Faculté de médecine d’Oran

Département de médecine
3eme année de doctorat en médecine
UT microbiologie médicale
 Objectifs du cour
 Décrire la phase pré-analytique du diagnostic
bactériologie des infections.

 Citer les différentes méthodes usuelles utilisé en

bactériologie médical et leurs limites.
 Plan du cour
 Introduction.
 Plan diagnostic global.
-Diagnostic direct.
-Diagnostic indirect.
 Phase près-analytique.
 Phase analytique:
-À J0.
-À j0+N.
 Phase post analytique.
 Limite du diagnostic bactériologique.
 Conclusion.
 introduction
 Le diagnostic bactériologique est un ensemble de
moyens permettant de:
1. confirmer l’étiologie bactérienne de l’infection.
2. Une orientation thérapeutique de l’antibiothérapie.

 Mais pour ce faire le médecin doit possédé un

minimum de connaissance en bactériologie clinique
pour pouvoir tiré un avantage maximal de cet outil.
 Plan diagnostic global
Diagnostic bactériologique
Diagnostique direct : c’est la
mise en évidence de la bactérie,
ou de l’un de ces constituants, il
s'agit le plus souvent de l’étude
cyto-bactériologique d’un
prélèvement dite « ECB ».
Diagnostique indirect: c’est
la mise en évidence de la
réponse spécifique de
l’organisme luttant contre la
bactérie, le plus souvent par la
mise en évidence des anticorps
spécifique ,dans ce cas on parle
de diagnostic « sérologique ».
 Diagnostic indirect:
Sérologie moyen et nature du
prélèvement
 C’est principalement la recherche d’anticorps
spécifique, à une bactérie responsable d’une infection
donnée.
 On utilise principalement pour leur recherche les
méthodes immunoenzymatique (ELISA),ou
immunofluorescence (IFI).
 Cette recherche se fait majoritairement sur le sérum
du patient.
 Diagnostic indirect:
Sérologie indication
 Elle est particulièrement indiqué quand:
➢ le diagnostic direct n’est pas réalisable par
exemple lorsque la bactérie, n’est pas cultivable
comme pour Treponema pallidum (TPHA,VDRL) agent
de la syphilis.
➢ culture lente comme pour Brucella militensis
(jusqu’à 60jour).
 Toute fois le médecin doit impérativement connaitre la
cinétique d’apparition des anticorps pour pouvoir
effectué le prélèvement au moment opportun.
 Diagnostic directe:
l’E C B
C’est un trépied diagnostic:

 Renseignement clinique.

 Mise en évidence de: L’inflammation par la mise en

évidence des leucocytes sur le prélèvement ,c’est le « C » .

 Mise en évidence de « là » bactérie pathogène : par la

mise en évidence des caractères bactériologiques, c’est le
«B».
 Diagnostic directe:
l’E C B
 Les caractères bactériologique habituellement
recherché sont:
 Les caractères microscopiques.
 Les caractères de culture (bactéries vivante) .
 Les caractères biochimiques (bactéries vivante) .
 Les caractères antigénique.
 La Sensibilité/résistance aux antibiotique (bactéries
vivante) .
 Les caractères génomique.
 Phase près-analytique
 Elle est sous la responsabilité du médecin prescripteur.

De la qualité du prélèvement dépendra la qualité du résultat.

 Le médecin à la charge d’effectuée ou de supervisé ,le déroulement du

prélèvement, il devra donc:
➢ Veillé au recueil de l’échantillon ,avec un minimum de contamination,
dans le support adéquat.
➢ Veillé aux bonnes conditions de conservation.
➢ Veillé aux bonnes conditions de transport, et d’acheminement de
l’échantillon vers le laboratoire ( les deux T :température et temps).
➢ Et surtout mentionné tout les renseignement cliniques et paraclinique
susceptible de permettre le diagnostic bactériologique. on mentionnant
si le patient est sous antibiothérapie.
➢ Une attention particulière sera donnée au recherches spécifiques ,qui
doivent être explicitement demandé.
 En cas de nécessité le médecin pourra toujours demandé au laboratoire
concerné de plus amples renseignements pour le conditionnement de
l’échantillon.
 Phase près-analytique
De la qualité du prélèvement dépendra la qualité du
résultat.

 Elle est sous la responsabilité du médecin prescripteur.

 Le médecin à la charge d’effectuée ou de supervisé ,le

déroulement du prélèvement,
 Phase près-analytique
recueil du prélèvement

Veillé au recueil de l’échantillon ,avec un minimum de

contamination, dans le support adéquat.
 Phase près-analytique
conservation /transport

( les deux T :température et temps)

➢ Veillé aux bonnes conditions de conservation.

