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Cours d'Introduction la Biologie - P2009

Dfinitions du Vivant et L'Origine de la Vie

Les stromatolithes de Shark Bay (Australie) ~3,5Ga

Karim El Kirat
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http://sparkleberrysprings.com/innerlifeofcell.html

http://www.studiodaily.com/main/searchlist/6850.html

http://aimediaserver4.com/studiodaily/videoplayer/?src=ai4/harvard /harvard.swf&width=640&height=520

Dfinition de la Vie
- "La vie est un systme chimique auto-entretenu capable de donner lieu une volution Darwinienne" (Joyce, 1994). - "Un tre vivant est un systme autonome avec des capacits d'volution sans fin" (Ruiz-Mirazo, Peret, Moreno, 2004)

La vie est cellulaire, elle utilise le systme oprationnel (H. J. Morowitz):

-Les choses vivantes se reproduisent elles-mmes (cristal priodique, programme itratif) (exclut les virus => problme du mimivirus)

-La vie utilise le mtabolisme transformation de la matire, gnration dnergie et de dchets

-La vie subit lvolution ( Darwinienne ) des formes de vie plus compliques succdent aux formes plus simples Mais qui est l'anctre commun le plus ancien??? LUCA: Last Universal Common Ancestor

Emergence de la Vie

Quel vnement en premier? - Mtabolisme? - Rplication? - Confinement? - Covolution?


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Chronologie de l'origine de la Vie sur Terre - pas de traces des processus l'origine de la vie, ni des transitions - instabilit des molcules gnres - l'histoire ncessite des documents, des preuves sous la forme de traces

Chronologie de l'origine de la Vie sur Terre

- Chimie (chimie prbiotique, protomtabolismes) - Biochimie (mtabolisme, biosynthse) - Biologie molculaire (acides nucliques)

Pas de notion de chronologie dans ces disciplines

O?

?
4,4-3,8 Ga 3,5-3 Ga
Premires traces de la vie

Quand?

Conditions favorables

Comment? LUCA: Last Universal Common Ancestor

Chimie prbiotique

La Terre est apparue il y a 4,6 milliards d'annes Elle tait invivable jusqu' il y a 4 milliards d'annes cause d'un bombardement intense de mtorites

Les 1re traces de vie datent de 3,8 milliards d'anne: prsence de molcules organiques dans des roches Molcule organique: contient du Carbone (C) et de l'hydrogne (H) et ventuellement de l'oxygne (O) et de l'azote (N).

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Les 1er fossiles datent de ~3,5 milliards d'annes avec les stromatolithes.

La vie serait donc apparue entre 3,8 et 3 milliards d'annes suite l'apparition d'une atmosphre et formation des premiers continents, des lacs et des ocans. COMMENT ???

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LUCA

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Terre prbiotique
- Exprience de Miller-Urey - RNA world

ou

Panspermie?
- microorganismes : Colons spatiaux - molcules organiques exognes

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Atomes (C H O N)

Petites molcules (H O, CH4, NH3, HCN, etc.) 2

"Molcules moyennes" (acides amins, bases azots, glucides, lipides)

Polymres (protines, acides nucliques, etc.)

Cellules

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Atomes (C H O N)
On en trouve partout avec le Big Bang

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Petites molcules (H2O, CH4, NH3, HCN...)


Formes dans l'univers et sur Terre

Thorie la plus courante : Emergence de la vie au sein dune soupe primordiale (Oparin, 1922).

