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Synthèse

Biodiversité aquatique :
du diagnostic
à la restauration

BIODIVERSITÉ AQUATIQUE : du diagnostic à la restauration


Synthèse du séminaire
«Biodiversité aquatique :
quelles pistes pour la gestion
des rivières et plans d’eau ?» Paris,
les 14 et 15 novembre 2012.

Photos de couverture © Nicolas Poulet - Onema Nicolas Poulet, Nirmala Séon-Massin et Laurent Basilico
Biodiversité aquatique :
du diagnostic
à la restauration
Synthèse du séminaire
«Biodiversité aquatique : quelles pistes pour
la gestion des rivières et plans d’eau ?» Paris,
les 14 et 15 novembre 2012

Nicolas Poulet, Nirmala Séon-Massin et Laurent Basilico


Préambule
Des torrents de montagne aux rivières de plaine, des lacs alpins
Le séminaire «Biodiver- aux étangs du littoral, les milieux aquatiques français sont riches
sité aquatique : Quelles d’une fantastique variété d’espèces animales et végétales. Cette
pistes pour la gestion des biodiversité, faite d’équilibres complexes et fragiles entre les
rivières et plans d’eau ?» communautés vivantes et leurs habitats, est à la fois le reflet de
© N. Poulet - Onema

a été organisé par l’Office


la santé des milieux naturels et l’objet d’enjeux majeurs pour les
national de l’eau et des mi-
sociétés humaines : enjeux patrimoniaux, touristiques, culturels,
lieux aquatiques (Onema)
assisté de l’office inter- économiques. Alors que la nécessité de concilier développe-
national de l’eau (Oieau). ment humain et préservation des milieux naturels est désormais
Il s’est tenu à Paris, les admise par tous, la biodiversité – notamment aquatique – apparaît
14 et 15 novembre 2012. aujourd’hui profondément menacée. En quelques décennies,
l’aménagement accéléré des territoires et le développement
Cette synthèse est consultable sur le site de l’Onema de l’industrie et de l’agriculture intensive ont altéré les milieux :
(www.onema.fr rubrique Publications). Elle est référencée sur artificialisation des berges, diffusion de contaminants dans
le portail national «Les documents techniques sur l’eau» les écosystèmes, pression accrue sur la ressource en eau...
(www.documentation.eaufrance.fr). L’avènement du changement climatique, qui se traduit déjà en
France par des étiages plus sévères et un réchauffement sensible
des masses d’eau, constitue un facteur d’incertitude croissant.
La mondialisation des échanges et la création de nouvelles voies
navigables s’accompagnent d’une mobilité sans précédent des
espèces vivantes : l’arrivée rapide d’espèces exotiques, dont cer-
taines se révèlent envahissantes, s’ajoute encore aux perturba-
tions qui impactent les milieux aquatiques.

Dans ce contexte de changement global, quel est aujourd’hui l’état


réel de la biodiversité aquatique en France ? Comment les évolu-

Contact
tions présentes et à venir du climat affecteront-elles les peuple-
ments piscicoles, la végétation, les communautés planctoniques ?
Quels sont les impacts des invasions biologiques sur la biodiversité
Nicolas Poulet, aquatique ? Quelles sont les conséquences des modifications
Chargé de mission des régimes de débit et de l’hydromorphologie ? Par quels
Ecologie des organismes aquatiques
moyens les gestionnaires des milieux aquatiques peuvent-ils
Direction de l’Action Scientifique et Technique
Pôle éco-hydraulique Onema-Irstea-IMFT évaluer ces impacts ? Et comment peuvent-ils œuvrer, aujourd’hui
nicolas.poulet@onema.fr et demain, pour en limiter les effets et restaurer la biodiversité ?
2 3
Consacré à ces questions, le séminaire «Quelles pistes pour la gestion
des rivières et plans d’eau ?», organisé par l’Onema les 14 et 15 novembre Sommaire
2012, a rassemblé à Paris plus de 200 participants : unités de recherche, Menaces sur la biodiversité aquatique :
services de l’État, collectivités, entreprises, associations et ONG. Ces deux une prise en compte croissante par les politiques publiques............ 06
journées de dialogue entre science et gestion restituaient une trentaine I – La biodiversité aquatique : état des lieux en France
d’actions de recherche partenariales autour de la biodiversité aquatique : 1.1 – De nombreuses espèces menacées.................................................... 14
après un état des lieux de la biodiversité de nos milieux aquatiques, les 1.2 – Tendances temporelles : des signes positifs ....................................... 16
orateurs ont présenté un ensemble d’outils novateurs pour son suivi et sa 1.3 – Suivis locaux : un éclairage précieux................................................... 20
restauration, dans le contexte du changement global. Le présent docu- Éclairage - Taxonomie : de quelles espèces parle-t-on ? ..................................... 27
ment constitue une synthèse des connaissances, méthodes et résultats
II – Des outils novateurs pour la connaissance et la gestion
livrés à cette occasion – ainsi que des nombreuses interrogations qui en 2.1 – Inventaires in situ : l’apport de l’ADN environnemental....................... 30
découlent. 2.2 – Suivi et évaluation : vers une approche intégrée de la biodiversité..... 32
2.3 – Espèces aquatiques protégées : des fiches opérationnelles
pour les gestionnaires.......................................................................... 36
La rainette verte (Hyla arborea), espèce d’intérêt communautaire (annexe IV de la directive Habitats-
Faune-Flore), est protégée ainsi que ses habitats au niveau national Éclairage - Les mésocosmes : des outils pour comprendre la biodiversité aquatique .. 39

III – Le changement climatique : impacts et adaptation


3.1 – Peuplements piscicoles : des impacts déjà visibles ?......................... 42
3.2 – Cas des poissons migrateurs amphihalins : modélisation et projections.. 44
3.3 – Les processus microbiens : quelles réponses au réchauffement ?..... 47
3.4 – Zones humides, vulnérabilité et adaptabilité........................................ 49
Éclairage - Léman, Annecy : deux écosystèmes suivis à la loupe.......................... 52

IV – Dégradation des habitats : conséquences et solutions


4.1 – La qualité de l’eau, condition nécessaire à la biodiversité aquatique.. 56
4.2 – Régime de débit et peuplements piscicoles........................................ 63
4.3 – Seuils, barrages et fractionnement des habitats :
l’apport de la génétique........................................................................66
4.4 – Préservation de l’apron du Rhône : des résultats modestes mais
encourageants......................................................................................69
4.5 – Anguille européenne : 18 actions de R&D pour réduire l’impact des
ouvrages ..............................................................................................71
Éclairage - L’apport des documents historiques pour comprendre la biodiversité.... 74

V – Les espèces invasives : diagnostic et gestion


5.1 – Le GT-IBMA : un outil de concertation et d’action à l’échelle
© N. Poulet - Onema

nationale .............................................................................................78
5.2 – Des altérations profondes des écosystèmes : le cas de l’Adour......... 80
5.3 – Vers des approches économiques....................................................... 82

Conclusion..............................................................................................86
Références .............................................................................................88

4 5
Menaces sur la biodiversité aquatique : une prise en compte croissante par les politiques publiques

La biodiversité connaît aujourd’hui période actuelle comme la sixième


une régression mondiale, marquée grande crise de la biodiversité –
au cours du XXe siècle par la dis- la dernière en date ayant vu la fin

© Sylvain Rogissart - Onema


parition d’un nombre croissant des dinosaures à la fin du Crétacé,
d’espèces animales et végétales. voici 65 millions d’années. Mais la
En 2012, sur environ 65 500 es- situation présente ne résulte pas
pèces évaluées par l’Union inter- d’un bouleversement géophysique
nationale pour la conservation de ou climatique naturel : elle est la
la nature (UICN), plus de 20 200 conséquence directe du rapide
étaient menacées d’extinction. développement des sociétés et
Une large part de la communauté des activités humaines à l’ère
scientifique considère désormais la industrielle. Les pollutions ne sont pas toujours aussi évidentes à identifier (p. ex. les micropolluants)

En seulement quelques décennies, Face à ce changement global,


l’urbanisation et l’artificialisation la biodiversité aquatique est sou-
des territoires, l’agriculture intensive vent en première ligne. Espaces
et la surexploitation des ressources géographiquement isolés, les cours
ont exercé des pressions sans pré- d’eau, lacs et étangs concentrent une
cédent sur les équilibres naturels. très grande variété d’écosystèmes
À ces pressions viennent s’ajouter et d’espèces : des oiseaux d’eau
aujourd’hui – et plus encore demain – aux peuplements piscicoles, des
les dérèglements induits dans le sys- végétaux rivulaires aux communau-
© Michel Bramard - Onema

tème climatique par l’accroissement tés planctoniques. Matrice de cette


© M. Bramard - Onema

anthropique des concentrations en vie foisonnante, l’eau est également


gaz à effet de serre, tandis que la une ressource vitale pour les socié-
globalisation des échanges favo- tés humaines et l’objet de prélève-
rise une mobilité artificielle et rapide ments croissants, pour l’alimenta-
d’espèces parfois envahissantes, tion en eau potable des populations,
dont l’importation constitue un fac- l’irrigation ou l’industrie. Les milieux
teur de déséquilibre supplémentaire aquatiques reçoivent, par drainage
pour les écosystèmes. ou par ruissellement, une part
Le développement de la société se fait trop souvent au détriment des milieux aquatiques
6 7
© H. Carmié - Onema
importante des polluants présents directives européennes dédiées
dans leur bassin versant. à la biodiversité, véritables outils
opérationnels pour la gestion et la
À la croisée des enjeux sociétaux restauration. La première d’entre
et économiques, les rivières voient elles est la directive «Oiseaux»,
leurs cours et leur fonctionnement adoptée dès 1979 dans la foulée de
profondément altérés : seuils et la Convention de Berne sur la vie
écluses pour la navigation, endi- sauvage. Elle a été suivie en 1992
guement et chenalisation, barrages par la directive «Habitats – faune -
hydroélectriques… flore» (DHFF), pierre angulaire de la
protection de la biodiversité dans
© G. Czerw - Onema

Objet d’une prise de conscience l’Union européenne, à l’origine de la


© P. Roche - Onema

croissante par l’opinion publique, la mise en place du réseau européen


nécessité de préserver et de restau- des Zones spéciales de conserva-
rer la biodiversité s’est progressive- tion (ZSC) Natura 2000 (voir l’enca-
Quelques exemples des pressions et des impacts
ment imposée dans les politiques dré ci-après). Le second rapportage
qui s’exercent sur les milieux aquatiques
publiques comme une condition es- DHFF fournira fin 2013 une évalua-
sentielle du développement durable. tion de l’état de conservation en
À l’échelle mondiale, la Convention France pour 93 espèces végétales,
sur la diversité biologique, rédigée 199 espèces animales et 132 habi-
lors du sommet de la Terre, à Rio de tats d’intérêt communautaire. Dans
Janeiro en 1992, a été ratifiée de- le cas des milieux aquatiques, ces
puis par 176 pays. La France, signa- outils de gestion transverses sont
taire en 1994, a publié en 2004 une complétés par la Directive cadre
première Stratégie nationale pour la sur l’eau (DCE), qui structure depuis
biodiversité (SNB), déclinant les en- 2000 l’effort communautaire de re-
gagements de la Convention de Rio conquête du bon état chimique et
en dix plans sectoriels : patrimoine écologique des masses d’eau. Si
© M. Bramard - Onema

naturel, agriculture, international, elle n’est pas directement centrée


urbanisme, infrastructures de trans- sur un objectif de biodiversité aqua-
ports terrestres, mer, forêt, outre- tique, cette directive volontariste
mer, recherche, tourisme. Révisée fait de la restauration des commu-
en 2010, dans le sillage du Grenelle nautés vivantes – à travers notam-
© D. Maynadier - Onema

de l’environnement, cette nouvelle ment le développement et la mise


stratégie nationale développe no- en œuvre systématique de bioindi-
tamment les concepts de corridors cateurs – une condition de l’atteinte
biologiques et de réseaux d’aires de l’objectif de bon état écologique
protégées. Elle s’articule avec les des masses d’eau.

8 9
Figure 1. Principe de l’évaluation Directive Habitats - faune - flore pour les
espèces animales et végétales.
Directive Habitats faune flore : second rapportage en vue

Adoptée par l’Union européenne en 1992, la directive Habitats - faune - flore


(DHFF) a pour objet de «contribuer à assurer la biodiversité par la conser-
vation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages
sur le territoire européen.» (article 2). L’effort de conservation porte sur
132 types d’habitats (dont 11% d’habitats aquatiques), qui composent
le réseau des Zones spéciales de conservation Natura 2000, ainsi que
292 espèces végétales et animales (dont notamment 8% de poissons et
9% d’amphibiens). En France, le réseau Natura 2000, établi en 2006,
regroupe plus de 1600 sites, pour près de 12% du territoire métropolitain
(en incluant les Zones de protection spéciales de la directive Oiseaux).
Échéances majeures, les rapportages successifs prévus par la directive
(article 17) exigent l’analyse de l’état de conservation des habitats et des
espèces sur l’ensemble du territoire, via un formulaire d’évaluation incluant
des données chiffrées pour les quatre critères retenus : aire de répartition,
populations, habitats, perspectives futures (pour les espèces) ; aire de
répartition, surface de l’habitat, structure et fonction, perspectives futures
(pour les habitats).
Le premier rapportage français (2006-2007) a été réalisé dans l’urgence.
L’exercice était nouveau et soulevait des questions complexes : les valeurs L’instauration de ce cadre réglemen- Le séminaire « Biodiversité aquatique :
de référence, les notions de structure et de fonctionnement des habitats
taire donne aux gestionnaires de l’eau quelles pistes pour la gestion des
n’ont été que peu quantifiées et beaucoup de champs ont été renseignés
à dire d’expert. des objectifs opérationnels au service rivières et plans d’eau », organisé à
de la biodiversité aquatique. Ce fai- son initiative les 14 et 15 novembre
Pour le second exercice (2012-2013), les services en charge du rappor- sant, il induit des besoins nouveaux 2012, a permis de faire le point sur
tage peuvent désormais s’appuyer sur le premier bilan national sur la bio- en connaissances scientifiques et les résultats récents et les orienta-
diversité dite remarquable, et sur de nombreuses sources de données à en outils dédiés : analyses tempo- tions de recherche actuelles, au tra-
l’échelle française : base de données SIEau, nouveaux Atlas, synthèse des
relles, nouvelles méthodes pour les vers d’une trentaine de contributions
«Docob» (plans de gestion des sites Natura 2000)… La mise au point de la
méthodologie de surveillance est un objectif majeur du premier semestre
inventaires in situ, développement suivies de débats. Après un état des
2013. Elle doit permettre d’évaluer l’intérêt de ces différentes sources pour d’indicateurs de biodiversité, actions lieux de la biodiversité aquatique en
le rapportage ; de produire les protocoles de collectes complémentaires si de restauration, études locales en France, la présente synthèse expose
nécessaire ; et de proposer les réseaux de surveillance et les indicateurs lien avec une pression donnée, pro- un ensemble d’outils novateurs pour
renseignant de manière comparable sur l’état, le poids des pressions, le grammes de suivi spécifiques.... De son suivi et sa restauration. Elle ap-
fonctionnement… Dans le cas des habitats aquatiques du réseau Natura
nombreuses actions de recherche ont porte ensuite des expériences et des
2000, cette analyse est menée conjointement par l’Onema et le MNHN : sur
été menées en ce sens, dans l’Union éléments concrets sur les liens com-
la base d’une synthèse bibliographique complète, un groupe d’experts a
bâti une méthodologie, testée sur le terrain avant d’éventuels ajustements. européenne, au cours des dernières plexes entre biodiversité aquatique
Objectif : disposer de méthodes standardisées, accessibles à tous les opé- années. En France, l’Onema pilote ou et changement global, selon trois
rateurs, pour assurer une évaluation cohérente sur l’ensemble du territoire. soutient une part importante de ces parties thématiques : changement
travaux, souvent en lien avec la mise climatique, dégradation des habitats
en œuvre de la DCE. et espèces invasives.
10 11
1 La biodiversité aquatique :
état des lieux enPartie
France

Dans quel état la biodiversité de nos rivières et


plans d’eau se trouve-t-elle ? La première ses-
sion du séminaire a dressé un état des lieux à
l’échelle nationale.

Chiffres à l’appui, le comité français de l’Union


internationale pour la conservation de la nature
(UICN) a rappelé en ouverture la situation in-
quiétante de nombreuses espèces aquatiques :
il s’agit aussi bien d’espèces endémiques
comme l’apron du Rhône (Zingel asper) ou le
chabot du Lez (Cottus petiti) que d’espèces
autrefois communes et abondantes comme l’an-
guille (Anguilla anguilla) ou l’écrevisse à pattes
blanches (Austropotamobius pallipes).

Mais le constat peut être en partie nuancé par


l’examen des tendances chronologiques posi-
tives observées en Métropole pour de nom-
breuses espèces piscicoles, parmi lesquelles de
nombreuses exotiques... L’analyse de ces ten-
dances peut être affinée localement, par l’exploi-
© N. Poulet - Onema

tation des données de suivis au long cours. Fait


notable : la découverte d’espèces - natives - qui
se cachaient parmi des espèces que l’on pensait
bien connaître comme les goujons (Gobio sp.) et
les vairons (Phoxinus sp.). Pour autant, leur état
de conservation reste à évaluer...

