TD 1 Composition et structure du matériel génétique

Exercice I : Structure des acides nucléiques

1) Représenter schématiquement la structure générale d’un nucléoside et celle d’un
nucléotide
2) Quelle est la différence entre une base purique et pyrimidique ? Quelles sont les bases
pyrimidiques ?
3) Quelle est la différence entre un ribonucléotide et un désoxyribonucléotide ?

L’ATP est une molécule qui joue un rôle central dans l’énergétique cellulaire pour sa
capacité à emmagasiner et restituer de l’énergie utilisable par la cellule. Cette molécule
est en fait un ribonucléotide triphosphate contenant une adénine (ATP = Adénosine
TriPhosphate) dont l’hydrolyse génère un nucléotide diphosphate (ADP) et du phosphate
inorganique (Pi) au cours de la réaction suivante
ATP + H2O => ADP + Pi
4) Schématisez la structure de l’ATP et l’ADP (en identifiant les liaisons riches en énergie)

Exercice II : Topologie ADN : Taille du génome humain

Le génome humain haploïde contient 3.109 pb pour environ 26 000 gènes tandis que celui
de la bactérie Escherichia coli est de 4.64 Mpb codant pour 4 243 gènes.
1) En considérant que ces génomes sont entièrement sous la forme d’une hélice de type
ADN B, calculez la longueur en mètre de la totalité du génome humain et de celui de E coli.
2) D’après vos connaissances, estimez à quelle longueur de ce génome correspond l’ADN
codant pour des protéines dans le génome humain.
3) Comparez la densité génique (nombre de gènes par unité de longueur du génome
exprimé en Mpb) de chacun de ces organismes. A quoi cette différence est-elle
principalement due ?

Exercice III : Structure de la double hélice d’ADN et température de fusion

Après avoir séquencé un fragment d’ADN bicaténaire (Fragment A), un chercheur trouve
qu’il est composé de 38 % de cytosine.
a) En sachant cela, calculez la proportion de chacune des bases dans ce fragment ADN.
Déterminez le rapport : A+T / G+C
b) Le même chercheur séquence un autre fragment d’ADN bicaténaire (Fragment B) et
trouve que le rapport A+T / G+C de ce fragment vaut 2,25. Quel brin d’ADN sera plus
facilement dénaturable : le fragment A ou le fragment B ? Justifiez votre réponse.
Une solution aqueuse contenant le fragment B à la concentration de 25 µM a une
absorbance de 0.155. Cette solution est placée dans un bain marie à 40°C dont la
température augmente graduellement jusqu’à 95°C. L’absorbance de la solution d’ADN
est de 0.205 lorsqu’elle est à la température de 95°C.
c) Calculez le coefficient d’extinction molaire de cette double hélice à la température de
40°C
d) Que représente la température de fusion (ou Tm) d’un fragment d’ADN double brin ?
e) d’après vos connaissances, schématisez, à main levée, un graphique représentant
l’évolution de la densité optique de cette solution contenant le fragment B en fonction de
la température.

1
 TD 1 Composition et structure du matériel génétique

f) La même expérience est réalisée avec une solution contenant 25 µM du fragment d’ADN
double brin A. Complétez le graphe précédent en représentant l’évolution de la densité
optique de cette nouvelle solution en fonction de la température.

Exercice IV : Le génome du Virus HIV

Le génome du Virus HIV a été très fortement étudié depuis la découverte du virus en 1983
par des chercheurs de l’Institut Pasteur, Françoise Barré-Sinoussi et Luc Montagnier, qui
ont obtenu pour cela le prix Nobel en 2008.
Plusieurs indices importants permettant de comprendre la structure de ce génome ont
été rapidement découverts par ces chercheurs :
Les quatre bases sont A, G, C et U
Le sucre est un ribose
La composition en bases du génome de ce virus est la suivante :
A : 35% C : 18% G : 25% U : 22%

1) D’après les informations sur les bases et le sucre, quelle est la nature moléculaire du
génome de HIV et pourquoi ?
2) Pourquoi la composition en bases (%) est-elle inhabituelle ? En réfléchissant à vos
connaissances de cours, déduisez-en sous quelle forme est le génome viral.
3) Dessinez la structure semi-développée du génome de HIV pour la séquence 5’AUGC 3’

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 TD 2 Réplication et Réparation de l’ADN

Exercice I : Quelques définitions

Exercice II : Expérience de Kornberg (examen 2017)

Des chercheurs veulent refaire les premières expériences de synthèse d’ADN in vitro.
Pour cela ils disposent d’une enzyme ADN polymérase extraite de la bactérie E. coli, d’un
fragment d’ADN monocatenaire et d’une amorce ADN. L’hybridation entre l’ADN à
dupliquer et l’amorce se fait selon le schéma suivant :

5’A T G C G C T A G C A T G C A T G C A T C G T G C A T A G A C T C T G A 3’
3’ G T A C G T A G C A C G T 5’

A cela, ils devront ajouter des désoxynucléotides triphosphate (dNTP) ainsi que des ions
magnésium à une concentration finale de 2 mM pour que la synthèse puisse se faire. La
réaction sera faite dans un volume total de 70 µl.