Pas d'O2 Ni d' ozone

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"Molcules moyennes" (acides amins, bases azotes, glucides, lipides)


L'exprience Urey-Miller (1953) Stanley Miller, accompagnde Harold Urey ont ralis l'exprience suivante pour mimer les conditions de la Terre primitive: - dans un ballon, introduire des gaz - atmosphre rductrice (mthane, ammoniac, hydrogne et eau) - soumettre des dcharges lectriques pendant sept jours

Stanley L. Miller

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=> formation de molcules organiques (jusqu' 2%) : ure, formaldhyde, acide cyanhydrique, et acides amins (13 22 racmiques) PAS D'ACIDES NUCLEIQUES!
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"Molcules moyennes" (acides amins, bases azotes, glucides, lipides)


Si trop de CO2, l'exprience de Urey-Miller ne fonctionne plus => Origine ocanique Raction chimique favorise par le contact de composs de la crote terrestre chaude avec l'eau

Dans les eaux chaudes (350C) des dorsales ocaniques se trouvent des bactries qui semblent proches des bactries primitives

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"Molcules moyennes" (acides amins, bases azotes, glucides, lipides)


=> Origine extraterrestre (Panspermie) On a pu montrer que des acides amins sont prsents dans les nbuleuses (nuages molculaires)

Pour prciser la nature de ces molcules, on a pu analyser la poussire de la queue de comtes et surtout de mtorites (appeles chondrites carbones quand elles contiennent jusqu' 5% de matire organique) On a ainsi retrouv 8 acides amins "essentiels" dans ces mtorites
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Micro-organismes : colons de lespace?


Hypothse dArrhnius (1906) : propagation de mondes en mondes problme des radiations UV Spores et extrmophiles Comtes : un systme de livraison? glace, poussires et composs organiques Nuages molculaires (UV pour Miller-Urey) composs organiques avec la bonne chiralit

Mais alors, d'o vient la vie?


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La Polymrisation (ADN, ARN, protines,...)


La polymrisation d'acides amins en protines peut se faire spontanment sur certaines surfaces minrales comme les argiles ou les pyrites

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La Polymrisation (ADN, ARN, protines,...)


Un argile: la montmorillonite (silicate d'alumine hydrat)

Minraux argileux : - constituent des micro-environnements ; - ont une surface adsorbante ; - permettent la catalyse et le dveloppement de polynuclotides.

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La Polymrisation (ADN, ARN, protines,...)


Ex: synthse peptidique au sein de la montmorillonite

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La Polymrisation (ADN, ARN, protines,...)


LES ARGILES: hypothse : Desmond Bernal (1949) thorie : Graham Cairns-Smith (1960) exprience : Aharon Katchalsky et Mella Paecht-Horowitz (1973) Les argiles, des enzymes primitives : Absorbent les molcules organiques Bons catalyseurs Structure en feuillet favorise le rapprochement des biomolcules Certains (montmorillonite, illite) permettent la polymrisation des acides amins et des nuclotides Concept de relve gntique (genetic takeover, Cairns-Smith) : minraux remplacs progressivement par lARN, lADN et les protines
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La Polymrisation (ADN, ARN, protines,...)


Plusieurs problmes se posent: 1 - l'arrangement ordonn des acides amins pour former une protine fonctionnelle. 2 partir de protines, il ne peut pas y avoir de reproduction. Pour cela, il faut des molcules "programmes" comme l'ADN et/ou l'ARN.

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1980 - T. Cech dmontre que l'Acide Ribo Nuclique (ARN) est capable de se rparer et de se recopier seul, sans l'intervention de protines: il est la fois gne et enzyme. Aucun ARN auto-rplicant n'a encore t dcouvert ou obtenu par synthse. 1986 - W. Gilbert propose la thorie du monde d'ARN: les premiers organismes taient de simples molcules d'ARN qui se sont aids de molcules de protines pour se reproduire plus facilement. Cet ensemble ARN+protines s'entoure ensuite d'une membrane lipidique qui concentre et protge les molcules. Par la suite, l'ARN est remplac par de l'ADN, plus stable. 1999-2000 - P.Forterre et S. Doolittle signalent que, au vu des spcificits biochimiques et gnomiques des eucaryotes, des bactries et des archobactries, la thorie d'un anctre unique des formes vivantes est sans doute errone : la vie serait apparue plusieurs fois, dans des environnements et des conditions diffrentes, et ces formes de vies primaires diffrentes voluant simultanment se seraient enrichies mutuellement par des transferts de gnes. Certaines auraient disparu, trois au moins seraient l'origine du monde vivant terrestre.

