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®
API / ID 32
Mise à jour de la
base de données
API® / ID 32
Brochure
d'information
technique pour le
logiciel
161150 – 745 – fr – A – 2016‐03— 161150 ‐ 745
d'identification
FR
Informations générales
Détruire les copies précédentes de ce manuel si nécessaire.
Propriété intellectuelle
BIOMERIEUX, le logo BIOMERIEUX, API, API 20 E, ATB et RAPID 20E sont des
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de ses filiales ou à l’une de ses sociétés.
© 2016 bioMérieux SA
bioMérieux SA 673 620 399 RCS Lyon
Table des matières
1. Description ................................................................................................................................. 1
2. Base de données ....................................................................................................................... 2
Résumé des changements ................................................................................................................ 2
Rappels .............................................................................................................................................. 2
3. Liste des taxons ......................................................................................................................... 3
4. Liste des tests complémentaires .............................................................................................. 21
5. Liste des notes ......................................................................................................................... 29
6. Description de la Base de connaissances ............................................................................... 34
API 20 E™ ........................................................................................................................................ 34
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 34
Performances (souches sélectionnées en 2012) ......................................................................... 36
Limites du test .............................................................................................................................. 36
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 36
RapiD 20 E™ ................................................................................................................................... 37
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 37
Performances ............................................................................................................................... 38
Limites du test .............................................................................................................................. 38
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 38
API® 10 S.......................................................................................................................................... 39
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 39
Performances (souches sélectionnées en 2012) ......................................................................... 39
Limites du test .............................................................................................................................. 40
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 40
API® 20 NE ....................................................................................................................................... 41
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 41
Performances (souches sélectionnées en 2012) ......................................................................... 42
Limites du test .............................................................................................................................. 42
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 42
API® Staph........................................................................................................................................ 43
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 43
Performances (souches sélectionnées en 2012) ......................................................................... 43
Limites du test .............................................................................................................................. 43
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 43
API® 20 Strep ................................................................................................................................... 44
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 44
Performances (souches sélectionnées en 2012) ......................................................................... 46
Limites du test .............................................................................................................................. 46
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 46
API® 20 C AUX ................................................................................................................................. 47
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 47
Performances (souches sélectionnées en 2012) ......................................................................... 48
Limites du test .............................................................................................................................. 48
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 48
API® Candida ................................................................................................................................... 49
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 49
Performances ............................................................................................................................... 49
Limites du test .............................................................................................................................. 49
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 49
API® 20 A.......................................................................................................................................... 50
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 50
Performances (souches sélectionnées en 2012) ......................................................................... 52
Limites du test .............................................................................................................................. 52
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 52
API® Coryne ..................................................................................................................................... 53
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 53
Performances (souches sélectionnées en 2012) ......................................................................... 53
Limites du test .............................................................................................................................. 54
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 54
API® Campy ..................................................................................................................................... 55
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 55
Performances (souches sélectionnées en 2012) ......................................................................... 55
Limites du test .............................................................................................................................. 55
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 55
API® Listeria ..................................................................................................................................... 56
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 56
Performances (souches sélectionnées en 2012) ......................................................................... 56
Limites du test .............................................................................................................................. 56
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 56
API® NH ............................................................................................................................................ 57
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 57
Performances (souches sélectionnées en 2012) ......................................................................... 58
Limites du test .............................................................................................................................. 58
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 58
API® 50 CHB .................................................................................................................................... 59
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 59
Performances ............................................................................................................................... 59
Limites du test .............................................................................................................................. 59
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 59
API® 50 CHE .................................................................................................................................... 60
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 60
Performances ............................................................................................................................... 61
Limites du test .............................................................................................................................. 61
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 61
API® 50 CHL ..................................................................................................................................... 62
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 62
Performances ............................................................................................................................... 62
Limites du test .............................................................................................................................. 63
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 63
ID 32 E ............................................................................................................................................. 64
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 64
Performances (souches sélectionnées en 2012) ......................................................................... 66
Limites du test .............................................................................................................................. 66
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 66
rapid ID 32 E .................................................................................................................................... 67
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 67
Performances (souches sélectionnées en 2012) ......................................................................... 68
Limites du test .............................................................................................................................. 68
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 68
ID 32 STAPH .................................................................................................................................... 69
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 69
Performances (souches sélectionnées en 2012) ......................................................................... 69
Limites du test .............................................................................................................................. 70
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 70
rapid ID 32 STREP ........................................................................................................................... 71
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 71
Performances (souches sélectionnées en 2012) ......................................................................... 73
Limites du test .............................................................................................................................. 73
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 73
ID 32 C ............................................................................................................................................. 74
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 74
Performances (souches sélectionnées en 2012) ......................................................................... 75
Limites du test .............................................................................................................................. 75
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 75
rapid ID 32 A .................................................................................................................................... 76
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 76
Performances ............................................................................................................................... 77
Limites du test .............................................................................................................................. 77
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 77
ID 32 GN .......................................................................................................................................... 78
Modifications du contenu de la Base de connaissances ............................................................. 78
Performances ............................................................................................................................... 79
Limites du test .............................................................................................................................. 79
Tableau d'identification (en %) .................................................................................................... 79
7. Identification / méthodologies simplifiées ................................................................................. 80
Identification manuelle...................................................................................................................... 80
Réactifs à commander ................................................................................................................. 81
Identification automatique ................................................................................................................ 82
8. Annexes ................................................................................................................................... 83
Annexe A : Bibliographie des tests complémentaires ...................................................................... 83
Annexe B : Levures .......................................................................................................................... 86
Annexe C : Tableau d'identification .................................................................................................. 88
API 20 E™ V5.0 ........................................................................................................................... 88
RapiD 20 E™ V3.2 ....................................................................................................................... 92
API® 10 S V4.0 ............................................................................................................................. 95
API® 20 NE V8.0 .......................................................................................................................... 97
API® Staph V5.0 .........................................................................................................................100
API® 20 Strep V8.0 .....................................................................................................................102
API® 20 C AUX V5.0 ..................................................................................................................104
API® Candida V2.2 .....................................................................................................................106
API® 20 A V5.0 ...........................................................................................................................107
API® Coryne V4.0 .......................................................................................................................109
API® Campy V3.0 .......................................................................................................................111
API® Listeria V2.0 .......................................................................................................................112
API® NH V4.0 .............................................................................................................................113
API® 50 CHB V4.1 ......................................................................................................................114
API® 50 CHE V3.2 ......................................................................................................................117
API® 50 CHL V5.2 ......................................................................................................................129
ID 32 E V4.0 ...............................................................................................................................135
rapid ID 32 E V4.0 ......................................................................................................................140
ID 32 STAPH V3.0 .....................................................................................................................144
rapid ID 32 STREP V4.0 ............................................................................................................146
ID 32 C V4.0 ...............................................................................................................................150
rapid ID 32 A V3.3 ......................................................................................................................153
ID 32 GN V3.2 ............................................................................................................................157
Annexe D-1 : Tableau des équivalences des tests complémentaires ........................................... 162
Annexe D-2 : Tableau des équivalences des tests complémentaires ........................................... 171
Suite à cette mise à jour, les versions des bases de données ont été modifiées et sont
mentionnées dans le tableau du Chapitre 2 Base de données.
ID 32 E V 3.0 V 4.0 X - X X
Rapid ID 32
V 3.0 V 4.0 X X X X
STREP
ID 32 C V 3.0 V 4.0 X X X X
ID 32 GN V 3.1 V 3.2 X - - -
Rappels
Soit Vx.y la version d'une base de données :
Veuillez consulter l'Annexe D-1 (anglais, français, chinois, danois, allemand, grec,
hongrois, italien) et l'Annexe D-2 (japonais, coréen, polonais, portugais, russe, espagnol,
suédois) pour les tableaux d'équivalence avec les abréviations traduites des tests
complémentaires disponibles dans le logiciel.
API® 20 A
αFUC alpha Fucosidase rapid ID 32 A test
rapid ID 32 A
αGAL alpha Galactosidase rapid ID 32 E rapid ID 32 E test
αMAL alpha Maltosidase ID 32 E ID 32 E test
API® 20 A rapid ID 32 A test
ßGAL bêta Galactosidase
API® Staph 19
API® Staph
ßGLU bêta Glucosidase ID 32 STAPH 19
API® 20 STREP
ßGP bêta Galactosidase 6 Phosphatase API® 20 A rapid ID 32 A test
API® Staph ID 32 STAPH test
ßGUR bêta Glucuronidase
ID 32 E ID 32 E test
α-HEM Hémolyse alpha API® 20 A 7, 19
API® 20 A 7, 19
ß-HEM Hémolyse bêta
rapid ID 32 STREP 19, 34, 35
ßMAN bêta Mannosidase rapid ID 32 STREP rapid ID 32 STREP test
RapiD 20 ETM
API® 20 NE
Résistance à l'agent vibriostatique API 20 E™
0/129 R 16
O/129 rapid ID 32 E
ID 32 E
ID 32 GN
rapid ID 32 STREP 17, 19, 34, 35
10 °C Test de croissance à 10 °C
API® 20 Strep 19, 34, 35
ID 32 STAPH
15 °C Test de croissance à 15 °C API® Staph 19
API® 50 CHL
25 °C Test de croissance à 25 °C API® Campy 3, 13, 20
30 °C Test de croissance à 30 °C ID 32 C 2
ID 32 C
37 °C Test de croissance à 37 °C API® 20 C AUX 2
API® Candida
40 % BILE Croissance en présence de 40 % de bile API® 20 Strep 19, 34, 35
40 °C Test de croissance à 40 °C ID 32 C 2
API 20 E™ 9, 10, 28
API® 20 NE 9, 10, 28
42 °C Test de croissance à 42 °C API® Coryne 9, 10
ID 32 E 9, 10
ID 32 GN 9, 10, 28
44 °C Test de croissance à 44 °C API® 20 NE 4
API® 50 CHL 19
45 °C Test de croissance à 45 °C API® 20 Strep 19, 34, 35
rapid ID 32 STREP 17, 19, 34, 35
5KG 5-céto-gluconate API 20 E™ 28
ACTIDION.R Résistance à la cycloheximide API® 20 C AUX 2
rapid ID 32 E API 20 E™ Test
ADH Arginine dihydrolase API® 50 CHB API 20 E™ Test
API® 20 A rapid ID 32 A Test
API 20 E™ 5
ADONITOL Adonitol (acidification) ID 32 E ID 32 E test
ID 32 GN 5
ADONITOLa Adonitol (assimilation) ID 32 C 2
AEROBIC Gr Croissance en aérobiose API® Campy 3, 13, 20
Test de croissance sur gélose nutritive à
AGAR 35 °C API® NH 1
35 °C
Croissance en anaérobiose avec
ANA+TMAO API® Campy 3, 13, 20
triméthylamine N-oxyde (à 1 %)
ANAEROB.Gr Croissance en anaérobiose API® Campy 3, 13, 20
rapid ID 32 STREP rapid ID 32 STREP test
lARABINOSE L‐Arabinose (acidification)
rapid ID 32 A 7, 14, 19
RapiD 20 ETM
dARABITOL D‐Arabitol (acidification) rapid ID 32 E 5
rapid ID 32 STREP
ARBUTINa Arbutine (assimilation) ID 32 C 2
rapid ID 32 STREP 11, 17, 19
ARBUTIN Arbutine (acidification)
API® 20 Strep 19, 28
ArgA Arginine‐arylamidase API® Staph ID 32 STAPH test
ARTS Arthrospores API® Candida 21, 2
rapid ID 32 E
API 20 E™
ASCORBATE ASCORBATE (acidification) 12
RapiD 20 ETM
ID 32 GN
AspA L‐Aspartate arylamidase ID 32 E ID 32 E test
lASNa L‐Asparagine (assimilation) API® Coryne 24
CADAVER.a Cadavérine (assimilation) ID 32 C 2
rapid ID 32 STREP 19, 34, 35
CAMP(S.au) CAMP test à Staphylococcus aureus API® 20 Strep 19, 34, 35
API® Coryne 15
CASEINhyd. Caséine (hydrolyse) API® Coryne 19, 25, 30
rapid ID 32 A
API® 50 CHL
CATALASE Catalase 19
ID 32 STAPH
API® NH
CDEX Cyclodextrine (acidification) rapid ID 32 STREP rapid ID 32 STREP test
API® 20 NE 10
rapid ID 32 A 19
API 20 E™ 5
dCELLOBIO. D‐Cellobiose (acidification)
ID 32 E ID 32 E test
ID 32 STAPH ID 32 STAPH test
ID 32 GN 5, 10
CFTR R Résistance à la céfalotine API® Campy 3, 13, 20
CHEESE SM. Odeur de fromage API® Coryne 30
CHLS Chlamydospores API® Candida 21, 2
CITRATE Citrate (utilisation) API® 50 CHB API 20 E™ test
CITRATEa Citrate (assimilation) ID 32 C 2
rapid ID 32 A
COAGULASE Coagulase API® Staph 19
ID 32 STAPH
rapid ID 32 A
COCCI Cocci API® Staph 19
API® 20 Strep
COL.>1mm Diamètre des colonies > 1mm API® Coryne 19, 23, 26, 27, 30, 31
ID 32 STAPH
COL.>5mm Diamètre des colonies > 5 mm 19
API® Staph
rapid ID 32 STREP 11, 19, 34, 35
DEXTRAN Production de dextrane
API® 20 Strep 19, 34, 35
RapiD 20 ETM 5
rapid ID 32 E 5
DésoxyriboNucleAse (Production de API 20 E™ 5
DNAse
DNase) API® 20 NE 9
ID 32 E 12
ID 32 GN 5
API® Staph
DNAse H.ST DNase thermostable 19
ID 32 STAPH
rapid ID 32 E 5
DULCITOL Dulcitol (acidification)
ID 32 E 12
ERYTHRITa Érythritol (assimilation) API® 20 C AUX 2
API® 20 C AUX ID 32 C test
ID 32 C ID 32 C test
API 20 E™ 5
ESC (HYD.) Esculine (hydrolyse) rapid ID 32 A 19
ID 32 E 12, 38
API® 20 NE API® 20 NE test
ID 32 GN 5
rapid ID 32 A
dFRUCTOSE Fructose (acidification) 19
API® Coryne
API® 20 NE
dFRUCTOSEa Fructose (assimilation) 10
ID 32 GN
ID 32 STAPH
dGALACTOSE Galactose (acidification) 19
API® Staph
GDC Glutamate décarboxylase rapid ID 32 A rapid ID 32 A test
rapid ID 32 A 19
GELATINE Hydrolyse de la gélatine
API® 50 CHB API 20 E™ test
GGA Acide glutamyl-glutamique Arylamidase rapid ID 32 A rapid ID 32 A test
API® 20 C AUX 2
GLN Glucosamine (assimilation)
ID 32 C ID 32 C test
rapid ID 32 A 19
dGLUCOSE D‐Glucose (acidification)
ID 32 C ID 32 C test
dGLUCOSEa D‐Glucose (assimilation) API 20 E™ 9
Pour le détail des modifications des notes, se référer au chapitre 6 Description de la Base de connaissances.
rapid ID 32 STREP
API® 20 C AUX
API® 20 Strep
API® Candida
rapid ID 32 A
RapiD 20 ETM
rapid ID 32 E
API® Listeria
ID 32 STAPH
API® 50 CHE
API® Coryne
API® 50 CHB
API® 50 CHL
API® Campy
API® 20 NE
API® Staph
API 20 E™
API® 20 A
API® 10 S
ID 32 GN
API® NH
ID 32 C
ID 32 E
Notes
rapid ID 32 STREP
API® 20 C AUX
API® 20 Strep
API® Candida
rapid ID 32 A
RapiD 20 ETM
rapid ID 32 E
API® Listeria
ID 32 STAPH
API® 50 CHE
API® Coryne
API® 50 CHB
API® 50 CHL
API® Campy
API® 20 NE
API® Staph
API 20 E™
API® 20 A
API® 10 S
ID 32 GN
API® NH
ID 32 C
ID 32 E
Notes
rapid ID 32 STREP
API® 20 C AUX
API® 20 Strep
API® Candida
rapid ID 32 A
RapiD 20 ETM
rapid ID 32 E
API® Listeria
ID 32 STAPH
API® 50 CHE
API® Coryne
API® 50 CHB
API® 50 CHL
API® Campy
API® 20 NE
API® Staph
API 20 E™
API® 20 A
API® 10 S
ID 32 GN
API® NH
ID 32 C
ID 32 E
Notes
rapid ID 32 STREP
API® 20 C AUX
API® 20 Strep
API® Candida
rapid ID 32 A
RapiD 20 ETM
rapid ID 32 E
API® Listeria
ID 32 STAPH
API® 50 CHE
API® Coryne
API® 50 CHB
API® 50 CHL
API® Campy
API® 20 NE
API® Staph
API 20 E™
API® 20 A
API® 10 S
ID 32 GN
API® NH
ID 32 C
ID 32 E
Notes
Possibilité de Pseudo.pseudomallei X
Possibilité de R.planticola ou R.terrigena X
Possibilité de Raoultella planticola X X X
Possibilité de Raoultella terrigena X
Possibilité de Rhodococcus equi X
rapid ID 32 STREP
API® 20 C AUX
API® 20 Strep
API® Candida
rapid ID 32 A
RapiD 20 ETM
rapid ID 32 E
API® Listeria
ID 32 STAPH
API® 50 CHE
API® Coryne
API® 50 CHB
API® 50 CHL
API® Campy
API® 20 NE
API® Staph
API 20 E™
API® 20 A
API® 10 S
ID 32 GN
API® NH
ID 32 C
ID 32 E
Notes
API 20 E™
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Modification
Références
API 20 E™ V4.1 (Ancienne) API 20 E™ V5.0 (Nouvelle) bibliographiques
(ci-dessous)
Chryseobacterium meningosepticum Elizabethkingia meningosepticum #1
Bibliographie
- 86,2 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 8,1 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 5,6 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système API 20 E™ est destiné à l'identification des Enterobacteriaceae et des
bacilles à Gram négatif non fastidieux présents dans la base de données et à eux seuls.
Il ne peut être utilisé pour identifier d'autres microorganismes ou exclure leur présence.
Des discordances par rapport aux méthodes conventionnelles peuvent être observées.
Elles sont dues aux différences de principe des réactions utilisées en technique API®.
Des écarts de pourcentages peuvent également être observés et s'expliquent par des
variations de substrat.
Pour certaines espèces (ex. Klebsiella ou Proteus), des réactions du test glucose
initialement positives peuvent parfois devenir négatives (apparition d'une coloration bleu-
vert). Dans ce cas, cette réaction doit être considérée comme négative. Les
pourcentages indiqués dans le Tableau d'Identification prennent en compte ce genre de
phénomène.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être
utilisées.
RapiD 20 E™
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Modification
Références
RapiD 20 E™ V3.1 (Ancienne) RapiD 20 E™ V3.2 (Nouvelle) bibliographiques
(ci-dessous)
Cronobacter sakazakii (espèce
associée au taxon Enterobacter
Enterobacter sakazakii #1
cloacae et identifiables à l'aide de
tests complémentaires)
Salmonella choleraesuis ssp choleraesuis Salmonella enterica ssp enterica
#2
Salmonella choleraesuis ssp arizonae Salmonella enterica ssp arizonae
Bibliographie
#1 : Cronobacter spp
IVERSEN (C.), MULLANE (N.), McCARDELL (B.), TALL (B.D.), LEHNER (A.), FANNING (S.), STEPHAN (R.) and
JOOSTEN (H.): Cronobacter gen. nov., a new genus to accommodate the biogroups of Enterobacter sakazakii,
and proposal of Cronobacter sakazakii gen. nov., comb. nov., Cronobacter malonaticus sp. nov., Cronobacter
turicensis sp. nov., Cronobacter muytjensii sp. nov., Cronobacter dublinensis sp. nov., Cronobacter
genomospecies 1, and of three subspecies, Cronobacter dublinensis subsp. dublinensis subsp. nov., Cronobacter
dublinensis subsp. lausannensis subsp. nov. and Cronobacter dublinensis subsp. lactaridi subsp. nov. Int. J. Syst.
Evol. Microbiol., 2008, 58, 1442-1447.
#2 : Salmonella spp
TINDALL (B.J.), GRIMONT (P.A.D.), GARRITY (G.M.) and EUZÉBY (J.P.): Nomenclature and taxonomy of the genus
Salmonella. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2005, 55, 521-524.
Pas de modification
Performances
Après 4 heures d'incubation, 2 365 souches de diverses origines et souches de collection
appartenant aux espèces de la base de données ont été testées :
- 95,52 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 2,75 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 1,73 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
La galerie RapiD 20 E™ s'applique à l'identification des Enterobacteriaceae. Quelques
autres bactéries à Gram négatif et oxydase positive ayant le double métabolisme oxydo-
fermentatif (aeromonas, Vibrio) donnent des résultats interprétables. D'une manière
générale, seules les bactéries à Gram négatif et oxydase négative devront être testées
sur cette galerie.
L'identification biochimique des Salmonella, Shigella ainsi que celle des Escherichia coli
responsables de gastroentérites devront être considérées comme présomptives et être
confirmées sérologiquement.
Une dérive de méthodologie (inoculum trop faible, tubes insuffisamment ou trop remplis)
peut conduire à des résultats faussement négatifs, pouvant générer des erreurs
d’identification.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être
utilisées.
API® 10 S
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Modification
Références
API® 10 S V3.1 (Ancienne) API® 10 S V4.0 (Nouvelle) bibliographiques
(ci-dessous)
Chryseobacterium meningosepticum Elizabethkingia meningoseptica #1
Bibliographie
- 84,6 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 11,2 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 4,2 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système API® 10 S est destiné à l’identification des Enterobacteriaceae et bacilles à
Gram négatif non fastidieux les plus fréquemment rencontrés dans des prélèvements sur
échantillons cliniques ou autres, et à eux seuls.
Des tests complémentaires sont parfois nécessaires pour séparer deux espèces. Pour
choisir l’une de ces espèces, il faudra tenir compte du contexte clinique ou autre, de
l’origine du prélèvement, des aspects micro et macroscopisques de la souche et
éventuellement des résultats d’autres tests, ainsi que des valeurs des pourcentages
d’identification ( % ID) et de l’indice de typicité (T) (Ex : pour un échantillon clinique, une
faible discrimination entre Escherichia coli et Serratia odorifera orientera vers Escherichia
coli, surtout si les % ID et valeur de l’indice T sont élevées et en faveur de cette espèce,
E. coli étant fréquent et S. odorifera très rare dans les échantillons cliniques). La galerie
API 20 E™peut être utilisée pour des identifications plus approfondies.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être
utilisées.
API® 20 NE
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Modification
Références
bibliographi
API® 20 NE V7.1 (Ancienne) API® 20 NE V8.0 (Nouvelle)
ques (ci-
dessous)
Mannheimia haemolytica / Pasteurella trehalosi Mannheimia haemolytica / Bibersteinia trehalosi
Bibliographie
# 2: Elizabethkingia meningoseptica
KIM (K.K.), KIM (M.K.), LIM (J.H.), PARK (H.Y.) and LEE (S.T.): Transfer of Chryseobacterium meningosepticum
and Chryseobacterium miricola to Elizabethkingia gen. nov. as Elizabethkingia meningoseptica comb. nov. and
Elizabethkingia miricola comb. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2005, 55, 1287-1293.
#5 : Pseudomonas oleovorans
SAHA (R.), SPRÖER (C.), BECK (B.) and BAGLEY (S.): Pseudomonas oleovorans subsp. lubricantis subsp. nov., and
reclassification of Pseudomonas pseudoalcaligenes ATCC 17440T as later synonym of Pseudomonas oleovorans
ATCC 8062T. Curr. Microbiol., 2010, 60, 294-300.
Type de
Notes Germes concernés
modification
Possibilité de Sphmon.trueperi ou
Ajout Sphingomonas paucimobilis
adhaesiva
- 87,4 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 4,3 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 8,3 % des souches ont été mal identifiées.
- 91,8 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 2,7 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 5,5 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système API® 20 NE est destiné à l'identification des bacilles à Gram négatif non
entérobactéries et non fastidieux présents dans la base de données et à eux seuls. Il ne
peut être utilisé pour identifier d'autres microorganismes ou exclure leur présence.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être utilisées.
API® Staph
Pas de modification
Pas de modification
- 88,6 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 4,6 % des souches n'ont pas été identifiées.
- 6,7 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système API® Staph est destiné à l'identification des espèces mentionnées dans la
base de données et à elles seules. Il ne peut être utilisé pour identifier d'autres
microorganismes ou exclure leur présence.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être
utilisées.
API® 20 Strep
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Modification
Références
bibliograph
API® 20 Strep V7.0 (Ancienne) API® 20 Strep V8.0 (Nouvelle)
iques (ci-
dessous)
Streptococcus salivarius Streptococcus salivarius ssp salivarius #1
Bibliographie
#3 : Streptococcus bovis
Streptococcus gallolyticus ssp gallolyticus
Streptococcus gallolyticus ssp pasteurianus
Streptococcus infantarius ssp coli
Streptococcus infantarius ssp infantarius
Streptococcus equinus
SCHLEGEL (L.), GRIMONT (F.), COLLINS (M.D.), RÉGNAULT (B.), GRIMONT (P.A.D.) and BOUVET (A.):
Streptococcus infantarius sp. nov., Streptococcus infantarius subsp. infantarius subsp. nov. and Streptococcus
infantarius subsp. coli subsp. nov., isolated from humans and food. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2000, 50, 1425-
1434. ASSOCIATE EDITOR, IJSB: Notification that new names and new combinations have appeared in volume
50, part 4, of the IJSEM. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2000, 50, 1701-1702.
