L'essentiel de la
biologie cellulaire
Rappels de cours
QCM corrigés
Commentaires et conseils
Steve Lancel
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L'essentieI de la
biologie cellulaire
Rappels de cours
et QCM corrigés
PASS
LICENCE SANTÉ
H PASS
LAS
L'essentieI de la
biologie cellulaire
Rappels
et QCM corrigés
Steve Lancel
(( çllipsešö )
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ISBN 9782340-040915 DANGER
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intellectuelle.
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Sommaire
Chapitre 4- Cytosquelette...................................................................61
Chapitre 5- Mitochondries.................................................................91
Références 349
Avant-propos
Le Parcours d'Accès Spécifique Santé (PASS) est l°u11e des voies permettant
d'°atteindre, des la deuxième année dans le superieur, les etudes de médecine, de
pharmacie, d'°odontologie, de maïeutique et de kinésithérapie. Un travail
important et régulier est indispensable afin d'°accéder à la spécialité de son choix.
La quantité d'informations à assimiler dans les différentes disciplines est
colossale et il est parfois difficile pour l'étudiant d°en retenir l°essentiel. Cet
ouvrage a pour but d'°accompagner et d'aider l°étudiant dans son effort de
synthèse des connaissances en biologie cellulaire, que ce soit dans le cadre du
socle commun du premier semestre ou dans les enseignements transversaux plus
approfondis du second semestre.
<< L'°essentiel de la biologie cellulaire ›› est organisé en une douzaine de sujets
abordés en PASS. Chaque chapitre se compose d'un rappel de cours avec
illustrations, d'°une èche de synthèse, de QCM, et d'exercices corrigés. Avec ses
300 QCM commentés et ses exercices de réflexion, cet ouvrage aidera les
étudiants à se préparer aux épreuves du concours d'°accès aux études de santé. Il
sera également utile aux étudiants des licences généralistes avec l°option << Accès
Santé ›› qui devront rapidement se mettre à niveau pour prétendre à l'intégration
dans les études de santé.
Chapitre 1-
Introduction à la biologie cellulaire
La vie sur Terre est apparue il y a un peu plus de trois milliards d'°années.
Différentes théories coexistent pour l'expliquer parmi laquelle la théorie du
monde de l°ARN primitif. Cette théorie, assez largement acceptée, repose sur le
fait que l°ARN constituerait le point initial. Celui-ci aurait acquis des propriétés
enzymatiques (toujours retrouvées aujourd'hui au niveau des ribozymes).
Ensuite, grâce à l°information génétique portée par l°ARN et l'apparition du
ribosome seraient apparues les protéines. Enfin, notamment pour des raisons de
stabilité, l°ARN aurait donné naissance à l'ADN. L'°encapsulation de ces trois
types de biomolécules à l'intérieur dune bicouche lipidique serait à l°origine de
la cellule primitive.
I. Théorie cellulaire
La découverte des cellules date du XVIIe siècle. Robert Hooke a mis au point l u n
des premiers microscopes lui permettant de montrer que le liège est constitué de
petits compartiments qu°i1 appellera cellule. De nombreux chercheurs
poursuivront ce type d'°observation au gré de l°amélioration des microscopes.
C°est ainsi que les travaux de Matthias Schleiden et Théodore Schwann
conduiront à 1°émergence de la théorie cellulaire. Cette théorie du XIX° sicle
propose ou°un organisme vivant est constitué d'°une ou plusieurs cellules, celles-
ci étant considérées comme les plus petites unités de base du vivant. Aujourd'hui,
cette théorie est complétée par le fait qu'une cellule ne peut provenir que d'°une
cellule préexistante, possède son propre métabolisme et est le siège de l°hérédité.
1. Bactéries
Les bactéries (Figure l.l), autrefois appelées eubactéries, sont des cellules
procaryotes. Elles ne possèdent ni systèmes de membranes internes ni organites.
La membrane cellulaire ou membrane plasmique sépare le milieu intracellulaire
semi-fluide, encore appelé cytosol, du milieu extracellulaire. Le chromosome
bactérien est constitué d'°une molécule d'°ADN circulaire et bicaténaire. Des
éléments de plus petite taille d'ADN sont retrouvés sous forme de plasmides. La
membrane est entourée sur sa face extérieure par la paroi bactérienne. Celle-ci
est riche en peptidoglycanes et confère sa forme à la bactérie et une certaine
résistance aux contraintes mécaniques et osmotiques. A la surface de ce type de
procaryotes sont également retrouvés des appendices protéiques filamenteux
nommés pili. Les pili communs permettent l°adhérence de la bactérie à un
substrat (une muqueuse par exemple). Les pili sexuels permettent quant à eux
l°échange de matériel génétique lors de la conjugaison bactérienne. Erin, suivant
le type de bactérie, la présence d'un flagelle, une structure protéique
filamenteuse, permet à la bactérie de se mouvoir dans son milieu. Il s°agit d'un
véritable moteur rotatif alimenté par un gradient de protons existant de part et
d'autre de la membrane plasmique. Les bactéries sont retrouvées notamment dans
la more commensale. Elles peuvent être responsables de maladies (choléra ou
peste par exemple). Ce sont également des organismes utilisés en recherche.
Pili
Ribosome
I \
Membrane Flagelle
Paroi - plasmique
Cytosol
Plasmide
hromosom
bactérien
2. Archées
Les archées, d°un point de vue morphologique, sont très proches des bactéries.
Elles appartiennent, comme les bactéries, aux procaryotes. Comme évoqué
précédemment, une différence majeure entre bactéries et archées (anciennement
appelées archéobactéries) est la séquence éloignée de leur ARN ribosomal 16S.
En outre, leur paroi est cette fois-ci constituée de pseudopeptidoglycanes. Alors
que l'ADN des bactéries est dépourvu d"histones, des complexes protéiques
interagissant avec l'ADN, certaines archées expriment des complexes protéiques
de type histone. Erin, ce sont des organismes avec des voies métaboliques
particulières, capables de vivre dans les milieux les plus extrêmes : certaines
produisent du méthane, d'autres vivent à un pH très acide ou à des températures
supérieures à 70°C
3. Eucaryotes
a. Origine
Alors que les premières cellules procaryotes ancestrales, au métabolisme
anaérobie, seraient apparues il y a plus de 3 milliards d'°années, le premier ancêtre
commun des eucaryotes aurait vu le jour il y a 1,5 à 2 milliards d'années. La
membrane plasmique du procaryote ancestral, en se repliant vers le compartiment
intracellulaire et formant alors des invaginations, aurait permis la formation du
réticulum endoplasmique et du noyau grâce à la formation de 1°enveloppe
nucléaire. Cet eucaryote primitif aurait ensuite capté un procaryote aérobie
hétérotrophe, c°est-à-dire un procaryote utilisant des composés organiques en
présence d"oxygene moléculaire. C°est ainsi que serait apparue la mitochondrie
des cellules eucaryotes. De la même façon, certains eucaryotes ancestraux
auraient probablement << phagocyté ›› une cyanobactérie, un procaryote aux
capacités de photosynthèse , c°est-à-dire capable grâce à l'énergie portée par la
lumière de synthétiser des composés organiques à partir d'°éléments inorganiques
et de minéraux. C'est ainsi que seraient apparus les chloroplastes des végétaux.
Cette théorie soutenue notamment par Lynn Margulis dans les années 1970 porte
le nom de théorie endosymbiotique.
__
nombreuses protéines de type récepteurs, canaux ioniques, transporteurs actifs,
purines . Contrairement aux procaryotes, la cellule eucaryote possède un noyau
vrai, délimité par une enveloppe, qui contient l°ADN sous forme de chromosomes
non circulaires. D'°autres structures membranaires à une ou deux membranes
ayant une fonction particulière sont retrouvées dans le compartiment
8 L'essentiel de la biologie cellulaire
oyau
Cytosquelette
Réticulum
Cytosol ndoplasmique
L
Appareil de aral
Golgi tonique
Mitochondrie
Transporteur
3. Théorie cellulaire
chi
A La cellule est la plus petite entité du vivant.
E. La cellule est le siège du métabolisme.
c
I
Une cellule provient d'une cellule pré-existante.
D. Une cellule contient une information génétique.
E. Une cellule peut constituer un organisme.
4. Procaryotes (I)
5. Procaryotes (II)
6. Procaryotes (Ill)
7. Procaryotes (IV)
8. Bactéries (I)
JE.. L'ADN bactérien est contenu dans une région appelée nucléo'l'de.
B. Le chromosome bactérien est un ADN linéaire.
C. Le chromosome bactérien est monocaténaire.
D. L'ADN des procaryotes est associé à de nombreuses protéines.
E. Les bactéries sont capables d'échanger de I'ADN par conjugaison.
9. Bactéries (II)
A FAUX.
E VRAI.
C VRAI.
D. FAUX. Les estimations sont plutôt autour de 600 gènes.
E- VRAI.
3. Théorie cellulaire
A VRAI.
E VRAI.
C- VRAI.
D. VRAI.
E VRAI.
4. Procaryotes (I)
A VRAI.
E, VRAI.
C VRAI.
D. FAUX. Les champignons sont des eucaryotes.
E- FAUX. Les protistes sont des eucaryotes.
Introduction à la biologie cellulaire 15
5. Procaryotes (II)
6. Procaryotes (Ill)
A. VRAI.
B. VRAI.
C-.VRAI.
D. FAUX. L'ARN ribosomique 168 est un constituant de la petite sous-unité
ribosomale.
E. FAUX. La séquence de l'ARN ribosomique 168 diffère entre les archées et les
bactéries.
7. Procaryotes (IV)
8. Bactéries (I)
A. VRAI.
B. FAUX. II est circulaire.
cz. FAUX. II est bicaténaire.
D. FAUX. L'ADN des bactéries est dépourvu d'histones.
E. VRAI.
16 L'essentiel de la biologie cellulaire
9. Bactéries (II)
A. FAUX.
B. VRAI. Les hématies n'ont pas de mitochondries.
G. VRAI.
D. FAUX. Les procaryotes ont aussi des ribosomes.
E. VRAI.
Tl.. VRAI.
B. VRAI.
G. VRAI.
D. VRAI. II s'agit notamment des histories.
E. VRAI.
I. Culture cellulaire
La culture des procaryotes, ce pdf a été initialement donné gratuitement ici :
bit.1y/36nA5bl toute revente de ce fichier est honteuse et plus
particulièrement des bactéries, ne sera pas abordée dans ce chapitre , 1°accent
sera mis sur celle des eucaryotes.
1. Culture primaire
Il est possible d'°extraire les cellules d°un tissu (exemple : une biopsie cutanée)
ou d°un organe (muscles, cerveau, pancréas ou cœur par exemple). Les cellules
obtenues sont dites primaires.
Pour obtenir des cellules primaires, il faut tout d'°abord digérer la
matrice extracellulaire à l'aide d'enzymes protéolytiques (collagénose,
trypsine par exemple) et en présence de chélateurs de cations bivalents comme
l°EDTA. Dans un second temps, il est nécessaire de procéder à une étape de
purification afin de sélectionner le type cellulaire recherché. Celle-ci peut se
faire soit par la méthode d'°adhérence différentielle (attachement plus rapide
d'un type cellulaire sur le support de culture par rapport à un autre), de
centrifugation (purification en fonction de la densité de la cellule) ou par des
méthodes immunologiques visant à séparer les cellules en fonction de
marqueurs de surface (utilisation du trieur de cellules par exemple). Une fois
purifiées, les cellules sont alors mises en culture sur un support, généralement
en plastique sous forme de tacons ou de boites
20 L'essentiel de la biologie cellulaire
1. Les anticorps
Les anticorps sont des immunoglobulines synthétisées par les lymphocytes B
dont le but est de détecter et neutraliser les éléments du non-soi. En biologie, les
anticorps sont utilisés pour reconnaître spécifiquement des protéines. Ils sont
produits par des animaux immunisés contre la protéine étudiée. Les anticorps
ainsi obtenus, issus de plusieurs lymphocytes B, reconnaitront différentes parties
(épitopes) de la protéine : ce sont les anticorps polyclonaux. Il est aussi possible
de produire des anticorps reconnaissant un seul épitope de la protéine étudiée : ce
sont les anticorps monoclonaux. L'°obtention de ces anticorps est plus complexe
puisqu'elle consiste à fusionner un lymphocyte B producteur d°anticolps avec
une cellule tumorale de lymphocyte B. La cellule hybride obtenue sera capable
de se multiplier et de produire en quantité un seul type d'°anticorps reconnaissant
la protéine.
2. Principes généraux
Les techniques d'°immunodétection peuvent s'appliquer sur des coupes de tissus,
des cellules vivantes, des cellules axées et perméabilisées ou encore des lysats
cellulaires.
La technique consiste à appliquer un anticorps sur l°échantillon biologique.
L'anticorps peut directement être couplé à un système de détection , c°est-à-dire
porter une activité enzymatique (exemple : peroxydase ou phosphatase alcaline)
ou 1111 fluorophore. La détection de l'activité enzymatique nécessitera l°utilisation
d°un substrat, la fluorescence sera détectée après excitation lumineuse à une
longueur d'°onde donnée et la longueur d'onde d'émission sera ensuite recueillie.
Ces techniques sont dites directes.
Il existe également des techniques de détection indirecte qui font intervenir
l°utilisation d'un second anticorps (anticorps secondaire) reconnaissant le
premier anticorps (anticorps primaire) qui se lie à la protéine d'°intérêt. Cette fois-
ci, c°est l°anticorps secondaire qui porte l'activité enzymatique ou le fluorophore.
3. Exemples de techniques
L'°immunohistochimie consiste à détecter une protéine d°un tissu par
immunodétection directe ou indirecte. L'°équivalent cellulaire correspond à
Pimmunocytochimie. Une fois marqués, les échantillons sont observés à l'aide
de microscopes photoniques à lumière blanche ou de microscopes à fluorescence.
Il est aussi possible de quantifier une protéine dans un échantillon. Pour ce faire,
dans une plaque à 96 puits, des anticorps dirigés contre la protéine d'intérêt sont
adsorbés. L'°échantillon biologique à tester (sérum, lysat) est incubé. Après
rinçage, un anticorps primaire dirigé contre la protéine d'intérêt et portant une
activité enzymatique est ajouté (parfois l°activité est portée par un anticorps
secondaire). Après mesure de cette activité et par comparaison avec une gamme
étalon, il est alors possible de quantifier la protéine d'intérêt dans 1"échantillon.
Méthodes en biologie cellulaire 23
Culture cellulaire :
> Cultures primaires 1
O Cellules provenant de la digestion enzymatique d'un tissu
Immunodétection
> Utilisation d'anticorps mono ou polyclonaux
> Détection directe : anticorps dirigé contre la protéine d'°intérêt couplé à
un enzyme ou un fluorophore
> Détection indirecte : utilisation d°un anticorps primaire dirigé contre la
protéine d'intérêt et d°un anticorps secondaire détectable reconnaissant
l'anticorps primaire
> Applications principales : immunocytochimie, immunohistochimie,
ELISA, western-blot, cytométrie en aux, trieur de cellules
QCM - Méthodes en biologie cellulaire
a Les cellules primaires peuvent être obtenues à partir d'une biopsie tissulaire.
B La trypsine peut être utilisée pour digérer la matrice extracellulaire d'un tissu.
C. La collagénose peut être utilisée pour digérer la matrice extracellulaire d'un
tissu.
D. L'utilisation d'EDTA, en chélatant le sodium, permet de favoriser la dissociation
des cellules d'un tissu.
E. La lambine aide à la dissociation d'un tissu.
.HL Les cellules primaires saines ont une capacité de prolifération illimitée.
E. Les cellules primaires ont perdu la capacité de se différencier.
c La preparation des cellules primaires est plus coûteuse que l'utilisation de
lignées cellulaires.
D. L'avantage des cellules primaires est d'être proche des cellules retrouvées
dans l'organisme.
E. Les cellules primaires ne peuvent pas être greffées.
16. ELISA
20. Cytométrie
un..
La cytométrie en flux permet d'apprécier la taille d'une cellule.
B. La cytométrie en flux permet d'apprécier la granularité d'une cellule.
c. La cytométrie en flux permet d'apprécier des paramètres cellulaires
fonctionnels. '
D. La cytométrie en flux permet d'apprécier l'abondance relative d'un marqueur de
surface.
E. II est possible de réaliser de la cytométrie en flux que ce soit sur cellules
vivantes ou cellules fixées.
QCM - Méthodes en biologie cellulaire - Réponses
a VRAI.
B VRAI. C'est une protéase
C VRAI.
D. FAUX. II facilite la dissociation d'un tissu en chélatant les ions bivalents de type
Ca2+ et Mg2+.
E. FAUX. La lambine est un constituant de la matrice extracellulaire.
A VRAI
B VRAI. II s'agit du rouge de phénol.
c VRAI.
D. VRAI.
E. FAUX. II n'y a pas de sucrose dans un milieu de culture.
A VRAI.
E VRAI.
c FAUX. Les cellules immortalisées ne sont pas cancéreuses.
D. FAUX. C'est l'inverse : la surexpression de la télomérase permet d'immortaliser
des œllules.
E. FAUX. Certaines sont cultivées en suspension, d'autres sont adhérentes.
Méthodes en biologie cellulaire 31
Tl.. VRAI.
B. FAUX. Les cellules transformées se multiplient à l'infini.
G. VRAI.
D. FAUX. Les cellules transformées reproduisent une tumeur in vivo.
E. VRAI.
JE.. VRAI.
B. FAUX. Un plasmide est une molécule d'ADN bicaténaire circulaire.
:::. VRAI.
D. VRAI.
E. FAUX. II s'agit de la transfection.
A. VRAI.
B. FAUX. II s'agit de l'électroporation. L'électrophorèse consiste à faire migrer une
molécule soumise à un champ électrique.
C. VRAI.
D. FAUX. II s'agit d'une séquence d'une vingtaine de nucléotides.
E. VRAI. Le siARN est pris en charge par le complexe RISC.
A. VRAI.
B. VRAI.
r::. FAUX. C'est la biotine qui a une forte affinité avec la streptavidine.
D. VRAI.
E. VRAI.
Tl.. VRAI.
B. VRAI.
riz. FAUX. C'est un vecteur épisomal.
D. VRAI.
E. VRAI.
A. FAUX. Suivant les applications, des anticorps polyclonaux peuvent être utilisés.
8. FAUX. Ils reconnaissent un seul épitope.
c. FAUX. Ils proviennent d'un clone initial de lymphocyte B.
D. VRAI.
E. VRAI.
A. VRAI
B. VRAI.
C. VRAI.
D. VRAI.
E. VRAI. Ceci est utilisé en microscopie électronique.
Méthodes en biologie cellulaire 33
16. ELISA
20. Cytométrie
Tl.. VRAI.
B. VRAI.
:::. VRAI. II est par exemple possible d'apprécier le potentiel de membrane
mitochondrial à l'aide de sondes fluorescentes.
D. VRAI. Généralement, il faut utiliser des anticorps couplés à un fluorochrome
specifiques de ce marqueur.
E. VRAI.
Chapitre 3- Membranes cellulaires
1. Principaux lipides
Les membranes biologiques sont constituées majoritairement de phospholipides
dont les deux types principaux sont les glycérophospholipides et les
sphingophospholipides.
a. Glycérophospholipides
Les glycérophospholipides sont les plus abondants dans la plupart des
membranes cellulaires. Ils sont constitués de deux chaînes d'°acides gras, d'une
molécule de glycérol, d°un groupement acide phosphorique et d°un alcool (Figure
3.l). Les deux acides gras sont reliés par une liaison ester à chacun des atomes
de carbone du glycérol.
36 L'essentiel de la biologie cellulaire
Alcool
- Glycérol
1>
n
Queue .-
o_
m
hydrophobe qi
H
m
m
b. Sphingophospholipides
La seconde famille des phospholipides membranaires est composée des
sphingophospholipides. Parmi ces lipides, la sphingomyéline. Cette fois-ci, ce
n'est plus le glycérol mais la sphingosine (ou la dihydrosphingosine) qui permet
la liaison d'un acide gras et d'un groupement phosphate. La liaison d'une choline
au niveau du groupement phosphate par liaison ester forme la sphingomyeline,
un autre constituant des membranes cellulaires. Cette molecule possède
également un caractère amphiphile.
c. Autres lipides
Les phospholipides ne sont pas les seuls lipides de la membrane plasmique. Par
exemple, le cholestérol, structure essentiellement apolaire, entre également dans
Membranes cellulaires 37
_
Milieu hydrophile
Zç›në'hÿärol5h'obe
Tête Queues
hydrophile hydrophobes
.I
r
Milieu hydrophile
Un
J
* f
Une micelle
phospholipide
Un liposome
Figure 3.2 : Représentation schématique d°un phospholipide, d'une micelle et d'un liposome.
Transport actif
-å à contre gradient
Cellule
ATP
Anti-transport
Pompe
I
ADP + Pi
›
Cotransport II
Uniport › J
> › Canal
Transport passif
9 selon le gradient
Figure 3.3 : Les différents types de transports au niveau de la membrane cellulaire. (I) renvoie aux
transports actifs primaires, (II) renvoie aux transports actifs secondaires.
1. Transports actifs
Les transports actifs sont des protéines ayant besoin d'une source d'énergie pour
fonctionner. Cette énergie provient soit de l°ATP, soit d'un gradient ionique
existant de part et d'°autre de la membrane.
besoin d'°énergie apportée par l'hydrolyse d'ATP. Le transport est alors qualité
de primaire.
Au sein de la cellule, il existe de très nombreux transports primaires : la FoFl
ATPase, les PU-glycoprotéines (encore appelées MDR pour « multidrug
resistance ››), l°ATPase Na/K, les pompes SERCA (« sarcoplasma endoplasmic
retículum calcium ATPase ››).
Ces transports primaires entretiennent un gradient ionique de part et d'°autre de la
membrane plasmique. Ce gradient pourra être utilisé comme source d'°énergie par
d'autres transporteurs qui seront alors appelés transports secondaires.
2. Transports passifs
a. Uniports
Les uniports sont des transporteurs passifs. Spécifiques d'une molécule donnée,
ils permettent sa taxation et son passage dans le compartiment où sa concentration
est la plus faible. Ils assurent une diffusion facilitée dont la vitesse est limitée.
Les transporteurs au glucose (il en existe 5 isoformes chez l°Homme, GLUTl à
GLUT5) appartiennent à cette famille de perméases.
b. Canaux
Les canaux sont des protéines qui forment 1111 pore et laissent passer certains ions
de façon plus ou moins spécifique. La diffusion des molécules à travers ces
canaux est plus élevée que celle des uniports. Certains canaux sont ouverts de
façon permanente, d'°autres de façon transitoire. Ils se caractérisent par leur
Membranes cellulaires 41
1. Généralités (I)
2. Généralités (II)
A. Certains lipides peuvent être liés à des sucres par liaison covalente.
B. Les sucres membranaires sont portés en majorité par les lipides.
C-. Les glycolipides modifient la fluidité membranaire.
D. Les glycolipides membranaires sont identiques pour tous les globules rouges.
E. Les sucres membranaires contribuent à l'interaction de la cellule avec son
environnement.
7. Phospholipides (I)
8. Phospholipides (II)
17. Symports/Antiports
A. Les transports actifs secondaires sont très importants au niveau rénal pour
permettre la réabsorption, la sécrétion et l'excrétion de certaines molécules.
B. Les transports actifs sont spécifiques de certaines molécules.
D. Les perméases sont des transports actifs.
D. La diffusion de solutés à travers la membrane plasmique peut être facilitée par
des protéines membranaires.
E. Les uniports sont des transporteurs passifs.
A. Lors de la diffusion facilitée, les ions sont transportés contre leur gradient de
concentration.
B. Les transporteurs membranaires du glucose sont des transporteurs passifs.
:::.
Les canaux membranaires participent à la synthèse d'une grande quantité
d'ATP.
D. Les canaux ioniques sont beaucoup plus spécifiques que les transports actifs.
E. L'oxygène traverse les membranes grâce à un transporteur spécifique appelé
oxypore.
A. Les canaux ioniques peuvent être activés par une différence de potentiel
membranaire.
8. Les canaux ioniques peuvent être activés par l'étirement.
C. Les canaux ioniques peuvent être activés par un ligand.
EI. Certains canaux ioniques, après ouverture, peuvent être inactivés.
E. Un canal ionique est caractérisé par une probabilité d'ouverture.
48 L'essentiel de la biologie cellulaire
Tl.. II existe des canaux voltage-dépendants laissant passer des ions comme le
sodium ou le calcium.
B. La fixation de nucléotides cycliques du côté intracellulaire permet l'ouverture de
certains canaux.
B. L'acétylcholine provoque l'ouverture de canaux au niveau post-synaptique.
D. Tous les récepteurs à Facétylcholine sont des canaux ioniques.
E. Le patch-clamp est la technique utilisée généralement pour l'étude des canaux
ioniques.
23. Divers
1. Généralités (I)
2. Généralités (II)
n. FAUX. II est difficile d'extraire les protéines enchâssées dans une membrane.
B. VRAI.
c. FAUX. Le Triton X-100 est un détergent anionique n'altérant pas la structure
tertiaire des protéines. Le SDS est un détergent ionique chargé négativement
dénaturant les protéines.
D. VRAI.
E. VRAI.
50 L'essentiel de la biologie cellulaire
A. FAUX. Les protéines et les sucres jouent aussi un rôle essentiel dans la
membrane biologique.
B. FAUX. Sans l'existence de protéines, les membranes biologiques seraient
imperméables aux molécules polaires.
C. VRAI. La formation des rafts permet l'ancrage de certaines protéines.
D. VRAI.
E. FAUX. Les gaz passent les membranes par diffusion passive.
7. Phospholipides (I)
8. Phospholipides (II)
Ji. VRAI.
B. FAUX. Les phosphatidylsérines sont externalisées au cours de l'apoptose.
B. VRAI.
D. FAUX. Ce sont des glycérophospholipides.
E. FAUX. Elle nécessite l'hydrolyse d'ATP.
A. VRAI.
B. VRAI.
r::. VRAI.
D. VRAI. II s'agit de la transition « flip-flop ››.
E. FAUX. Les phospholipides sont capables de diffuser dans la membrane
plasmique.
17. Symports/Antiports
A. VRAI.
B. VRAI.
cx.VRAI. Le passage d'un ion du compartiment le plus concentré vers le
compartiment le moins concentré permettra la prise en charge d'une autre
molécule qui sera véhiculée dans le sens opposé.
D. FAUX. II existe aussi des symports ou ootransports.
E. VRAI.
Tl..
VRAI.
B. VRAI. Ce sont les aquaporines.
G. FAUX. Les canaux se trouvent sur les membranes biologiques en général.
D. FAUX. La purine mitochondriale laisse passer des molécules de taille inférieure
à 5 kDa.
E. VRAI. II existe notamment des antiports Na+/H+.
A. VRAI.
B. VRAI.
C. VRAI. II s'agit par exemple des récepteurs-canaux nicotiniques.
D. FAUX. Les récepteurs muscariniques sont des récepteurs couplés aux
protéines G.
E. VRAI.
23. Divers
A. VRAI. Même si les protéines sont moins nombreuses que les lipides, leur
masse est très importante comparée à celle des lipides.
8. VRAI.
c. FAUX. Les protéines transmembranaires peuvent avoir plusieurs domaines
enchâssés dans la membrane.
D. FAUX. Les protéines diffusent de façon latérale.
E. FAUX. Par exemple, la maladie de Niemann-Pick est caractérisée par un déficit
de sphingomyélinase conduisant à une accumulation anormale de
sphingomyéline.
Exercices - Membranes cellulaires
Exercice 1
D'un côté, des ovocytes de Xénope, de l'autre des hématies. Ces deux types
cellulaires sont placés dans une solution hypotonique. Cinq minutes plus tard, les
cellules sont observées au microscope (Figure 3.4).
t=Omin t = 5 min
Ovocyte
00
U I
oO
Hématies
Figure 3.4 : Schéma d 9un ovocyte et d'°une hématie observés au microscope optique avant et après
incubation dans une solution hypotonique.
Question 1
Qu'est-ce qu'un milieu hypotonique ?
Question 2
Analyser. Quelle conclusion tirer de cette expérience ?
Des hématies sont ensuite placées dans une solution hypotonique contenant des
ions mercure Hg2+. Cette fois-ci, les hématies ne gonflent plus.
Question 3
Quelle hypothèse formuler pour expliquer les effets du mercure ?
Les hématies expriment fortement un ARNm codant une protéine de 28 kDa. Ces
ARNm sont injectés à des ovocytes de Xenope. Après quelques heures, les
ovocytes sont placés dans différents milieux et les resultats sont les
suivants (Figure 3.5) 1
56 L'essentiel de la biologie cellulaire
Ovocyte injecté
Solution Solution
isotonique ou Solution Solution
hypotonique
hypotonique 1 isotonique hypotonique + Hg2+
Figure 3.5 1 Résultats de Fexpérience où les ovocytes de Xénope ont reçu des ARNm d`hématíes.
Question 4
Analyser. Quelle conclusion tirer de cette expérience ?
Question 5
D'après vos connaissances, quel nom porte cette protéine ?
Exercice 2
Le muscle squelettique exprime principalement deux transporteurs au glucose :
Glutl et Glut4. Au cours d°un exercice physique, le muscle squelettique est
capable de prélever plus de glucose sanguin dans le but de produire plus d'°ATP.
Ann de comprendre la régulation de ces transporteurs, les expériences suivantes
ont été réalisées.
Dans un premier temps, des fractions membranaires ont été préparées.
Question 1
Comment vérifier la pureté de la fraction ?
Exercice
Repos
Repos
l u -unau
Lam!
-- --
I I
IIIII!
Glutl _GIUt4
DE li
Ii flfllllîlllll o
Sarcoglycanes Sarcoglycanes
Figure 3.6 : Western-blot obtenu à partir d'°extraits membranaires de muscles squelettiques issus
de rats ayant subi ou non un exercice physique. (A) détection des Glutl, (B) détection des Glut4.
I Normalisation effectuée grâce à la détection des sarcoglycanes.
Membranes cellulaires 57
Question 2
Analyser ces résultats. interpréter
Question 3
Quel mécanisme cellulaire pourrait conduire à une augmentation rapide de ce
récepteur à la surface membranaire ?
Question 4
Comment tester l'hypothèse de la question 3 ?
Question 5
Représenter schématiquement le résultat du western-blot dirigé contre Glut4 obtenu à
partir d'une fraction de membranes plasmiques et d'une fraction contenant les
membranes intracellulaires, avant et après exercice.
Question 6
Quelle est l'hormone hypoglycémiante de l'organisme ? Comment testeriez-vous son
implication dans la translocation des transporteurs Glut4 ?
Avec hormone
auouμoq sueg
Sans hormone
_
Glut4
|- -I Glut4
Figure 3.7 : Effets de l'hormone hypoglycémiante sur la quantité de transpofleurs G1ut4 sur les
membranes sarcolelmniques (A) et intracellulaires (B). L"équicharge en protéine a été vérifiée.
Question 7
Est-ce que cette hormone contrôle la translocation des récepteurs GIut4 ? Justifier.
Exercices - Membranes cellulaires - Réponses
Réponses de l'exercice 1
Réponse 1
Un milieu hypotonique correspond à une solution ayant une concentration
ionique inférieure au milieu intracellulaire. Ainsi, l°eau aura tendance à entrer
dans la cellule pour équilibrer les concentrations ioniques de part et d'°autre de la
membrane plasmique.
Réponse 2
La taille des ovocytes reste inchangée même après cinq minutes dans une solution
hypotonique. Les ovocytes sont des cellules fortement imperméables à l'eau.
Par contre, le volume des hématies a fortement augmenté lorsque ces cellules sont
placées dans un milieu hypotonique (la membrane de certaines cellules est même
rompue). La membrane plasmique des hématies est donc perméable à l°eau.
Réponse 3
. 2 . . ,. . . .
Les Ions mercure Hg + inhibent une proteine membranaire qui laisse passer les
molécules d'eau.
Réponse 4
La taille des ovocytes est comparable à t = 0 et à t = 5 min lorsque les cellules
sont placées dans un milieu isotonique, c°est-à-dire un milieu ayant des
concentrations ioniques proches de celles du cytoplasme.
Un gonflement des ovocytes est observé lorsque les cellules ont reçu les ARNm
des hématies et sont placées dans un milieu hypotonique. Ce gonflement est
inhibe par les ions Hg2+ car, dans ce cas, le volume cellulaire est identique au
temps t = 0 min.
Conclusion '-
Les ARNm injectés codent une protéine facilitant la diffusion des molécules
d'eau de part et d'autre de la membrane plasmique.
Réponse 5
Il s'agit des aquaporines.
Membranes cellulaires 59
Réponses de l'exercice 2
Réponse 1
Il est possible de réaliser un western-blot dont le but sera de vérifier l°absence de
protéines cytosoliques (comme la tubuline ou l°actine) ou nucléaires (lamines).
Ensuite, 1"utilisation d'autres anticorps permettra de vérifier Fenrichissement de
la fraction obtenue en protéines membranaires. Au niveau de la membrane
sarcolemmique, des anticorps anti-sarcoglycanes seront utilisés.
Réponse 2
Aucune augmentation de Glutl n'est observée au niveau des membranes
sarcolemmiques obtenues de muscles squelettiques provenant d'°animaux au
repos ou soumis à un exercice. Par contre, par rapport aux rats au repos, une
quantité plus importante de Glut4 est retrouvée dans la traction membranaire des
muscles issus de rats ayant été soumis à l'exercice. Cette observation est
analysable facilement car la quantité de sarcoglycanes reste identique entre les
deux groupes.
L'°augmentation du nombre de transporteurs Glut4 à la membrane cellulaire
pourrait participer à la meilleure absorption du glucose par le muscle au cours de
l°exercice.
Réponse 3
Il pourrait s°agir d'un mécanisme d'°exocytose. Des transporteurs G1ut4 se
trouveraient enchâssés dans la membrane de vésicules intracellulaires de
stockage. L'°exercice conduirait à la fusion des membranes de stockage avec celle
du sarcolemme, conduisant ainsi à une augmentation rapide de la quantité de
Glut4 à la membrane plasmique.
Réponse 4
La fusion des vésicules d'°exocytose avec la membrane plasmique est régulée par
de petites protéines G. La fusion avec le compartiment accepteur nécessite la
présence de la protéine Rab associé au GTP. Ainsi, le remplacement du GTP par
du GTP non hydrolysable (GTP-yS) devrait empêcher la fusion des vésicules
avec la membrane plasmique.
