LE METABOLISME, LA RESPIRATION ET LA DP

THEME 8
PHOTOSYNTHESE

- les réactions métaboliques sont régulées en fonction des besoins de la cellule.

- l’énergie est convertie en une forme utilisable dans la respiration cellulaire
- l’énergie lumineuse est convertie en énergie chimique

INTRODUCTION
La respiration et la photosynthèse sont deux voies biochimiques clés dans les écosystèmes.
L'énergie lumineuse du Soleil est piégée sous forme d'énergie chimique dans la photosynthèse, puis
l'énergie est transférée à travers les chaînes alimentaires et renvoyée dans l'environnement sous forme
d'énergie thermique par la respiration. Les deux voies peuvent être simplement écrites comme suit :

Il existe un certain nombre de similitudes entre les deux voies. Ces similitudes seront examinées dans
ce thème. Les bases de la photosynthèse et de la respiration sont couvertes le thème 2, et il serait utile
de revoir ce thème avant de continuer. Avant tout, nous allons voir le métabolisme

1. Le Métabolisme
(Voir le point 1 du thème 2)
1.1. Voie métabolique
Le métabolisme décrit la somme totale de toutes les réactions qui se produisent dans un
organisme afin de le maintenir en vie. La plupart des changements chimiques dans une cellule
résultent d'une série de réactions (voies), chaque étape étant contrôlée par une enzyme spécifique.
Les voies métaboliques permettent un niveau de régulation plus élevé, car le changement chimique
est contrôlé par de nombreux intermédiaires. Les voies métaboliques se composent de chaînes et de
cycles de réactions catalysées par des enzymes (figure 1).
- Exemples de chaînes : Glycolyse (dans la respiration cellulaire), cascade de coagulation
(dans la coagulation du sang)
- Exemples de cycles : cycle de Krebs (dans la respiration cellulaire), cycle de Calvin (dans la
photosynthèse).
Figure 1 : Type de voies métabolique

1.2. Énergie d'activation

Chaque réaction chimique nécessite une certaine quantité d'énergie pour se dérouler - c'est l'énergie
d'activation (EA). Les enzymes accélèrent la vitesse d'une réaction biochimique en abaissant l'énergie
d'activation. Lorsqu'une enzyme se lie à un substrat, elle stresse et déstabilise les liaisons dans le
substrat. Cela réduit le niveau d'énergie global de l'état de transition du substrat, ce qui signifie que
moins d'énergie est nécessaire pour le convertir en un produit et que la réaction se déroule à un rythme
plus rapide. Les enzymes réduisent l’énergie d’activation des réactions chimiques qu’elles
catalysent (figure 2)

Figure 2 : Energie libre d’activation

On a deux types de réaction enzymatique :
- Si les réactifs contiennent plus d'énergie que les produits, l'énergie libre est libérée dans le
système (Exergonique). Ces réactions sont généralement cataboliques (décomposition), car
l'énergie est libérée des liaisons rompues au sein d'une molécule.
 - Si les réactifs contiennent moins d'énergie que les produits, l'énergie libre est perdue pour le
système (Endergonique). Ces réactions sont généralement anaboliques (accumulation), car
l'énergie est nécessaire pour synthétiser les liaisons entre les molécules.

1.2. Inhibition enzymatique

Un inhibiteur d'enzyme est une molécule qui perturbe la voie de réaction normale entre une
enzyme et un substrat. Les inhibiteurs enzymatiques empêchent la formation d'un complexe
enzyme-substrat et empêchent donc la formation de produit. Les inhibiteurs d'enzymes peuvent être
compétitifs ou non compétitifs selon leur mécanisme d'action. L'inhibition des enzymes peut être
réversible ou irréversible en fonction de l'effet spécifique de l'inhibiteur utilisé.

Réaction enzymatique normale

Dans une réaction normale, un substrat se lie à une enzyme (via le site actif) pour former un complexe
enzyme-substrat. La forme et les propriétés du substrat et du site actif sont complémentaires, ce qui
entraîne une spécificité enzyme-substrat. Lorsque la liaison se produit, le site actif subit un
changement conformationnel pour interagir de manière optimale avec le substrat (ajustement induit).
Ce changement de conformation déstabilise les liaisons chimiques dans le substrat, abaissant l'énergie
d'activation. Suite à l'interaction enzymatique, le substrat est converti en produit à une vitesse
accélérée (figure 3).