3
 TD 2 Réplication et Réparation de l’ADN

1) Sachant que les chercheurs disposent d’une solution d’ion magnésium dont la
concentration est de 0.125 M, indiquez quel volume ils doivent prélever de cette solution
pour la réalisation de leur expérience (justifiez vos calculs).
2) Expliquez ce que monocatenaire signifie.
3) Pourquoi a-t-on besoin d’une amorce pour cette réaction ? Donnez la séquence de
l’amorce utilisée ici. Combien de liaison hydrogènes sont impliquées ici dans la
stabilisation de cette portion de double hélice ?
4) Expliquez en quoi la présence de désoxynucléotides triphosphates et non
monophosphate est importante pour le processus.
5) La réaction de synthèse in vitro a commencé : quel est le premier nucléotide
incorporé (justifier votre réponse) ? Indiquez la séquence des 3 premiers nucléotides
incorporés, la noter de 5’ vers 3’.

Exercice III : Bulle et fourche de réplication (examen juin 2017)

Voici ci-après une représentation schématique d’une bulle de réplication et d’une
fourche de réplication

1) Recopiez la bulle de réplication représentée et indiquez par des flèches

l’orientation des 4 brins d’ADN néosynthétisés.
2) Expliquez l’existence de brins à synthèse continue et de brins à synthèse
discontinue ? Identifiez-les sur la bulle de réplication.
3) Légender et indiquer la fonction de chacun des composants de la fourche de
réplication. Orientez également les brin d’ADN présents

Exercice IV : Mécanisme d’action d’un anticancéreux

Le cisplatine est un dérivé du platine dont la structure, copiée-collée d’un site Internet est
donnée ci-dessous.

1) Il faut se méfier des

structures obtenues sur
Internet : complétez les charges
qui manquent sur la structure
du cisplatine.
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 TD 2 Réplication et Réparation de l’ADN

Ce composé est utilisé pour le traitement d’un très grand nombre de cancers où il se révèle
d’une très grande efficacité pour tuer les cellules cancéreuses en prolifération active.
Le mécanisme principal d’action de ce composé est de se fixer à certaines bases de l’ADN
(après élimination du Chlore) pour former des complexes stables comme cela est montré
sur la figure ci-dessous :

2) Ici aussi cette figure est tirée d’Internet, et n’est pas complète. En plus du problème
des charges, indiquez ce qui manque sur la séquence d’ADN double brin montrée ici.
3) A quel type de bases le cisplatine se lie-t-il ?
4) Expliquez quels mécanismes biologiques cruciaux vont être bloqués par l’action du
cisplatine et pourquoi
5) Pourquoi est-ce que cette molécule présente de nombreux effets secondaires ?

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 TD 3 Mécanismes de Transcription et Traduction

Exercice I : Vrai / Faux

Répondez aux questions suivantes en justifiant vos réponses :
a- Si on vous donne la séquence nucléotidique d’un ARNm, pouvez-vous en déduire la
séquence polypeptidique de la protéine pour laquelle il code ?
b- Si on vous donne la séquence d’un polypeptide, pouvez-vous en déduire la séquence
de l’ARNm qui le code ?
c- Deux ARNm qui différent d’un seul nucléotide dans leur région codante codent-ils
obligatoirement pour deux polypeptides différents ?
d- Si on connaît le nombre d’acides aminés composant un polypeptide peut-on en
déduire la taille de l’ARNm correspondant ?
e- Si on vous donne la séquence d’un ARNm, pouvez-vous en déduire la taille de la
séquence polypeptidique pour laquelle il code ?
f- Si deux polypeptides diffèrent par un seul acide aminé, les séquences de leurs ARNm
respectifs sont-elles obligatoirement différentes ?
g- Comme le codon AUG sert de codon de départ à la synthèse protéique, la méthionine
ne se trouve qu’à l’extrémité N-terminale des protéines

Exercice II : Structure d’un gène eucaryote

Voici la structure d’un gène eucaryote représentée sur le schéma suivant :

1) Quel est le premier exon transcrit ? quel est le premier exon traduit ?
2) Identifiez sur le schéma la localisation du promoteur, du 3’UTR et du 5’UTR
3) Quel signal termine l’exon 12 et n’est pas représenté sur cette figure ?
4) Représentez l’ARN messager mature correspondant à ce gène en identifiant les
parties codantes et non codantes

Exercice III : Brin codant / Brin non codant

Une équipe de recherche s’intéresse à la transcription de la portion d’ADN suivante.

