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Structure, diversité et
fonction des biomolécules
Fiches de cours et QCM
Munoz Célia
Pecqueur Pauline
Viscardi Marie
Lansalot-Matras Pauline
Vigué Ségolène
Balen Frédéric
B – LES PEPTIDES
I - PRESENTATION
II - PROPRIETES CHIMIQUES
III - A RETENIR
C – LES PROTEINES
I - PRESENTATION
1 – Structure primaire
2 – Structure secondaire
3 – Structure tertiaire
4 – Structure quaternaire
II - PROPRIETES
III – EXEMPLES DE PROTEINES
D – LES ENZYMES
I - STRUCTURE
1 – Enzymes holoprotéiques
2 – Enzymes hétéroprotéiques
II – MECANISME D’ACTION DES ENZYMES
III – CINETIQUE ENZYMATIQUE
IV – EFFECTEURS ENZYMATIQUES
1 – Les inibiteurs
2 – Les activateurs
3 – Les effecteurs allostériques
V – ENZYMES ET METABOLISME CELLULAIRE
VI – LES PROTEINES KINASES
1 – Protéines kinases dépendantes de l’AMPc
2 – Protéines kinases C
E - QCMs
4 – Rôles
4.1 – Protection des muqueuses
4.2 – Durée de vie des GP
4.3 – Destinée des GP
4.4 – Diagnostic biologique
4.5 – Rôle d’antigène : système ABO
D – QCM
I – QCM SUR LES OSES
II – CORRIGE DES QCM SUR LES OSES
III – QCM SUR LES OSIDES
IV – CORRIGE DES QCM SUR LES OSIDES
B – LES EICOSANOIDES
I – LES PROSTAGLANDINES
1 – Classe et sous-classe
2 – Biosynthèse
3 – Effets biologiques
II – LES LEUCOTRIENES
G – QCMs
BIOCHIMIE
Année 2010-2011
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1ère PARTIE
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Cours du Dr DE GRAEVE
SYNTHESE
rédigée par
Pauline PECQUEUR
1 - Présentation générale
R-CαH-COOH
׀
NH2
Tous les acides aminés possèdent une isomérie optique due au C α qui est un carbone
asymétrique C* à l’exception du glycocolle.
Ils sont classés selon deux séries par filiation conventionnelle, une série L et une série D qui
correspondent souvent respectivement au notations S et R (expliquées avec les glucides), mais
cela n’est pas tout le temps vrai.
Attention !
La désignation d’un acide aminé nécessite la connaissance de son pouvoir rotatoire qui ne peut
en aucun cas être déterminé à partir des classifications précédentes qui sont des conventions
alors que le pouvoir rotatoire est une propriété physique.
Les acides aminés dextrogyres sont notés (+) et les acides aminés lévogyres sont notés (-).
On peut prendre l’exemple de deux sucres, le D-glucose est dextrogyre (+) alors que le D-
fructose est lévogyre (-).
Vous pouvez retenir que tous les acides aminés naturels appartiennent à la série L.
Il existe 20 acides aminés « standard » qui se différencient par le radical R. Sur ces 20
acides aminés 8 sont dits indispensables car l’organisme est incapable de les synthétiser, ils
proviennent donc du milieu extérieur, notamment par l’alimentation.
Ces acides aminés sont récapitulés dans le tableau suivant qui reprend leurs principales
caractéristiques.
Alanine - Ala - A
Valine - Val - V
acide aminé indispensable
Leucine - Leu - L
acide aminé indispensable
Isoleucine - Ile - I
acide aminé indispensable
Thréonine - Thr -
T
ac. aminé
indispensable
Cystéine - Cys - C
2 cystéines forment une
cystine (pont disulfure), son
Monoacides groupement thiol est un
monoaminés excellent nucléophile au
soufrés cours des réactions
enzymatiques
Methionine - Met - M
acide aminé indispensable
Lysine - Lys - K
Acides
ac. aminé
diaminés
indispensable
(2)
Arginine - Arg - R
Phenylalanine - Phe -
P
acide aminé
indispensable
Tryptophane - Trp - W Histidine - His - H
acide aminé possède un
indispensable groupement R
(pkR = 6,0)
fournissant un
pouvoir tampon,
significatif proche
Acides Thyrosine - Tyr - Y
du pH du sang
aminés ou
(7,4), ce qui lui
cycliques: parahydroxylphenylalanin
permet à pH 7,0
certains sont e peut donc être fabriqué
de fonctionner
aromatiques Proline - Pro - P par l'organisme à partir de
soit comme un
(cycles iminoacide, amine II, la phenylalanine est n'est
catalyseur
benzéniques) entraine des donc pas indispensable
basique soit
courbures au niveau comme un
des chaines d'acides catalyseur acide
aminés et donc de jouer
un rôle important
dans la catalyse
enzymatique
Cette notion a été abordée d’un point de vue plus pratique en biologie moléculaire au premier
quadrimestre avec les chromatographies échangeuses d’ions.
Les acides aminés sont donc décrits, suite à leur action sous forme de zwitterion, comme des
molécules amphotères ou ampholytes.
L’union de 2 à 100 acides aminés forme un peptide. Leur union est réalisée par covalence, par
une liaison amide substituée aussi appelée liaison peptique qui est réalisée par condensation
grâce à l’élimination d’une molécule d’H 2O entre le groupe α-carboxylique du premier acide
aminé et la fonction α-aminée du deuxième.
R1 H R2
H3N+ CH C OH + H N CH COO -
O
H2O
R1 H R2
H3N+ CH C N CH COO -
O
Liaison peptidique
O
La représentation de Ramachandran donne les valeurs autorisées des angles Ψ (angle provenant
de la rotation autour de la liaison C α-C) et Ф (angle provenant de la rotation autour de la liaison
N-Cα). C’est le glycocolle qui peut prendre le plus de conformations du fait du faible
encombrement stérique de son radical R.
Dans un peptide ou une protéine les acides aminés sont le plus souvent appelés résidus.
II - PROPRIETES CHIMIQUES
Les enképhalines : elles possèdent toutes 4 acides aminés en commun à leur extrémité C-
terminale et affectent la perception de la douleur.
Polypeptides particuliers
Elles comportent un nombre d’acides aminés supérieur à 100 soit un poids moléculaire
supérieur à 10 000.
Elles présentent une formule développée en dents de scie due aux angles précédemment
déterminés dans les peptides.
1 – Structure primaire
C’est une structure covalente, c’est l’ordre d’enchaînement des acides aminés. Elle va
déterminer la structure secondo-tertiaire de la protéine.
Elle contient :
- des liaisons peptidiques,
- des ponts dissulfures (entre 2 Cys) qui servent à la réticulation,
- des liaisons hydrogènes inter- ou intra-chaînes qui servent à la stabilisation.
Il vous faut connaître les méthodes permettant de déterminer les acides aminés N et C
terminaux des polypeptides.
2 – Structure secondaire
4 – Structure quaternaire
La protéine est alors constituée de plusieurs sous unités identiques ou non, réunies par des
liaisons :
- non covalentes en général pour les protéines globulaires
- covalentes en général pour les protéines fibrillaires.
Les contacts entre sous-unités doivent être mobiles et sont souvent réalisés au niveau de
régions hydrophobes.
Les chaînes latérales des acides aminés réalisent des mouvements très rapides.
La fixation d’un ligand minéral est parfois indispensable à l’activité biologique de la protéine
en entraînant par sa fixation sur celle-ci un changement de sa conformation. On distingue les
ions constitutifs et les ions régulateurs.
Exemple de la calmoduline :
La calmoduline est composée de 4 domaines ou boucles de calcium (mais d’une seule chaîne,
pas de structure quaternaire) qui vont pouvoir fixer 4 ions Ca 2+ par un mécanisme de fixation
coopératif, c’est à dire que la fixation d’un ion Ca 2+ sur le premier domaine va faciliter la
fixation d’un 2ème ion par modification de la boucle suivante.
Le complexe calmoduline-calcium présente alors une conformation lui permettant de se fixer à
l’aide de liaisons hydrophobes sur d’autres protéines et d’en modifier l’activité (notamment
régulation de la contraction des muscles lisses par la fixation sur la myosine kinase).