POYART (C.), QUESNE (G.) and TRIEU-CUOT (P.): Taxonomic dissection of the Streptococcus bovis group by
analysis of manganese-dependent superoxide dismutase gene (sodA) sequences: reclassification of
'Streptococcus infantarius subsp. coli' as Streptococcus lutetiensis sp. nov. and of Streptococcus bovis biotype
II.2 as Streptococcus pasteurianus sp. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2002, 52, 1247-1255.
SCHLEGEL (L.), GRIMONT (F.), AGERON (E.), GRIMONT (P.A.D.) and BOUVET (A.): Reappraisal of the taxonomy
of the Streptococcus bovis/Streptococcus equinus complex and related species: description of Streptococcus
gallolyticus subsp. gallolyticus subsp. nov., S. gallolyticus subsp. macedonicus subsp. nov. and S. gallolyticus
subsp. pasteurianus subsp. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2003, 53, 631-645.
- 86,2 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 6,3 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 7,5 % des souches ont été mal identifiées.
- 93,3 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 3,4 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 3,2 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système API® 20 Strep est destiné à l'identification des espèces présentes dans la
base de données et à elles seules. Il ne peut être utilisé pour identifier d'autres
microorganismes ou exclure leur présence.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être
utilisées.
API® 20 C AUX
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Modification
Références
bibliographi
API® 20 C AUX V4.0 (Ancienne) API® 20 C AUX V5.0 (Nouvelle)
ques (ci-
dessous)
Geotricum capitatum Saprochaete capitata
#1 : Freydiere AM.: Yeast identification in the clinical microbiology laboratory: phenotypical methods.
Medical Mycology, 2001, Vol39, (1), p9-33
#2 : Budak A.: Epidemiology of Candida infection. II. Application of biochemical methods for typing of Candida
albicans strains.
Arch Immunol Ther Exp (Warsz).1990, Vol 38, (5-6), p369-77
- 90,4 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 5,3 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 4,2 % des souches ont été mal identifiées.
- 91,4 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 4,9 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 3,7 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système API® 20 C AUX est destiné à l'identification des levures présentes dans la
base de données et à elles seules. Il ne peut être utilisé pour identifier d'autres
microorganismes ou exclure leur présence.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être
utilisées.
API® Candida
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Modification
Références
bibliographiq
API® Candida V2.1 (Ancienne) API® Candida V2.2 (Nouvelle)
ues (ci-
dessous)
The species Geotrichum candidum and Saprochaete capitata were included in the taxon
Geotrichum spp. A note was added to enable the taxon name to be changed to
Geotrichum candidum.
Performances
646 souches de diverses origines et souches de collection appartenant aux espèces de
la base de données ont été testées :
- 97,99 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 0,46 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 1,55 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système API® Candida est destiné à l'identification des espèces de la base de
données et à elles seules. Il ne peut être utilisé pour identifier d'autres microorganismes
ou exclure leur présence.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être utilisées.
API® 20 A
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Modification
Références
bibliographiq
API® 20 A V4.0 (Ancienne) API® 20 A V5.0 (Nouvelle)
ues (ci-
dessous)
Bacteroides distasonis Parabacteroides distasonis #1
Ajout
Références
bibliographiq
API® 20 A V5.0 (Nouvelle)
ues (ci-
dessous)
Capnocytophaga spp (espèce associée au taxon Prev. melaninogenica/oralis identifiable par tests
#5
complémentaires)
Bibliographie
WINN (RE): Septic arthritis involving Capnocytophaga ochracea - Journal of Clinical Microbiology,
1984,19,4,538-540.
HAWKEY (PM): Capnocytophaga ochracea infection: two cases and a review of the published work - Journal
Clin Pathol, 1984,37,1066-1070.
TANNER (ACR): API® ZYM and API® an-ident reactions of fastidious oral Gram-negative species - Journal of
Clinical Microbiology, 1985,22,3,333-335.
RUMMENS (JL): Isolation of Capnocytophaga species with a new selective medium- Journal of Clinical
Microbiology, 1985,22,3,375-378.
YAMAMOTO (T): Capnocytophaga haemolytic asp. Nov. and Capnocytophaga granulosa sp. Nov., from human
dental plaque – International Journal of Systematic Bacteriology, 1994,44,2,324-329.
- 87,0 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 4,9 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 8,2 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système API® 20 A est destiné à l'identification biochimique des bactéries anaérobies
présentes dans la base de données et à elles seules. Il ne peut être utilisé pour identifier
d'autres microorganismes ou exclure leur présence.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être
utilisées.
API® Coryne
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Modification
Références
bibliographiq
API® Coryne V3.0 (Ancienne) API® Coryne V4.0 (Nouvelle)
ues (ci-
dessous)
Arcanobacterium pyogenes Trueperella pyogenes
#1
Arcanobacterium bernardiae Trueperella bernardiae
Bibliographie
#1: YASSIN (A.F.), HUPFER (H.), SIERING (C.) and SCHUMANN (P.): Comparative chemotaxonomic and
phylogenetic studies on the genus Arcanobacterium Collins et al. 1982 emend. Lehnen et al. 2006: proposal for
Trueperella gen. nov. and emended description of the genus Arcanobacterium. Int. J. Syst. Evol. Microbiol.,
2011, 61, 1265-1274.
- 93,4 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 3,7 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 2,9 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système API® Coryne est destiné à l'identification des bactéries corynéformes (genre
Corynebacterium et genres apparentés) présentes dans la base de données et à elles
seules. Il ne peut être utilisé pour identifier d'autres microorganismes ou exclure leur
présence. La base de données de ce produit concerne essentiellement les bactéries
corynéformes les plus souvent isolées des prélèvements cliniques.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être
utilisées.
Si C. diphtheriae est identifié, des tests toxogéniques doivent être réalisés afin de
déterminer si le microorganisme est pathogène.
API® Campy
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Modification
Références
API® Campy V2.1 (Ancienne) API® Campy V3.0 (Nouvelle) bibliographiques
(ci-dessous)
Campylobacter sputorum ssp bubulus Campylobacter sputorum bv Sputorum #1
Bibliographie
Pas de modification
- 93,2 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 3,2 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 3,7 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système API® Campy est destiné à l'identification des bactéries du genre
Campylobacter et à elles seules. Il ne peut être utilisé pour identifier d'autres
microorganismes ou exclure leur présence.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être
utilisées.
API® Listeria
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Pas de modification
- 98,6 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 0,5 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 0,9 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système API® Listeria est destiné à l'identification des bactéries du genre Listeria
présentes dans la base de données et à elles seules. Il ne peut être utilisé pour identifier
d'autres microorganismes ou exclure leur présence.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être
utilisées.
API® NH
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Modification
Références
API® NH V3.0 (Ancienne) API® NH V4.0 (Nouvelle) bibliographiques
(ci-dessous)
Haemophilus paragallinarum Avibacterium paragallinarum #1
Aggregatibacter actinomycetemcomitans
(espèce associée au taxon Aggregatibacter
Haemophilus actinomycetemcomitans
aphrophilus identifiable par tests
complémentaires) #2
Haemophilus aphrophilus
Aggregatibacter aphrophilus
Haemophilus paraphrophilus
Bibliographie
- 96,9 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 0,7 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 2,5 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système API® NH est destiné à l'identification des espèces de la base de données,
c'est-à-dire appartenant aux genres Neisseria, Haemophilus (et genres apparentés), et à
l'espèce Moraxella catarrhalis (Branhamella catarrhalis) et à elles seules. Il ne peut être
utilisé pour identifier d'autres microorganismes ou exclure leur présence.
Certaines espèces des genres Moraxella, Oligella peuvent être identifiées à tort comme
des Neisseria meningitidis du fait de leurs profils biochimiques similaires sur la galerie
API® NH. Les profils de Neisseria meningitidis nécessitent d'être confirmés par des tests
sérologiques.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être
utilisées.
API® 50 CHB
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Modification
Références
API® 50 CHB V4.0 (Ancienne) API® 50 CHB V4.1 (Nouvelle) bibliographiques
(ci-dessous)
Bacillus fusiformis Lysinibacillus fusiformis
#1
Bacillus sphaericus Lysinibacillus sphaericus
Ces deux espèces sont associées avec le taxon « Bacillus non réactif » identifiables par
tests complémentaires.
Bibliographie
Pas de modification
Performances
Pour Bacillus et apparentés, 1 378 souches de diverses origines et souches de collection
appartenant aux espèces de la base de données ont été testées :
- 91,1 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 3,9 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 5,0 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système API® 50 CHB est destiné à l'identification des espèces présentes dans la
base de données et à elles seules. Il ne peut être utilisé pour identifier d'autres
microorganismes ou exclure leur présence.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être utilisées.
API® 50 CHE
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Modification
Références
API® 50 CHE V3.1 (Ancienne) API® 50 CHE V3.2 (Nouvelle) bibliographiques
(ci-dessous)
Enterobacter intermedius Kluyvera intermedia #1
Bibliographie
Pas de modification
Performances
2 930 souches de diverses origines et souches de collection appartenant aux espèces de
la base de données ont été testées :
- 93,93 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 4,47 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 1,60 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système API® 50 CHE est destiné uniquement à l'identification des espèces présentes
dans la base de données. Il ne peut être utilisé pour identifier d'autres microorganismes
ou exclure leur présence.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être
utilisées.
API® 50 CHL
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Modification
Références
API® 50 CHL V5.1 (Ancienne) API® 50 CHL V5.2 (Nouvelle) bibliographiques
(ci-dessous)
Streptococcus thermophilus Streptococcus salivarius ssp thermophilus #1
Bibliographie
VALIDATION LIST N° 54. Int. J. Syst. Bacteriol., 1995, 45, 619-620. [SCHLEIFER (K.H.), EHRMANN (M.), KRUSCH
(U.) and NEVE (H.): Revival of the species Streptococcus thermophilus (ex Orla-Jensen, 1919) nom. rev. Syst.
Appl. Microbiol., 1991, 14, 386-388.]
Performances
944 souches de diverses origines et souches de collection appartenant aux espèces de
la base de données ont été testées :
- 81,36 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 6,99 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 11,65 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système API® 50 CHL est destiné à l'identification des espèces présentes dans la
base de données et à elles seules. Il ne peut être utilisé pour identifier d'autres
microorganismes ou exclure leur présence.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être
utilisées.
ID 32 E
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Modification
Références
ID 32 E V3.0 (Ancienne) ID 32 E V4.0 (Nouvelle) bibliographiques
(ci-dessous)
Chryseobacterium meningosepticum Elizabethkingia meningoseptica #1
Ajout
Références
ID 32 E V4.0 (Nouvelle) bibliographiques
(ci-dessous)
Pectobacterium atrosepticum
Pectobacterium carotovorum #5
Pectobacterium betavasculorum
Cronobacter dublinensis
Cronobacter malonaticus
Cronobacter muytjensii #6
Cronobacter sakazakii
Cronobacter turicensis
Suppression
ID 32 E V4.0 (Nouvelle)
Bibliographie
SPROER (C) : The phylogenetic position of Serratia, Buttiauxella and some other genera of the family
Enterobacteriaceae - International Journal of Systematic Bacteriology, 1999, 49, p1433-1438.
MERGAERT (J): Reclassification of non-pigmented Erwinia herbicola strains from trees as Erwinia billingiae sp.
nov. - International Journal of Systematic Bacteriology, 1999, 49, p377-383.
Pas de modification
- 94,5 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 3,2 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 2,3 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système ID 32 E est destiné à l'identification des espèces mentionnées dans la base
de données et à elles seules. Il ne peut être utilisé pour identifier d'autres
microorganismes ou exclure leur présence.
rapid ID 32 E
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Modification
Références
rapid ID 32 E V3.1 (Ancienne) rapid ID 32 E V4.0 (Nouvelle) bibliographiques
(ci-dessous)
Enterobacter intermedius Kluyvera intermedia #1
Ajout
Références
rapid ID 32 E V4.0 (Nouvelle) bibliographiques
(ci-dessous)
Pectobacterium atrosepticum
Pectobacterium carotovorum #3
Pectobacterium betavasculorum
Cronobacter dublinensis
Cronobacter malonaticus
Cronobacter muytjensii #4
Cronobacter sakazakii
Cronobacter turicensis
Suppression
Bibliographie
Pas de modification
- 91,8 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires)
- 5,5 % des souches n'ont pas été identifiées.
- 2,7 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système rapid ID 32 E est destiné à l'identification des espèces mentionnées dans la
base de données et à elles seules. Il ne peut être utilisé pour identifier d'autres
microorganismes ou exclure leur présence.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être
utilisées.
ID 32 STAPH
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Ajout
Références
ID 32 STAPH V3.0 (Nouvelle) bibliographiques
(ci-dessous)
Staphylococcus pseudintermedius (espèce associée au taxon Staphylococcus intermedius identifiable
#1
par tests complémentaires)
Bibliographie
#1Staphylococcus pseudintermedius :
VAN HOOVELS (L): The first case of Staphylococcus pseudintermedius in humans isolated from an ICD lead –
ESCMID, Nice, 2006,P1698
DEVRIESE (LA): Staphylococcus pseudintermedius sp. Nov., a coagulase-positive species from animals – IJSEM,
2005,55,1569-1573.
HAJEK (V): Staphylococcus intermedius, a new species isolated from animals – IJSB, 1976,26,401-408
- 90,9 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 5,9 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 3,2 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système ID 32 STAPH est destiné à l'identification des espèces mentionnées dans la
base de données et à elles seules. Il ne peut être utilisé pour identifier d'autres
microorganismes ou exclure leur présence.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être
utilisées.
rapid ID 32 STREP
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Modification
Références
rapid ID 32 STREP V3.0 (Ancienne) rapid ID 32 STREP V4.0 (Nouvelle) bibliographiques
(ci-dessous)
Streptococcus salivarius Streptococcus salivarius ssp salivarius #1
Bibliographie
#3 : Streptococcus bovis
Streptococcus gallolyticus ssp gallolyticus
Streptococcus gallolyticus ssp pasteurianus
Streptococcus infantarius ssp coli
Streptococcus infantarius ssp infantarius
Streptococcus equinus
SCHLEGEL (L.), GRIMONT (F.), COLLINS (M.D.), RÉGNAULT (B.), GRIMONT (P.A.D.) and BOUVET (A.):
Streptococcus infantarius sp. nov., Streptococcus infantarius subsp. infantarius subsp. nov. and Streptococcus
infantarius subsp. coli subsp. nov., isolated from humans and food. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2000, 50, 1425-
1434. ASSOCIATE EDITOR, IJSB: Notification that new names and new combinations have appeared in volume
50, part 4, of the IJSEM. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2000, 50, 1701-1702.
POYART (C.), QUESNE (G.) and TRIEU-CUOT (P.): Taxonomic dissection of the Streptococcus bovis group by
analysis of manganese-dependent superoxide dismutase gene (sodA) sequences: reclassification of
'Streptococcus infantarius subsp. coli' as Streptococcus lutetiensis sp. nov. and of Streptococcus bovis biotype
II.2 as Streptococcus pasteurianus sp. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2002, 52, 1247-1255.
SCHLEGEL (L.), GRIMONT (F.), AGERON (E.), GRIMONT (P.A.D.) and BOUVET (A.): Reappraisal of the taxonomy
of the Streptococcus bovis/Streptococcus equinus complex and related species: description of Streptococcus
gallolyticus subsp. gallolyticus subsp. nov., S. gallolyticus subsp. macedonicus subsp. nov. and S. gallolyticus
subsp. pasteurianus subsp. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2003, 53, 631-645.
Ajout Str.dys.equisimilis
Confirmer par des tests sérologiques Str.pyogenes
Str.agalactiae
- 93,5 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 4,3 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 2,2 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système rapid ID 32 STREP est destiné à l'identification des espèces présentes dans
la base de données et à elles seules. Il ne peut être utilisé pour identifier d'autres
microorganismes ou exclure leur présence.
Les milieux géloses au sang, à base Schaedler, TSA ou Mueller Hinton ne doivent pas
être utilisés pour la subculture. En effet, ils modifient les réactions biochimiques obtenues
sur la galerie rapid ID 32 STREP.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être
utilisées.
ID 32 C
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Modification
Références
ID 32 C V3.0 (Ancienne) ID 32 C V4.0 (Nouvelle) bibliographiques
(ci-dessous)
Pichia farinosa Millerozyma farinosa
Ajout
Références
ID 32 C V4.0 (Nouvelle) bibliographiques
(ci-dessous)
Prototheca wickerhamii #4
#1: Freydiere AM.: Yeast identification in the clinical microbiology laboratory: phenotypical methods.
Medical Mycology, 2001, Vol39, (1), p9-33
#2: Budak A.: Epidemiology of Candida infection. II. Application of biochemical methods for typing of Candida
albicans strains. Arch Immunol Ther Exp (Warsz).1990, Vol 38, (5-6), p369-77
- 69,5 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 22,1 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 8,4 % des souches ont été mal identifiées.
- 89,2 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 7,4 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 3,4 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système ID 32 C est destiné à l'identification des levures contenues dans la base de
données et à elles seules. Il ne peut être utilisé pour identifier d'autres microorganismes
ou exclure leur présence.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être
utilisées.
rapid ID 32 A
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Modification
Références
Rapid ID 32 A V3.2 (Ancienne) Rapid ID 32 A V3.3 (Nouvelle) bibliographiques
(ci-dessous)
Bacteroides distasonis Parabacteroides distasonis
#1
Bacteroides merdae Parabacteroides merdae
Parvimonas micra #3
Micromonas micros
Propionibacterium propionicum #4
Propionibacterium propionicus
#5
Bacteroides capillosus Pseudoflavonifractor capillosus
Bibliographie
#3 : Parvimonas micra
TINDALL (B.J.) and EUZÉBY (J.P.): Proposal of Parvimonas gen. nov. and Quatrionicoccus gen. nov. as
replacements for the illegitimate, prokaryotic, generic names Micromonas Murdoch and Shah 2000 and
Quadricoccus Maszenan et al. 2002, respectively. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2006, 56, 2711-2713.
No modification
Performances
3 013 souches de diverses origines et souches de collection appartenant aux espèces de
la base de données ont été testées :
- 93,96 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 4,22 % des souches n'ont pas été identifiées,
- 1,83 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système rapid ID 32 A est destiné à l'identification des espèces mentionnées dans la
base de données et à elles seules. Il ne peut être utilisé pour identifier d'autres
microorganismes ou exclure leur présence.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être
utilisées.
ID 32 GN
Modifications du contenu de la Base de connaissances
Modification des taxons
Modification
Références
ID 32 GN V3.1 (Ancienne) ID 32 GN V3.2 (Nouvelle) bibliographiques
(ci-dessous)
#1
Chryseobacterium meningosepticum Elizabethkingia meningoseptica
#2
Enterobacter intermedius Kluyvera intermedia
Bibliographie
Pas de modification
Performances
3 028 souches de collection et souches de diverses origines appartenant aux espèces
présentes dans la base de données ont été testées :
- 91,61 % des souches ont été correctement identifiées (avec ou sans tests
complémentaires),
- 4,85 % des souches n'ont pas été identifiées.
- 3,53 % des souches ont été mal identifiées.
Limites du test
Le système ID 32 GN est destiné à l'identification des bacilles à Gram négatif présents
dans la base de données et à eux seuls. Il ne peut être utilisé pour identifier aucun autre
microorganisme ou pour exclure sa présence.
Les bacilles à Gram négatif, non fermentants, isolés à partir de patients présentant une
mucoviscidose peuvent générer des profils biochimiques atypiques susceptibles
d'affecter leur identification.
Seules des cultures pures contenant un seul type de microorganisme doivent être
utilisées.
Identification manuelle
RapiD 20 ETM 20701 Entérobactéries 2 ml NaCl 0.85 % Medium 0.5 McF NA NA 37 °C 4h Aérobie
®
Entérobactéries et 5 ml NaCl 0.85 % Medium
API 10 S 10100 autres bacilles Gram ou 5 ml Suspension 1 colonie NA NA 37 °C 18-24h Aérobie
négatif non fastidieux Medium
Non-entérobactéries et ®
® API AUX
API 20 NE 20050 bacilles Gram négatif non 2 ml NaCl 0.85 % Medium 0.5 McF 200 µL 30 °C 24-48h Aérobie
Medium
fastidieux
® Genres Staphylococcus, ®
API Staph 20500 API Staph Medium 0.5 McF NA NA 37 °C 18-24h Aérobie
Kocuria, Micrococcus
®
®
API 20 Strep 20600 Streptococci 2 ml Suspension Medium 4 McF 500 µl API GP 37 °C 4h-24h Aérobie
Medium
®
®
API Coryne 20900 Bactéries corynéformes 3 ml Suspension Medium >6 McF 500 µl API GP 37 °C 24h Aérobie
Medium
®
API Listeria 10300 Listeria 2 ml Suspension Medium 1 McF NA NA 37 °C 24h Aérobie
®
API Candida 10500 Levures 2 ml NaCl 0.85 % Medium 3 McF NA NA 37 °C 18-24h Aérobie
®
2 ml NaCl 0.85 % Medium ®
®
Neisseria – Haemophilus
API NH 10400 et Branhamella catarrhalis 2 ml NaCl 0.85 % Medium 4 McF NA NA 37 °C 2h Aérobie
: API® ZYM n'est pas une galerie d'identification. Elle peut être utilisée comme test complémentaire afin de détermine l'activité enzymatique.
Réactifs à commander
®
®
®
®
®
®
®
®
®
®
RÉACTIFS COMPLÉMENTAIRES - chiffres = quantité recommandée de réactifs complémentaires pour
chaque coffret de galeries commandé.
X = produit
complémentaire
nécessaire.
Zn (2x10 g) X X X
VP 1
(2x2 ampoules) 1/8 1/8 1/8 1/8 1/20
VP 2
NIT 1
(2x2 ampoules) 1/8 1/4 1/8 1/8 1/20 1/20 1/20
NIT 2
ZYM A (2x1 ampoule) 1/8 1/8 1/20 1/5
ZYM B (2x1 ampoule) 1/8 1/8 1/20 1/5
NIN (2 ampoules) 1/4 1/4
BCP (1 ampoule) 1/2
EHR (1 ampoule) 1/2
XYL (2 ampoules) 1/8
James (2x1 ampoule) 1/8 1/8 1/4 1/8 1/20
FB (2x1 ampoule) 1/4
PYZ (2 ampoules) 1/20 X
SUSPENSION MEDIUM
Milieu NaCl à 0,85 % (5 ml) X 1/10
RÉACTIFS
COMPLÉMENTAIRES
Réactif oxydase X X X X X
®
Medium API OF X
®
Medium API M X
Huile de paraffine X X X X X X X X X X X X X
Portoir de 12 ampoules X X X X X X X X X X X X X X X X
PSIpettes stériles (5 ml) X X X X X X X X X X X X X X X X
Écouvillons X X X X X X X X
Standard Mc Farland X X X X X X X X X X X X
: pour la galerie API 20 E™, utiliser le coffret de réactifs complémentaires réf. 20120 (7 ampoules).
®
: API ZYM n'est pas une galerie d'identification. Elle peut être utilisée comme test complémentaire afin de détermine l'activité enzymatique.
Identification automatique
Suspension :
Inoculateur Volume Volume Temps Température
Galeries Microorganismes McFarland Milieu Atmosphère
3 ml transféré délivré d'incubation d'incubation
Manuel 2 ml
NaCl 0.85 %
rapid ID 32 E Entérobactéries 0.5 - - 55 µl x 32 4h 37 °C Aérobie
medium
Suspension 4
rapid ID 32 A Anaérobies - - 55 µl x 32 4h 37 °C Aérobie
medium (diode 30)*
Suspension 4
rapid ID 32 STREP Streptococci - - 55 µl x 32 4h 37 °C Aérobie
medium (diode 30)*
Entérobactéries NaCl 0.85 % Aérobie +
ID 32 E 0.5 - - 55 µl x 32 24 h 37 °C
Non-entérobactéries medium humidité
Suspension Aérobie +
ID 32 STAPH Staphylococci 0.5 - - 55 µl x 32 24 h 37 °C
medium humidité
Entérobactéries NaCl 0.85 % API AUX Aérobie +
®
Réactifs :
rapid ID 32 E: IND (James)
rapid ID 32 A: IND (James), NIT (NIT1 + NIT2), de PAL à Ser A (FB)
rapid ID 32 STREP: VP (VPA + VPB), de APPA à GTA (FB), HIP (NIN)
ID 32 E: IND (James)
ID 32 STAPH: NIT (NIT1 + NIT2), VP (VPA + VPB), from ßGAL to Pyr A (FB)
ID 32 GN: Pas de réactif
ID 32 C: Pas de réactif
* Pour le densitomètre ATB™ 1550
5. FARMER J.J. III, DAVIS B.R., HICKMAN-BRENNER F.W., McWHORTER A., HUNTLEY-CARTER G.P., ASBURY M.A.,
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containing the Subspecies Corynebacterium afermentans subsp. afermentans subsp. nov. and Corynebacterium
afermentans subsp. nov. lipophilum subsp. nov." (1993) Int. J. Syst. Bact. Vol.43, N°2, 287-292.
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Int. J. Syst. Bacteriol., Jan 1995; 45: 139 - 144.
