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Biochimie structurale:

Chapitre III : Les Protéines


Dr. Zemmouri H.
zemmourihanene2006@yahoo.fr

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Année universitaire 2019/2020
PROTEINES
 Du Grec: prôteíon premier ou essentiel

 Expression de l’information génétique

 C, H, O, N souvent S parfois P, Fe, Zn, Cu

 Les plus abondants : 50% du poids sec des êtres vivants

 Macromolécule complexe : chaine polypeptidique

Polymère d’acides aminé (aa)


(20 aa de la série L)

Lier par des liaisons amides: liaison peptidique

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CLASSIFICATION DES PROTEINES
 Selon leur composition
• Protides hydrolysables
Peptides
Oligopeptide: Nombre aa <10
Polypeptides: 10 <Nombre aa <100
Protéines
Holoprotéines aa
Hydrolyse
Hétéroprotéines aa+groupement prosthétique
Glycoprotéines
Lipoprotéines
Nucléoprotéines
• Protides non hydrolysables:
issus des protides hydrolysables dans des conditions bien définies (HCl 6N, 24 h ou plus, 110°C).

 Selon leur forme tridimensionnelle (conformation).


Structure primaire, secondaire, tertiaire, quaternaire
Protéines fibreuses et globulaires
 Selon leurs propriétés fonctionnelles 3
FONCTIONS DES PROTEINES
Diversité de fonction

• Protéines structurales: la kératine, le collagène, …


Dans tous les tissus comme, le muscle, l’os, la peau, les organes internes,
les membranes cellulaires et organites intracellulaires.

• Enzymes : activité catalytique spécifique


• Hormones : insuline
• Protéines contractiles et du mouvement: myosine
• Protéines de transport dans le sang : hémoglobine ou au travers de la membranes
cellulaires
• Protéines protectrices : Anticorps ou immunoglobulines
• Protéines de réserve : ovalbumine

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Plan

Introduction
Les Acides Aminés
Les Peptides

Les Protéines

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Les Acides Aminés Unités fondamentales

20 différents aa Dont 8 sont indispensables

Amine Acide
primaire α carboxylique

Se distingue par

R: chaine latérale:
H, chaine aliphatique, ramifié, cycle ou hétérocycle

Sauf: Proline ne répond pas à cette structure générale (amine secondaire)

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Classification des acides aminés
Classification selon les groupements chimiques du R
• Acides aminés à chaîne aliphatique simple: Gly, Ala, Val, Leu, Ile
• Acides aminés à chaîne aliphatique alcool: Ser, Thr
• Acides aminés à chaîne aliphatique soufrées: Cys, Met
• Acides aminés à chaîne aliphatique diacides et leurs amides: Glu, Asp, Asn, Gln.
• Acides aminés à chaîne aliphatique diamines: Lys, Arg.
• Acides aminés aromatiques: Phé, Tyr,Trp
• Acides aminés hétérocycliques: His, Pro.
Classification selon les propriétés chimiques du R (polarité et charge)
• Acides aminés à chaîne latérale non polaire
• Acides aminés à chaîne latérale polaire non chargée
• Acides aminés à chaîne latérale plaire chargée
-positivement (aminoacides basiques)
-négativement (aminoacides acides) 8
8 indispensables:
Met,
Leu,
Val,
Lys,
Ile,
Phé,
Trp,
Thr.

Imidazole
guanidino

Indole

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Remarque
Les acides aminés non standard sont soit :
- Acide aminé d'une protéine modifié après la traduction (modification post-traductionnelle)
Exemple:
4-hydroxyproline, dérivé de la proline,
5-hydroxylysine, dérivé de la lysine.
établissement de liaisons H sites d'O-glycosylation dans le collagène
- Des intermédiaires de la biosynthèse d'autres aminoacides,
Exemple:
Ornithine et la citrulline -> intermédiaires du métabolisme des protéines
(biosynthèse de l’arginine)
D’autres molécules dérivent des acides aminés
- Des éléments de construction d'autres molécules comme les lipides
Exemple:
Choline issue de la décarboxylation de la sérine
- Des molécules actives
Exemple:
Histamine, issue de la décarboxylation de la histidine, entre en jeu dans les réaction
inflammatoire
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4-aminobutanoique (GABA), dérivé de l’acide glutamique, est un neurotransmetteur
La Sélénocystéine (U ou SEC) : le 21ème acide aminé

- Acide aminé rare trouvé dans certains enzymes exemple: glutathion peroxydase

- Incorporée aux peptides de façon co-traductionnelle (traduction du codon stop UGA)

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Propriétés des acides aminés

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1. Propriété ionique des acides aminés

Caractère amphotère ou ampholyte

Zwitterion
(Ion mixte)
Charge
nette: +1 0 -1
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Titration
d’un
acide
aminé

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Leningher Principles of biochemistry 0.1 M glycine at 25 C equivalent OH ‘Mol/L
Le point d’inflexion du premier segment correspond au pK1 C’est le point de demi-titration
de le première fonction acide de l’aa.
Le point d’inflexion du deuxième segment correspond au pK2 C’est le point de demi-titration
de le deuxième fonction acide de l’aa.

