ANALYSE MICROBIOLOGIQUE DES

EAUX DE CONSOMMATION

Cours d’hydrologie
5ème année pharmacie
Janvier 2022

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 OBJECTIFS DU COURS

➢ Connaitre les principales maladies à transmission hydrique (MTH)

➢ Rechercher les germes indicateurs d’une contamination fécale.

➢ Rechercher les germes pathogènes.

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 LES MALADIES À TRANSMISSION HYDRIQUE

❑ L’eau, ressource naturelle indispensable à la vie, est aussi devenue, de manière directe ou
induite, la première cause de maladies et de mortalité au monde (Revue de presse thématique
n° 27. 2003)

❑ Maladies à déclaration obligatoire.

❑ Les maladies à transmission hydrique (appelées également maladies des mains sales ou
maladies des canalisations) constituent un groupe de maladies à allure épidémique.

❑ Recouvrent un large spectre de pathologie d’origine bactérienne, parasitaire ou virale pouvant

survenir après consommation d’eau contaminée.

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❑ Ce sont des maladies du péril fécal , dont la symptomatologie est le plus souvent digestive
(diarrhée, vomissements etc.…).

❑ Depuis une décennie, la fièvre typhoïde, la dysenterie, l’hépatite virale de type « A » et les
toxi-infections alimentaires collectives représentent les principales maladies à transmission
hydrique qui existent en Algérie (W. Kherifi, F. Bekiri. Les maladies à transmission hydrique en
Algérie. Journal Algérien des Régions Arides (JARA); No 14 (2017).

Les maladies liées à l’eau sont de plus en plus répandues et elles présentent des variations
considérables sur le plan de leur nature et de leur mode de transmission:

❖ Les maladies à transmission hydrique causées par les micro-organismes fécaux-oraux et

les substances toxiques
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❖ Les maladies à support hydrique dues aux organismes aquatiques (Bilharziose)
❖ Les maladies transmises par les nombreux vecteurs vivant dans l’eau (moustiques,
mouche tsé-tsé… ) Paludisme et Fièvre jaune.
 Principaux
facteurs
générateurs de
MTH

Urbanisation Approvisionnent Cross Absence de

rapide et en eau potable traitement et de La consommation
connection : d’aliments issus
désordonnée insuffisant. mélange des eaux surveillance de l’eau
de l’agriculture
usées avec les irrigués par les
eaux potables eaux usées.

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 Les principales maladies à transmission hydrique
A. Les maladies hydriques d’origine bactérienne

➢ Fièvre typhoïde

o Elle représente 47%de l’ensemble des MTH déclarées

o Maladie infectieuse aigue spécifique à l’homme
o Agent responsable : Salmonella Typhi (bacille d’Eberth) et Paratyphi A, B et C
o Réservoir : strictement humain
o Transmission-Direct :inter humaine (selles, linge souillé mains sales ).
-Indirect: eau et aliments contaminés.
o Signes cliniques : 03 phases :
▪ Phase d’invasion : fièvre progressive, signes digestifs et nerveux.
▪ Phase d’état : l’état général est altéré (fièvre à 39-40 °C en plateau, asthénie), signes nerveux (céphalée),
signes digestifs (diarrhée fétide en « jus de melon »).
▪ Evolution : non traitée, la maladie évolue vers la phase de complication avec septicémie, hépatite, hémorragie
digestive, myocardite.
o Diagnostic positif : hémoculture, coproculture, sérodiagnostic de « Widal et Félix ».
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➢ Choléra

o Infection intestinale diarrhéique sévère due aux vibrions cholériques

o Agent pathogène:
- Vibrion cholerae O1
- Bacille Gram négatif
- 2 agents occasionnent le choléra: vibrion classique et le vibrion cholerae El Tor

o Transmission:
- Direct: Inter humaine par manipulation de produits contaminés ou de cadavres: maladie des mains
sales.
- Indirect: eau et aliments souillés

o Signes cliniques:
- Diarrhée aqueuse en « eau de riz » non sanglante
- Vomissements en jet
- Déshydratation

o Diagnostic positif:
Coproculture et sérologie.
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➢ Escherichia coli (E. coli)

o Réservoir : intestin de l'homme et des animaux.

o Transmission : oro-fécale.
o Signes cliniques :
▪ la plupart des souches d’E. coli sont inoffensives dont les symptômes sont marqués par des crampes
abdominales et des diarrhées, de la fièvre et des vomissements.
▪ Les Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) peuvent provoquer une maladie grave
potentiellement mortelle notamment chez les jeunes enfants et les personnes âgées, comme le syndrome
hémolytique et urémique (SHU) principalement chez le jeune enfant ou micro-angiopathie
thrombotique (MAT) chez l’adulte.