Annexe B : Levures
Nom courant/Forme imparfaite/Forme parfaite/Autres dénominations
Taxon ONPG ADH LDC ODC CIT H2S URE TDA IND VP GEL GLU MAN INO SOR RHA SAC MEL AMY ARA OX
Taxon ONPG ADH LDC ODC CIT H2S URE TDA IND VP GEL GLU MAN INO SOR RHA SAC MEL AMY ARA OX
Ewingella americana 98 0 0 0 75 0 0 0 0 95 1 99 99 1 0 1 0 1 50 1 0
Hafnia alvei 1 75 1 99 98 50 0 10 0 0 50 0 99 99 0 1 99 0 1 25 99 0
Hafnia alvei 2 50 1 99 99 1 0 1 0 0 10 0 99 98 0 1 1 1 1 1 1 0
K.oxytoca 99 0 80 0 89 0 78 0 99 80 0 99 100 99 100 99 99 99 100 100 0
K.pneum.ozaenae 94 18 25 1 18 0 1 0 0 1 0 99 96 57 66 58 20 80 97 85 0
K.pneum.pneumoniae 1 99 1 73 0 86 0 90 0 0 90 0 99 99 99 99 99 99 99 99 99 0
K.pneum.pneumoniae 2 99 1 94 1 50 0 1 0 0 85 1 99 99 98 99 99 99 99 99 99 0
K.pneum.rhinosclero. 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99 100 90 90 75 75 1 99 10 0
Kluy.intermedia 99 0 0 99 1 0 0 0 0 2 0 100 97 0 88 99 40 100 99 99 0
Kluyvera spp 95 0 25 99 60 0 0 0 80 0 0 100 99 0 25 93 89 99 99 99 0
Lecl.adecarboxylata 99 0 0 0 0 0 1 0 99 0 1 100 99 0 2 100 66 99 99 100 0
Moell.wisconsensis 97 0 0 0 40 0 0 0 15 1 0 100 1 0 0 0 100 99 0 0 0
Morg.morganii 1 0 10 98 1 1 99 93 99 0 0 99 0 0 0 0 1 0 0 0 0
Pantoea spp 1 85 1 0 0 13 0 1 0 1 9 1 100 99 1 26 1 98 26 59 61 0
Pantoea spp 2 99 1 0 0 99 0 1 0 53 62 4 100 99 36 82 90 98 81 99 99 0
Pantoea spp 3 99 1 0 0 21 0 1 0 1 86 15 100 99 34 1 97 93 23 65 97 0
Pantoea spp 4 86 1 0 0 29 0 1 0 59 1 1 99 99 10 32 99 72 89 99 99 0
Proteus mirabilis 1 0 0 99 50 75 99 98 1 1 82 98 0 0 0 0 1 0 0 0 0
Proteus penneri 1 0 0 0 1 20 100 99 0 0 50 99 0 0 0 0 99 0 1 0 0
Proteus vulgaris gr. 1 0 0 1 12 83 99 99 92 1 74 99 1 1 0 1 89 0 66 1 0
Prov.alcal./rustig. 0 0 0 0 80 0 0 100 99 0 0 99 1 1 0 0 1 0 0 1 0
Prov.rettgeri 1 1 0 0 74 1 99 99 90 1 0 98 82 78 1 50 25 0 40 1 0
Prov.stuartii 1 0 0 0 85 1 30 98 95 1 0 98 3 80 0 0 15 0 1 0 0
Rahnella aquatilis 100 0 0 0 50 0 0 1 0 99 0 100 100 0 98 99 99 97 100 98 0
Raou.ornithinolytica 100 0 99 99 99 0 85 0 100 65 0 99 100 99 100 100 100 100 100 100 0
Salm.enter.arizonae 98 75 97 98 75 99 0 0 1 1 1 100 99 1 99 99 1 78 1 99 0
Salm.enter.enterica 0 15 99 99 6 64 0 0 0 1 0 100 99 0 98 99 0 20 0 0 0
Taxon ONPG ADH LDC ODC CIT H2S URE TDA IND VP GEL GLU MAN INO SOR RHA SAC MEL AMY ARA OX
Taxon ONPG ADH LDC ODC CIT H2S URE TDA IND VP GEL GLU MAN INO SOR RHA SAC MEL AMY ARA OX
V.cholerae 98 1 94 97 75 0 0 0 99 58 92 98 98 1 0 0 94 0 5 0 100
V.fluvialis 95 99 0 0 1 0 0 0 80 0 75 75 80 0 1 0 75 0 36 75 100
V.mimicus 99 0 99 99 50 0 0 0 99 1 99 99 99 0 0 0 0 0 0 0 100
V.parahaemolyticus 4 1 99 99 50 0 1 0 100 1 75 100 99 0 0 1 3 1 26 50 100
V.vulnificus 99 0 91 90 25 0 0 0 99 1 99 99 75 0 0 0 1 0 90 0 99
Past.aerogenes 99 0 0 80 0 0 99 0 0 1 0 99 0 97 0 1 99 0 0 75 75
Past.multocida 1 4 0 0 25 0 0 0 0 99 1 0 29 1 0 1 0 75 0 0 0 99
Past.multocida 2 7 0 0 45 0 0 0 0 99 1 0 44 99 0 99 0 99 0 0 0 89
Past.pne./Mann.haem. 60 0 1 10 0 0 25 0 15 7 3 35 12 12 12 1 35 1 2 1 80
Aci.baumannii/calco. 0 0 0 0 51 0 1 0 0 5 5 99 0 0 0 1 0 99 1 99 0
Bord./Alc./M.spp 0 0 0 0 52 0 14 1 0 25 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95
Burkhol.cepacia 50 0 25 16 78 0 0 0 0 1 43 60 1 0 0 0 13 0 7 20 90
Chromo.violaceum 0 99 0 0 75 0 0 0 14 0 99 99 0 0 0 0 10 0 0 0 99
Chryse.indologenes 5 0 0 0 12 0 90 0 75 1 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99
Eikenella corrodens 0 0 75 99 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100
Eliz.meningosept. 77 0 0 0 20 0 1 0 85 1 90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99
Myroides /Chrys.ind. 0 0 0 0 50 0 75 0 0 1 75 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99
Non-fermenter spp 1 1 0 0 37 0 1 0 0 15 9 9 0 0 0 1 1 1 1 1 93
Ochrobac.anthropi 15 0 0 0 30 0 25 1 0 15 0 1 0 0 0 0 0 0 0 10 90
Ps.aeruginosa 0 89 0 0 92 0 25 0 0 1 75 50 1 0 0 1 1 10 1 25 97
Ps.fluoresc./putida 0 75 0 0 75 0 0 0 0 10 27 25 1 0 0 1 1 25 1 20 99
Ps.luteola 86 75 0 0 94 0 0 0 0 25 13 84 0 1 0 1 1 15 1 85 0
Ps.oryzihabitans 0 0 0 0 89 0 0 0 0 25 1 10 0 1 1 1 0 10 0 45 0
S.putrefaciens gr. 0 0 0 80 75 75 1 0 0 0 75 1 0 0 0 0 1 0 0 2 99
Steno.maltophilia 70 0 75 1 75 1 0 0 0 0 90 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1
RapiD 20 E™ V3.2
Taxon ONPG LDC ODC URE CIT PPA MNT ESC ARA XYL ADO RHA CEL MEL SAC TRE RAF GLU IND VP OX
Aci./Pseudomonas spp 0 2 0 0 65 2 2 0 39 41 0 0 0 19 2 0 0 36 0 0 19
Aer.hydrophila 92 19 0 0 41 1 0 26 26 1 0 8 41 1 96 99 0 98 99 59 100
Buttiaux.agrestis 100 0 54 0 66 0 89 99 97 89 0 89 100 89 0 97 75 100 0 0 0
Cedecea spp 69 0 34 0 83 0 73 38 1 26 0 0 76 0 65 96 0 99 0 34 0
Citro.ama./farmeri 89 0 92 1 60 0 1 70 97 91 0 99 99 5 4 99 1 100 99 0 0
Citro.freundii group 86 0 30 0 50 0 10 4 92 94 1 88 24 62 60 97 46 100 1 0 0
Citro.koseri 96 0 99 0 99 0 75 53 96 94 99 99 94 0 38 99 0 100 99 0 0
Edwardsiel.hoshinae 0 100 100 0 3 0 33 0 3 0 0 0 0 0 99 100 0 100 85 0 0
Edwardsiel.tarda 0 100 100 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 99 0 0
Ent.aerogenes 100 99 99 1 95 0 90 99 99 99 99 98 99 85 99 99 98 100 0 94 0
Ent.asburiae 100 0 92 0 13 0 0 96 100 100 0 0 98 0 100 100 66 100 0 13 0
Ent.cancerogenus 100 1 55 1 97 0 99 70 100 98 0 98 55 1 5 100 1 100 0 96 0
Ent.cloacae 99 2 87 1 95 0 71 51 99 84 25 81 98 79 88 99 81 100 1 81 0
Ent.gergoviae 90 85 100 80 68 0 99 99 99 75 2 97 1 90 99 85 75 100 0 75 0
Esch.coli 1 96 82 57 3 0 0 1 2 79 66 7 70 2 59 30 76 23 100 91 0 0
Esch.coli 2 10 41 22 2 2 0 1 1 70 70 8 33 1 14 5 88 8 100 96 0 0
Esch.fergusonii 87 95 96 0 0 0 0 0 52 87 57 61 87 0 0 74 0 100 100 0 0
Esch.hermannii 75 0 100 0 25 0 0 14 100 87 0 87 99 0 1 99 0 100 100 0 0
Esch.vulneris 100 74 33 0 8 0 74 11 91 82 16 16 83 83 0 99 83 100 0 0 0
Ewingella americana 90 0 0 0 95 0 0 40 0 1 0 1 10 0 0 100 0 100 0 80 0
Grimontia hollisae 9 0 0 4 0 0 0 0 65 0 0 0 4 0 0 4 0 96 100 0 100
Hafnia alvei 25 98 93 1 5 0 35 24 46 26 0 19 1 1 5 95 1 100 0 15 0
K.oxytoca 100 98 1 58 73 0 46 99 99 95 93 97 100 99 100 98 100 100 100 94 0
K.pneum.ozaenae 95 23 1 1 65 0 3 88 67 62 95 35 55 75 10 88 66 99 0 1 0
K.pneum.pneumoniae 96 84 1 65 97 0 70 99 94 98 90 90 100 94 99 100 100 100 0 95 0
K.pneum.rhinosclero. 0 0 0 0 1 0 96 50 90 90 90 90 50 50 50 92 89 99 0 0 0
Taxon ONPG LDC ODC URE CIT PPA MNT ESC ARA XYL ADO RHA CEL MEL SAC TRE RAF GLU IND VP OX
Kluyvera spp 80 70 90 0 50 0 83 85 90 50 0 50 85 80 60 100 95 98 81 4 0
Lecl.adecarboxylata 100 0 0 0 27 0 99 100 100 100 79 99 100 100 55 98 58 98 98 0 0
Moell.wisconsensis 75 0 0 0 100 0 0 0 0 0 100 0 0 100 100 0 100 100 0 0 0
Morg.morganii 1 5 95 98 1 83 1 0 1 1 0 0 0 0 0 27 0 97 98 1 0
Pantoea spp 1 99 0 0 3 40 0 96 85 96 87 12 44 99 96 1 96 13 100 71 1 0
Pantoea spp 2 99 0 0 0 80 0 76 66 99 92 4 83 90 42 98 99 47 100 28 47 0
Pantoea spp 3 70 0 0 0 35 0 8 28 71 15 0 16 3 0 84 96 4 99 4 50 0
Photo.damselae 11 50 0 33 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 56 11 99 0 0 94
Plesio.shigelloides 100 100 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 99 0 99 100 0 100
Proteus mirabilis 0 2 96 98 44 99 1 6 1 24 0 1 1 0 1 85 1 98 1 15 0
Proteus penneri 1 0 0 100 0 100 0 0 0 4 0 0 0 0 75 2 1 83 0 0 0
Proteus vulgaris gr. 1 0 0 98 8 99 0 64 1 5 0 1 0 0 89 1 1 97 90 1 0
Prov.alcalifaciens 1 0 1 0 83 97 0 0 1 1 75 0 1 0 3 2 1 100 99 0 0
Prov.rettgeri 2 0 0 99 73 99 0 60 1 1 87 29 0 1 26 1 1 99 98 0 0
Prov.stuartii 2 0 0 34 67 96 0 5 1 1 1 0 1 0 13 96 1 98 83 0 0
Raou.ornithinolytica 100 88 100 45 100 0 100 100 100 100 88 99 91 100 100 100 100 100 100 55 0
Salm.Paratyphi A 0 0 91 0 11 0 0 0 99 11 0 98 0 7 0 99 0 100 0 0 0
Salm.Typhi 0 99 0 0 2 0 0 0 1 1 0 0 0 30 0 70 0 99 0 1 0
Salm.enter.arizonae 92 99 92 0 85 0 93 0 82 99 0 98 0 23 0 84 0 100 0 0 0
Salm.enter.enterica 0 99 92 0 7 0 0 0 8 39 0 69 0 5 0 28 0 100 0 0 0
Salmonella spp 2 99 99 0 83 0 1 0 93 69 0 92 2 53 3 94 2 100 1 0 0
Ser.ficaria 82 0 0 0 100 0 0 100 55 0 0 0 0 0 95 96 0 100 0 3 0
Ser.fonticola 100 75 99 1 40 0 98 99 90 51 97 55 1 98 20 99 98 100 0 1 0
Ser.liquefaciens 88 76 94 1 66 0 1 84 47 26 3 1 10 23 97 99 74 100 0 70 0
Ser.marcescens 57 98 99 1 82 2 0 83 0 2 25 0 0 1 96 99 2 100 1 72 0
Ser.odorifera 1 90 97 81 1 90 0 0 98 66 66 1 5 75 91 100 99 99 100 66 11 0
Ser.odorifera 2 90 97 5 0 90 0 0 5 66 66 1 5 15 60 0 99 11 100 66 60 0
Taxon ONPG LDC ODC URE CIT PPA MNT ESC ARA XYL ADO RHA CEL MEL SAC TRE RAF GLU IND VP OX
Ser.plymuthica 97 0 0 0 70 0 1 77 50 30 0 0 40 15 100 96 30 90 1 18 0
Ser.rubidaea 98 73 0 1 81 0 47 99 73 73 92 1 2 92 99 99 99 100 0 89 0
Shigella sonnei 82 0 99 0 0 0 0 0 99 6 0 65 0 1 0 99 2 100 0 0 0
Shigella spp 1 0 0 0 1 0 0 0 18 1 0 3 0 1 0 60 0 95 24 0 0
V.alginolyticus 1 1 0 0 1 0 0 7 0 0 0 0 1 0 98 92 0 82 92 0 98
V.cholerae 95 89 80 1 72 1 1 0 3 10 0 0 0 0 100 70 0 100 98 70 100
V.fluvialis 40 0 0 0 16 0 0 3 93 0 0 0 30 1 100 100 0 100 13 0 100
V.parahaemolyticus 0 2 2 4 14 40 0 0 84 0 0 0 0 0 0 99 0 100 99 0 100
V.vulnificus 73 2 1 1 13 13 0 5 1 0 0 0 73 1 7 80 1 73 73 0 100
Y.enterocolitica 65 0 77 85 1 0 0 31 40 30 0 1 31 1 70 61 7 98 41 1 0
Y.pestis 61 0 0 1 0 0 0 99 1 1 0 1 0 1 0 1 0 100 0 0 0
Y.pseudotuberculosis 61 0 0 99 1 0 0 98 1 1 0 10 1 1 0 1 1 98 0 0 0
API® 10 S V4.0
Taxon ONPG GLU ARA LDC ODC CIT H2S URE TDA IND OX NO2
Aci.baumannii 0 86 75 0 0 54 0 0 0 0 0 3
Aer.hydrophila 96 98 61 50 0 50 0 0 0 85 99 98
Chryse.indologenes 20 0 0 0 0 14 0 92 0 70 99 20
Citro.braakii 51 100 99 0 99 75 81 1 0 1 0 99
Citro.farmeri 98 100 99 0 100 0 0 0 0 100 0 99
Citro.freundii 90 100 94 0 0 75 65 1 0 1 0 98
Citro.koseri/ama. 97 100 95 0 86 87 0 2 0 92 0 99
Edwardsiel.tarda 0 99 1 99 100 1 94 0 0 99 0 99
Eliz.meningosept. 70 0 0 0 0 20 0 0 0 81 100 6
Ent.aerogenes 99 99 99 98 99 84 0 2 0 0 0 99
Ent.amnigenus 99 98 98 0 95 56 0 0 0 0 0 99
Ent.cloacae 99 99 99 1 93 94 0 1 0 0 0 99
Ent.sp/Ecoli/Shi.son 99 99 100 0 99 0 0 0 0 0 0 99
Esch.coli 1 76 95 80 98 56 1 3 4 0 70 0 99
Esch.coli 2 74 99 90 0 32 1 1 2 0 50 0 98
Esch.vulneris 100 99 99 15 0 0 0 4 0 0 0 99
Hafnia alvei 60 99 75 100 98 40 0 5 0 0 0 99
K.oxytoca 99 99 96 78 2 90 0 40 0 100 0 99
K.pneum.pneumoniae 99 99 99 72 0 90 0 60 0 0 1 99
Morg.morganii 2 97 1 5 96 2 1 99 91 97 0 88
Pantoea spp 1 100 100 80 0 0 28 0 0 1 0 0 85
Pantoea spp 2 96 100 99 0 0 68 0 0 0 100 0 85
Plesio.shigelloides 95 99 0 100 100 0 0 1 0 99 99 99
Proteus mirabilis 1 96 1 1 98 57 83 99 98 2 0 93
Proteus penneri 0 100 0 0 0 1 15 100 100 0 0 99
Proteus vulgaris gr. 0 97 1 0 1 31 83 98 99 94 0 99
Taxon ONPG GLU ARA LDC ODC CIT H2S URE TDA IND OX NO2
Prov.rettgeri 1 99 1 0 0 70 0 94 99 88 0 98
Prov.stuartii/alcal. 1 99 2 0 0 91 0 15 100 98 0 99
Ps.aer./fluo./putida 0 30 11 0 0 68 1 15 0 0 99 14
Pseudomonas spp 1 7 8 0 0 54 1 4 0 0 98 48
S.putrefaciens gr. 0 6 1 0 80 83 90 1 0 0 100 96
Salm.Gallinarum 0 100 100 100 1 0 33 0 0 0 0 99
Salm.Paratyphi A 0 100 99 0 100 0 5 0 0 0 0 99
Salm.Pullorum 0 100 68 75 99 0 85 0 0 0 0 99
Salm.Typhi 0 99 0 98 0 0 8 0 0 0 0 99
Salm.enter.arizonae 97 100 99 96 97 50 96 0 0 1 0 99
Salm.enter.enterica 0 99 0 97 97 4 70 0 0 0 1 99
Salmonella spp 4 100 94 92 95 74 85 0 0 3 0 99
Ser.liquefaciens 94 100 98 70 99 85 0 5 0 0 0 99
Ser.marcescens 94 100 19 98 95 97 0 28 0 1 0 95
Ser.odorifera 95 99 95 97 43 87 1 0 0 99 0 99
Shigella spp 26 99 40 0 0 0 0 0 0 20 0 99
Sphingo.multivorum 96 46 17 0 0 30 0 92 0 0 96 1
Steno.maltophilia 60 1 0 48 0 76 1 0 0 0 4 26
V.algino./parahae. 1 99 19 98 75 61 0 5 0 99 100 47
V.vuln./cholerae 97 98 1 82 92 56 0 1 0 99 100 96
Y.enterocolitica 1 41 100 98 0 74 0 0 98 0 49 0 98
Y.enterocolitica 2 85 97 0 0 58 0 0 99 0 0 0 98
Y.pseudotuberculosis 77 98 29 0 0 13 0 96 0 0 0 95
API® 20 NE V8.0
Taxon NO3 TRP GLU ADH URE ESC GEL PNPG GLUa ARAa MNEa MANa NAGa MALa GNTa CAPa ADIa MLTa CITa PACa OX
Achro.denitrificans 93 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 86 20 96 99 94 93 100
Achro.xylosoxidans 81 0 1 1 0 0 1 0 99 0 30 1 1 1 100 81 94 99 98 96 100
Aci.baumannii/calco. 2 0 8 0 1 1 1 0 67 70 1 1 1 1 20 98 80 100 99 87 0
Aci.haemolyticus 1 0 14 0 1 0 95 0 1 0 0 0 0 0 0 99 2 99 81 1 0
Aci.junii/johnsonii 1 0 0 0 1 0 0 0 24 8 2 0 0 0 0 99 4 95 70 0 0
Aci.lwoffii 3 0 0 0 2 0 0 0 11 1 0 1 1 0 0 70 20 46 1 36 0
Aci.radioresistens 2 2 0 2 0 0 0 0 19 2 0 0 2 0 0 97 100 2 2 97 0
Aer.hydro./caviae 99 89 99 78 1 89 97 98 99 80 78 99 99 99 95 84 1 99 37 1 99
Aer.salm.mas./achro. 100 21 9 0 0 2 33 0 66 0 33 50 2 21 2 0 0 2 0 0 100
Aer.salm.salmonicida 100 0 57 36 0 99 99 18 84 1 0 96 84 99 99 1 1 99 1 0 100
Aer.sobria 99 86 96 86 0 1 99 99 100 12 99 99 99 100 100 93 0 99 81 0 100
Alc.faecalis 1 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 3 77 7 100 97 97 98
Alc.faecalis 2 78 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 99 73 91 100 69 73 100
Bergeyella zoohelcum 0 1 0 0 99 0 74 0 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 99
Bord.avium 0 0 0 0 0 0 0 0 4 1 0 0 0 0 0 0 99 100 100 100 95
Bord.bronchiseptica 76 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 94 85 91 80 100
Brev.dim./O.urethr. 1 0 1 0 1 1 0 0 1 0 1 0 0 0 0 2 1 99 33 0 100
Brev.vesicularis 16 0 0 0 0 98 12 34 72 1 1 3 10 72 1 1 1 40 0 0 98
Burkhol.cepacia 39 0 24 1 1 46 70 72 100 75 99 96 99 8 97 99 93 100 99 99 91
Burkhol.pseudomallei 100 0 0 98 0 5 100 0 100 0 99 100 100 0 100 100 99 100 99 94 100
Chromo.violaceum 97 1 99 100 0 0 100 0 100 0 66 10 97 0 100 75 0 100 36 0 97
Chryse.indologenes 20 81 1 0 70 98 99 22 55 12 37 1 0 66 1 0 1 1 12 12 99
Com.testo./Ps.alcal. 75 0 0 6 4 0 4 1 11 3 3 4 1 2 42 55 38 87 32 3 98
Cup.pauculus 1 0 0 0 23 0 1 0 1 1 0 1 0 1 89 89 86 99 96 14 98
Delftia acidovorans 96 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 76 0 0 99 71 89 99 28 83 100
Eliz.meningosept. 0 83 1 0 5 99 95 93 86 1 80 76 70 61 0 0 1 0 25 0 99
Grimontia hollisae 100 100 31 0 0 0 0 3 10 67 68 0 24 1 41 0 0 94 0 1 100
Taxon NO3 TRP GLU ADH URE ESC GEL PNPG GLUa ARAa MNEa MANa NAGa MALa GNTa CAPa ADIa MLTa CITa PACa OX
M.lacunata 90 0 0 0 0 0 99 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 1 0 99
Mann.haem./Bib.treh. 95 0 2 0 0 2 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 85
Methylo.mesophilicum 21 0 0 0 76 0 0 0 21 40 0 0 1 0 7 0 5 75 8 0 99
Moraxella spp 34 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 1 0 0 1 17 1 0 1 1 99
Myroides spp 0 1 0 0 94 1 99 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 100
Ochrobac.anthropi 80 0 0 0 84 1 0 1 82 75 60 20 75 76 34 34 4 99 47 1 99
Oligella ureolytica 71 0 0 0 99 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 1 95 95 26 96
Past.aerogenes 100 0 97 0 100 0 0 100 99 75 97 1 80 99 97 0 0 95 0 0 77
Past.multocida 96 96 1 0 0 0 0 10 1 0 2 1 1 2 1 0 1 1 0 0 86
Past.pneumotropica 100 61 26 0 85 0 0 83 6 1 6 0 6 3 6 0 1 6 0 0 84
Pasteurella spp 96 1 2 2 1 1 1 4 19 1 1 1 1 1 1 0 1 13 1 0 87
Photo.damselae 99 0 94 99 99 2 1 11 11 0 6 0 1 6 1 0 0 63 0 0 100
Plesio.shigelloides 99 99 98 98 0 0 0 86 94 0 12 0 77 98 99 77 0 94 0 0 99
Ps.aeruginosa 96 1 0 80 20 1 92 1 99 1 1 89 84 1 97 98 91 98 99 1 98
Ps.fluorescens 27 1 0 80 1 1 39 1 99 71 97 89 85 1 99 99 10 99 99 16 99
Ps.luteola 78 0 13 71 1 100 30 98 99 99 99 88 12 76 85 62 1 94 94 1 2
Ps.mendocina 100 0 0 94 0 0 1 0 100 0 0 0 1 0 99 100 0 100 100 0 100