Une autre possibilité serait de moduler les << GTPase-aetivating proteins ››,
protéines qui activent l°hydrolyse du GTP par Rab (of. Chapitre 7). Par exemple,
une surexpression de GAP conduirait à l°hydrolyse du GTP associé aux protéines
Rab avant la fusion des vésicules. Ainsi, cela empêcherait la fusion des vésicules.
60 L'essentiel de la biologie cellulaire
Réponse 5
A) « Membranes sarcolemmiques ›› B) « Membranes intracellulaires ››
a› GJ
U U
Repos
Repos
U U
μ μ
Q) GJ
× ><
_
LU LU
Glut4
- I Glut4
Figure 3.8 : Résultats du western-blot dirigé contre G1ut4, obtenus sur fractions membranaires
sarcoleminiques (A) et intracellulaires (B). L'°équicharge en protéines a été vérifiée.
Réponse 6
L'hormone hypoglycémiante est l°insuline, synthétisée par les cellules B des îlots
de Langerhans. Pour tester si l°insuline est impliquée, il est possible d"iniecter de
l'insuline à l°animal puis d.isoler les deux fractions membranaires
(sarcolemmiques et intracellulaires) pour tester la quantité de Glut4.
Réponse 7
Oui, l'insuline contrôle la translocation des Glut4 à la surface membranaire. En
effet, après traitement par l'insuline, la quantité de Glut4 augmente à la surface
membranaire alors que celle des membranes intracellulaires diminue.
A noter : un contrôle sur cellules entières est nécessaire pour s'assurer que la
quantité globale de Glut4 n°est pas modifiée par l'insuline.
Conclusion -,
-' ..
'E l
|.
TT un:
H 13 nwlüclúvfi *|
«:.:'gi-:.'Ii11l! G
ADP . .›*;il'
ï-3 **F*
La polymérisation des filaments d'actine peut être inhibée par des poisons tels
que la cytochalasine B. Les microfilaments peuvent être détectés par
immunomarquage mais aussi grâce à l°utilisation d'une molécule extraite d'un
champignon, l°amanite phalloïde. C'est ainsi que la phalloïdine, couplée à un
fluorophore, permet de détecter les microfilaments. En effet, les phallotoxines
ont une forte affinité pour l'actine et empêchent la dépolymérisation des
microfilaments.
le Sal:L'ul:lù:r-a .|
St-i: z F›1J'ila I
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Inllllfl llllll.lIIlII
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1:
Figure 4.3 . Représentation schématique d'un satcomère.
II. Microtubules
s'associe à un autre dimère mais cette fois-ci dans le sens oppose. Une fois formé,
ce tétramère se lie à d'autres tétramères afin de former un cylindre composé de
huit tétramères, soit 32 protéines à hélice a. Contrairement à l'actine ou à la
tubuline, l°assemblage des filaments intermédiaires ne semble pas nécessiter de
façon directe de l'ATP ou du GTP. En outre, ces filaments ne semblent pas être
polarisés. Il n'en reste pas moins que ce sont des structures dynamiques.
L'°expression des filaments intermédiaires varie en fonction du type cellulaire.
Les principaux filaments intermédiaires sont les lamines qui composent la lamina
nucléaire, les kératines des cellules épithéliales qui relient l'enveloppe nucléaire
à la membrane plasmique au niveau des desmosomes, la vimentine des cellules
mésenchymateuses, la desmine des cellules musculaires ou encore les
neurofilaments NF-H, NF-L, NF-M des cellules nerveuses. Inune, les filaments
intermédiaires interagissent avec les microfilaments et les microtubules pour
former un cytosquelette intégré qui résistera aux contraintes mécaniques.
Fiche de synthèse
Cytosquelette
Microtubules :
> Polymères de dimères de tubulines a et B avec extrémités (+) et (-)
> Polymérisation : nucléation, élongation, équilibre, en présence de GTP
> Protéines associées : tau, MAP, catastrophines, plectre, +TIP
> Rôles : ségrégation chromosomes, transport intracellulaire (rétrograde
ou antérograde grâce à la dynéine ou l'résine, respectivement),
positionnement des organites, constituants des cils et flagelles
Filaments intermédiaires :
> Polymères de tétramères de protéines contenant une région en hélice a
> Pas de site de taxation de GTP ou ATP au niveau des sous-unités
> Principaux filaments intermédiaires : kératines, lamines, vimentine,
desmines, neurofilaments
> Rôles : résistance aux contraintes mécaniques
Concentration critique : concentration d'actine ou de tubuline pour laquelle la
vitesse de polymérisation équivaut à la vitesse de dépolymérisation.
QCM - Cytosquelette
1. Microtubules
2. Centrosomes
A. La tropomyosine est une protéine qui s'associe aux filaments d'actine afin
d'augmenter sa stabilité.
B. La tropomyosine se fixe à l'extrémité (+) du filament d'actine.
C. La stabilité de l'actine F peut être augmentée grâce à la fixation au niveau de
l'extrémité (-) de la protéine de coiffe CapZ.
D. Dans les cellules musculaires, la fixation de la tropomoduline au niveau de
l'extrémité (-) augmente la stabilité des filaments d'actine.
E. En plus de son rôle dans la nucléation du filament d'actine, les protéines ARP
peuvent aussi servir de protéine de coiffe.
72 L'essentiel de la biologie cellulaire
18. Contraction
La nature des filaments intermédiaires est identique dans toutes les cellules.
Les filaments intermédiaires interagissent avec les autres éléments du
J5..8.
cytosquelette.
C. Les neurofilaments participent à l'augmentation du diamètre des axones.
D. Une agrégation de neurofilaments peut conduire au développement de
pathologies neurodégénératives.
E. La desmine participe à l'alignement des myofibrilles et à la résistance
mécanique de la cellule musculaire.
74 L'essentiel de la biologie cellulaire
1. Microtubules
Tl.. VRAI.
B. VRAI.
E8. FAUX. II s'agit d'hétérodimères de tubulines a et B.
D. VRAI.
E. FAUX. Un microtubule est constitué de 13 protofilaments.
2. Centrosomes
A. VRAI.
B. VRAI.
G. FAUX. Un centrosome est composé de deux centrioles.
D. FAUX. Un centriole est composé de neuf triplets de microtubules.
E. VRAI.
VRAI.
n.8.
FAUX. Le microtubule est en constante polymérisation/dépolymérisation. II
n'existe donc pas d'étape de terminaison. II s'agit d'un état d'équilibre.
C. VRAI.
D. VRAI.
E. FAUX. Elle favorise la dépolymérisation.
76 L'essentiel de la biologie cellulaire
A. VRAI.
B. VRAI.
EZ. VRAI.
D. VRAI. Ceci prouve la nécessite des microtubules pour la bonne organisation
des organites.
E. VRAI. C'est par exemple le cas de la plectine.
A. VRAI.
B. VRAI.
:::. VRAI.
D. FAUX. C'est l'inverse.
E. FAUX. C'est l'inverse.
A. VRAI.
B. VRAI.
C. FAUX. Actine et myosine sont les protéines impliquées dans la contraction
musculaire.
EI. VRAI.
E. VRAI.
Cytosquelefie 77
A. VRAI.
B. VRAI.
El. VRAI.
D. VRAI.
E. FAUX. La phalIo'lldine inhibe la dépolymérisation du filament d'actine, le
stabilise, favorisant de ce fait la polymérisation des microfilaments.
A. VRAI
B. VRAI.
c. VRAI.
D. VRAI.
E. FAUX. Les vitesses de polymérisation et de dépolymérisation sont identiques.
Les molécules d'actine G passent de l'extrémité (+) à l'extrémité (-). Ceci porte
le nom de tapis roulant.
A. VRAI.
B. FAUX. La tropomyosine se fixe le long du filament sur environ sept
monomères.
:::.
FAUX. Capz favorise effectivement la stabilité du filament mais se fixe au
niveau de l'extrémité (+).
D. VRAI.
E. VRAI. Néanmoins, dans une cellule non musculaire, la plupart des filaments
d'actine ne sont pas coiffés au niveau de leur extrémité (-).
18. Contraction
A. VRAI.
B. VRAI.
c. FAUX. Leur affinité est réduite Iorsqu'eIIes fixent de I'ATP. Ceci permet de lever
l'interaction actine/myosine.
DI. VRAI. Ce mécanisme permet la génération de la force mécanique.
E. VRAI. Les sarcomères sont délimités par les stries Z. Le basculement entre
filaments d'actine et de myosine conduit une réduction de la taille des
sarcomères. Cela correspond à la contraction musculaire.
n. VRAI.
B. VRAI.
c. FAUX.
D. VRAI.
E. VRAI. Ce tétramère équivaut à l'actine G ou au dimère de tubulines a et B pour
les microfilaments et les microtubules, respectivement.
80 L'essentiel de la biologie cellulaire
Tl.. FAUX.
B. FAUX.
G. FAUX. C'est une différence avec les microfilaments ou les microtubules.
D. FAUX. Ce sont des protéines dynamiques. Cette dynamique dépend
principalement de leur état de phosphorylation.
E. VRAI. II est difficile d'extraire les filaments intermédiaires même en présence
de détergents ioniques.
.l's. VRAI. Par exemple, les intégrines en contact avec la matrice extracellulaire
sont indirectement associées aux filaments d'actine.
B. VRAI.
C. VRAI.
D. FAUX. La myopathie de Duchenne est due à un déficit de dystrophine qui sera
responsable d'une dégénérescence musculaire.
E. VRAI. La maladie d'Alzheimer est une maladie neurodégénérative. Parmi les
mécanismes impliqués, une hyperphosphorylation et une phosphorylation
anormale de la protéine Tau conduiraient au détachement de cette protéine des
microtubules. Ceci serait responsable d'une agrégation de neurofibrilles et de la
mort des neurones cholinergiques.
Cytosquelefie 81
A. FAUX. Depuis une trentaine d'annees, des études montrent que les bactéries
ont un cytosquelette.
B. VRAI.
B. VRAI. C'est une des similarités avec la tubuline.
D. FAUX. II existe plus de 35 protéines homologues de l'actine chez les
procaryotes.
E. FAUX. Plusieurs gènes ont été identifiés, comme celui codant la crescentine.
Exercices - Cytosquelette
Exercice 1
Des chercheurs veulent étudier l'influence de la phosphorylation des
« microtubule-associated proteins ›› (MAP) sur la polymérisation des
microtubules in vitro.
Question 1
Quels sont les éléments nécessaires à la polymérisation des microtubules in vitro ?
Quelles sont les différentes étapes de la polymérisation des microtubules ?
Après avoir préparé le mélange réactionnel, les chercheurs y ajoutent des MAP
soit phosphorylées, soit non phosphorylées et observent la vitesse la
polymérisation de la tubuline en suivant la turbidité de la solution par la mesure
.
de la densité optique à 350 nm. Les résultats sont les suivants (Figure 4.4) :
.
r.1A ' phnaphc r,-I-àea
I
Elensié np1Ir4ue :ä 35:-[1 nm
I
In
.l-.
x
.
I
I
•
I
l
I
I
I
.
I
I
. I
-I
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.. I
'.
'|
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I
'|
.
I
1l
_
r
I
I' I
l
I
'1I.'Îl'l 15"-
:-
Temps (mini
Question 2
La phosphorylation des MAP favorise-t-elle la polymérisation des microtubules ?
Préciser.
Question 3
D'après vos connaissances, quelle autre molecule empêche la polymérisation des
microtubules ?
Cytosquelefie 83
Exercice 2
Des chercheurs ayant extrait des protéines de muscles squelettiques s'aperçoivent
que, dans certaines conditions expérimentales, la solution obtenue était plus ou
moins visqueuse. Les auteurs ont attribué ce changement de viscosité à la
polymérisation de l°actine G en actine filamenteuse. Ils entreprennent alors de
comprendre les déterminants de cette polymérisation.
Tout d'abord, ils mesurent 1°absorbance d'une solution d'actine obtenue à partir
de muscles. Le pic d'absorbance est mesuré à 260 nm. Lorsque la solution est
précipitée et remise en suspension dans un milieu alcalin, le pic d'°absorbance est
de 275 nm.
Question 1
D'après vos connaissances, quels composés absorbent à la longueur d'onde de 260
nm ? A la longueur d'onde de 280 nm ?
Question 2
Quelle hypothèse avancer pour expliquer que l'actine, une protéine, absorbe aux
alentours de 260 nm lorsqu'elle provient directement du broyat musculaire ?
.
<P
_ \
Viscosité (unités arbitraires)
+ ?
-I- ?
U'I
-G- ?
I
-Ô- ?
|›
v
v î U
0
5 Is
I
0 10 15 2'0
Temps (min)
Figure 4.5 : Viscosité de la solution d'actine au cours du temps.
Question 3
D'après vos connaissances, attribuer les conditions expérimentales (ajout de GTP,
CTP, TTP ou ATP) aux courbes présentées figure 4.5.
84 L'essentiel de la biologie cellulaire
Question 4
Comment nommer les phases se déroulant au cours des cinq premières minutes ?
Entre 5 et 20 minutes ? Après 20 minutes ?
Ajout de KI
15-
Viscosité (unités arbitraires)
\
oI
-.- Contrôle
-6- Contrôle + KI
1- PhaIlo'|'dine
Ul
-A- PhaIlo'|'dine + KI
I
0I
0 1`0 2`0 3`0 410
Temps (min)
Figure 4.6 : Effets de la phalloïdine sur la viscosité de la solution d'actine. La sèche indique le
moment où le KI a été ajouté.
Question 5
Quels sont les effets de la phallo'lldine sur le filament d'actine ?
Exercice 3
Au cours du processus inflammatoire, les leucocytes s°accumulent au niveau du
site infectieux afin d'y détruire le non-soi, notamment par phagocytose. La
migration des cellules à travers l°endothélium vasculaire jusqu'au site infectieux
met en jeu des modifications de leur cytosquelette. Un élément important
participant à la chimiotaxie est la thrombine, une serine protéase. Le but de cette
étude est de déterminer le rôle de la thrombine sur la polymérisation de l°actine
des cellules phagocytaires. Pour ce faire, la lignée cellulaire U937, une lignée
Cytosquelette 85
monocytaire, est traitée par 10U/mL de thrombine puis l'actine est observée au
sein des cellules.
Question 1
Comment est-il possible de détecter l'actine F dans une cellule ?
Les cellules sont mises en culture dans des plaques 96 puits, traitées ou non à la
thrombine, en présence de phalloïdine fluorescente (qui nia pas d'°effet propre sur
la polymérisation de l°actine dans ce modèle cellulaire). Puis, la fluorescence des
cellules est quantifiee par Fintermédiaire d°un lecteur de microplaques (Figure
4.7).
2.5-
_
Moyenne de fluorescence
I\)
Ul
I
I*- -* Contrôle
(unités arbitraires)
-I- Thrombine
N
bI UN
I
,la
-z:
_\
inI 0
0
Question 2
D'après la figure 4.7, quel est l'effet de la thrombine sur la polymérisation de
l'actine ?
Question 3
Comment est-il possible de détecter le calcium intracellulaire ?
Pour savoir si le calcium est impliqué dans l°effet induit par la thrombine, les
cellules sont incubées dans une solution contenant du Fluo-3, un fluorophore
permettant de suivre au cours du temps l'évolution de la concentration calcique
cytosolique. Les résultats sont présentés augure 4.8.
86 L'essentiel de la biologie cellulaire
cm
-+ Contrôle
Fluorescenœ du Fluo-3
I
À A
...- Thrombine
(unités arbitraires)
-* Ionomycine
4>
I
I\)
I
I
_ o o _. Il.
1å0 2210 3å0 4å0
Temps (s)
Figure 4.8 : Intensité de fluorescence du Fluo-3 en fonction du temps sur des cellules contrôles ou
traitées par la thrombine. La sèche indique l°ajout d'ionomycine aux cellules « Ionomycine ››.
Question 4
L'expérience ci-dessus est-elle valide ? Pourquoi ?
Question 5
Le calcium est-il impliqué dans la polymérisation de l'actine suite au traitement par la
thrombine ? Justifier.
1 V
ga
o 1.0 I
1
v
.0 • -.
v
2 I'
0 1å0 2Ào 3èo 480
Temps (s)
Figure 4.9 : Eiïet de la staurosporine (STS) sur la polymérisation de l°actine induite par la
thrombine.
Question 6
Les protéines kinases participent-elles à la polymérisation de l'actine induite par la
thrombine ?
Exercices - Cytosquelette - Réponses
Réponses de l'exercice 1
Réponse 1
La polymérisation in vitro des microtubules nécessite de la tubuline a et B, du
GTP, à la température de 37°C.
Les différentes étapes sont la nucléation, Élongation et 1°équilibre. Ces
différentes phases sont résumées sur le graphique ci-dessous.
Tubuline polymérisée (%)
1 ..
.. 2 ..
.. 3
.. ..
.. ..
.. ..
.. ..
.. ..
.. ..
.. ..
.. ..
.. ..
.. ..
.. ..
.. ..
.. ..
.. ..
.. ..
.. ..
.. ..
.. ..
.
I
Temps (min)
Figure 4.10 : Les différentes phases de la polymérisation de la tubuline. (I) nucléation puis (2)
élongation des microtubules (augmentation du pourcentage de tubuline polymérisée) puis (3)
équilibre entre polymérisation et dépolymérisation.
Réponse 2
La phosphorylation des MAP ne favorise pas la polymérisation des microtubules.
Justification .*
Réponse 3
La colchicine inhibe la polymérisation des microtubules en se axant à la tubuline.
88 L'essentiel de la biologie cellulaire
Réponses de l'exercice 2
Réponse 1
Les acides nucléiques et les nucléotides absorbent à 260 nm du fait de la présence
de bases azotées. Les protéines, par contre, ont un pic d'absorbance à 280 nm.
Réponse 2
L'actine obtenue contient des bases azotées, probablement sous forme de
nucléotides. Ceci pourrait expliquer ce changement d'absorbance.
Réponse 3
_\
oI
Viscosité (unités arbitraires)
+ ATP
-I- GTP
01
I
-6- CTP
-e- TTP
I›
0'. - 1 . II5 ii U
I
0 1'5 2'0 25
Temps (min)
Figure 4.11 : Viscosité de la solution d'actine au cours du temps, en présence d'°ATP, de GTP, de
CTP ou de TTP.
Conclusion .Q
Réponse 4
Il s'agit respectivement des phases de nucléation, d'°élongation et d'équilibre.
Réponse 5
Tout d'abord, en présence de phalloïdine, la viscosité de la solution augmente
plus rapidement. La phalloïdine est un agent qui favorise la polymérisation du
microñlament d'actine.
L'°ajout de KI dans les conditions « contrôle ›› conduit à une réduction rapide de
la viscosité. Ceci montre que le KI provoque la dépolymérisation de l'actine F en
actine G. Par contre, l'ajout de KI sur les filaments d'°actine en présence de
phalloïdine n' plus d'°effet puisque la viscosité de la solution est comparable à
Cytosquelette 89
Réponses de l'exercice 3
Réponse 1
Il est possible de axer les cellules, de les perméabiliser et d'°utiliser un anticorps
dirigé contre l°actine. Ce dernier pourra être révélé par un anticorps secondaire
couplé, par exemple, à un fluorochrome. Ensuite, la préparation peut être
observée au microscope à fluorescence. Toutefois, cette technique ne permettra
pas de distinguer l'actine G de l°actine F. L'°utilisation des phallotoxines, et en
particulier de la phalloïdine, représente un outil de choix. En effet, les
phallotoxines se axent sur l'actine polymérisée. Ainsi, il est possible de marquer
les phallotoxines couplées avec un fluorophore. L'actine F pourra être détectée
spécifiquement.
Réponse 2
Tout d'°abord, une augmentation de la moyenne de fluorescence renvoie à une
plus grande taxation de la phalloïdine. Ceci signifie une plus grande quantité
d'actine F dans le cytoplasme.
Les résultats montrent que la quantité d'°actine F dans les cellules << contrôle ››
reste constante puisque la fluorescence portée par la phalloïdine est constante au
cours du temps. Par contre, dans les conditions avec thrombine, l°intensité de
fluorescence augmente très rapidement et est maximale au bout de 2 minutes.
Ceci montre que la thrombine est un agent augmentant la polymérisation de
1°actine G en actine F.
Réponse 3
Le moyen le plus simple pour détecter le calcium intracellulaire est d°utiliser une
sonde fluorescente dont l°intensité de fluorescence est proportionnelle à la
quantité de calcium intracellulaire. Il s'agit par exemple du Fluo-3 ou du Fura-2.
Le Fura-2 est une sonde ratiométrique.
Réponse 4
Oui, l°expérience est valide. En effet, l"ionomycine est un ionophore calcique. En
d'autres termes, c'est une molécule qui libère les stocks calciques de la cellule
(réticulum endoplasmique). Après traitement par l°ionomycine, l'intensité de
fluorescence du Fluo-3 augmente fortement. Ceci correspond à une élévation du
calcium intracellulaire libre. Le contrôle positif a fonctionné, l°expérience peut
être analysée.
90 L'essentiel de la biologie cellulaire
Réponse 5
L'°ajout de thrombine ne conduit pas à une augmentation de la fluorescence du
Fluo-3 par rapport au contrôle. Pourtant, la augure 4.7 montre que la thrombine,
dans le même temps, est responsable de la polymérisation d'°actine. Le calcium
n'est donc pas impliqué dans la signalisation conduisant à la polymérisation
induite par la thrombine.
Réponse 6
Dans cette nouvelle expérience, des résultats identiques à la augure 4.7 sont
obtenus : la thrombine augmente la fluorescence des cellules par rapport au
conditions << contrôle ››. Ceci est synonyme de polymérisation de l'actine.
Comparée au groupe thrombine seule, la fluorescence de la phalloïdine
n'augmente plus suite au traitement par la thrombine lorsque la staurosporine est
présente. La staurosporine bloque l°augmentation de fluorescence. La
staurosporine empêche la polymérisation d'°actine.
Conclusion .0
_hlalrI:a
mltvncrrcnünals-
l'.1r:TI:r;1r: Ifirï-îa
r1i1n:h:n:ri:1l-:
irrzmn
Figure 5.1 : Schéma simplifié d'°une mitochondrie.
solutes dont la taille est inférieure à 5 kDa. Ainsi, ADP, ATP, NAD ou encore le
pyruvate peuvent passer du cytosol vers l'espace intermembranaire
mitochondrial. Même si la purine est la protéine majoritaire de la membrane
externe, d'°autres protéines telles que des protéines de transport, les translocases
de la membrane externe (TOM) ou des protéines impliquées dans les processus
de fusion et session mitochondriales y sont trouvées.
2. Espace intermembranaire
L'espace intermembranaire contient des enzymes comme l°adénylate l'nase ou
la créatine kinase qui font « sortir ›› l°ATP synthétise au niveau de la matrice
mitochondriale. Le cytochrome c est retrouve dans l'espace intermembranaire,
côté membrane interne. Cette molécule participe non seulement au transport des
électrons dans la chaîne respiratoire mais aussi à la signalisation cellulaire
puisqu'une libération de cytochrome c dans le cytosol peut conduire à l'apoptose
de la cellule. Par ailleurs, dans cet espace intermembranaire, sont retrouvées
d'autres protéines impliquées dans l'apoptose comme l"AIF (« apoptosis
inducíngfaetor ››).
4. Matrice
La matrice mitochondriale contient les enzymes nécessaires au catabolisme, à
savoir les enzymes du cycle de Krebs ou de la [3-oxydation. Il existe également
dans la matrice des enzymes de détoxification des espèces réactives de l'oxygène
comme la superoxyde dismutase. C'est aussi dans ce compartiment que sont
retrouvées des copies de l'ADN mitochondrial, ainsi que la machinerie de
réplication, de transcription et de traduction (mitoñbosomes). L°ADN
mitochondrial est bicaténaire, circulaire. Chez l°homme, sa taille est de 16569
paires de bases. Il n'y a pas de régions intergéniques ou de séquences non
Mitochondries 93
1. Substrats énergétiques
Les acides gras et le glucose sont les principaux fournisseurs en Energie issus de
Falimentation. La dégradation des acides gras par la BY-oxydation mitochondriale
produit de 1"acéty1-coenzyme A, du NADH,H+ (nicotinamide adénine
dinucléotide) et du FADH2 (ravine adénine dinucléotide). Le pyruvate, issu de la
glycolyse, sera également à 1°origine d'°une production d'acéty1-coenzyme A.
L°acéty1-coenzyme A intègre ensuite le cycle de Krebs afin de générer, en grande
quantité, les coenzymes réduits (NADH,H+ et FADH2). Ces molécules seront
directement utilisées par la mitochondrie, au niveau de la chaîne respiratoire pour
produire de l°ATP.
2. Chaîne respiratoire
La chaîne respiratoire (Figure 5.2) est composée de complexes multiprotéiques
enchâssés dans la membrane interne mitochondriale. Leur rôle est d'°assurer la
phosphorylation oxydative : processus par lequel l'ATP est forme lorsque les
électrons sont transférés depuis les coenzymes réduits jusque l°oxygène
moléculaire. Plus précisément, la chaîne respiratoire est composée de quatre
complexes (I : NADH-ubiquinone (UQ) réductase, II : succinate-UQ réductase,
III : UQH2-cytochrome c réductase, IV : cytochrome c oxydase) et de deux
groupements redox mobiles (UQ et cytochrome c). L°ATP synthase, parfois
appelée complexe V, est formée de deux sous-unités : le canal F0 ou Fo et la tête
Fl. L'organisation de la chaîne respiratoire est plus complexe que sur le schéma
5.2 puisque les complexes s'organisent en réalité en un supercomplexe
(généralement composé d'un complexe I, deux complexes III, d°un complexe
IV), encore appelé respirasome.
94 L'essentiel de la biologie cellulaire
'ë%§§§ëëëëëä§§%ääëëäëë%%ëëëëëë§ë
|' I'
nul- III
1~L=«nH,1r
.Ann ml*
Électronégatif › Électropositif
NADH CI Ubiquinol Clll Cyt c CIV
H20
red red COQ red red red red
-0,32V +0,81V
E0 - "
L'°énergie contenue dans les coenzymes réduits, NADH,H+ et FADH2, est utilisée
pour exporter des protons depuis la matrice vers l'espace intermembranaire
mitochondrial. Ainsi, l'oxydation du NADH,H+ conduit à l°expulsion de 4 H+ au
niveau du complexe I, 4 H+ au niveau du complexe HI et 2 H+ au niveau du
complexe IV. Ainsi, 10 H+ passent dans l°espace intermembranaire mitochondrial
après l'oxydation d'une molécule de NADH,H+. Le FADH2 génère 4 H+ au
niveau du complexe III et 2 H+ au niveau du complexe W, soit 6 H+ au total. Ce
transport actif de protons est responsable d°un gradient électrochimique puisque
la membrane interne est imperméable aux protons. D°une part, la charge positive
des protons génère un gradient électrique de part et d'autre de la membrane
interne (AV). D'°autre part, la plus forte concentration dH+ dans l'espace
intermembranaire par rapport à la matrice est responsable d'un gradient chimique
(ApH).
Ce gradient électrochimique de protons est indispensable à la production d'°ATP.
L'ATP synthase se compose d'°une sous-unité F0 ou Fo (o car elle est inhibée par
l°oligomycine), enchâssée dans la membrane mitochondriale interne et d'°une tête
F1 orientée vers la matrice. Au microscope électronique, cette structure apparaît
comme une sphère pédonculée. Ce complexe multiprotéique possède des
éléments axes (stator) et des éléments capables d'°une rotation autour d°un axe
(rotor). Le passage des H+ au niveau de la sous-unité FO active le rotor, modifiant
alors la conformation des sous-unités de la tête Fl. Le passage de 3 H+ à travers
l°ATP synthase produira, à partir d'°ADP + Pi, une molécule d'°ATP. Au anal,
l°oxydation d'une molécule de NADH,H+ génère trois molécules d'°ATP contre 2
pour le FADHz.
L 7ATP produit sera transporté au niveau de l°espace intermembranaire par l°ANT
(transporteur des nucléotides à adénine).
96 L'essentiel de la biologie cellulaire
1. Dynamique mitochondriale
Contrairement à ce que pouvaient laisser penser les observations faites par Palade
et collaborateurs en 1952 rapportant l"ultrastructure de la mitochondrie, cet
organite n°est pas immobile au sein de la cellule eucaryote. Les mitochondries
forment un réseau dynamique, pouvant être ramifié ou fragmenté, passant par des
stades intermédiaires. La fragmentation du réseau est la conséquence de la session
mitochondriale alors ou°un réseau ramifié est le remet de la fusion des
mitochondries.
Fusion et session mitochondriales sont sous le contrôle de protéines apparentées
à la famille de la dynamine (Figure 5.4). La session est contrôlée par les protéines
Drpl et Fisl. Drpl, localisée dans le cytosol, en se axant sur son récepteur Fis1
inséré dans la membrane mitochondriale externe, forme un anneau enserrant la
mitochondrie. Suite à l'hydrolyse du GTP grâce à l'activité GTPase de Drpl,
l°anneau va se rétrécir permettant de générer deux mitochondries elles à partir
d'°une mitochondrie mère. A l'inverse, deux mitochondries peuvent fusionner
pour n°en former ou°une. Les mitofusines (Mfn) sont les protéines à activité
GTPase qui permettent la fusion des membranes externes. La protéine Opal
favorise, quant à elle, la fusion des membranes mitochondriales internes.
Ces mécanismes jouent un rôle dans l'échange de matériel génétique entre
mitochondries, le métabolisme, la formation des dendrites, la différenciation
cellulaire ou encore l°apoptose. Des mutations de ces gènes sont à l°origine de
pathologies (maladie de Charcot-Marie-Tooth de type 2 ou atrophie optique
dominante).
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E*rp1.'Fis 1
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Figure 5.4 : Fusion et session mitochondriales. Mal : mitofusines
2. Biogenèse mitochondriale
La biogenèse mitochondriale correspond à la croissance en masse des
mitochondries. Synthèse de protéines mitochondriales, de lipides membranaires
et réplication de 1°ADN mitochondrial sont nécessaires à cette augmentation de
masse mitochondriale. Comme FADN mitochondrial ne code que pour 13
protéines entrant dans la composition de la chaîne respiratoire et de l'ATP
synthase, la biogenèse mitochondriale dépend fortement des gènes nucléaires.
Des facteurs de transcription, au premier rang desquels augure PGC-la
(peroxisome prolzferator-activated receper gamma coactivator 1-alpha),
Mitochondries 97
2. Thermogenèse
Les mitochondries participent également à la production de chaleur ou
thermogenèse. En particulier, les mitochondries du tissu adipeux brun sont riches
en thermogénie, protéine appartenant à la famille des UCP (« uncoupling
protein ››). Ces protéines sont localisées au niveau de la membrane
mitochondriale interne. Elles permettent le passage de protons sans couplage avec
1°ATP synthase. La mitochondrie consomme ainsi plus de substrats sans
augmenter sa production d'ATP mais accroit la chaleur dégagée lors des réactions
d'°oxydo-réduction.
3. Apoptose
Les mitochondries participent à la signalisation apoptotique (ce Chapitre 12-
Apoptose). Cette voie dite intrinsèque est déclenchée par différents facteurs dont
le calcium, les espèces réactives de l'oxygène, les céramides ou encore une
absence de facteur de croissance. Une étape critique de ce processus est la
libération du cytochrome c depuis l'espace intermembranaire vers le cytosol.
Plusieurs mécanismes, pamli lesquels l'ouverture du pore de transition de
perméabilité ou la perméabilisation de la membrane externe par les membres pro-
apoptotiques de la famille Bcl-2, peuvent conduire à cette fuite de cytochrome c.
4. Autres
Enfin, les mitochondries ont d'autres fonctions comme la régulation de
Phoméostasie calcique intracellulaire, la participation à la réponse immunitaire
innée ou encore la production dïntermédiaires nécessaires à la synthèse
d'hormones stéroïdiennes.
Fiche de synthèse
Mitochondries
1. Origine
3. Cellules et mitochondries
4. Structure (I)
5. Structure (II)
6. Structure (III)
7. Réseau
JE.. Les mitochondries gardent la même taille tout au long de la vie d'une cellule.
B. Les mitochondries s'organisent en un réseau tridimensionnel.
C. La formation d'un réseau réticulaire est possible grâce aux processus de fusion
mitochondriale.
D. La formation d'un réseau fragmenté est possible grâce aux processus de fusion
mitochondriale.
E. L'interaction des mitochondries avec le cytosquelette leur confère une certaine
mobilité.
102 L'essentiel de la biologie cellulaire
A. Les électrons transitent le long de couples redox ayant un potentiel Ego de plus
en plus négatif.
B. L'ATP synthase correspond au complexe V de la chaîne respiratoire.
B. La succinate deshydrogénase est un enzyme du cycle de Krebs.
D. La chaîne respiratoire s'organise en supercomplexes.
E. Un respirasome est un complexe formé d'1 complexe I, 2 complexes lll et 1
complexe IV.
16. Oxydo-réduction
24. Pathologies
25. Oxygraphie
1. Origine
Tl.. FAUX. Les mitochondries sont retrouvées uniquement chez les eucaryotes.
B. VRAI. L'endocytose du procaryote par la cellule eucaryote primitive aurait eu
lieu il y a environ deux milliards d'années.
III. VRAI. Le chromosome bactérien est aussi circulaire et bicaténaire.
EI. VRAI.
E. VRAI.
A. VRAI.
8. VRAI. II s'agit notamment des MitotrackersTM.
G. VRAI. II est, par exemple, possible de réaliser une fusion entre la GFP et une
sous-unité de la chaîne respiratoire mitochondriale. L'obsenation se fait
ensuite à l'aide d'un microscope à fluorescence.
DI. VRAI.
E. VRAI. Les mitochondries ont une taille proche de celle des bactéries.
3. Cellules et mitochondries
.l's. VRAI. Par exemple, les besoins en ATP des cellules musculaires ou
hépatiques sont importants. Ces types cellulaires possèdent plusieurs
centaines de mitochondries par cellule.
8. FAUX. Les cellules cardiaques ont besoin d'une grande quantité d'ATP. Les
mitochondries occupent plus de 30% du volume cellulaire.
EZ. VRAI. Une cellule hépatique peut contenir plus de 1000 mitochondries. Le foie
est donc un organe de choix pour l'isolement de mitochondries.
D. FAUX. Les hématies sont dépourvues de mitochondries. Ces cellules tirent leur
énergie de la glycolyse anaérobie.
E. VRAI. Les mitochondries fournissent I'ATP nécessaire au mouvement du
flagelle.
Mitochondries 109
4. Structure (I)
5. Structure (II)
6. Structure (III)
Ji. VRAI.
