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Les peptides (1) I) La liaison peptidique

1) Nature de la liaison peptidique 2) Proprits de la liaison peptidique 3) Consquences de l'effet msomre 4) Gomtrie de la liaison peptidique 5) Caractristiques du squelette polypeptidique

II) Les peptides


1) Nomenclature des peptides 2) Proprits organoleptiques et physico-chimiques

III) Prsentation de quelques peptides dintrt biologique


1) Le glutathion 2) Peptides hormonaux hypothalamiques 3) Peptides hormonaux post-hypophysaires 4) Importance du processus de protolyse limite de prcurseurs
a) Pro-opiomlanocortine et peptides opiodes b) Insuline (comme exemple car elle ne fait plus vraiment partie des peptides)

La liaison peptidique

Les AA sont des molcules bifonctionnelles: liaison amide entre le gr COOH de lAA N-ter et la fn NH2 de lAA C-ter

Proprits de la liaison peptidique La liaison peptidique nest pas une simple liaison covalente: elle prsente des caractres de double liaison *

Chaque unit peptidique contient un groupement accepteur de liaison H (latome dO du groupe carbonyle) et un groupement donneur de liaison H (latome dH de la fonction amine) **
* La liaison peptidique peut tre dcrite par 2 formes isomres de rsonance confrant un caractre de double liaison partielle ** Les prolines engages dans des liaisons peptidiques ne proposent quun groupement accepteur de liaison H mais pas de groupement donneur de liaison H, latome dN ne portant plus dH

Le caractre de double liaison confre la planit la liaison peptidique

Chaque plan peptidique contient les atomes C, C, 0 du rsidu n et les atomes N, H, C du rsidu n+1

Gomtrie de la liaison peptidique Deux configurations sont possibles: cis et trans

=180

=0

On peut discriminer la configuration cis et trans en regardant l'angle de rotation (omga) autour de la liaison C-N

Les contraintes striques imposes par les chanes latrales R, font que la forme trans est largement prpondrante

Trans peptide bonds are more stable than cis peptide bonds

Trans & Cis Peptides Cis configuration has steric hindrance; Trans strongly favored

La configuration trans est 1000 fois plus favorise que la configuration cis (sauf dans le cas de la proline o cest seulement 4 fois)

Trans & Cis X-Pro Proline N bonded to 2 tetrahedral carbons: steric clashes in both forms -> less preference for Trans

La configuration cis la plus commune correspond aux liens X-Pro / ~ 5 10% des rsidus de proline se trouvent en configuration cis / Lisomrie cis trans est troitement contrle par des enzymes de type peptidylprolyl cis-trans isomerase

Reprsentation dun peptide sous la forme dun squelette form dun arrangement linaire flexible de plans successifs

Mais potentialit dune grande diversit de conformations dans lespace

Chaque C appartient 2 plans successifs


C-terminus

N-terminus
Les plans peptidiques sont susceptibles de se mouvoir lun par rapport lautre

L'enchanement des plans peptidiques a 2 degrs de libert

Libre rotation thorique autour de la liaison C-N (angle [phi]) et autour de la liaison C-C (angle [psi])

Les limites de la libre rotation


Elles sont dtermines par les interfrences striques pour certaines valeurs dangles Interfrence entre les atomes de la chane principale et les atomes des chanes latrales de rsidus adjacents; Interfrence entre les oxygnes carbonyles et les atomes des rsidus adjacents
Angles Phi ( = - 60 et Psi ( = + 30 ) )

On comprend aisment que lencombrement strique de la chane latrale de Gly et de Trp est trs diffrent

La reprsentativit leve de Gly dans les squences favorise la flexibilit des chanes peptidiques

Valeurs de Phi et Psi observes dans les protines

Tous les couples dangles Phi et Psi ne sont pas rencontrs: seuls certains sont autoriss / Diagramme de Ramachandran

Diagramme de Ramachandran pour la glycine

La glycine occupe des positions l o le squelette polypeptidique fait des courbures (boucles, coudes)