La liaison d’un ligand organique peut quand à elle être indispensable à l’action de certaines
enzymes, le ligand prend alors l’appellation de coenzyme.
L’allostérie :
Elle concerne les protéines comportant plusieurs sous-unités (protomères) mais en petit nombre
(4 à 6 sous-unités).
La modification de la première sous-unité va impliquer celle de la deuxième et ainsi de suite.
Cette modification est réalisée par la fixation d’un effecteur allostérique sur un site de la sous-
unité. Il y a alors modification de la conformation des sous-unités mais également modification
de leur disposition dans l’espace les unes par rapport aux autres.
La protéine passe d’un état relâché actif à un état tendu inactif et inversement par transition
allostérique.
La réaction du Biuret n’a lieu que pour des peptides dont la taille est supérieure ou égale à 4
acides aminés.
Ne pas oublier que le SDS (sodium dodécyl sulfate) dissocie les chaînes et uniformise leur
charge négativement.
1 – L’insuline
2 chaînes peptidiques
3 ponts dissulfures (2 inter-chaîne et 1 intra-chaîne)
PM = 5700
Préproinsuline → proinsuline (par clivage de la séquence signal) → insuline (par clivage du
peptide C
Le dosage du peptide C permet l’évaluation de la production résiduelle d’insuline chez les
patients.
2 – Chromoprotéines
Elles font parties des hétéroprotéines (partie non polypeptidique = groupement prosthétique
+ partie protéique = apoprotéine) colorées.
Le groupement prosthétique de ces protéines est la porphyrine, présente notamment dans
l’hémoglobine et la myoglobine au niveau du hème sous forme de ferroprotoporphyrine
(porphyrine + fer ferreux Fe2+).
La methémoglobine est une hémoglobine non fonctionnelle car elle comporte un ion ferrique
Fe3+.
Myoglobine :
- Globulaire
- 5ème liaison dative pour la fixation de l’histidine
- 6ème liaison dative pour la fixation de l’O2
Hémoglobine :
- Composée de 4 chaînes (structure quaternaire)
- Protéine allostérique
- Affinité pour l’O2 dépendante du pH contrairement à la myoglobine
- Le 2-3 DPG va se fixer dans la cavité centrale de l’hémoglobine et entraîner la libération
d’O2.
De la même manière, le fœtus est dépendant de sa mère pour l’apport d’O 2, pour cela
l’hémoglobine fœtale a une plus forte affinité pour l’O 2 que l’hémoglobine maternelle de
manière à pouvoir permettre le passage de l’une à l’autre.
L’acidose diminue l’affinité de l’hémoglobine pour l’O2 qu’elle va alors relarguer par effet Bohr.
1 – Enzymes holoprotéiques
Le site actif catalyse la réaction, il est composé :
du site de fixation (qui assure la reconnaissance du substrat enzymatique)
du site catalytique
2 – Enzymes hétéroprotéiques
L’apoenzyme protéique correspond au site de fixation, il est responsable de la spécificité au
substrat.
Ne pas confondre :
- L’activité moléculaire d’une enzyme qui est le nombre de molécules de substrat
transformées par unité de temps par une mole d’enzyme dans des conditions optimales et
- L’activité spécifique qui est le nombre d’unités d’enzyme contenu par mg de protéine
Une unité d’enzyme est la quantité qui transforme une μmole de substrat par unité de temps
dans les conditions optimales.
Pour calculer la vitesse d’une réaction à partir d’une équation de Michaelis-Menten on utilise
la relation suivante :
V = Vmax x [S] / ( KM + [S] )
La méthode des inverses permet une détermination plus précise de la valeur du KM à partir de
la représentation de Lineweaver.
On utilise alors la relation inverse :
1/V = ( KM + [S] ) / Vmax x [S]
1 – Les inhibiteurs
irréversibles : se fixent irréversiblement à l’enzyme et en bloquent le fonctionnement.
réversibles :
- inhibiteurs compétitifs dont la structure est proche de celle du substrat :
Ils se fixent au niveau du site actif, quand on augmente la concentration en substrat
l’enzyme a moins de chance de rencontrer l’inhibiteur et tout se passe comme si celui-ci
était absent.
Vmax inchangée et KM augmenté.
2 – Les activateurs
Ils favorisent la réaction.
2 – Protéines kinases C
Remarque :
Les protéines kinases sont reprises plus en détail dans le cours du Professeur SALVAYRE sur la
communication cellulaire.
Correction:
QCM 1 : D
A. Tous les acides aminés naturels sont de la série L.
B. C'est la glycine : étant donné qu'elle représente le plus petit acide aminé, elle prendra pas
beaucoup de places dans l'espace et permettra ainsi à la protéine de se replier dans l'espace.
C. C'est l'inverse : Le groupement carboxylique de la glycine est 100 plus acide que celui de l'acide
acétique.
E. Groupement thiol de la CYSTEINE.
QCM 2 : ABD
E. Le Vmax est inchangé.
QCM 3 : BCD
A. La calmoduline a un haut PM d'environ 17000 et est constituée de 4 domaines de fixation!
E. Etat R (relaché) est actif alors que l'état T ( tendu) est inactif. ATTENTION!!
QCM 4 : ABC
A. Vrai : C'est pourquoi la courbe de l'affinité de l'oxygène pour l'hémoglobine a la forme d'une
sigmoïde (courbe en forme de S). Pour rappel, si le procédé est non coopératif, la courbe aura la
forme d'une hyperbole.
D. C'est le contraire! La myoglobine a une meilleur affinité pour l'oxygène.
E. L'hémoglobine foetale a une meilleure affinité.
QCM 5 : ACE
B. Enzymes NON modifiées.
D. Elles augmentent la vitesse initiale.
QCM 6 : ADE
Les formules ADE récapitulent celles qui permettent de calculer la vitesse en fonction de la
concentration en substrat.
E. faux.
QCM 7 : D
Le Km est inversement proportionnel à l'affinité de l'enzyme pour le substrat.
BIOCHIMIE
Année 2010-2011
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2ème PARTIE
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LES GLUCIDES
Cours du Dr MAUPAS-SCHWALM
SYNTHESE et QCM
rédigés par
I - DEFINITION
Ils ont :
1 fonction carbonyle
des fonctions alcool (2 minimum)
~ si la fonction est un aldéhyde → Aldose
~ si la fonction est une cétone → Cétose
II - CLASSEMENT
Aldoses Cétoses
3C → trioses → aldotrioses → cétotrioses
4C → tétroses → aldotétroses → cétotétroses
5C → pentoses
6C → hexoses…
1 - Série = Convention
( L-Thréose)
CHO CHO
׀ ׀
OH – C – H H – C – OH
׀ ׀
OH – C– H OH – C – H
׀ ׀
CH2OH H – C – OH
׀
( L-Erythrose ) CH2OH
( D-Xylose )
Remarque :
Les sucres naturels sont presque tous de série D.
1CHO
│
2C─
│
3CH2OH
(D.Glycéraldéhyde)
CHO CHO
│ │
─C C─
│ │
C─ C─
│ │
CH2OH CH2OH
(D.Thréose) (D.Erythrose)
1 CH2OH
│
2C=O
│
3CH2OH
(Dihydroxyacétone)
CH2OH CH2OH
│ │
C=O C=O
│ │
C─ ─C
│ │
CH2OH CH2OH
(Série D) (Série L)
Exemples :
Pentose Hexose
CH2OH CH2OH
│ │
C=O C=O
│ │
C─ ─C
│ │
C─ C─
│ │
CH2OH C─
(D.Ribulose) │
CH2OH
(D.Fructose)
Si on a un C* → pouvoir rotatoire
Attention :
Il n’y a aucun rapport entre la notion de série qui est une convention (donc décidée)
et le pouvoir rotatoire qui est une propriété physique.
Série = convention → D ou L
Pouvoir rotatoire = propriété physique → + ou –
Exemple :
D-glucose → dextrogyre (+)
D-fructose → lévogyre (-)
Attention :
Lorsque vous faites le symétrique, il faut inverser tous les substituants et non pas seulement le OH
de l’avant dernier C, car dans ce cas on obtient un autre composé (ici de l’idose).
