruit et l’imperméabilisation des sols sont statistiquement plus forts en zones
éclairées que non éclairées). Il sera alors très difficile d’attribuer avec certitude les
résultats de l’étude précisément à l’éclairage nocturne même si les observateurs
contrôlent l’allumage/extinction de l’éclairage (étude expérimentale).
•80
EXPERIMENTALE
•Il est primordial dès le départ de bien identifier les facteurs susceptibles de faire
varier le résultat. Le protocole expérimental, et en particulier l’échantillonnage, auront
ensuite pour but de sélectionner des sites qui ne contiennent aucune forme de
perturbation ou de carence de manière à pouvoir faire varier par manipulation le
paramètre à étudier (ex : ajout ou non de lumière artificielle).
•En écologie, la suppression des facteurs confondants pour isoler totalement la

variable d’intérêt est une vraie difficulté. Les études in-situ se confrontent
nécessairement à la présence de facteurs parasites qui agissent parfois à distance (ex :
pollutions)
•81
EXPERIMENTALE
•S’ils ne peuvent être maitrisés, l’important est avant tout de connaître ces facteurs
confondants et de les mesurer au cours de l’expérimentation pour pouvoir les
intégrer à l’analyse. A l’aide d’analyses statistiques multicritères il est en effet possible
de connaître l’influence de chaque facteur (et donc du facteur d’intérêt) tout en prenant
en compte l’effet des autres facteurs.
•82
EXPERIMENTALE
•LES PRINCIPAUX POINTS CLEFS D’UN PROTOCOLE EXPERIMENTAL EN
ECOLOGIE
•Une expérience peut être menée in-situ (sur le terrain) ou ex-situ (laboratoire)
•Les expériences in-situ impliquent de choisir un - ou généralement plusieurs sites -

pour mener l’expérimentation. Le choix du/des sites d’expérimentation correspond au
plan d’échantillonnage. Ce dernier a ainsi une influence directe sur les résultats qui
seront obtenus.
•83
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•Plan d’échantillonnage
•Selon l’expérimentation envisagée il est nécessaire de distinguer d’abord un

ensemble de sites potentiels pouvant devenir éventuellement des sites d’études.
Les sites d’études sont choisis ensuite, parmi les sites potentiels.
•Pour choisir des sites d’expérimentation, il existe plusieurs méthodes

d’échantillonnage permettant d’assurer une plus ou moins grande représentativité de
l’ensemble par l’échantillon que représentent les sites d’études
•84
EXPERIMENTALE
LES PRINCIPAUX POINTS CLEFS D’UN PROTOCOLE EXPERIMENTAL EN
ECOLOGIE
•Echantillonnage aléatoire ou semi aléatoire
•85
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•Echantillonnage systématique ou semi systématique
•86
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•Echantillonnage dirigé
•87
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•Echantillonnage stratifié (macro plan d’échantillonnage)
•88
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•Sites témoins (de contrôle)
1)= site sur lequel il n’y a ni exposition ni intervention c’est-à-dire où la perturbation

appliquée/existante sur le site traité est absente.
•
•(2) Tous les autres paramètres doivent être identiques entre le site traité et le site
témoin, autant que cela est possible dans le milieu naturel
•(3) Le site témoin doit être suffisamment éloigné du site traité pour ne pas être perturbé
par ce dernier.
•(4) Il doit être suffisamment proche pour être considéré sous l’influence des mêmes
facteurs naturels (comme les conditions climatiques par exemple)
•89
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•Sites témoins (de contrôle)
•Comme pour les sites traités, il est fortement recommandé de disposer de

plusieurs sites témoins (Notion des réplicats dans le but de limiter l’influence de
ces facteurs confondants)
•Les sites-replicats doivent, autant que de possible, être indépendants les uns
des autres, tout en conservant les mêmes caractéristiques environnementales
•90
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•La dimension temporelle
•Le choix de la période de l’année à laquelle l’expérimentation doit être menée est
évidemment fondamental et doit être en lien avec l’activité de l’espèce ou des espèces
étudiées.
•91
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•Dans le vivant, il existe différents cycles temporels et cette variabilité peut influencer
fortement les résultats de l’expérience sans rapport avec l’expérience elle-même
•92
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•- La variabilité journalière (dite circadienne) : les individus peuvent posséder des