➢ Campylobacter

o 02 espèces généralement responsables de Gastroentérites chez l’homme: Campylobacter jejuni,

Campylobacter coli
o Réservoir : les animaux.
o Transmission : ingestion d’eau ou d’aliments contaminée.
o Signes cliniques :
▪ Les infections sont généralement bénignes, mais peuvent être mortelles chez les très jeunes enfants, les
personnes âgées et les individus immunodéprimés. 8
▪ Les symptômes cliniques les plus fréquents sont : diarrhée (souvent sanglante), douleurs abdominales,
fièvre, céphalées, nausée et/ou vomissements.

➢ Shigella dysenteriae

o Réservoir : tube digestif de l’homme

o Transmission : La transmission s’effectue d’homme à homme par les mains souillées ou par
l’intermédiaire d’eau et d’aliments.
o Signes cliniques : Troubles digestifs allant de la diarrhée aiguë simple à la Dysenterie bacillaire ou
Shigellose (glaires muco-sanglantes, épreintes, ténesme).
o Evolution : complications digestives (perforation digestive avec péritonite) et une septicémie
responsable d’une mortalité non négligeable.

➢ Legionella pneumophila

o Réservoir : réseaux d’eau chaude, systèmes de climatisation « humides »…

o Transmission : inhalation d’aérosols issus des réservoirs hydriques.

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o Les légionelles peuvent entraîner trois formes de maladies regroupées sous le terme de
légionellose:

▪ La maladie du legionnaire: infection respiratoire grave

▪ La fièvre de Pontiac qui est une forme bénigne de la Légionellose (95 % des cas)
▪ Une manifestation extra pulmonaire de la légionellose. Ce type de manifestation est rare et
prédomine chez les patients immunodéprimés.

➢ Staphylococcus aureus

o Réservoir : Commensal nasal, oro-pharyngé, digestif et cutané de l’homme et des animaux.

o Transmission : interhumaine manuportée et lors de la baignade dans des eaux contaminées.
o Signes cliniques : S. aureus est une bactérie pyogène et toxinogène, responsable de nombreuses
infections nosocomiales et communautaires. Elle provoque :
▪ Des infections suppuratives → Cutanées superficielles (furoncles, panaris, impétigo)
▪ Infections ORL → otites, sinusites
▪ Infections profondes → ostéo-articulaires, pneumopathies
▪ Infections toxiniques→ infections cutanées

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▪
➢ La leptospirose

o Le réservoir des Leptospira est principalement le rat et les rongeurs sauvages

o Transmission : contact de la peau et des muqueuses avec de l’eau contaminée par les urines des animaux.
o Signes cliniques : fièvre, rash cutané, ictère, insuffisance rénale aigue, syndrome méningé, une souffrance
pulmonaire…etc.

B. Les maladies d’origines virales

➢ La poliomyélite

o La poliomyélite est très contagieuse et se transmet facilement par contact interhumain

o La poliomyélite est causée par les poliovirus, virus à ARN du genre Entérovirus et de la famille des
Picornaviridae;
o l’Homme est le seul réservoir.
o Signes cliniques : le virus envahit le système nerveux et peut entrainer une paralysie totale en quelques
heures.