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Comment?

Chimie prbiotique

LUCA

=> dterminer les processus biochimiques les plus anciens


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Hypothse d'un Monde ARN


Transfert d'information gntique assur par la rplication de l'ARN. Pas de rle catalytique des protines codes.

On sait que les ARN peuvent avoir une activit enzymatique, c'est-dire qu'ils peuvent fonctionner comme certaines protines.

Par consquent, l'ARN a des proprits de programme (code gntique) et des proprits fonctionnelles (activit enzymatique)

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Hypothse d'un Monde ARN

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Hypothse d'un Monde ARN

=>pas de scnario de rplication des protines =>structure complexe des ARNs =>transcription plus simple que rplication

La dcouverte des ribozymes (1983, T.R.Cech et S.Altman) ARNs qui se comporte comme des enzymes (protines)

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Hypothse d'un Monde ARN


Ainsi, on aurait le schma: ARN

ADN

Protines

Le passage d'ARN en ADN est ncessaire pour stabiliser l'information gntique: un double brin d'ADN porte l'information en deux exemplaires et est plus rsistant que les ARN.

Le passage en protines permet d'avoir un support plus stable, plus rapide synthtiser, et plus efficace en utilisant des molcules qui devaient tre prsentes (les acides amins). Le problme de cette hypothse est que l'ARN est assez instable et certains pensent qu'il devrait y avoir une molcule prcurseur.
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Hypothse d'un Monde ARN


- Transfert d'information gntique assur par la rplication de l'ARN. - Pas de rle catalytique des protines codes.

=> Synthse des dsoxyribonuclotides Pas de rle catalytique des protines codes. => Nature nuclotidique de nombreux coenzymes

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Hypothse d'un Monde ARN


Lide que lvolution base sur la rplication de lARN a prcd la synthse des protines a t propos ds la fin des annes 1960, juste aprs llucidation du code gntique (Woese, 1967; Crick & Orgel, 1968). La dcouverte des ribozymes (Ribonuclotide Enzyme) (Tom Cech, 1982, Sidney Altman, 1982, Prix Nobel 1989) a relanc la discussion sur le rle de lARN dans lorigine de la vie. Le point culminant a t llaboration de lhypothse du RNA world (Gilbert, 1986), comme prcurseur du monde ADN/protine que nous connaissons aujourdhui. ARN

ADN

Protines

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Hypothse d'un Monde ARN


Sassemble en double hlice comme lADN Se replie en des structures tertiaires stables comme les protines => Capable de catalyse chimique comme les protines

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Hypothse d'un Monde ARN


Les indices en faveur d'un Monde ARN

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Hypothse d'un Monde ARN

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Hypothse d'un Monde ARN

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La transition du non-vivant au vivant Proto-Mtabolisme: Sources d'nergie chimique

Barrire cintique La hauteur de la barrire dtermine la vitesse de la raction

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La transition du non-vivant au vivant Notion de catalyseur

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La transition du non-vivant au vivant Ractions couples

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La transition du non-vivant au vivant Boucle catalytique

boucle catalytique

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La transition du non-vivant au vivant Rseau auto-catalytique

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La transition du non-vivant au vivant Polymre porteur d'information

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La Compartimentation

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La Compartimentation
Si on introduit certaines macromolcules dans de l'eau, elles vont avoir tendances former des membranes qui vont isoler un milieu "intrieur" d'un milieu "extrieur": les coacervats

Les membranes des coacervats permettent les changes avec le milieu extrieur (eau, petites molcules, etc... Les coarcervats peuvent aussi grossir et mme se diviser.

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La Compartimentation

Condensation spontane de structures de gouttelettes microscopiques entoures dune enveloppe protnode (mulsion polymres : polypeptides, polynuclotides, sucres,...)

=> protobiontes

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Les failles des modles

Mars et Vnus ont des atmosphres oxydantes Latmosphre primitive de la Terre n'tait donc peut-tre pas suffisament rductrice (excs CO2 et N2 ?)

