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15/10/19

12/11/19
DE L’ATOME A LA MOLECULE
LA MOLECULE 3D

I - Chiralité et impact biologique

Les mécanismes de reconnaissance entre molécules biologiques (enzyme-substrats, médicaments


protéines cible, …) se font selon le mode « clef-serrure », assurant la reconnaissance d’un composé
dans une géométrie particulière

Structure en 3D :
Représenter la molécule en 3 dimensions, change la
fonction biologique de la molécule (pénicillamine →
toxique ou antalgique) lorsqu’on change les
groupements l’un par rapport à l’autre
Mécanismes de reconnaissance entre molécules
biologiques (enzyme-substrat, médicament protéine
cible...) se font selon le mode « clef-serrure », assurant
la reconnaissance d’un composé dans une géométrie
particulière

II – Représentation de Cram, Newman, Fischer

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 Représentation de Cram

Exemple : éthanol, C2H6O

 Représentation de Newman

Exemple :

 Représentation de Fischer

Une représentation plane dont la construction vérifie des règles strictes :


 La chaîne hydrocarbonée la plus longue est à la verticale
 Les substituants latéraux sont en avant du plan
 Les substituants bas et haut sont en arrière du plan
 Le carbone le plus oxydé est placé en haut

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Exemples :
- Positionner la représentation de tram en conformation éclipsée pour avoir la chaîne carbonée
du même côté
- Se mettre du côté des substituants pour avoir la chaîne qui pointe vers l’arrière

III – Géométrie autour de l’atome de carbone

L’atome de carbone : tétraédrique

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Rotations possibles autour des liaisons simples, pas autour des liaisons doubles ou triples
 Carbone à 4 voisins

Exemples :

 Carbone à 3 voisins

Exemple :

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 Carbone à 3 voisins : la liaison peptidique

La mésomérie dans la liaison peptidique

Délocalisation des électrons


du doublet non liant de
l’azote

Ecriture de deux formes mésomères

Liaison peptidique = caractère partiel de double liaison

Caractère double de la
liaison C-N : pas de
rotation possible

 Les atomes C=O,


NH et les 2 Cα
sont dans le
même plan

C
=

Rotation possible autour des


O et NH parallèle,
liaisons C-Cα et N-Cα
groupement R en trans (pas de gène stérique)

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 Carbone à 2 voisins

Exemple :

L’asparagine est un acide α-aminé dont l’énantiomère L est l’un des 22 acides aminés protéinogènes,
encodé sur les ARN messagers par les codons AAU et AAC

IV – Stéréoisomérie

Les stéréoisomères sont des molécules qui possèdent la même formule brute et la même formule
développée plane, mais qui diffèrent par l’arrangement spatial de leurs atomes

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Deux stéréoisomères peuvent différer par  :
 Leur conformation : une molécule peut exister sous plusieurs formes dites conformères
résultant de la libre rotation autour de liaisons simples σ
 Leur configuration : les stéréoisomères de configuration sont des molécules différentes
Le passage d’un stéréoisomère de configuration à une autre nécessité une rupture de liaisons
(σ ou π)

 Conformations : désignent différents arrangements, dans l’espace, des atomes d’une


molécule moyennement faible apport d’énergie (de 5 à 50 kJ.mol -1)
Ces arrangements résultent exclusivement de la libre rotation autour de liaisons simples

La conformation d’une molécule autour de la liaison simple C-C est décrite en donnant l’angle
de torsion α, entre deux groupes choisis sur chacun des deux atomes
Pour passer d’une conformation à une autre, il n’y a pas de rupture de liaison

Différentes conformations d’une liaison C-C :

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 Configuration : les stéréoisomères de configuration sont des molécules différentes
Le passage d’un stéréoisomère de configuration à un autre nécessite une rupture de liaisons
(σ ou Π)

Pour nommer les différents stéréoisomères de configuration on utilise différents stéréodescripteurs


(R, S, Z, E, D, L)
Il est nécessaire de tenir compte de priorités différentes entre les groupes liés à l’élément
donnant lieu à la stéréo-isomérie de configuration

Les règles CIP (Cahn, Ingold, Prelog) :


Les règles de Cahn, Ingold, Prelog permettent de définir des priorités entre les groupes liés à
l’élément donnant lieu à la stéréoisomérie de configuration

