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BIOLOGIE CELLULAIRE –
VIRUS ET PARASITES

Daniel THOMAS La cellule se retrouve actuellement


Président au centre des recherches sur le vivant.
Les avancées considérables réalisées ces
dernières années dans de nombreuses disci-
Claude Auriault plines (biologie et génétique moléculaire,
Véronique Baldin biochimie, biologie structurale, microbio-
Nicolas Bourmeyster
logie, nanophysique, etc.), ainsi que le
développement de nouvelles méthodes
Daniel Brethes
d’analyse (microscopies à haute résolution,
Marie-France Cesbron-Delauw
imagerie) vont permettre d’aborder les ques-
Hélène Collandre tions centrales que sont :
Bruno Gabriel
– connaître l’organisation et la dynamique
Alexandre Ghazi
des assemblages des molécules et macro-
Bruno Goud molécules biologiques sur lesquels repose
Thierry Heidmann l’entité fonctionnelle de la cellule ;
Norbert Latruffe
– comprendre les mécanismes par lesquels
Jérôme Lavergne
la cellule répond ou communique avec son envi-
Jean-Pierre Mazat ronnement immédiat, et ce dans un contexte
Carl Mann normal ou pathologique.
Claire Millot
Les axes majeurs abordés par les équipes
Annie Molla
relevant de la section peuvent actuellement se
Gérard Pehau-Arnaudet décliner ainsi :
Françoise Russo-Marie
– organisation et grandes fonctions
Annie Valette
de la cellule : enveloppes, membranes et
Sylvie van der Werf
protéines membranaires, cytosquelette et
moteurs moléculaires, organelles, voies de
signalisation, transport intracellulaire et trafic
membranaire ;
– cycle cellulaire et apoptose ;

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RAPPORT DE CONJONCTURE 2004

– interactions cellule/cellule : molécules 1 – L’ORGANISATION


d’adhérence, matrice extracellulaire ;
DE LA CELLULE
– biologie des virus, bactéries et parasites ;
– relations hôte-pathogène : mécanismes
d’entrée, de multiplication et de développement Grâce principalement à l’amélioration
dans la cellule, mécanismes de virulence et de des techniques d’identification des protéines
défense de l’hôte. par spectrométrie de masse, nos connais-
sances de la composition protéique de
Des nouvelles voies d’analyse en plusieurs organites (mitochondries, chloro-
biologie cellulaire et en virologie et parasito- plastes, peroxysomes) et structures sub-
logie ont été ouvertes grâce à des dévelop- cellulaires (pore nucléaire, « spindle pole
pements méthodologiques récents. Les débuts body » chez la levure) ont été grandement
de la biologie cellulaire furent occupés par la améliorées. D’autres structures sont plus
description statique des cellules et de leurs difficiles à purifier (kinétochore, centrosome,
composants par la microscopie optique et, compartiments membranaires transitoires de
à un niveau de résolution supérieur, par la la voie de sécrétion ou de l’endocytose) et
microscopie électronique. La découverte des ne se prêtent pas encore à une démarche
protéines à fluorescence intrinsèque, telles « protéomique ». Des résultats récents ont
que la GFP (Green Fluorescent Protein) et démontré la possibilité de criblages systé-
ses dérivés, a révolutionné la biologie cellu- matiques des interactions protéiques (combi-
laire en permettant la localisation dynamique nant spectroscopie de masse et méthode du
des protéines dans des cellules vivantes. La double hybride) donnant une image globale
découverte toute récente d’une méthode du réseau d’associations dans le protéome
efficace pour induire la dégradation d’un mitochondrial.
ARN messager spécifique dans des cellules
animales avec des petits ARN inhibiteurs En France, des plates-formes perfor-
(siRNA) permet pour la première fois une mantes de spectroscopie de masse existent à
approche génétique relativement aisée Grenoble, Paris, et Toulouse, mais leur nombre
pour étudier la fonction des protéines dans est encore trop limité. Il est essentiel d’assurer
les cellules animales. Enfin, des progrès la présence de services de base en spectrométrie
constants dans les domaines de la géno- de masse à proximité de tous les centres impor-
mique et de la protéomique ont permis des tants de recherche biologique. Très peu de gens
approches systématiques de la classification en France mettent en œuvre des approches
des protéines en réseaux d’interaction, de systématiques d’analyse fonctionnelle des
localisation, et de fonctions qui ont bénéficié génomes, cependant la création récente d’un
autant à la biologie cellulaire, la virologie, réseau de Génopoles pourrait aider à combler
et la parasitologie que aux autres disciplines cette lacune.
biologiques. Dans les pages suivantes, nous D’autres projets visent à localiser systéma-
résumons ces progrès récents et décrivons tiquement toutes les protéines exprimées dans
les perspectives dans quelques domaines un type cellulaire spécifique après leur fusion
importants de la biologie cellulaire. à un épitope ou à la GFP. Ces études devraient
permettre à terme de préciser la localisation
de la plupart des protéines dans une cellule.
Toutefois pour beaucoup de protéines cette
localisation est dynamique et est régulée par des
conditions spécifiques. Pour mieux comprendre
les fonctions des protéines importantes, des
études individuelles et approfondies de leur
localisation seront souvent nécessaires.

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24 – BIOLOGIE CELLULAIRE – VIRUS ET PARASITES

Parmi les organites cellulaires, les systèmes nucléés. Beaucoup de protéines associées aux
bioénergétiques (mitochondrie et chloroplaste) cytosquelettes actinique et microtubulaire sont
sont l’objet d’un intérêt particulier et leur étude identifiées, mais la liste n’est sans doute pas
est abordée sous divers angles. En premier exhaustive. Ces protéines contrôlent la dyna-
lieu, en tant que composants de la cellule mique de polymérisation/dépolymérisation
eucaryote, leur rôle est analysé du point de du cytosquelette ou bien elles empruntent
vue des fonctions métaboliques, et plus large- le réseau du cytosquelette afin d’acheminer
ment de l’homéostasie cellulaire. Outre leur des cargaisons variées (organites, vésicules
rôle bioénergétique, de nouvelles fonctions de sécrétion ou d’endocytose, chromosomes
ou pathologies ont été découvertes dans la condensés lors de la mitose, ARN messagers
période récente. Il s’agit d’une part du rôle et protéines spécifiques) au sein de la cellule.
de la mitochondrie dans le déclenchement L’ensemble des moteurs moléculaires clas-
de l’apoptose (translocation du cytochrome- siques (myosines, kinésines, et dynéine) chargé
c vers le cytoplasme). D’autre part, les des mouvements intracellulaires est identifié,
processus d’oxydoréduction intervenant dans et on a des bonnes notions de leur fonction
la mitochondrie (ou le chloroplaste) génèrent cellulaire pour la plupart. Les études de pointe
des espèces réactives de l’oxygène, toxiques dans ce domaine vont des études biophysiques
impliqués dans la sénescence. Un deuxième et de la détermination des structures cristal-
centre d’intérêt considère ces organites comme lines des protéines ou des complexes purifiés,
systèmes modèles de trafic des protéines et aux études de la visualisation dynamique des
d’assemblage de complexes membranaires mouvements intracellulaires.
dont une partie est codée et synthétisée dans
l’organite, une autre partie importée à partir du Des laboratoires français ont fait des
cytoplasme. La troisième thématique s’intéresse contributions importantes dans ce domaine
au fonctionnement moléculaire des membranes notamment sur la caractérisation des
bioénergétiques : couplage des transferts d’élec- complexes de nucléation de l’actine, le rôle
trons et de protons, régulations fonctionnelles. du centrosome dans la nucléation des micro-
Les systèmes photosynthétiques (chloroplastes, tubules, la caractérisation des protéines asso-
bactéries) présentent de ce point de vue le ciées aux microtubules, et l’identification et
grand avantage offert par le déclenchement le rôle des modifications post-traductionnelles
photochimique, permettant une synchro- de la tubuline.
nisation parfaite des processus primaires. La détermination de la polarité cellulaire
Toute une gamme d’études spectroscopiques dépend du cytosquelette et elle est importante
résolues en temps est ainsi mise à profit pour la aussi bien au niveau de la cellule individuelle
compréhension à l’échelle atomique des méca- qu’au niveau du développement de l’organisme
nismes de transfert d’excitation électronique, de multicellulaire. La régulation du cytosquelette
transferts d’électrons et de protons. est également importante dans la mobi-
La connaissance du noyau a progressé. Il lité cellulaire, et dans ce cadre, les petites
est maintenant décrit comme un compartiment protéines G de la famille Rho jouent un rôle
cellulaire hautement régulé dans l’espace mais primordial. Au cours de ces dernières années,
aussi au cours du cycle cellulaire (nucléole, les voies de signalisation où ces GTPases sont
télomère). La topologie intranucléaire code une impliquées ont été largement explorées, et de
information épigénétique. nombreuses protéines activatrices situées en
amont (les facteurs d’échange) et effectrices
Notre compréhension des mécanismes situées en aval ont été caractérisées. La gamme
de nucléation des cytosquelettes actinique de fonctions cellulaires impliquant ces GTPases
et microtubulaire a bien progressé. Dans de la famille Rho s’est élargie, du contrôle du
les deux cas, la nucléation fait appel à une cytosquelette à la régulation de l’apoptose et
structure contenant des protéines apparentées de la réponse au stress. De nouvelles techno-
aux sous-unités principales des polymères logies ont été mise en œuvre comme le FRET