Les peptides

Polypeptide chain has direction

Nomenclature des peptides

On utilise diffrentes faons pour crire un polypeptide (trait dunion = lien peptidique) :

Tyrosyl-glycyl-glycyl-phnylalanyl-leucine Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu Y-G-G-F-L YGGFL

Notez que le peptide est toujours crit avec le N-ter gauche et le C-ter droite (NH2 COOH).
Par convention on considre que lextrmit N terminale est gauche et que lextrmit C terminale est droite

Prsentation de quelques peptides dintrt biologique


1) Le glutathion 2) Peptides hormonaux hypothalamiques 3) Peptides hormonaux post-hypophysaires 4) Importance du processus de protolyse limite de prcurseurs
a) Pro-opiomlanocortine et peptides opiodes b) Insuline c) Enzymes digestives

5) Peptides antibiotiques
a) Gramicidine S b) Dfensines

6) Peptide immunosuppresseur : ciclosporine 7) Peptide synthtique


Aspartame

Le glutathion -Glutamyl-Cytinyl-Glycine

2 G-SH + H2O2 -> G-S-S-G + 2 H2O)


glutathion peroxydase
-> dfense contre lagression oxydante due la production de peroxyde dhydrogne (toxique pour la cellule)
Lun des plus grands antioxydants de la cellule (par limportance et non la taille)

La biosynthse du glutathion Un exemple de synthse peptidique non ribosomique

Voie mtabolique spcifique multienzymatique

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Peptides hormonaux hypothalamiques Thyrolibrine ou TRH (Thyrotropin Releasing Hormone)

pyrGlu-His-Pro-NH2

Tripeptide avec 2 AA remanis: 5-oxoproline ou pyro-glutamate (cyclisation dune glutamine) en N-ter et prolinamide en C-ter

Peptides hormonaux post-hypophysaires Vasopressine ou ADH (Anti Diuretic Hormone) et Ocytocine

Pont disulfure S S

Vasopressine

Cys-Tyr-Phe-Gln-Asn-Cys-Pro-Arg-Gly-NH2

Rsidu de glycinamide: 2HN-CH2-CONH2

Pont disulfure S S

Ocytocine

Cys-Tyr-Ile-Gln-Asn-Cys-Pro-Leu-Gly-NH2

Rsidu de glycinamide: 2HN-CH2-CONH2


Nonapeptides / Pont disulfure entre les cystines / Glycinamide en C-ter

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Aspect structural Vasopressine ou ADH (Anti Diuretic Hormone) et Ocytocine


N-term.

Vasopressine

Cys Tyr

S-S

Cys-Pro-Arg-Gly-NH2 C-term. Asn

Phe-Gln
N-term.

Ocytocine

Cys Tyr

S-S

Cys-Pro-Leu-Gly-NH2 C-term. Asn

Ile - Gln
Nonapeptides semi-cycliques par lintermdiaire dun pont disulfure / Structures voisines (2 AA diffrents): rles diffrents

Importance du processus de protolyse limite de prcurseurs Pro-opiomlanocortine (POMC) et peptides opiodes

Ant-hypophyse: hormone adrnocorticotrope (ACTH) et bta-lipotropine -> peptides opiodes

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Peptides opiodes Endorphines et Enkphalines

Les protines (1)


I) Structure primaire 1) Dfinition 2) Dtermination de la squence a) Directe par squenage b) Indirecte fonde sur le gnie gntique 3) Comparaison des squences protiques 4) Prdiction des structures II) Structure secondaire 1) Dfinition 2) Les diffrents types de structures secondaires a) L'hlice b) Les autres hlices droites (variantes de lhlice ) c) Les hlices gauches d) Les feuillets plisss ou feuillets e) Les structures non priodiques: les boucles et les coudes (ou tours) 3) Les superstructures secondaires ou motifs a) Les motifs entre hlices (le motif - et le motif hlice-boucle-hlice) b) Le motif en pingle cheveux c) Le motif -- d) Le motif -- ( vrai doigt de Zn)