B. FAUX. Les protéines de fusion sont localisées au niveau des membranes
mitochondriales.
:::.
VRAI.
D. FAUX. La glycolyse se déroule dans le cytosol.
E. VRAI. II s'agit de la polymérase qui permet la réplication et la réparation de
l'ADN mitochondrial.
7. Réseau
JE.. VRAI.
B. FAUX. Le facteur de transcription principal est nucléaire. II s'agit de PGC-1a.
C. FAUX. La biogenèse mitochondriale dépend fortement de gènes nucléaires.
D. VRAI.
E. VRAI.
VRAI.
A.8. VRAI.
C. FAUX. Ce canal n'est pas sélectif à un type d'ion particulier.
D. FAUX. Cette protéine est enchâssée dans la membrane mitochondriale
externe.
E. FAUX. Acides gras et pyruvate passent bien par la porine mais ils passent du
cytosol vers l'espace intermembranaire mitochondrial.
Mitochondries 111
A. VRAI.
B. VRAI.
r::. VRAI.
D. FAUX. La succinate déshydrogénase correspond au complexe II.
E. FAUX. L'ubiquinone permet le passage des électrons soit du complexe I vers le
complexe III, soit du complexe II au complexe Ill.
A. VRAI.
B. VRAI.
c. FAUX. Ils font partie du complexe Ill.
D. VRAI.
E. VRAI.
.UL VRAI.
B. VRAI.
c. FAUX. Les protons passent depuis l'espace intermembranaire vers la matrice.
D. VRAI.
E. VRAI.
16. Oxydo-réduction
VRAI.
A.8. VRAI.
C. VRAI.
D. FAUX. L'oxygène est un puissant oxydant, ce qui correspond à une forte
électropositivité (+0,81v).
E. VRAI. La réaction est la suivante : O2 + 4e' + 4H+ % 2H20.
112 L'essentiel de la biologie cellulaire
A. FAUX. La translocation des protons a lieu au niveau des complexes I, III et IV.
B. FAUX. La concentration en H+ dans l'espace intermembranaire est plus
importante dans l'espace intermembranaire que dans la matrice.
B. VRAI. Son pH est approximativement de 8.
D. VRAI.
E. VRAI. Ce potentiel électrochimique est de Tordre de -200 mV.
A. VRAI.
B. VRAI.
C-. FAUX. La glycolyse a lieu dans le cytosol.
D. VRAI.
E. FAUX. Le glycogène est stocké dans le cytosol.
Tl.. VRAI.
B. FAUX. Elle se compose d'un canal nommé Fo ou F0 et d'une tête nommée F1.
G. FAUX. Le canal formé par les sous-unités c forme la partie rotative de
l'enzyme.
D. VRAI. Une rotation complète de la tête sera à l'origine de la synthèse de trois
molécules d'ATP.
E. VRAI. C'est le fonctionnement "reverse" de l'ATP synthase. C'est pour cela que
I'ATP synthase peut aussi être appelée ATpase.
24. Pathologies
A. VRAI.
B. VRAI.
C. VRAI.
EI. FAUX. La transmission des mitochondries est uniquement maternelle.
E. VRAI.
114 L'essentiel de la biologie cellulaire
25. Oxygraphie
Exercice 1
Un patient présente une ophtalmoplégie externe progressive ainsi qu'une atteinte
musculaire notamment au niveau de la face et des membres. Vous suspectez une
pathologie mitochondriale. Vous décidez donc de pratiquer une biopsie au niveau
d'un muscle de la jambe afin d'en isoler les mitochondries.
Question 1
Détailler à l'aide d'un schéma la technique qui permet d'obtenir une fraction enrichie
en mitochondries.
Question 2
Quelle stratégie expérimentale adopter ?
i i i
en oxygène (nmol/L)
Concentration
Sujet sain
Malade
I
Temps (minutes)
Figure ä.§ R éRésultats
g de 1°expérience d'°oxygraphie réalisée à partir de mitochondries isolées de
biopsies musculaires provenant du malade et d'un sujet sain.
Question 3
Qu'en déduisez-vous ?
116 L'essentiel de la biologie cellulaire
Question 4
Quelle expérience complémentaire faut-il réaliser pour s'assurer que seul le
complexe I est altéré ?
l i
μ.
r
en oxygène (nmol/L)
\
Concentration
\
k
Sujet sain
IIIIIIIIIII Malade
›
Temps (minutes)
Figure 5.7 : Résultats d'°oxygraphie en utilisant le succinate et 1"ADP.
A L
Glutamate/
ADP
Mito Malate Roténone Succinate
l l l l
Concentration en oxygène ( m o l / L )
* Antimycine A
l TMPD/Ascorbate
l
k
Sujet sain
Malade
›
Temps (minutes)
Figure 5.8 : Résultats d'°oxygraphie en présence d'°inhibiteurs de la chaîne respiratoire et de
TMPD/ascorbate.
Mitochondries 117
Question 5
Analyser les résultats obtenus aux figures 5.7 et 5.8.
Quelle conclusion donner quant à la dysfonction mitochondriale de ce patient ?
EXERCICE 2
Vous décidez d'étudier le rôle de la dynamique mitochondriale dans la résistance
à l'apoptose d'une lignée de cellules cancéreuses. Pour ce faire, vous comparez
deux lignées cellulaires : une première sensible à l'apoptose induite par la
molécule anticancéreuse (lignée A), une autre résistante à cette molécule (lignée
B).
Question 1
Quelles techniques utiliser pour observer l'organisation du réseau mitochondrial et
l'ultrastructure des mitochondries ?
Question 2
Quelles protéines pourraient expliquer cette morphologie particulière ?
Comment les étudier ?
Question 3
Donner une hypothèse pouvant expliquer ce résultat expérimental.
Question 4
Quel résultat pensez-vous obtenir en transfectant les œllules B par un siRNA dirigé
contre l'ARNm codant la mitofusine ?
Exercices - Mitochondries - Réponses
Réponses de l'exercice 1
Réponse 1
Centrifugation à Centrifugation à
800 - 1000 g 8000 - 10000 g
(basse vitesse) (vitesse élevée)
›
du surnageant
I
î Î î
Débris cellulaires Fraction enrichie
Broyat tissulaire
Noyaux en mitochondries
Figure 5.8 : Obtention d'une faction enrichie en mitochondries, à partir de broyat tissulaire, par
centlifugations différentielles.
Réponse 2
Oxygraphie .'
L'oxygraphie consiste à mesurer la concentration en oxygène dans un milieu.
Ainsi, il est possible de suivre la consommation en oxygène par les
mitochondries. Il s°agit en réalité de la variation de la concentration en oxygène
du milieu au cours du temps.
Oxygène et mitochondries .'
La réduction de l'oxygène en H2O a lieu au niveau du complexe W de la chaîne
respiratoire encore appelé cytochrome c oxydase (COX). Ce complexe utilise
l'oxygène comme accepteur final d'électrons, électrons véhiculés par les
complexes situés en amont.
Étude des mitochondries en oxygraphíe :
Les mitochondries isolées sont extraites de leur environnement cellulaire. Elles
sont donc dépourvues de coenzymes réduits et d'°ADP. Pour étudier par
oxygraphie le complexe I, il faudra alors fournir aux mitochondries des composés
générant du NADH,H+. L'°ajout de glutamate ou de pyruvate, en présence de
malate, permettra la génération de NADH,H+. Néanmoins, le seul ajout de
glutamate/malate ou pyruvate/malate est insuffisant pour faire fonctionner la
chaîne respiratoire à son maximum puisque le gradient de protons généré ne sera
pas utilisé par l'ATP synthase. La chaîne respiratoire fonctionnera au ralenti et il
sera délicat d'identifier une anomalie du complexe I. Ainsi, pour maximiser la
Mitochondries 119
respiration, de l°ADP sera ajouté. L"ADP sera converti en ATP par 1°ATP
synthase qui utilisera le gradient de protons obtenu par l'oxydation du NADH,H+.
Cette utilisation du gradient de protons sera alors compensée par une
augmentation de la respiration pour produire une quantité de protons plus
importante.
Réponse 3
En absence de glutamate/malate, la concentration en oxygène reste stable. Les
mitochondries ne consomment pas d'°oxygène.
Après ajout de glutamate/malate (<< donneurs ›› de NADH,H+), la concentration
en oxygène diminue au cours du temps, à la fois dans les conditions avec les
mitochondries du sujet sain ou celles du malade. Il semble que la pente de la
concentration en oxygène soit plus forte dans le groupe << sujet sain ›› que dans le
groupe « malade ››. Les mitochondries du malade consomment probablement
moins d'°oxygène.
En présence d'ADP, dans les deux cas, la diminution de la concentration en
oxygène est plus marquée. Toutefois, chez le malade, la pente est nettement plus
faible que dans le groupe « sujet sain ››. Les mitochondries isolées du malade
consomment moins d'°oxygène que celles isolées du sujet sain.
Conclusion '-
Il est possible que le complexe I (qui oxyde le NADH,H+ généré grâce au
glutamate/malate) soit altéré chez le malade.
Réponse 4
Première possibilité .'
Il faut réaliser en parallèle une expérience dans laquelle le complexe II de la
chaîne respiratoire fonctionne. Pour ce faire, il faut ajouter du succinate aux
mitochondries isolées. De l'ADP sera également ajouté pour maximaliser la
respiration.
Seconde possibilité .'
Une autre possibilité est de poursuivre la première expérience (réponse 3) en
ai autant du succinate après ajout de l'inhibiteur du complexe I : la roténone.
Remarque '.
Il est aussi possible de conformer le fait que le complexe W ne soit pas altéré.
L'°antimycine A, en inhibant le complexe III, empêchera l°a1*rivée des électrons
au niveau du complexe IV. L"ajout de TMPD et d"ascorbate permettra de fournir
des électrons, via le cytochrome c, au complexe IV, complexe qui utilise
l°oxygène. Ainsi, des variations de concentrations en oxygène différentes entre
les deux groupes indiqueraient une altération du complexe IV.
Réponse 5
Analyse de lafigure 5. 7 .'
En présence de succinate, la diminution de la concentration en oxygène est
120 L'essentiel de la biologie cellulaire
identique dans les deux groupes. L'ajout d'ADP provoque une baisse de
concentration en oxygène similaire dans les deux groupes. Le fonctionnement du
complexe II est identique entre les mitochondries du sujet sain et du malade.
Remarque '.
Le complexe II transmet les électrons obtenus du succinate/FADH2 aux
complexes III puis IV. Il est aussi possible de conclure que les complexes III et
W fonctionnent de façon identique dans les deux groupes. En effet, une alteration
d°un de ces complexes aurait eu une répercussion sur la consommation en
oxygène mesurée.
Analyse de lafigure 5.8 .'
L'°analyse est identique à celle des figures 5.6 et 5.7.
La différence repose sur l"ajout de 7MPD/ascorbate après inhibition du complexe
III par l°antimycine. La stimulation du complexe IV par le TMPD/ascorbate
provoque une diminution rapide et identique de la concentration en oxygène du
milieu dans les deux conditions. Le complexe IV fonctionne de la même façon
dans les deux groupes.
Conclusion .-
En s°appuyant sur les résultats obtenus à partir des expériences présentées figures
5.6, 5.7 et 5.8, il est possible de conclure que, chez ce patient atteint d'une
mitochondriopathie, l'anomalie réside au niveau du complexe I de la chaîne
respiratoire.
Réponses de l'exercice 2
Réponse 1
Il est possible de marquer les mitochondries par une sonde fluorescente et
d'observer la morphologie du réseau mitochondrial grâce à un microscope à
fluorescence. Il est aussi possible de surexprimer une protéine mitochondriale de
fusionnée à la GFP. Seule la microscopie électronique permet d'obtenir
Pultrastructure des mitochondries.
Réponse 2
Protéines impliquées .'
Réponse 3
En altérant le réseau mitochondrial, la molécule anticancéreuse conduit à la mort
des cellules A par apoptose. Par contre, les cellules B ne rentrent pas en apoptose
et leur réseau mitochondrial n°est pas altéré. Les cellules B expriment des
protéines de la dynamique mitochondriale qui leur permettent de garder 1111 réseau
ramifié.
Première hypothèse :
Les cellules de la lignée B surexpriment les mitofusines. Ceci conduit à une
augmentation de la taille des mitochondries et empêcherait la session induite par
la molécule anticancéreuse.
Seconde hypothèse .'
Les cellules de la lignée B expriment peu ou pas de Drpl ou de Fisl. De ce fait,
le réseau mitochondrial ne peut pas se fragmenter, même en présence de la
molécule anticancéreuse.
Réponse 4
Les « smalt interfering RNA ›› conduisent in une à la dégradation d°un ARNm
cible, et par conséquent à une diminution de l'expression de la protéine
correspondante. L'utilisation d'un siRNA contre la mitofusine sera responsable
d'une diminution de l'expression de cette protéine. Il est raisonnable de penser
que le traitement des cellules B transfectées et traitées par l'agent anticancéreux
verraient leur réseau mitochondrial se fragmenter. Par voie de conséquence, ces
cellules pourraient de nouveau entrer en apoptose. Les cellules B seraient de
nouveau sensibles à l'agent anticancéreux.
Chapitre 6- Noyau
Identité au cours du XIX° siècle chez les eucaryotes, le noyau est une structure
cellulaire qui renferme la majeure partie de l'information génétique. La plupart
des cellules de l°organisme possèdent un noyau, exception faite, par exemple, des
plaquettes ou encore des hématies. Le noyau, délimité par une enveloppe
nucléaire, contient l°ADN qui, suivant la position de la cellule dans le cycle
cellulaire, peut se compacter sous forme de chromosomes. Cette information
génétique servira de base à la transcription des ARN, étape préalable à la synthèse
des protéines. En outre, l'ADN devra être répliqué fidèlement afin que les deux
cellules elles issues de la division cellulaire aient la même information génétique.
I. ADN et chromosomes
1. ADN
L°ADN, acide désoxyribonucléique, est une macromolécule composée de la
succession d'°éléments simples, les nucléotides, constitués d'un désoxyribose
associé à une base et reliés entre eux par des liaisons phosphodiester. Un brin
d'ADN s'associe à une deuxième molécule d'°ADN grâce à Établissement de
ponts hydrogène entre les bases complémentaires. L'°adénine (A) s'associe par
deux liaisons hydrogène avec la thymine (T), la guanine (G) s'associe par trois
liaisons hydrogène avec la cytosine (C). L'association de ces deux molécules
d'ADN forme alors une structure en double hélice.
L°ADN contient l°information génétique qui est codée par une succession
particulière de nucléotides. Ces zones informatives, à l°origine de la synthèse
d'acides ribonucléiques (ARN) de transfert (ARrêt), ribosomiques (ARNr) ou
messagers (ARNm), portent le nom de gènes. Les ARNm seront traduits en
protéines dans le cytoplasme. Il existe chez l'Homme 20 G00 à30 000 gènes.
2. Chromosomes
Chez l°Homme, la molécule d'ADN décrite ci-dessus aurait une longueur de
plusieurs kilomètres si elle n°était pas compactée. Le noyau est la structure
cellulaire dans laquelle se compacte 1"ADN sous des formes plus ou moins
condensées. La forme la plus compacte s°appelle chromosome. Cette compaction
est permise grâce à F interaction de l°ADN avec des protéines.
124 L'essentiel de la biologie cellulaire
Bras p
Centromère
Bras q
yuans-au
Télomères
Au cours du cycle cellulaire, le durée pendant laquelle l°ADN est sous forme de
chromosome est relativement courte (une heure environ pour un cycle d'°une
durée moyenne de vingt heures). Le reste du temps, l°ADN se trouve sous forme
de chromatine plus ou moins condensée.
Noyau 125
3. Chromatine
La chromatine est l'association de la molécule d'°ADN avec des protéines de type
histories. Son niveau de compaction peut augmenter d°un facteur 10 000. Il existe
différents stades de compaction.
a. Différentes fibres
Le premier niveau de compaction est l°enroulement de l°ADN sur environ 200
pb autour d°un octamère d'histones (2 H2A, 2 H2B, 2 H3 et 2 H4). La fibre
formée a un diamètre de 11 nm. Il s°agit de la Ebre nucléosomique. Un deuxième
niveau de compaction est atteint grâce à l°intervention de l°histone Hl. Cette
histone permet de relier les différents nucléosomes entre eux. Ainsi, la Ebre
nucléosomique s'organise en une Ebre de 30 nm de diantre appelée Ebre
chromatinienne. Lorsque la Ebre chromatinienne est formée, celle-ci se replie
pour former des boucles contenant 20 000 à 70 000 pb. Ces boucles peuvent
ensuite se replier sur elles-mêmes afin de former le chromosome (Figure 6.1)
dont la taille est de l'ordre de quelques microns.
Ces différents types de chromatine, plus ou moins condensés, participent à la
régulation de la transcription des gènes. Il est possible de distinguer deux sortes
de chromatine : l°hétérochromatine et l'euchromatine. L'°hétérochromatine est
une chromatine dense, compacte, inactive d'un point de vue transcriptionnel. Elle
se trouve en région périnucléaire. A l'inverse, l'euchromatine est une structure
débobinée où réside une forte activité transcriptionnelle. Cette première est
essentiellement constituée de fibres chromatiniennes et nucléosomiques.
b. Histoires
Les histories sont des protéines de bas poids moléculaire qui permettent la
compaction de l'ADN. Cette famille de protéines comprend les histories
nucléosomiques H2A, HZB, H3 et H4 et l°histone H1.
Les histories nucléosomiques possèdent une extrémité Nt riche en résidus
basiques, chargés positivement (lysine et arginine). Des modifications post-
traductionnelles peuvent intervenir au niveau de cette extrémité Nt et modifier la
compaction de l°ADN. Par exemple, l°enzyne << histone acétylase ›› ou HAT
modifie les lysines de l'extrémité Nt en y ajoutant un groupement acétyl
(COCHe). La conséquence de cette modification réversible est une d'compaction
de la chromatine, permettant une augmentation de la transcription des gènes. A
l°inverse, une d'acétylation des extrémités Nt des histories par l'enzyme « histone
déacétylase ›› ou HDAC sera responsable d'une compaction de la chromatine et
d'une répression de la transcription.
De la même façon, l'histone Hl est soumise à des modifications post-
traductionnelles qui permettent ou non la formation des fibres chromatiniennes.
En particulier, la phosphorylation de l°histone Hl renforce son interaction avec
l'ADN, favorisant alors la formation des fibres chromatiniennes.
126 L'essentiel de la biologie cellulaire
1. Enveloppe nucléaire
Le noyau est 1111 organite intracellulaire délimité par l'enveloppe nucléaire. C'est
une structure à double membrane, chacune constituée d'°une bicouche lipidique.
On distingue une membrane nucléaire interne en contact avec l'intérieur du noyau
(nucléoplasme) et une membrane nucléaire externe en contact avec le cytosol. De
plus, la membrane externe se poursuit et fusionne avec la membrane du réticulum
endoplasmique. Ainsi, la lumière du réticulum est en continuité avec l°espace
intermembranaire de l°enveloppe nucléaire encore appelé espace périnucléaire. Il
existe des points de jonction qui permettent de connecter les membranes interne
et externe : ce sont les pores nucléaires. Ces pores laissent passer des molécules
entre le cytosol et le noyau.
La membrane externe est couverte de ribosomes qui participent à la synthèse de
protéines. Elle est donc riche en protéines nécessaires à l°ancrage des ribosomes.
Elle est aussi en lien avec le cytosquelette via les nesprines. La membrane interne,
quant à elle, est riche en protéines interagissant avec les chromosomes et la
lamina.
2. Nucléopore
Le complexe du pore nucléaire est une structure multimérique formée par des
protéines appelées nucléoporines qui s"alrangent en symétrie d'ordre huit. Il
existe de part et d'°autre d'un canal central un anneau nucléoplasmique et un
anneau cytoplasmique. Ces anneaux forment aussi des canaux accessoires
permettant la diffusion passive de petites molécules (taille inférieure à 5 kDa)
alors que le canal central principal est le siège de transports actifs de plus grosses
molécules. L'°anneau nucléoplasmique se prolonge grâce à des protéines
fibrillaires qui forment une sorte de panier dont l'extrémité contient d'°autres
protéines formant un anneau distal nucléoplasmique de taille inférieure (Figure
6.2). Par ces pores, les ARrêt, les ARNm et les sous-unités ribosomales quitteront
le noyau alors que les protéines synthétisées dans le cytoplasme, parmi lesquelles
celles impliquées dans la réplication et la traduction, feront le chemin inverse.
Noyau 127
Canal central
Filaments cytoplasmiques
\
Membrane externe
/ GJ
.c
Zone périnucléaire
7 _ Membrane interne
3. Nucléole
Le nucléole est une strucme localisée dans le noyau, observable après coloration
en microscopie optique ou alors par microscopie électronique. Cette zone très
dense correspond à un regroupement de très nombreuses molécules puisqu°il
s'agit du site où les ARN ribosomiques (ARNm) sont synthétisés, matures et
associés à d'autres protéines afin de former des sous-unités ribosomiques. Il est
à noter que, outre son rôle dans la biogenèse des ribosomes, le nucléole est le
siège de Fassemblage de complexes ribonucléoprotéiques comme les snRNP
(« smalt nuclear ribonucleotide protein ››). C°est le cas par exemple de U6
snRNP, complexe impliqué dans la maturation des ARNm.
Le nucléole n'est pas toujours présent dans la cellule. En effet, ce dernier disparaît
au cours de la mitose (désassemblage au cours de la prophase) et il se reconstruit
une fois la mitose achevée. Le nucléole est caractéristique des cellules en
interphase. Plusieurs nucléoles sont parfois visibles dans un même noyau.
4. Lamina nucléaire
La lamina nucléaire se trouve sur la face nucléoplasmique de la membrane
nucléaire interne. Elle se compose d°un réseau de lamines A, B et C. Ces
protéines appartiennent à la famille des filaments intermédiaires. Elles possèdent
des séquences NLS (« nuclear localization sequence ››) pour leur adressage au
noyau mais aussi d'autres séquences qui seront reconnues par des kinases et des
phosphatases, enzymes activées/désactivées au cours du cycle cellulaire. La
phosphorylation des lamines entraine leur dépolymerisation. L'armature qu'elles
formaient se déstabilise, conduisant à une perte de stabilité de la membrane
nucléaire interne et à son désassemblage. A 1°inverse, en un de mitose, la
déphosphorylation par des phosphatases permet la reformation du réseau de
lamines, facilitant la reconstitution de la membrane nucléaire.
128 L'essentiel de la biologie cellulaire
Des mutations dans les gènes des lamines ou dans les enzymes responsables de
leur maturation provoquent un vieillissement précoce et accéléré. Par exemple,
dans la progéria typique de Hutchinson-Gilford, le gène codant les lamines A/C
est muté, ce qui conduit à la production de lamines tronquées. Les enfants atteints
décèdent aux alentours de 12 ans.
1. lmportines et exportines
Les petites molécules de taille inférieure à 5 kDa diffiisent passivement à travers
le pore nucléaire. C'est le cas des ions et des nucléotides.
Il existe un transport directionnel de certaines molécules soit du cytoplasme vers
le noyau, soit du noyau vers le cytoplasme.
Dans le premier cas, l"impolt dans le noyau de certaines protéines comme les
lamines ou les ADN polymérases, s'effectue non pas par diffusion passive mais
via une prise en charge par des protéines cargo spécialisées appelées « récepteurs
pour l'import nucléaire ›› ou importines. Ces protéines reconnaissent une
séquence spécifique se trouvant au sein de la protéine à prendre en charge : la
séquence NLS. Cette séquence, pouvant se trouver aux extrémités comme ailleurs
dans la séquence polypeptidique, est riche en résidus lysine. Les importines
reconnaissent à la fois la protéine à prendre en charge ainsi que le complexe du
pore nucléaire (Figure 6.2). Dans certains cas, des protéines adaptatrices
supplémentaires sont requises pour associer la protéine à importer avec
l°importine.
De façon similaire, il existe des protéines spécialisées qui permettent d'exporter
des molécules depuis le noyau vers le cytoplasme. Ces molécules sont appelées
<< récepteurs d°export nucléaire ›› ou exportines. Ces protéines prennent en
charge, par exemple, les nouvelles sous-unités ribosomales ou encore les longues
molécules d'°ARNm.
2. Protéines régulatrices
Ces deux transports faisant intervenir importines ou exportines sont actifs. Leur
énergie provient de l°hydro1yse du GTP. L'°hydrolyse du GTP dépend non pas
d'une activité GTPase localisée sur les importines ou les exportines, mais d'une
activité GTPase qui se trouve sur une GTPase monomérique appelée Ran. Ran
est retrouvée à la fois dans le noyau et le cytoplasme. Elle est régulée par des
protéines régulatrices qui lui permettent d'être sous la forme Ran-GDP ou Ran-
GTP. Dans le cytoplasme, la protéine GAP pour « GTPase activating protein ››
favorise la formation de Ran-GDP. Dans le noyau, Ran interagit avec la protéine
« guanosine exchange factor ›› GEF, favorisant la forme Ran-GTP.
Noyau 129
3. Mécanisme de transport
Pour 1°import des protéines (Figure 6.3), 1"importine, non liée à Ran, reconnait la
séquence NLS et s'y associe. Grâce à sa capacité à interagir avec le pore
nucleaire, l°importine va ensuite passer du cytosol vers le nucléoplasme,
compartiment riche en Ran-GTP puisque ce compartiment contient le facteur
GEF. L'association de Ran-GTP à 1"importine induit la libération de la protéine
prise en charge dans le nucléoplasme. Le complexe importine-Ran-GTP repasse
dans le cytosol où, grâce au facteur GAP, le GTP est hydrolyse en GDP. Ceci
conduit à la libération de Pimportine et de Ran-GDP. Ce dernier retournera au
noyau.
<
4
Protéine
I
ñ
ù
Cytoplasme
Espace pérínucléaire Pore nucléaire
GAP
I _ Pore nucléaire
GAP
J
- Nucléoplasme
GEF
-I
i l - l l h l j l Exportine
||.¢llfl5-1- + Ill Protéine
: i l a va
1l:l I I I 1 . -
Cytoplasme GAP
IH:
I I I Espace périnucléaíre Pore nucléaire Pore nucléaire
Nuéléóplasme
GEF
GTP GDP
l å i u t l i il;
1-hu:I11 GTP Protéine NE
GTP
11st
vint
niμμiiμfi
Protéine
I I
Iiigμ!
g u 8 : . 1I ]:i.1:.liliI1llgi:
J Figure 6.4 : Export des protéines nucléaires. GAP : << GTPase activatingprotein ›› , GEF :
<< guanosine exchange factor ›› , NES : << nuclear export sequence ››.
IV. Réplication
La division cellulaire implique la reproduction à l°identique de l'information
génétique afin que les deux cellules elles issues d'une même cellule mère
possèdent la même information génétique. Ceci implique des systèmes
permettant une réplication de l°ADN avec une très grande ñdélité. D'°ailleurs, des
mutations de l°ADN sont très souvent responsables d'°anomalies cellulaires
pouvant notamment conduire à la formation de cellules cancéreuses.
La réplication de l'ADN aura lieu au cours de la phase S du cycle cellulaire. Elle
se déroule en plusieurs étapes. La première est une étape d'°initiation de la
réplication. Cette phase consiste en l°ouverture de la double hélice sous l°action
d"hélicases. Chez les eucaryotes, il existe de très nombreux sites d'°initiation de
la réplication. Ensuite, la phase de synthèse de l'ADN par l°ADN polymérase a
lieu. La réplication se termine, notamment, lorsque deux fourches de réplication
se rencontrent. La réplication de l°ADN est semi-conservative et bidirectionnelle.
D°un point de vue méthodologique, il est possible d'apprécier la quantité d'ADN
d'une cellule en la axant puis en ajoutant de l°iodure de propidium, un intercalant
de l°ADN dont la fluorescence sera proportionnelle à la quantité d'ADN. La
fluorescence des cellules sera ensuite lue à l'aide d'un cytomètre de aux. Il est
aussi possible d'utiliser la brome-désoxyurdine (BrdU) dans le milieu de cellules
en culture. Celles qui seront en cours de réplication (phase S) incorporeront cette
BrdU. Après fixation et détection de la BrdU à l°aide d'un anticorps couplé
Noyau 131
specifique, les cellules positives au marquage seront celles ayant réplique leur
ADN.
V. Transcription
La transcription correspond au processus qui, à partir d'ADN, génère une
molécule d'ARN. La séquence nucléotidique obtenue est complémentaire du brin
d'ADN qui aura servi de matrice.
1. Différents ARN
Il existe plusieurs types d'ARN. La majorité des gènes d'une cellule eucaryote
code des ARN qui seront ensuite traduits en protéines. Ces ARN sont appelés
ARN messagers ou ARNm. Les autres types d'ARN, par contre, ne sont pas
traduits en protéines et restent donc à l°état d'ARN. Les plus connus sont les ARN
ribosomiques (ARNr) qui entrent dans la composition des ribosomes et les ARN
de transfert (ARrêt) qui sont impliqués dans la traduction de l'information
génétique en acides aminés.
Il est à noter qu'il existe d'°autres types d'°ARN, notamment les petits ARN
nucléaires (snRNA pour « smalt nuclear RNA ››) qui jouent un rôle dans
1°épissage des ARNm, les micro ARN (ri RNA) dont le rôle est de réguler la
traduction des ARNm ou encore les petits ARN interférents (siRNA pour « smalt
interfering RNA ››) qui mènent à une dégradation spécifique de certains ARNm.
2. ARN polymérases
La transcription d'°ADN en ARN n°est possible que grâce à l°existence d'°enzymes
spécifiques appelés ARN polymérases. Il existe trois types d'ARN polymérases
nucléaires chez les animaux (Tableau 6.1).
3. Mécanisme de transcription
Les complexes transcriptionnels reconnaissent un promoteur en amont du gène
et commencent la transcription au niveau du site d'°initiation de la transcription.
Ces complexes enzymatiques se déplacent ainsi le long du brin matriciel pour
synthétiser les ARN correspondants. Plusieurs complexes peuvent transcrire un
gène de façon simultanée. Néanmoins, certains complexes seront plus avancés
que d'°autres et les transcrits associés à ces complexes seront de tailles différentes.
C°est pour cette raison ou°observées au microscope électronique, les zones de
transcription apparaissent comme des zones plumeuses.
Organite intracellulaire :
> Délimité par une enveloppe nucléaire (double membrane)
> En contact avec le cytoplasme grâce aux pores nucléaires
> En contact avec le cytosquelette grâce aux nesprines
> Contenant l°ADN, support de Pinformation génétique
> Présentant une région riche en activité transcriptionnelle : nucléole
> Renforcé par les lanlines, filaments intermédiaires assurant la stabilité
de l°enveloppe nucléaire
Chromatine :
>* ADN associé aux protéines de type histone
> Fibre nucléosomique : chromatine associée à des octamères d'°histones
> Fibre chromatinienne : Ebre nucléosomique compactée grâce à
l'histone H1
> Chromosome : stade ultime de compaction de l°ADN dans la cellule
Communication nucléoplasme/cytoplasme :
> Autorisée par l°existence de pores nucléaires
> Transport passif pour les petites molecules (< 5 kDa)
> Transport actif de molécules du cytoplasme vers le nucléoplasme grâce
aux importines
> Transport actif de molecules du nucléoplasme vers le cytoplasme grâce
aux exportines
> Nécessité de la protéine Ran-GDP ou Ran-GTP pour l°import/export
Réplication :
> Reproduction à l'identique de l°ADN au cours de la phase S
> Mode semi-conservatif et bidirectionnel
Transcription :
> Passage de l'ADN à l°ARN au cours de l"intelphase
> ARN messagers : codent des protéines
> ARN ribosomaux : composants des ribosomes
>* ARN de transfert : traduction des codons en acides aminés
QCM - Noyau
1. Structure de l'ADN
2. Chromosome (I)
3. Chromosome (II)
4. Chromosome (Ill)
5. Chromatine
7. Euchromatine/Hétérochromatine (I)
8. Euchromatine/Hétérochromatine (II)
9. ARN (|)
Tl.. L'ensemble des ARNm diffuse de façon passive, via les nucléopores, vers le
cytoplasme.
B. Le précurseur de l'ARNr 5s est rARNr 45S.
or..
Après modifications chimiques et clivages, l'ARNr 45S donne les ARNr 5,8S,
18S et 28S.
D. L"ARNr 45S est synthétisé dans le nucléole.
E. Les ribosomes sont formés dans le noyau.
A. Les ARN de grande taille sont pris en charge par des exportines.
B. La séquence de localisation nucléaire se trouve généralement du coté Cl.
E8. Le GTP nécessaire à l'import ou à l'export des protéines est hydrolyse par les
importines ou exportines.
D. La protéine Ran appartient à la famille des GTpases monomériques.
E. Le facteur Ran-GAP catalyse l'hydrolyse du GTP en GDP.
22. Nucléole
Tl.. Le nucléole est une structure qui peut s'obsener en microscopie optique à
lumière blanche.
B. Le nucléole se trouve toujours en périphérie du noyau.
c. Le nucléole est entouré par une membrane lipidique.
D. La présence d'un nucléole est une caractéristique des cellules en interphase.
E. Le nucléole est une structure où se forment les sous-unités ribosomiques.
25. Méthodes
1. Structure de l'ADN
Tl.. VRAI.
B. VRAI. Un nucléotide peut être mono, bi ou triphosphate.
E8. VRAI.
D. FAUX. La thymine est la deuxième base pyrimidique de I'ADN. Elle est
remplacée par l'uracile dans l'ARN.
E. VRAI
2. Chromosome (I)
3. Chromosome (II)
.l's. VRAI.
B. FAUX. II peut se trouver au centre (centromère métacentrique) ou ailleurs sur
les chromatides.
B. VRAI. Le brin long est noté q et le brin court est noté p.
D. VRAI.
E. VRAI.
142 L'essentiel de la biologie cellulaire
4. Chromosome (Ill)
5. Chromatine
7. Euchromatine/Hétérochromatine (I)
A. VRAI.
B. VRAI.
C. VRAI. Elle interagit avec la lamina nucléaire.
EI. FAUX. L'euchromatine est prédominante dans une cellule en interphase.
E. VRAI. II s'agit d'une forme d'compactée de l'ADN, le rendant ainsi accessible
aux complexes transcriptionnels.
Noyau 143
8. Euchromatine/Hétérochromatine (II)
9. ARN (|)
Tl.. FAUX. Les ARN les plus connus sont les ARNm, ARrêt et les ARNr.