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RAPPORT DE CONJONCTURE 2004

(fluorescence resonance energy transfer) qui moléculaires. Le transport intracellulaire est


permet une étude spatio-temporelle de l’activa- actuellement en train d’évoluer d’une phase
tion des petites protéines G, mais également le essentiellement descriptive et basée sur des
« triple hybride » pour déterminer la spécificité concepts de ciblage et de reconnaissance
de facteurs d’échange de GTP (yeast exchange moléculaire vers une phase plus sophistiquée
assay) ou la recherche en double hybride d’analyse dynamique et de compréhension du
d’inhibiteurs peptidiques (aptamères) de ces rôle des processus d’auto-organisation dans la
facteurs d’échange. formation et le maintien des compartiments
membranaires sur lesquels repose l’unité fonc-
La polarité cellulaire est étudiée en France tionnelle de la cellule eucaryote.
avec les modèles levure, drosophile, embryons
d’invertébré marin, et cellules épithéliales de • Les domaines membranaires. La
mammifères en culture. formation d’un intermédiaire de transport à
partir d’une membrane « donneuse » suppose
la formation à un moment donné d’un domaine
membranaire dans lequel sont ségrégés les
protéines et lipides transportés ou destinés
à former l’intermédiaire de transport. L’étude
2 – LE TRANSPORT de ces processus a progressivement débouché
sur le concept selon lequel l’organisation des
INTRACELLULAIRE membranes biologiques en sous-domaines
est probablement un phénomène général et
essentiel pour leur fonction. Un des exemples
Deux principaux types de transport exis- les plus connus est celui des radeaux (« rafts »),
tent dans les cellules eucaryotes : le transport de domaines membranaires riches en cholestérol
type vésiculaire (ou tubulaire) dans lequel les et sphingolipides. Les relations entre micro-
macromolécules sont transportées par des struc- domaines membranaires et processus de trans-
tures (intermédiaires de transport) délimitées par port sont loin d’être éclaircies et commencent à
une membrane (voie de biosynthèse/sécrétion modifier le cadre conceptuel de nos hypothèses
et d’endocytose), et le transport non vésiculaire sur les mécanismes du transport. Il semble
dans lequel les macromolécules sont achemi- par exemple de plus en plus probable que
nées vers leur destination finale par diffusion certaines étapes du transport (entre autres au
ou en association avec les éléments du cytos- niveau de l’appareil de Golgi) s’effectuent par
quelette grâce à la présence de signaux spéci- des processus complexes de « maturation » ou
fiques. L’étude des mécanismes du transport transformation progressive des membranes du
intracellulaire est un des domaines les plus compartiment lui-même.
actifs de la biologie cellulaire. Des avancées
considérables ont été réalisées ces dernières • Le transport non vésiculaire et la
années dans la description au niveau molécu- biogenèse des organites. Plusieurs types de
laire des principales voies de transport, dans signaux inscrits dans la structure primaire ou
l’étude des mécanismes de tri et d’adres- secondaire des protéines permettant de les
sage des protéines et des lipides, et dans cibler spécifiquement vers les compartiments
la compréhension des processus complexes de la cellule (réticulum endoplasmique, mito-
et étroitement régulés qui permettent à la chondries, chloroplastes, peroxysomes) sont
cellule de maintenir à tout moment l’intégrité maintenant caractérisés. Notons que le décryptage
fonctionnelle de ses compartiments. Cinq de ces signaux (et en particulier de la séquence
grandes familles de protéines interviennent signal permettant la translocation des protéines
directement dans les mécanismes du transport au travers des membranes du réticulum endo-
intracellulaire : les protéines de manteaux, plasmique) a valu le prix Nobel de Médecine
les complexes SNAREs, les complexes d’arri- à G. Blobel en 1999. Les signaux responsables
mage, les petites GTPases Rab, et les moteurs de la localisation des protéines sur l’appareil

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24 – BIOLOGIE CELLULAIRE – VIRUS ET PARASITES

de Golgi ou certains sous-domaines membra- 3 – LA DUPLICATION,


naires restent néanmoins très mal connus, et les
récepteurs à ces signaux d’adressage ainsi que LA DIVISION,
l’assemblage et la dynamique des complexes ET LA MORT PROGRAMMÉE
ne sont pas complètement élucidés.
DES CELLULES
• Un domaine qui a connu un essor
spectaculaire ces dernières années est celui du
transport nucléocytoplasmique qui permet L’importance de ce domaine d’études
l’import vers le noyau de nombreuses protéines est soulignée par le fait que le Prix Nobel en
et la sortie des ARN messagers. La structure du physiologie ou médecine en 2001 a été attribué
pore nucléaire est maintenant connue, ainsi à Leland Hartwell, Paul Nurse, et Tim Hunt pour
que la machinerie moléculaire du transport leurs travaux sur le cycle de division cellulaire
nucléocytoplasmique. Ces études ont mis en et l’attribution du même prix en 2002 à Sidney
particulier en évidence le rôle-clé joué par la Brenner, Robert Horvitz, et John Sulston pour
GTPase Ran dans ces processus (établissement leurs travaux sur l’organogenèse et la mort cellu-
d’un gradient Ran:GTP versus Ran:GDP). Une laire programmée. Il faut remarquer la place
forte concentration de Ran:GTP près de la primordiale des organismes modèles dans la
chromatine est également nécessaire pour réussite de ces travaux. Hartwell et Nurse ont
l’assemblage normal du fuseau mitotique. Les étudié le cycle cellulaire chez les levures, Hunt
multiples fonctions distinctes de la GTPase Ran a travaillé avec des embryons d’invertébré marin
illustrent bien la complexité des mailles des et d’amphibien, alors que Brenner, Horvitz, et
réseaux de régulation qui défie notre capacité Sulston ont étudié un nématode. La conser-
actuelle de les cataloguer et de les comprendre vation forte de tous les processus communs
comme un système intégré fonctionnel. aux cellules eucaryotes a permis l’extrapolation
rapide à l’homme des résultats obtenus avec ces
La France est globalement mal placée
organismes modèles facilement manipulables.
dans la compétition internationale dans le
domaine du transport intracellulaire et des • Il y a trois grands mécanismes contrô-
moteurs moléculaires. Il y a cependant de très lant la progression du cycle cellulaire :
bonnes équipes travaillant sur les GTPases de la phosphorylation des protéines par des
la superfamille Ras impliquées dans le transport complexes Cdk (cycline-dependent kinase)-
intracellulaire (Rab et ARF), les mécanismes de cycline qui sont activés pendant des phases
base du transport intracellulaire, la sécrétion spécifiques du cycle cellulaire, l’expression des
dite régulée dans les cellules neuronales et gènes codant pour des régulateurs du cycle
neuro-endocrines, et les mécanismes d’entrée cellulaire pendant des stades spécifiques du
de micro-organismes et les interactions avec la cycle, et la protéolyse par des voies ubiqui-
cellule-hôte. tine-dépendantes des régulateurs clefs de la
division cellulaire. Des voies de surveillance,
dites « checkpoints » contrôlent le déroulement
correct du cycle cellulaire. En présence de
lésions de l’ADN, les transitions G1/S et G2/M
sont inhibées ainsi que la progression de la
réplication de l’ADN génomique. L’inhibition
met en jeu soit des phosphorylations inhibi-
trices des Cdk soit l’expression des protéines
(appelées CKI pour Cdk inhibiteurs) qui
fixent et inhibent les Cdk. Une autre voie de
surveillance empêche l’entrée en anaphase si
des kinetochores ne sont pas attachés au fuseau
et sous tension à la plaque métaphasique.