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La description de la structure des protines globulaires se fait classiquement selon 4 niveaux d'organisation

Avec maintenant la notion de superstructure secondaire: niveau intermdiaire entre structures secondaire et tertiaire

Characteristics of globular proteins

Compact Hydrophobic residues on the interior and hydrophilic residues on the surface Water is excluded from the protein core Tertiary structures are stabilized by: Ionic bonds hydrogen bonds van der Waals interactions hydrophobic interactions Conformational flexibility

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Structure primaire
1) Dfinition
-> Lordre ou la squence linaire des AA, depuis lAA N-ter jusqu lAA C-ter -> Stabilit de la structure: la liaison peptidique (liaison covalente)

2) Dtermination de la squence a) Directe par squenage Mthode dEdman Spectromtrie de masse b) Indirecte fonde sur le gnie gntique mRNA -> cDNA -> squence nuclique -> dduction de la squence protique par application du code gntique 3) Comparaison des squences protiques 4) Prdiction des structures

Structure secondaire
1) Dfinition
-> Toute organisation priodique ou rgulire de segments de la chane polypeptique -> Stabilit de la structure: liaisons H entre CO et NH des liaisons peptidiques * lintrieur des protines contient essentiellement des rsidus hydrophobes * la chane polypeptidique a tendance sorganiser de faon neutraliser ses atomes polaires (CO et NH des liaisons peptiques) par le biais de liaisons H

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The dihedral angles of the protein backbone.

Phi () is defined as the four atoms C(i-1) - >N(i) - C(i) - C(i). Psi () is composed of the four atoms N(i) - C(i) - C(i) >- N(i+1). The blue rectangles indicate the plane of the peptide bond.

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The Ramachandran plot and secondary structures

Poly-L-Proline, poly-Glycine

Only right handed -helices are observed in proteins

Lhlice

Structure hlicodale en forme de spirale dnomme parce que cest la premire structure avoir t dfinie exprimentalement par diffraction des RX (1957 - Myoglobine - Kendrew / 1951 - Pauling)

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Les chanes latrales des AA sont localises en priphrie de l'hlice et pointent vers l'extrieur (encombrement minimal)

-Helix is a rod-like structure. The polypeptide main chain forms the inner part of the rod, the side chains stick out in a helical array.
10 AA en moyenne dans protines globulaires / 20 AA dans segments transmembraires / 100 1000 dans protines fibreuses

Pour des valeurs dangles didres et respectives d'environ - 57et - 47 le squelette polypeptidique adopte une structure priodique hlicodale en forme de spirale

Reprsentation des units peptidiques progressant de faon hlicodale autour dun axe virtuel

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Pour des valeurs dangles didres et respectives d'environ - 57et - 47 le squelette polypeptidique adopte une structure priodique hlicodale en forme de spirale

Reprsentation lisse de la progression des plans peptidiques donnant une structure spirale

Lhlice est une hlice droite


Lhlice est droite, parce quelle est construite avec des AA de la srie L. Dans ces conditions la conformation gauche est dstabilise par une interfrence strique. Des peptides synthtiss avec des AA de la srie D, donnent des hlices gauches semblables lhlice , car dans ce cas cest la conformation droite qui est dstabilise par une interfrence strique. Les variantes de lhlice (hlice 310 et hlice ) sont galement des hlices droites car elles partagent les mmes principes de construction (AA de la srie L, modes denroulement et de stabilisation).
Regarder axe et sens de progression de lhlice: par convention H droite si rotation dans le sens des aiguilles dune montre

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Principales caractristiques de l'hlice

C-terminus

Phi () = - 57 Psi () = - 47 hlice de pas droite 3,6 rsidus par tour de spire pas = 5,4 incrment = p/n = 1,5 diamtre = 5
N-terminus