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➢ Hépatites virales

o Une hépatite virale est une infection provoquée par des virus se développant aux dépens du tissu
hépatique
o Les deux principaux virus responsables d’hépatites virales aiguës sont le virus de l’hépatite A (VHA) et le
virus de l’hépatite E (VHE).
o L’eau joue un rôle majeur dans leur transmission.
o Le virus de l'hépatite A (VHA) est un virus à ARN. C'est un virus non enveloppé, donc très résistant
dans le milieu extérieur et aux agressions physico-chimiques. Il se transmet par voie digestive féco-
orale soit directe (manuportée) soit indirectement par l'eau souillée.
o Le virus de l'hépatite E (VHE) se caractérise par un taux de létalité élevé chez les femmes enceintes.

➢ Gastro-entérites virales

o La gastroentérite virale est une infection de l'estomac et des intestins causée par un virus: les
Rotavirus; Adénovirus; Virus de Norwalk (Norovirus)
o Les gastroentérites virales sont également connues sous le nom de grippe intestinale
o Les virus responsables se transmettent par voie oro-fécale, soit par contact direct de personne à personne,
soit indirectement à partir de l'environnement hydrique souillé par les matières fécales.

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C. Les maladies d’origine parasitaire

➢ Amibiase

o L’amibiase est provoquée par l’amibe Entamoeba histolytica, parasite spécifique de l’homme
o L’amibiase occupe le troisième rang des maladies parasitaires les plus meurtrières au monde
o Transmission : ingestion de kystes présents dans l'eau ou les aliments contaminés.
o Signes cliniques : Dysenterie amibienne (diarrhées douloureuses et sanglantes); ulcères

➢ Cryptosporidiose

o La cryptosporidiose est une infection causée par un protozoaire, une coccidie du genre
Cryptosporidium
o Il existe plusieurs espèces, dont les principales sont Cryptosporidium hominis, infectant
uniquement l’Homme, et C. parvum, parasite de l’Homme et de plusieurs autres espèces de
mammifères (bovins, ovins).
o Transmission : eau et aliments contaminées, le contact avec un animal ou un homme infecté (La
contamination s’effectue par ingestion d’oocystes)
o Signes cliniques: Une forme fulminante peut être observée chez les personnes immunodéprimés où la
diarrhée est très intense et provoque un déséquilibre électrolytique conduisant à la mort en quelques
semaines. 13
ANALYSE MICROBIOLOGIQUE DES EAUX DE CONSOMMATION HUMAINE

L’objectif de l’analyse bactériologique d’une eau est soit de rechercher

les bactéries susceptibles d’être pathogènes, soit, ce qui est souvent plus
facile, celles qui les accompagnent et qui sont en plus grand nombre, en
particulier dans l’intestin de l’homme et qui sont par leur présence,
indicatrices d’une contamination fécale, donc indicatrices des maladies
associées au péril fécal.

Les E. coli, les Coliformes fécaux et les Streptocoques fécaux sont

considérés comme des germes d’origines exclusivement fécale.

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- L’échantillon doit être représentatif et homogène.
- Le prélèvement doit être effectué avec prudence afin d’éviter toute contamination.
- On utilise des flacons en verre stérilisé.
- Le transport au laboratoire se fait dans des Glacières ( +4°C) dans un délai court.
- Pour une eau de robinet : il faut flamber le robinet et le laisser couler 3 à 5min.

I. Méthodes générales d’examen bactériologique des eaux

Le choix de la méthode d’analyse dépend de la nature de l’échantillon (pollué ou non).

I.1 Techniques en milieu solide

I.1.1Technique par filtration sur membrane: La technique la plus utilisée.

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 Rampe de filtration

- La filtration est effectuée sur une membrane d’ester de cellulose susceptible de retenir les bactéries, ces
membranes sont ensuite ensemencées sur des géloses.

✓ Ne provoque pas un choc thermique. Permet une bonne différenciation des colonies.

✓ Non applicable aux eaux polluées (risque de colmatage).

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17
I.1.2Technique par incorporation en gélose nutritive :

- Valable pour rechercher les germes anaérobies et aeroanaérobies facultatifs.

- Mélanger dans une boite de pétri, 1 ml d’échantillon et 15 ml de milieu gélosé, fondu et ramené à
une température de 45°C

✓ Provoque un choc thermique aux bactéries.

✓ Pas applicable aux germes aérobies stricts. 18
 I.1.3 Technique par étalement en surface

l’échantillon est réparti sur la surface de la gélose.