Dans les protocoles exprimentaux, seuls les mlanges gazeux rducteurs donnent des acides amins
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Les failles des modles


Des concentrations leves de molcules organiques sont ncessaires

Les corps clestes qui contiennent des molcules organiques prbiotiques sont rares, et les concentrations sont faibles
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EUCARYA ARCHAEA

BACTERIA

LUCA

Origine de la vie
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Structure et fonction des Cellules


La dcouverte des Cellules:
1665 - Robert Hooke a tudi la structure de tranches de lige sous un microscope. Il a observ des chambres qu'il a appeles "cellules".

Robert Hooke (1635-1703)

1665 - 75 Anton van Leeuwenhoek a tudi des organismes vivants issus d'un tang par microscopie. Il les a nomms "Animalcules".
Anton van Leeuwenhoek (1623-1732)
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Structure et fonction des Cellules


La dcouverte des Cellules:
1830 - Deux scientifiques allemands Schleiden et Schwann ont rsum tous les travaux sur le sujet. Ils ont ainsi labor la thorie cellulaire : tous les organismes vivants sont constitus de cellules. Tous les tres vivants sont composs de cellules
Matthias Jakob Schleiden (1804-1881)

La cellule est la structure unitaire du vivant - les structures plus petites ne sont pas vivantes Les cellules proviennent de la division de cellules prexistantes - la gnration spontane n'existe pas Les cellules peuvent tre cultives pour produire d'autres cellules in vitro = en dehors d'un organisme ou d'une cellule in vivo = dans un organisme ou une cellule
Theodore Schwann (1810-1882)
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Proprits des Cellules

Les Cellules sont complexes et trs organises elles contiennent de nombreuses structures internes les compartiments ont diffrentes fonctions

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Proprits des Cellules

Les Cellules contiennent une information gntique et la machinerie pour l'utiliser Les gnes comportent les instructions utiles aux cellules pour synthtiser des protines spcifiques Toutes les cellules utilisent les mmes types d'information Le code gntique est universel La machinerie de synthse est interchangeable Cependant, pour un fonctionnement correct, l'information doit tre transfre sans erreurs Les erreurs sont appeles mutations

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Proprits des Cellules


Les Cellules proviennent de la division d'autres cellules Les cellules filles hritent des gnes de la cellule mre Fission binaire - division des bactries Mitose - c'est la reproduction cellulaire asexue qui conduit deux cellules filles identiques issues d'une cellule mre Miose - c'est la reproduction cellulaire sexue, chacune des deux cellules apporte 50% de l'information gntique la cellule fille => chaque cellule fille est gntiquement unique. Les cellules filles hritent du cytoplasme et des organites des cellules mres Asexue - organites de la cellule mre Sexue - organites d'un seul parent Chez les eucaryotes, les chloroplastes et les mitochondries proviennent de la cellule oeuf Cette proprit peut tre utilise pour tudier l'volution et l'origine des organismes 58

Proprits des Cellules


L'nergie cellulaire Les cellules vgtales ralisent le phnomne de photosynthse conversion de l'nergie lumineuse (et du CO2) en nrgie chimique (ATP et glucose)

La plupart des cellules respire pour synthtiser de l'ATP libration de l'nergie provenant de molcules organiques conversion de molcules organiques complexes en CO2 principalement

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Proprits des Cellules

Les cellules sont capables de produire de nombreuses ractions chimiques Transformation de molcules organiques simples en molcules complexes (anabolisme) Dgradation de molcules complexes pour librer de l'nergie (catabolisme) Mtabolisme = toutes les ractions catalyses par les cellules

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Proprits des Cellules

Les cellules peuvent tre impliques dans des processus mcaniques Les cellules peuvent se dplacer Les organites peuvent se dplacer l'intrieur des cellules Les cellules peuvent rpondre des stimuli chimiotactisme - dplacements guids par des agents chimiques phototactisme - dplacements guids par la lumire rponses aux hormones rponses aux contacts contraintes d'coulement ...

