CHAPITRE II : ANATOMIE FONCTIONNELLE DES MICROORGANISMES

I. Morphologie des bactéries

Généralités
La morphologie a tout d’abord été révélée par observation au microscope optique à partir des
prélèvements pathologiques ou dans un milieu de culture. On reconnait ainsi, la taille des
cellules bactériennes, leur forme, enfin leur arrangement ou groupement qu’elles constituent
entre elles. Toutes ces informations définissent la morphologie bactérienne qui a constitué
durant de longue année le critère essentiel de reconnaissance et d’identification.

1. Taille des bactéries

Les dimensions des bactéries et des champignons se mesurent en micromètre (µm) et les virus
en nanomètre (nm). La taille des bactéries varie selon l’espèce généralement 0,2 à 100 µm. le
diamètre de la plus part des cellules bactériennes se situe entre 0,2 et 1 µm.

2. Forme des bactéries

Les formes des bactéries sont extrêmement diverses. Ce sont trois principales formes :
 La forme sphérique ou coccoïde
 La forme cylindrique ou bâtonnet
 La forme spiralée ou hélicoïdale

2.1. Bactéries de forme sphérique

Elles sont appelées coques ou cocci. Elles sont généralement rondes et peuvent être ovoïdes ou
avoir un aplatit sur un côté lorsqu’elles s’attachent à d’autres cellules.

2.2. Bactérie de forme cylindrique

Elles sont appelées bâtonnets. On distingue deux types principaux :
Bâtonnets droits ou bacilles : les bacilles caractérisent de nombreuses bactéries telles que les
entérobactéries avec des extrémités arrondies, les bacilles beaucoup plus gros aux extrémités
droites et les bacilles fusiformes aux extrémités effilées en fuseau.

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Bâtonnets incurvés ou vibrions : bacilles incurvés en forme de « virgule ». Les vibrions
constituent un seul genre réunissant de nombreuses espèces aquatiques et quelques espèces
pathogène pour l’homme (Vibrio cholerae).

2.3. Bactéries de forme spiralée

Les formes spiralées ou spirilles qui se rencontrent chez un petit groupe de microorganismes
sont caractérisées par leur forme hélicoïdale extrêmement allongée. Les spirilles sont souvent
beaucoup plus volumineuses et plus longues que les coques et les bâtonnets mais très minces.
Exemple : Leptospires, tréponèmes, spirochètes.

2.4. Autres formes

En dehors de ces aspects, on retient aussi la forme pédonculaire propre aux caulobacter. La
forme filamenteuse de bactéries ferrugineuses ou sphaerotilus. Enfin, la forme mycélienne, à
peine ramifiée chez les mycobactéries et nettement ramifiée chez les actinomycètes.

3. Groupement des bactéries

La bactérie se divise pour donner naissance à deux nouvelles cellules ou cellules filles. Selon
l’arrangement des plans successifs de divisions cellulaires et selon la fermeté avec laquelle les
cellules filles issues d’une division cellulaire demeure attachées les unes aux autres, divers
groupements de bactéries peuvent être observés. Des groupements typiques peuvent être utiles
dans l’identification des bactéries.

3.1. Groupement des formes sphériques

Certaines coques se divisent toujours dans le même plan et donnent naissance à 2 nouvelles
cellules qui demeurent étroitement associées deux à deux (paire) pour former les diplocoques.
Les pneumocoques sont des diplocoques encapsulés. Chaque coque ayant un aspect effilé et la
forme d’une flamme de bougie ; l’ensemble formant un « huit ». Les gonocoques et les
méningocoques sont des diplocoques réniformes ou en « grains de café ». Lorsque ce mode de
division se poursuit régulièrement, la bactérie engendre des chainettes plus ou moins longues
caractéristiques des streptocoques. Chez les streptocoques et les lactocoques, le plan de division
demeure également invariable. Cependant, les cellules filles ont tendance à demeurer soudées.
Chez les microcoques, la division se fait selon plus d’un plan au cours de la croissance. Il se
divise dans deux plans perpendiculaires pour former des groupements de quatre cellules
ressemblant à un carré appelés tétrades. Chez les sarcines, une troisième division se produit

Dr TOULE A. Cyrille 2
dans un plan qui est encore à angle droit avec les deux premiers et on obtient alors des
groupements de huit cellules. Chez les staphylocoques, le plan de division varie également lui
aussi dans trois dimension sans toutefois qu’il alterne de façon régulière à angle droit. On peut
observer la formation de « grappes de raisin »irrégulières ou amas de cellules.