1) Sachant que le brin codant est le brin du haut, quel est le brin matrice pour la
transcription
2) Donnez la séquence d’ARN issue de la transcription de cette portion d’ADN

Exercice IV : Séquence codante et cadre de lecture ouvert

Identifiez la phase codante et caractérisez les mutations portées par les ARNm ci-
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 TD 3 Mécanismes de Transcription et Traduction

dessous ; précisez l’effet de la mutation sur la séquence du polypeptide correspondant

(tableau du code génétique en fin de polycopié). Attention, seule la partie 5’ de l’ARNm
est représentée. De plus, cette partie est affichée en trois exemplaires pour vous permettre
de recommencer l’exercice.

ARNm sauvage
GAGCAUGUAAUGGCGUUUCAACGAGGUAGCCGACUAGAGCCUAGCAUAGCCGUAAC
GAGCAUGUAAUGGCGUUUCAACGAGGUAGCCGACUAGAGCCUAGCAUAGCCGUAAC
GAGCAUGUAAUGGCGUUUCAACGAGGUAGCCGACUAGAGCCUAGCAUAGCCGUAAC

ARNm 1
GAGCAUGUAAUGGCGUUUCAGCGAGGUAGCCGACUAGAGCCUAGCGUAGCCGUAAC
GAGCAUGUAAUGGCGUUUCAGCGAGGUAGCCGACUAGAGCCUAGCGUAGCCGUAAC
GAGCAUGUAAUGGCGUUUCAGCGAGGUAGCCGACUAGAGCCUAGCGUAGCCGUAAC

ARNm 2
GAGAUGUAAUGGCGUUUCAACGAGGUAGCCGACUAGAGCCUAGCAUAGCCGUAACG
GAGAUGUAAUGGCGUUUCAACGAGGUAGCCGACUAGAGCCUAGCAUAGCCGUAACG
GAGAUGUAAUGGCGUUUCAACGAGGUAGCCGACUAGAGCCUAGCAUAGCCGUAACG

ARNm 3
GAGCAUGUACUGGCGUUUCAACGAGGUAGCCGACUAGAGCCUAGCAUAGCCGUAAC
GAGCAUGUACUGGCGUUUCAACGAGGUAGCCGACUAGAGCCUAGCAUAGCCGUAAC
GAGCAUGUACUGGCGUUUCAACGAGGUAGCCGACUAGAGCCUAGCAUAGCCGUAAC

ARNm 4
GAGCAUGUAAUGCGUUUCAACGAGGUAGCCGACUAGAGCCUAGCAUAGCCGUAACG
GAGCAUGUAAUGCGUUUCAACGAGGUAGCCGACUAGAGCCUAGCAUAGCCGUAACG
GAGCAUGUAAUGCGUUUCAACGAGGUAGCCGACUAGAGCCUAGCAUAGCCGUAACG

ARNm 5
GAGCAUGUAAUGUUUCAACGAGGUAGCCGACUAGAGCCUAGCAUAGCCGUAACG
GAGCAUGUAAUGUUUCAACGAGGUAGCCGACUAGAGCCUAGCAUAGCCGUAACG
GAGCAUGUAAUGUUUCAACGAGGUAGCCGACUAGAGCCUAGCAUAGCCGUAACG

Exercice V : Electrophorèse de l’ADN

Un échantillon d’ADN génomique est traité selon les différentes conditions données ci-
dessous. Après traitement les ADN sont séparés par électrophorèse sur gel d’agarose et
visualisés aux UV suite à une coloration au bromure d’éthidium (pistes de 1 à 4 à partir
de la gauche).

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 TD 3 Mécanismes de Transcription et Traduction

Piste 1 : Marqueurs de taille (kb) : 0,2-

0,4-0,8-2-3-4-6-10
Piste 2 : ADN génomique purifié de
façon à éliminer les protéines qui y
sont associées, puis mis à migrer
directement sur gel
Piste 3 : ADN génomique purifié (les
protéines ont été éliminées), puis
incubé avec de la DNAse 1 et mis
ensuite à migrer sur gel.
Piste 4 : ADN génomique incubé avec
de la DNAse1. A la fin de l’incubation
les protéines sont éliminées et l’ADN2
est mis à migrer sur le gel

1) Identifiez sur le schéma précédent le sens de migration de ces différents ADN

dans le gel d’agarose ainsi que la localisation relative de la cathode et de l’anode
de la cuve d’électrophorèse
2) Positionnez correctement les différents marqueurs de taille de la piste 1
3) Sachant que lors du processus l’extraction d’ADN, quelques cassures aléatoires de
la double hélice peuvent survenir, interprétez le résultat obtenu pour la piste 2
4) Interprétez le résultat des pistes 3 et 4.