Anomérie α et β
Tollens explique qu’en milieu les aldohexoses se cyclisent et donc n’ont pas toutes les propriétés de
la fonction carbonyle.
1 - La cyclisation
H O-H OH H
\ / \ /
C1 ———- C ——-—
׀ ׀
C2– C–
׀ ׀
–C3 O –C O
׀ ׀
C4– C– ← pont oxydique
׀ ׀
C5 ——-— C
׀ ׀
CH2OH CH2OH
(α-D-glucopyranose) (β-D-glucopyranose)
On a 2 formes de cycles :
Pyrane ( cyclisation 1 → 5 )
Furane ( cyclisation 1 → 4 )
H O-H OH H
\ / \ /
C1 ———- C ———--
׀ ׀
C2– C–
׀ ׀
–C3 O –C O
׀ ׀
C4– C ———--
׀ ׀
C5 ———- C–
׀ ׀
CH2OH CH2OH
(α-D-glucopyranose) (β-D-glucofuranose)
Pour les aldohexoses la forme pyrane est la plus stable et donc la forme furane est la moins stable.
Pour les cétohexoses c’est l’inverse, la forme furane est la plus stable et la forme pyrane est la
moins stable.
CH2OH CH2OH
׀O-H ׀
C H-O – C
׀ ׀
–C O – C
׀ ׀
C C–
׀ ׀
C C– O
׀ ׀
CH2OH CH2
(α-D-fructofuranose) (β-D-fructopyranose)
C
│ CH2OH
C─ OH O
│
HO─C O
│ HO OH OH
C─OH
C OH
│ (α-D-glycopyranose)
│ Haworth
CH2OH
(α-D-glycopyranose)
Tollens
H OH
C
│ forme pyranose
C─ O
│ CH2OH
O ─C
│ OH
C─
│
C
│
CH2OH
(β-L-idopyranose)
Règles :
Lorsque le substituant se trouve à droite chez Tollens alors il sera en bas dans la représentation de
Haworth.
De même lorsque le substituant est à gauche chez Tollens alors il sera en haut chez Haworth.
Pour le CH2OH il va du côté opposé à la cyclisation, il est alors à droite (→bas) ou bien à gauche
(→haut)
Pour les angles :
- α : quand le OH (C n°1) est du même côté que le OH de la série
- β : quand le OH (C n°1) est du côté opposé que le OH de la série
pour les placer :
- si c’est une série D alors α est en bas et β en haut
- si c’est une série L alors α est en haut et β en bas.
CH2OH
│ forme furanose
─C HO2HC O
│ OH
─C
│ O CH2OH
C─
│
C
│ β-D
CH2OH
(β-D-fructofuranose)
CH2OH
OH
α-D
OH
C O
│
C─
O │ OH
─C
│ C
C
│ CH2OH
C─
│
CH2OH
(α-D-galactofuranose)
H - C=O OH-C=O
CH2OH CH2OH
si ces fonctions sont libres (non engagées dans une réaction), alors on a oxydation.
oxydation oxydation
Alcool Carbonyle Acide ou CO2
Si un C subit une coupure → 1 degré d’oxydation
Si un C subit une coupure → 2 degré d’oxydation
1 – Hexosamines
CH2OH
O
Glucosamine
(GlcN)
NH2
Toujours en n°2
CH2OH
O
Glucosamine-N-acétylée
(GlcNAc)
NH-CO-CH3
2 – Acide N-acétylmuramique
Mur-N-Ac
Liaison étheroxyde
CH2OH
O
CH3
│
H—C O
│ NH-CO-CH3
COOH
H3C
CO O
HN C— OH
C—
CH2OH
H COOH
4 – Acides Uroniques
COOH
O O OH
COOH
OH
Ac.α-D-glucuronique Ac.α-L-iduronique
GlcUA IdUA
6-désoxy-β-L-galactopyranose
H OH
C
│
—C O
│ CH3
O C— OH
│
C—
│ (Fuc)
C
│
CH3
O
║ HOH2C OH
C
│ C O
α C—OH
║ =O
β C—OH O
│
γ C =====
│ HO OH
OH—C
│ Acide ascorbique
CH2OH
OH OH
OH
OH OH
OH
Plan de symétrie
I - GENERALITES
Si diholoside réducteur :
Il faut savoir d’abord quel est l’ose réducteur et ensuite savoir s’il établit une liaison avec la
fonction réductrice de l’autre ose.
On démarre par l’oxydation ( I2 ) puis l’hydrolyse puis la chromatographie pour identifier l’ose
réducteur. Celui-ci sera sous forme d’acide après oxydation.
Pour savoir s‘il est lié avec la fonction réductrice de l’autre ose on suit différentes étapes.
La perméthylation avec ICH3 qui se fixe sur tous les OH libres
L’hydrolyse qui révèle les OH potentiels de la liaison glycosidique
- le OH (1) de l’ose non réducteur
- les OH possibles de l’ose réducteur (4 ou 5…)
La dernière étape consiste à savoir si la liaison se fait avec 4 ou 5.
Pour cela, on réalise une réduction au NaBH4 et une ouverture au HIO4.
1 - Le saccharose
Non réducteur
α-D-glucopyranosyl-(1→ 2)-β-D-fructofuranoside
Peut-être coupé par :
- α-D-glucosidase
- saccharase = β-D-fructosidase
2 - Le lactose
Réducteur
β-D-galactopyranosyl-(1→ 4)-α-(β)-D-glucopyranose
Peut-être coupé par la lactase = β -D-galactosidase
3 - Le maltose
Réducteur
α-D-glucopyranosyl-(1→ 4)-α ou β-D-glucopyranose
Peut-être coupé par la maltase = α-D-glucosidase
1 - L’amidon
Réserve glucidique végétale
Amidon = amylose + amylopectine
Les pourcentages relatifs de ces deux constituants varient en fonction des espèces.
1.1 - Amylose
Linéaire
Unités de glucose α unies 1→ 4
Présence de spires de 6 unités de glucose
Les différentes chaînes sont associées par des liaisons hydrogènes
1.2 - Amylopectine
Ramifiée
Unités de glucose α unies 1→ 4 avec tous les 30 glucose des ramifications 1→6
Grains d’amidon = structure arborescente de l’amylopectine où les interstices sont comblés par
des hélices d’amylose.
L’amidon attire l’eau.
Il est donné lors des chocs hémorragiques et fait ainsi revenir le sang dans le secteur vasculaire.
maltase
maltose glucose
amylase maltase
amidon maltotriose glucose
α dextrinases + maltase
α dextrines glucose
2 - Le glycogène
Réserve glucidique animale.
Structure identique à l’amylopectine avec des ramifications plus fréquentes, tous les 10
glucoses.
Lors de la glycogénolyse, des enzymes coupent le glycogène pour libérer des glucoses et ainsi
elles maintiennent stable la glycémie. Lorsque ces enzymes sont absentes on parle de
glycogénoses.
Un glucose sur deux tourne de 180o pour permettre la formation de liaisons hydrogènes. Celles-
ci rigidifient les chaînes et les associent entre elles. On a alors formation de fibres qui jouent un
rôle crucial dans la digestion. Elles favorisent le transit intestinal.
4 - Les dextranes
Ils sont synthétisés par les bactéries et les levures.
Chaînes de glucose α (1→ 6).
Les gels de dextran sont utilisés dans les chromatographies.
Les hétérosides sont des osides composés d’oses ou de dérivés d’oses et d’un groupement non sucré
"aglycone".
I - GENERALITES
protéine lipide
Remarque 1
On regroupe les glycoprotéines et les glycolipides en glycoconjugués parce que ces composés
ont la même structure et les mêmes rôles biologiques.
Remarque 2
On ne peut pas regrouper les protéoglycannes et les glycoprotéines parce qu’ils ont des
structures et des rôles biologiques différents.