activités rythmées dans un cycle de 24 h environ (espèce nocturne, espèce diurne…),
•- La variabilité saisonnière : certaines espèces présentent une activité différente en
fonction des saisons d’une année (ex : espèce hibernante, espèce migratrice…),
•- La variabilité pluriannuelle : les populations de certaines espèces ont des cycles de
plusieurs années, liés par exemple à la disponibilité en nourriture (ex : les rongeurs
présentent des cycles de pullulation sur plusieurs années, parfois 5-6 ans).
•93
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•Il est donc nécessaire de répéter les mesures dans le temps pour couvrir toute la
phénologie de l’espèce étudiée (ou en tous cas la part de phénologie pertinente pour la
question traitée), sans quoi l’étude ne pourra conclure que dans la fenêtre temporelle
précisément étudiée (ex : période de reproduction, période de dispersion…).
•94
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•Les principaux types de plans expérimentaux
•Combinaisons possibles spatiales et/ou temporelles
•95
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•96
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•Une expérience possède forcément un comparateur, c’est-à-dire une

modalité qui permettra la comparaison. En revanche, ce comparateur
peut être :
•- temporel : le site traité lui-même « avant » versus « après » (ex :
protocole BAI),
•- spatial : un autre site servant de référence (témoin) (ex : protocoles
CI et CE),
•- temporel et spatial (ex : protocole « BACI »).
•97
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•98
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•99
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•100
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•101
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•102
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•Les variables à mesurer
•On distingue en premier lieu :

•- la/les variable(s) d’intérêt : c’est/ce sont la/les variable(s) dont on souhaite savoir si
elle(s) est/sont influencée(s) par le phénomène étudié (intervention, exposition). Cela
correspond aux « outcomes » du PI/ECO présenté auparavant,
•- les variables explicatives : ce sont les variables dont on souhaite voir si elles influent
sur la variable d’intérêt (ex : sol, humidité, lumière…).
•103
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•Quelques mesures fréquemment utilisées en écologie pour les variables

d’intérêt:
•(1) La richesse spécifique (moyenne) : c’est le nombre (moyen) d’espèces

inventoriées sur un site,
•(2) L’abondance (moyenne) : c’est le nombre (moyen) d’individus (par espèce, par
groupe taxonomique, par unité spatiale).
•104
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•Des indices plus complexes peuvent être calculés pour décrire la diversité de la
communauté étudiée, par exemple :
•- L’indice de Shannon qui mesure l’hétérogénéité au sein de la communauté étudiée,
•- L’indice de Simpson : c'est la probabilité que deux individus sélectionnés au hasard
dans une communauté appartiennent à la même espèce.
•105
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•Il existe aussi de très nombreux autres types de mesures :

•
•- les mesures biométriques (taille, masse, …),
•- les mesures démographiques : survie, reproduction…
•- les mesures de mouvements (distances de déplacements, fréquences de
déplacement, …)
•- les mesures génétiques (diversité génétique, différentiation génétique),
•106
EXPERIMENTALE
•TRAVAIL A FAIRE
•DOCUMENTER ET FAIRE UN SYNTHESE DE COMPREHENSION SUR LES TYPES

D’INDICES ET MESURE ECOLOGIQUES A FAIRE SUR TERRAIN (AVEC DES CAS
PRECIS)
•107
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•La notion de proxy
•Parfois, il n’est pas possible de mesurer directement la variable d’intérêt. Il est alors
envisageable de passer par un « proxy » c’est-à-dire une mesure de substitution
permettant de mesurer indirectement ce que l’on souhaite observer (ex : le nombre de
fourmilières comme proxy de l’abondance des fourmis, le nombre de terriers de mulots
comme proxy de l’abondance des mulots, le nombre de familles d’invertébrés comme
proxy de la richesse spécifique en invertébrés…)
•108
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•109
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•L’importance des analyses statistiques
•Le fait de disposer d’un protocole robuste est une condition déterminante pour la
réussite d’une étude. Il est donc impératif de prendre le temps de monter ce protocole, si
besoin en effectuant des « pré-expériences » pour le tester et l’ajuster.
•L’analyse des résultats sera également une étape primordiale pour que l’étude reste
fiable et crédible. Le choix des modèles statistiques à utiliser est intimement lié au
protocole de terrain. La taille d’échantillon doit également être suffisante pour
permettre des analyses statistiques
•110
EXPERIMENTALE
ECOLOGIE
•L’importance des analyses statistiques
•Il est donc nécessaire de réfléchir aussi aux traitements statistiques dès le
montage du protocole expérimental. Par exemple, le choix des sites doit aussi
permettre d’atteindre la taille d’échantillon suffisante.
•111
•A CHERCHER ET A LIRE OBLIGATOIREMENT
•1. Besnard, A. & Salles, J.M. 2010. Suivi scientifique d’espèces animales
Aspects méthodologiques essentiels pour l'élaboration de protocoles de suivis.
Note méthodologique à l'usage des gestionnaires de sites Natura 2000. DREAL
PACA – Pôle Natura 2000. 62pp.
•2. Bouget, C. & Nagelesein, L.M. 2009. Les études des insectes en forêt :
méthodes et techniques, éléments essentiels pour une standardisation.
Synthèse des réflexions menées par le groupe de travail « Inventaires
entomologies en forêt ». Les dossiers forestiers. 19. 144pp.
http://www1.onf.fr/outils/medias/20100517-145700-588403/++files++/1
•3. Coe, R. 2008. Designing ecological and biodiversity sampling strategies.
Working Paper n°66. 33p.
•4. Fadel, D. & Meddad-Hamza, A. 2014. Stratégies d'échantillonnages des
peuplements. Editions Al-Djazair. ISBN : 978994789
•5. Stephen R. Carpenter," Sallie W. Chisholm, Charles J. Krebs, David W.
Schindler, Richard F. Wright (1995) Ecosystem experiments. Science (269):
324-327
•112
EXPERIMENTALE
•TRAVAIL 2 A FAIRE
•IDENTIFIER ET EXPLICITER UNE QUESTION DE RECHERCHE EN ECOLOGIE,