✓ Favorable pour les germes aérobies stricts.

✓ Ne provoque pas des chocs thermiques

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I.2 Technique en milieu liquide

➢ Technique de dénombrement par détermination du nombre le plus probable (NPP) :

o Méthode très sensible, applicable pour les eaux très chargés (eau de mer, eaux polluées).

o C’est une estimation du nombre de micro-organismes supposés présents dans l’eau.

❑ Principe: Des dilutions successives de l’eau à analyser sont ensemencées à raison de 3 à 5 tubes de
milieu de culture liquide. Après incubation, on dénombre dans chaque série le nombre de tube positif;
les éventualités les plus courantes sont indiquées dans des tables.

Remarque: Il existe 04 systèmes d’ensemencement

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1er Système :
3 tubes sont ensemencés chacun avec 10 mL d’eau
3 tubes sont ensemencés chacun avec 1 mL d’eau
3 tubes sont ensemencés chacun avec 0,1 mL d’eau

2ème Système :
5 tubes sont ensemencés chacun avec 10 mL d’eau
5 tubes sont ensemencés chacun avec 1 mL d’eau
5 tubes sont ensemencés chacun avec 0,1 mL d’eau

3ème Système
5 tubes sont ensemencés chacun avec 10 mL d’eau
1 tube est ensemencé avec 1 mL d’eau
1 tube est ensemencé avec 0,1 mL d’eau

4ème Système
1 tube est ensemencé avec 50 mL d’eau
5 tubes sont ensemencés chacun avec 10 mL d’eau
5 tubes sont ensemencés chacun avec 1 mL d’eau
21
Après incubation, on dénombre dans chaque série le nombre de tube positif.

Les éventualités les plus courantes sont indiquées dans des tables (la table de MAC-GRADY).

Pour chacune de ces éventualités, sont indiquées:

- Le NPP de germes contenus dans 100 mL d’échantillon
- Les limites inférieures et supérieures en deçà et au-delà desquelles il n’y a que 5% de chances d’obtenir ces
valeurs.

La règle générale à observer pour qu'une lecture soit correcte est la suivante :
La lecture se fait sur 3 séries successives d’ensemencements et 3 séries seulement. La série de base retenue est
parmi les séries où les 5 tubes sont positifs, les deux autres séries voisines dont tous les tubes ne sont pas
positifs.

Exemples:
1ère : + + + + +
2 : +++++
3 : ++--- 5,2,1 est le nombre caractéristique. Le résultat donné par la table est de 70 germes
4 :+---- dans 100 mL d’eau
5 :----- 22
23
24
 1ère : + + + + +
2 : +++++
3 : ++--- 5,2,2 est le nombre caractéristique. Le résultat donné par la table est de 94 germes
4 :+---- dans 100 mL d’eau
5 :+----

II. Recherche des germes

L’analyse comporte :
▪ Le dénombrement des germes aérobies mésophiles ou germes totaux ou germes aérobies revivifiables ou
Flore Mésophile Aérobie Totale (FMAT).
▪ Recherche et dénombrement des germes test de contamination fécale = Colimétrie (Ct, Cf), les
Streptocoques fécaux et les spores de Clostridium sulfito-réducteur.
▪ Recherche et dénombrement de germes pathogènes.

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II.1 Dénombrement des germes aérobies mésophiles

o Cet examen est un de ceux le plus souvent utilisés dans l’étude de la qualité bactériologique
d’une eau d’alimentation.

- Test d’alerte.
- Estimation de la charge microbienne du milieu.
- Dénombrement non spécifique du plus grand nombre de microorganismes, en particulier les bactéries
qui se développent dans des conditions d’aérobiose.

o 02 techniques de recherche :
- Incorporation en milieu gélosé.
- Ensemencement en surface sur milieu gélosé.

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Principe:
- Préparer une série de dilutions de l’échantillon d’eau.

- Mettre 1ml de chaque dilution sur deux boites de pétri et couler la gélose non sélective: Gélose Tryptone
Glucose Agar (TGEA) (méthode par incorporation) ou l’étaler sur la gélose (méthode par étalement).