Néanmoins, d'autres ARN, comme les ri RNA, les siRNA ou les snRNA, sont
aussi codés par l'ADN.
B. FAUX. Seuls les ARN messagers sont traduits en protéines.
cx. VRAI. Les siRNA et les ri RNA conduisent, respectivement, à la dégradation
des ARNm ou à l'inhibition de la traduction.
D. VRAI.
E. FAUX. L'ARN polymérase II transcrit les ARNm et également certains snRNA,
ri RNA et siRNA. Les ARrêt sont produits par I'ARN polymérase III.
A. FAUX. La plupart des ARN sont pris en charge par des exportines pour
traverser le nucléopore.
B. FAUX. L'ARNr 58 est directement transcrit par I'ARN polymérase III.
É. VRAI.
D. VRAI.
E. FAUX. Les sous-unités ribosomales sont formées dans le noyau mais leur
association en ribosomes se fait dans le cytoplasme.
JE.. FAUX. Une partie de l'information génétique se trouve dans les mitochondries.
B. FAUX. Certaines cellules comme les hématies ou les plaquettes n'ont pas de
noyau cellulaire.
C. FAUX. II peut être observé en microscopie optique suite à une coloration,
comme avec l'hématoxyline.
EI. VRAI. II existe des syneytia résultant de la fusion de plusieurs cellules
différenciées. Le syncitium obtenu contient alors plusieurs noyaux. C'est le cas
par exemple pour les fibres musculaires.
E. FAUX. Dans œrtaines cellules immunitaires, le noyau a une forme polylobée.
144 L'essentiel de la biologie cellulaire
A. VRAI.
B. FAUX. Un organite est une structure cellulaire ayant une fonction particulière et
étant délimité par au moins une membrane lipidique.
B. FAUX. Les protéines sont produites par les ribosomes dans le cytoplasme.
D. VRAI. La matrice mitochondriale est un autre lieu de transcription.
E. VRAI.
A. VRAI.
B. FAUX. L'enveloppe nucléaire est formée par deux membranes lipidiques.
C. FAUX. Les cardiolipides sont des constituants de la membrane interne
mitochondriale.
D. FAUX. II existe des pores nucléaires qui permettent un échange entre le cytosol
et le noyau.
E. VRAI.
VRAI.
.I'I..8. FAUX. L'espace est de quelques dizaines de nm.
c. VRAI.
D. FAUX. Le noyau est en contact avec des éléments du cytosquelette.
E. VRAI. Ces protéines de la membrane nucléaire externe connectent le noyau
aux microfilaments et aux filaments intermédiaires.
Noyau 145
A. VRAI.
B. FAUX.
G. VRAI.
D. FAUX. La chromatine interagit avec la lamina.
E. FAUX. La lamina renforce l'enveloppe nucléaire au niveau de la membrane
interne.
A. VRAI.
B. FAUX. Ce panier se trouve du côté nucléoplasmique.
c. FAUX. Un canal central est formé par les nucléoporines.
D. VRAI.
E. VRAI.
VRAI.
.I'I..8. VRAI.
c. FAUX. Les ribosomes sont assemblés dans le cytosol.
D. FAUX. Leur nombre dépend de l'activité transcriptionnelle de la cellule.
E. FAUX. II y a en général de quelques centaines à quelques milliers de pores par
noyau. Ceci dépend du type cellulaire considéré et de son activité
transcriptionnelle.
146 L'essentiel de la biologie cellulaire
A. FAUX. L'ADN polymérase doit être prise en charge par des protéines d'import.
B. VRAI. Elles sont aussi appelées récepteurs pour l'import nucléaire.
G. VRAI. II ne s'agit pas d'une diffusion passive comme pour les ions ou les
nucléotides.
D. VRAI.
E. VRAI.
22. Nucléole
A. VRAI.
B. FAUX. Le nucléole se trouve généralement au centre du noyau.
C. FAUX. Cette structure n'est pas délimitée par une bicouche lipidique.
D. VRAI. Le nucléole se désassemble au cours de la prophase mitotique.
E. VRAI.
JE.. VRAI.
8 VRAI.
C. FAUX. La Iaminine est un composant de la matrice extracellulaire.
D. VRAI.
E. VRAI.
Noyau 147
25. Méthodes
A. VRAI.
B. VRAI.
G. FAUX. L'iodure de propidium marque l'ADN de toutes les cellules.
D. FAUX. La BrdU n'est incorporée que par les cellules en phase de réplication de
l'ADN.
E. FAUX. Une immunodétection de la BrdU doit être réalisée au préalable.
Exercices - Noyau
Exercice 1
Vous avez identité la protéine Z, une protéine de 220 acides aminés, comme
étant une protéine de localisation nucléaire. Pour comprendre les déterminants
gouvernant cette localisation cellulaire, vous réalisez des constructions hybrides
dans lesquelles certains fragments du gène codant la protéine Z sont fusionnés au
gene codant la [3-galactosidase (gène appelé LacZ). Les protéines obtenues après
_
-
transfection sont les suivantes (Figure 6.5) :
Nt Ct BY-galactosidase
220
Protéine hybride 1
1 4
I Protéine hybride 2
5 13
I Protéine hybride 3
1 13
I | Protéine hybride 4
14 220
| Protéine hybride 5
Figure 6.5 : Protéines hybrides obtenues après transfection des cellules par les plasmides
correspondants. La numérotation correspond aux acides aminés de la protéine Z, notée en noir.
Après avoir transfecté des cellules avec les différentes constructions, le substrat
de la BY-galactosidase est ajouté. La coloration observée au microscope à lumiere
blanche permettra d'identifier la localisation de cet enzyme, et donc de la protéine
Z. Les résultats obtenus sont les suivants (Figure 6.6) :
Noyau 149
9
Q
Q
0
Q 0 0 0
9 Q
C 0
Figure 6.6 : Observations obtenues suite à la transfection de cellules par les constructions
présentées augure 6.5. Les points noirs représentent la coloration obtenue suite à 1°ajout du substrat
de la BY-galactosidase. C : cytoplasme, N : noyau.
Question 1
Analyser les résultats.
Question 2
Que pouvez-vous conclure de ces résultats ?
EXERCICE 2
Des recherches sont entreprises afin de comprendre comment l'enveloppe
nucléaire disparaît au cours de la mitose. Dans un premier temps, vous réalisez
un fractionnement cellulaire pour obtenir les noyaux de cellules asynchrones en
culture.
Question 1
Rappeler le principe de la préparation nucléaire.
Question 2
Rappeler le principe du western-blot.
150 L'essentiel de la biologie cellulaire
Question 3
A votre avis, quelles sont les protéines qui seront ciblées pour l'étude de l'enveloppe
nucléaire ?
_-
Voici les résultats obtenus en utilisant deux protocoles différents (Figure 6.7)
Nl CI I'-. 1 E1
r
-
I amim=fi. È
Tubulinr-
Question 4
Quel protocole allez-vous retenir ?
Question 5
Quel traitement préalable doivent subir les œllules en culture afin de pouvoir étudier
les mécanismes impliqués dans la rupture de l'enveloppe ?
_
western-blot dirigé contre les lamines phosphorylées (Figure 6.8).
I M
Lamines phosphorylées
Lamines totales j e
Figure 6.8 : Western-blot réalisé sur des fractions nucléaires obtenues de cellules en interphase (I)
et en tout début de mitose (M).
Question 6
Analyser le résultat. Que conclure ?
Question 7
Comment allez-vous procéder pour déterminer si la phosphorylation est impliquée
dans la rupture de l'enveloppe nucléaire ?
Noyau 151
Question 8
Comment interpréter ce résultat ? D'après les résultats précédents, quels pourraient
être les cibles ? Comment tester cette hypothèse ?
Puisque (i) les lamines sont phosphorylées en début de mitose et que (ii)
l'enveloppe nucléaire se maintient en présence d°un inhibiteur de l'nases, vous
vérifiez si votre inhibiteur de l'nases a un effet sur la phosphorylation des
lamines. Voici les résultats obtenus (Figure 6.9) 1
_
I M l+lnh M+Inh
Lamines phosphorylées
Lamines totales U - É
Figure 6.9 : Western-blot obtenu sur des cellules en interphase (1), en mitose M), en absence ou
en présence d°un inhibiteur de l'nases (Inh).
Question 9
Analyser ces résultats. Conclure sur l'effet de l'inhibiteur. D'après vos
connaissances, quelle kinase est impliquée ici ?
Question 10
D'après les résultats présentés dans cet exercice, donner un mécanisme expliquant
la rupture de l'enveloppe nucléaire.
Après 30 minutes d'incubation, les cellules sont rincées pour éliminer l"exces de
protéines non-importées puis lysées afin d'en extraire la fraction nucléaire. Ces
extraits sont utilisés en ELISA afin de déterminer la quantité de protéines P
importées dans le noyau.
Question 1
Rappeler le principe de la technique ELISA.
BIJ-
.fg-
.T-'fl'
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llllllllll
l'l I I I I I l I l l
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¿;~* 1? «ZI
.f ';~.- IÎ:
Question 2
Que concluez-vous ?
Question 3
Citer deux techniques permettant d'inhiber la protéine à activité GTPase dans les
conditions expérimentales présentes.
Question 4
Que conclure ? D'après vos connaissanœs, de quelle protéine peut-il s'agir ?
Exercices - Noyau - Réponses
Réponses de l'exercice 1
Réponse 1
Lorsque les cellules surexpriment une proteine [3-galactosidase native, la protéine
est de localisation cytoplasmique puisque la coloration y est retrouvée. Aucune
coloration n'est retrouvée dans le noyau.
Lorsque la cellule exprime la protéine de fusion l (protéine Z entière + B-
galactosidase), la BY-galactosidase se trouve au niveau de la zone colorée , c°est-
à-dire dans le noyau. Ceci suggère que la protéine Z contient un élément dans sa
séquence d'acides aminés indiquant à la cellule que cette protéine doit se trouver
dans le compartiment nucléaire.
Ann de déterminer la partie de la protéine Z informant de la localisation
nucléaire, d'°autres protéines chimères ont été réalisées (protéines 2 à 5). En
présence des acides aminés 1 à 4 (protéine 2) ou 5 à 13 Protéine 3) de la protéine
Z, la coloration demeure dans le cytosol. La BY-galactosidase nia donc pas été
importée dans le noyau. Par contre, en présence des acides aminés 1 à 13 (protéine
4), il y a import de la [3-galactosidase dans le noyau puisque c'est à cet endroit
que la coloration est retrouvée. Les acides aminés 14 à 220 de la protéine Z
fusionnés à la BY-galactosidase (protéine 5) ne permettent pas d'°obtenir une
coloration nucléaire.
Réponse 2
Une séquence signal de 13 acides aminés localisée en Nt de la protéine Z permet
l°adressage au noyau de cette protéine.
Réponses de l'exercice 2
Réponse 1
Cette technique repose sur la densité des constituants cellulaires. Les noyaux,
relativement lourds par rapport aux autres organites, peuvent être obtenus après
lyse cellulaire et centrifugation à basse vitesse (800 à 1000 g). Après
centrifugation, le culot sera enrichi en noyau, le surnageant sera enrichi en
fraction cytoplasmique. Un degré de purification supplémentaire peut être obtenu
grâce à l'utilisation de gradient de densité (gradient de sucrose par exemple).
154 L'essentiel de la biologie cellulaire
Réponse 2
Le western-blot permet de détecter une protéine particulière grâce à 1°utilisation
d'°anticorps spécifiques. Pour ce faire, un lysat protéique est déposé sur un gel de
polyacrylamide dénaturant (SDS-PAGE). Après électrophorese, les protéines
sont transférées sur une membrane, grâce à un courant électrique. Des anticorps
spécifiques d'une protéine d'°intérêt y sont ajoutés et pourront être détectés par
1°utilisation d'°anticorps secondaires couplés à une activité enzymatique.
Réponse 3
Les anticorps utilisés seront dirigés contre les lamines, constituants de
l°enveloppe nucléaire. Par ailleurs, un anticorps dirigé contre une protéine
cytosolique (tubuline, actine, enzyme de la glycolyse) sera utilisé pour vérifier la
pureté de la fraction nucléaire.
Réponse 4
Le protocole 1 permet d'°obtenir une faction nucléaire Nl dépourvue de tubuline
(absence de bande) mais erlrichie en lamines. A l'inverse, la faction
cytoplasmique ne contient pas de lamines nucléaires mais de la tubuline.
Le protocole 2 montre une fraction nucléaire N2 qui contient des lamines mais
aussi du cytoplasme puisque la tubuline y est détectée. De même, la fraction
cytoplasmique C2 contient des lamines.
Le protocole l est meilleur que le protocole 2 où les factions nucléaires et
cytoplasmiques sont contaminées.
Réponse 5
La culture devra être synchronisée afin que toutes les cellules parviennent en
mitose de façon simultanée. Ceci est possible grâce à l'ajout de colchicine dans
le milieu : les cellules resteront bloquées en mitose. Après changement du milieu
de culture, les cellules reprendront l°avancée dans le cycle de façon synchrone.
Réponse 6
L'anticorps anti-lamines phosphorylées a été utilisé dans les deux fractions
nucléaires isolées de cellules en interphase et en début de mitose. Seuls les
noyaux isolées de cellules en début de mitose présentent des lamines
phosphorylées. La quantité de lamines totales, phosphorylées et non
phosphorylées, est identique entre les deux groupes.
Conclusion .-
Réponse 7
Il est possible d'°ajouter des inhibiteurs de protéines l'nases pour savoir si les
cellules en culture conservent ou non leur enveloppe nucléaire. L'°effet p u n a
être observé en microscopie.
Une autre stratégie serait d'°ajouter des activateurs de protéines kinases pour voir
si l'enveloppe nucléaire se rompt.
Réponse 8
L'°absence de rupture de l'enveloppe nucléaire en présence d'un inhibiteur de
kinases montre que la phosphorylation est nécessaire à la rupture de l°enveloppe
nucléaire.
Hypothèse .'
Les lamines sont phosphorylées et leur phosphorylation conduit à la rupture de
l°enveloppe.
Il est possible de véñfier cette hypothèse en utilisant des anticorps dirigés contre
les phospho-lamines en présence de l°inhibiteur de kinases.
Réponse 9
L'inhibiteur de kinase n' aucun effet sur l°expression globale des lamines
puisque l'intensité de la bande correspondant aux lamines totales est identique
dans toutes les conditions.
Par contre, en présence d'°inhibiteur, il n' a plus de lamines phosphorylées,
même dans les cellules en début de mitose.
Conclusion .0
Réponse 10
La phosphorylation des lamines par le complexe cycline B CDKI conduit à la
rupture de 1"enveloppe nucléaire.
Réponses de l'exercice 3
Réponse 1
L°ELISA ou « Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay ›› repose sur la détection
d'un antigène par un anticorps qui sera révélé par l°activité d'un enzyme. Il existe
différents types d"ELISA (indirect, en sandwich ou en compétition).
Ici, une technique d'°ELISA sandwich pourrait être utilisée (Figure 6.11). Au fond
du puits sont adsorbés des anticorps polyclonaux anti-peptide P (reconnaissent
différents épitopes du peptide, anticorps produits généralement chez le lapin). Le
lysat est ajouté, puis rincé. Des anticorps anti-P couplés à une activité
156 L'essentiel de la biologie cellulaire
@p
Eabsllul
*'lfll:lüEII'P5 1› › › UCI
and-In
F::rl:I -:il qui Ii
Réponse 2
Avec le peptide P-NLS, en présence d'°ATP et à 37°C, le peptide est importé dans
le noyau des cellules. Lorsqu°un de ces paramètres est modifié (absence d'ATP,
température de 0°C ou absence de la séquence NLS), le peptide n'est plus détecté
dans les extraits nucléaires. Ainsi, l'ATP, une température physiologique et la
séquence NLS sont nécessaires à l'import nucléaire.
L'°ajout de GTP non hydrolysable GTPyS bloque également l'import nucléaire.
Du GTP est donc nécessaire à l"impolt des protéines dans le noyau. Il existe des
systèmes cellulaires en mesure de produire du GTP dans ces conditions
expérimentales.
Réponse 3
La première technique possible est la génération d'°anticorps dirigés contre la
protéine donnée afin de la neutraliser. Ceci est possible par l°injection de la
protéine humaine chez le lapin afin de produire des anticorps polyclonaux. Il est
aussi possible de générer des anticorps monoclonaux dirigés contre cette protéine
via la teclmique de fusion cellulaire. L'anticorps obtenu, pourra entrer dans la
cellule perméabilisée et inhiber la protéine.
Une autre méthode pour inhiber cette proteine est d'°inhiber sa traduction via par
exemple la transfection de ces cellules par des siRNA (« smalt interfering
RNA ››).
Réponse 4
Conclusion .,
Comme l'inhibition de cette protéine bloque l°impo1*r nucléaire, alors elle
necessaire à ce processus cellulaire.
Il pourrait s'agir de la protéine Ran.
Chapitre 7- Trafic des protéines et
système endomembranaire
Les protéines sont des polymères d'acides aminés. Elles se caractérisent par
quatre structures différentes. La structure primaire n'est autre que la séquence en
acides aminés. La structure secondaire correspond à l'existence d'arrangements
particuliers d'°acides aminés : formation d'hélices a, de feuillets B ou encore de
coudes B. La structure tertiaire est le repliement de la chaîne polypeptidique dans
les trois dimensions de l°espace. Cette configuration est nécessaire à l'activité des
protéines. Erin, certaines protéines possèdent une structure quaternaire qui
équivaut à l'association de plusieurs protéines matures. C°est par exemple le cas
de Phémoglobine. En outre, ces protéines doivent être adressées dans les
compartiments cellulaires où elles pourront avoir leur rôle biologique : soit elles
seront traduites par les ribosomes libres, soit elles emprunteront le système
endomembranaire.
1. Généralités
La traduction est le processus par lequel l°ARNm est converti en protéines. Cette
étape se réalise dans le cytoplasme, au niveau des ribosomes. La protéine, en
cours de synthèse ou une fois synthétisée, doit acquérir une structure
tridimensionnelle qui est nécessaire à son activité biologique. Généralement, dans
un milieu aqueux, les chaînes latérales des résidus polaires vont se retrouver à
l°extérieur de la molécule tandis que les chaînes des résidus apolaires et
hydrophobes vont constituer le centre de la molécule.
Lorsque les protéines sont nouvellement synthétisées dans le cytoplasme, elles
peuvent s°agglomérer en raison d'°une interaction possible des résidus
hydrophobes de deux polypeptides. Les protéines chaperonnes permettent
d'empêcher Fagrégation des protéines.
Les petites protéines de taille inférieure à20 kDa ne nécessitent pas Faction d'une
protéine chaperonne pour acquérir leur conformation tertiaire. Par contre, les
protéines de taille supérieure ont tendance à acquérir une conformation
incorrecte. La prise en charge du polypeptide par les chaperons sera nécessaire à
la conformation correcte de la protéine. Dans le cas contraire ou en cas de
158 L'essentiel de la biologie cellulaire
2. Protéines chaperonnes
Les protéines chaperonnes sont des protéines de masse moléculaire variable
(généralement compiise entre 10 et 100 kDa). Ces proteines, particulièrement
conservées au cours de l"évo1ution, consomment de l'ATP pour permettre le
repliement correct de la protéine. Appartenant à cette famille de protéines
chaperonnes, les hsp (« beat shock protein ››) sont les plus étudiées. Parmi elles
figurent les hsp70 (taille de 70 kDa) et les hsp60. A noter, les mitochondries
possèdent leurs propres protéines chaperonnes.
3. Glycosylation
Environ 50% des protéines cellulaires sont glycosylées. La glycosylation
correspond à l'ajout d°un motif sucré sur la protéine. La glycosylation sur des
résidus Ser et Thr, au niveau de leur fonction alcool (ON-glycosylation) se déroule
dans l'appareil de Golgi. La N'-glycosylation sur les résidus Asn prend place dans
le réticulum endoplasmique. Le transport des protéines dans ces compartiments
est abordé dans la partie III.
La membrane du réticulum contient une oligosaccharyl transférase (ou
oligosaccharide transférase) ajoutant sur le groupement amine de la chaîne
latérale un motif sucré. Le motif sucré greffé est composé de 14 sucres : 2
acétylglycosamines, 9 mannoses et 3 glucoses. Initialement, ce motif sucré est
axé sur un lipide particulier appelé dolichol. Sous l'action de Foligosacchaiyl
transférase, ce motif sera accroché à l"Asn. Ainsi, bon nombre de résidus
exposeront des résidus sucrés. Suite au clivage de deux des trois glucoses, les
motifs sucrés seront reconnus par des protéines de type lectines. Les lectines du
réticulum, qui jouent aussi un rôle de protéines chaperonnes, sont impliquées
dans la maturation des protéines. Il existe deux protéines de ce type : la calnexine
et la calréticuline. Comme leurs noms l"indíquent, ces protéines sont activées en
présence de calcium, dont la concentration est élevée dans l°organite. Après
reconnaissance de la protéine par une de ces lectines, une glucosidase coupe le
dernier glucose du motif Deux choix se présentent alors : (i) soit la protéine est
correctement conformée et peut éventuellement suivre le trafic vésiculaire, (ii)
soit elle est toujours mal conformée. Dans ce cas, une glycosyl transférase rajoute
un nouveau glucose sur le motif sucré pour que la calnexine ou la calréticuline
reprennent en charge la protéine afin de l°aider à adopter une conformation
correcte. En cas de nouvel échec, la protéine sera exportée du réticulum, en
passant par un translocon. Une glycanase enlèvera le motif oligosaccharidique,
la protéine sera polyubiquitinylée et envoyée au protéasome pour dégradation.
Trafic des protéines et système endomembranaire 159
1. Généralités
Toutes les protéines sont synthétisées dans le cytoplasme. Par contre, elles vont
ensuite exercer leurs fonctions biologiques dans les différents compartiments de
la cellule. Les compartiments de la cellule eucaryote sont nombreux. Citons par
exemple : le noyau, les mitochondries, le réticulum, le golgi, les peroxysomes,
les lysosomes, la membrane cellulaire. Ainsi, des systèmes d'adressage sont
nécessaires afin d'°envoyer la protéine néosynthétisée dans le bon compartiment.
2. Séquences d'adressage
Le premier élément nécessaire à Fadressage d'une protéine est la présence d'une
étiquette indiquant sa destination. Il s'agit de la séquence signal.
Dans la majorité des cas, la séquence signal correspond à un petit nombre
d'acides amines (entre 10 et 60 résidus) localisés à l'extrémité NH2-terminale de
la protéine. Dans certains cas, il arrive que, grâce au repliement de la protéine
ayant acquis sa structure tertiaire, des groupes d'acides aminés initialement
éloignés se rapprochent pour former une séquence d'adressage. Les séquences
d'°adressage sont caractéristiques du compartiment ciblé. Par exemple, la
séquence de localisation nucléaire comprend des acides aminés basiques dont la
séquence est KKKRK. La séquence d'adressage mitochondrial est riche en acides
aminés hydrophobes et en acides aminés chargés qui s'organiseront en une hélice
a amphiphile. Ces séquences seront ensuite reconnues par des récepteurs de tri
qui adresseront alors les protéines vers les bons compartiments. Les protéines
cytosoliques ne contiennent pas de séquence d'°adressage.
1. Transport nucléaire
Il semblerait que la séquence signal d'°une protéine à destination nucleaire puisse
se trouver à n'importe quel endroit de la proteine. Le transport nucléaire a été
traité dans le chapitre 6- Noyau.
2. Transport peroxysomal
Les protéines à destination du peroxysome ont deux types de séquence « signal
ciblant le peroxysome ›› : soit une séquence PTS pour les protéines de la matrice
peroxysomale, soit une séquence mPTS pour les protéines de la membrane
peroxysomale. Ces séquences sont reconnues par des récepteurs et les protéines
synthétisées dans le cytosol gagnent alors leur compartiment peroxysomal.
3. Transport mitochondrial
Après avoir été synthétisées dans le cytoplasme par des ribosomes libres, les
protéines mitochondriales sont prises en charge par des hsp cytosoliques
(notamment hsp70), empêchant ainsi que les protéines ne s°agrègent (Figure 7.1).
Ces protéines n°acquerront leur conformation tridimensionnelle que dans la
mitochondrie. La séquence signal précurseur des protéines mitochondriales est
reconnue par un complexe moléculaire se trouvant sur la membrane externe
mitochondriale I le complexe TOM (« translocase of the outer membrane ››). Ce
complexe TOM peut interagir avec un autre complexe moléculaire nommé TIM
(<< transloease oftne inner membrane ››). TIM reconnaît à son tour la séquence
signal en Nt. Les protéines continuent leur avancée à travers ces deux complexes
et se retrouvent dans la matrice mitochondriale. De plus, les charges positives de
la séquence signal sont attirées par les charges négatives de la matrice. Dans la
matrice, les protéines mitochondriales sont prises en charge par des hsp
mitochondriales (notamment mt-hsp70). Une peptidase MPP (« mitochondrial
processing peptidase ››) clive enfin la séquence signal. Les protéines acquièrent
leur structure tridimensionnelle. Ainsi, l°import des protéines dans la matrice
mitochondñale nécessite des translocases, des hsp, une séquence signal mais
aussi de l°ATP et un potentiel de membrane mitochondrial.
Trafic des protéines et système endomembranaire 161
hsp7Q
protéine
I. :l.=.!.I- Cytosol i n
TOM
aug:-
iii*
Espace intermembranaire
TIM
Matrice 11- 1 I
mat
ilzda MPP
UII.II å
nu hSP7Q
protéine
I_gI!1I
hsp60
Figure 7.1 1 Transport d'°une protéine vers la matrice mitochondriale. TOM : << translocase of the
outer membrane ››, T11\/I 2 << translocase of the inner membrane ›>, MMP : << mitochondrial
processing peptidase ›>, + : peptide signal chargé positivement.
SRP
@of
-I SRP
Ribosome
> > ) \ /
Cytosol
I
Membrane du réticulum
!
Lumière du réticulum
Récepteur de SRP
Figure 7.2 : Insertion ce-traductionnelle. (D Reconnaissance du peptide signal par SRP (« signal
recognition particle ››) et arrêt de la traduction. ® Fixation du complexe ribosome-protéine-SRP
sur le récepteur à SRP. CSD Fixation du ribosome sur le translocateur. ® Reprise de la traduction et
libération de SRP et de son récepteur.
Les protéines dont le devenir est de rester dans la lumière du réticulum possèdent
un signal de rétention qui se trouve à l'extrémité Ct. Cette séquence catalyse
également Pacquisition d'une conformation correcte. La protéine disulfide (ou
disulfure) isomérase (PDI) est un enzyme qui participe également à la bonne
conformation de ces protéines en oxydant ou réduisant les groupements thiols des
cystéines afin de former ou d°ouv1*ir des ponts disulfures.
5. Transports vésiculaires
Afin d'assurer le transport des protéines (mais aussi de lipides et de
polysaccharides complexes) dans les différents compartiments cellulaires, la
cellule est dotée d'un système endomembranaire. Ce système regroupe des
organites (réticulum endoplasmique, appareil de Golgi, endosomes, lysosomes,
vésicules) qui échangeront, par Fintermédiaire de vésicules lipidiques, le matériel
biologique.
Sarl/Arf -GDP
GTP
GEF
GDP
Sarl/Arf GTP
--
Compartiment 1 x
,l Vésicule `\
I I ecouvert ;
donneur
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n
Dynamine
Figure 7.3 : Formation d'°une vésicule. L'étape 1 correspond à l°activation des protéines Sarl/Arf.
L'°étape 2 correspond à la libération de la vésicule suite à Faction de la dynamine. GEF :
« guanine-nucleotide axchangefactor ››.
transport et tri
Une fois la vésicule formée, celle-ci perdra son tapis protéique et formera une
vésicule nue. Elle sera acheminée vers son compartiment accepteur en roulant le
long des voies formées par le cytosquelette. Les protéines Rab, GTPases
monomériques, jouent un rôle important dans l°adressage vers les compartiments
appropriés. Cet adressage dépend des isoformes se trouvant sur la vésicule. Par
exemple, Rab 1 et 2 envoient les vésicules depuis le réticulum vers le Golgi.
En plus de ces protéines, l°adressage d'un compartiment à un autre se fait par
Pintermédiaire de signaux particuliers se trouvant sur la protéine à adresser.
Même si les mécanismes ne sont pas encore entièrement compris, la séquence
KDEL semble être le signal de localisation des protéines résidant dans le RE. Si
une protéine avec KDEL est envoyée vers l'appareil de Golgi, cette séquence sera
alors reconnue et des vésicules recouvertes de COP I seront adressées au RE afin
de permettre à cette protéine de retrouver son compartiment intracellulaire.
L'°adressage des protéines aux lysosomes se fait grâce à la présence de mannose-
6-phosphate sur certains résidus. Ce motif sucré sera reconnu par des récepteurs
au mannose-6-phosphate. Des vésicules recouvertes de clathrine bourgeonneront
au niveau du système transgolgien et seront adressées aux lysosomes.
166 L'essentiel de la biologie cellulaire
arrimage et mulsion
Endocytose
L'endocytose correspond à l'entrée de matériel extracellulaire à l'intérieur de la
cellule. Elle peut être non spécifique (pinocytose) ou spécifique grâce à
l7intervention de récepteurs se trouvant à la surface de la membrane plasmique.
Cette endocytose (voire phagocytose) dépendante des récepteurs joue un rôle
essentiel dans la signalisation intracellulaire, l'apport de nutriments ainsi que la
défense de l°organisme.
Dans ce type d'°endocytose, les récepteurs spécifiques d°un ligand sont concentrés
au niveau de structures particulières de la membrane plasmique. A ce niveau, des
puits tapissés de clathrine vont se former (sauf lorsque l'endocytose a lieu au
niveau des cavéoles). L'°entrée en action de la dynamine, une protéine à activité
GTPase, permet la séparation du puits de la membrane, et deviendra alors une
vésicule recouverte de clatinine. Cette vésicule perdra ensuite son manteau de
clathrine et sera dirigée vers le système des endosomes précoces. A ce niveau, un
tri sera effectué pour déterminer s°il y a recyclage, envoi vers les endosomes
tardifs, suivi éventuellement d'un envoi vers les lysosomes. Suivant le couple
récepteur-ligand, plusieurs destins sont possibles : transcytose, dissociation du
couple ligand/récepteur avec recyclage du récepteur, dissociation du couple
ligand/récepteur avec digestion par le lysosome.
Fiche de synthèse
Trafic des protéines et système endomembranaire
Trafic vésiculaire
> Depuis un compartiment donneur vers un compartiment accepteur
> Formation de la vésicule : adaptines, protéines du manteau (COP I,
COP II, clathrine)
> Adressage : insertion de protéines Rab-GTP spécifiques
> Transport le long du cytosquelette
> Fusion vésiculaire : interaction v-SNARE / t-SNARE
Endocytose :
> Importation de matériel extracellulaire non spécifique (pinocytose de
petites molécules) ou par Fintermédiaire de récepteurs
>* Formation de puits recouverts de clatlnine sauf pour les vésicules
formées au niveau des cavéoles
> Intervention de la dynamine pour former la vésicule
> Envoi vers les endosomes (gare de triage cellulaire)
QCM - Trafic des protéines et système
endomembranaire
1. Protéines (I)
2. Protéines (II)
3. Protéines (III)
4. Protéines (IV)
5. Chaperons (I)
6. Chaperons (II)
7. Chaperons (III)
8. Adressage (I)
9. Adressage (II)
21. Organite
27. Lysosomes
A. L'acidité importante de la lumière des lysosomes (pH = 10) est générée grâce à
une H+-ATPase membranaire.
B. Le mannose-6 phosphate est un motif d'adressage au lysosome.
:::. Les lysosomes sont riches en hydrolases acides.
D. Les lysosomes participent à la dégradation des organites intracellulaires.
E. La fusion d'un autophagosome et d'un lysosome s'appelle un
autophagolysosome.
28. Endosomes
Tl.. Le transport des protéines d'un compartiment cellulaire à un autre se fait par la
formation de micelles cellulaires.
B. Le compartiment d'où provient la vésicule est appelé compartiment donneur.
E8. La fusion de la vésicule a lieu au niveau de la membrane du compartiment
accepteur.
D. Les vésicules passent d'un compartiment à un autre en empruntant les
éléments du cytosquelette.
E. Dans certains cas, le réticulum endoplasmique peut être considéré comme le
compartiment donneur et la mitochondrie comme le compartiment accepteur.
38. Clathrine
1. Protéines (I)
2. Protéines (II)
A. VRAI.
B. VRAI.
E. VRAI.
D. FAUX. Les protéines sont dans tous les compartiments cellulaires.
E. VRAI.
3. Protéines (Ill)
4. Protéines (IV)
A. FAUX. La traduction d'un ARNm peut se faire par plusieurs ribosomes, formant
ainsi un polyribosome.
B. VRAI.
EZ. VRAI.
D. VRAI.
E. VRAI.
Trafic des protéines et système endomembranaire 181
5. Chaperons (I)
6. Chaperons (II)
Tl.. VRAI.
B. FAUX. Les hsp ont une taille comprise entre 10 et 90 kDa.
G. VRAI.
D. FAUX. Hsp70 a une taille de 70 kDa.
E. VRAI.
7. Chaperons (Ill)
8. Adressage (I)
9. Adressage (II)
Tl.. VRAI.
B. FAUX. Les protéines mitochondriales n'acquièrent pas leur structure tertiaire
avant le passage dans la mitochondrie.
or..
FAUX. Le peptide signal est reconnu par un complexe moléculaire appelé TOM
(« translocase of the outer membrane ››)
D. FAUX. Les protéines mitochondriales transitent via les translocases
mitochondriales.
E. VRAI. II existe notamment des hsp mitochondriales de 60 et 70 kDa.
JE.. VRAI. II s'agit de TOM et TIM, pour les membranes externes et internes,
respectivement.
B. VRAI.
E8. VRAI.
D. FAUX. Les hsp mitochondriales participent à la conformation des protéines
mitochondriales.
E. VRAI. Ce sont les mite-ribosomes.
Trafic des protéines et système endomembranaire 183
A. VRAI.
B. FAUX. Le complexe SRP est reconnu par un recepteur enchâssé dans la
membrane du réticulum.
B. VRAI.
D. VRAI
E. VRAI.
A. VRAI.
B. VRAI.
C. VRAI.
D. VRAI.
E. FAUX. BIP est une protéine chaperonne de la famille des hsp70.
184 L'essentiel de la biologie cellulaire
A. VRAI.
B. VRAI. II s'agit d'une autre glycosylation que celle ayant lieu dans le réticulum.
G. VRAI.
D. FAUX. II s'agit d'ajouter des composés sucrés à des résidus d'acides aminés.
E. FAUX. Les glycosylations sont des réactions enzymatiques et ne dépendent
pas de la concentration en glucose, contrairement à la glycation.
