Ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche scientifique

Université Ben youcef BENKHEDD A Alger- 1

Faculté des sciences
Département des sciences de la nature et
de la vie
Intitulé de la matière: physiologie et biochimie des
microorganismes (PBM)

Présentation de la matière
• Unité d’enseignement fondamentale
• 12-14 semaines d’enseignement
• Cours 1.30h et le TD 1.30h/ semaine
• Coefficient : 2; crédits: 4
• Mode d’évaluation: 60% examen et 40% contrôle continu.
 Programme de la matière: physiologie et biochimie des
microorganismes (PBM)
Chapitre 1. Champignons et parasites
I. Base de la classification actuelle des champignons
II. Les champignons pathogènes humains et animaux
production de biomolécules mycotoxines
III. Les champignons dans l'industrie
IV. Les prions et leur pouvoir pathogènes
IV.1. Etude des approches de diagnostics et de thérapies des
maladies à prions
IV.2. Etude des modèles prions chez les microorganismes,
mécanismes et intérêts
Chapitre 2. Microorganismes extrêmophiles
I. Différents types d’extrêmophiles
II. Métabolisme énergétique des bactéries extrêmophiles
III. Ecologie moléculaire et métabolisme de l'hydrogène
IV. Evolution des chaines de transferts d'électrons
procaryotes
Les microorganismes (« microbes », « germes

») constituent un groupe extrêmement

diversifié d‘organismes

microscopiques, unicellulaires et répartis

dans les trois domaines du vivant bactéries,

archées et eucaryotes. Ils se distinguent les

uns des autres par leur forme, leur taille et

Les virus, un domaine particulier, incapables de

se reproduire sans détourner la machinerie

cellulaire d'un autre organisme, ne sont pas

considérés par tous les spécialistes comme

vivants. La microbiologie étudie parfois leurs

actions sur les microorganismes mais n'a pas

pour but de les étudier en tant qu'entités. Cette

étude est réalisée dans une autre discipline de la

1. Eubactéries, elles ont une structure

procaryotique, 35000 espèces sont connues

des bactéries qui existent (1-2%)

2. Eucaryotes, constitué de quatre règnes, les

champignons avec 500.000 espèces parmi

lesquelles une centaine sont utiles pour la

production d’antibiotique.
3. Archérbactéries; elles colonisent les milieux

extrêmes, milieu très chauds, très salins, très

froids, très acides etc. Pseudopeptidoglycanes,

pas de Gram car il n’a pas d’importance. Elles

sont insensibles aux β-lactamines. Elles

présentent une longue chaine lipidique qui

permet la rigidité et les échanges. Elles n’ont pas

 I. Champignons et parasites
I.1.Base de la classification actuelle des
champignons
• Définition populaire

Dans la langue française, le mot champignon

« qui vient des champs », évoque pour la
plupart des gens « drôles de plantes » ou
fructifications, visibles à l’oeil nu.
ce qui exclut la majorité des espèces du
règne fongique, les anciens micromycètes.
Les champignons sont plus ou moins
charnus, à croissance rapide, de formes
variées, souvent muni d’un pied et d’un
chapeau.
Ou plus ligneuse et coriaces, envahissant lentement
les troncs et les branches des arbres, souvent
nuisibles car attaquant le bois, mais par fois plus
précieux comme le
« briquet préhistorique » puissant hémostatique
encore utilisé en médecine chinoise.

L’amadouvier
Toute fois cette définition populaire exclut la

plupart des champignons, qui sont de taille

microscopique, tels que les rouilles, les

levures et les moisissures, parmi lesquels se

trouvent les précieux agents d’alimentation

humaine, mais aussi de redoutables

parasites des cultures, des animaux et de

Les rouilles

Les levures et moisissures

 Définition du règne fongique
•Eucaryotes (il y a un (des) noyau(x) bien
individualisé(s) dans les cellules).
•Hétérotrophes vis-à-vis du carbone (matières
organiques) car pas de pigments assimilateurs ; par
manque de chlorophylle, ils sont incapables
d’assurer la photosynthèse.
•Absorbotrophes (par opposition aux Animaux qui
pratiquent l’ingestion, et aux Végétaux qui pratiquent
l’assimilation)
sorte de digestion extracellulaire suivie de l’absorption

des nutriments.

•Thallophytes : appareil végétatif ramifié, diffus et

tubulaire constitué de filaments (hyphes).

•Cryptogames : reproduction par des spores.

•Spores non flagellées (ou exceptionnellement

uniflagellées), en tous cas jamais biflagellées.

•Paroi cellulaire chitineuse (et non cellulosique) .

