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Master Biologie Intgrative et Physiologie 2010-2011 Biostatistiques avances

Responsable du cours : Yves Desdevises

Travaux Dirigs no 3
Corrig Exercice 1 Le tableau suivant prsente des mesures de la hauteur (en mm) de la plante Saede brassica, ralises dans plusieurs milieux diffrents. Un chercheur dsire comparer ces donnes afin de connatre l'effet du milieu sur la taille de S. brassica (on admet que les donnes suivent une distribution Normale). Milieu 1 12 15 12 18 24 32 31 15 159 Milieu 2 141 146 135 147 154 Milieu 3 56 67 43 78 45 69 358 Milieu 4 87 105 79 123 114 Milieu 5 241 264 225 257 248 258 236 1729

Tj (=xj) Variances : Milieu 1 : s12 = 66,125 Milieu 2 : s22 = 50,300 Milieu 3 : s32 = 196,667 Milieu 4 : s42 = 336,800 Milieu 5 : s52 = 192,000 sp2 = 159,485 xij = T = 3477 xij2 = 611889

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1. Quelle analyse permet d'estimer l'effet du milieu sur la hauteur des plantes ? Une analyse de variance 1 critre. 2. Quelles sont les conditions requises pour pouvoir raliser cette analyse ?

Normalit de la distribution, homognit des variances, indpendance des observations, variable quantitative, au moins 5 observations/groupe. 3. Vrifiez ces conditions et ralisez l'analyse statistique approprie. Test de Bartlett : a) Question biologique La variance de la hauteur varie-t-elle selon les groupes? b) Hypothses H0 : toutes les variances sont gales H1 : au moins une des variances est diffrente c) Test statistique utilis Test de Bartlett : Bc = B/C avec sp2 = (ni 1)si2/(ni 1) B = (ln sp2)( ni 1) - (ni 1)ln si2 C = 1 + 1/(3(k 1))[1/(ni 1) 1/((ni 1))] d) Conditions d'applications Normalit des populations d'origine e) Distribution de la variable auxiliaire Sous H0, Bc suit une distribution du Khi-carr k 1 = 5 1 = 4 degrs de libert f) Rgle de dcision un seuil de 5 %, la valeur critique du Khi-carr 4 ddl est de 9,49 H0 est accepte si Bc < 9,49 Le test est unilatral g) Calcul du test Variances: Milieu 1 : 66,125 Milieu 2 : 50,300 Milieu 3 : 196,667 Milieu 4 : 336,800 Milieu 5 : 192,000 pour n = 8 pour n = 5 pour n = 6 pour n = 5 pour n = 7

sp2 = ((7)66,125 + (4)50,3 + (5)196,667 + (4)336,8 + (6)192)/(7 + 4 + 5 + 4 + 6) = 159,485 B = ln159,485(26) (7ln66,125 + 4ln50,3 +5ln196,667 + 4ln336,8 + 6ln192) = 5,627 CB = 1 + (1/12)[(1/7 + 1/4+ 1/5+ 1/4 + 1/6) (1/(26))] = 1,081

Bc = 5,627/1,081 = 5,205 h) Dcision statistique Bc < 2 critique H0 est accepte i) Conclusion biologique Les 5 variances peuvent tre considres comme homognes. Il est possible d'effectuer une ANOVA avec ces donnes ANOVA : On calcule n (nombre d'observations) On calcule les Tj : sommes des colonnes On calcule T : somme de toutes les observations a) Question biologique La hauteur moyenne varie-t-elle selon les groupes? b) Hypothses H0 : toutes les moyennes sont gales H1 : au moins une des moyennes est diffrente c) Test statistique utilis ANOVA 1 facteur F = si2/se2 d) Conditions d'applications Voir plus haut e) Distribution de la variable auxiliaire Sous H0, Fcritique suit une distribution de F k 1 = 4 et n - k = 31 - 5 = 26 degrs de libert f) Rgle de dcision un seuil de 5%, la valeur critique du Fcritique(4, 26) ddl est de 2,76 H0 est accepte si Fcritique < 2,76 Le test est unilatral g) Calcul du test SCE = xij2 - (Tj2/nj) = 611889 (1592/8 + 7232/5 + 3582/6 + 5082/5 + 17292/7) = 611889 607742,392 = 4146,608 SCI = (Tj2/nj) (T2/n) = 607742,392 (34772/31) = 217757,585 SE2 = SCE/(n k) = 4146,608/26 = 159,485

SI2 = SCI/(k 1) = 217757,585/4 = 54439,396 F = Si2/ Se2 = 341,345 h) Dcision statistique F > Fcritique : H0 est rejete i) Conclusion biologique Au moins une des moyennes est diffrente : il y a un effet du milieu sur la hauteur des plantes.