3.2. Groupement des bacilles

Contrairement aux coques, les bâtonnets n’ont pas vraiment d’arrangement caractéristique.
Seulement certains types de bâtonnets demeurent attachés les uns aux autres à la suite des
divisions cellulaires formant des chainettes de cellules autonomes. Les bâtonnets à extrémités
arrondies et les vibrions sont souvent retrouvés sous forme de cellules individuelles. Par contre,
chez plusieurs types de bâtonnets à extrémités droites, des cellules filles demeurent associées
les unes aux autres pour former de longues chainettes. On distingue ainsi, les diplobacilles
(Bacillus subtilis), des streptobacilles (Lactobacillus delbrueckii), des paquets d’épingles
(Corynebacterium). Il existe aussi des groupements en palissades.

4. Techniques d’étude de la morphologie

Les techniques d’étude de la morphologie sont basées sur l’examen microscopique à l’état frais
et après coloration de Gram.

4.1. Examen à l’état frais

L’examen à l’état frais permet d’observer des bactéries vivantes en milieu aqueux entre lame
et lamelle. Cette technique permet d’observer la forme, la taille, l’arrangement et la mobilité.

4.2. Examen après coloration

On fait d’abord un frottis séché et fixé à l’alcool passant sous la flamme. Les bactéries sont
tuées, fixées et colorées ensuite. Cette technique permet d’observer la forme, la taille,
l’arrangement.
 Coloration au bleu de méthylène : les bactéries sont colorées en bleu.
 Coloration de Gram : on utilise comme colorants le violet de gentiane, la fuschine ou
safranine.
 Bactéries Gram positif : Gram+ (violet)
 Bactéries Gram négatif : Gram- (rose)
 Coloration de Ziehl Neelsen
 Bactéries alcoolo-acido-résistantes : BAAR (rouge)

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  Bactéries non alcoolo-acido-résistantes (bleu)
 Coloration des spores : formes de résistance des bactéries
 Les spores sont colorées en rouge
 Les bactéries sont colorées en bleu
 Coloration des cils : méthode de Rhodes : nitrate d’argent ammoniacal. Les cils
apparaissent colorés en noir
 Coloration des capsules : méthode de Buri : les capsules sont incolores.

II. Structures des bactéries

Généralités
La structure fine des bactéries a été mise en évidence grâce à la microscopie électronique sur
coupes ultrafines. Cela a permis l’observation de différents éléments ayant chacun un rôle bien
précis. Il existe des éléments constants présents chez toutes les bactéries (paroi, membrane
cytoplasmique, cytoplasme et ses inclusions, matériel génétique) et des éléments dont la
présence est facultative et caractérise des groupes bactériens et des conditions dans lesquelles
celles-ci se trouvent (capsule, spore, flagelle, pili).

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1. Eléments constants

1.1. Paroi
Les bactéries sont entourées d’une paroi dont la structure varie selon les espèces. La paroi est
une enveloppe rigide assurant l'intégrité de la bactérie, donc responsable de la forme des
cellules. Elle protège des variations de pression osmotique (5-20 atmosphères). Elle est absente
chez les Mollicutes (Mycoplasma).
La paroi est généralement perméable aux petites molécules et elle possède des propriétés
antigéniques (antigène O). La paroi est en plus le siège d’action de nombreux antibiotiques et
elle possède des sites récepteurs pour certains bactériophages. La partie commune à toutes les
parois cellulaires est le peptidoglycane (muréine), responsable de la rigidité de la paroi. Le
peptidoglycane est un hétéropolymère composé de chaînes glucidiques reliées les unes aux
autres par de petits peptides, eux même étant à leur tour reliés par des ponts inter-peptidiques.
Les chaines glucidiques sont composées de résidus sucrés : N-Acétyl glucosamine (NAG) et
N-Acétyl muramique (NAM).

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Le peptidoglycane est la cible d’une enzyme (le lysozyme) présente dans tout le règne vivant
et qui découpe les chaines glucidiques quand elles sont accessibles. Selon les bactéries, le
peptidoglycane est plus ou moins épais, ce qui détermine le Gram d’une espèce.