5,4

1,5

Lhlice est une structure rptitive rgulire stabilise par des liaisons H entre les liaisons peptidiques de la chane qui lui confrent une grande stabilit

Ce sont des liaisons verticales qui stabilisent cette structure secondaire o les tensions sont particulirement rduites

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La stabilisation de lhlice provient de l'engagement d'une liaison H entre le groupe CO de l'AA n et le groupe NH de l'AA n+4

Tous les gr CO et NH engagent des liaisons H sauf aux 2 extrmits de l'hlice , le premier gr NH et le dernier gr CO

Chaque tour dhlice peut tre stabilis par 4 liaisons H (sauf aux 2 extrmits de lhlice)
Four N-H groups at the N-terminal end of an -helix and four C=O groups at the Cterminal end cannot participate in hydrogen bonding.

The formation of H-bonds with other nearby donor and acceptor groups is referred to as helix capping.

Capping may also involve appropriate hydrophobic interactions that accomodate non-polar side chains at the ends of helical segments.

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L'hlice est un macrodiple (macroscopic dipole in the -helix)


Tous les diples forms par la chane principale sont aligns C=O dans un sens (C-ter) N-H dans le sens oppos (N-ter) Il en rsulte la formation d'un macrodiple (large net dipole for helix) avec une demie charge par extrmit (- 0,5 / + 0,5). Rle dans la stabilisation de la structure de la protine ou de son pouvoir de fixer/discriminer certains substrats (phosphate des coenzymes FMN et NAD ou du DNA).

Autres lments de stabilit de l'hlice

Reprsentation en "sphre" des atomes de la chane principale

L'hlice est une structure compacte qui optimise les interactions de van der Walls

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Position des chanes latrales des hlices


Helices have a straight axis. On the right you are looking down the axis of a helix. Clearly the side chains (represented by the purple balls) are on the OUTSIDE of the helix. A helix is not really hollow, the atoms are not shown with their real van der Waals radii for clarity.

Diameter ~ 5 to 6

Organisation des chanes latrales des hlices Le modle de la roue hlicodale (helical wheel)

On voit dans laxe les chanes latrales merger sur une longueur correspondant environ 5 tours dhlice (18 / 3,6)

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3 types dhlices frquemment rencontres


Hlice enfouie: rsidus majoritairement hydrophobes Hlice partiellement expose amphipathique Hlice compltement expose: rsidus majoritairement hydrophiles

A r C'est essentiellement par l'intermdiaire de leurs chanes latrales que les hlices peuvent t i interagir entre elles ou avec les feuillets ou avec les molcules d'eau de l'environnement ou c avec les molcules de la bicouche lipidique membranaire l e

Les autres hlices droites (variantes de lhlice )

Dans certains cas plus rares, les liaisons H concernent les rsidus n+3 ou n+5, au lieu de n+4

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Aspect des autres types dhlices droites


L'hlice 310 Fait une liaison hydrogne avec le groupe C=O du rsidu I et le groupe N-H du rsidu I+3. Cette hlice est plus troite et plus allonge que l'hlice (pas: 3 rsidus et 6 ). Ce type de conformation est peu frquent et sa longueur dpasse rarement 1 2 tours. L'hlice Fait une liaison hydrogne avec le groupe C=O du rsidu I et le groupe N-H du rsidu I+5. Cette hlice est plus large et plus ramasse que l'hlice (pas 4 rsidus et 5 ). Ce type de conformation est rare.

