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RÉSUMÉ
Un aperçu général des infections bactériennes chez les poissons d'élevage est d'abord présenté: espèces
bactériennes en cause, facteurs favorisants, types d'infection, modes de transmission, et méthodes
de lutte. Les études menées par l'INRA sur le principal pathogène bactérien des salmonidés dans le
monde, Flavobacterium psychrophilum, sont ensuite passées en revue. Après les techniques de cul-
ture, d'identification et de typage moléculaire des souches, un modèle expérimental reproductible
de la maladie sur la truite arc-en-ciel a été mis au point. Les études moléculaires ont considérable-
ment affiné la taxonomie et la phylogénie de l'ensemble de la famille des Flavobacteriaceae. Le génome
complet d'une souche de F. psychrophilum vient d'être séquencé. Son analyse a déjà révélé de nom-
breux gènes impliqués dans le mode de vie de la bactérie, en particulier dans sa virulence pour l'hôte.
Mots-clés: maladies bactériennes, salmonidés, Flavobacterium psychrophilum, maladie expérimentale, virulence,
génome
SUMMARY
An overview of bacterial diseases in farmed fish is presented, including bacterial species involved, pre-
disposing factors, routes of infection, modes of transmission, and control. INRA studies on the main
bacterial pathogen of salmonid fish worldwide, Flavobacterium psychrophilum, are also presented.
Once techniques of culture, identification, and molecular typing of isolates were defined, a repro-
ducible model of experimental infection was developed using the rainbow trout. Molecular studies
improved considerably the taxonomy and phylogeny of the whole Flavobacteriaceae family. The full
genome of a F. psychrophilum strain has recently been sequenced. Its analysis has already identified
many genes involved in the pathogen’s lifestyle, especially in its virulence towards the host.
Key words: bacterial diseases, salmonid fish, Flavobacterium psychrophilum, experimental infection, virulence,
genome.
(1) Institut National de la Recherche Agronomique, Unité de Virologie et Immunologie Moléculaires, Équipe « Infection et Immunité des Poissons », Domaine de
Vilvert, 78352 Jouy-en-Josas cedex.
réserves. Quant à la furonculose, les différents vaccins mis au Les toutes premières souches européennes de F. psychrophilum
point ont donné des résultats douteux et la protection, quand ont été isolées et identifiées dans notre laboratoire en 1986
elle existe, semble non spécifique. La vaccination par voie (Bernardet et al. 1988). À l'époque, la nomenclature et la clas-
orale, la plus commode, confère malheureusement une pro- sification de la bactérie étaient très floues et les premiers tra-
tection de courte durée et nécessite des rappels. On compte vaux de l'équipe ont consisté à comparer les souches françaises
sur les améliorations technologiques (encapsulation) et sur les à des souches de référence américaines sur la base d'une vaste
approches moléculaires pour mettre au point de nouveaux vac- étude phénotypique complétée par des hybridations
cins. ADN/ADN. Cette étude a permis de confirmer les principales
caractéristiques de l'espèce, de la décrire officiellement sur des
Après une longue période de recherches sur différents patho- bases phénotypiques et génétiques solides, et de la distinguer
gènes bactériens de la truite arc-en-ciel (Y. ruckeri, A. sal- clairement des espèces voisines appartenant au « Cytophaga-
monicida, Flavobacterium spp., et différentes bactéries à Gram Flexibacter-Bacteroides group» (CFB), qu'elles soient responsables
positif), les bactériologistes de l'équipe se sont recentrés sur d'autres maladies des poissons (telle la columnariose due à F.
un thème principal : la flavobactériose d'eau froide à F. psy- columnare) ou isolées de l'environnement (Bernardet &
chrophilum. Grimont, 1989).
