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Cours Module SLO-5BC03

Rgulation et expression des gnes


COURS n1
Licence Sciences du Vivant - Semestre 5 Parcours BBMB, BCP & BHCV

Universit dOrlans UFR Sciences & Centre de Biophysique Molculaire UPR4301

PLAN du COURS n1 & n2


1- Introduction 1.1 pourquoi y-a-t-il rgulation? 1.2 niveaux de rgulation 1.3 notion dopron 2- Rgulation de la transcription 2.1 stratgies de contrle de linitiation de la transcription 2.2 contrles positif-ngatif 2.3 rappels sur linitiation de la transcription chez les procaryotes 3- Opron lactose 3.1 organisation gnrale 3.2 phnomne dinduction - inducteur 3.3 lacZ - lacY - lacA 3.4 mutants de lopron 3.5 rgulations 3.5.1 ngative (rpresseur) 3.5.1.1 exprience Pajamo 3.5.1.2 rle du rpresseur 3.5.1.3 structure du rpresseur 3.5.1.4 oprateur 3.5.2 positive : rpression catabolique 3.5.2.1 diauxie 3.5.2.2 AMPc 3.5.2.3 scnarios 3.5.2.4 structure-fonction CRP 3.5.2.5 oprateurs 3.6 rcapitulatif

Introduction

Pourquoi y-a-t-il rgulation de lexpression des gnes ?

Pour rpondre aux conditions changeantes de lenvironnement immdiat

Sept mcanismes susceptibles de modifier la concentration lquilibre dune protine ; Sites possibles de rgulation : 1- synthse du transcrit primaire 2- maturation post-transcriptionnelle de lARNm 3- dgradation de lARNm 4- synthse protique 5- modifications post-traductionnelles 6- ciblage et transport des protines 7- dgradation des protines

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Quest-ce-que la REGULATION ? Un moyen pour la cellule de dvelopper des mcanismes qui lui permettent de rprimer les gnes qui codent pour des protines inutiles et de les activer au moment o ils deviennent ncessaires

Deux classes de mcanismes de rgulation : 1- mcanismes opportunistes : 2- mcanismes gnraux :

Deux modes de rgulation de lexpression dun gne cible par une molcule rgulatrice : 1- dune faon positive cest dire que linteraction dclenche la transcription du gne 2- dune faon ngative : linteraction empche la transcription du gne

Quelques rappels sur linitiation de la transcription chez les procaryotes Ides fortes
lARN polymrase copie en ARN un brin du duplex dADN une unit de transcription est une squence dADN transcrite en un ARN unique, qui dbute au niveau du promoteur et se termine au terminateur la transcription a lieu dans une bulle , lintrieur de laquelle lARN est synthtis par appariement des bases avec un brin dADN de la rgion transitoirement droule au fur et mesure de la progression de la bulle, le duplex dADN se reforme aprs son passage.

lARN polymrase catalyse la formation dune liaison phosphodiester qui rsulte dune attaque du groupement 3-OH du dernier nuclotide de la chane sur le groupement 5-triphosphate du nuclotide entrant, ce qui saccompagne dune libration de pyrophosphate la transcription comprend 4 tapes qui impliquent diffrents types dinteractions entre lARN polymrase et lADN : 1- reconnaissance de la matrice 2- initiation 3- longation 4- terminaison

le facteur contrle la liaison lADN de lARN polymrase. la reconnaissance du promoteur dpend de squences consensus. il existe deux modes principaux de terminaison.

Promoteurs bactriens : organisation

155613 150618 70263 36512 10105

ARN polymrase

Schematic representation of the major form of E. coli RNA polymerase bound to DNA.

Transcription chez les procaryotes : rappels

Quelques observations
1.

rgulation de la transcription

Un organisme unicellulaire, avec un temps de gnration trs court, doit pouvoir rpondre rapidement des changements de son environnement. Les demi-vies de la plupart des ARNm sont courtes (de lordre de quelques minutes). La transcription et la traduction sont couples et se ralisent dans le mme compartiment cellulaire.

2.

3.