Les hlices gauches (poly-L-proline, poly-glycine)


Pour des raisons dj exposes elles sont rares dans les protines globulaires. Lorsque la squence prsente des rptitions de certains acides amins, une structure secondaire particulire sous forme d'hlice gauche peut se former. On la rencontre par exemple dans les polypeptides de synthse de type polyL-Proline, poly-L-hydroxy-Proline ou poly-Glycine. Ce type particulier de structure hlicodale ("hlice de type II" o les liaisons peptidiques sont toujours trans) est galement retrouv dans la structure des collagnes dont la squence prsente de multiples rptitions du tripeptide "Gly-X-Y" o X est le plus souvent la Proline et Y l'hydroxy-Proline. La chane polypeptidique de collagne forme une hlice gauche qui est plus tire et moins compacte que l'hlice droite. Elle comporte 3,3 rsidus d'AA par tour (au lieu de 3,6 pour lhlice ), et le pas de l'hlice est de 9,6 angstrm par tour (au lieu de 5,4 pour lhlice ).

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Primary AA sequence of collagen (Gly in every 3rd pos.)

No hydrogen bonds WITHIN a single strand of a collagen triple helix

Prolines and hydroxyprolines kink the helix and stabilize the structure by steric repulsion

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Cas spcial : le collagne


Consiste en une triple hlice: 3 chanes polypeptidiques (chacune tant dorientation gauche ou antihoraire) qui sont enroules les unes autour des autres pour former une superhlice droite (sens horaire); Pour chaque hlice gauche: Pas: 0.94 nm 0.31 nm par rsidu 3 rsidus par tour 1000 rsidus par chane Donc: lhlice gauche du collagne est plus tire que lhlice-;

Chane 1

Chane 2

Chane 3
Triple helix

Les feuillets plisss ou feuillets

parce que cest la seconde structure avoir t dfinie exprimentalement par diffraction des RX

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Le brin pliss ou brin est llment de base du feuillet

On qualifie cette structure en accordon de "structure en extension de la chane peptidique" car elle a tendance s'aplatir au maximum compatible avec les valeurs que peuvent prendre les angles de rotation phi, qui sont ngatives (entre 119et 139 et psi, qui sont positives ) (entre + 113 et + 135 entre deux plans successif s de liaisons peptidiques. Dans ces ), conditions, des liaisons H ne peuvent s'tablir dans la direction de l'axe de la chane (contrairement aux liaisons verticales dans l'hlice ), aussi faudra-t-il envisager une autre faon de stabiliser les brins . Le brin n'est pas stable par lui-mme, il a besoin de former des liaisons H avec d'autres brins . Les repliements se font au niveau des C des AA et les chanes latrales R se positionnent alternativement au-dessus et au-dessous du plan de l'axe gnral du brin . Les rgions en brins comprennent habituellement de 5 10 rsidus d'AA.

Organisation des brins et des chanes latrales

Les feuillets ne sont pas plans, ils prsentent un plissement sur leur surface, avec des plis alternativement orients vers le haut et vers le bas. Les chaines latrales s'orientent alternativement au dessus et en dessous du plan du feuillets (encombrement minimal). Les feuillets sont trs utiles pour crer des interfaces (hydrophobe-hydrophobe, polaire-hydrophobe).

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Most common! N-term C-term

N-term C-term

C-term

N-term

Note: the arrows in Lehninger are wrong!

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Less common.

C-term

C-term C-term

Note: the arrows in Lehninger are wrong!

Feuillets mixtes

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Feuillets anti parallles, parallles et mixtes


Longue boucle ou hlice

Dans les feuillets parallles les brins ne peuvent pas tre conscutifs

feuillets anti parallles

feuillets parallles

Un feuillet peut tre mixte. L'ordre des brins ne suit pas forcement l'ordre de la squence

Les twists
Le feuillet peut tre plan, mais gnralement, il tendance adopter une structure en torsion ( twiste )

thiordoxine humaine

Le twist est plus marqu dans les feuillets antiparallles et les feuillets 2 brins

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Les structures non priodiques: les boucles et les coudes (ou tours)

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Les boucles
Les diffrentes structures secondaires peuvent tre relies par des boucles. Ces boucles sont de longueur variable (4-12 rsidus) et ne sont pas structures.

Elles sont la plupart du temps en surface de la protine et sont constitues d'acides amins polaires En gnral, les liaisons C=O et N-H de la chane principale ne forment pas de liaisons hydrognes entre elles mais elle le font plutt avec les molcules d'eau.