12 13
1.1 – De nombreuses espèces menacées tion, tandis que l’écrevisse à pattes et décisionnel de référence sur le
blanches (Austropotamobius pallipes) risque d’extinction des espèces. Le
est classée vulnérable. Quant aux dé- processus d’évaluation fait interve-
En France métropolitaine, quinze (Salmo salar) ou de l’omble chevalier
partements et territoires d’Outre-mer, nir des scientifiques possédant une
espèces de poissons d’eau douce (Salvelinus umbla). Par ailleurs, pour
riches de milieux aquatiques remar- connaissance experte des taxons,
sur 69 espèces natives – soit plus près de 32% des espèces, l’éva-
quables mais fragiles – d’autant plus réunis lors d’ateliers dédiés. La clas-
d’une sur cinq – sont aujourd’hui luation n’a pas été menée en raison
en contexte insulaire – ils présentent sification des espèces dans les dif-
menacées, selon le comité français de données insuffisantes : cette
un tableau tout aussi alarmant. Ainsi férentes catégories repose sur des
de l’UICN (Figure 2). Quatre d’entre proportion importante s’explique
à la Réunion, huit espèces de pois- critères biologiques précis, comme
elles sont en « danger critique » : l’an- notamment par la description ré-
sons d’eau douce sur 24 sont consi- l’effectif des populations, leur taux
guille européenne (Anguilla anguilla), cente d’espèces cryptiques (voir
dérées comme menacées. de déclin, la superficie de l’aire de
l’esturgeon européen (Acipenser sturio), Eclairage Révisions Taxonomique en
répartition et le degré de fragmen-
l’apron du Rhône (Zingel asper) et le fin de chapitre).
Ces données, présentées (F. Kirchner, tation de la répartition. En complé-
chabot du Lez (Cottus petiti). La loche
UICN France) en introduction du sé- ment de cette approche centrée sur
d’étang (Misgurnus fossilis) ou la truite La situation est également inquié-
minaire, sont issues de la Liste rouge les espèces, l’UICN développe éga-
corse sont quant à elles «en danger», tante pour les crustacés d’eau douce,
des espèces menacées publiée par lement depuis plusieurs années un
tandis que des espèces embléma- avec 161 espèces menacées sur 576.
le comité français de l’UICN. Réali- système de classification des éco-
tiques sont considérées comme L’écrevisse des torrents (Austropo-
sée selon la méthodologie déployée systèmes, pour fournir une vision
«vulnérables», à l’image du brochet tamobius torrentium) est parmi les
dans le monde entier par l’UICN, plus intégrée de l’état la biodiversité
(Esox lucius), du saumon atlantique espèces en danger critique d’extinc-
elle constitue un outil scientifique (voir section 2.2).

Figure 2. Statut des 69 espèces de poissons d’eau douce de Métropole selon le L’écrevisse à pattes blanches et le brochet, espèces autrefois abondantes, ont été classés
comité France de l’UICN. comme espèces vulnérables par l’UICN

© M. collas - Onema

© D. Poracchia
14 15
1.2 – Tendances temporelles : des signes positifs
Figure 3. Différence d’occurences moyennes entre 1990 et 2009 (%),
pour 47 espèces de poissons d’eau douce de France métropolitaine.

L’état de la biodiversité à un ins- Les résultats sont contrastés se-


tant donné est la résultante d’un lon les espèces, mais témoignent
ensemble de processus complexes. d’évolutions significatives et plutôt
200
Certaines pressions sont levées, positives. Ainsi la richesse spéci- Augmentation significative

Différence dʼoccurences moyennes prédites


d’autres s’aggravent, le contexte fique moyenne (le nombre moyen Augmentation non significative
Pas de tendance
climatique change, des actions de d’espèces de poissons recensées 150 Déclin non significatif
restauration sont engagées. À ce par station) est-elle passée de 8,1 à Déclin significatif

entre 1990 et 2009 (%)


titre, l’analyse des tendances tem- 9,5 entre 1990 et 2009. Dans 58%
100
porelles observées pour une espèce des stations étudiées, on rencontre
– évolution de son aire de répartition davantage d’espèces aujourd’hui
ou de sa densité – revêt un intérêt qu’il y a vingt ans. Cette tendance 50

majeur pour comprendre son statut n’est cependant pas répartie uni-
dans une perspective dynamique. formément sur le territoire. Ainsi 0

Archigan à grande bouche


les cours d’eau du Nord-Est de
Un tel examen a été mené, à l’échelle la France affichent-ils des gains

Anguille Européenne

Barbeau méridional

Saumon atlantique
-50

Barbeau commun
Perche commune
de la France métropolitaine, pour les marqués en richesse spécifique,

Brème bordelière
Brème commune

Blennie fluviatile

Apron du Rhône
Truite commune

Ombre commun
Loche épineuse

Pseudorasbora
Able de Heckel

Loche franche

Epirine lippue
Poisson-chat
communautés piscicoles. L’étude tandis que d’autres zones, dans

Perche soleil
Epinochette

Silure glane
Toxostome

Lamproies
Vandoises

Gambusie

Carassins
Chevesne
Epinoche

Rotengle

Bouvière
(N. Poulet, Onema) s’est basée sur l’Ouest et le Sud-Ouest notamment,

Goujons

Gremille
Chabots
Blageon
-100

Brochet

Vairons
Gardon
Tanche

Ablette
Sandre
Mulets

Spirlin
Carpe

Aspe
Hotu
Lote
les données de la banque de don- connaissent une situation en demi-

Flet
nées des milieux aquatiques et pis- teinte.
cicoles de l’Onema (BDMAP), qui
rassemble les résultats de plus de Les orientations divergent bien sûr
11 000 inventaires piscicoles réa- selon l’espèce considérée. Pour
lisés sur le territoire depuis les an- 42% des espèces, l’occurrence Les poissons qui connaissent le Parmi les espèces qui appa-
nées 70. Après sélection des chro- moyenne (présence du taxon sur plus fort développement, en den- raissent en déclin figurent des
niques qui présentaient au moins une station), a significativement sité comme en occurrence, sont les poissons natifs comme la tanche
huit années de suivi avec une même augmenté depuis 1990. Elle s’est espèces introduites : silure (Silurus (Tinca tinca), la brème (Abramis
stratégie d’échantillonnage, le jeu réduite pour seulement 11% des glanis) (Figure 4a), pseudorasbora brama), l’anguille et la truite com-
de données final rassemble 7 748 espèces (Figure 3). Dans le même (Pseudorasbora parva), gambusie mune (Salmo trutta) (Figure 4b). Là
opérations menées sur 590 stations temps, la densité moyenne sur (Gambusia holbrooki), aspe (Aspius encore, ces tendances globales ne
pour la période 1990-2009, avec l’ensemble des stations s’est signi- aspius…), et les petites espèces sont en général pas réparties de
une bonne couverture nationale et ficativement accrue pour 74% des spirlin (Alburnoides bipunctatus), manière uniforme sur le territoire.
une représentation équilibrée de espèces, tandis qu’elle est en repli bouvière (Rhodeus amarus), grémille
toutes les tailles de cours d’eau. pour 17% d’entre elles. Gymnocephalus cernuus…).

16 17
a

Quels facteurs national. Pour les espèces qui ap-


explicatifs ? paraissent en déclin, différentes
hypothèses explicatives peuvent
L’interprétation de ces tendances être émises. Le cas de l’anguille
reste complexe. L’étude a par est le mieux documenté (voir sec-
© Graphies - Onema
exemple cherché à relier les évo- tion 4.3) : cette espèce migratrice
lutions constatées au changement subit simultanément l’impact des
climatique, dont certains travaux ouvrages qui entravent ses dépla-
antérieurs ont montré qu’il favo- cements, la surpêche et l’altération
risait globalement, aux latitudes de ses habitats. Dans le cas de la
tempérées, une augmentation de la brème, le repli observé pourrait être
Figure 4a et 4b.
Exemples de densité totale avec un avantage aux relié à la baisse concomitante de
cartographies petites espèces (Daufresne et al., l’eutrophisation des cours d’eau.
d’évolution
2009) et une augmentation de la La tanche subit vraisemblablement
Réalisation : A. Clavérolas - OIEau

des densités
Observation du silure glane spécifiques pour richesse spécifique avec un avan- la régression des bras morts et an-
Silure glane non observé
Tendance à la hausse
(a) le silure glane tage aux espèces d’eau tempérées nexes fluviales, qui sont parmi ses
Tendance à la baisse et (b) la truite
sur les espèces d’eau froide. habitats préférentiels. Les résultats
Significativité de l’observation commune.
0 50 100 km
Tendance non significative
Tendance significative
ont été publiés dans une revue in-
© ONEMA, 2012
Mais dans le cadre de l’étude pré- ternationale (Poulet et al., 2011) et
© Graphies - Onema
b sente, aucune corrélation nette n’a sont accessibles en français dans
pu être mise en évidence entre les la collection « Les synthèses eau-
tendances observées pour chaque france » (http://www.onema.fr/col-
espèce et leur température de lection-les-syntheses-eaufrance).
reproduction. Des mécanismes
d’adaptation pourraient expliquer Cette étude, objet d’un vif intérêt
certaines évolutions locales. Le lors du séminaire, pâtit bien sûr à ce
signal est de surcroît brouillé par stade de certaines limites. En par-
les repeuplements, dans le cas ticulier, elle ne permet pas de dé-
par exemple de l’ombre (Thymallus gager de tendances significatives
thymallus), du brochet ou de la pour les espèces les plus rares et
truite commune. Mais les efforts souvent les plus menacées comme
entrepris depuis trente ans pour le révèle l’UICN (voir section 1.1)
maîtriser et améliorer la qualité de – à l’image de la loche d’étang ou
l’eau – notamment par la réduction de l’esturgeon européen, pour les-
Réalisation : A. Clavérolas - OIEau

Observation de la truite commune


des pollutions organiques et des quels très peu de données sont
Truite commune non observée
Tendance à la hausse
rejets de phosphate – constituent très disponibles. Dans d’autres cas,
Tendance à la baisse
probablement un facteur-clé des comme celui du saumon atlan-
Significativité de l’observation
Tendance non significative signes d’embellie perçus au niveau tique, les données ne permettent
0 50 100 km Tendance significative
© ONEMA, 2012

18 19
pas de caractériser le déclin d’une : les tendances devront notamment paramètres climatiques et hydrolo- chez le saumon, la diminution de la
espèce car celui-ci est antérieur à être étudiées à différentes échelles giques. Les résultats, présentés taille moyenne est liée à la diminu-
la période étudiée (voir Éclairage - spatiales (cours d’eau, bassin ver- lors du séminaire (Gilles Euzenat, tion intrinsèque de la taille à un «âge
L’apport des documents historiques sant...), et complétées lorsque c’est Françoise Fournel, Onema), four- de mer» donné. Cette baisse de la
pour comprendre la biodiversité). possible par l’apport de données nissent un tableau très précis de la taille, et du poids, représente une
Des perspectives de recherche sont historiques et une meilleure prise en démographie locale de ces salmo- perte de 18 % de la biomasse des
proposées pour poursuivre l’analyse compte des effets du repeuplement. nidés migrateurs. Sur la Bresle, les reproducteurs à effectif constant.
deux espèces sont assez voisines : D’autres évolutions, mises en évi-
cycle biologique court de 3-4 ans, dence par les suivis scientifiques,
1.3 - Suivis locaux : un éclairage précieux gabarits adultes similaires : 55 cm - confirment une perturbation de la
2,4 kg pour la truite, 66 cm - dynamique des deux populations
L’existence de suivis approfondis, 2,9 kg pour le saumon. Les effec- sur la période étudiée : croissance
menés parfois depuis plusieurs tifs de truite (adultes) sont onze accélérée en rivière, décélérée en
décennies sur un écosystème ou fois supérieurs à ceux du saumon : mer, maturation précoce, surmorta-
une population piscicole particu- 1 640 contre 148 en moyenne sur la lité juvénile en mer pour le saumon,
liers, constitue un apport précieux période. Dans les deux cas, les suivis surmortalité post-fraie pour la truite,
pour appuyer l’évaluation globale révèlent des évolutions marquées : décalage marqué des périodes
et relier les évolutions constatées les effectifs de truite sont significa- de migration… Ces signaux forts
dans les peuplements à des pres- tivement plus élevés depuis 1997 témoignent d’un dérèglement/ajus-
sions ou à des facteurs environne- qu’ils ne l’étaient dans la période tement de l’écologie des espèces
mentaux. Deux de ces études au précédente ; quant à ceux du sau- en réaction aux modifications de
long cours ont été présentées lors mon, ils sont revenus aux niveaux l’environnement.
du séminaire, et font l’objet de cette initiaux après une nette dépression
section. entre 1993 et 2004, liée à une sur- Le suivi année par année des taux
mortalité marine. de survie des deux espèces, en ri-
Truites de mer et vière et en mer, montre lui aussi des
saumons de la Bresle : La taille moyenne des adultes évolutions temporelles marquées,
deux populations suivies à connaît une diminution continue et des divergences entre les deux
la loupe depuis 30 ans pour les deux espèces. En trente espèces. L’analyse de ces résultats
ans, la longueur des truites est à l’aune des facteurs climatiques

© Bernard Chevassus-au-Louis
Les populations de truites de mer passée de 57 à 53 cm, tandis que livre quelques constats. En particu-
© N. Poulet - Onema

et de saumons atlantiques de la celle des saumons baissait de 68 à lier, chez le saumon, on peut établir
Bresle, fleuve côtier picard, font 63 cm. Les raisons divergent : une corrélation négative entre le
l’objet depuis 1982 d’un suivi systé- chez la truite, cette diminution de taux de survie en rivière et la plu-
matique de l’Onema (et auparavant la taille est essentiellement liée à viométrie à l’émergence des alevins
du Conseil supérieur de la pêche) : un rajeunissement de la structure en mars, les valeurs de survie les
effectifs, taille, poids, taux de survie d’âge, la taille restant stable pour plus élevées correspondant toutes
en mer et en rivière – en lien avec les un même «âge de mer». A contrario, à des cumuls mensuels inférieurs à
Prélèvement d’écailles sur un saumon atlantique
20 dans le cadre du suivi à long terme des salmonidés 21
migrateurs sur la Bresle
60 mm (Figure 5). Ce ne sont bien ils sont très précieux pour fonder
sûr pas les précipitations qui inter- les mesures de leur gestion et res-
viennent en tant que telles, mais tauration, in situ et par transfert sur
le ruissellement agricole et urbain d’autres bassins. Ils sont le fruit d’un
qu’elles induisent, associé à la travail au long cours, à la fois quoti-
charge solide, néfaste à la survie dien et sur la durée, qui seul, donne
précoce. Aucune relation de ce type le recul nécessaire à l’expertise et
n’est mise en évidence chez la truite l’évaluation, faisant le lien entre le
de mer, le très faible taux de survie biologique et l’environnemental,
biologique – intrinsèque ou dû à essayant de distinguer l’interne de
un potentiel reproducteur très en l’externe, le naturel de l’anthropique.
excès par rapport à l’habitat dispo- La Bresle, avec la Station Onema de
nible – écrasant l’éventuel impact Eu, joue ainsi pleinement son rôle

© D. Gerdeaux - Inra
environnemental. de rivière-index au plan national et
international.
Ces faits et chiffres sur la démo-
graphie de la truite de mer et du
saumon, sont rares et uniques pour
certains. Contribution importante à
la connaissance des deux espèces,
Le lac Léman : une mer intérieure

Figure 5. Survie du saumon en rivière et pluie à l’émergence.