1.1.1. Paroi des bactéries Gram positif

Le peptidoglycane est le constituant majeur (90% des constituants de la paroi). Le
peptidoglycane est une couche épaisse très solide, les liaisons croisées entre chaînes glucidiques
sont nombreuses. Il est associé à des quantités moindres (10%) à d’autres polymères dispersés
notamment les acides teichoïques et teichuroniques. Certains acides teichoïques possèdent des
constituants lipidiques, on parle alors d’acide lipoteichoïque.
La paroi des bactéries Gram+ empêche le passage des composés hydrophobes par les acides
aminés et les sucres aminés chargés de la muréine ainsi que les phosphates des acides
teichoïques rendant cette paroi très polaire. Les cellules sont donc entourées d’une large couche
hydrophile. C’est la présence de cette couche qui explique le résultat de la coloration de Gram
obtenue chez ces bactéries. Le 1er colorant de Gram qui est le violet de gentiane s’intercale entre
les mailles du peptidoglycane et résiste au rinçage, ce qui empêche la fixation du 2ème colorant
qui est la fuschine.
Chez les Gram+, l’épaisseur et la rigidité du peptidoglycane leur permettent de survivre dans
les milieux hypotoniques. Cette protection empêche la lyse des bactéries.
Le lysozyme qui est une enzyme hydrolytique, peut cependant provoquer cette lyse quand les
cellules sont placées dans un milieu de basse pression osmotique. Dans un milieu isotonique,
en présence du lysozyme, les bactéries adoptent une forme sphérique appelée protoplaste.
Certains protoplastes peuvent retrouver leur forme originelle quand le lysozyme est retiré du
milieu.

 Paroi des Mycobactéries

Les mycobactéries sont des bactéries Gram+ qui possèdent une quantité importante de
peptidoglycane pouvant atteindre jusqu’à 70% du poids de la paroi de la bactérie. Ce
peptidoglycane est recouvert de lipides complexes de haut poids moléculaire (cires, acides
mycoliques). Ces derniers sont reliés à des polysaccharides et à des protéines. Cette couche
lipidique explique la forte résistance des mycobactéries dans l’environnement. C’est également
cette couche lipidique qui empêche l’entrée des colorants de Gram chez les mycobactéries. Ce
qui justifie le fait qu’elles ne sont pas identifiées par la coloration de Gram.

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1.1.2. Paroi des bactéries Gram négatif
Le peptidoglycane est une couche mince, peu dense. Il représente environ 30% du poids de la
paroi. La protection des bactéries Gram- est cependant assurée par une membrane externe autre
que celle fabriquée à l’extérieur de la muréine. Cette membrane externe est composée d’une
double couche avec un feuillet interne et un feuillet externe. La composition du feuillet interne
est proche de celle de la membrane cytoplasmique. Le feuillet externe quant à lui, contient un
composé complexe qui ne se trouve que chez les bactéries. C’est le lipopolysaccharide bactérien
(LPS). Le LPS est constitué d’un lipide appelé « lipide A », d’une courte chaine de sucres
appelée « core » et d’une autre longue chaine glucidique qui constitue l’antigène O et qui
empêche l’entrée des composés hydrophobes.
La membrane externe des Gram- est dotée de canaux appelés porines qui font sortir les déchets
et qui facilitent l’entrée des composés hydrophiles de masses inférieures à 700 dalton (sucres,
acides aminés, certains ions…). Les porines sont considérées comme le « garde-manger » des
bactéries Gram-. Les composés hydrophiles de masses supérieures à 700 dalton et qui sont
nécessaires aux bactéries traversent la membrane externe grâce à des mécanismes de
perméation spécifiques qui utilisent des protéines spéciales pour la translocation de chaque
composés.
Les lipides des LPS confèrent des propriétés toxiques aux bactéries Gram-. De plus, la
membrane externe constitue une résistance importante à de nombreux antibiotiques. Ce qui
explique la grande résistance aux antibiotiques habituellement observée chez les Gram-. La
membrane de Gram- est reliée à la muréine par des interactions faisant intervenir la lipoprotéine
de cette membrane. Cette membrane est reliée à la membrane cytoplasmique par des zones
d’adhésion appelées zone de Bayer.
La membrane externe des Gram- peut quelque fois représentée un danger car certains
bactériophages utilisant les protéines de cette membrane comme site d’attachement.
Contrairement aux Gram+, les Gram- ne peuvent être convertis en protoplaste à cause de
l’imperméabilité de leur membrane externe aux lysozymes. On peut cependant, rendre
perméables aux lysozymes grâce à certains composés qui relâchent la structure du LPS. Les
structures alors obtenues se rapprochent des protoplastes retrouvés dans le cas des Gram+. Ces
structures sont appelées sphéroplastes et sont des formes sphériques sensibles de la pression
osmotique mais contenant des morceaux de membrane externe entourant la muréine.
Comme dans le cas des protoplastes, les sphéroplastes peuvent reverser en leur forme originelle
quand le lysozyme est ensuite retiré du milieu.