Organisation structurale des champignons

Le champignon est formé d’un appareil

végétatif appelé thalle, sans tissus
fonctionnel ni organes différenciés,
constitué de cellules allongées et
cloisonnées nommées hyphes s’associent
le plus souvent en mycélium. Parfois le
thalle est un simple tube sans cloisons, on
parle des structure coenocytique et de
Structures de thalle

a) Un mycélium, une masse

d’hyphes filiformes, en

croissance sur milieu de

culture. Dans la nature, de

mycélium fongique sont

rarement aussi symétrique.

 b) Image par microscopie
électronique d’un mycélium de
Blumeria graminis en croissance
sur une feuille.
c) un hyphe cloisonne; chaque
cellule monocaryotique. Dans
certains taxons les cloisons sont
perforées.
d) Un hyphe cloisonnées dans
lequel chaque cellule est
dicaryotique.
e) Un hyphe coenocytique ou
 Le thalle des champignons peut être:
Unicellulaire: cas des levures
Thalle unicellulaire dont la multiplication se fait
par bourgeonnement ou par bipartition

Reproduction desaccharomyces cerevisiae

par bourgeonnement
 La reproduction
Les champignons peuvent se reproduire
soit de manière sexuée soit de manière
asexuée.
La reproduction asexuée se fait soit par
bourgeonnement pour les levures soit par
fragmentation du mycélium chez les
champignons filamenteux ou encore par
Arthrospore Clamydospore Sponrangiosp
s: issue de s: (chlamys: ores : se
la manteau) type forment à
fragmentati de spore à l’intérieur d’un
on des paroi épaisse sporange
hyphes.
Conidiospores: sont Blastospores :
des spores produites par
produites à la pointe bourgeonnement
ou sur les côtés des d’une cellule
hyphes aériens végétative
Cas deCandida albicans , agent des mycoses
humaines.
Produisant des pseudofilaments,
blastospores et chlamydospores
 La reproduction sexuée

Elle se fait par fusion de deux cellules haploïdes

issues du thalle, elle comprend trois phases

successives : la plasmogamie (fusion des

cytoplasmes), la caryogamie (fusion des noyaux)

qui donne naissance au zygote et la méiose qui

rétablit l’haploïdie et permet de former des

Certains champignons sont autogames: gamètes
mâles et femelles produites sur le même mycélium
(homothallique)
Tandis que d’autres sont hétérogames: exigent un
croisement entre mycélium différents, mais
sexuellement compatibles (hétérothallique).
Les zygotes peuvent se transformer en spores
méiotiques (basidiospores, zygospores, ascospores)
; qui servent a la dissémination des champignons.
 Organes de reproduction
Dans leur grande majorité, les champignons

actuels sont aériens. Ils pratiquent une fécondation

sans émission de gamètes libres (cytogamie). Ils

produisent souvent en marge de la reproduction

sexuée, une multiplication végétative avec

production de quantité de spores aériennes qui

assurent un ensemencement très efficace.

Ils utilisent pour ça différentes
structures productrices tel que:
Asques: L’asque est une cellule
productrice, caractéristiques des
champignons ascomycètes, à
l’intérieur de laquelle se forment en
général huit spores (ascospores,
endospores).
Baside: C’est une cellule spécialisée
et terminé par un nombre variable de
pointes appelées stigmates, portant
chacune une spore nommée
basidiospore.
Spore: structure de résistance
permettant la dissémination rapide
des champignons, ils peuvent être
Modes de vie et mode de nutrition
On distingue trois modes de vie:
1.Certains sont saprophytes et se nourrissent
de matières organiques mortes; ce sont des
détritivores qui dégradent des substrats très
variés. Ils participent à l’élaboration de
l’humus et des sols.
2. Les parasites s’accroissent aux
dépens d’autres cellules vivantes. Ils
causent des dégâts considérables
notamment aux plantes cultivées.
3. Une dernière catégorie symbiotique, c.a.d
qu’elle établit avec une autre espèce un
équilibre à bénéfices réciproques.
Concernant leur mode de nutrition, les

champignons se nourrissent par absorption. Ils

dégradent la matière organique à l’extérieur de

leurs cellules grâce à leur enzymes lytiques. La

matière dégradée, en ces composantes unitaires,

est ensuite absorbée pour être utiliser par la cellule

fongique.
 Température
La plupart des champignons sont mésophiles
(20-30 °C) même s’il existe des espèces
thermophiles (exempleChrysonilia
: sitophila qui
résiste à plus de 100 °C et est responsable
d’altérations du pain et d’autres produits
alimentaires) ou psychrophiles (exemple :
adosporium herbarum qui peut contaminer la
viande congelée à 6°C).
pH

Les champignons sont relativement peu

sensibles aux variations de pH mais ils se

développent plus facilement si le milieu est

légèrement acide, certains tolérant même

des pH très bas.