Léman, Annecy : prélèvements de phytoplancton


deux écosystèmes suivis à jusque 50 m de profondeur et me-
la loupe sure de chlorophylle a ; échantillon-
nage du zooplancton au filet jusque
Un dispositif de suivi intensif est 50 m, identification des espèces
déployé sans interruption depuis et comptage. Les peuplements
1974 sur le lac Léman, et étendu piscicoles sont également suivis
depuis 1986 au lac d’Annecy. La systématiquement depuis 1986
Commission Internationale de Pro- par bancarisation des statistiques
tection des Eaux du Léman (CIPEL) journalières de la pêche profession-
réalise des échantillonnages une ou nelle, ce qui permet le suivi de la
deux fois par mois : relevé des para- dynamique des populations à inté-
mètres physico-chimiques (tempé- rêt halieutique.
rature, pH, concentrations en ni-
trate et phosphate...) à différentes Cet ensemble de données sans
profondeurs, du fond à la surface ; équivalent en France alimente des
22 23
analyses intégrées de la dynamique le Léman ces dernières décennies a phosphate et les évolutions dans gistrer le signal faible du change-
actuelle de ces deux écosystèmes, été la concentration en phosphore leurs communautés biologiques res- ment climatique. La température
de leur biodiversité et de leurs ré- des eaux du lac. Celui-ci a subi une pectives, des assemblages de phy- moyenne cinq mètres sous la sur-
ponses respectives au changement forte eutrophisation, le phosphore toplancton aux populations pis- face a connu une élévation d’environ
global, qui ont fait l’objet de nom- total passant de 20 µgP/L au début cicoles. L’autre facteur essentiel 1,5° C depuis 40 ans. Cet échauffe-
breuses publications. Ces deux lacs des années 1960 à 90 µgP/L au qui concourt à ces évolutions est ment se traduit par des évolutions
périalpins, situés sur un substrat début des années 1980 (Figure 6). l’élévation de la température, avec importantes pour l’écosystème :
calcaire, connaissent des évolu- Depuis, il connaît une réoligotro- là encore des situations distinctes stratification thermique plus précoce
tions distinctes du fait notamment phisation marquée, sous l’effet de d’un plan d’eau à l’autre. Le lac dans l’année et moindre oxygénation
de leurs tailles très différentes : décisions politiques : déphosphata- d’Annecy ne possède pas l’inertie des couches profondes. Ces phéno-
582 km2 et une profondeur moyenne tion dans les stations d’épuration à thermique suffisante pour enregistrer mènes impactent en cascade toutes
de 152,7 m pour le Léman, contre partir de 1973, interdiction du phos- l’accroissement de la température les composantes de l’écosystème
27 km2 et 41,5 m en moyenne pour le phate dans les lessives en 1987 en induit par le changement climatique : lémanique. L’analyse de ces évolu-
lac d’Annecy. Tous deux présentent Suisse, puis en 2007 en France. Au un hiver froid suffit à « réinitialiser » tions (D. Gerdeaux, INRA), objet d’un
une stratification thermique estivale lac d’Annecy, la concentration totale sa température hivernale la plus exposé détaillé lors du séminaire, est
stable et ne gèlent jamais en hiver ; le en phosphore n’a jamais dépassé basse aux alentours de 4°C. A présentée dans «Eclairage sur le lac
milieu lémanique est de type méso- 20 µgP/L depuis 1988, dans un contrario, la grande profondeur Léman» en fin de chapitre 3.
trophe (moyennement riche en élé- contexte de protection précoce du du lac Léman lui permet d’enre-
ments nutritifs), tandis que son voi- plan d’eau.
sin savoyard est plutôt oligotrophe
(plus pauvre en éléments nutritifs). Le suivi sur le long terme mené sur Protection de roselière dans le port de Sévrier sur le lac d’Annecy

Outre le réchauffement, le facteur de les deux lacs a permis d’étudier les


changement le plus important pour relations entre la concentration en

Figure 6. Évolution de la concentration en phosphore (P) des eaux du Léman depuis 1955
(STEP : station d’épuration).

© D. Gerdeaux - Inra
24 25
Eclairage
Au Léman, sur la Bresle et ailleurs, ces logiques. Leur maintien dans la
(trop rares) programmes de suivi au durée n’est pourtant pas assuré : Taxonomie : de quelles espèces parle-t-on ?
long cours constituent de véritables des financements peuvent être inter-
Pour comprendre la biodiversité, il faut d’abord savoir identifier, classer et
observatoires locaux de la biodiversi- rompus ou réaffectés, et le départ de
nommer les différents organismes vivants qui composent les écosystèmes.
té aquatique : ils livrent des connais- quelques chercheurs moteurs suffit C’est l’objet de la taxonomie : depuis 250 ans cette discipline a permis de
sances précieuses pour éclairer parfois à fragiliser toute la démarche. décrire plus de 1,7 millions d’espèces, en utilisant essentiellement des cri-
l’état des lieux national, appréhender La nécessité de pérenniser ces pro- tères morphologiques, anatomiques et éthologiques. Mais la taxonomie n’est
ses évolutions dans le contexte du grammes a fait l’objet d’un large pas une science figée, et de nouveaux outils ont été mis en œuvre dans les
changement global, et identifier les consensus lors du séminaire, chez dernières décennies : microscopie électronique, morphométrie, génétique
moléculaire. Ainsi une nouvelle approche de la taxonomie dite «intégrative»
mesures de gestion qui permettent les scientifiques comme chez les
vise à délimiter les taxons en examinant cinq perspectives complémentaires
la restauration des équilibres éco- gestionnaires. – ADN, géographie, morphologie, écologie, reproduction. Une espèce est
«validée» lorsqu’elle présente une congruence pour au moins deux de ces
perspectives.
Cette méthode peut conduire à des révisions significatives de la classifica-
Les suivis piscicoles sur le long terme sont un outil précieux tant pour les chercheurs que pour les tion, comme l’ont montré les travaux menés sur différents poissons d’eau
gestionnaires
douce présents en France : le chevesne, la vandoise, le goujon, le chabot et le
vairon (Gaël Denys, MNHN ; Vincent Dubut, Université d’Aix-Marseille). Dans
le cas du goujon, par exemple, seule l’espèce Gobio gobio était identifiée en
France (Keith & Allardi, 2001). Mais une étude sur critères morphologiques
(Kottelat & Persat, 2005) a suggéré qu’il existait en réalité quatre espèces dis-
tinctes. Dans une approche de taxonomie intégrative, le MNHN a confronté
ces résultats avec l’analyse du marqueur mitochondrial COI des spécimens.
Cette approche moléculaire a permis de confirmer trois des espèces propo-
sées : la taxonomie distingue désormais, en France, les goujons Gobio gobio,
Gobio lozanoi et Gobio occitaniae. La même méthode a validé l’existence de
deux espèces de vandoise et deux espèces de chevesne (contre une aupa-
ravant), tandis que huit espèces de chabot (contre deux auparavant) sont en
cours de validation (voir Keith et al., 2011).
Le cas du vairon est également étonnant. Alors qu’une espèce (Keith &
Allardi 2001) puis deux autres avaient été décrites en France (Kottelat, 2007),
une étude génétique utilisant différents marqueurs moléculaires a été menée
avec l’appui de l’Onema sur 600 individus issus de 28 populations dans neuf
régions hydrogéographiques. Les résultats montrent une très forte structura-
tion génétique des populations par bassin géographique, et un faible impact
des translocations. Au final, l’étude a entériné les trois espèces nominales de
Kottelat 2007, mais aussi identifié six espèces complémentaires qui restent à
© C. Roussel - Onema

valider par un autre critère.

© G. Denys - MNHN
Goujon de l’Adour Goujon occitan Goujon commun

26 27
2 Des outils novateurs
pour la connaissance
Partie
et la gestion
À la faveur de la mise en œuvre des
politiques européennes, DCE et Directive
Habitats – Faune - Flore en tête, un ensemble
de méthodes opérationnelles sont dévelop-
pées en France pour mieux comprendre les
évolutions de la biodiversité aquatique et
appuyer les actions de gestion.

De nouveaux outils apparaissent à la faveur


des (r)évolutions technologiques alors que
d’autres émergent grâce à l’accumulation
de données et de connaissances issues de
décennies de recherche en écologie et d’in-
ventaires naturalistes.

De la méthode de l’ADN environnemental


pour les inventaires en rivière aux nouvelles
approches d’évaluation intégrée de la
biodiversité, cette seconde partie présente
quelques outils innovants qui permettront
demain aux gestionnaires d’œuvrer plus
efficacement au service de la préservation
et de la restauration des milieux aquatiques.
© C. Vivian

28 29
2.1 – Inventaires in situ : l’apport de l’ADN environnemental La pêche était réalisée sur le cours de références. Dans le cas inverse,
d’eau selon le protocole standardisé plusieurs hypothèses peuvent expli-
utilisé dans le cadre de la DCE. Pour quer la différence :
Pour réaliser des inventaires faunis- puis identifiés au moyen d’une base de
l’ADNe, 50 litres d’eau étaient prélevés • le signal n’est pas significatif (c.-à-
tiques ou floristiques dans les milieux référence. En France, cette méthode
sur chaque site. Au total, 31 espèces d. assimilable à un «bruit de fond») et
aquatiques, les gestionnaires de l’eau a été testée à partir de 2011 pour les
ont été détectées par la pêche, contre l’espèce devrait plutôt être considérée
utilisent aujourd’hui des méthodes inventaires piscicoles en cours d’eau.
26 pour l’ADNe (Figure 8). comme absente ;
éprouvées : prélèvements au filet ou Une base de références génétiques a
Des disparités plus ou moins impor- • l’espèce peut avoir été présente sur
à la bouteille pour les communautés été constituée (par le LECA et la socié-
tantes étaient observées selon les sta- la station sans avoir été pêchée (es-
planctoniques, échantillonnages dans té SPYGEN avec l’appui de l’Onema
tions, certaines espèces étant parfois pèces rares, notamment dans le cas
les sédiments pour les invertébrés et la contribution de différents acteurs
détectées par une des deux méthodes des pêches partielles) ;
benthiques, pêche électrique pour dont le MNHN, Irstea, le Conapped, la
uniquement. Ces écarts peuvent pro- • l’espèce peut être présente sur la
les communautés piscicoles... Mais Tour du Valat… ) après séquençage du
venir de différents biais. Dans le cas station à certaines périodes unique-
ces techniques impliquent souvent génome de 95 espèces de poissons.
où l’ADNe n’a pas détecté une espèce ment (or les pêches et les prélève-
des coûts importants en temps et en Une première étude comparative a été
dont la présence dans la rivière a été ments ont eu lieu avec plusieurs se-
personnel, et toutes présentent des menée sur six sites où étaient prati-
confirmée lors de la pêche, le pro- maines de décalage) ;
limites. L’identification des taxons en qués en parallèle des pêches élec-
blème peut venir de l’échantillonnage • l’espèce peut être présente sur des
laboratoire, dans le cas des inverté- triques et des inventaires par ADNe.
(l’ADN de l’espèce n’était pas présent secteurs en amont (les fragments
brés ou des diatomées, est également
dans le volume d’eau prélevé), d’un d’ADN pouvant persister pendant un
longue et coûteuse.
L’eau est pompée puis filtrée afin de récupérer les défaut d’amplification du fragment certain temps dans le courant).
Avec l’essor de la bioinformatique, les cellules de poissons contenant l’ADN
d’ADN par les amorces ou de la base
approches basées sur l’identification
de l’ADN ouvrent des pistes promet- Figure 8. Fréquence de détection par espèce par l’ADN environnemental et/ou
par pêche électrique
teuses, en complément ou en subs-
titution aux techniques actuelles. La
méthode de l’ADN environnemental
(ADNe), présentée lors du séminaire
(C. Miaud, École pratique des hautes
études), suscite un intérêt croissant
parmi les scientifiques et gestionnaires
de l’eau.
Le principe est simple : après prélève-
ment d’un échantillon environnemen-
tal dans le milieu (un certain volume
d’eau de la rivière par exemple), les
fragments d’ADN qui s’y trouvent sont
© Spygen

«amplifiés» au moyen d’amorces uni-


verselles (plantes, mammifères, pois-
sons...). Ils sont ensuite séquencés
30 31
En l’état, ces premiers résultats biomasse de l’espèce dans la masse préciser les critères d’une telle éva- restreint de l’étendue de l’écosys-
confirment cependant l’intérêt de d’eau est hors de portée... pour le luation, cette approche innovante a tème (B), dégradation de l’environ-
l’ADNe comme outil complémentaire moment. Les équipes travaillent à été présentée en 2012 au Congrès nement abiotique (C), perturbation
à la pêche électrique (l’ADNe ne per- la détermination de seuils d’inter- mondial de la nature de Jeju des interactions biotiques (D), ana-
met pas d’avoir accès à la structure prétation et à l’optimisation des mé- (Corée du Sud). Huit catégories ont lyse quantitative (E). Pour chacun
en taille, ni pour l’instant à des estima- thodes d’analyse du signal obtenu, été définies pour les écosystèmes, de ces critères, le statut découle
tions d’abondance ou de biomasse), qui doivent notamment permettre de sur le modèle de celles existantes d’une grille d’analyse précise. Ainsi
en particulier dans le cas des grandes mieux appréhender la distance de pour les espèces : effondré (CO), le critère de réduction de la réparti-
rivières, d’autant qu’elle présente détection des espèces. Une autre en danger critique d’effondrement tion spatiale intègre-t-il la réduction
l’avantage de pouvoir inventorier perspective d’évolution concerne le (CR), en danger d’effondrement enregistrée depuis 1750, celle enre-
plusieurs communautés aquatiques développement de systèmes de pré- (EN), vulnérable (VU), quasi-menacé gistrée au cours des 50 dernières
avec un seul échantillonnage (poten- lèvement plus intégrateurs, en tra- (NT), faible inquiétude (LC), don- années et celle attendue au cours
tiellement amphibiens, mammifères vaillant par exemple sur des volumes nées insuffisantes (DD), non évalué des 50 prochaines.
aquatiques, invertébrés, etc.). Mais la d’échantillon plus importants, afin (NE). Le statut global d’un écosys-
méthode doit encore être améliorée notamment de mieux détecter les tème correspond au statut le plus Pour la France, les premières études
pour pouvoir être utilisée en routine, espèces rares ou à faible densité. Ces pessimiste obtenu pour l’un des de cas, présentées lors du sémi-
par exemple dans le cadre de la mise points doivent faire l’objet de projets cinq critères retenus : réduction de naire (A. Carré, UICN France), ont
en œuvre de réseaux de surveillance. portés par l’Onema en partenariat la répartition spatiale (A), caractère été menées sur les lagunes méditer-
L’objectif d’une relation fiable entre avec le LECA, SPYGEN et Irstea.
l’ADN identifié dans l’échantillon et la

Le lac du Sanguinet dans les Landes : un milieu considéré «en danger» par l’UICN
2.2 – Suivi et évaluation : vers une approche intégrée de la
biodiversité
La connaissance du nombre et de versité s’impose depuis plusieurs
la densité des espèces présentes années comme une tendance de
ne suffit pas pour appréhender la fond pour les stratégies actuelles
biodiversité d’un territoire. Celle-ci d’évaluation.
comprend classiquement trois com-
posantes : à la diversité spécifique UICN : quelle évaluation
s’ajoutent la diversité génétique pour les écosystèmes ?
pour une espèce donnée, et la di-
versité des écosystèmes présents L’UICN a lancé en 2008 la mise au © A. Dutartre - Irstea
sur le territoire. En complément aux point d’une méthodologie pour bâ-
approches basées sur les inven- tir, en parallèle à sa Liste rouge des
taires floristiques et faunistiques, le espèces menacées, une Liste rouge
développement d’outils permettant des écosystèmes. Après plusieurs
une approche intégrée de la biodi- ateliers organisés en 2011 pour
32 33
ranéennes, les lacs et étangs du lit- Cet outil intégratif, qui offre un cadre Vers des indicateurs de cours d’eau et le suivi de leur res-
toral aquitain, la zone intertidale des de référence pour surveiller l’évolu- fonctionnement des tauration (J-M. Baudouin, Onema,
marais atlantiques et le bassin d’Ar- tion de la biodiversité sous l’angle écosystèmes G. Tixier, Université de Metz). Un
cachon. Ce dernier, par exemple, a «écosystèmes», sera progressive- premier protocole testé consistait à
été classé dans la catégorie «vulné- ment déployé à l’échelle mondiale Le fonctionnement des milieux suivre la cinétique de décomposition
rable» en raison des résultats obte- par l’UICN, à l’instar de l’évaluation aquatiques résulte d’un grand de la matière organique particulaire.
nus pour le critère C (contamination menée pour les espèces. Comme nombre d’interactions entre les Une solution efficace a été mise
et eutrophisation dues aux concen- cette dernière, il présente un grand communautés vivantes, et avec en œuvre, utilisant comme subs-
trations en métaux lourds, HAP et intérêt opérationnel pour la gestion : leur environnement abiotique. trat standardisé des bandelettes de
pesticides) et le critère D (régression l’évaluation permet d’identifier les Cette complexité rend difficile et coton. La valeur retenue pour quan-
d’une espèce-clé de l’écosystème, écosystèmes les plus menacés et coûteuse la réalisation de dia- tifier leur état de décomposition en
la zostère). Les lacs et étangs du les pressions qui doivent faire l’objet gnostics fiables «en routine», par fonction du temps d’exposition est
littoral aquitain sont quant à eux de mesures prioritaires. Elle contri- exemple dans le cadre des suivis la «charge d’arrachage» mécanique
considérés comme «en danger» au bue ainsi à orienter et appuyer les réguliers qu’impose l’évaluation (Tiegs et al., 2007). Le dispositif est
regard du critère D, en raison du politiques et les stratégies d’action des trajectoires écologiques des testé en 2012 sur six cours d’eau
développement rapide de végétaux dans une optique de conservation écosystèmes restaurés. Objet d’un pilotes en Lorraine, avec des temps
invasifs. et de restauration de la biodiversité. nombre croissant de travaux, le d’exposition de 10 et 32 jours. Les
développement d’indicateur dits premiers résultats montrent une al-
«fonctionnels» vise à intégrer cette tération drastique du processus de
complexité par la mesure d’un recyclage de la matière organique,
La vitesse de décomposition de la litière renseigne sur le bon fonctionnement de l’écosystème
signal simple, mais révélateur du à temps d’immersion égal, selon
fonctionnement – bon ou mauvais – les pressions anthropiques (agricul-
des interactions fondamentales au ture intensive, artificialisation du lit
sein d’un milieu. des cours d’eau et urbanisation des
rives...) qui s’exercent sur les rivières.
En France, le développement de
tels outils fait l’objet d’un effort Les autres projets en cours ex-
partenarial porté notamment par plorent différentes pistes pour
l’Onema. Un ensemble de six pro- suivre l’efficacité d’actions de res-
jets de recherche a été lancé pour tauration, de la standardisation des
la période 2012-2015. Le premier méthodes de suivi de la décom-
d’entre eux vise au développement position des litières de feuilles
d’un indicateur basé sur la mesure mortes, à l’apport des méthodes
isotopiques pour évaluer l’état des
© M. Bramard - Onema