- Ensemencer les boites, une à 37°C pendant 24- 48h. L’autre à 22°C pendant 72h.

- On dénombre les colonies lenticulaires

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 Remarque: Si on utilise la méthode par ensemencement en milieu liquide, on parle alors de bouillon
de culture: Bouillon à la peptone de soja

1ère : + + + + +
2 : +++++
3 : +++++ 5,3,3 est le nombre caractéristique. Le résultat donné par la table est de 175 germes
4 :+++-- dans 100 mL d’eau
5 :+++--
6 :-----
7 :-----

Expression du résultat: Le nombre le plus probable de bactéries aérobies mésophiles est de 175 dans
100 mL (limite de confiance à 95% : 44 et 503) par culture dans un milieu à la peptone de soja après 4
jours d’incubation à 20°C

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 II.2 Dénombrement des germes test de contamination fécale

II.2.1 Dénombrement des coliformes (colimétrie):

▪ Regroupe un certain nombre d’espèces bactériennes appartenant à la famille des Enterobacteriacea :

Citrobacter, Enterobacter, Klebsiella, Yersinia et Serratia.

▪ Organisme en bâtonnets, Gram-, oxydase -, aérobie et anaérobie facultatifs, fermente le lactose avec
production d'acide et de gaz et sont capables de se multiplier en présence de sels biliaires.

▪ Le terme de « coliformes fécaux » ou de « coliformes thermotolérants » correspond à des coliformes qui

présentent les mêmes propriétés des coliformes après incubation à la température de 44°C.

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 - indicateurs fécaux de première importance.
- Indicateurs de l'efficacité du traitement désinfectant.

2 techniques de recherche: la technique en milieu liquide et la technique en milieu solide

❑ Technique en milieu liquide: Elle se fait en deux étapes :

o Phase présomptive
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o Phase confirmative
- Recherche des coliformes totaux.
- Milieu de culture utilisé est le BCP (Bouillon lactosé au pourpre de Bromocrésol)
- Les tubes sont menus d’une cloche de Durham pour détecter la libération de gaz.
- Tube positifs = virage du milieu du rouge au jaune (fermentation du lactose) + dégagement gazeux
dans la cloche de Durham.

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32
 Phase confirmative :

- Recherche des Coliforme fécaux.

- Chaque tube positif de la première phase est repiqué sur un milieu sélectif: mannitol-indol ou milieu
de Schubert .
- Tubes positifs = dégagement gazeux + formation de l’anneau rouge (présence d’indole).

Franz S

33
34
❑ Technique en milieu solide: Filtration sur membrane

La gélose lactosée au tergitol 7 et au TTC (selon AFNOR) permet d'effectuer la recherche et le

dénombrement des coliformes et des coliformes thermotolérants dans les eaux potables, les eaux de
piscines et les eaux de baignades par la méthode de membrane filtrante.

Triphényltétrazolium (chlorure)

Etape présomptive Filtrer l’eau

44°C 37°C
24h- 48h 24h

Compter les colonies jaune orange ou

rouge brique 35
 - Coloration de Gram.
Etape confirmative
- Repiquage sur milieu Schubert à 44°C.

- Examen microscopique
Bacilles à Gram négatif ,
non sporulés

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II.2.2 Dénombrement des Streptocoques fécaux

o La classification générale des streptocoques fécaux a été modifiée dans les années 80 par la création
d’un nouveau genre, Enterococcus. Dans ce contexte, plusieurs espèces appartenant antérieurement au
genre Streptococcus ont été transférées vers le genre Enterococcus, ce dernier correspondant, grosso
modo, aux streptocoques du groupe sérologique D de la classification de Lancefield

o C’est l'ensemble des streptocoques possédant la substance (acide téichoïque) qui est un antigénique
caractéristique du groupe D.

o Les streptocoques du groupe D susceptibles de contaminer les eaux d'approvisionnement sont plutôt
typiques des déjections animales, comme Streptococcus bovis. ... Ils témoignent d'une contamination
d'origine fécale ancienne tandis que les coliformes fécaux témoignent d'une contamination d'origine
fécale récente.

o Intérêt : témoins de pollution fécale (ont tous un habitat fécal).