Protéoglycannes
Glucides +++ / protéines +
Chaînes linéaires, longues, répétitives
Unités glucidiques unies par des liaisons glycosidiques α ou β
Glycoprotéines
Protéines +++ / glucides +
Chaînes ramifiées, courtes, très grande variété de glycannes
Unités glucidiques unies par des liaisons glycosidiques α ou β
2.1 - Structure
Fixés
GAG (partie glucidique) sur une protéine
glycoaminoglycannes
protéine
- CH - CH2 - O - (HexNAc - UA)n
sérine GAG
Liaison O-glycosidique
protéine
- CH - CH2 - O - Xyl - Gal - Gal - (HexNAc - UA)n
Liaison N-glycosidique
protéine
- CH - CH2 - CO - NH - (HexNAc - UA)n
asparagine GAG
Remarque :
- 1 GAG → 1 seul type de liaison
- sur 1 protéine → souvent le même type de GAG
- si 1 GAG est lié sur une sérine, toutes les sérines de la protéines ne sont pas liées
2.3 - Rôle
Les protéoglycannes s’agrègent par l’intermédiaire de protéines de liaison à un acide
hyaluronique pour former des AGRÉGATS.
Les charges négatives des GAG attirent Na+ et H2O permettant aux organes de résister aux
forces de compression et d’étirement.
Les sites anioniques captent Ca et Phosphore pour former la structure minérale de l’os :
HYDROXYAPATITE.
Cas particulier de l’héparine : ses charges négatives fixent des facteurs de coagulation.
Elle a un rôle majeur d’anticoagulant.
2.4 - Synthèse
Partie protéique dans le réticulum endoplasmique
Partie glucidique dans l’appareil de Golgi grâce aux glycosyltransférases
2.5 - Dégradation
Par des enzymes
Si ce mécanisme est déficient ou absent cela peut entraîner des maladies de surcharge
MUCCOPOLYSACCHARIDOSES
1 - Généralités
Les glycoprotéines (GP) humaines sont : des enzymes, des protéines de membrane, des
protéines de transport, des protéines plasmatiques (sauf albumine), etc.
Les changements de structure des GP de surface = métastases dans les cancers
Certaines GP sont des mucines ou agents protecteurs des parois de nos systèmes respiratoire,
digestif,…
2 - Structure
La glycophorine sert d’exemple
membrane cellulaire
COOH
P
EXTERIEUR INTERIEUR
Glycannes O fixés
Glycannes N fixés
Pas d’acide uronique dans les glycoprotéines.
Souvent le dernier sucre est un NANA.
Il est précédé d’un GalNAc ou d’un Gal (encore avant).
La liaison avec la protéine peut se faire selon 3 modes différents :
1er mode
protéine
sérine – O – GalNAc O-glycosylprotéine
2ème mode
protéine
asparagine – NH – GlcNAc N-glycosylprotéine
Remarque :
Toutes les N-glycosylprotéines commencent par les 5 mêmes sucres :
Man
NH - GlcNAc - GlcNAc - Man
Man
3 - Synthèse
4 - Rôle
Gal NANA
P Glc NAc
Man
: action N-acetylglucosaminidase
Si elle fonctionne, le Man P exposé est reconnu par le récepteur qui guide la GP vers le
lysosome pour être dégradée.
Si une maladie atteint cette enzyme, le Man P n’est pas exposé et la GP sera secrétée dans
le sang.
A B C D E
CH2OH
H OH
HO H
H OH
H OH
CH2OH
A. Glucose
B. Galactose
C. Ribose
D. Fructose
E. Acide glucuronique
QCM 13 : Parmi les sucres suivants le(s)quel(s) est(sont) capable(s) de donner une réaction
positive avec la liqueur de Fehling ?
A. Glucose
B. Fructose
C. Saccharose
D. Lactose
E. Désoxyribose
CH2OH
—O CH2OH O
CH2OH
OH
CH2OH
QCM 1 : ACE
B. HNO3 et non oxydation.
D. Pas l’oxydation. C'est le fait que certains oses s'ouvrent et se recyclisent soit en alpha soit en β.
QCM 2 : ABE
C. Les hétérosides.
D. Contre-exemple : les glycolipides sont des hétérosides.
QCM 3 : BD
A. Série D.
C. OH de l’alcool secondaire de plus haut indice.
E. Par exemple sous la forme cyclique ils ne le recolorent pas.
QCM 4 : BC
D. Pyranose.
E. Si les cétoses.
QCM 5 : BCE
D. Pyranose et furanose ne sont pas des anomères, c'est alpha et béta !
QCM 6 : AD
B. Formation de deux ½ acétals.
C. Le pouvoir réducteur des oses a été vu avec la forme linéaire.
E. L'iode oxyde l'ose sous forme linéaire
CH2OH HCHO
C=O CO2
CH2OH HCHO
QCM 8 : AD
QCM 9 : ADE
QCM 10 : CE
A. Il y aura une majorité de la forme la plus stable.
B. Sous forme cyclique.
D. L’inverse.
QCM 11 : CD
A. 16 (4 carbones asymétriques : 24=16)
B. 16
E. 8
QCM 12 : ABC
D. Le réactif de Schiff agit sur l'aldhéhyde après action de HIO4
E. Les acides ariques.
QCM 13 : ABDE
QCM 14 : BE
QCM 15 : BCDE
A. Ce n'est pas un aldose !
QCM 16 : ACD
B. L'acide L-ascorbique
QCM 17 : AD
B. Les sucres sont des chaines carbonée porteuses de fonctions alcool et d'une fonction carbonyle.
C. Les glucides simples sont des sucres seuls.
E. Au moins trois carbones.
QCM 18 : BDE
A. La fonction carbonyle.
C. La fonction cétone est toujours en C2.
QCM 20 : AB
C. Le cellulose est un constituant de la paroi des végétaux. C'est l'amidon qui est la réserve
énergétique des végétaux
D. Les osides peuvent ne contenir que des sucres, ce sont des holosides.
E. C'est l'inverse, ils ont une seul fonction carbonyle et plusieurs fonctions alcools.
QCM 13 : Soit la molécule suivante, diosidique (« ose » par sa nomenclature): Glu-Gal. Après
perméthylation et hydrolyse acide, quelles sont les molécules que l'on peut retrouver?
A. 2,3,4,6 tétraméthylgalactopyranose.
B. 2,3,4,6 tétraméthylglucopyranose.
C. 2,3,6 triméthylgalactofuranose.
D. 1,3,6 triméthylgalactopyranose.
E. 2,4,6 triméthylgalactopyranose.
QCM 1 : BDE
A.Le saccharose a une liason de type (1→ 2).
C. α-D-glucosidase.
QCM 2 : ADE
B. La lactase est aussi une β-D-galactosidase.
C. Le lactose.
QCM 3 : BCE
A. C’est l’inverse, hélices d’amylose et arborescence d’amylopectine.
D. Vrai pour les glucoses de la cellulose.
QCM 4 : BDE
A. Très répétitive.
C. Défense bactérienne non spécifique.
QCM 5 : BE
A. Ils sont riches en groupements négatifs.
C. Suivant 3 modes.
D. Souvent mêmes GAG sur une protéine.
QCM 6 : CE
A. Vrai seulement pour l’acide hyaluronique.
B. Ceux sont les kératanes sulfates.
D. Son rôle anticoagulant est dû à beaucoup de charges négatives.
QCM 7 : A
B. Par la séquence Gal ou GalNAc- NANA.
C. Ce sont les N-Glycosylprotéines.
D. Elles sont fixées chimiquement.
E. Pendant 6 à 8 semaines.
QCM 9 : BCDE
A. Au contraire, elle seront dégradées par le foie.
QCM10 : CD
A : Le maltose.
B : 8 molécules de ICH3.
E : 5 molécules d’acide périodique.
CH2OH CH2OH
CH2OH
CH2OH CH2OH
HCHO
C C
HCOOH
CH2OH
C C
C C
C OH C
QCM 12 : C
Dans le composé 1, le β-D-fructopyranoside donne 1, 3, 4, 5 tétraméthylhéxose
Dans le composé 5, le β-L-galactofuranosyl donne 2, 3, 5, 6 tétraméthylhéxose
CH2OH
OHH2C
CH2OH
QCM 14 : ABC
D : Tous les types de liaison existent (1-1, 1-2,1-3...)