de processus écologiques indis-


pensables comme le recyclage de réseaux trophiques, en passant par
la matière organique ou l’épura- le développement d’indicateurs de
tion des nutriments, pour l’évalua- la capacité auto-épuratrice des sé-
tion de la qualité écologique des diments du lit des cours d’eau.
34 35
perturbation intentionnelle, natura- de cette politique de protection – et
lisation, etc. Selon ces espèces, la en particulier le traitement des de-
protection s’applique également à mandes de dérogation aux interdic-
© N. Poulet - Onema

leurs «milieux particuliers», dont les tions précitées – est souvent déli-
sites de reproduction, aires de repos cate. Elle soulève de nombreuses
et corridors de déplacement. Ces questions, dont : quels sont les
interdictions s’appliquent aussi long- «milieux particuliers» à ces espèces ?
temps que les milieux particuliers Quel est l’état de conservation des
sont utilisables au cours des cycles populations concernées au droit
de reproduction ou de repos de l’es- du projet et comment l’évaluer ?
La cistude d’Europe (Emys orbicularis) est une espèce protégée par les réglementations nationale
(arrêté du 19 novembre 2007) et européenne (Annexes II et IV de la Directive Habitat Faune Flore) pèce, et ce dès que les altérations En quoi le projet affecte-il l’accom-
induites par un projet remettent en plissement des différentes phases
Ces outils pourraient fournir un parle alors d’indicateurs précoces. cause «le bon accomplissement des de leurs cycles biologiques ? Etc.
complément idéal aux indicateurs Adaptés à un suivi standardisé, ils cycles biologiques de l’espèce». Si Pour assister les acteurs locaux, le
«classiques» (les bioindicateurs offrent également une valeur d’en- les exigences liées à un projet donné Ministère chargé du développement
basés sur la composition d’une trée pertinente pour les évaluations l’imposent, il est toutefois possible durable, l’Onema et le Muséum na-
communauté biologique donnée économiques et l’analyse chiffrée de déroger à ces interdictions (sous tional d’Histoire Naturelle (V. de Billy,
par exemple) : replaçant le fonc- des services écosystémiques. Enfin conditions) ; des mesures de com- Onema, R. Puissauve, MNHN) ont
tionnement des écosystèmes au ces indicateurs peuvent aider à la pensation ou d’atténuation doivent lancé en 2011 la réalisation de fiches
centre de l’analyse, ils présentent quantification des fonctionnalités alors être proposées. de synthèse bibliographique de la
en outre l’intérêt de détecter rapide- écologiques, au cœur des enjeux connaissance scientifique acquise
ment la réponse d’un écosystème de compensation des impacts à Pour les acteurs locaux et les ser- sur 105 espèces protégées inféodées
après la levée d’une pression – on l’environnement. vices instructeurs, la mise en œuvre aux milieux aquatiques (figure 9).

2.3 - Espèces aquatiques protégées : des fiches


opérationnelles pour les gestionnaires

Les directives européennes «Oiseaux» En France, ces dispositions ont été

© Bernard Chevassus-au-Louis
(1979) et «Habitats Faune Flore» retranscrites dans le Code de l’envi-
(1992), piliers de la politique com- ronnement via notamment l’article
munautaire en matière de biodiver- L.411-1 qui indique, pour les es-
sité, ont donné aux États membres pèces animales protégées au niveau Figure 9.
l’objectif de «maintenir ou restaurer national, que toute forme d’atteinte Les fiches de
synthèse des
dans un état de conservation favo- aux individus est strictement inter- connaissances
rable» les espèces de faune et de dite : destruction ou enlèvement sur les espèces
protégées : un
flore d’intérêt communautaire ins- des œufs ou des nids, mutilation,
véritable outil
crites en annexe II. destruction, capture ou enlèvement, de gestion.
36 © Renaud Puissauve 37
Eclairage
Conçues comme un véritable outil de Saluée par de nombreux gestion-
gestion, ces fiches apportent, selon naires présents lors du séminaire, Les mésocosmes : des outils pour comprendre la biodiversité aquatique
un format standardisé, l’ensemble des la réalisation de l’ensemble de ces
À l’heure du changement global, la compréhension in situ des mécanismes
informations nécessaires à la mise fiches est une action au long cours.
qui régissent la biodiversité aquatique reste un défi scientifique du fait de la
en œuvre des mesures de protec- Après la rédaction de six fiches en complexité des écosystèmes. En complément aux connaissances acquises
tion concernant une espèce donnée : 2011, puis de vingt-cinq autres en sur le terrain, la mise en œuvre de mésocosmes constitue une approche
répartition en France, statut régle- 2012, vingt nouvelles espèces sont expérimentale pertinente pour les chercheurs et les gestionnaires. Définis
mentaire, état de conservation selon en cours de traitement en 2013. comme des «systèmes artificiels placés dans des conditions environnemen-
l’UICN, description des habitats par- Ces ressources sont disponibles tales naturelles, et possédant suffisamment de complexité et de stabilité pour
être autosuffisants» (Caquet et al., 1996), ils sont utilisés depuis les années
ticuliers (avec renvois typologiques), en ligne sur le site l’Onema (http://
1970 en écologie et en écotoxicologie. Leur volume varie le plus souvent
éléments biologiques et physico- www.onema.fr/Especes-aquatiques- de quelques centaines de litres à quelques centaines de mètres cubes pour
chimiques, alimentation, périodes de protegees) et sur celui de l’INPN des durées d’expérience allant de quelques semaines à quelques mois. Inter-
reproduction et phénologie... Chaque (http://inpn.mnhn.fr/actualites/lire/ médiaires entre les systèmes de laboratoire et les écosystèmes naturels, les
fiche suggère également des moyens 1781/mise-en-ligne-de-fiches-de- mésocosmes offrent une prise en compte simultanée de différents niveaux
trophiques, la possibilité d’échantillonner les mêmes populations au cours
pour éviter ou réduire les impacts synthese-sur-les-especes-aquatiques-
du temps, la capacité de répliquer les traitements et de générer des plans
de divers projets sur l’espèce. Elles protegees). factoriels complexes. En contrepartie, ils souffrent parfois d’un faible rapport
sont d’abord réalisées par le MNHN signal/bruit et d’un réalisme écologique limité. Leur mise en œuvre doit être
(R. Puissauve) puis validée par des envisagée en recherchant, selon le problème posé, le meilleur compromis
experts de l’espèce en question. entre la taille des mésocosmes et leur nombre. L’Onema a publié en 2010
dans la collection «Rencontres-synthèses» un ouvrage sur le sujet (Les méso-
cosmes - Des outils pour les gestionnaires de la qualité des milieux aqua-
Figure 10. Représentation schématique de la plateforme PLANAQUA, avec ses
lacs artificiels et ses mésocosmes, sur le site du CEREEP-Ecotron IleDeFrance tiques ?). L’intérêt de disposer également de dispositifs expérimentaux répli-
(image non contractuelle). qués de plus grandes dimensions (plusieurs centaines de m3) a été souligné
lors du séminaire (G. Lacroix, CNRS). De tels systèmes, plus représentatifs
de la complexité spatiale des milieux naturels et abritant des communau-
tés écologiques complexes, permettraient un couplage plus direct entre les
questions fondamentales des scientifiques et les demandes émanant de la
société en termes de gestion des milieux et de la qualité des eaux. En France,
la plateforme Planaqua (« Plateforme expérimentale Nationale d’écologie
aquatique ») offrira bientôt aux scientifiques et aux gestionnaires un ensemble
de dispositifs expérimentaux à différentes échelles (Figure 10). Financé à par-
© CEREEP-Ecotron IleDeFrance

tir de 2011 dans le cadre de l’appel d’offres Equipex, le projet est implanté
au sein du CEREEP – Ecotron IleDeFrance (http://www.foljuif.ens.fr). Il prévoit
la fourniture d’ici 2014 et 2015 de microcosmes et bioréacteurs de quelques
décilitres à une dizaine de litres pour des expérimentations sur les commu-
nautés microbiennes et planctoniques ; de mésocosmes de quelques m3 à
quelques dizaines de m3 avec un fort contrôle des gradients thermiques et du
mélange des eaux ; enfin la construction d’un ensemble de 16 lacs artificiels
fortement instrumentés de 700 m3 chacun (aussi appelés «macrocosmes»)
pour l’étude de communautés complexes, intégrant jusqu’aux poissons car-
nivores en sommet de chaîne.

38 39
3 Le changement climatique :
impacts et adaptation
Partie

En France, la température moyenne de l’air


a connu une augmentation de l’ordre de
1°C depuis 1910. Il est désormais acquis
(Quatrième rapport du GIEC, 2007) que les
perturbations du système climatique obser-
vées à l’échelle globale ont pour principal
moteur l’augmentation des concentrations
atmosphériques de gaz à effet de serre
(GES) résultant des activités humaines. Il
est également admis que ce changement
climatique va se poursuivre et s’amplifier au
cours du XXIe siècle, dans des proportions
qui dépendent de l’évolution future des
émissions anthropiques de GES. L’étude de
ses impacts – présents et à venir – sur les
milieux aquatiques fait l’objet d’un important
effort de recherche en France, sous l’impul-
sion notamment du programme (Gestion et
impacts du changement climatique (GICC)
du ministère en charge du développement
durable et de l’Onema.

Certains de ces travaux sont synthétisés


dans l’ouvrage «Changement climatique :
impacts sur les milieux aquatiques et consé-
© M. Bramard - Onema

quences pour la gestion», paru en 2010


dans la collection «Rencontres-synthèses»
(http://www.onema.fr/collection-les-ren-
contres-syntheses). Le séminaire Biodiver-
sité aquatique 2012 a permis de présenter
plusieurs études complémentaires, qui font
l’objet de cette troisième partie.

40 41
3.1 – Peuplements piscicoles : des impacts déjà visibles ? des distributions de 32 espèces de Les résultats révèlent de fortes di-
poissons d’eau douce en présence- vergences selon les espèces. Par
absence, entre ces deux périodes, à exemple, la truite commune tend à
Le changement climatique constitue annoncent des modifications signi-
partir des inventaires piscicoles me- disparaître aux marges de sa distri-
une perturbation croissante pour les ficatives des aires de répartitions à
nés sur le réseau hydrographique. La bution initiale, tandis que le barbeau
milieux aquatiques. Entre 1978 et 2008, l’horizon 2100 (voir notamment
base de données retenue comporte méridional apparaît aux marges de la
le Rhône français a connu une éléva- section 3.2).
pour chaque période des échantillon- sienne (Figure 11). Quant au vairon, il
tion de température de 1°C à 2°C sur
nages réalisés sur plus de 3 500 sites. gagne des habitats au sein de toute sa
l’ensemble de son cours. Sur la Loire Mais de tels déplacements sont-ils
La comparaison des aires de réparti- distribution initiale.
moyenne, le réchauffement observé déjà visibles ? C’est ce qu’a essayé
tion permet de cartographier les modi-
entre 1977 et 2003 est compris entre de savoir, à l’échelle de la France
fications des distributions spécifiques.
1,5 et 2°C (Moatar & Gailhard, 2006). métropolitaine, une étude (L. Comte,
Univ. Toulouse III) basée sur les don-
Figure 11. Exemples de cartographie d’évolution de la répartition spatiale, pour la truite
Face à cette évolution, les espèces ani- nées issues de la BDMAP de l’Onema commune et le barbeau méridional. À gauche : habitat favorable pendant la période
males et végétales sont susceptibles (voir section 1.2) depuis 1980. L’ana- «froide» (1980-1992). Au centre : habitat favorable pendant la période «chaude» (2003-
d’adopter deux types de réponses : lyse des données météorologiques 2009). À droite : différence entre les deux. Les couleurs rouges indiquent un gain d’habi-
tat et les couleurs bleues une perte d’habitat.
le déplacement (pour conserver leur disponibles pour ces trois décennies
«niche climatique») et/ou l’adaptation permet de distinguer deux périodes :
aux nouvelles conditions locales. Des l’une «froide», de 1980 à 1992, l’autre Truite
observations récentes ont constaté «chaude, de 2003 à 2009. Entre ces
des processus de déplacement pour deux plages de temps, le réchauffe-
de nombreux groupes taxonomiques : ment de l’air pour une station donnée
chez les plantes (Lenoir et al., 2008), est en moyenne de 0,74°C. Il n’est
chez les oiseaux (Thomas & Lenon, bien sûr pas homogène sur le terri-
1999), chez les insectes (Wilson et al., toire, mais la très grande majorité des
2005) ou chez les petits mammifères stations a enregistré une hausse sen-
(Moritz et al., 2008). Pour les poissons, sible de la température. La méthode a
de nombreux travaux en modélisation alors consisté à modéliser l’évolution

La régression récente de la truite commune (Salmo trutta) pourrait être due - entre autres - au changement
climatique
Barbeau
méridional
© N. Poulet - Onema

42 43
Bien sûr, dans le contexte du chan- lai dans leur réponse : elles subissent atlantiques juvéniles dépend étroi- Figure 12. Effet de la température de l’eau sur la
gement global, ces constatations ne ainsi un réchauffement moins impor- tement de la température, selon une croissance journalières des juvéniles de saumon
atlantique (Salmo salar) (Bal et al. 2011 adapté
peuvent être attribuées au seul ac- tant que si elles avaient conservé leur courbe en cloche (Figure 12). de Mallet et al. 1999).
croissement des températures. L’ana- répartition initiale.
lyse de la répartition des espèces le Un nombre croissant de travaux
long du gradient d’altitude est néan- Bien qu’imparfaite – notamment en scientifiques vise depuis plusieurs Valeurs observées

100
moins un critère pertinent pour étudier raison de l’hypothèse qui assimile ré- décennies à prévoir les implications
les réponses au changement clima- chauffement de l’air et réchauffement futures du changement climatique
80
tique. L’étude a mis en évidence une de l’eau – cette étude livre des don- sur la biologie des poissons et leurs

Potentiel de croissance (%)


remontée en altitude pour la plupart nées précieuses en vue d’une analyse populations, en lien avec le déve-
des espèces. En moyenne, celle-ci plus fine des réponses de chaque loppement des outils de modélisa- 60

s’effectue à raison de 1,37 m par an – espèce : quels sont les déterminants tion numérique.
soit un rythme significativement plus biologiques et fonctionnels qui les 40

