GENOMA FNGICO

90%: 10 Mb - 60 Mb

795 Mb

Fungi

Pneumocystis carinii f. sp. muris (6,5 Mb)

Scutellospora castanea (795 Mb)

105

106

107

108

109

1010

1011

1012

Pares de Base/Genoma haploide

Genoma Fngico
Tamao genmico 10 Mb a 60 Mb (90%)

Nivel de ploida

Haploide 1x Diploide 2x (36%) Poliploide 50x (Neottiella rutilans) Aneuploide

Topologa Cromosmica

Lineal
CEN

Elementos Extracromosmicos

Plsmidos Lineales/Circulares Transposones (Sc Ty) Partculas tipo virales (VLP)

Organizacin Genmica
Genoma Fngico
Saccharomyces cerevisiae

Genes codificantes copia nica (>70%)

ADN en ms de una copia (10-20%)

ADN espaciador

Secuencias funcionales

Secuencias con funcin desconocida

Familias de genes codificantes (y pseudogenes)

Secuencias funcionales no codificantes (TEL)

Repetidos en heterocromatina centromrica

Repetidos en tandem de nmero variable

Secuencias transpuestas

Familias de genes dispersas

Familias de genes en tandem (ADNr)

Transposones

Retrotransposones

Organizacin Cromosmica
TEL TEL CEN

Cromosomas Lineales Tamao cromosomas Secuencias CEN Secuencias ARS

Nmero variable (3 - 20) 100 12.000 Kb Centrmero (Sc 125 pb)

(AAWTWARTCACRTGATAWAWWT)

Secuencias de Replicacin Autnoma (1/20-40 Kb, 337 en Sc) Telmeros

Secuencias TEL

Los cromosomas en hongos, dado su pequeo tamao y a que normalmente no se compactan lo suficiente durante la mitosis o meiosis, por lo que son difciles de ver al microscopio ptico.

Gracias a una tcnica electrofortica especial, ha sido posible estudiarlos.

Cariotipo Electrofortico: PFGE

Separa molculas de ADN de alto peso molecular (>40 kb)

Justo en el rango de tamao de los cromosomas fngicos !

Electroforesis de Campo Pulsado

S. cerevisiae (245 kb 2,2 Mb)

N de Cromosomas Estimacin Tamao de cromosomas tamao genoma Mapeo Fsico (Hibridacin) Polimorfismo Cromosmico Rearreglos Cromosmicos

Cariotipo Electrofortico en Hongos

Organismo Tamao Genmico (Mb) 31 16-17 21-24,5 47 7-8 ND 13,5-14,5 14 Tamao Cromos. (Mb) 0,4-4,0 0,66-4,3 0,77-3,9 4-12,6 0,3-0,7 0,5->5,7 0,24-3,0 3,5-5,7 N Polimorfismo Cromos. Reportado (haploide) 10-15 8-9 12-13 7 14-16 >7 16 3 Si Si Si Si Si Si Si No?

Aspergillus nidulans Candida albicans Cryptococcus neoformans Neurospora crassa Pneumocystis carinii Histoplasma capsulatum S. cerevisiae S. pombe

GENOMAS SECUENCIADOS Organismo Saccharomyces cerevisiae Schizosaccharomyces pombe Candida albicans C. glabrata Cryptococcus neoformans Aspergillus nidulans A. fumigatus A. niger Ao 1997 2002 2004 2004 2005 2005 2005 2007 Mb 13,0 14,0 15,5 12,3 20,0 30,0 29,4 33,9

OTROS PROYECTOS GENMICOS Organismo Ao Pneumocystis carinii f. sp. carinii Pneumocystis carinii f. sp. hominis Mb 7,7

Organizacin Genmica
S. cerevisiae
Tamao Genmico N Cromosomas Contenido (G+C) Ploida ORFs Totales ORF verificados ORF no caracterizados ORF dudosos tRNA rRNA snRNA snoRNA ncRNA 13 Mb 16 (0.2-3.0 Mb) 40% n/2n 6575 4841 933 801 275 25 6 77 14

C. albicans
15,85 Mb 8 (1-4.3 Mb) 35% 2n 6176 1307 4689 180 126 4 5 1 2

Tamao de lo ORF de S. cerevisiae

En S. cerevisiae, los pptidos mas pequeos encontrados son las feromonas de apareamiento (11 y 13 AAs)

ORF: 100 a 4000 codones 28.4% de los ORF codifican para protenas o funciones conocidas 66% de los ORF corresponden a genes putativos 5.6% tienen funcin cuestionable

Funciones de los ORF de S. cerevisiae

En S. cerevisiae 2.200 (37,7%) genes de funcin desconocida

Clasificacin de genes en S. cerevisiae

(4-5% con un solo intrn, slo dos genes con dos intrones)

Genes codificantes de protenas en S. cerevisiae

Se estima que deben existir app un gen cada 2 Kb de DNA en el genoma de S.c. Menos del 5% de estos contiene un intrn (principalmente genes codificantes de protenas ribosomales). Slo dos genes tienen dos intrones (locus MAT y RPL6A una protena ribosomal). Schizosaccharomyces pombe tiene un 40% sus genes con intrones.

head-to-tail

tail-to-tail

head-to-head

Genes RNAr en S. cerevisiae

Genes organizados en tandem de unidades transcripcionales, sobre el Cromosoma XII (Cromosoma R en C. albicans). Cada unidad transcripcional codifica para los RNAr 28S - 5.8S - 18S.

En cambio los genes de protenas ribosomales se encuentran dispersos en el genoma. Cabe destacar que casi todos estos genes poseen una secuencia intrn en su extremo-5.

Genes RNAt en S. cerevisiae

Se han identificados 275 genes que codifican para los RNAt. De estos, el 21% posee intrones.

Secuencias repetidas en S. cerevisiae

El genoma de S. cerevisiae posee pocas secuencias repetidas. En las regiones subtelomricas de ambos extremos del Cromosoma I, se encuentran 30 Kb conteniendo genes similares y un repetido de 15 Kb. Adems de los elementos Ty, es en el Cromosoma XII donde encontramos secuencias que contribuyen ms a la repetibilidad del genoma de S. cerevisiae. Aqu se encuentran los genes para los RNAr.

Regiones homlogas en cluster de S. cerevisiae

Representan entre un 30 a un 40% de la redundancia del genoma