Instruction pour les travaux dirigés L.

BENSEGHIR
Unité : Biodiversité et Sociétés.

Le travail en classe doit être réalisé en binôme

L’enseignant ne doit en aucun cas répondre aux questions ou donner la solution de l’exercice. Un effort personnel doit donc être fourni par
le binôme. Pour bien comprendre le sujet étudié un nombre limité de documentation sera mis à disposition ce qui n’exclut pas de fournir
un effort personnel pour la recherche bibliographique.
Le temps nécessaire sera donné pour traiter le sujet et remettre le rapport final de chaque td.
Aucun retard ne serra toléré pour la remise des rapports.

Matériels utilisé en TD :

Télécharger puis installer le programme R. Lien de téléchargement : https://cran.r-project.org/bin/windows/base/

Télécharger puis installer la version FREE du programme RStudio Desktop. Lien de téléchargement :
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/

Note : il faut installer R en premier puis RStudio

I. Installer un package :

Sous RStudio il existe 3 façons pour installer un package :

1. Utiliser la fonction :
install.packages("nom du package")

2. Le menu Tools/Install packages étape (1) et (2)

Figure 1

Ecrire le nom du package dans la fenêtre étape (3)

Cliquer Install étape (4).

3. Ouvrir la fenêtre package en bas à droite étape(5)

Cliquer install étape (6)
Ecrire le nom du package comme vu précédemment étape (3) et (4).

II. Charger un package :

Pour utiliser les fonctions d’un package il faut le charger :

1. En cliquant sur le package en question étape (7)
2. En écrivant la fonction :
Library(nom du package)

III. Créer un projet :

Pour créer un nouveau projet cliquer sur : Project/new project/new directory/Empty project/Brows , étape (8)
Nommer le projet « biodiversité » dans la fenêtre directory name
Choisissez où créer et enregistrer votre projet R. Il deviendra le work-directory de votre projet.

1
Instruction pour les travaux dirigés L.BENSEGHIR
Unité : Biodiversité et Sociétés.

Note :
Le projet ainsi crée, à chaque fois que vous utiliserez RStudio en td vous ouvrez le projet « biodiversité » (étape 8). Tous les fichiers relatifs
aux dt devront êtres enregistrés dans le dossier « biodiversité ».

IV. Créer un fichier script

Cliquer sur le menu déroulant en haut à gauche (figure 2). Cliquer sur R script. Une nouvelle fenêtre script s’ouvre.

Figure 2

V. Ecrire et exécuter un scripte :

Le scripte s’écrit dans la fenêtre script (Figure 2, A) et taper Ctrl+entrée pour l’exécuter.
Il est possible de l’écrit également dans la fenêtre consol (Figure 2, B) tapez entrée pour l’exécuter.

VI. Enregistrer un fichier scripte :

Enregistrer un fichier script permet de sauvegarder tous les codes utilisé dans le td.
Menu /File/save as/non du scripte.R. Enregistrer dans le dossier « biodiversité ».
Ou cliquer directement sur (voir la figure en face).

VII. Instruction TD1 :

Télécharger le fichier déposé dans le site de dépôts de fichiers : copier/coller le lien de téléchargement qui vous sera transmis en cours
vous serez directement dirigé vers le fichier.
Imprimer tous les documents du fichier que vous devez ramener à chaque td.
Les programmes R et RStudio doivent êtres installé dans vos machines avant le début du TD.
Télécharger le package « stats » puis charger-le comme vu précédemment à chaque utilisation.
Ce package permet de réaliser le test de student

FAQ :

- le fichier crepis.csv ne s’ouvre pas : vérifier que le fichier a été mis dans le work directory. Pour connaitre le chemin de votre work
directory taper getwd(). Pour changer le chemin du work directory taper setwd(‘le chemin d’accés’). Si vous avez crée et
ouvert le projet « biodiversité.R » comme expliqué alors votre work directory est le chemin d’accès vers le dossier « biodiversité ».
- si ça ne marche toujours pas, enregistrez le projet dans le disque (D :) et non dans le (C :).
- le script renvoi un message d’erreur : vérifier la syntaxe du script, si il manque la virgule, les parenthèses, le double crochet, les
majuscules ou minuscules le script est faux.
- le signe # précède un commentaire, ce n’est pas du script.
Bon Courage.