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  Espace périplasmique
C’est l’espace étroit situé entre la paroi des Gram- et leur membrane cytoplasmique. Il contient
des enzymes (la phosphatase alcaline chez E. coli) et des protéines se fixant spécifiquement sur
certains nutriments et fonctionnant comme transporteurs entre les deux membranes.

1.2. Membrane cytoplasmique

C’est une structure interne à l'interface entre le cytoplasme et les structures externes. C'est une
membrane trilamellaire formée d’une double couche de phospholipides dont les pôles
hydrophobes sont face à face, associée à des protéines et des invaginations appelées
mésosomes. La membrane cytoplasmique est responsable des échanges entre la bactérie et le
milieu extérieur. Elle sert de barrière osmotique en assurant le transport passif et elle contient
des perméases servant à la pénétration active et sélective de certaines substances (sucres, acides
aminés…). La membrane cytoplasmique contient également de nombreuses enzymes qui jouent
un rôle dans le métabolisme énergétique bactérien et elle est le site d’action de nombreux
antibiotiques polypeptidiques. La membrane cytoplasmique empêche par ailleurs, la fuite des

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constituants du cytoplasme et elle assure la pénétration des nutriments par diffusion simple,
diffusion facilité et transport actif.

1.3. Cytoplasme et ses constituants

1.3.1. Cytoplasme
Le cytoplasme est un hydrogel colloïdal constitué de sels minéraux, de lipoprotéines, de
nucléoprotéines et de lipides. Le cytoplasme est physiquement intermédiaire entre l’état liquide
(à cause de sa fluidité et sa viscosité) et l’état solide (à cause de son élasticité et sa résistance).
Son pH est entre 7 et 7,2. Les principaux éléments constitutifs du cytoplasme en dehors du
matériel nucléaire sont : les ribosomes et les ARN, les vacuoles à gaz, les inclusions de réserve
et d’autres types d’inclusions.

1.3.2. ADN bactérien

Le matériel génétique des bactéries est constitué d’ADN appelé nucléoïde ce qui signifie
« noyau » mais qui marque la différence qu’il y’a avec un vrai noyau de cellule eucaryote. Le
nucléoïde contient le chromosome complet de la bactérie et est également appelé ADN
bactérien, ADN chromosomique, chromosome bactérien ou élément nucléaire.
C’est une molécule circulaire fine enroulée et de dimension 1000 fois supérieur à celle de la
bactérie et pouvant constituer également 10% du volume cellulaire. L’ADN est constitué de
deux brins complémentaires reliés entre eux par des liaisons hydrogènes. Il se présente sous
forme de double hélice. Il est le support du matériel génétique qui gouverne les caractères
structuraux et métaboliques de la bactérie.

1.3.3. Ribosomes
Les ribosomes sont des organites complexes composés de particules ribonucléiques avec plus
de 50 protéines et 3 types d’ARN. Les ribosomes bactériens comprennent deux sous-unités
(30S, 50S). Ils catalysent le processus de traduction de l’information génétique codée par
l’ARNm en protéines. On parle de polysomes lorsque plusieurs ribosomes associés se déplacent
le long d’une molécule ARNm. Les polysomes se forment au fur et à mesure que l’ARNm est
synthétisé et les protéines résultant de la traduction sont attachées aux ribosomes.

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1.3.4. Inclusions de réserve et autres types d’inclusions
Il existe dans le cytoplasme des inclusions de réserve également appelées granules de stockage
qui s’accumulent en réponse d’un excès de carbone et en condition de faible pH. En cas de
privation de carbone, ces structures disparaissent. D’autres composés peuvent également être
stockés par les bactéries, c’est le cas du phosphate qui est stocké par certaines bactéries sous
forme de granules de polyphosphates ou du soufre qui est stocké sous forme élémentaire.
Chez d’autres bactéries, les inclusions jouent un rôle bien différent de celui du stockage de
composés énergétiques. Par exemple, certaines bactéries dites magnétotactiques répondent à
des champs magnétiques grâce à la présence de grains de fer intercellulaires.