A. FAUX. Ce sont les lectines qui reconnaissent des motifs sucrés. La leptine est
une hormone anorexigène sécrétée par le tissu adipeux.
B. VRAI.
É. VRAI.
D. VRAI. Elle participe à la conformation des protéines dans la lumière du
réticulum endoplasmique.
E. FAUX. Les protéines mal repliées quittent le réticulum par un translocon, sont
polyubiquitinylées puis dégradées par le protéasome.
21. Organite
A. VRAI.
B. VRAI. Leur rôle est de dégrader des biomolécules.
C. FAUX. Le cytosqueleüe n'est pas délimité par une membrane. II ne s'agit donc
pas d'un organite intracellulaire.
EI. VRAI.
E. VRAI.
Trafic des protéines et système endomembranaire 185
A. VRAI.
B. VRAI.
G. VRAI.
D. VRAI.
E. VRAI. Le transport vésiculaire s'appuie sur des protéines motrices de type
dynéine ou kinésine.
A. VRAI.
B. FAUX.
C-. VRAI.
D. VRAI.
E. VRAI.
VRAI.
A.8. FAUX. La glycosylation a aussi lieu dans l'appareil de Golgi.
D. VRAI.
D. VRAI. Sa lumière est riche en protéines isomérases et chaperons.
E. FAUX. Néanmoins, via l'activation de la voie ERAD, il adressera les protéines
mal conformées pour dégradation au protéasome.
186 L'essentiel de la biologie cellulaire
27. Lysosomes
A. FAUX. L'acidité est générée par 1'H+ ATpase de la membrane lysosomale mais
conduit à un pH = 5. Un pH 10 est un pH alcalin.
B. VRAI.
D. VRAI.
D. VRAI. Les lysosomes participent au processus contrôlé de dégradation des
organites intracellulaires, appelé autophagie.
E. VRAI. II s'agit de la résultante de la fusion de la membrane externe de
l'autophagosome avec celle du lysosome.
28. Endosomes
A. VRAI.
B. FAUX. La dynamine hydrolyse le GTP.
or..
FAUX. Les protéines du manteau se dissocient après la formation de la
vésicule.
D. FAUX. La dissociation des protéines du manteau nécessite de l'ATP, des hsp
et des phosphatidylinositol phosphatases.
E. VRAI. Par exemple, la GTPase Arf1 est nécessaire à la fixation de COP I, Sarl
est nécessaire à la fixation de COP II.
A. VRAI.
B. FAUX. Ce sont les protéines v-SNARE qui sont retrouvées sur les vésicules.
G. VRAI.
D. FAUX. Le facteur NSF permet la dissociation des SNARE mais en présence
d'ATP.
E. FAUX. Après fusion de la vésicule avec la membrane du compartiment
accepteur, les protéines Rab hydrolysent le GTP et regagnent le cytoplasme
sous la forme Rab-GDP où elles seront prises en charge par GDI.
A. VRAI.
B. FAUX. L'endocytose non spécifique est la pinocytose.
r::.
VRAI. L'exposition des phosphatidylsérines sur le feuillet extracellulaire
constitue un signal de phagocytose.
D. FAUX. II s'agit de la phagocytose. La pinocytose participe à l'import du liquide
extracellulaire et des petites molécules.
E. VRAI.
JE.. FAUX. Les récepteurs des LDL sont recyclés à la membrane plasmique. Par
contre, les LDL sont dégradés.
B. FAUX. II existe à la surface membranaire la transferrine qui, après avoir fixé le
fer, sera endocytée.
C. VRAI. Dans ce cas, il y a endocytose des récepteurs correspondants.
EI. VRAI.
E. VRAI.
Trafic des protéines et système endomembranaire 189
38. Clathrine
A. VRAI.
B. VRAI.
G. FAUX. La clathrine est impliquée dans les phénomènes d'endocytose.
D. VRAI.
E. VRAI.
A. VRAI.
B. VRAI. II faut incuber les cellules ou tissus avec des acides aminés
radiomarqués pendant différents temps et superposer les clichés avec les
résultats d'histologie (of. Exercice 1).
c. VRAI. Cette technique fut développée par Palade.
D. VRAI.
E. VRAI. Cette technique consiste à prendre à intervalles de temps prédéfinis la
même cellule. Ainsi, les clichés mis bout à bout permettront d'obtenir un film
reconstituant le trajet de la protéine marquée.
JE.. VRAI.
B. VRAI. Ce type d'information peut être obtenu en réalisant des expériences de
traduction in vitro avec des ribosomes seuls ou du REG. II est aussi possible
d'y ajouter une protéase pour savoir si la protéine se trouve dans la lumière du
RE (dans ce cas, elle sera protégée de la protéolyse).
C. VRAI. Exemple : utilisation de la levure et de mutants pour les protéines Sec
impliquées dans la fusion des vésicules.
D. FAUX. C'est une solution mais pas la meilleure car les inhibiteurs
pharmacologiques manquent souvent de spécificité.
E. VRAI. Les siRNA sont plus spécifiques que les inhibiteurs pharmacologiques.
Exercices - Trafic des protéines et système
endomembranaire
Exercice 1
L'°équipe de Palade en 1966 essaye de comprendre le chemin que suit une
protéine depuis sa synthèse jusqu'à sa libération en utilisant comme modèle de
sécrétion le pancréas exocrine.
Des coupes de pancréas sont placées dans une solution physiologique oxygénée
contenant de la leucine radiomarquée CH-Leu) pendant trois minutes à 37°C
Ensuite, les coupes sont rincées et le milieu est remplacé par une solution
physiologique contenant de la leucine froide (non marquée). Après taxation des
tissus, les auteurs les observent au microscope électronique avec
autoradiographie soit juste après le rinçage, soit 17, 37 ou 57 minutes aptes.
Question 1
Comment s'appeIIe ce type d'expérience ? Que marque la leucine radiomarquée ?
Question 2
Pourquoi utiliser la microscopie électronique ?
Voici les résultats obtenus (Figure 7.4) :
l l l l l l l l l l l l l nl-u-._
®
@
_
L
.\ *I
S!
®
r*\
-
1
11
A
A A FJ
Figure 7.4 : Localisation de la radioactivité dans les cellules. A symbolise la radioactivité. A : 3
min après le pulse, B : 17 min de Chase, C : 37 min de Chase, D : 57 min de Chase.
Trafic des protéines et système endomembranaire 191
Question 3
En vous basant sur ces résultats, indiquez quel est le chemin emprunté par les
protéines synthétisées.
Question 4
Quelle autre technique utiliser pour confirmer ces résultats ?
.
compartiments (rapportée à 100%) au cours du temps (Figure 7.5).
100- -+ REG
-I-Golgi
Radioactivité (%)
-* Vésicules
50-
Question 5
Ces résultats confirment-ils ceux obtenus en microscopie électronique ?
Exercice 2
Vous avez identité une nouvelle protéine mitochondfiale se trouvant dans la
matrice. Vous voulez comprendre comment cette protéine X est impoitée.
Pour ce faire, vous décidez de mettre en contact des mitochondries isolées avec
la protéine X.
Question 1
Comment produire la protéine X ?
Question 2
Comment faire pour suivre cette protéine ?
Question 3
Comment isoler des mitochondries ?
192 L'essentiel de la biologie cellulaire
Question 4
Quels sont les différents composés à rajouter dans votre mélange réactionnel pour
obtenir des mitochondries produisant de l'ATP ? Préciser la fonction de chacun des
éléments. Comment faire pour tester le rôle des hsp « cytosoliques ›› sur l'import de
la proteine X dans la mitochondrie ?
20-
Ê ,8
3 Q
u L
Cu
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9 10-
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o 0 r I r I'
m
na 0" c›'*' o'b cF
Figure 7.6 : Radioactivité dans le culot mitochondrial obtenu, en fonction des conditions précisées
dans le tableau 7. l.
Question 5
Analyser ces résultats. En déduire si l'import des protéines matricielles nécessite des
hsp «cytosoliques››, un potentiel de membrane, de l'ATP.
Trafic des protéines et système endomembranaire 193
Question 6
En n'ajoutant pas d'ADP dans le milieu, mais en présence de glutamate/malate et
d'hsp, la protéine X n'est pas importée dans la mitochondrie. Qu'en déduisez-vous ?
Question 7
Lorsque l'expérience est réalisée en présence de mitochondries isolées, de protéine
X, d'hsp cytosoliques et d'ATP, il n'y a pas d'import de la protéine X dans la matrice
mitochondriale. Qu'en déduisez-vous ?
Question 8
D'après vos connaissances et les conclusions de ces expériences, quels sont les
différents éléments requis à l'import d'une protéine dans la matrice mitochondriale ?
Exercice 3
Le << nuclear factor kappa B ›› (NFKB) est uIt facteur de transcription activé
notamment au cours de la réponse inflammatoire. Avant activation, ce facteur est
séquestré dans le cytoplasme par un inhibiteur appelé Il. Lors du
déclenchement de la réponse inflamrnatoire, I@ est envoyé au protéasome pour
dégradation, libérant ainsi pouvant alors jouer son rôle de facteur de
transcription. Le mécanisme de cette dégradation étant peu connu, un groupe de
chercheurs a réalisé les expéúences suivantes.
Vecteur vide
3
'U m . . . . . . . . . . .. . .. .
.. . ... . .
.
. . . . . . . . . .
2 34 . . . . . . . . .
LI.
........
<0
z . . . .... . .
....... ..
μ
4-›
C m .........
o 'U . . . . . . . . . . .
U μ ............
3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
œ . ....... .... ....... . .
m -H ....... .... ....... . .
:s o . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
o E . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . .A'.
m o . . .... . ...... ...
. .... ....... .. J
o.μ
Q.
LI.
. . .. .. .. .. .. .. .. .. . .
o
Figure 7.7 : Schéma des cellules observées sous microscope à fluorescence dans les quatre
conditions expérimentales. Le noyau apparaît en gris. Les points représentent de la fluorescence
verte (GFP).
Question 1
Analyser. Que conclure de cette expérience ?
Ensuite, les chercheurs veulent déterminer l"irnportance des résidus lysine dans
la dégradation d"I1<B. Pour ce faire, par mutagénèse dirigée, de nouvelles
constructions où les lysines sont mutées en arginine sont générées. Ces
constructions sont ce-transfectées avec le plasmide rapporteur détaillé plus haut.
Voici les intensités de fluorescence obtenues pour les cellules soumises au TNF-
a (Figure 7.8).
100- T
Intensité de fluorescence
T
_ \
o
o
-|-
I
(% du WT)
U7
o
I
I
I
0 - | I I | r
×× ›í¿` Q* >= Q* \I><
~l~ *Q c
Figure 7.8 : Intensité de fluorescence de la GFP en fonction des différentes transfections réalisées.
WT : « Wild-type » correspond à la transfection avec un plasmide contenant le gène sauvage
d°I1cB. Les autres conditions correspondent à la transfection à l'aide de plasmides contenant le
gène muté d'IKB (remplacement de lysine par arginine).
Trafic des protéines et système endomembranaire 195
Question 2
Analyser et interpréter les résultats.
Ann de déterminer si ces deux résidus sont ubiquitinylés, les auteurs réalisent
une expérience d'°ubiquitinylation in vitro.
Question 3
En vous basant sur vos connaissanœs concernant l'ubiquitinylation, quels sont les
réactifs à ajouter pour réaliser cette expérience in vitro ?
Après avoir incubé les protéines issues des différentes constructions mentionnées
précédemment, vous réalisez une électrophorèse suivie d'°une autoradiographie.
Voici les résultats obtenus (Figure 7.9).
_____ _
IKB
polyubiquitinylé
ElLV)l
K21R
K22R
K38R
au/8e)
K21/22R
Figure 7.9 : Résultats de Fautoradiographie après électrophorèse des protéines produites in vitro
et ayant subi Fubiquitinylation in vitro.
Question 4
Analyser les résultats et tirer une conclusion quant à l'importance des différentes
lysines sur l'ubiquitinylation.
Question 5
Résumer à l'aide d'un schéma l'ensemble des résultats obtenus.
Exercices - Trafic des protéines et système
endomembranaire - Réponses
Réponses de l'exercice 1
Réponse 1
Il s°agit d'une expérience de « pulse-chase ››. Cette expérience consiste à utiliser
une sonde marquée pour ensuite la suivre au cours du temps.
La leucine, un acide aminé, sera incorporée aux protéines en cours de synthèse.
Ainsi, la leucine radioactive marquera les protéines.
Réponse 2
La microscopie électronique permet d'observer les organites intracellulaires.
Cette experience permettra de suivre le traceur radioactif donc les protéines, dans
les différents compartiments cellulaires.
Réponse 3
Pour répondre à cette question, il est nécessaire de préciser les différents
compartiments représentés sur la augure 7.10.
I ...la"'_.
embrane plasmique
Noyau
REG
Ribosome
litochondrie
Appareil de Golgi
Vésicule de sécrétion
La
Figure 7.10 : Schéma simplifié d'°une cellule eucaryote. continuité entre le Réticulum
Endoplasmique Granuleux et le noyau n'est pas représentée sur le schéma.
Ainsi, ces résultats permettent d'°identifier une voie sécrétoire. Les protéines sont
synthétisées dans le réticulum (insertion ce-traductionnelle), envoyées au Golgi
qui, à son tour, produira des vésicules de sécrétion. L'°exocytose permettra de
libérer les protéines dans la lumière de l'acinus.
Réponse 4
La technique à utiliser ici est le fractionnement cellulaire. Les différents organites
seront isolés par la méthode des centrifugations différentielles.
Réponse 5
A 3 min, la radioactivité est maximale dans le REG et nulle dans les autres
compartiments. A 20 min, la radioactivité du REG décroit alors que celle de
l°apparei1 de Golgi augmente fortement. Au bout de 40 min, la radioactivité des
protéines synthétisées est retrouvée dans les vésicules de sécrétion et continue de
diminuer dans les autres compartiments. Après 60 min, la radioactivité est
quasiment nulle dans le REG et le Golgi mais reste encore élevée dans les
vésicules de sécrétion. Toutefois, la radioactivité totale n°est plus de 100% : la
protéine marquée a été sécrétée. Ainsi, ces résultats confirment ceux de la
premiere expérience.
Il est aussi à noter que la totalité de la radioactivité est contenue dans le REG, le
Golgi et les vésicules de sécrétion (aussi appelées, dans le cas présent, granules
de zymogènes). En d'autres termes, il n' a pas de radioactivité dans le gel
cellulaire ou cytosol. Il y aura donc eu échanges des protéines uniquement grâce
au système endomembranaire.
Réponses de l'exercice 2
Réponse 1
Il est possible de produire une protéine in vitro en ajoutant au milieu réactionnel
les éléments suivants : ARNm codant la protéine, iibosomes libres, ARrêt, acides
aminés et ATP.
Réponse 2
Le plus simple est d'°ajouter des acides aminés radioactifs (le plus souvent de la
méthionine marquée au 25s ou de la leucine tritiée). Ainsi, il sera possible de
quantifier la radioactivité de la protéine à l°aide d'un compteur à scintillations.
Réponse 3
Il est possible d°isoler les mitochondries par fractionnement cellulaire (ce
Chapitre 5- Mitochondries - Réponse 1 de l'exercice 1).
198 L'essentiel de la biologie cellulaire
Réponse 4
Ann d'avoir des mitochondries fonctionnelles, il faut rajouter dans le milieu, par
exemple, du glutamate et du malate (afin d'°apporter des coenzymes réduits, sous
forme de NADH,H+, au complexe I de la chaîne respiratoire), de l°ADP (qui
permettra à la mitochondrie de former de l°ATP via la FoF1 ATP synthase qui
utilisera le gradient de protons). Pour tester le rôle des hsp, il suffira d°ajouter des
hsp cytosoliques, protéines jouant le rôle de chaperon moléculaire, dans le
mélange réactionnel.
Réponse 5
La condition 1 correspond à Pexpérience témoin. Aucune protéine radioactive
nia été introduite. Cette expérience permet de déterminer le bruit de fond.
La condition 2 permet aux mitochondries d'°avoir un fort potentiel de membrane
mitochondrial et de produire de l°ATP. Dans ces conditions, il n'y a pas de
radioactivité dans le culot mitochondrial : la protéine X nia pas été importée.
La condition 3 est identique à la condition 2, à l'exception de la présence
supplémentaire hsp « cytosoliques ››. Dans cette condition, de la radioactivité est
retrouvée dans la fraction enrichie en mitochondries : la protéine X a été
importée.
La condition 4 diffère de la condition 3 par l°absence de glutamate/malate/ADP
dans le mélange réactionnel. Les mitochondries ne peuvent plus produire d'°ATP
et ont un potentiel de membrane bas. Dans ces conditions, il n' a pas de
radioactivité dans la fraction mitochondriale : la protéine X nia pas été importée.
Conclusion -o
Les hsp << cytosoliques ››, un potentiel de membrane mitochondrial et/ou de l°ATP
sont nécessaires à l°import de la protéine X dans la matrice mitochondriale.
Réponse 6
En plus des hsp << cytosoliques ›› et du potentiel de membrane mitochondrial,
l°ATP est nécessaire à 1"impo1t des protéines dans la matrice mitochondriale.
Réponse 7
L'°absence de glutamate/malate empêche la mitochondrie de générer son potentiel
de membrane mitochondrial.
Conclusion -,
Réponse 8
L'°import d'°une protéine dans la matrice mitochondriale nécessite :
> des hsp cytosoliques pour prendre en charge la protéine après sa
synthèse par des ribosomes libres dans le cytoplasme
Trafic des protéines et système endomembranaire 199
Réponses de l'exercice 3
Réponse 1
Concernant les cellules transfectées avec un vecteur vide, qu'elles soient ou non
traitées par le TNF-a, elles ne présentent pas de fluorescence. Concernant les
cellules transfectées avec le plasmide contenant le gène rapporteur, aucune
fluorescence n'est détectée si les cellules ne sont pas traitées par le TNF-a. Par
contre, après incubation avec cette cytoldne, les cellules transfectées apparaissent
fluorescentes sous microscope. Remarque : il n'y a pas de fluorescence dans le
noyau car la GFP ne contient pas de séquence NLS.
Conclusion .-
Réponse 2
Le contrôle correspond aux conditions où le gène codant IAB sauvage (WT :
<< Wild-type ››) a été introduit dans un plasmide. La transfection de ce plasmide
dans les cellules (c'est-à-dire son introduction dans la cellule) conduit à la
surexpression d°I1<B. La présence de TNF-a conduit à la dégradation de IAB et
NFKB peut activer l'expression de la GFP. L'°intensité de fluorescence de cette
condition est prise comme référence (100%).
Lorsque les lysines 2 l, 22, 38 et 47 sont mutées de façon indépendante, Fintensité
de fluorescence reste similaire au contrôle. Les protéines IAB mutées continuent
d'être dégradées puisque la GFP sous contrôle de NF1<B est exprimée.
Lorsque les lysines 21 et 22 sont mutées de façon simultanée, l'intensité de
fluorescence chute à 10%. Lorsque les lysines 38 et 47 sont mutées de façon
simultanée, l'intensité de fluorescence est identique au contrôle.
200 L'essentiel de la biologie cellulaire
Conclusion .n
Réponse 3
Les différents éléments à ra outer dans le tube à essai sont :
> l'enzyme E1 pour activer l"ubiquitine
> l'enzyme E2, enzyme de conjugaison
> l'enzyme E3, l°ubiquitine protéine ligase
> de 1›ATP
> de 1"ubiquitine
> la protéine étudiée, traduite in vitro en présence de 35$-Met afin de la
détecter par autoradiographie
Réponse 4
Après ubiquitinylation in vitro, une certaine quantité de la protéine sauvage est
polyubiquitinylée, augmentant ainsi la masse de la protéine. Le reste correspond
à la fraction d°I1¢B non modifiée. Le remplacement des lysines par l'arginine en
positions 38, 47 ou 38/47 ne modifie pas la quantité de protéines ubiquitinylées.
Ces résidus ne sont pas ubiquinylés.
Lorsque la lysine en position 21 ou celle en position 22 est mutée, alors la quantité
de protéines non modifiées reste la même mais la taille des protéines
ubiquitinylées est plus faible que dans les conditions « contrôle ››. Cela signifie
qu'une moins grande quantité d'°ubiquitine a été fixée sur la protéine.
Erin, lorsque les deux lysines en position 21 et 22 sont remplacées par de
l'arginine, il n'y a plus de protéines ubiquitinylées, ainsi la quantité de protéines
non modifiées augmente.
Conclusion .-
Les résidus lysines 21 et 22, contrairement aux résidus 38 et 47, sont reconnus
par les enzymes d"ubiquitinylation et sont polyubiquitinylés.
Trafic des protéines et système endomembranaire 201
Réponse 5
(O
I I
I
I
o
I
I
TNF-a
vI
IKB
Y Récepteur au
TNF-a
go Polyubiquitinylation
sur les lysines 21 et 22
(
š IKB
Translocation nucléaire
Dégradation par
le protéasome O NFKB
Enveloppe nucléaire
Transcription de gènes cibles
Figure 7.11 : Schéma simplifié de Pactivation de NFKB par dégradation de son inhibiteur I1cB.
Chapitre 8- Récepteurs et signalisation
cellulaire
I. Généralités
Il existe différents modes de communication cellulaire :
• le mode autocrine : une cellule A synthétise une molécule
d'information qui aura un effet sur cette même cellule A
le mode paracrine : une cellule A synthétise une molécule
d'°information qui agira sur les cellules se trouvant dans
l'environnement immédiat
le mode endocrine : une cellule A synthétise une molécule
d'information qui sera libérée et véhiculée dans le sang pour atteindre
un autre groupe de cellules distantes de la cellule A
le mode synaptique : la cellule A libère une information dans une
fente synaptique pour avertir la cellule B qui se trouve de l°autre côté
de la synapse
Dans chaque cas, la molécule informative doit être reconnue par des protéines
spécifiques : les récepteurs. Ces récepteurs sont soit membranaires, soit
nucléaires. Suite à la taxation de leurs ligands, les récepteurs subissent un
changement de conformation. Pour les récepteurs nucléaires, celui-ci induit, en
règle générale, la translocation du récepteur nucléaire depuis le cytosol vers le
noyau. Pour les récepteurs membranaires, la taxation du ligand conduit soit au
recrutement d'°effecteurs cellulaires primaires qui seront à l°origine de la
204 L'essentiel de la biologie cellulaire
!
I
'u
v
Cascade de signalisation
› Récepteur Protéines -----------.-.-.---> Protéines Réponse
C
Cu
G.. G..
_
I
I
v I
Translocation nucléaire
› Récepteur
nucléaire I I I r
Gènes
cibles
I
II. Ligands
Les ligands sont des molécules se axant sur des récepteurs spécifiques. La nature
chimique des ligands est variable : gaz, acides aminés et dérivés, polypeptides,
protéines, stéroïdes. Certains acides aminés et dérivés (dopamine ou
noradrénaline par exemple) servent à la transmission nerveuse au niveau des
synapses ou peuvent jouer le rôle d'hormones (adrénaline par exemple) en étant
libérés dans le aux sanguin par des cellules endocrines. Les ligands de nature
protéique sont souvent hydrophiles, de taille variable et reconnus par des
récepteurs se trouvant à la surface membranaire. Citons par exemple l'insuline
ou certains facteurs de croissance. Erin, il existe des ligands hydrophobes, de
faible taille (stéroïdes comme les œstrogènes) qui peuvent se axer sur des
récepteurs spécifiques de localisation intracellulaire. Plus la constante de
dissociation (Ka) du couple ligand-récepteur est élevée, plus l°affinité est faible,
et inversement. Les ligands qui conduisent à l'activation du récepteur sont
appelés agonistes. Les ligands bloquant les effets des agonistes constituent les
antagonistes.
1. Récepteurs canaux
Un premier type de récepteurs est le récepteur canal. Aptes fixation d°un ligand
spécifique, les récepteurs canaux s'ouvrent et autorisent le passage d'°ions
spécifiques. Ce type de canal se retrouve notamment au niveau des synapses. Il
s'agit, par exemple, des récepteurs nicotiniques à l°acétylcholine, des récepteurs
NMDA au glutamate ou encore des récepteurs GABAA axant l'acide y-amino-
isobutyrique (GABA). Ces récepteurs sont dits récepteurs ionotropiques , ils sont
dépourvus d'activité enzymatique.
4. Récepteurs nucléaires
Sans rentrer dans le détail de leur structure, ces récepteurs possèdent un domaine
de liaison à l°ADN et un domaine de liaison au ligand. Les récepteurs nucléaires
sont considérés comme des facteurs de transcription intracellulaires régules par
un ligand pouvant être de nature stéroïde. Il existe des récepteurs nucléaires libres
dans le cytoplasme ou dans le noyau. Les récepteurs cytoplasmiques transloquent
dans le noyau après taxation de leur ligand. Activés, les récepteurs nucléaires
agissent comme des facteurs de transcription en activant ou en réprimant certains
gènes, suite à la reconnaissance des éléments de réponse se trouvant au niveau du
promoteur des gènes cibles. Un exemple de récepteur nucléaire est le récepteur
aux ocstrogènes.
IV. Effecteurs
Les effecteurs sont particulièrement nombreux. Ils sont actives par un second
messager, le premier étant l°hormone ou le ligand. La production de second
messager permet d'°amplifier le message apporté par le ligand. AMPc, GMPc,
calcium, DAG, IP ou monoxyde d'°azote sont des exemples de seconds
Récepteurs et signalisation cellulaire 207
messagers. Certains auront un effet direct sur la cellule, d'autres activeront des
effecteurs secondaires.
Par exemple, la protéine l'nase A (PKA) est une l'nase activée par 1°AMPc, un
second messager. Cette kinase, jouant le rôle d'effecteur secondaire, pourra
phosphoryler directement ou indirectement, via l'activation d'autres l'nases, des
protéines cibles. Ces dernières peuvent être soit cytosoliques (phospholamban,
glycogène synthase, ...), soit nucléaires. En effet, la PKA peut transloquer dans
le noyau pour y activer des facteurs de transcription parmi lesquels CREB
(« cAMP response element-binding protein ››), qui a pour cible des gènes du
métabolisme glucidique. Autre exemple, la génération de DAG suite à
l°hydro1yse du PiP2 par la PLC (effecteur primaire) sera à l°origine de l'activation
de la protéine l'nase C (PKC, effecteur secondaire) qui pourra phosphoryler des
résidus sérine et thréonine sur de nombreuses protéines cibles. L'°action de la PLC
produira aussi de l°IP3 qui pourra se fixer à son récepteur localisé sur le réticulum
endoplasmique et provoquer une libération de calcium.
Étant donné le grand nombre d"isoformes pour un même récepteur, les différentes
sous-unités des protéines G qui ont elles aussi de nombreuses isoformes, chaque
cellule qui reconnaît un ligand aura une réponse qui lui est propre.
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Figure 8.2 : Exemple de la voie de signalisation du TNF-a. NFKB : << nuelearfactor K B ››, IAB
inhibiteur de NFKB.
Fiche de synthèse
Récepteurs et signalisation cellulaire
A. Une communication entre deux cellules proches Tune de l'autre est qualifiée
d'endocrine.
B. Une communication paracrine est une communication de courte distance.
E. Les médiateurs libérés dans le cadre d'une communication paracrine sont
libérés dans le sang.
D. La matrice extracellulaire participe à la communication paracrine en
séquestrant certains médiateurs.
E. La communication paracrine participe à la différenciation des cellules
immunitaires.
.I'I.. Le pancréas peut être considéré comme une glande endocrine car il libère des
enzymes pancréatiques dans le tube digestif.
B. Une glande endocrine est une structure cellulaire libérant un médiateur dans le
sang afin d'avoir des effets à distant de son lieu de sécrétion.
C. La communication endocrine est d'action rapide, de Tordre de la milliseconde,
comme pour la communication nerveuse.
D. Le médiateur synthétisé par une glande endocrine et libéré dans le sang est
appelé hormone.
E. Pour qu'une hormone soit détectée, il faut que la concentration sanguine de
cette dernière soit particulièrement élevée.
Récepteurs et signalisation cellulaire 211
5. Ligands (I)
6. Ligands (II)
7. Complexes ligand-récepteur
8. Récepteurs (I)
9. Récepteurs (II)
A. Les seconds messagers sont appelés ainsi car les premiers messagers
correspondent aux ligands qui se fixent sur des récepteurs.
B. Après activation d'un récepteur, des effecteurs primaires activent des systèmes
enzymatiques qui génèrent alors les seconds messagers.
1::. Les seconds messagers permettent d'amplifier la réponse cellulaire.
D. Les seconds messagers sont tous des facteurs diffusibles dans le cytoplasme
de la cellule.
E. L'AMP cyclique est un second messager qui est produit par la protéine kinase
A.
214 L'essentiel de la biologie cellulaire
17. Effecteurs
20. Pathologies
JE.. FAUX. Le pancréas est considéré comme une glande endocrine car il libère
dans le sang des hormones régulant la glycémie (insuline, glucagon). Le
pancréas exocrine libère les enzymes pancréatiques dans le duodénum.
B. VRAI.
C. FAUX. La communication endocrine est relativement lente, de Tordre de
plusieurs minutes.
EI. VRAI.
E. FAUX. La haute affinité des récepteurs cibles compense la dilution de
l'hormone dans le compartiment sanguin.
Récepteurs et signalisation cellulaire 217
A. VRAI.
B. VRAI.
G. VRAI.
D. VRAI.
E. VRAI. Le signal électrique est transmis grâce aux jonctions communicantes ou
jonctions « gap ››.
5. Ligands (I)
6. Ligands (II)
7. Complexes ligand-récepteur
VRAI.
FAUX. Plus l'affinité est élevée, plus la constante de dissociation est faible.
J5..8.
C. FAUX. Ko - - [LHR1
[LR] '
EI. VRAI. Lorsque le ligand est en excès par rapport aux récepteurs, ces derniers
sont saturés en ligand. La liaison maximale est atteinte.
E. VRAI.
218 L'essentiel de la biologie cellulaire
8. Récepteurs (I)
A. VRAI.
B. VRAI.
G. FAUX. L'extrémité CI se trouve du côté intracellulaire alors que l'extrémité Nt se
trouve du côté extracellulaire.
D. VRAI. II s'agit par exemple du cas du récepteur à l'EGF.
E. FAUX. Le domaine transmembranaire est riche en résidus hydrophobes.
9. Récepteurs (II)
A. VRAI.
B. VRAI.
G. VRAI.
D. VRAI.
E. FAUX. Les récepteurs nucléaires reconnaissent des séquenœs, appelées
éléments de réponse, sur le promoteur des gènes cibles.
Tl.. VRAI.
B. VRAI.
:::. VRAI. II s'agit par exemple des récepteurs aux LDL.
D. FAUX. Les arrestines promeuvent l'endocytose des récepteurs.
E. VRAI. Ils peuvent par exemple conduire à l'activation de la voie des MAPK.
VRAI.
A.8. VRAI. Néanmoins, dans la signalisation de certains récepteurs, il n'y a pas de
production d'un second messager.
B. VRAI. La formation d'un complexe ligand-récepteur sera à l'origine de la
synthèse de nombreuses molécules messagères secondaires.
D. FAUX. Par exemple, le diacylglycérol est un lipide membranaire issu du clivage
du PiPe par la PLC. Ce second messager lipidique est capable d'activer la
PKC.
E. FAUX. L'AMP cyclique est produit par l'adénylate cyclase, elle-même activée
par une protéine G. Par contre, l'AMPc est un second messager activateur de
la PKA.
220 L'essentiel de la biologie cellulaire
A. VRAI.
B. FAUX. L'IP3 provient aussi de Faction de la phospholipase C sur le PiPe.
G. FAUX. Elle inhibe les protéines Gas.
D. FAUX. Elle inhibe les protéines Gas.
E. VRAI.
17. Effecteurs
JE.. FAUX. NF1<B est libéré suite à la phosphorylation de son inhibiteur h<B.
B. VRAI.
C. VRAI.
D. VRAI.
E. VRAI.
20. Pathologies
VRAI
À.8. VRAI. C'est par exemple le cas de l'Herceptine, un anticorps ciblant I' l'EGFR.
LA. FAUX. Une sur- ou sous-expression ou encore une mauvaise conformation des
récepteurs peuvent conduire au développement de pathologies.
D. FAUX. Le diabète de type I correspond à une diminution de la synthèse
d'insuline suite à la destruction des îlots de Langerhans.
E. VRAI. Un autre exemple de pathologie neurodégénérative est la maladie
d'Alzheimer où ce sont des neurones cholinergiques qui dégénèrent.
Exercices - Récepteurs et signalisation cellulaire
Exercice 1
Compléter le schéma ci-dessous (Figure 8.3).
/\
Acétylcholine
+
I
Membrane
plasmique + ›
l
›
v 1
Figure 8.3 : Voies de signalisation de Pacétylcholine (à compléter).
Exercice 2
Vous travaillez sur des cellules fibroblastiques m'urines appelées 3T3. Le but de
Fexpérience est d'étudier la phosphorylation du récepteur à l°EGF (EGFR, masse
moléculaire d'environ 170 kDa). Ces cellules 3T3 sont mises en culture en
présence de phosphore radioactif sous forme de 32P043'-.
Question 1
Pourquoi incuber les cellules avec du phosphore radioactif ?
Ensuite, de l"EGF est ajouté à la culture cellulaire. Après quelques minutes, les
cellules sont lysées pour en extraire les protéines. Voici le résultat de
Pautoradiographie obtenue après SDS-PAGE (Figure 8.4).
222 L'essentiel de la biologie cellulaire
_
EGF +
170 kDa
Question 2
Que déduire de cette expérience ?
Question 3
Quelle technique utiliseriez-vous afin de vous assurer que la protéine de 170 kDa
correspond à l'EGFR ?
170 kDa -
Figure 8.5 : Résultats de Fautoradiographie suite à une immunoprécipitation (H)) avec des
irmnunoglobulines neutres (IgG) ou dirigées contre l°EGFR
Question 4
Analyser ces résultats. Qu'en déduire ?
Expérience 1
Cette expérience consiste à surexprimer l°EGFR humain sauvage dans les
cellules 3T3 qui n'expriment plus l"EGFR mutin. Le milieu de culture contient
du 32PO43 . Ces cellules sont ensuite traitées ou non par de l"EGF pendant
quelques minutes puis un lysat cellulaire de chacune des conditions est préparé.