. Potentiel d’oxydo-réduction

Les champignons ont un métabolisme

essentiellement aérobie (respiration cellulaire)

mais certains peuvent se développer en milieu

anaérobie (fermentation), c’est le cas de

nombreuses levures ou de certaines mucorales. La

fermentation produit des alcools ou des acides

organiques, procédé utilisé dans la transformation

Activité de l’eau
La plupart des champignons ne se développent pas
si la teneur en eau n’est pas élevée (Aw : 0,8-0,9) et
les spores ne peuvent germer sans eau dans le
milieu mais là encore il existe des exceptions ;
certaines espèces de moisissures ou de levures
tolèrent un Aw de l’ordre de 0,6 pour les levures et
de 0,7 pour les moisissures, elles peuvent donc se
développer sur les milieux riches en sucre
(confitures…) ou en sel.
 Classification des champignons
• Historique
Les champignons ont été classés dans le passé
comme faisant partie du règne végétal du fait de
la présence d’une paroi cellulaire et de plusieurs
similitudes entre leurs cycles de reproduction et
ceux des algues. En 1969, Whittaker les a
classés dans un règne à part celui des Mycota
sur la base de plusieurs caractères particuliers
comme l’absence de l’amidon et de la
Une des classification les plus répandues est celle

de Geoffrey Clough Ainsworth (1905-1998) et Guy

Richard Bisby ( 1889-1958) dans leur Dictionnary

of fungi (1971), bien qu’elle soit aujourd’hui

profondément remaniée (9ème édition en 2001).

On trouve encore les anciennes versions dans

certains ouvrages.
Ancienne classification d’Ainsworth
• Règne des fungi
• Division des Myxomycota (+ des plasmodes)
1-Acrasiomycètes ; 2-Myxomycètes ; 3-
Plasmondiophoromycètes
• Division des Eumycota (- des plasmodes)
• Subdivision des Mastigomycotina (+ spores
mobiles)
1-Chytridiomycètes ; 2-Hyphochytridiomycètes; 3-
Oomycètes
• Subdivision des Deuteromycotina
1-Zygomycotina, 2-Ascomycotina, 3-
Basidiomycotina
Par la suite des modifications ont été

apportées: les Oomycètes et

Hyphochytridiomycètes qui sont

maintenant classés dans Straménopiles et

les myxomycota sont classés dans

plusieurs groupes de protistes.

 Classification actuelle
la classification actuelle des champignons
distingue cinq divisions ou embranchements
• Chytridiomycètes espèces aquatiques dont
les spores portent un flagelle. On les
considère comme les ancêtres de tous les
champignons.
• Zygomycètes espèces à spores non
flagellées dont les cellules ne sont pas
séparées par des cloisons
Ascomycètes les spores sont produites à l’intérieur
de sacs (asques) et sont projetées à maturité à
l’extérieur par ouverture de l’asque
Basidiomycètes les spores se développent à
l’extrémité de cellules spécialisées (les basides) et
sont dispersées par le vent à maturité
Gloméromycètes autre fois classés dans les
zygomycota. Ils sont maintenant considérés comme
constituant une division à part.
 Les chytridiomycètes
 Encore aquatiques
 Possèdent des cellules à flagelle postérieur
(zoospores)
 Ce sont des organismes microscopiques
 Leur thalle est unicellulaire et coenocytique
(pas de cloison cellulaire)
 Ils peuvent produire soit un seul
zoosporange, soit de plusieurs
zoosporanges réunis sur un réseau de
filaments
 Surtout aquatiques d’eaux douces ou
salées mais aussi habitants des sols
 Saprotrophes ou parasites d’algues, de
plantes, de champignons, d’invertébrés.
 Zygomycètes
La plupart vivent sur le sol –certains sont
parasites- la croissance de leur mycélium
est rapide et la reproduction sexuée se fait
par fusion de gamétocytes.
Les caractères essentiels des zygomycètes
sont la présence d’un mycélium
coenocytique généralement bien développé.
et une reproduction par fusion de deux

gamètes produisant un œuf appelé la

zygospore.

C’est à leur niveau que c’est effectuée la perte

définitive du flagelle locomoteur, donc le

passage à l’ensemble des autres

champignons désignés sous terme

 Gloméromycètes
C’est un taxon qui n’a été séparé des

zygomycètes que en (2001)

Microscopiques, ce sont des mycorhiziens

obligatoires qui jouent un rôle capital dans

les groupement végétaux;

Ils forment des mycorhizes, on ne leur

connait pas de reproduction sexuée . Ils se

conservent et se multiplient par voie

asexuée au moyen de grosses spores

enkystées.
 Classification phylogénétique
la classification phylogénétique des
champignons distingue six divisions ou
embranchements
•Ascomycota
• Basidiomycota

• Chytridiomycota

• Deuteromycota

• Gloméromycètes

• Zygomycètes
 Les deutéromycètes
 = fungi imperfecti (champignons imparfaits).
 Environ 15 000 espèces.
 Ne représentent jamais, ou très
exceptionnellement, de forme de reproduction
sexuée.
 Ne se reproduisent que par voie végétative
(spores asexuées) ou par simple fragmentation du
mycélium
 Responsables d’un grand nombre de maladies des
 S/Règne des
Embranchements
champignons 1. Opisthosporidia
zoosporiques 2. Chytridiomycota
3. Néocallimastigomycota
4. Blastocladiomycota

S/Règne des Embranchements

Zygomycètes 1. zoopagomycota
Règne
2. Glomeromycota
des Fungi
3. Mucoromycota

Embranchements
S/Règne des 1. Basidiomycota
Dikarya 2. Ascomycota
3. Entorhizomycota

Classification phylogénétique la plus récente (Naranjo‐ Ortiz, M. A., &

Gabaldón, T. (2019)