élevé que pour la moyenne des autres sous-tendent ? Dans quelle mesure Les migrateurs amphihalins, parti-
groupes taxonomiques (+0,61 m/ le changement de niche climatique culièrement affectés par le change- 20

an, d’après Parmesan & Yohe 2003). s’accompagne-t-il d’évolutions dans ment global – au point d’être, pour
Cette remontée en altitude des popu- les stratégies de reproduction, l’ali- plusieurs d’entre eux en France, 0
5 10 15 20
lations piscicoles n’apparaît cepen- mentation, la taille ? Plus largement, menacés d’extinction (voir section Température de l’eau (°C)

dant pas suffisamment rapide pour que peut-on en déduire quant aux ca- 1.1) – font l’objet d’une attention
compenser l’accroissement ther- pacités des espèces à faire face aux particulière. Dans le cadre du sémi-
mique et leur permettre de conserver changements climatiques futurs ? naire a été présenté (E. Rochard, Th.
leur niche climatique. Un tel constat Des éléments de réponse sont appor- Rougier, Irstea) un ensemble de re- et climatiques des 196 bassins ver-
peut s’interpréter en considérant que tés dans la section suivante pour les cherches françaises récentes visant sants étudiés, ainsi que les données
les espèces tendent à «suivre» leur poissons migrateurs amphihalins. à prévoir les évolutions possibles de historiques en présence/absence
niche climatique, avec un certain dé- leurs aires de répartition et la viabi- et en niveau d’abondance de vingt
lité de leurs populations à l’horizon espèces migratrices pour chaque
2100, pour 196 bassins versants bassin depuis 1900. Les modèles
3.2 – Cas des poissons migrateurs amphihalins :
européens. ont été appliqués pour les quatre
modélisation et projections familles de scénarios climatiques
Ces travaux ont utilisé deux ap- du GIEC.
Comme chez tous les animaux poï- des juvéniles, courbe de croissance, proches couplées : modélisation
kilothermes (à sang froid), la tempé- maturité sexuelle… Ainsi, chez à large échelle des enveloppes Les résultats diffèrent fortement
rature influence la plupart des pro- Alosa sapidissima, le nombre de re- bioclimatiques (Lassalle et al., d’un scénario à l’autre, et selon
cessus biologiques des poissons productions qu’un spécimen effectue Irstea) et évaluation statistique de la les espèces considérées. Dans le
(par ex. Ficke et al. 2007), leurs au cours de sa vie augmente très si- viabilité des populations à échelle cas du saumon, pour le scénario
histoires de vie et leurs traits de vie gnificativement dans les rivières les variable (Rougier et al., Irstea). La d’émission de gaz à effet de serre
(par ex. Bryant 2009) : bilan éner- plus septentrionales (Limburg et al., base de données initiale comprend A1Fi (le plus pessimiste), l’espèce
gétique, taux de survie des œufs et 2003). La croissance des saumons les caractéristiques géographiques disparaîtrait à l’horizon 2100 de la
44 45
Garonne, de l’Adour et des petits la figure 12 de la page précédente tuent déjà des éléments utiles pour d’abaisser la température de l’eau à
bassins bretons et normands (ainsi représente ces résultats dans le cas les gestionnaires. Les décisions et l’aval (Yates et al., 2008), modifient
que de la Péninsule ibérique et de du saumon atlantique. les investissements en vue de la localement les relations entre tem-
la plupart des bassins baltiques). sauvegarde d’une espèce donnée pérature de l’air et température de
Le scénario B1, le plus favorable, le Ces approches statistiques pâtissent doivent bénéficier des éléments dis- l’eau. L’amélioration de la connecti-
verrait se maintenir dans la Garonne bien sûr de certaines limites, et ne ponibles sur la viabilité à terme des vité entre masses d’eau donne aux
et dans la plupart des fleuves bre- doivent être considérées qu’à large populations dans le bassin concer- espèces plus de possibilités pour
tons. Les perspectives sont tout-à- échelle, en complément d’autres né. Des solutions existent toutefois ajuster leurs aires de répartition.
fait différentes pour le mulet porc, éléments. Elles ne prennent en pour atténuer les impacts du chan- Parmi les réflexions émergentes, la
qui conserverait tous ses habitats particulier pas en compte la dyna- gement climatique sur les migrateurs migration assistée, envisagée par
actuels en 2100 quel que soit le scé- mique de population des espèces, – et plus largement sur les poissons exemple pour le saumon chinook
nario, et ferait même son apparition ni les processus ou les obstacles qui d’eau douce. Le développement de (Holsman et al., 2012), suscite des
dans de nombreux bassins du Nord minorent leurs capacités de disper- la ripisylve, la suppression de seuils réactions très contrastées dans la
de l’Europe. Les divergences et sion - l’intégration de ces processus et de barrages, voire l’utilisation communauté scientifique.
convergences des projections selon aux modèles fait l’objet d’une thèse des grands barrages permettant
les scénarios climatiques peuvent en cours (Thibaud Rougier, Irstea).
être cartographiées par bassin : Mais les résultats présentés consti- 3.3 - Les processus microbiens : quelles réponses au
réchauffement ?
Le changement climatique est une menace supplémentaire pour la survie des populations de saumon
sur certains bassins français

Souvent centrées sur les communau- climatique, l’étude des effets du ré-
tés piscicoles, les macrophytes ou les chauffement de l’eau sur les écosys-
invertébrés, groupes emblématiques tèmes microbiens s’impose comme
qui concentrent la majorité des suivis, un enjeu de recherche majeur pour
les approches actuelles de la biodi- comprendre et anticiper les impacts à
versité aquatique n’accordent encore venir sur l’ensemble de la biodiversité
que peu d’attention aux communau- aquatique. Les approches mathéma-
tés microbiennes. À tort, tant leur rôle tiques et les analyses de laboratoire,
est important dans les mécanismes offrant de grandes possibilités de
qui structurent les milieux naturels. contrôle et de réplication, ne prennent
pas en compte la complexité des
Les communautés microbiennes re- interactions entre organismes micros-
© C. Pinel - Onema

présentent une diversité fonctionnelle copiques. Les mésocosmes (voir


capitale pour l’équilibre physico-chi- encadré en fin de chapitre précédent)
mique des écosystèmes, intervenant offrent un compromis intéressant
à toutes les étapes des cycles cou- entre réplicabilité et réalisme écolo-
plés du carbone, du phosphore et gique. Mais seules les études expéri-
de l’azote. À l’heure du changement mentales in situ permettent d’appré-
46 47
hender l’ensemble des paramètres qui d’eucaryotes ciliés, plus de 75 es- ces travaux novateurs posent beau- porelles (saisonnières, annuelles) sur
influent sur les communautés micro- pèces d’eucaryotes rotifères et plus coup de questions pour peu de ré- les flux d’azote entre le biofilm et la
biennes naturelles. de 50 espèces de diatomées. ponses. De quoi dépend la sensibilité masse d’eau ? Et quels seront les ef-
Chaque gramme de matière orga- thermique des communautés dénitri- fets induits par ces évolutions sur le
Une telle approche a été mise nique abrite aussi environ 1011 cel- fiantes ? Est-elle plutôt déterminée réseau trophique et sur les services
en œuvre (S. Boulêtreau, Ecolab, lules bactériennes. L’étude in situ a par leur histoire thermique, leur com- rendus par l’écosystème ? Une nou-
CNRS) pour les biofilms épilithiques consisté à comparer les évolutions position, leur biomasse ? Dans velle étude co-financée par l’Onema
(se développant sur les pierres) de la des structures des communautés quelle mesure le réchauffement sé- et EDF est actuellement en cours
Garonne, à Golfech. À l’interface de bactériennes dénitrifiantes, entre le lectionne-t-il les microorganismes ? pour tenter de répondre à certaines
la colonne d’eau et du substrat, ces milieu naturel (température moyenne Quelles sont les conséquences tem- de ces questions.
biofilms concentrent une grande va- 17°C) et un contexte de réchauffe-
riété d’espèces vivantes : on y trouve ment artificiel créé, quelques déca-
notamment plus de 100 espèces mètres plus loin, par la centrale 3.4 - Zones humides, vulnérabilité et adaptabilité
nucléaire de Golfech (température
Les biofilms en tant que producteurs primaires constituent moyenne 19,5°C). Les autres para-
un maillon essentiel dans le fonctionnement des rivières ; mètres environnementaux – hauteur Ecosystèmes riches d’une biodiver- L’un des premiers projets de re-
comprendre leur évolution en réponse au réchauffement
climatique s’avère donc crucial d’eau, vitesse de l’écoulement, sité remarquable mais particulière- cherche sur cette thématique a été
physico-chimie – étaient inchangés. ment vulnérables au changement mené dans le cadre du programme
Le temps d’incubation était de trois climatique, les zones humides (ZH) prospectif Explore 2070. Lancé en
semaines. En parallèle, des mesures font l’objet d’un traité de conserva- 2010 par le ministère en charge de
étaient réalisées en laboratoire, en tion à l’échelle internationale depuis l’écologie, celui-ci vise à l’élabora-
température contrôlée (1°C-12°C- la convention de Ramsar, en 1972, tion de stratégies d’adaptation face à
21°C-31°C), pour quantifier l’activité ratifié par la France en 1986. Ses l’évolution des hydrosystèmes et des
dénitrifiante, la respiration et la résolutions appellent notamment les milieux côtiers à l’horizon 2050-2070.
production primaire de différentes parties contractantes à « gérer ra- Parmi ses acquis, une méthode a été
structures de communautés micro- tionnellement les zones humides de développée pour évaluer la vulnérabi-
biennes. L’extrapolation des résultats façon à réduire les multiples pres- lité des zones humides et des services
obtenus in situ donne des éléments sions auxquelles elles sont soumises associés vis-à-vis du changement
chiffrés pour caractériser la dépen- et renforcer ainsi leur résilience climatique. Les résultats obtenus
dance thermique du métabolisme aux changements climatiques » pour onze zones humides de France
des biofilms. L’augmentation de (résolution X.24, art. 28, 2002). À métropolitaine ont été présentés
2,5°C de la température du milieu l’échelle nationale, un Plan d’action (F. Baptist, Biotope) lors du séminaire.
s’est traduite, au bout de trois en faveur des zones humides (2010) Pour cinq d’entre elles – la Brenne, la
© S. Tessier - Ecolab

semaines, par un accroissement a confirmé l’urgence de mettre en vallée fluviale de la Bassée, la Dombe,
d’un facteur de 1,5 de l’activité de place des suivis à long-terme per- les lagunes méditerranéennes de
dénitrification. La respiration et la mettant d’évaluer l’évolution des Mauguio et de Thau – une évaluation
production primaire des communautés zones humides vis-à-vis du change- des services écosystémiques a éga-
étaient également augmentées, dans ment climatique. lement été menée. La démarche est
des proportions moindres. À ce stade, synthétisée dans la figure 13.
48 49
Figure 13. Méthode d’évaluation de la vulnérabilité des zones humides déployée
dans le cadre d’Explore 2070.

© M. Bramard - Onema
Les landes humides (ici le Pinail dans la Vienne) sont particulièrement sensibles au changement
climatique

l’eutrophisation et aux menaces L’ensemble des résultats est ac-


portées par les espèces invasives. cessible sur Internet : http://www.
Dans le cas des Dombes, le risque developpement-durable.gouv.fr/-
accru d’étiage à l’aval des étangs Explore-2070-.html.
induit une vulnérabilité supplémen-
taire. Au final, les Dombes sont Cette démarche, malgré des niveaux
Cette analyse demande d’abord Dans le cadre de l’étude, les trois considérées comme très vulné- d’incertitude importants, présente
d’identifier les principaux facteurs zones humides de ce type (Brenne, rables au changement climatique, un intérêt qualitatif pour anticiper
de sensibilité pour une zone don- Sologne, Dombes) se sont vues at- les deux autres zones humides les faiblesses de ces écosystèmes
née – par dire d’expert ou par étude tribuer des niveaux de sensibilité (S) affichant un niveau de vulnérabilité et adapter les décisions de gestion
bibliographique. Par exemple, dans élevés. L’analyse des niveaux d’ex- moyen. en conséquence. En complément,
le cas des zones humides des position (E), intégrant notamment un travail a été mené pour quan-
plaines intérieures, les milieux les la diminution attendue des préci- Pour les zones humides des val- tifier les services associés. Bien
plus sensibles au changement cli- pitations et des débits moyens, lées alluviales, la même méthode a qu’incomplets, les résultats four-
matique sont les aulnaies-frênaies, révèle cependant des situations dif- conduit à des estimations très dif- nissent de premiers éléments de
les dépressions tourbeuses à férentes : les Dombes connaissent férentes : faible vulnérabilité pour réflexion en vue d’une analyse des
Rhynchospora alba, les landes un niveau d’exposition élevé, tandis la vallée alluviale Rhin-Ried-Bruch, services écosystémiques des zones
humides, les prairies à molinie, les qu’il est modéré pour la Brenne et vulnérabilité moyenne pour la Bas- humides sous l’angle monétaire.
milieux tourbeux et les lisières à la Sologne. Enfin, la vulnérabilité (V) sée, vulnérabilité élevée pour les
grandes herbes. de ces trois zones humides est liée Barthes de l’Adour. Les lagunes du
principalement à la réduction de la littoral méditerranéen livrent égale-
lame d’eau, au développement de ment des diagnostics contrastés.
50 51
Eclairage
Figure 14. Changements dans les successions annuelles d’assemblages
planctoniques du Léman, sous l’effet du changement climatique et de la
Léman, Annecy : deux écosystèmes suivis à la loupe
réoligotrophisation.

Le suivi exhaustif mené depuis 1974 sur le lac Léman (voir section 1.3) permet « Communautés printemps » « Communautés estivales »
de bâtir une analyse globale des effets du changement climatique sur l’en- Biomasse (µg.I -1 )
semble des chaînes trophiques de l’écosystème. De par sa superficie et sa 2000

1500
profondeur importantes, le Léman possède en effet l’inertie thermique suffi-
1974-1985 1000
sante pour « enregistrer » le changement climatique : la température moyenne 500
à 5 m sous sa surface a connu une élévation de plus de 1,5°C au cours des 0
J F M A M J Jt A S O N D
40 dernières années. Ce réchauffement modifie la structure thermique du lac. 1500

La stratification intervient plus précocement dans l’année : aux alentours du 1986-1991 1000

15 mai dans les années 2000, soit un mois plus tôt que dans les années 1970. 500
0
Cela se traduit aussi par un moindre brassage des couches d’eau, et donc J F M A M J Jt A S O N D
2500
par une baisse de la concentration en oxygène dans les strates profondes. « Communautés
2000 automnales »
L’autre évolution majeure est liée à la concentration en phosphate : après
> 1991 1500
une eutrophisation marquée entre 1960 et 1975, le lac connaît une réoligo- 1000

trophisation sous l’effet de la mise en œuvre de la déphosphatation dans les 500


0
stations d’épuration des eaux usées, et de l’interdiction du phosphate dans J F M A M J Jt A S O N D

les lessives, en Suisse puis en France. Lors du séminaire, il a été montré


(D. Gerdeaux, INRA) comment ces deux paramètres couplés (change-
ment climatique et réoligotrophisation) influent sur l’ensemble des chaînes Si la pêche du corégone (Coregonus lavaretus) sur le Léman se porte bien, en revanche celle de
l’omble chevalier (Salvelinus alpinus) a fortement décliné, l’espèce subissant les effets du changement
trophiques du lac, du phytoplancton aux peuplements piscicoles. Des chan- climatique
gements temporels sont observés dans les successions d’assemblages
planctoniques, comme le montre la figure 14.

Ces évolutions des assemblages planctoniques, véritable pompe biolo-


gique du lac, influent en cascade sur l’ensemble de sa biodiversité. Ainsi,
ils induisent un meilleur ajustement trophique pour les larves de corégone
(Coregonus lavaretus), lesquelles bénéficient également d’une moindre com-
pétition avec d’autres espèces comme la perche ou le gardon. Cette évolu-
tion, amplifiée par l’effort d’alevinage et l’amélioration de la qualité de l’eau,
est le moteur de la dynamique démographique de cette espèce, attestée par
l’augmentation des captures : de l’ordre de 50 tonnes dans les années 1980,
celles-ci atteignent aujourd’hui près de 400 tonnes annuelles. Si le corégone

© D. Gerdeaux - INRA
apparaît comme un « gagnant » du changement climatique, ce n’est pas le
cas d’une autre espèce emblématique du lac, l’omble chevalier (Salvelinus
alpinus). Ce poisson nécessitant une eau très froide, dont les captures sont
en repli marqué depuis une décennie, subit l’accroissement de la température
dans les couches profondes du lac. Le maintien de l’espèce apparaît problé-
matique à l’horizon 2070.

52 53
4 Dégradation des habitats :
conséquences et solutions
Partie

Indépendamment du climat, les pressions exercées sur les habitats


aquatiques par les usages sociétaux (pollution, artificialisation, uniformi-
sation, prélèvements d’eau, hydroélectricité...) affectent directement la
faune et la flore. Les exemples sont multiples. Ainsi l’édification de seuils
et de barrages contribue au réchauffement de l’eau et restreint la capa-
cité de déplacement des espèces – notamment migratrices. L’endigue-
ment des rivières se traduit par la régression des prairies inondées, qui
accueillent entre autres le frai hivernal du brochet. L’assèchement des
annexes fluviales prive de leurs habitats préférentiels nombre d’espèces
de poissons, d’amphibiens ou d’invertébrés. Plus généralement, la va-
riété et le bon état des habitats naturels conditionnent la biodiversité
aquatique. Ainsi la Directive cadre sur l’eau a-t-elle fait de l’hydromor-
phologie – les caractéristiques physiques de la morphologie des milieux
aquatiques – une composante à part entière de son programme d’éva-
luation de l’état des masses d’eau. Cette notion est désormais appuyée
par des connaissances scientifiques solides et le suivi d’actions de res-
tauration récentes.

Après une courte section consacrée aux pressions chimiques – thème


majeur qui fait l’objet d’un séminaire national en 2013 et d’une publica-
tion à venir dans la collection «rencontres-synthèses» – cette quatrième
partie est consacrée aux conséquences des dégradations physiques
des habitats sur la biodiversité aquatique. Elle fournit un aperçu des
recherches récentes menées en France sur les liens entre hydrologie
et biodiversité aquatique, puis sur les impacts des seuils et barrages
© H. Jacquot - Onema

sur la biologie des espèces piscicoles. Elle présente ensuite les plans
de gestion mis en œuvre pour deux espèces particulièrement touchées
par les pressions hydromorphologiques : l’apron du Rhône et l’anguille
européenne.