Au début des années 90, les recherches phylogénétiques et taxo-
nomiques faisant appel à l'étude de l'ARNr 16S se développant,
FLAVOBACTERIUM PSYCHROPHI- une large étude incluant toutes les espèces du CFB a été entre-
LUM : DE LA MALADIE AU GÉNOME prise en collaboration avec le laboratoire de microbiologie de
Longtemps confinées aux USA et au Canada, les infections des l' Université de Gand. Toutes les souches ont été étudiées grâce
salmonidés à F. psychrophilum sont apparues en Europe au début à trois techniques complémentaires : détermination des profils
des années 80, sans doute suite à l'importation d'alevins ou d'acides gras (par chromatographie en phase gazeuse) et de pro-
téines (par électrophorèse en gel de polyacrylamide), et hybri-
d'œufs embryonnés. Au cours des années 90, ces infections ont
dation ADN/ARNr. Les résultats obtenus ont permis la redé-
diffusé dans tous les pays européens ainsi dans les autres
finition complète du genre Flavobacterium (auquel étaient
régions salmonicoles du monde (Tasmanie, Corée et Japon,
désormais attribués les agents des flavobactérioses) et la créa-
Chili, Kamchatka). La diffusion de la bactérie en dépit d'une tion de la famille des Flavobacteriaceae (Bernardet et al. 1996).
désinfection systématique des œufs par des dérivés iodés a pro-
bablement été assurée par sa transmission verticale in ovo. Grâce à ces bases taxonomiques désormais saines, il devenait
Partout, les infections que cause F. psychrophilum se traduisent possible de revenir au niveau des espèces et d'essayer d'en typer
par une mortalité massive dans les populations naturelles et les les souches. L'équipe avait accumulé une large collection de
élevages de salmonidés (truites, saumons) et d'ayu (Plecoglossus souches de F. psychrophilum isolées d'espèces de poisson et de
altivelis) principalement ; des cas moins graves ont été signa- zones géographiques très diverses. Grâce au travail d'un doc-
torant tunisien, il a été possible d'appliquer trois techniques de
lés chez l'anguille et divers cyprinidés. Ces dernières espèces,
typage moléculaire à un ensemble de 80 souches : l'amplifica-
ainsi que les salmonidés guéris, peuvent servir de réservoirs. En
tion aléatoire de fragments d'ADN polymorphes (Randomly
outre, la bactérie peut survivre plusieurs mois dans l'eau et les
Amplified Polymorphic DNA, RAPD), le ribotypage (riboty-
biofilms. La maladie sévit uniquement dans les eaux douces
ping), et la détermination des profils plasmidiques. Si cette der-
froides (3-15 °C). Bien que des atteintes nerveuses, osseuses nière a donné des résultats décevants, les deux autres sont par-
et branchiales aient été signalées, la flavobactériose d'eau froide venues au même constat : les souches étaient regroupées non
se manifeste principalement sous deux formes pathologiques. par origine géographique mais par espèce de poisson hôte. Ainsi,
Dans la forme américaine classique, des lésions ulcératives pro- les souches isolées de truite arc-en-ciel étaient groupées quelque
fondes apparaissent sur des animaux de taille commerciale et soit leur continent d'origine, et il en était de même des souches
sont suivies d'une phase septicémique (« cold-water disease »). de saumon coho, de saumon Atlantique, etc... (Chakroun et al.
En Europe, la bactérie provoque plutôt une septicémie hémor- 1997, 1998). Une étude en cours utilisant le séquençage de gènes
ragique chez des alevins et des truitelles présentant peu ou pas multiples (Multi Locus Sequence Typing, MLST) a corroboré
de signes externes (« rainbow trout fry syndrome ») (Bernardet ces résultats en analysant les séquences d'une dizaine de gènes
& Bowman, 2006). La mortalité atteint des taux de 20 à 30 % codant pour des enzymes de ménage (S. Mondot & É. Duchaud,
chez l’alevin de truite arc-en-ciel, principale espèce élevée en données non publiées).