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Proprits des Cellules

Les cellules sont capables de rguler leurs activits Contrle de la synthse d'ADN et de la division cellulaire Rgulation gntique - les protines spcifiques sont produites pas les cellules uniquement quand c'est ncessaire Activation / Dsactivation de voies mtaboliques

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Proprits des Cellules

Les cellules contiennent toutes les structures suivantes : Une membrane plasmique qui spare le milieu interne de l'environnement Le cytoplasme - fluide interne des cellules + organites Une structure renfermant l'information gntique - ADN

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Les diffrents types de cellules

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Les diffrents types de cellules


Procaryotes Pro = avant; karyon = noyau relativement petits - 1 10 m pas d'organites type cellulaire le plus primitif

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Les diffrents types de cellules


Caractristiques des cellules procaryotes * Paroi cellulaire - couche externe protectrice - structure rigide qui contribue au maintien de la forme de la bactrie * Membrane plasmique - spare la cellules de son environnement Msosome - invaginations de la membrane plasmique qui contribue la compartimentation Nuclode - rgion du cytoplasme dans laquelle se concentre l'ADN - PAS DE NOYAU * Cytoplasme milieu interne semi-fluide pas d'organites contient les enzymes du mtabolisme bactrien contient les ribosomes ncessaires la synthse de protines
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Les diffrents types de cellules

Archaebactries Archaios = ancien; backterion = bton Au dpart, suspectes d'tre des procaryotes relativement petites - 1 to 10 um pas d'organites prsentent des lipides et des ribosomes particuliers, un ADN super-enroul prsentent des voies mtaboliques et des mcanismes de rplicationde l'ADN, de transcription et de traduction proches de ceux des eucaryotes vivent souvent dans des environnements extrmes (thermophiles, halophiles, etc)

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Les diffrents types de cellules

Eucaryotes Eu = vrai; karyon = noyau contient de nombreux compartiments internes et des organites proviennent de l'volution vers l'endosymbiose d'au moins deux organismes procaryotes inclus Protistes, Champignons, Animaux, et Vgtaux

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Proprits des cellules eucaryotes


Partagent certaines caractristiques avec les cellules procaryotes Paroi cellulaire rigide c'est le cas de cellules vgtales, de quelques champignons et protistes PAS de paroi chez les cellules animales Membrane plasmique Cytoplasme contient des ribosomes Matriel gntique concentr dans une rgion de la cellule: le NOYAU

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Proprits des cellules eucaryotes

Cytosquelette - rseau flexible de microfilaments maintient la forme de la cellule et sert de support ancre les organites & enzymes dans des zones spcifiques de la cellule contractilit et mouvement transport intracellulaire - voies de transport des vsicules et des organites transports par les protines "moteur"

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Proprits des cellules eucaryotes


Elments du cytosquelette Microfilaments composs d'actine - s'assemblent une extrmit et se dsassemblent l'autre Filaments intermdiaires - protines fibreuses (rope-like) renforcement structural ancrage pour les organites maitiennent l'emplacement du noyau Microtubules - tubes creux composs de tubulines maintiennent la forme de la cellule ancrage pour les organites mouvement des organites "voies de circulation" pour les protines "moteurs"

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Proprits des cellules eucaryotes


Cils et Flagelles - l'origine des mouvements cellulaires composs de microtubules cils - courts, nombreux, complexes flagelles - longs, moins nombreux, moins complexes tous arrangs en motifs 9+2 avec des bras de dynine projets vers l'extrieur

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Proprits des cellules eucaryotes


Noyau Double membrane prsentant des pores Membrane externe connecte au rticulum endoplasmique Matrice nulaire - rseau protique fibrillaire

Nucloplasme Chromosomes - complexes protines / ADN Nuclole - synthse et assemblage des ribosomes

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Proprits des cellules eucaryotes


Systme endomembranaire

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Proprits des cellules eucaryotes


Systme endomembranaire Rticulum Endoplasmique - systme membranaire trs rticul qui suit la membrane nuclaire externe

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Proprits des cellules eucaryotes


Systme endomembranaire RE rugueux - prsente des ribosomes => impliqu dans la synthse protique