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RAPPORT DE CONJONCTURE 2004

• La mort cellulaire programmée 4 – LA SIGNALISATION


(apoptose) est essentielle pour l’organogenèse
pendant le développement des métazoaires et CELLULAIRE
pour la fonction normale du système immu-
nitaire. Elle est également déclenchée par des
voies de surveillance quand la cellule se trouve La signalisation cellulaire recouvre
dans une situation où elle a reçu des lésions l’ensemble des mécanismes consistant en la
irréparables de l’ADN. La mort cellulaire dans perception par la cellule et la traduction à l’inté-
cette situation empêche la prolifération des rieur de la cellule des informations (signaux)
cellules qui auraient subi des remaniements qui lui permettent de déterminer sa conduite
génétiques importants avec le risque de l’inac- et l’accomplissement de ses grandes fonctions
tivation des suppresseurs de tumeurs ou l’acti- telles que croissance et prolifération, différen-
vation des oncogènes qui pourraient conduire ciation, morphologie, mouvements et migration,
à l’oncogenèse. contrôle des fonctions spécialisées. Des progrès
En France, quelques laboratoires ont considérables ont été accomplis ces dernières
fait des contributions importantes à l’analyse années, en particulier au niveau de la biologie
biochimique du cycle cellulaire et des voies cellulaire de la signalisation. Les récepteurs de
de surveillance dans des extraits d’ovocyte de nombreuses molécules de signalisation ont été
Xénope et d’embryons d’invertébré marin. Il y identifiés. Parallèlement à la caractérisation des
a également quelques laboratoires excellents récepteurs membranaires, la vaste quantité
travaillant sur ces sujets avec des cellules de de travaux rapportés ces dernières années a
mammifères en culture ou avec les levures permis une meilleure compréhension des voies
ou la drosophile comme modèle. Dans le de transduction du signal de la membrane au
domaine de l’apoptose, des laboratoires noyau, illustrant à la fois leur grande diversité et
français ont apporté des contributions signifi- de nombreuses caractéristiques communes. La
catives notamment en ce qui concerne le rôle majorité de ces voies impliquent des cascades
des mitochondries dans le déclenchement de de phosphorylations initiées soit par l’autophos-
certaines voies. Il faut néanmoins constater le phorylation du récepteur lui-même (RTK), soit
nombre des laboratoires français travaillant en réponse à des variations de concentration de
sur ces sujets est faible, ce qui explique l’impact petites molécules ou ions (Ca2+, cAMP, cGMP,
relativement modeste de la France dans ces DAG, IP3, etc.). De nombreuses « protéines
domaines sur le plan international. relais » ont été caractérisées. Elles présentent
une structure modulaire composée de motifs
La plupart des grandes voies de la régu- peptidiques conservés.
lation du cycle cellulaire et de l’apoptose sont
connues de façon schématique. Les travaux Ces modules, combinés selon différentes
en cours cherchent à identifier l’ensemble des déclinaisons au sein des protéines impliquées,
molécules composant ces voies et à préciser permettent de structurer physiquement les
leur mécanisme d’action. Les progrès impor- cascades de signalisation. Étant donné que ces
tants dans ces domaines ont été aiguillonnés modules conditionnent l’agencement des voies
par les retombées attendues dans la compré- de signalisation, leur recensement et la compré-
hension et le traitement des cancers. Grâce à hension des mécanismes impliqués (structure
ces travaux, nous comprenons le mécanisme tridimensionnelle, affinités mises en jeu) seront
d’action d’une classe importante de suppres- indispensables pour décoder les règles de la
seurs de tumeurs et de proto-oncogènes agis- signalisation intracellulaire. Déjà, la possibilité
sant au niveau du cycle cellulaire ou des voies de les repérer dans les séquences génomi-
de surveillance. ques permet d’accélérer la caractérisation de
nouvelles protéines essentielles et de prédire
leur fonction. Les cascades de phosphory-
lation sont abondamment détaillées et des

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clivages peptidiques ou des déstabilisations de Actuellement le rôle respectif des diffé-


protéines par ubiquitinylation ont été décrits. rents acteurs et la dynamique de ces complexes
D’autres modifications post-traductionnelles, restent à préciser. Les équipes françaises sont
comme la conjugaison de peptides similaires peu investies dans l’étude des complexes de
à l’ubiquitine (SUMO, Nedd1, etc.), la glycosy- remodelage mais sont plus impliquées dans
lation, l’acétylation, et la méthylation agissent le décryptage du « code des histones » via les
en synergie avec les phosphorylations et sont enzymes de modifications.
de plus en plus étudiées dans la signalisation.
• Signalisation et cancer. Le cancer est
Si les mécanismes moléculaires qui sous- une maladie intrinsèque de la cellule, inhérente
tendent le démarrage de la transcription restent à la nature même de sa machinerie. Il provient
mal définis, la dissection fine de plusieurs voies du fait que certaines cellules ont perdu la capa-
de signalisation permet maintenant d’avoir une cité à contrôler leur prolifération et ont réussi à
image assez précise des diverses modalités échapper aux mécanismes de surveillance qui,
utilisées pour contrôler la transcription en dans ces circonstances, entraîneraient l’apop-
réponse à l’environnement cellulaire. On peut tose. Normalement, les cellules contrôlent
distinguer trois stratégies pour la transmission finement leur prolifération en fonction d’une
du signal au noyau : multitude de signaux extrinsèques (hormones,
– des cascades de phosphorylations abou- cytokines, facteurs de croissance, conditions
tissent à l’entrée de kinases dans le noyau où métaboliques) ou mécanique (contacts entre
elles modifient des facteurs de transcription ; cellules ainsi qu’avec la matrice extracellulaire)
qui assurent le maintien harmonieux de la taille
– des facteurs de transcription sont activés et de la fonction de chaque organe, ainsi que
ou libérés d’une interaction inhibitrice dans le le renouvellement nécessaire de certaines de
cytoplasme et transportés au noyau ; leurs cellules au cours du temps. Le cancer
est une maladie de la transduction de ces
– les récepteurs nucléaires sont des
signaux ; c’est l’accumulation de défauts dans
facteurs de transcription directement activés
plusieurs de ces mécanismes de transduction et
par le ligand.
de surveillance qui permet le développement
Si les données actuelles illustrent bien la des cancers.
diversité des stratégies utilisées, nos connais-
sances sur les modalités d’interaction entre L’oncogenèse est un processus à plusieurs
les nombreuses voies de signalisation qui étapes qui nécessite conjointement l’activation
modulent l’expression génique restent encore d’oncogènes dominants et l’inactivation de
très parcellaires. Décompactions de l’ADN et gènes suppresseurs de tumeurs. De nombreux
remodelage de la chromatine sont des champs oncogènes dominants, isolés à partir de tumeurs
d’investigation qui ont beaucoup progressé ces animales ou humaines, codent des protéines
dernières années. Des facteurs de remodelage normalement impliquées dans la transduction
(SWI/SNF, CHRAC, NURD) ont été purifiés, il de signaux mitogènes empruntant entre autres
s’agit de complexes de très haut poids molé- la voie Ras. Toutefois, l’activation d’oncogènes
culaire composés entre autres : dominants n’est pas suffisante pour mener
au cancer ; d’autres altérations génétiques,
– d’une ATPase (SWI2/ SNF2, Mi-2, ISWI) telles que l’inactivation de suppresseurs de
qui utilise l’énergie d’hydrolyse de l’ATP pour tumeurs ou anti-oncogènes, sont requises.
déplacer les nucléosomes ; Ces suppresseurs de tumeurs représentent les
gardiens du contrôle de la prolifération ainsi
– d’une enzyme de modification traduc-
que de l’intégrité de la cellule. Deux méca-
tionnelle (histone acetyl transferase ou déacé-
nismes principaux de surveillance exercent leur
tylase) ;
action au niveau du cycle cellulaire, les voies
– des Arp (« Actin related proteins » telles pRB/p16INK4a et p53/p19ARF. La voie pRB/p16
Arp2/3 ou Arp7/9). joue un rôle essentiel au niveau du contrôle du