Ps.oryzihabitans 0 0 0 0 1 0 11 1 100 99 99 100 0 84 99 88 2 99 99 0 1
Ps.putida 3 0 1 88 1 0 1 1 99 56 57 5 2 1 97 99 1 100 99 58 99
Ps.stutzeri 94 1 0 1 1 0 1 0 98 1 10 67 0 75 87 87 1 99 85 1 100
Psychro.phenylpyr. 60 0 0 0 95 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 3 1 0 100
Ralst.pickettii 32 0 1 1 3 0 1 0 96 35 1 10 14 1 99 86 62 99 98 16 99
Rzb.radiobacter 98 0 0 0 65 99 1 99 100 99 100 100 99 99 90 2 0 100 1 1 99
S.putrefaciens gr. 96 0 1 0 1 71 95 0 6 11 0 0 95 10 1 71 1 90 2 0 100
Sphingo.multivorum 1 0 1 0 95 100 1 99 99 91 99 0 99 99 0 0 0 1 0 0 99
Sphingo.spiritivorum 0 0 0 0 1 100 0 100 100 1 99 10 99 99 0 0 1 0 0 0 99
Sphmon.paucimobilis 10 0 0 0 1 97 1 90 99 83 75 15 64 95 34 9 3 61 45 1 73
Steno.maltophilia 37 1 0 0 0 99 99 87 84 3 95 2 98 99 2 1 0 99 98 0 7
V.alginolyticus 98 93 93 0 0 65 91 10 76 1 18 75 57 74 76 1 0 99 1 0 99
Taxon NO3 TRP GLU ADH URE ESC GEL PNPG GLUa ARAa MNEa MANa NAGa MALa GNTa CAPa ADIa MLTa CITa PACa OX
V.cholerae 99 100 99 0 0 1 99 99 88 0 30 78 75 97 98 1 1 99 97 1 100
V.metschnikovii 1 50 64 1 0 7 99 50 99 0 71 99 99 99 99 17 0 99 50 0 0
V.parahaemolyticus 99 99 100 1 6 1 98 97 90 81 82 99 51 98 90 0 1 99 21 1 99
V.vulnificus 100 95 95 0 1 95 99 99 9 0 10 9 1 6 28 0 0 95 91 0 100
W.virosa/Emp.brevis 12 5 0 0 0 1 100 0 1 1 1 0 0 0 1 1 0 3 1 1 98
Kocuria varians/rosea 91 92 8 1 1 8 1 0 0 75 4 8 4 8 4 0 1 1 29 95
Kocuria kristinae 99 96 99 90 9 84 3 0 0 6 3 93 0 0 90 12 0 0 0 97
Micrococcus spp 2 4 0 1 0 1 0 0 0 8 15 1 0 0 1 0 1 11 11 91
Staph.auricularis 100 99 36 72 10 90 9 0 0 81 0 1 0 0 40 0 15 90 1 1
Staph.capitis 100 99 80 43 22 2 36 0 0 86 23 90 0 0 50 0 1 85 35 10
Staph.caprae 100 99 70 10 75 74 10 1 0 99 95 99 0 0 0 0 1 99 60 1
Staph.epidermidis 100 99 70 99 81 2 0 0 1 80 84 68 1 0 97 4 18 73 88 10
Staph.haemolyticus 99 75 5 99 80 91 60 0 1 78 15 57 0 0 98 13 83 85 1 1
Staph.hominis 98 94 41 97 50 86 28 0 1 82 27 70 1 0 97 4 50 43 84 1
Taxon GLU FRU MNE MAL LAC TRE MAN XLT MEL NIT PAL VP RAF XYL SAC MDG NAG ADH URE LSTR
Staph.lentus 100 100 100 100 100 100 100 7 99 92 21 57 100 99 100 28 100 0 1 1
Staph.saprophyticus 100 99 2 97 90 99 88 22 1 35 79 1 0 96 1 70 30 65 1
Staph.sciuri 99 99 99 99 70 93 98 0 0 83 67 30 0 16 95 7 68 0 0 1
Staph.warneri 99 99 50 98 19 96 70 0 0 23 16 90 0 0 99 0 6 77 97 1
ßGUR
αGAL
ßGAL
GLYG
PYRA
MAN
AMD
HEM
ADH
ARA
SOR
RAF
LAC
INU
LAP
TRE
PAL
ESC
HIP
RIB
VP
Taxon
ßGUR
αGAL
ßGAL
GLYG
PYRA
MAN
AMD
HEM
ADH
ARA
SOR
RAF
LAC
INU
LAP
TRE
PAL
ESC
HIP
RIB
VP
Taxon
Taxon 0 GLU GLY 2KG ARA XYL ADO XLT GAL INO SOR MDG NAG CEL LAC MAL SAC TRE MLZ RAF HYPH
Crypto.neoformans 0 100 0 100 14 91 71 1 93 97 100 99 88 10 0 99 99 75 97 88 25
Crypto.terreus 0 100 0 100 87 100 0 0 45 50 99 0 96 96 36 0 0 54 0 0 1
Crypto.uniguttulatus 0 100 3 99 99 99 3 0 1 99 50 99 100 0 0 100 100 75 100 7 25
G.klebahnii 0 100 100 0 0 92 0 0 75 0 88 0 0 0 0 0 0 0 0 0 92
Kloeckera spp 0 100 0 50 1 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 1
Kodamaea ohmeri 0 100 99 96 0 0 66 0 84 0 93 98 99 56 0 99 99 93 0 80 84
Pro.wickerhamii 0 100 100 0 0 0 0 0 55 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 1
Rhodo.glutinis 0 100 15 91 0 0 8 0 50 0 84 3 0 1 0 91 100 59 84 96 1
Rhodo.minuta 0 100 100 99 98 95 3 1 0 0 5 0 85 60 1 0 95 95 95 0 1
Rhodo.mucilaginosa 1 0 100 5 4 15 33 92 61 10 0 5 0 0 0 0 33 100 5 1 87 25
Rhodo.mucilaginosa 2 0 100 60 1 80 80 64 52 80 0 60 1 0 1 0 98 100 95 86 98 25
Saccharo.cerevisiae 1 0 100 8 0 0 0 0 0 78 0 1 13 0 0 0 75 90 2 1 62 30
Saccharo.cerevisiae 2 0 100 1 0 0 0 0 0 99 0 1 29 0 0 0 99 99 99 85 81 25
Sap.capitata 0 95 92 0 0 0 0 0 25 0 10 0 2 0 0 0 0 0 0 0 95
Sporo.salmonicolor 0 100 1 0 0 0 1 0 5 0 80 0 0 0 0 0 100 85 0 70 90
Tricho.asahii 0 100 20 100 100 100 0 5 100 0 1 94 100 100 100 100 98 66 20 0 95
Tricho.inkin 0 100 4 100 0 98 0 0 95 98 0 100 57 100 95 100 100 95 89 0 95
Tricho.mucoides 0 100 40 99 74 100 53 65 100 92 78 100 94 100 100 100 100 78 82 99 95
C.famata 100 70 96 93 1 1 0 1 0 0 0 5
C.krusei 100 5 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
C.parapsilosis 100 99 90 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Trichosporon spp 1 99 99 99 15 80 99 95 1 70 99 99 30
Trichosporon spp 2 85 50 1 1 1 99 75 1 9 80 99 20
API® 20 A V5.0
Taxon IND URE GLU MAN LAC SAC MAL SAL XYL ARA GEL ESC GLY CEL MNE MLZ RAF SOR RHA TRE CAT SPOR GRAM COCC
Actino.israelii 0 0 99 99 89 99 99 99 99 97 0 30 25 90 90 38 82 40 45 90 1 0 100 0
Actino.meyeri/odont. 1 0 99 1 72 98 93 31 62 37 5 5 50 0 0 0 10 1 15 0 2 0 100 1
Actino.naeslundii 0 5 99 26 72 96 94 55 0 0 16 21 47 50 70 5 60 16 0 46 11 0 99 0
Actino.viscosus 1 0 0 99 0 65 99 99 22 0 0 7 1 60 17 95 0 99 0 0 5 90 0 100 0
Actino.viscosus 2 0 0 60 0 0 60 0 5 0 0 0 0 0 0 60 0 0 0 0 0 80 0 100 0
Bac.caccae 0 0 100 0 100 100 75 0 100 100 0 90 10 0 100 25 100 0 60 70 0 0 0 0
Bac.fragilis 0 0 99 0 99 99 99 0 99 0 1 99 1 41 99 0 99 0 2 0 96 0 0 1
Bac.ovatus/thetaio. 80 1 99 7 99 99 99 28 99 99 3 95 1 65 99 23 99 2 99 83 65 0 0 0
Bac.ster./eggerthii 99 0 99 1 92 25 90 10 75 70 10 65 0 30 99 0 30 0 65 0 50 0 0 0
Bac.uniformis 91 0 99 0 99 99 95 97 99 95 3 99 0 99 99 1 98 0 42 1 9 0 0 0
Bac.vulgatus 0 0 99 0 99 98 98 0 99 92 5 23 1 8 99 0 94 0 77 3 2 1 0 1
Bifidobacterium spp 1 0 0 99 30 99 99 99 70 60 75 2 40 0 40 70 20 91 25 0 35 0 0 99 0
Bifidobacterium spp 2 0 0 99 99 99 99 99 99 90 80 1 75 45 99 99 85 100 75 50 99 0 0 99 0
Camp.ureolyticus 1 99 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0
Cl.baratii 0 0 99 8 75 99 80 99 0 0 0 75 54 99 99 0 0 8 8 8 0 99 99 0
Cl.beijer./butyricum 1 0 99 47 95 99 98 97 97 80 10 76 54 95 95 20 80 31 25 90 0 100 89 0
Cl.bifermentans 90 0 75 0 0 0 70 10 0 0 90 6 5 0 50 0 0 4 0 0 0 97 99 0
Cl.botulinum/sporo. 20 0 55 0 0 1 72 0 0 0 99 20 1 1 1 0 0 1 0 40 0 99 99 0
Cl.cadaveris 98 0 87 0 0 6 6 0 0 1 84 0 0 0 40 0 0 1 0 5 0 99 97 0
Cl.clostridioforme 0 0 90 0 77 99 99 88 91 94 5 75 1 77 99 75 94 1 86 88 25 75 75 0
Cl.difficile 0 0 99 80 0 0 0 20 5 0 44 30 1 5 66 83 0 5 1 5 0 98 99 0
Cl.histolyticum 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99 90 0
Cl.innocuum 0 0 99 99 0 46 0 99 5 15 1 45 1 99 99 4 1 0 0 25 0 99 99 0
Cl.paraputrificum 0 0 99 0 99 92 99 99 0 0 0 99 0 99 99 0 7 7 0 21 0 99 99 1
Cl.perfringens 0 0 99 2 95 95 99 1 0 0 99 4 54 4 99 0 16 10 0 76 1 84 99 0
Cl.ramosum 1 0 99 80 99 99 99 99 0 0 0 40 0 99 99 0 60 0 57 94 0 92 75 0
Taxon IND URE GLU MAN LAC SAC MAL SAL XYL ARA GEL ESC GLY CEL MNE MLZ RAF SOR RHA TRE CAT SPOR GRAM COCC
Cl.septicum 0 0 99 1 99 0 94 94 0 1 75 35 0 76 99 0 0 0 1 84 1 99 99 0
Cl.sordellii 99 99 95 0 0 0 90 0 0 0 95 0 0 1 4 0 0 4 0 0 0 99 99 0
Cl.tertium 0 0 99 99 99 99 99 99 70 0 0 35 0 99 99 62 0 1 0 85 0 99 99 0
Clostridium spp 10 1 1 0 0 0 1 0 0 0 90 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99 99 0
Collin.aerofaciens 0 0 100 0 99 90 90 75 0 0 0 40 0 75 99 0 0 0 0 70 0 0 100 0
Eggerthella lenta 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 60 0 100 0
Eubac.limosum 0 0 100 70 0 0 0 4 1 1 4 4 10 0 4 0 0 0 0 0 5 0 100 0
Fuso.mortiferum 1 0 99 0 0 70 15 75 5 0 5 25 25 25 75 0 75 0 0 23 3 0 0 0
Fuso.necro./nucleat. 94 0 1 0 1 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0
Fuso.varium 70 0 81 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 75 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Gem.morbillorum 0 0 100 8 5 90 100 8 0 0 0 5 0 5 100 0 5 5 0 20 0 0 100 99
Lacto.acid./jense. 0 0 99 3 80 99 96 99 1 0 3 75 8 99 99 5 15 5 3 90 0 0 100 0
Parab.distasonis 0 0 99 1 99 99 93 73 86 27 1 80 4 60 95 65 98 1 80 70 77 0 0 0
Peptoni.asacchar. 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 0 0 0 0 0 1 18 0 98 99
Peptostrepto.group 0 5 5 0 1 0 1 1 0 0 27 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 94 100
Por.asaccharolytica 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 3
Prev.bivia 1 0 99 1 99 0 99 1 1 1 50 0 80 0 99 0 0 0 1 0 0 0 0 1
Prev.interm./disiens 32 0 99 0 0 35 98 0 0 0 70 1 4 1 85 0 19 0 1 1 1 0 0 3
Prev.melani./oralis 0 0 97 1 97 83 97 31 2 1 20 51 18 53 97 1 89 0 12 4 0 0 0 1
Prop.acnes 67 0 97 20 1 5 0 0 0 0 69 0 97 0 97 0 0 10 0 1 89 0 100 1
Prop.granulosum 0 0 99 41 1 82 31 0 0 1 18 0 99 0 98 25 35 0 4 67 79 0 100 0
Prop.prop./avid. 0 0 92 50 50 73 80 0 2 5 40 0 45 0 50 2 75 0 1 30 30 0 82 0
Staph.saccharolytic. 0 25 87 0 5 0 0 0 0 5 0 5 75 0 75 0 0 0 5 5 99 0 100 100
Str.constellatus 0 0 100 0 22 100 100 100 0 0 0 22 0 33 100 0 0 0 0 66 0 0 100 100
Str.intermedius 0 0 99 20 99 99 99 95 0 0 0 75 0 90 99 6 26 0 0 99 0 0 100 100
Veillonella parvula 0 0 1 0 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 1 0 1 0 50 0 1 100
Taxon NIT PYZ PYRA PAL ßGUR ßGAL αGLU ßNAG ESC URE GEL 0 GLU RIB XYL MAN MAL LAC SAC GLYG CAT
Taxon NIT PYZ PYRA PAL ßGUR ßGAL αGLU ßNAG ESC URE GEL 0 GLU RIB XYL MAN MAL LAC SAC GLYG CAT
Taxon URE NIT EST HIP GGT TTC PyrA ArgA AspA PAL H2S GLUa SUT NAL CFZ ACE PROP MLTa CITa ERO CAT
Arco.cryaerophilus 20 82 68 0 0 42 0 0 0 82 0 0 57 5 1 76 35 6 0 0 99
Camp.coli 0 99 80 0 1 63 0 73 0 77 1 0 98 10 79 61 73 20 25 30 100
Camp.fetus fetus 1 97 26 0 1 54 0 55 0 14 0 0 98 78 35 71 3 55 7 2 100
Camp.fetus vener. 0 91 1 0 0 30 0 27 0 0 0 0 94 43 2 36 0 26 0 0 100
Camp.hyointestinalis 0 70 9 0 0 50 0 28 0 27 72 0 98 75 5 95 4 60 4 4 100
Camp.jejuni doylei 0 0 29 100 55 33 0 11 3 92 0 0 55 0 6 40 0 37 25 0 99
Camp.jejuni jejuni 1 0 98 68 91 0 43 10 4 1 81 0 1 91 4 84 47 2 84 33 1 99
Camp.jejuni jejuni 2 0 92 78 99 100 39 15 9 2 73 0 0 96 4 93 59 4 84 25 4 99
Camp.jejuni jejuni 3 0 100 100 1 0 0 0 0 0 99 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99
Camp.lari 0 84 5 0 21 18 0 65 1 9 13 0 6 3 1 2 0 2 1 0 100
Camp.lari UPTC 100 80 0 0 0 47 0 4 14 0 4 0 4 0 0 0 0 0 0 0 100
Camp.mucosalis 0 0 30 0 0 2 0 7 85 45 80 0 96 48 0 96 0 87 0 3 1
Camp.sput.Fecalis 0 99 45 0 1 75 0 37 90 15 99 0 99 45 0 99 1 82 0 2 99
Camp.sput.Sput. 0 72 20 0 0 60 0 1 72 4 88 0 52 20 4 44 0 32 0 0 1
Camp.upsaliensis 0 78 7 8 1 35 0 1 20 70 2 0 30 0 1 16 1 5 1 0 30
Helico.cinaedi 0 81 5 0 0 3 0 0 0 14 0 0 15 0 0 31 5 6 0 0 99
Helico.fennelliae 0 5 88 0 0 1 0 25 1 90 0 0 40 0 0 0 12 70 0 0 99
Helico.pylori 98 1 1 0 91 1 0 4 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99
Taxon DIM ESC αMAN DARL DXYL RHA MDG RIB G1P TAG
List.ivanovii 88 100 0 99 97 4 99 33 91 0
List.monocytogenes 0 100 98 97 0 98 99 0 5 0
List.seeligeri 97 100 5 99 99 0 99 0 0 0
API® NH V4.0
Taxon GLU FRU MAL SAC ODC URE LIP PAL ßGAL PRO GGT IND
Taxon MDM MDG NAG AMY ARB ESC SAL CEL MAL LAC MEL SAC TRE INU MLZ RAF AMD GLYG XLT GEN
Aneur.aneurinilytic. 9 0 9 9 9 9 9 9 9 33 9 33 9 0 0 9 0 0 0 9
B.anthracis 0 0 99 0 79 97 33 71 99 1 1 99 99 1 1 1 51 84 0 1
B.cereus 1 1 3 97 30 99 99 88 88 100 3 1 55 99 1 1 2 83 77 1 3
B.cereus 2 0 0 99 0 43 68 24 2 100 10 0 74 97 0 0 0 65 63 0 0
B.circulans 32 64 84 99 96 100 99 99 99 92 92 99 99 52 50 96 99 92 26 98
B.coagulans 4 66 100 71 76 83 76 76 100 66 100 95 98 1 1 61 95 23 0 61
B.firmus 0 2 63 1 4 55 1 11 92 1 1 77 58 1 0 1 48 3 0 1
B.lentus 1 35 82 65 82 98 75 75 98 82 55 82 82 25 30 75 75 55 0 50
B.licheniformis 1 99 62 99 99 100 99 99 100 44 26 99 99 50 1 44 99 87 1 60
B.megaterium 3 30 87 73 80 97 84 83 99 76 90 98 99 60 49 89 94 95 11 81
B.mycoides 0 1 99 12 80 77 80 31 98 20 1 57 98 1 1 1 99 99 0 0
B.pumilus 37 27 64 62 98 100 99 99 35 14 15 99 99 1 0 15 1 1 1 67
B.smithii 0 89 0 0 2 24 10 24 100 0 10 54 100 0 0 0 0 0 0 0
B.subtilis/B.amylol. 0 83 29 70 80 100 86 97 98 23 48 90 88 58 0 62 78 79 1 52
Bacillus non react. 1 1 24 1 1 19 1 1 5 2 1 6 5 2 1 1 1 1 1 1
Brevi.agri 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 0 0 0 0
Brevi.laterosporus 0 1 98 38 88 94 79 66 88 0 0 5 98 0 0 0 5 11 0 12
Brevi.non reactive 0 1 6 1 2 37 2 5 6 1 0 5 8 1 0 2 1 1 1 1
Geo.stearothermoph. 0 50 4 1 4 30 25 17 100 10 55 95 75 0 75 55 95 82 0 4
Geo.thermoglucosid. 0 63 73 31 31 89 42 63 100 0 10 73 100 0 1 10 52 0 0 31
Pae.alvei 0 50 96 71 87 100 87 50 100 0 50 40 28 0 0 40 50 28 0 40
Pae.amylolyticus 46 100 93 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 6 53 100 100 100 0 100
Pae.glucanolytic. 20 94 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 55 75 100 99 99 5 100
Pae.lautus 6 98 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 98 33 53 100 99 93 6 100
Pae.macerans 22 77 40 97 99 100 97 99 100 100 100 100 100 88 62 99 99 99 5 97
Pae.polymyxa 6 71 46 100 100 100 100 99 100 97 100 100 100 69 22 99 99 93 0 97
Pae.thiaminolyt. 35 70 70 87 98 98 98 87 100 94 70 94 87 0 77 70 87 70 0 87
Pae.validus 0 100 0 0 0 100 0 25 100 6 25 100 100 50 0 43 68 68 6 6
Virgi.pantothenticus 1 100 100 88 100 100 100 38 100 20 0 94 100 0 0 0 98 5 0 27
Taxon TUR LYX TAG DFUC LFUC DARL LARL GNT 2KG 5KG ONPG ADH LDC ODC CIT H2S URE TDA IND VP GEL NIT
Aneur.aneurinilytic. 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 9 9 0 0 66 0 9 0 0 9 9 90
B.anthracis 1 0 1 0 1 0 1 14 0 2 1 1 1 1 31 1 1 1 0 26 98 78
B.cereus 1 2 1 0 0 1 0 1 47 0 1 4 71 1 1 28 1 2 1 1 43 98 74
B.cereus 2 1 0 0 0 1 0 0 20 0 0 1 52 1 1 54 1 2 1 1 30 99 61
B.circulans 85 1 1 1 21 21 10 61 11 8 87 1 1 1 4 1 1 1 1 28 15 13
B.coagulans 61 0 0 0 1 57 0 61 4 0 73 19 1 1 1 1 1 1 1 57 1 17
B.firmus 0 0 1 0 0 0 0 7 0 0 18 4 1 2 13 1 2 1 2 39 48 70
B.lentus 40 0 10 0 0 4 0 1 0 0 98 0 1 0 25 0 30 0 0 25 40 60
B.licheniformis 75 1 91 1 1 1 1 39 0 0 99 91 1 1 48 1 15 1 1 83 86 68
B.megaterium 73 0 1 0 1 11 0 4 0 1 92 1 1 1 11 1 1 1 1 40 95 15
B.mycoides 4 1 0 0 0 0 0 12 0 0 27 48 1 1 34 1 1 1 1 55 89 68
B.pumilus 31 3 90 1 1 0 0 1 1 0 99 1 1 1 40 1 1 1 1 86 95 2
B.smithii 54 0 0 0 0 24 0 10 0 0 1 1 1 1 3 1 1 1 1 3 85 3
B.subtilis/B.amylol. 50 0 0 1 1 1 0 7 0 0 73 1 1 1 44 1 2 1 1 90 99 57
Bacillus non react. 1 1 0 1 0 1 1 1 0 1 12 1 1 1 23 1 32 1 1 17 49 18
Brevi.agri 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 0 0 0 94 100 0
Brevi.laterosporus 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 11 0 1 0 5 66 66 42
Brevi.non reactive 1 0 1 1 0 1 0 0 0 1 19 7 1 1 15 1 9 1 1 40 41 39
Geo.stearothermoph. 50 1 4 0 0 0 0 0 0 1 10 1 1 1 1 1 1 1 1 10 57 11
Geo.thermoglucosid. 73 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 27 99 66
Pae.alvei 28 0 0 0 0 0 0 12 0 0 87 0 0 0 0 0 12 0 100 96 3 1
Pae.amylolyticus 100 0 0 0 6 0 0 0 0 0 99 1 1 1 1 1 8 1 1 30 2 69
Pae.glucanolytic. 100 0 0 0 27 0 0 27 0 1 91 1 1 1 1 1 5 1 1 1 12 35
Pae.lautus 97 0 6 0 40 6 0 53 0 0 99 7 1 1 1 1 7 1 1 64 1 8
Pae.macerans 93 1 0 0 37 51 0 74 1 3 93 1 1 1 1 1 1 1 1 76 30 12
Pae.polymyxa 99 0 0 0 2 0 0 35 0 1 97 2 1 1 2 6 1 1 1 56 70 37
Pae.thiaminolyt. 94 0 0 0 47 0 0 58 0 0 71 7 1 1 1 71 92 1 92 1 71 42
Pae.validus 100 0 25 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 98 0 62
Virgi.pantothenticus 66 0 98 0 61 0 0 33 0 0 22 5 1 1 29 12 1 1 1 1 70 25
Taxon 0 GLY ERY DARA LARA RIB DXYL LXYL ADO MDX GAL GLU FRU MNE SBE RHA DUL INO MAN SOR
Esch.coli 1 0 91 1 42 99 99 98 1 0 0 99 100 99 99 68 88 61 8 99 93
Esch.coli 2 0 92 1 28 95 92 85 4 12 0 100 100 99 99 4 89 36 0 92 93
Esch.coli 3 0 99 1 60 99 99 98 0 21 0 100 100 99 99 19 91 55 11 96 99
Esch.fergusonii 0 99 0 1 100 100 100 0 99 0 100 100 100 100 50 99 26 0 99 0
Esch.hermannii 0 80 0 99 100 100 100 0 0 0 99 100 100 100 0 100 25 0 100 0
Esch.vulneris 0 90 0 0 100 100 100 0 0 0 100 100 100 100 0 93 0 0 100 1