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Proprits des cellules eucaryotes


Systme endomembranaire RE lisse - sans ribosomes => impliqu dans la synthse des lipides

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Proprits des cellules eucaryotes


Systme endomembranaire Appareil de Golgi Structures membranaires aplaties et empiles qui reoivent les protines provenant du RE Forme des vsicules de scrtion transportant des protines vers diffrentes zones de la cellule (vacuole, lysosome, etc) ou pour la scrtion

face cis - ct "receveur" de l'appareil de Golgi face trans - ct "expdition" de l'appareil de Golgi

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Proprits des cellules eucaryotes


Systme endomembranaire Lysosomes uniquement dans les cellules animales contient des enzymes qui permettent de dgrader les macromolcules

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Proprits des cellules eucaryotes


Systme endomembranaire Peroxysome Organite qui dgrade les acides gras et les acides amins dgrade aussi le peroxyde d'hydrogne qu'il gnre

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Proprits des cellules eucaryotes


Systme endomembranaire Vacuole vgtale - espace de stockage au centre des cellules vgtales - plusieurs fonctions : Dgradation des macromolcules Stockage - ions, sucres, amino-acides, dchets toxiques Maintien de la rigidit cellulaire - grce aux concentrations ioniques leves

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Proprits des cellules eucaryotes


Systme endomembranaire Mitochondries existe dans TOUTES les cellules eucaryotes (mme vgtales) Lieu de la respiration arobie sucres + O2 - - > ATP + CO2 + H2O Contient de l'ADN qui code pour des protines mitochondriales... Se divisent par un processus similaire la fission bianire Possde un systme de double membrane lipidique la membrane interne forme des invaginations (crtes) - lieu de gnration de l'nergie milieu liquide interne = matrice mitochondriale - localisation de l'ADNm - lieu de la synthse protique mitochondriale
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Proprits des cellules eucaryotes


Systme endomembranaire Mitochondries

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Proprits des cellules eucaryotes


Systme endomembranaire Chloroplastes uniquement chez les cellules vgtales lieu de la photosynthse conversion de l'nergie solaire en nergie chimique (ATP + sucres) contient de l'ADN qui code pour les protines, ribosomes, des chloroplastes prsente une double membrane sans invaginations

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Proprits des cellules eucaryotes


Systme endomembranaire Chloroplastes (suite) Thylakodes sont un systme membranaire interne contiennent les pigments photosynthtiques lieu de la photochimie (conversion de l'nergie lumineuse en ATP) lieu de gnration de l' O2

Stroma = milieu liquide interne lieu de la fixation du CO2 <=> synthse des sucres (mtabolisme carbon) contient l'ADN des chloroplastes lieu de synthse des protines des chloroplastes
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Proprits des cellules eucaryotes


Ribosomes ce n'est pas un organite (pas de membrane), mais se trouvent souvent associes aux organites les usines de synthse des protines cellulaires facilitent le couplage spcifique des anticodons de l' ARNt avec les codons de l'ARNm pendant la synthse protique libres ou lis au RE deux sous-units (grande+petite) composs de protines et d'ARN (ARNr) les ribosomes des pro- et eucaryotes diffrent lgrement en taille et forme

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Proprits des cellules eucaryotes


Thorie endosymbiotique Procaryotes internaliss par des cellules htes Essentiel des gnes transfrs au noyau de l'hte Que quelques gnes retenus => survie impossible hors de l'hte => Symbiose symbiote photosynthtique = chloroplaste (fournit le sucre l'hte) symbiote arobie = mitochondrie (fournit un systme nergtique efficace) en change l'hte fournit un environnement stable, des nutriments, de l'nergie, et la plupart des protines

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Preuves de la thorie endosymbiotique Chloroplastes et mitochondries ont de l'ADN qui est incomplet: ne code pas pour toutes leurs protines quelques gnes dans le noyau de l'hte protines importes du cytoplasme Les protines des organites sont similaires celles des bactries (ribosomes et enzymes mtaboliques)

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