Ces constatations impliquent que la rgulation gnique doit prendre effet tt, et il est effectivement constat que le point de contrle majeur est linitiation de la transcription.

rgulation de la transcription

Stratgies de contrle de linitiation de la transcription (chez les bactries)

2 modes distincts de contrle de linitiation de la transcription 1- un contrle constitutif qui dpend de la structure du promoteur 2- un contrle de rgulation qui est sous la dpendance de protines rgulatrices

CONTRLE CONSTITUTIF niveau de base de linitiation de la transcription dtermin par la structure du promoteur. variabilit dans la squence consensus du promoteur : modification de lefficacit du promoteur

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rgulation de la transcription

Autres types de rgulation de linitiation de la transcription CONTRLE de REGULATION

Principe de base de la rgulation de la transcription : (dduit de ltude de lopron lactose) La liaison dune protine spcifique un site donn de lADN influence lensemble des vnements composant lassemblage du complexe dinitiation et\ou linitiation dune synthse productive dARN par lARN polymrase.

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rgulation de la transcription

LORSQUE LE CONTRLE DE LA TRANSCRIPTION EST NEGATIF : Rpresseur : protine qui empche lexpression dun gne. Oprateur : site cible de la protine rpresseur. Lorsque la protine rpresseur se fixe loprateur, lARN polymrase ne peut plus initier la transcription ce qui empche lexpression du gne.
INDUCTION

En vert : gne rgulateur En bleu : gne structural

Cas du rpresseur lac avec lIPTG p.e.

rpresseur inducteur

rpresseur inactif

REPRIME

INDUIT

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rgulation de la transcription

CONTRLE NEGATIF DE LA TRANSCRIPTION

REPRESSION

rpresseur actif Rpresseur inactif corpresseur

INDUIT

REPRIME

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rgulation de la transcription

LORSQUE LE CONTRLE DE LA TRANSCRIPTION EST POSITIF : Un facteur de transcription doit assister lARN polymrase pour linitiation au niveau du promoteur.

INDUCTION

ARN polymrase

activateur inactif inducteur

activateur actif

REPRIME

INDUIT Cas de la CRP associe au lAMPc

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rgulation de la transcription

CONTRLE POSITIF DE LA TRANSCRIPTION


REPRESSION

activateur actif corpresseur

activateur inactif

INDUIT

REPRIME

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rgulation de la transcription

En rsum
Contrle ngatif : le rpresseur inactive la transcription Contrle positif : l'activateur active la transcription Opron inductible : avec inducteur : activation de la transcription Opron rpressible : avec corpresseur : inhibition de la transcription

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Structure dun opron simple


Oprateur Terminateur +1 CDS 1 Promoteur RBS 1 RBS 2 CDS 2 CDS 3 RBS 3

ADN Transcription

Oprateur : contrle de la transcription ARNm Promoteur : fixation de lARN polymrase Traduction +1 : dbut de la transcription RBS (ribosome binding site) : fixation du ribosome CDS (coding sequence): squence codant pour une protine protines Terminateur : fin de la transcription

Opron lactose

Lopron lactose (chez E. coli) un exemple dopron inductible ngativement & positivement rgul

lactose : disaccharide pouvant tre utilis comme source de carbone unique pour la croissance dE. coli.

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Opron lactose

Lopron lac : organisation

1040 pb

3510 pb

780 pb

825 pb

3 gnes structuraux: z, y & a - codant pour les enzymes impliques dans le mtabolisme du lactose - sont exprims continuellement faible taux - sont induits environ 1000 fois quand le lactose est prsent - sont moduls par le taux de glucose du milieu
laci : un gne adjacent nappartenant pas lopron, codant pour le rpresseur lac

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Opron lactose

Lactose Lactose Glucose Galactose Galactose-1P

Glucose Glucose-6P glycolyse

Glucose-1P

Croissance dE. coli sur un mlange de glucose et lactose

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Opron lactose

Les enzymes du mtabolisme du lactose sont inductibles


Cintique dinduction de lactivit -galactosidase chez E. coli
(daprs Cohn, M. J. Bacteriol. (1957) 21, 156)

ARNm

Temps (min) 2 8

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Les inducteurs de lopron lac