54 55
Nombre de substances Dans l’eau
40
35
30
4.1 – La qualité de l’eau, condition nécessaire à la Figure 15. 25
20
Nombre de
biodiversité aquatique substances 15
10
quantifiées dans
5
plus de 10% des 0
Au même titre que l’artificialisation phtalates… Il ressort de ce bilan analyses, par

Autres éléments
minéraux

Composés
phénoliques

HAP

Métaux et
métaloïdes

Organométalliques

PBDE

PCB

Phtalates
famille de micro-
des berges, les prélèvements de la une contamination quasi-générali- polluants hors
ressource ou la fragmentation des sée des milieux aquatiques français. pesticides, dans
cours d’eau par les ouvrages, la Des pesticides ont été détectés dans les cours d’eau
de métropole.
présence dans les eaux douces de 91 % des points de suivi de la qualité Nombre de substances Dans les sédiments
polluants d’origine agricole ou in- des cours d’eau français, 21 % des 40
35
dustrielle constitue une dégradation points de suivi des cours d’eau enre- 30
gistrent une concentration totale en 25
majeure pour de nombreux habitats
20
aquatiques, générant des impacts pesticides supérieure à 0,5 μg/l. Pour 15
10
parfois dramatiques pour la biodi- les contaminants autres que les pes-
5
versité qu’ils abritent. Si les pollu- ticides, 22 familles de micropolluants 0

Benzène et
dérivés

COHV solvants
chlorés, fréons

Composés
phénoliques

Dioxines

Furanes

HAP

Métaux et
métaloïdes

Organométalliques

PBDE

PCB

Phtalates
tions aigües, qui entrainaient encore pour l’eau et 20 pour les sédiments
dans les années 1970 ou 1980 des ont été́ suivies en métropole. Parmi
pics de mortalité piscicole spec- les 17 familles les plus recherchées,
taculaires sur les rivières, se font 8 familles différentes pour l’eau et
désormais plus rares en France, la 11 pour les sédiments présentent jamais quantifiées quantifiées à moins de 10% quantifiées à plus de 10%

pollution diffuse des masses d’eau des substances quantifiées sur plus Source : Agence de l’Eau, 2010 - Traitements : SOeS, 2011

superficielles se maintient à des ni- de 10 % des analyses (Figure 15).


veaux inquiétants.
La compréhension du devenir de
Pour son Bilan de présence des ces polluants dans les milieux aqua- Réponses de la biodiversité ment des rejets diffus d’une dizaine
à la levée d’une pression de stations d’épuration (STEP). Afin
micropolluants dans les milieux tiques, de leur transfert dans les
chimique : le cas du Vistre de réduire les apports, notamment
aquatiques continentaux publié en chaînes trophiques et de leurs im-
en azote et phosphore, dans le
2009, le Commissariat général au pacts sur la biodiversité est un enjeu
Comment les communautés biolo- Vistre, une nouvelle STEP a été mise
développement durable a rassemblé de recherche essentiel. L’Onema
giques répondent-elles à l’amélio- en service en 2007 pour traiter les
les données pendant deux ans consacre en juin 2013 un séminaire
ration de l’état chimique de l’eau ? effluents de la ville de Nîmes. Son
sur près de 950 substances dif- national à cette thématique, dont
Des éléments de réponse ont été rejet se situe 1 km en aval de l’exutoire
férentes dont les effets toxiques les apports seront publiés dans la
apportés par une étude de cas de l’ancienne STEP de Nîmes fermée
sont avérés, même à de très collection «Rencontres-synthèses».
(V. Archaimbault et E. Arce, Irstea) en 2007.
faibles concentrations : pesticides, Deux contributions scientifiques
métaux et métalloïdes, hydrocar- centrées sur les pressions chimiques menée sur les invertébrés ben-
thiques du Vistre (Gard). Ce petit L’étude a été menée de 2007 à 2011
bures, poly-chlorobiphényles (PCB), ont également été présentées lors du
cours d’eau, fortement canalisé de- sur 3 stations : Château, située en
polybromodiphényl(ethers) (PBDE), séminaire «biodiversité aquatique»,
puis le 17e siècle, pâtit d’une qualité amont des rejets et faisant office
composés organiques halogénés et font l’objet de cette section.
chimique médiocre en raison notam- de témoin, Bastide, située en aval
et/ou volatils, dioxines et furanes,
56 57
© N. Poulet - Onema
de l’ancien rejet et Jardins, située valeurs comparables à celles existant
en aval du nouveau rejet de STEP. sur le secteur amont. La réponse des
Un suivi physico-chimique a été communautés benthiques montre
mené tous les deux mois sur les des évolutions très significatives en
trois stations. En parallèle, une sé- termes d’abondance, de richesse et
rie d’échantillonnages faunistiques de diversité : les populations récu-
a été réalisée selon le protocole pèrent rapidement, sans toutefois
XP-T 90 333, pour les trois stations. retrouver les niveaux de la station té-
moin – ce qui suggère que le retour à
Le déplacement de la station d’épu- l’équilibre d’une communauté après
ration s’est traduit par une amé- la levée d’une pression chimique
lioration nette et rapide de la qua- peut nécessiter un délai supérieur
lité chimique de l’eau : en quelques à trois ans. Le suivi des compo-
mois les paramètres (ammonium, sitions faunistiques livre d’autres
phosphore total, nitrites et nitrates enseignements.
notamment) étaient revenus à des

Figure 16. Évolution de la composition taxonomique (invertébrés benthiques)


pour les trois stations étudiées.

La présence de certaines espèces dont le stade larvaire est aquatique (ici un éphéméroptère au stade
adulte) témoigne de la qualité du milieu

Un an après le déplacement de la matières organiques et aux nutri-


station d’épuration, les crustacés ments, confirme une récupération
jusque-là dominants ont disparu au progressive du milieu.
profit des diptères. Les mollusques
et les éphéméroptères sont les pre- Cette étude met en évidence les
miers à se réimplanter, suivis des effets bénéfiques de l’amélioration
trichoptères, odonates et turbella- du traitement des effluents urbains
riés. Les coléoptères semblent avoir sur les communautés d’inverté-
beaucoup de difficultés à s’installer, brés. Néanmoins, dans un contexte
tandis que les plécoptères restent comme celui du Vistre, fortement
absents. Globalement, les taxons perturbé sur la majeure partie de
sensibles réapparaissent potentiel- son linéaire, les actions de restau-
lement très vite, mais leur maintien ration devraient être pensées à une
à des effectifs importants nécessite échelle plus large et intégrer non
du temps. L’évolution des commu- seulement des actions sur la qualité
nautés aval à partir de 2010, avec chimique de l’eau mais également
davantage de taxons sensibles aux sur l’habitat physique.
58 59
Mortalité de poissons sur la Les experts ont travaillé une année seuils…) qui ralentissent la rivière, habitats et localement des anoxies
Loue : quelles hypothèses durant à partir des publications scien- contribuent au réchauffement de temporaires, conduisant à une
explicatives ? tifiques existantes sur la question l’eau et induisent une discontinuité perte de biodiversité dans les com-
et des données communiquées par écologique au sein du cours d’eau. munautés de producteurs primaires
La rivière Loue, affluent du Doubs et diverses sources (dont l’agence de Par ailleurs, des biomasses impor- et à des perturbations dans les ré-
haut-lieu de la pêche à la mouche, l’eau Rhône-Méditerranée-Corse), tantes d’algues benthiques et de seaux trophiques. C’est ainsi qu’il
est devenue en quelques années en relation avec un groupe de tra- plantes aquatiques sont observées a été constaté une diminution des
un cours d’eau emblématique des vail local. Ils sont d’abord parvenus en de nombreuses zones, ce qui abondances et de la richesse des
dégradations portées aux milieux à la conclusion (J-F. Humbert, INRA) traduit une disponibilité importante communautés d’invertébrés ben-
aquatiques à l’ère du changement qu’aucun lien direct ne pouvait être en nutriments (phosphore et azote thiques et de poissons, et des dé-
global. Des mortalités exception- établi entre les mortalités piscicoles en particulier). Cette importante placements typologiques avec des
nelles de poissons (en particu- et la présence des cyanobactéries production de biomasse orga- espèces de l’aval venant prendre la
lier truites communes et ombres), toxiques. nique entraine des altérations des place de celles localisées en amont.
constatées en 2010 et 2011 sur
plusieurs tronçons du linéaire, ont En l’absence de cause aigüe de
suscité une forte mobilisation des mortalité clairement identifiée (pol- Saurez-vous retrouver les deux truites perdues au milieu de cette surabondance d’algues benthiques
luants ou agents pathogènes), les sur la Loue ?
associations et des populations lo-
cales, et conduit à la création, à la experts ont adopté une nouvelle
demande du Préfet du Doubs, d’un hypothèse de travail, selon laquelle
groupe d’experts national placé les mortalités piscicoles et les pro-
sous la responsabilité de l’Onema. liférations de cyanobactéries sont
Constitué de onze membres et pré- deux manifestations extrêmes d’un
sidé par Jean-François Humbert dysfonctionnement récurrent de la
(INRA), ce groupe avait pour mis- rivière. Ils se sont alors attachés à
sion d’expliquer les mortalités de caractériser l’état de la rivière et de
poissons et leurs liens éventuels son bassin versant et à rechercher
avec le développement de cyano- les causes de ces dysfonctionne-
bactéries toxiques, observé dans ments, dans un contexte où de
le même temps sur le fond de la nombreux paramètres (notamment
rivière. Les résultats de ses travaux les concentrations en micropol-
ont été rendus publics en mars 2012 luants d’origine agricole ou issus
des activités de traitement du bois)

© JF. Humbert - INRA


sous la forme d’un rapport détaillé
(disponible sur le site de l’Onema sont très mal documentés, faute de
http://www.onema.fr/rendu-du- suivis adaptés.
rapport-d-expertise-sur-la-loue)
et présentés lors du séminaire Il ressort de cette analyse que
«biodiversité aquatique». la Loue comporte de nombreux
aménagements (petits barrages,

60 61
Pour expliquer ces modifications politique scientifique. Au plan opéra- 4.2 – Régime de débit et peuplements piscicoles
physico-chimiques et biologiques, le tionnel, il plaide notamment pour une
groupe de travail a caractérisé l’évo- identification rapide des principales
L’eau douce, matrice de la biodi- climatiques et surtout socio-éco-
lution des pressions anthropiques sources locales de phosphore et de
versité aquatique, est aussi une nomiques à venir (croissance démo-
s’exerçant sur le bassin versant de la nitrates dans le bassin versant en
ressource vitale pour les socié- graphique, modifications de l’occu-
Loue. Celui-ci a connu, au cours des vue d’un meilleur contrôle des flux de
tés humaines. En France, la quan- pation des sols) devraient conduire
dernières décennies, un fort accrois- nutriments dans la rivière. Il recom-
tité totale d’eau prélevée s’élevait à une augmentation globale de ces
sement démographique qui a entraî- mande également un encadrement
en 2006 à 32,6 milliards de m3 (en prélèvements. Dans une optique
né une hausse des rejets domes- plus exigeant des activités humaines
grande majorité issus des masses de préservation de la biodiversité
tiques (notamment du phosphore, polluantes, au regard de la vulnéra-
d’eau superficielles), parmi les- aquatique, cette pression sur la res-
des polluants type HAP, mais aussi bilité particulière du bassin versant.
quels 5,75 milliards ne retournent source constitue une problématique
probablement des médicaments). Enfin, il demande à ce qu’une plus
pas au milieu naturel. Cette part majeure : le régime hydrologique
Le développement de la production grande continuité écologique soit re-
consommée est utilisée à 49% pour d’un cours d’eau (les variations de
laitière et les changements surve- donnée à la rivière par l’arasement de
l’irrigation, 24% pour l’eau potable, son débit) façonne sa morphologie,
nus dans les pratiques agricoles se certains seuils et barrages. En termes
23% pour la production d’énergie donc les habitats naturels qui s’y
sont traduits par des rejets accrus en de suivi physico-chimique, le groupe
et 4% pour l’industrie (Ministère en développent et les communautés
azote – et sans doute en pesticides. suggère la création d’un conseil
charge de l’écologie, 2007). Il est végétales et animales qu’il abrite.
Enfin, l’essor de l’industrie du bois scientifique qui aura pour charge de
largement admis que les évolutions
s’est également accompagné d’une coordonner l’ensemble des suivis
utilisation importante d’insecticides réalisés sur la Loue dans le but de
et de fongicides. L’impact de ces remédier à la faible qualité et à l’hété-
pressions chimiques est sans doute rogénéité des données disponibles Quarante neuf pour-cent de l’eau prélevée au milieu naturel est consommée pour l’irrigation
d’autant plus importantes que le actuellement.
bassin versant, de nature karstique,
est caractérisé par une faible épais- Enfin, au plan scientifique, il identifie
seur des sols et par la présence de quelques pistes de recherches prio-
dolines qui favorisent le transfert rapide ritaires pour progresser dans la com-
des polluants de la surface vers les préhension du fonctionnement actuel
réseaux d’aquifères, puis la rivière. de la Loue, visant notamment à une
meilleure connaissance :

© Bernard Chevassus-au-Louis
Au final, le dysfonctionnement de • des pressions toxicologiques s’exer-
l’écosystème apparaît comme le pro- çant sur la rivière et de leurs impacts

© M. Bramard - Onema
duit d’un faisceau de causes multi- sur les organismes qu’elle héberge ;
factorielles, dans lequel les activités • des modifications intervenant
anthropiques locales jouent un rôle dans le fonctionnement du système
prépondérant. En conclusion de son karstique ;
rapport, le groupe de travail a pro- • du déterminisme des proliférations
posé un ensemble de recommanda- de cyanobactéries et de leur toxicité.
tions opérationnelles, de suivi et de
62 63
Les liens entre hydrologie et biologie liens entre régimes hydrologiques et

© N. Poulet - Onema
font l’objet d’un effort de recherche biodiversité. Des exemples quantita-
croissant depuis quinze ans. Au- tifs, issus de différents programmes
delà du concept de « débit minimal de recherche, ont été présentés lors
biologique », instauré en France par du séminaire (Ph Baran, Onema,
la loi « Pêche » de 1984, les travaux B. Bergerot, HEPIA) pour illustrer
scientifiques mettent en évidence la ces liens. L’hydrologie de crue a par
nécessité de maintenir un régime de exemple des effets marqués sur les
Les crues sont un phénomène naturel, indispensable au bon fonctionnement des cours d’eau
débit annuel pour préserver les équi- migrateurs – comme cela a déjà été
libres naturels (Naiman et al., 2002). souligné en section 1.3 pour les sau-
Des variables-clés ont été proposées mons et truites de mer de la Bresle. Les vales sont plus soutenues. Il existe visant à relier caractéristiques hydrolo-
pour définir ce régime de débit (Poff suivis réalisés sur l’Allier, entre Vichy et aussi une relation étroite entre le giques et biodiversité, par croisement
et al., 1997) : les valeurs de débit à Poutès, confirment que des forts dé- recrutement en alevins de truite com- des données issues des inventaires
un instant donné, les fréquences de bits printaniers ou automnaux favo- mune et l’hydrologie de crue : sché- piscicoles (10 893 stations de pêche
retour de certains évènements, les risent la remontée du saumon. Dans matiquement, la densité de juvéniles bancarisées dans la BDMAP) et de
durées de certaines valeurs de dé- le cas de l’anguille, les suivis réalisés chute lorsque les débits de crue, au la banque HYDRO, qui rassemble
bits, la prévisibilité des évènements, sur un cours d’eau vendéen (voir aus- moment de l’émergence des alevins 4 827 stations de mesure de l’hydrolo-
la stabilité. si section 4.4) révèlent des passages des frayères, sont supérieurs à cinq gie en France métropolitaine. Une sé-
À la suite de ces travaux, l’One- de civelles et d’anguillettes beaucoup fois le module de la rivière (son débit lection drastique a été menée. Seules
ma étudie dans le cadre du volet plus importants en nombre lorsque moyen interannuel). Mais cette rela- les sessions de pêche menées sur une
« hydromorphologie » de la DCE les les hydrologies printanières et esti- tion est d’amplitude variable selon les station où existait au moins quatre
régions, comme le montre la Figure 17. années de suivi piscicole étaient pré-
Figure 17. Influence des crues sur le recrutement des truites, un effet régionalisé sélectionnées. Les données hydro-
De même, l’hydrologie d’étiage influe logiques correspondantes devaient
sur certains peuplements piscicoles provenir d’une station suivie depuis
notamment dans la zone à truite aval. au moins vingt ans. Les lieux des ses-
Une réduction du QMNA (débit men- sions de pêche et des relevés hydrolo-
suel d’étiage atteint pour une année giques ne devaient être séparés ni par
donnée) d’un facteur de 2,5 entraîne un obstacle ni par un affluent. Au final,
une réduction de la biomasse de 127 couples de stations poisson/hy-
truite commune, d’un facteur de 2 à drologie ont été retenus pour mener
6 selon les régions. En revanche, les cette analyse en France métropoli-
effectifs de loche franche ou de vairon taine. Elle permettra de préciser les
s’accroissent lorsque le débit d’étiage exigences liées à l’hydrologie pour
se réduit. la détermination de mesures opéra-
tionnelles de restauration, dans une
L’HEPIA et l’Onema s’orientent main- concertation à l’échelle du bassin
tenant vers une analyse à large échelle versant.