1.3.5. Vacuoles à gaz

Elles sont soit aqueuses ou lipidiques. Elles servent à stocker les réserves et les déchets. Ces
vésicules remplies de gaz sont rencontrés chez les procaryotes photosynthétiques (algues bleu-
vert, bactéries pourpre, bactéries vertes). Elles permettent à ces microorganismes d’habitat
aquatique de flotter et des remonter à la surface de l’eau.

2. Eléments facultatifs ou inconstants

2.1. Capsule
La capsule constitue avec la paroi et la membrane cytoplasmique l’ensemble des trois
enveloppes bactériennes. La capsule est cependant une enveloppe facultative qui n’apparait que
dans certaines conditions de croissance. C’est un hétéropolymère de haut poids moléculaire
dont la présence n’est pas essentielle à tout moment chez la bactérie. Elle représente un élément
majeur dans la capacité des bactéries à occuper un environnement particulier ; par exemple
Streptococcus mutans forme une capsule pour pouvoir s’insérer dans les dents. La capsule
constitue également un moyen de défense des bactéries contre la phagocytose. C’est le cas des
méningocoques qui circulent dans le sang. La capsule constitue par ailleurs une substance
antigénique car elle possède l’antigène de structure (Ag K).
On distingue trois types de capsules :
 Les capsules vraies
 Les capsules discontinues
 Les Pseudocapsules (slimes)

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2.2. Flagelles
Ce sont les organes locomoteurs des bactéries. Ils sont constitués de filaments hélicoïdaux qui
transmettent le mouvement aux bactéries uniquement par rotation. Toutes les bactéries ne sont
pas mobiles et certaines bactéries mobiles ne possèdent pas de flagelles. Dans ce cas, les
bactéries utilisent un autre type de mobilité tel que la glissade par exemple. On classe les
bactéries flagellées en plusieurs types en fonction du nombre et de la position de leurs flagelles :
 Bactérie péritriche : avec plusieurs flagelles sur toute la surface de la bactérie
 Bactérie monotriche : avec un seul flagelle à l’un des pôles de la bactérie.
 Bactérie lophotriche : avec deux ou trois flagelles à l’un des pôles de la bactérie
 Bactérie amphitriche : avec deux ou trois flagelles à chacune des pôles de la bactérie
Les bactéries à mobilité monotriche, lophotriche et amphitriche sont appelées bactéries polaires.

Les flagelles sont constitués de trois parties distinctes :

 Filament hélicoïdal : partie externe, composé d’une protéine fibreuse appelée flagelline.
 Crochet
 Corps basal : constitue l’encrage de l’enveloppe cellulaire et sert de moteur de rotation.
Les flagelles possèdent l’antigène de structure (Ag H) et sont le lieu de fixation de certains
bactériophages.
Les flagelles sont identifiables au microscope optique car ils se colorent au vert de malachite.

2.3. Pili ou fimbriae

Ce sont des organites d’attachement des bactéries aux surfaces. Ils sont composés de protéines
structurales appelées pilines. D’autres protéines situées à la pointe des pili sont responsables
des propriétés d’attachement. Les pili sont des cylindres droits dépourvus de corps basal et
contrairement aux flagelles, ils ne tournent pas. On distingue deux sortes de pili :
 Les pili sexuels : jouent un rôle essentiel dans la conjugaison bactérienne, ils forment
en effet l’attachement initial entre les deux partenaires qui s’accouplent.
 Les pili communs (pili de type I) : sont impliqués dans l’attachement des bactéries à
d’autres surfaces en particulier à la surface des cellules eucaryotes, par exemple
Escherichia coli s’attache aux membranes du système urinaire ou génital par
l’intermédiaire des pili communs.