Figure 3 : réaction enzymatique normale

Bien que les enzymes soient réutilisables, elles ne sont pas indestructibles. Comme vous pouvez le
voir sur la figure 2, lorsqu’elles sont exposées à des conditions telles qu’une température élevée ou
un pH extrêmement élevé ou bas, la structure des protéines de l’enzyme change. Cela signifie que
son site actif change de forme, et l’enzyme est dite dénaturée (figure 4).

Figure 4 : schéma d’une réaction enzymatique normal (enzyme normale et enzyme dénaturée)

Inhibition compétitive
L'inhibition compétitive implique une molécule, autre que le substrat, se liant au site actif de
l'enzyme. La molécule (inhibiteur) est structurellement et chimiquement similaire au substrat (donc
capable de se lier au site actif). L'inhibiteur compétitif bloque le site actif et empêche ainsi la liaison
au substrat. Comme l'inhibiteur est en compétition avec le substrat, ses effets peuvent être réduits en
augmentant la concentration du substrat (figure 5).

Figure 5 : Inhibition compétitive

Inhibition non compétitive
L'inhibition non compétitive implique une molécule se liant à un site autre que le site actif (un site
allostérique). La liaison de l'inhibiteur au site allostérique provoque un changement conformationnel
du site actif de l'enzyme. À la suite de ce changement, le site actif et le substrat ne partagent plus la
spécificité, ce qui signifie que le substrat ne peut pas se lier. Comme l'inhibiteur n'est pas en
concurrence directe avec le substrat, l'augmentation des niveaux de substrat ne peut pas atténuer l'effet
de l'inhibiteur (figure 6)

Figure 6 : Inhibition non-compétitive

Les inhibiteurs d'enzymes peuvent servir à diverses fins, notamment en médecine (pour traiter les
maladies) et en agriculture (comme pesticides)
- Un exemple d'utilisation d'un inhibiteur compétitif est dans le traitement de la grippe via
l'inhibiteur de la neuraminidase, Relenza. (voie slide).
- Un exemple d'utilisation d'un inhibiteur non compétitif est l'utilisation du cyanure comme
poison (empêche la respiration aérobie). (voie slide).
1.3. La rétro-inhibition

L'inhibition du produit final (ou rétro-inhibition) est une forme de rétroaction négative par laquelle
les voies métaboliques peuvent être contrôlées. Dans l'inhibition du produit final, le produit final
d'une série de réactions inhibe une enzyme d'une étape antérieure de la séquence (figure 7). Le produit
se lie à un site allostérique et inactive temporairement l'enzyme (via une inhibition non compétitive).
Comme l'enzyme ne peut plus fonctionner, la séquence de réaction est arrêtée et la vitesse de
formation du produit est diminuée. Si les niveaux de produit s'accumulent, le produit inhibe la voie
de réaction et diminue donc le taux de formation de produit supplémentaire. Si les niveaux de produit
chutent, la voie de réaction se déroulera sans entrave et la vitesse de formation du produit augmentera.
Les voies métaboliques peuvent être contrôlées par rétro-inhibition par les produits finals.

Figure 7 : Inhibition du produit final

2. La respiration cellulaire

2.1. Oxydation et réduction

La respiration cellulaire implique plusieurs réactions d'oxydation et de réduction. De telles réactions
sont courantes dans les voies biochimiques. Lorsque deux molécules réagissent, l'une d'entre elles
démarre à l'état oxydé et se réduit, et l'autre démarre à l'état réduit et s'oxyde (figure suivante). Il
existe trois manières différentes d'oxyder ou de réduire une molécule, comme indiqué dans le tableau
qui suit.
Dans les réactions d'oxydation biologique, l'ajout d'atomes d'oxygène est une alternative à
l'élimination des atomes d'hydrogène. Notation en biochimie Pour simplifier, ceux-ci sont souvent
identifiés par le nombre d'atomes de carbone qu'ils contiennent. Ainsi, le glucose, C6H12O6, est
simplifié en C6. Une voie biochimique peut être écrite comme C3 → C3 de sorte que rien ne semble
s'être produit mais le nombre d'atomes d'oxygène et/ ou d'hydrogène dans le second C3 Un atome
d'hydrogène étant constitué d'un électron et d'un proton, la perte d'atomes d'hydrogène (oxydation)
implique la perte d'un ou plusieurs électrons.

L'oxydation et la réduction se produisent ensemble dans les réactions biochimiques. Comme un

composé perd des électrons, par exemple, un autre en gagne. Dans l'équation simple de la respiration,
le glucose est oxydé au fur et à mesure que les atomes d'hydrogène, et donc les électrons, en sont
progressivement retirés et ajoutés aux accepteurs d'hydrogène (les atomes d'oxygène du côté gauche
de l'équation), qui se réduisent.

3. La photosynthèse