Les boucles peuvent avoir un rle catalytique, de reconnaissance molculaire, ou simplement de connexion.

Il y a 2 types de turn

turn
Le groupe C=O du rsidu i fait une liaison hydrogne avec le groupe N-H du rsidu I+2. La boucle a une longueur de 3 rsidus.

turn
Le groupe C=O du rsidu i fait une liaison hydrogne avec le groupe N-H du rsidu I+3. La boucle a une longueur de 4 rsidus. Il existe plusieurs types de turn (type I, II, III). On les discrimine en fonction des angles , des rsidus I+1 et I+2. Pour pouvoir tourner court, dans les turn I et II, le rsidu I+1 est souvent une proline et le rsidu i+3 est frquemment une glycine.

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Beta Turn

Coudes

Most Common -turns

Type 1 -turn

Type II -turn

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Coudes de type VI D'autres type de coudes ont t identifis. Ainsi, dans les coudes de type VI, c'est une proline qui est le 3me rsidu et la glycine est assez frquemment le 2me rsidu. Dans ce cas, la Proline est en configuration cis, elle est donc seule responsable de la formation d'un coude (pour des raisons dj exposes la forme cyclique de la chane latrale de cet AA augmente la probabilit de conformation cis de la liaison peptidique). La squence Gly-cis-Pro est particulirement reprsentative d'un coude de ce type.

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Consquence structurale de lisomrie Cis X-Pro

Proline has 2 conformers that are related by rotation about peptide bond. This occurs because the e-s of the N form part of a bond with the carbon. The rotation is slow so that two distinct populations can be found in proteins. Trans is usually 90-95%.

Peptidylprolyl cis-trans isomerase assists protein folding

Isomerization of amino acid-proline peptide bonds Accelerates folding in proline-containing peptides

Figure 2.41
Adapted from Tropp, B. E. Biochemistry: Concepts and Applications. Brooks/Cole Publishing Company, 1997.

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Les coudes sont souvent retrouvs, grce leur caractre hydrophile, la priphrie des structures protiques et sont en partie responsables de la forme globulaire des protines. Accessibles, ils sont galement des sites privilgis de modifications enzymatiques des protines: phosphorylations (Ser, Thr, Tyr), glycosylations (Ser, Thr, Asn).

Les superstructures secondaires ou motifs (structuraux)

Des combinaisons simples de structures secondaires caractrises par une architecture spcifique sont frquemment retrouves dans les protines. Elles sont appeles superstructures secondaires ou motifs (au sens structural du terme). Ce sont des motifs de repliements associant un nombre limit de structures secondaires connectes de manire prcise dans une gomtrie caractristique. Elles constituent des motifs structuraux de base trs frquemment retrouvs dans les structures protiques. Certains de ces motifs peuvent tre associs une fonction particulire mais la plupart n'ont pas de fonction propre et ne sont que des lments structuraux constitutifs d'assemblage plus complexes.

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Supersecondary structures

Motif - (helix hairpin)

Motif constitu de 2 hlices antiparallles associes par des liaisons hydrophobes et relies par une courte boucle ( helix hairpin ) formant un coude comprenant de 2 (n = gly ) 4 aminoacides. 2 Les axes des 2 hlices font un angle denviron 20 .

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Motif hlice-tour/boucle-hlice

Loop Turn

Helix-Turn-Helix Motif / Helix-Loop-Helix Motif

Helix-Turn-Helix: a major nucleic acid binding structure H T

Deux hlices disposes pratiquement 120 et relies par un court fragment de chane

This motif (green on left) and the exact relationship between the helices is conserved from bacteria to man.