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RAPPORT DE CONJONCTURE 2004

cycle cellulaire, alors que l’activation de la voie de signalisation et trafic intracellulaire permet
p53 permet l’apoptose. L’inactivation des voies probablement de compartimenter certaines
pRB/p16 ou p53/p19, permet donc à la future voies et ainsi de les favoriser. Les structures
cellule cancéreuse d’échapper à la sénescence cavéolaires, des régions de la membrane
ou à l’apoptose ; l’invalidation de l’une d’entre plasmique riches en cholestérol, glycosphin-
elles, voire des deux, est constatée dans la très golipides et protéines, semblent participer à
vaste majorité des tumeurs humaines. ce phénomène en couplant endocytose et
signalisation cellulaire. L’activation spécifique
La kinase c-abl fait partie aussi des voies d’une voie de signalisation peut aussi passer
de surveillance de l’intégrité de l’ADN. Dans les par l’inactivation ciblée d’autres voies. Une
leucémies myéloïdes chroniques (LMC), une cellule est, à un moment donné, stimulée par
translocation donne lieu à l’expression d’une plusieurs signaux et doit en tenir compte pour
protéine de fusion bcr-abl, responsable de la fournir une réponse cohérente. Quels sont les
prolifération excessive des cellules myéloïdes. mécanismes qui vont permettre d’intégrer ces
Le criblage des chimiothèques a identifié un différents stimuli ? S’il est impossible d’avoir
inhibiteur de la kinase abl qui conduit à une actuellement une vision globale des méca-
rémission de la phase chronique de cette nismes mis en jeu, il semblerait néanmoins
leucémie pour 90 % des patients traités. Cet qu’une grande partie de cette intégration se fait
inhibiteur est disponible depuis 2001 pour au niveau des promoteurs et des enhancers des
traiter la LMC et il représente le premier gènes cibles. Leur activité repose sur l’action
exemple d’un médicament ciblé contre un combinée de nombreux facteurs de transcrip-
oncogène identifié sur la base des recherches tions stimulés par des voies différentes, mettant
fondamentales. Ces quelques éléments illustrent en jeu des phénomènes de coopérativité, de
en quoi la connaissance des voies de signali- synergie ou d’inhibition.
sation contrôlant la prolifération cellulaire et
l’apoptose sont essentielles pour le dévelop- La signalisation n’est pas un domaine
pement de nouvelles stratégies diagnostiques particulièrement représenté en France. Il se
et thérapeutiques contre le cancer. En plus de développe autour de quelques pôles d’excel-
son utilisation pratique pour la recherche des lence et il existe quelques très bonnes équipes
médicaments, le criblage des chimiothèques en qui produisent des travaux de premier plan
combinaison avec des tests cellulaires est une dans de nombreux domaines (biologie struc-
approche puissante permettant d’identifier des turale, neurobiologie, hématologie, transduc-
inhibiteurs spécifiques et de disséquer des voies tion des signaux hormonaux, des facteurs de
de régulation chez les cellules animales. croissance et des cytokines). La plupart d’entre
elles travaillent sur les systèmes mammifères.
En France, quelques plates-formes de Cependant, peu d’équipes utilisent la puis-
criblage de chimiothèques sont en cours d’ins- sante approche que permet la génétique grâce
tallation dans des centres de recherche publique à l’utilisation d’organismes modèles comme les
et cet effort mérite d’être soutenu. levures, le nématode, et la drosophile.
• L’intégration des voies de signalisa- • Perspectives dans le domaine de
tion au niveau cellulaire. L’ancienne vision la signalisation. Les voies de signalisation
d’un signal qui activerait une cascade unique reposent sur l’existence de jeux d’interactions
aboutissant à une réponse particulière est entre protéines qui, d’une part, ordonnent le
maintenant remise en cause. Les différentes réseau de signalisations et, d’autre part condi-
voies de signalisation semblent plutôt former tionnent les modifications chimiques à la base
un réseau intriqué de régulation. La formation de la transmission du signal. La connaissance
de complexes macromoléculaires, rapprochant de l’ensemble des interactions possibles sera
des protéines bien définies peut orienter les nécessaire à la compréhension de la signali-
cascades de signalisation. Dans le même ordre sation à l’échelle cellulaire. Répertorier ces
d’idée, le couplage physique entre protéines complexes et en déterminer les fonctions sera

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24 – BIOLOGIE CELLULAIRE – VIRUS ET PARASITES

un enjeu majeur. Une carte globale des inter- sont extrêmement variées : sites de synthèse et
actions protéiques pour les génomes de verté- d’assemblage, relais ou vecteur du trafic intra
brés n’est encore guère envisageable, au vu du et inter cellulaire, usines de dégradation, sièges
nombre d’interactions à tester. En revanche, des réactions de production d’ATP (respiration
des cartes d’interactions ciblées produites et photosynthèse). À quoi il convient évidem-
par des cribles double-hybrides à haut débit, ment d’ajouter les mécanismes de propagation
l’immunopurification des complexes ou l’uti- et de transmission de l’influx nerveux.
lisation des « puces à protéines », centrées
sur des familles, des motifs, des voies ou des • Les protéines membranaires ont
modifications, devraient déjà permettre de une spécificité structurale : elles possèdent
mieux circonscrire leurs rôles et d’aborder la des domaines hydrophobes (souvent des
question de l’organisation des réseaux. Cette hélices- transmembranaires) et leur organisa-
approche nécessitera également le dévelop- tion tridimensionnelle, comme leurs modalités
pement d’outils informatiques pour l’analyse d’assemblage sont fortement conditionnées par
des résultats et la modélisation des réseaux de l’alternance de régions hydrophiles et hydro-
régulation. De nombreuses interactions, labiles, phobes. Leurs fonctions sont très diverses mais
de faible affinité ou impliquant des modifica- majoritairement dévolues aux différentes formes
tions post-traductionnelles ne pourront être de communication et de transport transmem-
étudiées hors de la cellule. Les résultats d’appro- branaire : translocation de protéines, canaux
ches globales in silico devront en outre être ioniques, transfert transmembranaire d’élec-
confrontés au vivant. La possibilité de visualiser trons et de protons, transmission de signal par
en temps réel non seulement les déplacements changement de conformation. Une autre famille
d’une protéine unique mais aussi son interac- fonctionnelle importante concerne les modifi-
tion avec d’autres partenaires et éventuellement cations topologiques des structures membra-
des changements du comportement de cette naires : reconnaissance, fusion et clivage de
protéine dans une cellule vivante après modi- vésicules impliquées notamment dans les
fications devrait être possible par l’utilisation processus d’endo et exocytose. Dans tous
de protéines fluorescentes et le développement ces processus, les interactions entre protéines
des techniques de nanovidéomicroscopie, de membranaires ou entre celles-ci et les lipides
micro ou nanospectrofluorimétrie (SPT, SMT, contrôlent nombre d’aspects structuraux et
FRET, FRAP, etc.). dynamiques essentiels : formation de super-
complexes, hétérogénéité latérale, dynamique
de la morphologie membranaire. Les objectifs
poursuivis par les chercheurs dans ce domaine
se situent sur des plans très différents selon l’état
d’avancement du système étudié : à un extrême,
on mène une recherche de type protéomique
5 – MEMBRANES ET sur tel type de membrane, dont la finalité est
PROTÉINES MEMBRANAIRES de découvrir de nouvelles protéines, puis d’en
identifier la fonction ; à l’autre extrême, on a
affaire à des complexes membranaires dont la
structure et la fonction sont connues avec un
• Les membranes (constituées de grand raffinement et qui tendent à devenir des
bicouches lipidiques associant des protéines) modèles d’étude physicochimiques.
définissent les compartimentations de la cellule,
à commencer par la cellule elle-même, permet- Les protéines membranaires sont beau-
tant d’entretenir des différences de composition, coup plus difficiles à purifier et à cristalliser
de concentrations ioniques, de potentiel élec- que les protéines hydrosolubles, en raison de
trochimique. Elles jouent donc un rôle crucial leur hydrophobicité. Elles doivent être solu-
dans l’organisation cellulaire. Les fonctions bilisées dans des micelles de détergent, ce qui
des organites et des structures membranaires rend le processus de cristallisation délicat et