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Les différents groupes fixés sur un même carbone (sp2 ou sp3) sont classés en considérant les
atomes directement liés à ce carbone (en position α)
- Un atome de numéro atomique supérieur est prioritaire sur un atome de numéro atomique
inférieur
35Br > 17Cl > 16S > 8O > 6C > 1H
- Si les atomes directement liés (position α) sont identiques, on compare les atomes en
position β
CH2OH > CH2NH2
- Si un atome est doublement lié à un autre (ou triplement lié) la liaison double est
considérée comme 2 liaisons simples (la triple est considérée comme 3 liaisons simples)

- Règles supplémentaires : isotope de masse supérieure > isotope de masse inférieure, Z > E, R
> S, doublet non liant = plus faible priorité

Isomérie géométrique :
 Stéréo-descripteurs Z/E :
L’isomérie des doubles liaisons est la conséquence de l’empêchement de rotation autour de la double
liaison

Grand groupe = groupes prioritaires

Isomérie optique :

Chiral = qui n’est pas superposable à son image dans un miroir (ie toute molécule qui ne possède ni
plan, ni centre de symétrie)

 Stéréo-descripteurs R/S :
 Attribuer des « priorités » avec la règle de CIP
 Les substituants sont classés par ordre de priorités (règles CIP) (a>b>c>d, 1>2>3>4)
 Projection selon l’axe C*-substituant n°4 (d)

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Si l’on rencontre la séquence a, b, c dans le sens horaire : configuration R (rectus)
Si l’on rencontre la séquence a, b, c dans le sens anti-horaire : configuration S (sinister)

→ a, b, c dans le sens horaire (droite) = configuration absolue « rectus » R


→ a, b, c dans le sens anti-horaire (gauche) = configuration absolue « sinister » S

Complication si le d change :

Exemple 1 :

Exemple 2 :

Exemple 3 :

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 Stéréo-descripteurs D/L :
• Pour les acides aminés en représentation de Fischer :
o La molécule est dite « D », si le NH2 est à droite
o La molécule est dite « L », si le NH2 est à gauche

 Pour les sucres en représentation de Fischer :


o La molécule est dite « D », si le OH sur le carbone
asymétrique le plus éloigné de la fonction la plus
oxydée est à droite
o La molécule est dite « L », si le OH sur le carbone
asymétrique le plus éloigné de la fonction la plus
oxydée est à gauche

 Énantiomèrie et diastéréoisomérie :
Une molécule comportant n centres stéréogènes possède 2n stéréoisomères

 Enantiomères = molécules chirales,


stéréoisomères objet et image l’un de
l’autre dans un miroir plan → mêmes
propriétés physico-chimiques mais
biologiques différentes
→ séparation d’énantiomères : doublement par
fonction de diastéréoisomères, en chromatographie,
cinétiques et enzymatique

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 Diastéréoisomères = molécules chirales, stéréoisomères non objet et image l’un de l’autre
dans un miroir plan → Propriétés physico-chimiques et biologiques différentes

Deux énantiomères ont les mêmes propriétés physico-chimiques et ne seront donc pas
distinguables et séparables par les méthodes d’analyses

Séparation d’énantiomères :
- Dédoublement par formation de diastéréoisomères
- Dédoublement en chromatographie : utilisation phase stationnaire chirale
- Dédoublement cinétique : différence vitesse de réaction entre les 2
- Dédoublement enzymatique : celui cinétique avec une enzyme comme catalyseur

 Pouvoir rotatoire et activité optique :


 Une molécule contenant un carbone asymétrique (C*) peut avoir une activité optique →
tourner la lumière polarisée
 Une substance dite lévogyre fait tourner à gauche (angle de dérivation -α), alors qu’une
substance dextrogyre fait tourner à droite (angle de dérivation +α)
 Pour observer cette déviation on utilise par un polarimètre qui donne la mesure d’angle

 Pouvoir rotatoire et polarimètre

[α]D : pouvoir rotatoire spécifique


α : angle de déviation (Valeur lue par le polarimètre)
C : Concentration du substrat (exprimée en g/ml)
l : Longueur de la cuve dans laquelle on fait la mesure
(exprimée en dm)

Deux énantiomères dévient la lumière polarisée


dans le sens inverse
Les pouvoirs rotatoires s’annulent si mélange 50/50
(mélange Racémique)

- Si [α] = 0
o La molécule ne présente pas d’activité optique
o Présence d’un mélange racémique

- Si [α] ≠ 0

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o La molécule présente une activité optique, donc C*, mélange non racémique

- Si activité optique alors C* : oui

- Si C* alors activité optique : ça dépend

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