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2.4. Spores
Certaines bactéries ont le pouvoir de se transformer en de petites unités ovales ou sphériques
douées d’une résistance extraordinairement élevée lorsque le milieu s’épuise en éléments
nutritifs : ce sont des spores ou endospores.
Les spores sont des structures de résistance formées par certaines bactéries lorsque les
conditions deviennent défavorables. Elle permet aux bactéries sporulantes de survivre dans des
conditions difficiles et extrêmes de l’environnement. Les genres bactériens les plus connues qui
forment des endospores sont Bacillus, Clostridium, Sporosarcina. Ce sont toutes des bactéries
Gram (+). D’autres genres sont capables également de sporuler.
Les spores sont une forme déshydratée qui résiste :
 Au vieillissement : elles peuvent en effet conserver leur capacité de germination après
plusieurs dizaines d’années.
 A la chaleur : elles peuvent survivre en effet jusqu’à 100°C
 Au froid : elles sont en effet conservées au cours d’une lyophilisation ou d’une
congélation.
 Aux agents physiques : tels que les rayons ultraviolets et les rayons X
 Aux agents chimiques : tels que les antiseptiques et les antibiotiques.
Il faut noter que lorsque les conditions de vie redeviennent favorables, les spores peuvent se
réhydrater pour reprendre leurs activités métaboliques et redonner une forme végétative. En ce
moment, les enveloppes des spores éclatent et les cellules sont libérées.
Les spores sont visibles à la coloration de Gram où elles apparaissent comme des espaces vides
à l’intérieur des bactéries : seul le contour de la spore apparaît coloré. A l’état frais, elles
apparaissent comme de petites masses réfringentes au sein de la bactérie, ou libres dans le
milieu. Il existe des colorations spéciales basées sur le caractère acido-alcoolo-résistant des
spores. Exemple : coloration au vert de malachite (coloration de Benito-Trujillo). Après une
contre coloration par la fuschine, les spores apparaissent vertes dans la bactérie rose.

2.4.1. Morphologie
Les spores sont de petites unités ovales ou sphériques. Elles peuvent déformer ou non le corps
bactérien. Leur position dans la cellule est variable : centrale, terminale, subterminale. Elles
servent également dans l’identification bactérienne. La spore peut-être libre ou non. La
recherche de tous ces caractères se fait dans un but taxonomique.

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4.2. Structure
La spore possède une paroi et une membrane plasmique identiques à celle de la cellule
végétative. L’enveloppe la plus externe est mince, appelée exosporium. Sous l’exosporium on
trouve le manteau ou la tunique, composée de plusieurs feuillets protéiques. Le cortex est
localisé juste sous la tunique. Enfin le protoplaste (cytoplasme) ou cœur de la spore, contient
les ribosomes, le nucleoïde et des enzymes inactives.

Structure d’un endospore

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2.4.3. Phénomène de sporulation
Des conditions défavorables de croissance entraînent la sporulation ou l’absence de germination
de la spore. Il représente le passage de la forme végétative à la forme sporulée.
La sporulation est provoquée par l’épuisement du milieu en substrat nutritif et elle peut
nécessiter des conditions particulières : absence d’oxygène pour les Clostridium, présence
d’oxygène au contraire pour Bacillus anthracis. Le processus de sporulation débute à la fin de
la phase exponentielle et se déroule en six étapes :

 Etape I : formation du filament axial : la division nucléaire n’étant pas suivie d’une
division cellulaire, les deux génomes fusionnent donnant un filament chromatique axial.
 Etape II : les deux génomes se séparent et en même temps la membrane cytoplasmique
s’invagine près d’un pôle de la cellule pour former un septum de sporulation qui partage
la cellule en deux parties inégales. Ce septum va envelopper le cytoplasme de la plus
petite partie pour former une préspore caractéristique.
 Etape III : Engloutissement de la préspore.
 Etape IV : entre les deux membranes limitant la préspore se forme la paroi sporale puis
apparaît rapidement le cortex.
 Etapes V and VI : apparition des tuniques et après maturation.
 Etape VII : la cellule végétative se lyse et libère la spore.

Cycle sporal

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2.4.4. Germination

Afin que la spore germe, elle doit se trouver dans des conditions favorables : eau, nutriments,
pH, force ionique, température convenable, aucun d’agent antimicrobien.
Placée dans des conditions favorables (eau glucose acides aminés) la spore redonne naissance
à une cellule végétative. On distingue 3 stades dans le processus de germination :
 L’activation : correspondant à une lésion des enveloppes sporales par des agents
physiques (choc thermique) ou chimiques (acides, lysozyme) ou mécaniques (abrasion,
choc). Remarque : l’activation thermique est mise à profit au cours de la tyndallisation
qui consiste à chauffer 3 fois le produit à stériliser : 30 min à 60°C (destruction des
formes végétatives et induction de la germination d’éventuelles spores), le deuxième
chauffage à 60°C et pendant 30 minutes, tue les spores issues de la germination et induit
la germination des spores résiduelles. Le troisième chauffage dans les mêmes
conditions, détruit les dernières formes végétatives.
 L’initiation débute en présence de conditions favorables d’hydratation et de
métabolites effecteurs (alanine, magnésium, adénosine) qui pénètrent à travers les
enveloppes endommagées. Des enzymes hydrolytiques dégradent les constituants de la
spore ; il y a libération du dipicholinate de calcium. Le cortex ainsi détruit, la spore s
‘imbibe d’eau et gonfle.
 L’émergence de la nouvelle cellule végétative, grâce à l’altération des enveloppes.