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0541-0558-Chap24 549 18/08/05, 9:03:08


RAPPORT DE CONJONCTURE 2004

nécessite des protocoles spécifiques à chaque Cette méthodologie a été appliquée avec
protéine. Il s’agit souvent de complexes de succès, notamment à la bactériorhodopsine,
grande masse moléculaire, associant de multi- aux complexes protéine-pigments (antennes)
ples sous-unités. En outre, la purification de et au supercomplexe de la photosynthèse
quantités de matériel suffisantes pour envisager bactérienne. Une structure à 8 Å du complexe
la cristallisation est souvent problématique. Il de translocation de protéines Sec vient d’être
y a donc un « retard » considérable du nombre publiée. Les progrès des techniques de micros-
de structures de ces protéines obtenues par copie électronique (cryomicroscopie, canon à
cristallographie aux rayons X, en comparaison émission de champ, tomographie, techniques
avec les protéines solubles. Cet état de fait doit de traitement d’images) permettent également
toutefois être nuancé de façon très significative d’obtenir d’importantes informations structu-
pour les raisons suivantes : rales sur des systèmes non cristallins, là encore
au prix d’une moindre résolution, mais avec
Tout d’abord, on a vu au cours des dix l’avantage de pouvoir traiter des arrangements
dernières années paraître les structures de multimoléculaires dans leur environnement
bon nombre de protéines membranaires de membranaire physiologique.
première importance. C’est le cas notamment
pour la plupart des complexes majeurs de la Enfin, il faut souligner que dans le cas au
bioénergétique. La première structure à réso- moins de la photosynthèse, les études fonction-
lution atomique d’un centre réactionnel bacté- nelles et spectroscopiques ont souvent fourni
rien date d’une vingtaine d’années (prix Nobel des informations structurales très précises
de Michel, Huber et Deisenhofer), suivie quel- (distances, orientations de cofacteurs, existence
ques années plus tard de celle d’un autre centre de supercomplexes) avant leur confirmation
réactionnel par une équipe française. Outre par les méthodes structurales. Il est égale-
de nombreux centres réactionnels bactériens ment vrai que la résolution des structures a
modifiés par mutagenèse dirigée, il faut main- toujours apporté des informations inattendues
tenant ajouter les centres de types I et II de la de première importance (quasi-symétrie des
photosynthèse oxygénique (chez Witt à Berlin), centres réactionnels, mobilité de la protéine
le complexe bc1 (deux équipes américaines), de Rieske du bc1, par exemple). Dans ce
la cytochrome-c oxydase (Michel à Francfort), domaine comme dans d’autres, c’est la synergie
la partie principalement non membranaire des diverses approches (études fonctionnelles
(F1) de l’ATP-synthase mitochondriale (Walker et spectroscopiques, approches biochimiques,
à Cambridge), mais aussi, récemment, le dodé- mutagenèse dirigée, cristallisation -2 et -3D) qui
camaire membranaire qui constitue le rotor a permis des progrès souvent spectaculaires.
du moteur à protons F0. Parmi les structures
récentes de protéines membranaires, mention- Au total, on peut dire qu’en dépit des
nons aussi la bactériorhodopsine, le canal faci- difficultés spécifiques aux protéines membra-
litateur du glycérol, l’aquaporine, et surtout le naires, c’est parmi elles que l’on trouve certains
canal à potassium (Ca2+ dépendant) dont la des objets complexes les mieux compris
structure (MacKinnon) permet d’élucider le de la biologie (centres réactionnels photo-
mécanisme d’ouverture et la sélectivité. synthétiques, bactériorhodopsine, cytochrome
oxydase) ou en passe de le devenir (canal K+,
La cristallisation 3-D des protéines ATP-ase, complexes bc1 ou b6-f).
membranaires est difficile, cependant ces
protéines présentent l’avantage spécifique Plutôt que de tenter d’énumérer les
de se prêter souvent à une cristallisation 2-D grandes avancées de la période récente, on
dans une membrane native ou artificielle. Ce peut évoquer un cas paradigmatique qui est
type de réseaux est analysé en microscopie celui de l’ATP-synthase. Dans les années 70,
électronique et permet de résoudre la structure Mitchell (Nobel 1978) élabore le concept
tridimensionnelle (à une résolution toutefois de couplage chimiosmotique postulant que
inférieure à celle de la cristallographie X). l’enzyme responsable de la synthèse d’ATP

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0541-0558-Chap24 550 18/08/05, 9:03:09


24 – BIOLOGIE CELLULAIRE – VIRUS ET PARASITES

dans les mitochondries et les chloroplastes français a créé et maintient de façon active
utilise comme force motrice la différence de diverses structures permettant circulation de
potentiel électrochimique transmembranaire l’information et collaborations.
des protons. De délicats et subtils travaux
d’enzymologie fonctionnelle (notamment • Perspectives dans le domaine des
ceux de Boyer, Nobel 1997) viennent ensuite Membranes et protéines membranaires.
conforter peu à peu cette hypothèse et Nous avons souligné les difficultés spécifiques
aboutissent au modèle d’un moteur rotatif aux protéines membranaires – et aussi le bond
mu par le gradient de protons et induisant en avant que permet la résolution de la struc-
les déformations structurales qui apportent ture quand elle aboutit. Le caractère long et
l’énergie libre nécessaire à la synthèse d’ATP. aléatoire quant aux chances de succès (avec
La partie catalytique de la protéine, le « stator » ce que cela implique comme déficit de publi-
incluant son « rotor », est cristallisée et sa struc- cations) de la recherche dans ce domaine est
ture à résolution atomique publiée en 1994 probablement à l’origine du relatif retard des
(Walker, Nobel 1997), confirmant ce modèle. États-Unis et de la bonne place de l’Europe
C’est maintenant aussi le cas d’une partie (Allemagne et GB), sans que la France ait su
du moteur à protons membranaire. Enfin, tirer profit de l’avantage potentiel que son
par diverses méthodes combinant biochimie système de recherche pouvait représenter
et mutagenèse dirigée, l’observation de la dans une telle conjoncture. Il convient donc
rotation du moteur sur molécule unique en de remédier à ce retard en favorisant la cons-
vidéomicroscopie a été réalisée depuis 1997 titution d’équipes multidisciplinaires (asso-
(équipes de Kinosita au Japon et de Junge ciant biochimistes, biologistes moléculaires,
en Allemagne). On est donc passé en une physico-chimistes, cristallographes), dotés de
vingtaine d’années d’une série d’hypothèses moyens suffisants. Une démarche essentielle
audacieuses et vivement controversées à un pour l’avenir est de favoriser les innovations
objet nanotechnologique (un double moteur méthodologiques dans ce domaine, aussi bien
mécanico-chimique parfaitement couplé) dans les techniques de cristallisation (Voir les
connu à la résolution atomique et observable programmes actuellement développés par le
à l’échelle du complexe individuel. GDR « Protéines Membranaires ») que dans
l’acquisition des structures (techniques moins
destructives, informations dynamiques). À cet
La place de la recherche française dans ce égard, le potentiel que représente Soleil devra
domaine est mieux qu’honorable, parfois très jouer un rôle important. À côté de la cristal-
bonne, mais elle n’a généralement pas su se lographie-X, il faut développer d’autres tech-
hisser au tout premier plan. Les meilleurs labo- niques moins résolutives mais donnant accès
ratoires de structure de protéines membranaires à des informations dans la membrane native,
sont allemands ou britanniques. On note toute- concernant des associations multimoléculaires
fois un effort méthodologique important de la et leur dynamique : microscopie électronique,
part d’équipes françaises sur les techniques de microscopies à champ proche.
cristallisation de protéines membranaires, qui
devrait faire évoluer cette situation. Une équipe Certaines protéines membranaires effectuant
française est également en pointe dans une des fonctions particulièrement complexes, sont
approche de biochimie structurale sur l’ATPase. devenues, nous l’avons dit, des objets parmi les
Nous avons quelques très bonnes équipes en mieux connus de la biologie. Cela ne signifie
microscopie électronique. Un autre point fort nullement que leur étude est achevée, mais que
concerne les études fonctionnelles, cinétiques l’on dispose à la fois de la structure à résolution
et spectroscopiques en photosynthèse ou sur les atomique, des modifications permises par la
oxydases. Notre place est également très bonne mutagenèse dirigée, et d’une masse de données
sur les problèmes d’assemblage de protéines et de connaissances techniques permettant
membranaires et de translocation de protéines. l’étude détaillée de leur fonctionnement. Ces
La communauté des « membranologistes » objets deviennent de véritables « laboratoires »