Ewingella americana 0 83 0 0 0 100 9 0 0 0 100 100 100 100 0 2 0 0 100 0
Hafnia alvei 0 98 0 38 85 100 99 0 0 0 100 100 100 100 1 93 1 0 100 1
K.oxytoca 0 99 1 100 100 100 100 0 100 1 100 100 100 100 92 99 69 98 100 99
K.pneum.ozaenae 0 64 0 1 97 99 97 0 97 0 97 100 100 100 55 58 1 55 99 81
K.pneum.pneumoniae 0 97 1 16 99 99 99 0 88 0 100 100 100 99 40 98 33 95 99 98
K.pneum.rhinosclero. 0 10 0 1 99 100 100 0 99 0 100 100 100 100 0 75 0 83 100 99
Kluy.ascorbata 0 90 0 1 100 100 99 0 0 0 100 100 100 100 0 100 1 0 100 5
Kluy.cryocrescens 0 50 0 50 100 100 99 0 0 0 100 100 100 100 0 100 0 0 99 50
Kluy.intermedia 0 100 0 0 100 100 100 0 0 0 100 100 100 100 0 99 95 0 99 99
Lecl.adecarboxylata 0 99 0 0 100 100 100 0 80 0 100 100 100 100 0 100 75 0 100 1
Moell.wisconsensis 0 99 0 0 0 100 0 0 100 0 100 100 100 100 0 0 0 0 33 0
Morg.morg.morganii 0 50 0 0 1 100 0 0 0 0 99 100 100 100 0 0 0 0 1 0
Morg.morg.sibonii 0 50 0 0 1 100 0 0 0 0 99 100 100 100 0 0 0 0 1 0
Pantoea agglomerans 0 41 0 0 100 100 100 0 0 0 100 100 100 100 0 100 0 99 97 2
Pantoea dispersa 0 97 1 1 100 100 100 0 1 0 100 100 100 100 0 89 0 100 100 0
Pantoea spp 1 0 1 0 1 100 100 99 0 2 0 100 100 100 100 1 80 1 8 100 1
Pantoea spp 2 0 75 0 10 100 99 97 0 1 0 100 100 100 100 13 95 26 18 100 71
Photo.damselae 0 0 0 0 0 1 4 0 0 0 100 100 99 100 0 0 0 0 0 0
Plesio.shigelloides 0 88 0 0 0 100 0 0 0 0 100 100 11 22 0 0 0 100 0 0
Taxon 0 GLY ERY DARA LARA RIB DXYL LXYL ADO MDX GAL GLU FRU MNE SBE RHA DUL INO MAN SOR
Proteus mirabilis 0 100 0 100 0 100 100 0 0 0 100 100 20 0 0 1 0 0 0 0
Proteus penneri 0 99 0 100 1 100 100 0 0 0 100 100 75 1 1 1 0 0 0 0
Proteus vulgaris gr. 0 71 1 90 0 100 99 0 0 0 100 100 15 0 0 1 0 0 0 0
Prov.alcalifaciens 0 67 0 0 0 100 1 0 98 0 0 100 100 100 0 0 0 1 1 1
Prov.rettgeri 0 80 70 0 10 100 1 0 100 0 80 100 100 100 0 70 0 99 99 1
Prov.rustigianii 0 50 0 0 0 100 0 0 0 0 100 100 100 100 0 0 0 0 0 0
Prov.stuartii 0 75 0 0 0 100 1 0 1 0 99 100 100 99 0 0 0 80 1 1
Rahnella aquatilis 0 93 0 1 100 100 99 0 0 0 100 100 100 100 1 99 94 0 100 99
Raou.ornithinolytica 0 100 0 0 100 100 100 0 100 0 100 100 100 100 100 100 1 98 100 100
Raou.planticola 0 100 0 7 100 100 100 0 100 0 100 100 100 100 100 99 3 100 100 100
Raou.terrigena 0 100 0 0 100 100 100 0 100 0 100 100 100 100 99 100 1 91 100 100
Salm.Gallinarum 0 99 0 0 99 100 99 0 0 0 100 100 100 100 0 75 100 0 100 0
Salm.Paratyphi A 0 99 0 0 100 100 0 0 0 0 100 100 100 100 0 100 99 1 100 99
Salm.Pullorum 0 91 0 0 100 100 95 0 0 0 100 100 100 100 0 100 0 0 100 72
Salm.Typhi 0 99 1 0 1 100 92 0 0 0 100 100 100 100 0 0 1 0 100 99
Salm.Typhimurium 0 99 0 0 100 100 100 0 0 0 100 100 100 100 0 75 100 50 100 100
Salm.enter.arizonae 0 98 0 40 96 100 100 0 0 0 100 100 100 100 1 100 12 0 100 100
Salm.enter.enterica 0 99 0 0 1 100 100 0 0 0 100 100 100 100 0 100 10 0 100 100
Salmonella spp 0 86 0 33 86 100 96 0 0 1 100 100 99 99 1 100 93 34 95 95
Ser.ficaria 0 74 71 0 100 100 100 0 74 0 95 100 100 100 0 74 0 74 100 100
Ser.fonticola 0 100 91 10 100 100 75 1 100 0 100 100 100 100 0 90 99 90 100 100
Ser.liquefaciens 0 98 1 1 99 100 99 0 1 0 100 100 100 100 0 1 1 85 99 99
Ser.marcescens 0 99 17 1 0 100 21 0 92 0 99 100 100 100 0 0 0 99 100 99
Ser.odorifera 1 0 100 1 1 100 100 100 0 99 0 100 100 100 100 0 99 0 100 100 100
Ser.odorifera 2 0 100 99 20 100 100 100 0 99 0 100 100 100 100 0 99 0 100 100 100
Taxon 0 GLY ERY DARA LARA RIB DXYL LXYL ADO MDX GAL GLU FRU MNE SBE RHA DUL INO MAN SOR
Ser.plymuthica 0 94 0 0 100 100 99 0 0 0 100 100 100 100 0 1 0 99 100 65
Ser.proteamaculans 0 80 2 0 80 100 100 0 0 0 100 100 100 100 0 4 1 97 100 69
Ser.rubidaea 0 100 83 1 100 100 99 0 100 0 96 100 100 100 0 1 0 99 100 1
Shigella boydii 0 94 0 1 100 99 0 0 0 0 100 100 100 100 25 0 0 0 75 75
Shigella dysenteriae 0 99 0 0 15 75 0 0 0 0 100 100 100 100 30 25 0 0 0 10
Shigella flexneri 0 44 0 0 99 44 1 0 0 0 100 100 100 100 0 1 44 0 67 1
Shigella sonnei 0 71 0 1 100 98 1 0 0 0 100 100 100 100 0 71 0 0 100 1
V.alginolyticus 0 95 0 0 4 99 0 0 0 0 73 100 100 97 0 0 0 0 99 67
V.cholerae 0 98 0 0 0 100 0 0 0 0 100 100 100 43 0 0 0 0 100 0
V.fluvialis 0 75 0 0 100 100 0 0 0 0 100 100 100 100 0 0 0 1 100 3
V.metschnikovii 0 60 0 0 0 60 0 0 0 0 30 100 100 99 0 0 0 50 99 10
V.mimicus 0 99 0 0 0 100 0 0 0 0 100 100 100 100 0 0 0 0 100 0
V.parahaemolyticus 0 20 0 0 60 60 0 0 0 0 100 100 100 100 0 0 0 0 60 20
V.vulnificus 0 0 0 0 0 99 0 0 0 0 99 100 100 99 0 0 0 0 50 0
Y.aldovae 0 57 0 0 99 100 43 0 0 0 100 100 100 100 0 0 0 1 99 99
Y.enterocolitica 0 99 0 0 98 99 60 0 0 0 100 100 100 100 99 1 0 65 100 100
Y.frederiksenii 0 100 0 0 100 100 100 0 0 0 100 100 100 100 100 99 0 99 100 100
Y.intermedia 0 100 0 0 100 100 100 0 0 0 100 100 100 100 100 99 0 99 100 100
Y.kristensenii 0 99 0 0 100 100 60 0 0 0 100 100 100 100 92 0 0 68 100 100
Y.pestis 0 0 0 0 100 100 100 0 0 0 100 100 100 100 0 0 0 0 98 1
Y.pseudotuberculosis 0 99 0 0 99 100 100 0 1 0 100 100 100 100 1 99 0 0 100 0
Y.ruckeri 0 63 0 0 1 95 0 0 0 0 100 100 100 100 0 0 0 0 100 13
Taxon MDM MDG NAG AMY ARB ESC SAL CEL MAL LAC MEL SAC TRE INU MLZ RAF AMD GLYG XLT GEN
Aer.caviae 0 1 100 0 99 100 98 90 100 66 1 99 100 0 0 1 100 84 0 15
Aer.hydrophila 0 33 100 1 84 87 69 53 99 41 1 88 99 0 1 1 99 99 0 14
Aer.salm.salmonicida 0 95 100 0 100 100 2 0 100 2 0 1 52 0 0 0 100 100 0 0
Aer.sobria 0 50 100 1 1 1 0 71 100 6 3 93 100 1 0 3 100 100 0 0
Buttiaux.agrestis 0 25 99 25 100 100 100 100 99 100 99 22 100 0 0 75 25 0 0 100
Ced.davisae 0 10 100 43 100 90 99 100 100 1 0 100 100 0 0 5 0 0 0 100
Ced.lapagei/neteri 0 0 100 23 99 100 100 100 99 90 1 30 100 0 0 0 8 0 0 100
Citro.amalonaticus 0 1 100 1 97 1 89 100 100 63 5 1 100 0 0 0 10 1 0 100
Citro.braakii 0 71 100 0 1 0 0 99 99 51 99 4 100 0 0 17 1 0 0 98
Citro.farmeri 0 99 100 6 100 50 93 100 100 100 100 100 100 0 0 100 0 0 0 100
Citro.freundii 0 8 100 0 15 0 3 99 99 99 84 96 100 1 0 72 1 1 0 91
Citro.koseri 0 99 100 1 99 17 80 100 100 99 0 17 100 0 0 0 1 0 0 100
Citro.youngae 0 0 100 0 0 0 5 93 100 78 0 0 100 0 0 0 0 0 0 78
Cronobacter spp 0 71 100 1 100 100 100 100 100 100 100 100 100 0 0 100 9 0 0 99
Edwardsiel.hoshinae 0 0 100 0 0 1 10 0 99 0 0 100 100 0 0 0 0 1 0 0
Edwardsiel.tarda 0 0 100 0 0 0 0 0 100 0 0 10 0 0 0 0 10 0 0 0
Ent.aerogenes 0 75 99 33 100 100 100 100 99 100 100 100 100 0 0 100 33 0 0 100
Ent.amnigenus 1 0 99 100 0 99 94 99 100 99 94 99 99 100 0 0 99 1 0 0 99
Ent.amnigenus 2 0 99 100 0 93 93 72 100 99 72 93 1 100 0 0 1 6 0 0 99
Ent.asburiae 0 100 100 1 100 99 100 100 100 98 0 100 100 0 0 90 6 0 0 100
Ent.cancerogenus 0 1 100 0 99 90 95 100 100 50 0 0 100 0 0 0 1 0 0 100
Taxon MDM MDG NAG AMY ARB ESC SAL CEL MAL LAC MEL SAC TRE INU MLZ RAF AMD GLYG XLT GEN
Ent.cloacae 0 93 100 7 98 65 82 99 99 91 92 96 100 0 1 96 10 0 0 99
Ent.gergoviae 0 1 100 2 100 100 100 99 100 50 100 100 100 0 0 100 20 1 0 88
Erwinia spp 0 1 100 15 100 100 100 92 2 68 90 100 40 1 1 86 0 0 0 58
Esch.coli 1 1 0 99 0 10 17 10 4 98 78 70 42 99 1 1 34 17 1 1 10
Esch.coli 2 1 0 97 0 4 4 1 1 94 18 44 8 97 1 0 8 16 4 0 1
Esch.coli 3 1 0 99 2 87 89 96 2 99 94 96 38 99 1 0 40 21 2 2 19
Esch.fergusonii 0 0 100 0 99 50 97 99 99 21 1 0 99 21 0 0 1 0 0 35
Esch.hermannii 0 0 100 0 99 40 99 100 100 40 0 40 100 0 0 20 20 0 0 99
Esch.vulneris 0 6 100 1 99 50 50 100 100 50 100 20 99 1 0 90 20 0 0 100
Ewingella americana 0 0 100 0 99 83 83 10 16 83 0 0 99 0 0 0 0 0 0 100
Hafnia alvei 0 1 100 1 20 20 20 15 98 5 0 1 99 1 0 1 1 0 1 85
K.oxytoca 0 99 100 26 99 100 100 100 100 100 100 100 100 1 62 100 85 23 1 99
K.pneum.ozaenae 1 45 99 15 98 97 97 91 97 75 97 30 99 0 0 79 58 15 0 94
K.pneum.pneumoniae 0 98 99 35 96 99 99 99 99 99 99 99 99 0 0 99 65 3 1 99
K.pneum.rhinosclero. 0 0 100 0 99 90 99 99 99 0 99 99 99 0 0 99 25 1 0 25
Kluy.ascorbata 5 99 100 15 100 99 100 100 100 99 100 100 100 0 1 99 0 1 0 100
Kluy.cryocrescens 0 95 100 25 100 100 100 100 100 99 100 99 100 0 1 100 0 1 0 100
Kluy.intermedia 0 100 100 67 100 100 100 100 100 100 100 99 100 0 0 100 1 0 0 100
Lecl.adecarboxylata 0 0 100 15 100 100 100 100 100 99 100 85 100 0 0 95 15 15 0 100
Moell.wisconsensis 0 0 100 0 0 0 0 0 1 100 99 100 0 0 2 99 0 0 0 100
Morg.morg.morganii 0 0 100 1 1 0 0 0 0 1 0 1 1 0 0 0 0 0 97 1
Morg.morg.sibonii 0 0 100 1 1 0 0 0 0 1 0 1 99 0 0 0 0 0 99 0
Taxon MDM MDG NAG AMY ARB ESC SAL CEL MAL LAC MEL SAC TRE INU MLZ RAF AMD GLYG XLT GEN
Pantoea agglomerans 0 0 100 0 100 100 100 21 66 0 2 100 100 0 0 0 1 0 0 0
Pantoea dispersa 0 0 100 1 24 1 1 97 97 45 63 85 97 0 0 0 0 0 1 95
Pantoea spp 1 1 1 100 1 71 66 68 60 80 35 11 98 99 1 1 1 1 1 1 20
Pantoea spp 2 1 26 100 25 100 90 96 99 99 95 77 79 99 1 10 73 7 1 1 98
Photo.damselae 0 0 99 0 0 1 0 0 82 17 0 0 50 0 0 0 1 1 0 0
Plesio.shigelloides 0 0 100 0 1 1 1 0 100 99 66 22 88 0 0 0 0 0 0 0
Proteus mirabilis 0 0 100 0 0 0 0 1 0 1 0 1 98 0 0 1 0 0 0 0
Proteus penneri 0 99 100 0 0 0 0 0 100 1 0 100 80 0 25 1 0 0 0 1
Proteus vulgaris gr. 0 71 100 0 98 70 70 0 99 1 0 100 57 0 29 1 0 0 0 0
Prov.alcalifaciens 0 0 100 0 0 0 1 1 1 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0
Prov.rettgeri 0 1 100 0 92 90 75 1 1 1 1 15 0 0 0 1 0 0 0 0
Prov.rustigianii 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0
Prov.stuartii 0 0 99 0 0 1 0 0 0 0 0 20 99 0 0 1 0 1 99 0
Rahnella aquatilis 0 1 100 1 99 100 99 100 99 99 100 100 100 1 22 100 29 1 0 99
Raou.ornithinolytica 0 100 100 1 100 100 100 100 100 100 100 100 100 0 0 100 1 0 0 100
Raou.planticola 0 99 100 9 100 100 100 100 100 100 100 100 100 1 0 100 60 5 0 100
Raou.terrigena 0 100 100 1 100 100 100 100 100 100 100 100 100 1 91 100 74 5 0 100
Salm.Gallinarum 0 0 100 0 0 0 0 0 100 0 0 0 99 0 0 0 0 0 0 0
Salm.Paratyphi A 0 0 100 0 1 0 0 1 99 0 100 0 99 0 0 0 1 0 0 0
Salm.Pullorum 0 0 100 0 0 0 0 0 4 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0
Salm.Typhi 0 0 100 0 1 1 0 1 99 1 99 0 99 0 0 0 1 0 0 0
Salm.Typhimurium 0 0 100 0 0 0 0 0 100 0 100 0 100 0 0 0 0 0 0 0
Taxon MDM MDG NAG AMY ARB ESC SAL CEL MAL LAC MEL SAC TRE INU MLZ RAF AMD GLYG XLT GEN
Salm.enter.arizonae 0 1 100 0 1 1 1 1 100 94 100 3 100 0 0 2 0 0 0 28
Salm.enter.enterica 0 0 100 0 0 0 0 0 100 0 100 0 10 0 0 0 0 0 0 0
Salmonella spp 0 0 95 0 7 3 3 2 97 2 90 2 99 0 0 2 8 1 0 1
Ser.ficaria 0 25 100 0 100 100 100 99 100 14 74 100 100 0 74 74 0 0 0 74
Ser.fonticola 0 90 100 0 100 100 100 25 99 95 90 50 100 1 0 99 50 0 55 100
Ser.liquefaciens 0 25 100 1 99 99 99 40 92 25 75 99 100 0 75 87 22 0 1 50
Ser.marcescens 0 0 99 0 96 96 99 17 96 4 13 100 100 0 0 1 4 4 79 4
Ser.odorifera 1 0 0 100 1 99 99 99 100 100 99 100 100 100 0 1 100 60 0 0 80
Ser.odorifera 2 0 0 100 1 60 60 99 100 100 80 100 0 100 0 1 10 60 0 0 20
Ser.plymuthica 0 96 100 35 100 96 99 99 92 99 99 100 100 1 99 99 1 0 0 99
Ser.proteamaculans 0 30 100 2 95 99 91 30 69 25 25 97 100 0 8 25 1 0 0 10
Ser.rubidaea 0 75 100 1 100 96 99 99 99 100 99 99 100 1 32 96 1 0 0 100
Shigella boydii 0 0 100 0 0 0 0 0 75 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0
Shigella dysenteriae 0 0 100 0 0 0 0 0 30 0 0 0 99 0 0 0 10 0 0 0
Shigella flexneri 0 0 100 0 0 0 0 0 94 0 25 33 99 0 0 56 1 0 0 0
Shigella sonnei 0 0 99 0 0 1 0 0 86 14 1 1 99 0 0 1 1 0 0 1
V.alginolyticus 0 4 99 0 2 84 34 84 98 1 0 100 99 0 0 1 98 99 1 1
V.cholerae 0 0 100 0 1 0 0 1 100 6 1 99 100 0 1 1 99 99 0 0
V.fluvialis 0 3 100 5 65 82 5 65 100 3 0 100 100 0 0 0 100 95 0 0
V.metschnikovii 0 1 99 0 0 50 1 1 100 25 0 100 100 0 0 0 99 99 0 0
V.mimicus 0 0 100 0 5 0 0 1 100 1 0 1 100 0 1 0 95 1 0 1
V.parahaemolyticus 0 0 99 0 0 0 1 20 99 0 10 0 99 0 0 0 80 70 0 0
Taxon MDM MDG NAG AMY ARB ESC SAL CEL MAL LAC MEL SAC TRE INU MLZ RAF AMD GLYG XLT GEN
V.vulnificus 0 0 99 99 99 100 99 99 100 6 0 1 100 6 0 0 100 100 0 99
Y.aldovae 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 1 99 0 0 0 0 0 0 0
Y.enterocolitica 0 0 100 1 81 50 50 99 98 24 0 99 100 0 0 1 1 0 0 98
Y.frederiksenii 0 0 100 1 100 99 99 100 100 1 0 100 100 0 0 1 0 0 0 99
Y.intermedia 0 82 100 15 100 100 100 100 100 0 99 100 100 0 0 99 0 0 0 100
Y.kristensenii 0 0 100 0 27 1 1 100 90 1 0 0 100 3 0 0 1 0 0 90
Y.pestis 0 0 100 0 100 100 95 0 95 0 0 0 100 0 0 1 89 0 0 0
Y.pseudotuberculosis 0 0 100 0 100 99 90 0 100 0 90 0 100 0 0 1 1 0 0 0
Y.ruckeri 0 0 100 0 0 0 0 1 99 0 0 0 99 0 0 1 0 0 0 0
Taxon TUR LYX TAG DFUC LFUC DARL LARL GNT 2KG 5KG ONPG ADH LDC ODC CIT H2S URE TDA IND VP GEL
Aer.caviae 1 0 0 0 13 0 0 93 0 1 99 87 1 0 26 0 0 0 75 1 79
Aer.hydrophila 1 0 0 0 9 0 1 97 1 1 99 86 25 1 28 0 0 0 84 43 86
Aer.salm.salmonicida 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1 1 80 1 0 0 0 0 0 1 0 95
Aer.sobria 1 0 0 0 23 0 0 100 0 0 99 99 81 0 73 0 0 0 76 68 99
Buttiaux.agrestis 1 1 0 0 25 1 0 100 99 50 100 0 0 80 50 0 0 0 0 0 0
Ced.davisae 2 0 0 0 0 100 0 86 86 14 99 90 0 99 98 0 0 0 0 99 0
Ced.lapagei/neteri 0 0 8 0 0 99 0 90 90 0 99 95 0 0 99 0 0 0 0 85 0
Citro.amalonaticus 0 0 0 0 97 0 0 100 100 99 99 24 0 100 96 0 1 0 99 0 0
Citro.braakii 1 25 0 0 98 0 0 100 100 99 51 45 0 92 82 80 1 0 1 0 0
Citro.farmeri 0 0 27 0 100 6 0 100 100 100 99 27 0 100 1 0 1 0 99 0 0
Citro.freundii 0 19 3 0 99 1 0 100 96 100 99 61 0 1 96 72 1 0 1 0 0
Citro.koseri 0 50 0 0 100 100 0 100 100 100 100 75 0 100 99 0 1 0 100 0 0
Citro.youngae 0 1 0 0 100 0 0 100 94 100 100 91 0 1 99 94 0 0 1 0 0
Cronobacter spp 1 0 0 1 0 0 0 99 86 0 100 98 0 90 86 0 0 0 71 95 1
Edwardsiel.hoshinae 0 0 0 0 100 0 0 100 0 0 0 0 100 99 1 99 0 0 99 0 0
Edwardsiel.tarda 0 0 0 0 100 0 0 100 0 0 0 0 100 99 1 75 0 0 99 0 0
Taxon TUR LYX TAG DFUC LFUC DARL LARL GNT 2KG 5KG ONPG ADH LDC ODC CIT H2S URE TDA IND VP GEL
Ent.aerogenes 67 0 67 1 33 100 0 67 67 67 98 0 99 99 60 0 1 0 0 75 0
Ent.amnigenus 1 1 12 0 0 2 0 0 99 96 2 99 44 0 92 60 0 0 0 0 76 0
Ent.amnigenus 2 1 1 0 0 6 0 0 93 50 1 93 72 0 93 72 0 0 0 0 93 0
Ent.asburiae 1 1 0 0 0 0 0 100 100 0 100 14 0 99 99 0 0 0 0 2 0
Ent.cancerogenus 0 0 0 0 95 0 0 99 100 0 100 91 0 99 99 0 0 0 0 99 0
Ent.cloacae 8 18 1 1 49 22 0 88 93 5 99 84 1 90 92 0 1 0 0 85 0
Ent.gergoviae 0 0 0 0 1 99 0 50 100 100 99 0 33 100 70 0 99 0 0 91 0
Erwinia spp 1 0 1 0 0 1 0 21 0 0 100 1 0 0 93 0 0 0 46 78 22
Esch.coli 1 0 2 36 1 95 1 1 99 2 50 83 4 68 58 0 1 9 0 93 0 0
Esch.coli 2 0 0 3 1 91 16 0 98 2 24 21 1 48 4 0 1 1 0 72 0 0
Esch.coli 3 0 11 6 2 87 23 2 99 2 36 91 2 83 46 2 4 15 0 90 0 0
Esch.fergusonii 0 1 0 0 0 100 0 100 100 10 99 1 99 100 1 0 0 0 99 0 0
Esch.hermannii 0 99 0 0 10 1 0 100 100 0 100 0 1 100 1 0 0 0 99 0 0
Esch.vulneris 0 40 0 0 0 0 0 100 98 0 100 50 86 0 0 0 0 0 0 0 0
Ewingella americana 0 0 0 0 0 99 0 50 99 100 90 0 0 0 95 0 0 0 0 99 0
Hafnia alvei 0 0 1 1 73 1 1 98 98 10 65 0 99 93 62 0 25 0 0 54 0
K.oxytoca 15 1 74 0 99 100 73 99 97 99 98 0 99 0 89 0 75 0 99 50 0
K.pneum.ozaenae 1 0 1 1 70 98 1 97 70 1 94 15 20 1 21 0 1 0 0 1 0
K.pneum.pneumoniae 25 1 25 0 81 95 1 50 59 1 99 0 82 0 94 0 82 0 0 92 0
K.pneum.rhinosclero. 0 0 0 0 60 99 0 99 25 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Kluy.ascorbata 50 0 0 0 4 0 0 100 100 97 99 0 97 100 95 0 0 0 99 0 0
Kluy.cryocrescens 5 0 1 0 64 0 0 100 100 100 100 0 1 99 25 0 0 0 90 0 0
Kluy.intermedia 50 0 67 0 5 0 0 82 89 99 99 0 0 99 11 0 0 0 0 33 0
Lecl.adecarboxylata 0 50 0 0 0 80 0 100 100 0 99 0 0 0 0 0 1 0 99 0 0