Récepteurs et signalisation cellulaire 223
Expérience 2
L'experience 2 est identique à l'expérience 1 à une exception : le lysat des
cellules traitées ou non à l"EGF et surexprimant le récepteur sauvage ne sera plus
ajouté sur le lysat de cellules surexprimant FEGFR muté dans son domaine
kinase. Cette fois-ci, ces lysats seront ajoutés sur le lysat obtenu de cellules
surexprimant l°EGFR muté dans son domaine de liaison à l'EGF (plasmide B).
Les résultats de Fautoradiogïaphie des expériences 1 et 2 sont montrés augure 8.6.
Expérience 1 Expérience 2
- + - + EGF - + - +
_
EGF
WT WT WT WT WT WT WT WT
1 1 I 1 1 1 1 1
_
gel gel A A gel gel B B
170 kDa È É
100 kDa È
*
Figure 8.6 : Résultats des expériences 1 et 2. Les cellules surexprimant l`EGFR sauvage (WT) ont
été traitées (+) ou non (-) par de l'EGF. Les lysats ont été déposés sur gel ou ajoutés ( sur le
deuxième lot de lysats de cellules non traitées à l°EGF et surexpriinant l°EGFR humain muté dans
son domaine tyrosine kinase (A) ou l'EGFR humain sans domaine de liaison à l"EGF (B).
224 L'essentiel de la biologie cellulaire
Expérience 3
Cette fois-ci, les cellules traitées ou non par l°EGF sont celles ayant reçu le
plasmide A , c°est-à-dire celle qui surexpriment l°EGFR muté dans son domaine
kinase. Ces lysats sont soit déposés directement sur le gel, soit ajoutés à un lysat
provenant de cellules non traitées qui surexpriment l"EGFR sauvage. Après
incubation quelques minutes, les échantillons sont déposés sur gel.
Expérience 4
Les cellules ayant reçu le plasmide B (codant l"EGFR muté dans son domaine de
liaison à l°EGF) sont traitées ou non par l°EGF. Ces lysats sont soit déposés sur
gel, soit ajoutés sur le lysat de cellules non traitées par l°EGF surexprimant
l"EGFR sauvage. Après incubation quelques minutes, les échantillons sont
déposés sur gel.
170 kDa
100 kDa
Figure 8.7 : Résultats des expériences 3 et 4. Les cellules surexprimant l'EGFR muté dans son
domaine tyrosine kinase (A) ou l'EGFR humain sans domaine de liaison à l°EGF (B) ont été
*
traitées (+) ou non (-) par de l°EGF. Les lysats obtenus ont été déposés sur gel ou ajoutés ( sur
le deuxième lot de lysats obtenus de cellules non traitées à l"EGF et surexprimant l°EGFR humain
sauvage (WT) .
Question 5
Analyser les résultats
Question 6
Que conclure de cette expérience ?
Récepteurs et signalisation cellulaire 225
Exercice 3
Des cellules hépatiques sont mises en contact pendant quinze minutes avec de la
dexaméthasone radiomarquée, un glucocoiticoïde, puis sont rincées avec du
milieu sans dexaméthasone.
Question 1
Vous voulez déterminer si œ glucocortico'l'de pénètre dans la cellule. Comment
procédez-vous ?
Question 2
Quelles hypothèses formuler pour expliquer ce résultat ?
Pour conformer la prise en charge du stéroïde par des récepteurs se trouvant dans
le cytosol, vous utilisez des dérivés du mercure, connus pour inhiber les effets de
la dexaméthasone. Le dérivé mercure A traverse la membrane plasmique,
contrairement au dérivé B. Dans un premier groupe d'°expériences, les cellules
sont incubées quinze minutes avec la dexaméthasone radioactive et le composé
A ou B. Puis, la fraction cytosolique de ces cellules est préparée et la radioactivité
y est mesurée. Dans une seconde série, ce sont des cytosols obtenus de cellules
non traitées qui sont incubés en présence de dexaméthasone, avec ou sans les
composés mercures. Après rinçage, vous mesurez la radioactivité correspondant
à la liaison de la dexaméthasone sur les protéines cytosoliques (Tableau 8.1).
Expériences Expériences
sur cellules sur extraits
Contrôle 100 100
Composé A 10 15
Composé B 98 9
Tableau 8.1 : Mesure de la radioactivité (%), liée à la présence de dexarnéthasone, sur cellules et
fractions cytosoliques.
Question 3
Comment faire pour s'assurer que la liaison de la dexaméthasone est spécifique ?
Question 4
Analyser et interpréter ces résultats.
Question 5
En sachant que la dexaméthasone s'associe à son récepteur dans le cytosol,
comment expliquer l'effet sur la transcription du gène codant la glucoses-phosphate
déshydrogénase ?
Dans un deuxième temps, après avoir identité le gène codant le récepteur aux
glucocorticoïdes, vous préparez des plasmides codant soit la forme sauvage
(WT), soit des formes où un fragment de la séquence a été supprimé (Figure 8.8).
WT
Construction 1
Construction 2
Figure 8.8 : Constructions utilisées. En noir, les séquences du gène qui ont été supprimées.
Question 6
D'après vous, quelle est la condition « contrôle ›› utilisée pour quantifier l'expression
de la G6PDH ?
Question 7
Analyser les résultats.
Question 8
A quoi peuvent correspondre les domaines mutés dans les constructions 1 et 2 ?
Exercices - Récepteurs et signalisation cellulaire -
Réponses
.
Réponses de l'exercice 1
Acétylcholine
Récepteur
nicotinique
+
/\ +
Récepteur
muscarinique
Membrane
plasmique ›
1
Prot +
zu
Ions
(na*)
IP3R PKC
v
Protéines
cibles
\I 1
Réponses cellulaires
Réponses de l'exercice 2
Réponse 1
Le phosphate 32P043- sera utilisé par la cellule pour fabriquer de l'ATP. Ainsi,
l°ATP produit portera la radioactivité. Les protéines phosphorylées par des
kinases utilisant cet ATP seront, par conséquent, radioactives.
Réponse 2
En quelques minutes, 1"ajout d"EGF induit la phosphorylation de protéines ayant
une masse proche de 170 kDa.
Réponse 3
Une immunoprécipitation préalable permettrait de s'assurer que la protéine
détectée est l°EGFR. Uimmunoprécipitation consiste à incuber un lysat cellulaire
en présence d'un anticorps spécifique (ici dirigé contre l"EGFR). Après quelques
228 L'essentiel de la biologie cellulaire
heures d'°incubation, les anticorps (et les protéines associées à ces anticorps) sont
précipités en utilisant de petites billes captant les anticorps. Après centrifugation,
le surnageant est éliminé et les protéines accrochées aux anticorps sont alors
libérées et déposées sur gel en vue d'°une électrophorèse SDS-PAGE.
Réponse 4
En présence dïmmunoglobulines G (IgG) non dirigées contre une protéine
spécifique, aucune bande n'ést détectée, que ce soit avec ou sans traitement par
17EG1L:.
En présence d"Ig dirigées contre l°EGFR (anticorps anti-EGFR), la radioactivité
est détectée uniquement dans la condition où les cellules ont été traitées par
1°EGFR.
Conclusion .'
Réponse 5
Expérience 1 .'
Sans stimulation à l°EGF, il n' a pas de détection de protéines phosphorylées.
Lorsque les cellules surexprimant 1"EGFR sauvage sont incubées avec de l'EGF,
une bande à 170 kDa est détectée : le récepteur a été phosphoryle. Ce résultat
conforme celui de la augure 8.5.
Lorsque le lysat des cellules non traitées par l"EGF et surexprimant l'EGFR
sauvage est ajouté sur un lysat contenant l"EGFR sans domaine tyrosine kinase,
aucune bande n'est détectée. Lorsque le lysat des cellules traitées par l"EGF et
surexprimant l°EGFR sauvage est ajouté sur un lysat contenant l°EGFR sans
domaine tyrosine kinase, une bande à 170 kDa dont l'intensité est double par
rapport à la précédente est détectée.
Conclusion .-
Le lysat contenant l'EGFR activé est capable de phosphoryler le récepteur muté
dans son domaine tyrosine kinase.
Expérience 2 .'
En absence d'°EGF, il n'y a pas de phosphorylation des récepteurs car aucune
bande n°est détectée. Comme pour l°expélience l, l'ajout d'°EGF sur les cellules
conduit à la phosphorylation du récepteur sauvage. Lorsque le lysat des cellules
traitées par l°EGF et exprimant l°EGFR sauvage est incubé avec l°EGFR sans
domaine de liaison à l°EGF, une bande à 100 kDa est détectée par
autoradiographie.
Conclusion .-
Le lysat contenant l"EGFR activé phosphoryle le récepteur à l"EGF dépourvu de
son domaine de liaison au ligand.
Récepteurs et signalisation cellulaire 229
Expérience 3 .'
Aucune bande n'est détectée que ce soit en absence ou en présence d'°EGF.
L'°ajout du lysat contenant l°EGFR activé mais muté dans son domaine kinase ne
conduit pas non plus à la phosphorylation de l°EGFR sauvage.
Conclusion .-
Réponse 6
En présence d'°EGF, les EGFR sauvages, qui possèdent le domaine de liaison à
l°EGF et le domaine à activité kinase, sont activés. Ils se dimérisent et
s°autophosphorylent. Ajoutés aux autres récepteurs mutés, les EGFR sauvages
activés sont capables de les phosphoryler (Figure 8.l0). Par contre, en absence
de domaine l'nase, la fixation de l'EGF ne permet pas la phosphorylation (Figure
8.l0). L'°absence de domaine de liaison à l°EGF empêche l°activation du
récepteur même si celui-ci possède une activité l'nase (Figure 8.10).
A) @
EGF EGF)(.EGF
Membrane
> >
plasmique
EGFR Dimérisation Récepteurs activés
sauvage
phosphorylés
B) @ Q : tyrosine phosphorylée
EGF
Pas
Membrane
> > d'autophosphorylation
plasmique
du récepteur
EGFR muté dans son domaine
à activité tyrosine kinase
C)
Pas d'interaction EGF/EGFR
Membrane >
plasmique Pas d'activation du récepteur
Pas d'activation du domaine kinase
EGFR sans le domaine de
liaison à l'EGF
Figure 8. 10 : Schéma montrant (A) les deux étapes de l'activation du récepteur à l"EGF
(dimérisation et autophosphorylation) et l'absence d'°activation des récepteurs mutés dans leurs
domaines à activité tyrosine kinase (B) ou de liaison au ligand (C).
230 L'essentiel de la biologie cellulaire
Réponses de l'exercice 3
Réponse 1
Étant donnée la nature chimique des corticoïdes, vous suspectez une
internalisation de ce composé. Dès lors, vous allez procéder à un fractionnement
cellulaire par la technique des centrifugations différentielles. Une fois les
factions cytosolique et nucléaire obtenues, vous allez mesurer la radioactivité de
chacune des fractions pour déterminer où se trouve la dexaméthasone.
Réponse 2
Hypothèse I : les glucocorticoïdes diffusent librement à travers la membrane
plasmique et du cytosol jusqu'au noyau : peu probable étant donnée la nature
hydrophobe du composé.
Hypothèse 2 : des récepteurs membranaires prennent en charge les stéroïdes puis
sont intemalisés et vont jusqu'au noyau.
Hypothèse 8' J des protéines cytoplasmiques prennent en charge le stéroïde depuis
le cytosol jusqu°au noyau.
Réponse 3
Il est possible d°ajouter de la dexaméthasone non marquée (roide) pour vérifier
que la radioactivité mesurée diminue, signe d'°une compétition entre les deux
formes de dexaméthasone pour la liaison à leur récepteur.
Réponse 4
Analyse des résultats sur les cytosols obtenus de cellules intactes traitées .'
Le cytosol obtenu de cellules incubées avec de la dexaméthasone pendant 15
minutes sert de référence. La radioactivité est maximale et vaut l 00%. Lorsque
ces cellules, en plus, ont été traitées par le composé mercure A (perméable), la
radioactivité dans le cytosol est fortement réduite. Lorsque les cellules sont en
contact avec le composé B (ne traverse pas la membrane plasmique), la
radioactivité mesurée est identique aux conditions « contrôle ››.
Conclusion .-
Il semble que la liaison entre la dexarnéthasone et son récepteur ait lieu dans le
compartiment cytosolique.
Analyse des résultats sur les cytosols traités in vitro :
Le cytosol incubé en présence de dexaméthasone radioactive est capable de lier
cette dernière puisque de la radioactivité est mesurée. Cette valeur sert de
référence et vaut 100%. Lorsque le cytosol est mis en contact avec les inhibiteurs
A ou B, la radioactivité est fortement réduite.
Conclusion .-
Les récepteurs du cytoplasme ne sont plus capables de lier leur ligand en présence
des composés dérivés du mercure.
Récepteurs et signalisation cellulaire 231
Conclusion générale :
La liaison des glucocorticoïdes avec leurs récepteurs s'effectue dans le
cytoplasme et non à la surface membranaire.
Réponse 5
Le récepteur à la dexaméthasone est activé par la taxation de ce glucocorticoïde.
Après activation, le récepteur transloque dans le noyau où il agit comme 1111
facteur de transcription activateur.
Réponse 6
La condition << contrôle ›› correspond à des cellules non transfectées et traitées
par la dexaméthasone.
Réponse 7
La surexpression du récepteur aux glucocorticoïdes sauvage (WT) permet de
véhiculer la dexaméthasone du cytoplasme vers le noyau. De plus, la
surexpression de ce récepteur dans les cellules traitées par la dexaméthasone
permet d'°augmenter l'expression de la G6PDH par rapport au contrôle.
Le récepteur codé par la construction 1 permet aussi le passage de la radioactivité
du cytosol vers le noyau. Il y a donc translocation nucléaire du récepteur. Par
contre, il n'y a plus d'effet sur l°expression de la G6PDH.
Le récepteur codé par la construction 2 ne permet plus le passage de la
radioactivité vers le noyau. Il n'y a plus translocation nucléaire du récepteur et le
récepteur ne peut donc plus activer la transcription de la G6PDH.
Réponse 8
Le domaine muté dans la construction 1 pourrait correspondre à un domaine
codant la région du facteur de transcription se axant à l°ADN au niveau de son
élément de réponse ou permettant d'°agir comme un transactivateur de la
transcription du gène de la G6PDH.
Le domaine muté dans la construction 2 pourrait coder le domaine de liaison au
ligand.
Chapitre 9- Matrice extracellulaire et
jonctions cellulaires
Les cellules ont la capacité de communiquer avec l°extérieur. Cette propriété est
essentielle pour le développement des différents tissus et organes qui composent
le corps humain , elle permet aux cellules de croître, proliférer, se différencier,
migrer ou entrer en apoptose. Ainsi, les cellules doivent être capables d'intégrer
à la fois les signaux provenant de leur environnement, de comprendre les
messages que d'autres cellules leur envoient et d'interagir ensemble au sein d'un
tissu.
I. Matrice extracellulaire
a. Membrane basale
La lamina (ou membrane basale ou lame basale) est une une couche de matrice
extracellulaire (épaisseur comprise entre 40 et 200 nm) sur laquelle reposent des
cellules épithéliales et non épithéliales comme des cellules musculaires. En plus
de son rôle de ciment cellulaire, la membrane basale contribue à l°établissement
de la polarité cellulaire, à la prolifération, à la survie ou encore à la migration des
cellules.
a. Glycosaminoglycanes
Les glycosaminoglycanes (GAG) sont des polymères de disaccharides formés
d'un sucre avec une fonction amine (N'-acétyl-glucosamine ou N-acétyl-
galactosamine), souvent sulfatée, et d°un deuxième sucre de type acide Monique
(acide glucuronique ou acide iduronique). Ainsi, ces polysaccharides, de par leurs
groupements, sont des molécules polaires pouvant former un gel extracellulaire,
attirant eau et cations. Les GAG sont classés en fonction du nombre de sulfates,
du type de ramification et de leur composition en sucres. Il existe ainsi cinq
classes principales de GAG : les hyaluronanes, les chondroïtines sulfates, les
dermatanes sulfates, les héparanes sulfates, les kératanes sulfates. Les GAG
apportent une résistance à la compression de la matrice.
b. Protéoglycanes
Les protéoglycanes sont Passociation covalente d'une protéine avec des
polysaccharides, et en particulier des GAG, sulfatés ou non sulfatés. Dans la
matrice, grâce à leurs charges négatives portées par les sulfates, ils forment un
gel aqueux qui permet de capter de nombreux cations et qui permet d'assurer une
protection face aux forces mécaniques. Le réseau formé par les protéoglycanes
modulerait l'activité de certaines protéines, notamment les facteurs de croissance,
en formant un lieu de stockage.
c. Laminines
Essentielle pour l'organisation en feuillets de la matrice, la laminine est une
glycoprotéine particulièrement présente dans la membrane basale. La laminine
est une longue protéine flexible qui s'organise en trimères a, B et y reliés par des
ponts disulfures. Il existe plusieurs isoformes des chaînes a, B et y, formant une
combinaison d'au moins quinze laminines différentes. Les laminines peuvent
interagir avec des récepteurs membranaires ou d'autres constituants de la MEC.
Outre leur rôle dans la structure matricielle, les laminines jouent un rôle dans la
migration, la prolifération et la différenciation cellulaires.
d. Fibronectine
La fibronectine est une autre protéine composée de deux chaînes polypeptidiques
reliées entre elles par liaisons disulfures. Chacune de ces chaînes contient des
domaines fonctionnels différents qui peuvent interagir avec d'°autres molécules
de la matrice extracellulaire (comme le collagène ou les protéoglycanes) ou de la
Matrice extracellulaire et jonctions cellulaires 235
e. Collagènes
Le collagène est une glycoprotéine sabreuse extrêmement abondante. Elle joue un
rôle de soutien. C°est une molécule synthétisée majoritairement par les
fibroblastes. La molécule de collagène est formée par l°enroulement de trois
chaînes polypeptidiques a (aussi appelés tropocollagène). Leur séquence est
riche en glycine et en proline. Des molécules de tropocollagène s'associent pour
former la fibrille de collagène qui ensuite s'associe avec d'autres fibrilles pour
former la Ebre de collagène. Les collagènes I, II et III ont une structure fibrillaire
alors que le collagène W, non fibrillaire, forme un réseau aplati retrouvé dans les
membranes basales. Le collagène de type W, hétérotrimère de chaînes et, B et y,
formera une superhélice en forme de corde. Le collagène de type IV joue un rôle
dans la résistance aux tensions exercées sur les tissus. A la fois au niveau des
laminines et des collagènes, il existe des domaines de taxation à un protéoglycane
nommé perlecan et à une protéine appelée nidogène ou entactine. Ceci va
permettre d'°associer de façon indirecte la laminine et le collagène.
f. Élastine
Au sein de la matrice extracellulaire se trouvent également des fibres élastiques.
La protéine entrant dans la composition de ces fibres est l°élastine. Cette protéine
est capable d'°être étirée et de retrouver sa taille initiale après relâchement de la
force. L'élastine est une protéine hydrophobe riche en proline et en glycine. C'est
une protéine qui n°est pas glycosylée. L'association de plusieurs molécules
formera les fibres d'°élastine. L'°élastine possede des hélices a riches en alanine
et en lysine et des domaines hydrophobes. Ces deniers confèrent les propriétés
élastiques alors que les domaines riches en alanine et lysine permettent la
réalisation de liaisons covalentes entre molécules d'°élastine.
Ce type de fibres est retrouvé notamment dans les artères ou la peau.
1. Types de jonctions
a. Jonctions d'ancrage
Il existe des protéines d'ancrage permettant d'°attacher la cellule à la MEC ou à
une autre cellule (fonctions adhérentes, desmosomes ou hémidesmosomes). Les
jonctions adhérentes, connectées indirectement aux microfilaments d'°actine
grâce aux caténines par exemple, font intervenir des clusters de cadhérines. Elles
permettent aux cellules d°acquélir leur forme et sont importantes pour la motilité
cellulaire. Les desmosomes, connectés indirectement aux filaments
intermédiaires grâce à la desmoplakine, sont réalisés par des cadhérines
particulières appelées desmogléines et desmocollines. Ils permettent la cohésion
du tissu (interaction cellule-cellule) et sont capables d'accepter des forces de
tension. Les hémidesmosomes associent la cellule à la MEC (Figure 9.l).
b. Jonctions serrées
Les jonctions serrées (Figure 9.l) permettent d"étanchéifier ou de rendre le
passage entre deux cellules sélectif à certaines molécules. En effet, le contact
entre les deux cellules se fait par intermittence et non de façon continue. Ces
jonctions s°appellent aussi jonctions d'occlusion ou « tightjunctions ››. Ce type
de jonction est retrouvé au niveau des cellules épithéliales. Elles permettent de
joindre les pôles apicaux des cellules épithéliales entre eux. Les protéines
impliquées sont les claudines et les occludines. Ce type de jonction est
imperméable aux macromolécules, forçant ainsi leur transport par voie
transcellulaire. Ce type de transport est retrouvé au niveau de l°épithélium
intestinal, notamment pour le glucose.
c. Jonctions communicantes
Les jonctions communicantes ou canaux jonctionnels (<< gap jonctions ››)
permettent le passage de molécules ioniques inorganiques et de petites molécules
hydrophiles (<1 kDa) entre les cytoplasmes de deux cellules (Figure 9.l). Le
canal réalisant ce type de jonction est formé par l'assemblage de deux connectons,
ensembles formés par 6 protéines transmembranaires appelées connexines. Le
diamètre de ce canal est de l'ordre de l à 2 nm. Ces jonctions communicantes
assurent un couplage électrique et métabolique au sein des cellules d°un organe.
Des variations de potentiel de membrane cellulaire ou des modifications de la
phosphorylation des connexines contribuent à moduler l'ouverture ou la
fermeture des jonctions communicantes. Elles jouent un rôle prépondérant dans
l°activité cardiaque.
Matrice extracellulaire et jonctions cellulaires 237
Ø
Glycoprotéine \Q\o<.**
\>1
/
Occludines
Jonction serrée >lI Claudines
Interaction
)
Molécules impliquées
-I
c Jonction adhérente -a Cadhérines/Actine
cellule-cellule .2
-H
U
c
o
--.
U
Cadhérines/
'o
ID
Desmosome Filaments
U
Q.
> intermédiaires
I-
Jonction >1› Connexines
communicante
Intégrines/
Hémidesmosome
Filaments intermédiaires
Cellules . épithéliales
Interaction
cellule-matrice
--. 'μ r
..¿Il...:L llllllllll
Matrice extracellulaire
2. Molécules d'adhérence
a. Intégrines
Les intégrines sont des glycoprotéines transmembranaires dont le rôle est de
participer à l'interaction de la cellule avec sa matrice (Figure 9.l) et à la
transduction des signaux extracellulaires. Ce sont des hétérodimères constitués
d'une chaîne a et d'une chaîne B. Il existe 18 chaînes a et 8 chaînes [3 différentes ,
24 intégrines différentes ont été identifiées. Le motif RGD (retrouvé notamment
sur la fibronectine) ou d'°autres éléments comme le collagène ou la laminine
peuvent être reconnus par des intégñnes.
Lorsque les intégrines sont inactives, elles présentent une courbure du côté
extracellulaire. La taxation de la aline, elle-même en lien avec l'actine, sur
l°extrémité intracellulaire de la chaîne B provoque la dissociation des chaînes a
et B. Cette étape intracellulaire aura pour répercussion au niveau extracellulaire
un changement de conformation et permettra alors aux intégrines de axer leur
ligand. Une fois le ligand axé (un élément de la MEC 1 collagène, laminine ou
fibronectine par exemple), un nouveau changement conformationnel des
domaines cytoplasmiques s°opère. Ceci conduit au recrutement de certaines
protéines de signalisation intracellulaire comme des protéines kinases, parmi
lesquelles la protéine FAK («focal adhesion kinase ››). Les cascades de
238 L'essentiel de la biologie cellulaire
b. Cadhérines
Les cadhérines sont des glycoprotéines membranaires qui, pour être actives,
requièrent du calcium dans le milieu extracellulaire. Le calcium rigidifie ces
molécules et autorise l'interaction cadhérine-cadhérine de deux cellules
adjacentes. Au contraire, le retrait du calcium provoque un changement
conformationnel de la partie Nt extracellulaire et favorise le détachement des
cellules. Les domaines intracellulaires des cadhérines interagissent avec le
cytosquelette (Figure 9.l). Ce lien est indirect et nécessite des protéines
d'°ancrage. Le lien entre cadhérines et filaments d'°actine au niveau des jonctions
adhérentes est assuré par les BY-caténines. Du côté extracellulaire, en général, sont
retrouvés cinq domaines composés de répétitions en tandem d'environ 110 acides
aminés : ce sont les domaines << cadhérine ›› ou « EC ›› pour extracellulaires.
La superfamille des cadhérines est composée de plusieurs sous-familles dont trois
principales : les ET-cadhérines retrouvées sur les cellules épithéliales, les N-
cadhérines retrouvées sur les cellules nerveuses et musculaires, les PU-cadhérines
retrouvées sur les cellules placentaires et épidermiques.
Les interactions entre cadhérines sont dites homophiliques : c°est-à-dire qu'un
sous-type de cadhérine interagira avec ce même sous-type ou un sous-type
proche. L'°interaction entre cadhérines est de faible affinité.
Les cadhérines forment des jonctions adhérentes ou des desmosomes. Les
cadhérines jouent un rôle important dans l°organisation des tissus.
Des mutations au niveau de certaines cadhérines conduisent à des pathologies
comme le syndrome de Usher qui se caractérise par une surdité congénitale
associée à une perte progressive de la vue.
c. Sélectines
Les selectines sont des glycoprotéines membranaires reconnaissant des motifs
oligosaccharidiques portés par des glycoprotéines et des glycolipides. Ainsi, les
Matrice extracellulaire et jonctions cellulaires 239
Matrice extracellulaire :
> Membrane basale
> Matrice des tissus conjonctifs
Composition de la matrice extracellulaire :
> Glycosaminoglycanes : polymères de disaccharides
> Protéoglycanes : protéines associées à des polysaccharides
> Laminines : hétérotrimères a, B et y
> Fibronectine : 2 chaînes polypeptidiques associées par ponts disulfures
> Collagènes de type I à III : homopolymères de trois chaînes (1
> Collagène de type IV : hetéropolymère de chaînes et, B et y
> Élastine : protéine non glycosylée avec motifs hydrophobes
Plasticité de la MEC : action des métalloprotéases de type MMP
Jonctions cellulaires :
> Jonctions d'ancrage :
O jonction adhérente : connectée aux microfilaments d'actine
O desmosome : connecté aux filaments intermédiaires
o hémidesmosome : interaction cellule-matrice
> Jonctions serrées :
o au niveau du pôle apical des cellules épithéliales
> Jonctions communicantes :
O formées de deux connectons
Molécules d'adhérence 1
> Intégrines :
o interaction avec les molécules de la MEC, le plus souvent
O peuvent former des hémidesmosomes
o participent à la formation de points focaux d'°adhérence cellulaire
> Cadhélines :
o formation de jonctions adhérentes et de desmosomes
> Sélectines :
O interaction cellule-cellule par reconnaissance de protéines ou lipides
glycosylés
> Molécules de la super famille des immunoglobulines :
O interaction cellule-cellule
QCM - Matrice extracellulaire et jonctions cellulaires
1. Matrice extracellulaire
2. Membrane basale
3. Tissu conjonctif
4. Constituants de la MEC
5. Glycosaminoglycanes (I)
6. Glycosaminoglycanes (II)
7. Protéoglycanes (I)
8. Protéoglycanes (II)
9. Lami nifes
10. Élastine
Tl.. Comme toutes les protéines de la matrice extracellulaire, l'élastine est une
protéine glyoosylée.
B. L'élastine est une protéine particulièrement hydrophile.
c. L'élastine est une protéine réticulée conférant la propriété élastique aux tissus.
D. Des domaines riches en sérine, thréonine et tyrosine confèrent les propriétés
élastiques à l'élastine.
E. Les artères sont dépourvues d'élastine.
Tl.. Les sélectines, via des protéines adaptatrices, sont en contact avec les
microtubules.
B. Les sélectines interviennent dans le processus de « rolling ›› leucocytaire le
long de l'endothélium vasculaire.
:::. II existe quatre grandes classes de sélectines.
D. Les sélectines des lymphocytes reconnaissent les sélectines de l'endothélium
vasculaire.
E. Les L-sélectines se retrouvent sur tous les types de leucocytes.
JE.. Contrairement aux sélectines, aux cadhérines et aux intégrines, les MSFIG
nécessitent du calcium pour fixer leur substrat.
B. Les MSFIG sont des protéines transmembranaires ubiquitinylées.
E8. Les MSFIG permettent une interaction cellule-matrice extracellulaire.
D. Les MSFIG impliquées dans la reconnaissance cellulaire possèdent au moins
un domaine de type immunoglobuline.
E. Les MSFIG reconnaissent des glycolipides se trouvant sur la cellule cible.
250 L'essentiel de la biologie cellulaire
1. Matrice extracellulaire
2. Membrane basale
A. VRAI.
B. VRAI. Cela permet par exemple de séparer un épithélium d'un tissu conjonctif
tout en assurant une communication mécanique entre ces deux tissus.
:::. FAUX. La matrice extracellulaire des épithélia est plus fine que celle des tissus
conjonctifs.
D. VRAI. L'épaisseur de la membrane basale est généralement comprise entre 40
et 120 nm.
E. FAUX. La lamina se compose de glycoprotéines et de sucres appelés
glycosaminoglycanes. Elle est produite par les cellules de l'épithélium et par les
cellules sous-jacentes.
3. Tissu conjonctif
A. VRAI.
B. FAUX. La composition de la matrice extracellulaire du tissu conjonctif dépend
de l'organe considéré.
C. FAUX. Les cellules du tissu conjonctif possèdent aussi des molécules
d'adhérence à certains substrats de la matrice.
D. FAUX. Le collagène est particulièrement abondant dans les matrices
extracellulaires.
E. FAUX. La matrice extracellulaire du derme est produite par des fibroblastes, les
cellules de l'épiderme produisent la lame basale.
252 L'essentiel de la biologie cellulaire
4. Constituants de la MEC
5. Glycosaminoglycanes (I)
A. VRAI.
B. VRAI. II s'agit de la répétition d'un hexosamine et d'un sucre de type acide
uronique.
B. FAUX. Les glycosaminoglyeanes forment des chaînes linéaires.
D. FAUX. L'association entre une proteine et les glycosaminoglycanes forme un
protéoglycane mais la liaison est covalente.
E. VRAI. Seuls les glyoosaminoglycanes contenant l'acide hyaluronique ne sont
pas sulfates. Néanmoins, ces glycosaminoglycanes conservent une charge
globale négative grâce aux groupements carboxyl.
6. Glycosaminoglycanes (II)
7. Protéoglycanes (I)
A. FAUX. Le squelette central est constitué d'une protéine sur laquelle s'ajouteront
des glycosaminoglycanes.
B. FAUX. Les protéoglycanes sont hydrophiles car ils sont chargés négativement.
C. VRAI.
D. VRAI.
E. FAUX. Les protéoglycanes se retrouvent aussi bien au niveau des membranes
basales qu'au niveau de la matrice extracellulaire des tissus conjonctifs.
Matrice extracellulaire et jonctions cellulaires 253
8. Protéoglycanes (II)
9. Lami nifes
10. Élastine
JE.. FAUX. A ce jour, 42 gènes codant des chaînes a de collagène ont été
identifiés.
B. VRAI.
C. VRAI. Elle représente 25% de la masse protéique totale de l'organisme.
EI. FAUX. Les collagènes de type I, II et III sont des homotrimères de chaînes a
alors que le collagène de type IV est un hétérotrimère formé de chaînes a, B et
y.
E. FAUX. Le collagène de type IV est retrouvé dans les membranes basales.
254 L'essentiel de la biologie cellulaire
A. VRAI.
B. VRAI.
G. FAUX. Des liaisons hydrogène interchaînes favorisent la stabilité de la triple
hélice de collagène.
D. FAUX. Le tropocollagène, unité fondamentale du collagène, est la forme
soluble du collagène.
E. VRAI. L'association des fibrilles de collagène forme ensuite la fibre de
collagène.
A. VRAI.
B. VRAI.
É. VRAI.
D. FAUX. Cette séquence est impliquée dans l'interaction avec la cellule.
E. VRAI.
A. FAUX. Les jonctions d'ancrage réalisées par les cadhérines et les intégrines
nécessitent la présence de calcium.
8. VRAI.
C. FAUX. Cette catégorie de jonction est aussi retrouvée au niveau de cellules
musculaires.
D. VRAI.
E. VRAI.
A. VRAI.
B. FAUX. Les desmosomes participent à l'interaction cellule-cellule.
É. FAUX. Les desmosomes sont reliés aux filaments intermédiaires.
D. FAUX. Les cadhérines participent à la formation des desmosomes.
E. VRAI.
A. FAUX. Les jonctions communicantes forment des canaux qui laissent passer
de petites molécules hydrophiles.
B. FAUX. Les membranes cellulaires de deux cellules adjacentes ne fusionnent
pas. II existe des protéines spécialisées qui réalisent cette jonction.
:::.
VRAI.
D. VRAI.
E. FAUX. Ce sont les connexines (généralement six) qui forment le connexon.
A. VRAI.
B. VRAI.
G. FAUX. Les intégrines reconnaissent préférentiellement des éléments de la
matrice extracellulaire.
D. VRAI.
E. FAUX. L'extrémité Cl des intégrines se trouve du côté cytoplasmique.
A. VRAI.
B. FAUX. L'interaction avec les microfilaments d'actine est indirecte et fait
intervenir la aline.
B. VRAI.
D. FAUX. Les intégrines forment des hémidesmosomes avec la matrice
extracellulaire.
E. FAUX. L'expression des intégrines est ubiquitaire.
A. VRAI.
B. FAUX. Grâce aux différentes isoformes de chaînes a et B, plus d'une vingtaine
d'intégrines ont été identifiées.
C. FAUX. La plupart des intégrines ont un petit domaine cytoplasmique de
quelques dizaines d'acides aminés.
D. FAUX. La tajine, en se liant à la sous-unité B, active l'intégrine.
E. VRAI. Elles interagissent avec le fibrinogène.
258 L'essentiel de la biologie cellulaire
A. VRAI.
B. FAUX. Ce sont des structures dynamiques.
G. FAUX. Les intégrines interagissent avec le cytosquelette via les protéines
adaptatrices de type aline ou actinine.
D. VRAI.
E. VRAI. Les points focaux sont parfois considérés comme des mécanosenseurs.
A. VRAI.
B. VRAI.
c. VRAI.