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RAPPORT DE CONJONCTURE 2004

de physique. Les centres réactionnels photo- 6 – LES VIRUS


synthétiques sont le système privilégié d’étude
du transfert d’électrons (théorie de Marcus). Ils le
deviennent (avec la bactériorhodopsine et la cyto-
De par la diversité des organismes hôte
chrome oxydase) pour le transfert de protons.
infectés par les virus, auxquels s’ajoutent
Les premières réactions « cohérentes » (en phase
également les agents transmissibles non
avec la perturbation vibrationnelle déclenchée
conventionnels (ATNC) ou prions, la virologie
par excitation photochimique) ont été mises
revêt une importance majeure sur le plan de la
en évidence (par une équipe française) sur des
santé publique (sur 50 millions de morts par
centres réactionnels et des oxydases. Il est clair
an dans la population mondiale, 10 millions
que des démarches de ce type, à l’interface entre
sont attribuables à des virus) et de la santé
biologie, physique, chimie et nanotechnologies,
animale, mais également sur le plan écono-
sont appelées à d’importants développements
mique de par l’impact des maladies virales
qu’il convient de stimuler. On peut là encore
dans la production agricole et alimentaire.
évoquer le cas de l’ATP-synthase, extraordinaire
De plus, le risque sanitaire représenté par les
nanomoteur rotatif, couplant de façon extrême-
virus et les ATNC ainsi que leur rôle poten-
ment efficace catalyse enzymatique et défor-
tialisateur dans le développement de certaines
mations mécaniques. On peut citer d’autres
pathologies qui ne leur sont pas directement
exemples d’enzymes membranaire assurant un
associées doivent être pris en compte.
couplage strict entre déplacement de sous unités
et processus catalytique : la H+ transhydrogénase, La virologie est par essence multidisci-
les complexes bc1 et /b6 f/, le moteur du flagelle plinaire. En effet, outre les études structu-
bactérien. Il s’agit là d’objets privilégiés pour la rales des virus en tant qu’objets et l’analyse
compréhension de la dynamique moléculaire et de leur organisation génétique, l’essentiel
de la catalyse : c’est le type de problème pour des recherches est consacrée à l’étude des
lequel une collaboration entre physicochimistes interactions des virus avec leur hôte tant
(théoriciens et expérimentateurs) et biologistes au niveau cellulaire qu’au niveau de l’orga-
doit être encouragée, et dotée de moyens appro- nisme hôte, incluant notamment la réponse
priés (notamment en vidéomicroscopie et calculs immunitaire, ou encore au niveau de la
de dynamique moléculaire). population par l’étude de l’écologie et de
l’épidémiologie virale et des franchissements
Cependant que nombre de complexes indi- de la barrière d’espèce. En outre, il faut
viduels isolés sont de mieux en mieux connus, mentionner que l’étude des virus a permis
un intérêt accru se porte sur le niveau d’inté- la mise à jour de nombreux mécanismes
gration supérieur, concernant par exemple leurs cellulaires fondamentaux ainsi que le déve-
interactions dans la membrane. Les progrès de loppement de nouveaux outils moléculaires
diverses techniques (microscopie électronique, d’intérêt au plan des recherches fondamen-
sondes et pontages biochimiques) concourent à tales concernant l’étude de la régulation
rendre possible ce type d’approche. Mentionnons et/ou de l’expres sion génétique (promo-
les recherches menées sur les associations en teurs SV40, CMV ; IRES des picornavirus)
supercomplexes intervenant dans les membranes comme au plan des applications (vecteurs
photosynthétiques et mitochondriale. Ces associa- viraux d’intérêt comme vaccins ou pour la
tions peuvent constituer des unités fonctionnelles, thérapie génique). Il n’est par conséquent pas
mais aussi contrôler la structure membranaire à surprenant que les chercheurs travaillant sur
grande échelle : c’est le cas dans les bactéries les virus se trouvent répartis au CNRS dans
photosynthétiques et aussi dans les mitochon- différentes sections du Comité National, mais
dries. La question des hétérogénéités latérales sont également largement représentés au sein
dans les membranes (exemple des « rafts »), et le d’autres organismes en particulier l’INSERM,
rôle qu’y jouent lipides et protéines est un autre l’INRA et l’AFSSA ainsi que dans les structures
sujet de première importance. hospitalo-universitaires. Paradoxalement, la

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0541-0558-Chap24 552 18/08/05, 9:03:11


24 – BIOLOGIE CELLULAIRE – VIRUS ET PARASITES

part réservée à l’enseignement de la virologie de la technique du double hybride et des


en France est faible et très peu d’enseigne- techniques d’imagerie en biologie cellulaire,
ments de 3ème cycle sont spécifiquement concernent l’identification des interactions des
dédiés à cette discipline. constituants viraux avec la machinerie cellu-
laire et de leur trafic intracellulaire (interactions
Au cours des dix dernières années, la avec le cytosquelette, trafic vésiculaire, trans-
découverte de nouveaux virus et ATNC (virus location nucléaire). L’importance des structures
Hendra, virus Nipah, TTV, vCJD), l’identifica- membranaires intracellulaires dans la consti-
tion d’homologues simiens de virus importants tution des complexes de réplication viraux a
en pathologie humaine (herpesvirus simiens, été précisée, et le rôle des radeaux lipidiques
SIV du chimpanzé), l’émergence chez l’homme (rafts) pour l’assemblage et la morphogenèse
de virus issus du réservoir animal (grippe du des particules virales mis en évidence. Par
poulet à Hong Kong, monkeypox virus en ailleurs, de nombreux travaux ont concerné
Afrique), la survenue d’épidémies de virus l’étude de l’impact de l’infection virale sur la
de fièvres hémorragiques (Ebola, virus de la biologie de la cellule, notamment sur l’activa-
fièvre de la vallée du Rift), ainsi que l’extension tion cellulaire et les voies de signalisation, le
géographique ou la réémergence de virus ou cycle cellulaire, la modulation de la structure
de variants viraux dans de nouvelles régions
de la chromatine (particulièrement dans le
du globe (virus West-Nile, virus de la Dengue,
cadre de l’établissement de la latence virale
entérovirus recombinants) sans oublier l’am-
et de sa réactivation), ainsi que sur l’induction
pleur considérable prise par la pandémie liée
de l’apoptose cellulaire. Parallèlement, l’étude
au VIH, sont autant d’éléments rappelant l’extra-
des mécanismes d’échappement des virus à la
ordinaire plasticité et capacité d’adaptation des
réponse de l’hôte a permis l’identification de
virus à de nouvelles niches écologiques.
nombreuses protéines virales homologues de
Sur le plan moléculaire les avancées protéines cellulaires (virokines, virocepteurs,
récentes dans le domaine de la biologie structu- protéines anti-apoptotiques, etc.) et l’élucida-
rale ont permis d’établir la structure de plusieurs tion d’une variété de mécanismes moléculaires
virus entiers, et la détermination de la structure mis en jeu pour l’échappement aux réponses
d’un grand nombre de protéines virales, comme cellulaires antivirales non spécifiques (inhibi-
de protéines cellulaires avec lesquelles elles tion de la réponse interféron, de l’apoptose)
interagissent, a largement contribué à l’analyse ou spécifiques (inhibition de la présentation
des relations structure-fonctions au cours du des épitopes par le CMH-I ou le CMH-II).
cycle viral en relation avec le développement De telles études, initialement menées dans
des techniques de génétique inverse pour des systèmes cellulaires modèles, ont été
de nouvelles familles virales (grippe, coro- plus généralement appliquées aux cellules
navirus). En particulier, des progrès considé- primaires (cellules dendritiques, monocytes/
rables ont été réalisés dans l’élucidation des macrophages, lymphocytes, hépatocytes, etc.)
étapes de l’entrée virale avec l’identification et en relation avec l’état de différenciation
de nouveaux récepteurs et co-récepteurs, ou d’activation cellulaire, notamment grâce
l’analyse des changements conformationnels aux techniques de cytométrie. En terme de
consécutifs à l’interaction virus-récepteurs et physiopathologie des infections, le modèle
l’étude des processus de fusion membranaire. de la souris reste largement utilisé, de par
Parallèlement, les travaux visant à élucider les les possibilités offertes par les techniques de
mécanismes de traduction, transcription et transgenèse. Ainsi, ces approches ont permis
réplication des génomes viraux au cours du de réaliser des progrès considérables dans la
cycle viral ont été poursuivis permettant de compréhension de la pathogenèse liée aux
préciser les assemblages moléculaires mis en prions par l’emploi de souris transgéniques
jeu et dans certains cas leur reconstitution in ou invalidées pour le gène de la PrP, dans
vitro. Les avancées les plus significatives, qui l’évaluation de l’importance relative des diffé-
ont largement bénéficié du développement rents compartiments de la réponse de l’hôte à

