WNIVERSITE CADI AYY4y, “cece QRH Fili@re Sciences de la vie ps eile Licence - Semestre 4 Module M1 : Biochimie métabolique et Enzymologie INTRODUCTION EN ENZYMOLOGIE CINETIQUE ENZYMATIQUE Enzymes Michaeliennes | —— Emaymes Allostériques Professeur Ahmed HAMDAOUIINTRODUCTION EN ENZYMOLOGIE 1 DEFINITIONS ET GENERALITES A- Conseils pratiques aux étudiants Pré-requis et Méthodologie de travail B- Structure des enzymes C- La catalyse enzymatique comparée a la catalyse chi D- Nomenclature et classi n des enzymes ique I— CINETIQUE ENZYMATIQUE ‘A- Notions d’ordre et de vitesse d’une réaction chimique B- Ordre et vitesse d’une réaction enzymatique C- Méthodologie d’étude expérimentale d’une réaction enzymatique D- Les unités de mesure des activités enzymatiques a Les unités de mesures des vitesses des réactions enzymatiques des enzymes E- Principales techniques de mesure des vitesses des réactions enzymatiques F- Théorie de Michaelis-Menten G- Détermination graphique des paramétres Km et Vmax Représentation de Lineweaver-Burck Il ETUDE DE L'INHIBITION ENZYMATIQUE A-Inhi ‘éversible B-Inhibition réversible Inhibition mixte @- In C-Inhibition par exces de substrat IV- Quelques régulations physiologiques des activités enzymatiques A-Effets du pH et de la température sur la vitesse des réactions enzymatiques B-Régulation par la concentration en substrat Cas des enzymes allostériques C-Régulation par les inhibiteurs et activateurs D-Biosynthése d’enzymes sous forme inactive (Proenzymes) E- Régulation au niveau de la biosynthése de certaines enzymes Cas de l'Opéron LactoseDEFINITIONS ET GENERALITES A Conseils pratiques aux étudiants Pré-requis et Méthodologie de travail Pré-requis : Les Acides Aminés et les structures des Protéines (Structures Primaire, Secondaire, Tertiaire et Quaternaire des Protéines) Notions de base de Chimie générale (Les équilibres des réactions, notions de Ph, détermination des concentrations des réactifs en solution, notions d’ordre et de vitesse des réactions, Thermochimie .. Notions de bases en Algébre (Etude et représentations graphiques des équations) Méthodologie de travail : Le systéme semestriel de licence impose aux étudiants un travail accéléré ! Nécessité ABSOLUE d’un travail continue, régulier et assidu Préparation des Travaux Dirigés ‘TD) et des Travaux Pratiques (TP) & Vavance ! Les étudiants doivent apprendre A tracer rapidement et correctement les graphiques sur papiers millimétrés. Pour bien profiter des séances de TD les étudiants doivent tracer les graphiques a ’avance ! e Structure des enzymes Molécules de nature protéique (protéines) capables de catalyser des réactions biochimiques dans les organismes vivants. Certaines enzymes contiennent en plus de la partie protéique (Apoenzyme) une partie non protéique (cofacteur). Le cofacteur quand il existe, est indispensable a I'activité enzymatique. NATURE DES COFACTEURS A. Ions métalliques (Cations) Fe?*, Cu*, Mg**, Mn**, Zn*, Cat, Na*, K*, B- Coenzymes : Composés organiques a-Composés liés fortement a l’enzyme (Groupements prosthétiques) Ex : Le groupement Porphyrine dans les catalases ou Cytochromes. b- Composés liés faiblement a l'enzyme : beaucoup de ces coenzymes sont des dérivés de vitamines ! 