➢ Veillé aux bonnes conditions de transport, et

d’acheminement de l’échantillon vers le laboratoire.
 Phase près-analytique
renseignements cliniques
Justifier/orienté/partagé

➢ mentionné tout les renseignement cliniques et paraclinique

susceptible de permettre le diagnostic bactériologique
➢ tel que:
✓ motif de la demande.
✓ les antécédents et le terrain.
✓ L’immunodépression
✓ Le contexte liées au soins
✓ L’antibiothérapie
République Algérienne démocratique et populaire
Hôpital universitaire d’Oran Service :
Service du laboratoire central
Unité de microbiologie clinique

Fiche de renseignement pour Etude microbiologique des prélèvements

Le : __/__/____ Service de :

Nom : Prènom : Age : Sexe :

Motifs motivant la demande :______________________________________________________________________

Immunodéprimé : <oui> <non> < ?> Infection nosocomial : <oui> <non> < ?>

Terrain particulier : _______________________________________________________________ _______________

Antibiothérapie en cours : <oui> <non> Laquelle : _______________________________Depuis :__________

Nature du prélèvement :__________________________________________________________________________

Site exact du prélèvement : ________________________________________________________________________

Horaire exacte du prélèvement : __H__

Prélèvement effectuée à l’aide de : <seringue> <écouvillon> autres: ___________________________________

Recherche spécifique désiré : ______________________________________________________________________

A remplir pour les E.C.B.U :

Bandelette urinaire : Leucocyte : Nitrite :

Patient sondé : <oui> <non> Grossesse : <oui> <non> Uropathie/néphropathie : <oui> <non>

A remplir pour les Hémocultures :

Température au moment du prélèvement___C°

N° du Flacon (F) : Contexte de : <méningite> <Endocardite> <Cathéter> <autre> :____________________

A remplir en cas de suspicion de tuberculose :

Signes d’imprégnation : <oui> <non> IDR : <positive> <négative> <non faite>

Téléthorax (description sommaire) :_________________________________________________________________

Prise antérieur d’antituberculeux : <oui> <non>

Cachet et signature du médecin prescripteur :

 Phase près-analytique
renseignements cliniques
➢
(suite)
➢ Une attention particulière sera donnée au recherches
spécifiques ,qui doivent être explicitement demandé.

➢ La notion de germes banaux est à bannir

 En cas de nécessité le médecin pourra toujours demandé au

laboratoire concerné de plus amples renseignements pour le
conditionnement de l’échantillon.
 Phase pré-analytique
récapitulatif
 Effectuée / supervisé le prélèvement
 Recueil du prélèvement
 Conservation du prélèvement
 Transport du prélèvement
 renseignement cliniques et paraclinique
 recherches spécifiques
 Phase analytique : l’ E C B J0
 Elle est sous la responsabilité du laboratoire de bactériologie
clinique.
À j0:
1) Un examen microscopique recherchera:
➢ La présence de leucocyte:
- Quantitative : avec seuil de
positivité.
-Qualitative: la prédominance de
Lymphocyte ou de polynucléaires.
➢ La présence de bactérie (surtout pour les recherches
spécifiques):
➢ 2) On peut effectué une PCR.
 Phase analytique : l’ E C B: J0 suite
3) La mise en culture: elle doit être immédiate, et surtout
adapté à la nature du prélèvement ,et à la demande du médecin
prescripteur.

 Pour certain prélèvement, cette culture doit être quantifié

pour affirmé sa positivité. Ex: l’ECBU.
 Le choix des milieux de cultures et des conditions
d’incubation dépondront des renseignements cliniques

NB: le prélèvement contaminé ,et l’antibiothérapie en cour sont

les obstacles habituel à une culture permettant le diagnostic.
 Phase analytique: durée et résultat
de la culture
 Le délais d’une culture positive dépendent avant tout du
temps de génération de la souche. Il n’y a pas de délais
prés-établis, c’est donc du cas par cas !!!

 Une culture négative n’élimine pas la présence de bactéries

pathogène
 Phase analytique: J0+N
Toute colonie devra subir une identification:

Et surtout:
 Un test de sensibilité au antibiotique, tel que
l’ANTIBIOGRAMME. Il existe des automates pour cette
tache aussi.
 NB: l’Antibiogramme est soumis à une standardisation strict,
national et international à savoir :l’AARN pour Algérian,
Antimicrobial, Résistance ,Network, lui-même sous contrôle
de l’OMS (Organisation Mondial de la Santé).
 Phase post-analytique
 Le microbiologiste confrontera l’ensemble des données
déjà abordé ,aux données clinique du médecin prescripteur.
 La réponse comportera:
❑le nom des ou de l’espèce isolé.
❑l’antibiogramme.
 avec éventuellement une mention:
❑Confirmant le diagnostic si l’analyse ne souffre aucun
doute.
❑Ou au contraire une réserve surtout si il y’a suspicion de
contamination ,ou que l’espèce retrouvé est peu pathogènes.
 En cas de doute le microbiologiste pourrai être amenée à
demandé un 2eme prélèvement au médecin prescripteur.
 Limite du diagnostic bactériologique
 La recherche d’une inflammation: non spécifique, et peu manqué dans
certain cas.
 La microscopie: peu sensible surtout si elle est hors contexte, ou qui ne
soit pas une coloration spécifique, elle demeure au final peu
contributive.
 La culture: même si c’est la phase clef, elle peut être faussement
négative si il s'agit de:
❑ Infection non bactérienne.
❑ Bactéries non cultivable.
❑ Patient sous antibiothérapie.
❑ Non respect des règles de la phase prés-analytique.
❑ Parfois la prédominance des contaminant empêche l’isolement de la
bactérie pathogène.
❑ Parfois le délais de positivité est trop long(cas de la tuberculose par
exemple).
 La PCR reste trop chère et souvent inabordable, pour une analyse de
routine.
 L’Antibiogramme ≠ Antibiothérapie.
 Conclusion
Le diagnostic
bactériologique vous
appartient ,à vous d’en
prendre soin.