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12/11/19
DE L’ATOME A LA MOLECULE
LA MOLECULE 3D
Structure en 3D :
Représenter la molécule en 3 dimensions, change la
fonction biologique de la molécule (pénicillamine →
toxique ou antalgique) lorsqu’on change les
groupements l’un par rapport à l’autre
Mécanismes de reconnaissance entre molécules
biologiques (enzyme-substrat, médicament protéine
cible...) se font selon le mode « clef-serrure », assurant
la reconnaissance d’un composé dans une géométrie
particulière
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Représentation de Cram
Représentation de Newman
Exemple :
Représentation de Fischer
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Exemples :
- Positionner la représentation de tram en conformation éclipsée pour avoir la chaîne carbonée
du même côté
- Se mettre du côté des substituants pour avoir la chaîne qui pointe vers l’arrière
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Rotations possibles autour des liaisons simples, pas autour des liaisons doubles ou triples
Carbone à 4 voisins
Exemples :
Carbone à 3 voisins
Exemple :
4
Carbone à 3 voisins : la liaison peptidique
Caractère double de la
liaison C-N : pas de
rotation possible
C
=
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Carbone à 2 voisins
Exemple :
L’asparagine est un acide α-aminé dont l’énantiomère L est l’un des 22 acides aminés protéinogènes,
encodé sur les ARN messagers par les codons AAU et AAC
IV – Stéréoisomérie
Les stéréoisomères sont des molécules qui possèdent la même formule brute et la même formule
développée plane, mais qui diffèrent par l’arrangement spatial de leurs atomes
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Deux stéréoisomères peuvent différer par :
Leur conformation : une molécule peut exister sous plusieurs formes dites conformères
résultant de la libre rotation autour de liaisons simples σ
Leur configuration : les stéréoisomères de configuration sont des molécules différentes
Le passage d’un stéréoisomère de configuration à une autre nécessité une rupture de liaisons
(σ ou π)
La conformation d’une molécule autour de la liaison simple C-C est décrite en donnant l’angle
de torsion α, entre deux groupes choisis sur chacun des deux atomes
Pour passer d’une conformation à une autre, il n’y a pas de rupture de liaison
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Configuration : les stéréoisomères de configuration sont des molécules différentes
Le passage d’un stéréoisomère de configuration à un autre nécessite une rupture de liaisons
(σ ou Π)
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Les différents groupes fixés sur un même carbone (sp2 ou sp3) sont classés en considérant les
atomes directement liés à ce carbone (en position α)
- Un atome de numéro atomique supérieur est prioritaire sur un atome de numéro atomique
inférieur
35Br > 17Cl > 16S > 8O > 6C > 1H
- Si les atomes directement liés (position α) sont identiques, on compare les atomes en
position β
CH2OH > CH2NH2
- Si un atome est doublement lié à un autre (ou triplement lié) la liaison double est
considérée comme 2 liaisons simples (la triple est considérée comme 3 liaisons simples)
- Règles supplémentaires : isotope de masse supérieure > isotope de masse inférieure, Z > E, R
> S, doublet non liant = plus faible priorité
Isomérie géométrique :
Stéréo-descripteurs Z/E :
L’isomérie des doubles liaisons est la conséquence de l’empêchement de rotation autour de la double
liaison
Isomérie optique :
Chiral = qui n’est pas superposable à son image dans un miroir (ie toute molécule qui ne possède ni
plan, ni centre de symétrie)
Stéréo-descripteurs R/S :
Attribuer des « priorités » avec la règle de CIP
Les substituants sont classés par ordre de priorités (règles CIP) (a>b>c>d, 1>2>3>4)
Projection selon l’axe C*-substituant n°4 (d)
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Si l’on rencontre la séquence a, b, c dans le sens horaire : configuration R (rectus)
Si l’on rencontre la séquence a, b, c dans le sens anti-horaire : configuration S (sinister)
Complication si le d change :
Exemple 1 :
Exemple 2 :
Exemple 3 :
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Stéréo-descripteurs D/L :
• Pour les acides aminés en représentation de Fischer :
o La molécule est dite « D », si le NH2 est à droite
o La molécule est dite « L », si le NH2 est à gauche
Énantiomèrie et diastéréoisomérie :
Une molécule comportant n centres stéréogènes possède 2n stéréoisomères
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Diastéréoisomères = molécules chirales, stéréoisomères non objet et image l’un de l’autre
dans un miroir plan → Propriétés physico-chimiques et biologiques différentes
Deux énantiomères ont les mêmes propriétés physico-chimiques et ne seront donc pas
distinguables et séparables par les méthodes d’analyses
Séparation d’énantiomères :
- Dédoublement par formation de diastéréoisomères
- Dédoublement en chromatographie : utilisation phase stationnaire chirale
- Dédoublement cinétique : différence vitesse de réaction entre les 2
- Dédoublement enzymatique : celui cinétique avec une enzyme comme catalyseur
- Si [α] = 0
o La molécule ne présente pas d’activité optique
o Présence d’un mélange racémique
- Si [α] ≠ 0
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o La molécule présente une activité optique, donc C*, mélange non racémique
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