Moell.wisconsensis 0 0 0 0 0 99 0 100 0 0 99 0 0 0 20 0 0 0 30 1 0
Morg.morg.morganii 0 43 0 0 0 0 1 99 0 0 21 0 1 86 9 1 97 99 99 0 0
Morg.morg.sibonii 0 99 0 0 0 0 1 99 0 0 1 0 78 50 0 0 67 99 100 0 0
Pantoea agglomerans 0 0 0 41 0 90 0 97 100 0 97 0 0 0 1 0 0 0 0 97 41
Pantoea dispersa 0 36 0 54 0 95 0 100 100 100 100 0 0 0 75 0 0 0 0 85 0
Pantoea spp 1 1 1 1 1 1 51 0 28 29 5 99 1 0 1 51 1 1 0 1 77 1
Pantoea spp 2 14 24 1 1 18 26 0 79 71 57 99 10 0 14 83 1 1 0 40 53 1
Taxon TUR LYX TAG DFUC LFUC DARL LARL GNT 2KG 5KG ONPG ADH LDC ODC CIT H2S URE TDA IND VP GEL
Photo.damselae 0 0 4 0 0 0 0 0 0 4 4 99 62 1 1 0 99 0 0 82 0
Plesio.shigelloides 11 0 0 0 88 0 0 100 33 0 99 99 100 100 0 0 0 0 100 0 0
Proteus mirabilis 0 0 0 0 0 0 0 100 60 0 1 0 0 99 80 75 99 98 1 1 80
Proteus penneri 97 0 0 0 0 0 0 99 99 0 1 0 0 0 1 99 100 99 0 0 88
Proteus vulgaris gr. 71 0 0 0 0 0 0 100 99 0 1 0 0 0 14 86 99 99 95 0 67
Prov.alcalifaciens 0 0 0 0 0 0 100 100 0 0 0 0 0 0 98 0 0 99 99 0 0
Prov.rettgeri 0 0 0 0 0 99 99 100 80 0 1 1 0 0 75 0 99 99 99 0 0
Prov.rustigianii 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 15 0 0 99 99 0 0
Prov.stuartii 0 87 0 0 0 1 0 100 0 0 1 0 0 0 92 0 30 92 97 0 0
Rahnella aquatilis 12 1 1 0 15 0 0 46 50 99 100 0 0 0 69 0 0 2 0 99 0
Raou.ornithinolytica 1 0 1 0 100 100 0 100 89 100 100 0 99 99 99 0 89 0 100 75 0
Raou.planticola 0 0 0 0 100 100 0 100 97 99 100 0 100 0 100 0 75 0 20 100 0
Raou.terrigena 0 0 0 0 100 99 1 80 50 90 100 0 99 20 90 0 0 0 0 91 0
Salm.Gallinarum 0 0 0 0 100 0 0 100 0 100 0 1 100 1 1 1 0 0 0 0 0
Salm.Paratyphi A 0 0 100 0 99 0 0 100 0 100 0 1 0 99 0 1 0 0 0 0 0
Salm.Pullorum 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 1 99 100 0 82 0 0 0 0 0
Salm.Typhi 0 0 0 0 1 0 0 100 0 0 0 1 99 0 0 8 0 0 0 0 0
Salm.Typhimurium 0 0 100 0 100 0 0 100 0 100 0 72 100 100 99 100 0 0 0 0 0
Salm.enter.arizonae 0 0 0 0 95 1 0 100 0 50 97 99 99 99 99 60 0 0 1 0 0
Salm.enter.enterica 0 0 1 0 100 0 0 100 0 100 0 35 99 99 5 65 0 0 0 0 0
Salmonella spp 0 0 48 1 97 1 0 100 3 93 4 61 93 90 82 90 0 0 0 1 1
Ser.ficaria 96 1 0 0 1 100 74 100 100 100 99 0 0 0 100 0 0 0 0 50 85
Ser.fonticola 1 55 99 0 0 98 99 100 99 45 99 0 50 99 82 0 0 0 0 0 0
Ser.liquefaciens 75 3 0 0 1 0 1 99 98 99 94 1 75 99 84 0 1 0 0 49 49
Ser.marcescens 0 79 0 1 1 1 67 100 99 99 75 0 96 75 99 0 13 0 1 71 83
Ser.odorifera 1 0 0 0 20 0 0 99 100 100 0 99 0 99 80 99 0 0 0 99 10 99
Ser.odorifera 2 0 0 0 20 0 0 100 100 100 0 99 0 80 1 99 0 0 0 99 80 80
Ser.plymuthica 99 0 0 0 1 0 0 99 99 77 99 0 0 0 65 0 0 0 0 68 54
Ser.proteamaculans 4 0 0 0 0 0 0 100 100 85 99 1 95 100 80 0 1 0 0 61 38
Ser.rubidaea 99 0 0 43 0 99 0 99 100 12 99 0 50 0 97 0 1 0 0 96 79
Shigella boydii 0 0 0 0 1 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0 0
Taxon TUR LYX TAG DFUC LFUC DARL LARL GNT 2KG 5KG ONPG ADH LDC ODC CIT H2S URE TDA IND VP GEL
Shigella dysenteriae 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0
Shigella flexneri 0 0 0 0 0 0 0 78 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0 0
Shigella sonnei 1 0 1 1 57 0 0 93 0 36 99 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0
V.alginolyticus 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 99 80 63 0 1 0 100 13 90
V.cholerae 0 0 0 0 0 0 0 100 1 0 98 1 98 99 93 0 0 0 99 84 90
V.fluvialis 0 0 0 0 0 65 0 100 0 0 99 82 0 0 50 0 0 0 95 0 50
V.metschnikovii 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 95 60 75 0 1 0 0 0 1 99 90
V.mimicus 0 0 37 0 1 0 0 100 0 0 99 0 99 99 50 0 0 0 99 0 99
V.parahaemolyticus 0 0 0 0 0 0 0 100 0 10 0 0 100 99 21 0 5 0 100 1 99
V.vulnificus 0 0 0 0 27 0 0 100 0 0 99 0 72 75 75 0 0 0 72 1 50
Y.aldovae 0 0 0 0 35 0 0 1 0 0 17 0 1 40 0 0 99 0 0 1 0
Y.enterocolitica 0 0 0 0 25 50 0 99 15 90 82 0 0 89 0 0 99 0 65 8 0
Y.frederiksenii 0 0 0 0 100 100 0 100 0 100 99 0 0 99 1 0 99 0 99 1 0
Y.intermedia 0 0 1 0 82 86 0 100 0 100 99 0 0 100 1 0 99 0 99 2 0
Y.kristensenii 0 0 0 0 8 8 0 90 0 54 85 0 0 85 0 0 99 0 30 0 0
Y.pestis 0 19 0 0 0 95 0 19 0 57 52 0 0 0 0 0 0 0 0 1 50
Y.pseudotuberculosis 0 30 0 0 0 1 1 80 1 90 99 0 0 0 1 0 99 0 0 0 0
Y.ruckeri 0 0 0 0 0 0 0 44 0 0 81 1 99 100 0 0 0 0 0 5 0
Taxon 0 GLY ERY DARA LARA RIB DXYL LXYL ADO MDX GAL GLU FRU MNE SBE RHA DUL INO MAN SOR
Lacto.plantarum 1 0 1 0 0 74 92 2 0 0 0 92 100 100 100 2 33 0 0 99 78
Lacto.plantarum 2 0 0 0 0 1 83 1 0 0 0 75 100 100 100 1 1 0 0 80 17
Lacto.rhamnosus 0 42 0 9 8 100 0 0 0 0 100 100 100 100 92 100 14 42 100 100
Lacto.salivarius 0 0 0 0 28 28 14 0 0 0 85 100 100 100 0 71 0 0 100 98
Lc.lactis cremoris 1 0 0 0 0 0 50 0 0 0 0 100 100 100 100 0 0 0 0 50 0
Lc.lactis cremoris 2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 100 100 100 100 0 0 0 0 1 0
Lc.lactis hordniae 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 100 99 0 0 0 0 0 0
Lc.lactis lactis 1 0 1 0 5 30 95 40 0 0 0 90 100 100 100 0 0 0 0 50 5
Lc.lactis lactis 2 0 1 0 4 4 85 1 0 0 0 100 100 100 100 0 1 0 0 20 0
Lc.raffinolactis 0 0 0 0 33 16 83 0 0 0 100 100 100 100 16 0 0 0 66 0
Leuco.citreum 0 0 0 0 95 0 5 0 0 0 5 100 100 100 0 0 0 0 25 0
Leuco.lactis 0 0 0 0 15 10 3 0 0 0 66 100 82 83 5 2 0 0 5 0
Leuco.mes.mes./dext. 1 0 0 0 0 90 30 80 0 0 0 80 99 100 99 1 0 0 0 12 0
Leuco.mes.mes./dext. 2 0 0 0 0 80 75 75 0 0 0 59 100 99 100 0 0 0 0 1 0
Leuco.mesen.cremoris 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 90 0 0 0 0 0 0 0 0
Pedio.acidilactici 0 0 0 0 100 100 100 0 0 0 100 100 100 100 0 75 0 0 0 0
Pedio.damnosus 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 75 100 100 100 0 0 0 0 0 0
Pedio.damnosus 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 85 100 100 100 0 0 0 0 0 0
Pedio.pentosaceus 1 0 0 0 0 83 100 42 0 0 0 100 100 100 92 0 33 0 0 0 0
Pedio.pentosaceus 2 0 0 0 0 100 100 60 0 0 0 100 100 100 100 0 40 0 0 0 0
Pediococcus spp 0 0 0 0 11 22 0 0 0 0 100 100 100 100 0 0 0 0 0 0
Str.sal.thermophilus 0 0 0 0 0 33 0 0 0 0 5 100 50 16 0 0 0 0 0 0
Tetragen.halophilus 0 11 0 0 100 0 0 0 0 0 100 100 100 100 0 0 0 0 11 0
Weis.confusa 0 0 0 0 19 19 100 0 0 0 100 100 100 100 0 0 0 0 4 9
Weis.viridescens 0 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0 0 0 0 0
Taxon MDM MDG NAG AMY ARB ESC SAL CEL MAL LAC MEL SAC TRE INU MLZ RAF AMD GLYG XLT GEN
Aerc.viridans 0 0 86 0 14 14 14 14 29 100 0 100 86 0 0 0 0 0 0 0
Brocho.thermosphacta 0 1 100 100 86 93 100 100 100 0 0 64 100 0 0 0 0 0 0 100
Carno.divergens 0 0 100 67 100 100 100 100 100 0 0 100 100 0 100 0 0 0 0 100
Carno.maltaromaticum 57 99 100 100 100 100 100 100 99 57 43 100 100 86 0 0 0 0 0 100
Lacto.acidophilus 1 0 0 79 67 67 99 85 96 83 73 4 100 77 1 0 25 21 1 0 99
Lacto.acidophilus 2 0 0 99 20 1 99 40 80 99 99 1 100 1 20 0 80 80 20 0 99
Lacto.acidophilus 3 0 0 75 1 1 36 29 71 75 64 1 100 43 1 0 21 9 7 0 4
Lacto.brevis 1 0 14 99 99 99 83 99 99 85 71 57 81 71 28 14 42 0 0 0 99
Lacto.brevis 2 0 35 7 61 1 23 7 1 96 30 99 93 1 7 38 99 0 0 0 53
Lacto.brevis 3 0 51 69 1 1 7 1 3 98 13 76 7 2 1 1 1 0 0 0 1
Lacto.buchneri 0 42 14 0 0 7 0 0 100 25 85 90 0 0 81 64 7 0 0 0
Lacto.collinoides 0 1 75 5 5 50 5 5 99 1 25 25 25 1 1 1 1 5 1 10
Lacto.crispatus 0 0 100 76 76 100 100 100 100 76 24 100 60 0 0 60 100 60 0 40
Lacto.curvatus 0 25 100 28 28 37 50 28 94 50 0 25 25 0 12 0 0 0 0 28
Lacto.delb.bulgar. 0 0 0 0 0 0 0 0 0 98 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0
Lacto.delb.delb. 0 0 53 0 10 24 10 10 75 20 0 87 20 0 0 0 10 0 0 24
Lacto.delb.lactis 1 0 0 81 0 0 0 10 0 52 97 10 81 90 0 0 6 0 0 0 0
Lacto.delb.lactis 2 0 0 100 50 100 50 100 100 100 100 0 99 100 0 0 0 0 0 0 100
Lacto.fermentum 1 0 6 6 2 0 5 0 1 95 87 90 86 16 0 0 76 1 0 0 1
Lacto.fermentum 2 0 0 0 50 0 81 50 50 100 50 70 100 50 0 0 70 0 0 0 0
Lacto.fructivorans 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Lacto.helveticus 0 0 86 0 0 0 0 0 28 85 1 1 35 0 0 0 0 0 0 0
Lacto.lindneri 0 0 0 33 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Lacto.para.paracasei 1 0 46 100 98 100 99 100 93 99 99 0 93 99 26 93 0 0 6 0 80
Lacto.para.paracasei 2 0 83 100 75 100 83 99 66 99 0 0 99 99 66 99 0 0 0 0 66
Lacto.para.paracasei 3 0 0 100 99 100 80 100 100 80 80 0 60 99 20 20 0 0 0 0 100
Lacto.pentosus 1 50 100 100 99 100 100 100 100 100 100 100 100 0 25 75 0 0 0 99
Taxon MDM MDG NAG AMY ARB ESC SAL CEL MAL LAC MEL SAC TRE INU MLZ RAF AMD GLYG XLT GEN
Lacto.plantarum 1 55 33 100 94 99 99 99 99 100 99 94 88 96 0 92 74 7 7 0 98
Lacto.plantarum 2 1 1 100 83 67 67 67 67 100 75 1 17 1 0 1 1 18 1 0 83
Lacto.rhamnosus 7 85 100 99 100 85 100 100 99 100 9 71 99 0 99 7 0 7 0 85
Lacto.salivarius 0 0 100 14 28 28 28 14 100 85 85 100 99 0 14 85 0 0 1 14
Lc.lactis cremoris 1 0 0 100 0 1 66 50 16 99 100 0 16 99 0 0 0 50 50 0 99
Lc.lactis cremoris 2 0 0 100 0 11 55 22 55 1 100 0 1 11 0 0 0 1 1 0 1
Lc.lactis hordniae 0 0 100 0 100 100 100 1 0 0 0 100 75 0 0 0 0 0 0 0
Lc.lactis lactis 1 1 22 100 75 85 90 85 95 95 90 13 50 90 1 0 9 50 0 0 81
Lc.lactis lactis 2 0 20 100 30 91 91 91 91 91 99 4 20 100 0 0 4 60 4 0 91
Lc.raffinolactis 0 16 100 33 83 100 100 100 100 100 100 100 100 50 33 100 100 0 0 66
Leuco.citreum 0 100 100 90 95 100 95 95 100 0 5 100 100 0 0 1 0 0 0 90
Leuco.lactis 0 5 100 2 5 0 10 10 100 99 66 95 30 0 5 32 1 1 0 11
Leuco.mes.mes./dext. 1 0 100 99 80 95 97 100 99 95 40 85 100 100 0 0 40 0 0 0 90
Leuco.mes.mes./dext. 2 0 99 100 0 5 50 10 20 95 15 95 99 99 0 0 75 0 0 0 15
Leuco.mesen.cremoris 0 0 90 0 0 0 0 0 1 26 0 25 0 0 0 0 0 0 0 1
Pedio.acidilactici 0 0 100 0 50 100 75 100 0 0 0 0 75 0 0 0 0 0 0 100
Pedio.damnosus 1 0 0 99 1 1 75 1 1 1 1 1 1 99 0 0 0 0 0 0 25
Pedio.damnosus 2 0 0 50 75 33 95 94 99 25 1 1 1 67 0 0 0 0 0 0 99
Pedio.pentosaceus 1 0 0 100 99 99 100 100 100 99 1 1 1 99 8 0 1 0 0 0 100
Pedio.pentosaceus 2 0 0 100 99 99 100 100 100 99 60 100 100 99 20 0 100 0 0 0 100
Pediococcus spp 67 22 100 56 78 100 100 100 99 100 0 11 100 0 0 0 0 0 0 100
Str.sal.thermophilus 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 100 16 0 0 0 0 0 0 0
Tetragen.halophilus 0 11 100 100 100 100 100 100 90 11 10 10 100 0 10 10 0 0 0 100
Weis.confusa 9 14 100 96 100 100 100 100 96 28 14 90 14 0 9 9 0 0 0 95
Weis.viridescens 0 0 100 0 0 0 0 0 100 0 0 80 93 0 0 0 0 0 0 0
Taxon TUR LYX TAG DFUC LFUC DARL LARL GNT 2KG 5KG
Aerc.viridans 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Brocho.thermosphacta 16 0 64 0 0 0 0 0 0 0
Carno.divergens 0 0 0 0 0 0 0 67 0 0
Carno.maltaromaticum 29 0 0 0 0 0 0 43 0 0
Lacto.acidophilus 1 4 0 46 0 0 0 0 0 0 0
Lacto.acidophilus 2 1 0 20 0 0 0 0 0 0 0
Lacto.acidophilus 3 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0
Lacto.brevis 1 14 0 14 0 0 28 14 85 20 14
Lacto.brevis 2 46 0 1 0 0 38 1 76 1 32
Lacto.brevis 3 1 0 1 0 0 3 1 87 1 55
Lacto.buchneri 0 0 0 0 0 0 0 85 0 64
Lacto.collinoides 0 0 5 0 0 0 0 99 0 99
Lacto.crispatus 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Lacto.curvatus 12 0 28 0 0 0 0 0 0 0
Lacto.delb.bulgar. 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0
Lacto.delb.delb. 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0
Lacto.delb.lactis 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Lacto.delb.lactis 2 0 0 33 0 0 0 0 0 0 0
Lacto.fermentum 1 4 0 0 0 0 0 0 73 1 1
Lacto.fermentum 2 0 0 0 0 0 0 0 70 0 70
Lacto.fructivorans 0 0 0 0 0 0 0 90 0 0
Lacto.helveticus 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Lacto.lindneri 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Lacto.para.paracasei 1 80 20 100 0 1 0 40 93 0 0
Lacto.para.paracasei 2 100 16 100 0 0 0 0 83 0 0
Lacto.para.paracasei 3 20 0 60 0 0 0 0 20 1 0
Lacto.pentosus 50 0 1 0 0 0 0 50 0 0
Lacto.plantarum 1 62 0 7 0 0 36 0 62 0 0
Taxon TUR LYX TAG DFUC LFUC DARL LARL GNT 2KG 5KG
Lacto.plantarum 2 1 0 1 0 0 1 0 1 0 0
Lacto.rhamnosus 92 42 99 0 7 0 7 85 0 0
Lacto.salivarius 0 0 0 0 0 1 28 42 0 14
Lc.lactis cremoris 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Lc.lactis cremoris 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Lc.lactis hordniae 0 0 0 0 0 0 0 25 0 0
Lc.lactis lactis 1 0 0 9 0 0 0 0 30 0 0
Lc.lactis lactis 2 0 0 4 0 0 0 0 1 0 0
Lc.raffinolactis 50 0 1 0 0 0 0 0 0 0
Leuco.citreum 100 0 0 0 0 0 0 90 0 0
Leuco.lactis 5 0 5 0 0 0 0 5 0 0
Leuco.mes.mes./dext. 1 99 1 0 0 0 0 0 25 0 0
Leuco.mes.mes./dext. 2 90 0 0 0 0 0 0 4 0 5
Leuco.mesen.cremoris 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Pedio.acidilactici 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0
Pedio.damnosus 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Pedio.damnosus 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Pedio.pentosaceus 1 0 0 67 0 0 0 0 0 1 0
Pedio.pentosaceus 2 0 0 99 0 0 0 0 0 1 0
Pediococcus spp 0 0 67 0 0 0 0 0 0 0
Str.sal.thermophilus 16 16 0 0 0 0 0 0 0 33
Tetragen.halophilus 90 0 100 0 0 10 0 0 0 0
Weis.confusa 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0
Weis.viridescens 0 0 0 0 0 0 0 25 0 0
ID 32 E V4.0
αMAL
ßNAG
ßGUR
αGLU
ßGLU
αGAL
ßGAL
DARL
LARA
MAN
AspA
MNT
LARL
MAL
ADO
ODC
ADH
RHA
GAT
GLU
URE
5KG
SOR
SAC
LDC
INO
IND
TRE
CEL
PLE
LIP
RP
Taxon
Aci./Moraxella spp 0 0 0 26 0 0 0 26 0 0 0 0 0 0 0 2 0 5 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 42
Aci.baumannii 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 79 0 89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 69 96
Aer.hydrophila gr. 0 40 1 0 0 27 0 94 72 94 75 84 68 69 99 98 94 84 0 12 1 87 1 0 0 8 0 51 2 50 0 45
Aer.sobria 0 25 1 0 0 0 0 23 28 13 27 54 59 35 100 83 61 6 0 6 4 54 0 0 0 36 0 33 0 27 0 6
Alcaligenes spp 0 0 21 2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 96
Bord.bronchiseptica 0 0 0 100 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100
Budvicia aquatica 0 0 0 75 0 99 89 0 25 0 1 0 0 0 100 100 0 100 99 0 45 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Burkhol.cepacia 40 2 59 2 1 0 0 38 1 3 0 2 0 40 38 64 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 2 1 0 77 96
Buttiaux.agrestis 62 0 1 0 0 100 16 0 100 100 100 77 1 1 100 100 0 100 1 70 94 100 100 5 1 64 1 100 1 1 87 1
Ced.davisae 98 40 0 0 0 33 0 98 59 100 100 98 0 30 93 100 98 0 100 58 0 100 0 71 0 93 0 100 1 0 100 1
Ced.lapagei 0 97 0 0 0 2 0 99 1 100 97 91 0 54 97 99 0 0 97 2 0 100 0 1 0 0 0 100 0 0 97 1
Ced.neteri 0 93 0 0 0 72 0 100 28 100 100 100 0 8 100 100 100 0 100 1 0 100 0 8 0 72 0 100 93 0 100 0
Chryse.indologenes 0 0 0 96 0 0 0 87 0 60 0 0 40 1 3 0 0 0 0 96 1 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 99
Citro.ama./farmeri 93 44 0 0 0 100 96 0 100 93 100 100 100 0 100 100 14 99 0 1 40 100 100 0 0 12 0 100 96 1 3 37
Citro.braakii 97 64 2 0 0 100 97 1 100 57 100 100 8 0 67 100 17 100 0 0 97 100 97 0 0 82 2 79 99 0 0 63
Citro.freundii 13 43 0 0 0 98 99 1 100 20 99 99 1 0 98 100 91 99 1 1 91 99 99 68 0 4 14 60 88 1 4 45
Citro.koseri 100 99 0 0 0 100 99 0 99 73 100 99 89 0 100 100 17 99 100 4 0 100 99 89 99 95 1 89 65 1 99 1
Citro.sedlakii 100 100 0 0 0 100 0 0 100 21 100 100 97 0 100 99 0 100 0 0 99 100 100 50 0 0 0 90 99 0 97 9
Citro.youngae 1 78 0 0 0 100 99 0 100 1 100 99 1 0 99 100 1 100 0 0 42 100 100 0 0 0 0 21 21 0 5 72
Cro.dublinensis 100 100 1 0 0 100 0 100 0 100 100 100 99 100 100 100 100 100 0 100 100 100 100 50 0 0 0 100 0 100 6 0
Cro.malonaticus 92 78 0 0 0 100 0 92 0 100 100 92 0 78 100 100 100 92 0 100 100 100 100 61 0 38 0 100 0 66 92 0