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Helix-Loop-Helix: EF-hand Calcium-binding Motif

Mme schma que le motif hlice-tourhlice mais la chane peptidique reliant les deux hlices est plus longue (12 AA environ). Aminoacides trs conservs en positions 1, 3, 12. Asp ou Glu en 1 et 12, Gly en 6, par exemple (ceci constitue un bloc signature). Motif de fixation du Ca2+

EF-hand Calcium-binding Motif

The calcium atom is bound to one of the motifs in the muscle protein troponin-C through six oxygen atoms: one each from the side chains of Asp (D) 9, Asn (N) 11, and Asp (D) 13; one from the main chain of residue 15; and two from the side chain of Glu (E) 20. In addition, a water molecule (W) is bound to the calcium atom.

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Motif en pingle cheveux ( hairpin ou - unit)

Comment 2 brins peuvent-ils se connecter pour former un feuillet antiparallle

Formes topologiques et modes de connexions

Mandre

Motif grec

Les motifs simples se combinent pour former des motifs plus ou moins complexes

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Motif --

Comment 2 brins peuvent-ils se connecter pour former un feuillet parallle

-- Motif

Two adjacent parallel strands are usually connected by an helix from the Cterminus of strand 1 to the N-terminus of strand 2. Most protein structures that contain parallel sheets are built up from combinations of such -- motifs.
Lhlice de connexion se tasse contre les brins du feuillet et protge ainsi leurs rsidus hydrophobes du solvant. Les rgions en boucle peuvent avoir un nombre d'AA trs variable (de 1 plusieurs dizaines) et souvent la premire boucle (celle qui relie le premier brin l'hlice ) participe la formation de sites fonctionnels (site de liaison, site actif) ce qui ne semble pas tre le cas de la deuxime boucle.

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The handedness of -- motif

Theoretically, two distinct hands can exist in -- motif, with helice above ( right-handed ) or below ( left-handed ) the plane of beta sheet. The connection with the helix above the sheet is found in almost all proteins and is called right-handed because it has the same hand as a right-handed helix.
Article 12

Formes topologiques et modes de connexions

Les motifs simples se combinent pour former des motifs plus ou moins complexes

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Autre motif: le motif -- ( vrai doigt de Zinc)

(Cys)2-(His)2

Les protines (2)


III) Structure tertiaire 1) Dfinition 2) Mthodes de dtermination de la structure 3D 3) Les domaines 4) Classement des domaines en fonction de leurs structures secondaires et superstructures secondaires (motifs) a) Les domaines b) Les domaines c) Les domaines / d) Les domaines + 5) Structure tertiaire et dynamique conformationnelle 6) Dnaturation des protines IV) Structure quaternaire 1) Dfinition 2) Cooprativit: le modle de lhmoglobine 3) Rgulation allostrique: le modle de laspartate transcarbamylase 3) Modes dassociation entre sous-units * Arrangement en superhlice de 2 hlices (coiled-coil helices) V) Caractristiques des protines fibreuses VI) Caractristiques des protines membranaires

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Structure tertiaire
1) Dfinition
-> La conformation tridimensionnelle (structure 3D) de la protine, cest dire la disposition finale des diverses structures secondaires les unes par rapport aux autres dans les trois dimensions de l'espace pour former des protines natives fonctionnelles: la structure tertiaire correspond de trs nombreux repliements de la chane polypeptidique

Tertiary structure is the protein's three dimensional structure

-> Stabilit de la structure: grande diversit de liaisons non covalentes et parfois liaison covalente particulire (pont disulfure)

Liaisons intervenant dans ltablissement de la structure tertiaire

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Protein disulfide isomerase assists protein folding

Figure 2.41

Catalyzes thiol/disulfide exchange Facilitates correct s-s bonds Reshuffles s-s bonds

Adapted from Tropp, B. E. Biochemistry: Concepts and Applications. Brooks/Cole Publishing Company, 1997.