E : Ils contiennent plus de sucres que de protéines.
QCM 15 : BCDE
A : L'acide hyaluronique n'est pas lié à une protéine et n'a pas de groupement sulfate.
BIOCHIMIE
Année 2010-2011
~~~~~
3ème PARTIE
~~~~~
LES LIPIDES
Cours du Pr LEVADE
SYNTHESE
rédigée par
→ Propiétés physico-chimiques :
• Polarité/solubilité :
• + il y a de carbones, + c'est hydrophobe.
• + il y a de groupements polaires, + c'est hydrophile.
Dans les solvants : un lipide apolaire sera soluble dans un solvant apolaire (ex :CE/hexane). De
même un lipide polaire sera soluble dans un solvant polaire (Gangliosides/eau).
Dans l'eau :
• Lipides non polaires : totalement insolubles => β Carotènes
• Lipides amphiphiles se détachent en 3 groupes :
1- Lipides amphiphiles hydrophobes (insolubles) dans l'eau :=> AG à longues chaines, TAG, DAG,
CE. Forment des micro-émulsion.
2- Lipides amphiphiles vrais => lipides membranaires +++ (phospolipides, shingolipides). Forment
des liposomes.
3- Lipides amphiphiles hydrophiles (solubles) dans l'eau => AG à courtes chaines, sels biliaires.
Forment des micelles si leur concentration est élevé ou restent en monomères dispersés dans l'eau si
leur concentration est plus faible.
Notés Cn:x
Avec n pour le nombre de carbones et x pour le nombre de doubles liaisons
C16:0 est l’acide palmitique
C18:0 est l’acide stéarique
C20:0 est l’acide arachidique
En cas d’anomalies du fonctionnement des peroxysomes (maladie génétique), les acides gras à
très longue chaîne s’accumulent.
Notés de la même façon, ils sont classés en séries métaboliques du type série ω6 = n-6 avec n pour
le nombre de C totaux et 6 le nombre de C séparant l’extrémité CH 3 de la molécule et la dernière
double liaison en partant du COOH.
AG ramifiés
AG hydroxylés
AG cycliques
AG à fonction oxygénée (oxydation AG insaturés) : époxyde, hydropéroxyde, endopéroxyde
AG fluorescents
III – PROPRIETES
1 – Classe et sous-classe
2 – Biosynthèse
II – LES LEUCOTRIENES
Comme leur nom l’indique ils ont toujours au moins 3 doubles liaisons conjuguées.
Ils dérivent de l’acide arachidonique sur lequel agit la 5-lipoxygénase.
Ils peuvent se lier de façon covalente à 1, 2 ou 3 acides aminés formant ainsi des peptiddo-
leucotriènes.
Ils ont des propriétés vasoactives (importantes pour le traitement de l’asthme), ils interviennent dans
les réactions allergiques.
Ils proviennent de la fixation d’un acide gras sur une fonction alcool d'un trialcool : le glycérol.
Il y a possibilité de fixation d’1, 2 ou 3 AG formant un monodiacylglycérol (MAG),
diacylglycéreol (DAG) ou triacylglycérol (TAG).
On peut avoir des triglycérides homogènes (même AG) ou hétérogènes (AG différents).
1 – Propriétés physiques
molécules hydrophobes
stabilisés par agents tensio-actifs : sels biliaires, albumine
2 – Propriétés chimiques
hydrolyse à chaud (H2SO4) : TAG → AG + glycérol
hydrolyse alcaline/saponification (KOH): TAG → Glycérol + savon
oxydation des AG = rancissement
alcoolyse : TAG + CH3OH (méthanol) → Glycérol + 3 RCO-O-CH3 (esters méthyliques)
3 – Propriétés biologiques
Ils se trouvent dans les tissus adipeux ou dans le sang circulant mais jamais dans les
membranes.
Ils sont dégradés par les lipases digestives selon la séquence suivante : lipase gastrique (pH
acide), lipase pancréatique (pH neutre).
En cas d’anomalie de dégradation des TAG, on les retrouve dans les selles, on parle de
stéatorrhée.
Il existe des lipases extra-cellulaires : la LPL(lipoprotéine lipase) et la TLH (TG lipase
hépatique)
Il existe des lipases intra-cellulaires : la lipase acide ou lysosomale (déficit de cette lipase
entraîne la maladie de Wolmann qui est une maladie de surcharge) et la LHS (lipase hormono-
sensible) activée par les catécholamines et inhibée par l’insuline et des complexes
cytoplasmiques à lipases hors du tissues adipeux.
TAG : Rôle de stockage cytoplasmique dans tissus adipeux.
nd
DAG : Rôle de 2 messager.
Proviennent de la fusion d’un AG à longue chaîne et d’un alcool gras par le biais d’une liaison ester.
IV – LES ETHEROGLYCERIDES :
Fusion d’un glycérol et d’un alcool gras par une liaison éther-oxyde (- yl)
Résistants à l’hydrolyse alcaline.
Non hydrolysés par les lipases.
Cholestérol :
Molécule amphiphile retrouvée dans les membranes des cellules.
7-déhydrocholestérol :
Précurseur métabolique dans la synthèse de la vitamine D.
Ester de cholestérol :
Molécule hydrophobe issue d'une liaison ester d'un AG sur le CL. C'est une forme de transport du
CL via les lipoprotéines et de stockage dans le cytoplasme. Il n'est jamais retrouvé dans les
membranes!
Dégradés par les cholestérols estérases cytoplasmiques ou lysosomales (= lipase acide) au niveau de
la liaison ester.
1 – Diacyl-GPL
Glycérophosphate lié par liaison ester à 2 AG. L'AG sur le C1 OH (liaison sn1) est saturé ou
mono-insaturé et celui sur le C2 OH (sn2) est poly-insaturé.
Molécule formant des liposomes dans l'eau.
2 – Monoacyl-GPL / lyso-PL
3 – Ether-GPL
Alkyl-PL
Liaison d'un alcool gras par une liaison éther oxyde (-yl) sur le C1 (sn1) du glycérol.
On trouve comme molécule type le PAF (Platelet Activating Factor) : alcool gras en sn1, acide
acétique en sn2 et X = choline. C’est un médiateur de l’inflammation et de certaines réactions
allergiques. Il régule l’adhésion et l’agrégation plaquettaire.
II – LES GLYCERO-GLYCOLIPIDES :
R – CO – NH - CH
CH2 – O - X
Différents types de SP :
X = H :céramide
X = phospho-choline : sphingomyéline : constituant de la gaine de myéline
X = ose : glycosphingolipide neutre ou basique ; ex : voir dessous
X = galactose : galacto cérébroside : intermédiaire de biosynthèse et dégradation des SP
X = lactose :lactosyl-céramide
X = ose sulfaté : sulfatide consituant de la gaine de myéline
X = acide sialique :ganglioside, molécule acide retrouvée au niveau des ganglions
nerveux.
Fucolipides, structures riches en sucres, galactose comme marqueur du groupe sanguin
B et galactose N-acétylé pour le groupe A.
Ces molécules sont dégradées dans les lysosomes de façon séquentielle (ordonnée).
S’il existe un déficit de l’activité des enzymes du lysosome, les SP ont tendance à s’accumuler,
on parle de maladies de surcharge lysosomale ou de shingolipidose.
I – PHYTOL et DOLICHOL :
1 – Phytol
Alcool constitué de 4 unités isopréniques dont une seule est insaturée. On ne le trouve chez
l'homme que sous sa forme acide : l'acide phytanique.
Dégradé par α oxydation dans le péroxysome, un déficit de l'α oxydase peut conduire à
un défaut de la catalyse de l’acide phytanique impliquant son accumulation : c'est la maladie de
Refsum.
2 – Dolichol
Alcool constitué de n unités isopréniques insaturées (n très supérieur à 20), la dernière des
unités isopréniques est saturée. C’est une molécule très hydrophobe qui permet, dans la
membrane du RE, l'édification des chaines oligosaccharidiques et que l’on peut retrouver sous
forme phosphorylée : c’est le dolichol-phosphate.
1 – Vitamine D
Sa synthèse suit la séquence suivante :
Le 7-déhydrocholestérol est converti sous l’effet de la lumière en vitamine D3 = cholécalciférol.