Cro.muytjensii 100 100 0 0 0 100 0 60 0 100 100 80 100 100 100 100 100 100 0 100 100 100 100 100 0 0 0 100 0 60 100 0
Cro.sakazakii 77 96 1 0 0 100 0 60 9 100 100 100 0 75 100 100 99 93 0 100 100 100 96 99 0 87 0 100 0 56 3 0
Cro.turicensis 99 100 1 0 0 100 0 99 0 100 100 100 0 100 100 100 100 100 0 100 100 100 100 100 0 75 0 100 0 99 100 0
Edwardsiel.hoshinae 100 0 100 0 0 42 0 0 100 0 64 100 45 2 0 99 100 0 0 50 98 100 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0
Edwardsiel.tarda 99 0 100 0 0 82 0 0 100 0 3 99 99 2 0 100 1 7 0 0 46 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0
αMAL
ßNAG
ßGUR
αGLU
ßGLU
αGAL
ßGAL
DARL
LARA
MAN
AspA
MNT
LARL
MAL
ADO
ODC
ADH
RHA
GAT
GLU
URE
5KG
SOR
SAC
LDC
INO
IND
TRE
CEL
PLE
LIP
RP
Taxon
αMAL
ßNAG
ßGUR
αGLU
ßGLU
αGAL
ßGAL
DARL
LARA
MAN
AspA
MNT
LARL
MAL
ADO
ODC
ADH
RHA
GAT
GLU
URE
5KG
SOR
SAC
LDC
INO
IND
TRE
CEL
PLE
LIP
RP
Taxon
αMAL
ßNAG
ßGUR
αGLU
ßGLU
αGAL
ßGAL
DARL
LARA
MAN
AspA
MNT
LARL
MAL
ADO
ODC
ADH
RHA
GAT
GLU
URE
5KG
SOR
SAC
LDC
INO
IND
TRE
CEL
PLE
LIP
RP
Taxon
αMAL
ßNAG
ßGUR
αGLU
ßGLU
αGAL
ßGAL
DARL
LARA
MAN
AspA
MNT
LARL
MAL
ADO
ODC
ADH
RHA
GAT
GLU
URE
5KG
SOR
SAC
LDC
INO
IND
TRE
CEL
PLE
LIP
RP
Taxon
rapid ID 32 E V4.0
ONAG
PNPG
αGAL
MAN
MNT
MNE
CMT
ADO
MAL
ODC
MEL
RHA
ARA
GAT
URE
SOR
GRT
5KG
COL
PPA
RAF
SAC
LDC
TRE
IND
TTR
ESC
FER
CEL
PLE
IDP
OX
Taxon
Aci./Pseudomonas spp 4 7 2 9 2 1 1 0 0 0 0 2 1 1 2 0 0 0 0 2 2 1 7 7 5 1 0 4 15 0 0 37
Aer.sobria 0 1 0 2 99 0 0 0 72 0 38 2 98 0 6 99 0 33 0 0 89 0 93 88 0 98 99 41 47 0 100 99
Ced.neteri 0 0 0 50 100 0 0 0 100 100 100 0 0 100 0 100 0 100 3 100 100 0 0 100 1 100 100 0 42 0 100 0
Citro.ama./farmeri 0 0 99 1 100 97 0 100 100 100 100 0 100 1 0 5 67 19 100 0 100 100 0 89 100 100 100 0 0 0 100 0
Citro.koseri 1 0 99 0 100 96 98 100 99 99 94 0 100 99 0 27 100 100 99 0 100 0 0 100 100 100 100 0 0 0 99 0
Cro.dublinensis 0 0 99 100 100 99 0 100 100 0 100 100 95 33 0 96 0 100 96 0 1 0 0 100 99 100 100 100 0 96 100 0
Cro.malonaticus 0 0 95 78 100 99 1 100 100 1 100 100 0 100 0 100 1 100 100 0 1 0 62 100 93 100 98 100 0 100 100 0
Cro.muytjensii 0 0 37 50 100 99 0 100 100 0 100 100 100 100 0 100 0 0 100 0 17 0 62 100 91 100 100 95 0 100 100 0
Cro.sakazakii 1 0 48 8 100 99 1 97 100 1 100 100 0 0 0 100 0 100 99 0 24 0 61 100 87 100 99 97 0 100 100 0
Cro.turicensis 0 0 5 100 100 99 0 100 100 1 100 100 0 100 0 100 0 100 100 0 0 0 60 100 99 100 100 100 0 100 100 0
Edwardsiel.hoshinae 0 100 100 0 100 0 0 0 100 0 0 0 60 0 0 100 0 0 41 97 100 97 2 0 100 100 100 0 0 0 100 0
Ent.aerogenes 1 100 100 100 100 100 100 99 100 100 99 100 0 99 0 97 0 99 100 64 15 0 33 100 100 100 99 99 11 100 100 0
Ent.cancerogenus 1 0 83 67 100 98 0 98 99 0 83 0 0 99 0 0 0 17 98 67 20 0 1 98 90 98 98 0 1 0 98 0
ONAG
PNPG
αGAL
MAN
MNT
MNE
CMT
ADO
MAL
ODC
MEL
RHA
ARA
GAT
URE
SOR
GRT
5KG
COL
PPA
RAF
SAC
LDC
TRE
IND
TTR
ESC
FER
CEL
PLE
IDP
OX
Taxon
Ent.gergoviae 85 70 100 100 100 100 0 95 100 0 1 90 0 100 0 100 95 0 86 5 90 0 1 90 95 100 86 0 71 76 100 0
Esch.coli 1 83 57 1 99 87 4 82 99 88 1 61 93 1 0 24 1 1 90 7 100 1 0 89 88 99 92 74 1 17 91 0
Esch.hermannii 1 7 100 13 100 100 7 95 100 0 100 0 99 0 0 1 0 0 100 0 100 38 0 95 100 100 100 0 0 1 100 0
K.oxytoca 58 97 0 98 99 100 99 98 100 100 96 100 94 94 0 100 99 95 96 28 1 5 1 99 100 99 100 74 66 100 100 0
K.pneum.pneumoniae 2 99 100 0 99 100 100 10 99 100 99 99 100 0 90 0 99 90 100 99 99 44 1 1 100 99 100 99 89 43 100 100 0
Kluy.ascorbata 1 96 99 100 100 100 0 87 97 13 100 100 87 99 0 99 99 100 93 47 20 0 0 100 93 100 89 93 1 100 100 0
Kluy.cryocrescens 0 25 98 100 100 100 0 94 78 33 100 100 85 89 0 56 100 100 44 31 1 0 0 100 56 100 89 100 1 100 100 0
Lecl.adecarboxylata 0 0 0 100 100 100 81 50 100 9 100 100 94 100 0 44 0 0 88 0 91 0 1 100 88 100 100 92 0 31 94 0
Morg.morganii 97 5 70 0 100 0 0 0 0 0 0 0 95 0 70 0 0 0 0 96 95 97 0 0 86 99 0 0 90 0 10 0
ONAG
PNPG
αGAL
MAN
MNT
MNE
CMT
ADO
MAL
ODC
MEL
RHA
ARA
GAT
URE
SOR
GRT
5KG
COL
PPA
RAF
SAC
LDC
TRE
IND
TTR
ESC
FER
CEL
PLE
IDP
OX
Taxon
Pecto.atrosepticum 0 0 0 1 100 0 0 0 91 0 0 1 0 0 0 35 0 0 0 0 1 0 0 99 0 12 0 8 0 1 0 0
Prov.alcalifaciens 0 0 1 0 92 0 40 0 0 0 0 0 92 1 97 20 0 0 0 100 56 90 4 0 0 90 0 0 99 0 4 0
Prov.rettgeri 100 0 0 40 99 0 82 55 60 0 0 0 90 1 99 15 0 0 0 91 48 85 6 12 1 91 0 0 77 0 3 0
Prov.stuartii 33 0 0 1 97 0 3 0 1 0 0 0 77 0 99 13 0 0 0 100 78 90 89 3 0 95 0 0 89 0 96 0
Rahnella aquatilis 1 0 0 100 100 56 0 63 100 94 29 100 0 94 0 100 50 0 33 11 6 0 0 100 0 100 100 86 67 90 78 0
Raou.ornithinolytica 99 95 99 100 100 100 100 100 100 100 100 100 91 100 0 100 90 100 100 82 50 0 1 100 100 100 100 57 38 99 100 0
Raou.terrigena 0 100 0 100 100 100 98 100 100 98 99 100 0 100 0 100 100 100 27 7 1 67 0 100 20 100 100 33 83 100 100 0
Salm.enter.arizonae 0 100 85 0 100 98 0 92 100 90 1 50 0 100 0 0 0 0 0 0 100 100 0 100 90 100 60 100 1 0 70 0
Ser.fonticola 1 75 99 100 100 78 97 100 100 100 0 100 0 100 0 22 0 100 15 78 100 91 79 100 15 100 56 5 10 100 100 0
Ser.grimesii 2 100 97 38 100 1 0 0 100 97 0 69 0 0 0 100 100 0 0 100 100 1 50 96 0 100 80 97 100 69 100 0
ONAG
PNPG
αGAL
MAN
MNT
MNE
CMT
ADO
MAL
ODC
MEL
RHA
ARA
GAT
URE
SOR
GRT
5KG
COL
PPA
RAF
SAC
LDC
TRE
IND
TTR
ESC
FER
CEL
PLE
IDP
OX
Taxon
Ser.marcescens 1 0 99 92 92 98 0 74 0 99 95 0 0 0 0 0 95 67 0 0 93 95 35 95 57 0 98 67 1 14 1 99 0
Ser.marcescens 2 0 63 84 67 99 43 0 0 88 71 5 5 0 5 0 99 67 10 10 83 91 8 33 77 10 100 42 10 1 10 99 0
Ser.plymuthica 3 0 0 99 100 38 0 0 90 50 19 5 0 0 0 95 70 14 0 37 88 0 89 97 0 92 22 8 99 20 92 0
Y.ruckeri 0 0 0 0 100 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 94 83 17 0 0 0 75 0
ID 32 STAPH V3.0
NOVO
ßGUR
ßGAL
PYRA
MAN
MNE
ArgA
MAL
NAG
ADH
ODC
ARA
GLU
URE
TUR
FRU
RAF
SAC
LAC
TRE
PAL
ESC
CEL
NIT
RIB
VP
Taxon
Derma.nishinomiyaen. 0 10 0 1 10 0 0 0 10 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0
Mic.luteus 38 0 0 0 0 1 0 0 0 5 0 0 5 1 1 92 10 74 0 1 0 0 0 0 0 0
Mic.lylae 0 11 0 1 0 11 0 0 0 1 0 0 11 0 1 44 0 44 0 1 11 11 0 0 0 0
Staph.capitis 10 53 1 0 97 100 86 47 26 0 30 1 88 81 0 1 5 3 7 72 0 1 0 0 7 0
NOVO
ßGUR
ßGAL
PYRA
MAN
MNE
ArgA
MAL
NAG
ADH
ODC
ARA
GLU
URE
TUR
FRU
RAF
SAC
LAC
TRE
PAL
ESC
CEL
NIT
RIB
VP
Taxon
Staph.gallinarum 100 0 0 99 100 100 100 100 43 96 96 86 100 1 43 0 99 4 57 100 100 86 100 99 1 86
Staph.haemolyticus 1 91 0 1 99 77 1 100 80 97 64 0 89 95 1 0 3 98 1 99 94 45 1 29 18 0
Staph.kloosii 50 0 0 1 99 100 0 50 50 89 96 5 0 44 33 0 56 56 98 5 5 0 33 44 56 0
Staph.saprophyticus 97 0 0 0 99 99 0 99 93 99 84 0 4 96 93 1 4 29 93 99 68 85 0 1 1 1
Staph.warneri 94 30 0 0 99 99 14 98 19 93 70 0 33 92 0 0 1 1 4 100 10 26 0 67 16 0
MßDG
ßMAN
ßNAG
ßGUR
ßGAR
ßGLU
αGAL
APPA
GLYG
ßGAL
DARL
CDEX
PYRA
LARA
MAN
MAL
ADH
MEL
MLZ
TAG
GTA
URE
SOR
RAF
SAC
PUL
LAC
TRE
PAL
HIP
RIB
VP
Taxon
Aerc.viridans 1 70 3 30 60 0 28 75 25 79 91 42 1 0 10 83 0 0 92 10 10 95 4 0 100 1 0 65 1 1 1 0
Alloiococcus otitis 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 30 0 0 0 99 99 0 0 25 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Entero.durans 100 90 2 0 30 0 99 0 0 95 46 0 99 1 61 99 74 40 15 0 0 99 1 0 26 15 0 85 26 80 61 0
Entero.faecalis 99 99 2 1 1 5 99 99 80 98 95 1 99 1 1 99 50 50 26 1 0 99 0 74 95 1 1 99 95 50 99 0
Entero.faecium 1 99 99 10 1 50 0 99 98 1 99 95 0 99 1 95 99 50 8 38 1 0 99 30 0 99 99 1 83 8 15 90 1
Entero.faecium 2 99 88 1 0 99 0 99 99 1 99 99 99 99 0 66 99 2 1 25 1 0 99 99 0 66 99 1 44 2 17 91 1
Entero.saccharolyt. 0 100 1 0 100 0 0 100 99 99 100 100 1 0 1 0 99 99 0 0 0 100 100 100 100 0 99 100 0 0 100 0
Erysi.rhusiopathiae 42 1 99 0 0 28 0 0 0 75 0 0 0 64 0 100 80 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Gardnerel.vaginalis 0 0 82 0 0 99 95 0 0 1 1 0 0 99 82 0 0 0 74 50 50 100 0 0 1 10 0 0 0 0 70 0
Gem.haemolysans 0 0 0 0 0 55 1 15 5 0 0 0 10 10 0 70 0 10 0 0 0 95 0 0 44 1 0 0 0 0 0 0
Gem.morbillorum 2 1 0 0 0 8 0 1 0 0 9 2 2 55 0 25 0 44 0 0 15 100 0 0 81 0 0 0 10 0 0 2
Globi.sanguinis 1 70 17 17 95 4 75 82 35 60 95 89 0 25 95 40 0 0 60 82 50 95 89 0 100 45 0 70 35 45 0 0
MßDG
ßMAN
ßNAG
ßGUR
ßGAR
ßGLU
αGAL
APPA
GLYG
ßGAL
DARL
CDEX
PYRA
LARA
MAN
MAL
ADH
MEL
MLZ
TAG
GTA
URE
SOR
RAF
SAC
PUL
LAC
TRE
PAL
HIP
RIB
VP
Taxon
Granuli.adiacens 1 3 0 30 1 0 0 1 0 3 0 0 0 99 0 70 25 1 0 0 0 90 0 0 99 0 0 0 60 0 0 0
Lc.lactis cremoris 0 26 30 0 0 30 0 0 0 96 1 0 96 99 0 1 0 0 66 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
Leuconostoc spp 2 36 44 0 72 5 25 36 0 44 55 50 94 33 91 0 0 0 2 0 0 80 61 0 72 16 2 13 0 0 19 0
Str.dys.equisimilis 99 3 5 85 0 98 97 0 0 50 99 0 1 99 1 0 0 1 2 30 99 100 0 0 99 1 0 60 1 0 24 1
Str.equi equi 100 1 0 100 0 100 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 100 100 100 0 0 100 0 0 99 0 26 70 0
MßDG
ßMAN
ßNAG
ßGUR
ßGAR
ßGLU
αGAL
APPA
GLYG
ßGAL
DARL
CDEX
PYRA
LARA
MAN
MAL
ADH
MEL
MLZ
TAG
GTA
URE
SOR
RAF
SAC
PUL
LAC
TRE
PAL
HIP
RIB
VP
Taxon
Str.mitis 1 1 0 65 0 10 39 17 0 1 97 9 11 4 99 1 1 1 30 1 0 98 99 5 0 100 0 0 0 1 0 1 0
Str.mitis 2 14 1 20 0 24 8 1 0 1 60 45 60 9 100 1 0 0 28 0 0 34 70 0 0 89 0 0 1 3 0 0 0
Str.mutans 1 99 0 0 99 1 0 99 80 98 99 99 99 74 0 1 1 0 1 1 0 99 95 1 100 0 1 74 50 0 0 0
Str.oralis 3 0 0 89 0 6 11 5 0 0 68 13 68 7 100 0 0 0 0 0 0 0 24 0 0 47 6 0 0 6 0 0 0
Str.pneumoniae 26 26 88 1 84 1 0 0 0 99 95 84 1 99 2 23 74 90 1 1 74 79 5 0 98 1 0 14 2 0 0 0
Str.pyogenes 98 0 0 15 0 100 1 8 0 99 99 1 1 99 0 99 0 1 0 35 85 99 0 0 99 0 0 97 0 0 35 0
MßDG
ßMAN
ßNAG
ßGUR
ßGAR
ßGLU
αGAL
APPA
GLYG
ßGAL
DARL
CDEX
PYRA
LARA
MAN
MAL
ADH
MEL
MLZ
TAG
GTA
URE
SOR
RAF
SAC
PUL
LAC
TRE
PAL
HIP
RIB
VP
Taxon
Str.uberis 1 100 100 30 99 15 5 99 100 99 100 99 20 100 100 1 30 1 1 90 5 1 100 1 1 100 0 0 100 5 1 0 0
Str.uberis 2 100 100 1 1 15 1 99 100 99 100 99 10 100 100 0 10 1 0 50 1 1 100 1 10 100 0 0 100 30 30 0 0
ID 32 C V4.0
MDG
MAN
NAG
MAL
MEL
GNT
RHA
MLZ
ARA
GLU
GLN
2KG
SOR
GRT
GAL
ACT
SAC
RAF
INO
GLY
LAC
ERY
TRE
LAT
SBE
LVT
CEL
XYL
PLE
RIB
Taxon
MDG
MAN
NAG
MAL
MEL
GNT
RHA
MLZ
ARA
GLU
GLN
2KG
SOR
GRT
GAL
ACT
SAC
RAF
INO
GLY
LAC
ERY
TRE
LAT
SBE
LVT
CEL
XYL
PLE
RIB
Taxon
MDG
MAN
NAG
MAL
MEL
GNT
RHA
MLZ
ARA
GLU
GLN
2KG
SOR
GRT
GAL
ACT
SAC
RAF
INO
GLY
LAC
ERY
TRE
LAT
SBE
LVT
CEL
XYL
PLE
RIB
Taxon
Rhodo.glutinis 80 9 99 0 0 61 28 92 84 97 30 25 55 70 68 66 9 74 0 0 3 84 28 0 55 0 0 99 20 0
Rhodo.minuta 8 0 86 57 14 86 71 0 3 86 97 0 43 86 29 100 0 0 0 0 99 86 99 1 43 8 0 99 1 0
Rhodo.mucilaginosa 95 0 100 0 0 85 15 100 72 85 0 0 38 90 92 50 5 71 0 0 0 71 26 0 57 0 0 100 8 0
Saccharo.cerevisiae 63 1 89 4 65 1 7 89 91 34 0 28 2 0 2 5 2 28 1 5 0 15 4 0 2 2 2 100 1 2
Saprochaete capita 31 92 0 0 33 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 92 25 0
Sch.etch./Pri.carso. 90 0 100 91 36 18 50 0 100 64 99 100 100 60 12 60 0 100 12 0 0 99 12 0 100 0 0 100 91 30
Sch.polymorphus 100 98 100 100 1 50 99 100 100 100 100 100 100 95 25 40 1 100 60 60 0 100 63 0 100 60 0 100 99 99
Sporo.salmonicolor 20 0 30 0 0 0 0 30 0 85 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 85 0 85 0 0 85 0 0
Tricho.asahii 99 99 99 100 100 98 100 0 100 95 100 99 30 100 100 75 75 100 98 1 98 70 100 1 17 100 25 100 17 98
Tricho.inkin 95 50 100 99 100 0 100 0 100 97 100 100 1 100 100 50 0 100 70 1 75 95 100 1 97 100 97 100 25 70
Tricho.mucoides 100 99 100 100 100 100 99 99 100 100 100 99 99 100 100 99 99 100 99 100 100 94 100 1 99 100 100 100 94 99
Zygosacch.spp 17 1 1 0 6 0 1 6 6 1 1 1 65 1 0 59 1 6 0 1 1 6 1 0 63 0 0 99 0 6
rapid ID 32 A V3.3
ßNAG
ßGUR
αARA
αGLU
ßGLU
αFUC
αGAL
ßGAL
PYRA
PheA
LeuA
MNE
ArgA
ProA
GlyA
SerA
AlaA
TyrA
GGA
ADH
HisA
GDC
URE
ßGP
LGA
RAF
IND
PAL
NIT
Taxon
0
Actino.israelii 0 36 100 90 54 100 100 81 0 0 54 36 45 0 0 0 100 0 100 100 0 90 36 45 0 0 0 0 9 0
Actino.meyeri 0 7 0 92 15 100 7 0 7 53 7 7 15 0 7 100 100 76 100 100 7 90 58 100 0 0 0 69 46 91
Actino.naeslundii 9 20 100 100 9 60 100 9 9 10 80 81 54 0 1 26 79 0 80 90 18 81 37 45 9 9 0 20 0 9
Actino.odontolyticus 0 28 0 78 35 92 64 0 0 0 0 0 100 0 0 100 92 71 100 100 0 100 92 85 0 0 0 100 21 78
Actino.viscosus 18 10 100 100 27 100 100 18 0 9 63 90 81 0 9 9 90 18 100 100 9 90 70 81 0 0 0 9 9 9
Anaerob.succiniprod. 0 0 0 25 0 25 0 0 0 100 0 0 0 0 0 85 0 0 0 5 0 0 83 100 0 2 0 0 0 15
Anaeroc.prevotii 0 4 0 0 0 20 0 0 5 0 5 0 0 0 1 100 0 5 0 75 53 35 1 3 0 0 0 57 1 5
Bac.caccae 1 0 100 100 2 67 91 99 3 100 100 99 0 0 100 100 0 100 33 100 0 90 100 3 67 95 0 91 92 5
Bac.eggerthii 0 0 11 100 1 100 100 89 0 100 98 5 0 95 100 0 0 100 0 0 0 0 100 10 99 10 0 1 94 0
Bac.fragilis 0 1 100 100 3 99 88 2 4 99 98 98 1 0 100 85 0 99 55 94 4 80 99 4 97 97 0 40 85 2
Bac.ovatus 0 0 99 99 1 100 99 99 1 99 99 97 0 96 100 3 1 97 0 6 0 0 100 0 51 31 0 1 90 0
Bac.stercoris 0 0 15 100 1 100 90 3 0 100 100 99 0 100 100 1 0 100 1 1 1 1 100 1 22 17 0 1 100 0
Bac.thetaiotaomicron 0 0 99 99 2 100 99 95 2 100 99 85 0 99 100 76 0 100 25 77 0 21 100 3 80 75 0 49 97 2
Bac.uniformis 0 1 98 100 1 100 99 96 1 100 99 97 0 99 100 2 1 100 1 2 0 1 100 0 68 85 0 1 99 0
Bac.vulgatus 0 0 100 100 20 100 0 100 25 100 97 99 0 0 100 5 0 100 0 0 40 0 100 97 70 85 0 1 99 0
Bif.adolescentis 1 0 0 100 100 99 100 100 50 0 0 1 25 0 0 1 50 100 0 25 25 0 25 0 50 0 1 0 25 1 1
Bif.adolescentis 2 0 0 100 100 50 100 100 99 0 0 90 99 0 0 1 90 100 0 90 88 0 90 0 90 0 1 0 10 1 1
Bifidobacterium spp 0 0 100 100 9 100 91 45 0 64 99 93 0 1 5 100 99 27 99 91 9 99 64 99 0 9 0 91 1 91
Camp.ureolyticus 82 30 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 32 0 41 41 13 8 5 41 0 5 22 24 43 0 0 5 3 1
Capnocytophaga spp 0 80 40 90 90 100 90 0 0 90 90 90 60 0 99 100 100 100 100 100 50 100 100 100 50 0 0 100 100 100
Cl.acetobutylicum 1 0 3 28 50 75 83 73 1 28 90 50 0 0 10 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0 0 5 0
Cl.baratii 0 0 100 75 100 1 75 0 100 75 10 0 1 0 1 0 0 0 0 0 50 0 0 0 1 1 0 0 0 0
Cl.beijer./butyricum 0 0 93 87 76 95 28 49 3 10 30 28 1 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 1 3 0 0 0 0 0
Cl.bifermentans 0 0 0 0 0 10 2 0 0 10 0 0 0 67 0 0 65 0 8 21 0 17 0 0 0 10 0 0 0 0
Cl.botulinum 1 0 43 43 0 0 0 4 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 0 0 0 0 0
ßNAG
ßGUR
αARA
αGLU
ßGLU
αFUC
αGAL
ßGAL
PYRA
PheA
LeuA
MNE
ArgA
ProA
GlyA
SerA
AlaA
TyrA
GGA
ADH
HisA
GDC
URE
ßGP
LGA
RAF
IND
PAL
NIT
Taxon
0
Cl.botulinum 2 0 13 0 17 0 99 4 0 0 33 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
Cl.botulinum 3 0 99 0 0 0 96 50 0 0 1 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0
Cl.cadaveris 0 0 0 1 0 0 1 0 0 100 0 0 0 96 0 0 3 0 0 0 97 0 0 0 0 5 0 0 0 0
Cl.clostridioforme 0 0 89 100 6 63 72 54 22 54 72 45 0 6 1 0 0 54 0 0 45 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Cl.difficile 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 63 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0
Cl.fallax 73 5 25 90 79 15 5 0 70 20 25 0 0 0 10 5 0 0 0 0 15 5 0 4 0 4 0 0 0 4
Cl.glycolicum 1 0 1 2 0 3 0 0 2 0 0 0 0 0 91 0 100 0 0 50 6 0 1 0 1 0 0 2 0 0
Cl.histolyticum 0 50 25 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0 0 0 0 100 20 0 0 0 1 0 0 0 0
Cl.innocuum 0 0 0 0 10 0 90 0 0 0 99 0 0 0 0 0 0 0 0 0 80 0 0 0 1 0 0 0 0 0
Cl.paraputrificum 0 0 0 100 80 35 90 0 0 100 26 0 0 5 0 0 0 0 0 0 47 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Cl.perfringens 1 62 95 97 14 75 57 0 52 95 97 95 24 1 95 10 0 0 5 10 98 5 5 5 48 24 0 0 0 0