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0541-0558-Chap24 553 18/08/05, 9:03:12


RAPPORT DE CONJONCTURE 2004

l’infection virale, ou encore pour l’évaluation une place plus qu’honorable au plan interna-
de la contribution de l’expression de gènes tional, les recherches dans ce domaine restent
viraux dans la carcinogenèse. Enfin, l’évalua- largement dominées par la virologie médicale.
tion de nouveaux antiviraux ciblant notamment En revanche, d’autres modèles viraux d’impor-
les étapes de l’entrée virale et l’analyse des tance en santé publique ou vétérinaire (virus
mécanismes de résistance ont fait l’objet de respiratoires, virus entériques, arbovirus) sont
nombreuses études. De nombreux travaux ont aujourd’hui peu ou pas étudiés sur le plan
également été consacrés au développement des fondamental même si quelques bonnes équipes
vecteurs viraux et à l’évaluation de leurs appli- peuvent être identifiées.
cations, pour la thérapie génique (rétrovirus,
lentivirus, adénovirus, AAV), en s’attachant
particulièrement à leur ciblage cellulaire, pour
la thérapie anti-tumorale, ou encore dans le
domaine de la vaccinologie. Ces recherches
ont été largement menées à la fois par des 7 – LES PARASITES
structures académiques et par des sociétés de
biotechnologies. On peut toutefois noter le
désengagement relatif de l’industrie pharma-
Bien qu’il n’existe pas de définition satis-
ceutique dans la mise au point de nouveaux
faisante du parasitisme, classiquement on le
vaccins, jugés peu rentables.
définit comme une relation écologique entre
deux organismes eucaryotes, le parasite et
En France, suite à la découverte des son hôte, le parasite étant physiologiquement
oncogènes, à la priorité donnée au SIDA et plus ou métaboliquement dépendant de l’hôte.
récemment aux prions, la virologie s’est progres- Le parasitisme constitue le moyen de vie le
sivement appauvrie. Le déplacement des moyens plus répandu, ainsi plus de 50 % des espèces
vers ces thématiques prioritaires ainsi que vers animales sont des parasites et beaucoup
des recherches finalisées (vectorologie, thérapie d’entre eux affectent la santé des individus et
génique) s’est traduite par un appauvrissement des animaux domestiques. La parasitologie est
de la diversité des modèles viraux étudiés et la l’étude du parasitisme, c’est-à-dire de la biologie
disparition de compétences. Ainsi, la virologie des parasites eux-mêmes, des modes d’infec-
française est aujourd’hui dominée par le VIH tion de leurs hôtes et des interactions durables
et des contributions significatives ont été faites qu’ils y établissent mais aussi des pathologies
par des laboratoires français dans ce domaine. qui y sont associées. Il s’agit d’une discipline
On note également d’excellentes contributions transversale qui intéresse des domaines aussi
dans le domaine de la rétrovirologie, et des divers que l’évolution, la taxonomie, la biologie
rétrotransposons. La France occupe également moléculaire, la biologie cellulaire, l’immuno-
une place honorable dans le domaine de la logie, l’écologie, la physiopathologie, l’épidé-
vectorologie. En dépit de quelques très bonnes miologie et la pharmaco-chimie.
équipes dans le domaine du VHC (Virus de
l’Hépatite C), la France ne se situe pas au Pendant de très nombreuses années, la
tout premier plan dans ce domaine. La mise recherche en parasitologie est restée confinée
en place du réseau « hépatites » dans le cadre à l’étude de la morphologie des parasites et de
du Programme de Recherche Fondamentale leurs hôtes, des modalités de leur cycle biolo-
en Microbiologie et Maladies Infectieuses et gique et à des recherches biocliniques. Depuis
Parasitaires (PRFMMIP) devrait faire évoluer une quinzaine d’années, avec l’apparition de
cette situation. Des contributions importantes la parasitologie « moléculaire » et de manière
ont également été réalisées par des équipes concomitante, l’immunologie « vaccinale » anti-
françaises dans le domaine de la virologie parasitaire, cette discipline a connu un véritable
structurale. Alors que plusieurs équipes du essor. Cette ouverture lui a permis de dégager
CNRS s’intéressent aux herpesvirus, et occupent très rapidement des concepts nouveaux et

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24 – BIOLOGIE CELLULAIRE – VIRUS ET PARASITES

fondamentaux tant pour la discipline elle- importantes ont été faites ces toutes dernières
même que pour la biologie en général. années, concernant la biogenèse d’organites
Ainsi, il convient de rappeler que l’étude des sécrétoires uniques chez les parasites apicom-
trypanosomes a conduit à la découverte de plexes et leur rôle dans l’invasion de la
l’ancrage GPI des protéines membranaires et cellule-hôte et dans la formation de la vacuole
l’édition de l’ARN mitochondrial. De même, parasitophore ainsi que la mise en évidence de
que le concept de la polarité TH1/TH2 de la facteurs de virulence parasitaires.
réponse immune, est issu des recherches sur
la leishmaniose murine. Sur le plan de l’évo- Une dizaine de laboratoires rattachés à la
lution, la découverte de groupes de parasites commission 24 travaille dans le domaine de la
amitochondriaux tels que les microsporidies parasitologie. L’essentiel de leurs activités porte
(responsables de pathologies associées au sur des parasites pathogènes : les protozoaires
SIDA) ou les diplomonadines (dont le repré- Apicomplexes (Plasmodium, Toxoplasma gondii),
sentant le plus connu est Giardia lamblia, les Kinetoplastidae (Trypanosoma, Leishmania),
parasite humain responsable de diarrhées) les microsporidies et enfin le trématode
constitue un exemple solide d’une évolution Schistosoma. Quelques chercheurs sont impliqués
par simplification. Enfin, un autre exemple dans l’étude des insectes vecteurs tels que l’ano-
est la découverte de l’apicoplaste, un organite phèle pour le paludisme. Les approches sont multi-
comportant un petit génome extranucléaire ples, la plupart des groupes font à l’heure actuelle
de 35 kb entouré de quatre membranes qui appel à la génomique fonctionnelle (génétique
est retrouvé chez les Apicomplexa, phylum réverse, biologie cellulaire, biochimie etc.) et aux
qui regroupe de nombreux protozoaires para- outils post-génomiques (transcriptome, protéome),
sites dont les représentants les plus connus d’autres sont plus impliqués dans l’étude des rela-
sont Plasmodium (l’agent du paludisme) tions hôte-parasite (mécanismes de défense) ou
et Toxoplasma gondii (responsable de la dans des problèmes de biodiversité.
toxoplasmose congénitale et d’encéphalites Ces dernières années, les unités du CNRS
mortelles chez les patients immunodéprimés). ont fait des contributions importantes dans
Ce plaste dont l’ADN l’apparente clairement à divers domaines de la parasitologie. Elles ont
celui du chloroplaste, offre une possibilité de notamment participé à l’étude des :
ciblage thérapeutique par des inhibiteurs du
chloroplaste (« herbicides »). – génomes parasitaires : avec une contri-
bution française pour le séquençage et l’anno-
L’utilisation de nombreuses souris homo- tation du génome complet des microsporidies
zygotes pour des mutations affectant des gènes (le plus petit génome eucaryote décrit à ce
du système immunitaire a permis des avancées jour, d’environ 2,9 Mb). On peut aussi citer,
importantes dans l’étude de la réponse immune une participation à l’annotation du génome de
de l’hôte contre le parasite, des mécanismes T. brucei et au séquençage et l’annotation du
d’échappement/d’adaptation du parasite chez génome de l’anophèle ainsi que des travaux
son hôte et des processus physiopathologique. sur le caryotype de leishmanies et l’analyse du
polymorphisme des parasites ;
Enfin, récemment, le développement
des outils de manipulation génique et la mise – mécanismes d’invasion/adaptation et
en place de programme de séquençage des évasion des parasites : avec la découverte des
génomes chez un certain nombre de para- gènes var impliqués dans la variation antigénique
sites modèles (Trypanosomes, Leishmanies, de Plasmodium et la cythoadhérence des cellules
Toxoplasmes, Plasmodies, Amibes) ont révolu- parasitées, des avancées significatives dans les
tionné la discipline. Ces outils ont permis l’émer- mécanismes de motilité, d’adhérence et d’inva-
gence de la parasitologie « cellulaire » qui vise sion cellulaire de Toxoplasma gondii, la décou-
à comprendre le fonctionnement de la cellule verte d’un locus de susceptibilité à l’infection
parasitaire et ses interactions avec son hôte. toxoplasmique ainsi que celle du rôle de l’IL7 de
C’est ainsi que par exemple, des contributions l’hôte dans le développement de Schistosoma ;