La vit D3 formée est ensuite transformé dans le foie en 25-hydroxy vitamine D3 puis dans le
rein en 1,25-dihydroxy vitamine D3 = Calcitriol, forme active.
Une carence en vitamine D se traduit par un rachitisme chez l’enfant et une ostéomalacie chez
l'adulte.
A partir du cholestérol, il y a la formation dans le foie du précurseur des acides biliaires : l'acide
cholique. Ceci s'effectue par réduction du nombre de carbones pour aboutir au noyau cholane,
puis à l'oxydation de celui ci.
L'acide cholique est ensuite modifié par conjugaison au niveau du foie où se fixent sur sa
fonction carboxylique par leur fonction amine (= liaison amide), soit la taurine pour former
l’acide taurocholique, soit le glycocolle pour former l’acide glycocholique.
Ces sels biliaires facilitent la digestion de certains lipides et éliminent le cholestérol dans le tube
digestif.
Ce sont des agents tensioactifs qui stabilisant ainsi les micro-émulsion.
Molécule à 21C, dérivé du noyau pregnane, il possède 2 cétones en 3 et 20, une double
liaison en 4-5, une fonction alcool en 17, 2 OH en 11et 21.
Il favorise la synthèse du glycogène par la dégradation de protéines, et constitue un puissant
immunosuppresseur et anti-inflammatoire.
Molécule à 21C dérivée du noyau pregnane, elle possède 2 cétones en 3 et 20, une double
liaison en 4-5 et un groupement méthyle en 21. Elle est sécrétée par le corps jaune et assure
la nidation de l’œuf.
Molécule à 18C,dérivé du noyau œstrane. Il est sécrété par le follicule ovarien et permet
l’apparition des caractères féminins secondaires.
La testostérone :
Molécule à 19C dérivée du noyau androstane, elle est sécrétée par le testicule et joue un rôle
dans le développement des caractères sexuels secondaires masculin, dans la spermatogenèse et
dans la biosynthèse protéique.
Elle peut être transformer sous la forme DHT (dihydrotestostérone) plus active.
1 – Caroténoïdes et Rétinoïdes
Vitamine A (rétinol) : Alcool qui dérive du β-carotène et circule dans le sang liée à une
protéine de transport (RPB : rétinol binding protein). Sa forme dérivée aldéhyde, le rétinal,
joue un rôle important dans la vision crépusculaire lorsqu'elle se lie de façon covalente à une
protéine de l'œil, l'opsine, formant ainsi un complexe : la rodhopsine.
En effet, à l'état de repos (obscurité), le rétinal à une conformation 11 cis alors que sous l'effet
des photons lumineux, il passe sous la conformation 11 trans permettant à l'opsine de s'activer.
Une carence en vitamine A est responsable d’une héméralopie (trouble de la vision
crépusculaire) ou d’une xérophtalmie (sécheresse de l’œil).
Obscurité Lumière
hυ
Rhodopsine 11cis Rhodopsine
Rétinal 11 trans
Rétinal 11 cis
Influx nerveux
3 – Vitamine K
D'origine végétale, elle peut aussi être synthétisée par les bactéries de notre flore intestinale.
On la divise en 2 parties : ménadione et phytyl.
Elle joue un rôle important dans la coagulation en permettant la carboxylation de protéines ( γ-
carboxylation indispensable à la fonctionnalité des facteurs de coagulation).
Une carence en vitamine K peut causer une avitaminose à l’origine de phénomènes
hémorragiques. A l’opposé une action trop importante de la vitamine K peut causer des
accidents thromboniques qui nécessitent un traitement par des anti-vitamines K.
4 – Coenzyme Q
II – METHODES D’ANALYSE :
Ultracentrifugation de flottation
Le coefficient de flottation s’exprime en svedberg (Sf), il permet la classification des
lipoprotéines en fonction de leur densité..
Electrophorèse
Elles sont de 2 types :
• fonction de la charge, sur papier (acétate de cellulose)
• fonction de la densité, sur gel de polyacrylamide.
Etude des lipides
Dosage spécifique, extraction, chromatographie en couche mince ou en phase gazeuse.
Etudes des apoprotéines
Electrophorèses et études immunologiques.
Explications :
Apoprotéines :
A : a la propriété d’être un activateur de la LCAT.
B : on distingue l’ApoB100 synthétisée par le foie et l’ApoB48 synthétisée par les
entérocytes. On explique la plus petite taille de cette dernière par une modification
post-transcriptionnelle d’une cytosine qui fait apparaître un codon stop.
C : a la propriété d’être un activateur de la LPL.
D
E : sert de ligand pour des récepteurs retrouvés sur des lipoprotéines.
50
Kd Ligand [L]
La captation et l’endocytose des lipoprotéines sont médiées par des récepteurs ApoB/E.
Captation
Rec indépendante
[L]
front
dépôt
1 2 3 Dépot
H3C
OH
CH3 HO O
HO OH
C. La molécule ci-dessus peut se conjuguer avec des acides aminés comme la glycine et joue un
rôle important dans la digestion.
D. La progèstérone est sécrétée par le corps jaune ovarien, c’est un dérivé du noyan oestrane à 21C.
Elle donne naissance entre autre à l’œstrogène.
E. Le cortex surrénalien sécrète des minéralo-corticoïdes et des glucocorticoïdes qui sont tous des
dérivés pregnanes.
QCM 30 : Des phospholipides marqués avec du phosphate radioactif sont incubés en présence
ou en absence d'une enzyme : la LCAT. Puis les phospholipides sont analysés par
chromatographie sur couche mince suivie d'une autoradiographie. On obtient les résultats
suivants:
front
dépôt
1 2 3 Dépot
H3C
OH
CH3 HO O
HO OH
C. La molécule ci-dessus peut se conjuguer avec des acides aminés comme la glycine et joue un
rôle important dans la digestion.
D. La progèstérone est sécrétée par le corps jaune ovarien, c’est un dérivé du noyan oestrane à 21C.
Elle donne naissance entre autre à l’œstrogène.
E. Le cortex surrénalien sécrète des minéralo-corticoïdes et des glucocorticoïdes qui sont tous des
dérivés pregnanes.
QCM 1 : CDE
A. On ne peut pas savoir à quelle série appartient cet acide gras, car on ne nous précise pas la
position des doubles liaisons .
B. Non, ils sont principalement en configuration cis (on parle bien sûr des carbones insaturés)
QCM 2 : BCE
A. Elles peuvent être du groupe II ou III .
C. vrai : c'est l'acide arachidonique.
D. Les lipoxygénases synthétisent les leucotriènes. Les prostaglandines sont synthétisées par la
PLA2 et la cyclo-oxygénase.
E. vrai : l'acide linoléique ( ω 6) .
QCM 3 : ABC
D. Oui mais ce sont des molécules instables.
E. Au contraire certains thromboxanes favorisent l'agrégation plaquettaire et certaines
prostaglandines inhibent cette agrégation.
QCM 4 : BCD
A. Ils dérivent de la voie de la lipoxygénase, et sont synthétisées à partir de l'acide arachidonique.
E. Au contraire comme les prostanoides ils sont impliqués dans les phénomènes inflammatoires.
QCM 5 : ACD
B. Il n'existe pas de tétra acyl glycérol puisque le glycérol n'a que trois carbones où peuvent
s'accrocher des acides gras.
E. Les glycérides ne sont pas hydrosolubles, ils se trouvent donc sous forme de microémulsions.
QCM 6 : ABCE
D. Les étholides sont des polymères d'acides-alcools.
QCM 7 : BD
A. Les esters de cholestérols ne se retrouvent pas dans les membranes, il y a seulement du
cholestérol simple.
C. C'est le noyau prégnane.
E. Il correspond au 3-beta-hydroxy-5,6-cholestène, mais il suffisait de savoir que le cholestérol ne
contient que 27 carbones!!
QCM 8 : CD
A. Il possède 4 cycles.
B. Soit sept carbones de plus.
E. On ne retrouve pas les esters de cholestérol dans la membrane cellulaire, ce sont des lipides de
transport. Ils peuvent être hydrolysés par la lipase acide (à l'intérieur des lysosomes) ou par les
cholestéryl estérases du tube digestif.