Mthodes de dtermination de la structure 3D

Ribonuclase A / 124 AA / 4 ponts disulfures

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DETERMINATION DE LA STRUCTURE TERTIAIRE (et quaternaire)

2 mthodes: La diffraction des rayons X La RMN haut champ et multidimensionnelle

Tertiary Structure Representations: ribbon form

An extremely common view of the architecture of proteins

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Lunit fondamentale de la structure tertiaire est le domaine


La glycraldhyde 3 phosphate dshydrognase (GAPDH) comporte 2 domaines

Classement des domaines en fonction de leurs structures secondaires et superstructures secondaires (motifs)

Domaines Bundles of helices connected by loops Domaines Mainly antiparallel sheets, usually 2 sheets forming sandwich Domaines / Mainly parallel sheets with intervening helices, mixed sheets Domaines + Mainly segregated helices and sheets Autres ?

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L'architecture en faisceau de 4 hlices (four-helix bundle)

L'architecture la plus simple

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La myohmrythrine est une protine musculaire d'un ver marin qui fixe l'O2 par l'intermdiaire de fer non hminique

Myohmrythrine (sans Fe)

Dans la myohmrythrine cest un complexe non hminique de type Fe-O-Fe qui fixe lO2 molculaire
Les 2 atomes de Fe du complexe font partie intgrante de la protine via des interactions avec des rsidus His, Asp et Glu des diffrentes hlices

Myohmrythrine avec Fe-O-Fe

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Centre de fixation

Le repliement ou arrangement de type globine (globine fold)

(1)

(2)

Superpositions de la chane de la myoglobine en vert et de la chane Alpha (1) et Bta (2) de lhmoglobine en bleu

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Myoglobine de baleine

Le "repliement globinique" est compos par l'arrangement de 8 hlices (myoglobine, chanes des hmoglobines). La longueur des hlices (identifies A-H) varie sensiblement, de 7 rsidus pour la plus petite (C) 28 pour la plus longue (H). De courtes hlices connectes par des boucles sont associes et forment un cur (core) hydrophobe tandis que les rsidus hydrophiles apparaissant la surface assurent la solubilit de la protine dans un environnement aqueux. De plus, l'arrangement des hlices cre une poche o se trouvent les sites de liaison de l'hme. L'observation de la position respective des hlices montre que leurs axes font globalement des angles de 20 50ou 90 , .

Myoglobin consists of a backbone and heme-binding domain

Ordway, G. A. et al. J Exp Biol 2004;207:3441-3446

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Le repliement ou arrangement de type histone (histone fold)

(A) Each of the core histones contains an N-terminal tail, which is subject to several forms of covalent modification, and a histone fold region, as indicated. (B) The structure of the histone fold, which is formed by all four of the core histones. (C) Histones 2A and 2B form a dimer through an interaction known as the "handshake."
Histones H3 and H4 form a dimer through the same type of interaction

Loctamre dhistones H2A, H2B, H3 et H4

Les 2 dimres H3-H4 forment un ttramre auquel viennent sassocier les 2 dimres H2A-H2B

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Le tassement des hlices obit des contraintes gomtriques

-> Les radicaux des AA constituant lhlice sont situs lextrieur de lhlice -> Lhlice ressemble donc une vis et pour compacter 2 hlices il faut interpntrer les radicaux dune hlice (saillant) dans le creux situ entre deux radicaux de lautre hlice (sillon) -> Quelques possibilits seulement

Les chaines latrales sur les hlices forment des sillons et des crtes (comme les sillons de l'ADN)

I+4 I

I+3

crtes formes par les rsidus I et I+4

crtes formes par les rsidus I et I+3

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Comment empaqueter les hlices entre elles: il faut que les crtes rentrent dans les sillons

3 possibilits: avec un angle de 20 avec un angle de 50et aussi avec un angle de 90 ,

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50

20

90

Classement des domaines en fonction de leurs structures secondaires et superstructures secondaires (motifs)

Domaines Bundles of helices connected by loops Domaines Mainly antiparallel sheets, usually 2 sheets forming sandwich Domaines / Mainly parallel sheets with intervening helices, mixed sheets Domaines + Mainly segregated helices and sheets Autres ?

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