D. VRAI.
E. FAUX. L'affinité de la liaison entre cadhérines est faible, contrairement à
l'affinité anticorps-antigène.
A. VRAI.
B. VRAI. Cette interaction a lieu lors de la formation de jonctions adhérentes.
C. FAUX. Les N'-cadhérines sont retrouvées sur les œllules nerveuses et
musculaires.
D. FAUX. Les cadhérines n'interagissent qu'avec les cadhérines.
E. VRAI.
Matrice extracellulaire et jonctions cellulaires 259
A. VRAI.
B. VRAI.
G. FAUX. Ils sont constitués d'environ 110 acides aminés.
D. VRAI.
E. VRAI. Des mutations au niveau de la cadhérine 23 sont associées à ce
syndrome.
A. FAUX. Les sélectines sont en contact avec des microfilaments d'actine grâce à
des protéines adaptatrices.
B. VRAI. Ce processus est activé au cours d'un épisode inflammatoire.
:::. FAUX. II existe trois grandes classes de sélectines : les E, L et P sélectines.
D. FAUX. Les sélectines se fixent sur des protéines ou des lipides glycosylés.
L'interaction est dite hétérophilique.
E. VRAI.
A. VRAI.
B. FAUX. Certaines pathologies sont acquises.
E8. VRAI. Une carence en vitamine c mène au Scorbut qui se caractérise par un
défaut de synthèse de fibres de collagène.
D. FAUX. D'autres protéines de la matrice peuvent conduire au développement de
certaines pathologies.
E. FAUX. Plusieurs maladies ont été identifiées dont la pathologie de Pierson.
A. VRAI.
B. VRAI.
c. VRAI.
D. VRAI.
E. FAUX. Les rides sont liées à une perte d'élasticité de la matrice extracellulaire.
Exercices - Matrice extracellulaire et jonctions
cellulaires
Exercice 1
Compléter le tableau suivant.
Molécule Type de
Molécule Type Lien avec le Type de
adaptatrice jonction
d'°adhérence d'interaction cytosqueleüe liaison
intracellulaire cellulaire
Cadhérines
Cellule
Matrice
Hétérophilique
Homophilique
et
Hétérophilique
Tableau 9.1 : Molécules d'°adhérence (à compléter).
Exercice 2
Au cours d'une infection, les leucocytes roulent le long de l'endothélium
vasculaire, y adhèrent et, grâce au processus de diapédèse, quittent le lit
vasculaire pour rejoindre le site infectieux.
Vous désirez étudier les mécanismes mis en jeu au niveau de l'endothélium
vasculaire, suite à une infection. Pour ce faire, vous travaillez sur des cellules
endothéliales en culture. Afin de mimer l°infection, vous ajoutez à votre culture
cellulaire 100 no/mL d°un composant de la paroi des bactéries à Gram négatif
appelé LPS pour lipopolysaccharide.
Après quatre heures d'°incubation en présence de LPS, vous utilisez la technique
de cytométrie en flux afin de déterminer si certaines molécules de reconnaissance
intercellulaire sont exprimées.
Question 1
D'après vos connaissances, après traitement par le LPS, quelles molécules seront
exprimées à la surface des cellules endothéliales ?
262 L'essentiel de la biologie cellulaire
Question 2
En vous aidant du graphique ci-dessous (Figure 9.2), représentez le profil de
cytométrie en flux qui pourrait être obtenu sur des cellules endothéliales, activées ou
non par le LPS.
I
.
I
I
I
I
I
I
I
I
' I
Ill I
- I - . . . . . . . l . . I - 1 - . I . . I 1 . - 1 . - 1 - L
|-
I
I
I
I
!
l
I
I'
.
I
Flnnrualnnnlfiül-l
Question 3
Comment testeriez-vous in vivo que la DE-sélectine, exprimée sur les œllules
endothéliales en réponse au LPS, participent au « rolling ›› leucocytaire sur
l'endothélium vasculaire ?
En
*
I
T
U.
*o
I
.il"î. 4"-
.QÊ*-'
.-'of
Figure 9.3 : Nombre de leucocytes roulant sur Fendothélium vasculaire chez des souris sauvages
(WT) et Knock-out (KO), injectées ou non par du lipopolysaccharide.
Question 4
Analyser ces résultats. Comment les expliquer ?
Matrice extracellulaire et jonctions cellulaires 263
Ann d"aller plus loin, des souris KO pour la PU-sélectine sont générées. Les
résultats sont identiques aux résultats obtenus chez les souris KO pour la E-
sélectine, traitées par le LPS.
Question 5
En se basant sur les deux résultats précédents, qu'attendre de souris KO à la fois
pour les E- et les PU-sélectines ?
Les résultats obtenus sur les souris doublement KO pour les E- et les PU-sélectines,
injectées par le LPS, montrent qu°i1 y a environ un leucocyte par minute qui roule
sur 1°endothélium vasculaire.
Question 6
Que déduire de ce résultat ? Comment le concilier avec les résultats des deux
expériences précédentes ?
Exercice 3
Vous travaillez sur une lignée cellulaire de cardiomyoblastes appelée H9c2
(Figure 9.4).
Question 1
A quoi sert la trypsine ? A quoi sert l'EDTA ? Quelles sont les conséquences sur les
molécules d'adhérence cellulaire ?
Ann de compléter les résultats obtenus sur ce type de cellules, vous envisagez
d'isoler des cellules cardiaques primaires de rat. Pour ce faire, le cœur est isolé
et perfusé avec une solution enzymatique.
264 L'essentiel de la biologie cellulaire
Question 2
En vous basant sur vos connaissais, quel(s) enzyme(s) est(sont) nécessaire(s) à
l'isolement de ces cellules ?
Après avoir isolé ces cellules, vous les mettez en culture directement après
isolement. Vous patientez quelques heures, rincez votre boîte de culture et
observez sous microscope. Plus aucune cellule !
Question 3
Comment expliquer qu'aucune cellule n'ait adhéré à la boite de culture ?
Exercices - Matrice extracellulaire et jonctions
cellulaires - Réponses
Réponses de l'exercice 1
Molécule
Molécule Type Lien avec le Type de jonction Type de
adaptatrice
d'°adhérence d'interaction cytosquelette cellulaire liaison
intracellulaire
Filaments Jonction
BY-caténine
Cellule d'actine adhérente
Cadhérines Homophilique
Cellule y-caténine Filaments
Desmosome
Desmoplaldne intermédiaires
Filaments
Taline
Cellule d'°actine
Intégrines Hétérophilique
Matrice Filaments
Plectine Hémidesmosome
intermédiaires
Cellule Filaments
Sélectines Hétérophilique
Cellule d'actine
Homophilique
Immuno- Cellule
et
globulines Cellule
Hétérophilique
Tableau 9.2 : Molécules d'adhérence.
Réponses de Pexercice 2
Réponse 1
Les sélectines, et en pafliculier les ET-sélectines, seront plus exprimées au niveau
des cellules endothéliales. Les intégrines de la famille des ICAM seront aussi
exposées à la surface membranaire.
266 L'essentiel de la biologie cellulaire
Réponse 2
H
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B
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Figure 9.5 : Profils de cytométrie en aux des cellules endothéliales << contrôle ›› (A) ou activées
par le LPS (B).
Réponse 3
Il est possible de générer des souris kock-out pour la ET-selectine afin d'étudier
1"impact sur le « rolling ›› leucocytaire après in ection de LPS à l°animal. Ensuite,
grâce à des techniques de microscopie intravitale, il est possible de visualiser et
de comptabiliser le nombre de leucocytes roulant sur Pendothélium vasculaire.
Réponse 4
Les souris WT (sauvages) et les souris KO présentent peu ou pas de leucocytes
roulant sur l'endothélium vasculaire dans les conditions « contrôle ›› (en
l°absence de LPS). Par contre, suite à l°injection de LPS, le nombre de leucocytes
roulant sur l"endothéliuln vasculaire des souris WT et des souris KO est fortement
augmenté. Conclusion :
La DE-sélectine ne participe pas, du moins à elle seule, à la reconnaissance entre
Pendothélium vasculaire et les leucocytes.
Réponse 5
Résultat attendu 3
Les souris doublement KO pour les E- et PU-sélectines donneront des résultats
identiques à ceux obtenus chez les sous KO soit pour la ET-sélectine, soit pour la
PU-sélectine.
Matrice extracellulaire et jonctions cellulaires 267
Réponse 6
Les E- et les PU-selectines sont toutes deux exprimées à la surface des cellules
endothéliales. Des souris doublement KO pour ces deux sélectines ne présentent
pratiquement plus de « rolling » leucocytaire (1 leucocyte/min), après injection
de LPS.
Il est possible d'expliquer ce résultat par une redondance de fonction des E- et P-
sélectines. En d'autres termes, chez les souris KO pour les DE-sélectines, les P-
sélectines sont suffisantes pour autoriser le roulement des leucocytes : les P-
sélectines suppléent les ET-sélectines. La réciproque est aussi vraie.
Réponses de l'exercice 3
Réponse 1
La trypsine est une protéase qui clive après des résidus basiques de type lysine et
arginine. Ainsi, cet enzyme peut dégrader les molécules impliquées dans les
liaisons cellule-cellule (cadhérines) et cellule-matrice extracellulaire (intégrines).
L"EDTA est un chélateur de cations bivalents. Il capture notamment le calcium
extracellulaire. Ainsi, les interactions homophiliques des cadhérines et
hétérophiliques des intégrines ne pourront plus se réaliser.
Par conséquent, le traitement des cellules par un mélange trypsine-EDTA
favorise leur détachement de la boîte de Petri.
Réponse 2
La solution enzymatique doit contenir entre autre de la collagénose. En effet, la
matrice extracellulaire est particulièrement riche en collagène. La dégradation de
ce composé par l'enzyme facilitera la dissociation des cellules du tissu cardiaque.
Il est aussi possible d'°utiliser des protéases qui dégradent des composants de la
mauíce ainsi que les molécules d'°adhérence cellulaire. L'utilisation d'autres
enzymes de type hyaluronidases perme na de dégrader les acides hyaluroniques,
autres composés de la matrice extracellulaire.
Réponse 3
Au moins deux hypothèses peuvent être avancées :
> les protéases ont dégradé les molécules d'adhérence de type intégrines
qui se trouvaient à la surface des cardiomyocytes. Les cellules, en
quelques heures, n'ont pas eu le temps de synthétiser suffisamment de
nouvelles molécules pour leur permettre d'adhérer à la boite de culture
>* le fond de la boîte de culture ne contient pas de protéines et de
glycoprotéines impliquées dans l°interaction cellule-matrice
extracellulaire. L'ajout de collagène ou de laminine permettrait
d'°augmenter l'adhérence des cellules au support de culture cellulaire.
Chapitre 10- Cycle cellulaire
G0 |
Î2
Figure 10.1 : Représentation schématique du cycle cellulaire. Flèches noires : interphase 7
1. Interphase
Une partie de l'interphase est consacrée à la synthese d'ADN (passage de la
quantité d'°ADN de 2n à 4n) , il s°agit de la phase S. Le centrosome est également
réplique au cours de cette phase S. De part et d'°autre de cette phase se trouvent
les phases de jonction (« gap ››) G1 et G2. La phase G1 précède la phase S alors
que la phase G2 lui est consécutive. La phase G2 précède la phase M.
Ces phases de jonction permettent la synthèse des constituants cellulaires
(notamment des protéines) nécessaires à la croissance de la cellule et à la
réplication de son ADN. Au cours de ces phases est aussi vérifiée la qualité de
l°environnement cellulaire afin de déterminer si les conditions sont propices à la
division cellulaire.
La durée moyenne de l°intelphase est de 23h, dont 10 à 12 heures consacrées à la
phase S, et 2 à 4 heures pour la phase G2. Lorsque la phase Gl est longue, la
cellule est dite quiescente. Elle ne se trouve plus en phase Gl mais en phase G0.
Toutefois, une cellule en phase G0, suite à l'induction par le signal approprié,
peut réintégrer la phase Gl et poursuivre son avancée dans le cycle cellulaire.
2. Phase M
La phase M, très courte, durant généralement une heure environ, comprend la
mitose et la cytodiérèse. La mitose renvoie à la séparation de l'information
génétique entre les deux futures cellules elles. Elle comprend la prophase
(condensation des chromosomes), la prométaphase (rupture de l°enveloppe
nucléaire), la métaphase (alignement des chromosomes sur la plaque équatoriale),
l°anaphase (séparation et migration des chromatides sœurs aux deux pôles de la
cellule) et la télophase (reformation d'une enveloppe nucléaire). La cytodiérèse
correspond à la division cytoplasmique permettant l'obtention des deux cellules
elles.
a. Point de restriction
Le point de restriction de la phase G1 (Figure 10.1), encore appelé point « start ››
ou point R, correspond à une étape décisive pour la cellule. Une fois ce point
franchi, la cellule entrera de façon effective dans le cycle afin de se diviser. La
décision de la cellule quant au passage de ce point de restriction se fera sur la
base d'°une intégration des signaux extracellulaires favorables tels que les facteurs
mitogènes comme les facteurs de croissance ou une quantité suffisante de
nutriments.
Cycle cellulaire 271
b. Points de contrôle
Outre le point de restriction, il existe d'°autres points de contrôle où la cellule
eucaryote vérine son contenu intracellulaire, et en particulier son matériel
génétique.
Le premier de ces points de vérification ou « checkpoint ›› se situe après le point
de restriction mais avant l°entrée en phase S. Lors de cette étape, la cellule vérifie
l°intégrité de son information génétique avant de se lancer dans sa réplication. Un
deuxième point de contrôle se trouve à l°interface G2/M. Là encore, la cellule
contrôlera la fidélité de la réplication, l'intégrité de l'ADN et la quantité du
matériel génétique (égale à 4n). Dans le cas où des dommages à l°ADN seraient
détectés et non réparés, la cellule entrerait en apoptose (of. Chapitre 12). Ce
mécanisme de contrôle est primordial : il empêche la prolifération de cellules
mutées, potentiellement cancéreuses. Erin, un autre point de contrôle se trouve
au niveau de la transition métaphase/anaphase de la mitose. La cellule vérifiera
Palignement correct des chromosomes sur la plaque équatoriale afin de s'assurer
d'une bonne séparation des chromatides sueurs.
Le passage d'une phase du cycle à une autre est sous le contrôle de protéines
kinases et phosphatases. Ces protéines permettent le passage de off à on des
différentes étapes du cycle cellulaire.
2. Complexes cyclines-CDK
a. Généralités
Le cycle cellulaire est sous le contrôle de kinases appelées CDK pour « cyclin-
dependent kinases ››. Ces protéines l'nases sont elles-mêmes sous le contrôle de
régulateurs intracellulaires positifs ou négatifs. Ce sont les cyclines ou les CKI
(« CDK inhibitor)/proteins ››), respectivement.
L'avancée dans le cycle cellulaire se fera via une activation (et une inhibition)
séquentielle de plusieurs combinaisons de complexes cyclines-CDK.
b. Complexes cyclines-CDK
Il existe des couples cyclines-CDK spécifiques du point de restriction et des
autres points de contrôle. Ainsi, ces cyclines ont été regroupées en quatre classes :
les cyclines Gl, G1/S, S et M. Les différentes isoformes des complexes cyclines-
CDK sont consignées dans le tableau 10.1.
Classe de Phase du cycle Nom de la Nom de la CDK
cyclines cycline
G1 G1 D CDK4, CDK6
G1/S Transition G1/S E CDK2
S Transition S/G2 A CDK2, CDK1
M Transition G2/M B CDK1
Tableau 10.1 : Complexes cyclines-CDK.
272 L'essentiel de la biologie cellulaire
II. Mitose
La mitose correspond à la répartition du matériel génétique entre deux cellules
elles. Les différentes phases de la mitose sont la prophase, la prométaphase, la
métaphase, l°anaphase et la télophase. L'avancée dans les différentes phases de
la mitose est hautement contrôlée.
1. Phases de la mitose
a. Prophase
En début de prophase, la chromatine, suite à la phosphorylation des histories H1
par le complexe cycline B-CDK1, se compacte. Les condensines, activées par
phosphorylation grâce à ce même complexe cycline B/CDKI, aident aussi la
compaction de l°ADN. Les chromosomes se condensent. Les deux chromatides
sœurs restent associées sur toute leur longueur grâce à des cohésines. Le
kinétochore, complexe protéique entourant le centromère des chromosomes, se
274 L'essentiel de la biologie cellulaire
b. Prométaphase
La migration des centrosomes est terminée : il y a 1111 centrosome à chacun des
pôles de la cellule. La demi-vie des microtubules diminue encore. Des
microtubules émanant des centrosomes s'associent avec le kinétochore : ce sont
les microtubules kinétochoriens. La membrane nucléaire se rompt sous l'action
du complexe cycline B/CDKI. Les chromosomes condensés se dirigent vers la
plaque équatoriale.
c. Métaphase
Chaque ldnétochore est associé aux microtubules kinétochoriens (10 à 40 par
chromosome) émanant des deux pôles cellulaires. Les chromosomes se placent
au centre de la cellule de façon perpendiculaire au fuseau mitotique. Ils
constituent la plaque équatoriale. La métaphase est la phase la plus longue de la
mitose et dure approximativement trente minutes. Le passage de la métaphase à
l°anaphase constitue un point de contrôle du cycle cellulaire : l'agencement des
chromosomes sur la plaque équatoriale y est vérité.
d. Anaphase
Les cohésines quittent les centromères afin de peimettre la séparation des
chromatides. Les microtubules kinétochoriens se raccourcissent provoquant la
séparation des chromatides sœurs vers chaque pôle de la cellule. Les deux pôles
de la cellule s'éloignent, marquant le tout début de la cytodiérèse. Il est à noter
que le fait que les chromosomes évoluent le long du fuseau mitotique est appelé
anaphase A. L'°anaphase B renvoie à l°éloignement des pôles cellulaires.
e. Télophase
Les chromosomes s°accumulent au niveau de chacun des pôles opposés. Suite à
la déphosphorylation des histories Hl et des lamines, les chromosomes se
d'condensent et l'enveloppe nucléaire se reforme. Le fuseau mitotique disparaît.
Les organites du système endomembranaire commencent à se reformer. L'°anneau
contractile nécessaire à la cytodiérèse se met en place.
Cycle cellulaire 275
f. Cytodiérèse
Cette phase n'appartient pas stricto sensu à la mitose mais plus globalement à la
phase M du cycle cellulaire. Elle débute en un d'anaphase et se termine une fois
la télophase achevée. Le cytoplasme est partagé entre les deux cellules elles grâce
à la contraction de Panneau contractile formé d'actine et de myosine II.
L'°enveloppe nucléaire est formée, la cellule contient un noyau ils interphasique.
Le nucléole se reforme. Le réticulum endoplasmique et l°appareil de Golgi se
réorganisent.
2. Contrôle de la mitose
Interphase :
> Phase G1 : croissance cellulaire, métabolisme normal de la cellule,
vérification de l°environnement cellulaire avant passage en phase S
> Phase S : réplication de l°ADN et duplication du centrosome
> Phase G2 : croissance cellulaire, préparation à la mitose
Phase M : mitose + cytodiérèse
Mitose :
> Prophase : condensation de la chromatine, formation des ldnétochores,
des asters et des microtubules du fuseau mitotique, arrêt de la synthèse
protéique, désassemblage du nucléole
> Prométaphase : formation des microtubules kinétochoriens, rupture de
1°enveloppe nucléaire, augmentation de Pinstabilité dynamique des
microtubules
> Métaphase : alignement des chromosomes perpendiculairement au
fuseau mitotique, formation de la plaque équatoriale
> Anaphase : raccourcissement des microtubules kinétochoriens,
séparation et migration des chromatides sœurs à chaque pôle de la
cellule
> Télophase : décondensation des chromosomes, reformation du noyau
Contrôles du cycle :
> Sous le contrôle de complexes cyclines-CDK, eux-mêmes régules par
les CKI et par des modifications post-traductionnelles
> Point de restriction : en phase Gl, contrôle de Penvironnement
cellulaire
> Points de contrôle :
o en phase G1 après le point de restriction
O en phase G2 avant l'entrée en mitose
o entre la métaphase et l'anaphase
QCM - Cycle cellulaire
1. Généralités (I)
2. Généralités (II)
5. Interphase
6. Phase G1
7. Phase S
8. Phase G2
L'activité kinase des cyclines est essentielle à l'avancée dans le cycle cellulaire.
n.8.
Les CDK représentent la sous-unité catalytique du complexe cycline-CDK.
B. Les CDK sont inhibées par les CKI.
D. Pour que les CDK soient actives, elles doivent être dissociées de leurs
cyclines.
E. L'association cyclines-CDK est suffisante à leur activité.
16. pu
L'activité de p53 favorise la survenue de cancers.
.I'I..8. L'activation de p53 favorise l'avancée dans le cycle cellulaire.
c. p53 est un facteur de transcription.
D. L'activation de p53 favorise l'expression de CKI.
E. L'activation de p53 favorise l'apoptose des cellules.
Cycle cellulaire 281
17. Mitose
25. MPF
1. Généralités (I)
2. Généralités (II)
5. Interphase
A. VRAI.
B. VRAI.
G. FAUX. La dernière étape de l'interphase est dénommée phase G2.
D. VRAI.
E. FAUX. En considérant une durée moyenne de cycle cellulaire de 24h,
l'interphase dure 23h alors que la phase M ne dure qu'une heure environ.
6. Phase G1
7. Phase S
8. Phase G2
A. VRAI.
B. FAUX. Une vérification du positionnement des chromosomes par rapport au
fuseau mitotique est réalisée lors du point de contrôle métaphase/anaphase.
FAUX. Le passage du point de restriction de la phase G1 s'effectue en
[Î-.
présence d'un environnement extracellulaire favorable (nutriments, facteurs de
croissance).
D. FAUX. En G2/M, il s'agit d'un point de contrôle et non d'un point de restriction.
E. FAUX. La cellule ne termine pas son cycle cellulaire et entre immédiatement en
apoptose en cas de dommages trop importants de son ADN.
A. VRAI.
B. VRAI.
É. VRAI.
D. VRAI.
E. FAUX. II existe trois isoformes de cycline D : D1, D2 et D3.
JE.. VRAI.
B. VRAI.
C. FAUX. Les cyclines peuvent être polyubiquitinylées mais ceci conduit à leur
dégradation par le protéasome.
D. VRAI.
E. VRAI.
Cycle cellulaire 287
A. VRAI.
B. FAUX. II existe aussi des sites de phosphorylation inhibiteurs.
G. VRAI. La phosphatase cdc25 élimine les groupements phosphates inhibiteurs
apportés par la kinase Weel .
D. FAUX. p16 n'est pas une kinase mais un CKI.
E. FAUX. Les caspases sont les protéases de l'apoptose.
A. VRAI.
B. VRAI.
C-. VRAI.
D. VRAI. C'est par exemple le cas des récepteurs à l'EGF.
E. FAUX.
A. VRAI.
B. FAUX. L'ataxie télangiectasie est associée à une mutation inactivatrice du gène
codant la protéine ATM.
:::.
FAUX. La protéine ATM est une kinase.
D. VRAI.
E. FAUX. La protéine ATM active la kinase Chk2. C'est cette dernière qui
phosphorylera p53
16. pu
.l's. FAUX. La protéine p53 est le produit d'un gène suppresseur de tumeur. Ce
gène est muté dans de nombreux cancers.
B. FAUX.
C. VRAI.
D. VRAI. p21, un CKI, est un des gènes cibles de p53.
E. VRAI. Puma, un gène pro-apoptotique, est activé par p53.
288 L'essentiel de la biologie cellulaire
17. Mitose
A. VRAI.
B. FAUX. La séparation des chromatides a lieu en anaphase.
G. FAUX. La métaphase dure environ la moitié du temps de la mitose. C'est une
étape longue car il faut vérifier l'alignement des chromosomes.
D. FAUX. C'est le raccourcissement des microtubules kinétochoriens qui permet
de « tracter ›› les chromosomes vers les pôles cellulaires.
E. VRAI.
A. VRAI.
B. FAUX. La cellule metaphasique possède deux asters situés à chacun des pôles
cellulaires.
C. VRAI.
D. VRAI.
E. VRAI.
23. Cytodiérèse
A. VRAI.
B. VRAI. La cytodiérèse commence au cours de l'anaphase.
c. VRAI.
D. FAUX. Une contraction d'un anneau contractile est nécessaire mais ce dernier
est composé d'actine et de myosine II.
E. VRAI.
25. MPF
Exercice 1
Vous voulez déterminer la durée du cycle cellulaire de cellules en culture ainsi
que la durée respective des phases Gl, S, G2 et M.
A J0, vous ensemencez une boîte de culture avec 1 million de cellules. 48 heures
après, vous décollez vos cellules et les comptez. Vous en comptabilisez 4
millions.
Question 1
Les œllules en culture sont-elles synchrones ou asynchrones ?
Question 2
D'après ces observations, quelle est la durée du cycle cellulaire ?
Question 3
Quelle molécule utiliser pour marquer l'ADN dans ces conditions ?
Question 4
Comment reconnaître les cellules en mitose ?
Question 5
Quelle est la durée de la mitose ?
Question 6
Qu'est-ce que la BrdU ? A quoi sert cette molécule dans l'étude du cycle cellulaire ?
Question 7
Quelle est la durée de la phase S ?
292 L'essentiel de la biologie cellulaire
Exercice 2
Les << cyclise-dependent kinases ›› CDK sont des protéines impliquées dans la
transition entre les différentes phases du cycle cellulaire. Ann d'°étudier leur rôle,
des cellules en culture sont synchronisées grâce au traitement par de la mimosine,
un inhibiteur de l'initiation de la réplication de l'ADN.
Question 1
Pourquoi la mimosine bloque-t-elle les cellules en phase G1 ?
Question 2
Comment faire pour synchroniser les cellules en phase M ?
Des lysats cellulaires obtenus des cellules cultivées en présence de mimosine sont
préparés puis une immunoprécipitation dirigée contre la cycline E est réalisée.
Les protéines immunoprécipitées sont déposées sur gel dénaturant. Après
électrophorèse et transfert sur membrane, des anticorps anti-CDK2 et anti-cycline
E sont utilisés. Après utilisation d'anticorps secondaires et révélation par
autoradiographie, les résultats obtenus sont présentés augure 10.2. La quantité de
protéines déposée dans les deux conditions est identique (non montré).
_ _
Contrôle Mimosine
CDK2
Cycline E _ _
Figure 10.2 : Résultats obtenus après autoradiographie.
Question 3
Quel est l'intérêt de réaliser une immunoprécipitation ? Quel nom porte la technique
utilisée après l'immunoprécipitation ?
Question 4
A quoi correspond la condition contrôle de la figure 10.2 ? Comment comparer l'effet
obtenu avec la mimosine ?
Question 5
Analyser la figure 10.2. Quelle conclusion tirer de cette expérience ?
Sur ces mêmes lysats cellulaires, les chercheurs mesurent l°activité cycline E-
CDK2 dont voici les résultats (Figure l0.3).
Cycle cellulaire 293
O1
o
I
(% par rapport au contrôle)
Activité kinase
.x
9
o
01
?
Qua
o›
§,èØ
ooo* -<°
Figure 10.3 : Activité l'nase des cellules traitées ou non par la mimosine.
Question 6
Analyser les résultats de la figure 10.3 ? Comparer ce résultat par rapport à celui de
la figure 10.2. Quelle hypothèse émettre pour concilier ces deux observations ?
Ê
0-
'\ ,a
%
CE 0
'I
ea*\.
0%/É»
fa
\å \O
Ø
(o\®× a*
Oo6Q ×
\Ø
~§0
(P
Figure 10.4 : Activité l'nase du lysat contrôle mis en contact avec le lysat des cellules bloquées
en phase G1 _
Question 7
Décrire les résultats. Comment les interpréter ?
294 L'essentiel de la biologie cellulaire
œ
Q
×Q
&Ø
r
Oo
Figure 10.5 1 Activité l'nase du lysat contrôle mis en contact avec différentes fractions
protéiques .
Question 8
Analyser les résultats. Que conclure ?
Question 9
Comment appeler les protéines contenues dans la fraction de 28 kDa ?
Exercices - Cycle cellulaire - Réponses
Réponses de l'exercice 1
Réponse 1
Il s'agit de cellules adhérentes asynchrones.
Réponse 2
En 48h, le nombre de cellules a quadruple. Cela signifie qu'après 24h de culture,
il y avait 2 millions de cellules, soit le double par rapport au jour
d'ensemencement. Le temps de doublement de la population (= temps de
génération) est donc de 24h.
Conclusion .-
La durée du cycle cellulaire (interphase + phase M) est de 24h.
Réponse 3
Il est possible d'utiliser des agents intercalants de l'ADN comme l°iodure de
propidium ou le bromure d"éthidium. Il est aussi possible d'utiliser des composés
ayant une forte affinité pour l°ADN, mais n°étant pas des intercalants, comme le
DAPI ou encore le Hoechst (ce dernier se axe sur le grand sillon de l'ADN).
Toutes ces molécules sont aussi des molécules fluorescentes : après excitation,
ces fluorophores émettent un photon de longueur d'°onde supérieure.
Réponse 4
Les noyaux des cellules en interphase sont bien délimités et homogènes. Les
cellules en mitose se caractérisent par un ADN condensé sous forme visible sous
forme de chromosomes. L'°enveloppe nucléaire a disparu. Les différentes phases
de la mitose (prophase, métaphase, anaphase et télophase) sont observables.
Réponse 5
Le nombre de cellules en mitose par rapport au nombre de cellules totales
correspond à l'index mitotique. Cet index est fonction de la durée de la mitose.
D'°après l°énoncé, la durée du cycle est de 24h (temps de doublement de la
population) et 4% des cellules sont en mitose. La durée de la mitose est égale à
la (durée du cycle) X (cellules en mitose/cellules totales) soit ici (24h) X (4/100).
Après calcul, la durée de la mitose est de 24 X 0.04 : 0,96h : 58 minutes.
296 L'essentiel de la biologie cellulaire
Réponse 6
La BrdU est un nucleoside analogue de la thyrnidine. Elle sera incorporée à la
place de la thymidine lors de la phase de synthèse d'°ADN. Son incorporation
dans l°ADN sera détectée par l°utilisation d°un anticorps anti-BrdU.
Dans le cadre de l'étude du cycle cellulaire, l'usage de la BrdU permettra de
déterminer la durée de la phase S (of. question suivante).
Réponse 7
Les dernières cellules à incorporer la BrdU sont celles qui viennent de quitter la
phase S au moment de l°ajout dans le milieu de culture de la BrdU. En d'autres
termes, les dernières cellules à incorporer la BrdU sont celles qui étaient en début
de phase G2 au moment de l'ajout de la BrdU.
Dans l°énoncé, il est indiqué que quinze heures sont nécessaires pour que toutes
les cellules soient positives à la BrdU. Cette durée correspond au temps
nécessaire pour que les cellules en début de phase G2 subissent la mitose et
parcourent la phase Gl jusqu'à atteindre la phase S. Ainsi 15h correspondent à la
durée de G2 + M + Gl. Or la durée du cycle (G2 + M + Gl + S) est de 24h. Ainsi
la durée de la phase S est de : durée du cycle - durée de (G2 + M + Gl) : 24 -
15 : 9h.
Réponses de l'exercice 2
Réponse 1
Il existe un point de restriction et un point de contrôle en G1/S. Avant de
s°engager dans la phase S, la cellule vérine qu'elle possède l'équipement
nécessaire à la réplication de l'ADN. Ici, cet inhibiteur, en bloquant la machinerie
réplicative, empêche la cellule de s°engager dans la phase S.
Réponse 2
La colchicine est un inhibiteur de la polymérisation des microtubules. Or les
microtubules sont constamment en phase de polymérisation et dépolymérisation.
Ainsi, la colchicine conduit au démantèlement des microtubules en n'autorisant
que la dépolymérisation. L'°absence de microtubules des cellules traitées à la
colchicine provoque un blocage en mitose, et plus particulièrement en métaphase,
étape de la mitose où le fuseau mitotique est normalement formé. Après
incubation des cellules pendant une durée au moins équivalente à celle du cycle,
l°ensemble des cellules se retrouvera bloqué en mitose. L'élimination de la
colchicine sera responsable d'°une reprise du cycle cellulaire de façon simultanée
pour toutes les cellules.
Cycle cellulaire 297
Réponse 3
Lïmmunoprécipitation permet de précipiter une protéine donnée grâce à un
anticorps spécifique (ici la cycline E) ainsi que ses partenaires protéiques
associés.
La technique utilisée après Fimmunoprécipitation est un western-blot. Ici, ce
western-blot aura pour but de révéler si la quantité de CDK2 associée à la cycline
E est différente entre les deux conditions.
Réponse 4
La mimosine permet d'obtenir des cellules synchrones bloquées en phase Gl.
Ainsi, pour comprendre son effet sur l'expression des cyclines-CDK, il est
possible d'°utiliser des cellules non synchronisees (condition « contrôle ››) ou
bloquées dans une autre phase du cycle.
Réponse 5
A partir d'°une même quantité de cycline E immunoprécipitée (intensité des
bandes identique entre les deux conditions), la quantité de CDK2 obtenue est
aussi identique. Ceci signifie que dans les deux conditions, il y a la même quantité
de CDK2 associée à la cycline E.
Remarque .,
La cycline E détectée dans les conditions « contrôle ›› (cellules asynchrones)
provient des cellules qui se trouvaient en phase Gl au moment de la lyse
cellulaire.
Réponse 6
Lorsque les cellules sont toutes en phase Gl (condition avec la mimosine),
l°activité CDK est plus faible que dans la condition contrôle dont l'activité kinase
sert de référence (l'%). Or, la quantité de CDK2 associée avec la cycline E est
identique dans les deux conditions (Figure l0.2).
Hypothèse .'
Il existe en phase Gl un système inhibant l°activité kinase de la CDK2.
Réponse 7
L'°activité l'nase maximale (l'%) est attribuée au lysat des cellules non
synchronisées (contrôle). L'°ajout du lysat des cellules en Gl sur le lysat des
cellules « contrôle ›› réduit de 90% son activité kinase. Le lysat chauffé à 95°C
(dénaturation des protéines) des cellules en Gl ne réduit plus l'activité kinase du
lysat << contrôle ››.
Conclusion .-
Réponse 8
L'°activite du lysat des cellules << contrôle ›› est prise comme référence (100%).