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0541-0558-Chap24 555 18/08/05, 9:03:13


RAPPORT DE CONJONCTURE 2004

– spécificités métaboliques et biologi- définir à la fois des mécanismes fondamentaux


ques : avec l’étude des voies de biosynthèse du fonctionnement des micro-organismes, les
des phospholipides chez Plasmodium, du méta- spécificités liées à leur diversité et les bases des
bolisme énergétique chez les trypanosomes et interactions hôte-pathogène avec, en perspec-
le toxoplasme, la biogenèse des organites et tive, le développement d’approches thérapeu-
de la vacuole parasitophore chez Toxoplasma tiques et prophylactiques nouvelles.
ainsi que la transcription polycystronique chez
les leishmanies. L’étude des interactions pathogène-cellule
hôte devrait bénéficier aujourd’hui de la connais-
Cette dynamique de recherche en para- sance de la séquence complète des génomes de
sitologie était soutenue par quelques sources nombreux pathogènes, ainsi que du génome
de cofinancements : programmes CEE, OMS, d’organismes hôtes pour la mise en œuvre
ANRS, sidaction, ministère de la coopération, d’approches globales de génomique fonction-
GDR CNRS/armées et enfin le Programme de nelle et de biologie structurale qui permettront
Recherche Fondamentale en Microbiologie et de préciser les mécanismes moléculaires mis en
Maladies Infectieuses et Parasitaires (PRFMMIP), jeu au cours de l’infection et les mécanismes
un véritable succès par sa capacité de financer d’échappement aux réponses de l’hôte.
des travaux fondamentaux non soutenus par les
organismes cités ci-dessus. En outre, le PRFMMIP À l’heure actuelle, la notion de « biologie
a permis la création d’un réseau « Analyse des systèmes intégrés » apparaît essentielle pour
Génétique des Protozoaires ». la découverte de nouveaux concepts concernant
l’adaptation des micro-organismes chez l’hôte
Cependant au moment où la génomique et l’expression de leur pouvoir pathogène. La
fonctionnelle « parasitaire » est en plein essor, où notion de tropisme d’hôte devra également être
la discipline devient de plus en plus attractive prise en compte dans ces travaux. Ces phéno-
et commence à s’enrichir de jeunes chercheurs mènes sont le plus souvent multifactoriels et
venant d’autres domaines, de graves difficultés l’identification des facteurs impliqués dans le
financières sont entrain d’apparaître par la cadre du fonctionnement global des micro-
disparition progressive des cofinancements. Il organismes face à leur environnement, passe
existe en effet une volonté très nette de l’UE de par l’utilisation d’approches de génomique
ne financer que les recherches sur le paludisme (étude du transcriptome, protéome, RNAi,
ce qui entraîne une disparité qui est aggravée etc.). La compréhension moléculaire de la
par le refus d’autres organismes (ANRS, sidac- relation structure-fonction de ces facteurs, de
tion, OMS, ministère des affaires étrangères) de leur biogenèse et de leur régulation génétique
ne pas financer toute recherche fondamentale pourra ensuite conduire à de nouvelles théra-
qui de leur avis relève des EPST et de l’Univer- peutiques. La biochimie avec l’étude des voies
sité. À cela s’ajoute, le désintérêt des industriels métaboliques et de leurs particularités restent
pharmaceutiques pour une recherche sur des également des champs d’investigation essentiels
pathologies qui le plus souvent sévissent dans pour le développement de nouvelles drogues.
les pays du tiers monde.
Ces recherches, qui devront intégrer la
• Perspectives dans l’étude des interac- dynamique des interactions, feront appel aux
tions hôte-pathogène. Malgré les nombreux disciplines de biologie cellulaire, immunologie,
progrès réalisés dans la compréhension, la génétique / génomique fonctionnelle (facteurs
prévention et le traitement des maladies infec- de pathogénicité, facteurs de susceptibilité) et
tieuses, celles-ci demeurent une cause majeure physiopathologie (modèles expérimentaux).
de mortalité dans le monde, puisqu’elles sont Elles devraient s’appliquer non seulement
responsables chaque année de près d’un tiers au niveau cellulaire, in vitro ou ex vivo, y
des décès. La recherche sur les agents infectieux compris au niveau de la cellule isolée, mais
(virus, parasites, bactéries) constitue donc une également de façon plus intégrée au niveau
priorité en ce début de ce siècle. Elle vise à d’un tissu, organe ou organisme entier, par le

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24 – BIOLOGIE CELLULAIRE – VIRUS ET PARASITES

développement de modèles d’étude physiopa- exogènes, la contribution d’agents endogènes


thologique pertinents in vitro et in vivo et l’utili- tels que les rétrotransposons mérite une
sation des nouvelles techniques d’imagerie « in attention particulière. L’étude des interactions
vivo ». Le développement de modèles d’étude entre micro-organismes, encore peu explorée,
du franchissement des barrières (hémato- devrait connaître des développements impor-
encéphalique, intestinale) devrait constituer tants dans les années à venir. Enfin, l’étude de
un enjeu particulier. la dynamique des populations microbiennes
tant au sein de l’hôte infecté que dans les
L’étude de la pathogénie des infections, cycles épidémiologiques et en relation avec les
en particulier chez l’homme, constitue toujours modifications des écosystèmes sont essentiels
un enjeu essentiel et les études menées sur pour l’identification de déterminants prédictifs
un pathogène humain chez la souris devraient de l’évolution des infections permettant une
à terme être considérées avec beaucoup de meilleure prise en charge de l’émergence.
recul. La compréhension de la génétique de la Dans ce domaine, le recours à la modélisation
réponse anti-microbienne ou de la sensibilité mathématique, permettant d’intégrer données
aux infections, des mécanismes de persistance, épidémiologiques et données de la génomique
du rôle de l’immunité innée et de l’orientation devrait se généraliser.
des réponses immunes spécifiques à activité
microbicide est en effet indispensable pour la
mise en œuvre de moyens de lutte efficaces Cette vision intégrative de la recherche en
contre les maladies infectieuses. microbiologie souligne l’importance d’actions
multidisciplinaires qui devraient être soutenues
Les recherches devraient également par la mise en place d’une politique concertée
s’orienter vers la recherche de l’implication des EPST (CNRS, INSERM, INRA, IRD) et surtout
des micro-organismes dans des maladies d’étio- de Programmes de financement à la hauteur
logie inconnue. Outre le rôle potentiel d’agents des enjeux.

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