64 65
4.3 – Seuils, barrages et fractionnement des habitats : Cette approche a été mise en œuvre qui caractérise une dispersion à court
l’apport de la génétique par une équipe scientifique (Simon terme (moins de deux générations).
Blanchet, Géraldine Loot, Vincent
Dubut, Ivan Paz-Vinas, Charlotte Veys- Les résultats ont été analysés au regard
Sur un cours d’eau donné, le pèces aquatiques. C’est le cas bien sières CNRS) sur des cours d’eau du du nombre de barrages (H>3 m) et de
maintien d’un régime hydrologique sûr pour les poissons migrateurs (la Sud-Ouest de la France en utilisant seuils (H<3 m) qui séparent chaque
approprié est une condition essen- situation de l’anguille fait l’objet de la le chevesne et le goujon comme mo- paire de site. Ils confirment un impact
tielle mais parfois insuffisante pour section 4.5), mais aussi pour toutes dèles biologiques. Une analyse glo- marqué du nombre de barrages et de
en préserver la biodiversité. Les les espèces d’eau douce, dont les bale a d’abord été menée à l’échelle seuils sur la différentiation génétique
seuils, ouvrages et barrages implan- populations peuvent se trouver iso- du bassin versant de la Garonne. À des deux espèces (Figure 18). La dif-
tés sur un cours d’eau sont sus- lées, et donc fragilisées, par la pré- partir de spécimens issus de plus de férentiation génétique entre deux sites
ceptibles d’altérer profondément sence des obstacles – à l’image de 90 sites d’échantillonnage, deux mé- augmente linéairement avec le nombre
son fonctionnement et son régime l’apron du Rhône (évoqué en section triques génétiques ont été calculées cumulé de barrages et/ou de seuils
thermique. 4.4). Pour quantifier ces impacts sur pour chaque espèce et chaque paire entre ces deux sites : cela indique que
les peuplements piscicoles, une de sites : la différentiation génétique, les flux d’individus est d’autant plus
En France, on dénombre envi- approche in situ pertinente consiste qui caractérise la dispersion à long faible que le nombre d’obstacles entre
ron 550 grands barrages, 2 500 à à mesurer indirectement, par des terme (plus de 10 générations) des po- deux sites augmentent.
3 000 ouvrages hydroélectriques, et outils moléculaires, les flux d’indi- pulations, et le nombre de dispersants,
plus de 50 000 seuils. Rompant la vidus au sein d’une même espèce :
continuité écologique de l’écoule- ces flux peuvent être minorés en
Figure 18. Influence du nombre d’obstacles sur l’indice de différenciation génétique
ment, ils fragmentent les habitats et présence d’obstacles entravant le du chevesne. À g. : barrages, à d. : seuils.
entravent les déplacements des es- mouvement des poissons.

Un seuil de moulin peut avoir un effet non négligeable sur l’isolement d’une population piscicole
© A. Gueho - Onema

66 67
À court terme, les résultats diffèrent De manière générale, cette étude 4.4 – Préservation de l’apron du Rhône : des résultats
selon l’espèce. Aucun impact n’est confirme l’intérêt des outils molé- modestes mais encourageants
observé sur le nombre de disper- culaires pour quantifier les impacts
sants chez le chevesne, tandis que des obstacles sur la dispersion des
le nombre de seuils a un effet no- populations, et donc pour identifier Le cas de l’apron du Rhône (Zingel eau propre et claire et une température
table sur ce paramètre chez le gou- les ouvrages les plus préjudiciables asper) est emblématique des impacts inférieure à 30°C. Il est particulière-
jon : l’explication d’un tel résultat re- dans une optique de priorisation de la dégradation des habitats naturels ment affecté par les ouvrages qui frag-
quiert une étude approfondie sur le des actions de gestion. Elle rappelle sur la biodiversité aquatique. Aussi ap- mentent son habitat et la baisse des
comportement des espèces et leurs aussi que chaque rivière a ses ca- pelé « sorcier », ce poisson endémique débits d’étiage, auxquels s’ajoutent les
stratégies biodémographiques. ractéristiques propres, qui rendent figure parmi les espèces en danger pollutions et l’extraction de granulats
difficile la généralisation des dia- critique d’extinction sur la liste rouge qui troublent l’eau des rivières.
Une seconde phase de l’étude s’est gnostics réalisés localement. Des de l’UICN. Présent au début du XXe
attachée à mesurer l’effet indivi- développements ultérieurs pour- siècle sur environ 2 000 km de linéaire L’espèce fait l’objet de plans d’ac-
duel des obstacles, sur deux petits raient permettre d’affiner les indices dans le bassin du Rhône, il n’est plus tions depuis 1994 : d’abord par la
cours d’eau du même bassin ver- de connectivité, et notamment signalé aujourd’hui que sur quelques direction régionale de l’environne-
sant : le Célé et le Viaur, où ont permettre une utilisation de ces tronçons dans le Doubs suisse, la ment (DIREN) Rhône-Alpes, puis
été étudiés respectivement 20 et approches pour suivre l’efficacité Loue, l’Ardèche, la Drôme, la Durance dans le cadre des projets Life Nature
16 obstacles. Les espèces étudiées d’actions de restauration. ou le Verdon, pour un total de 300 km 1 et 2 avec le soutien de l’Onema.
étaient cette fois le goujon et le vai- (Figure 19). Les causes de son déclin Un bilan de ces actions a été dressé
ron. Des échantillonnages ont été sont connues : ce nageur médiocre, (P. Roche, Onema) lors du séminaire.
menés directement à l’amont et à doté d’une faible fécondité, exige des La restauration de la continuité éco-
l’aval de chaque obstacle. Ceux-ci habitats à morphologie naturelle, une logique y tient une bonne place. Le
étaient caractérisés par quatre para-
mètres : hauteur, pente, tirant d’eau
et distance à la source. L’équipe a Figure 19.
mesuré la connectivité des popu- Aires de
répartition de
lations entre chaque paire de sites
l’apron au début
encadrant un obstacle, au moyen du XXe siècle
de quatre indices moléculaires (dont (à g.) et
aujourd’hui (à d.)
l’indice de différentiation évoqué ci-
dessus). L’analyse synthétique de
ces indices livre un constat éton-
nant pour le Célé : la connectivité
est d’autant plus mauvaise que les
obstacles sont situés dans les zones
amont du linéaire. Les résultats sont
plus intuitifs pour le Viaur, où le pa-
ramètre déterminant est la hauteur
de l’obstacle.
68 69
© M. Bejean
accroissement de la recharge sédi- températures estivales, en l’absence
mentaire. Mais de sérieuses inquié- d’accès aux tronçons plus amont.
tudes subsistent : certaines popula- Les efforts de repeuplement et
tions isolées sont menacées à terme de soutien aux populations doivent
par leur trop faible diversité géné- intégrer cette double contrainte pour
tique, d’autres par la montée des utiliser au mieux les moyens disponibles.

4.5 – Anguille européenne : 18 actions de R&D pour réduire


l’impact des ouvrages

L’apron du Rhône, espèce que l’on ne trouve qu’en France, est en danger critique d’extinction selon Autrefois très répandue dans la tuent d’autres obstacles difficile-
l’UICN quasi-totalité des milieux aquatiques ment franchissables. Et au terme
européens, l’anguille connaît depuis de sa vie, lorsque l’anguille devenue
barrage de Saillans, sur la Drôme, a possible des opérations de réintro- quelques décennies un déclin rapide. « argentée » entreprend la migration
été supprimé dès 1994, comme plus duction ou de translocation d’indi- Elle est désormais classée par l’UICN, de dévalaison pour retourner frayer
tard ceux de Serre, sur le Buëch, ou vidus. C’est le cas de l’opération à l’instar de l’apron du Rhône, parmi en mer des Sargasses, elle doit à
de Sainte Tulle, sur l’Ardèche. Sept Drôme, proposée en 2001 : cette les quatre espèces de poissons en nouveau franchir ces obstacles :
passes à poissons ont été installées rivière, où l’apron avait quasiment danger critique d’extinction sur le une part significative des reproduc-
sur l’Ardèche, la Drôme et la Loue. disparu malgré des conditions à territoire métropolitain. Cette situation trices transitent notamment dans les
Ces efforts se traduisent aujourd’hui nouveau favorables, a bénéficié de alarmante résulte d’un ensemble de turbines hydroélectriques, s’expo-
par des résultats concrets. Ces l’apport d’individus de la Durance causes anthropiques. Victime de la sant à des blessures mortelles.
dernières années, l’apron a recolo- en 2006, puis de l’introduction d’ale- pollution des eaux et des sédiments,
nisé plusieurs kilomètres du linéaire vins de souche ardéchoise, obtenus de la surpêche et du braconnage, L’espèce fait l’objet depuis 2007
ardéchois, à l’amont et à l’aval de par reproduction ex situ au Muséum cette espèce migratrice au cycle de vie d’une politique de protection volon-
Lanas. Dans la passe à poissons de Besançon depuis 2008. D’autres complexe est aussi particulièrement tariste à l’échelle européenne (règle-
de Quingey, sur la Loue, il est la alevins, issus de reproducteurs de la impactée par l’artificialisation des ha- ment européen CE n°1100/2007),
seconde espèce la plus fréquem- Durance cette fois, sont annoncés bitats et les obstacles à l’écoulement. qui s’est traduite en France par
ment observée. Des accroissements en 2013. Lors de la migration de montaison, l’adoption d’un plan de gestion
démographiques sont aussi attestés les civelles puis les jeunes anguilles visant notamment à assurer un
sur le Buëch. Le « sorcier » du Rhône est toujours jaunes sont confrontées, dès la zone taux d’échappement vers la mer
en vie, et les gestionnaires disposent soumise à marée, à une grande va- d’au moins 40% de la biomasse
Ces signes encourageants valident encore de leviers pour améliorer sa riété d’ouvrages qui restreignent son d’anguilles argentées qui existerait
les progrès accomplis dans la res- situation : poursuite des actions de accès aux habitats situés en amont : en l’absence de toute pression
tauration de l’hydromorphologie et décloisonnement, limitation des micro- écluses, portes à flots, vannes… anthropique.
de la qualité de l’eau, qui ont rendu seuils de baignade et de canoë, Plus loin, les grands barrages consti-
70 71
© D. Poracchia

ont permis de comprendre leur com-


portement au droit des ouvrages et
d’estimer la part des animaux qui
transitent par les turbines – dont les
impacts ont été évalués in situ pour
différents modèles. Des études ont
permis le dimensionnement de grilles
empêchant l’accès des poissons aux
turbines, et le calcul de leurs impacts
sur la production électrique ; d’autres
ont porté sur le dimensionnement de
turbines ichtyophiles et la validation
in situ de leurs performances. En
complément des études menées à
l’échelle d’un ouvrage, le programme
R&D a également analysé, modèles
à l’appui, les impacts à l’échelle d’un
axe de cours d’eau. Ces avancées
ont jeté les bases d’une analyse
Alors qu’elle abondait dans la plupart des rivières et marais de France au début du siècle dernier, technique et économique en vue
l’anguille a vu son recrutement chuter de plus de 95% d’une gestion adaptée du turbinage,
incluant des arrêts ciblés de produc-
Cet objectif a conduit le Ministère civelles aux paramètres environ- tion lors des pics de dévalaison.
en charge de l’écologie à mettre en nementaux et hydrologiques qui
œuvre un programme de R&D pour déclenchent le retour des argentées L’ensemble de ces travaux et résultats
limiter les impacts des ouvrages vers l’aval (L. Beaulaton, Onema). est présenté en détail dans l’ouvrage
transversaux : un ensemble de Un large panel d’options techniques « Plan de sauvegarde de l’anguille -
18 actions de recherche complé- a été identifié et testé pour quan- optimiser la conception et la gestion
mentaires a été mené dans le cadre tifier les impacts et optimiser la des ouvrages », paru en 2012 dans
d’un accord de partenariat réunis- conception des ouvrages : solutions la collection Rencontres-Synthèses.
sant l’Onema, l’ADEME et cinq pro- d’admission d’eau salée pour les De leur appropriation par les ges-
ducteurs d’hydroélectricité. portes à flots, dimensionnement des tionnaires et acteurs économiques
passes à brosses pour favoriser le dépend la mise en œuvre des solu-
Trois années durant, cet effort de franchissement des barrages par les tions adaptées qui contribueront, aux
recherche sans précédent a permis anguillettes, dispositifs de comptage différentes échelles de gestion, à l’at-
d’acquérir des connaissances nou- à résistivité pour en mesurer l’effi- teinte des objectifs fixés par le plan de
velles sur l’écologie de l’anguille, cacité… À la dévalaison, des suivis sauvegarde de l’anguille.
de la cinétique de montaison des de reproductrices par transpondeurs
72 73
Eclairage

L’apport des documents historiques pour comprendre la biodiversité

Alors que l’intérêt de replacer les évolutions de la biodiversité dans des dyna- L’équipe a également identifié 18 tronçons de cours d’eau pour lesquels les
miques de long terme est largement reconnu par la communauté scientifique, informations historiques (1840-1970) fournissent une liste « exhaustive » des
la plupart des travaux actuels envisagent au mieux des périodes de quelques espèces et des indications sur leur abondance. Complétées par les données
décennies. L’exploitation de documents historiques, lorsqu’ils existent, peut de pêche électrique récentes, ces informations permettent de reconstituer la
constituer une source d’informations précieuses pour étendre l’horizon temporel composition des peuplements à différentes périodes, et donc la trajectoire
des analyses menées sur les liens entre biodiversité et pressions anthropiques. temporelle des peuplements sur ces tronçons.
Une telle approche a été développée par Irstea avec l’appui de l’Onema dans L’analyse de ces trajectoires montre notamment que les modifications dans
le cas des populations piscicoles du bassin de la Seine (S. Beslagic, Irstea). la structure des peuplements sur le long terme sont bien plus importantes
L’équipe a collecté un ensemble de documents provenant d’écrits de naturalistes que celles constatées à court terme sur la période récente. Ainsi, l’essor des
et d’érudits de la fin du XIXe et du début du XXe siècles, ainsi que des archives des espèces rhéophiles (poissons de courant) apparaît comme une tendance
ministères de l’Agriculture et des Travaux publics produites par les ingénieurs des significative sur le long terme. Ce constat peut être relié aux évolutions de
Ponts et Chaussées ou les conservateurs des Eaux et Forêts. l’hydromorphologie – en particulier la suppression de nombreux étangs au
Après traitement, cette ressource documentaire représente une somme de cours de la période étudiée.
4 317 observations (présence ou absence) sur une localité et une période Au final, la prise en compte de ces données historiques, dans une analyse à
données. En vue de l’analyse de ces informations, une base de données bap- long terme des liens entre biodiversité et pressions anthropiques et/ou hydro-
tisée CHIPS (Catalogue historique des poissons de la Seine) a été créée. Pour climatiques, est un apport pertinent pour de nombreuses questions écolo-
chaque enregistrement, elle renseigne le nom du taxon, le nom et la catégo- giques. Elle contribue notamment à une meilleure connaissance des espèces
rie d’eau (rivière, canal, plan d’eau), son emplacement géographique et la patrimoniales et des mécanismes de colonisation des espèces non natives, et
date de l’observation. Selon disponibilité, des données complémentaires sont à affiner la notion d’ « état de référence » – à l’image de la méthodologie de la
bancarisées : abondance de l’espèce, introduction ou repeuplement, dispa- liste rouge UICN, dont les critères intègrent l’évolution de l’aire de répartition
rition, biométrie, état sanitaire… Le type d’observation (directe, témoignage, depuis le XVIIIe siècle. Un élargissement de la fenêtre temporelle de telles
enquête…) permet d’estimer la qualité de l’information. Au total, CHIPS com- approches apparaît possible, jusqu’à la prise en compte de données archéo-
prend des informations sur 211 cours d’eau (ainsi qu’une vingtaine de ca- logiques. L’équipe plaide également pour la transposition de la démarche à
naux) ; 58 taxons ont été identifiés, auxquels s’ajoutent quelques écrevisses. d’autres bassins versants, lorsque les données sont disponibles.
Une première exploitation de cet outil a permis de reconstituer les aires de
répartition historique pour certaines espèces comme le saumon en Figure 20.

Figure 20.
Évolution de la répartition du
saumon dans le bassin versant
de la Seine - à la deuxième
moitié du XIXe siècle,
en 1970 et aujourd’hui.

74 75
5 Les espèces invasives :
diagnostic et gestion
Partie

À la fois composante et conséquence du change-


ment global, les espèces exotiques envahissantes,
aussi appelées espèces invasives, se sont impo-
sées en quelques décennies comme une préoccu-
pation majeure pour les gestionnaires des milieux
aquatiques. Des végétaux comme les jussies ou les
myriophylles, venus d’Asie, d’Afrique ou d’Amérique,
colonisent de nombreux cours d’eau européens, au
point parfois d’en altérer totalement les équilibres
écologiques. L’écrevisse de Californie (entre autres),
importée en Europe à des fins commerciales, exerce
une forte pression en tant que compétitrice et surtout
vecteur de pathogènes sur les espèces autochtones,
dont plusieurs sont menacées d’extinction. L’écre-
visse de Louisiane quant à elle modifie profondément
le fonctionnement des écosystèmes qu’elle envahit.
Des poissons exotiques comme le pseudorasbora
ou l’épirine, ont fait leur apparition dans les rivières,
canaux et plans d’eau européens, et peuvent s’y
développer jusqu’à proliférer (voir section 1.2).

Comment évaluer l’impact écologique d’un végétal


ou d’un animal donné sur les milieux qu’il colonise ?
Dans quelle mesure représente-t-il une pression
pour la biodiversité aquatique ? Quelles actions de
gestion faut-il mettre en œuvre pour limiter cette
© N. Poulet - Onema

pression, et à quel coût économique ? Chaque es-


pèce pose un problème différent ; les réponses à ces
questions sont multiples et souvent controversées.
Cette dernière partie livre quelques observations,
outils et réflexions pour éclairer l’analyse.