L'ajout des protéines de 5, 100 et 200 kDa ne modifie pas l°activité kinase des
CDK puisque les niveaux d'°activité sont comparables aux conditions
<< contrôle ››. Par contre la fraction contenant des proteines de 28 kDa permet
d'°inhiber l°activité l'nase du lysat obtenu des cellules « contrôle ››.
Conclusion .n
Les cellules en phase Gl expriment une protéine de 28 kDa inhibant l'activité
des CDK.
Réponse 9
Les protéines pu sont des CKI , c°est-à-dire des inhibiteurs de CDK.
Chapitre 11- Différenciation cellulaire
I. Cellules souches
Les cellules souches sont des cellules capables de se diviser de façon
asymétrique. Cela signifie que le devenir des deux cellules elles est différent : la
première cellule fille sera identique à la cellule mère (auto-renouvellement de la
cellule souche mère = multiplication à l'identique), la seconde entrera dans le
processus progressif de la différenciation cellulaire afin de donner des cellules
spécialisées.
Il existe plusieurs catégories de cellules souches (Tableau ll.l).
Cellules
Totipotentes Pluripotentes Multipotentes Unipotentes
souches
Capacité
d"auto- Élevée Élevée Élevée Faible-Nulle
renouvellement
Capacité de
Maximale Élevée Modérée Faible
différenciation
Un type
Tous les Trois feuillets Plusieurs types
cellulaire
Tissus générés tissus de et lignée cellulaires au
dans un tissu
l'organisme germinale sein d'un tissu
donné
Tableau 11.1 : Principales caractéristiques des cellules souches de l'embryon à l°adulte.
Les cellules souches totzpotentes sont des cellules souches primitives pouvant,
suite à une division asymétrique, générer les 200 types cellulaires différents que
comporte l'organisme humain tout en continuant de s'auto-renouveler. Ces
cellules correspondent aux cellules souches embryonnaires localisées dans la
masse interne du blastocyste (jusque J4). Ce sont les seules cellules qui ont gardé
la capacité de générer un individu dans son ensemble. Elles sont capables de
former des tissus de l'ectoderme (épiderme, système nerveux), du mésoderme
300 L'essentiel de la biologie cellulaire
1. Généralités
Les différents types de cellules souches montrent une perte progressive des
capacités d'auto-renouvellement et une diminution des capacités à générer des
cellules de types différents.
Au cours des divisions asymétriques, les cellules vont s°engager dans une voie
de différenciation cellulaire. Ainsi, les cellules, avant même d'exprimer un
phénotype particulier, s°engagent dans une voie donnée. A cette notion de
détermination est associée celle du lignage cellulaire (Figure 11.l). Le lignage
Différenciation cellulaire 301
o
Q0
\0\¢, différenciée
}.\)
\\\*
O O \/
1
o
Cellule
souche
*
Cellule
déterminée
+
État de différenciation
Figure 11.1 : Représentation schématique du lignage cellulaire.
2. Déterminants de la différenciation
La différenciation cellulaire fait intervenir les différents éléments de la
communication cellulaire : interactions cellule-cellule, cellule-matrice
extracellulaire, ligand-récepteur. Que ce soit au cours du développement
embryonnaire ou en cas de lésion nécessitant la régénération d'un tissu, des
médiateurs (facteurs de croissance par exemple) sont reconnus par des récepteurs
cellulaires. L'°activation des voies de transduction (of chapitre 8- Récepteurs et
signalisation cellulaire) provoque l'expression de certains gènes codant soit des
facteurs de transcription activateurs ou répresseurs, soit des protéines spécifiques
qui conféreront le phénotype différencié à une cellule.
Un moyen pour la cellule d'activer ou de réprimer l°expression des gènes se fait
par le biais de modifications épigénétiques (méthylation de l°ADN par exemple),
ou encore par modification de la phosphorylation des histories. L"ajout de certains
groupements conduit à la condensation ou la décondensation de la chromatine.
Une régulation post-transcriptionnelle participe également au contrôle de la
différenciation : contrôle de l'épissage des ARNm, régulation du transport des
ARN vers le cytosol, modification de la demi-vie des ARNm et donc de la
traduction des protéines via par exemple l'action des ri ARN.
Il existe d'°autres possibilités de différenciation cellulaire qui n'émanent pas
d'une cellule non différenciée de type cellule souche. Certaines cellules
différenciées peuvent perdre leur caractère spécifique : il s'agit de la
dédifférenciation. Certaines cellules différenciées provenant d'un feuillet
embryonnaire peuvent donner un autre type de cellule différenciée sous réserve
que ce nouveau type cellulaire soit du même feuillet embryonnaire : il s'agit de
la transdifférenciation.
302 L'essentiel de la biologie cellulaire
Cellules
. Myoblastes Myocytes Myotube Myofibre
satellites
Figure 11.2 : Différenciation musculaire et protéines impliquées
Cellules souches 1
> Totipotentes : capacité à générer un individu dans son ensemble
> Pluripotentes 3 capacité à générer plus de 200 types cellulaires
> Multipotentes : capacité à générer un nombre restreint de types
cellulaires
> Unipotentes/Progénitrices 1 capacité à générer un type cellulaire unique
> induites pluripotentes : obtenues in vitro par surexpression de Oct3/4,
Sox2, c-Myc et Klf4
Au cours des divisions asymétriques, les cellules se déterminent dans une voie de
différenciation ou°elles gardent en mémoire - notion de lignage cellulaire
1. Différenciation (I)
Tl.. Une cellule différenciée est une cellule qui possède un phénotype particulier.
B. Les cellules différenciées de l'intestin n'ont pas le même génome que les
cellules musculaires.
III. Les œllules différenciées sont bloquées en phase G2 du cycle cellulaire.
EI. Les cellules différenciées sont capables de s'auto-renouveler.
E. Les hépatocytes sont des cellules différenciées.
2. Différenciation (II)
3. Différenciation (Ill)
4. Différenciation (IV)
A. En cas de lésion, les cellules souches satellites s'activent pour donner des
cellules musculaires différenciées.
B. La forme finale de différenciation musculaire est le myotube.
B. MyoD est un facteur de transcription qui participe à l'expression différentielle
des gènes. II participe à l'obtention d'un phénotype musculaire.
EI. Les protéines Mrf-4 et myogénine participent aussi à la différenciation des
cellules musculaires.
E. Le remplacement de la cytidine par la 5-aza-cytidine empêche la différentiation
de fibroblastes en cellules musculaires.
1. Différenciation
Tl.. VRAI.
B. FAUX. Toutes les cellules d'un organisme ont le même génome mais les gènes
exprimés sont spécifiques du type cellulaire.
III.FAUX. Les cellules différenciées sont en dehors du cycle cellulaire. Elles se
trouvent en phase GO.
D. FAUX. Le renouvellement des tissus se fait grâce à la différenciation de
certaines cellules souches.
E. VRAI. Ce sont les cellules du foie.
2. Différenciation (II)
A. VRAI.
B. VRAI.
c. FAUX. Les récepteurs membranaires et nucléaires participent au processus de
différenciation.
D. VRAI.
E. VRAI.
3. Différenciation (Ill)
4. Différenciation (IV)
A. VRAI.
B. VRAI.
El. VRAI.
D. VRAI.
E. VRAI.
.l's. FAUX. Les cellules unipotentes ne peuvent donner qu'un type de cellules
différenciées, contrairement aux cellules multipotentes.
B. FAUX. Les cellules totipotentes sont les cellules retrouvées dans la masse
interne du blastocyste jusqu'à J4.
C. FAUX. Les cellules multipoténtes né peuvent pas générer autant de types
cellulaires que les cellules pluripotentes.
D. VRAI.
E. VRAI.
Différenciation cellulaire 311
A. VRAI.
B. VRAI.
G. VRAI.
D. VRAI.
E. VRAI.
Tl.. FAUX. Avant 2006, les chercheurs pensaient que cela était impossible
jusqu'aux travaux du Pr Yamanaka.
B. VRAI.
C-. FAUX. L'obtention d'iPSC nécessite la surexpression d'Oct3/4.
D. VRAI. c-Myc est d'ailleurs surexprimé dans certains cancers.
E. FAUX. II y a encore de nombreux obstacles méthodologiques à franchir.
A. VRAI.
B. VRAI. Ils proviennent d'embryons obtenus in vitro qui ont été congelés pour un
couple de parents qui auront finalement abandonné ce projet.
:::. FAUX. Les cellules embryonnaires sont prélevées sur un embryon de 5 à 7
jours.
D. FAUX. Elles sont pluripotentes.
E. VRAI. L'ajout de certains facteurs de croissance oriente leur différenciation.
.I'I.. VRAI.
8. FAUX. Le tissu nerveux provient de l'ectoderme.
c. VRAI.
D. VRAI.
E. VRAI.
312 L'essentiel de la biologie cellulaire
A. VRAI.
B. VRAI.
r::.
FAUX. L'expression de certains gènes est fonction des facteurs de transcription
ou des modifications épigénétiques.
D. VRAI.
E. VRAI. La détermination s'acquiert au cours des divisions cellulaires.
A. VRAI.
B. FAUX. La forme finale de différenciation musculaire est la fibre musculaire qui
est le résultat d'une fusion de myotubes.
B. VRAI.
D. VRAI.
E. FAUX. L'ajout de l'analogue non méthylable de la cytidine favorise la
différenciation d'un fibroblaste en cellule musculaire.
JE.. FAUX. C'est une protéine exprimée dans les cellules différenciées.
B. VRAI.
E8. VRAI. II s'agit d'un syncytium plurinucléé.
D. VRAI. Ils se différencieront en cellules musculaires.
E. VRAI. N'étant pas suffisamment différenciés, ils conservent une capacité de
prolifération.
Différenciation cellulaire 313
Exercice 1
Vous avez remarqué que le traitement de fibroblastes par la 5-aza-cytidine
provoque la différenciation d'°environ 50% des cellules en myoblastes. Vous
cherchez alors à identifier les gènes impliqués dans la différenciation musculaire.
Question 1
Quelle stratégie adopter pour identifier les gènes impliqués dans la différenciation
musculaire ?
Question 2
D'après vos connaissances, quel sera l'ARNm principal exprimé de façon
différentielle entre les fibroblastes et les myoblastes ?
Question 3
Comment pourriez-vous confirmer le rôle de œ gène dans la différenciation
musculaire ?
Ann de valider votre résultat in vitro, vous générez des souris KO pour le gène
MyoD. A votre grande surprise, les souris sont parfaitement viables et ont un tissu
musculaire normal.
Question 4
Quelle hypothèse avancer pour expliquer ce résultat ?
Exercice 2
Les expériences suivantes ont été réalisées en utilisant deux groupes de souris.
Le premier groupe de souris a été fortement irradié afin de détruire leur moelle
osseuse. Le deuxième groupe est constipé de souris non irradiées. Ces animaux
sont utilisés afin d'en extraire des cellules provenant de la rate et de la moelle
osseuse. Ces cellules sont injectées aux souris irradiées. Dix jours après la greffe,
la rate des animaux receveurs est prélevée et axée. Voici les résultats obtenus
(Tableau l1.2) en terme de mortalité des animaux et de colonies observées au
niveau de la rate de l'animal, 10 jours après la greffe.
Différenciation cellulaire 315
Question 1
A quoi peuvent correspondre les colonies observées au niveau de la rate des
animaux ?
Question 2
Pourquoi les animaux irradiés ne meurent plus après l'injection de cellules de moelle
osseuse ?
Pour conformer ces résultats, les chercheurs introduisent cette fois-ci aux souris
irradiées de la moelle osseuse provenant de souris avec une anomalie génétique
(par exemple, un chromosome surnuméraire).
Question 3
Comment déterminer si les cellules proliférant dans la rate sont effectivement celles
des souris avec l'anomalie chromosomique ?
Exercice 3
Les cellules épithéliales pigmentées et les cellules nerveuses de la rétine
proviennent toutes deux de la plaque neurale antérieure. Des études antérieures
ont montré qu'en cas de lésion de la rétine, les cellules pigmentées pouvaient,
suite à une transdifférenciation, remplacer les cellules lésées. Ann de comprendre
quels sont les facteurs pouvant conduire à ce résultat, les expériences suivantes
ont été réalisées.
Des cellules pigmentées, obtenues d'°embryons de poulet, sont dissociées et mises
en culture sur des boites de Petra traitées par du Matrigel (mélange de protéines
mimant la matrice extracellulaire), dans un milieu contenant ou non le « basic
fibroblast growth factor ›› (bFGF). Apres 24h de culture, les cellules sont
observées sous microscope (Figure ll.3).
.. . . .... . . . . . ). .
. . .
Question 1
Quels sont les changements observés. Que conclure ?
Au bout de 14 jours, les cellules traitées avec du bFGF forment des amas
sphériques ressemblant à ceux observés au cours de la formation d'un
neuroépithélium.
Question 2
Quelle stratégie expérimentale adopter pour déterminer si les cellules après 14 jours
de culture expriment des marqueurs de cellules nerveuses ?
Question 3
Que conclure de cette expérience ?
Exercices - Différenciation cellulaire - Réponses
Exercice 1
Réponse 1
La technique d'hybridation soustractive peut être utilisée dans le cas present. Le
résumé de la technique augure dans le schéma 11.4 ci-dessous.
Fibroblastes Myoblastes
1
ARNm ARNm
ADNC
1
Hybrides ADonc-ARNm
ADonc non hybridé
= expression commune entre
= spécifique des myoblastes
fibroblastes et myoblastes
Réponse 2
L'°ARNm codé par le gène MyoD sera plus exprimé dans les myoblastes que dans
les fibroblastes.
Réponse 3
Il est possible d'invalider le gène codant MyoD (Knock-out), empêchant ainsi la
transcription de 1°ARNm. Une autre possibilité est d'utiliser des siARN ciblant
1°ARNrn de MyoD. Ceci provoquera la dégradation de 1°ARNm et donc la
traduction de la protéine ne sera pas possible.
Réponse 4
Seul, le facteur de transcription MyoD n°est pas suffisant à la différenciation
musculaire. Il doit exister d'°autres facteurs pouvant suppléer MyoD. De tels
facteurs existent : c°est le cas du facteur Myf5.
318 L'essentiel de la biologie cellulaire
Exercice 2
Réponse 1
Des colonies ne sont observées que lorsque des cellules provenant de la moelle
osseuse sont injectées aux animaux irradiés. or, la moelle osseuse contient les
cellules hématopoïétiques qui ont la capacité de proliférer puisque ce sont des
cellules souches. Ainsi, une colonie splénique correspond probablement à la
prolifération massive d'une cellule souche hematopoïétique à uIt endroit
déterminé de la rate.
Réponse 2
L°injection des cellules de la moelle osseuse (parmi lesquelles les cellules
multipotentes hématopoïétiques) permet de générer de nouvelles cellules
sanguines. Ceci permet de combler le déficit provoqué par l°irradiation des souris.
Les souris ne meurent plus d'aplasie médullaire.
Réponse 3
Pour déterminer si les cellules proliférant dans la rate sont effectivement celles
provenant des semis avec l°anomalie chromosomique, il est possible de réaliser
un caryotype des cellules contenues dans la colonie afin de le comparer au
caryotype de la souris hôte. Dans le cas présent, non seulement les cellules des
colonies spléniques mais aussi les cellules sanguines contiendront le chromosome
surnuméraire. Cette expérience prouve que la moelle osseuse contient des cellules
souches capables de se multiplier (formation de colonies) et de se différencier en
cellules hématopoïétiques.
Exercice 3
Réponse 1
Les cellules épithéliales pigmentées conservent leur forme cubique et leur
pigmentation en absence de bFGF. Par contre, les cellules ayant été en contact
avec le bFGF perdent leur morphologie cubique et leur pigmentation.
Conclusion :
Le bFGF module le phénotype différencié des cellules épithéliales pigmentées.
Réponse 2
Il est possible de détecter des marqueurs neuronaux de type N-CAM par des
techniques dïmmunocytochimie. Il serait aussi possible de réaliser un lysat de
ces cellules pour détecter les protéines N-CAM par western-blot. Erin, il est
possible d'°extraire les ARNm afin de réaliser une RT-PCR ciblant N-CAM.
Différenciation cellulaire 319
Réponse 3
Tout d'°abord, tous les facteurs de croissance n°ont pas le même effet sur ce type
cellulaire. En effet, le TGF-B et le NGF n'ont pas d'°effet alors que le bFGF
permet aux cellules de changer de phénotype. Le bFGF permet la
transdifférenciation des cellules pigmentées en cellules nerveuses de la rétine.
Néanmoins, ceci n'est possible que si les cellules sont organisées en un tissu
jointif avant traitement par le bFGF.
Cette expérience montre que l°interaction cellule-cellule et que des facteurs de
croissance spécifiques, dont l'effet depend du type cellulaire, participent à la
différenciation cellulaire (et dans le cas present, à la transdifférenciation).
Chapitre 12- Morts cellulaires et
apoptose
A ce jour, plus de dix types de mort cellulaire ont été identités panai lesquels
apoptose, nécrose, autophagie, nécroptose, entose et ferroptose. Alors que la
nécrose semble être un type de mort non régulée, la plupart des autres morts
cellulaires sont génétiquement programmées.
_I A
I Famille
Ced-9 P < Bcl-2
o
+
›
p
Ced-4 ( Apafl
T
o
Ced-3 > S
< Caspases
E
Figure 12.1 : Homologie entre les gènes apoptotiques de C elegans et des mammifères.
1. Inducteurs
De très nombreux stimuli peuvent déclencher l'apoptose : carence en glucose,
privation de facteurs de croissance, hypoxie, réoxygénation, stress oxydant,
cytokines pro-inflammatoires, agents génotoxiques. .. Des stimuli plus
traumatiques et brutaux comme l'anoxie conduisent plutôt à une nécrose
cellulaire qui sera à l°origine du déclenchement d'°une réaction inflammatoire.
2. Signalisation intracellulaire
Les stimuli apoptotiques activent les voies biochimiques de l'apoptose soit en
passant par des récepteurs membranaires appelés récepteurs de mort (« death
receper ››), soit en activant une voie passant par la mitochondrie. Ces deux voies
principales sont appelées respectivement voie extrinsèque et voie intrinsèque.
Dans chacune de ces voies, l'activation d'°une famille de protéases est un élément
324 L'essentiel de la biologie cellulaire
a. Caspases
Ces protéases sont appelées caspases pour « cysteinyl aspartate-specífic
proteínases ››. Elles sont synthétisées sous forme de zymogènes inactifs encore
appelés procaspases. Après clivage du prodomaine, la caspase est clivée une
deuxième fois pour générer une petite sous-unité (entre 10 et 14 kDa) et une large
sous-unité (entre 17 et 21 kDa). Ces sous-unités vont s'associer (formation d'un
hétérodimère) et former le site actif de l'enzyme qui contient un résidu cystéine.
Ensuite, deux hétérodimères s°associent pour former la caspase active (Figure
122) qui clivera des motifs tétrapeptidiques après un résidu aspartate.
Petit: '=.«.'m.-:-1l.nit-è
11n›dur.u:nu: Tïétéiflbénwnàt
\ -p..
G1'fln.'l: '-v.11L<-1u:iI'è
Un classement basé sur les motifs tétrapeptidiques reconnus par ces caspases a
permis de les répartir en trois groupes 1
> le groupe I concerne les caspases impliquées dans Pinflammation
(exemple : ICE ou caspase-1)
> les groupes II et III comprennent les caspases de l°apoptose. En
particulier le groupe II inclut les caspases effectrices (exemple 1 caspase-
3) et le groupe III les caspases initiauices (exemples : caspases-8 et -9)
Les caspases effectrices sont activées par les caspases initiatrices. Ces dernières
sont activées soit au niveau des récepteurs de mort, soit au niveau mitochondrial
(voire réticulaire).
b. Récepteurs de mort
Certaines cytokines pro-inflammatoires comme le « tumor recrois factor-0t ››
(TNF-ot) ou le Fas Ligand se fixent au niveau de leurs récepteurs. Après
trimérisation de ces récepteurs a lieu le recrutement de protéines dites
adaptatrices. Ces protéines contiennent des séquences particulières qui
permettent le recrutement de certaines procaspases initiatrices (procaspases-8).
Ces zymogènes sont alors en étroite relation et leur faible activité protéolytique
endogène est suffisante à leur autoactivation.
Morts cellulaires et apoptose 325
c. Mitochondrie
Le stress oxydant, une surcharge calcique ou encore l'hypoxie peuvent conduire
à l°activation de la voie apoptotique intrinsèque. Celle-ci se caractérise par une
libération de cytochrome c depuis l'espace intermembranaire mitochondrial vers
le cytosol. La présence de cytochrome c dans le cytosol est à l'origine de la mise
en œuvre d°un processus complexe aboutissant à l°activation de certaines
caspases initiatrices (caspases-9). En effet, le cytochrome c en s°associant à
Apafl (homologue de ced-4) et en présence d'ATP va permettre le recrutement
de procaspases, l'ensemble formant un complexe appelé apoptosome. La faible
activité protéolytique des procaspases sera là encore suffisante à leur
autoactivation.
Cette signalisation mitochondriale est régulée par les membres pro- ou anti-
apoptotiques de la famille Bcl-2, protéines qui modulent la perméabilité de la
membrane mitochondriale externe pour le cytochrome c.
d. Phase effectrice
Les caspases initiatrices activées par les voies intrinsèques ou extrinsèques
clivent les caspases effectiices qui vont démanteler la cellule. Plusieurs centaines
de protéines contiennent des motifs tétrapeptidiques reconnus par les caspases.
C°est le cas notamment des lamines, de certaines protéines du cytosquelette ou
de kinases impliquées dans le cycle cellulaire. L'°inhibiteur de la D'rase activée
par les caspases (ICAD) est aussi dégradé par les caspases effectrices. Ceci
permet la libération de la D'rase activée par les caspases (CAD) qui transloque
du cytosol vers le noyau pour cliver l°ADN en fragments oligonucléosomaux, un
des stigmates de l'apoptose (Figure 12.3).
326 L'essentiel de la biologie cellulaire
5-'i¿rm1ia1Li<l-rI du Â'.1puplu:~
Cifiçrsfic -3-
Ca!1l:=flr:-8 ('=a:sp=asr:-'QI
|5|j'.J|[]:*"-
IBIÎI-'2|ÎIU'|:|b
Gènes impliqués :
> Chez le nématode Caenorhabditis elegans 1
O ced-3 et ced-4 : gènes codant des protéines pro-apoptotiques
o ced-9 : gène codant des protéines anti-apoptotiques
> Chez les mammifères :
O Caspases et Apafl : protéines pro-apoptotiques
o Protéines de la famille Bcl-2 1 pro- et anti- apoptotiques
Signalisation :
> Activation des récepteurs de mort : voie extrinsèque
> Activation de la voie mitochondriale : voie intrinsèque
Physiologie : formation des organes, sélection des cellules immunitaires
1. Observations (I)
2. Observations (II)
5. Autophagie
Tl.. L'autophagie correspond à la digestion d'une cellule par une autre œllule.
B. Le processus autophagique permet de récupérer de l'énergie cellulaire.
G. Les caspases sont activées au cours de l'autophagie.
D. Une des caractéristiques de l'autophagie est la vacuolisation du cytoplasme.
E. L'activité des lysosomes est augmentée pendant l'autophagie.
6. Ferroptose
7. Nécrose
24. Divers
1. Observations (I)
2. Observations (II)
5. Autophagie
FAUX. L'entose correspond à la digestion d'une cellule par une autre cellule.
A.8. VRAI.
C. FAUX. Les easpases sont activées au cours de l'apoptose notamment.
D. VRAI. La vacuolisation correspond à la formation des autophagosomes.
E. VRAI.
6. Ferroptose
7. Nécrose
A. VRAI.
B. VRAI.
:::. VRAI.
D. VRAI.
E. VRAI.
A. FAUX. L'apoptose peut être activée par des stimuli physiologiques. II est aussi
possible d'induire l'apoptose de façon expérimentale.
B. VRAI.
B. VRAI.
D. VRAI.
E. VRAI. II existe de très nombreux stimuli pouvant provoquer la libération du
cytochrome c et par conséquent l'apoptose.
A. VRAI.
B. VRAI.
:::. VRAI. Ces corps apoptotiques peuvent contenir des organites condensés
comme les mitochondries.
D. FAUX. Les corps apoptotiques sont effectivement phagocytés mais par des
macrophages ou les cellules environnantes.
E. VRAI. II s'agit d'un signal de phagocytose.
A. VRAI.
B. VRAI.
El. FAUX. Un excès de fer provoque la ferroptose.
D. VRAI.
E. VRAI. C'est pourquoi l'inhibition de ces membres anti-apoptotiques est une
stratégie pour lutter contre certains cancers. C'est ainsi que le Venetoclax a été
mis sur le marché dans le cadre du traitement de leucémies.
A. VRAI.
B. VRAI.
El. FAUX. II s'agit de ced-3.
D. VRAI.
E. VRAI.
A. VRAI.
B. FAUX. II existe des membres pro- et anti-apoptotiques.
C. FAUX. Les membres pro-apoptotiques vont favoriser la perméabilisation de la
membrane externe mitochondriale, facilitant ainsi la fuite du cytochrome c dans
le cytosol.
D. VRAI.
E. FAUX. Ils se trouvent dans le cytosol ou enchâssés dans la membrane externe
mitochondriale.
Morts cellulaires et apoptose 339
A. FAUX.
B. VRAI.
r::.
VRAI. II existe plusieurs inhibiteurs. Par exemple, le z-VAD.fmk inhibe de façon
irréversible les caspases.
D. VRAI. Les caspases actives possèdent deux petites et deux grandes sous-
unités.
E. VRAI. Les caspases sont des protéases.
VRAI.
.I'I..8. VRAI.
C. FAUX. L'ADN est dégradé de manière aléatoire au cours de la nécrose.
EI. FAUX. L'ADN étant dégradé au cours de l'apoptose, les œllules apoptotiques
seront donc hypoplo'l'des et seront détectées avec une quantité d'ADN
inférieure aux cellules en G1. On parle alors de cellules en subGl. Attention,
les cellules nécrotiques apparaissent aussi en subG1.
E. VRAI.
340 L'essentiel de la biologie cellulaire
24. Divers
Exercice 1
Des chercheurs étudient la résistance de cellules cancéreuses aux traitements
traditionnels. Pour ce faire, ils travaillent sur plusieurs lignées cellulaires
cancéreuses (lignées l à 3) qu'ils exposent à la molécule anticancéreuse (notée
X) en les comparant aux cellules non traitées (« contrôle ›› C). Les résultats d'°une
électrophorèse d'°ADN en gel d'agarose contenant du bromure d°éthidiun1 sont
schématisés augure 12.4.
_ __
PM Lignée 1 Lignée 2 Lignée 3
C c X C X
__
X
800 pb
600 pb
400 pb _
__ _ _
È
300 pb
200 pb
Figure 12.4 : Résultats de Électrophorèse en gel d°agarose de l°ADN des cellules cancéreuses.
PM 1 poids moléculaires, C : cellules << contrôle ››, X : cellules traitées par Imagent anticancéreux.
Question 1
Analyser les résultats. Quelle(s) lignée(s) est(sont) chimio-résistante(s) ?
30 kDa
20 kDa
_
_
III III III Ill III Ill
Figure 12.5 1 Résultats du western-blot obtenus avec un anticorps prímarre polyclonal dirigé
contre la caspase-3 .
342 L'essentiel de la biologie cellulaire
Question 2
Analyser ce western-blot. Que conclure ?
Question 3
Représenter de façon schématique les résultats de Fimmunomarquage du
cytochrome c d'une cellule « contrôle ››, d'une cellule de la lignée 1 traitée par la
molécule X et d'une cellule de la lignée 2 traitée par la molécule X.
Question 4
D'après vos connaissances, quelle famille de protéines pourrait être à l'origine de
cette résistance au niveau mitochondrial ?
Question 5
Comment pourriez-vous vérifier votre hypothèse ?
Exercice 2
Soit le résultat suivant
| I
Au
,I I
l'*-"'f.'"*"W-.
Il L,_, I Il
| | fl.'«,-›:.'
I' I' I I I'
II I '1r1-c
Question 1
Comment ces résultats ont-ils été obtenus ?
Question 2
Placer sur cet histogramme les cellules apoptotiques et les cellules en cycle.
Justifier.
Morts cellulaires et apoptose 343
Exercice 3
Des cellules en culture sont placées en conditions de normoxie, d'hypoxie ou
d'°anoxie. Après traitement, les cellules sont récupérées et incubées en présence
d'iodure de propidium et d"annexine-V (couplée à la fluorescéine), une molécule
qui reconnait les phosphatidylséñnes. Après marquage, les cellules sont passées
en cytoméüie en aux. Les résultats obtenus sont les suivants (Figure l2.7) :
A B C
JL Il IL
Fluorescence IP
..
.. ... ................... .... .................... .... ............ ... ................ ... ......... .
... ................... .... .................... ............... ................... .............. .. .... ................... ....................... ................................ .... ............
› › ›
Fluorescence Annexine-v
Question
Indiquer le profil de cytométrie des cellules en normoxie, en hypoxie et en anoxie : A,
B ou C ? Justifier.
344 L'essentiel de la biologie cellulaire
Réponses de l'exercice 1
Réponse 1
L'apoptose se caractérise par une fragmentation nucléaire oligonucléosomale,
formant des molécules d'ADN dont la taille est multiple de 200 pb. Ici, les lignées
2 et 3 manifestent une fragmentation de l°ADN en multiples de 200 pb. Elles sont
donc sensibles à la molécule anticancéreuse. Par contre, les cellules de la lignée
l traitées par la molécule anticancéreuse X ne présentent aucune fragmentation
de 1›ADn.
Conclusion .Q
Réponse 2
Les cellules de la lignée l << contrôle ›› et traitées par la molécule X présentent
une bande de taille d'°environ 30 kDa. Cette bande correspond à la procaspase-3,
forme inactive de la protéase.
Dans les lignées 2 et 3, par rapport aux conditions << contrôle ››, les caspases-3
subissent une activation protéolytique lorsque les cellules sont traitées par la
molécule X. En effet, des fragments de ~l0 et ~20 kDa sont observés. Ces bandes
correspondent aux petites et grandes sous-unités des caspases actives.
Conclusion .0
Réponse 3
\ \
Noyau
•
- /
( Noyau )
'/
Noyau
Figure 12.8 : A gauche et au centre se trouvent une cellule << contrôle ›› et une cellule de la lignée
1 traitée par X. Le cytochrome c demeure au niveau mitochondrial (marquage ponctifonne). A
droite : une cellule sensible à la molécule X : le cytochrome c se retrouve dans le cytosol
(marquage diffus).
Morts cellulaires et apoptose 345
Réponse 4
Les protéines de la famille Bcl-2 pourraient être impliquées. L'expression des
protéines pro-apoptotiques, favorisant la libération de cytochrome c, pourrait être
réduite alors que l'expression des protéines anti-apoptotiques, s'opposant à la
perméabilisation de la membrane externe, serait, quant à elle, fortement
augmentée. Le résultat conduirait donc à une absence de libération de cytochrome
c maigre l°ajout de la molécule anticancéreuse. L'activation des caspases n°aurait
pas lieu et l'ADN nucléaire ne serait pas dégradé en fragments
oligonucléosomaux puisque l'inhibiteur de la D'rase activée par les caspases
(ICAD) ne serait pas dégradé.
Réponse 5
L'expression protéique des membres de la famille Bcl-2 pourrait, par exemple,
être étudiée par western-blot ou par immunocytochimie. Ces résultats pourraient
être confirmés par RT-PCR si 1"étude s'intéressait au niveau d'expression des
ARNm codant ces protéines.
Réponses de l'exercice 2
Réponse 1
Après taxation et perméabilisation des cellules, 1111 intercalant de l°ADN (iodure
de propidium ou bromure d"éthidium) est ajouté à la suspension. L'intensité de
fluorescence, proportionnelle à la quantité d'ADN présent dans la cellule, est
mesurée par cytofluorométrie en aux. Les résultats sont présentés sous la forme
d'un histogramme monoparamétrique. L'axe des ordonnées correspond au
nombre de cellules, l°axe des abscisses correspond à l°intensité de fluorescence
de l'intercalant.
346 L'essentiel de la biologie cellulaire
Réponse 2
G1
< ›
S G2/M
m
1-›
m
U'
C
Nombre de cellules
›
I
( )(
y
A
I
I
I
uI
I 'HL.l1..1L_
I
*h.F+
T
I
12153
I
n
Intensité de fluorescence
Figure 12.9 : Profil de cycle cellulaire obtenu par cytofluorométrie en aux.
Réponses de l'exercice 3
Panel A .'
Les cellules se trouvent dans le quart inférieur gauche. Les cellules sont donc
iodure de propidium négatives et annexine-V négatives. Si les cellules sont IP-
négatives, cela signifie que leur membrane plasmique était imperméable. C'est
une caractéristique des cellules « contrôle ›› ou apoptotiques. Le marquage
annexine-V négatif prouve que les phosphatidylsérines ne sont pas exposés sur le
feuillet externe de la membrane plasmique. Ce ne sont donc pas des cellules
apoptotiques. Le profil présenté en A correspond aux cellules << contrôle ››, en
normoxie.
Morts cellulaires et apoptose 347
Panel B :
La majorité des cellules se trouvent dans le quart supérieur droit. Les cellules sont
donc IP-positives et annexine-V positives. Puisque les cellules sont positives pour
l°IP, la membrane plasmique est devenue perméable suite au traitement. La
perméabilité membranaire est une caractéristique des cellules nécrotiques. Les
cellules du panel B sont aussi annexine-V positives. Ce marquage n'est pas
spécifique des cellules apoptotiques dans le cas présent puisque la membrane
plasmique est perméable : l°annexine-V peut entrer dans la cellule. Ainsi,
l°annexine-V marque indifféremment les phosphatidylsérines localisées sur les
feuillets interne et externe de la membrane plasmique. Le profil présenté
correspond à des cellules nécrotiques, soumises à un stress extrême, ici l°anoxie.
Panel C .'
La majorité des cellules se situe dans le cadre inférieur droit. Le marquage est
négatif pour l°IP mais positif pour l"annexine-V. Le marquage négatif pour l°IP
signifie que la membrane plasmique est restée imperméable suite au traitement.
Par contre, cette membrane a perdu son asymétrie par translocation des
phosphatidylsérines depuis le feuillet interne vers le feuillet externe. C'est
pourquoi le marquage par l°annexine-V est positif : la molécule s'est fixée sur les
phosphatidylsérines exposées sur le feuillet externe de la membrane plasmique.
Les cellules du panel C sont des cellules apoptotiques. Ces cellules ont été
soumises à un stress modéré qui, ici, correspondait à l'hypoxie.
Références
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