Cl.ramosum 0 0 30 100 85 82 80 0 0 100 25 25 0 0 0 0 0 50 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Cl.septicum 0 5 0 100 3 25 3 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 1 0 0 0 0 0
Cl.sordellii 1 97 1 1 1 1 15 0 0 0 0 0 0 0 99 1 0 99 0 0 8 15 0 1 0 1 1 0 1 0 0
Cl.sordellii 2 97 89 1 99 1 99 0 0 0 0 0 0 0 99 11 0 99 0 0 1 78 0 11 0 89 78 0 1 0 0
Cl.sporogenes 0 70 0 1 0 54 50 0 0 1 0 0 0 0 0 0 73 0 0 0 73 1 0 0 23 1 0 0 1 1
Cl.subterminale 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 46 0 54 38 100 90 90 90 62 15 0 0 0 0 8
Cl.tertium 0 1 93 100 88 75 75 0 3 75 50 15 10 0 0 0 0 0 0 0 20 0 0 0 3 0 0 0 0 0
Cl.tetani 0 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 50 0 0 10 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0
Cl.tyrobutyricum 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 50 0 85 0 0 0 0 0 0 0 32 0 0 5 0 0 0 0 0 0
Eggerthella lenta 7 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0 1 70 20 0 20 20 0 20 20 5 10 5 0 12 0 30
Eubac.limosum 0 4 0 0 0 0 7 0 0 0 22 4 0 0 25 5 9 88 0 0 0 0 0 26 50 4 0 0 0 0
Finegoldia magna 0 37 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 25 98 1 55 2 98 98 28 64 83 0 9 0 72 6 60
Fuso.mortiferum 0 10 100 100 90 25 10 0 0 0 90 90 0 1 100 0 0 0 0 10 93 0 0 0 1 15 0 0 3 0
Fuso.necrogenes 0 0 98 75 75 25 25 0 0 0 30 0 0 0 100 0 0 0 0 0 1 0 0 2 25 1 0 0 0 0
Fuso.necrophorum 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0 0 0 0 100 95 0 0 0 0 0 25 0 1 0 25 1 0 0 0 0
ßNAG
ßGUR
αARA
αGLU
ßGLU
αFUC
αGAL
ßGAL
PYRA
PheA
LeuA
MNE
ArgA
ProA
GlyA
SerA
AlaA
TyrA
GGA
ADH
HisA
GDC
URE
ßGP
LGA
RAF
IND
PAL
NIT
Taxon
0
Fuso.nucleatum 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 40 17 0 0 0 0
Fuso.varium 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 0 0 90 0 0 0 0 0 0 99 0 0 0 50 1 0 0 0 0
Gem.morbillorum 0 28 0 58 0 78 20 0 6 50 83 0 13 0 7 86 26 13 66 71 0 93 92 20 0 0 0 70 0 75
Lacto.acidophilus 0 0 50 75 0 100 100 0 0 50 100 0 0 0 0 100 50 0 100 100 10 100 100 99 0 0 0 100 1 100
Lepto.buccalis 0 0 50 10 99 95 100 0 0 13 100 50 10 0 99 0 0 0 0 0 50 3 0 0 10 3 0 3 0 0
Mobiluncus spp 0 83 42 8 0 67 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99 100 42 8 50 0 0 0 100 0 0 0 75 0 1
Parab.distasonis 0 0 100 100 9 100 99 99 0 100 100 99 1 0 100 100 0 100 73 100 91 36 100 91 98 2 0 98 99 36
Parab.merdae 0 0 100 100 70 81 0 100 15 100 69 15 0 0 100 100 0 100 23 100 53 33 100 100 30 46 0 54 76 30
Parvimonas micra 0 10 0 0 0 0 10 0 0 0 10 0 0 0 100 99 90 90 99 100 90 80 100 90 10 1 0 100 80 100
Peptoni.asacchar. 5 11 0 0 0 9 2 0 2 0 9 0 0 92 12 83 3 3 0 57 0 70 0 22 0 11 0 79 1 4
Peptoni.indolicus 0 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 100 100 100 0 1 0 25 0 62 0 25 0 18 0 100 0 1
Por.asaccharolytica 0 0 0 1 0 0 4 0 0 1 0 0 0 100 100 14 0 100 14 74 0 0 100 0 0 85 0 29 80 0
Por.endodontalis 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 100 100 0 0 99 0 1 0 0 100 0 0 1 0 1 1 0
Por.gingivalis 0 50 0 100 71 0 0 0 0 100 0 0 0 100 93 100 0 100 0 0 21 0 100 0 14 0 0 0 93 1
Prev.bivia 0 0 0 100 99 99 1 0 1 100 92 15 0 0 100 46 0 100 8 31 0 8 100 96 46 98 0 46 98 1
Prev.buccae 0 0 100 100 67 89 89 99 0 3 67 67 0 0 100 0 0 100 0 0 0 0 100 0 0 5 0 0 56 0
Prev.buccalis 0 0 100 100 100 100 99 0 0 100 0 5 0 0 100 100 0 100 0 5 0 0 100 0 5 99 0 95 99 0
Prev.denticola 0 0 89 100 100 100 36 0 0 100 72 63 0 0 100 17 0 100 0 30 0 0 100 0 0 90 0 10 85 0
Prev.disiens 0 0 10 0 0 100 0 0 0 0 20 0 0 0 98 98 0 100 1 25 0 10 100 98 0 0 0 85 100 0
Prev.intermedia 0 0 17 0 0 100 0 0 0 0 31 69 0 97 92 62 0 99 0 8 0 0 100 0 0 92 0 15 82 0
Prev.loescheii 0 0 100 100 60 100 95 0 0 100 60 60 0 0 100 11 0 100 0 0 0 0 100 0 0 40 0 9 95 0
Prev.melaninogenica 0 0 99 100 100 100 19 2 0 100 76 81 0 0 100 90 0 100 0 19 0 0 100 0 10 94 0 24 90 0
Prev.oralis 0 0 66 95 77 100 77 0 0 95 66 44 0 0 100 44 0 100 0 16 0 0 100 3 0 48 0 33 62 0
Prop.acnes 0 62 0 69 0 23 0 0 0 90 46 0 85 62 0 88 100 54 8 69 1 8 85 91 0 0 0 8 0 69
Prop.granulosum 0 1 40 20 0 99 20 20 0 20 50 1 0 0 0 0 95 20 0 0 0 0 95 93 0 0 0 0 0 25
Prop.propionicum 10 1 100 90 10 100 30 14 0 0 40 40 86 0 0 70 30 30 100 70 30 100 60 60 10 50 0 50 10 50
ßNAG
ßGUR
αARA
αGLU
ßGLU
αFUC
αGAL
ßGAL
PYRA
PheA
LeuA
MNE
ArgA
ProA
GlyA
SerA
AlaA
TyrA
GGA
ADH
HisA
GDC
URE
ßGP
LGA
RAF
IND
PAL
NIT
Taxon
0
Psflav.capillosus 0 0 100 100 86 12 100 0 33 100 33 33 0 0 100 0 0 100 0 33 0 0 100 0 33 86 0 0 67 0
Pstr.anaerobius 0 8 0 0 0 100 0 0 0 0 4 1 1 0 0 4 99 0 0 0 0 0 0 16 16 1 0 0 1 1
Veillonella spp 1 69 0 1 0 0 3 0 0 0 0 0 100 0 6 0 0 0 0 6 63 0 0 0 0 1 0 1 0 1
ID 32 GN V3.2
mOBE
3OBU
PROP
pOBE
GLYG
MAN
VALT
MNT
NAG
MAL
MEL
RHA
PRO
ARA
GLU
SOR
5KG
2KG
SUB
FUC
CAP
ACE
ALA
SAC
INO
SER
LAT
SAL
RIB
HIS
ITA
CIT
Taxon
Achro.xylosoxidans 3 0 0 0 0 0 99 99 0 99 99 99 0 99 0 0 0 0 0 75 99 99 99 75 0 0 25 2 96 2 75 99
Aci.haemolyticus 0 0 0 0 0 8 0 8 17 99 0 99 0 0 0 0 0 0 0 60 100 99 65 73 0 0 0 1 13 52 95 99
Aci.lwoffii 0 1 0 0 0 0 0 77 1 100 99 91 0 1 0 0 1 0 0 60 63 99 7 0 0 0 1 0 18 1 0 71
Aer.salm.salmonicida 0 52 72 0 20 72 0 0 4 0 0 4 72 92 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 4 72 0 0 4 0 68 4
Bord.bronchiseptica 0 0 0 0 0 0 100 0 0 99 99 25 0 0 0 0 0 0 0 99 1 75 95 0 1 0 0 0 99 0 14 99
Brev.diminuta 0 0 0 0 8 0 0 0 1 90 0 24 1 0 0 0 0 0 0 72 33 77 0 92 0 8 8 8 85 18 0 92
Brev.vesicularis 15 20 10 0 1 93 0 1 0 25 1 0 1 94 5 1 1 0 0 25 0 25 0 1 0 1 0 1 82 0 3 60
Burkhol.pseudomallei 0 100 10 100 60 1 1 100 60 100 100 100 100 100 0 0 99 100 0 100 100 100 99 100 1 100 1 100 100 100 100 100
Citro.ama./farmeri 100 100 100 0 12 89 11 0 0 99 100 100 89 100 98 11 100 100 99 96 43 11 75 1 89 22 96 100 0 96 100 88
Citro.freundii group 94 100 100 61 67 100 0 0 6 99 99 100 100 100 1 80 99 98 100 94 27 6 99 75 99 0 78 100 96 0 99 94
Citro.koseri 99 100 100 99 29 100 0 0 92 93 99 99 100 100 69 1 86 99 100 93 44 0 99 77 100 0 93 100 1 0 100 69
Com.testosteroni 0 0 0 0 0 0 65 95 0 100 100 24 0 0 0 0 0 0 0 90 56 99 10 24 0 1 47 1 90 97 6 95
mOBE
3OBU
PROP
pOBE
GLYG
MAN
VALT
MNT
NAG
MAL
MEL
RHA
PRO
ARA
GLU
SOR
5KG
2KG
SUB
FUC
CAP
ACE
ALA
SAC
INO
SER
LAT
SAL
RIB
HIS
ITA
CIT
Taxon
mOBE
3OBU
PROP
pOBE
GLYG
MAN
VALT
MNT
NAG
MAL
MEL
RHA
PRO
ARA
GLU
SOR
5KG
2KG
SUB
FUC
CAP
ACE
ALA
SAC
INO
SER
LAT
SAL
RIB
HIS
ITA
CIT
Taxon
Lecl.adecarboxylata 100 100 100 0 24 100 0 0 50 96 100 99 100 100 100 99 0 10 100 1 0 1 0 88 1 17 0 100 1 0 99 100
M.lacunata 0 0 0 0 1 0 0 1 1 37 30 12 0 0 0 0 6 25 1 1 1 6 12 31 0 0 1 6 0 6 25 68
M.osloensis 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 100 67 0 1 0 0 0 0 0 99 53 93 0 0 0 0 0 0 99 0 77 1
Methylo.mesophilicum 0 1 0 0 0 0 0 10 50 5 100 0 0 10 0 0 0 0 25 0 0 1 1 0 0 0 0 0 100 0 5 1
Moell.wisconsensis 5 100 100 0 100 2 0 1 1 5 100 1 90 100 2 100 0 5 5 1 1 1 100 5 2 0 0 25 0 0 100 100
Morg.morganii 0 100 100 0 0 0 0 0 0 0 99 99 0 100 0 0 0 0 0 99 0 0 12 0 0 0 0 5 0 0 100 99
Myroides spp 0 0 0 0 1 30 0 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 2 0 1 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 2 98
Ochrobac.anthropi 100 100 100 100 100 100 0 0 0 100 100 100 89 100 7 0 100 23 100 89 100 67 99 99 83 0 0 100 73 99 100 100
Oligella spp 0 0 0 0 0 5 78 0 0 68 84 99 0 0 0 0 0 0 0 42 0 78 68 0 0 0 5 0 89 21 0 89
Pantoea spp 1 91 99 100 90 86 99 0 0 3 51 79 82 100 100 75 30 24 30 99 0 0 0 73 82 48 0 0 98 0 0 89 98
Pantoea spp 2 100 100 100 0 46 100 0 0 46 92 92 100 92 100 100 99 8 69 100 0 0 0 46 84 7 7 0 100 15 7 100 100
Plesio.shigelloides 1 99 100 100 0 100 0 0 0 8 0 0 0 100 0 14 57 1 0 0 64 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 50
Proteus mirabilis 0 99 85 0 25 2 0 0 0 90 85 99 0 85 1 1 0 0 0 0 0 1 90 13 0 0 1 0 0 1 100 99
Proteus penneri 5 100 99 5 100 100 0 0 0 95 95 95 5 95 0 5 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 95
Proteus vulgaris gr. 0 100 95 1 99 95 1 0 0 90 90 90 1 99 60 1 1 1 0 0 1 1 30 1 1 0 1 1 0 0 99 99
Prov.alcalifaciens 0 100 100 0 5 0 0 0 0 100 0 55 0 100 0 0 0 0 0 0 33 0 100 100 0 0 0 0 0 0 85 96
Prov.rettgeri 56 100 100 100 11 0 0 0 0 89 1 86 99 99 44 0 0 0 0 0 75 0 99 99 0 0 0 78 0 0 99 100
Prov.rustigianii 0 100 100 0 6 0 0 0 0 100 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 100 93 0 0 0 0 0 0 100 100
Prov.stuartii 3 99 94 89 26 10 0 0 0 91 6 92 6 91 12 12 6 3 3 13 55 13 89 88 0 3 6 6 3 6 96 99
Ps.aeruginosa 1 5 95 50 1 0 1 90 20 94 99 100 99 85 95 1 1 1 0 0 95 99 99 95 95 0 1 1 95 94 90 50 99
Ps.aeruginosa 2 0 27 18 0 0 0 90 0 45 45 72 90 18 81 0 0 0 0 9 9 63 45 81 27 9 0 9 54 36 36 1 90
Ps.alcaligenes 0 0 0 0 0 10 70 20 0 100 100 99 0 0 0 0 0 0 1 98 99 94 75 50 0 10 1 0 78 5 70 100
Ps.fluorescens 1 6 99 85 1 7 0 1 11 64 100 100 100 99 100 0 0 0 0 28 99 100 100 100 85 0 0 0 97 99 99 85 100
Ps.fluorescens 2 6 81 99 72 72 0 99 11 72 100 99 100 100 100 0 0 27 36 90 98 100 98 90 100 81 0 9 97 99 99 99 100
Ps.luteola 90 0 99 100 0 95 1 0 25 40 95 90 95 100 50 1 99 0 100 50 90 10 75 0 0 0 0 100 40 66 100 100
Ps.mendocina 0 5 0 0 0 1 90 5 89 99 90 100 1 90 0 0 0 0 0 90 95 100 90 100 0 5 5 5 90 5 100 100
mOBE
3OBU
PROP
pOBE
GLYG
MAN
VALT
MNT
NAG
MAL
MEL
RHA
PRO
ARA
GLU
SOR
5KG
2KG
SUB
FUC
CAP
ACE
ALA
SAC
INO
SER
LAT
SAL
RIB
HIS
ITA
CIT
Taxon
Ps.oryzihabitans 85 10 90 90 20 90 5 9 25 99 100 90 81 90 0 10 25 90 90 10 85 18 81 80 10 1 0 90 90 90 90 90
Ps.putida 1 2 73 6 2 2 14 0 56 98 100 96 15 100 1 1 0 10 53 98 96 99 96 96 0 1 2 76 90 86 80 100
Ps.stutzeri 5 5 0 0 5 70 76 15 85 99 90 100 76 90 0 0 0 0 1 48 76 95 90 22 0 76 10 4 90 25 50 99
Rahnella aquatilis 100 100 95 0 100 100 0 0 26 74 74 90 100 100 96 99 97 97 100 0 0 0 96 56 97 0 0 100 0 1 94 99
Ralst.pickettii 0 25 0 0 0 0 10 90 85 100 100 99 1 99 0 0 1 0 95 90 90 90 99 80 0 0 0 90 99 80 10 100
Raoultella spp 100 100 100 100 100 100 0 18 99 100 97 100 99 100 97 100 98 100 100 0 62 2 100 97 99 30 30 99 97 98 100 97
Rzb.radiobacter 100 100 100 99 100 100 0 0 0 99 90 99 100 100 100 99 100 99 100 90 25 25 0 99 25 5 0 100 75 99 80 100
S.putrefaciens gr. 0 97 5 0 0 0 0 0 0 99 100 86 0 0 0 0 0 0 14 99 99 100 0 10 0 0 0 0 75 0 99 30
Salm.Paratyphi A 100 100 100 0 0 100 0 0 1 80 100 1 100 100 0 100 99 92 99 75 0 1 75 0 73 9 100 38 0 0 100 99
Salm.Typhi 0 100 100 0 0 100 0 10 0 0 100 89 100 100 0 90 0 99 1 90 0 11 99 0 1 1 80 95 0 0 98 97
Salm.enter.arizonae 94 100 94 33 6 94 35 0 83 100 94 100 94 100 11 72 94 99 94 99 1 6 94 25 18 6 18 1 1 0 100 99
Salm.enter.enterica 98 99 100 0 0 100 0 0 0 99 100 99 100 100 0 100 100 100 1 33 0 0 99 14 75 0 99 14 0 0 100 99
Salmonella spp 90 100 99 50 1 99 7 1 0 99 99 96 99 100 3 95 99 99 100 90 26 1 99 50 50 1 99 10 0 1 100 95
Ser.fonticola 89 100 100 98 34 100 0 9 90 95 79 98 100 100 100 100 15 96 100 0 50 3 89 95 6 0 2 100 0 14 95 77
Ser.liquef./plymuth. 27 100 100 99 99 99 0 5 1 96 98 99 100 100 99 98 96 83 98 0 97 1 99 99 98 3 1 100 3 18 98 100
Ser.marcescens 22 100 100 90 83 100 17 0 0 90 99 96 90 86 99 33 90 93 22 13 75 20 83 91 82 17 57 90 73 57 99 99
Ser.odorifera 99 100 100 100 55 91 9 0 0 86 99 99 91 99 90 100 99 100 92 9 60 9 91 99 1 1 9 91 30 9 100 98
Ser.rubidaea 0 100 99 98 98 100 0 0 17 93 100 100 100 100 98 98 83 0 99 0 83 0 100 98 0 0 0 98 0 0 96 96
Shigella sonnei 63 100 100 0 1 95 0 0 0 0 94 0 100 100 0 1 79 0 100 0 0 0 0 0 39 0 0 1 0 0 99 83
Shigella spp 5 94 52 7 5 40 0 0 0 22 90 32 58 98 5 40 14 40 58 5 0 0 0 0 0 0 0 13 0 1 57 28
Sphingo.multivorum 50 99 0 0 99 100 0 0 0 0 0 0 0 100 100 99 1 0 99 0 0 0 0 1 0 90 0 0 0 0 0 75
Sphingo.spiritivorum 99 100 0 0 99 100 0 0 0 0 0 0 1 100 100 100 0 0 10 0 0 0 0 1 10 0 0 0 0 0 0 10
Sphmon.paucimobilis 22 72 1 0 95 100 1 15 0 21 39 21 6 100 77 68 32 1 74 10 0 0 27 2 0 1 0 1 50 27 1 72
Steno.maltophilia 1 0 97 0 0 15 92 0 0 23 82 94 6 0 43 12 10 0 0 0 30 0 2 87 0 0 0 0 0 0 0 0 74
Steno.maltophilia 2 0 96 0 0 75 100 0 0 68 100 93 84 0 90 75 81 1 1 1 96 21 65 87 53 0 1 0 0 0 0 9 99
V.alginolyticus 1 99 99 0 90 90 0 0 0 25 90 75 91 100 0 0 0 1 1 0 0 0 10 100 0 82 0 0 0 0 94 95
mOBE
3OBU
PROP
pOBE
GLYG
MAN
VALT
MNT
NAG
MAL
MEL
RHA
PRO
ARA
GLU
SOR
5KG
2KG
SUB
FUC
CAP
ACE
ALA
SAC
INO
SER
LAT
SAL
RIB
HIS
ITA
CIT
Taxon
45 °C 45 °C 45 °C 45 °C 生长 45 °C 45 °C 45 °C 45 °C 45 °C
5KG 5KG 5KG 5 酮基葡糖酸盐 5KG 5KG 5KG 5KG 5KG
ACTIDION.R ACTIDION.R ACTIDIONE 耐放线菌酮 ACTIDION.R ACTIDION ACTIDIONE ACTIDION.R ACTIDIONE
ADH ADH ADH 精氨酸双水解酶 ADH ADH ADH ADH ADH
ADONITOL ADONITOL ADONITOLac 侧金盏花醇 ADONITOL ADONITOLac ADONITOL ADONITOL ADONITOLac
ADONITOLa ADONITOLa ADONITOLas 侧金盏花醇同化 ADONITOLa ADONITOLas ADONITOLas ADONITOLa ADONITOLas
AEROBIC Gr AEROBIC Gr AEROBIE 有氧环境生长 AEROBIC Gr AER.WACHSTUM AER.GROWTH AEROBIC Gr CRESCITA AER.
AGAR 35 °C AGAR 35"C AGAR 35 °C 琼脂 35 °C AGAR 35"C AGAR 35 °C AGAR 35 °C AGAR 35"C AGAR 35 °C
ANA+TMAO ANA+TMAO ANA.+TMAO 厌氧+三甲胺-N 氧化物中生长 ANA+TMAO ANA.+TMAO ANA.+TMAO ANA+TMAO ANA.+TMAO
ANAEROB.Gr ANAEROB.Gr ANAEROBIE 厌氧环境生长 ANAEROB.Gr ANA.WACHSTUM ANA.GROWTH ANAEROB.Gr ANAEROB.
ARAac 阿拉伯糖 ARAac ARAac ARAac
lARABINOSE lARABINOSE lARABINOSE lARABINOSE
LARAac L-阿拉伯糖 LARAac LARAac LARAac
dARABITOL dARABITOL DARLac D-阿拉伯醇 dARABITOL DARLac DARLac dARABITOL DARLac
ARBUTINa ARBUTINa ARBas 杨梅酸同化 ARBUTINa ARBas ARBas ARBUTINa ARBas
ARBUTIN ARBUTIN ARBUTIN.ac 杨梅酸 ARBUTIN ARBUTIN.ac ARBUTIN ARBUTIN ARBUTIN.ac
ArgA ArgA ArgA 精氨酸芳胺酶 ArgA ArgA ArgA ArgA ArgA
ARTS ARTS ART 分生孢子 ARTS ART ART ARTS ART
ASCORBATE ASCORBATE ASCORB.ac 抗坏血酸盐 ASCORBATE ASCORB.ac ASCORB.ac ASCORBATE ASCORB.ac
AspA AspA AspA L 天冬氨酸芳胺酶 AspA AspA AspA AspA AspA
lASNa lASNa LASPas 天冬酰胺酸同化 lASNa LASPas LASPas lASNa LASPas
CADAVER.a CADAVER.a CADAVER.as 尸胺同化 CADAVER.a CADAVER.as CADAVER.as CADAVER.a CADAVER.as
CAMP(S.au) CAMP(S.au) CAMP(S.au) 金葡 CAMP 试验 CAMP(S.au) CAMP(S.au) CAMP(S.au) CAMP(S.au) CAMP(S.au)
NO3 (RED.) NO3 (RED.) NO3(RED.) 硝酸盐还原 NO3 (RED.) NO3(RED.) NO3(RED.) NO3 (RED.) NO3(RID.)
NOVO R NOVO R NOVO R 新生霉素耐受 NOVO R NOVO R NOVO R NOVO R NOVO R
ODC ODC ODC 鸟氨酸脱羧酶 ODC ODC ODC ODC ODC
OF/F OF/F OF/F 葡萄糖发酵 OF/F OF/F OF/F OF/F OF/F
OF/O OF/O OF/O 葡萄糖氧化 OF/O OF/O OF/O OF/O OF/O
ONPG ONPG ONPG β-半乳糖苷酶 ONPG ONPG ONPG ONPG ONPG
OPTOCHIN R OPTOCHIN R OPTOCHIN.R 耐奥普托欣 OPTOCHIN R OPTOCHIN.R OPTOCHIN.R OPTOCHIN R OPTOCHIN.R
OXIDASE OXIDASE OX 氧化酶 OXIDASE OXIDASE OXIDASE OXIDASE OSSIDASI
PACa PACa PACas 苯乙酸盐同化 PACa PACas PACa PACa PACas
PALATINOSE PALATINOSE PALATINOSE 古老糖 PALATINOSE PALATINOSE PALATINOSE PALATINOSE PALATINOSIO
pH 5.4 pH 5.4 pH 5.4 PH=5.4 长 pH 5.4 pH 5,4 pH 5.4 pH 5.4 pH 5.4
pH 9.6 pH 9.6 pH 9.6 pH=9.6 长 pH 9.6 pH 9,6 pH 9.6 pH 9.6 pH 9.6
PHEa PHEa Phe.as 苯丙氨酸同化 PHEa Phe.as Phe.as PHEa Phe.as
PINK PINK ROSE 粉红色色素 PINK PINK PINK PINK ROSA
POLYSACCH. POLYSACCH. POLYSACCH. 多聚糖产生 POLYSACCH. POLYSACCH. POLYSACCH. POLYSACCH. POLISACC.
ProA ProA ProA 脯氨酸芳胺酶 ProA ProA ProA ProA ProA
PYGBILE PYGBILE PYG+BILE 胆汁培养基长 PYGBILE PYG+GALLE PYG+BILE PYGBILE PYG+BILE
dRAFa dRAFa RAFas d-棉籽糖同化 dRAFa RAFas RAFas dRAFa RAFas
dRAFFINOSE dRAFFINOSE RAFac d-棉籽糖 dRAFFINOSE RAFac RAFac dRAFFINOSE RAFac
RED RED ROUGE 红色 RED RED RED RED ROSSO
lRHAMNOSE lRHAMNOSE RHAMNOSEac L-鼠李糖 lRHAMNOSE RHAMNOSEac lRHAMNOSE lRHAMNOSE RAMNOSIOac
lRHAMNOSEa lRHAMNOSEa RHAMNOSEas L-鼠李糖同化 lRHAMNOSEa RHAMNOSEas RHAMNOSEas lRHAMNOSEa RAMNOSIOas
bioMérieux SA
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