VI. Taxonomie des bactéries

Généralités
Compte tenu du nombre important d’espèces microbiennes et leur diversité, il était nécessaire
de les classer selon leur ressemblance ; c’est ainsi qu’est né la taxonomie ou classification des
êtres vivants.
La taxonomie ou systématique bactérienne comprends trois domaines différents mais inter-
reliés. Ce sont :
 Classification : arrangement des bactéries en groupes ou taxons selon leurs similitudes
et leur parenté évolutive.
 Nomenclature : Consiste à donner des noms aux groupes taxinomiques selon les règles
publiées.
 Identification : Détermine qu’un isolat particulier appartient à un taxon connu.

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1. Classification bactérienne

1.1. Critère de classification

Les organismes ayant un certain nombre de caractéristiques communes sont classés dans un
groupe taxonomique ou taxon. Le taxon est l’unité de base. Le taxon de base est appelé espèce.
La classification bactérienne est la mise en ordre des différents types de bactéries sur la base de
leur similitude. Cette similitude peut être morphologique, culturale, biochimique, antigénique,
pathologique ou génétique.
Exemple : on classe les bactéries en deux grands groupes selon leur forme : les coques et les
bacilles. A l’intérieur de chacun de ces deux groupes on peut ranger les bactéries en sous-
groupes selon le Gram : Cocci Gram+, Cocci Gram-, Bacilles Gram+, Bacilles Gram-.
De même, lorsqu’on choisit le type respiratoire comme premier critère de classification, on aura
deux grands groupes : les anaérobies et les aérobies, et à l’intérieur de chacun de ces deux
groupes, on distinguera des sous-groupes : Cocci anaérobies et Bacilles anaérobies, Cocci
aérobies et Bacilles aérobies.
La classification doit être stable c’est-à-dire ne doit faire l’objet de changement fréquent afin
d’éviter les confusions.

1.2. Hiérarchisations et niveaux taxonomiques

On parle de catégories ou rangs taxonomiques. Il s’agit de présenter les différents sous-groupes
à l’intérieur des grands groupes constitués par choix de principaux caractères de classification.
On aura ainsi :
 Les règnes
 Les divisions regroupées en règnes : selon la paroi
 Les classes regroupées en divisions : selon le type trophique énergétique
 Les ordres regroupés en classes : selon la morphologie
 Les familles regroupées en ordres : selon des caractères biochimiques et
morphologiques
 Les genres regroupés en familles : selon des caractères biochimiques et morphologiques
 Les espèces regroupées en genres : selon d’autres caractères biochimiques
 Les groupes sérologiques regroupés en espèces : selon certains caractères antigéniques
 Les sérovars regroupés en groupes sérologiques
 Les biovars regroupés en sérovars

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Il n’existe pas de classification officielle universelle des bactéries, mais plutôt une
nomenclature adoptée pour la désignation des taxons. Cette inexistence classification officielle
présente l’avantage de permettre à tout microbiologiste d’adopter le type de classification selon
son inspiration choisissant le principal caractère du premier niveau taxonomique.
Le type de classification aujourd’hui accepté de tous est celui du manuel de Bergey. Bergey a
classé les bactéries en quatre grandes divisions selon le type de paroi :
 Gracilicutes : bactéries à paroi Gram-
 Firmicutes : bactéries à paroi Gram+
 Mendosicutes : bactéries à paroi inhabituelle
 Tenericutes : bactéries sans paroi

A l’intérieur de chacune de ces quatre divisions, on distingue des classe selon le type trophique
pour certaines et l’organisation cellulaire pour d’autres.