o Technique de recherche : 02 techniques de recherche

37
 ➢ Technique en milieu liquide

o Un des caractères communs, à toutes les espèces de ce groupe, est une très forte résistance
aux inhibiteurs bactériens et notamment l’azide de sodium

o L'azide de sodium supprime la croissance des bactéries gram-négatives et des Streptocoques

sauf ceux du groupe D

Etape présomptive

Bouillon de Rothe Incubation à 37°C pendant 24 à 48 heures

S/C et D/C 38
 o Seront considérés comme positifs les tubes présentant un trouble microbien

o Repiquer chaque tube positif sur le milieu de confirmation: milieu de Litsky.

o la présence d'éthyl violet et d'azide de sodium du milieu de Litsky inhibe la croissance des tous les
micro-organismes autres que les Streptocoques fécaux

Etape confirmative

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II.2.3 Recherche et dénombrement de Clostridium sulfito-réducteur et ses spores

o Bactéries à Gram positif, anaérobies sporogènes, capables de réduire les sulfites en sulfure.
o L’espèce la plus importante est Clostridium perfringens.
o Leurs spores sont largement répandues dans l’environnement. Leur présence n’est pas exclusivement
fécale.

▪ Intérêt :
- Indicateurs de contamination fécale (ancienne).
- Indicateurs d’efficacité de traitement (les spores sont très résistantes).

▪ Méthode par incorporation en gélose :

40
41
II.3 Recherche des germes pathogènes

II.3.1 Recherche des salmonelles

- Bacilles à gram négatif

- Mobiles, Aéro-anaérobie facultatif
- Oxydase -, Nitrate réductase +, fermentative du glucose
- Possèdent des Ag somatique O, Ag flagellaires H et certaines espèces l’Ag capsulaire.
- Elles se retrouvent fréquemment dans les milieux aquatiques pollués.

Méthode de recherche : La recherche des salmonelles comporte plusieurs étapes (4)

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1. Pré-enrichissement :

Ensemencer l’échantillon d’eau sur milieu non sélectif : Flacon SFM doublement concentré, Tubes simplement et
doublement concentrés.

Incubation 24 h à 37°C. Cette étape permet de revivifier les bactéries

2. Enrichissement : A partir du milieu de pré-enrichissement, on ensemence sur SFM simplement concentré.

Incubation 24 h à 37°C.

3.Isolement : A partir du SFM, on ensemence sur une gélose sélective Hektoen (3 isolements)

Incubation 24 h à 37°C.

43
Les colonies suspectes sont des
colonies vertes avec un centre
noir 44
4. Identification : Sur milieu TSI ; incubation 24 h à 37°C

Culot Pente H2S Gaz

S. typhi jaune rouge + +
S. paratyphi jaune rouge - +

Autres jaune rouge +++ +

sérotypes

Agglutination : réaction avec sérum Anti O et Anti H (agglutine respectivement Antigène somatique
Ag O et antigène flagellaire Ag H).

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II.3.2 Recherche des staphylocoques pathogènes

- Coques gram positifs, Aéro-anaérobie facultatif,

- Immobile, catalase+, coagulase+, dépourvus de spores et de capsules.
- Ils apparaissent le plus souvent en amas dit en grappes de raisin.
- C’est surtout dans les eaux destinées à la baignade, et particulièrement dans les eaux de piscine que la
recherche de ces staphylocoques présente un intérêt pratique.

46
47
II.3.3 Recherche et dénombrement de Pseudomonas aeruginosa

- Bacille à gram négatif, non sporulé

- Aérobie strict
- Très mobile grâce à un cil polaire.

Les colonies suspectes sont

vertes
48
49
Règlementation algérienne :

Toute eau destinée à la consommation doit être régulièrement contrôlée, depuis le captage de l’eau jusqu’au
robinet du consommateur. Le journal officiel algérien N° 13 du 09 Mars 2014 du fixe les normes suivantes :

- Escherichia Coli → 0 Bactérie /100ml d’eau.

- Entérocoques → 0 Bactérie /100ml d’eau.
- Bactéries sulfito-réductrices y compris les spores → 0 Bactérie /20ml d’eau

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