Lorsque toutes les charges portées par un acide aminé s’équivalent (charge globale neutre) il
atteint son point isoélectrique (Pi ou pHi)

pHi = (pK1 + pK2) /2 (aa n’ayant pas de groupement ionisable au niveau de R)

- pour un pH inférieur à la valeur du pHi, la charge nette moyenne de l'aminoacide est (+)
- pour un pH supérieur à la valeur du pHi, la charge nette moyenne de l'aminoacide est (-)

Remarque: à son pHi (ou pI) l’aa est le moins soluble

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2. Propriétés physiques des acides aminés
a. Solubilité
La solubilité des aminoacides dans l'eau va dépendre essentiellement de deux facteurs :
- le double groupement fonctionnel commun qui peut s'ioniser et donc favoriser la dissolution
- la chaîne latérale qui peut avoir un caractère plus ou moins polaire ou apolaire
Ils sont soluble dans les solvants polaire et pas dans les solvants apolaire.

b. Spectre d’absorption
- les chaînes latérales aromatiques des aa ont des spectres d'absorption caractéristiques dans
l'ultraviolet moyen :

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c. Pouvoir rotatoire
- Les aa possèdent un carbone asymétrique (exception faite pour la glycine)

L-(+)- Alanine D-(-)- Alanine 17


Leningher Principles of biochemistry
3. Propriétés chimiques des acides aminés
Dues à la présence des groupements fonctionnels COOH, NH2
et dans certains cas R quand il comporte des groupements réactionnels.
3.1. Réactions dues à la présence de la fonction COOH

a. Formation d’amine (décarboxylation)


Décarboxylases

Si R’: correspond à un aa
b. Formation d’amide Formation de la liaison peptidique

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3.2. Réactions dues à la présence de la fonction NH2
a. Addition d’aldéhyde

Un des moyens très sensibles de détection des aminoacides utilise cette réaction : l'aldéhyde
utilisé est le 1, 2-dialdéhyde benzénique.

Le produit d'addition est très fluorescent. 19


b. Désamination (avec l’acide nitreux)

Permet de doser les acides aminés en mesurant le taux de N2 libéré par la réaction
(Méthode de Van Slyke).
c. Transamination
La transamination est une réaction de transfert du groupement aminé entre un aa et un
acide α-cétonique catalysée par des aminotransférases (ou transamines).
-> Nécessite un coenzyme, le phosphate de pyridoxal (PPal), transporteur intermédiaire de la fonction amine
Exemple:

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d. N-Arylation
L’arylation avec le fluoro-2,4-dinitrobenzène (FDNB) ou réactif de Sanger, donne des dérivés
de couleur jaune.

+ HF

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e. N-Acylation (Cl – SO2 – R’ )

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f. Carbamylation
La carbamylation avec le phénylisothiocyanate (PTC) ou réactif d’Edman, à un pH basique
de 9, donne des dérivés qui absorbent dans l'ultraviolet

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3. 3. Réactions dues à la présence des fonctions COOH et NH2
La réaction avec la ninhydrine (colorométrie des aa)
Donne un produit violet pour tout les acides aminé (jaune pour la proline)
L'acide aminé est complètement dégradé par une réaction de désamination
et de décarboxylation.

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3.4. Réactions dues aux chaines latérales

Les principaux groupes latéraux réactifs des aminoacides sont :

- Les carboxyles et amines : ils sont de réactivité identique à celles des groupes α
N-glycosylations

- Les chaînes latérales contenant du soufre -> formation de pont disulfure,


fixation de métaux
- Les chaînes latérales alcools -> sites potentiels de phosphorylation
et de O-glycosylations

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Séparation des acides aminés

Etude d’un mélange d’aa -> Méthodes de séparations

1. Electrophorèse
2. Chromatographies

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1. Electrophorèse
Séparation par migration différentielle de particules, chargées électriquement, sous
l’influence d’un champs électrique
aa ont une charge électrique -> des groupements ionisables (selon le pH) -> peuvent se
déplacer dans un champs électrique

Electrophorèse sur papier : à pH donné, un champs électrique est appliqué sur


une bande de papier imbibée de tampon

Anode Cathode
Anions Cations
(+) (-)

Révélation par la ninhydrine

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Exemple:

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2. Chromatographie
Sépare les constituants d’un mélange (les solutés) par entrainement au moyen
d’une phase mobile (élution par liquide ou gaz) le long d’une phase stationnaire
(solide ou liquide) grâce à la répartition sélective des solutés entre ces deux
phases

Exemple de chromatographie :

Chromatographie de partage sépare selon la solubilité


Chromatographie d’exclusion sépare selon la taille, la forme
Chromatographie échangeuse d’ions sépare selon la charge électrique

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2.1. Chromatographie sur couche mince
Sépare les solutés par entrainement au moyen d’une phase mobile liquide :
solvants organiques le long d’une phase stationnaire solide polaire grâce à la
répartition sélective des solutés entre ces deux phases : selon leurs solubilité

Révélation par la ninhydrine

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2.2. Chromatographie échangeuse d’ions
Sépare les solutés selon leurs charges par entrainement au moyen d’une
phase mobile liquide : tampons (gradient de pH) le long d’une phase
stationnaire solide chargée:

• négativement (exemple: carboxyméthyle -CH2-COO-)


-> Echangeuses de cations

• ou positivement (exemple : -N(CH3)3+ groupes ammonium quaternaire)


-> Echangeuse d’anions

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Exemple: Séparation d’un mélange d’aa sur colonne d’échange de cations

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HPLC: chromatographie liquide à haute performance

Chromatogramme 35

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