France. Le florfénicol dans l'aliment reste efficace mais des résis- Quelques études à portée plus pratique ont aussi été effectuées :
tances à l'oxytétracycline, à l'acide oxolinique et à l'amoxi- mise au point et évaluation d'une technique de PCR pour la
cilline se développent progressivement. Des vaccins expéri- détection de la bactérie dans les poissons malades (Urdaci et al.
mentaux ont été testés mais aucun n'a encore atteint la phase 1998) ; amélioration des techniques de culture et de comptage
commerciale. Les éleveurs sont donc relativement démunis face en vue d'obtenir un nombre prévisible de bactéries viables
à une maladie cosmopolite qui tend à réapparaître chaque (Michel et al. 1999) ; mise au point d'une méthode d'infection
année dans les mêmes piscicultures quand la température de expérimentale reproductible de la truite (Garcia et al. 2000) ;
l'eau diminue. utilisation de ce modèle pour comparer la virulence des souches
et déterminer la stabilité de la virulence en fonction du mode minutieuse. Le génome de la souche comprend un chromosome
de mise en conservation (Michel & Garcia, 2003); et recherche circulaire de 2.861.988 pb et un plasmide cryptique de 3407 pb;
de résistance au chloramphénicol et au florfénicol chez des le contenu moyen en guanine+cytosine est de 32,54 %. Les
souches de terrain (Michel et al. 2003). ARN ribosomaux et de transfert sont respectivement au
nombre de 6 et de 49 ; le nombre prédit de gènes codant pour
En parallèle, notre expertise sur le genre Flavobacterium et sur
la famille des Flavobacteriaceae nous a conduit à assurer le secré- des protéines est de 2432. Parmi ces dernières, l'analyse du
tariat du sous-comité de taxonomie correspondant génome a révélé des protéines impliquées dans la résistance de
(International Committee on Systematics of Prokaryotes, la bactérie aux conditions environnementales difficiles (chocs
Subcommittee on the Taxonomy of Flavobacterium and osmotiques, lésions de l'ADN dues au rayonnement ultravio-
Cytophaga-like Bacteria) et à créer son site (http://www.the- let, faibles concentrations d'O2, molécules toxiques des vacuoles
icsp.org/subcoms/Flavobacterium_Cytophaga.htm), à publier la des macrophages...), dans la colonisation et la destruction des
liste des caractères nécessaires à la description des nouvelles bac- tissus de l'hôte (adhésines, hémolysines, métalloprotéases, col-
téries de la famille (Bernardet et al. 2002), et à rédiger les cha- lagénase, endotoxine...), et dans la réponse de ce dernier à l'in-
pitres correspondants dans un ouvrage de référence (Bernardet fection (protéines de surface reconnues par l'hôte) (E. Duchaud
& Bowman, 2006). et al. soumis pour publication). Ces premiers résultats donnent
de précieuses indications sur le mode de vie psychrophile de la
Profitant de notre expertise sur F. psychrophilum et de la créa- bactérie et sur les interactions hôte-pathogène. L'analyse se pour-
tion en 2000 par l'INRA du réseau AGMIAL visant à séquen- suit et nous essayons en parallèle (1) d'optimiser les outils géné-
cer le génome complet de plusieurs micro-organismes d'intérêt tiques existants afin de produire des banques de mutants par
agro-alimentaire, nous avons décidé de séquencer le génome de transposition et (2) de développer des méthodes de criblage pour
la toute première souche isolée en France (et en Europe) en évaluer leur virulence.
1986. Le but principal de ce projet était d'identifier les princi-
paux supports moléculaires de la virulence et les constituants Les travaux effectués par l'équipe sur F. psychrophilum ont
immunogènes de la bactérie afin de comprendre les mécanismes donc suivi une progression logique, de la maladie au génome
de l'infection et de fournir des pistes solides pour la mise au point en passant par tous les stades de caractérisation des souches. Le
de vaccins efficaces. Une fois la taille du génome estimée à envi- génome devrait permettre, au cours des prochaines années,
ron 3 Mb par électrophorèse en champ pulsé, le séquençage aléa- d'améliorer notre connaissance de ce pathogène majeur et d'op-
toire (« whole-genome shotgun ») a été effectué avec une cou- timiser les méthodes de lutte. En outre, le génome de F. psy-
verture finale de 9,3 x. Une première phase d'annotation chrophilum peut constituer un modèle pour l'étude des autres bac-
automatique a été suivie par une phase d'annotation manuelle téries ichtyopathogènes et des autres flavobactéries.
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