PE inchangé
disparition du PC
lyso PC généré
B. Après traitement par la phospholipase A2, des LPC ( = lyso PC) et LPE ( = lyso PE) auraient été
générés.
D-E. Quand on met le lysophosphatidylcholine en présence d'une phospholipase C (PLC), rien ne se
passe, car la PLC est une enzyme spécifique des Phospholipides, donc elle ne coupe pas les
lysophospholipides. Par contre, si on avait utilisé une lysophospholipase C, elle aurait généré un
monoacylglycérol, mais NON VISIBLE à l'autoradiographie car il ne possède plus le phosphate
radioactif.
QCM 10 : BCDE
A. En aucun cas il ne peut s'agir d'un diacylglycérophospholipide comprenant de la choline, puisque
on aurait le même résultat sur la ligne de dépôt 2 et 3 dans ce cas, les liaisons esters étant dégradées
par l'hydrolyse alcaline.
B.C. Vrais Comme cette molécule est totalement dégradée par l'hydrolyse acide mais pas par
l'hydrolyse alcaline: il y a donc des liaisons ethers: ce sont soit des alkényl-phospholipides ou
plasminogène, soit des alkyl-phospholipides dont font partie les PAF.
D. Vrai L'acide gras en deuxième position est souvent insaturé.
E. Vrai En effet, ce n'est pas une liaison ester en première position.
QCM 11 : BCE
A. 1 seule double liaison pour le phytol.
B. Vrai cf la bio cell système endomembranaire ou bien les glucides et la synthèse des
oligosaccharides.
D. Dérivé du noyau pregnane à 21C.
QCM 12 : CDE
A. La rhodopsine se scinde en présence d'obscurité!
B. Au contraire, l'avitaminose K favorise la formation d'hémorragies (puisque la vitamine K permet
la coagulation).
QCM 14 : DE
A. Attention il ne faut pas confondre ACAT et LCAT, qui ont toutes les 2 pour fonction de fixer un
AG sur un cholestérol, mais qui n'agissent pas au même endroit. ACAT est intracellulaire donc ne
rentre jamais en contact avec l'apoAI.
ACAT = Acyl Cholestérol aminoTransférase
LCAT = Lecithine Cholesterol Acyl transférase
B. L'apoB100 et l'apoB48 sont codées par le même gène mais l'apoB48 subit un processus d'éditing.
C. Non le récepteur reconnait aussi apoE
QCM 15 : AE
B. Il est chargé négativement pour pouvoir se lier au ligand qui est chargé positivement à cause des
lysines.
C. La partie extracellulaire est plus importante.
D. Une petite quantité de LDL entre dans la cellule sans passer par le système de récepteur-clathrine
(liaison non spécifique)
QCM 16 : ADE
B. La CETP (Cholesteryl Ester Transfer Protein) permet d'échanger l'excès de cholestérol estérifié
des HDL contre des triglycérides provenant des résidus de VLDL.
C. C'est la lipoprotéine lipase qui est relargable par l'héparine.
QCM 17 : ABCDE
QCM 18 : BCD
A. L'apoAI active la LCAT (Lecithin Cholesterol Acyl Transferase : elle transfère l'acide gras d'une
lécithine sur un cholestérol ce qui permet d'obtenir un ester de cholestérol. Pour rappel, la
phosphatidylcholine est une lécithine). C'est l'apo CII qui active la LPL.
E. + petite ==> + dense : Densité et taille sont inversement proportionnelles.
QCM 19 : AB
C. L'estérification du cholestérol dépend de l'action de la LCAT.
D. Les HDL subissent l'action de la triglycéride lipase hépatique donc ça se déroule au niveau du
foie.
E. Haute densité ==> petite taille
QCM 20 : AC
B. Le DPG se retrouve uniquement dans la membrane mitochondriale.
D. Ils sont présents dans toutes les membranes.
E. Elle est minoritaire.
QCM 21 : ABDE
C. Le SDS dénature les protéines, on ne peut donc par effectuer d'étude fonctionnelle.
CI.
QCM 23 : BCE
A. Elles peuvent être du groupe II ou III .
C. vrai : c'est l'acide arachidonique.
D. Les lipoxygénases synthétisent les leucotriènes.
E. vrai : l'acide linoléique ( ω 6) .
QCM 24 : ABC
D. Oui mais ce sont des molécules instables.
E. Au contraire certains thromboxanes favorisent l'agrégation et certaines prostaglandines inhibent
cette agrégation.
QCM 25 : BCD
A. Ils dérivent de la voie de la lipoxygénase.
E. Au contraire comme les prostanoides ils sont impliqués dans les phénomènes inflammatoires.
QCM 26 : ACD
B. Il n'existe pas de tétra acyl glycérol puisque le glycérol n'a que trois carbones ou peuvent
s'accrocher des acides gras.
E. Les glycérides ne sont pas hydro olubles, ils se trouvent donc sous forme de microémulsions.
QCM 27 : ABCE
D. Les étholides sont des polymères d'acides-alcools.
QCM 28 : BD
A. Les esters de cholestérols ne se retrouvent pas dans les membranes, il y a seulement du
cholestérol simple.
C. C'est le noyau prégnane.
E. Il correspond au 3-beta-hydroxy-5,6-cholestane, mais il suffisait de savoir que le cholestérol ne
contient que 27 carbones!!
QCM 29 : CD
A. Il possède 4 cycles.
B. Soit sept carbones de plus.
E. On ne retrouve pas les esters de cholestérol dans la membrane cellulaire, c'est une forme de
transport.
PE inchangé
disparition du PC
lyso PC généré
B. Après traitement par la phospholipase A2, des LPC ( = lyso PC) et LPE ( = lyso PE) auraient été
générés.
D-E. Quand on met le lysophosphatidylcholine en présence d'une phospholipase C on obtient bien
un monoacylglycérol mais NON visible car ne possède plus le phosphate radioactif.
QCM 31 : BCDE
A. En aucun cas il peut s'agir d'un diacylglycérophospholipide comprenant de la choline, puisque on
aurait le même résulat sur la ligne de dépôt 2 et 3 dans ce cas, les liaisons esthers étant dégradées
par l'hydrolyse alcaline.
B.C. Vrais Comme cette molécule est totalement dégradée par l'hydrolyse acide mais pas par
l'hydrolyse alcaline: il y a donc des liaisons ethers: ce sont soit des alkényl-phospholipides ou
plasminogène, soit des alkyl-phospholipides dont font partie les PAF.
D. Vrai L'acide gras en deuxième position est souvent insaturé.
E. Vrai En effet, ce n'est pas une liaison ester en première position.
QCM 32 : BCE
A. 1 seule double liaison pour le phytol.
B. Vrai cf la bio cell système endomembranaire ou bien les glucides et la synthèse dans le RE.
D. Dérivé du noyau pregnane à 21C.
QCM 33 : CDE
A. La rhodopsine se scinde en présence d'obscurité!
B. Au contraire, l'avitaminose K favorise la formation d'hémorragies (puisque la vitamine K permet
la coagulation).
QCM 34 : ABD
C. Il a la densité la plus faible. Densité et taille sont inversement proportionnels.
E. Pas dans les HDL.
QCM 36 : AE
B. Il est chargé négativement pour pouvoir se lier au ligand qui est chargé positivement à cause des
lysines.
C. La partie extracellulaire est plus importante.
D. Une petite quantité de LDL entre dans la cellule sans passer par le système de récepteur-
clathrine.
QCM 37 : ADE
B. La CETP (Cholesteryl Ester Transfer Protein) permet d'échanger l'excès de cholestérol estérifié
des HDL contre des triglycérides provenant des résidus de VLDL.
C. C'est la lipoprotéine lipase qui est relargable par l'héparine.
QCM 38 : ABCD
E : seuls les chylomicrons possèdent l'Apo B48, les VLDL possèdent de l'Apo B100.