76 77
5.1 – 
Le GT-IBMA : un outil de concertation et d’action à Fort de cette diversité de points de invasives dans les milieux aquatiques »
l’échelle nationale vue, le GT-IBMA s’emploie à définir (12-14 octobre 2010, http://www.
à l’échelle nationale des lignes de o n e m a . f r / I M G / p d f / re n c o n t re s /
Face à la complexité des problé- des compétences très variées : des
conduite pour la gestion des invasions Onema-Les-Rencontres-9.pdf),
matiques de gestion posées par les gestionnaires (Parcs naturels régio-
biologiques en milieu aquatique, à enquête sur les espèces exotiques
invasions biologiques en milieu aqua- naux, Agences de l’eau, ONCFS…) et
contribuer au développement d’outils envahissantes et leur gestion en mi-
tique, les gestionnaires expriment le des porteurs d’enjeux (FNPF, Ministère
opérationnels à destination des ges- lieux aquatiques, étude de cas sur la
besoin d’un appui scientifique, tech- en charge de l’agriculture…) assurent
tionnaires et à définir les orientations gestion des jussies dans le Parc Naturel
nique et réglementaire. En réponse à le partage des expériences, questions
de politique scientifique sur le sujet. Il Régional de Brière… Le Groupe pu-
cette attente, suite à une proposition et difficultés rencontrées sur le terrain ;
mène une nécessaire action d’appui bliera également fin 2013 un guide
du Cemagref (devenu Irstea depuis), des acteurs institutionnels (MEDDE,
et de coordination entre les travaux de « bonnes pratiques » en matière
l’Onema a impulsé en 2008 la création collectivités territoriales…) assurent
menés à différents niveaux : à l’échelle de gestion des EEE en milieux aqua-
d’un groupe de travail dédié. le lien entre les activités du groupe et
communautaire, où une « stratégie tiques, et prépare d’autres ouvrages.
les enjeux nationaux et européens ;
européenne relative aux espèces en-
E. Mazaubert et A. Dutartre (Irstea) enfin des membres de conservatoires
vahissantes » est à l’étude ; en France, L’ensemble de ces travaux est acces-
présentent le GT-IBMA (Groupe de botaniques et d’instituts de recherche
où les pouvoirs publics ont publié une sible sur le site Internet www.gt-ibma.eu
travail sur les invasions biologiques en (Irstea, INRA, CNRS, MNHN…) ap-
Stratégie nationale sur les espèces (Figure 21). En réponse à une de-
milieu aquatique), dont les travaux ont portent leur expertise et leurs connais-
exotiques envahissantes - poursuite mande croissante des gestionnaires,
commencé en 2009, réunit en son sein sances scientifiques.
de l’élaboration de la réglementation, le groupe de travail envisage de pour-
renforcement des actions de lutte et suivre son action sur le développement
Certaines espèces exotiques peuvent se révéler particulièrement envahissantes à l’image de la laitue
d’eau (Pistia stratiotes) sensibilisation du public - et enfin, aux d’approches économiques pour évaluer
niveaux territoriaux, où opèrent divers les coûts de gestion liés aux invasions.
groupes de travail et structures impli-
qués dans la gestion des espèces. Figure 21. Page d’accueil du site www.gt-ibma.eu

Les travaux engagés par le GT-IBMA,


en collaboration avec les coordina-
teurs techniques du Ministère de
l’Ecologie chargés de la mise en
œuvre de la stratégie nationale, visent
à l’établissement et la validation d’une
liste d’espèces invasives animales et
végétales en France métropolitaine, et
© A. Dutartre - Irstea

à la définition d’une méthode d’éva-


luation des risques liés à l’introduction
d’espèces en vue d’une application en
France métropolitaine. Pour ce faire, il
mène diverses actions : organisation
d’un séminaire « gestion des espèces
78 79
de végétaux envisagés. Si les espèces sion sensible à l’aval du cours d’eau,
compétitrices, plus présentes dans tandis que les espèces rudérales
les secteurs amont, n’affichent qu’une (plantes poussant spontanément
légère régression, les espèces tolé- dans les milieux perturbés) sont
rantes au stress connaissent un net en augmentation sur l’ensemble du
repli sur le tiers amont et le tiers aval linéaire. Enfin, les espèces introduites
© E. Tabacchi - CNRS

du bassin (Figure 22). connaissent un fort développement.


Ainsi, elles représentent aujourd’hui
Autres évolutions marquées : les en moyenne plus de 25% du nombre
hydrophytes (plantes immergées ou d’espèces observées sur un site,
amphibies) enregistrent une régres- contre 17% en 1989 (Figure 23).

La végétation rivulaire de l’Adour a subi d’importantes modifications dues aux pressions anthropiques
et en particulier à l’introduction d’espèces Figure 22.
Evolution spatiale et
temporelle des espèces
5.2 – Des altérations profondes des écosystèmes : le cas de tolérantes au stress
(en % du nombre total
l’Adour d’espèces) le long du
couloir rivulaire de
l’Adour. Les barres
Les impacts d’une invasion biologique tion profonde de la dynamique flu- horizontales signalent
les zones où les
s’inscrivent toujours dans un proces- viale sous l’effet de l’anthropisation,
changements sont
sus évolutif : pour appréhender l’état avec des conséquences marquées significatifs (en violet,
d’un écosystème à un instant donné sur la biodiversité végétale. Dans le entre 1989 et 1999 ; en
vert, entre 1999 et 2009).
– et prendre les bonnes décisions méandre de Bernède (32), le nombre
de gestion – il faut comprendre dans d’espèces observées est par exemple
leur temporalité les processus qui s’y passé de 673 à 383, le nombre d’ha-
jouent. Dans cette optique, une étude bitats distincts de 29 à 16. De manière
s’est intéressée aux évolutions des surprenante, aucun changement Figure 23.
Evolution spatiale
compositions floristiques des zones significatif n’a pourtant été observé
des espèces introduites
riveraines de l’Adour (E. Tabacchi, dans la richesse spécifique totale (en % du nombre total
CNRS et membre du GT IBMA). Les (voisine de 2 000 espèces) : l’évo- d’espèces) le long du
couloir rivulaire de
mêmes observateurs ont mené en lution s’est surtout traduite par une l’Adour.
1989, 1999 et 2009 des inventaires « redistribution des cartes », avec une
floristiques exhaustifs en présence/ tendance marquée à l’homogénéisa-
absence, sur 32 sites du couloir rive- tion des compositions entre amont
rain du fleuve, distribués de la source et aval – surtout entre 1989 et 1999.
à l’embouchure. Cette homogénéisation se traduit de
Ces observations révèlent une muta- manière différente selon les groupes
80 81
Le bilan est au final contrasté. Le végétaux natifs peuvent se révéler La méthode a été appliquée à la ments induits pour les pratiques de
maintien d’une diversité (richesse envahissants à la faveur des désé- zone humide du Marais poitevin. la pêche ou de la chasse de loisir.
spécifique) élevée suggère une rési- quilibres que subit un écosystème. Les différents impacts ont été ana- L’ensemble de ces paramètres a été
lience potentielle importante de cet lysés et traduits en préjudice écono- traité par le modèle précité, permet-
écosystème face aux pressions an- Au plan méthodologique, la robus- mique. Parmi les effets marchands, tant une évaluation des dommages
thropiques (urbanisation, agriculture, tesse des profils d’évolution obser- la jussie entraîne notamment une totaux, en euros, en fonction de la
fragmentation paysagère) et face au vés conduit les auteurs à suggérer perte de revenus touristiques liés biomasse de jussie (Figure 24).
changement climatique. Mais il ne leur utilisation pour la construction à une moindre navigabilité des
doit pas occulter les modifications de bio-indicateurs systémiques. canaux, des préjudices agricoles, Les calculs aboutissent, après mise
profondes de la composition des Cette étude au long cours est appe- un risque accru d’inondation lié en équation des coûts de gestion,
peuplements végétaux. La dispari- lée à se poursuivre : l’équipe envi- à l’envasement de voies d’eau à une estimation du stock «optimal»
tion inquiétante d’espèces spécia- sage maintenant le développement et d’importants rejets de nitrates de jussie dans le Marais poitevin : il
listes (souvent d’intérêt patrimonial) d’une approche fonctionnelle quan- lorsque l’invasion recouvre tout le correspond à 87 % du stock actuel-
est partiellement à relier aux inva- tifiée, visant à évaluer les effets des linéaire. Les impacts « non-mar- lement en place. Un tel outil a sus-
sions constatées, mais surtout aux changements de composition sur les chands » englobent bien sûr la cité l’intérêt des gestionnaires lors
modifications d’habitat. Les inva- fonctionnalités et les services rendus perte de biodiversité, mais aussi le du séminaire. En l’état, la méthode
sions ne sont d’ailleurs pas toutes par les écosystèmes. préjudice esthétique et les désagré- reste bien sûr perfectible. L’un
le fait d’espèces exotiques : des

Figure 24. Coûts induits par l’invasion, en fonction de la biomasse totale de


jussie.
5.3 – Vers des approches économiques

Pour appuyer la gestion des invasions L’étude s’est donc attachée à modé- Dommages totaux de la Jussie Dommages marginaux de la Jussie
biologiques, le développement d’ap- liser les relations entre la fonction de
proches économiques s’est imposé croissance du végétal, les impacts
Dommages (euros) Dommages (euros)
depuis quelques années comme un associés et les coûts de contrôle,
enjeu de recherche croissant. Parmi avec l’objectif d’établir une méthode
8 x 10 7
les premiers travaux de ce type en permettant d’estimer le stock « opti- 8 x 10 11

France, une étude (A. Thomas, INRA mal » de jussies sur un territoire don- 6 x 10 7
6 x 10 11
en partenariat avec le GT IBMA) s’est né. À partir de fonctions théoriques,
4 x 10 7
intéressée au cas des jussies : ce vé- les coûts de gestion ont été mis en 4 x 10 11

gétal aquatique, qui présente un inté- équation, liant biomasse présente 2 x 10 7


2 x 10 11
rêt esthétique lorsqu’il est présent en et quantité à extraire au regard de
faibles densités, a tendance à enva- chaque type d’impacts (marchands 5000 10000 15000 20000 5000 10000 15000 20000

hir les milieux naturels en l’absence et non marchands) de l’invasion.


Biomasse fraîche de Jussie (tonnes) Biomasse fraîche de Jussie (tonnes)
de mesures de contrôle appropriées,
entraînant alors des préjudices écolo-
giques et économiques.
82 83
des biais réside dans l’hypothèse à prendre en compte et à chiffrer
d’équivalence entre la longueur l’ensemble des impacts liés à l’inva-
de linéaire envahi et la biomasse sion. En particulier, la délicate ques-
de végétal présente. Par ailleurs, tion de la « monétarisation » des
une limite récurrente de ce type services rendus par la biodiversité
d’approche réside dans la difficulté reste ouverte et controversée.

Arrachage de la jussie dans le parc naturel régional de la Brière


© JP. Damien - PNR Brière

84 85
Conclusion

À travers une trentaine de présentations thématiques, le séminaire organisé par aquatique, au-delà de la seule gestion des espèces ou des populations, doit intégrer
l’Onema les 14 et 15 novembre 2012 a rendu compte de la grande variété des cette complexité et cette résilience pour appréhender le fonctionnement dynamique
approches scientifiques menées en France pour comprendre les mécanismes qui des systèmes. Cette volonté préside désormais au développement d’approches
influent sur la biodiversité aquatique, en évaluer l’état présent et développer les intégrées de la biodiversité aquatique : l’évaluation des écosystèmes impulsée par
outils et les méthodes qui permettront demain aux gestionnaires d’œuvrer plus l’UICN, le développement de bioindicateurs fonctionnels ou le recours aux études
efficacement à sa restauration. en mésocosmes témoignent de ce nouveau paradigme. Les données présentées
sur le lien entre régime de débit et biodiversité, ou sur les impacts des obstacles à
L’état des lieux proposé témoigne de la gravité des atteintes portées par le l’écoulement, montrent de même que le bon état hydromorphologique des milieux
changement global et les activités anthropiques à la faune et à la flore des milieux conditionne leur bon fonctionnement global et contribue à une restauration intégrée
aquatiques français – plus d’une espèce de poisson d’eau douce sur cinq est consi- des communautés vivantes.
dérée comme menacée. Mais l’avenir n’est pas écrit. Ainsi l’examen des tendances
temporelles mené par l’Onema suggère-t-il une embellie relative de l’état des popu- Les approches scientifiques actuelles de la biodiversité s’ouvrent aussi davantage
lations piscicoles, dont les efforts réalisés depuis 30 ans pour améliorer la qualité à l’interdisciplinarité. Le séminaire a ainsi permis de rendre compte des apports
des eaux sont sans doute un facteur explicatif. Les retours d’expérience présentés, récents de la bioinformatique ou des outils moléculaires pour évaluer l’état des
sur l’apron du Rhône par exemple, rappellent que les actions de restauration se peuplements. L’exploitation des documents historiques livre en outre des connais-
traduisent, lorsqu’elles sont bien menées, par des résultats significatifs. Les outils sances précieuses pour étendre l’horizon temporel des analyses. Le développement
réglementaires en lien avec la biodiversité aquatique – directive Habitats faune-flore, d’approches économiques, intégrant la notion émergente de service écosystémique,
réseaux Natura 2000, Directive cadre sur l’eau – fournissent aux gestionnaires un s’est imposé comme un enjeu de recherche majeur pour appuyer les choix de ges-
cadre nécessaire pour appuyer leurs actions. De même l’effort de restauration des tion : des outils de ce type ont par exemple été présentés pour évaluer la vulnérabilité
masses d’eau impulsé par la Directive cadre sur l’eau, et les avancées techniques des zones humides ou chiffrer les coûts d’une invasion biologique. Cette ouverture
qui l’accompagnent – bioindicateurs, nouvelles méthodes d’inventaire… – doivent-il interdisciplinaire du champ de la biodiversité doit maintenant s’étendre aux autres
concourir, au-delà des objectifs de la surveillance et du rapportage, à la connais- sciences humaines et sociales, encore peu représentées. Leurs apports permettront
sance et à la préservation de la biodiversité. d’éclairer les perceptions sociales de la biodiversité aquatique, les attentes qu’elle
suscite, et par conséquent les valeurs et services liés aux écosystèmes.
Des communautés microbiennes aux macrophytes, du dytique au brochet, la vie
aquatique résulte d’un ensemble complexe d’équilibres physico-chimiques et Enfin, la diffusion des données et connaissances acquises, sous forme de supports
d’interactions trophiques, entre les communautés vivantes et leur environnement. et d’outils déclinés auprès des différents publics – scientifiques, gestionnaires,
Chaque intervention – aggravation ou levée d’une pression, action de restauration acteurs économiques, citoyens – reste un enjeu premier : l’effort de restauration de
– entraîne des effets sur l’ensemble de la chaîne. La préservation de la biodiversité la biodiversité exige, plus que jamais, les progrès de notre conscience collective.

86 87
Références
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88 89
Rédaction
Nicolat Poulet (Onema/Dast),
Nirmala Séon-Massin (Onema/Dast puis ONCFS)
et Laurent Basilico (journaliste)

Edition
Véronique Barre (Onema/Dast)

Remerciements
Les auteurs tiennent à remercier l’ensemble des intervenants
pour leur investissement lors du séminaire
et dans la relecture attentive de ce document.
Tous nos remerciements à l’Office international de l’eau
pour son concours à l’organisation et à la valorisation de cet évènement.
Merci également à tous ceux qui ont fourni gracieusement
des photos et illustrations.

90
La collection « Les rencontres-synthèses »,
destinée à un public technique
ou intéressé, présente les principaux résultats
de séminaires organisés, ou co-organisés, par l’Onema.

Changement climatique :
impacts sur les milieux aquatiques
et conséquences pour la gestion (février et août 2010)

Les mésocosmes :
des outils pour les gestionnaires
de la qualité des milieux aquatiques ? (mars 2011)

Quel(s) rôle(s) pour les instruments économique


dans la gestion des ressources en eau en Europe ?
Enjeux politiques et questions de recherche (juin 2011)

Captages d’eau potable et pollutions diffuses :


quelles réponses opérationnelles à l’heure
des aires d’alimentation de captage «grenelle» ? (août 2011)

Plan de sauvegarde de l’anguille.


Quelles solutions pour optimiser la conception
et la gestion des ouvrages (novembre 2012)

Mise en oeuvre de la directive cadre sur l’eau.


Quand les services écosystémiques entrent en jeu (février 2013)

Bioindication :
des outils pour évaluer l’état écologique
des milieux aquatiques (avril 2013) ISBN : 979-10-91047-17-3

Création graphique : Inzemoon (06 75 24 19 30)


Réalisation : Bluelife (09 66 82 33 55)

Imprimé sur papier issu de forêts gérées durablement par :


IME

Septembre 2013
IMPRIMÉ EN FRANCE
Synthèse

Biodiversité aquatique :
du diagnostic
à la restauration

BIODIVERSITÉ AQUATIQUE : du diagnostic à la restauration


Synthèse du séminaire
«Biodiversité aquatique :
quelles pistes pour la gestion
des rivières et plans d’eau ?» Paris,
les 14 et 15 novembre 2012.

Photos de couverture © Nicolas Poulet - Onema Nicolas Poulet, Nirmala Seon-massin et Laurent Basilico

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