2Jons métalliques = cations (Métalloenzymes) Ka > 10 °M+ Fe? / fed Cytochromes peroxydases, catalase. Cut / Cu+ Cytochromes oxydases, tyrosinase. Mg** La plupart des phosphotransférases. Mn-+ Quelques phosphotransférases, Arginase. Int Alcool déshydrogénases, protéases. Cat Protéases (Calciprotéases). Nat, K+, ATPase membranaire. Les principaux coenzymes et vitamin Nom des coenzymes Vitamine Groupement transtéré NAD Nicotinamide (vit PP) Réactions doxydoréduction NADP Nicotinamide (vit PP) (Transfert d’hydrogene FMN Riboflavine (vit B2) ou d’électrons) FAD Riboflavine (vit B2) Cytochromes ATP Phosphate et AMP UDP Ose, Acide uronique CDP Phosphoryl choline Coenzyme Acétyl CoA Acide pantothénique ‘Acyl et acétate Acide tétrahydrofolique | Acide Folique Groupement en C1 (THF) Biotine Biotine (vit H) Groupement carboxylique Phosphate de pyridoxal | Pyridoxine (vit B6) Groupement aminé (PLP) Thiamine pyrophosphate (TPP) Thiamine (Vit B1) Groupement en C2Exemple de mécanisme d'action de coenzymes : Cas du NAD et NADP dans les réactions d’oxydoréduction : AH, +B ———~* A+BH Ei Fi NAD + AH; (réduit) A (oxyde) ee Déshydrogénase 1 So NAD+ NADH+H* Déshydrogénase 2 nn BH, (réduit) é \B (oxydé) Si E1 = Ez, le coenzyme reste fixé a l’enzyme pendant la réactionC- La catalyse enzymatique comparée ala catalyse chimique 1- Propriétés générales des catalyseurs a- Les catalyseurs accélérent la vitesse d'une réaction qui est thermodynamiquement possible b- Les catalyseurs ne modifient jamais la constante d’équilibre d'une réaction > Si une réaction est réversible les catalyseurs accélérent aussi de la méme facon la réaction inverse ! c- Les catalyseurs participent a la réaction MAIS ils se retrouvent non modifiés apras la réaction ! 2- Propriétés particuliéres a la catalyse enzymatique a- L/activité enzymatique est modulable (contrélable) b- Existence d'une grande spécificité vis-a-vis de la réaction catalysée ou c- L'accélération de la vitesse de la réaction est plus importante L'abaissement de I’énergie d’activation est beaucoup plus important par rapport aux catalyseurs chimiques Réactions sans catalyseur A:B Complexe activé E? E2 Avec enzyme 3 [rs E,3<<< E,! A+B Réactions avec catal. chimique Réactions avec enzyme A-B > Evolution de la réactionExemple: Catalase: H;0; —> 10+4 0: — Sans enzyme ni catalys. Chimique Ea =18K cal/mole Avec catalyseur chimique (platine) Fa = 11,7K cal/mole Avec enzyme: catalase Ea=2 K cal/mole D- Nomenclature et classification des enzymes Ancienne nomenclature des enzymes : Nom du substrat + suffixe « ase » Protéine > — Protéases Amidon ==> — Amylase Lipides > lipases Ou par la nature des réactions : Oxydoréductases, décarboxylases, transaminases ... Actuellement : cla ‘ification des enzymes par le IUB «international Union of Biochemistry » EC m1, m, nang, «+ sse Sous sous classe N°de classe Sous cla: (e146)Systeme LUB « international Union of Biochemistry » Enzymes reparties dans 6 classes principales : Classe]: Oxydoréductases : Catalysent les réactions d’oxydoréduction Classe2: Tramsférases : Catalysent les transferts de groupements fonctionnels. Classe3: hydrolases Réactions d’Hydrolyse : A-B + H)O—» A-OH+ BH Classe4: — Lyases : Forment ou enlévent une double liaison par élimination ou addition d’un groupement Ex:Ri-CH- CH-R. ~— Ri-CH=CH-R)+HO OH H : Isomérases : Réactions d'isomérisation Ex: Glucose— 6— Phosphate =* Fructose— 6 Phosphate Classe6 —_ Ligases ou synthétases : Etablissement d'une liaison covalente ch / Cy EC.6,1 2 CC) 3 4