Opron lactose

Lactose, (substrate de lopron), converti en son isomre (par transglycosylation), lallolactose. Allolactose, inducteur naturel (ou inducteur physiologique, isomre du lactose). inducteur gratuit : induit lopron mais pas mtabolis. Par exemple : isopropylthiogalactoside (IPTG)
OH OH O HO OH O HO O

OH OH OH O O HO OH O HO OH OH

lactose
OH OH O CH3 HO OH S C H CH3

HO OH

OH

allolactose

IPTG ou isopropylthiogalactoside

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lacZ

Opron lactose

code lenzyme -galactosidase dont la forme active est un ttramre denviron 500kDa Raction catalyse : coupe les -galactosides et libre les sucres qui les constituent Exemple : le lactose est hydrolys en glucose et galactose
OH O HO OH OH O O HO OH O HO OH OH HO OH OH OH

-galactosidase +

glucose

H2O lactose

OH OH O HO OH

(OH) galactose

Equation de la raction catalyse par la -galactosidase

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organisation de lopron lac

Opron lactose

lacY
code la -galactoside permase, une protine de 30kDa lie la membrane (protine transmembranaire); elle transporte les -galactosides dans la cellule La lactose permase : - utilise le gradient de protons travers la membrane de la cellule bactrienne pour co-transporter H+ et le lactose (le gradient de protons rsulte du mtabolisme oxydatif) - prsente 2 tats conformationnels principaux : E-1 : caractris par un site de liaison de faible affinit pour le lactose, orient vers lintrieur de la cellule E-2 : caractris par un site de liaison haute affinit pour le lactose, orient vers lextrieur de la cellule.

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organisation de lopron lac

Opron lactose

lacA
code la -galactoside transactylase, une enzyme qui transfre un groupement actyle de lactyl-CoA aux -galactosides (comme lIPTG). Le mtabolisme du lactose ne ncessitant pas de thiogalactoside transactylase, le rle physiologique de cette enzyme demeure inconnu.

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Les mutants de lopron lac

Opron lactose

Analyse gntique de lopron


Quels sont les lments essentiels du systme de rgulation ?

La gntique a jou un rle dcisif dans la comprhension du fonctionnement de lopron lac.

OBJECTIFS - valuer les changements qui se produisent dans la spcificit de lun ou lautre des intervenants du systme en ralisant des MUTATIONS.

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Etude des mutants lac

Opron lactose

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Oprateur MUTANT Oc

Opron lactose

Le rpresseur ACTIF ne peut se fixer loprateur mutant Oc

lacI

promoteur/oprateur Oprateur MUTANT Oc

lacZ

lacY

lacA

Lopron est transcrit puis traduit

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Opron lactose

Le gne lacI- commande la synthse dun rpresseur dfectueux qui ne se fixe pas lADN.

lacI-

promoteur/oprateur

lacZ

lacY

lacA

Lopron est transcrit puis traduit

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Opron lactose

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Opron lactose

Le gne lacI- conduit la synthse dun rpresseur qui ne se fixe pas lADN.

lacIpromoteur/oprateur

lacZ

lacY

lacA

Le gne lacI+ conduit la synthse dun rpresseur de type sauvage qui se fixe loprateur

lacI+

Linducteur dplace le rpresseur de type sauvage de loprateur

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Opron lactose

Le gne lacIs conduit la synthse dun rpresseur qui ne peut fixer linducteur; il est donc fixer en permanence loprateur

lacIs
promoteur/oprateur

lacZ

lacY

lacA

lacI+

Le rpresseur de type sauvage ninfluence pas la liaison lADN du rpresseur lacIs

Les mutations non inductibles lacIs sont dominantes

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Opron lactose

RECAPITULATIF

mutations Oc
Les mutations de loprateur sont constitutives, car le promoteur est incapable de fixer la protine rpresseur; Ceci permet lARN polymrase davoir libre accs au promoteur. Les mutations Oc agissent en cis, car elles ne touchent que les gnes structuraux qui leur sont contigus.

mutations du type lacILes mutations qui inactivent le gne lacI entranent lexpression constitutive de lopron, car la protine du rpresseur mutant ne peut plus se fixer sur loprateur.

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