JUSTIFIER L’INTÉRÊT DE CETTE QUESTION EN S’APPUYANT SUR UNE ÉTUDE
BIBLIOGRAPHIQUE, PUIS METTRE AU POINT UN PROTOCOLE POUR Y
RÉPONDRE ET EN TESTER LA FAISABILITÉ. PRODUIRE LE RAPPORT (A
REMETTRE MAIS LE TRAVAIL SERA EXPOSE)
•113

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QUESTION APPROFONDIE

•Quels sont les objectifs du séminaire?

•Quel en sera le contenu?

•Comment se fera l’évaluation?

Pascal MASILYA Mulungula

–Biologiste-Écologiste des Ecosystèmes aquatiques

Ce module se veut une introduction à la

•En tant que tel, il est prévu que les apprenants

•En Ecologie, les études peuvent se faire à

•Réaction des organismes à la variation écologique

•Capacité de l’espèce à tolérer des variations de conditions

 Valence large = grande tolérance  espèce euryèce

•On peut définir la valence écologique de manière plus

•Rôle de l’espèce dans l’écosystème, ensemble des

caractéristiques biologiques qui lui sont propres

•Deux espèces possédant la même niche ne

•L’analyse de l’autoécologie d’une espèce implique de

•Etudes in situ (2)

•Etudes de l’autoécologie de la larve de Tenebrio molitor

•NB: Hygrophile (dans milieu terrestre très humide)  Hydrophile

•Interprétation des fluctuations spatiales et temporelles des

•Différentes méthodes selon les caractéristiques des populations

! La méthode de capture doit être adaptée à la méthode d’estimation!

•Plusieurs efforts de capture sans remettre les individus

Som m es des captures successives

•La pente de la droite, b, correspond à la probabilité de capture, p, des

•Ne pouvant pas épuiser en totalité la population, il faut

•Méthode graphique par régression linéaire

1400 y = -0,5304x + 1505,8

Somme des captures précédentes

•1ère capture de M individus  marquage  libération

1.Choix d’une surface d’échantillonnage

2.Dénombrement des individus dans chaque

•Calcul de la moyenne des échantillons

•Calcul de la densité de la population

•Une comparaison de la variance par rapport à la

•Etude des différentes méthodes d’estimation

–Test de plusieurs protocoles pour chaque méthode

–Choix du meilleur protocole, càd:

•Celui qui présente la meilleure efficacité de capture, pour la méthode d’efforts

•Celui qui présente la proportion d’individus marqués la plus pertinente, pour le

•Celui qui présente la taille optimale et le nombre optimal de quadrats

•Ecosystème = ensemble formé par le biotope et la biocénose

–Généralement, entre deux écosystèmes, il existe une zone de transition,

l’écotone, où la richesse floristique et faunistique est souvent plus

importante que dans les biocénoses adjacentes, avec des espèces

communes aux deux biocénoses et des espèces propres à ce milieu.

– Influence réciproque entre le biotope et la biocénose et au sein de la

biocénose équilibre biologique et

•« Harmonie » au sien de la biocénose

•Transferts d’énergie au sein de la chaîne alimentaire

–Limitation du développement d’une espèce par:

•Le manque de nourriture

•Un facteur limitant

•Relation proie-prédateur, hôte-parasite

•Amensalisme, Commensalisme, Mutualisme

•Exemple du Lynx et du Lièvre

•Exemple de déplacement de caractère: les pinsons des

•Changements dans la composition spécifique d’une communauté

 Forest clearing rapidly colonised by other species (= miniature

 Plants replace each other gradually and produce increasingly complex

Clearing filling by young trees, often

 Increasing species richness and