Règne : Procaryotes
Division I : Gracilicutes Division II : Firmicutes Division III : Tenericutes Division IV : Mendosicutes
Classe I : Scotobacteria Classe I : Firmibacteria Classe I : Mollicutes Classe I : Archeobacteria
1) Bactéries chimiolithotrophes 12) Bactéries Gram+ non 15) Mycoplasmes 16) Archéobactéries
2) Mycobactéries sporulées
3) Bactéries à trichomes 13) Bactéries Gram+ sporulées
4) Bactéries appendiculées et Classe II : Thallobacteria
bactéries bourgeonnantes 14) Actinomycètes
5) Spirochètes
6) Bactéries Gram-
aérobies/microaérophiles
7) Bactéries Gram- anaérobies
facultatives
8) Bactéries Gram- anaérobies
strictes
9) Rickettsies et Chlamydiae
Classe II : Anoxyphotobacteria
10) Bactéries phototrophes
Classe III : Oxyphotobacteria
11) Cyanobactéries

2. Nomenclature bactérienne
La nomenclature est l’ensemble des règles qui permettent de donner un nom stable à chaque
taxon et de réglementer la façon de faire (code international de nomenclature des bactéries). En
d’autres termes, c’est la science qui permet de donner un nom aux microorganismes vivants. Il
est indispensable d’attribuer des noms aux taxons pour faciliter leur reconnaissance.

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Selon le règlement international de nomenclature, le nom d’un taxon est donné en latin et noté
en italique d’une façon générale. Le nom de l’espèce est un binôme toujours composé de deux
mots latins : le nom du genre et le nom spécifique qui indique l’espèce, d’où le terme de système
binomial.
Le premier nom fait référence au genre et commence toujours par une lettre majuscule. Il est
basé soit sur la morphologie de l’organisme, de la personne qui la découverte ou d’autres
caractéristiques distinctives. Le deuxième nom est une épithète décrivant le premier nom et fait
référence à la couleur, source, cause de la maladie et d’autres traits distinctifs. Le deuxième
nom est toujours en minuscule. Le nom de l’espèce est toujours écrit en italique ou souligné.
Cette nomenclature tient compte de plusieurs paramètres dont le nom du chercheur ayant isolé
la souche, la région où le germe a été isolé, l’évènement pendant lequel le germe s’est manifesté,
le substrat préféré du germe, l’aspect du germe au microscope ou en milieu de culture, etc.
Exemple :
Escherichia coli : organisme du colon isolé par Theodor Escherich
Staphylococcus aureus : espèce donnant des colonies dorées
Salmonella gallinarum : espèce isolée chez les oiseaux
Streptococcus bovis : espèce isolée chez les bovins
Salmonella panama : espèce isolée au Panama
Salmonella Kinsangani : espèce isolée à Kisangani
Legionella : découvert chez des malades, suite à un congrès des légionnaires américains
Shigella : isolé par Shiga
Salmonella : pour rendre hommage au chercheur du nom de Salmon
Staphylococcus : genre sphérique en forme de raisin
Streptococcus : genre de forme sphérique arrangé en chainette

3. Identification
C’est la description et la caractérisation des microorganismes vivants. L’identification des
microorganismes ne peut être conduite que sur une souche pure. La phase préliminaire
obligatoire à toute identification est donc un isolement suivi d’une purification.
L’identification comporte un certain nombre d’étapes, variables suivant les microorganismes,
et à effectuer dans un ordre déterminé. L’identification comprend :

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3.1. Caractères morphologiques
Cette étude s’effectue par examen microscopique. Elle permet d’observer la forme des cellules,
la taille, leur mode de regroupement, leur mode de reproduction et des caractères structuraux.
Forme de la bactérie : coque, coccobacille, bacille, de forme irrégulière, filamenteuse…
Coloration de Gram : Gram+ (violet), Gram- (rose)
Coloration de Ziehl Neelsen : BAAR (rose), non BAAR (bleu)
Présence ou non de spores (endospores)

3.2. Caractères culturaux

Culture en présence ou non d’air, exigence de la culture, température de la culture, mobilité,
pH.

3.3. Caractères biochimiques

Présence d’enzymes : catalase, oxydase, uréase…
Capacité de métaboliser une molécule
Capacité de cultiver en présence d’un inhibiteur

3.4. Caractères sérologiques

La réaction antigène-anticorps est mise à profit pour compléter et affiner l’étude d’un
microorganisme. Les études morphologiques, biochimiques et physiologiques permettent
d’identifier l’espèce d’un microorganisme. Mais au sein d’une espèce, des différences très fines
apparaissent et la sérologie va permettre de différencier ces individus d’une même espèce. On
utilise des sérums spécifiques de ces microorganismes. Les techniques employées sont soit
l’agglutination sur lame, soit l’immunofluorescence.

3.5. Caractères du pouvoir pathogène

Le pouvoir pathogène peut être mis en évidence par la recherche d’enzymes spécifiques en
rapport direct ou indirect avec la pathogénicité d’un microorganisme.

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