QCM 39 : BCD
A. L'apoAI active la LCAT (Lecithin Cholesterol Acyl Transferase : elle transfère l'acide gras d'une
lécithine sur un cholestérol ce qui permet d'obtenir un ester de cholestérol. Pour rappel, la
phosphatidylcholine est une lécithine). C'est l'apo CII qui active la LPL.
E. + petite ==> + dense : Densité et taille sont inversement proportionnels.
QCM 40 : AB
C. L'estérification du cholestérol dépend de l'action de la LCAT.
D. Les HDL subissent l'action de la triglycéride lipase hépatique donc ça se déroule au niveau du
foie.
E. Haute densité ==> petite taille
QCM 41 : AC
B. Le DPG se retrouve uniquement dans la membrane mitochondriale.
D. Ils sont présents dans toutes les membranes.
E. Elle est minoritaire.
QCM 42 : ABDE
C. Le SDS dénature les protéines, on ne peut donc par effectuer d'étude fonctionnelle.
BIOCHIMIE
Année 2010-2011
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4ème PARTIE
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Vue d'ensemble du
métabolisme
Cours du Dr MAUPAS-SCHWALM
SYNTHESE
rédigée par
Les composants
➢ 4 complexes :
• I et II : Flavoprotéines
✗ I : à FMN
✗ II : à FAD
• III et IV : Cytochromes
✗ III : Coenzyme Q et cytochrome C réductase
✗ IV : Cytochrome oxydase
● Les flavoprotéines :
– Le complexe I est la NADH déshydrogénase, c'est une flavoprotéine à FMN : elle catalyse
la réoxydation du NADH2 en NAD+. Elle récupère les électrons produit par cette oxydation
et transfère les H+ dans l'espace intermembranaire. C'est une pompe à protons.
– Le complexe II est la succinate déshydrogénase, c'est une flavoprotéine à FAD : elle catalyse
l'oxydation du succinate en fumarate. Il y a réoxydation du FADH2 en FAD+. Contrairement
aux autres complexes, ce n'est pas une pompe à protons.
● Les cytochromes :
H+
H+ H+
H+ H+
H+ H+
Espace interm em branaire
F0
e- e- e- e- F1 Matrice
ADP+Pi ATP
H+
Red Ox
FLAVOPROTEINES CYTOCHROMES
H+ H+ H+
I II III IV
NADH Succinate Cyt b Cyt a
déshydogénase déshydrogénase Cyt C1 Cyt oxydase
FMN
114
La chaîne respiratoire mitochondriale – QCM
QCM 3 : Parmi les transporteurs de la chaîne respiratoire mitochondriale, lequel reçoit les
hydrogènes du NADH-H+ ?
A. FAD
B. Ubiquinone
C. FMN
D. Cytochrome A
E. NADP+
QCM 4 : Classez les corps suivants dans l'ordre des potentiels croissants :
A. NAD+ Ubiquinone Cytochrome b Cytochrome a
B. Ubiquinone Cytochrome b Cytochrome a NAD+
C. Cytochrome b Cytochrome a NAD+ Ubiquinone
D. Cytochrome a Cytochrome b Ubiquinone NAD+
E. NAD+ Ubiquinone Cytochrome a Cytochrome b
QCM 7 : Parmi les composants des chaînes respiratoires mitochondriales, quels sont ceux qui
n'agissent que lorsqu'ils sont intégrés à un complexe membranaire lipidoprotidique ?
A. Cytochrome c
B. FAD
C. Cytochrome a
D. NAD+
E. Coenzyme Q
Corrections :
1. D
2. D
3. C
4. A
5. AC
6. ABD
7. BC
L'acide gras (AG) est un acide carboxylique qui possède un nombre variable de carbones
(AG court, moyen, long, très long) et qui peut porter ou non des doubles liaisons (AG saturé ou
insaturé). La plupart des acides gras ont un nombre pair de carbones. Ils sont découpés en petites
unités bicarbonées (acétyl-CoA) et rejoignent le cycle de Krebs.
Ce n'est pas l'AG libre avec son carboxyle (COOH) qui est métabolisé en acétyl-CoA mais c'est
toujours un intermédiaire : l'acyl-CoA. L'acyl-CoA correspond à l'acide gras auquel on a ajouté le
coenzyme CoA-SH grâce à une enzyme : l'acyl-CoA synthétase. L'acyl-CoA est métabolisé par
l'hélice de Lynen en acétyl-CoA. En effet, à chaque tour d'hélice, 2 carbones sont retirés à l'acyl-
CoA pour former une molécule d'acétyl-CoA (jusqu'à épuisement de l'acyl-CoA).
La β-oxydation est une voie oxydative aérobie (consomme de l'O 2) se déroulant pour la
plupart des acides gras dans la mitochondrie.
Ici, les coenzymes utilisés sont le NAD+ et le FAD qui génèrent respectivement du
NADH,H+ et du FADH2.
Notez bien que certains auteurs considèrent qu'il faut consommer un ATP supplémentaire
pour l'hydrolyse du pyrophosphate généré par l'activation de l'acide gras. Ce qui amène le bilan de
l'acide palmitique, par exemple, à 129 ATP et non 130 ATP.
En outre, le malonyl-CoA (premier intermédiaire dans la biosynthèse des acides gras) inhibe
la CPT1.
Elle suit le même principe que l'oxydation des acides gras saturés mais utilise une isomérase
et/ou une réductase.
Leur origine est exclusivement alimentaire. L'acide phytanique, par exemple, ne peut lui
aussi être métabolisé que dans le péroxysome.
Acyl-CoA
Cytoplasme AG
Membrane ACYL-CoA
mitochondriale SYNTHETASE CPT1
externe
Acyl-CoA CoA
Espace
inter-membranaire Carnitine Acylcarnitine
Membrane
CARNITINE
CPT2 ACYLCARNITINE
mitochondriale
interne TRANSLOCASE
CoA Carnitine
Matrice Acylcarnitine
mitochondriale Acylcarnitine
Acyl-CoA
+
FAD
ACYL-CoA
Chaîne
DESHYDROGENASE
FADH2
respiratoire
Trans-énoyl-CoA
3β-CETOACYL THIOLASE
Acyl-CoA + Acétyl-CoA
(n-2)
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V – QCMs
QCM 5 : Parmi les propositions suivantes, quelles sont celles qui sont justes :
A. Le catabolisme des acides gras saturés est mitochondrial.
B. La carnitine permet l'entrée et la sortie des acides gras à longue chaîne dans la mitochondrie.
C. La forme de passage à travers la membrane mitochondriale (interne) est l'acyl-carnitine.
D. Le CoA-SH libre se trouve à la fois dans le cytosol et dans la mitochondrie.
E. Avant d'entrer dans la mitochondrie, les acides gras doivent être activés.
QCM 6 : La dégradation des acides gras saturés à nombre impair d'atomes de carbone se
réalise, après activation, par β-oxydation. On obtient :
A. De l'acétyl-CoA.
B. Du succinyl-CoA.
C. Du propionyl-CoA.
D. De l'acétoacétate.
E. Du butyryl-CoA.
QCM 7 : La β-oxydation des acides gras insaturés utilise les enzymes suivantes :
A. L'énoyl-CoA hydratase.
B. La déhydroacyl-CoA déshydrogénase.
C. La β-cétoacyl thiolase.
D. La cétoacyl-CoA déshydrogénase.
E. L'acyl-CoA déshydrogénase.
QCM 1 : B
QCM 2 : A
QCM 3 : D
Il y a 2 tours d'hélice, après lesquels on obtient :
– 3 acétyl-CoA = 3 x 12 ATP = 36
– 2 FADH2 = 2 x 2 ATP = 4
+
– 2 NADH, H = 2 x 3 ATP = 6 45 ATP
– Activation de l'AG = -1 ATP
QCM 4 : ABDE
QCM 5 : ACDE
B. Pas la sortie.
E. VRAI => en acyl-CoA.
QCM 6 : ABC
A. VRAI => Issu de chaque tour de β-oxydation.
B. VRAI => Issu de la transformation du propionyl-CoA, constituant du cycle de Krebs.
C. VRAI => Issu du dernier tour de β-oxydation.
QCM 7 : ACE
D. C'est l'hydroxyacyl-CoA déshydogénase.
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